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MECANISMES DE REGULATION ALLOSTERIQUE.

Définition

L’activité métabolique des organismes vivants est soumise à divers mécanismes


de régulation. La régulation est la modulation de l'activité enzymatique
cellulaire de façon à pouvoir s'adapter aux changements métaboliques. De cette
façon, les enzymes peuvent coordonner les voies métaboliques, en réponse à
l'environnement. On peut déterminer cinq types de régulations enzymatiques qui
permettent de comprendre la plupart des phénomènes biologiques liés aux
enzymes. Ce sont :

-la régulation due à la cinétique Michaélienne,

-la régulation par modification covalente de la structure enzymatique,

-la régulation allostérique (non covalente),

-la régulation par l’existence d’isoenzyme

-la régulation par modification du taux de synthèse d’enzyme.

LA REGULATION ALLOSTERIQUE

Dans la régulation allostérique, un métabolite de la voie réactionnelle peut se


fixer de façon non-covalente à l'enzyme et ainsi moduler son activité catalytique.
Ainsi, dans ces systèmes multi-enzymatiques, le produit final de la chaîne de
réactions sert d'inhibiteur spécifique à une enzyme du début de la séquence
réactionnelle. La première étape de la séquence réactionnelle est appelée étape
déclenchante, car une fois qu'elle a lieu toutes les autres se réalisent, L'enzyme
ainsi modulée est appelée enzyme allostérique ou enzyme régulateur et
l’inhibition par le produit final d’une chaîne réactionnelle est appelée rétro-
inhibition ou feedback.

Caractéristiques d'une enzyme allostérique:

Une enzyme allostérique est caractérisé par le fait que :


-elle est inhibée uniquement par le produit final de la réaction.

-le produit final n'agit pas comme un inhibiteur compétitif (structure du


produit final très différente de celle du substrat). Cela signifie que l'action de
l'inhibiteur sur une telle enzyme agit en dehors du site catalytique

-la cinétique enzymatique n'est pas de type cinétique Michaélienne

-elle a toujours une structure quaternaire composée de plusieurs chaînes


d’acides aminés, formant des sous-unités ou protomères presque identiques entre
elles. La protéine est donc un oligomère de 2 ou 4 sous-unités par exemple.

-les protomères sont arrangés dans l’espace de façon que chacun d’entre
eux ait les mêmes liaisons avec les autres. Un tel arrangement est dit symétrique.

-chaque ligand (effecteur, cofacteur ou substrat) a un site sur chaque


protomère. Le site actif, responsable de l’activité enzymatique, a sa
conformation spatiale adaptée à celle du substrat et de lui seul. Le site
allostérique, a sa conformation spatiale adaptée à celle de l’effecteur allostérique
et de lui seul.

-les sites de liaison existent de façon identique sur chaque protomère

Etat de transition allostérique

Dans la molécule d’une enzyme allostérique, chaque protomère a des liaisons


(électrostatiques) avec les autres protomères du système. Sa structure
secondaire, tertiaire et son énergie interne sont modifiées par ces liaisons si que
sa conformation est contrainte par la conformation des autres protomères.

Il y a au moins deux états possibles par protomère différant par le niveau


d’énergie libre du protomère qui sont l’état relâché (R) et tendu (T).

Lorsque l’énergie interne d’une protomère augmente par suite de la modification


de ces liaisons, on dit qu’il passe à un état tendu. Au contraire lorsque les dites
liaisons lui imposent une structure correspondant à une énergie interne
diminuée, on dit qu’il passe à un état relâché.
Etat relâché (R) Etat tendu (T)

Lorsque l’effecteur allostérique se combine au site allostérique, il entraîne au


niveau de l’enzyme une très légère modification de structure. Cette modification
discrète et réversible est appelée transition allostérique. Elle agit sur la
configuration spatiale du site actif et ainsi, influence la cinétique de la réaction
catalysée par l’enzyme.

Effet de désensibilisation

L’enzyme régulateur est sensible à l’effecteur allostérique au niveau de son site


allostérique. Mais cette sensibilité peut disparaître sous l’effet de traitements
physiques (chaleur) ou chimiques (urée ou dérivés mercuriques) : c’est l’effet de
désensibilisation.

Dans ce cas, on observe:

-une certaine activité résiduelle persiste, donc le site actif n’est pas détruit.

-l’enzyme n’est plus sensible à l’effecteur allostérique. Ce qu’on peut


interpréter de deux manières:

-la première est que le site allostérique a été lésé (pas le site actif) au cours
du traitement de désenbilisation et que l’enzyme ne peut plus assumer son rôle
de régulation.

-la seconde est que le bon fonctionnement de l’enzyme régulateur dépend


non seulement de l’intégrité du site allostérique, mais d’une conformation qui
permette la possibilité d’une interaction entre le site allostérique et le site actif.
Modèle symétrique (MONOD, WYMAN et CHANGEUX).

Soient les états tendu (R) et relâché (T) d’une enzyme à 4 sous-unités.

Toutes les sous-unités d'une enzyme doivent conserver la symétrie moléculaire


et par conséquent, elles sont toutes en même temps au même état T ou R, à un
moment précis. L'enzyme globale existe donc sous forme T ou R, puisque c’est
seulement dans cette configuration qu'il y a la conservation de symétrie par
toutes les sous-unités. Supposons que cet état relâché implique une affinité plus
grande pour le substrat et que la présence du substrat lui-même favorise le
passage à cet état. Les 4 protomères à l’état tendu vont être contraints si l’un
d’entre eux se lie au substrat, de passer à l’état relâché, ce qui entraînera pour les
trois autres une affinité plus grande vis à vis du substrat et activera la réaction. Il
s’établit une coopération entre les protomères pour que le substrat soit plus
efficacement transformé.
Modèle non symétrique

Dans le modèle séquentiel, chaque sous-unité à la possibilité d'être sous forme R


ou T, indépendamment des autres sous-unités. L'enzyme est constituée d'un
mélange de sous-unités sous forme T et R. La liaison d'un premier substrat
change la structure de la sous-unité à laquelle il s’est fixé (R), alors que les
autres sous unités acquièrent une affinité intermédiaire entre celles observées à
l'état T et R.

