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Murray_2013_Biochimie de Harper 17/04/13 11:20 Page1

Murray I Bender I Botham


I I

Botham
Weil
Murray Bender Botham
Kennelly I Rodwell I Weil
Kennelly I Rodwell Weil I

I Rodwell
I
Biochimie de Harper

Bender
Pour une compréhension claire des principes Les nouveautés de cette 5e édition française
de biochimie et de biologie moléculaire en u Des nouveaux chapitres sur le vieillissement, le cancer
Biochimie

I
relation avec la médecine moderne et la chimie clinique.

de Harper

I
Kennelly
Un ouvrage clair et actualisé u Chaque chapitre a été mis à jour pour rendre compte

Murray
des derniers progrès des connaissances et de la tech-
Claire, concise et illustrée tout en couleur, la Biochimie nologie.
de Harper, n’a pas son équivalent pour clarifier le lien
entre la biochimie et les bases moléculaires des ma- u Chaque chapitre débute à présent par une liste des
ladies. En combinant d’excellentes illustrations en objectifs, suivie d’un bref exposé sur l’importance
couleur à un exposé intégré des maladies biochimiques biomédicale des sujets traités dans le chapitre.
et des données cliniques, cette édition présente une u 250 questions à choix multiples pour tester vos con- Traduction de Lionel Domenjoud
organisation et un équilibre harmonieux de détails et de naissances et votre compréhension.
concision qui fait défaut à tous les autres ouvrages trai- u Un nombre accru de tableaux, qui résument les infor- 5 e édition

Biochimie de Harper
tant de ce sujet. mations importantes, comme par exemple les besoins
en vitamines ou en sels minéraux.

Traduction de la 29e édition américaine


Lionel Domenjoud est Maître de conférences à l’Université
de Nancy 1, traducteur des ouvrages Biochimie (Voet), Précis
de génomique (Gibson) et Principes de génie génétique
a Plus de 600 illustrations en couleur (Primrose) pour les éditions De Boeck Supérieur.
a Une liste des objectifs au début de chaque chapitre
a Des focus qui font le lien entre le sujet étudié et
l’application biomédicale
a 250 questions à choix multiples
a Un résumé et des références bibliographiques
à la fin de chaque chapitre
a Une liste actuelle des sites internet de biochimie
Conception graphique : Primo&Primo

ISBN : 978-2-8041-7561-0

www.deboeck.com
image : D.R.

HARPER
Biochimie
de Harper
Chez le même éditeur 

Extrait du catalogue

Chimie et biochimie

Atkins P.W. et Jones L., Principes de chimie, 2e éd.


Depovere P., La classification périodique des éléments. La merveille fondamentale de l’Univers.
Depovere P., Chimie générale, 3e éd.
Depovere P., Chimie organique, 2e éd.
Kotz J.C., Treichel Jr P.M., Chimie générale
Kotz J.C., Treichel Jr P.M., Chimie des solutions
McQuarrie D.A., Gallogly E.B., Rock P.A., Chimie générale, 3e éd.
Morgan D.O., Le cycle cellulaire
Moussard C., Biochimie structurale et métabolique, 3e éd.
Moussard C., Biologie moléculaire. Biochimie des communications cellulaires
Silverstein R.M., Webster F.X., Kiemle D.J., Identification spectrométrique de composés organiques, 2e éd.
Voet D., Voet J.G., Biochimie, 2e éd.
Vollhardt K.P.C., Schore N.E., Traité de chimie organique, 5e éd.
Murray | Bender | Botham | Kennelly | Rodwell | Weil

Biochimie
de Harper
5e édition

Traduction de la 29e édition américaine


par Lionel Domenjoud
Ouvrage original
Original edition copyright 2012 by McGraw-Hill Companies Inc., as set forth in copyright notice
of Proprietor’s edition. All rights reserved. French edition copyright 2013 by De Boeck.

Pour toute information sur notre fonds et les nouveautés dans votre domaine de
spécialisation, consultez notre site web: www.deboeck.com

© De Boeck Supérieur s.a., 2013


Rue des Minimes, 39 B-1000 Bruxelles

Tous droits réservés pour tous pays.


Il est interdit, sauf accord préalable et écrit de l’éditeur, de reproduire (notamment par photocopie) partiellement
ou totalement le présent ouvrage, de le stocker dans une banque de données ou de le communiquer au public,
sous quelque forme et de quelque manière que ce soit.

Imprimé en Italie

Dépôt légal:
Bibliothèque nationale, Paris: mai 2013
Bibliothèque royale Albert 1er, Bruxelles: 2013/0074/173 ISBN 978-2-8041-7561-0
Co-auteurs
Daryl K. Granner, MD Peter A. Mayes, PhD, DSc
Professeur Émérite de Physiologie Moléculaire, Professeur Émérite de Biochimie Vétérinaire
de Biophysique et de Médecine Royal Veterinary College
Vanderbilt University University of London
Nashville, Tennessee London, United Kingdom

Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP(C) Margaret L. Rand, PhD


Professeur Associé Directrice de Recherche Associée
Department of Medicine Hospital for Sick Children
McMaster University Toronto, et Professeur
Hamilton, Ontario Departments of Laboratory
Medicine and Pathobiology and Biochemistry
Molly Jacob, MB BS, MD, PhD University of Toronto
Professeur titulaire de chaire Toronto Ontario
Department of Biochemistry
Christian Medical College Joe Varghese, MB BS, MD
Vellore, Tamil Nadu Maître de Conférences
Department of Biochemistry
Frederick W. Keeley, PhD Christian Medical College
Directeur Associé et Directeur de Recherche Vellore, Tamil Nadu
Research Institute, Hospital for Sick Children
Toronto, et Professeur de Biochimie
Department of Biochemistry
University of Toronto
Toronto Ontario
Caractéristiques essentielles
de la 29e édition de la Biochimie de Harper
Aucun autre livre ne montre aussi clairement que la 29e édition
de la Biochimie de Harper, le lien entre la biochimie
et les bases moléculaires des maladies
Les principales caractéristiques

• Mise à jour de chaque chapitre pour rendre compte des derniers progrès des connaissances et
de la technologie
• Seize études de cas de patients ajoutant une dimension clinique à l’ouvrage
• Un bon équilibre entre précision et concision que n’offre aucun autre livre traitant de ces sujets
• De nouveaux chapitres sur le vieillissement, le cancer et la chimie clinique
• De nouvelles questions à choix multiples pour tester ses connaissances et sa compréhension
• Chaque chapitre débute par une liste de ses objectifs pédagogiques, suivie d’un bref exposé des
sujets qui y seront abordés
• Davantage de tableaux contenant des informations importantes comme par exemple les
besoins en vitamines ou en sels minéraux
• Une étude plus détaillée des ARN, de la

15
réparation de l’ADN et des maladies C h a p I T R E

humaines, des rôles des miARN et des


nouvelles puissantes méthodes d’analyse Lipides importants
permettant de suivre et de caractériser la sur le plan physiologique
transcription à l’échelle du génome Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc

• Une étude plus approfondie


de la physiologie et de la pathologie O B J E C T i f s ■ De définir ce que sont les lipides simples ou complexes et d’identifier les classes

du métabolisme du fer L’étude de ce chapitre


vous permettra :

de lipides de chaque groupe.
De préciser la structure des acides gras saturés et insaturés et d’expliquer
comment la longueur de la chaîne et son degré d’insaturation influencent

• Des figures polychromes de haute qualité ■


la température de fusion, en donnant des exemples et en expliquant
la nomenclature.
De comprendre la différence entre doubles liaisons entre atomes de carbone,

pour illustrer de façon intégrée les bases ■


de type cis ou trans.
De décrire le mode de formation des eicosanoïdes par modification de la
structure des acides gras insaturés, et d’identifier les différentes classes
biochimiques des maladies ■
d’eicosanoïdes en précisant leurs fonctions.
De décrire la structure générale des triacylglycérols et de préciser leur fonction.

et les connaissances médicales


■ De décrire la structure générale des phospholipides et des glycosphingolipides
et de préciser les fonctions des différentes classes.
■ De comprendre l’importance du cholestérol comme précurseur de nombreux
stéroïdes d’importance biologique, notamment les hormones stéroïdes, les
acides biliaires et la vitamine D.
■ De reconnaître le noyau cyclique commun à tous les stéroïdes et d’expliquer la
différence entre les formes « chaise » et « bateau » des cycles à six atomes de
carbone, ainsi que le fait que ces cycles peuvent être en relation cis ou trans
entre eux, faisant que de nombreux stéréoisomères sont possibles.
■ D’expliquer pourquoi les radicaux libres sont délétères pour les tissus et
d’identifier les trois stades de la réaction en chaîne de la peroxydation lipidique
qui les produit en continu.

En-tête de chapitre présentant


■ De comprendre comment les antioxydants protègent les lipides de la
peroxydation, soit en inhibant le démarrage de la chaîne soit en
l’interrompant, et de donner des exemples physiologiques ou non.

la liste des objectifs ■ De comprendre que de nombreuses molécules lipidiques sont amphiphiles,
avec des groupes hydrophobes et hydrophiles dans leur structure, et
d’expliquer comment cela influence leur comportement en milieu aqueux en
permettant à certaines classes, dont les phospholipides, les sphingolipides et le
cholestérol, de former la structure de base des membranes biologiques.
Questions d’examen
5. Identifiez l’acide aminé qui a la plus forte contribution à la
partie iii
néoglucogenèse hépatique :
A. L’alanine.
1. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est PAS B. La glutamine.
CORRECTE : C. La glycine.
A. La sélénocystéine est présente au site actif de certaines D. La lysine.

Plus de 250 questions


enzymes humaines. E. L’ornithine.
B. La sélénocystéine est insérée dans les protéines par un
processus post-traductionnel. 6. Sélectionnez parmi les assertions suivantes celle qui n’est PAS
C. La transamination d’α-cétoacides d’origine alimentaire CORRECTE :
peut compenser la carence de leucine, d’isoleucine et de
valine, des acides aminés essentiels du point de vue nutri-
tionnel
A. La vitesse de néoglucogenèse hépatique à partir de glu-
tamine est de loin supérieure à celle pour tout autre acide
aminé.
à choix multiples
D. La conversion de peptidylproline en peptidyl 4-hydroxy- B. Le syndrome d’Angelman est associé à un défaut d’une E3
proline s’accompagne d’incorporation d’oxygène dans le ubiquitine ligase.
succinate. C. Après un repas riche en protéines, les tissus splanchni-
E. Il y a interconversion de la sérine et de la glycine lors ques libèrent principalement des acides aminés ramifiés,
d’une réaction unique impliquant des dérivés du tétrahy- qui sont capturés par les tissus musculaires périphériques.
drofolate. D. La conversion catalytique par la l-α-amino oxydase d’un
acide α-aminé en son α-cétoacide correspondant s’ac-
2. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est PAS compagne de la libération de NH4+.
CORRECTE : E. Des signes et des symptômes similaires, voire identiques
A. Le Δ1-pyrroline-5-carboxylate est un intermédiaire aussi peuvent être associés à différentes mutations du gène
bien de l’anabolisme que du catabolisme de la l-proline. codant une enzyme donnée.
B. Les tissus humains peuvent fabriquer des acides aminés
non essentiels du point de vue nutritionnel à partir d’in- 7. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est PAS
termédiaires amphiboliques ou d’acides aminés essentiels CORRECTE :
du point de vue nutritionnel. A. Les séquences PEST destinent certaines protéines à une
C. Le tissu hépatique humain peut fabriquer la sérine à par- dégradation rapide. 698 PARTIE VI Sujets spéciaux
tir du 3-phosphoglycérate, un intermédiaire de la glyco- B. L’ATP et l’ubiquitine participent généralement à la dégra-
lyse. dation des protéines associées aux membranes et aux
D. La phénylalanine hydroxylase catalyse une réaction d’in- protéines à demi-vie longue. TABLEAU 52-9 Résumé des principales caractéristiques globalement une augmentation de la perméabilité vasculaire,
terconversion de la phénylalanine en tyrosine. C. Les molécules d’ubiquitine sont attachées à leurs protéi- avec formation d’un œdème tissulaire (Tableau 52-11).
biochimiques des neutrophiles
E. Le pouvoir réducteur de la tétrahydrobioptérine provient nes cibles par des liaisons non α-peptidiques. Lors d’une inflammation aiguë, les neutrophiles sont recrutés
en fait du NADPH. D. La découverte du mécanisme de dégradation des protéi- •  Glycolyse active à partir du courant sanguin en direction des tissus pour aider à
nes par le protéasome a valu le prix Nobel à ses auteurs. éliminer les envahisseurs étrangers. Les neutrophiles sont attirés
•  Voie des pentoses phosphates active
3. Identifier parmi les molécules suivantes le métabolite NE E. La dégradation des protéines portant une étiquette d’ubi- dans les tissus par des facteurs chimiotactiques, dont : le frag-
quitine a lieu dans le protéasome, qui est une macromo- •  Phosphorylation oxydative modérée
ment C5a du complément, des petits peptides dérivés des bacté-
SERVANT PAS de précurseur à un acide aminé essentiel du
lécule à nombreuses sous-unités présente chez tous les •  Riches en lysosomes et en leurs enzymes de dégradation ries (telle que. la N-formyl-méthionyl-leucyl-phénylalanine) et
point de vue nutritionnel :
eucaryotes. un certain nombre de leucotriènes. Pour atteindre les tissus, les
A. L’α-cétoglutarate. •   Renferment certaines enzymes propres (comme la myéloperoxydase 
B. Le 3-phosphoglycérate. et la NADPH oxydase) et des protéines spécifiques neutrophiles circulants doivent passer au travers des capillaires.
8. Concernant les troubles métaboliques du cycle de l’urée, Pour y arriver, ils se déplacent le long des parois vasculaires et
C. Le glutamate. laquelle des assertions suivantes n’est-elle PAS CORRECTE : •  Renferment les intégrines CD11/CD18 dans leur membrane plasmique
D. L’aspartate. adhèrent ensuite aux cellules endothéliales (du revêtement inté-
A. L’intoxication par l’ammoniaque est plus grave quand le rieur) des capillaires.
E. L’histamine. blocage métabolique a lieu avant la réaction 3 du cycle de
l’urée, catalysée par l’argininosuccinate synthase.
4. Sélectionner la réponse CORRECTE. La première réaction de B. Les symptômes cliniques comportent un retard mental et mées les fonctions de quelques protéines qui se trouvent presque Les intégrines servent d’intermédiaires
dégradation de la majorité des acides aminés courants néces- exclusivement dans les neutrophiles.
site la participation des substances suivantes :
nécessitent d’éviter les repas riches en protéines. dans l’adhérence des neutrophiles
C. Les symptômes cliniques comportent une hyperammo-
A. Le NAD+ aux cellules endothéliales
niémie et une acidose respiratoire. Les neutrophiles jouent un rôle clé
B. Le phosphate de pyridoxal. D. L’aspartate fournit le deuxième atome d’azote de l’argini- L’ adhérence des neutrophiles aux cellules endothéliales nécessite
C. Le pyrophosphate de thiamine (TPP). nosuccinate.
dans la défense de l’organisme des protéines adhésives (intégrines) localisées à leur surface, ainsi
D. Le FAD. E. Le traitement diététique est centré sur l’absorption fré- contre les infections bactériennes que des récepteurs protéiques spécifiques au niveau des cellules
E. Le NAD+ et le TPP. quente de petits repas pauvres en protéines. Les neutrophiles sont des cellules phagocytaires mobiles du sys- endothéliales. (voir aussi la discussion sur les sélectines dans le
tème immunitaire inné, qui jouent un rôle clé dans l’inflammation Chapitre 47).
aiguë. Lorsque des bactéries entrent dans les tissus, il se produit Les intégrines sont une superfamille de protéines de surface
un certain nombre de phénomènes que l’on regroupe sous le terme présentes dans un grand nombre de cellules. Elles interviennent
de « réponse inflammatoire aiguë ». Ce sont : (1) l’augmentation dans l’adhérence des cellules entre elles ou avec des composants
de la perméabilité vasculaire, (2) l’entrée de neutrophiles activés spécifiques de la matrice extracellulaire. Ce sont des hétérodimè-
dans les tissus, (3) l’activation des plaquettes et (4) la régression res formés d’une sous-unité α et d’une sous-unité β, reliées de
spontanée (résolution) si les microorganismes envahisseurs ont façon non covalente. Ces sous-unités renferment des segments
été traités avec succès. extracellulaires, transmembranaires et intracellulaires. Les seg-
Lors d’une inflammation aiguë, diverses molécules sont libé- ments extracellulaires se lient à différents ligands, tels que cer-
rées par les cellules et les protéines plasmatiques. Il en résulte taines protéines spécifiques de la matrice extracellulaire et de la

Davantage TABLEAU 52-10 Quelques enzymes et protéines importantes des neutrophiles1

de tableaux
Enzyme ou protéine Réaction catalysée ou fonction Commentaire

Myéloperoxydase (MPO) H2O2 + X– (halogénure) + H+  HOX +H2O (où X– = Cl–,  Responsable de la couleur verte du pus


HOX=acide hypochloreux) Le déficit génétique peut provoquer des infections récurrentes

NADPH oxydase 2O2 + NADPH  2O2∙  + NADP + H+ Composant clé de la flambée respiratoire
Déficiente dans la granulomatose chronique
Lysozyme Hydrolyse la liaison entre l’acide N-acétylmuramique et la  Abondant dans les macrophages
N-acétyl-d-glucosamine des parois de certaines bactéries
Défensines Peptides antibiotiques basiques de 20 à 33 acides aminés Détruisent apparemment les bactéries en provoquant des 
lésions membranaires
Lactoferrine  Protéine de liaison du fer Peut inhiber la croissance de certaines bactéries en se liant au 
fer et elle est peut-être impliquée dans la régulation de la 
prolifération des cellules myéloïdes

660 PARTIE VI Sujets spéciaux CD11a/CD18, CD11b/CD18,  Molécules adhésives (membres de la famille des intégrines) Déficientes dans le défaut d’adhérence des leucocytes, de 


CD11c/CD182 type I (OMIM 116920)
Récepteurs pour les fragments Fc  Se lient aux fragments Fc des molécules IgG Dirigent les complexes antigène-anticorps vers les cellules 
des IgG myéloïdes et lymphoïdes, aboutissant à la phagocytose et 
L’apotransferrine (apo-Tf) à d’autres réponses
se dissocie de son récepteur pH extérieur ~ 7 1
 L’expression de plusieurs de ces molécules a été étudiée à différents stades de la différenciation des neutrophiles normaux et aussi dans les cellules leucémiques correspondantes, par 
Holotransferrine (Tf-Fe) à pH neutre
des techniques de biologie moléculaire (comme le dosage de leurs ARNm spécifiques). Pour la plupart d’entre elles, les ADNc ont été isolés et séquencés, les séquences en acides 
aminés déduites, leurs gènes localisés sur les chromosomes et les séquences d’introns et d’exons sont connues. Certaines protéases importantes des neutrophiles sont énumérées dans 
Récepteur de le Tableau 52-13.
2
 CD = groupes de différenciation. Se réfère à un système uniforme de nomenclature qui a été adopté pour nommer les marqueurs de surface des leucocytes. Une protéine de surface 
la transferrine (TfR1) spécifique (marqueur) qui identifie une lignée particulière ou un stade de différenciation des leucocytes et qui est reconnue par un groupe d’anticorps monoclonaux est dite appartenir 
à un groupe de différenciation. Le système est particulièrement utile pour la sous-classification des lymphocytes. De nombreux antigènes CD interviennent dans les interactions entre 
cellules, dans l’adhérence et dans la signalisation transmembranaire.
Fe3+

Clathrine

pH ~ 6 Fe3+
Endosome Fe3+
précoce

L’apotransferrine (apo-Tf) est


recyclée vers la surface de la cellule

Steap 3 Fe3+
DMT-1

Fe2+ Fe2+
Le pH bas dans l’endosome
Endosome pH ~ 5 tardif provoque la libération de
Cytosol
tardif Fe3+ par la transferrine
Apotransferrine (apo-Tf)

FIGURE 50-6 Le cycle de la transferrine. L’holotransferrine (Tf-Fe) se lie au récepteur de la transferrine (TfR1) présent dans les puits
recouverts de clathrine de la surface cellulaire. Le complexe TfR1–TF–Fe subit l’endocytose et les vésicules d’endocytose fusionnent pour former des
endosomes précoces. Les endosomes précoces subissent une maturation en endosomes tardifs, qui ont un pH interne acide. Le pH bas provoque la

Des centaines
libération du fer de ses sites de liaisons sur la transferrine. L’apotransferrine (apo-Tf ) reste liée à TfR1. Le fer ferrique est converti en fer ferreux par la
ferriréductase, Steap 3. Le fer ferreux est ensuite transporté dans le cytosol via DMT1. Le complexe TfR1–apo-Tf est recyclé vers la surface cellulaire.
À la surface de la cellule, apo-Tf est libéré de TfR1. TfR1 se lie alors à un nouveau complexe Tf-Fe. Le cycle de la transferrine est ainsi bouclé. (D’après
la Figure 17-48 de Lodish H et al : Molecular Cell Biology, 6th ed. WH Freeman, 2008).

