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GENETIQUE MEDICALE – Hétérogénéité des maladies génétiques – Les nouvelles approches thérapeutiques pour les

maladies génétiques

11/01/2018
HASSANI Saliha L2
CR : LECHARNY Louise
Génétique Médicale
Pr. M. Krahn
30 pages

Hétérogénéité des maladies génétiques – Les nouvelles approches thérapeutiques pour les maladies
génétiques
Plan

A) HETEROGENEITE DES MALADIES GENETIQUES

A- Contexte
B- Notions essentielles
I- Hétérogénéité allélique
II- Hétérogénéité génétique
III- Hétérogénéité clinique
IV- Exemple des dystrophies musculaires
C- Hétérogénéité et génétique médicale
I- Notion de stratégie diagnostique
II- Notions de multigénisme et gènes modificateurs

B) LES NOUVELLES APPROCHES THERAPEUTIQUES POUR LES MALADIES


GENETIQUES

A- Cas des approches pharmacologiques


I- Progrès thérapeutiques dans les maladies métaboliques
II- Translecture de codons stop
III- Approches pharmacologiques mutation-spécifiques
IV- Pharmacogénétique
B- Thérapie cellulaire
I- Cellules souches : généralités
II- Thérapie cellulaire et sources cellulaires
a. Cellules souches embryonnaires
b. Induced Pluripotent Stem cells
c. Cellules souches adultes
C- Thérapie génique
I- Modalités : thérapies géniques ex-vivo et in-vivo
II- Principe de la thérapie génique
III- Maladies monogéniques
IV- Approche du saut d’exon : exemple de la myopathie de Duchenne
Sujet d’actualité : Révolution CRISPR-CAS9
D- Conclusion
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A) HETEROGENEITE DES MALADIES GENETIQUES

A- Contexte

L’objectif de ce cours est de faire le point sur la diversité des


maladies génétiques, importante à connaître notamment dans le cadre
d’une démarche diagnostique.

En effet le contexte réel ne correspond pas à la vision schématique


simple selon laquelle un gène, dans lequel se trouverait toujours la
même mutation, (ou quelques rares mutations récurrentes) est
toujours responsable d’un même tableau phénotypique.

C’est le cas en effet pour de rares exemples, comme la drépanocytose : il y a vraiment une mutation
majoritaire dans le gène de la β-globine, toujours responsable d’un même phénotype, ici la maladie
hématologique touchant les globules rouges qu’est la drépanocytose.

Pour la plupart des maladies génétiques, et ceci est vrai pour les maladies génétiques monofactorielles, et de
manière plus large, pour les maladies communes polyfactorielles, on distingue les trois niveaux
d’hétérogénéité suivants : l’hétérogénéité allélique, l’hétérogénéité génétique et l’hétérogénéité clinique.

B- Notions essentielles

I- Hétérogénéité allélique

Les allèles sont des versions alternatives d’un même gène différant par leur séquence d’ADN.

Si l’on s’intéresse à un locus génomique particulier, nous pouvons avoir des variations
nucléotidiques ; par exemple sur l’allèle maternel peut se trouver une cytosine (C) à un
emplacement précis, alors que sur l’autre allèle hérité du père, s’y trouvera une
thymidine (T). Cela constitue une variabilité des allèles par rapport à une séquence
normale de référence. A chaque fois que l’on trouve une variation de séquence par
rapport à la normale, il y a un allèle différent, ainsi il y aura autant d’allèles (de
versions différentes du gène) qu’il y a de variations pour un emplacement génomique
donné.

Remarque (non redit cette année): il n’y a pas vraiment de séquence unique de référence, nous avons chacun
notre séquence de référence. La séquence de référence dans les bases de données est en fait issue de données
de fréquences puisqu’on sait par exemple que pour la majorité des individus de tel groupe ethnique, pour tel
emplacement il y aura telle séquence.

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Il y a certaines rares situations où nous avons, pour un gène


donné, une mutation récurrente ou quelques rares mutations
récurrentes qui vont donner un tableau clinique spécifique.
Mais le plus souvent le cas de figure est celui où nous avons
plusieurs mutations différentes.

Ces mutations sont différentes d’une famille à l’autre : par


exemple dans une pathologie autosomique récessive on peut
avoir chez un cas index atteint une mutation dans l’exon 2 et
une autre dans l’exon 7 (deux mutations hétérozygotes
composites du sujet atteint) alors que chez un autre individu
d’une autre famille, atteint de la même maladie, nous aurons
une mutation pour l’exon 8 et dans l’exon 11 par exemple.

C’est cette diversité de mutations qui fait référence à ce que l’on appelle le spectre mutationnel large, qui
signifie que cette diversité se définit à la fois en termes de localisation des mutations (région codante ou non-
codante) et en termes de type de mutation (faux-sens, non-sens, insertions, délétions…). Effectivement nous
avons des gènes qui ont des spectres mutationnels plus ou moins larges : Ex. : on sait que pour tel ou tel
gène il y a par exemple à ce jour plus de 100 mutations différentes rapportées chez tous les cas index.

En lien avec cette notion de spectre mutationnel large, il va falloir utiliser des technologies qui permettent de
détecter la majorité sinon toutes les mutations que l’on peut rencontrer au niveau de ce gène. Il est important
qu’en fonction de ce que l’on sait sur le type de mutations de tel gène (spectre mutationnel large ou mutation
récurrente) d’utiliser les techniques d’analyses adaptées.

⟹ L’hétérogénéité allélique est la multiplicité des mutations possibles dans un même gène (c’est
la diversité de mutations de séquence que l’on peut rencontrer au niveau d’un gène, qu’elles soient
pathogènes ou non).

Exemple de la mucoviscidose : c’est toujours le gène CFTR qui est impliqué, et dont les mutations peuvent
conduire aux défauts du canal chlore responsables de cette maladie. Pour ce gène il existe plus de 1 000
mutations différentes décrites dans les différentes familles analysées à ce jour. Pour ce gène il y a à la fois
une grande diversité de mutations mais aussi des mutations récurrentes/prépondérantes : une trentaine de
mutations sont particulièrement fréquentes (présentes chez plus de 70% des personnes atteintes).

Cette notion d’hétérogénéité allélique est importante d’un point de vue diagnostique puisqu’elle va
déterminer la stratégie diagnostique.
→ Chez un cas index, on analyse souvent de manière préférentielle cette trentaine de mutations les plus
fréquentes ce qui permet de poser un diagnostic dans à peu près 70% des cas. Si l’analyse est négative,
puisqu’on sait qu’il peut y avoir beaucoup de mutations il faut faire une analyse plus élargie.

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La situation la plus simple est celle d’un gène de petite taille (Rappel : taille moyenne d’un gène : 8 à 10
exons, variant entre des extrêmes de 1 à des centaines d’exons), l’analyse sera plus facile :

→ S’il n’y a pas de mutations récurrentes, on peut réaliser un séquençage complet de la séquence
codante : on séquence les exons et les bornes introniques.
C’est d’autant plus facile s’il y a des mutations récurrentes (drépanocytose : quasiment toujours la
même mutation recherchée de manière ciblée)  diagnostic via techniques de détection ciblée de
mutations récurrentes, qui sont des techniques rapides et peu coûteuses.

La situation est plus difficile pour un gène de grande taille, d’autant plus si ce gène a un spectre mutationnel
large (grande diversité de mutations).

→ On va utiliser des techniques de pré-criblage mutationnel : c’est un « scan » des séquences codantes
pour détecter des profils anormaux, et c’est uniquement lorsqu’on obtient un profil anormal que l’on
va séquencer l’exon correspondant. C’est un séquençage ciblé des exons présentant des profils
anormaux.
→ L’autre alternative, qui est souvent utilisée, est de faire pour les gènes de grande taille un séquençage
complet de la totalité de la séquence codante d’intérêt : exons et bornes introniques.

Il y a des situations où même pour les gènes de grande taille (ex du gène CFTR de la mucoviscidose) on a une
ou certaines mutations prépondérantes que l’on peut rechercher de manière préférentielle dans un premier
temps, et si c’est négatif aller plus loin dans l’analyse, l’objectif étant dans le cadre d’un diagnostic d’utiliser
les techniques les plus rapides et les moins chères.

