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Epidémie à COVID-19 :
actualité et perspectives
Dramane SAMAKE³, Mikaila KABORE¹, Sounkalo DAO¹.².4

¹ Service de Maladies infectieuses, CHU Point G , Bamako, Mali

² Faculté de Médecine et d’odonto-Stomatologie, USTTB, Bamako, Mali
³ Service de Maladies infectieuses, Hôpital Sominé DOLO de Mopti, Mali
4 Serefo, USTTB, Mali

4 mars 2020
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PLAN
 Généralités

 Epidémiologie

 Pathogénie

 Diagnostic

 Traitement (perspectives)

 Prévention

 Conclusion
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GÉNÉRALITÉS
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Généralités Définition
 Maladie à coronavirus ou COVID-19 : est une infection
aigue des voies respiratoires, bénigne, très contagieuse,
due à un virus appelé SRAS-CoV-2.

 Sévit sous forme d’épidémie depuis décembre 2019 dont

Wuhan, dans le Hubei (Chine) est l’épicentre,

 Urgence de santé publique de portée internationale

(USPPI) (OMS, 30/01/2020)

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Généralités Rappel

 Etymologie : du latin coronam

et de virus (virus à couronne)

 Nom provenant de l’aspect en

couronne des spicules formées
par la protéine S à la surface
de l’enveloppe virale
(microscopie électronique) Source:
https://commons.wikimedia.org/wiki/File:3D
_medical_animation_corona_virus.jpg

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Généralités
Tableau I : Evolution de la nomenclature du virus et la maladie

Ancienne appellation Nouvelle appellation

Virus 2019-nCoV SARS-CoV-2

(2019 Novel CoronaVirus) (Severe Acute Respiratory
Syndrome- CoronaVirus-2)

Maladie NCP COVID-19

(Novel Coronavirus (COronaVIrus Disease
Pneumonia) 2019)

(Commission internationale de classification des virus ) 6

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Généralités Intérêt

 Epidémiologique : 3ème grande épidémie à CoV après

(SRAS-CoV, MERS-CoV); 6ème déclaration par l’OMS
d’USPPI ; 6 pays africains touchés (Sénégal++)

 Diagnostique : Suspicion devant des signes respiratoires

aigus avec notion contact/voyage en pays épidémique;
confirmation par RT-PCR,

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Généralités Intérêt

 Traitement : Efficacité de la chloroquine en discussion,

 Prévention : Pas de vaccin. Importance du respect des

règles d’hygiènes et du renforcement de la surveillance
épidémiologique et mise en place de plan de riposte,

 Conséquences géoéconomiques importantes+++

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EPIDEMIOLOGIE

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Epidémiologie descriptive
23 Janv 2020
- Quanrantaire du Pandémie,
Wuhan, date???
- Port de masque
18 Janv 2020 obligatoire,
Fin Déc – Janvier - 45 cas - 1er cas au USA
- Alerte - 2 décès 14 Fev : Egypte,
épidémiologique (ASL) 25 Fév : Algérie,
- Fermeture du 30 janv : : 28 Fév : Nigéria,
marché, USPPI 2 Mars : Sénégal,
- Formation d’une
équipe d’intervention (OMS) 2 Mars : Tunisie
3 Mars : Maroc

20 Janv 2020
20 Janv 2020 Propagation :
Propagation Thaïlande, Japon,
: Thaïlande, Corée Sud
7 Janv 2020 Japon,
Découvertes de Corée Sud
30 Déc 2019 Novel
- Cas de Coronavirus
pneumonies de (2019-nCoV),
causes ? à Wuhan,
- ATCD d’exposition Vecteurs d’expansion
au marché de fruits

Figure 1 : Rappel sur les faits marquants de l’épidémie 10

(Adapté : Huang C et al., Lancet. 2020)
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Epidémiologie descriptive

Létalité = 3,4%

Figure 2 : Situation mondiale de l’épidémie COVID-19 au 4 Mars 2020

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Epidémiologie descriptive

Infectiosité de SRAS- CoV-2 est modérée car R0 = 1,4 à 2,5

Figure 3 : Distribution des cas cumulés de COVID-19

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Epidémiologie descriptive
AFRIQUE

