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Initiation au logiciel R

Université Assane SECK de Ziguinchor


Département Economie Gestion

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 1 / 44


Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 2 / 44


Notions élémentaires

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

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Notions élémentaires

Logiciel R

Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel


libre qui permet de réaliser des analyses statistiques, et ayant un
certain nombre d’atouts :
il permet l’utilisation des méthodes statistiques classiques à l’aide
de fonctions prédéfinies,
il permet de créer ses propres programmes dans un langage de
programmation assez simple d’utilisation.
il permet d’utiliser des techniques statistiques innovantes et
récentes à l’aide de package développés par les chercheurs et
mis à disposition sur le site du Comprehensive R Archive Network
(CRAN) ( http ://cran.r-project.org/).
Il existe des versions : Windows 95 et plus, Linux, MacOS

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Notions élémentaires

Logiciel R

Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel


libre qui permet de réaliser des analyses statistiques, et ayant un
certain nombre d’atouts :
il permet l’utilisation des méthodes statistiques classiques à l’aide
de fonctions prédéfinies,
il permet de créer ses propres programmes dans un langage de
programmation assez simple d’utilisation.
il permet d’utiliser des techniques statistiques innovantes et
récentes à l’aide de package développés par les chercheurs et
mis à disposition sur le site du Comprehensive R Archive Network
(CRAN) ( http ://cran.r-project.org/).
Il existe des versions : Windows 95 et plus, Linux, MacOS

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Notions élémentaires

Logiciel R

Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel


libre qui permet de réaliser des analyses statistiques, et ayant un
certain nombre d’atouts :
il permet l’utilisation des méthodes statistiques classiques à l’aide
de fonctions prédéfinies,
il permet de créer ses propres programmes dans un langage de
programmation assez simple d’utilisation.
il permet d’utiliser des techniques statistiques innovantes et
récentes à l’aide de package développés par les chercheurs et
mis à disposition sur le site du Comprehensive R Archive Network
(CRAN) ( http ://cran.r-project.org/).
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Logiciel R

Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel


libre qui permet de réaliser des analyses statistiques, et ayant un
certain nombre d’atouts :
il permet l’utilisation des méthodes statistiques classiques à l’aide
de fonctions prédéfinies,
il permet de créer ses propres programmes dans un langage de
programmation assez simple d’utilisation.
il permet d’utiliser des techniques statistiques innovantes et
récentes à l’aide de package développés par les chercheurs et
mis à disposition sur le site du Comprehensive R Archive Network
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Logiciel R

Le logiciel R (disponible sur http ://www.r-project.org/) est un logiciel


libre qui permet de réaliser des analyses statistiques, et ayant un
certain nombre d’atouts :
il permet l’utilisation des méthodes statistiques classiques à l’aide
de fonctions prédéfinies,
il permet de créer ses propres programmes dans un langage de
programmation assez simple d’utilisation.
il permet d’utiliser des techniques statistiques innovantes et
récentes à l’aide de package développés par les chercheurs et
mis à disposition sur le site du Comprehensive R Archive Network
(CRAN) ( http ://cran.r-project.org/).
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Notions élémentaires

Au démarrage

Z Fenêtre de calcul : La console


Z l’invite ">" apparaît automatiquement en début de chaque ligne de
commandes. A la suite de l’invite, vous tapez vos commandes qui
doivent être validées par Entrée pour être exécutées.
Z + apparaît en début de ligne si la ligne précédente est incomplète.

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Notions élémentaires

Au démarrage

Z Fenêtre de programmation : script

Z Ctrl R exécute la ligne sur laquelle se trouve le curseur ou les


lignes d’un bloc sélectionné.

Z source("nom-du-fichier.R") pour exécuter le code contenu dans le


fichier nom-du-fichier.R

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Notions élémentaires

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande


bibliothèque. Cette bibliothèque contient des packages (ou
librairies) de fonctions. Toutes les librairies ne sont pas chargées
au lancement du logiciel.
library() retourne la liste des librairies installées.

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la


librairie nom-librairie

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées


detach() permet d’enlever un module qui a été préalablement
chargé
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Notions élémentaires

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande


bibliothèque. Cette bibliothèque contient des packages (ou
librairies) de fonctions. Toutes les librairies ne sont pas chargées
au lancement du logiciel.
library() retourne la liste des librairies installées.

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la


librairie nom-librairie

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées


detach() permet d’enlever un module qui a été préalablement
chargé
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Notions élémentaires

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande


bibliothèque. Cette bibliothèque contient des packages (ou
librairies) de fonctions. Toutes les librairies ne sont pas chargées
au lancement du logiciel.
library() retourne la liste des librairies installées.

