Partie LARONDELLE
1
Table des matières
CHAPITRE 1 : RAPPEL DE CERTAINS CONCEPTS NECESSAIRES ................... 4
1. MACROMOLECULES ...................................................................................................... 4
2. COMPOSITION DE LA MATIERE VIVANTE ..................................................... 4
3. A PROPOS DU CARBONE ............................................................................................. 4
4. STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES BIOMOLECULES................... 5
5. SOURCE D’ENERGIE DANS LES ORGANISMES ............................................... 5
6. ENERGIE LIBRE DE GIBBS ............................................................................................ 6
7. ENZYMES ET METABOLISME ................................................................................... 6
8. LES BIOMOLECULES ET L’EAU................................................................................. 6
9. INTERACTIONS ENTRE BIOMOLECULES ......................................................... 7
10. MELANGES TAMPONS ET SYSTEMES BIOLOGIQUES ............................ 7
CHAPITRE 2 : ACIDES AMINES, PEPTIDES ET PROTEINES ............................... 8
1. PREAMBULE ........................................................................................................................ 8
2. LES DIFFERENTS ACIDES AMINES ......................................................................... 8
3. ACIDITE DES ACIDES AMINES DANS L’EAU.................................................. 11
4. ACIDES AMINES ET ALIMENTATION ............................................................... 11
5. CHAINES PEPTIDIQUES............................................................................................. 12
CHAPITRE 3 : STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES ...... 13
1. NOTIONS GENERALES .............................................................................................. 13
2. STRUCTURE..................................................................................................................... 13
3. PROTEINES FIBREUSES ET GLOBULAIRES .................................................... 16
4. L’HEMOGLOBINE .......................................................................................................... 20
5. DENATURATION DES PROTEINES .................................................................... 20
6. LES PROTEINES ET LES LIGANDS ....................................................................... 22
7. PROTEINES ALLOSTERIQUES ............................................................................... 26
CHAPITRE 4 : NOTIONS D’ENZYMOLOGIE ............................................................ 28
1. PETITE LECON D’HISTOIRE ET NOTIONS GENERALES ...................... 28
2. CLASSIFICATION INTERNATIONALE DES ENZYMES ............................ 28
3. FONCTIONNEMENT DES ENZYMES ................................................................ 29
4. CINETIQUE ENZYMATIQUE .................................................................................. 30
2
5. DEVELOPPEMENT MATHEMATIQUE MENANT A L’EQUATION DE
MICHAELIS-MENTEN ......................................................................................................... 33
6. CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES A DEUX
SUBSTRATS ET DEUX PRODUITS (Bi-Bi) ................................................................. 35
7. INHIBITIONS .................................................................................................................... 36
8. ACTIVITE ENZYMATIQUE ...................................................................................... 42
9. ENZYMES REGULATRICES ET VOIES METABOLIQUES ........................ 42
CHAPITRE 12 : PRESENTATION DES LIPIDES ........................................................ 50
1. CARACTERISTIQUES PRINCIPALES DES LIPIDES ...................................... 50
2. LIPIDES DE RESERVE .................................................................................................. 50
3. LIPIDES DE STRUCTURE .......................................................................................... 52
4. LIPIDES A ACTIVITE BIOLOGIQUE PARTICULIERE ................................. 55
CHAPITRE 13 : CATABOLISME DES ACIDES GRAS ............................................... 57
1. GENERALITES ................................................................................................................. 57
2. OXYDATION DES ACIDES GRAS DANS LES CELLULES ANIMALES 60
3. LA β-OXYDATION DES ACIDES GRAS SATURES ........................................ 61
4. LA β-OXYDATION CHEZ LES VEGETAUX ................................................. 66
5. CORPS CETONIQUES .................................................................................................. 69
CHAPITRE 14 : SYNTHESE DES ACIDES GRAS ET DU CHOLESTEROL ..... 70
1. RÔLES DES LIPIDES ...................................................................................................... 70
2. SYNTHESE DES ACIDES GRAS ............................................................................... 70
3. ACIDES GRAS POLYINSATURES ........................................................................... 80
4. TRIGLYCERIDES ET GLYCEROPHOSPHOLIPIDES .................................... 83
5. CHOLESTEROL ............................................................................................................... 85
3
CHAPITRE 1 : RAPPEL DE CERTAINS CONCEPTS NECESSAIRES
1. MACROMOLECULES
3. A PROPOS DU CARBONE
Le carbone est un élément idéal comme base de la biochimie car il peut former facilement
des chaînes ramifiées. Cela est dû à sa tétravalence (il peut former jusqu’à 4 liaisons) et au
fait qu’il peut former des chaînes très stables avec lui-même.
4
4. STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES BIOMOLECULES
5
6. ENERGIE LIBRE DE GIBBS
L’énergie libre de Gibbs est l’énergie libérée par la rupture des liaisons qui pourra être
utilisée pour effectuer un travail chimique. Le reste sera perdu en chaleur et en désordre.
∆G = ∆H - ∆T.S (si variation de température)
∆G = ∆H - T.S (si température constante)
∆G > 0 : Réaction endergonique
∆G < 0 : Réaction exergonique
En biochimie, l’immense majorité des réactions a un bilan exergonique.
7. ENZYMES ET METABOLISME
6
Composés amphipathique : Composés comprenant une partie hydrophobe et une partie
hydrophile. Ces composés en solution aqueuse s’organisent sous forme de micelles (les
parties hydrophobes se rassemblent pour éviter le contact avec l’eau et les parties
hydrophiles se positionnent pour maximiser leurs interactions avec l’eau).