Le fer des érythrocytes sénescents est recyclé par le foie. Elle a une activité ferroxydase, elle est requise pour
l’oxydation de Fe2+ en Fe3+. Fe3+ se lie ensuite à la transferrine dans
d’illustrations polychromes
par les macrophages le sang. Le fer libéré ainsi par les macrophages (environ 25 mg
Les érythrocytes ont une durée de vie normale d’environ 120 par jour) est recyclé et constitue la principale source de fer de
jours. Les érythrocytes sénescents ou endommagés sont phago- l’organisme. Par comparaison, l’absorption intestinale du fer
cytés par les macrophages du système réticuloendothélial présent n’apporte qu’1 à 2 mg des besoins quotidiens en fer de l’orga-
dans la rate et le foie. Environ 200 milliards d’érythrocytes (dans nisme.
environ 40mL de sang) sont ainsi catabolisés chaque jour. Au
sein des macrophages, l’hème provenant de l’hémoglobine est
dégradé par l’hème oxygénase, qui le convertit en biliverdine. Du La ferritine stocke le fer dans les cellules
monoxyde de carbone et du fer sont libérés comme produits Dans des conditions normales, la ferritine stocke le fer en excès
secondaires. Le fer libéré de l’hème est exporté hors de la vésicule des différents tissus, cela constitue environ 1 g du contenu total
de phagocytose du macrophage par NRAMP1 (protéine 1 de en fer de l’organisme. La ferritine a une masse moléculaire approxi-
macrophage associée à une résistance naturelle), un transporteur mative de 440 kDa, elle comporte 24 sous-unités qui entourent
homologue à DMT1. Il est ensuite exporté dans la circulation via 3000 à 4500 atomes ferriques. Les unités peuvent être de type H
la ferroportine de la membrane plasmique du macrophage (heavy, lourd) ou de type L (léger, light). La sous-unité H possède
(Figure 50-7). La ferroportine joue donc un rôle central, non une activité ferroxydase nécessaire pour charger le fer sur la fer-
seulement dans l’absorption intestinale du fer, mais aussi dans sa ritine. La fonction de la sous-unité L n’est pas bien comprise mais
libération par les macrophages. La ceruloplasmine (voir plus loin) elle jouerait un rôle dans la nucléation de la ferritine et dans sa
est une protéine plasmatique contenant du cuivre, synthétisée stabilité. La quantité normale de ferritine plasmatique chez l’être
Sommaire
Avant-propos  XII P A R T I E
Bioénergétique et
1. Biochimie et médecine  1
Robert K. Murray, MD, PhD
II métabolisme des glucides
et des lipides  113

2. Eau et pH 7 11. Bioénergétique : rôle de l’ATP  113


Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc

12. Oxydation biologique  120


P A R T I E
Structures et fonctions Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc

I des protéines
et des enzymes  17 13. Chaîne respiratoire et phosphorylation
oxydative  126
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
3. Les acides aminés et les peptides  17
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
14. Glucides importants sur le plan
physiologique  137
4. Les protéines : détermination David A. Bender, PhD
de la structure primaire  25
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
15. Lipides importants sur le plan
physiologique  146
5. Les protéines : structures d’ordre Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
supérieur  36
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
16. Vue d’ensemble du métabolisme et
de l’approvisionnement en carburants
6. Protéines : myoglobine et hémoglobine  49
métaboliques  157
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc

7. Enzymes : mécanismes d’action  58 17. Cycle de l’acide citrique : catabolisme


Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD de l’acétyl-CoA  170
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
8. Enzymes : cinétiques  71
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD 18. Glycolyse et oxydation du pyruvate  177
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
9. Enzymes : régulation des activités  86
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD 19. Métabolisme du glycogène  186
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
10. Bioinformatique et modélisation biologique
assistée par ordinateur  96 20. Néoglucogenèse et contrôle de la
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD glycémie  195
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
VIII Sommaire

21. Voie des pentoses phosphates P A R T I E


et autres voies métaboliques  205 Structure, fonction et
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc

22. Oxydation des acides gras :


IV réplication des macro­-
molécules de l’information  333

cétogenèse  216
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
32. Les nucléotides  333
Victor W. Rodwell, PhD

23. Biosynthèse des acides gras  225


Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
33. Métabolisme des nucléotides puriques
et pyrimidiques  341
Victor W. Rodwell, PhD
24. Métabolisme des acylglycérols
et des sphingolipides  238
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
34. Structure et fonction des acides
nucléiques  353
P. Anthony Weil, PhD
25. Transport et stockage des lipides  246
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
35. Organisation, réplication et réparation
26. Synthèse, transport et excrétion de l’ADN  364
P. Anthony Weil, PhD
du cholestérol  260
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
36. Synthèse, maturation et métabolisme
de l’ARN  388
P. Anthony Weil, PhD
P A R T I E
Métabolisme des protéines
III et des acides aminés  275
37. Synthèse protéique et code génétique  407
P. Anthony Weil, PhD

38. Régulation de l’expression des gènes  423


27. Biosynthèse des acides aminés non P. Anthony Weil, PhD
indispensables dans l’alimentation  275
Victor W. Rodwell, PhD 39. Génétique moléculaire, technologies de
l’ADN recombinant et de génomique  447
28. Catabolisme des protéines et de l’azote P. Anthony Weil, PhD
des acides aminés  281
Victor W. Rodwell, PhD

P A R T I E
29. Catabolisme du squelette carboné Biochimie de la communication
des acides aminés  291
Victor W. Rodwell, PhD V extracellulaire et
intracellulaire  473

30. Transformation des acides aminés en produits


40. Membranes : structure et fonction  473
spécialisés  307 Robert K. Murray, MD, PhD et Daryl K. Granner, MD
Victor W. Rodwell, PhD

41. Diversité du système endocrinien  493


31. Porphyrines et pigments biliaires  317 P. Anthony Weil, PhD
Robert K. Murray, MD, PhD
Sommaire IX

42. Mode d’action des hormones et 50. Protéines plasmatiques et


transduction du signal  513 immunoglobulines  653
P. Anthony Weil, PhD Robert K. Murray, MD, PhD, Molly Jacob, MB BS, MD, PhD,
& Joe Varghese, MB BS, MD

P A R T I E
51. Hémostase et thrombose  675
Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP(C), Robert K. Murray, MD,

VI Sujets spéciaux  533 PhD & Margaret L. Rand, PhD

52. Érythrocytes et leucocytes  686


Robert K. Murray, MD, PhD
43. Nutrition, digestion et absorption  533
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc 53. Métabolisme des xénobiotiques  703
Robert K. Murray, MD, PhD
44. Micronutriments : vitamines
et minéraux  542 54. La biochimie du vieillissement  711
David A. Bender, PhD Peter J. Kennelly, PhD

45. Radicaux libres et aliments 55. Le Cancer : vue d’ensemble  724


antioxydants  561 David A. Bender, PhD
David A. Bender, PhD
56. Biochimie clinique  748
46. Trafic intracellulaire et routage Joe Varghese, MB BS, MD, Molly Jacob, MB BS, MD, PhD,
des protéines  567 et Robert K. Murray, MD, PhD
Robert K. Murray, MD, PhD
57. Études de cas cliniques  758
47. Les glycoprotéines  588 Robert K. Murray, MD, PhD
Robert K. Murray, MD, PhD et Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP (C)

48. La matrice extracellulaire  610 Annexe  801


Robert K. Murray, MD, PhD et Frederick W. Keeley, PhD Les réponses aux questions  805
Index  809
49. Muscle et cytosquelette  630
Robert K. Murray, MD, PhD
Avant-propos
Les auteurs et l’éditeur sont heureux de présenter la vingt- Organisation de l’ouvrage
neuvième édition de Biochimie de Harper. La première édition de
Après deux chapitres d’introduction, l’ouvrage est divisé en six
cet ouvrage, appelée Biochimie de Harper, a été publiée en 1939
grandes parties. Toutes les parties et tous les chapitres mettent en
avec pour seul auteur le Dr Harold Harper, de l’Université de
relief l’importance de la biochimie en médecine.
Californie à San Francisco. Par la suite divers auteurs ont contri-
La première partie traite les structures et les fonctions des
bué à cet ouvrage.
protéines et des enzymes. Cette partie contient aussi un chapitre
sur la bioinformatique et la biologie assistée par ordinateur, con­
Changements dans la vingt-neuvième édition formément à l’importance croissante de ces sujets dans la biochi-
mie moderne, la biologie et la médecine.
Pour être fidèles à notre objectif de fournir aux étudiants un
La deuxième partie, explique comment les diverses réactions
ouvrage qui décrive et illustre la biochimie de façon pertinente en
cellulaires utilisent ou libèrent de l’énergie et cette partie trace les
médecine, actuelle et complète tout en restant assez concise, nous
voies de synthèse et de dégradation des glucides et des lipides. Les
avons mis à jour chaque chapitre et de plus intégré des nouveaux
nombreuses fonctions de ces deux classes de molécules sont éga-
éléments importants à cette édition.
lement décrites.
Chaque chapitre débute à présent par un bref relevé de ses
La troisième partie concerne les acides aminés, leurs devenirs
objectifs, suivi d’une brève explication de son importance biomé-
métaboliques, certains aspects clés du catabolisme des protéines
dicale. Un ajout majeur consiste en plus de 250 questions d’examen
ainsi que la biochimie des porphyrines et des pigments biliaires.
à choix multiples dont les réponses figurent dans une annexe.
La quatrième partie décrit les structures et les fonctions des
nucléotides et des acides nucléiques, elle inclut des sujets comme
Les principaux autres changements la réplication et la réparation de l’ADN, la synthèse des ARN et
concernent trois chapitres totalement leurs modifications, la synthèse protéique, les principes des tech-
nologies de l’ADN recombinant, et les nouvelles connaissances
nouveaux sur la régulation de l’expression des gènes.
« Biochimie du Vieillissement » La cinquième partie, traite des aspects de la communication
« Biochimie du Cancer » extra- et intracellulaire. Les sujets traités concernent la structure
« Biochimie clinique » et la fonction des membranes, les bases moléculaires des actions
des hormones et le domaine de la transduction des signaux.
La sixième partie aborde quinze sujets particuliers : la nutri-
Les autres changements importants portent tion, la digestion et l’absorption ; les vitamines et les sels miné-
sur les points suivants : raux ; les radicaux libres et les antioxydants ; le trafic intracellulaire
• Des aspects épidémiologiques ont été inclus dans le chapitre et le tri des protéines ; les glycoprotéines ; la matrice extracellulaire ;
« Bioinformatique et Modélisation Biologique assistée par le muscle et le cytosquelette ; les protéines plasmatiques et les
Ordinateur ». immunoglobulines ; l’hémostase et la coagulation sanguine ; les
• Des nouvelles figures illustrent des approches clés pour l’iden- globules rouges et blancs ; le métabolisme des xénobiotiques ; La
tification de sites actifs potentiels, de sites de liaison de ligands biochimie du vieillissement ; la biochimie du cancer ; la biochi-
et d’autres sites d’interaction (Partie I), et divers aspects du mie clinique et ; l’étude de 16 cas cliniques à base biochimique. Le
métabolisme (Partie II). dernier chapitre se termine par un bref épilogue concernant quel­
• Des nouveaux tableaux résument des aspects des maladies ques enjeux majeurs de la médecine pour lesquels la biochimie et
métaboliques, incluant celles du métabolisme des purines, les disciplines apparentées vont jouer un rôle important dans la
des pyrimidines et des acides aminés (Partie III). découverte de solutions.
• Les sujets suivants sont abordés de façon plus approfondie : L’Annexe contient une liste de sites web utiles et une liste de
les ARN non codants, les maladies humaines liées à la répa- revues de biochimie ou de revues où les aspects biochimiques
ration des altérations de l’ADN, les facteurs épigénétiques qui occupent une part importante.
contrôlent l’expression des gènes eucaryotes, les activités des
miARN et la puissance des nouvelles méthodes permettant
de suivre et de caractériser la transcription à l’échelle du
génome (Partie IV).
• Des nouveaux tableaux ont été ajoutés sur les besoins en vita-
mines et en sels minéraux, ainsi qu’une discussion détaillée
sur le métabolisme physiologique et pathologique du fer
(Partie VI).
XII Avant-propos

Remerciements Fred Keeley pour ses nombreuses contributions au Chapitre 48,


Peter Gross comme co-auteur des Chapitres 51 et 57, et Margaret
Les auteurs remercient Michael Weitz pour son rôle dans la con­
Rand comme co-auteur du Chapitre 51. Les remerciements spé-
ception de cette édition et Brian Kearns pour son rôle clé dans la
ciaux vont aussi à Reinhart Reithmeier, Alan Volchuk et David
finalisation de cette édition pour sa publication. Nous remer-
Williams pour leur travail de relecture et leurs précieuses sugges-
cions également Mala Arora et ses collègues de Thomson Digital
tions pour la révision des Chapitres 40 et 46.
pour leur travail d’édition, de typographie et de reproduction.
Nous remercions également Calvin « Nic » Steussy de l’Université Robert K. Murray
Purdue pour son aide à l’élaboration de la couverture. David A. Bender
Les suggestions faites par divers étudiants et collègues de par Kathleen M. Botham
le monde ont été des plus utiles pour la réalisation de cette édi- Peter J. Kennelly
tion. Nous restons dans l’attente de contributions similaires dans Victor W. Rodwell
le futur. P. Anthony Weil
Rob Murray remercie tout spécialement Joe Varghese et
Molly Jacob en tant que co-auteurs des Chapitres 50, 55 et 56,
1
C h a p I T R E

Biochimie et médecine
Robert K. Murray, MD, PhD

O B J E C T i f s ■ D’expliquer l’objet de la biochimie et son rôle central dans les sciences de la vie.
■ De comprendre le lien entre la biochimie, la physiologie, la pathologie
L’étude de ce chapitre et la médecine.
vous permettra : ■ De mesurer comment le Projet Génome Humain a donné naissance à de
nombreuses disciplines ou a stimulé l’intérêt pour celles-ci, lesquelles éclairent
d’ores et déjà de nombreuses questions en biologie et en médecine.
2 CHAPTre 1  Biochimie et médecine

INTRODUCTION TABLEAU 1-1  Principales méthodes et protocoles utilisés


dans les laboratoires de biochimie
La biochimie peut être définie comme la science des bases
chimiques de la vie (en grec bios = vie). La cellule est l’unité Méthodes de séparation et de purification des molécules biologiques1
structurale des systèmes vivants. On peut donc également définir
Fractionnement salin (par exemple : précipitation des protéines par le sulfate
la biochimie comme la science qui étudie les constituants d’ammonium)
chimiques des cellules vivantes ainsi que les réactions et
transformations qu’ils subissent. D’après cette définition, Chromatographie : sur papier ; échangeuse d’ions ; d’affinité ; sur couche
mince ; en phase gazeuse et en phase liquide ; liquide à pression élevée
la biochimie englobe de vastes domaines de la biologie cellulaire, (HPLC); filtration sur gel.
de la biologie moléculaire et de la génétique moléculaire.
Électrophorèse: sur papier ; à voltage élevé ; sur gel d’agarose ; sur acétate
de cellulose ; sur gel d’amidon ; sur gel de polyacrylamide ; sur gel
SDS-polyacrylamide.
La biochimie a pour but de décrire et
Ultracentrifugation
d’expliquer, en termes moléculaires, tous
les processus chimiques des cellules vivantes Méthodes pour déterminer la structure des biomolécules

L’ objectif premier de la biochimie est la compréhension com- Analyse élémentaire


plète, à l’échelle moléculaire, de tous les processus chimiques
Spectroscopie UV, visible, infrarouge et spectroscopie de résonance
associés aux cellules vivantes. Pour atteindre cet objectif, les magné­tique nucléaire (RMN)
biochimistes ont cherché à isoler les nombreuses molécules cellu-
laires, à déterminer leurs structures et à analyser leurs fonctions. Utilisation de l’hydrolyse acide ou alcaline pour dégrader la biomolécule
étudiée en ses constituants de base.
Le Tableau 1-1 énumère quelques-unes des nombreuses techni-
ques utilisées pour atteindre ces objectifs. Utilisation de toute une panoplie d’enzymes qui coupent à des endroits
D’autres objectifs de la biochimie sont d’aider à comprendre spécifiques (comme les protéases, les nucléases, les glycosidases).
les origines de la vie sur terre et d’intégrer les connaissances bio- Spectrométrie de masse
chimiques dans les efforts de maintien de la santé, de compré-
hension des maladies ainsi que de leur traitement approprié. Méthodes de séquençage spécifiques (pour les protéines et les acides
nucléiques par exemple)

Radiocristallographie
Toutes les sciences de la vie nécessitent
des connaissances en biochimie Préparations pour l’étude des réactions biochimiques

La biochimie des acides nucléiques est au cœur de la génétique ; Études sur l’animal entier y compris les animaux transgéniques et ceux
en contrepartie, l’utilisation d’approches génétiques a permis pré­sentant une extinction ciblée de gène (knockout).
d’éclairer de nombreux domaines en biochimie. La biologie cel- Organe isolé sous perfusion
lulaire a des liens très étroits avec la biochimie. Le domaine de la
physiologie, qui étudie les fonctions de l’organisme, et celui de la Coupes fines de tissus
biochimie se recouvrent presque totalement. L’ immunologie fait Cellules entières
appel à de nombreuses techniques biochimiques et les biochimis-
tes utilisent souvent des approches immunologiques. La pharma- Homogénats
cologie et les sciences pharmaceutiques reposent sur de solides Organites cellulaires isolés
connaissances biochimiques et physiologiques ; par exemple, la
Sous-fractionnement d’organites
plupart des médicaments sont métabolisés grâce à des réactions
catalysées par des enzymes. Les poisons agissent sur des réactions Métabolites et enzymes purifiés
ou sur des voies biochimiques ; c’est là l’objet principal de la toxi-
Gènes isolés (y compris les produits de PCR et de mutagenèse ciblée)
cologie. Les approches biochimiques sont de plus en plus utilisées
pour l’étude des aspects fondamentaux de la pathologie (l’étude 1
La plupart de ces méthodes permettent l’analyse des composants présents dans
les extraits cellulaires et dans d’autres matériaux biologiques. En général, l’utilisation
des maladies), tels l’inflammation, les lésions cellulaires et le can-
séquentielle de différentes techniques permet la purification de la plupart des
cer. De nombreux chercheurs en microbiologie, en biologie ani- molécules biologiques. Pour des descriptions plus détaillées le lecteur est invité à se
male et en biologie végétale utilisent presque exclusivement des référer aux ouvrages traitant des aspects techniques en recherche biochimique.
approches biochimiques. Ces interconnections n’ont rien de sur-
prenant car la vie, telle que nous la connaissons, dépend de réac-
tions et de transformations biochimiques. En fait, les anciennes
barrières entre les différentes sciences de la vie tombent tandis la préservation de la santé ainsi que la compréhension et le trai-
que la biochimie devient de plus en plus leur langage commun. tement efficace des maladies. La biochimie a un impact considé-
rable sur ces deux objectifs fondamentaux de la médecine. En fait,
la relation entre la biochimie et la médecine est une vaste avenue
Les interactions entre la biochimie et la à double sens. Les études biochimiques ont éclairé de nombreux
aspects physiologiques et pathologiques et réciproquement, l’étude
médecine ont suscité des progrès mutuels de différentes situations saines et pathologiques a ouvert de nou-
Les deux principales préoccupations des chercheurs en sciences veaux domaines d’étude en biochimie. La Figure 1-1 présente quel-
médicales et notamment des médecins, sont la compréhension et ques exemples de ces échanges à double sens. Ainsi, la connaissance
CHAPITRE 1  Biochimie et médecine 3

de la structure et de la fonction des protéines était nécessaire pour animaux) ont été bien spécifiées dans un article de Cooke (2010).
élucider l’unique différence biochimique entre l’hémoglobine La science (i) offre une compréhension fondamentale sur laquelle
normale et celle de l’anémie falciforme (drépanocytose). De le travail de chacun doit s’appuyer, (ii) elle stimule la curiosité et
son côté, l’analyse de l’hémoglobine drépanocytaire a contribué permet d’acquérir les comportements scientifiques essentiels à la
de façon significative à notre compréhension de la structure et de poursuite de l’acquisition de connaissances tout au long d’une
la fonction de l’hémoglobine normale mais aussi de celles d’autres carrière (iii) elle explique la façon dont nos connaissances actuel-
protéines. Des exemples similaires de bénéfices réciproques entre les ont été acquises et (iv) elle met l’accent sur l’immensité de ce
la biochimie et la médecine pourraient être cités pour les autres qui reste encore inconnu. Il est bien sûr crucial que l’utilisation de
tandems de la Figure 1-1. Le travail de pionnier d’Archibald Gar- la science pour aider un patient se fasse avec humanité et selon les
rod, un médecin anglais du début du vingtième siècle, constitue critères éthiques les plus exigeants.
un autre exemple de cette relation interdisciplinaire. En étudiant
des patients atteints d’affections relativement rares (alcaptonurie,
albinisme, cystinurie et pentosurie, maladies qui sont décrites
plus loin dans ce livre), il montra que ces affections étaient d’ori- LES PROCESSUS BIOCHIMIQUES
gine génétique et nomma ces états pathologiques, erreurs innées NORMAUX SONT LA BASE
du métabolisme. Cette découverte servit de base au développe-
ment de la génétique biochimique humaine. Des efforts plus récents DE LA SANTÉ
pour comprendre les bases de la maladie génétique connue sous
L’ organisation mondiale de la santé (OMS) définit la santé
le nom d’hypercholestérolémie familiale, qui entraîne une grave
comme un état de « bien-être physique, mental et social complet
athérosclérose juvénile, ont abouti à des progrès spectaculaires
et pas seulement comme l’absence de maladie ou d’infirmité ».
dans la compréhension des récepteurs cellulaires et dans celle des
D’un point de vue strictement biochimique, la santé peut être con­
mécanismes de capture du cholestérol par les cellules. L’ étude
sidérée comme une situation où l’ensemble des milliers de réac-
d’oncogènes et de gènes suppresseurs de tumeur dans les cellu-
tions extra- et intracellulaires ayant lieu dans l’organisme, s’effectue
les cancéreuses a attiré l’attention sur les mécanismes moléculaires
à des vitesses compatibles avec sa viabilité optimale dans des
impliqués dans le contrôle de la croissance de la cellule normale.
Ces exemples et de nombreux autres montrent comment l’étude conditions physiologiques. Il s’agit cependant d’un point de vue
du pathologique peut ouvrir des domaines du fonctionnement extrêmement réductionniste, il est évident que pour s’occuper de
cellulaire aux recherches biochimiques fondamentales. la santé des patients, une connaissance des principes de biologie
La relation entre médecine et biochimie a d’importantes doit être complétée par des principes psychologiques et sociaux.
implications pour la première. Tant que le traitement médical
repose solidement sur des connaissances de biochimie ou d’autres La recherche en biochimie a des retombées
sciences fondamentales, la pratique médicale aura une base ration-
nelle pouvant être adaptée pour intégrer de nouvelles connais- sur la nutrition et la médecine préventive
sances. Une telle approche contraste avec des cultes non orthodoxes L’ une des principales conditions préalables au maintien de la santé
voués au maintien en bonne santé, ainsi qu’avec certaines prati- est l’apport alimentaire optimal d’un certain nombre de substan-
ques de « médecine alternative » se fondant souvent plutôt sur des ces chimiques dont les plus importantes sont les vitamines, cer-
mythes et des croyances, et généralement dénués de toute base tains acides aminés, certains acides gras, divers minéraux et l’eau.
logique. Biochimie et nutrition étant toutes deux largement concernées
La biochimie est un domaine scientifique important. Les nom- par l’étude des divers aspects de ces substances chimiques, il existe
breuses raisons de l’importance de la science pour les médecins une relation étroite entre ces deux sciences. De plus, la tendance
(ainsi que pour les autres personnes travaillant dans le domaine actuelle est de systématiquement préserver la santé et de prévenir
de la santé ou en biologie, que cela concerne l’être humain ou les les maladies, en pratiquant une médecine préventive. Ainsi, les