La liaison du ligand induit donc progressivement des changements


conformationnels dans les sous-unités, les changements les plus importants se
produisant au niveau des sous-unités qui ont lié le ligand. Le couplage entre les
sous-unités n’est pas nécessairement assez fort pour préserver la symétrie de
l’oligomère comme c’est le cas dans le modèle symétrique.

Cinétique allostérique

La cinétique d’une enzyme allostérique n’est pas michaélienne. La


représentation v=f(S) est une courbe sigmoïde.
Explication de la cinétique allostérique

1) Le diagramme de Hill

Le graphe représentant la vitesse initiale d’une enzyme allostérique n’est pas


une hyperbole comme celui des enzymes Michaéliennes. Les constantes de
vitesse et d’affinité de telles enzymes varient en fonction des ligands, de telle
sorte que la courbe prend une forme sigmoïde, caractéristique de la coopération
qui se fait entre les protomères.

2) Modèle concerté de Monod-wyman-changeux


Une enzyme allostérique est une protéine oligomérique qui existe sous deux
formes appelées T et R. Ces deux formes sont en équilibre et préexistent en
absence de ligand.

Dans chaque forme les sous unités occupent des positions symétriques. Le
passage d’une forme à autre est une transition concertée. Un ligand capable de
changer la répartition entre les formes R et T est un effecteur allostérique. Si
l’enzyme est sous l’une de ses deux formes, les sites de fixation d’un ligand sont
équivalents et indépendants (michaelienne).

Si un ligand a plus d’affinité pour l’une des formes, R par exemple, il s’y fixe de
préférence et diminue la concentration de R libre. R1 est la concentration de la
forme de R qui a fixé une molécule de ligand, etc. Cette diminution de la forme
R entraîne la transformation de la forme T en R (plus affinité). C’est
l’augmentation de la concentration des formes qui fixent le mieux le ligand qui
est responsable de la coopérativité positive. Qu’on appelle effet homéotrope.
Lorsque l’équilibre est presque entièrement déplacé vers les formes R, on a une
fixation michaelienne.

Il existe deux modèles de Monod-Wyman-Changeux pour les enzymes


allostériques que sont :
-le modèle K dans lequel le substrat a plus d’affinité apparente pour l’une
des formes (appelée R) que pour l’autre (T). La constante de vitesse catalytique
avec laquelle les sites des deux formes transforment le substrat est la même.

-le modèle V dans lequel le substrat a la même affinité apparente pour les
deux formes R et T. La constante de vitesse catalytique avec laquelle les sites
des deux formes transforment le substrat est différente. La forme qui a la valeur
de Kcat la plus élevée est appelée R.

Un activateur allostérique est un composé qui a plus d’affinité pour la forme R


que pour la forme T : il déplace l’équilibre vers la forme R.

Un inhibiteur allostérique est un composé qui a plus d’affinité pour la forme T


que pour la forme R : il déplace l’équilibre vers la forme T.

Dans un système K, la présence d’un activateur favorise la fixation du substrat et


celle d’un inhibiteur la défavorise. Cette influence de la présence de l’activateur
ou de l’inhibiteur sur la fixation du substrat est appelée l’effet hétérotrope

Effets homotropes ou hétérotropes

Les deux formes R et T sont en équilibre et préexistent en absence de ligand.

[T] [ R ] avec Kéq.

1) En présence de substrat :

R+S RS R+P

A [S] faible, on a l'enzyme sous forme R (forme active) et sous forme T (forme
inactive) tandis qu'à [S] saturant, toutes les enzymes sont sous forme R. On
induit la formation de RS, et donc une diminution de [R] libre, d’où un passage
de la forme T à la forme R et une diminution de T. On obtient ainsi une
sigmoïde qui traduit le phénomène de coopérativité. Le substrat S joue un rôle
homotrope positif.

2) En présence d’un effecteur positif (E) :

On a toujours équilibre entre les formes T et R, mais cette fois R se lie aussi à E.
R+E RE + S

[R] diminue et transition de T à R, donc diminution de [T] libre. Il n’ya donc


plus qu’une seule forme d’enzyme R (forme active). C’est l’effet hétérotrope
positif.

3) En présence d’un effecteur négatif (I)

L’effecteur se lie à la forme T pour former un complexe TI, d’où une diminution
de la forme T libre et transition de R vers T et diminution de la forme R, ce qui
correspond à une inactivation de l’enzyme. C’est l’effet hétérotrope négatif sur
l’enzyme.

T+I TI

R T

En définitive, lorsque l'effecteur d'une enzyme allostérique est également son


substrat, on parle d'effecteur homotrope. Si l'effecteur n'est pas le substrat, il
s'agit d'effecteur hétérotrope. L'enzyme hétérotope est modulé par un effecteur
autre que le substrat qui agit donc sur un site différent.

Remarque :

Les forme R et T de l'enzyme sont en équilibre et ont des affinités différentes


pour les effecteurs.

Affinité pour : Forme T (tendue) Forme R (relâchée)


Substrat Nulle ou très faible Très grande affinité
Activateur Nulle ou très faible Très grande affinité
Inhibiteur Très grande affinité Nulle ou très faible