Le séquençage de nouvelle génération a permis d’augmenter considérablement les capacités de séquençage,


et l’on va finalement s’orienter de plus en plus vers des stratégies globales dans lesquelles, de manière
simultanée on va séquencer des 10aines voire des 100aines de gènes, ou encore toutes les séquences codantes
du génome (l’exome), voire le génome complet. Tout ceci va modifier les stratégies d’analyse mais le schéma
ci-dessus reste valide pour la stratégie d’interprétation.

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On peut aussi séquencer le génome complet puis faire un filtrage ne retenant que les informations qui nous
intéressent. Si on a un patient qui a une mucoviscidose et que l’examen le moins coûteux serait (plus tard) le
séquençage de son génome, on fera cependant en premier l’analyse du gène CFTR, on regardera en priorité
parmi les dizaines de milliers de variants identifiés s’il y a les 30 mutations récurrentes de ce gène. On
maintiendra cette stratégie en fonction de la connaissance de la diversité des mutations.

II- Hétérogénéité génétique

⟹ Hétérogénéité génétique : Multiplicité des gènes impliqués dans la survenue d’une même maladie
(d’un même phénotype). (Elle fait référence au problème que des mutations dans des gènes
différents peuvent conduire à une même présentation clinique.)

Attention, ce ne sont pas des mutations simultanées dans différents gènes, (comme c’est le cas pour les
mutations digéniques ou polygéniques) ici, c’est bien des mutations dans un gène, ou encore un autre gène,
qui vont conduire à une même présentation phénotypique.
Les protéines en général fonctionnent avec d’autres partenaires protéiques (en réseau) : les protéines codées
par les gènes A, X et Z interviennent sur des mêmes fonctions physiologiques, si bien qu’une mutation de
l’un ou l’autre des gènes aura les mêmes conséquences pathologiques.

Exemple des Neuropathies périphériques :


- Sur le plan clinique, elles se manifestent par des troubles moteurs et sensitifs, car on a une atteinte des
nerfs périphériques.
- On peut observer sur la biopsie nerveuse (n’est plus faite de manière systématique) des anomalies des
axones ou de la myéline, puisque les mutations des gènes concernés vont affecter des protéines
importantes justement soit pour l’axone soit pour la myéline, et entrainer des défauts de l’ampleur du
potentiel d’action ou de la vitesse de de conduction (détectés sur électroneuromyogramme).

On sait qu’il y a plus d’une 20aine de gènes (tous importants pour l’axone ou la myéline) dont les mutations
vont conduire à ces anomalies entrainant ce tableau clinique de neuropathie périphérique.

→ Le clinicien va devoir être conscient de la diversité des gènes qui peuvent être impliqués et donc
l’analyse doit porter non pas sur un seul gène, mais doit être effectuée de manière simultanée ou
séquentielle sur ces différents gènes qui peuvent être responsables.

Malheureusement, pour ces groupes de pathologies on ne connait à ce jour pas tous les gènes : même si l’on
séquence tous les gènes que l’on sait être impliqués dans des neuropathies périphériques, on n’aura une
réponse (une identification du gène responsable) pour les patients que dans la moitié des cas ou plus selon
les pathologies.
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III- Hétérogénéité clinique

⟹ Hétérogénéité clinique : diversité des maladies provoquées par des anomalies d’un même gène. (Il
s’agit de la problématique inverse de l’hétérogénéité génétique).

On sait que les mutations dans un même gène peuvent conduire à des tableaux cliniques parfois extrême-
ment variables.

Question : Quelle est la différence avec l’épissage alternatif ?


Réponse : L’épissage alternatif est un phénomène physiologique existant pour certains gènes et permettant
à partir d’une même séquence génomique et de manière tissu-spécifique d’obtenir des ARNm matures
différents. Ce mécanisme peut en effet contribuer à l’obtention de différents phénotypes à partir d’un même
gène. C’est ce qu’on appelle la corrélation génotype-phénotype.

On s’est rendu compte que tel tableau clinique était dû à des mutations dans un gène qu’on savait déjà être
impliqué pour des présentations complétement différentes : en clinique, on n’aurait jamais fait le
rapprochement entre les deux maladies.

Exemple des mutations dans le gène de la lamine A/C qui est une protéine importante pour
l’enveloppe nucléaire. Les mutations induisent une désorganisation du noyau (visible en
microscopie ci-contre), elles vont être responsables de présentations cliniques extrêmement
différentes.

Des mutations de ce gène ont été impliquées initialement dans des formes de myopathies, avec
une atteinte spécifique du tissu musculaire. Par la suite on s’est rendu compte que des mutations
dans ce même gène peuvent aussi donner une cardiomyopathie dilatée isolée, mais également des
neuropathies périphériques

Des mutations dans ce même gène sont


responsables d’un phénotype extrême qui
est celui du vieillissement prématuré de type
Progeria avec une atteinte multisystémique
en plus de ce vieillissement prématuré : une
atteinte majeure du tissu cardiaque,
également liée à des mutations dans le gène
de la lamine. (on n’aurait pas spontanément
pensé que la Progeria est due à des
mutations dans un gène qui par ailleurs est
connu pour donner une myopathie).

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Ce sont des cas extrêmes avec d’une part des atteintes tissus spécifiques très ciblées, et de l’autre côté des
atteintes différentes systémiques.

Ceci est vrai pour de nombreuses maladies génétiques et malheureusement on n’a pas beaucoup
d’explications, de preuves concrètes pour prévoir si les mutations dans un gène vont donner telle ou telle
présentation clinique. Les hypothèses principales sont :

→ 1ère hypothèse : la corrélation génotype-phénotype (pas le cas dans la Progeria) : telle mutation dans
un gène va donner telle présentation clinique, alors que telle autre mutation va donner un autre tableau
clinique.

Exemple : pour certaines maladies où nous avons des mutations de type non-sens qui donnent une inactivation
de la protéine qui vont donner un tableau clinique, des mutations faux-sens pour ce même gène ne vont pas
conduire à l’absence de la protéine mais plutôt à un dysfonctionnement de la protéine, et donc conduire à
un autre tableau clinique.

→ 2e hypothèse : l’interaction entre la protéine mutée et d’autres protéines :c’est-à-dire que l’on aurait
des mutations principales responsables du défaut principal mais dont l’effet serait modifié par d’autres
mutations présentes dans d’autres gènes qui agissent sur la même voie physiopathologique avec un
effet modificateur.

Exemple : Un patient qui aurait une mutation lamine + des mutations de certains gènes dans des tissus
musculaires va avoir une atteinte tissu-spécifique, alors que des patients qui auraient cette forme extrême de
Progeria auraient simultanément d’autres mutations associées.

Cela fait l’objet de recherches et est difficile à mettre en évidence.

Petit schéma récapitulatif des choses importantes à retenir :

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IV- Exemple des dystrophiesmusculaires


Il s’agit d’une situation d’hétérogénéité extrême posant un problème pour le diagnostic précis. On essaie
d’éviter l’errance diagnostique puisque c’est important pour la prise en charge spécifique des patients.

Les myopathies au sens large se caractérisent par la présentation clinique suivante : une atteinte de l’appareil
locomoteur (motrice), et parfois en association avec une atteinte cardio-respiratoire.

Parmi le groupe large des myopathies se trouvent des sous-groupes dont les dystrophies musculaires pour
lesquelles il y a une anomalie génétique primaire touchant l’une des protéines importantes pour le tissu
musculaire, ce qui va conduire sur le plan histologique au phénomène de nécrose-régénération :

→ Le défaut protéique va conduire à la nécrose de la fibre musculaire, et des cellules souches au niveau
de ce tissu musculaire qui vont conduire à la régénération (formation de nouvelles fibres musculaires).
Mais puisque celles-ci ont dans leur patrimoine génétique la mutation, cela conduit à un nouveau cycle
de nécrose. Ce phénomène progressivement s’épuise, ce qui induit un remplacement progressif du tissu
musculaire par du tissu fibro-adipeux chez ces patients.