Biochimie

Acides
nucléiques Protéines Lipides Glucides

Maladies Drépanocytose Athéro- Diabète


génétiques sclérose sucré

Médecine

FIGURE 1-1  Exemples de relations entre la biochimie et la médecine. La


connaissance des composants biochimiques représentés dans la partie supérieure du
diagramme a aidé à la compréhension de maladies figurant dans la partie inférieure.
Réciproquement, l’étude des maladies qui figurent en bas du schéma a fait progresser
de nombreux domaines en biochimie. Notez que la drépanocytose est une maladie
génétique et que l’athérosclérose et le diabète sucré ont tous deux des composantes
génétiques.
4 CHAPTre 1  Biochimie et médecine

approches nutritionnelles pour prévenir, par exemple, l’athéros- son soutien à l’utilisation de la démarche scientifique pour résou-
clérose et le cancer sont l’objet d’une attention croissante. La dre les problèmes majeurs (environnementaux et autres par ex.)
compréhension de la nutrition dépend en grande partie d’une auxquels nous sommes confrontés.
connaissance de la biochimie.
L’ impact du Projet Génome Humain
La plupart des maladies, sinon toutes, (PGH ou HGP) en biochimie, en biologie
ont une base biochimique et en médecine
Nous croyons que la plupart des maladies, sinon toutes, sont des Des progrès remarquables ont été accomplis à la fin des années
manifestations d’anomalies de molécules, de réactions chimiques 1990 dans le séquençage du génome humain grâce au projet HGP.
ou de processus biochimiques. Les principaux facteurs respon- Le point d’orgue a été juillet 2000 avec l’annonce par les chefs des
sables de maladies chez l’animal et chez l’homme sont énumérés deux groupes impliqués dans cette entreprise (International
dans le Tableau 1-2. Tous modifient une ou plusieurs réactions Human Genome Sequencing Consortium et Celera Genomics,
chimiques ou bien des molécules de l’organisme. De nombreux une compagnie privée) du séquençage du génome à plus de 90 %.
exemples des bases biochimiques de maladies sont traités dans ce Des ébauches de travail de la séquence ont été publiées au début de
livre. Dans la plupart des pathologies, les études biochimiques 2001. À l’exception de quelques lacunes, la séquence du génome
contribuent au diagnostic et à la thérapie. Le Tableau 56-1 présente humain a été complétée en 2003, 50 ans après la description de la
une liste de quelques applications essentielles des investigations double hélice d’ADN par Watson et Crick.
biochimiques et des tests de laboratoire en rapport avec des Les conséquences de ce travail pour la biochimie, la biologie,
maladies. Le Chapitre 56 décrit de nombreux aspects concernant la médecine et les sciences apparentées sont énormes et nous ne
la biochimie clinique, qui consiste essentiellement à se servir de ferons état ici que de quelques points. Il est maintenant possible
tests biochimiques comme aide au diagnostic des maladies ainsi d’isoler n’importe quel gène et en général, de déterminer sa
qu’à la prise en charge globale de patients présentant diverses structure et sa fonction (par exemple par des expériences de
pathologies. Le Chapitre 57 illustre encore davantage la relation séquençage et d’invalidation ou knockout). De nombreux gènes
entre biochimie et maladie et traite de façon plus approfondie les encore inconnus ont été découverts, leurs produits sont déjà iden-
aspects biochimiques de 16 pathologies. tifiés ou en cours d’étude. L’ évolution de l’être humain est appa-
Quelques-uns des défis majeurs auxquels la médecine et les rue sous un jour nouveau et les méthodes de recherche des gènes
sciences biologiques apparentées sont confrontées sont égale- responsables de maladies se sont énormément améliorées. Il
ment rapidement esquissés à la fin du Chapitre 57. Pour s’attaquer sera fait référence au Projet Génome Humain dans de nombreux
à ces problèmes, les études biochimiques continueront, comme chapitres de ce livre.
elles le sont déjà, d’être intimement liées aux études de diverses Du fait de la multiplication des ramifications du projet HGP,
autres disciplines comme : la génétique, la biologie cellulaire, il est essentiel que le lecteur comprenne les apports majeurs à la
l’immunologie, la nutrition, la pathologie et la pharmacologie. De compréhension de la physiologie normale et de la pathologie
nombreux biochimistes se passionnent pour apporter une contri- humaines qui sont déjà réalisés ou en cours, grâce aux études des
bution à la résolution de problèmes clés tels que la survie de l’es- génomes d’organismes modèles, notamment Drosophila mela-
pèce humaine, mais aussi l’éducation du public pour qu’il apporte nogaster (la mouche du vinaigre) et Caenorhabditis elegans (un
ver nématode). Cela a été clairement précisé par Bruce Alberts
(2010) qui s’est fait l’écho des impressionnants progrès récents
accomplis dans le déchiffrement des génomes de ces deux orga-
TABLEAU 1-2  Les principales causes des maladies1 nismes. Du fait de la possibilité de manipuler expérimentalement
ces organismes et de leurs temps de génération courts, il est pos-
1.  Agents physiques : traumatisme mécanique, températures extrêmes, sible de progresser relativement rapidement dans la compréhen-
varia­­tions brusques de la pression atmosphérique, radiations, choc
électrique. sion de la fonction normale de leurs gènes, et aussi de comprendre
comment des anomalies de leurs gènes entraînent des maladies.
2. Agents chimiques, y compris certains composés toxiques, On espère que ces progrès puissent se traduire par des approches
des médica­ments, etc.
bénéfiques pour l’être humain. Selon Alberts, « aussi invraisem-
3.  Agents biologiques : virus, bactéries, champignons, formes supérieures blable que cela puisse paraître, les recherches futures sur les droso-
de parasites. philes et les vers nous fourniront souvent la voie la plus courte et
4. Manque d’oxygène : insuffisance d’apport sanguin, baisse de la capacité de
la plus efficace pour soigner les maladies humaines ». Cela s’appli-
fixation de l’oxygène par le sang, empoisonnement des enzymes oxydatives. que à des pathologies aussi différentes que le cancer et la maladie
d’Alzheimer.
5.  Maladies génétiques : congénitales, moléculaires. La Figure 1-2 montre les domaines actuellement en pointe
6.  Réactions immunologiques : anaphylaxie, maladies autoimmunes. qui se sont développés directement à partir des progrès du séquen-
çage du génome humain, et ceux qui ont bénéficié de ces progrès.
7.  Déséquilibres nutritionnels : déficits, excès. De nombreux domaines qualifiés d’omiques ont émergé directe-
8.  Déséquilibres endocriniens : déficit ou hyperproduction d’hormones. ment du projet génome humain ; ce sont des études globales des
structures et des fonctions des molécules concernées par chacune
Source : Adapté avec autorisation d’après Robbins SL, Cotram RS, Kumar V, The
de ces disciplines. Les définitions de ces disciplines dont la liste
Pathologic Basis of Disease, 3rd ed. Saunders, 1984. Copyright © 1984 Elsevier Inc.
Recopié avec l’autorisation de Elsevier. figure ci-après sont données dans le glossaire de ce chapitre. Les
1
  Note Toutes les causes énumérées agissent en influant sur divers mécanismes techniques de transcriptomique et de protéomique permettent
biochimiques de la cellule ou de l’organisme. d’étudier les produits des gènes (molécules d’ARN et protéines).
CHAPITRE 1  Biochimie et médecine 5

Transcriptomique Protéomique Glycomique Lipidomique

Métabolomique Nutrigénomique

Pharmacogénomique Bioinformatique
PGH
(Génomique)
Bioingénierie Biotechnologies

Biophysique Bioéthique

Biologie des Thérapie génique


cellules souches
Nanotechnologies
Diagnostics Biologie des Biologie synthétique
moléculaires systèmes

FIGURE 1-2  Le Projet Génome Humain (PGH ou HGP) a eu un impact sur bien des
disciplines et des domaines de recherche. La biochimie en tant que telle n’est pas indiquée
dans cette figure, du fait qu’elle a une existence bien antérieure au démarrage du projet HGP.
Par contre, plusieurs des disciplines indiquées (par ex. la bioinformatique, la génomique, la
glycomique, la lipidomique, la métabolomique, les diagnostics moléculaires, la protéomique et
la transcriptomique) sont des domaines de recherche très actifs des biochimistes.

Un exemple spectaculaire de la vitesse des progrès en transcrip- RÉSUMÉ


tomique est l’explosion des connaissances sur les molécules des
n La biochimie est la science qui étudie les différentes molécules
petits ARN comme régulateurs de l’activité des gènes. D’autres
se trouvant dans les cellules et les organismes vivants, ainsi que
disciplines de type omiques sont la glycomique, la lipidomique,
leurs réactions chimiques. Comme la vie dépend de réactions
la métabolomique, la nutrigénomique et la pharmacogénomi-
biochimiques, la biochimie est devenue le langage commun de
que. La bioinformatique a concentré beaucoup d’efforts pour toutes les sciences biologiques.
permettre de tenir le rythme du flux d’informations générées
n La biochimie s’intéresse à toutes les formes de vie, allant des
D’autres secteurs voisins auquel le dynamisme du projet HGP a plus simples d’entre elles comme les virus et les bactéries,
donné un coup de fouet sont les biotechnologies, la bioingénierie, jusqu’à la complexité des êtres humains.
la biophysique et la bioéthique. Les nanotechnologies sont un n La biochimie, la médecine et les autres sciences du domaine de
domaine actif, elles peuvent, par exemple, offrir de nouvelles la santé sont intimement liées. La santé dépend pour toutes les
méthodes de diagnostic et de traitement des cancers et d’autres espèces, d’un équilibre harmonieux des réactions biochimiques
maladies. La biologie des cellules souches est actuellement au de l’organisme et les maladies sont le reflet d’anomalies de
centre de recherches intenses. La thérapie génique doit encore molécules biologiques, de réactions biochimiques ou de
tenir ses promesses mais il semble probable que cela arrivera tôt processus biochimiques.
ou tard. De nombreux nouveaux tests de diagnostic moléculaire n Les progrès en biochimie ont éclairé de nombreux domaines
se sont développés en génétique, en microbiologie et en immuno- de la médecine. Réciproquement, l’étude des maladies a
logie par exemple, que ce soit pour la recherche ou pour le dia- souvent révélé des aspects insoupçonnés de la biochimie. Les
gnostic. La biologie des systèmes est aussi en plein essor. La approches biochimiques sont souvent fondamentales pour
biologie synthétique est peut-être la plus fascinante de toutes. comprendre les causes des maladies et élaborer des traitements
Elle doit permettre de créer des organismes vivants (tout d’abord appropriés.
de petites bactéries par exemple) à partir de matériel génétique in n L’ utilisation judicieuse de divers examens biochimiques en
vitro. Il devrait être possible de concevoir ces organismes pour laboratoire fait partie intégrante du diagnostic et du suivi du
accomplir certaines tâches spécifiques (par exemple l’élimination traitement.
de pollutions pétrolières). Tout comme dans le cas des cellules sou- n De solides connaissances de biochimie et d’autres sciences
ches, ce domaine retiendra tout particulièrement l’attention des fondamentales apparentées, sont indispensables à une pratique
spécialistes de bioéthique, entre autres. Beaucoup des sujets qui rationnelle de la médecine et des sciences biomédicales.
viennent d’être évoqués seront repris plus loin dans ce livre. n Les résultats du Projet Génome Humain et de la recherche
Tous ces sujets rendent l’époque actuelle extrêmement pas- dans les disciplines connexes auront un impact profond sur
sionnante, que ce soit pour les étudiants ou pour ceux qui tra- l’avenir de la biologie, sur la médecine et les autres sciences du
vaillent dans les domaines biologiques et médicaux. Les résultats domaine de la santé. L’accent est mis sur l’importance de la
de la recherche dans tous les domaines précités auront des retom- recherche génomique sur des organismes modèles comme
bées extraordinaires en biologie, en médecine et dans les sciences D. melanogaster et C. elegans dans la compréhension
des maladies humaines.
de la santé.
6 CHAPTre 1  Biochimie et médecine

RÉFÉRENCES en n’importe quelle cellule adulte de l’organisme. La biologie des


cellules souches s’intéresse à la biologie de ces cellules mais aussi
Alberts B : Model organisms and human health. Science 2010 ; 330 : à leur utilisation dans différents contextes pathologiques.
1724. Biologie des systèmes : Cette discipline étudie les systèmes
Alberts B : Lessons for genomics, Science 2011 ; 331 : 511 (Dans ce biologiques complexes dans leur globalité (s’opposant en cela à
numéro de Science et les suivants en février 2011, divers l’approche réductionniste, par exemple celle de la biochimie
scientifiques s’expriment sur l’importance du dixième traditionnelle).
anniversaire de la publication de la séquence du génome Biologie synthétique : Ce domaine combine les techniques de
humain). biologie moléculaire à des approches d’ingénierie pour
Cammack R, Attwood T, Campbell P et al (editors) : Oxford construire de nouvelles fonctions et de nouveaux systèmes
Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology. 2nd ed. biologiques.
Oxford University Press. 2006. Biophysique : Elle applique la physique et ses techniques à la
Cooke M. Science for Physicians. Science 2010 ; 329 ; 1573. biologie et à la médecine.
Feero WG, Guttmacher AE, Collins FS : Genomic medicine-an Biotechnologies : Ce domaine combine des approches de biochimie
updated primer. N. Eng J Med 2010 ; 362 ; 2001. et d’ingénierie, entre autres, pour élaborer des produits biologiques
Fruton JS : Proteins, Enzymes, Genes : The Interplay of Chemistry and utiles en médecine ou pour des applications industrielles.
Biology. Yale University Press, 1999. (Retrace l’historique de Diagnostic moléculaire : Il utilise des approches moléculaires (par
l’essentiel de la recherche biochimique contemporaine). exemple, des sondes d’ADN) comme aide au diagnostic de
Garrod AE : Inborn errors of metabolism. (Croonian Lectures.)
diverses pathologies biochimiques, génétiques, immunologiques,
Lancet 1908 ; 2 : 1, 73, 142, 214.
microbiologiques et d’autres.
Gibson DG, Glass JI, Lartigue C, et al. Creation of a bacterial cell
Génomique : Le génome est l’ensemble des gènes d’un organisme
controlled by a chemically synthesized genome. Science 2010 ;
(par exemple, le génome humain), la génomique est l’étude
329 : 52.
approfondie des structures et des fonctions des génomes (voir au
Kornberg A : Basic research : The lifeline of medicine. FASEB J 1992 ;
Chapitre 10 notamment mais ailleurs également).
6 : 3143.
Glycomique : Le glycome est l’ensemble des glucides simples et
Kornberg A : Centenary of the birth of modern biochemistry.
complexes d’un organisme. La glycomique est l’étude
FASEB J 1997 ; 11 : 1209.
systématique des structures et des fonctions des glycomes (par
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) : Center for Medical
exemple, le glycome humain abordé au Chapitre 47).
Genetics, Johns Hopkins University and National Center for
Lipidomique : Le lipidome est l’ensemble des lipides d’un
Biotechnology Information, National Library of Medicine, 1997.
organisme. La lipidomique est l’étude approfondie des structures
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/ (Les numéros attribués aux
et des fonctions de tous les composants du lipidome et de leurs
références dans OMIM seront cités dans les chapitres concernés
interactions, dans l’état normal ou pathologique.
de ce livre. La consultation de cette collection extensive de
Métabolomique : Le métabolome est l’ensemble des métabolites (les
maladies ainsi que d’autres articles pertinents (sur des protéines
petites molécules participant au métabolisme) d’un organisme.
spécifiques, des enzymes, etc.) augmenteront grandement les
La métabolomique est l’étude approfondie de leurs structures, de
connaissances du lecteur et sa compréhension des divers sujets
leurs fonctions et de leurs changements dans différentes
évoqués et traités dans cet ouvrage. La version en ligne de
conditions métaboliques.
OMIM est mise à jour presque quotidiennement.
Nanotechnologies : Développement et utilisation en médecine et
Scriver CR, Beaudet AL, Valle D, et al (editors) : The Metabolic and
Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, 2001 dans d’autres domaines d’appareils (comme des nanocapsules,
(Ce texte est maintenant disponible en ligne et mis à jour en tant voir le glossaire du Chapitre 55) qui ont une taille de seulement
que The Online Metabolic & Molecular Bases of Inherited Disease à quelques nanomètres (10–9m = 1 nm).
l’adresse www.ommbid.com. La souscription d’un abonnement est Nutrigénomique : C’est l’étude systématique des effets des aliments
nécessaire, mais il est possible d’y accéder via une bibliothèque sur l’expression génétique mais aussi des effets de la variabilité
universitaire, celle d’un hôpital ou par d’autres sources). génétique sur l’utilisation des aliments.
Scherer S : A Short Guide to the Human Genome. CSHL Press, 2008. Pharmacogénomique : Elle utilise l’information et les techniques
Weatherall DJ : Systems biology and red cells. N Engl J Med 2011 ; de la génomique pour optimiser la découverte et le
364 ; 376. développement de cibles pharmacologiques et de médicaments
(voir au Chapitre 54).
Protéomique : Le protéome est l’ensemble des protéines d’un
organisme. La protéomique est l’étude systématique des
GLOSSAIRE structures et des fonctions des protéomes, y compris de leurs
Bioéthique : Domaine de l’éthique s’intéressant à l’application de variations physiologiques et pathologiques (voir au Chapitre 4).
principes moraux et éthiques en biologie et en médecine. Thérapie génique : Elle consiste à utiliser des gènes modifiés par
Bioinformatique : Cette discipline aborde la collecte, le stockage et génie génétique dans le traitement de diverses maladies (voir au
l’analyse des données biologiques, principalement celles des Chapitre 39).
séquences d’ADN et de protéines (voir le Chapitre 10). Transcriptomique : Le transcriptome est l’ensemble des ARN
Bioingénierie : Applications d’ingénierie en biologie et en transcrits à partir du génome à un instant donné. La
médecine. transcriptomique est l’étude exhaustive de l’expression génique
Biologie des cellules souches : Une cellule souche est une cellule au niveau de l’ARN (voir notamment le Chapitre 36, mais
indifférenciée capable d’autorenouvellement et de différenciation d’autres également).
2
C h a p I T R E

Eau et pH
Peter J. Kennely, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T i f s ■ De décrire les propriétés de l’eau responsables de sa tension superficielle, de


sa viscosité, de son état liquide à température ambiante et de son pouvoir de
L’étude de ce chapitre solvant.
vous permettra : ■ D’utiliser des formules structurales pour représenter différents composés
organiques servant de donneurs ou d’accepteurs de liaisons hydrogène.
■ D’expliquer le rôle de l’entropie dans l’orientation, dans un environnement
aqueux, des régions polaires et non polaires des macromolécules.
■ D’indiquer les contributions quantitatives des ponts salins, des interactions
hydrophobes et des forces de van der Waals dans la stabilité des
macromolécules.
■ D’expliquer la relation du pH avec l’acidité, l’alcalinité et les déterminants
quantitatifs qui caractérisent les acides faibles ou forts.
■ De calculer la variation de pH consécutive à l’addition d’une quantité donnée
d’un acide ou d’une base dans une solution tamponnée.
■ De décrire ce que font les tampons, leur mode d’action et les conditions dans
lesquelles un tampon est le plus efficace, que ces conditions soient
physiologiques ou non.
■ D’illustrer comment l’équation d’Henderson-Hasselbalch peut servir à calculer
la charge nette d’un polyélectrolyte à un pH donné.
8 CHAPITRE 2  Eau et pH

IMPORTANCE BIOMÉDICALE Une molécule avec des charges électriques distribuées de


façon asymétrique autour de sa structure est qualifiée de dipôle.
L’ eau est le composant chimique prédominant des organismes L’ eau fortement dipolaire a une constante diélectrique élevée.
vivants. Ses propriétés physiques uniques, dont la capacité de solu­ Selon la description quantitative par la loi de Coulomb, la force
biliser une large gamme de molécules organiques et inorganiques d’interaction F entre des particules de charges opposées est inverse­
découlent de sa structure dipolaire et de son exceptionnelle capa­ ment proportionnelle à la constante diélectrique ε du milieu envi­
cité à former des liaisons hydrogène. La façon dont l’eau interagit ronnant. La constante diélectrique dans le vide vaut 1, elle vaut 1,9
avec une biomolécule solubilisée influence leur structure à toutes pour l’hexane, 24,3 pour l’éthanol et 78,5 pour l’eau. L’ eau diminue
deux. En tant qu’excellent nucléophile, l’eau est un réactif ou un donc fortement les forces d’attraction entre les entités chargées et
produit de beaucoup de réactions métaboliques. La régulation de polaires par comparaison à des milieux anhydres ayant des con­
l’équilibre hydrique dépend des mécanismes hypothalamiques con­ stantes diélectriques inférieures. Son fort caractère dipolaire et sa
trôlant la soif, de l’hormone antidiurétique (ADH), de la rétention constante diélectrique élevée permettent à l’eau de dissoudre de
ou de l’excrétion de l’eau par les reins et des pertes par évaporation. grandes quantités de composés chargés comme les sels.
Le diabète insipide néphrogène, impliquant une incapacité à
con­centrer les urines ou à répondre à des changements subtils de Les molécules d’eau forment
l’osmolarité du liquide extracellulaire, résulte d’une incapacité des
récepteurs osmorégulateurs des tubules rénaux à répondre à la des liaisons hydrogène
présence d’ADH. Un noyau d’hydrogène relativement non protégé en raison de sa
L’eau a une légère tendance à se dissocier en ions hydroxyles liaison covalente à un atome d’oxygène ou d’azote qui attire son
et en protons. La concentration en protons, ou acidité des solu­ électron, peut interagir avec une paire d’électrons non partagés
tions aqueuses est en général exprimée à l’aide d’une échelle loga­ d’un autre atome d’oxygène ou d’azote pour former une liaison
rithmique de pH. Le bicarbonate et d’autres systèmes tampons hydrogène. Les molécules d’eau présentant ces deux propriétés,
maintiennent normalement le pH des fluides extracellulaires les liaisons hydrogène favorisent l’auto-association des molécules
entre 7,35 et 7,45. Les perturbations éventuelles de l’équilibre d’eau en rangs ordonnés (Figure 2-2). Les liaisons hydrogène influ­
acido-basique sont confirmées par mesure du pH du sang artériel encent profondément les propriétés physiques de l’eau et expli­
et la teneur en CO2 du sang veineux. Parmi les causes d’acidose quent sa viscosité, sa tension superficielle et son point d’ébullition
(pH sanguin < 7,35) se trouvent l’acidocétose diabétique et l’aci­ exceptionnellement élevés. En moyenne, chaque molécule d’eau
dose lactique. L’ alcalose (pH > 7,45) peut, par exemple, être con­ liquide est associée à 3,5 autres par des liaisons hydrogène. Ces
sécutive au vomissement du contenu acide de l’estomac. liaisons sont en même temps assez faibles et transitoires, avec une
demi-vie de quelques nanosecondes ou moins. La rupture d’une
liaison hydrogène d’eau liquide demande environ 4,5 kcal/mol, soit
moins de 5  % de l’énergie nécessaire pour rompre une liaison
L’ EAU EST un SOLVANT covalente O—H.
BIOLOGIQUE IDÉAL Les liaisons hydrogène permettent à l’eau de dissoudre de nom­
breuses biomolécules organiques contenant des groupements fonc­
Les molécules d’eau forment des dipôles tionnels capables de participer à des liaisons hydrogène. Les atomes
d’oxygène des aldéhydes, des cétones et des amides fournissent ainsi
La molécule d’eau est un tétraèdre irrégulier, légèrement déporté, des paires d’électrons pouvant servir d’accepteurs d’hydrogène.
ayant un atome d’oxygène en son centre (Figure 2-1). Les deux Les alcools, les acides carboxyliques et les amines peuvent servir
atomes d’hydrogène et les électrons non partagés sur les deux à la fois d’accepteurs et de donneurs d’atomes d’hydrogène rela­
orbitales sp3 hybridées occupent les sommets du tétraèdre. L’ angle tivement non protégés pour la formation de liaisons hydrogène
de 105 degrés entre les deux atomes d’hydrogène est légèrement (Figure 2-3).
inférieur à l’angle tétraédrique parfait de 109,5 degrés. L’ ammo­
niac est également tétraédrique avec un angle de 107 degrés entre
ses atomes d’hydrogène. L’ atome d’oxygène, fortement électroné­
gatif dans l’eau, attire les électrons des noyaux d’hydrogène, leur
conférant une charge positive partielle tandis que ses deux paires
d’électrons non partagées constituent une région de charge néga­
tive locale.
H H H H
O O H
H H H O
O H O
H O H H
2e
H O
H
2e
H
FIGURE 2-2  À gauche : Association de deux molécules d’eau par
105° une liaison hydrogène (ligne pointillée). À droite : Groupe de quatre
H molécules d’eau liées par des liaisons hydrogène. Notons qu’une
molécule d’eau peut servir en même temps de donneur et d’accepteur
FIGURE 2-1  Structure tétraédrique de la molécule d’eau. d’hydrogène.
CHAPITRE 2  Eau et pH 9

H TABLEAU 2-1  Énergies de liaison d’atomes d’importance


CH3 CH2 O H O biologique
H
Type Énergie Type de Énergie
de liaison (kcal/mol) liaison (kcal/mol)
H

CH3 CH2 O H O O—O 34 O==O   96


CH2 CH3 S—S 51 C—H   99

C—N 70 C==S 108


R R II
C O H N S—H 81 O—H 110
I III
R R C—C 82 C==C 147

FIGURE 2-3  D’autres groupements polaires participent à la C—O 84 C==N 147


formation de liaisons hydrogène. Formation de liaisons hydrogène
N—H 94 C==O 164
entre un alcool et l’eau, entre deux molécules d’éthanol ainsi qu’entre
l’oxygène d’un groupement carbonyle d’une liaison peptidique
et l’hydrogène d’un groupement amine d’une liaison peptidique
provenant d’un acide aminé adjacent.

