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Note de Microbiologie :

Deuxième Partie.

Bouffioux Aude (agro)


Bosch Stéphanie (agro)
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

1. METABOLISME MICROBIEN.
1.1. Définitions.
Le métabolisme est un ensemble de réactions chimiques qui se déroulent au sein des cellules vivantes,
cellules microbiennes. Le métabolisme est constitué de réactions anaboliques et cataboliques.

L’anabolisme : construction, à partir de petites molécules, de molécules plus complexes. Il y a donc


consommation d’énergie.

Le catabolisme : c’est l’ensemble des réactions qui interviennent dans la dégradation de molécules
complexes en molécules plus simples. Il y a libération et stockage (souvent sous forme de molécule
d’ATP) d’énergie.

Ces réactions sont catalysées par des protéines = enzymes  accélère la vitesse de réaction.

1.2. Voies métaboliques.


Série de réactions métaboliques au cours de laquelle il y a transformation d’un substrat en produit final,
via diverses étapes. Il y a donc accumulation d’intermédiaires métaboliques.

Parmi ces réaction, on va déterminer des réactions endergoniques et des réactions exergoniques.

1.2.1. Réactions métaboliques endergoniques :

Ce sont des réactions métaboliques qui nécessitent de l’énergie pour avoir lieu. (Ex : pour se mouvoir,
pour trouver de la nourriture, etc.)

1.2.2. Réactions métaboliques exergoniques :

Ces réactions métaboliques produisent de l’énergie. Ces réactions sont moins fréquentes que les
réactions endergoniques. Les microorganismes vont modifier les aliments qui sont dans leur
environnement pour récupérer de l’énergie. (Ex : venant de la nourriture mais aussi de la lumière).

On a vu qu’il y avait 5 classes qui sont différentiés selon la source d’énergie, de carbone et de
l’accepteur d’électrons (voir première partie + transparent 53 et 55).

1.3. Interactions entre les différentes classes microbiennes (fig. 8.2, transparent 54).
Les photolithoautotrophes utilisent la lumière pour faire des composés organiques (glucides). Ces
composés vont être utilisés par les hétérotrophes qui vont alors libérer du CO2 dans l’atmosphère.
Ensuite, le CO2 va être utilisé par les chimiolithoautotrophes (qui utilise comme source de carbone du
carbone inorganique) qui vont faire du carbone organique. Enfin, ce dernier sera utilisé à son tour par
des hétérotrophes et ainsi de suite.

Les classes sont dépendantes l’une de l’autre avec leur métabolisme.

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1.4. Les enzymes.


Les enzymes augmentent la vitesse de réactions métaboliques. C’est un catalyseur métabolique (=
catalyseur protéique). Elles sont indispensables, sinon les réactions sont trop lentes et cause la mort de
la cellule. Ce sont donc des protéines essentielles à la viabilité de la cellule, en d’autres mots, les
enzymes sont « le ciment de la cellule. »

Les enzymes sont de nature protéique MAIS parfois, il y a ajout d’un composant NON protéique =
COFACTEUR.

1.4.1. Cofacteur

Parfois, un cofacteur (non protéique) est attaché à une enzyme. Il peut être de 2 types :

1. Groupement coenzyme : faiblement lié à l’enzyme. (ex : les vitamines, NAD+, …). Au court de
la réaction enzymatique, le coenzyme va se détacher de l’enzyme.
2. Groupe prosthétique : fermement lié à l’enzyme : liaison covalentes (ex : Hème de
l’hémoglobine. Attention, l’hémoglobine n’est pas une enzyme stricto sensu mais plutôt une
molécule de transport). Le groupement prosthétique va rester attacher de manière covalente à
l’enzyme tout au long de la réaction.

1.4.2. Fonctionnement de l’enzyme

Le substrat dans une réaction métabolique reconnait un site actif ou catalytique à la surface de
l’enzyme. Et le substrat va alors pouvoir venir s’y fixer.
 Complexe enzyme-substrat.

Il existe 2 modèles de reconnaissance (deux façons dont l’enzyme s’attache au substrat) :

1. Modèle clé-serrure :
L’enzyme va avoir une conformation, une structure rigide. Et le substrat va reconnaitre une
zone précise et spécifique et va se disposer spatialement de façon particulière sur l’enzyme
(transparent 56).
2. Modèle d’adaptation induite :
L’enzyme n’a pas de conformation rigide mais la conformation va changer lors de la
reconnaissance. L’enzyme va entourer le substrat (transparent 57).

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1.4.3. Cinétique.

Avec les enzymes, on accélère la vitesse de réaction de 105 à 106 fois.

Courbe de Michaelis-Menten : (transparent 58)

Courbe de vitesse de réaction en fonction de la concentration du substrat.

On peut remarquer que la vitesse augmente de manière hyperbolique avec la concentration en substrat.
C’est une courbe hyperbolique. Quand il y a peu de substrat, la vitesse de réaction est faible. Ce qui
est logique vu que l’enzyme rencontre rarement du substrat. Il y a un plateau (valeurs maximums) qui
montre qu’à un certain moment, les enzymes sont saturées (elles sont déjà toutes fixées à un substrat).
On a alors une Vmax. On peut aussi définir la constante d’affinité ou de Michaelis (Km) = la
concentration en substrat qui est requise pour atteindre la moitié de la vitesse maximale des réactions.
Cette constante va déterminer la concentration en substrat pour que l’enzyme puisse fonctionner de
façon convenable. Si Km est élevé, cela veut dire que l’enzyme a une faible affinité à son substrat.

La température et le pH du milieu influence fortement le fonctionnement de l’enzyme. Souvent, il y aura


pour chaque enzyme une T° et un pH optimal. Dans les extrêmes, lorsqu’on s’écarte de cette T° ou de
ce pH optimal, il va y avoir dénaturation de l’enzyme qui sera alors dysfonctionnelle.

Comment définir la vitesse ? On va déterminer la quantité de produits finaux formés par heure et à
une T°. S’il y a beaucoup de produits finaux, cela veut dire que la réaction est rapide.

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1.4.4. Les inhibiteurs de l’activité enzymatique

Important car certains antibiotiques fonctionnent en inhibant les enzymes.


Il existe deux types d’inhibiteur : les compétitifs et les non compétitifs.

1.3.4.1. Compétitif

Le substrat inhibiteur va reconnaitre le site d’activation mais il ne va pas se transformer en produit final.
 Compétition direct entre le substrat et le substrat inhibiteur pour le site actif de l’enzyme.
Ce sont des poisons pour les microorganismes car il n’y a plus de réactions enzymatiques.
Il existe une famille d’antibiotique, les SULFAMIDES, qui sont en compétition avec le substrat d’enzyme
impliqué dans la synthèse de l’acide folique (= vitamine B9). Il y a donc arrêt de la croissance du
microorganisme. Cela n’a pas d’effet sur les cellules humaines car nous allons chercher la vitamine B9
dans la nourriture (transparent 59).

1.3.4.2. Non-compétitif

Ce sont souvent des métaux lourds qui se fixent sur l’enzyme (pas sur le site actif !) ce qui change sa
forme et diminue l’activité de l’enzyme. Ex : le mercure.

1.4.5. Régulations des enzymes

Le métabolisme d’une cellule doit s’adapter aux variations de son milieu, pour cela, elle active ou
désactive certaines voies métaboliques.

Ex : Lorsqu’il n’y a plus de lactose dans le milieu, cela ne sert à rien que la cellule continue à produire
une enzyme métabolique du lactose => il y a blocage de la réaction métabolique nécessaire pour la
consommation de lactose : il faut travailler à l’économie et éviter le gaspillage énergétique. C’est la
même chose quand il y a forte synthèse d’une substance.

Il y a 3 grands moyens de régulations, de contrôle des enzymes :

1. Séquestration ou compartimentation :
Les substrats et les enzymes sont dans des compartiments différents (vacuoles, noyau,
mitochondries,…). Donc, on va séparer les substrats des enzymes. Ex : le catabolisme (la
dégradation) des acides gras se fait dans la mitochondrie alors que l’anabolisme (la synthèse)
se fait dans le cytoplasme. Ainsi l’anabolisme et le catabolisme se font dans des compartiments
différents afin d’éviter la concurrence. Ce type de régulation n’est présent que chez les
eucaryotes car il a présence de membrane pour la compartimentation. Pour qu’il y ait quand
même mise en contact entre le substrat et l’enzyme, il y a régulation aussi des systèmes de
transport transmembranaire (transports hautement régulés).
2. Synthèse d’enzymes :
Il y a inhibition ou activation de la transcription ou de la traduction d’un gène correspondant à
un enzyme. C’est un mécanisme de contrôle très fréquent.

