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Cinitique enzymatique

Cinétique Enzymatique

Celle qui est réalisée


(grec kinêtikos, mobile)
par les enzymes

Étude des vitesses des réactions enzymatiques

Rappel de l’ordre d’une réaction

A P

[A] d’ordre « 0 »
Réaction V

T [A]

[A] Réaction d’ordre « 1 » V

t [A]

Rappel de l’ordre d’une réaction

Ordre zéro : vitesse = k (constante indépendante de la concentration)


Premier ordre global : vitesse = k[A] ou k[B]
Deuxième ordre global : vitesse = k[A] . [B] ou k[A]2 ou k[B]2
Troisième ordre global : vitesse = k[A].[B].[C] ou k[A]2 [B] etc.
L’équation de Méchaelis-Menten
L’équation de Michaelis-Menten permet de décrire la cinétique d'une réaction catalysée par une enzyme agissant sur un
substrat unique pour donner un produit.
Elle relie la vitesse de la réaction à la concentration de substrat et à des paramètres constants, caractéristiques de
l'enzyme.
L'équation de Michaelis-Menten fut proposée en 1913 par l'allemand Leonor Mechaelis et la canadienne Maud Menten

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Le modèle de Méchaélis-Menten
Michaélis et Menten ont proposé un modèle s’appuyant sur les hypothèses suivantes :

La première étape de la transformation de S en P est la fixation de


1 S par une liaison faible sur E, la réaction étant réversible

La deuxième étape est la transformation de ES en EP, P étant


2 immédiatement libéré. Cette étape correspond à des ruptures-
formations de liaisons covalentes

Liaison faible

E+S ES E+P
Ruptures-formations
de liaisons covalentes

Le complexe enzyme-substrat
E+S ES E+P

La concentration en substrat est désignée [S]0

La concentration en enzyme est désignée [E]T et reste


constante tout au long de la mesure

T=0 La concentration du complexe enzyme substrat, [ES] égale


à0

La concentration en produit est égale à 0

Phases de la réaction
3 états lors de la cinétique :
État pré-stationnaire
État stationnaire
État post-stationnaire
Équation de Michaelis-Menten
E préstationnaire E stationnaire E post stationnaire

[P]
Concentrations [S]

2
[E]libre
[ES]
Temps
Équation de Michaelis-Menten

k1 k2
E+S ES E+P
k-1

La vitesse d’apparition du produit P (vitesse de la réaction catalysée par l’enzyme) dépend de k2 et de la concentration
en ES
Vi = k2 [ES]
La [ES] dépend de sa vitesse de formation et sa vitesse de disparition.
V formation ES= k1 [E] [S]
V disparition ES= k-1 [ES] + K2 [ES] = (k-1 + k2) [ES]
ES se forme à partir de E+S et se décompose soit en E+S, soit en E+P
Vitesse de formation de ES: Vf=k1 ·[E]·[S]
Vitesse de dissociation de ES: Vd=(k-1 + k2)·[ES]
[ES] atteint rapidement une valeur constante (condition dite « steady state »
Donc Vd = Vf
(k-1 + k2)·[ES] = k1·[E]·[S]
[ES] = k1·[E]·[S]/(k-1 + k2) = [E]·[S]/KM
KM = (k-1 + k2)/k1 = constante de Michaelis
Pour connaitre la concentration de l’enzyme libre [E]: [E] = [E]T– [ES]
Où [E]T est la concentration totale de l’enzyme libre ou lié. On a donc

[ES] = k1·[E]·[S] / (k-1 + k2) = [E]·[S] / KM


[ES] = ([E]T-[ES])·[S]/KM= [E]T·[S]/KM-[ES]·[S]/KM
[ES] + [ES]·[S]/KM = [E]T ·[S]/KM
[ES] (1 + [S]/KM) = [E]T ·[S]/KM
[ES] (KM + [S]) = [E]T ·[S]
[ES] = [E]T ·[S] / (KM + [S])
On peut enfin introduire ce terme dans l’équation pour la vitesse initiale
V0= k2·[ES] = k2· [E]T ·[S] / (KM + [S]) = Vmax ·[S]/(KM + [S])

V0= k2·[ES] = k2· [E]T ·[S] / (KM + [S]) = Vmax ·[S]/(KM + [S])

L’équation de Michaelis-Menten
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Constante de Michaelis-Menten

Si Vi = ½ Vmax

KM= [S]
KM est la concentration en substrat
pour laquelle l’enzyme fonctionne à la
moitié de sa vitesse maximale

KM est inversement proportionnelle à l’affinité de l’enzyme. Plus l’affinité est élevée, et moins il faudra de substrat pour
que l’enzyme fonctionne

Vmax

[S] < < Km V = Vmax [S]/Km


Vmax [S] = Km V = Vmax / 2
2
[S] > > Km V = Vmax

KM [S]

