Inition Logiciel R

Initiation au logiciel R
Université Assane SECK de Ziguinchor

Département Economie Gestion
(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 1 / 44

Sommaire
1 Notions élémentaires
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes
3 Importation et exportation de données

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Notions élémentaires
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Logiciel R
Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel

libre qui permet de réaliser des analyses statistiques, et ayant un
certain nombre d’atouts :
il permet l’utilisation des méthodes statistiques classiques à l’aide
de fonctions prédéfinies,
il permet de créer ses propres programmes dans un langage de
programmation assez simple d’utilisation.
il permet d’utiliser des techniques statistiques innovantes et
récentes à l’aide de package développés par les chercheurs et
mis à disposition sur le site du Comprehensive R Archive Network
(CRAN) ( http ://cran.r-project.org/).
Il existe des versions : Windows 95 et plus, Linux, MacOS

Logiciel R


Logiciel R


Logiciel R


Logiciel R


Au démarrage
Z Fenêtre de calcul : La console

Z l’invite ">" apparaît automatiquement en début de chaque ligne de
commandes. A la suite de l’invite, vous tapez vos commandes qui
doivent être validées par Entrée pour être exécutées.
Z + apparaît en début de ligne si la ligne précédente est incomplète.

Au démarrage
Z Fenêtre de programmation : script
Z Ctrl R exécute la ligne sur laquelle se trouve le curseur ou les

lignes d’un bloc sélectionné.
Z source("nom-du-fichier.R") pour exécuter le code contenu dans le

fichier nom-du-fichier.R

Librairies (ou packages)
Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande

bibliothèque. Cette bibliothèque contient des packages (ou
librairies) de fonctions. Toutes les librairies ne sont pas chargées
au lancement du logiciel.
library() retourne la liste des librairies installées.
library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie
library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la

librairie nom-librairie
search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées

detach() permet d’enlever un module qui a été préalablement
chargé



chargé



chargé



chargé



chargé



chargé
L’interface RStudio
Le logiciel R fonctionne initialement en ligne de commande, mais des

interfaces permettent désormais une utilisation plus conviviale. Nous
proposons ici de travailler avec l’interface RStudio, téléchargeable sur
le site http ://www.rstudio.com/

L’aide de R
Z Il est possible d’obtenir de l’aide pour une commande particulière

en tapant la commande :
> ? nom-commande ou ?"nom-commande"
> help(nom-commande) ou help("nom-commande")
Z De plus, il est possible de réaliser une recherche de fonctions à

l’aide de mots-clés grâce à la fonction apropos().
> apropos(mean)
Z Les démos :
> demo() # pour obtenir la liste des demos
> demo(graphics)

Gestion de la mémoire
Z Pour les lectures et écritures dans un fichier, R utilise le répertoire

de travail. Pour connaître ce répertoire :
> getwd()
Z On peut le modifier avec l’instruction :
> setwd("chemin d’accès")
Z La fonction ls() (ou objects()) affiche une liste simple des objets en
mémoire.
Z rm(nom objets) supprime l’objet en argument.

Opérations élémentaires
Dans R, la création d’un objet peut se faire par affectation avec l’un
des 3 opérations : <- ou -> ou =
La commande :
> a=2 ou a<-2 ou 2-> a Veut dire que a est numérique et la valeur 2 lui
est assignée.
Exemple : Assignez 2 et 5 aux objets a et b et calculez a + b, a/b, ab,
a puissance b
> a = 2; b = 5
> som = a + b
> divi = a/b
> produit = a*b
> puissant = a ∗ ∗b
> ls() affiche tous les objets
> rm(a, som) supprime les objets a et som
> rm(list=ls()) supprime tous les objets créés
Sauvegarde de l’espace de travail
Z La fonction save.image() permet de sauvegarder l’environnement

courant de façon ponctuelle. Il n’est pas nécessaire d’attendre la fin de
la session de travail pour sauvegarder le travail réalisé. Les différents
objets sont stockés dans le fichier ".RData". En ajoutant un nom de
fichier à la commande précédente, on peut sauvegarder l’espace de
travail sous un nom différent.
Exemple :
> save.image("exercice1.rdata")
Z Si on ne veut pas sauvegarder tous les objets de l’espace de

travail, on peut alors utiliser la fonction save()
Exemple :
> save(a,som,divi, file="exercice1.rdata")

Les objets
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Les objets Vecteurs
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Les objets Vecteurs
Définition
Le vecteur est un objet atomatique (i.e. type unique) composé d’un

ensemble de valeurs appelées composantes, coordonnées ou
éléments. La longueur d’un vecteur est obtenue par la fonction length()

Les objets Vecteurs
Fonctions de création d’un vecteur
Z la fonction collecteur c( ) concatène des scalaires ou des vecteurs :

> x = c(1, 4, 9)
> y = c(x, 2, 3)
>y
[1] 1 4 9 2 3
Z Suites arithmétiques de raison 1 ou -1 : c(a :b).
> c(1 :4) # a<b raison 1
> c(4 :1) # a>b raison -1
Z Généralisation : seq(a,b,t) où a est premier terme, le dernier ≤ b et
la raison t
seq(from, to) la raison est 1
seq(from, to, by= ) on fixe la raison
seq(from, to, length.out= ) on fixe le nombre de termes