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3. Activité des enzymes :


C’est le mécanisme le plus rapide. Inhibition ou stimulation des enzymes déjà présents dans la
cellule. Ce qui permet d’agir rapidement.

Les points 2 et 3 sont souvent couplés ce qui permet d’arrêter la production et de bloquer les enzymes
déjà présentes.

On peut modifier l’activité d’une enzyme de 3 manières :

1. L’allostérie :
C’est une régulation très importante de l’activité des enzymes. Une enzyme allostérique est
régulée grâce aux effecteurs (petites molécules) qui se lient à un site régulateur (≠ du site
actif). L’effecteur est positif quand il augmente l’activité de l’enzyme. L’effecteur est négatif
quand il diminue l’activité de l’enzyme (transparent 61).

Effecteur
Substrat

Site
Site actif régulateur

Une enzyme

Ces variations d’activité vont changer la vitesse des réactions métaboliques et changer aussi la
forme de la courbe de Michaelis-Menten.
La majeure partie des enzymes dans la cellule sont allostériques.

On dit qu’il y a de la coopérativité : lorsqu’un effecteur est fixé sur une enzyme, il facilite la
fixation d’autres effecteurs (sur d’autres récepteurs). Cela est dû à un changement de
conformation.
Si on observe la courbe de Michaelis pour une enzyme allostérique, on remarque que c’est une
sigmoïde car fixation coopérative.

NB : +CTP (cytidine triphosphate) = effecteur négatif => ralentit la vitesse de réaction.

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Ex : E. cholis qui a comme enzyme l’Aspartate transcarbomylase fait la réaction :

Carbamylphosphate + aspartate  carbamylaspartate

Il a 6 sites actifs et 6 sites de régulation. Cet enzyme a 2 effecteurs :


ATP (effecteur positif) et CTP (effecteur négatif) (cytidine triphosphate).
On peut remarquer qu’avec l’addition d’ATP, la courbe est plus à gauche et que la réaction est
plus rapide alors qu’avec le CTP la réaction est vers la droite et plus lente (transparent 62).
On a le même type de courbe avec l’hémoglobine qui a 4 sites de l’oxygène (mais attention
n’est pas un régulateur) c’est dû au fait qu’il y a coopération : le premier O permet aux autres
de se fixer plus facilement (transparent 63).

Ce type de mécanisme est réversible.

2. L’ajout d’un groupement chimique à l’enzyme :


L’activité est stimulée ou inhibée avec la liaison covalente qui est formée (transparent 64).

3. Rétro inhibition : (transparent 65)


Succession de réactions enzymatiques pour avoir un produit final qui intervient en inhibant la
première réaction enzymatique. Le produit final peut lui-même contrôler sa propre synthèse. Si
le produit final est en excès, il peut inhiber sa première étape enzymatique.
Lors de réactions enzymatiques, il peut y avoir formation de 2 produits finaux différents. Et il
peut y avoir rétro de chacune des voies métaboliques séparément.
Ce qu’on appelle l’étape enzymatique limitante ou réaction clef est l’étape la plus lente d’une
voie enzymatique qui limite l’accumulation du produit.

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1.5. Métabolisme microbien.


Il faut un accepteur d’électrons car il y a transfert d’électrons (réaction d’oxydoréduction).
Il y a 3 options pour obtenir de l’énergie et cela dépend du type d’accepteur d’électrons.
On parle de respiration lorsque l’accepteur d’électrons final est exogène et de fermentation quand il est
endogène.

1.5.1. Respiration aérobie (voir transparent 66).


L’accepteur est l’oxygène qui est exogène (extérieur à la cellule).

La respiration aérobie comporte 3 grandes étapes :

1. Les 3 grandes classes de substances nutritives sont les protéines, les polysaccharides et les
lipides. Ils vont être fragmentés en plus petites molécules, respectivement en acides aminés, en
monosaccharides et en glycérol ou en acides gras. Cette étape ne produit pas d’énergie.
2. Dégradation en une molécule encore plus petite : le PYRUVATE (dans les 3 cas => produit
commun) qui va donner pour les 3 groupes de l’acétylcoenzyme. Lors de cette étape, il a une
faible production d’énergie.
3. Cette acétylcoenzyme va rentrer dans le cycle de Krebs. Par une chaîne de transporteur
d’électrons, il va y avoir formation de l’ATP (une grande partie de l’ATP provient du NADH et du
FADH₂) et de CO2.

Tout ça pour avoir de la monnaie énergétique (ATP, NADH et FADH₂ = molécule chargée d’énergie) qui
est de l’énergie qui peut être directement assimilable. (Comparaison : on ne paye pas à l’aide d’un
lingot mais bien avec de la monnaie).

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Remarque : Certaines voies du catabolisme peuvent être importantes pour l’anabolisme car il y a
production de métabolites (départ pour la synthèse d’autres macromolécules) lors du catabolisme. Ces
réactions qui vont dans le sens du catabolisme et de l’anabolisme sont appelées voie AMPHIBOLIQUE.
En d’autres mots, une voie est amphibolique lorsqu'une voie métabolique permet aussi bien la synthèse
(voie anabolique) que la dégradation (voie catabolique) des métabolites. Ex. : voie des pentoses
phosphate.

Revenons sur la deuxième étape, lorsque les monosaccharides sont transformés en pyruvates :
dégradation du glucose en pyruvate. Il existe 3 voies qui peuvent être utilisées simultanément
(transparent 75, 76, 77, 78, 79).

La GLYCOLYSE (la voie Embden-Meyerhof) est une voie métabolique qui comprend 10
réactions. C’est la voie la plus connue. Elle se réalise en présence ou non d’oxygène. Tous les
enzymes sont dans le cytoplasme du microorganisme. Une molécule de glucose donne deux
molécules de pyruvates, deux ATP, deux NADH.
La voie des PENTOSES PHOSPHATE est souvent utilisée chez les microorganismes. Cette
voie peut fonctionner en même temps que la glycolyse. Elle se réalise en présence ou non
d’oxygène. C’est une voie amphibolique par excellence. Il y a production de molécules
importantes :
- NADPH
- (CO2)
- Précurseurs d’autres voies métaboliques : érythrose-4-phosphate et ribose -5-phosphate
- Glycéraldéhyde-3-phosphate (peut-être convertit en pyruvate (3C) par la glycolyse)
La voie d’ENTNER-DOUDOROFF : cette voie est utilisée par certains microorganismes du sol.
Il y a production d’une molécule d’ATP + 1NADPH + 1 NADH et 2 pyruvates par molécule de
glucose. Chez les bactéries GRAM+, cette voie est rarement utilisée.

Pour la 3ème étape, il y a transformation du pyruvate en CO2 et en acétyl-coenzymeA+ production de


NADH. Ce dernier rentre dans le cycle des acides tricarboxyliques (cycle de Krebs). Par molécule
d’acétyl-coenzymeA, il y a production de deux molécules de CO2, d’une molécule de FADH2, une
molécule de GTP (guanosine triphosphate : fonctionnellement proche de l’ATP, équivalente du point de
vue énergétique à l’ATP) et trois molécules de NADH. Les enzymes du cycle de Krebs se trouvent à
des endroits différents suivant qu’on a des eucaryotes ou des procaryotes. Pour les eucaryotes : les
enzymes se trouvent à l’intérieur de la mitochondrie. Pour les procaryotes : les enzymes se trouvent
dans le cytoplasme.

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Rendement de la respiration aérobie :

1 molécule de glucose 4 ATP (pas énorme point de vue énergétique !)

Le NADH et le FADH2 vont être totalement oxydés via la chaîne respiratoire pour donner de l’ATP. Dans
la chaîne respiratoire, les électrons sont transférés de donneurs à accepteurs jusqu’à une molécule
finale acceptrice => oxygène. Cette chaîne respiratoire est constituée d’une série de transporteurs:
cytochrome C et coenzyme Q (transporteur électrons).
L’oxydation totale :
NADH 30 ATP
FADH2 4 ATP
Au total : 38 ATP (transparent 71)

Les enzymes de la chaîne respiratoire sont localisés dans la membrane interne de la mitochondrie
chez les eucaryotes et dans la membrane cytoplasmique chez les procaryotes. Il y a localisation
membranaire.