• Le pont hydrogène est une interaction faible (20 kJ/mole) qui se forme entre un
donneur d’hydrogène et un accepteur d’hydrogène.
• Attractions et répulsions ioniques.
• Interactions hydrophobes.
• Interactions de van der Walls.
Ces 4 types d’interactions faibles s’accumulent et agissent en synergie.
7
CHAPITRE 2 : ACIDES AMINES, PEPTIDES ET PROTEINES
1. PREAMBULE
Les peptides et protéines sont constitués de l’assemblage de 20 acides aminés
« standards », de la forme α-amino acide :
Excepté la glycine, tous les acides aminés ont un carbone α chiral et sont tous « L »
(nomenclature de Fischer).
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• Groupes « R » aromatiques
9
La cystéine peut s’oxyder en cystine, en créant un pont disulfure, très hydrophobe.
--------------
• Groupes « R » chargés positivement
Très hydrophiles.
(pKa)His = 6, pouvoir tampon, donneur et accepteur de H+ dans les réactions
enzymatiques.
--------------
• Groupes « R » chargés négativement
10
--------------
Index d’hydropathie : Mesure l’affinité d’un composé pour l’eau. S’il est négatif, le
composé est hydrophile. S’il est positif, le composé est hydrophobe.
Lorsqu’un acide aminé est en solution aqueuse, il porte à la fois des charges positives et
négatives. On parle alors de « zwitterions ».
Pour calculer le point isoélectrique, on peut utiliser la formule du pH d’une solution tampon :
pI =1/2 * (pk1 + pk2)
Nos cellules ne sont pas capables de synthétiser tous les acides aminés. Certains sont dits
« essentiels » et doivent être apporté par l’alimentation. Les autres acides aminés peuvent
être synthétiser à partir des acides aminés essentiels s’ils ne sont pas directement
disponibles dans l’alimentation.
11
5. CHAINES PEPTIDIQUES
Les acides aminés sont liés entre eux par un lien peptidique, formé par une réaction de
condensation :
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CHAPITRE 3 : STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES
1. NOTIONS GENERALES
Il existe une quantité immense de différentes conformations possibles pour une protéine,
mais dans les faits, seules quelques-unes se forment naturellement. Ce sont les « formes
natives », celles qui sont le plus stable du point de vue thermodynamique.
Cette stabilité s’explique par a présence de plusieurs types de liaisons :
• Des ponts S-S (liaisons covalentes)
2. STRUCTURE
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Structure quaternaire : arrangement des polypeptides les uns par rapport aux autres.
La liaison C-N du lien peptidique est partiellement double, ce qui empêche la rotation
autour de l’axe de la liaison et forme des plans rigides qui pivotent autour des carbones C-
α.
• La conformation β
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Structure en zigzag
Chaînes juxtaposées en feuilles parallèles ou antiparallèles
Stabilisation par des ponts hydrogènes, groupe « R » sort du feuillet
Possibilité d’entassement si « R » est petit (exemple : fibroïne = toile d’araignée)
• Le tournant β
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3. PROTEINES FIBREUSES ET GLOBULAIRES
Protéine fibreuse :
• Rôle de résistance ou de flexibilité
• Elles contiennent beaucoup d’acides aminés hydrophobes et sont donc insolubles
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Exemples :
• l’α-kératine
¨Protéine fibreuse
Hélice- α à tour droit
Superhélice à tour gauche formées de 2 hélices
Protofilament (4 chaînes)
Protofibrille (8 chaînes)
Filament intermédiaire (association d’environ 4 protofibrilles)
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• le collagène
Protéine fibreuse, présente dans les tendons, le cartilage, les os, la cornée, etc
Hélice à tour gauche
Superhélice à tour droit faite de 3 chaînes, appelée tropocollagène (TPC)
TPC organisés en fibrilles
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la fibroïne
Les molécules cycliques impliquées dans le transport du dioxygène sont appelées des
« porphyrines ». Les porphyrines peuvent s’associer avec des métaux, tels que le fer, le
zinc, le manganèse, le cobalt, le cuivre, et bien d’autres.
Les protéines globulaires ont une grande diversité de structures tertiaires.
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4. L’HEMOGLOBINE
On parle de dénaturation d’une protéine lorsque les liaisons faibles qui maintenaient la
structure tridimensionnelle sont rompues. La perte de la structure tridimensionnelle
initiale s’accompagne d’une perte de la fonction.
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La dénaturation de certaines protéines est réversible, c’est-à-dire que lorsque les
conditions redeviennent favorables, ces protéines peuvent retrouver leur conformation
native. Ce processus est appelé la « renaturation » et il est une preuve que c’est la
séquence d’acides aminés qui déterminent la structure tridimensionnelle d’une protéine.
Par exemple, la ribonucléase :
Lorsque le folding se déroule mal, cela peut mener à des maladies conséquentes. Voyons
l’exemple du prion :
Un ligand est une molécule qui se lie de façon réversible à une protéine globulaire. Un
ligand se lie à un site spécifique (binding site), propre à ce ligand par une
complémentarité de taille, de forme, de charge et d’hydrophobicité.
Lorsqu’un ligand s’attache à la protéine celle-ci change instantanément de conformation,
qui augmente encore plus la complémentarité entre le ligand et le site spécifique (on parle
d’« induced fit »).
22
[𝐿]
Equation d’une hyperbole : 𝜃 = 1
[𝐿]+
𝐾𝑎
1
= 𝐾𝑑 = [𝐿]0.5
𝐾𝑎
23
𝑝𝑂2
𝜃=
𝑝𝑂2 + 𝑝50
Ces interactions ont été l’objet des travaux du physiologiste Archibald Hill.