Les objets Vecteurs
Opérations sur les vecteurs
Z Opération vectorielle : les opérations sont effectuées éléments par

éléments
Exemple :
> x=c(1,0,1,1,1)
> y=c(1,1,0,0,1)
>z =2∗x +3∗y −x ∗y +1
Z Indexation par entiers positifs
> x=c(1,3,5,6,7)
> x[c(1,2,4)] résultats 136
> x[(x<4)] résultats 13
Z Indexation par entiers négatifs
> x=c(1,3,5,6,7)
> x[−c(1, 3)] résultat 367
> letters[−5]
> LETTERS[−c(3, 5, 7)]
Les objets Matrices
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Les objets Matrices
Z Les matrices sont créées avec la fonction matrix() à partir d’un

vecteur. On doit fixer le nombre de colonnes ncol et/ou le nombre de
lignes nrow.
> x = matrix(c(2,3,5,7,11,13),ncol=2)
>x
Z Par défaut la matrice est remplie colonne par colonne. Pour remplir
ligne par ligne, on ajoute l’argument byrow=T
> y = matrix(c(2,3,5,7,11,13),ncol=2, byrow=T)

>y

Les objets Matrices
Quelques matrices particulières
Z La fonction diag() retourne une matrice diagonale lorsque le

paramètre d’entrée est un vecteur. Si le paramètre d’entrée est une
matrice, alors elle retourne un vecteur constitué de la diagonale de la
matrice.
> diag(1 :4)
Z Les fonction rbind() et cbind() permettent de concaténer par ligne

ou par colonne des vecteurs ou des matrices.
> vec1 <- c(10,2,5)

> vec2 <- c(25,8,7)
> vec3 <- c(51,37)
> mat <- rbind(vec1,vec2)
> cbind(mat,vec3)

Les objets Matrices
Extraire les éléments d’une matrice
Z Soit Mat la matrice de dimensions m × n. La commande Mat[i, j]

permet d’extraire l’élément qui est à la i-ième ligne et j-ième colonne.
> vect=c(1.5 :9.5 )

> Mat=matrix(vect,ncol=3,nrow=3)
> Mat[2,3] affiche l’élément qui est à la 2ième ligne et 3ième colonne.
> Mat[,1] affiche la première colonne
> Mat[3,] affiche la troisième ligne
Z Les opérations arithmétiques et les fonctions mathématiques

fonctionnent éléments par éléments.

Les objets Matrices
Quelques fonctions sur les matrices
Z Le produit matriciel est obtenu avec % ∗ %
Z Calcul du déterminant : det()
Z t(A) retourne la transposée de la matrice A
Z solve(A) retourne l’inverse de la matrice A
Z solve(A,b) retourne x tel que Ax = b
Z dim(), ncol(), nrow() retournent respectivement la dimension de la

matrice, le nombre de lignes et le nombre de colonnes.

Les objets dataframes
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Définition des data.frames
Z La classe Data.frame est la plus appropriée pour stocker les jeux

de données et est probablement la classe la plus fréquemment utilisée
en pratique. Ce sont essentiellement des matrices dont toutes les
colonnes ne sont pas nécessairement du même type : scalaire,
booléen, caractère. Cela permet de pouvoir disposer dans un seul
objet des observations sur de nombreux individus de variables
qualitatives et quantitatives. Par exemple
> data1= data.frame(x1=1,x2=1 :10,a=letters[1 :10])
> data1
Z Par défaut les lignes sont numérotées 1,2 etc. On peut ajouter des
noms aux lignes avec l’option row.names
> data2=
data.frame(x1=1,x2=1 :10,a=letters[1 :10],row.names=LETTERS[1 :10])
> data2

Opérations sur les dataframes
Z Les opérations entre des dataframes sont des opérations terme à

terme comme pour les matrices.
> A = data.frame(x=1 :3,y=2 :4) > B = data.frame(xx=1,yy=1 :3)
> C= data.frame(x=1 :3,y=rep("a",3))
> A+B ; A*B ; A+C
Z Pour extraire un élément ou un bloc, la syntaxe est la même que

pour les matrices. Pour extraire une colonne les deux syntaxes
suivantes peuvent être utilisées
> A$x
> A[,1]
Z Pour concaténer des dataframes ayant le même nombre de lignes

> data.frame(A,B)

Importation et exportation de données
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Importation et exportation de données Importation
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Importation et exportation de données Importation
La fonction read.table()
Z La fonction read.table() permet de lire des fichiers de données au

format texte (ASCII). Cette fonction est destinée à lire les tableaux de
données, les données issues d’un tableur qui auraient été
préalablement transformées en fichier texte, ...
Exemple :
base =read.table(" /Bureau/IAM/courslogicielR/data/wsd2010data.txt",
header=TRUE)
Z Il existe plusieurs variantes de cette fonction pour lesquelles la

valeur par défaut des arguments change : read.csv(), read.csv2(),
read.delim() et read.delim2()

Importation et exportation de données Exportation
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Importation et exportation de données Exportation
Les fonctions write(), write.table()
Les fonctions write() et write.table() permettent d’exporter des objets R

en fichiers textes. La fonction write() sert pour les vecteurs et les
matrices, la fonction write.table(), elle, exporte les dataframes avec les
noms de ligne et de colonne.