Il s’agit d’affections dégénératives primitives dues à des mutations dans des gènes importants au niveau de
la fibre musculaire. (Beaucoup de protéines ont été caractérisées, ainsi que des gènes impliqués dans les
dystrophies musculaires connues à ce jour). Toutes ces protéines jouent un rôle important dans :

- Le lien mécanique entre le cytosquelette contractile à l’intérieur de la fibre musculaire et la matrice


extracellulaire (MEC), qui sert d’ancrage aux contractions.

- La réparation membranaire (puisque de manière physiologique lors d’efforts il y a régulièrement


des lésions membranaires dans les fibres musculaires, c’est pourquoi il existe un système très efficace
de réparation)

- La contraction, la signalisation, l’intégrité du noyau…

Il y a donc une grande diversité de protéines


importantes, on connait alors plus d’une 30aine de
gènes impliqués dans les dystrophies musculaires
(hétérogénéité génétique): et de manière plus large il y
a plus de 200 gènes impliqués dans les myopathies (qui
incluent les myopathies de type myasthénie,
myopathies métaboliques…).
Le premier gène identifié (en 1987) a été celui impliqué
dans la myopathie de Duchenne, le gène de la
dystrophine, et encore récemment, des gènes
importants ont été découverts grâce aux techniques de
séquençage de nouvelle génération. La liste continue
de s’allonger, mais aujourd’hui, on connait la grande
majorité des gènes qui sont mutés de manière fréquente et on trouve plutôt des gènes qui sont très rarement
mutés ou à l’origine de maladies rares. Il y a des gènes que l’on ne retrouvera jamais mutés car leur
mutation aurait des conséquences soit sur la capacité reproductrice, soit sur le développement fœtale qui
empêcherait la grossesse d’arriver à terme.

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On retrouve les trois niveaux d’hétérogénéité :


Hétérogénéité génétique : beaucoup de gènes différents conduisent à une même présentation clinique
(dystrophie musculaire).
Des protéines vont agir de manière coordonnée sur un même processus physiopathologique, comme le lien
mécanique, pour lequel une protéine centrale est la dystrophine. (C’est cette protéine qui est mutée dans la
myopathie de Duchenne, dont le rôle essentiel est de faire le lien entre ce cytosquelette contractile d’actine,
la membrane plasmique ou sarcolemme, et la MEC. C’est une protéine élastique et flexible : elle protège la
fibre musculaire des tensions crées par la contraction.)

La dystrophine interagit avec de nombreuses


protéines transmembranaires comme le complexe
sarcoglycan, dont des mutations dans l’une de ses
protéines conduisent à des présentations cliniques
très proches de la myopathie de Duchenne.
Ce sont donc des mutations dans des gènes
différents dont le tableau clinique est parfois très
similaire, ceci s’expliquant par le fonctionnement
en réseau des protéines impliquées.

Hétérogénéité allélique : On retrouve le problème de la diversité des mutations. Pour le gène de la


dystrophine, les bases de données ont répertorié plus de 3000 mutations différentes rapportés chez les
différents cas index identifiés. Là encore, on retrouve des mutations prépondérantes qui sont les plus
fréquentes et qu’on recherchera en priorité.

Hétérogénéité clinique : Initialement les efforts de séquençage ont permis d’identifier le gène de la
dystrophine comme étant responsable de la myopathie de Duchenne, caractérisée par un début et une évolution
sévères, une perte de la marche avant l’âge de 13 ans, ainsi que des complications cardiaques et respiratoires
qui peuvent conduire au décès vers l’âge de 20 à 30 ans.

Plus tard on a découvert une autre myopathie, de forme clinique modérée, qui débute chez l’adolescent ou le
jeune adulte, d’évolution beaucoup moins sévère, avec une espérance de vie quasi normale. C’est la myopathie
de Becker, elle aussi due à des mutations dans le gène de la dystrophine (c’est donc une dystrophinopathie)
(mais il y a des avancées prometteuses pour le traitement de la myopathie de Duchenne, cf. 2e partie du
cours).

→ Pour la mutation de Duchenne les mutations conduisent à une absence complète de la protéine, donc à
une présentation sévère alors que pour la myopathie de Becker, la conséquence est un défaut partiel
de la protéine et donc une présentation moins sévère. On a donc ici une corrélation génotype-
phénotype.

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C- Hétérogénéité et génétique médicale

I- Notion de stratégie diagnostique

Cette connaissance des différents niveaux d’hétérogénéité nous permet d’adapter la stratégie diagnostique,
l’objectif étant toujours d’établir un diagnostic précis (diagnostic moléculaire), qui passe par l’identification
de l’anomalie génétique (gène impliqué et type de mutation). Ceci a des conséquences concrètes pour la prise
en charge du patient : l’intérêt est alors d’établir une certitude diagnostique, et permet :

⇒ D’informer le patient sur le risque de récurrence (risque pour sa descendance ou risque familial) dans
le cadre du conseil génétique.
⇒ Une prise en charge adaptée, puisqu’en fonction du gène impliqué souvent on connait plus finement
l’évolution de la maladie.
Certaines myopathies ont une atteinte cardiaque associée alors que d’autres non. Si une mutation est identifiée
dans le gène de la dysferline, la myopathie n’a pas de conséquences sur l’espérance de vie : c’est une
myopathie d’évolution sévère avec perte de la marche mais sans atteinte cardiaque.
Si on fait un diagnostic d’une mutation affectant le sarcoglycan, qui mène à une sarcoglycanopathie, il y aura
une atteinte cardiaque, anticipée par la surveillance et la prise en charge précoce de la maladie, afin d’éviter
la survenue de complications.

Même s’il n’existe pas de traitement spécifique pour telle maladie génétique, le fait d’établir un diagnostic
précis a des conséquences concrètes pour la prise en charge. Ainsi la stratégie diagnostique pour les maladies
génétiques hétérogènes se décompose en plusieurs étapes successives et systématiques dont l’objectif est
une analyse génétique ciblée.
⇒ Stratégie diagnostique pour les dystrophies musculaires :

• Diagnostic de myopathie
(clinique, lors d’une consultation
chez le neurologue spécialisé dans
les myopathies : myologue) En
fonction d’une clinique précise, on
peut suspecter l’implication de tel
ou tel gène.

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• Réalisation d’examens complémentaires, dont un examen clé qui est la biopsie musculaire : on
regarde l’aspect du tissu, et on réalise des immunomarquages, à la recherche du déficit d’une protéine
que l’on pense impliquée.
• Les orientations fournies par ces analyses complémentaires (par exemple : un déficit quantitatif en
dysferline mis en évidence par Western blot) vont permettre d’analyser de manière préférentielle le
gène correspondant, et dans la majorité des cas mettre en évidence des anomalies.
Ces analyses permettent d’affiner le diagnostic et le pronostic et d’améliorer la prise en charge.
C’est le schéma classique appliqué pour la plupart de maladies génétiques :
• Orientation clinique initiale
• Affinement du diagnostic paraclinique
• Analyses génétiques ciblées

Ceci est modifié par les capacité grandissantes de séquençage de nouvelle génération :

Puisque la stratégie classique consistait en une approche gène par gène avec des éléments d’orientation vers
tel ou tel gène (on peut relever, en plus d’un tableau clinique d’orientation, des éléments fins d’orientation),
les analyses étaient réalisées de manière séquentielle, ce qui posait le problème d’une errance diagnostique
longue jusqu’au diagnostic précis.

On peut maintenant d’emblée séquencer la 30aine de gènes impliqués dans la dystrophie musculaire (panel de
gène par NGS), ou de manière simultanée les 200 gènes impliqués dans les myopathies, ou de manière plus
large, l’exome.

Cependant la stratégie diagnostique reste très importante, moins dans le cadre de l’orientation diagnostique,
mais plutôt dans l’interprétation des données. Ce type de séquençage permet d’identifier des centaines de
variants dans différents gènes, parmi lesquels il faudra trouver la mutation impliquée dans la myopathie du
patient.

La corrélation des données mutationnelles générées en séquençage à haut débit à l’analyse clinique fine et
aux données paracliniques, permet de faire le tri parmi les variants les plus pertinents, qui seront retenus pour
le diagnostic génétique : Importance pour la priorisation des gènes analysés.