L’équation générale de la sigmoïde :
[𝐿 ] 𝑛
𝜃=
𝐾𝑑 + [𝐿]𝑛
De là on trouve :
24
𝜃 [ 𝐿 ]𝑛
=
1−𝜃 𝐾𝑑
Enfin, l’équation de Hill :
𝜃
log ( ) = 𝑛 𝑙𝑜𝑔[𝐿] − 𝑙𝑜𝑔𝐾𝑑
1−𝜃
où n est le nombre de Hill, qui quantifie le degré de coopérativité. Sa valeur maximale est
le nombre de liaisons maximales sur la protéine.
S’il n’y a pas de coopérativité, n = 1. Il peut même exister des cas rares de coopérativité
négative, dans ce cas n < 1.
La coexistence des formes de faible et de forte affinité est essentielle pour la fonction de
l’hémoglobine, qui doit fixer efficacement l’O2 dans les poumons et le relâcher dans les
tissus. Cependant a forme R fixe correctement l’O2 dans les poumons mais n’en libère pas
assez dans les tissus. La forme T quant à elle relâche correctement l’O2 dans les tissus
mais ne le fixe pas assez dans les poumons.
L’hémoglobine résout le problème en rentrant dans un état de transition S, entre R et T,
qui tend de plus en plus vers R au fur et à mesure que l’O2 est fixé, ou qui tend de plus en
plus vers T au fur et à mesure que l’O2 est relâché. Ce type de protéines sont appelées des
protéines allostériques.
25
7. PROTEINES ALLOSTERIQUES
Une protéine allostérique est une protéine oligomérique pour laquelle la fixation d’un
ligand sur un site affecte les propriétés de liaison d’un ou de plusieurs autres sites de la
même protéine.
Un tel ligand est appelé modulateur, et provoque des interconversions entre des formes
plus actives et moins actives de la protéine.
Si le modulateur est un substrat (molécule subissant une réaction chimique catalysée par
cette enzyme), on parle d’interaction homotrope, et si le modulateur est une autre
molécule, on parle d’interaction hétérotrope. Ces 2 types d’interactions peuvent coexister
dans une même protéine.
Le BPG est connu pour réduire fortement l’affinité de l’hémoglobine pour l’O2. En effet,
lorsque le BPG se fixe sur l’hémoglobine, il empêche la fixation de l’O2.
Ainsi, quand une personne qui réside au niveau de la mer part en séjour à la montagne, la
pression en O2 diminue brusquement et la quantité d’O2 distribuée aux tissus est réduite.
Pour palier à ce problème, la concentration en BPG dans le sang va augmenter, diminuant
l’affinité de l’hémoglobine pour l’O2. Cela n’aura qu’un très petit impact sur la quantité
26
d’O2 captée dans les poumons, mais l’impact sur la quantité d’O2 relâchée dans les tissus
est considérable.
Par ce processus, la quantité d’O2 libérée dans les tissus reste constante autour de 40% de
la capacité transportable par le sang.
27
CHAPITRE 4 : NOTIONS D’ENZYMOLOGIE
En 1897, Edouard Buchner montre que la fermentation des sucres en alcool peut être
réalisée avec des extraits de levure. Il en déduit donc que les molécules présentent dans
ces extraits continuent agir même en dehors du milieu cellulaire. Ces molécules sont
baptisées « enzymes » par Wilhelm Friedrich Kühne.
On sait aujourd’hui que l’immense majorité des enzymes sont des protéines, et que leur
fonction dépend de leur conformation tridimensionnelle.
Chaque enzyme est classée dans une des six classes, chaque classe facilitant un type de
réaction en particulier.
28
Chaque enzyme possède :
• Un nom officiel qui décrit la réaction catalysée
• Un nom courant
• Un numéro de classification à 4 nombres
Les conditions biologiques ne sont pas très excitantes : faibles pressions, faibles
concentrations, peu d’écarts de température, … Heureusement les enzymes sont là et
créent des micro-environnements plus favorables, appelés « sites actifs ». Ces enzymes
forment un complexe enzyme-substrat :
C’est ainsi que les enzymes modifient les vitesses de réaction, mais sans modification de
l’équilibre.
29
Les enzymes accélèrent fortement les réactions et ont une grande spécificité de substrat,
avec lequel elles forment des liens qui peuvent être covalents ou faibles.
L’énergie libérée par ces liens faibles formés apportent la plus grande partie du pouvoir
catalytique de l’enzyme, car ils permettent de stabiliser l’intermédiaire réactionnel, et
donc de diminuer l’énergie nécessaire pour l’atteindre.
4. CINETIQUE ENZYMATIQUE
La vitesse d’une réaction catalysée par une enzyme dépend de la concentration en substrat
(on s’intéresse aux vitesses initiales de réaction, notées V0).
30
Les courbes de vitesse suivent des paraboles :
En 1913, Michaelis et Menten comprennent que la première étape est rapide mais que la
deuxième est lente (on parle d’étape limitante de vitesse).
Si la deuxième étape est l’étape limitante de vitesse, on peut approximer la vitesse comme
étant proportionnelle à la concentration en ES.
𝑣0 = 𝑐𝑠𝑡[𝐸𝑆]
De plus, comme on s’intéresse uniquement aux vitesses initiales, on peut approximer la
deuxième étape comme étant une réaction complète.
𝑣0 = 𝑘2 [𝐸𝑆]
31
Néanmoins, [ ES ] est difficilement mesuré et il nous faut trouver une alternative pour
l‘exprimer. Pour cela, nous allons utiliser le terme [ Et ], la concentration totale en
enzyme.
