Cours Bioprocédés Mejda Salhi 2018

Bioprocédés appliqués à l'agroalimentaire

PLAN DU COURS.....................................................................................................................1

1. Définition..........................................................................................................................1

2. Domaines d'application...................................................................................................1

3. Types................................................................................................................................1

4. Technologie de fermentation.........................................................................................1

5. Historique........................................................................................................................2

6. Etapes de développement d'un bioprocédé industriel................................................3

7. Etapes d'un bioprocédé industriel.................................................................................3

7.1. Formulation du milieu de culture............................................................................3

7.2. Stérilisation..............................................................................................................4

7.3. Préparation de l'inoculum.......................................................................................4

7.4. Bioréacteur de production......................................................................................4

7.5. Séparation, récupération et purification des produits..........................................4

7.6. Traitement des effluents.........................................................................................4

8. Applications des bioprocédés........................................................................................5

8.1. Fermentation...........................................................................................................5

8.2. Culture de cellules eucaryotes supérieures...........................................................6

8.3. Bioprocédés environnementaux............................................................................7

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1. Définition

Un bioprocédé est un ensemble de techniques et de méthodes qui font appel à des

cellules (animales, végétales ou microbiennes ou à leurs composantes) (enzymes,
protéines, gènes..) pour la production de biens ou de services.

Exemples: production de yaourts, de vins, de pénicilline, épuration des eaux usées…

2. Domaines d'application

Les bioprocédés sont utilisés dans diverses industries:

- Industries agro-alimentaires: boissons, levures, protéines animales..

- Industries chimiques: production d'acides organiques, d'éthanol..
- Industries pharmaceutiques: production d'anticorps, de vaccins, d'hormones..
- Industrie de l'environnement: traitement des effluents liquides, solides et
gazeux..

3. Types

Ils sont ainsi classés en trois principaux domaines:

- Les procédés de fermentation;

- Les cultures de cellules animales et végétales;
- Les procédés environnementaux.

4. Technologie de fermentation

Le terme fermentation, en biochimie, désigne le processus de dégradation biologique

en absence de l'air.

En industrie, la fermentation désigne tout procédé permettant de produire un composé

ou de la biomasse à grande échelle en faisant appel à un microorganisme en présence
ou en absence d'air.

Bioréacteur:

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Les bioréacteurs ou fermenteurs sont des enceintes ou cuves utilisées pour la réalisation
des fermentations. Leur rôle est d'assurer un environnement contrôlé pour la culture
microbienne afin de réaliser une application bien déterminée. Le réacteur est menu de
système de réglage des paramètres physico-chimiques ( pH, température, concentration
des substrats, teneur en oxygène..) et permet d'éviter toute source de contamination.

5. Historique

Des vestiges découverts ont montré que le recours à la fermentation remonte à la nuit
des temps (7000 ans AJC). Les égyptiens ainsi que les autres peuples de la méditerranée
ont réussi à maitriser la transformation du jus de raisin en vin et la conservation des
aliments par fermentation.

Le terme fermentation provient du mot latin "fermentare" utilisé par les romains et qui
dérive du mot "fervere" pour décrire l'aspect bouillant du jus de raisin fermenté.

Au cours de la pré-histoire, le phénomène de la fermentation a été considéré comme

un miracle attribué aux dieux (Osiris) qui en offrent les produits aux humains pour
apaiser leurs corps et leurs âmes.

Au moyen âge, on expliquait ce phénomène par la théorie de la génération spontanée:

les scientifiques qui soutenaient cette théorie postulaient pour la transformation
spontanée de la matière organique.

Au 16ème siècle, les microorganismes ont été découvert grâce au premier microscope
inventé par le Hollandais Antonie Van Leeuvenhoek.

Cette théorie n'a été rejetée qu'en 1850 par le chimiste français Louis Pasteur qui a
démontré les actions microbiennes dans les fermentations alcooliques et acétiques.

Actuellement, toute une discipline, la microbiologie industrielle, est consacrée à la

maitrise de la fermentation pour la réalisation de productions constantes et en grandes
quantités. Le génie génétique a permis de dépasser les limites des systèmes de
production animales et végétales et de produire, par fermentation, des molécules
recombinantes telles que l'insuline.

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6. Etapes de développement d'un bioprocédé industriel

L'histoire d'un bioprocédé commence dans un laboratoire avec des mini-réacteurs de 10

à 100ml de volume, c'est la phase de la recherche. Au cours de la deuxième phase, un
pilote de développement de 10 à 100 L est conçu. On passe ensuite à l'industrialisation de
ce pilote en un procédé de 10 à 100 m3 de capacité qui entre en production.

7. Etapes d'un bioprocédé industriel

La mise en œuvre d'un bioprocédé se fait en 6 étapes:

1- Formulation du milieu de culture

2- Stérilisation du réacteur, de ses accessoires et du milieu de culture;
3- Développement d'un inoculum;
4- Fermentation;
5- Récupération et purification du produit;
6- Elimination des résidus du procédé.

7.1. Formulation du milieu de culture

Le milieu de culture doit fournir les besoins nutritionnels de la souche cultivée en tenant
compte de l'objectif de la fermentation: source de carbone, source d'énergie, sources
d'azote, de soufre, de facteurs de croissance…les milieux synthétisés au laboratoire
sont plus chers que ceux obtenus de la valorisation de sous produits des industries
agroalimentaires tels que la mélasse et le lactosérum.

Tableau 1. Les différents types de milieux de culture

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7.2. Stérilisation

Avant d'entamer la fermentation on applique une stérilisation par de la vapeur d'eau

sous pression au milieu de culture à l'intérieur du bioréacteur. La stérilisation permet
d'éliminer les contaminants qui partagent avec la souche ferment les mêmes
paramètres de croissance.