Les interactions hydrophobes


Le terme d’« interactions hydrophobes » se réfère à la tendance à
l’auto-association de composés non-polaires dans un environne­
ment aqueux. Cette auto-association n’est due ni à l’attraction
L’ INTERACTION AVEC L’ EAU mutuelle ni à ce qu’on appelle parfois incorrectement des « liai­
INFLUENCE LA STRUCTURE sons hydrophobes ». L’ auto-association minimise l’interruption
DES BIOMOLÉCULES des interactions favorables du point de vue énergétique entre les
molécules d’eau environnantes.
Les liaisons, covalentes ou non, stabilisent Alors que les atomes d’hydrogène de groupements non polai­
res comme les groupements méthylènes des hydrocarbures ne for­
les molécules biologiques ment pas de liaisons hydrogène, ils affectent la structure de l’eau
La liaison covalente est la plus puissante des forces qui maintien­ qui les entoure. Les molécules d’eau situées à côté d’un groupement
nent les molécules ensemble (Tableau 2-1). Les forces non cova­ hydrophobe sont restreintes dans le nombre d’orientations (degrés
lentes, bien que d’une magnitude inférieure, contribuent de façon de liberté) leur permettant d’établir un nombre maximum de
significative à la structure, la stabilité et à la compétence des liaisons hydrogène favorables du point de vue énergétique. La
macromolécules dans les cellules vivantes. Ces forces, qu’elles formation optimale de liaisons hydrogène multiples, qui assure
soient attractives ou répulsives, comprennent des interactions au une enthalpie maximale, ne peut être maintenue qu’en augmen­
sein des biomolécules et avec l’eau qui est le principal composant tant l’ordre des molécules d’eau adjacentes, ce qui s’accompagne
du milieu environnant. d’une diminution de l’entropie.
Selon la deuxième loi de la thermodynamique, l’énergie libre
optimale d’un mélange eau-hydrocarbure est une fonction du
Le repliement des biomolécules place maximum d’enthalpie (par liaisons hydrogène) et du minimum
les groupements polaires et chargés d’entropie (degrés maximum de liberté). Aussi, les molécules non
en surface polaires tendent-elles à former des gouttelettes avec un minimum
La plupart des biomolécules sont amphipathiques ou amphiphi- de surface exposée pour réduire le nombre de molécules d’eau
les, c’est-à-dire qu’elles possèdent des régions riches en groupe­ dont la liberté de mouvement est affectée. Pour la même raison,
ments chargés ou polaires et des régions à caractère hydrophobe. dans le milieu aqueux des cellules vivantes, les parties hydro­
Les protéines ont tendance à se replier avec le groupe R des acides phobes des biopolymères ont tendance à se trouver enfouies au
aminés à chaîne latérale hydrophobe vers l’intérieur. Les acides sein de la structure de la molécule ou dans une bicouche lipidique
aminés à chaîne latérale chargée ou polaire (par exemple : l’arginine, pour minimiser le contact avec l’eau.
le glutamate et la sérine) se trouvent généralement en surface, en
contact avec l’eau. Une disposition similaire se retrouve dans les
bicouches phospholipidiques, où les têtes chargées de phosphati­ Les interactions électrostatiques
dyl-sérine ou de phosphatidyl-éthanolamine sont au contact de Les interactions entre groupements chargés contribuent à la
l’eau tandis que les chaînes hydrophobes acyles gras se regroupent forme des biomolécules. Les interactions électrostatiques entre
en excluant l’eau. Cette disposition optimise les possibilités de for­ des groupements de charges opposées au sein d’une biomolécule
mer des interactions de liaison énergétiquement favorables de type ou entre deux d’entre elles sont appelées ponts salins ou liaisons
charge-dipôle, dipôle-dipôle et hydrogène entre les groupements salines. Les ponts salins ont une force comparable à celle des liai­
polaires de la biomolécule et l’eau. Cette disposition minimise éga­ sons hydrogène mais sont capables d’agir à plus longue distance.
lement les contacts défavorables, du point de vue énergétique, C’est pourquoi ils facilitent souvent la liaison de molécules chargées
entre l’eau et les groupements hydrophobes. et d’ions, aux protéines et aux acides nucléiques.
10 CHAPITRE 2  Eau et pH

0,50 dits électrophiles. Les nucléophiles et les électrophiles ne possè­


Énergie d’interaction (kcal ∙ mol–1) dent pas forcément une charge formelle négative ou positive.
0,25 L’ eau, avec ses deux paires d’électrons sp3 disponibles, qui renfer­
ment une charge négative partielle (Figure 2-1), est un excellent
0
nucléophile. Parmi les autres nucléophiles importants du point de
vue biologique, citons : les atomes d’oxygène des phosphates, des
A alcools et des acides carboxyliques, le soufre des thiols, l’azote des
–0,25
amines et le cycle imidazole de l’histidine. Les électrophiles cou­
rants comprennent les atomes de carbone des groupements car­
–0,50
bonyles des amides, des esters, des aldéhydes et des cétones, et les
3,0 4,0 5,0 6,0 7,0 8,0 atomes de phosphore des phosphoesters.
R (Å) L’ attaque nucléophile par l’eau entraîne généralement le cli­
vage de liaisons amides, glycosidiques ou esters qui assurent la
FIGURE 2-4  La force des interactions de van der Waals varie cohésion des biopolymères. Il s’agit d’une réaction d’hydrolyse.
avec la distance, R, entre les espèces en interaction. La force de
Inversement, quand des unités monomériques sont assemblées
l’interaction entre les espèces augmente lorsque la distance entre elles
diminue, jusqu’à ce qu’elle atteigne la distance de contact de van der
pour former un biopolymère comme une protéine ou du glycogène,
Waals (flèche annotée d’un A). La répulsion due à l’interaction entre il y a production d’eau comme cela est illustré ci-dessous dans le
les électrons de chacun des atomes de la molécule intervient alors. cas d’une liaison peptidique entre deux acides aminés.
Bien que les interactions de van der Waals prises isolément soient
extrêmement faibles, leur effet cumulé est néanmoins important pour
des macromolécules comme l’ADN et les protéines où de nombreux
atomes sont en contact étroit.

Les forces de van der Waals


Elles résultent de l’attraction entre des dipôles transitoires générés
par le mouvement rapide des électrons au niveau de tous les atomes
neutres. Elles sont significativement plus faibles que les liaisons
hydrogène mais potentiellement extrêmement nombreuses. Elles
décroissent comme la puissance six de la distance entre les
atomes (Figure 2-4). Elles agissent donc à très faible distance, en
général de l’ordre de 2 à 4 Å.

De nombreuses forces stabilisent


les macromolécules biologiques Bien que l’hydrolyse soit une réaction thermodynamiquement
La double hélice d’ADN illustre la contribution des diverses forces favorable, les liaisons amide et phosphoester des polypeptides et
à la structure des macromolécules biologiques. Alors que les ato­ des oligonucléotides sont stables dans le milieu aqueux cellulaire.
mes de chaque brin d’ADN sont assemblés par des liaisons cova­ Ce paradoxe apparent reflète le fait que les règles thermodynami­
lentes, les deux brins tiennent ensemble uniquement grâce à ques qui régissent l’équilibre d’une réaction n’influencent pas la
des  interactions non covalentes. Ces dernières comportent des
vitesse de celle-ci. Dans la cellule, des protéines catalyseurs, les
liaisons hydrogène entre les bases des nucléotides (appariements
enzymes, augmentent la vitesse des réactions d’hydrolyse quand
de bases Watson-Crick) et des interactions de van der Waals entre
c’est nécessaire. Les protéases catalysent l’hydrolyse des protéines
les bases puriques et pyrimidiques empilées. La double hélice
expose les groupements phosphates chargés et les groupements en leurs composants élémentaires, les acides aminés, tandis que
hydroxyles polaires des molécules de riboses de son squelette, au les nucléases catalysent l’hydrolyse les liaisons phosphoesters de
contact de l’eau alors que les bases relativement hydrophobes des l’ADN ou de l’ARN. Un contrôle strict de l’activité de ces enzymes
nucléotides sont enfouies à l’intérieur. L’ étirement du squelette est nécessaire pour qu’elles n’agissent que sur des cibles moléculai­
augmente au maximum la distance entre les charges négatives des res appropriées et au bon moment.
phosphates, minimisant ainsi les inter­actions électrostatiques
défavorables.
De nombreuses réactions métaboliques
impliquent le transfert d’un groupement
L’ EAU EST UN EXCELLENT Dans de nombreuses réactions enzymatiques de synthèse ou de
NUCLÉOPHILE dégradation de biomolécules, il y a transfert d’un groupement G,
d’un donneur D à un accepteur A, pour aboutir à la formation
Les réactions métaboliques impliquent souvent l’attaque de paires d’un complexe accepteur A-G :
d’électrons disponibles situées sur des molécules riches en élec­
trons, dites nucléophiles, sur des atomes pauvres en électrons D−G + a  a −G + D
CHAPITRE 2  Eau et pH 11

L’hydrolyse et la phosphorolyse du glycogène, par exemple, probabilité réelle qu’a un atome d’hydrogène dans l’eau pure
impliquent le transfert de groupements glycosyles sur une molé­ d’exister sous forme d’ion est approximativement de 1,8  ×  10–9.
cule d’eau ou d’orthophosphate. La constante d’équilibre des réac­ Par conséquent, la probabilité qu’il a de faire partie d’une molécule
tions d’hydrolyse de liaisons covalentes favorise fortement la est donc proche de 1. Ceci peut s’énoncer d’une autre façon : pour
formation des produits de scission. Inversement, dans de nom­ chaque ion hydrogène et pour chaque ion hydroxyle dans l’eau
breux cas, les réactions de transfert de groupements lors de la pure, il y a 1,8 milliards, soit 1,8  ×  109, molécules d’eau. Néan­
biosynthèse de macromolécules impliquent la formation de liai­ moins, les ions hydrogène et hydroxyle contribuent de façon sig­
sons covalentes, défavorable du point de vue thermodynamique. nificative aux propriétés de l’eau.
Les catalyseurs enzymatiques jouent un rôle critique pour franchir La dissociation de l’eau s’exprime ainsi :
cette barrière, par leur capacité de couplage entre deux réactions
⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣OH− ⎤⎦
normalement distinctes. Le couplage d’une réaction de transfert K =
de groupe défavorable du point de vue énergétique à une réaction [H2O]
thermodynamiquement favorable, comme l’hydrolyse d’ATP, génère
une nouvelle réaction couplée dont la variation globale d’énergie où les termes entre crochets représentent les concentrations
libre est en faveur de la synthèse du biopolymère. molaires (plus exactement les activités molaires) et K, la cons­tante
Étant donné le caractère nucléophile de l’eau, et sa forte con­ de dissociation. Comme une mole (mol) d’eau pèse 18 g. Un litre
centration dans les cellules, comment expliquer la relative stabi­ (L), soit 1000 g d’eau, contient donc, 1000/18 = 55,56 moles. Par
lité des biopolymères comme les protéines et l’ADN, et comment con­séquent, la concentration molaire de l’eau pure est de 55,56.
leur synthèse peut-elle s’effectuer en milieu aqueux, apparem­ Comme la probabilité qu’un hydrogène existe dans l’eau pure sous
ment favorable à l’hydrolyse ? Les propriétés des enzymes sont la forme d’ion H+ est de 1,8 × 10–9, la concentration molaire des ions
clef de l’énigme. En l’absence de catalyse enzymatique, même les H+ (ou des ions OH–) dans l’eau pure se calcule en multipliant la
réactions fortement favorables, d’un point de vue thermodyna­ pro­babi­lité, 1,8  ×  10–9, par la concentration molaire de l’eau,
mique, ne se produisent pas forcément rapidement. Un contrôle 55,56 mol/L. Le résultat est de 1,0 × 10–7 mol/L.
précis et différentiel de l’activité des enzymes ainsi que leur Nous pouvons maintenant calculer la valeur de K pour l’eau
séquestration dans des organites spécifiques déterminent les con­ pure
ditions physiologiques dans lesquelles un biopolymère donné sera ⎡⎣H + ⎤⎦ ⎡⎣OH − ⎤⎦ ⎡⎣10 −7 ⎤⎦ ⎡⎣10 −7 ⎤⎦
synthétisé ou dégradé. Les polymères nouvellement synthétisés ne K = =
sont pas immédiatement hydrolysés, grâce au fait que les sites actifs
[H 2O ] [55.56]
des enzymes biosynthétiques séquestrent leurs substrats dans un = 0.018 × 10 −14 = 1.8 × 10 −16 mol/L
environnement dont l’eau peut être exclue.
La concentration molaire de l’eau (55,56  mol/L) est trop forte
pour être significativement modifiée par la dissociation. Par
Les molécules d’eau ont une légère tendance, conséquent, il est pratique de la considérer comme une constante.
physiologiquement importante, à se dissocier Cette constante peut donc être intégrée à la constante de dissocia­
La capacité d’ionisation de l’eau, bien que faible, est d’une impor­ tion, K, donnant ainsi une nouvelle constante, Kw, appelée pro-
tance biologique capitale. Comme l’eau peut agir à la fois comme duit ionique de l’eau. La relation entre Kw et K est la suivante :
acide et comme base, son ionisation peut être représentée par le ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣OH− ⎤⎦
transfert intermoléculaire d’un proton, pour former un ion K = = 1.8 × 10 −16 mol/L
hydronium (H3O+) et un ion hydroxyle (OH–) : [H2O]
K w = (K ) [H2O ] = ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣OH− ⎤⎦
H2O + H2O  H3O + + OH−
( )
= 1.8 × 10 −16 mol/L (55.56 mol/L )
Le proton transféré est en réalité associé à un groupe de molécules 2
d’eau. Les protons se trouvent en solution non seulement sous = 1.00 × 10 −14 (mol/L )
forme de H3O+, mais aussi sous forme de molécules multimé­ri­
On notera que K est exprimée en moles par litre alors que Kw est
ques de type H5O2+ ou H7O3+. On a pourtant l’habitude de représen­
en moles2 par litre2. Comme son nom l’indique, le produit ioni­
ter ce proton par « H+ », bien qu’il soit en fait fortement hydraté.
que Kw est numériquement égal au produit des concentrations
Comme les ions hydronium et hydroxyle se réassocient con­
molaires d’H+ et d’OH– :
tinuellement pour former des molécules d’eau, on ne peut affirmer
si un atome individuel d’hydrogène ou d’oxygène est présent sous K w = ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣OH− ⎤⎦
forme d’ion ou bien s’il fait partie d’une molécule d’eau. À un
instant donné, il existe sous forme d’ion et l’instant d’après il fait À 25 °C, Kw =  (10–7)2, c’est-à-dire 10–14 (mol/L)2. Aux températu­
partie d’une molécule d’eau. Aussi ne considère-t-on pas des ions res inférieures à 25 °C, la valeur de Kw  est légèrement plus petite
ou des molécules individuelles. On considère en fait la probabilité que 10–14, et aux températures supérieures à 25 °C, elle est légère­
qu’à un instant donné un atome d’hydrogène donné soit présent ment plus grande que 10–14. Si l’on néglige ces effets de la tempé­
sous forme d’ion ou intégré à une molécule d’eau. Puisqu’un rature, Kw  =  10–14 (mol/L)2 pour toutes les solutions aqueuses,
gramme d’eau contient 3,46 × 1022 molécules, l’ionisation de l’eau même celles qui contiennent des acides ou des bases. Nous utili­
peut être décrite en termes statistiques. Dire que la probabilité qu’a serons cette constante Kw dans le calcul des valeurs du pH des
un atome d’hydrogène d’exister sous forme d’ion est de 0,01 signi­ solutions acides ou basiques.
fie qu’un atome d’hydrogène a une chance sur 100 d’être un ion et
99 chances sur 100 de se retrouver dans une molécule d’eau. La
12 CHAPITRE 2  Eau et pH

LE pH EST LE LOG NÉGATIF Pour résoudre le problème par cette approche, on calcule pOH :

DE LA CONCENTRATION EN IONS [OH–] = 4,0 × 10–4


pOH = – log [OH–]
HYDROGÈNE
= – log (4,0 × 10–4)
En 1909, Sörensen a introduit la dénomination de pH, qu’il défi­ = – log (4,0) – log (10–4)
nit comme la valeur négative du logarithme de la concentration
= – 0,60 + 4,0
en ions hydrogène :
= 3,4
pH = − log ⎡⎣H+ ⎤⎦
Donc :
Cette définition, bien que non rigoureuse, est suffisante pour la pH = 14 – pOH = 14 – 3,4
plupart des usages en biochimie. Ainsi, pour calculer le pH d’une = 10,6
solution :
1. Calculer la concentration des ions hydrogène, [H+]. Les exemples ci-dessus illustrent comment l’échelle loga­
2. Calculer le logarithme en base 10 de [H+]. rithmique de pH facilite la notation et la comparaison des con­
3. Le pH est la valeur négative de celle trouvée à l’étape 2. centrations en ions hydrogène différant de plusieurs ordres de
Par exemple, pour l’eau pure à 25 °C, grandeurs, à savoir 0,00032 M (à pH 3,5) contre 0,000000000025 M
(à pH 10,6).
pH = – log [H+] = – log 10–7 = -(-7) = 7,0 Exemple 3 : Quelles sont les valeurs de pH de (a) KOH à
2,0 × 10–2 mol/L et de (b) KOH à 2,0 × 10–6 mol/L ? Les OH– pro­
Cette valeur est également appelée power (en anglais), puissance viennent de deux sources distinctes : KOH et l’eau. Comme le pH
(en français) ou potenz (en allemand) de l’exposant, d’où l’utilisa­ est déterminé par la concentration [H+] totale (et le pOH par la
tion du symbole « p ». concentration [OH–] totale), il faut tenir compte des deux sour­
Des valeurs de pH faibles correspondent à des concentrations ces. Dans le premier cas (a), la contribution de l’eau à [OH–] totale
élevées en H+ et les valeurs de pH élevées à des concentrations est négligeable. On ne peut pas en dire autant dans le deuxième
faibles en H+. cas (b) :
Les acides sont des donneurs de protons et les bases sont des
accepteurs de protons. Les acides forts (par exemple : HCl, H2SO4)
Concentration (mol/L)
se dissocient totalement en anions et en cations, même dans des
solutions fortement acides (à pH faible). Les acides faibles ne se (a) (b)
dissocient que partiellement dans des solutions acides. De même,
les bases fortes (par exemple KOH, NaOH) au contraire des bases   Molarite de KOH 2.0 × 10–2 2.0 × 10–6
faibles (par exemple : Ca[OH]2), sont totalement dissociées même   [OH–] due à KOH 2.0 × 10–2 2.0 × 10–6
à pH élevé. De nombreux composés biochimiques sont des acides
faibles. Parmi les exceptions, notons les intermédiaires phospho­   [OH–] due à l’eau 1.0 × 10–7 1.0 × 10–7
rylés dont le groupement phosphoryle possède deux protons   [OH–] totale 2.00001 × 10–2 2.1 × 10–6
dissociables, dont le premier est fortement acide.
Les exemples suivants illustrent la façon de calculer le pH des
solutions acides et des solutions basiques. Dès qu’une décision est retenue quant à l’importance de la contri­
Exemple 1 : Quel est le pH d’une solution dont la concentra­ bution de l’eau, le pH peut être calculé comme ci-dessus.
tion en ions hydrogène est de 3,2 × 10–4 mol/L ? Dans les exemples précédents, on a fait l’hypothèse que la
base forte KOH est complètement dissociée en solution et que la
pH = – log [H+] concentration molaire des ions OH– est alors égale à la concentra­
= – log (3,2 × 10–4) tion molaire de KOH augmentée de la concentration [OH–] ini­
= – log (3,2) – log(10–4) tialement présente dans l’eau. Cette hypothèse est valable pour les
= – 0,5 + 4,0 solutions relativement diluées de bases fortes ou d’acides forts,
mais pas pour les solutions de bases faibles ou d’acides faibles.
= 3,5
Comme ces électrolytes faibles se dissocient peu en solution, il
Exemple 2 : Quel est le pH d’une solution dont la concentra­ faut d’abord calculer, en utilisant la constante de dissociation, la
tion en ions hydroxyles est de 4,0 × 10–4 mol/L ? Pour aborder ce concentration [H+] (ou [OH–]) obtenue pour un acide (ou une
problème, il faut d’abord définir une quantité, pOH, qui est égale base) à une certaine molarité, avant de calculer la valeur de [H+]
à –log[OH–] et qui peut être dérivée de la définition de Kw : totale (ou celle de [OH–] totale), et par la suite le pH.

Kw = [H+][OH–] = 10–14
Les groupements fonctionnels
Donc :
qui correspondent à des acides faibles
log [H+] + log [OH–] = log 10-14 ont une grande signification physiologique
Ou encore De nombreux composés biochimiques possèdent des groupe­
ments fonctionnels qui sont des acides faibles ou des bases faibles.
pH + pOH = 14 Les groupes carboxyles, amino, ou esters de phosphate, dont le
CHAPITRE 2  Eau et pH 13

phosphate secondaire se dissocie à pH physiologique, sont pré­ À partir des équations précédentes qui relient Ka à [H+] et aux
sents dans les protéines et les acides nucléiques, ainsi que dans la concentrations de l’acide non dissocié et de sa base conjuguée,
plupart des coenzymes et des métabolites intermédiaires. La notons que lorsque
connaissance du comportement de dissociation des acides et des
bases faibles est donc essentielle à la compréhension de l’influence ⎡⎣R ⎯ COO − ⎤⎦ = [R ⎯ COOH]
du pH intracellulaire sur la structure et sur l’activité biologique de
ces composés. Leur séparation par électrophorèse et chromato­ ou quand
graphie d’échange d’ions est basée sur leur charge et se comprend
donc mieux en la rapportant au comportement de dissociation de [R ⎯ NH2 ] = ⎡⎣R ⎯ NH3+ ⎤⎦
leurs groupements fonctionnels alors
Nous appelons acide la forme protonée d’un acide (par exem­
ple HA ou R—NH3+), et la forme non protonée (comme A– ou Ka = [H+]
R—NH2) est sa base conjuguée. De la même façon, nous pou­
En d’autres termes, quand les espèces associée (protonée) et dis­
vons parler d’une base (comme A– ou R—NH2) et de son acide
sociée (base conjuguée) sont présentes en concentrations égales,
conjugué (HA ou R—NH3+, par exemple). Ci-dessous figurent
la concentration de l’ion hydrogène [H+] est numériquement
quelques acides faibles représentatifs (à gauche), leurs bases
égale à la constante de dissociation Ka. Si on prend le logarithme
conjuguées (au centre), et les valeurs de pKa (à droite) :
des deux membres de l’équation présentée ci-dessus et qu’on les
multiplie par –1, alors les expressions deviennent :
R ⎯ CH2 ⎯ COOH R ⎯ CH2 ⎯ COO − pK a = 4 − 5
+
R ⎯ CH2 ⎯ NH3 R ⎯ CH2 ⎯ NH2 pK a = 9 − 10
H2CO3 HCO 3 −
p K a = 6 ,4 K a = ⎡⎣H+ ⎤⎦

H2PO 4 − HPO 4 − 2 pK a = 7, 2 − log K a = − log ⎡⎣H+ ⎤⎦

La force relative des acides et des bases faibles est exprimée quan­ Puisque, par définition, –log Ka est appelé pKa et que –log [H+] est
titativement par leurs constantes de dissociation. Les expressions le pH, l’équation peut s’écrire sous la forme suivante :
des constantes de dissociation acide (Ka) sont montrées ci-dessous
pour deux acides faibles représentatifs R—COOH et R—NH3+. pKa = pH

R ⎯ COOH � R ⎯ COO − + H+ c’est-à-dire que le pKa d’un groupement acide est le pH pour
lequel les formes protonée et déprotonée sont présentes en
⎡⎣R ⎯ COO − ⎤⎦ ⎡⎣H+ ⎤⎦ concentration égale. Le pKa d’un acide peut être déterminé expé­
Ka =
[R ⎯ COOH] rimentalement par l’addition de 0,5 équivalent de base par équi­
valent d’acide. Le pH obtenu correspond au pKa de cet acide.
R ⎯ΝΗ 3 + � R ⎯ΝΗ 2 + H+
[R ⎯ΝΗ 2 ] ⎡⎣H+ ⎤⎦
Ka = Le comportement des acides faibles
⎡⎣R ⎯ΝΗ 3 + ⎤⎦
et des tampons est décrit par l’équation
Comme les valeurs numériques de Ka pour les acides faibles sont d’Henderson-Hasselbalch
des nombres exponentiels négatifs, il est justifié d’exprimer Ka La dérivée de l’équation d’Henderson-Hasselbalch est donnée
sous forme de pKa, où ci-dessous.
Un acide faible s’ionise comme suit :
pKa = – log Ka
HA � H+ + A −
Notons que le pKa est relié à Ka de la même façon que le pH est relié
à [H+]. Plus l’acide est fort, plus la valeur de son pKa est faible. La constante d’équilibre de cette dissociation s’écrit :
Le pKa sert à exprimer la force relative, aussi bien des acides ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣A − ⎤⎦
que des bases. Chaque acide faible, possède une base forte conju­ Ka =
guée. De même, chaque base forte a un acide faible conjugué. La [HA ]
force relative des bases est exprimée par le pKa de leurs acides Par produits croisés on obtient
conjugués. Dans le cas de composés polyprotiques, qui contien­
nent plusieurs protons dissociables, on assigne un indice numéri­ ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣A − ⎤⎦ = K a [HA ]
que à chacun, cet indice correspond à l’ordre décroissant d’acidité.
Pour une dissociation du type : On divise des deux côtés par [A–] :

R ⎯ NH3+ → R ⎯ NH2 + H+ [HA ]


⎡⎣H+ ⎤⎦ = K a −
le pKa est le pH auquel la concentration de l’acide R—NH3+ est ⎡⎣A ⎤⎦
égale à celle de la base R—NH2.
14 CHAPITRE 2  Eau et pH

On prend le log des deux côtés : 1,0 1,0

mEq d’alcali ajouté par mEq d’acide


⎛ [HA ] ⎞ 0,8 0,8
log ⎡⎣H+ ⎤⎦ = log ⎜ K a − ⎟

Charge nette
⎝ ⎡⎣A ⎤⎦ ⎠ 0,6 0,6

[HA ] 0,4 0,4


= log K a + log
⎡⎣A − ⎤⎦
0,2 0,2
On multiplie les deux côtés par –1 :
0 0
[HA ] 2 3 4 5 6 7 8
− log ⎡⎣H+ ⎤⎦ = − log K a − log
⎡⎣A − ⎤⎦ pH

En substituant –  log[H+] par pH et – logKa par pKa, on obtient FIGURE 2-5  Courbe de titrage d’un acide de type HA. Le gros
alors : point au centre de la courbe indique un pKa de 5,0.