Si la concentration en substrat [ S ] est très élevée, alors toutes les enzymes sont liée à une
molécule de substrat et on peut approximer :
[𝐸𝑆]~[𝐸𝑡 ] et donc 𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑘2 [𝐸𝑡 ]
Si la concentration en substrat [ S ] est très faible, [ ES ] est proportionnel à [ S ], et on
peut exprimer :
𝑣0 = 𝑐𝑠𝑡 [𝑆]
La valeur de [ ES ] peut s’exprimer de manière générale comme étant la résultante de la
formation de ES et de sa dégradation :
d[ ES ]
= 𝑘1 [𝐸 ][𝑆] − 𝑘−1 [𝐸𝑆] − 𝑘2 [𝐸𝑆]
dt
32
5. DEVELOPPEMENT MATHEMATIQUE MENANT A L’EQUATION DE
MICHAELIS-MENTEN
𝑑[𝐸𝑆]
= 0 = 𝑘1 [𝐸 ][𝑆] − (𝑘−1 + 𝑘2 )[𝐸𝑆]
𝑑𝑡
[𝐸][𝑆] 𝑘−1 + 𝑘2
= = 𝐾𝑚
[𝐸𝑆] 𝑘1
Vu que [Et] = [ E ] + [ ES ], on a [ E ] = [ Et ] - [ ES ]
([𝐸𝑡 ] − [𝐸𝑆])[𝑆]
𝐾𝑚 =
[𝐸𝑆]
[𝐸𝑡 ][𝑆]
𝐾𝑚 + [𝑆] =
[𝐸𝑆]
[𝐸𝑡 ][𝑆]
[𝐸𝑆] =
𝐾𝑚 + [𝑆]
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
Au final, 𝑣0 =
𝐾𝑚 + [𝑆]
33
Cette équation est un très bon modèle pour la réalité. En effet :
𝑉𝑚𝑎𝑥
• Si [ S ] <<< Km, 𝑣0 = [𝑆 ]
𝐾𝑚
1. LINEARISATION ET APPLICATIONS
L’équation de Michaelis-Menten ne trouve pas son utilité que dans les mécanismes à
deux étapes, mais modélisent aussi bien les réactions enzymatiques avec plusieurs
intermédiaires.
Toutes les enzymes qui montrent une courbe 𝑣0 = fct [ S ] d’allure hyperbolique suivent
une cinétique de Michaelis-Menten.
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Une donnée intéressante à connaître sur une enzyme est le « turnover number », qui
quantifie le nombre de molécules de substrat converties par une seule molécule d’enzyme,
lorsque l’enzyme est saturée par son substrat, c’est-à-dire qu’elle est à sa vitesse maximale.
𝑉𝑚𝑎𝑥
Vmax = kcat [ Et ], 𝑘𝑐𝑎𝑡 =
[𝐸𝑡 ]
Ce déplacement peut être aléatoire (comme avec les hexokinases par exemple) où
les substrats sont fixés sans ordre de préférence :
Ou alors il peut être de type ordonné (comme la malate déshydrogénase, qui fixe
d’abord le NAD+), où un des substrats doit absolument être fixé avant l’autre :
• Le double déplacement (ping-pong) : un premier substrat est fixé puis libéré dans
un premier temps, et le second substrat n’est fixé et libéré que dans un second
temps :
•
•
35
Des enzymes qui suivent ce processus sont les transaminases :
L’influence du type de déplacement sur la vitesse de la réaction peut être mis en évidence
par la linéarisation de Lineweaver-Burk :
7. INHIBITIONS
Les activités enzymatiques peuvent être régulées par des inhibiteurs. Ce phénomène est
appelé inhibition. Elles peuvent être catégorisées comme suit :
• Inhibitions irréversibles
• Inhibitions réversibles
o Compétitives
o Incompétitives
o Non compétitives
▪ Strictes
▪ Mixtes
• À tendance compétitive
• À tendance incompétitive
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L’inhibition compétitive :
Lors d’une inhibition compétitive, un inhibiteur entre en compétition avec le substrat
pour la fixation sur un site actif d’une enzyme. Lorsque l’inhibiteur est fixé, le substrat ne
peut plus se fixer au site actif à son tour.
[𝐼] [𝐸][𝐼]
𝛼 =1+ et 𝐾𝐼 = [𝐸𝐼]
𝐾𝐼
Ce n’est pas parce que l’inhibiteur est fixé que l’enzyme devient inopérante. L’inhibiteur
peut se délier de l’enzyme, et la porte est à nouveau ouverte au substrat. Un moyen
simple de favoriser la fixation du substrat sur les sites actifs est d’augmenter la
concentration en substrat.
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Dans un cas d’inhibition compétitive, la linéarisation de Lineweaver-Burk révèle des
droites qui se croisent sur l’axe des ordonnées.
L’inhibition incompétitive :
Lors de l’inhibition incompétitive, l’inhibiteur se lie au complexe ES à un site distinct de
du site actif du substrat. Lorsque l’inhibiteur s’est fixé au complexe ES, celui-ci ne peut
plus se dégrader en E et P.
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L’équation de Michaelis-Menten devient :
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝐾𝑚 + 𝛼′[𝑆]
[𝐼] [𝐸𝑆][𝐼]
𝛼′ = 1 + et 𝐾𝐼′ = [𝐸𝑆𝐼]
𝐾𝐼 ′
39
L’inhibition non compétitive :
Lors d’une inhibition non compétitive, l’inhibiteur peut se lier à l’enzyme sur un site
distinct du site actif du substrat, que le substrat soit déjà lié à l’enzyme ou non. Si le
substrat n’était pas fixé sur l’enzyme, son affinité pour le site actif peut avoir été accrue
ou diminuée. Si le substrat s’était déjà fixé à l’enzyme, il ne peut désormais plus s’en
détacher sans que l’inhibiteur ne se détache avant lui.