7.3. Préparation de l'inoculum

L'inoculum est constitué dela biomasse de la souche utilisée pour ensemencer le

fermenteur. Cette biomasse peut être constituée de bactéries, de mycéliums, de spores,
de cellules. L'inoculum doit être homogène et exempte de contaminants.

Le passage de la souche industrielle sous sa forme lyophilisée ou congelée à un

inoculum se fait à différentes échelles:

1- Culture agitée dans un erlen-meyers;

2- Préparation de la pré-culture ou "pied de cuve" dans un bioréacteur de
propagation ayant un volume de 5 à 10% du fermenteur;
3- Inoculation du fermenteur.

7.4. Bioréacteur de production

Il existe une grande variété de technologies de fermenteurs selon la production à

réaliser et les exigences de la souche à cultiver.

7.5. Séparation, récupération et purification des produits

Le produit peut être soit de la biomasse, des métabolites de croissance, des composés
intracellulaires. La biomasse est récupérée par filtration, sédimentation, centrifugation.
Elle est ensuite lavée, séchée et emballée. Dans le cas où le produit à récupérer est
intracellulaire, la biomasse subit une lyse, le produit est récupéré, purifié puis concentré.
Pour les métabolites, ils sont obtenus par extraction chimique par solvant organique du
filtrat du milieu de culture.

7.6. Traitement des effluents

Les eaux usées résiduaires des bioprocédés sont riches en matières organiques, en plus
de grandes quantités d'acides et de bases utilisés pour le nettoyage du réacteur. Le

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traitement de ces eaux usées fera l'objet des procédés environnementaux tels la
méthanisation, le compostage…

8. Applications des bioprocédés

8.1. Fermentation

Production de biomasse

On distingue deux types de procédés: la production de biomasse viable et la production

de biomasse morte. La biomasse viable, sous forme de ferment, est utilisée pour
l'ensemencement et la réalisation de productions alimentaires ou pharmaceutiques,
industrielles ou domestiques.

Exemple: levure de boulangerie, ferments lactiques..

La biomasse viable comprend aussi les probiotiques (Bifidus regularius) et les agents de
lutte biologique (Bacillus thuringiensis).

La biomasse morte est utilisée comme supplément alimentaire riche en protéines,

appelées Protéines d'Organismes Unicellulaires (POU).

Exemple: Candida utilis renfermant 50 % de Protéines par biomasse sèche.

Production de métabolites

Les microorganismes, par la diversité de leurs voies métaboliques, permettent la

production de molécules très complexes pour être produites par l'industrie chimique.

On distingue:

- Les métabolites primaires, produits au cours de la phase de croissance

exponentielle par des voies métaboliques communes. Ils sont les résidus du
catabolisme. Ils sont des alcools, des solvants et acides organiques exploités en
IAA et en Industries chimiques.
- Les métabolites secondaires, produits au cours de la phase stationnaire (ou de
déclin) par des voies métaboliques particulières offrant un avantage compétitif à
certaines espèces de bactéries et de moisissures. Ils sont issus de l'anabolisme,
des inhibiteurs enzymatiques, des facteurs de croissance, des pigments..

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Production d'enzymes microbiennes

Elles sont produites en quantités plus importantes et en coût réduit par rapport aux
enzymes animales et végétales. Les enzymes, métabolites primaires, sont exploités en
IAA. Les enzymes, métabolites secondaires, sont exploités en industrie pharmaceutique.

Production de Protéines recombinantes

Ces protéines sont obtenues de gènes animaux ou végétaux, insérés dans le génome
d'un microorganisme. Les principaux Microorganismes recombinés sont: E. coli et
Saccharomyces cerevisiae. Les protéines recombinantes sont à usage pharmaceutique:
insuline, Hormone de croissance, Facteur VIII…

Plasmides recombinants

Les plasmides sont de petites molécules circulaires d'ADN extra chromosomique codant
pour des caractères secondaires tels que la résistance à un antibiotique, les toxines, ..Ils
se distinguent par leur réplication autonome. Ils sont utilisés comme support de gènes
recombinants codant pour des protéines défectueuses ou inexistantes pour des fins
thérapeutiques.

Bioconversion

C'est la transformation d'une molécule en un produit à haute valeur ajoutée. Les

réactions biochimiques de base sont: la déshydrogénation, l'oxydation, désamination,
décarboxylation, isomérisation. Ces réactions enzymatiques sont avantageuses par
rapport aux conditions physico-chimiques qui nécessitent des conditions drastiques
ainsi que l'utilisation de catalyseurs chimiques.

8.2. Culture de cellules eucaryotes supérieures

Les cellules animales et végétales sont à machinerie enzymatique développée. Elles sont
utilisées pour la production de produits à usage thérapeutique ne pouvant être
synthétisés par des microorganismes OGM.

- Les cellules animales issues de Hamster, de rats ou de souris sont utilisés pour la
fabrication de vaccins, de protéines thérapeutiques ou de diagnostic telles que
les anticorps monoclonaux; les hormones…

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- Les cellules végétales sont utilisés pour la production de matabolités secondaires

thérapeutiques: caféines, nicotine, antioxydants, anti-cancer..

8.3. Bioprocédés environnementaux

Ils reposent sur l'utilisation des microorganismes pour la protection de

l'environnement.

- Epuration des eaux usée par digestion aérobie ou anaérobie (méthanisation) des
déchets.
- Traitement des déchets solides par compostage, méthanisation…
- Biorestauration des sols contaminés
- Biolixiviation des métaux
- décantamination de l'air par des biofiltres