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En pratique, on organise des réunions de concertation pluridisciplinaires avec des cliniciens et des
généticiens afin d’évaluer la pertinence des tests génétiques effectués dans le cadre d’une pathologie précise,
on ne va pas faire un séquençage à tout le monde pour un oui ou pour un non.

II- Notion de multigénisme et de gènes modificateurs

Maladies polyfactorielles : elles sont en lien avec la problématique des gènes modificateurs des maladies
monogéniques, dont on pense que cela pourrait être impliqué dans l’hétérogénéité de présentations cliniques.

❖ Notion de gènes modificateurs dans le cadre de maladies monogéniques : l’effet de mutation principal
dans un gène donné (qui va être responsable de la maladie) peut être modulé par l’effet concomitant
de mutations dans d’autres gènes, qui à elles-mêmes ne sont pas suffisantes pour déclencher la
pathologie, mais qui peuvent avoir l’effet soit aggravant, soit protecteur par rapport à des mutations
dans un autre gène.

Ceci est lié à l’interaction des protéines en réseau : Dans l’exemple de la réparation membranaire de la
fibre musculaire, qui implique de nombreuses protéines, le défaut d’une protéine par mutation va déclencher
la maladie et en même temps, il y a des variations qui vont renforcer l’effet d’une autre protéine impliquée
dans la réparation : il y a compensation positive et présentation clinique un peu moins sévère.
Si en revanche ces mutations sont « un peu » pathogènes mais non suffisantes, et concomitantes à la mutation
de la protéine, il y aura une présentation plus sévère.

❖ Parfois cet effet associé et simultané dans d’autres gènes est tellement important (redondance
fonctionnelle) que c’est uniquement lorsque l’on a des mutations combinées à effet délétère dans un
gène et dans un autre gène que la maladie va se manifester (démontré pour certaines rétinopathies
héréditaires), c’est uniquement lorsqu’il y a des mutations concomitantes dans les deux gènes que le
patient va être atteint :

Ce digénisme (dans l’exemple) ou multigénisme (différents gènes impliqués) ou multiallélisme (différentes


mutations impliquées) est en lien avec un certain niveau de redondance fonctionnelle des protéines où des
protéines peuvent se suppléer l’une l’autre si l’une est absente : l’effet de l’autre protéine est suffisant pour
maintenir la fonction, c’est uniquement lorsque les deux protéines sont atteintes qu’il y aura déstabilisation
de cette voie physiopathologique. Evidemment, plus il y a de protéines impliquées, plus il devient difficile
de faire le lien entre les différentes mutations et la pathologie.

Distinction multigénisme/gène modificateur : dans le cas des gènes modificateurs le locus morbide a une
importance supérieure au gène modificateur, qui lui ne peut pas avoir de conséquences majeures à lui tout
seul. Dans le cas du gène modificateur, le locus morbide donne une pathologie « classique » en l’absence du

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gène modificateur, mais donnera une forme différente de la pathologie en présence de ce gène modificateur.
Dans le cas du multigénisme, un seul locus morbide ne donne pas de pathologie.

❖ A l’autre extrême, on trouve le problème de la susceptibilité génétique dans les maladies


polyfactorielles, (prédisposition génétique aux maladies communes comme le diabète...) où cette fois
le facteur étiologique primaire n’est pas génétique (facteur infectieux, immunologique, néoplasique,
toxique…).
C’est le fond génétique (différentes variations dans différents gènes) qui va faire que la maladie va se
manifester de manière atténuée ou beaucoup plus sévère chez certains patients.

Le facteur étiologique primaire peut être par exemple l’hypercholestérolémie, liée à un mauvais régime, et si
l’on a en même temps un facteur génétique de prédisposition modifiant la quantité d’une lipoprotéine, le
patient sera protégé ou au contraire susceptible de développer plus facilement la pathologie. Pour les
maladies infectieuses, certaines personnes dont des grippes très sévères et d’autres non ( recherche de
facteurs génétiques prédisposant à des réactions plus sévères contre tel ou tel micro-organisme).

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B) LES NOUVELLES APPROCHES THERAPEUTIQUES POUR LES MALADIES GENETIQUES

Problématique : Ces dernières années ont été réalisés d’énormes progrès concernant la connaissance des
mécanismes physiopathologiques :
o Tout d’abord par l’expansion de l’identification des gènes impliqués dans les pathologies (maladies
monogéniques, mais aussi dans le domaine de la cancérologie somatique, et pour les gènes de prédisposition
aux maladies polyfactorielles communes) notamment grâce au séquençage nouvelle génération.
o Et grâce à des études fonctionnelles des protéines de plus en plus perfectionnées avec de
nombreux modèles d’études (cellulaires, animaux…). Ce sont des études sur le fonctionnement
physiologique des protéines qui permettent souvent de comprendre les conséquences des mutations touchant
ces protéines dans les pathologies.

Cependant encore peu de ressources thérapeutiques efficaces sont disponibles, ce qui implique la nécessité de
développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Il y a pour les maladies génétiques et d’autant plus pour les maladies rares (fréquence < 1/2000 personnes)
des obstacles particuliers :
• « La traversée du désert » qui est la difficile transition entre la preuve de principe (réalisée sur des
modèles expérimentaux cellulaires de pathologies génétiques, ou modèles animaux) et la réalisation
d’essais cliniques. (Cela s’explique entre autres par l’aspect règlementaire, encadrant ces essais de
façon beaucoup plus poussée chez l’être humain que sur modèles animaux.) C’est également
compliqué de trouver des cas contrôles, par rapport à un essai clinique classique avec des molécules
médicamenteuses, en effet on ne va pas faire de la thérapie génique et modifier les gènes de patients
sains juste pour un essai clinique, c’est beaucoup trop risqué.
• Faible nombre de patients pour les essais cliniques (Progéria : 2 patients en France, d’où la
nécessité de coordonner ces essais sur le plan international : essai effectué sur la vingtaine de patients
européens)
• Faible intérêt de l’industrie pharmaceutique (Maladies rares : faible part de marché donc pas
d’intérêt pour le développement de médicaments)
Mais ça a beaucoup changé ces dernières années, en effet, de manière groupée les maladies rares
touchent des millions de personnes, (et donc un retour sur investissement intéressant pour les
industries…), de plus le développement d’approches thérapeutiques pour les maladies rares bénéficie
au traitement de maladies communes (Progéria : les anomalies nucléaires observées surviennent
aussi de manière physiologique dans le vieillissement naturel : des cibles thérapeutiques identifiées
pour la progéria auront aussi un intérêt pour les pathologies associées au vieillissement naturel)

Il y a eu au niveau européen la création de statut de médicament orphelin qui donne des avantages aux
industriels qui développent ces approches thérapeutiques pour les maladies rares, par exemple : une extension
de la durée des brevets, des aides financières aux essais cliniques…

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maladies génétiques

⇒ Stratégies thérapeutiques pour les maladies génétiques :

Exemples de stratégie thérapeutique


symptomatique: surveillance et
correction d’anomalies cardiaques
liées à une myopathie, mesures de
kinésithérapie respiratoire pour les
complications pulmonaires de la
mucoviscidose  prises en charges
pas forcément spécifiques mais ayant
un intérêt majeur pour le patient.

A- Cas des approches pharmacologiques

Les approches pharmacologiques ont longtemps été délaissées dans le cadre des anomalies génétiques,
au moment des premières preuves de principes de transfert de gènes ont émergé des visions trop simplistes
selon lesquelles « il y un défaut génétique, on le corrige par transfert de gènes »  la réalité est beaucoup plus
complexe. Progressivement, des approches de thérapies cellulaires ont marqué un retour aux approches
pharmacologiques classiques, facilité par :

• La meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques (découverte de raisons


(mutations) aux dysfonctionnements des protéines, par exemple : modifications d’adressage)

• Développement des tests de criblage à haut débit pharmacologiques :


Il existe des plateformes d’évaluation pharmacologique (pour cela, une des conditions importantes est de
disposer d’un test fonctionnel, c’est-à-dire d’un moyen de distinguer les cellules malades des cellules
saines), ainsi : si on dispose d’un modèle cellulaire d’étude d’une pathologie, on peut le mettre en présence
de substances pharmacologiques (provenant de « bibliothèques de molécules » contenant toutes les molécules
ayant une AMM) dans un milieu de culture, et si cette substance a un effet bénéfique, observer des
modifications sur les cellules « malades » traitées. Cela peut se réaliser à très grande échelle et de manière
simultanée dans des milliers de puits de culture, où le dépôt du composé pharmacologique et la détection de
l’effet sont automatisés.