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Stricte
L’inhibiteur a la même affinité pour l’enzyme seule que pour le complexe ES, donc α’=α.
L’équation de Michaelis-Menten devient donc :
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝛼𝐾𝑚 + 𝛼[𝑆]
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝛼(𝐾𝑚 + [𝑆])
Mixte
Vmax apparente < Vmax initiale car une partie du nombre d’enzymes total (dont dépend
Vmax) est consommé par l’inhibiteur.
Le Km apparent lui peut être plus grand ou plus petit que le Km initial selon que l’affinité
de l’inhibiteur soit plus forte pour l’enzyme seule ou pour ES.
GENERALISATION
On peut généraliser la formule de l’inhibition non compétitive à l’ensemble des
inhibitions réversibles :
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝛼𝐾𝑚 + 𝛼′[𝑆]
où α caractérise l’affinité de l’inhibiteur pour E et α’ caractérise l’affinité de l’inhibiteur
pour le complexe ES.
En général :
𝑉𝑚𝑎𝑥
𝑉max 𝑎𝑝𝑝𝑎𝑟𝑒𝑛𝑡𝑒 =
𝛼′
et
𝛼𝐾𝑚
𝐾𝑚 𝑎𝑝𝑝𝑎𝑟𝑒𝑛𝑡 =
𝛼′
Compétitif : α’ = 1
Incompétitif : α = 1
Non compétitif : α = α’
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8. ACTIVITE ENZYMATIQUE
L’activité d’une enzyme est souvent adaptée à un certain pH, comme c’est le cas pour la
pepsine (dans l’estomac) ou la glucose 6-phosphatase.
Les enzymes régulatrices assurent la gestion des voies métaboliques. Ces voies
métaboliques sont organisées en une série de réactions intermédiaires catalysées par des
enzymes spécifiques. Ainsi, chaque produit intermédiaire est le substrat de l’enzyme
catalysant la réaction suivante.
42
La première étape est souvent la plus lente. Cela permet d’éviter du travail inutile en
gardant la possibilité d’interrompre la réaction si elle s’avérait inutile, et cela relativement
tôt.
On distingue deux grands types d’enzymes régulatrices :
- Enzymes allostériques : régulées par la fixation réversible et non covalente
modulateurs (petits métabolites ou cofacteurs).
- Enzymes modulées par modification covalente réversible : régulées par la fixation
ou le détachement de certaines molécules chimiques.
Néanmoins, les systèmes métaboliques peuvent mettre d’autres moyens en œuvres pour
réguler l’action des enzymes :
- Association à des protéines régulatrices : ces protéines régulatrices se lient aux
enzymes pour stimuler ou inhiber leurs fonctions.
- Clivage protéolytique (irréversible): certaines enzymes sont activées lorsque
certains segments peptidiques leurs sont ôtés.
43
Propriétés cinétiques des enzymes allostériques :
Les courbes de saturation sont des sigmoïdes :
où n est différent de 1.
Comme vu précédemment dans le cas de l’hémoglobine, une sigmoïde peut être exprimée
par l’équation de Hill :
𝑣0
log ( ) = 𝑛 𝑙𝑜𝑔[𝑆] − 𝑙𝑜𝑔𝐾0.5
𝑉𝑚𝑎𝑥 − 𝑣0
44
Les enzymes allostériques peuvent être de 2 types :
- Enzymes « K » : un modulateur à effet positif ou négatif fait varier la valeur de
K0.5 mais celle de la Vmax.
45
Modifications covalentes réversibles :
Différents groupes peuvent être fixés :
- Phosphorylation (très fréquent, 50% des protéines eucaryotes sont
phosphorylées)
- Acétylation
- Myristylation
- Ubiquitination
- ADP Ribosylation
- Méthylation
Tous ces groupes sont fixés et enlevés par des enzymes spécifiques.
Les groupes phosphoryls sont attachés par des liaisons phosphoesters à certains acides
aminés par l’action des kinases sur la sérine, la thréonine et la tyrosine.
46
Les phosphorylations ont lieu au niveau de séquences consensus, des motifs dans la
structure des protéines qui sont reconnues par des kinases spécifiques (certaines ont une
préférence pour les contextes basiques, d’autres pour certains substrats, etc).
Des acides aminés éloignés en termes de séquence primaire mais proches d’un point de
vue tridimensionnel peuvent jouer un rôle important dans l’existence d’un site de
phosphorylation.
Les groupes phosphoryls modulent la structure et l’activité catalytique des enzymes en
créant des ponts hydrogène notamment, qui modifient la conformation de l’enzyme et
potentiellement le mécanisme réactionnel au niveau du site actif.
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Certaines enzymes sont activées (la glycogène phosphorylase par exemple) ou inactivées
(comme la pyruvate kinase) par phosphorylation.
48
Pour les chapitres 5 à 11, voir le syllabus de Michel Ghislain.
49
CHAPITRE 12 : PRESENTATION DES LIPIDES
Les lipides forment un groupe de molécules très diverses qui partagent cependant une
caractéristique commune : leur faible solubilité dans l’eau (hydrophobicité).