1.5.2. Respiration anaérobie (voir transparents).

L’accepteur est de plusieurs types :

Nitrate (NO₃¯), sulfate SO₄ ²¯, dioxyde de carbone CO₂ ou oxyde de fer Fe³⁺ (également certains
métaux) qui sont exogènes.

Cette respiration anaérobie est essentiellement faite par les archéobactéries.

Cependant, le rendement de cette respiration est TRES faibles.

1.5.2.1. Nitrate.

Deux étapes :

 Le nitrate se transforme en nitrite. Cette étape est très délicate. Le nitrite est toxique, il faut
donc diminuer l’accumulation du nitrite.
 Le nitrite est réduit en azote gazeux (DENITRIFICATION).

Bilan : 1 NO2 (nitrate) N2 (azote gazeux)

Il existe 4 enzymes qui participent à ces réactions.

De nombreuses bactéries du sol pratiquent la dénitrification. Ce qui est important pour les sols
agricoles car la dénitrification diminue la quantité d’azote dans le sol et diminue ainsi la fertilité.
Néanmoins, elle reste importante au point de vue écologique car elle permet la dépollution des sols
agricoles et des eaux usées. Il faut trouver un compromis entre les deux effets.

Parfois, la succession enzymatique ne va pas jusqu’au bout : ça s’arrête parfois au NO2 qui est
un composé à effet de serre.

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Ici, on retrouve les anaérobies FACULTATIFS : s’il y a de l’oxygène dans l’environnement, le


microorganisme fera la respiration aérobie car celle-ci a un meilleur rendement. S’il n’y a pas
d’oxygène, le microorganisme fera une respiration anaérobie.

1.5.2.2. CO2.

On retrouve des bactéries méthanogènes (archéobactéries) : Les organismes méthanogènes sont des
micro-organismes qui produisent du méthane comme sous-produit métabolique à partir de CO2 et de H2
en conditions anoxiques. Dans le domaine biologique, l'anoxie est une diminution de la quantité de
dioxygène (O2) disponible pour les tissus de l'organisme. Ainsi l’accepteur d’électrons est transformé en
méthane. Ces bactéries méthanogènes désignent la famille des anaérobies OBLIGATOIRES (stricts).

On les retrouve dans des habitats particuliers, dans des zones humides, par exemple. On remarque
parfois des bulles à la surface de l’eau, celles-ci sont liées à l’activité de ces bactéries. On les retrouve
également dans des environnements extrêmes :
- Où il fait très chaud (Geysers),
- Où il fait très froid (Groenland),
- Dans les tubes digestifs des ruminants (200-400L de méthane par jour dans la vache) 
bactéries actives !

NB1 : Les 200 dernières années : accumulation de NH4 dans l’atmosphère qui va participer au
réchauffement climatique.

NB2 : Ces bactéries sont utilisées dans des stations d’épuration (eaux usées). De plus, on recherche à
produire de l’électricité à partir du méthane.

1.5.2.3. Sulfate.

Nous avons ici des bactéries désulfovibrio = des bactéries dans le sol, dans les cours d’eau ou dans la
vase polluée.

Bilan : Sulfate Sulfure (odeur ! à cause du H2S (sulfure est réduit en H2S))

Le dépôt noirâtre = sulfure de fer produit par la bactérie. A nouveau, ces bactéries sont en anaérobie
OBLIGATOIRE. On les retrouve souvent sous des pierres, par exemple.

Il y a donc toute une gamme d’accepteurs d’électrons. Dans la nature, on s’attend à avoir un mélange
de tous ces accepteurs d’électrons. Les bactéries vont utiliser jusqu’à épuisement et en priorité :

1. O₂ : l’oxygène bloque la synthèse de certaines enzymes indispensables à la dénitrification.


Ainsi, l’O2 empêche l’utilisation du nitrate.
2. Nitrate : lorsqu’il n’y a plus d’oxygène, les bactéries utilisent du nitrate (il n’y a plus inhibition
par l’oxygène). S’il n’y a plus de nitrate, il y a utilisation des métaux (certains).
3. Métaux (ex : fer, manganèse,…)
4. Sulfate et CO₂ : les méthanogènes arrivent en dernier car ils sont anaérobie obligatoire. Ainsi,
ils peuvent se développer dès qu’il n’y a plus une trace d’oxygène.

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1.5.3. Fermentation.
L’accepteur est un intermédiaire métabolique comme le pyruvate qui est produit par la cellule =>
l’accepteur est endogène.

Dans ces cellules, il n’y a pas de chaîne de transfert d’électrons ( pas d’oxydation de NADH et de
FADH2), ni de cycle de Krebs.

On nome les fermentations selon le produit final. A partir du pyruvate, il y a 6 voies métaboliques
différentes qui permettent de faire 8 types de fermentations différentes.

Voir transparents.

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2. ANALYSE DES ANTIBIOTIQUES.


2.1. Chimiothérapie antimicrobienne.

Un agent chimio thérapeutique est une substance chimique qu’on va utiliser pour le traitement de
maladies. On va s’intéresser au cas particulier de maladies infectieuses.
 L’agent chimique pour les maladies infectieuses = substance antimicrobienne = antibiotique.

C’est en 1928 qu’Alexandre Fleming identifia le premier antibiotique (pénicilline) et cela par hasard : il
remarqua dans une culture de staphylocoques (boîte de Pétri), laissée pendant le weekend en
incubation, une moisissure. Et autour de cette moisissure, il n’y avait pas de staphylocoques qui se sont
développés. Cette moisissure est de la famille des Pénicillium (mycètes) qui produise de la pénicilline.
La spore est tombée par hasard dans la boîte et a agit contre le développement du staphylococcus.
Ainsi, en 1945, Fleming reçoit le prix Nobel pour avoir découvert la pénicilline. A la même époque,
Florey-Chain le reçoivent pour avoir purifié et produit de la pénicilline. Ce fut une révolution au point de
vue scientifique. Y a-t-il d’autres espèces de microorganisme capables de synthétiser d’autres
antibiotiques ?
Il s’en suit des recherches pour trouver d’autres antibiotiques. En 1944, Waksman identifia la
streptomycine qui est produite par la Streptomyces griseus (bactérie, procaryote). Il reçut également le
prix Nobel en 1952 pour avoir trouvé le 2ième antibiotique.
Sur le transparent, on peut voir qu’il existe plusieurs grands groupes qui produisent des antibiotiques :
les bactéries et les mycètes.

2.2. Caractéristiques des substances antimicrobiennes.

= substance produite de façon naturelle par des microorganismes.

2.2.1. Les dosages.

 La dose thérapeutique (DTh) : est la concentration requise pour le traitement clinique d’une
infection sans avoir d’effet sur l’organisme hôte. En effet, il ne faut pas endommager
l’organisme hôte lorsque la substance tue les bactéries pathogènes.
 La dose toxique (DT) : est la concentration du produit à laquelle l’agent devient trop toxique
pour l’organisme hôte.
 L’indice thérapeutique : est le rapport entre la dose toxique et thérapeutique.

Au plus cet indice est important, meilleur sera l’agent chimio thérapeutique et les effets secondaires
seront moindres. (Car DTh petit)

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2.2.2. La nature.

un antibiotique est naturel comme la pénicilline ou


synthétique car il est produit à partir de procédés chimiques. Ex : le sulfamide (en
compétition avec le substrat pour le site actif d’une enzyme). Ou encore
semi-synthétique : ce sont des antibiotiques naturel qui sont modifiés chimiquement par
l’ajout d’un groupement. Ex : la méthicilline, ampicilline, dérivé de la pénicilline.

2.2.3. L’efficacité.

Le spectre d’action qui peut être large ou étroit.