Figure 3 : Pays les plus touchés : morbimortalité et guérison

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Epidémiologie descriptive

Figure 3 : Mortalité des patients par tranche d’âge

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Epidémiologie SRAS-CoV epidemic,

2002 - 2003

Figure 6: Distribution géographique mondiale de SRAS-CoV

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Epidémiologie MERS-CoV epidemic,

2012 - 2018

Figure 7 : Distribution géographique mondiale de MERS-CoV

(www.who.int/emergencies/mers-cov/mers-summary-2016.pdf) 16
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Epidémiologie descriptive
Tableau I : Récapitulatif des 3 dernières épidémies de CoV
Nom virus SRAS-CoV MERS-CoV SRAS-CoV-2
Début Nov 2002 2012 Déc 2019
Epicentre Guangdong (Chine) Arabie Saoudite Hubei (Chine)

Réservoir/ Hote Chauve-souris Chauve-souris Chauve-souris

intermédiaire Civette Dromadaire Pangolin?
Clinique Rhinite banale Pneumonie Pneumonie
Pneumonie
Gastro-entérite
Fin Juil 2003 2018 ????
Bilan 8464 cas 1714 cas 93136 cas
799 décès (10%) 618 décès (37%) 3198 décès (3,4%)
29 pays touchés 25 pays touchés 74 pays touchés
% de similitude 80% : SRAS-CoV et 50% : MERS-CoV et
génomique SRAS-CoV-2 SRAS-CoV-2
(OMS: http://www. who.int/csr/sars/country/en/) (Fan Wu et al. 2020)
(Tratner, médecine sciences. 2003. Arabi YM et al., N Engl J Med. 2017) 17
www.thelancet.com Published online January 29, 2020 https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8
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Epidémiologie analytique
Tableau II : Coronavirus pathogènes pour l’homme

Souches humaines :
Souches animales :
 HCoV-229E,
 SRAS-CoV
 HCoV-NL63,
 MERS-CoV
 HCoV-OC43,
 SRAS-CoV-2
 HCoV-HKU1
Donnent les épidémies
Donnent des rhinites
saisonnières

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Epidémiologie analytique
Taxonomie du SRAS-CoV-2

(Gorbalenya AE et al., BIORXIV. 2020)

doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.07.937862 19
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Epidémiologie analytique
Origine de l’épidémie? (SRAS-CoV-2)
Réservoir : chauve-souris Hôte intermédiaire : Pangolin??

- 99% de similitude du virus isolé chez Pangolin et les hommes infectés,

- Animaux à statut protégé de niveau 2 en Chine et sont répertoriés
comme en danger critique d'extinction
(South China Agricultural University)
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Epidémiologie analytique

Lien de parenté
entre les séquences
génétiques du
2019-nCoV et Bat
CoV RaTG13

(Peng Zhou et al., 2020)

doi: bioRxiv preprint
https://doi.org/10.1101/
2020.01.22.914952

Figure 8 : Arbre phylogénétique des CoV 21

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Epidémiologie analytique
 Virus sphérique enveloppé,
 Nucléocapside (N),
 Capside,
 Enveloppe avec 3 Protéines
structurales (M, Spike, H-E)
 Génome : RNA simple brun
polarité +, 16 à 31 kilobases
 Taille : 60 à 220 nm Φ
 Spicules = image en couronne

Figure 9 : Structure virale du SRAS-CoV-2

(Burrell et al., Fenner and White's Medical Virology, 2017)

(Tratner, médecine sciences, 2003) 22
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Epidémiologie analytique
Mode de contamination de l’homme

Une probable
mutation du virus de
la chauve-souris

Pangolin?
s’opère dans l’HI avant
2019-nCoV
qu’il soit transmissible
à l’homme

(INSERM) 23
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Epidémiologie analytique
Mode de transmission interhumaine

 Indirect : manipulation des objets souillés par les

sécrétions narinaires des patients,

 Direct : par contact direct avec les sujets malades,

inhalation des aérosols,

D’où l’intérêt du port de

masque

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Epidémiologie analytique
Facteurs favorisant

 Age (sujet âgé+++, sujet jeune----)