Ils assurent trois fonctions principales :
- Un rôle de réserve énergétique
- Un rôle de structure
- Interviennent dans certaines activités biologiques particulières
2. LIPIDES DE RESERVE
Les lipides de réserve sont composés d’acides gras (contiennent un groupe acide
carboxylique). I
Un acide gras peut contenir de 4 à 36 carbones, même si la plupart du temps ce nombre
ne va pas au-delà de 22 à 24 carbones et est souvent paire. Il peut y avoir des doubles
liaisons mais elles seront la plupart du temps non-conjuguées (alternation de liaisons
simples et doubles) et en configuration cis, bien que certains micro-organismes soient
capables de synthétiser des acides gras trans. Les acides gras peuvent être nommé par la
nomenclature chimique (très peu pratique) et la nomenclature nutritionnelle :
- SFAs (Saturated Fatty Acids) constitués d’une chaîne carbonée complètement
saturée.
- MUFAs (Monounsaturated Fatty Acids) ne contiennent qu’une seule liaison
double dans la chaîne carbonée.
- PUFAs (Polyunsaturated Fatty Acids) contiennent au moins 2 liaisons doubles
dans la chaîne carbonée.
Parmi ces derniers, on peut encore distinguer les oméga-3 (la première double liaison se
situe entre les carbones 3 et 4), les oméga-6 (la première double liaison se situe entre les
carbones 6 et 7) et les oméga-9 (la première double liaison se situe entre les carbones 9 et
10). Ils existent également des oméga-5 et des oméga-7 mais ils sont bien plus rares.
La longueur et le degré d’insaturation des acides gras influencent leur solubilité dans l’eau
ainsi que leur point de fusion. En effet, plus un acide gras est saturé, moins il est soluble,
et plus il contient de doubles liaisons, plus son point de fusion sera élevé.
50
Les triglycérides (encore plus hydrophobes que les acides gras seuls) sont formés par
l’estérification des trois acides gars sur une molécule de glycérol.
Ils sont les principaux constituants des huiles et des graisses de réserve. Ils sont non
polaires et moins denses que l’eau (« flottent »). Ils présentent deux avantages dans le
rôle de réserve énergétique par rapport aux polysaccharides :
- Les carbones qui constituent les triglycérides sont plus réduits (étage d’oxydation
≈ -2) que ceux qui constituent les polysaccharides (étage d’oxydation ≈ 0). Ainsi,
l’oxydation d’un triglycéride libère plus d’énergie.
- Les triglycérides sont hydrophobes et ne se gorgent pas d’eau comme les
polysaccharides, ce qui permet de limiter la masse corporelle car un gramme de
lipide contient plus de carbone qu’un gramme de polysaccharide.
Pour fournir de l’énergie, les triglycérides sont hydrolysés :
- Par des lipases, qui « coupent » les lipides pour libérer des acides gras
- Par hydrolyse basique, aussi appelée saponification, qui forme du savon
- Par hydrolyse acide.
Le plancton utilise une forme particulière de molécule pour le stockage d’énergie : les
cires. Elles sont formées par l’estérification d’un acide gras à longue chaîne avec un alcool
à longue chaîne. Leur point de fusion est élevé (entre 60 et 100°C). Elles sont également
utilisées par les animaux et les plantes dans la peau, les cheveux, les plumes et les feuilles.
51
3. LIPIDES DE STRUCTURE
Les lipides de structure sont les principaux constituants des membranes cellulaires :
Il ‘agit de molécules amphipathiques. Il faut ajouter à cela les stérols. Pour le cas
particulier des archae, les constituants des membranes sont des éthers lipides complexes.
52
Glycérophospholipides : très fréquents dans les membranes
Les galactolipides constituent 70 à 80% des lipides membranaires des plantes, et sont
surtout présents dans les membranes des thylacoïdes.
53
Sphingolipides :
Les sphingolipides sont constitués d’un alcool aminé, la spingosine, d’un acide gras
attaché par liaison amide et d’une tête hydrophile glucidique, liée par liaison glycosidique
ou phosphodiester).
Stérols :
Les stérols sont des structures planes formées de 4 cycles fusionnés, présentes dans la
plupart des cellules eucaryotes.
Le principal stérol dans le règne animal est le cholestérol, une molécule amphipathique. Il
existe des analogues chez les plantes et les levures, respectivement le stigmastérol et
l’ergostérol. Les bactéries en revanche ne possèdent pas de stérol.
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4. LIPIDES A ACTIVITE BIOLOGIQUE PARTICULIERE
Ces lipides ont un rôle bien différent de l’activité « passive » des lipides de réserve ou de
structure. Présents en petites quantités, ils ont un rôle « actif » biologiquement. Par
exemple :
- Dérivés des phosphatidylinositols comme messagers intracellulaires (messagers
secondaires)
- Eicosanoïdes comme messagers intracellulaires
- Hormones stéroïdiennes
- Vitamines liposolubles
55
Eicosanoïdes :
Ce sont des dérivés d’acides gras à 20 carbones (vient du grec eikosi, qui signifie 20)
- Acide eicosatriénoïque C 20:3 (∆ 8, 11, 14) – oméga 6 (20 – 14 = 6)
- Acide arachidonique C 20:4 (∆ 5, 8, 11, 14) – oméga 6 (20 – 14 = 6)
- Acide eicosapentaénoïque C 20:5 (∆ 5, 8, 11, 14, 17) – oméga 3 (20 – 17 = 3)
Ils sont caractérisés par une durée de vie limitée. Ils sont impliqués dans plusieurs
fonctions importantes des cellules animales :
- Fonction reproductrice
- Développement des inflammations
- Fièvre et douleur
- Régulation de la pression sanguine
Il y a trois classe d’eicosanoïdes : les prostaglandines, les thromboxanes, et les
leucotriènes, toutes issues de l’arachidonate.