L’agent chimio thérapeutique agit sur un type microbien bien spécifique. Ex : antifongique,
antibactérien, antivirale,…

2.2.4. L’agent chimio thérapeutique :

Le suffixe –statique : pour dire qu’un agent à un effet réversible. Ce qui veut dire que si on
met par exemple un bactériostatique, la croissance de la bactérie va être bloquée mais
que si on le retire, la bactérie va recommencer à se développer.
Le suffixe –cide : pour dire que l’agent va tuer le microorganisme et les germes y compris.

Remarque : pour une même substance chimio thérapeutique, on peut avoir un effet statique sur un
microorganisme et un effet cide sur un autre microorganisme donné.

2.2.5. La concentration minimale.

CMI : Concentration Minimale Inhibitrice, c’est la concentration la plus faible d’un


antibiotique capable d’empêcher le développement d’un microorganisme précis. Ceci est
une notion importante car elle donne une idée de l’efficacité.
CML : Concentration Minimale Létale
Ou CMB : Concentration Minimale Bactéricide, c’est la plus faible concentration capable
de tuer le microorganisme.

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2.3. Mécanisme d’action des antibiotiques.


2.3.1. Inhibiteurs de la synthèse de la paroi de la bactérie.

A. Les PENICILLINES utilisent ce mécanisme en agissant sur la synthèse des


peptidoglycanes.

Liaison amide
Cycle β-lactame

Il y a de plus en plus de résistances aux antibiotiques. C’est dû au fait que les bactéries
produisent une enzyme, la β-lactamase capable d’hydrolyser la liaison amide du cycle β-
lactame (cycle inactivé) que possèdent les pénicillines. Mais les antibiotiques semi-
synthétiques faits à partir de la pénicilline (méthicillines) vont être moins sensibles à
l’enzyme.
Les pénicillines sont considérées comme les antibiotiques les moins toxiques néanmoins 1
à 5% des gens sont allergiques à la pénicilline. Il faut donc donner des autres antibiotiques
ayant le même type de réaction = CEPHALOSPORINES.
B. Les céphalosporines possèdent aussi ce cycle β-lactame, ce qui les rend proche des
pénicillines au point de vue de la structure. Cet antibiotique est également naturel et
provient d’un autre mycète : le cephalosporium.
C. La VANCOMYCINE est un antibiotique donné lorsqu’il y a résistance face à une grande
gamme d’antibiotiques. C’est le dernier recourt !
D. L’AUGMENTIN est un antibiotique constitué d’une pénicilline particulière, appelée
ampicilline, combiné avec de l’acide clavulanique. C’est une molécule capable d’inhiber la
β-lactamase ; il n’y a donc plus de résistance.  AB + inhibiteur de résistance.

2.3.2. Inhibiteurs de la synthèse de protéines pathogènes.

Certains AB viennent se lier aux ribosomes des cellules infectieuses et inhibent ainsi la
synthèse de protéines pathogènes.
A. AMINOGLYCOSIDES (ex : streptomycine). Ce type d’antibiotique est
assez toxique pour l’organisme et efficace sur les bactéries GRAM -.
B. TETRACYCLINE est important car il agit sur les mycoplastes (= bactéries
qui n’ont pas de paroi).
NB : les AB précédents qui inhibent la paroi n’ont pas d’effet sur les
mycoplastes. D’où l’importance de savoir quel antibiotique lutte contre
quel microorganisme pour ca on peut regarder dans l’antibiogramme (voir

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Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

TP). Il est également nécessaire de savoir à quel type de bactéries on a


affaire lors d’une infection pour l’utilisation du bon AB.
C. CHLORAMPHENICOL
Ils se mettent lors de la liaison peptidique pour empêcher la formation de chaînes.

2.3.3. Les antimétabolites.

Les SULFAMIDES (=inhibiteurs compétitifs) vont bloquer une voie métabolique en entrant en
compétition avec le substrat pour le site actif de l’enzyme qui intervient dans la synthèse de l’acide
folique, précurseur de la synthèse des purines et des pyrimidines. Ce sont des bases d’acides
nucléiques (ADN, ARN,…). L’homme ne produit pas d’acide folique donc les sulfamides sont très peu
toxiques pour lui (indice thérapeutique élevé).

2.3.4. Inhibiteurs de la synthèse des acides nucléiques (ARN, ADN,…)

Les QUINOLONES : substances qui vont bloquer l’ADN gyrase = enzyme qui intervient dans la
réplication et la réparation de l’ADN. (Fonctionne sur la forme végétative de l’anthrax quand on en a
inhalé (beaucoup parlé en 2001 lors des attentats car possibilités d’attaques bios terroristes), sur les
infections urinaires et sur les maladies sexuellement transmissibles).

2.3.5. Destructeurs de la membrane cellulaire.

C’est un mécanisme relativement simple.


L’antibiotique vient se fixer sur la membrane cellulaire ce qui va perturber la structure et la perméabilité
de la membrane : la cellule va alors lyser. Ex : polymyxine B

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Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

2.4. L’efficacité des substances antimicrobiennes


2.4.1. Transport jusqu’au site d’infection

L’antibiotique doit arriver jusqu’au site d’infection mais il peut être bloqué par un caillot sanguin, absorbé
par les tissus voisins de l’infection ou être dans un fluide biologique qui n’arrive pas jusqu’à l’infection.
Donc la voie d’administration à de l’importance :
Voie orale : ce n’est pas le plus efficace car dans l’estomac, le milieu est acide et l’acidité
de l’estomac peut inactiver l’effet de l’AB.
Injection intramusculaire ou intraveineuse.
Pommade : traitement local essentiellement lorsque l’antibiotique est toxique.

2.4.2. Cocktail d’antibiotique.

Ex : l’augmentin qui est composé d’ampicilline et d’acide clavulanique (pour éviter l’apparition de
résistance).

2.4.3. Concentration.

Assez important pour qu’il y ait une action, une efficacité suffisante.

2.5. Mécanismes de résistance des bactéries vis-à-vis des antibiotiques.

1. Empêchement de l’entrée de l’antibiotique dans les cellules microbiennes. La bactérie va


diminuer la perméabilité vis-à-vis des substances solubles.
2. Expulsion de l’antibiotique (l’antibiotique est rentré dans la cellule bactérienne) hors de la
cellule. Il existe des systèmes de transports non-spécifiques : pompes de résistance
multidrogue (antiport drogue/proton). A chaque fois que la bactérie va expulser l’antibiotique,
des protons vont entrer dans la cellule (il y a un échange).
3. Modification chimique de l’antibiotique afin de l’inactiver. Des cas bien connus :
- Cas de l’enzyme β -lactamase qui va hydrolyser le noyau β -lactame des pénicillines
(destruction de l’antibiotique).
- Cas du chloramphénicol acétyltransferase (modification de l’antibiotique)
4. Modification de la cible de l’antibiotique. Exemple :
- Les antibiotiques peuvent reconnaitre les ribosomes et ainsi bloquer les synthèses dans la
cellule. => la bactérie peut modifier les ribosomes et les antibiotiques ne les reconnaissent
plus. Pour modifier les ribosomes, il faut modifier l’ARN ribosomiale.
- Modification de la paroi, modification des structures chimiques du peptidoglycane de la
paroi. => l’antibiotique ne reconnait plus sa cible. Il n’y a donc pas d’action.
5. Utilisation d’une autre voie que celle utilisée par l’antibiotique. Exemple :
Les sulfamides inhibent la synthèse de l’acide folique => les sulfamides agissent comme
inhibiteurs compétitifs. La bactérie, au lieu de se développer à l’acide folique, elle va bloquer la

17
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

synthèse, elle va court-circuiter cette voie pour piéger l’antibiotique. Et la bactérie va aller
chercher l’acide folique dans son milieu de culture.

 La bactérie s’habitue à l’antibiotique et au cours du temps va développer des


mécanismes de résistances.

2.5.1. Quelles sont les origines de ces mécanismes ? Comment créer cette résistance ?

1. Mutation.
Les mutations apparaissent de façons spontanées. Il y a création de cellules qui vont présenter un
avantage sélectif. Dans une culture de 107 cellules, toutes vont mourir face à l’antibiotique sauf une
qui va se développer car elle est devenue résistante suite à une mutation. Apres X temps (X
générations), la cellule devient une culture de cellules qui seront toutes identiques et résistantes.