Ces approches pharmacologiques peuvent cibler différents processus :


→ Limitation des effets délétères d’un produit toxique accumulé
Ex. : régime restrictif, élimination de produit toxique par un chélateur (dans le cas de maladies de
surcharge en fer, Hémochromatose).
→ Induction de l’activité d’une protéine (enzyme)
Ex. : supplémentation en cofacteur qui va faciliter le fonctionnement d’une protéine
→ Apport de la protéine manquante : Ex : enzymothérapie substitutive

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I- Progrès thérapeutiques dans les maladies métaboliques

Le fait d’apporter une protéine manquante synthétisée par biotechnologie (mais cela pose des difficultés : la
protéine doit aller au bon endroit, dans les bonnes cellules, peut être dégradée…) a permis pour certaines
maladies métaboliques de disposer d’approches thérapeutiques efficaces, comme la thérapie enzymatique
substitutive. C’est le cas pour des pathologies causées par des mutations dans des gènes qui codent pour des
enzymes.
II- Translecture de codons stop

Cette approche vise à corriger les mutations


délétères de type non-sens qui concernent 10 à
20% des mutations délétères (toutes pathologies
génétiques confondues).

L’effet se manifeste essentiellement au niveau de


l’ARNm mature : Lorsque le ribosome va
rencontrer le codon stop naturel, il se décroche
avec synthèse d’une protéine normale
fonctionnelle.
Si une mutation de type non-sens introduit un
codon stop de manière prématurée dans l’ARNm,
il y a alors décrochage prématuré du ribosome et
donc la synthèse de la protéine tronquée non
fonctionnelle qui sera dégradée.
Des expériences sur des levures ont permis de découvrir que certaines levures utilisent un mécanisme naturel
qui permet, via certaines molécules, de « masquer » un codon stop donc d’empêcher le décrochage du
ribosome et permettre la poursuite de la lecture jusqu’au codon stop naturel.
Un des risques du masquage du codon stop est l’action sur des ARNm normaux pour lesquels le codon stop
naturel serait sauté, entrainant la synthèse d’une protéine anormalement longue et potentiellement délétère.
Cependant, les codons stop ont un environnement de séquence qui est différent de celui des codons stop
anormaux, donc en théorie (mais ça marche pas à tous les coups), le ribosome peut différencier les deux.

Certaines industries pharmaceutiques ont développé des molécules performantes afin de bloquer ce
phénomène, comme ATALUREN®. Lorsque ce composé est présent dans le milieu, il empêche le décrochage
du ribosome et intègre un peu au hasard un acide aminé (présent dans le milieu) à cet emplacement, et permet
la synthèse d’une protéine de taille normale.

Cette insertion d’un acide aminé au hasard est assez similaire à la conséquence d’une mutation de type faux-
sens : en fonction de l’emplacement de cette variation dans la séquence protéique, la conséquence peut être
pathologique ou tolérée. C’est la limite de ce type d’approche, puisque nous aurons bien une protéine
synthétisée de taille normale, qui pourra être fonctionnelle, à condition que le changement d’acide aminé
introduit ne soit pas lui-même délétère. Remplacer une mutation non-sens par une mutation faux-sens délétère
n’a aucun intérêt. Lorsqu’on sait où se trouve la mutation sur la séquence, on peut essayer de prévoir l’effet
de la mutation faux-sens sur la protéine.

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Les pathologies cibles de ce type d’approche sont nombreuses. Il existe des essais cliniques en cours avec la
molécule PTC124 ATALUREN® pour des pathologies liées à des mutations non-sens comme la dystrophie
musculaire de Duchenne, l’hémophilie, la mucoviscidose. Certains essais ont été suspendus pour manque
d’efficacité, d’autres ont été repris. Cette molécule a reçu en France, pour la myopathie de Duchenne, une
ATU (Autorisation Temporaire d’Utilisation) destinée aux patients qui pourraient tirer un bénéfice éventuel
de cette molécule. En l’état d’insuffisance de preuves de non toxicité et d’efficacité potentielle, l’utilisation
de cette molécule est autorisée de façon temporaire chez les patients en attendant que les essais en cours
puissent démontrer son efficacité.

III- Approches pharmacologiques mutation-spécifiques

Des molécules ont été développées spécifiquement pour l’effet démontré sur certaines mutations. Elles ont
été initialement développées dans certains cancers.

Il existe des leucémies causées par des translocations dont la conséquence est de mettre bout à bout deux
fragments de gènes qui se trouvent normalement sur des gènes différents. Cela va conduire à la synthèse
d’une nouvelle protéine qui cause la leucémie. C’était des leucémies à mauvais très pronostic jusqu’à ce
qu’on développe des inhibiteurs spécifiques de ces protéines anormales.

La mucoviscidose : Un problème récurrent concernant les mutations du gène CFTR (qui code un canal
chlore) est que ces mutations empêchent le canal d’aller à la membrane. Certains composés
pharmacologiques permettent de faciliter le ré-adressage de canal même muté à la membrane. Il peut donc
à peu près jouer son rôle, et avoir un effet thérapeutique. De molécules développées ont été mises sur le
marché.

Cancer héréditaire du sein et de l’ovaire dus à des mutations des gènes BRCA1 et BRCA2 : (pour le cancer
du sein, 10 à 15 % sont dus à des formes monogéniques autosomiques dominantes= formes familiales).
Il existe ici à la fois une prise en charge spécifique et un conseil génétique (puisque ce sont des formes
familiales) qui permet, de manière présymptomatique, de détecter les mutations et ensuite proposer une
prophylaxie pour les patientes porteuses.

Pour certaines mutations spécifiques du gène BRCA1, il y a eu le développement d’inhibiteur spécifique de


la poly ADP-ribose polymérase (PARP) qui est une protéine impliquée dans l’effet pathologique de la
mutation de ce gène. Cet inhibiteur a un effet destructeur cible sur les cellules tumorales.

En présence de certaines mutations on peut utiliser des molécules spécifiques (molécules design) développées
pour contrecarrer l’effet de ces mutations. Cela montre une fois encore l’importance du diagnostic génétique
préalable puisque c’est uniquement lorsqu’on a fait le diagnostic précis de l’implication de tel gène et
l’identification de telle mutation que l’on aura un traitement spécifique. Cette approche se développe
notamment en cancérologie, aussi bien pour les cancers héréditaires que les cancers somatiques (communs)
où l’effet de mutations peut être contrecarré par des médicaments spécifiques, ciblés.

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IV- Pharmacogénétique

Il s’agit de l’étude de l’influence de la variabilité physiologique du génome sur la réponse aux médicaments.
Il existe des polymorphismes fonctionnels dans
le génome permettant de déterminer des sujets
non répondeurs à certains médicaments ou des
sujets à risque de développer des effets
indésirables, du au fait que le patient va
métaboliser différemment la molécule… Cela
amène à adapter au mieux la posologie de
certains médicaments à chaque individu.

Les effets secondaires rares sont souvent liés à


des facteurs génétiques de prédisposition :
Ex : Clopidogrel : utilisé dans le syndrome
coronarien/AVC, peut voir son efficacité
modifiée en cas de mutation du gène CYP2C19

Il existe une liste établie par la Société Française


de Pharmacogénétique répertoriant les
variations génétiques qui prédisposent ou
protègent d’effets secondaires pour tel
médicament.

Ces variations expliquent que la posologie moyenne donnée sera insuffisante ou excessive pour certains
patients  adapter les posologies selon le patient. La prescription, prenant en compte le type de médicament
et sa posologie, doit être adaptée en fonction des caractéristiques génétiques du patient. Cela concerne plus
largement les maladies polyfactorielles.