Hormones stéroïdiennes :
Ces dérivés du cholestérol sont des hormones sexuelles et des hormones produites par les
glandes surrénales. Elles sont plu polaires que le cholestérol et sont actives à des
concentrations infimes, de l’ordre du nanomolaire voire moins.
56
CHAPITRE 13 : CATABOLISME DES ACIDES GRAS
1. GENERALITES
L’oxydation des acide gras est une voie centrale de la production d’énergie chez les
animaux, de nombreux protistes et certaines bactéries. Elle fournit des équivalents
réducteurs et de l’acétyl-CoA. Ce dernier peut avoir plusieurs utilités :
- Il peut être oxydé dans le cycle de Krebs
- Il peut être converti en corps cétonique dans le foie (également dans le rumen
chez les ruminants)
- Il peut être utilisé dans d’autres diverses synthèses.
Son oxydation complète libère 38KJ/g.
Ces acides gras peuvent avoir 2 provenances : l’alimentation ou les réserves corporelles.
Alimentation : duodénum
vésicule biliaire,
déverse la bile qui
émulsionne la graisse
dans la phase aqueuse
Les chylomicrons transportent les graisses vers le système lymphatique. Celui-ci fait le
tour de l’organisme et arrive finalement au foie, où une lipase produite par le pancréas
libère les acides gras.
57
Structure d’un chylomicron :
Monocouche
Réserves corporelles :
Protéine kinase A
Protéine qui
recouvre la surface
des gouttelettes
lipidiques pour en
restreindre l’accès et éviter qu’elles ne soient
utilisées si ce n’est pas nécessaire.
Lorsque les hormones envoient le signal, les triglycérides des cellules adipeuses sont
« coupés » par la lipase hormono-sensible, pour libérer des acides gras qui seront
transportés par le sang jusqu’aux tissus, où ils pourront être oxydés afin de produire de
l’énergie.
58
La lipolyse dépend essentiellement de 3 enzymes :
- la lipase hormono-sensible (HSL)
- l’adipose triglycéride lipase (ATGL)
- monoglycéride lipase (MGL)
Le glycérol est inexploitable pour les cellules. Il sera phosphorylé dans le foie pour
intervenir dans la gluconéogenèse et la glycolyse. Il y entrera par diffusion passive et avec
l’aide de l’aquaporine 7.
Les acides gras iront dans les muscles, le foie et le cœur par diffusion passive mais
également avec l’aide de protéines de transport (dont l’albumine)
Les réserves adipeuses corporelles sont formées à partir des acides gras alimentaires
précédemment stockés, mais également à partir des glucides et acides aminés alimentaires
excédentaires.
59
Le glycérol est introduit dans la glycolyse ou la gluconéogenèse grâce à trois enzymes :
- la L-Glycerol-3-phosphate
- la dihydroxyacetone phosphate
- la D-Glyceraldehyde-3-phosphate
(la glycérol kinase n’est présente que dans le foie et les reins)
Dans les cellules animales, l’oxydation des acides gras a lieu dans les mitochondries. Pour
permettre l’entrée des acides gras dans la matrice mitochondriale, un ensemble de
réaction est nécessaire.
1 Activation en « dérivé Coenzyme A » dans la membrane mitochondriale externe
60
2 Trans-estérification en « dérivé Carnitine »
3 Trans-estérification inverse en « dérivé Coenzyme A »
61
Ces 4 étapes sont répétées jusqu’à ce que la chaîne d’acide gras ne contienne plus que 2
carbones.
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- Il faut retirer 2 ATP consommés pour l’activation de l’acide gras en « dérivé
Coenzyme A »
- Dans les conditions réelles de concentration en substrats et produits, la
récupération énergétique est supérieure à 60%.
- Les équivalents réducteurs vont par la suite libérer des quantités importantes
d’eau.
63
La β-oxydation de l’acide linoléique nécessite deux enzymes supplémentaires :
64
La β-oxydation des acides gras à nombre impair de carbones (surtout plantes et
organismes marins) donne lieu à la formation finale de propionate, qui entre dans le
cycle de Krebs via le succinyl-CoA.
La vitesse de β-oxydation est contrôlée par l’entrée des acides gras dans la matrice
mitochondriale.
65
4. LA β-OXYDATION CHEZ LES VEGETAUX
Les plantes ne disposent pas d’enzymes de la β-oxydation dans leurs mitochondries. Elles
utilisent donc une β-oxydation peroxysomiale, surtout pour raccourcir les acides gras très
longs, de plus de 22 carbones. Une fois raccourcis, les acides gras passent dans la
mitochondrie.
66
Ces graines contiennent des triglycérides, qui constituent à la fois une réserve d’acides
gras pouvant être métabolisés pour former de l’ATP, mais également une réserve de
carbone permettant la croissance de la jeune plantule.
67
Certains organismes, dont les vertébrés, réalisent également une voie mineure : la
ω-oxydation, qui a lieu dans le réticulum endoplasmique et agit essentiellement sur les
acides gras à chaîne moyenne.
68
5. CORPS CETONIQUES
Chez l’homme et la plupart des mammifères, l’acétyl-CoA formé dans les mitochondries
du foie peut également être converti en corps cétoniques. Ils constituent une source
énergétique pour certains organes extra-hépatiques (dont le cerveau en cas je jeûne), en
effet, le foie synthétise les corps cétoniques mais n’est pas capable de les utiliser (les
acides gras sont sa source d’énergie).