[HA ]
pH = pK a − log
⎡⎣A − ⎤⎦
Puis, pour enlever le signe négatif, il faut inverser le dernier sévère. Le maintien d’un pH constant fait appel à des tampons
terme, ce qui donne l’équation d’Henderson-Hasselbalch : comme les phosphates, le bicarbonate, et les protéines, qui
acceptent ou libèrent des protons pour résister à des changements
⎡⎣ A − ⎤⎦ de pH. Lors d’expériences utilisant des extraits tissulaires ou des
pH = pK a + log enzymes, le pH est maintenu constant par l’ajout de tampons
[HA ] comme le MES (acide [2-N-morpholino]éthane sulfonique,
L’ équation d’Henderson-Hasselbalch est d’une grande valeur pré­ pKa  6,1), le phosphate secondaire de l’orthophosphate inorga­
dictive dans les équilibres protoniques. Par exemple, nique (pKa2 7,2), l’HEPES (acide N-hydroxyéthyl-pipérazine-N’-
2-éthane sulfonique, pKa 6,8) ou le Tris (tris[hydroxyméthyl]
1. À l’exacte demi neutralisation d’un acide, [A–] = [HA]. Dans ces
aminométhane, pKa 8,3). Le principal critère de choix du tampon
conditions,
est la valeur du pKa par rapport au pH désiré.
⎡⎣A − ⎤⎦ 1 On peut observer l’effet tampon en utilisant un pH mètre lors
pH = pK a + log = pK a + log = pK a + 0 du titrage d’un acide ou d’une base faible (Figure 2-5). On peut
[HA ] 1
aussi calculer le déplacement de pH accompagnant l’addition
Par conséquent, à mi-neutralisation, pH = pKa. d’acide ou de base dans une solution tamponnée. Dans l’exemple
choisi, le pH de la solution tampon (un acide faible de pKa = 5,0
2. Quand le rapport [A–]/[HA] est de 100 : 1, et sa base conjuguée) présente une des quatre valeurs ci-dessous.
Nous allons calculer le déplacement de pH résultant de l’addition
⎡⎣A − ⎤⎦ de 0,1 meq de KOH à 1 meq de chacune des solutions :
pH = pK a + log
[HA ]
pH = pK a + log 100 / 1 = pK a + 2 pH initial 5,00 5,37   5,60    5,86

[A–]initial 0,50 0,70   0,80    0,88


3. Quand le rapport [A–]/[HA] = 1 : 10,
[HA]initial 0,50 0,30   0,20    0,12
pH = pK a + log 1/ 1 0 = pK a + ( −1)
([A ]/[HA])initial

1,00 2,33   4,00    7,33
Si on calcule l’équation pour plusieurs valeurs du rapport effet de l’addition de 0,1 meq de KOH
[A–]/[HA], situées entre 103 et 10–3, et que l’on trace le graphe des
valeurs de pH calculées, on obtient la courbe de titrage d’un acide [A–]final 0,60     0,80   0,90    0,98
faible (Figure 2-5). [HA]final 0,40     0,20   0,10    0,02

([A–]/[HA])final 1,50     4,00   9,00 49,0


Les solutions d’acides faibles   log ([A ]/[HA])final

0,18     0,60   0,95    1,69
et leurs sels tamponnent les variations de pH
pH final 5,18     5,60   5,95    6,69
Les solutions d’acides ou de bases faibles et leurs conjugués agis­
sent comme des tampons, c’est-à-dire qu’ils ont la capacité de ∆pH 0,18 0,60  0,95    1,69
résister à un changement de pH, après addition d’un acide fort ou
d’une base forte. Comme de nombreuses réactions métaboliques
s’accompagnent de la libération ou de la capture de protons, la Nous observons que le changement de pH par milliéquivalent
plupart des réactions intracellulaires sont tamponnées. Le méta­ d’OH– ajouté dépend de la valeur initiale du pH. La solution
bolisme oxydatif produit du CO2, la forme anhydre de l’acide résiste mieux aux changements de pH aux valeurs de pH voisines
carbonique qui, s’il n’était pas tamponné, produirait une acidose du pKa. L’ efficacité tampon d’une solution d’acide faible et de sa
CHAPITRE 2  Eau et pH 15

TABLEAU 2-2   Forces relatives d’acides choisis, Les valeurs de pKa dépendent des propriétés
d’importance biologique1 du milieu
Acides monoprotiques Le pKa d’un groupement fonctionnel est également grandement
influencé par le milieu environnant. Le milieu peut augmenter ou
  Formique pK 3,75 diminuer le pKa selon que l’acide non dissocié ou sa base conju­
  Lactique pK 3,86 guée constitue l’espèce chargée. L’ effet de la constante diélectrique
sur le pKa peut être observé en ajoutant de l’éthanol dans de l’eau.
 Acétique pK 4,76 Le pKa d’un acide carboxylique augmente tandis que celui d’une
  Ion ammonium pK 9,25 amine diminue, parce que l’éthanol diminue la capacité de l’eau à
dissoudre une espèce chargée. Les valeurs de pKa des groupements
Acides diprotiques dissociables situés à l’intérieur des protéines sont ainsi profondé­
  Carbonique pK1 6,37 ment affectées par leur environnement local, notamment par la
présence ou l’absence d’eau.
pK2 10,25

  Succinique pK1 4,21

pK2 5,64
RÉSUMÉ
n L’ eau forme des amas reliés par des liaisons hydrogène entre
  Glutarique pK1 4,34 molécules d’eau ou avec des donneurs ou des accepteurs de
pK2 5,41 protons. Les liaisons hydrogène sont responsables de la tension
superficielle, de la viscosité, de l’état liquide à température
Acides triprotiques ambiante et des propriétés de solvant de l’eau.
 Phosphorique pK1 2,15 n Les composés qui contiennent des atomes O ou N peuvent
servir aussi bien de donneurs que d’accepteurs de liaison
pK2 6,82 hydrogène.
pK3 12,38 n Les macromolécules remplacent leurs liaisons hydrogène
intramoléculaires de surface par des liaisons hydrogène avec
  Citrique pK1 3,08 l’eau. Les forces d’entropie font que les macromolécules en
pK2 4,74 solution exposent leurs régions polaires au contact de l’eau et
enfouissent les régions non polaires.
pK3 5,40
n Les ponts salins, les interactions hydrophobes et les forces de
1
Note : Les valeurs du tableau sont les valeurs de pKa (-log de la constante de van der Waals aident à maintenir la structure des molécules.
dissociation) d’acides mono-, di- et tri-protiques.
n Le pH est la valeur négative du logarithme de [H+]. Un pH
faible est caractéristique d’une solution acide et un pH élevé
base conjuguée est maximale dans une gamme de pH corres- d’une solution basique.
pondant à pKa ± 1,0 unité de pH. n La force des acides faibles s’exprime à l’aide du pKa, qui est la
La Figure 2-5 illustre également l’évolution de la charge nette valeur négative du logarithme de la constante de dissociation
sur une molécule d’acide en fonction du pH. Une charge de – 0,5 de l’acide. Les acides forts ont des valeurs de pKa faibles tandis
ne signifie pas qu’une molécule donnée porte une charge par­ que les acides faibles ont des valeurs de pKa élevées.
tielle, mais que la probabilité statistique qu’une molécule donnée n Les tampons s’opposent à un changement de pH lors de la
porte une charge négative unitaire est de 0,5. La prise en compte production ou de la consommation de protons. La capacité
de la charge nette des macromolécules en fonction du pH est à la tampon maximale se situe à une unité de pH de part et d’autre
base des techniques de séparation comme la chromatographie du pKa. Le bicarbonate, l’orthophosphate et les protéines font
d’échange d’ions et l’électrophorèse. partie des tampons biologiques.

La force des acides dépend


RÉFÉRENCES
de leur structure moléculaire
Reese KM : Whence came the symbol pH. Chem & Eng News 2004 ;
De nombreux acides biologiquement intéressants possèdent plus 82 : 64.
qu’un groupement dissociable. La présence d’une charge négative Segel IM : Biochemical Calculations. Wiley, 1968.
au voisinage d’un groupement gêne la libération d’un proton et Skinner JL : Following the motions of water molecules in aqueous
augmente le pKa de ce groupement. Cela est illustré par les solutions. Science 2010 ; 328 : 985.
valeurs de pKa des trois groupements dissociables de l’acide phos­ Stillinger FH : Water revisited. Science 1980 ; 209 : 451.
phorique et de l’acide citrique (Tableau 2-2). Les effets des char­ Suresh SJ, Naik VM : Hydrogen bond thermodynamic properties
ges voisines diminuent avec la distance. Le second pKa de l’acide of water from dielectric constant data. J Chem Phys 2000 ; 113 :
succinique, qui possède deux groupements méthylènes entre ses 9727.
groupements carboxyles, est de 5,6, alors que le second pKa de Wiggins PM : Role of water in some biological processes. Microbiol
l’acide glutarique, qui possède un groupement méthylène de plus, Rev 1990 ; 54 : 432.
vaut 5,4.
p a r t i e
STRUCTURES ET

I fonctions DES PROTÉINES


ET DES ENZYMES

3
C h a p I T R E

Les acides aminés


et les peptides
Peter J. Kennely, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T i f s ■ De nommer les 20 acides aminés présents dans les protéines et de dessiner


leurs structures
L’étude de ce chapitre ■ D’écrire les symboles à trois lettres et à une lettre de chacun des acides aminés
vous permettra : courants
■ De donner la liste des groupements ionisables des acides aminés courants
ainsi que leurs valeurs de pKa.
■ De calculer le pH d’une solution aqueuse non tamponnée d’un acide aminé
polyfonctionnel et la variation de pH consécutive à l’addition d’une quantité
donnée d’acide fort ou de base forte.
■ De définir le pI et sa relation avec la charge nette d’un électrolyte polyfonctionnel.
■ D’expliquer comment on peut utiliser le pH, le pKa et le pI pour prédire la
mobilité d’un polyélectrolyte, comme un acide aminé, dans un champ
électrique dû à un courant continu.
■ De décrire la contribution de chaque type de groupe R des acides aminés
courants à leurs propriétés chimiques.
■ De décrire la polarité, la nomenclature et la structure des peptides.
■ D’identifier la liaison dans un peptide qui présente un caractère partiel de
double liaison et ses conséquences sur la conformation dans un peptide.
■ D’identifier dans la chaîne principale d’un peptide, les liaisons capables de
rotation libre et les lettres grecques utilisées pour les désigner.
18 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

IMPORTANCE BIOMÉDICALE La sélénocystéine, le 21e acide aminé


Outre leur fonction de fournir les unités monomériques à partir
de série α-l ?
desquelles les longues chaînes polypeptidiques de protéines sont La sélénocystéine est un acide aminé α-l présent dans des protéi-
construites, les acides aminés α-l et leurs dérivés participent à des nes de tous les domaines du monde vivant. Les êtres humains
fonctions cellulaires aussi variées que la transmission nerveuse, et possèdent environ deux dizaines de sélénoprotéines, parmi les-
la biosynthèse des porphyrines, des purines, des pyrimidines et quelles, certaines peroxydases et réductases, la sélénoprotéine P
de l’ urée. De petits polymères d’ acides aminés, appelés peptides, qui circule dans le plasma, et les iodothyronine désiodases res-
ont des rôles importants dans le système neuroendocrinien, comme ponsables de la conversion de la thyroxine (T4) une prohormone,
hormones, facteurs de libération des hormones, neuromodula- en hormone thyroïdienne, la 3,3’5-triiodothyronine (T3) (Chapi-
teurs ou neurotransmetteurs. L’ être humain, ainsi que d’ autres tre 41). Comme le nom l’ indique, un atome de sélénium remplace
animaux supérieurs sont incapables de synthétiser 10 des 20 acides le soufre de son analogue structural, la cystéine. Le pK3 de la sélé-
aminés courants de série α-l en quantité suffisante pour permet- nocystéine vaut 5,2 et se situe 3 unités en dessous de celui de la
tre la croissance juvénile ou pour maintenir l’ adulte en bonne cystéine. Au contraire d’ autres acides aminés non usuels, la séléno-
santé. L’ alimentation humaine doit donc contenir des quantités cystéine n’ est pas produite par une modification post-traduction-
appropriées de ces acides aminés essentiels du point de vue nutri- nelle. Elle est au contraire insérée directement dans les chaînes
tionnel. Alors que les protéines ne contiennent que des acides polypeptidiques en croissance au moment de leur traduction, on
aminés α-l, les micro-organismes utilisent abondamment des aci- a l’ habitude de la qualifier de « 21e acide aminé ». Cependant, con­
des aminés α-d. Bacillus subtilis, par exemple, sécrète un mélange trairement aux 20 autres acides aminés spécifiés par le code géné-
de d-méthionine, de d-tyrosine, de d-leucine et de d-tryptophane tique, la sélénocystéine est spécifiée par un élément génétique bien
pour déclencher le désassemblage du biofilm, et Vibrio cholerae plus grand et plus complexe qu’ un simple codon de trois lettres
incorpore de la d-leucine et de la d-méthionine dans le composant (voir le Chapitre 27).
polypeptidique de sa couche de peptidoglycanne. De nombreuses
bactéries élaborent des peptides qui contiennent des acides ami-
nés α-d et α-l. Plusieurs de ces peptides ont des propriétés théra- Seuls les acides aminés α- l
peutiques d’ antibiotiques comme la bacitracine et la gramicidine A sont rencontrés dans les protéines
ou encore d’ agents antitumoraux comme la bléomycine. D’ autres À l’exception de celui de la glycine, le carbone α des acides aminés
peptides microbiens sont toxiques. Les peptides de cyanobacté- est chiral. Bien que les acides aminés de certaines protéines soient
ries comme la microcystine et la nodularine sont mortels à haute dextrogyres et d’autres lévogyres, tous ont la configuration absolue
dose, tandis que de faibles doses provoquent la formation de du l-glycéraldéhyde et sont donc ainsi définis comme des acides
tumeurs hépatiques. aminés α-l. Plusieurs acides aminés α-l libres jouent des rôles
importants dans des processus métaboliques. On peut citer l’orni-
thine, la citrulline et l’arginosuccinate qui participent à la synthèse
PROPRIÉTÉS DES ACIDES AMINÉS de l’urée, la tyrosine impliquée dans la formation des hormones
thyroïdiennes et le glutamate permettant la synthèse de neuro-
Le code génétique spécifie 20 acides aminés α-l transmetteurs. Les acides aminés de série d présents naturellement
Sur plus de 300 acides aminés rencontrés dans la nature, seuls 20 comportent de la d-sérine et du d-aspartate dans le tissu cérébral,
d’ entre eux constituent les unités monomériques prépondérantes de la d-alanine et du d-glutamate dans la paroi de bactéries gram-
des protéines. En principe, un code génétique à 3 lettres non positives. On trouve également des acides aminés de série d dans
redondant pourrait coder bien plus que 20 acides aminés, plu- certains peptides et antibiotiques produits par des bactéries, des
sieurs acides aminés sont spécifiés par plusieurs codons (voir fungi, des reptiles et d’autres espèces non-mammaliennes.
Tableau 37-1). La redondance du code génétique universel limite
les codons disponibles aux 20 acides aminés α-L dont la liste est
donnée dans le Tableau 3-1. Deux séries d’ abréviations compor-
Les acides aminés peuvent avoir une charge
tant une ou trois lettres pour chaque acide aminé sont utilisées nette positive, négative ou nulle
pour symboliser les acides aminés des peptides et des protéines Les formes chargée et non-chargée des groupements d’acides
(Tableau 3-1). Certaines protéines contiennent des acides aminés faibles ionisables —COOH et —NH3+ existent en solution sous
supplémentaires obtenus par modification d’ un acide aminé déjà forme d’un équilibre protonique :
intégré dans un peptide. On peut citer la conversion de peptidyl-
proline ou -lysine en 4-hydroxyproline et en 5-hydroxylysine, R ⎯ COOH  R ⎯ COO − + H+
la  con­version du peptidyl-glutamate en γ-carboxyglutamate ou R ⎯ NH3+  R ⎯ NH2 + H+
encore la méthylation, la formylation, l’ acétylation, la prénylation
ou la phosphorylation de certains résidus aminoacyles. Ces modi- Bien que R—COOH et R—NH3+ soient tous deux des acides fai-
fications augmentent la diversité biologique des protéines en bles, R—COOH est un acide bien plus fort que R—NH3+. Au pH
modifiant leur solubilité, leur stabilité et les interactions avec physiologique (pH 7,4), les groupements carboxyles sont prati-
d’ autres protéines. quement entièrement sous forme R—COO– et les groupements
amines sont essentiellement sous forme R—NH3+. La Figure 3-1
illustre l’effet du pH sur l’état de charge de l’acide aspartique.
CHAPITRE 3  Les acides aminés et les peptides 19

TABLEAU 3-1  Les acides aminés α-l présents dans les protéines
Nom Symbole Structure pK1 pK2 pK3

À chaînes latérales aliphatiques α-COOH α-NH3+ Groupe R


Glycine Gly [G] H CH COO
— 2.4 9.8
+
NH3

Alanine Ala [A] 2.4 9.9


CH3 CH COO—

NH3+

Valine Val [V] H3C 2.2 9.7


CH CH COO—
H3C +
NH3

Leucine Leu [L] H3C 2.3 9.7


CH CH2 CH COO—
H3C +
NH3

Isoleucine Ile [I] CH3 2.3 9.8


CH2
CH CH COO—
CH3 +
NH3

À chaînes latérales hydroxylées (contenant un groupe OH)

Serine Ser [S] CH2 CH COO— 2.2 9.2 environ 13


+
OH NH3

Thréonine Thr [T] CH33 CH CH COO— — 2.1 9.1 environ 13


CH3 CH CH COO—
OH NH33+ +
OH NH3
Tyrosine Tyr [Y] Voir ci-dessous
Voir ci-dessous

À chaînes latérales contenant des atomes de soufre


Cystéine Cys [C] CH2 CH COO— 1.9 10.8 8.3
+
SH NH3

Méthionine Met [M] CH2 CH2 CH COO


— 2.1 9.3
+
S CH3 NH3

À chaînes latérales contenant des groupements acides ou leurs amides

Acide aspartique Asp [D] —


OOC CH2 CH COO— 2.1 9.9 3.9
+
NH3

Asparagine Asn [N] H2N C CH2 CH COO— 2.1 8.8


+
O NH3

Acide glutamique Glu [E] —


OOC CH2 CH2 CH COO— 2.1 9.5 4.1
+
NH3

Glutamine Gln [Q] H2N C CH2 CH2 CH COO— 2.2 9.1


+
O NH3

(suite)
20 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

TABLEAU 3-1  Les acides aminés α-l présents dans les protéines (suite)
Nom Symbole Structure pK1 pK2 pK3

À chaînes latérales basiques α-COOH α-NH3 +


Groupe R

Arginine Arg [R] H N CH2 CH2 CH2 CH COO— 1.8 9.0 12.5

C NH2+ NH3
+

NH2

Lysine Lys [K] CH2 CH2 CH2 CH2 CH COO— 2.2 9.2 10.8

NH3+ NH3+

Histidine His [H] CH2 CH COO— 1.8 9.3 6.0

HN N NH3+

À chaînes latérales contenant des cycles aromatiques

Histidine His [H] voir plus haut


voir plus haut
Phénylalanine Phe [F] 2.2 9.2
CH2 CH COO— —
CH2 CH COO
NH3+ +
NH3

Tyrosine Tyrosine 2.2 9.1 10.1


HO CH2 CH COO—

NH3+

Tryptophane Trp [W] 2.4 9.4


CH2 CH COO—

NH3+
N

Acide iminé

Proline Pro [P] 2.0 10.6


+
N COO—
H2

Les espèces moléculaires qui contiennent un nombre égal de non chargée est néanmoins couramment utilisée pour écrire des
groupements ionisables de charges opposées, et qui n’ont donc réactions n’impliquant pas d’équilibre protonique.
pas de charge nette, sont dénommées zwitterions. Les acides ami-
nés dans le sang et dans la plupart des tissus devraient donc être
représentés comme en A, ci-dessous. Les valeurs de pKa expriment la force
des acides faibles
La force relative des acides faibles est exprimée par leur pKa. Pour
NH3+ NH2
les molécules comportant de nombreux protons dissociables, on
O– OH désigne le pKa de chaque groupe acide en remplaçant l’indice « a »
R R par un nombre (Tableau 3-1). Les groupements imidazole de
O O l’histidine et guanidino de l’arginine existent tous deux sous forme
A B d’hybrides de résonance avec la charge positive distribuée entre
les deux atomes d’azote de l’histidine ou les trois atomes d’azote de
l’arginine (Figure 3-2). La charge nette d’un acide aminé (la
La structure B ne peut pas exister en solution aqueuse, puisqu’à somme algébrique des groupements qui sont chargés positivement
n’importe quel pH assez bas pour protoner le groupement car- et négativement) dépend des valeurs de pKa de ses groupements
boxyle, le groupement amine sera également protoné. De même, fonctionnels et du pH du milieu environnant. La capacité de modi-
à tout pH suffisamment élevé pour permettre la prédominance d’un fier la charge d’un acide aminé ou de ses dérivés en faisant varier
groupement amine non chargé, un groupement carboxyle se pré- le pH facilite la séparation physique des acides aminés, des pepti-
sentera sous la forme R—COO–. La représentation B (ci-dessus) des et des protéines (voir Chapitre 4).
CHAPITRE 3  Les acides aminés et les peptides 21

O H+ O H+ O H+ O
OH OH O– O–

pK1 = 2.09 pK2 = 3.86 pK3 = 9.82


NH3+ (α-COOH) NH3+ (β-COOH) NH3+ (— NH3+) NH2
– – –
HO O O O
O O O O

A B C D
Dans un acide fort Autour de pH 3 ; Autour de pH 6–8 ; Dans une base forte
(en dessous de pH 1) ; charge nette = 0 charge nette = –1 (au-dessus de pH 11) ;
charge nette = +1 charge nette = –2

FIGURE 3-1  Équilibres protoniques de l’acide aspartique.