 Patients hospitalisés dans le même centre,

 Visiteurs,

 Sujets contacts étroits avec les patients infectés

 Promiscuité,

 Terrain taré : diabète, IRC, Immunodépression, HTA

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Epidémiologie analytique
Réplication
Réplication virale virale

(Jiang S et al., Emerg

Microbes Infect. 2012)

Figure 10 : Cycle de réplication du SRAS-CoV 26

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Epidémiologie analytique
Propriétés physicochimiques du virus CoV
Sensibilité Résistance

Chaleur (60°C en 5 mn) 24 H à T° ambiante sur surface dure

Ph extrêmes 7 jours à 20°C

Alcool (Solution 35 jours à 4°C

hydroalcoolique)
Eau de javel 60 jours dans l’eau

Antiseptiques usuels 105 jours dans les écoulements

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PATHOGENIE
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- Fièvre
- Toux
- Rhinite
- DR

(Arabi YM et al., N
Engl J Med. 2017)

Figure 11 : Pathogénèse du MERS-CoV adapté a SRAS-CoV-2 29

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Pathogénie du SRAS-CoV-2
Infiltration des poumons par les leucocytes neutrophiles
et les macrophages

Réponse inflammatoire et production de cytokines pro-

inflammatoires avec Lymphopénie

Dommage alvéolaire diffus (DAD)

Formation de membranes hyalines
Œdème
DAD  processus de
cicatrisation des poumons
Hypoxie

Pneumonie sévère
Décès 30
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DIAGNOSTIC
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Diagnostic positif
Diagnostic clinique (suspicion de cas)
 Incubation : 3 – 14 jours

Période de début
- Fièvre,
- Rhinite,
- Toux,
- Dyspnée,
Lien épidémiologique (voyage dans
un pays épidémique/contact avec un
voyager) = Suspicion de COVID-19
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Diagnostic positif
Diagnostic clinique

Période d’état :
• Signes de pneumonie,
• Syndrome de détresse respiratoire aigue,
• Insuffisance rénale,
• Décès

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Diagnostic positif

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Diagnostic positif
 Diagnostic biologique (confirmation de cas)

Collecte et analyse des échantillons :

- Secrétions nasopharyngées/ oropharyngées,
- Analyse dans un Labo ≥ P3 (Serefo):
- Si 1er échantillon positif, repetition des
prélèvements/ 3 jours, jusqu’à négativation,
- Si 1er échantillon négatif, faire 2è test 24h,
- Si 2 tests sont négatifs, arrêt isolement
(prélevé les VRI si possible),
Conseils : isolement aérienne et physique

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Diagnostic différentiel
 COVID-19 ne peut être différenciée cliniquement d’autres
infections respiratoires

 Devant les signes cliniques, sans lien épidémiologique,

 Il faut penser à :

 Grippe saisonnière

 Autres pneumonies virales : Rhinovirus, Metapneumovirus

 Pneumonies bactériennes

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TRAITEMENT
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Traitement

Tentatives thérapeutiques

 Usage de Lopinavir/R dans l’épidémie de SRAS-CoV avec

un bénéfice clinique substantiel (Chu CM, Thorax. 2004)

 Dans l’épidémie SRAS-CoV-2, le Lopinavir/R est entrain

d’être utilisé en essai contrôlé randomisé dans l’hôpital
concerné (Huang C et al., Lancet. 2020)

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S MAPIT

Traitement
Tentatives thérapeutiques

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 Traitement
 Tentatives thérapeutiques

Remdesivir et la Chloroquine comme espoir dans la PEC du

COVID-19

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Traitement (perspectives)
Tableau : Protocole de traitement des cas confirmés de COVID-19

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Traitement (perspectives)

Recherches sont toujours en cours

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Traitement
Pour les cas
suspects/confirmés (Mali)

 Isolement et mise en
quarantaine pendant au
mois deux semaines,

 Lieu ??