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la


librairie nom-librairie

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées


detach() permet d’enlever un module qui a été préalablement
chargé
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Notions élémentaires

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande


bibliothèque. Cette bibliothèque contient des packages (ou
librairies) de fonctions. Toutes les librairies ne sont pas chargées
au lancement du logiciel.
library() retourne la liste des librairies installées.

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la


librairie nom-librairie

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées


detach() permet d’enlever un module qui a été préalablement
chargé
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Notions élémentaires

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande


bibliothèque. Cette bibliothèque contient des packages (ou
librairies) de fonctions. Toutes les librairies ne sont pas chargées
au lancement du logiciel.
library() retourne la liste des librairies installées.

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la


librairie nom-librairie

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées


detach() permet d’enlever un module qui a été préalablement
chargé
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Notions élémentaires

Librairies (ou packages)

Toutes les fonctions de R sont stockées dans une grande


bibliothèque. Cette bibliothèque contient des packages (ou
librairies) de fonctions. Toutes les librairies ne sont pas chargées
au lancement du logiciel.
library() retourne la liste des librairies installées.

library(nom-librairie) charge la librairie nom-librairie

library(help = nom-librairie) retourne la liste des fonctions de la


librairie nom-librairie

search(), searchpaths() retourne la liste des librairies chargées


detach() permet d’enlever un module qui a été préalablement
chargé
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Notions élémentaires

L’interface RStudio

Le logiciel R fonctionne initialement en ligne de commande, mais des


interfaces permettent désormais une utilisation plus conviviale. Nous
proposons ici de travailler avec l’interface RStudio, téléchargeable sur
le site http ://www.rstudio.com/

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Notions élémentaires

L’aide de R

Z Il est possible d’obtenir de l’aide pour une commande particulière


en tapant la commande :

> ? nom-commande ou ?"nom-commande"

> help(nom-commande) ou help("nom-commande")

Z De plus, il est possible de réaliser une recherche de fonctions à


l’aide de mots-clés grâce à la fonction apropos().
> apropos(mean)

Z Les démos :
> demo() # pour obtenir la liste des demos
> demo(graphics)

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Notions élémentaires

Gestion de la mémoire

Z Pour les lectures et écritures dans un fichier, R utilise le répertoire


de travail. Pour connaître ce répertoire :

> getwd()

Z On peut le modifier avec l’instruction :

> setwd("chemin d’accès")

Z La fonction ls() (ou objects()) affiche une liste simple des objets en
mémoire.

Z rm(nom objets) supprime l’objet en argument.

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Notions élémentaires

Opérations élémentaires

Dans R, la création d’un objet peut se faire par affectation avec l’un
des 3 opérations : <- ou -> ou =
La commande :
> a=2 ou a<-2 ou 2-> a Veut dire que a est numérique et la valeur 2 lui
est assignée.
Exemple : Assignez 2 et 5 aux objets a et b et calculez a + b, a/b, ab,
a puissance b
> a = 2; b = 5
> som = a + b
> divi = a/b
> produit = a*b
> puissant = a ∗ ∗b
> ls() affiche tous les objets
> rm(a, som) supprime les objets a et som
> rm(list=ls()) supprime tous les objets créés
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Notions élémentaires

Sauvegarde de l’espace de travail

Z La fonction save.image() permet de sauvegarder l’environnement


courant de façon ponctuelle. Il n’est pas nécessaire d’attendre la fin de
la session de travail pour sauvegarder le travail réalisé. Les différents
objets sont stockés dans le fichier ".RData". En ajoutant un nom de
fichier à la commande précédente, on peut sauvegarder l’espace de
travail sous un nom différent.
Exemple :
> save.image("exercice1.rdata")

Z Si on ne veut pas sauvegarder tous les objets de l’espace de


travail, on peut alors utiliser la fonction save()
Exemple :
> save(a,som,divi, file="exercice1.rdata")

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Les objets

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 13 / 44


Les objets Vecteurs

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 14 / 44


Les objets Vecteurs

Définition

Le vecteur est un objet atomatique (i.e. type unique) composé d’un


ensemble de valeurs appelées composantes, coordonnées ou
éléments. La longueur d’un vecteur est obtenue par la fonction length()

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Les objets Vecteurs

Fonctions de création d’un vecteur

Z la fonction collecteur c( ) concatène des scalaires ou des vecteurs :


> x = c(1, 4, 9)
> y = c(x, 2, 3)
>y
[1] 1 4 9 2 3
Z Suites arithmétiques de raison 1 ou -1 : c(a :b).
> c(1 :4) # a<b raison 1
> c(4 :1) # a>b raison -1
Z Généralisation : seq(a,b,t) où a est premier terme, le dernier ≤ b et
la raison t
seq(from, to) la raison est 1
seq(from, to, by= ) on fixe la raison
seq(from, to, length.out= ) on fixe le nombre de termes