2. Apparition de gènes résistances :


- Gènes qui codent pour β-lactamase
- Gènes qui codent pour chloramphénicol acétyltransférase

Ces gènes se trouvent généralement sur :


- Un plasmide que l’on appel plasmide R (plasmide de résistance).
NB : le plasmide peut se répliquer indépendamment et parallèlement des chromosomes.
- Des TRANSPOSONS = molécules d’ADN mobiles. Elles se déplacent sur un chromosome et
peuvent s’insérer à différents endroits de celui-ci.

Ces éléments génétiques mobiles peuvent être transférés d’une espèce à l’autre. Danger car la
résistance peut être facilement transmise d’une espèce à l’autre.
 Impacte de l’abus des antibiotiques : il faut prendre des antibiotiques quand cela est
nécessaire, sinon, il y a apparition de résistances. Il existe des souches bactériennes qui ne
réagissent plus à l’antibiotique.

2.5.2. Point de vue pratique.

Pour éviter que les cellules par mutation deviennent résistantes :


=> Il faut augmenter la concentration en antibiotique pour éliminer les cellules résistantes car les
mutations sont généralement uniques.
=> On peut donner plusieurs antibiotiques en même temps. Si une cellule bactérienne devient
résistante pour un antibiotique, il y aura les autres antibiotiques pour la combattre. La probabilité qu’une
cellule devienne résistante aux 3 antibiotiques en même temps est très faible.

18
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

2.5.3. Point de vue recherche.

On ne trouve plus de nouveaux antibiotiques, on demande donc aux chercheurs :

1. D’aller chercher dans des séries d’environnements, d’écosystèmes différents. On parle


alors de criblage (screening) = techniques visant à étudier et à identifier des molécules
aux propriétés nouvelles, biologiquement actives.

 la métagénomique : étude de tous les gènes contenus dans les écosystèmes. Les
chercheurs travaillent sur des microorganismes viables mais non cultivables. Dans
un environnement 99% des microorganismes ne sont pas cultivables. C’est une
proportion extrêmement importante. On ne connait pas la plus part des
microorganismes. Le but maintenant, il faut essayer de tirer profit de leur présence
et de comprendre leurs fonctionnalités. Il faut voir si parmi les 99% il n’y a pas
synthèse de nouvelles molécules pouvant avoir des vertus antimicrobiennes.
Comment ?
a) On isole l’ADN microbiens.
b) Cloner l’ADN dans un vecteur (dans un plasmide) recombinant.
c) On incorpore ces vecteurs recombinant qui contienne l’ADN étranger dans une
cellule.
d) Expression de l’ADN étranger : on permet à cette ADN de s’exprimer (transcription +
traduction) par le biais d’une cellule hôte (souvent E. coli)
e) On regarde si on trouve un ADN capable de produire une protéine ou un peptide
antimicrobien (voir transparent). Tout autour de la cellule hôte on voit une absence
de microorganismes pathogènes (= cercle d’inhibition de croissance). Ca veut dire
que l’ADN introduit dans cette cellule hôte produit des peptides à activités
antimicrobiennes.

2. A partir de programmes bioinformatiques, de concevoir des molécules de façons


rationnelles qui vont aller s’adapter à une cible au niveau de la bactérie. Le but étant de
perturber la bactérie pour aller la détruire.

Ils travaillent à la fac sur des peptides cationiques qui vont venir s’insérer dans la
membrane des cellules et vont complètement désorganiser cette membrane =>
destruction de la membrane + entrée de l’antibiotique.
On peut concevoir des inhibiteurs, des pompes multidrogues. On bloque ici le
transport et donc empêche la réjection des antibiotiques.

3. D’utiliser des virus qui affecte la bactérie = bactériophage. Ces virus pourraient éliminer
des bactéries devenues résistantes à des produits chimiques.

19
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

Il faut aussi trouver des substances qui ont un effet contre les microorganismes autres que les
bactéries.

2.5.3. Substances antifongiques

Les substances qui attaquent les champignons eucaryotes pourraient attaquer les cellules animales qui
sont également eucaryotes.
Ce sont des substances agissant sur la paroi des champignons = substances antifongiques. Nous
n’avons pas de paroi donc, il n’y a aucun effet sur nous.

2.5.4. Substances antivirales

Il n’est pas facile d’éliminer les virus sans toucher à la cellule hôte. Pendant longtemps, il y eu des
recherches sur quelque chose bloquant des enzymes spécifiques des virus ou bloquant le métabolisme
particulier du virus. Exemple de substances antivirales :
- Celles qui inhibent la pénétration du virus dans la cellule hôte
- Celles qui inhibent la transcriptase inverse (vrai pour les rétrovirus) : empêche le double
brin.
- Celles qui inhibent des enzymes. Il existe des inhibiteurs de protéase car certains virus
produisent des protéines sous forme d’un grand polypeptide = précurseur. Tant que le virus
a un gros polypeptide, il n’y a pas d’effet. Il faut que la protéase coupe pour mettre en
route. Exemple : virus du sida. Un inhibiteur est le TAMIFLU (pour ne pas avoir la grippe)
qui correspond à un inhibiteur d’un enzyme qui est la NEURAMINIDASE = enzyme qui va
hydrolyser l’enveloppe de la bactérie. C’est l’enzyme qui permet aux virus d’entrer dans la
cellule.

2.5.5. Substances antiprotozoaires (Souvent parasites : Malaria)

Ces substances agissent au niveau de l’inhibition de la synthèse des substances nucléiques ou au


niveau de la synthèse des protéines. Néanmoins, il y a des effets secondaires très important. Il faut faire
un choix entre les effets de l’antiprotozoaire ou de l’effet des protozaires.

20
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

3. INTERACTIONS DES MICROORGANISMES.

Les microorganismes ont rarement une vie indépendante. Il peut y avoir des interactions entre
microorganismes mais aussi avec leur habitat (qui peut être un pluricellulaire : plantes, êtres humains,
animaux,…). On va retrouver une COMMUNAUTE = un ensemble de microorganismes qui constitue et
qui colonise un habitat (microflore). La microflore va trouver un équilibre dans un habitat.

On distingue les ECTOSYMBIOTES des ENDOSYMBIOTES.

Ectosymbiote = organisme qui peut s’installer à la surface d’un autre organisme. => reste externe l’un à
l’autre.
Endosymbiote = organisme qui peut s’installer dans un autre organisme.

SYMBIOSE = vie en commun de deux organismes différents et chacun d’eux va s’appeler SYMBIOTE.
CONSORTIUM = association physique de 2 organismes différents qui est généralement bénéfique aux
deux partenaires ou + (terme + général).

NB : Les interactions ne sont pas toujours entre deux partenaires. Cependant, à la suite du cours, on ne
considérera que 2 partenaires pour faciliter la compréhension.

Il y a 7 cas différents de symbiose. Toutes ces associations physiques peuvent être : permanente,
temporaire et physique.

3.1. Le mutualisme

= Symbiose dans laquelle les 2 partenaires profitent de l’association et sans laquelle ils ne peuvent
survivre => symbiose obligatoire.

Microorganismes du rumen des ruminants. Ils profitent d’un milieu stable, chaud et
d’éléments nutritifs en abondance. Ils permettent à l’animal de digérer la cellulose contenue
dans la matière végétale ingérée. Les microorganismes sont capables de dégrader la
cellulose en molécules plus simples et ces molécules vont être absorbées, assimilées par
l’animal. Comment ça se passe ?
Il y a deux phases :
o Les bactéries vont dégrader la cellulose en D-glucose (cellulase extracellulaire de la
bactérie). Les molécules D-glucose vont être transformées (fermentation
anaérobiose) en acétate, en butyrate et en proprionate. Ces 3 molécules organiques
vont constituer une source d’énergie pour le ruminant. (Pour le kangourou, ça
s’arrête ici ; il n’y a qu’une étape)
o Chez les bovins, il y a une deuxième étape. L’acétate va être transformé en
méthane + CO2.

Acétate  CH4 + CO2 (bactéries méthanogènes)


21
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

Quel est l’avantage pour l’animal de la deuxième étape ? Les bactéries


méthanogènes produisent des VITAMINES pour l’animal. Les microorganismes
dans le rumen sont tellement actifs qu’ils vont apporter des vitamines et des acides
aminés importants. Ainsi, les microorganismes vont augmenter la valeur nutritive de
l’herbe.

NB : 200-400Lde gaz/jour pour un bovin.