B- Thérapie cellulaire
La thérapie cellulaire comprend l’ensemble des techniques permettant la manipulation ou la transformation
d’une cellule ou d’un tissu afin de leur conférer des fonctions nouvelles (thérapeutiques). Ex. : La cellule
peut être ici une cellule souche ; Le tissu peut être une greffe de peau chez un grand brûlé.

I- Cellules souches : généralités


Il s’agit d’un domaine actif de recherche. Les cellules souches ont des capacités de divisions asymétriques
qui permettent :
→ De former une nouvelle cellule souche, et donc de maintenir le stock de cellules souches à utiliser
ultérieurement : autorenouvèlement du pool de cellules souches.
→ De générer un progéniteur, cellule immature mais qui s’engage dans une voie de différenciation
spécifique. Il va acquérir ses spécificités fonctionnelles par étapes jusqu’à l’obtention de la cellule
mature : différenciation multi-lignée

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Ex. : Concernant l’hématopoïèse, les cellules


souches hématopoïétiques se trouvent dans des
niches de cellules souches, qui permettent le
renouvellement et, progressivement, la
synthèse de progéniteurs qui vont se
différencier vers les lignées «rouge»,
«blanche» et plaquettaire.

Il existe un gradient par lequel, avec la perte


progressive des capacités d’autorenouvèlement
et de différenciation multi-lignées, il y a
acquisition de la spécificité fonctionnelle.

Ces cellules souches permettent la régénération tissulaire :


⇒ soit de manière continue, pour le renouvellement naturel d’un tissu (sang/moelle osseuse, et autres
tissus à renouvellement rapide comme la surface du tube digestif, peau…),
⇒ ou bien cette régénération concerne des cellules quiescentes qui seront activées pour la régénération
suite à des lésions d’un tissu (tissu musculaire, foie…).

II- Thérapie cellulaire et sources cellulaires


Ce sont ces propriétés des cellules souches qui ont permis d’imaginer leur utilisation à visée thérapeutique :
Quelles sont les sources de cellules utilisables pour la thérapie cellulaire ?

a) Cellules souches embryonnaires

Les cellules souches les plus efficaces sont les cellules


souches embryonnaires (présentes dans l’œuf fécondé
et dans les premières divisons de l’embryon).

Elles ont des capacités de totipotence, c’est-à-dire le


pouvoir de différenciation vers toutes les lignées
cellulaires.

Théoriquement, l’utilisation de ces cellules devrait permettre un remplacement de n’importe quel tissu, tout
tissu serait accessible. En effet lors de la mise en culture de cellules souches embryonnaires, et en les mettant
en présence d’un certain nombre de facteurs spécifiques de différenciation, on peut induire leur
différenciation en neurones, cardiomyocytes, cellules musculaires, épithéliales…etc.

Tout dépend du « cocktail de facteurs » utilisé pour obtenir le tissu d’intérêt. Ce champ est très bien maitrisé
d’un point de vue fondamental.
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La réalité est en fait plus complexe car il s’agit de procédés spécifiques qui permettent d’obtenir tel type de
cellules « pures » ou non, et certains types tissulaires sont plus difficiles à obtenir que d’autres… cela repose
sur de prochains progrès dans les connaissances en ce domaine.

Une fois que le pool de cellules d’intérêt est obtenu, on peut effectuer une transplantation et utiliser ces
cellules dans le cadre de la thérapie cellulaire pour des maladies génétiques ou non génétiques communes
comme :

→ La maladie de Huntington ou la maladie d’Alzheimer (greffe de neurones) : maladies


neurodégénératives
→ L’insuffisance cardiaque (Ex. : si infarctus, greffe des cardiomyocytes),
→ Les maladies neuro-musculaires (greffe de cellules musculaires pour remplacer le tissu endommagé),
→ Le diabète, (greffe de tissu pancréatique)
→ Les brûlures (greffe de cellules épithéliales de l’épiderme et du derme)

L’utilisation de cellules souches embryonnaires présente de nombreux intérêts thérapeutiques éventuels, mais
soulève aussi de nombreuses questions éthiques : la source principale de cellules souches embryonnaires
consiste en l’utilisation d’embryons surnuméraires générés lors de fécondations in vitro et qui ne font plus
l’objet d’un projet parental.

Ainsi, un encadrement législatif très strict n’autorise la recherche sur les cellules embryonnaires que dans
les situations où aucune autre ressource thérapeutique n’existe : « La loi relative à la bioéthique autorise
(…) la recherche sur des cellules souches embryonnaires lorsqu’elles sont susceptibles de permettre des
progrès thérapeutiques majeurs et à condition de ne pouvoir être poursuivies par une méthode alternative
d’efficacité comparable (…) » (Nouvelle loi relative à la bioéthique (7juillet 2011)).

Induced Pluripotent Stem cells

Des progrès majeurs dans le domaine des biotechnologies ont mené à la mise au point (en 2007) des cellules
IPS (Induced Pluripotent Stem cells =cellules souches pluripotentes induites). Il a été démontré que lorsque
l’on prend des cellules matures (cellules issues d’une biopsie de peau) et qu’on leur applique des facteurs
de dédifférenciation cellulaire, ces cellules peuvent acquérir un aspect très immature, comparable aux
cellules souches embryonnaires. Ce sont des facteurs impliqués dans la différenciation très précoce des
cellules souches embryonnaires de manière naturelle, et ces facteurs utilisés sur des cellules matures en
culture (ce sont alors les facteurs de dédifférenciation) permettent d’obtenir ces cellules IPS. C’est une
reprogrammation de cellules matures en cellules immatures.

Ces cellules embryonnaires-like qu’on obtient ont comme intérêts :


→ D’être obtenues à partir d’organismes adultes, ce qui ne pose pas les questions éthiques liées à
l’utilisation des embryons humains,

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→ Leur utilisation se retrouve dans le même champ que celui des cellules souches embryonnaires :

 Utiliser des cellules IPS saines dans le cadre de la thérapie cellulaire :


On met à nouveau ces cellules en culture avec des facteurs de différenciation pour obtenir des
cardiomyocytes, des cellules épithéliales, musculaires, pancréatiques… Il s’agit d’utiliser les bons facteurs
et milieux de culture en fonction du type de tissu souhaité. On va ensuite utiliser ces cellules pour les greffer
chez des patients présentant une dégénérescence tissulaire.

 Utiliser des lignées cellulaires malades pour effectuer un criblage moléculaire : on se sert des cellules
IPS générées par des patients atteints de maladies génétiques : ces cellules sont alors porteuses des mutations
responsables de la maladie dans leur patrimoine génétique. On les utilise donc dans le cadre du criblage
pharmacologique à grande échelle décrit plus haut (avec un moyen de distinguer les cellules malades des
cellules contrôle et l’application à haut débit de molécules pharmacologiques) afin d’identifier une ou
plusieurs molécules qui vont avoir un effet « reverse » sur la mutation. Cela a permis d’identifier des
molécules pharmacologiques pour le traitement de la Progeria.

Ces nouvelles procédures présentent encore de nombreux obstacles pratiques en termes d’efficacité, mais
aussi d’oncogénicité (les capacités de division et de renouvellement de ces cellules peuvent être oncogènes :
il s’agit d’effectuer une régénération tissulaire qui reste sous contrôle, sans dériver vers un développement
tumoral). Ainsi, les IPS représentent un espoir dans le domaine des thérapies cellulaires pour différentes
approches.

Cellules souches adultes :

Un champ très largement utilisé est celui des cellules souche adultes : il s’agit soit de cellules progénitrices
présentes dans tous (ou la majorité) les tissus, soit de cellules souches cutanées, hématopoïétiques,
pancréatiques…etc.
Parfois pour tel tissu on connaît des cellules très immatures, et pour tel autre tissu on ne connait que les
progéniteurs sans avoir pu caractériser les cellules en amont. Le problème est que plus les cellules sont
immatures plus elles font l’objet d’un intérêt, mais aussi, plus elles sont difficiles à caractériser (pas de
marqueurs de surface). Il y a ainsi eu de grands progrès dans la caractérisation progéniteurs / cellules souches
présents dans les tissus d’organisme adulte.