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Les objets Vecteurs

Opérations sur les vecteurs

Z Opération vectorielle : les opérations sont effectuées éléments par


éléments
Exemple :
> x=c(1,0,1,1,1)
> y=c(1,1,0,0,1)
>z =2∗x +3∗y −x ∗y +1
Z Indexation par entiers positifs
> x=c(1,3,5,6,7)
> x[c(1,2,4)] résultats 136
> x[(x<4)] résultats 13
Z Indexation par entiers négatifs
> x=c(1,3,5,6,7)
> x[−c(1, 3)] résultat 367
> letters[−5]
> LETTERS[−c(3, 5, 7)]
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Les objets Matrices

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 18 / 44


Les objets Matrices

Z Les matrices sont créées avec la fonction matrix() à partir d’un


vecteur. On doit fixer le nombre de colonnes ncol et/ou le nombre de
lignes nrow.

> x = matrix(c(2,3,5,7,11,13),ncol=2)
>x

Z Par défaut la matrice est remplie colonne par colonne. Pour remplir
ligne par ligne, on ajoute l’argument byrow=T

> y = matrix(c(2,3,5,7,11,13),ncol=2, byrow=T)


>y

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 19 / 44


Les objets Matrices

Quelques matrices particulières

Z La fonction diag() retourne une matrice diagonale lorsque le


paramètre d’entrée est un vecteur. Si le paramètre d’entrée est une
matrice, alors elle retourne un vecteur constitué de la diagonale de la
matrice.
> diag(1 :4)

Z Les fonction rbind() et cbind() permettent de concaténer par ligne


ou par colonne des vecteurs ou des matrices.

> vec1 <- c(10,2,5)


> vec2 <- c(25,8,7)
> vec3 <- c(51,37)
> mat <- rbind(vec1,vec2)
> cbind(mat,vec3)

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Les objets Matrices

Extraire les éléments d’une matrice

Z Soit Mat la matrice de dimensions m × n. La commande Mat[i, j]


permet d’extraire l’élément qui est à la i-ième ligne et j-ième colonne.

> vect=c(1.5 :9.5 )


> Mat=matrix(vect,ncol=3,nrow=3)
> Mat[2,3] affiche l’élément qui est à la 2ième ligne et 3ième colonne.
> Mat[,1] affiche la première colonne
> Mat[3,] affiche la troisième ligne

Z Les opérations arithmétiques et les fonctions mathématiques


fonctionnent éléments par éléments.

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Les objets Matrices

Quelques fonctions sur les matrices

Z Le produit matriciel est obtenu avec % ∗ %

Z Calcul du déterminant : det()

Z t(A) retourne la transposée de la matrice A

Z solve(A) retourne l’inverse de la matrice A

Z solve(A,b) retourne x tel que Ax = b

Z dim(), ncol(), nrow() retournent respectivement la dimension de la


matrice, le nombre de lignes et le nombre de colonnes.

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Les objets dataframes

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

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Les objets dataframes

Définition des data.frames

Z La classe Data.frame est la plus appropriée pour stocker les jeux


de données et est probablement la classe la plus fréquemment utilisée
en pratique. Ce sont essentiellement des matrices dont toutes les
colonnes ne sont pas nécessairement du même type : scalaire,
booléen, caractère. Cela permet de pouvoir disposer dans un seul
objet des observations sur de nombreux individus de variables
qualitatives et quantitatives. Par exemple
> data1= data.frame(x1=1,x2=1 :10,a=letters[1 :10])
> data1
Z Par défaut les lignes sont numérotées 1,2 etc. On peut ajouter des
noms aux lignes avec l’option row.names
> data2=
data.frame(x1=1,x2=1 :10,a=letters[1 :10],row.names=LETTERS[1 :10])
> data2

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Les objets dataframes

Opérations sur les dataframes

Z Les opérations entre des dataframes sont des opérations terme à


terme comme pour les matrices.
> A = data.frame(x=1 :3,y=2 :4) > B = data.frame(xx=1,yy=1 :3)
> C= data.frame(x=1 :3,y=rep("a",3))
> A+B ; A*B ; A+C

Z Pour extraire un élément ou un bloc, la syntaxe est la même que


pour les matrices. Pour extraire une colonne les deux syntaxes
suivantes peuvent être utilisées
> A$x
> A[,1]

Z Pour concaténer des dataframes ayant le même nombre de lignes


> data.frame(A,B)

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Importation et exportation de données

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 26 / 44


Importation et exportation de données Importation

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 27 / 44


Importation et exportation de données Importation

La fonction read.table()

Z La fonction read.table() permet de lire des fichiers de données au


format texte (ASCII). Cette fonction est destinée à lire les tableaux de
données, les données issues d’un tableur qui auraient été
préalablement transformées en fichier texte, ...