Les graphiques
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Les graphiques
Les fonctions usuelles plot(), lines(), points()
plot() est la fonction centrale. Les fonctions points() ou lines() sont

utilisées pour superposer des courbes ou des nuages de points.
> x = seq(−4, 4, 0.1) ; y = log(x 2 + 1/x 2 )
> plot(y) ; plot(x,y)

Les graphiques
Superposition de courbes
> x=rnorm(20) ; y=rexp(20)

> plot(x,y) # nuage de points
> points(x+.1,y+.1, pch=2) # ajouter un nuage de points
> lines(sort(x),y, lty=2) # ajouter une ligne
> abline(h=3) # ajouter une ligne horizontale
> text(1,5,"commentaire") # ajouter un texte
>title("superposer des courbes") # ajouter un titre

Les graphiques
Autres fonctions graphiques
Z hist(x) : trace l’histogramme de x
Z pie(x) : diagramme en secteurs
Z barplot(x) : diagramme en barres verticales
Z boxplot(x) : diagramme en boîte

Les statistiques
Sommaire
2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

Importation
Exportation
4 Les graphiques
5 Les statistiques

Les statistiques
Etude de cas
On considère un jeux de données fournissant l’Age, le Genre, la

Faculté et la Note de 19 étudiants d’un institut.
Z Lecture des données :

> database =
read.table(" /Bureau/IAM/courslogicielR/data/wsd2010data.txt",
header=TRUE, quote="")
> names(database)
[1] "Etudiant" "Age" "Genre" "Faculte" "Note"
> attach(database) # permet à R de reconnaître les noms des

variables

Les statistiques
Statistique exploratoire unidimensionnelle
Variable qualitative (Genre)

> TG = table(Genre) # tableau de distribution de la variable Genre
> TG # affiche le tableau de distribution
Z Représentation graphique
> barplot(TG, col= c(2,4),main="Diagramme en barres", xlab="Genre",

ylab="Fréquences",axes=TRUE)
> pie(TG, col= c(6,3),main="Diagramme à secteurs circulaires")

Les statistiques
Variable qualitative (Genre)

Les statistiques
Variable quantitative (Age)

Z Histogramme
> subdivision= c(17.5, 22.5, 27.5, 32.5, 37.5, 42.5) # classes
d’amplitude 5
> hist(Age,subdivision, main="Histogramme de l’Age", xlab="Age",

ylab="Effectifs",col="blue")
> hist(Age,subdivision, prob=TRUE, main="Histogramme de l’Age",

xlab="Age", ylab="Fréquences relatives",col="green")

Les statistiques
Variable quantitative (Age)

Les statistiques
Moyenne, Ecart-type, coefficient de variation

> moy = mean(Age)
> variance = var(Age)
> ecarttype = sqrt(var(Age))
> CV = sqrt(var(Age))/abs(mean(Age))

Les statistiques
Quantiles
> quantile(Age,0.25) # premier quartile
> quantile(Age,0.50) # deuxième quartile
> quantile(Age,0.75) # troisième quartile
> quantile(Age, probs= c(0.25,0.50,0.75)) # donne les 3 quartiles
Z Centile d’ordre t%, t compris entre 1 et 100

> quantile(Age,t/100)
Z Décile d’ordre t%, t compris entre 1 et 10

> quantile(Age,t/10)

Les statistiques
Boîte à moustache
boxplot(Age, main="Diagramme en boîte de l’Age", col="blue")

Les statistiques
Tableaux de Fréquences croisées
Diagrammes en barres multiples

> TFG = table(Faculte,Genre)
> barplot(TFG, legend = c("Ingenierie", "Management", "Sciences"),
col= c(2,3,5),main="Diagrammes en barres empilées", xlab="genre",
ylab="Facultés",ylim=c(0,30))

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(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 1 / 44

3 Importation et exportation de données

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 2 / 44

3 Importation et exportation de données

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 3 / 44

Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 4 / 44

Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel

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Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel

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Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel

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Z Fenêtre de calcul : La console

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Z Fenêtre de programmation : script

Z Ctrl R exécute la ligne sur laquelle se trouve le curseur ou les

Z source("nom-du-fichier.R") pour exécuter le code contenu dans le

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Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées

Le logiciel R fonctionne initialement en ligne de commande, mais des

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Z Il est possible d’obtenir de l’aide pour une commande particulière

> ? nom-commande ou ?"nom-commande"

> help(nom-commande) ou help("nom-commande")

Z De plus, il est possible de réaliser une recherche de fonctions à

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Z Pour les lectures et écritures dans un fichier, R utilise le répertoire

Z On peut le modifier avec l’instruction :

> setwd("chemin d’accès")