Ces cellules sont multipotentes : les progéniteurs ont un pouvoir de différenciation vers plusieurs lignées
cellulaires du tissu considéré. (≠ de totipotentes qui donnent tous les tissus).

Les questions éthiques sont similaires aux problèmes soulevés par les greffes d’organe : il y a des donneurs
de cellules souches, utilisées pour une transplantation dans l’objectif de régénération chez un patient atteint.

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Ces cellules souches adultes sont bien connues : quelques exemples :


→ Cellules souches hématopoïétiques (greffe de moelle par ex.) :
Traitement des leucémies (on détruit par chimiothérapie les cellules cancéreuses, puis on vient greffer
des cellules souches hématopoïétiques d’un donneur pour remplacer les cellules détruites), maladies
génétiques hématologiques, maladies métaboliques…
→ Cellules souches neurales : Traitement des maladies neurodégénératives (moins bien connues
car plus difficiles d’accès)
→ Cellules souches musculaires : Traitement des dystrophies musculaires, …
→ Cellules souches épidermiques : Traitement des grands brûlés, génodermatoses (maladie génétique
monogénique), …
→ Cellules souches pancréatiques : Traitement du diabète

Ainsi, l’intérêt de développer des approches thérapeutiques pour les maladies génétiques est aussi de créer
des modèles pour le traitement de maladies plutôt somatiques.

C- Thérapie génique

Définition : Modification du matériel génétique de cellules vivantes par transfert d’acides nucléiques à des
fins thérapeutiques (agit soit au niveau du génome, soit au niveau du transcriptome).
Quelques repères historiques :
o Concept né en 1970 :« Du « bon » ADN exogène pourrait être utilisé pour remplacer un ADN défectueux
chez des personnes atteintes de défauts génétiques » Rogers, New Scientist 1970 ; Friedmann et Roblin, Science
1972.
o Premier essai clinique de thérapie génique sur l’être humain en 1990 : ADA-SCID, équipe du Dr.
French Anderson
o Premier succès thérapeutique de thérapie génique dans une maladie génétique en 2000 : X-SCID,
équipe du Dr. Alain Fischer

Remarque : La translecture des codons stop, décrite plus haut, est une combinaison d’une approche
pharmacologique avec un effet direct au niveau du génome, c’est-à-dire qui n’utilise pas les outils de la
thérapie génique pour contrecarrer directement au niveau du génome l’effet de la mutation.

La thérapie génique était initialement destinée aux maladies génétiques monogéniques (Ex. : mucoviscidose,
thalassémie…) puis a fait l’objet d’une extension du champ d’application aux maladies polyfactorielles (Ex:
de très nombreux essais de thérapie génique pour les cancers, et en infectiologie).

I- Modalités : thérapies géniques ex-vivo et in-vivo

La thérapie génique germinale est non envisageable chez l’Homme (du fait de problèmes éthiques : ceci
conduirait à des modifications stables dans la lignée humaine), alors qu’elle est utilisée de manière courante
chez l’animal, notamment pour la modélisation de pathologies humaines (transgenèse).

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La thérapie génique somatique présente deux modalités :

La thérapie génique in vivo consiste en un transfert direct :


→ soit par injection systémique dans la circulation sanguine
→ soit par injection tissulaire/organique spécifique
Il existe des approches prometteuses en cours de développement dans lesquelles on transfère
directement le vecteur dans la rétine du patient pour traiter des rétinopathies héréditaires.

La thérapie génique ex vivo permet de combiner l’avantage de la thérapie cellulaire avec ceux de la thérapie
génique, avec trois étapes :

1. Prélèvement de cellules souches,

2. Modification génétique par transfert de


gènes pendant une courte période de culture,

3. Réinjection des cellules modifiées chez le


patient pour qu’il bénéficie des capacités
d’autorenouvèlement et de différenciation
multi-lignées de ces cellules.

En effet, les avantages de la modification de cellules souches sont :

→ Autorenouvèlement : la modification thérapeutique pourra être maintenue de manière pérenne (stable


dans le temps).
→ Différenciation multi-lignées permet de toucher différentes cellules issues de la différenciation de ces
cellules souches initialement modifiées.

II- Principe de la thérapie génique

Le transfert de gènes se fait par des vecteurs :


• Vecteurs viraux :

Les virus ont des capacités naturelles de transfert de


matériel génétique dans des cellules cibles, en effet ils
« parasitent » le mécanisme génétique de la cellule
hôte. C’est pour cette raison que ces vecteurs sont très
efficaces, mais qu’ils peuvent aussi être toxiques ou
immunogènes.
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Il existe aujourd’hui plusieurs dizaines de vecteurs viraux différents. En fonction du type de vecteur viral
utilisé, il y a des spécificités qui font leur intérêt mais aussi leurs limites.
Ex. : Il y a des vecteurs dérivés (semblables mais ≠) des rétrovirus comme celui du HIV (d’où des précautions
particulières, car il est quand même pathogène à l’origine) : c’est un virus « très efficace » pour infecter de
nombreuses cellules (notamment hématopoïétiques), il s’insère de manière stable dans le génome, d’où un
intérêt thérapeutique. Il existe donc des vecteurs viraux appelés lentivirus HIV1 dérivés du VIH dont on a
supprimé le caractère pathogène associé au développement de ce virus, pour réaliser un transfert de gènes.

Il existe aussi des vecteurs dérivés de l’Herpès (virus géant) dont l’intérêt majeur est d’avoir un tropisme vers
les cellules neurologiques (cibles naturelles des virus Herpès), de plus le génome de l’herpès est de grande
taille, donc on peut transférer des séquences d’intérêt de grande taille(jusqu’à 150 000 pb), contrairement aux
vecteurs rétroviraux et lentiviraux.

A titre d’exemple : lentivirus : transfert de séquences de 10 000 pb. Herpès : transfert de séquences de
150 000 pb. On peut modifier la séquence du gène de transfert en lui retirant certaines parties moins
importantes pour la protéine codée afin d’adapter sa taille au vecteur, mais le risque est de perdre certaines
fonctionnalités de la protéine.

• Vecteurs non viraux :

On peut utiliser des substances chimiques comme des liposomes, ou employer des méthodes physiques
comme l’électroporation pour transférer le matériel génétique.

Ce vecteur sera donc un système de transfert utilisé


pour corriger un déficit ou réaliser l’apport d’une
fonction nouvelle :

• Utilisation de transgène : séquences codantes


pour un ARNm d’intérêt

• On peut aussi apporter une séquence qui modifie


l’expression d’une autre séquence, notamment au
niveau d’un ARNm : c’est l’approche du saut d’exons,
qui a fait l’objet d’une autorisation de
commercialisation par la FDA pour le traitement de la
myopathie de Duchenne.

III- Maladies monogéniques

Des progrès très importants ont été réalisés même s’il n’y a pas d’utilisation en routine de la thérapie génique.
Quelques succès marquants sont issus d’approches utilisant un transgène, notamment pour le traitement de
déficits immunitaires innées (X-SCID, ADA-SCID) par thérapie génique.
On compte aujourd’hui une cinquantaine d’enfants guéris par des approches de thérapies géniques ex vivo
combinées, dans des cellules souches hématopoïétiques. D’autres maladies comme la drépanocytose et la
béta-thalassémie (à l’origine d’anémies sévères) ont pu être ainsi corrigées chez certains patients, on corrige
le déficit dans le gène béta-globine, et ils deviennent alors indépendants de la transfusion (thalassémie).

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Maladies génétiques hématologiques : X-SCID

On a réalisé la modification de l’ADN de cellules souches avec utilisation d’un rétrovirus qui s’est intégré de
manière stable dans le génome, et qui a permis de coder l’ARNm de la protéine mutée, (sous unité d’un
récepteur impliqué dans la différenciation lymphocytaire) : ceci a permis de corriger ce déficit du récepteur
initialement muté et de rétablir une réponse immunitaire normale.

Cependant le transfert de gène a été responsable chez certains de ces patients d’effets secondaires sévères dûs
à un phénomène de mutagenèse insertionnelle : l’insertion des rétrovirus est stable dans le génome et le
séquençage montre des traces de vecteurs intégratifs, avec ou sans effets pathogènes. Dans le cas de ces
patients, cet effet d’intégration s’est réalisé de manière préférentielle dans certains gènes normalement
inactifs chez l’adulte (gènes embryonnaires) et qui ont été réactivés de manière anormale : cela a conduit à
une prolifération anormale de cellules hématopoïétiques qui ont causé des leucémies chez ces enfants.