À son pH isoélectrique (pI), un acide aminé de groupes dissociables présents. En laboratoire d’analyse, la con­
naissance du pI guide le choix des conditions de séparation électro-
ne porte pas de charge nette phorétique. Par exemple, l’électrophorèse à pH 7,0 sera capable de
Les zwitterions sont un exemple d’espèces isoélectriques, la forme séparer des molécules avec des pI de 6,0 et 8,0 respectivement,
d’une molécule qui possède un nombre égal de charges positives parce que la molécule avec un pI égal à 6 aura une charge nette
et négatives et qui est donc électriquement neutre. Le pH isoélec- positive à pH 7,0 et que celle avec un pI égal à 8 aura une charge
trique, également appelé pI, est le pH à mi-chemin entre les nette négative. Des considérations analogues s’appliquent à la
valeurs des pKa pour les ionisations situées de part et d’autre de compréhension des séparations chromatographiques sur des sup-
l’état isoélectrique. Pour un acide aminé comme l’alanine, qui n’a ports ioniques comme la diéthylaminoéthyl (DEAE) cellulose
que deux groupements dissociables, il n’y a pas d’ambiguïté. Le (voir Chapitre 4).
premier pKa (R—COOH) vaut 2,35 et le second pKa (R—NH3+)
vaut 9,69. Le pH isoélectrique (pI) de l’alaline vaut donc :
pK 1 + pK 2 2,35 + 9,69
Les valeurs de pKa varient en fonction
pI = = = 6,02 de l’environnement
2 2
L’ environnement d’un groupement dissociable affecte son pKa.
Pour les acides à plusieurs fonctions acides, le pI est aussi le pH à Les valeurs de pKa des groupements R des acides aminés libres en
mi-chemin entre les valeurs des pKa qui encadrent la forme isoio- solution aqueuse (Tableau 3-1) ne fournissent donc qu’une idée
nique. Par exemple, le pI de l’acide aspartique est : approximative du pKa des mêmes acides aminés au sein de pro-
téines. Un environnement polaire favorise la forme chargée
pK 1 + pK 2 2,09 + 3,96 (R—COO– ou R—NH3+) tandis qu’un environnement non polaire
pI = = = 3,02 privilégie la forme non chargée (R—COOH ou R—NH2). Un envi-
2 2
ronnement non polaire augmente donc le pKa d’un groupement
Pour la lysine, on calcule le pI de la façon suivante : carboxyle (qui devient un acide plus faible) tandis qu’il abaisse
celui d’une amine (qui devient un acide plus fort). La présence de
pK 2 + pK 3 groupements chargés adjacents peut renforcer, ou contrecarrer,
pI = les effets du solvant. Le pKa d’un groupement fonctionnel dépendra
2
donc de sa localisation au sein d’une protéine donnée. Ces varia-
Les mêmes considérations s’appliquent à tous les acides polypro- tions de pKa peuvent atteindre plusieurs unités de pH (Tableau 3-2).
tiques (notamment les protéines), indépendamment du nombre On peut couramment trouver des valeurs de pKa divergeant de
ces valeurs de référence de jusqu’à 3 unités de pH aux sites actifs
d’enzymes. Un exemple extrême est celui d’un acide aspartique
enfoui dans la thiorédoxine dont le pKa, au-dessus de 9, repré-
R R
sente un déplacement de plus de 6 unités de pH !
N H N H

N N La solubilité des acides aminés reflète


H H leur caractère ionique
Les groupements fonctionnels chargés des acides aminés leur
R R R confèrent une bonne solubilité dans les solvants polaires comme
NH NH NH l’eau et l’éthanol alors qu’ils sont insolubles dans les solvants non
polaires comme le benzène, l’hexane ou l’éther.
C NH2 C NH2 C NH2
Les acides aminés n’absorbent pas dans la partie visible du
NH2 NH2 NH2 spectre lumineux et sont donc incolores. Cependant, la tyrosine,
la phénylalanine et surtout le tryptophane absorbent la lumière
FIGURE 3-2  Hybrides de résonance des formes protonées ultraviolette de longueur d’onde élevée (250-290 nm). Du fait
des groupes R de l’histidine et de l’arginine. qu’il absorbe la lumière ultraviolette environ dix fois plus effica-
22 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

TABLEAU 3-2  Intervalles de valeurs de pKa de groupes ques. Les groupements acides carboxyliques peuvent former des
ionisables dans les protéines esters, des amides et des anhydrides acides. Les groupements
amines peuvent effectuer l’acylation, l’amidation et l’estérification.
Groupe dissociant Valeur de pKa Les groupements —OH et —SH, effectuent l’oxydation et l’estéri-
fication. La réaction la plus importante des acides aminés est la
α-Carboxyle 3,5–4,0
formation de la liaison peptidique (ombrée sur le schéma).
COOH non-α de : Asp ou Glu 4,0–4,8

Imidazole de His 6,5–7,4 +


H 3N O
H
N O–
SH de Cys 8,5–9,0 N
H
O O
OH de Tyr 9,5–10,5
SH
α-Amino 8,0–9,0
Alanyl Cystéinyl Valine
ε-Amino de Lys 9,8–10,4

Guanidinium de Arg ~12,0


La séquence des acides aminés détermine
la structure primaire des polypeptides
cement que la tyrosine ou la phénylalanine, le tryptophane est Le nombre et l’ordre des résidus d’acides aminés d’un polypeptide
responsable de la plus grande partie de l’absorption de lumière constituent sa structure primaire. On appelle résidus aminoacyles,
par la plupart des protéines autour de 280 nm. les acides aminés présents dans un peptide et on remplace le suf-
fixe -ate ou -ine du nom de l’acide aminé libre par –yl (par exemple,
alanyl, aspartyl, tyrosyl). Les peptides sont désignés comme des
LES GROUPEMENTS α-R DÉTERMINENT dérivés aminoacyles des résidus carboxy terminaux. Par exemple
LES PROPRIÉTÉS DE CHACUN le tétrapeptide Lys-Leu-Tyr-Gln est appelé lysyl-leucyl-tyrosyl-
glutamine. Le suffixe -ine à la fin de glutamine indique que son
DES ACIDES AMINÉS groupement α-carboxyle n’est pas impliqué dans la formation
Comme la glycine, le plus petit des acides aminés, peut se loger d’une liaison peptidique.
dans des régions inaccessibles aux autres acides aminés, on la
trouve souvent dans des régions de forte courbure des peptides. Les structures peptidiques sont faciles
Les groupements R hydrophobes de l’alanine, de la valine, de la à représenter
leucine et de l’isoleucine, et les groupements R aromatiques de la
phénylalanine, de la tyrosine et du tryptophane se trouvent cou- Les préfixes de type tri- ou octa- correspondent à des peptides avec
ramment à l’intérieur des protéines cytosoliques. Les groupe- respectivement trois et huit résidus. Par convention, les peptides
ments R chargés des acides aminés basiques ou acides, stabilisent sont écrits avec leur résidu possédant le groupement amine-α libre,
des conformations spécifiques des protéines via des interactions sur la gauche. Pour dessiner un peptide, on utilise une ligne bri-
ioniques ou des ponts salins. Ces interactions fonctionnent aussi sée (en zigzag) qui représente la chaîne principale ou squelette.
comme systèmes de « relais de charge » au cours de la catalyse On ajoute les atomes de la chaîne principale en séquence périodi-
enzymatique et dans le transport des électrons lors de la respira- que : l’azote α, le carbone α, et le carbone du groupement carbo-
tion mitochondriale. L’ histidine joue un rôle particulier dans la nyle. On ajoute ensuite un hydrogène à chaque carbone α et à
catalyse enzymatique. Le pKa de son proton imidazolique lui per- chacun des azotes de la chaîne, puis un atome d’oxygène à chaque
met de fonctionner comme catalyseur basique ou acide à pH carbone carbonylique. Enfin, on ajoute les groupements R appro-
neutre, sans nécessiter aucune modification induite par l’ environ­ priés (ombrés sur le dessin) sur chaque carbone α.
nement. Les groupements alcool primaire de la sérine et thioal-
cool primaire (—SH) de la cystéine, sont d’excellents nucléophiles N C Cα N C

et peuvent fonctionner comme tels durant la catalyse enzymati- Cα N C Cα

que. Pourtant, alors que le groupement alcool secondaire de la


O HC H
thréonine est aussi un bon nucléophile, on ne lui connaît pas ce 3
H
rôle dans la catalyse. De plus, les groupements —OH de la sérine, +H N
3 C C N COO–
de la tyrosine et de la thréonine participent également à la régu- C N C C
H H H CH2
lation de l’activité de certaines enzymes dont l’activité catalytique CH2 O
dépend de l’état de phosphorylation de ces mêmes résidus. –
OOC OH

LES GROUPEMENTS FONCTIONNELS Les abréviations de trois lettres reliées par des tirets représentent
sans ambiguïté une structure primaire. Quand on utilise les sym-
DÉTERMINENT LES RÉACTIONS boles à une seule lettre, on omet les tirets.
CHIMIQUES DES ACIDES AMINÉS
Glu - Ala - Lys - Gly - Tyr - Ala
Chaque groupement fonctionnel d’un acide aminé peut partici-
per à chacune des réactions chimiques qui lui sont caractéristi- E A K G Y A
Mur029_Fig_03-03
Ver # 2
15-09-11
CHAPITRE 3  Les acides aminés et les peptides 23
Width: 12p9.694
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Certains peptides contiennent SH


des acides aminés inhabituels O CH2 H
Chez les mammifères, les hormones peptidiques ne renferment
en général que les 20 acides aminés α codés par le code génétique, C CH N
reliés entre eux par des liaisons peptidiques typiques. D’autres CH2 N C CH2
peptides peuvent cependant contenir des acides aminés différents H O COO–
CH2
de ceux des protéines, qui peuvent dériver de ceux des protéines,
ou des acides aminés liés par une liaison peptidique atypique. Par H C NH3+
exemple, le glutamate amino-terminal du glutathion, un tripep-
COO–
tide qui participe au repliement des protéines et au métabolisme
des xénobiotiques (Chapitre 53), est lié à la cystéine par une FIGURE 3-3  Structure du glutathion (γ-glutamyl-cystéinyl-
liaison qui n’est pas de type α-peptidique (Figure 3-3). Le gluta- glycine). Notez la liaison non α-peptidique qui relie Glu à Cys.
mate amino-terminal de l’hor­mone de libération de la thyrotro-
pine (TRH) est cyclisé en acide pyroglutamique et le groupement
carboxyle du résidu prolyle carboxy-terminal est amidé. La tyro- Les forces non-covalentes sont une contrainte
cidine et la gramicidine S sont des antibiotiques peptidiques
cycliques contenant des acides aminés non protéiques, la d-phé- pour la conformation des peptides
nylalanine et l’ornithine. Deux heptapeptides opiacés, la dermo- Le repliement d’un peptide a probablement lieu lors de sa biosyn-
phine et la deltophorine, trouvés dans la peau de grenouilles thèse (voir Chapitre 37). La conformation physiologiquement
arboricoles d’Amérique du sud, contiennent quant à eux de la active reflète les contributions collectives de la séquence d’acides
d-tyrosine et de la d-alanine. aminés, de l’encombrement stérique et des interactions non cova-
lentes (par exemple : les liaisons hydrogène ou des interactions
hydrophobes) entre les résidus. Les conformations courantes ren-
Les peptides sont des polyélectrolytes ferment des hélices α et des feuillets plissés β (voir Chapitre 5).
La liaison peptidique n’est pas chargée, quel que soit le pH phy-
siologique considéré. La formation de peptides à partir d’acides
aminés s’accompagne donc de la perte nette d’une charge positive ANALYSE DU CONTENU EN ACIDES
et d’une charge négative par liaison peptidique formée. Les pepti-
des sont cependant des molécules chargées à pH physiologique
AMINÉS DE MATÉRIELS BIOLOGIQUES
du fait de leurs groupements carboxyle et amine terminaux et, le
La détermination de l’ identité et des quantités de chaque acide
cas échéant, des groupements acides et basiques des groupes R
aminé dans une protéine nécessite l’ hydrolyse préalable des liaisons
des chaînes latérales. Comme pour les acides aminés, la charge
peptidiques par un traitement par l’ acide chlorhydrique, HCl,
nette sur un peptide dépend du pH de son environnement et des
chaud. Il existe différentes méthodes de séparation et d’ identifica-
valeurs de pKa des groupements dissociables.

La liaison peptidique possède un caractère


partiel de double liaison O R′ H H O

0.123 nm
Bien que les peptides soient représentés comme si une liaison sim-
ple reliait l’atome carboxyle α à l’atome d’azote α dans la liaison
121° 122° 0.
peptidique, cette liaison présente en fait un caractère partiel de C C N C 13
2
nm
120°
double liaison : 117°
0.
14 nm
110° 7 53
N C nm C 0.
1 N
120° 120°

O O
0.1 nm

C C +
N N H O H R′′ H

H H 0.36 nm

FIGURE 3-4  Paramètres d’une chaîne polypeptidique


Il n’y a donc pas rotation libre autour de la liaison qui relie le entièrement étendue. Les quatre atomes de la liaison peptidique sont
carbone du carbonyle et l’azote d’une liaison peptidique. Par coplanaires. Il y a rotation libre possible autour des liaisons reliant le
conséquent, les quatre atomes O, C, N et H d’une liaison peptidi- carbone α avec l’azote α, et avec le carbone α-carbonylique (flèches
que sont dans le même plan. La semi-rigidité imposée de la liaison brunes). La chaîne polypeptidique étendue est donc une structure
peptidique a des conséquences importantes sur la façon dont les semi-rigide dont les 2/3 des atomes constitutifs de son squelette se
peptides et les protéines se replient pour former des structures maintiennent dans une relation planaire fixe les uns par rapport aux
d’ordre supérieur. Les flèches brunes circulaires (Figure 3-4) indi- autres. La distance entre deux atomes de carbone α consécutifs est de
quent qu’ il y a rotation libre autour des autres liaisons du sque- 0,36 nm (3,6 Å). Les distances interatomiques et les angles de liaisons
lette du polypeptide. de valence non équivalents sont aussi indiqués. (Redessiné et reproduit
avec autorisation, d’après Pauling L., Corey L. P., Branson H. R. : « The
structure of proteins : Two hydrogen-bonded helical configurations of
the polypeptide chain ». Proc Natl. Acad Sci. USA 1951 ; 37 :205.)
24 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

tion des acides aminés provenant d’ un hydrolysat de protéine, pI est le pH auquel un acide aminé ne porte pas de charge
d’ urine ou d’ autres liquides biologiques. L’ une de ces approches nette et ne se déplace donc pas sous l’effet d’un champ
consiste à traiter les acides aminés avec le 6-amino-N-hydroxy- électrique continu.
succinimidyl carbamate, qui forme des dérivés fluorescents pou- n Parmi les réactions biochimiques impliquant des acides aminés,
vant être séparés et identifiés en utilisant la chromatographie la plus importante est la formation des liaisons peptidiques.
liquide à haute pression (voir Chapitre 4). Une autre approche, n Les groupes R des acides aminés déterminent leurs fonctions
qui ne nécessite qu’ un équipement minimum, utilise la chroma- biochimiques propres. Les propriétés de ces groupes R
tographie de partage sur support solide, en général une feuille de permettent une classification en acides aminés : basiques,
papier filtre (papier chromatographique) ou une fine couche de acides, aromatiques, aliphatiques ou soufrés.
cellulose en poudre ou de gel de silice sur un support inerte n Le nom d’un peptide est dérivé de celui du résidu de son
(chromatographie en couche mince, ou CCM). Les acides aminés extrémité carboxyle et indique le nombre d’acides aminés qui
présents sont séparés par une phase mobile qui contient un le constituent. La structure primaire d’un peptide est sa
mélange de composés miscibles, polaires et non polaires (par ex. séquence en acides aminés en commençant par le résidu
du n-butanol, de l’ acide formique et de l’ eau). Lors du mouve- amino-terminal.
ment ascendant de la phase mobile dans la feuille, ses composés
n Dans un peptide, le caractère de double liaison partielle de la
polaires s’ associent avec les groupements polaires du support. Le
liaison entre l’atome de carbone du groupement carbonyle et
solvant devient ainsi progressivement moins polaire en migrant
l’atome d’azote, place les quatre atomes de la liaison peptidique
vers le haut de la feuille. Les acides aminés se partagent donc entre
dans un même plan et restreint le nombre de conformations
une phase stationnaire polaire et une phase mobile moins polaire
peptidiques possibles.
(« chromatographie de partage »). Les acides aminés non polaires
(par ex. Leu, Ile) migrent le plus loin car ils sont le plus souvent
dans la phase mobile. Les acides aminés polaires (par ex. Glu, Lys)
parcourent la distance la plus faible à partir du point de dépôt car RÉFÉRENCES
ils passent une grande partie du temps dans la phase stationnaire Doolittle RF : Reconstructing history with amino acid sequences.
constituée d’ une couche de molécules de solvant polaire immobi- Protein Sci 1992 ; 1 : 191.
lisées du fait de leur association avec le support de cellulose ou de Gladyschev VN, Hatfield DL : Selenocysteine-containing proteins in
silice. Après avoir éliminé le solvant par séchage à l’ air, les acides mammals. J Biomed Sci 1999 ; 6 : 151.
aminés sont visualisés grâce à la ninhydrine, qui forme des pro- Kolodkin-Gal I : d-Amino acids trigger biofilm disassembly. Science
duits violets avec les acides α-aminés et un adduit jaune avec les 2010 ; 328 : 627.
groupements imines de la proline et de l’ hydroxyproline. Kreil G : d-Amino acids in animal peptides. Annu Rev Biochem
1997 ; 66 : 337.
Nokihara K, Gerhardt J : Development of an improved automated
RÉSUMÉ gas-chromatographic chiral analysis system : application to
nonnatural amino acids and natural protein hydrolysates.
n Seuls les acides aminés l-α sont trouvés dans les protéines, Chirality 2001 ; 13 : 431.
bien que les acides aminés d et non-α soient aussi présents Papp LV : From selenium to selenoproteins : synthesis, identity,
dans la nature. and their role in human health. Antioxydants Redox Signal
n Tous les acides aminés possèdent au moins deux groupements 2007 ; 9 ; 775.
fonctionnels faiblement acides, R—NH3+ et R—COOH. Sanger F : Sequences, sequences, and sequences. Annu Rev Biochem
Beaucoup d’autres possèdent également des groupements 1988 ; 57 : 1.
fonctionnels faiblement acides supplémentaires (par ex. —OH, Stadtman TC : Selenocysteine. Annu Rev Biochem 1996 ; 65 : 83.
—SH, guanidino ou imidazole). Wilson NA, Barbar E, Fuchs JA, et al : Aspartic acid 26 in reduced
n Les valeurs des pKa de tous les groupements fonctionnels d’un Escherichia coli thioredoxin has a pKa greater than 9.
acide aminé conditionnent sa charge nette à un pH donné. Le Biochemistry 1995 ; 34 : 8931.
4
C h a p I T R E

Les protéines :
détermination
de la structure primaire
Peter J. Kennely, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T i f s ■ De décrire les nombreuses méthodes de chromatographie couramment


utilisées pour isoler des protéines à partir de matériels biologiques.
L’étude de ce chapitre ■ D’expliquer comment les scientifiques analysent la séquence ou la structure
vous permettra : d’une protéine pour se faire une idée de sa fonction physiologique potentielle.
■ D’énumérer certaines des modifications post-traductionnelles que subissent
les protéines au cours de leur existence et l’influence de telles modifications
sur la fonction et le devenir d’une protéine.
■ De décrire les bases chimiques de la méthode d’Edman de détermination de la
structure primaire
■ De donner trois raisons expliquant que la spectrométrie de masse (MS) ait
largement supplanté les méthodes chimiques de détermination de la structure
primaire des protéines et de détection des modifications post-traductionnelles.
■ D’expliquer pourquoi la spectrométrie de masse permet de détecter des
modifications post-traductionnelles qui ne peuvent pas l’être par séquençage
d’Edman ou par séquençage de l’ADN.
■ De décrire en quoi le clonage de l’ADN et la biologie moléculaire ont rendu la
détermination de la structure primaire des protéines beaucoup plus rapide et
efficace.
■ D’expliquer ce qu’on entend par « protéome » et de citer des exemples de son
importance fondamentale potentielle.
26 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

IMPORTANCE BIOMÉDICALE tant de la médecine moléculaire consiste à identifier des biomar­


queurs comme des protéines et/ou des modifications de protéines
Les protéines sont des macromolécules complexes du point de dont la présence, l’absence ou un défaut est associé à un état phy­
vue physique et fonctionnel, qui jouent de nombreux rôles essen­ siologique ou pathologique particulier (Figure 4-1).
tiels. Ainsi, un réseau de protéines internes, le cytosquelette (Cha­
pi­tre 49), maintient la forme de la cellule et son intégrité physique.
Les filaments d’actine et de myosine forment la machinerie con­
tractile du muscle (Chapitre 49). L’ hémoglobine transporte
LES PROTÉINES ET LES PEPTIDES
l’oxy­gène (Cha­pitre 6), tandis que les anticorps circulants nous DOIVENT ÊTRE PURIFIÉS
défendent contre les envahisseurs étrangers (Chapitre 50). Les
enzymes catalysent les réactions génératrices d’énergie, synthéti­
AVANT ANALYSE
sent et dégradent les biomolécules, répliquent et transcrivent les Il est essentiel que la protéine soit hautement purifiée pour pou­
gènes, effectuent la maturation des ARNm, etc. (Chapitre 7). Des voir étudier en détails ses propriétés physiques et fonctionnelles.
récepteurs permettent aux cellules de reconnaître les hormones et Les cellules contiennent des milliers de protéines différentes, dans
d’autres signaux de l’environnement et d’y répondre (Chapitres 41 des proportions extrêmement variables de l’une à l’autre. L’ isole­
et 42). Les protéines subissent des changements physiques et ment de l’une d’entre elles en quantité suffisante pour l’analyser
fonctionnels qui reflètent le cycle vital des organismes qui les représente donc un enjeu difficile qui peut nécessiter l’usage suc­
contiennent. Une protéine typique prend « naissance » par traduc­ cessif de nombreuses techniques de purification. La précipitation
tion (Chapitre 37), elle peut subir différents événements de matu­ sélective exploite les différences de solubilité relative des différen­
ration post-traductionnelle, à savoir : une protéolyse partielle tes protéines en fonction du pH (précipitation isoélectrique), de la
(Chapitre 9 et 37), des modifications réversibles entre un état actif polarité (précipitation à l’éthanol ou à l’acétone) ou de la concen­
et un état inactif grâce à l’intervention de facteurs de régulation tration en sels (précipitation en présence de sulfate d’ammonium).
(Chapitre 9), un vieillissement dû à une oxydation, une désami­ Les séparations chromatographiques séparent les protéines en
dation, etc. (Chapitre 52) jus­­qu’à sa « mort » lorsqu’elle est dégradée fonction de leurs différences : de taille (chromatographie d’exclu­
en ses acides aminés cons­titutifs (Chapitre 29). Un objectif impor­ sion de taille), de charge (chromatographie d’échange d’ions), d’hy­