Représentation linéaire
Représentation de Linweaver et Burk

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1/V

KM/Vmax

1/Vmax

-1/KM
1/[S]
Cette présentation offre l’avantage de permettre la détermination plus précise de KM et Vmax. De plus, étant une
ligne droite, elle nécessite moins de points expérimentaux

In vivo, la [S] est rarement saturante. Le rapport


[S]/KM est compris entre 0,01 et 1 de sorte qu’au
NB maximum la moitié des sites actifs est occupée
par le substrat

Influence de la concentration en substrat

VM 5 Enzyme saturé
S S S S S S S
S S S
S S S [S]
S S S
S
Soit « V » la vitesse de formation du produit

Influence de la concentration en enzyme

V2

V3

E1 E2 [E]
Soit « V » la vitesse de formation du produit

Influence de la concentration en enzyme

V
E3
E2
E1

[S]
Influence de la température

V T° optimale

6 Dénaturation de la
protéine
20 30 40 50 60 V

Influence du pH
Cholinestérase
Pepsine
Pepsine

La plupart
des enzymes

La conformation de la protéine
Le pH agit : Association E-S
Action catalytique de l’enzyme

Effet des effecteurs


PHYSIOLOGIQUES : Régulation du métabolisme cellulaire

Compétitif

Réversibles Non-Compétitif

Inhibiteurs
Irréversible Incompétitif

Activateurs

Effecteurs Allostériques

Inhibiteurs (Inhibiteurs réversibles)


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Inhibiteur compétitif
un inhibiteur compétitif ne peut se fixer que sur l’enzyme libre; sa fixation et celle du substrat étant exclusives l’une de
l’autre. En appliquant les règles précédentes, on déduits que :

E+S ES E+P

E+I EI (inactif)

Inhibiteur compétitif

Inhibiteur compétitif

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Inhibiteur non compétitif
un inhibiteur non compétitif au sens large peut se fixer à la fois sur l’enzyme libre et sur le complexe E-S, avec des
constantes d’équilibre différentes.
E+S ES E+P

E+I EI (inactif)

Inhibiteur non compétitif

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Inhibiteur non compétitif

Ex d’inhibition non compétitive : Le Cu2+ (I) est un inhibiteur non compétitif de la succinodéshydrogénase (E).
Inhibiteur incompétitif
• L’I se fixe sur E libre et sur le complexe ES.
• Il active la formation du complexe ES; l’affinité de l’E pour le S augmente : la Km diminue.
• Une certaine partie du ESI reste sous cette forme : la vitesse maximale est diminuée.

Inhibiteur incompétitif

Inhibiteur incompétitif

Cet inhibiteur déplace l’eq, abaisse KM. Une partie reste bloquée sous forme ESI, donc Vmax est diminuée

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Tableau récapitulatif des différents types d’inhibition réversible

Inhibiteurs (Inhibiteurs irréversibles)

Ils se lient de façon covalente à un groupement indispensable à l’activité catalytique de l’enzyme. Ex : l’aspirine inhibe
irréversiblement par acétylation du résidu sérine du site actif de la cyclooxygénase ; enzyme qui déclenche la synthèse
des prostaglandines (médiateurs chimiques impliqués dans l’inflammation, la douleur et la fièvre).
Activateurs sont de diverses natures :
* activateurs par les ions métalliques :
Ils peuvent favoriser :
- une bonne conformation de l’E,
- la fixation du S sur l’E,
- participer directement à la catalyse.
Ex : toutes les kinases sont activées par les ions Mg2+
* activation par protéolyse limitée (irréversible) :
Par clivage spécifique d’une ou plusieurs liaisons peptidiques d’une proenzyme (zymogène) inactif, révélant le site
catalytique.
Ex : enzymes digestives.
Effecteurs allostériques
1.Allostérie
Propriétés de certaines protéine actives qui peuvent changer de structure spatiale lorsqu’elles se lient à un effecteur en
un site différent du site actif, cette liaison se traduit par une modification de l’activité. On peut distinguer deux types
d’effecteurs:
• Effecteurs positifs: sont des modulateurs + qui changent la structure enzymatique en une configuration plus active.
• Effecteurs négatifs: sont des modulateurs – qui changent la structure de l’enzyme en une configuration moins active.
• L’enzyme à effecteurs est dite enzyme allostérique.
• Une enzyme allostérique joue le rôle de régulateur d’une voie métabolique. L’enzyme est alors régulateur allostérique
à pH variable
2. Diagramme de Hill
Cette cinétique allostérique est plus lente que la cinétique
michaelienne pour les [S] petites et devient plus rapide au-
delà. Cette propriété de coopérativité des protomères donne
un avantage aux systèmes allostériques par rapport aux
enzymes à cinétique michaelienne pour la régulation de la
vitesse des réactions enzymatiques.

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