Dans un rumen : 1012 microorganismes/ml => la flore microbienne est extrêmement


importante et active !

Insectes et microorganismes. Les insectes se nourrissent de sève végétale ou de fluide


animal, mais souvent, c’est pauvre en vitamines et en acides aminés. Les microorganismes
en symbiose avec l’insecte vont enrichir la nourriture et ils vont en échange profiter de
l’environnement stable et de l’abondance de nourriture. (ex. : puceron avec la bactérie
Buchnera)

Cas des termites (dans bois) se développant avec des protozoaires flagellés. Ces insectes
mangent du bois. Il y a donc un apport de cellulose qu’ils ne peuvent digérer. Les
protozoaires vont digérer la cellulose et produire de l’acétate qui va être métabolisé pour
produire de l’énergie.

Plantes (légumineuses) et microorganismes. (fixation de l’azote. Voir partie 1 de la


Microbiologie)

3.2. La coopération.

Interaction positive et non obligatoire entre 2 organismes différents. Ces 2 organismes peuvent très
bien vivre l’un sans l’autre. On peut différencier la coopération et le mutualisme par l’association non
obligatoire.
Dans les profondeurs marines plus précisément dans des zones hydrothermales
chaudes, à 2 km de profondeur dans l’Océan Pacifique, vivent des vers de Pompéi.
Ceux-ci vont avoir des bactéries filamenteuses qui vont se développer sur leur dos.
Elles vivent grâce aux cellules mortes de la peau du ver. De plus, elles permettent une
protection de la surface du ver contre les hautes teneurs en métaux. En échange, les
bactéries profitent des éléments nutritifs sur la surface. Néanmoins, les bactéries et le
ver peuvent se développer sans cette intérection.

22
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

3.3. Le commensalisme.

Une symbiose où un individu tire profit mais l’autre n’est ni lésé ni avantagé. C’est un processus
unidirectionnel.

Commensal Hôte

Production de déchets par un organisme et qui sont utilisés par un autre


microorganisme pour se nourrir. C’est le cas dans la nitrification. Dans la nitrification, le
NITROSOMONAS est capable d’oxyder des ions ammoniums en nitrite. À côté d’eux, il
y a des NITROBACTERS qui vont se développer que grâce à la présence du nitrite qui
sera changé en nitrate. Les nitrobacters ont l’avantage car ils profitent de la production
de nitrite des nitrosomonas.
Un microorganisme est capable de modifier un environnement, ce qui permet à
d’autres microorganismes de se développer. E. coli qu’on retrouve dans les intestins
des mammifères est anaérobie facultative. Celui-ci va consommer tout l’oxygène et
ainsi permettre aux bactéries anaérobies obligatoires, tel que les bactéroïdes, de se
développer. E. coli favorise juste l’installation des symbiotes dans l’intestin. Il n’y a
aucun avantage pour les E.
Des microorganismes colonisent des organismes supérieurs tels que le corps humains,
surfaces des plantes, etc. Certains microorganismes se développent grâce aux volatils
(composés organiques) que le corps rejette (odeur quand il y a beaucoup de
microorganismes qui se sont développés grâce à la transpiration, manque d’hygiène.)
Ce sont des microorganismes commensaux, inoffensifs mais qui peuvent devenir
pathogènes lors de variations de l’environnement tel qu’une blessure. Dans ce cas, le
sang devient le nouvel environnement. Les microorganismes vont créer un abcès.

Le SYNTROPHISME est un terme qui est utilisé pour parler de commensalisme et de coopération :
Interaction ou relation syntrophique est une association où la croissance d’un organisme est améliorée
grâce à des nutriments fournis par un microorganisme qui se développe à proximité. Parfois, les 2
organismes peuvent en tirer profits.

3.4. La prédation (voir transparent 95)

L’espèce prédatrice attaque une proie et habituellement la tue. Elle est capable de se déplacer
(mobile !) pour aller chasser sa proie.  Microorganisme CHASSEUR.
Il va rentrer en collision avec sa proie (qui est souvent gram -) ce qui provoque un trou dans la paroi du
microorganisme. Il pénètre dans l’espace périplasmique (entre la paroi et la membrane) et s’y
développe, se multiplie ce qui cause la lyse de la cellule hôte.
Actuellement, on n’a pas encore trouvé de cellule résistante à la prédation. De plus, les
microorganismes chasseurs n’attaquent pas les cellules animales. Cela donne beaucoup de pistes de
recherches et c’est très important vu la résistance aux antibiotiques de plus en plus important.

23
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

Ex : vampirococcus.
Ils sont très importants pour l’équilibre d’un écosystème car ils servent de régulateur pour maintenir cet
équilibre créé par l’interdépendance entre les microorganismes.

3.5. Le parasitisme.

Relation entre 2 organismes où l’un des 2 tire profit et habituellement, l’hôte est lésée.
Coexistence entre l’hôte et le parasite mais parfois il peut y avoir perturbation de la coexistence due à la
mort du parasite ou de l’hôte. Si le parasite est composé de beaucoup de cellules, il peut parasiter un
autre hôte.
Le lichen : association entre un champignon et une algue verte. Celle-ci peut vivre
seule mais sera moins protégée contre les excès de lumière. On parle quand même de
parasitisme parce que le champignon utilise quasi la totalité des nutriments (tous les
glucides de l’algue) que produit la photosynthèse de l’algue.

3.6. L’amensalisme.

Relation qui va décrire des faits négatifs que fait un microorganisme sur un autre.  Unidirectionnel.
Antibiotique produit par un microorganisme qui va tuer un autre microorganisme.
Peptides antimicrobiens ou bactériocines (différent des AB) : petites protéines (max 20-
60 aa alors qu’une protéine normale : 200 aa) qui ont une activité antimicrobienne.
Peuvent être produites par tous les organismes.
Ex : la nisine qui est produite par Lactococcus lactis. C’est un conservateur qu’on utilise
pour le fromage ou dans les boîtes de conserve. Cela inhibe la croissance d’autres
microorganismes.

3.7. La compétition.

Interaction entre 2 organismes qui essaient d’utiliser les mêmes ressources tels que les nutriments ou
l’espace où ils se développent etc. C’est un type d’interaction le plus fréquent. Suite à cette compétition,
il va y avoir un microorganisme prépondérant.

24
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

4. PROBIOTIQUES ET PREBIOTIQUES.

Commençons par comprendre ce qu’est la flore intestinale.

4.1. La microflore de l’être humain.

On retrouve des microorganismes sur toutes les parties du corps qui sont en contact avec l’extérieur,
tels que la peau, la bouche, etc. Donc, dans le cerveau, dans le cœur, dans le sang, etc. il n’y a pas de
microorganismes lorsque le corps est sain. Par contre, dans les intestins, on y retrouve une multitude
de microorganismes, soit µorg /gr de selles. Ce qui est énorme ! Une récente étude dit qu’on ne
connait que 20% des microorganismes présents dans les intestins car les autres sont non cultivables.

Au niveau des intestins, on considère qu’il y a 100 fois plus de gènes que dans le génome humain. La
quantité d’informations génétiques est liée à la densité de la population de microorganismes.

Leurs rôles :
Synthèse de vitamines
Dégradation de polymères alimentaires complexes
Intervention de manière importante au niveau immunitaire

+ Transparent n°96.

4.2. Les prébiotiques et les probiotiques.

Les prébiotiques et les probiotiques permettent le maintient de l’équilibre de la microflore intestinale.

4.2.1. Les Probiotiques.

Voir transparent n°97


On retrouve des Lactobacillus casei dans le yakult et l’actimel.
Dans le yoplait on retrouve des bifidobacterium lactis.
Dans l’activia on retrouve des Bifidobacterium.
Les probiotiques améliorent l’assimilation de lactose, peuvent également diminuer l’acidité du tube
digestif, ont une propriété anti tumoral… Ils rétablissent la balance microbienne qui globalement va
restaurer l’état de santé de l’individu.
Saccharom yces boulardii, un vieux probiotique qui est un anti-diarrhéique qu’on retrouve dans le
Pérentérol et l’Entérol.

25
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

4.2.2. Les Prébiotiques.

Voir transparent n°98.


C’est un supplément alimentaire qui a un effet positif et qui est non digestible car il doit être métabolisé
par des microorganismes de l’intestin et pas par des cellules de l’intestin même. Ce ne sont donc pas
des microorganismes mais des éléments comme des oligosaccharides.