69
CHAPITRE 14 : SYNTHESE DES ACIDES GRAS ET DU CHOLESTEROL
Ils ont les principales sources d’énergie pour de nombreux organismes, et les constituants
majeurs des membranes cellulaires. Certains possèdent également des fonctions
spécialisées :
- Pigments (rétinal, carotènes)
- Cofacteurs (vitamine K)
- Détergents (sels biliaires)
- Hormones (vitamine D, hormones sexuelles)
- Messagers extracellulaires (eicosanoïdes)
- …
La biosynthèse des acides gras n’est pas l’inverse de la β-oxydation. Les voies
métaboliques et les enzymes sont différentes, ainsi que la localisation cellulaire de la voie
métabolique.
Il est synthétisé à partir d’acétyl-CoA par l’acétyl-CoA carboxylase. Il s’agit d’une enzyme
multifonctionnelle constituée d’un seul polypeptide (chez les animaux). Elle a trois
domaines actifs et utilise la biotine comme groupement prosthétique.
70
Cette synthèse comporte deux étapes :
1. Biotine carboxylase
2. Trans-carboxylase
71
La néosynthèse des acides gras est catalysée par un complexe enzymatique : l’acide gras
synthase. Elle est constituée de 7 polypeptides chez les bactéries et les plantes, alors que
chez les vertébrés, c’est un unique polypeptide qui porte toutes les activités enzymatiques.
72
Pour qu’un cycle commence, la chaîne formée doit être transférée sur la cystéine et un
nouveau malonyl-CoA doit se fixer sur l’Acyl-carrier protein (ACP).
73
Habituellement le NADPH est le transporteur d’électrons pour les réactions anaboliques
alors que le NAD+ sert dans les réactions cataboliques :
74
Chez les plantes, la synthèse des acides gras n’a pas lieu dans le cytosol, mais dans le
chloroplaste, car la photosynthèse produit du NADPH pendant la phase claire, ce qui
fait que le rapport [ NADPH ]/[ NADP+ ] est très élevé.
Contrairement aux végétaux, chez les animaux la synthèse des acides gras a lieu dans le
cytosol, car c’est là que se trouve l’acétyl-CoA.
75
L’acétyl-CoA provient essentiellement du catabolisme du glucose via le pyruvate et de la
dégradation des acides aminés. L’acétyl-CoA provenant de la β-oxydation des acides gras
n’est pas utilisé pour la synthèse des acides gras grâce à une régulation réciproque des
deux voies. En effet, l’acétyl-CoA carboxylase est active lorsque des acides gras sont
synthétiser. Or elle augmente la concentration en malonyl-CoA dans le cytosol, qui est
un puissant inhibiteur de la CAT 1 (voir point 3 du chapitre 13).
76
Chez les plantes, l’Acétyl-CoA carboxylase (ACC) des chloroplastes n’est pas régulée par
le citrate et la phosphorylation. C’est l’illumination qui engendre des augmentation de
pH et la concentration en magnésium dans le stroma qui l’active.
77
Les acides gras plus longs sont synthétisés à partir du palmitate :
78
Les interconversions entre acides gras insaturés se font uniquement au sein d’une même
famille : ω-9, ω-6, ω-3 :
79
3. ACIDES GRAS POLYINSATURES
2. Ils sont les précurseurs des eicosanoïdes, comme certains PUFA à 20 carbones :
Eicosanoïdes :
Ils ont des effets locaux et limités. Ils ont été découverts par le biais des
prostaglandines contenues dans le sperme humain. Elles sont responsables de :
- La stimulation des contractions utérines
- La diminution de la pression sanguine
Elles sont produites par les vésicules séminales (et non par la prostate comme on l’a
cru au départ). Leurs propriétés ressemblent beaucoup à celles des hormones :
- Effets physiologiques importants à très faible concentration
- Effets souvent médiés par l’AMP cyclique mais à durée de vie très limitée
- Action locale
80
Les eicosanoïdes sont connus pour certains effets :
- Réponse inflammatoire surtout pour les articulations (rhumatisme), la peau
(psoriasis) et les yeux
- Production de fièvre et de douleur
- Régulation de la pression sanguine
- Induction de la coagulation du sang
- Induction du travail avant accouchement
- Régulation du cycle sommeil / réveil
- Sécrétion de mucine de protection de la muqueuse stomacale
- ….
81
Le PGH2 est le précurseur des autres prostaglandines, thromboxanes et prostacyclines.
Les leucotriènes sont des médiateurs des réactions inflammatoires et allergiques. Ils
agissent sur la contraction des muscles lisses et augmentent la sécrétion de mucus. En
trop grande quantité, ils provoquent de l’asthme.
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4. TRIGLYCERIDES ET GLYCEROPHOSPHOLIPIDES
Cet acide phosphatidique sera utilisé pour former les triglycérides et les
glycérophospholipides.
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Origine du glycérol-3-P :
Une autre solution est la glycéronéogenèse présente dans les adipocytes et le foie :
84
5. CHOLESTEROL
Nos cellules synthétisent le cholestérol à partir d’acétate en 4 étapes. Cette synthèse a lieu
en grande partie dans le foie chez les vertébrés.
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Le cholestérol est véhiculé dans le sang par des lipoprotéines :
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Maximum 190mg de cholestérol/dL de sang
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La biosynthèse du cholestérol est fortement régulée :
- Par la concentration intracellulaire en cholestérol
- Par le glucagon
- Par l’insuline
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Régulation de la HMG-CoA réductase au niveau de son expression : rôle de la famille
des SREBPs (Sterol-Regulatory Element-Binding Proteins).
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