Il faut donc retenir qu’il existe des possibilités de corriger une maladie par thérapie génique, mais que cela
soulève des problématiques concernant les effets secondaires  notion du rapport bénéfice/risque.

Lien d’une vidéo expliquant la thérapie génique ex-vivo dans le cas de la drépanocytose :
https://www.youtube.com/watch?v=EhZ9yCY8O_I

IV- Approche du saut d’exon : exemple de la myopathie de Duchenne

Le traitement par l’approche du saut d’exons repose sur l’utilisation des molécules chimiques «anti-sens».
Ainsi ce type d’approche par modulation de l’expression a été à l’origine de succès marquants : des études
prometteuses concernant la Myopathie de Duchenne ont permis une démonstration de la bonne tolérance et
de la ré-expression de la protéine déficitaire. Cela constitue un réel espoir thérapeutique pour certaines
mutations associées à cette maladie.

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⇒ Principe du saut d’exons :

(Cette partie n’a pas été répétée cette année mais aide à la compréhension : Pour la myopathie de Duchenne, il y a non
pas des mutations ponctuelles ou insertion/délétion, mais la perte d’exons entiers : il y a décalage du cadre de lecture
avec apparition d’un codon stop prématuré.
Rappel :
- Si on retire un multiple de 3 nucléotides : il y a maintien du cadre de lecture
- Si on retire un non multiple de 3 nucléotides : il y a décalage du cadre de lecture avec apparition d’un codon
stop prématuré.

Il existe une forme de myopathie plus modérée qui est la myopathie de Becker, qui débute à l’adolescence : dans ce cas
les mutations du gène de la dystrophine respectent le cadre de lecture.

- Myopathie de Duchenne codon stop prématuré  Absence complète de la dystrophine  atteinte tissulaire
très sévère.
- Myopathie de Becker Perte d’une partie de l’information interne de la protéine Protéine synthétisée et
partiellement fonctionnelle  phénotype beaucoup moins sévère.

C’est sur cela que se base le principe du saut d’exon : espérer transformer une myopathie de Duchenne en myopathie
de Becker en rétablissant le cadre de lecture (cela repose sur la différence de sévérité de ces deux formes génétiques).
Ainsi, au niveau de la séquence, il y a perte d’un exon non multiple de 3, ce qui décale le cadre de lecture. On va alors
de manière thérapeutique, retirer un exon supplémentaire, pour que la totalité des exons perdus corresponde à un
multiple de 3 nucléotides.)

Cet exon est retiré grâce à des molécules anti-sens, qui agissent au moment de l’élimination des introns
lors de l’épissage.
Au départ, le pré ARNm immature comprend les exons et les introns, ensuite, l’élimination des introns lors
de la maturation de l’ARNm fait intervenir des sites importants pour l’épissage. Il y a ensuite raboutage
des exons, avec une information complète au niveau de l’ARNm.

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Si un codon stop se trouve dans un exon (l’exon 23 sur le schéma) suite à un décalage du cadre de lecture, il
y a synthèse d’une protéine tronquée dont l’absence conduit à un effet pathogène.

Lors du saut d’exon on utilise des molécules anti sens qui, par leur spécificité de séquence, vont pouvoir
bloquer de manière ciblée certains site impliqués dans l’épissage. Certaines molécules anti sens pourront
bloquer par exemple site donneur d’épissage d’un exon du gène de la dystrophine, d’autres pourront bloquer
le site accepteur d’un autre exon. De cette manière on va interférer avec le phénomène naturel d’épissage
pour éliminer les exons choisis, en créant un lasso qui va intégrer l’exon à éliminer.
Au final on aura une protéine tronquée dans laquelle on a retiré une partie interne, et cette protéine pourra être
fonctionnelle à la seule condition que la partie enlevée ne soit pas essentielle à la protéine.

Cette approche de saut d’exon fonctionne bien pour les protéines de structure (comme la dystrophine) qui
permettent le retrait de certaines régions de leur partie interne, ce qui n’est pas le cas pour des enzymes pour
lesquelles toute la séquence codante est importante (qui conduirait certes à la synthèse d’une protéine
tronquée, mais qui n’est pas fonctionnelle).

Cette approche du saut d’exon a été initialement développée pour la myopathie de Duchenne, et est maintenant
en développement pour d’autres pathologies.

Comme évoqué précédemment, des médicaments pour le traitement de certaines mutations de la dystrophine
seront prochainement commercialisés.
Ce type de développement et de succès en termes de commercialisation de médicaments montre qu’il y a
pour les maladies génétiques de réels efforts de recherche qui aboutissent à des prises en charge
spécifiques.

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Sujet d’actualité : Révolution CRISPR-CAS9 :

Découverte d’un système dérivé


d’observations en recherche fondamentale sur
certains bactéries qui utilisent un système
spécifique de coupure spécifique d’ADN
pour se protéger d’autres virus : c’est une
combinaison d’un tuteur ARN (ARN guide sur
le schéma qui situe l’enzyme précisément sur
la séquence qu’on souhaite modifier) et d’une
enzyme (protéine CAS9) à fonction hélicase
qui va couper l’ADN et, dans certains
conditions, peut corriger la séquence de
manière spécifique.
Donc ce système permet d’introduire de
manière très ciblée des modifications
génomiques dans (théoriquement) n’importe
quelle région du génome.

Cela permettrait dans le domaine des


biotechnologies d’introduire de manière très
précise des modifications génétiques dans le génome de cellules cible.

→ Nouvelles possibilités concernant la création de modèles animaux nouveaux, car il est plus facile de
modéliser des pathologies humaines par l’introduction de mutations spécifiques chez les animaux.
→ Grand champ d’applications potentielles de la modification génomique précise à visée thérapeutique,
(Par exemple : modifier de manière permanente et ciblée des anomalies génétiques chez les patients.)
Il est probable que cela représente une ressource de thérapie génique majoritaire dans les années à
venir.
Cette nouvelle technique pose évidemment de nombreuses questions éthiques puisqu’elle permettrait
d’introduire dans des embryons des modifications durables du génome humain qui ne se limiterait pas
forcément à guérir des maladies graves.

A ce jour plus de 2400 essais cliniques de


thérapie génique ont été effectués, avec une
grande partie de ces essais développés en
cancérologie (60%)

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Concernant les essais cliniques en cancérologie les objectifs sont différents car on va produire
des vecteurs de thérapie génique spécifiquement dans les cellules tumorales dont l’objectif est de les tuer de
manière ciblée en épargnant les cellules normales, (on les tue par transfert de gènes) en évitant ainsi les effets
secondaires rencontrés lors des chimiothérapies.

A ce jour, il y a peu de véritables succès thérapeutiques (une dizaine) et pas d’applications en routine.

D- Conclusion

Les stratégies thérapeutiques pour les maladies génétiques :


• Nouvelles approches thérapeutiques
• Premiers succès cliniques…mais aussi premières complications
• Les pathologies polyfactorielles bénéficient de la recherche de nouvelles approches thérapeutiques
pour les maladies monogéniques.

• Futurs enjeux :

→ Aspects sécuritaires : un point important à retenir en médecine est la notion de rapport


bénéfice/risque.
C’est une chose que de prendre le risque d’une leucémie pour une maladie génétique létale où
l’espérance de vie des enfants est de 2 ans, c’est autre chose que de prendre le risque de la leucémie
pour traiter des patients qui ont une myopathie sans espérance de vie modifiée  Balance entre les
effets secondaires éventuels par rapport à la gravité de la maladie.
→ Développement de nouveaux systèmes vecteurs et nouveaux outils de modification génomique :
Ce domaine présente un lien très étroit avec la recherche car c’est par la meilleure compréhension
des mécanismes (par le développement biotechnologique de nouveaux outils) que l’on peut développer
de nouvelles approches thérapeutiques.
→ Compréhension des effets biologiques induits
→ Meilleure caractérisation des cellules souches

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