 Personnel soignant pour la

surveillance et la prise en
charge ?
HDB Ex- CENAM
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Traitement
Traitement symptomatique des cas confirmés

 Antalgique - antipyrétique contre la fièvre et les douleurs,

 Expectorants/décongestionnants contre la toux/rhinite,

 Vitamine C contre l’asthénie,

 Antibiotiques contre les surinfections bactériennes,

 Oxygène en cas de détresse respiratoire

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PREVENTION
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Prévention
 Absence à ce jour de vaccin disponible,

 Plusieurs essais vaccinaux dans plusieurs pays et à des

phases diverses sont en cours actuellement,

 Anticorps monoclonaux des patients guéris de SRAS-CoV

pour empêcher la fusion entre la membrane plasmique
de l'hôte et l'enveloppe virale,

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Prévention

Recommandations de CDC Atlanta (1)

 Évitez tout contact étroit avec des personnes malades.

 Évitez de toucher : yeux, nez, bouche avec des mains

sales,

 Toussez ou éternuez dans un mouchoir, puis éliminer,

 Nettoyez et désinfectez les objets et les surfaces

fréquemment touchés à l'aide d'un désinfectant,

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Prévention
Recommandations de CDC Atlanta (2)

 Lavez-vous souvent les mains à eau+savon pendant ≥ 20 s,

surtout après toilettes, avant de manger, et après vous être
mouché ou avoir toussé ou éternué. Si vous ne pouvez pas,
utilisez un désinfectant pour les mains (SHA)

 CDC ne recommande pas le port du masque chirurgical

pour protéger contre les virus respiratoires (SARS-CoV-2).

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REPONSE A L’EPIDEMIE
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S MAPIT

Réponse à l’épidémie
Au niveau régional

 Vendredi 14 février 2020 à l’hôtel Sheraton, réunion

d’urgence des ministres de la Santé l’espace Cédéao sur la
préparation et la réponse à l’épidémie de la maladie à
nouveau Coronavirus (Covid-19)

 Objectif : harmoniser les stratégies régionales de

préparation pour la prévention, la détection précoce et le
contrôle de COVID-19.

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Réponse à l’épidémie
Au niveau national (Mali)

 Elaboration d’un plan de lutte,

 Mise en place d’informations aux passagers via des messages

dans les avions et des affiches,

 Mise en place des mesures de contrôle de température,

 Distribution de masques et de solutions hydroalcooliques,

 Distribution d’EPI pour le personnel à risque (agent de santé,

nettoyage)

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Réponse à l’épidémie
Au niveau national (Mali)

 En revenant de la Chine ou autre pays épidémique, si un

passager présente de la fièvre et/ou des problèmes
respiratoires, appeler le 36 061, qui redirige vers les
infectiologues.

 Décision collégiale d’hospitaliser ou pas, afin de rechercher le

virus.

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Réponse à l’épidémie
Au niveau individuel

Transmission interhumaine se faisant en aérienne et par contact

entre les mains. Il faut donc :

 Eviter le contact avec les malades,

 Porter un masque facial,

 Se laver fréquemment les mains ou les frictionner à la SHA,

 Utiliser les mouchoirs jetables (et les éliminer).

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CONCLUSION
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Conclusion
 Après 2 mois du début de l’épidémie SRAS-CoV-2, on
dénombre 93136 cas confirmés dont 3198 décès soit une
létalité de 3,4% faisant d’elle une épidémie modérée.

 De l’épicentre à Wuhan (Chine), 74 Pays actuellement

touchés sur les 5 continents,

 Des 3 grandes épidémies passées (SRAS-CoV, MERS-CoV et

SRAS-CoV-2), c’est la plus importante (contagiosité),

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Conclusion
 6 pays africains pour le moment : Egypte, Algérie,
Nigéria, Sénégal, Tunisie, Maroc (12 cas),

 Cliniquement, il s’agit d’une pneumonie virale faite de

toux, rhinite, fièvre, dyspnée, détresse respiratoire,

 Devant ces signes + lien épidémiologique (notion de

voyage dans un pays épidémique ou contact avec un
voyageur, dans les 14 jours) = Suspicion de COVID-19!

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Conclusion
 Risque de transmission interhumaine +++

 A ce jour des antiviraux sont en essais dont la

chloroquine,

 Prévention +++ par mesures communes aux infections

respiratoires. Candidats vaccins en cours,

 Aéroports/ports = portes d’entrées dans les pays

 Personnel de santé est à risque: ATTENTION+++

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MERCI POUR VOTRE ATTENTION

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