26
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

5. GÉNÉTIQUE MICROBIENNE (LIÉE À LA GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE)


5.1. D’où vient la variabilité des microorganismes ?
5.1.1. Matériel génétique

Il faut parler du matériel génétique : ADN, ARN (acide ribonucléique apparenté à l’ADN), les protéines
et les enzymes qui sont les outils. Ce sont trois entités importantes dans la cellule.
Il faut des transmissions des gènes par des processus cellulaire ou il y a besoin des protéines. Le
DOGME CENTRALE = relation entre ces trois entités ; relie la mémoire (ADN) et ses outils (protéines et
enzymes).
ADN
Transcription

ARNm m = messager
Traduction

Protéines - Enzymes

L’ADN est subdivisée en sous unités = gènes. Et ces gènes codent pour des protéines. Lorsque l’on dit
qu’il y a « expression d’un gène », ca veut dire qu’a partir de ce gène, il y a synthèse de la protéine.

L’ARNs = ARN de transfert & ribosomique qui interviennent dans la traduction : 5% d’ARNm, 80%
d’ARNr et 15% d’ARNt.

Le gène a une sous unité (unité de base) = nucléotide.


Le nucléotide est composé de trois grandes parties :
Désoxyribose
- Un groupement phosphate relié à
Phosphate Sucre
- Un sucre lui-même relié à
- Une base azotée.
Base azotée

Les 4 bases azotées (4 nucléotides) sont :


1. Adénine
2. Guanine
A T
3. Thymine Purines Pyrimidines
G (C
4. Cytosine
U
)

27
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

Entre les nucléotides se forme les liaisons phosphodiester.

L’ADN est double brin = deux chaines côte à côte.


L’ARN (molécule pour réécrire l’ADN) est différent de l’ADN.
- Le sucre pentose est un ribose (pour l’ADN, c’est un désoxyribose) par contre, le groupe
phosphaté est identique.
- Les 4 bases sont l’adénine, la guanine, la cytosine et l’uracile (qui a remplacé la thymine).
- L’ARN est composé d’une seule fibre contrairement aux deux chaines de l’ADN.
Le double brin est lié grâce à des liaisons H entre les nucléotides. Mais attention, pas n’importe
comment. C G 3 liaisons H

A T 2 liaisons H

2 brins complémentaires. Il y a appariement entre les nucléotides.

Chez les archées l’ADN est sous forme circulaire, surcompacté ou surenroulé.
Chez les bactéries, l’ADN est linéaire et souvent lié à des protéines.
Chez les eucaryotes, l’ADN est sous forme de chromatine. La chromatine = l’ADN lié avec des
protéines appelées histones.

Histone H1
H2 A
H2 B
Forment des octamères
H3
H4

H1 se lie sur la partie de l’ADN qui n’est pas enroulée sur l’octamère. Ce qui permet à la chaine de se
compacter encore plus. Ça représente plus ou moins un solénoïde (découvert il y a peu de temps). Une
fois que c’est bien compacté, les chromosomes apparaissent.

Il y a besoin d’un décodage pour faire des protéines à partir de la transcription de l’ADN et de la
traduction de l’ARN.
ADN=4 nucléotides différentes (il y a différents langages)

28
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

Protéines = 20 acides aminés différents. (Pas étudier le transparant des bases correspondante aux
a.a.)
Le code = le code génétique.

Suite de ADN = triplet ACG TTA …

Triplet = 1 codon
43 = 64 possibilités a.a.

Nucléotides Triplet =>3 manières d’arranger

5.1.2. Acide aminé au niveau des protéines.

Les protéines et les enzymes sont composés de 20 acides aminés différents qui forment leur structure
primaire. On a donc 64 possibilités de triplets et 20 acides aminés, il y a donc redondance.
Pour un acide aminé, plusieurs codons différents y correspondent.
Ex :
Sérine possède 6 codons différents
Méthionine en possède 1 ATG
Il faut aussi 1 codon stop (pour signaler qu’on est à la fin) TAA, TAG et TGA.

Il y a donc 61 codons qui correspondent aux 20 acides aminés. Ce phénomène est appelé la
DÉGÉNÉRESCENCE (plus de codon que d’acide aminé) du code génétique.
On peut maintenant expliquer notre variabilité des microorganismes.
S’il y a modifications au niveau de l’ADN ou au niveau des protéines, il y a donc évolution.

5.2. Comment l’ADN peut elle être modifiée dans une niche écologique ?

5.2.1. Mutation

Modifications chimiques permanentes et héréditaires => elles persistent au niveau de l’ADN.


Il y a donc formation de nouvelles cellules, de nouveaux microorganismes ou de nouveaux
fonctionnements.

Il existe des mutations ponctuelles (1 nucléotide change)


- Modification (un nucléotide est remplacé par un autre)
- Délétion (un nucléotide est supprimé)
- Insertion (un nucléotide est ajouté)
Il peut aussi avoir des macrolésions (plus de 1 nucléotide est changé)
- Modification
- Délétion
- Insertion

29
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

Ces mutations peuvent être soit


- Spontanée : dues aux erreurs de la machinerie lors des processus de reproduction
cellulaire. Il existe aussi une machinerie pour corriger ces erreurs mais malgré cela il y a
quand même une erreur tous les 1010 nucléotides lors de la réplication.
- Induites : agents chimiques, physiques (UV, Rx), …
-
Les transposons sont des éléments génétiques mobiles
Les agents chimiques ont souvent effet sur la base azotée du nucléotide
 Appariement différents entre les 2 fibres
Il existe beaucoup d’agent INTERCALANTS (ils s’installent entre les 2 fibres d’ADN)
 Déstructure la double hélice d’ADN.

5.2.1.1. Les mutations ponctuelles

- Silencieuses
On change un nucléotide par un autre mais l’acide aminé est identique à cause de la
dégénérescence du code génétique. Il y a modification de l’ADN mais pas de la protéine.
- Faux-sens
Modification du nucléotide, le triplet ne correspond plus au même acide aminé.
Il y a donc changement au niveau de la protéine. Il peut y avoir de graves conséquences.
-la protéine ne fera pas ce pour quoi elle était destinée car la structure 3D aura changé
-peut affecter un site actif (ou substrat vient se fixer) de l’enzyme.
- Non-sens
Changé un codon stop. La protéine sera finie plus tôt. Il n’y a qu’un morceau de la protéine. On
a donc une protéine tronquée qui ne saura pas faire ce qu’elle aurait dû. Il y a donc une
déstructuration et modification de la cellule.
- Déphasage
Il y a un déphasage du cadre de lecture. Elle se produit quand il y a une délétion ou une
insertion.
a-a1 =/
Il y a des conséquences dramatiques : les acides aminés seront complètements différents. On
aura donc une protéine complètement différente.
Simple modification parmi des milliers mais une grande importance.

5.2.1.2. Mutations létales

Il existe des mutants très particuliers, les mutations létales.


Ces mutations provoquent la mort. Elles ne sont pas faciles à étudier car pendant qu’une cellule est
morte, on ne sait rien en faire, surtout pour étudier son cycle cellulaire.
On va alors travailler avec des mutations conditionnelles.
On crée des mutations qui s’expriment sous certaines conditions (souvent la température).
À haute température mutation s’exprime ex 37°C
À basse température ωt ex 23°C

30
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

On prend une fiole avec une culture, on la met dans un état normal. Puis on prend des cellules de la
culture et on les met dans l’étuve. Les mutations s’opèrent et les cellules s’arrêtent.
On regarde alors ce qui a changé à sa croissance (car les cellules sont grandes mais arrêtées.
Comment la mutation affecte la croissance ?).

5.2.1.3. Les mutants de résistance

À substances chimiques, à antibiotiques (voir chapitre précédent).

5.2.1.4. Les mutants d’auxotrophie

L'auxotrophie est l'incapacité d'un organisme vivant de synthétiser un composé organique nécessaire
à son développement. Un auxotrophe est un organisme qui est caractérisé par ce défaut. Pour l'inverse,
on parle de prototrophie.
La mutation affecte donc le métabolisme de biosynthèse. Il y a une incapacité à synthétiser 1 élément
nutritif essentiel comme a.a., N, vitamines,…
Comment repérer cette mutation ?
Il faut faire croitre le mutant sur 1 milieu dépourvu de cet élément et voir s’il sait se développer.
Annexe 107.