Exemple :
base =read.table(" /Bureau/IAM/courslogicielR/data/wsd2010data.txt",
header=TRUE)

Z Il existe plusieurs variantes de cette fonction pour lesquelles la


valeur par défaut des arguments change : read.csv(), read.csv2(),
read.delim() et read.delim2()

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Importation et exportation de données Exportation

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 29 / 44


Importation et exportation de données Exportation

Les fonctions write(), write.table()

Les fonctions write() et write.table() permettent d’exporter des objets R


en fichiers textes. La fonction write() sert pour les vecteurs et les
matrices, la fonction write.table(), elle, exporte les dataframes avec les
noms de ligne et de colonne.

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Les graphiques

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 31 / 44


Les graphiques

Les fonctions usuelles plot(), lines(), points()

plot() est la fonction centrale. Les fonctions points() ou lines() sont


utilisées pour superposer des courbes ou des nuages de points.
> x = seq(−4, 4, 0.1) ; y = log(x 2 + 1/x 2 )
> plot(y) ; plot(x,y)

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Les graphiques

Superposition de courbes

> x=rnorm(20) ; y=rexp(20)


> plot(x,y) # nuage de points
> points(x+.1,y+.1, pch=2) # ajouter un nuage de points
> lines(sort(x),y, lty=2) # ajouter une ligne
> abline(h=3) # ajouter une ligne horizontale
> text(1,5,"commentaire") # ajouter un texte
>title("superposer des courbes") # ajouter un titre

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Les graphiques

Autres fonctions graphiques

Z hist(x) : trace l’histogramme de x

Z pie(x) : diagramme en secteurs

Z barplot(x) : diagramme en barres verticales

Z boxplot(x) : diagramme en boîte

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Les statistiques

Sommaire

1 Notions élémentaires

2 Les objets
Vecteurs
Matrices
dataframes

3 Importation et exportation de données


Importation
Exportation

4 Les graphiques

5 Les statistiques

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Les statistiques

Etude de cas

On considère un jeux de données fournissant l’Age, le Genre, la


Faculté et la Note de 19 étudiants d’un institut.

Z Lecture des données :


> database =
read.table(" /Bureau/IAM/courslogicielR/data/wsd2010data.txt",
header=TRUE, quote="")

> names(database)
[1] "Etudiant" "Age" "Genre" "Faculte" "Note"

> attach(database) # permet à R de reconnaître les noms des


variables

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Les statistiques

Statistique exploratoire unidimensionnelle

Variable qualitative (Genre)


> TG = table(Genre) # tableau de distribution de la variable Genre

> TG # affiche le tableau de distribution

Z Représentation graphique

> barplot(TG, col= c(2,4),main="Diagramme en barres", xlab="Genre",


ylab="Fréquences",axes=TRUE)

> pie(TG, col= c(6,3),main="Diagramme à secteurs circulaires")

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Les statistiques

Statistique exploratoire unidimensionnelle

Variable qualitative (Genre)

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Les statistiques

Statistique exploratoire unidimensionnelle

Variable quantitative (Age)


Z Histogramme
> subdivision= c(17.5, 22.5, 27.5, 32.5, 37.5, 42.5) # classes
d’amplitude 5

> hist(Age,subdivision, main="Histogramme de l’Age", xlab="Age",


ylab="Effectifs",col="blue")

> hist(Age,subdivision, prob=TRUE, main="Histogramme de l’Age",


xlab="Age", ylab="Fréquences relatives",col="green")

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Les statistiques

Statistique exploratoire unidimensionnelle

Variable quantitative (Age)

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Les statistiques

Statistique exploratoire unidimensionnelle

Moyenne, Ecart-type, coefficient de variation


> moy = mean(Age)

> variance = var(Age)

> ecarttype = sqrt(var(Age))

> CV = sqrt(var(Age))/abs(mean(Age))

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Les statistiques

Statistique exploratoire unidimensionnelle

Quantiles
> quantile(Age,0.25) # premier quartile
> quantile(Age,0.50) # deuxième quartile
> quantile(Age,0.75) # troisième quartile
> quantile(Age, probs= c(0.25,0.50,0.75)) # donne les 3 quartiles

Z Centile d’ordre t%, t compris entre 1 et 100


> quantile(Age,t/100)

Z Décile d’ordre t%, t compris entre 1 et 10


> quantile(Age,t/10)

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Les statistiques

Statistique exploratoire unidimensionnelle

Boîte à moustache
boxplot(Age, main="Diagramme en boîte de l’Age", col="blue")

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Les statistiques

Tableaux de Fréquences croisées

Diagrammes en barres multiples


> TFG = table(Faculte,Genre)
> barplot(TFG, legend = c("Ingenierie", "Management", "Sciences"),
col= c(2,3,5),main="Diagrammes en barres empilées", xlab="genre",
ylab="Facultés",ylim=c(0,30))

(Dr. NDONGO) Master 1 FINDEV 14 février 2018 44 / 44