Cfr transparant « mise en évidence d’auxotrophie ».

5.2.2. Transfert de matériel génétique entre microorganisme (d’une cellule à l’autre)

Les gènes peuvent être transférer d’une cellule à l’autre.


Il y existe 3 moyens :
- Conjugaison
- Transformation
- Transduction

5.3. Test d’Ames. (transparent n°110)

Ce test consiste à déterminer si des substances sont cancérigènes ou pas. C’est un test qui est réalisé
pour savoir si une substance va pouvoir être utilisée sur le marché alimentaire mais aussi dans tout ce
qui est dans notre environnement. On va regarder si les substances ont un pouvoir mutagène
(capacité de modifier un gène).
L’étude se base sur des microorganismes : on utilise des microorganismes pour voir si la substance
qu’on étudie est capable de faire muter.
On va se baser sur l’étude d’une bactérie, Salmonella typhimurum. Elle présente une auxotrophie à
l’histidine (elle est donc incapable de synthétiser l’histidine qui est un élément essentiel).
On va placer cette bactérie dans un milieu de culture qui ne contient pas d’histidine et la substance
qu’on veut tester. On regarde alors s’il y a des mutations qui suppriment l’auxotrophie histidine, c’est ce
qu’on appelle une mutation réverse.

31
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

Grâce à cette mutation, les cellules de Salmonella vont pouvoir se multiplier « comme des sauvages »
(=révertants :organisme résultant d'une réversion (deuxième mutation qui restaure une fonction annulée
par une première mutation).(Syn.: mutant réverse, mutant inverse).). On va estimer la dangerosité de la
substance au nombre de cellules qu’on va pouvoir compter sur la boîte de Pétri.
De plus, on rajoute un extrait de foie de rats qui contient des enzymes pour tester l’activation
métabolique de la substance sur le corps humain.
NB : Quand on ingère une substance, elle va d’abord dans le foie où elle va être transformée. La
substance peut alors devenir cancérigène.

5.4. Le transfert génétique horizontal.

Entre 2 microorganismes, il peut y avoir un transfert de gènes d’une cellule donneuse vers une cellule
réceptrice. Ces 2 cellules ne doivent pas nécessairement être de la même espèce. Ce transfert d’ADN
va provoquer un changement de comportement de la cellule. L’ADN qui est transféré s’appelle l’ADN
exogènote et il peut soit rester sous la forme plasmide, extrachromosomique dans la cellule réceptrice
soit s’intégrer au chromosome de la cellule réceptrice, qu’on appelle l’ADN endogénote. (Transparent
n°111)
Exemples :
- Le bio film : les cellules sont en contact et s’échangent des gènes ce qui provoque un
changement de comportement de la part des cellules composant le bio film.
- La résistance aux antibiotiques peut passer d’une cellule à une autre ce qui pose
problème point de vue médical.

Il existe 3 façons de transférer de l’ADN :


o La conjugaison
o La transformation
o La transduction

5.4.1. La conjugaison.

Voir transparent n°112


Il faut un contacte physique entre les 2 cellules.
Il y a des cellules donneuses, fertiles F⁺ et des cellules réceptrices, non fertiles F¯. Les cellules fertiles
possèdent un facteur F que les autres n’ont pas. Le facteur F est un ensemble de 100kb = 100 000
paires de bases qui code pour former un pilus sexuel.(1950)
a) Le croissement F⁺ x F¯ :
Le facteur F est ici sous la forme plasmide (ADN extra-chromosomique). La cellule
donneuse produit un pilus sexuel = pilus F qui va s’accoler à la cellule receveuse. Il va
alors y avoir réplication du facteur F durant la sécrétion du pilus. Il y aura ensuite transfert
d’un facteur F vers la cellule F¯ qui devient une cellule F⁺. Le facteur F contient un
ensemble de gènes codant pour des protéines qui constituent le pilus sexuel et contient
également l’information génétique nécessaire pour le tansfert d’ADN.

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Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

b) Le croissement Hfr x F¯ : Haute fréquence de recombinaison


C’est lorsque le facteur F est intégré dans le chromosome de la cellule donneuse qu’est
utilisé ce croissement. C’est tout le chromosome qui est répliqué lorsque le pilus F est en
contact avec une autre cellule.
Mais cela met beaucoup de temps pour faire la réplication (100min chez Escherichia coli),
il y a souvent qu’une partie de l’ADN qui est transféré. C’est que lorsque le facteur F est
passé qu’on peut dire que la cellule réceptrice est devenue F⁺. Il y a recombinaison des 2
ADN par crossing over (= échange entre 2 molécules d’ADN qui présentent une certaine
similitude, recombinaison homologue. Ce n’est pas simple du point de vue technique : fait
appel à des enzymes = endonucléase qui coupe l’ADN). Il y a donc un échange physique
entre 2 parties qui ont une séquence proche. Des gènes de la cellule réceptrice seront
donc perdus au profit des gènes de la cellule donneuse.
On utilise cette méthode pour identifier les gènes des génomes des microorganismes.
(Transparent n°113). On peut constater qu’au fur et à mesure qu’un marqueur est
transféré dans la cellule réceptrice, il y a synthèse de nouvelles substances. On fait donc
plusieurs tubes et on rompt le transfert (secouer fiole) après un lapse de temps différent
pour savoir à quoi correspondent les gènes.
c) Le croissement F’ x F¯
Pour des raisons extérieures liées à l’environnement le facteur F est excisé du
chromosome. Néanmoins, il n’est pas découpé juste à ses extrémités. Il emporte des
gènes de la bactérie  Le facteur F devient facteur F’. Il va y avoir transfert du facteur F
et d’un morceau d’ADN supplémentaire par le pilus sexuel vers la cellule réceptrice.
(Transparent n°114).

Tous ces mécanismes de conjugaison ont été étudiés chez Eschérichia coli qui est un gram - .
Actuellement, on connait mal le mécanisme chez les gram +, on sait néanmoins qu’il n’y a pas de pilus
mais que le transfert se fait à l’aide de protéines qui permettent l’adhésion.

5.4.2. La transformation.

De l’ADN peut se retrouver dans le milieu suite à la lyse d’une cellule. La transformation consiste à
l’absorption de cet ADN. Il va être intégré dans le chromosome ou être sous la forme plasmide. Les
cellules qui font la transformation sont appelées des cellules compétentes. Chez les gram+, surtout
chez les Bacillus, cela se fait de façon naturelle alors que ce n’est pas naturel chez les gram -. On peut
les rendre compétents artificiellement de 2 manières différentes :
o Les placer dans un champ électrique assez important que pour déstructurer la
membrane et créer des pores de façon temporaire  électroporation. Si on arrête
le champ électrique, la membrane reprend sa structure habituelle.
o Les plonger dans du CaCl2 qui va rendre la membrane perméable : trous
permettant le passage de l’ADN étranger.

33
Note de Microbiologie : Deuxième Partie.

5.4.3. La transduction.

La transduction est le transfert d'un ADN bactérien partiel d'une cellule à une autre par l'intermédiaire
d'un vecteur viral.
Rappel :
Les bactériophages = phages sont des virus qui infectent les bactéries. Il existe 2 types de phages :
a) Les virulents :
Qui prennent le contrôle de la bactérie et de son matériel génétique pour fabriquer des
virions qui seront libérés après la lyse (via des enzymes) de la bactérie = cycle lytique.
 Transduction généralisée.
L’ADN du virion est enfermé dans la capside mais on y retrouve aussi
+-2% du génome bactérien. C’est limité à 2% à cause de la taille de la
capside.
Lorsqu’il y a infection d’une nouvelle bactérie, il y transduction
généralisée.
Transparent n°117
b) Les tempérés :
Le virus ne se réplique pas et ne forme pas de capside. L’ADN du virus va s’intégrer dans
le chromosome bactérien et sera donc transmis aux cellules filles = lysogène.
 Transduction spécialisée.
Lorsqu’il y a excision du virus du chromosome bactérien, le virus va
prendre une partie du génome bactérien. Donc, lors de la prophage, il
y a intégration du matériel génétique dans une autre cellule.
Transparent n°116.

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