3' AAAAA 2 Repliement 3 Maturation


5' SH S
mRNA SH S
Val Val
Gln Gln
Phe Ribosome Phe +
2H 2e

Asp Asp
Met Met Met-Asp-Phe-Gln-Val
1 Synthèse
4 Modification covalente
(comme, l’acylation des
Trp Phe acides gras)
Gly His
Glu S
Pro Lys Ala
Asn S
lle Thr Cys 8 « Vieillissement »
Produits Substrats
(comme, oxydation,
Ub désamidation,
10 Dégradation dénaturation) 7 Catalyse 5 Translocation
Ub
Ub
Ub 6 Activation
S 9 Ubiquitination S S
S S
S S S

Membrane

FIGURE 4-1  Représentation schématique du cycle de vie d’une protéine hypothétique. (1) Le cycle
commence avec la synthèse sur un ribosome d’une chaîne polypeptidique, dont la structure primaire est dictée
par un ARNm. (2) En cours de synthèse, le polypeptide commence à se replier selon sa conformation native (en
bleu). (3) Le repliement peut s’accompagner d’événements de maturation tels que la coupure protéolytique d’une
séquence additionnelle N-terminale (Met-Asp-Phe-Gln-Val) ou la formation de ponts disulfure (S—S). (4) Des
modifications covalentes ultérieures peuvent consister, par exemple, à attacher une molécule d’acide gras (en
jaune) permettant (5) la translocation du peptide modifié vers une membrane. (6) La fixation d’un effecteur
allostérique (rouge) peut entraîner (7) l’adoption d’une conformation à activité catalytique. (8) À la longue, les
protéines sont endommagées par des attaques chimiques, par désamidation ou par dénaturation, elles peuvent
alors (9) être « étiquetées » par l’attachement covalent de plusieurs molécules d’ubiquitine (Ub). (10) La protéine
ubiquitinylée est ensuite dégradée en ses acides aminés constitutifs, qui seront disponibles pour synthétiser de
nouvelles protéines.
CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 27

drophobie (chromatographie d’interactions hydrophobes), ou selon entrecroisés et sous forme de billes sphériques d’environ un
leurs capacités à se fixer à un ligand spécifique (chromatographie dixième de millimètre de diamètre. Malheureusement, leur taille
d’affinité). relativement grande perturbait le flux de la phase mobile et limi­
tait l’aire de la surface accessible. La réduction de taille des parti­
cules a permis de grandement augmenter la résolution. Cependant,
Chromatographie sur colonne la résistance engendrée par la matrice plus compacte a nécessité
La chromatographie sur colonne utilise comme matrice de phase l’utilisation de pressions très élevées qui auraient écrasé les billes
stationnaire, de petites billes contenues dans un récipient cylin­ molles et spongieuses de polysaccharides et de matériaux similai­
drique¸ ou colonne, en verre, en plastique ou en acier. Un filtre res, par ex. l’acrylamide. Finalement des méthodes ont été déve­
perméable retient les billes dans la colonne tandis que la phase loppées permettant de fabriquer des particules de silicone de la
liquide mobile coule ou percole à travers la colonne. Les billes de taille et de la forme requises, de modifier leur surface en y ajoutant
la phase stationnaire peuvent être modifiées chimiquement pour divers groupes fonctionnels, et de les tasser dans des colonnes en
recouvrir leur surface de groupes acides, basiques, hydrophobes acier inoxydable capable de résister à des pressions de plusieurs
ou semblables à un ligand requis pour la chromatographie milliers de psi. Du fait de leur pouvoir résolutif accru, les systè­
d’échange d’ions, d’interaction hydrophobe ou d’affinité. Le liquide mes de chromatographie liquide à haute pression ont largement
de la phase mobile est collecté par petites portions appelées frac­ remplacé les anciennes colonnes en verre courantes dans les labo­
tions au fur et à mesure de leur sortie de la colonne. La Figure 4-2 ratoires de purification des protéines.
décrit l’agencement de base d’un système de chromatographie de
paillasse simple.
Chromatographie d’exclusion stérique
La chromatographie d’exclusion stérique, ou filtration sur gel
Chromatographie liquide à haute pression, sépare les protéines en fonction de leur rayon de Stokes, qui est
HPLC le diamètre de la sphère qu’occupe une protéine non sphérique en
Les matrices de chromatographie sur colonne de première géné­ tournoyant dans la solution. Le diamètre de Stokes dépend de la
ration étaient constituées de longs polymères oligosaccharidiques masse moléculaire et de la forme. Une protéine allongée occupe

1 M 2
C

R1 R2

FIGURE 4-2  Composants d’un appareil de chromatographie en phase liquide classique.


R1 et R2 : Réservoirs de liquide de la phase mobile. P : Système de pompage programmable
avec deux pompes, 1 et 2 et une chambre de mixage, M. Le système peut être réglé de façon
à pomper le liquide issu d’un seul des réservoirs, ou pour changer de réservoir à des moments
prédéterminés afin de générer un gradient par paliers ou pour mélanger les liquides des deux
réservoirs dans des proportions variables pour créer un gradient continu. C : Colonne en verre,
en métal ou en plastique contenant la phase stationnaire. F : Collecteur de fractions pour la
collecte dans des tubes séparés, de fractions aliquotes du liquide élué de la colonne.
28 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

A B C

FIGURE 4-3  Chromatographie d’exclusion stérique. A : Un mélange de grosses molécules


(carrés bruns) et de petites molécules (ronds rouges) est déposé au sommet d’une colonne de
filtration sur gel. B : En entrant dans la colonne, les petites molécules pénètrent dans les pores de la
matrice de la phase stationnaire (en gris) alors que les grosses molécules en sont exclues. C : Tandis
que la phase mobile (en bleu) s’écoule à travers la colonne, elle entraîne avec elle les grosses
molécules exclues, tandis que les petites molécules, temporairement à l’abri du flux à l’intérieur des
pores, sont de plus en plus retardées.

un volume plus grand en tournoyant qu’une protéine sphérique de Chromatographie d’interactions hydrophobes
la même masse. La chromatographie d’exclusion stérique utilise
La chromatographie d’interactions hydrophobes sépare les pro­
des billes poreuses (Figure 4-3). Les pores peuvent se comparer
téines selon leur tendance à s’associer avec une matrice de phase
aux criques des berges d’une rivière. Parmi les objets qui descen­
stationnaire recouverte de groupements hydrophobes (tels que
dent le courant, ceux qui entrent dans une crique, sont retardés tant
phényl Sépharose, octyl Séphadex). Les protéines présentant des
qu’ils n’ont pas rejoint le courant principal. De même, les pro­
surfaces hydrophobes adhèrent à la matrice par des interactions
téines ayant des rayons de Stokes trop grands pour entrer dans les
hydrophobes qui sont augmentées en présence d’une phase mobile
pores (les protéines exclues), restent dans le flux de la phase mobile
de grande force ionique. Les protéines incapables d’adhérer sont
et ressortent de la colonne avant les protéines capables d’entrer
éluées par lavage. La polarité de la phase mobile est alors progres­
dans les pores (les protéines incluses). Les protéines ressortent donc
sivement diminuée en abaissant sa concentration en sels. Lorsque
d’une colonne de filtration sur gel dans l’ordre de taille décrois­
l’interaction entre une protéine et la phase stationnaire est parti­
sante de leurs rayons de Stokes.
culièrement forte, on peut ajouter de l’éthanol ou du glycérol à la
phase mobile afin de diminuer sa polarité et d’affaiblir davantage
Chromatographie d’échange d’ions les interactions hydrophobes.
Dans la chromatographie d’échange d’ions, les protéines intera­
gissent avec la phase stationnaire par interactions de charges. Les Chromatographie d’affinité
protéines ayant une charge nette positive à un pH donné adhèrent La chromatographie d’affinité exploite la haute sélectivité de la
fermement aux billes porteuses de groupements fonctionnels char­ plupart des protéines pour leurs ligands. Il est possible de purifier
gés négativement comme les carboxylates ou les sulfates (échan­ les enzymes par chromatographie d’affinité à l’aide de leurs subs­
geurs de cations). De même, les protéines à charge nette négative trats, de leurs produits, de leurs co-enzymes ou de leurs inhibiteurs
adhèrent aux billes porteuses de groupements fonctionnels posi­ que l’on a fixés sur un support. En théorie, seules les protéines
tivement chargés qui sont en général des amines tertiaires ou capables d’interagir avec le ligand immobilisé vont adhérer. Les
quaternaires (échangeuses d’anions). Les protéines qui n’adhèrent protéines fixées sont ensuite éluées, soit par compétition avec un
pas passent à travers la matrice et sont entraînées par le flux. Les ligand soluble, soit, de façon moins sélective, en interrompant les
protéines fixées sont ensuite sélectivement détachées en augmen­ interactions protéine-ligand à l’aide d’urée, d’hydrochlorure de
tant graduellement la force ionique de la phase mobile, diminuant guanidine, d’un pH faiblement acide ou de fortes concentrations
ainsi les interactions entre charges. Les protéines sont éluées de en sels. Les matrices de phase stationnaire commercialisées, con­
façon inversement proportionnelle à leur force d’interaction avec tienn­ent des ligands tels que NAD+ ou des analogues de l’ATP.
la phase stationnaire. La  purification de protéines recombinantes exprimées en génie
génétique est souvent facilitée en modifiant le gène cloné pour y
ajouter un nouveau domaine de fusion conçu pour interagir avec
un ligand particulier fixé à une matrice (Chapitre 7).
CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 29

Vérification de la pureté d’une protéine NH


par électrophorèse en gel de polyacrylamide O
H
HN

(PAGE) S O
HN S
La méthode SDS-PAGE est la plus utilisée pour apprécier la pureté H
O NH
d’une protéine, c’est une électrophorèse en gel de polyacrylamide O
(PAGE) en présence d’un détergent anionique, le dodécylsulfate
de sodium (SDS). L’ électrophorèse sépare les biomolécules char­ O SH
gées en fonction de la vitesse à laquelle elles migrent quand on leur
HCOOH C2H5
applique un champ électrique. Dans le cas de la SDS-PAGE,
l’acrylamide est polymérisé et réticulé par liaisons covalentes pour OH
former une matrice poreuse. Le SDS se fixe aux protéines dans un
rapport d’une molécule de SDS pour deux liaisons peptidiques NH
provoquant le dépliement ou dénaturation des protéines. Lorsqu’on O
H
l’utilise conjointement au 2-mercaptoéthanol ou au dithiothréitol SO2−
HN
pour réduire et casser les ponts disulfures (Figure 4-4), la SDS- HN O
PAGE sépare les composants polypeptidiques des protéines mul­ O HS H
timériques. Le grand nombre de molécules anioniques de SDS, NH
portant chacune une charge négative de -1, sur les différents poly­ O
peptides rend négligeable les contributions de charge des groupe­
ments fonctionnels des acides aminés. Du fait que les rapports FIGURE 4-4  Clivage oxydatif de chaînes polypeptidiques
entre la charge et la masse pour tous les complexes SDS-polypep­ adjacentes reliées entre elles par un pont disulfure (ombré en bleu)
tide sont à peu près égaux, c’est la résistance physique rencontrée à l’aide de l’acide performique (à gauche), ou par clivage à l’aide
par chaque polypeptide lors de son déplacement à travers la d’un réducteur, le β-mercaptoéthanol (à droite), pour former deux
matrice d’acrylamide qui détermine sa vitesse de migration. Les peptides qui renferment alors respectivement des résidus d’acide
grands complexes rencontrant plus de résistance, les polypeptides cystéique ou des résidus cystéinyles.
se séparent selon leurs masses moléculaires respectives (Mr). Les
dif­férents polypeptides piégés dans le gel d’acrylamide sont visua­
lisés après électrophorèse, par coloration avec des colorants comme
le bleu brillant de Coomassie (Figure 4-5).
qui réagit avec les groupements α-aminés accessibles des résidus
de l’extrémité amino-terminale. Le contenu en acides aminés de
L’ isoélectrofocalisation (IEF) chaque peptide a pu être alors déterminé et l’acide aminé amino-
Des tampons ioniques, appelés ampholines, peuvent servir, quand terminal identifié. Même si le groupement ε-aminé de la lysine
on leur applique un champ électrique, à générer un gradient de réagit également avec le réactif de Sanger, les lysines amino-ter­
pH au sein d’une matrice de polyacrylamide. Les protéines dépo­ minales peuvent être distinguées de celles occupant d’autres
sées sur cette dernière migrent jusqu’à une région de la matrice positions puisqu’elles réagissent avec deux molécules de réactif de
où le pH correspond à leur point isoélectrique (pI), auquel la Sanger. En appliquant la méthode de façon récursive à des di-, des
charge nette de la molécule vaut zéro. L’ IEF est utilisée en asso­ tripeptides et des fragments de plus en plus grands, Sanger a pu
ciation avec la technique SDS-PAGE pour les électrophorèses déterminer la séquence complète de l’insuline, travail pour lequel
bidimensionnelles, servant à séparer les polypeptides, en fonction il a reçu un Prix Nobel en 1958.
de leur pI dans une dimension, et selon leur valeur de Mr dans la
seconde dimension (Figure 4-6). L’ électrophorèse bidimension­
nelle est particulièrement appropriée pour séparer les composants
de mélanges complexes de protéines. LA RÉACTION D’EDMAN PERMET
LA DÉTERMINATION DE LA SÉQUENCE
DES PEPTIDES ET DES PROTÉINES
SANGER A ÉTÉ LE PREMIER Pehr Edman a introduit l’utilisation du phénylisothiocyanate (réac­
À DÉTERMINER LA SÉQUENCE tif d’Edman) pour le marquage sélectif du résidu amino-terminal
D’UN POLYPEPTIDE d’un peptide. Contrairement au réactif de Sanger, le dérivé de type
phénylthiohydantoïne (PTH) peut être détaché dans des condi­
L’ insuline mature comporte une chaîne A de 21 résidus et une tions de réaction douces en laissant un nouveau résidu amino-
chaîne B de 30 résidus reliées par des ponts disulfures. Frederick terminal (Figure 4-7). Des cycles successifs de modification avec
Sanger a réduit ces ponts disulfures (Figure 4-4), séparé les chaî­ le réactif d’Edman peuvent donc servir à séquencer de nombreux
nes A et B et coupé chacune des chaînes en peptides plus petits à résidus du même échantillon peptidique. Même ainsi, la détermi­
l’aide de trypsine, de chymotrypsine et de pepsine. Les peptides nation de la séquence complète d’une protéine par des méthodes
obtenus ont été ensuite isolés et traités par un acide pour hydro­ chimiques reste à ce jour un processus long et laborieux.
lyser une partie des liaisons peptidiques et générer des peptides ne Les propriétés chimiques hétérogènes des acides aminés font
comportant plus que deux ou trois acides aminés. Chaque peptide que chaque étape du procédé représente un compromis entre
a été traité par le 1-fluoro-2,4-dinitrobenzène (réactif de Sanger), l’efficacité pour un acide aminé donné ou un ensemble d’acides
30 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

aminés et la flexibilité nécessaire pour convenir aux 20 acides


aminés différents. Par conséquent, chaque étape du processus a
une efficacité inférieure à 100 %, cela entraîne l’accumulation de
fragments polypeptidiques avec différentes extrémités N-termi­
nales. Il finit par être impossible de distinguer entre le dérivé
PTH-acide aminé correct à cette position, et les contaminants. De
ce fait, la longueur de lecture d’un séquençage d’Edman varie de
5 à 30 résidus d’acides aminés selon la quantité de peptide et sa
pureté.
Pour déterminer la séquence complète d’un polypeptide de
plusieurs centaines de résidus de long, la protéine doit d’abord être
découpée en peptides plus petits en utilisant une protéase ou un
réactif comme le bromure de cyanogène. Après purification de ces
peptides par chromatographie liquide en phase inverse à haute
pression (HPLC), ils sont analysés par séquençage d’Edman. Pour
pouvoir assembler les séquences de ces petits peptides afin de
reconstituer la séquence complète du polypeptide intact, il est
nécessaire d’analyser des peptides dont les séquences se recou­
vrent partiellement. On y arrive en produisant plusieurs jeux de
FIGURE 4-5  Utilisation du système SDS-PAGE pour suivre peptides à l’aide de plusieurs méthodes de clivage. Les grandes
la purification progressive d’une protéine recombinante. Le gel
a été coloré avec le bleu de Coomassie. On observe les marqueurs
quantités de protéines purifiées nécessaires pour tester plusieurs
de taille protéiques (dépôt S) dont les masses sont indiquées en kDa, conditions de fragmentation protéique et de purification des pep­
l’extrait cellulaire brut (E), le cytosol (C), le liquide surnageant après tides constituent le second obstacle majeur des techniques de
centrifugation à haute vitesse (H) et une fraction éluée d’une colonne séquençage chimique direct des protéines.
de DEAE-Sépharose (D). La protéine recombinante a une masse
approximative de 45 kDa.
LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE A
ReVOLUTIONNÉ LA DÉTERMINATION
DE LA SÉQUENCE PRIMAIRE
pH = 3 pH = 10 Les réactions de modification séquentielle et de clivage des déri­
IEF
vés de type PTH-acide aminé à partir de l’extrémité N-terminale
d’un peptide sont en général effectuées dans un séquenceur auto­
matique. Le séquençage de l’ADN est par opposition à celui des
peptides à la fois beaucoup plus rapide et plus économique. Les
techniques de l’ADN recombinant permettent aux chercheurs de
produire une quantité théoriquement infinie d’ADN à partir d’un
échantillon de départ servant de matrice (Chapitre 39). Les métho­
SDS des de séquençage de l’ADN dont la chimie a aussi été mise au
PAGE
point par Sanger, permettent de déterminer en routine en une
seule analyse des séquences de polydésoxyribonucléotides de
quelques centaines de résidus de long, tandis que les séquenceurs
automatisés peuvent « lire » des séquences d’une longueur de plu­
sieurs milliers de nucléotides. La connaissance du code génétique
permet de déterminer la séquence du polypeptide codé par simple
traduction de la séquence polynucléotidique de son gène. À l’in­
verse, les premiers biologistes moléculaires concevaient des son­
des oligonucléotidiques complémentaires de l’ADN d’un gène
pour identifier le clone d’ADN contenant le gène d’intérêt, ils se
servaient pour cela d’un segment de séquence d’acides aminés
FIGURE 4-6  Électrophorèse bidimensionnelle IEF-SDS-PAGE. déterminée chimiquement comme matrice pour concevoir, par
Le gel a été coloré avec le bleu de Coomassie. Un extrait bactérien brut
a d’abord été soumis à une isoélectrofocalisation (IEF) sur un gradient
traduction inverse, leurs sondes oligonucléotidiques. L’avènement
de pH de 3 à 10. Le gel IEF a ensuite été placé horizontalement en haut du clonage de l’ADN a donc débouché sur l’utilisation généralisée
d’un gel au SDS, pour effectuer une séparation supplémentaire des d’une méthode hybride où le séquençage d’Edman a été utilisé
protéines en système SDS-PAGE. Notons la nette amélioration de la pour séquencer une petite partie de la protéine, cette information
résolution des différents peptides en comparaison d’un gel SDS-PAGE étant alors exploitée pour déterminer le reste de la séquence par
ordinaire (Figure 4-5). clonage et séquençage d’ADN.
CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 31

cheurs scientifiques, la séquence de la protéine sur laquelle ils tra­


S
vaillent a déjà été déterminée et les attend dans une banque de
C données en accès libre comme Genbank (Chapitre 10). Tout ce
N
dont les chercheurs ont besoin est d’acquérir une information
O
+ NH2
suffisante en terme de séquence d’acides aminés à partir d’une pro­
H téine, une quantité aussi faible que cinq à six acides aminés consé­
N
N R cutifs peut être suffisante, pour permettre une identification sans
H Rʹ
O équivoque. Alors que l’information en termes d’acides aminés
peut être obtenue par la technique d’Edman, aujourd’hui, la spec­
Phénylisothiocyanate (réactif d’Edman) trométrie de masse (MS) est devenue la méthode de choix pour
et un peptide identifier les protéines.

LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE peut


S
détecter LES MODIFICATIONS
N NH COVALENTES
H
O Du fait de sa supériorité en termes de sensibilité, de rapidité et de
H
N
souplesse, la spectrométrie de masse (MS) a remplacé le séquen­
N R çage d’Edman en tant que méthode principale de détermination
H O des séquences des peptides et des protéines. Elle est significative­

ment plus sensible et tolère mieux les variations de qualités des
Un acide phénylthiohydantoïque
échantillons. De plus, comme la masse et la charge sont des pro­
priétés courantes d’une large gamme de biomolécules, on peut uti­
H+, nitro- H2 O
méthane liser la spectrométrie de masse pour l’analyse de métabolites, de
glucides, et pour les modifications post-traductionnelles comme
S O la phosphorylation ou l’hydroxylation qui entraînent des augmen­
NH2 tations de masse d’une protéine faciles à identifier (Tableau 4-1).
N NH + N
H
Ces modifications sont difficiles à détecter par la technique d’Ed­
R man et indétectables dans la séquence d’acides aminés obtenue à
O R partir de la séquence de l’ADN.
Une phénylthiohydantoïne et un peptide
raccourci d’un résidu

FIGURE 4-7  La réaction d’Edman. Le phénylisothiocyanate LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE


permet de former un dérivé acide phénylthiohydantoïque de résidu SE PRÉSENTE SOUS PLUSIEURS
amino terminal d’un peptide. Le traitement par l’acide dans un solvant
non hydroxylique permet de libérer d’une part la phénylthio­hydantoïne,
CONFIGURATIONS
qui est ensuite identifiée grâce à sa mobilité chromatographique, Dans un spectromètre de masse simple, à un seul quadripôle, un
d’autre part un peptide raccourci d’un résidu. Ce processus peut alors échantillon dans le vide est vaporisé en présence d’un donneur de
être répété.
proton qui transfère une charge positive. Un champ électrique
propulse alors les cations vers un tube de vol courbe où ils ren­

La génomique permet
l’identification des protéines TABLEAU 4-1   Augmentation de masse résultant
de modifications post-traductionnelles courantes
à partir de données
de séquence fragmentaires Modification Augmentation de masse (Da)

Phosphorylation 80
Aujourd’hui, le nombre d’organismes pour lesquels la séquence
complète du génome a été déterminée et mise à la disposition de Hydroxylation 16
la communauté scientifique se chiffre par centaines (voir Chapi­
tre 10). Ces séquences englobent presque tous les « organismes Méthylation 14
modèles » communément utilisés dans les laboratoires de recher­ Acétylation 42
che biomédicale, à savoir : Homo sapiens, la souris, le rat, Esche-
rischia coli, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, la Myristylation 210
levure, etc., ainsi que de nombreux pathogènes. Entre-temps, sur
toute la planète, des batteries de séquenceurs automatisés conti­ Palmitylation 238
nuent de générer des données de séquences génomiques toujours Glycosylation 162
plus rapidement et à moindre coût. Ainsi, pour la plupart des cher­
32 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

Plaques de l’accélérateur
Échantillon
à analyser

Tube analyseur

Chambre d’injection d’échantillons

Électroaimant

Générateur
de puissance
variable

Détecteur

Pompe à vide

Enregistre-
ment

Voltage

FIGURE 4-8  Composants élémentaires d’un spectromètre de masse simple. Un mélange de molécules,
représenté par un cercle rouge, un triangle vert et un losange bleu, est vaporisé sous forme ionisée dans la chambre
d’injection d’échantillons. Ces molécules sont alors accélérées lors de leur descente dans le tube analyseur (de vol) par
un potentiel électrique appliqué à la grille de l’accélérateur (en jaune orange). Un électroaimant réglable exerce un
champ magnétique qui dévie la trajectoire des ions dans leur vol vers le détecteur. La force du champ magnétique
nécessaire pour focaliser un ion sur le détecteur augmente en fonction de sa masse.

contrent un champ magnétique qui les dévie à angle droit par moins, alors que les spectromètres de masse à temps de vol servent
rapport à leur direction de vol initiale (Figure 4-8). Le courant à déterminer les grandes masses des protéines entières. Diverses
qui alimente l’électroaimant est graduellement augmenté jusqu’à combinaisons de quadripôles multiples, ou encore la réflexion des
ce que la trajectoire de chaque ion soit suffisamment courbe pour ions vers le tube linéaire d’un spectromètre de masse TOF situé
qu’il frappe un détecteur situé au bout du tube de vol. Pour des en aval, permettent de créer des instruments plus sophistiqués.
ions de charge nette identique, la force nécessaire pour courber
leurs trajectoires de la même façon est proportionnelle à leurs L’ionisation des peptides à analyser peut
masses.
Le tube de vol d’un spectromètre de masse TOF (temps de vol se faire par électrovaporisation ou
« time of flight » en anglais) est linéaire. Après vaporisation de par désorption assistée par une matrice
l’échantillon en présence d’un donneur de protons, l’application L’ analyse de peptides et de protéines par spectrométrie de masse
brève d’un champ électrique accélère les ions en direction d’un a été gênée au départ par la difficulté à vaporiser les grandes
détecteur situé à l’extrémité du tube de vol. Pour les molécules de molécules organiques. Alors que les petites molécules organiques
charge identique, la vitesse à laquelle elles sont accélérées, et donc pouvaient être facilement vaporisées par chauffage dans le vide
le temps nécessaire pour atteindre le détecteur, sera inversement (Figure 4-9) les protéines, les oligonucléotides, etc., étaient
proportionnel à leur masse. détruits dans ces conditions. Ce n’est qu’avec la mise au point de
Les spectromètres de masse à quadripôle sont en général uti­ techniques fiables de dispersion des peptides, des protéines et des
lisés pour déterminer les masses de molécules de 4000  Da ou autres grandes biomolécules en phase gazeuse, que la spectromé­
CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 33

Chaleur Ionisation par MALDI


électrovaporisation

Laser

FIGURE 4-9  Trois méthodes courantes de


vaporisation de molécules dans la chambre source Alimentation par un système
d’un spectromètre de masse. chromatographique

trie de masse a pu être appliquée à leur analyse structurale et à la en tandem, qui fait appel à l’équivalent de deux spectromètres de
détermination de leur séquence. La dispersion en phase gazeuse masse montés en série. De ce fait, ces instruments en tandem sont
est effectuée par ionisation par électrovaporisation et par désorp- souvent appelés MS–MS. Le premier spectromètre de masse
tion et ionisation au laser favorisée par la matrice ou MALDI sépare les différents peptides selon leurs différences de masse. En
(« matrix-assisted laser desorption » en anglais). Lors de l’ionisa­ ajustant la force de champ du premier aimant, il est possible de
tion par électrovaporisation les molécules à analyser sont dissou­ diriger un peptide particulier vers le second spectromètre où il
tes dans un solvant volatile et introduites en très petites quantités est fragmenté en morceaux dont les masses sont déterminées. Ils
à l’aide d’un capillaire dans la chambre source (Figure 4-9). Lors peuvent alternativement être retenus dans un piège à ions placé
de l’émergence d’une gouttelette dans la chambre source, le solvant entre les deux quadripoles, et sélectivement transmis au deuxième
se disperse rapidement, et la macromolécule reste en suspension quadripole au lieu d’être perdus lorsque le premier quadripole est
dans la phase gazeuse. La charge préalable des gouttelettes par un réglé pour sélectionner des ions d’une masse différente.
courant électrique permet l’ionisation de l’échantillon. L’ionisation
par électrovaporisation sert fréquemment à l’analyse de peptides
et de protéines élués d’une colonne de HPLC ou d’un autre type La spectrométrie de masse en tandem permet
de colonne chromatographique, l’échantillon étant déjà en solu­ la détection d’anomalies métaboliques
tion dans un solvant volatile. Dans la technique MALDI, l’échan­ La spectrométrie de masse en tandem peut servir au criblage
tillon est mélangé avec une matrice liquide contenant un colorant d’échantillons sanguins de nouveaux nés pour déterminer la pré­
qui absorbe la lumière, et une source de protons. Le mélange est sence et la concentration d’acides aminés, d’acides gras et d’autres
excité dans la chambre source par un faisceau laser, cela provoque métabolites. Des anomalies de concentration d’un métabolite peu­
la dispersion si rapide de la matrice environnante dans la phase vent constituer des indicateurs dans le diagnostic de différentes
gazeuse qu’il n’y a pas échauffement des peptides et des protéines maladies comme la phénylcétonurie, l’encéphalopathie éthylma­
qu’elle renferme (Figure 4-9). lonique et l’acidémie glutarique de type 1.
Les peptides à l’intérieur du spectromètre de masse peuvent
être cassés en sous-unités plus petites par collisions avec des atomes
neutres d’hélium ou d’argon (dissociation induite par les collisions),
les masses des différents fragments peuvent alors être déterminées. LA PROTÉOMIQUE ET LE PROTÉOME
Comme les liaisons peptidiques sont bien plus labiles que celles
entre deux atomes de carbone, les fragments les plus abondants La protéomique a pour but d’identifier
diffèreront les uns des autres d’unités équivalentes à un ou deux l’ensemble des protéines pouvant être
acides aminés. Puisqu’à l’exception (1) de la leucine et de l’isoleu­ fabriquées par une cellule dans diverses
cine, et (2) de la glutamine et de la lysine, chaque acide aminé à
une masse moléculaire qui lui est propre, la séquence du peptide conditions
peut être reconstituée à partir des masses de ses fragments. Bien que la séquence du génome humain soit connue, l’image
fournie par la génomique seule est à la fois statique et incomplète.
La protéomique a pour but d’identifier la totalité des protéines
La spectrométrie de masse en tandem fabriquées par une cellule dans diverses situations. Selon que les
Des mélanges peptidiques complexes peuvent aujourd’hui être gènes sont dans un état inactif ou actif, des protéines sont synthé­
analysés sans purification préalable, par la spectrométrie de masse tisées dans les différents types cellulaires à des moments particu­
34 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

liers de la croissance ou de la différenciation ou en réponse à des La bioinformatique aide à déterminer


stimuli externes. Les cellules musculaires expriment des protéines
absentes des cellules nerveuses, et les types de sous-unités présentes
la fonction des protéines
dans le tétramère de l’hémoglobine changent entre la période pré La fonction d’une grande partie des protéines codées par le
et postnatale. De nombreuses protéines subissent des modifications génome humain reste actuellement inconnue. Le développement
post-traductionnelles lors de leur maturation en formes actives des alignements de protéines, ou puces, afin de tester directement
ou afin de réguler leurs propriétés. La connaissance du génome à grande échelle les fonctions potentielles des protéines en est
humain ne représente donc que le début du travail de description encore à ses balbutiements. Quoi qu’il en soit, les progrès récents
des organismes vivants au niveau moléculaire et de la compré­ de la bioinformatique permettent aux chercheurs de comparer les
hension des processus dynamiques comme la croissance, le vieillis­ séquences d’acides aminés pour y découvrir des pistes quant aux
sement et les maladies. Le corps humain contenant des milliers de fonctions présomptives, aux rôles physiologiques et aux mécanis­
types cellulaires, qui contiennent chacun des milliers de protéines, mes d’action des protéines. Des algorithmes exploitent la tendance
le protéome, qui est l’ensemble des protéines exprimées par une de la nature à utiliser des variations sur un même thème structural
cellule donnée à un moment donné, est un objectif en constante afin d’accomplir des fonctions similaires dans différentes protéi­
évolution d’une dimension formidable. nes [par exemple le pli de Rossman de fixation aux nucléotides,
fixant le NAD(P)H, les séquences signal d’adressage nucléaire et
les « mains EF » pour fixer les ions Ca2+]. Ces domaines sont en
L’ électrophorèse bidimensionnelle général détectés dans la structure primaire grâce à la conserva­
et les puces de réseaux de sondes géniques tion d’acides aminés particuliers à des positions clés. La compré­
servent à suivre l’expression protéique hension des propriétés et du rôle physiologique d’une protéine
nouvellement découverte peut donc être déduite de la comparai­
L’ un des buts de la protéomique est d’identifier les protéines dont son de sa structure primaire avec celles de protéines déjà connues.
les niveaux d’expression sont corrélés avec des événements signi­
ficatifs du point de vue médical. Le postulat est que les protéines
dont l’apparition et la disparition sont corrélées à une situation
physiologique ou pathologique particulière, sont liées soit directe­ RÉSUMÉ
ment, soit indirectement à sa cause profonde et à ses mécanismes. n Les longs polymères d’acides aminés appelés polypeptides
La détermination des caractéristiques du protéome de chaque type constituent l’unité structurale de base des protéines. La
cellulaire requiert une efficacité extrême de l’isolement et de l’iden­ structure d’une protéine fournit des indications sur la façon
tification de chacune des protéines. L’ approche actuelle, pour dont elle accomplit ses fonctions.
résoudre les protéines cellulaires, consiste à utiliser d’une part des n Les protéines subissent des modifications post-traductionnelles
machines automates pour accélérer la préparation des échantil­ au cours de leur existence, celles-ci influencent leur fonction et
lons et d’autre part de grands gels bidimensionnels pour séparer conditionnent leur devenir.
les protéines cellulaires. Les différents polypeptides sont ensuite n La méthode d’Edman a été en grande partie remplacée par la
extraits et analysés par séquençage d’Edman ou par spectrométrie spectrométrie de masse, MS, un outil sensible et souple
de masse. Même s’il n’est possible de résoudre que 1000 protéines d’utilisation permettant de déterminer la structure primaire,
sur un gel, l’électrophorèse bidimensionnelle présente l’énorme d’identifier les modifications post-traductionnelles et de
avantage d’étudier directement les protéines. détecter les anomalies métaboliques.
Une approche alternative appelée MudPIT pour « Multidimen­ n Le clonage de l’ADN et la biologie moléculaire, couplés à la
sional Protein Identification Technology » utilise des cycles suc­ chimie des protéines permettent une approche mixte qui
cessifs de chromatographie pour résoudre les peptides produits accélère grandement et rend bien plus efficace la détermination
par la digestion d’un échantillon biologique complexe en différen­ de la structure primaire des protéines.
tes fractions plus simples susceptibles d’être analysées séparément n La génomique, ou analyse de la séquence nucléotidique
par spectrométrie de masse. Des alignements de sondes de gènes complète du matériel génétique d’un organisme, a permis de
en réseau parfois appelés puces à ADN (« DNA chips ») pour nouveaux progrès.
détecter l’expression des ARNm qui codent les protéines, consti­ n Les programmes informatiques facilitent l’identification des
tuent une approche complémentaire de la protéomique. Bien que phases ouvertes de lecture (ORF) codant une protéine donnée,
les changements d’expression de l’ARNm codant une protéine ne en se basant sur des séquences partielles et les profils de masse
reflètent pas forcément des changements comparables du niveau peptidiques, lors de recherches dans des banques de données
de la protéine correspondante, les puces à ADN sont plus sensibles de séquence.
que les gels bidimensionnels, surtout en ce qui concerne les pro­
n Les scientifiques essayent à présent de déterminer la séquence
téines peu abondantes et permettent donc d’examiner davantage
primaire et le rôle fonctionnel de toutes les protéines
de produits géniques.
exprimées dans une cellule vivante, c’est-à-dire son protéome.
n Un objectif essentiel est d’identifier les protéines et leurs
modifications post-traductionnelles dont l’apparition ou la
disparition est corrélée à des phénomènes physiologiques, au
vieillissement ou à des maladies particulières.
CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 35

RÉFÉRENCES Levy PA : An overview of newborn screening. J Dev Behav Pediatr


2010 ; 31 : 622.
Arnaud CH : Mass spec tackles proteins. Chem Eng News 2006 ; Schena M, Shalon D, Davis RW, et al : Quantitative monitoring
84 : 17. of gene expression patterns with a complementary DNA
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Enzymol, vol, 182, Academic Press, 1990 (Volume entier). Intern Med J 2001 ; 31 : 53.
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heart tissue. J Am Soc Mass Spectrom 2005 ; 16 : 1207. potential of « omics » approach. Curr Mol Med 2010 ; 10 : 249.
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complications. J Proteomicss 2009 ; 72 : 731. medicine. J Gastroenterol 2003 ; 15 : 68.
5
C h a p I T R E

Les protéines : structures


d’ordre supérieur
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T i f s ■ De décrire les avantages et les inconvénients de quelques approches de


classification des protéines.
L’étude de ce chapitre ■ D’expliquer et d’illustrer les structures, primaire, secondaire, tertiaire et
vous permettra : quaternaire des protéines.
■ D’identifier les principaux types connus de structures secondaires et d’expliquer
les motifs de structure supersecondaires.
■ De décrire la nature et la force relative des forces qui stabilisent chaque ordre
de structure protéique.
■ De décrire l’information résumée dans une représentation de Ramachandran.
■ D’indiquer l’état actuel des connaissances concernant le processus par étapes
par lequel on pense que les protéines atteignent leur conformation native.
■ D’identifier les rôles physiologiques des chaperons, de la disulfure isomérase et
de la peptidylproline cis-trans-isomérase dans la maturation des protéines.
■ De décrire les principales techniques biophysiques servant à étudier la
structure tertiaire et quaternaire des protéines.
■ D’expliquer comment les maladies génétiques et nutritionnelles de maturation
du collagène illustrent le lien étroit entre la structure et la fonction des protéines.
■ Dans le cas des maladies à prions, d’esquisser les événements généraux de leur
pathologie moléculaire et de nommer les formes de vie que chacune affecte.
CHAPITRE 5  Les protéines : structures d’ordre supérieur 37

IMPORTANCE BIOMÉDICALE sont fortement liées. Des systèmes de classification plus précis
basés sur les similarités, ou homologies, de séquence d’acides
Dans la nature, la forme dicte la fonction. Pour qu’un polypeptide aminés et de structure tridimensionnelle ont vu le jour. Pourtant,
nouvellement synthétisé devienne une protéine biologiquement de nombreux termes de classification primitive sont restés en
fonctionnelle capable de catalyser une réaction métabolique, de usage.
promouvoir le mouvement cellulaire ou de former des structures
macromoléculaires en forme de tiges ou de fibres qui donnent
leur forme finale aux cheveux, aux os, aux tendons et aux dents, LES PROTÉINES SONT CONSTRUITES
il doit se replier selon un arrangement tridimensionnel spécifique,
appelé conformation. De plus, au cours de sa maturation, des
SELON DES PRINCIPES MODULAIRES
modifications post-traductionnelles peuvent ajouter de nou- Les protéines effectuent des fonctions physiques et catalytiques
veaux groupements chimiques ou éliminer des segments pep- complexes en positionnant des groupements chimiques parti­
tidiques dont la nécessité était transitoire. Les défauts génétiques culiers selon un agencement tridimensionnel précis. L’ échafaudage
ou nutritionnels qui gênent la maturation des protéines sont préju- polypeptidique qui contient ces groupements doit adopter une
diciables à la santé. Parmi les premiers, on peut citer : la maladie conformation à la fois efficace du point de vue fonctionnel et
de Creutzfeldt-Jakob, la tremblante, la maladie d’Alzheimer et solide du point de vue physique. À première vue, la biosynthèse
l’encéphalopathie spongiforme bovine (« maladie de la vache des polypeptides mettant en jeu des dizaines de milliers d’atomes
folle »). Le scorbut correspond à une carence nutritionnelle qui apparaît comme un énorme défi. Si l’on considère qu’un polypep-
gêne la maturation de protéines. tide peut en moyenne adopter plus de 1050 conformations différen-
tes, son repliement selon la conformation correcte par rapport à sa
fonction biologique semble encore plus problématique. Comme
cela a été décrit dans les Chapitres 3 et 4, la synthèse du squelette
CONFORMATION ET CONFIGURATION polypeptidique des protéines n’utilise qu’un petit nombre de bri-
ques ou modules communs, les acides aminés, tous reliés par une
Les termes configuration et conformation sont souvent confondus. même liaison, la liaison peptidique. Un assemblage modulaire
La configuration se rapporte aux relations géométriques établies par étapes simplifie le repliement et la maturation des polypepti-
entre un ensemble donné d’atomes, par exemple ceux qui font la des nouvellement synthétisés en protéines matures.
distinction entre un acide aminé de série l ou d. L’ interconversion
entre des formes de configuration différente nécessite la rupture
(et la reformation) de liaisons covalentes. Le terme de conforma- LES QUATRE NIVEAUX
tion se réfère aux relations spatiales entre tous les atomes consti-
tutifs d’une molécule. L’ interconversion de conformères s’effectue DE LA STRUCTURE DES PROTÉINES
sans rupture de liaisons covalentes ni changement de configura- La nature modulaire de la synthèse et du repliement des protéines
tion, en général par rotation autour de l’axe de liaisons simples. est implicite dans le concept des différents niveaux de leur struc-
ture. La structure primaire est la séquence des acides aminés dans
une chaîne polypeptidique. La structure secondaire est le replie-
ment de petits segments contigus de 3 à 30 résidus du polypeptide
LA CLASSIFICATION INITIALE en unités géométriquement ordonnées. La structure tertiaire est
DES PROTÉINES REPOSAIT SUR LEURS l’assemblage des unités de structure secondaire en unités fonc-
tionnelles de plus grande taille telles qu’un polypeptide mature
CARACTÉRISTIQUES GROSSIÈRES avec ses domaines constitutifs. La structure quaternaire fait réfé-
Les scientifiques ont au départ envisagé les relations structure- rence au nombre et aux types d’unités polypeptidiques des protéi-
fonction des protéines en les séparant en classes selon leurs pro- nes oligomériques, ainsi qu’à leur agencement spatial.
priétés de solubilité, de forme, ou la présence de groupements non
protéiques. Par exemple, les protéines solubles sont celles que l’on
peut extraire des cellules avec des solutions aqueuses de pH et de LA STRUCTURE SECONDAIRE
force ionique physiologiques. L’ extraction de protéines membra-
naires intrinsèques nécessite de dissoudre la membrane avec des Les liaisons peptidiques limitent le nombre
détergents. Les protéines globulaires sont des molécules com- de conformations secondaires possibles
pactes, grossièrement sphériques ayant des rapports axiaux, rap- La libre rotation n’est possible qu’autour de deux des trois liaisons
port entre la dimension la plus petite et la plus grande, ne covalentes du squelette des polypeptides ; celle qui relie le carbone
dépassant pas la valeur 3. La plupart des enzymes sont des pro- α (Cα) à l’atome de carbone carbonylique (Co) et celle entre le
téines globulaires. Au contraire, beaucoup de protéines de struc- carbone Cα et l’azote α (Figure 3-4). Le caractère partiellement
ture adoptent des conformations très allongées. Ces protéines double de la liaison peptidique reliant le carbone carbonylique
fibreuses ont des rapports axiaux d’une valeur égale ou supérieure Co à l’atome d’azote α impose que le carbone carbonylique et
à 10. l’oxygène du groupement carbonyle ainsi que l’azote α restent
Les lipoprotéines et les glycoprotéines contiennent respec- dans un même plan, il ne peut donc pas y avoir de rotation. L’ angle
tivement des lipides et des glucides liés à elles de façon covalente. de rotation autour de la liaison Cα—N est appelé angle phi (F),
La myoglobine, l’hémoglobine, les cytochromes et bien d’autres celui autour de la liaison Co—Cα, angle psi (y). Pour les acides
métalloprotéines contiennent des ions métalliques auxquels elles aminés autres que la glycine, la plupart des combinaisons d’angles
38 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

phi et psi sont interdites par encombrement stérique (Figure 5-1).


Les possibilités de conformation de la proline sont encore plus
réduites à cause de l’absence de libre rotation autour de la liaison
N—Cα.
Les régions de structure secondaire ordonnée s’observent 90
lorsqu’une série de résidus d’acides aminés adopte des valeurs
d’angles phi et psi similaires. Dans les segments dépliés des poly-
peptides (par exemple les boucles), on peut observer des valeurs
variables pour ces deux angles. Les angles qui définissent les deux ψ 0
types les plus répandus de structure secondaire, l’hélice α et le
feuillet β, se situent respectivement dans le quart inférieur gau-
che et dans le quart supérieur gauche du diagramme de Rama-
chandran (Figure 5-1). – 90

L’ hélice α
La torsion du squelette du polypeptide d’une hélice α est la même
autour de chaque carbone α avec un angle phi d’environ – 57 degrés – 90 0 90
et un angle psi d’environ –  47 degrés. Un tour complet d’hélice φ
contient en moyenne 3,6 résidus aminoacyles et le pas de l’hélice,
son élévation par tour (« pitch » en anglais), est de 0,54  nm FIGURE 5-1  Représentation, selon Ramachandran, des angles
(Figure 5-2). Les groupes R de chaque résidu aminoacyle d’une phi (Φ) et psi (ψ) de la chaîne principale pour environ 1000 résidus
hélice α sont dirigés vers l’extérieur (Figure 5-3). Les protéines ne autres que la glycine dans huit protéines dont la structure a pu
contiennent que des acides aminés de série l, pour lesquels une être déterminée avec une haute résolution. Les points représentent
hélice α dextrogyre (droite, de pas à droite) est de loin la plus les combinaisons possibles et on voit les zones des combinaisons
impossibles des valeurs d’angles phi et psi. (D’après Richardson JS : The
stable, on ne trouve d’ailleurs que celles-ci dans les protéines. Dans
anatomy and taxonomy of protein structures. Adv Protein Chem 1981 ;
les représentations schématiques des protéines, les hélices α figu- 34 : 167. Copyright © 1981. Reproduit avec l’autorisation d’Elsevier).
rent sous la forme de spirales ou de cylindres.
La stabilité d’une hélice α est principalement due aux liaisons
hydrogène entre les atomes d’oxygène du carbonyle d’une liaison
peptidique et l’atome d’hydrogène de l’azote de la liaison peptidi-
que du résidu situé en quatrième position plus loin dans la chaîne N
peptidique (Figure 5-4). La faculté de former un maximum de C
liaisons hydrogène et l’addition des interactions de van der Waals C
N
au cœur de cette structure compacte, sont le moteur thermodyna- C
mique pour former une hélice α. Dans le cas de la proline, l’atome C
N
d’azote engagé dans la liaison peptidique ne possède pas d’atome
C
d’hydrogène permettant d’établir une liaison hydrogène, la pro- C
N
line ne peut donc être présente de façon stable que dans le pre- C
mier tour d’une hélice α. Quand elle se trouve ailleurs, la proline
C
interrompt la conformation de l’hélice en produisant un coude.
Du fait de sa petite taille, la glycine induit également souvent des N
C
coudes dans les hélices α. C
Dans beaucoup d’hélices α les groupes R hydrophobes prédo- N
C
minent d’un côté de l’axe de l’hélice et les groupes hydrophiles de
l’autre coté. Ces hélices amphipathiques ou amphiphiles sont C
N
bien adaptées à la formation d’interfaces entre des régions polai- C
C
res et non polaires comme le centre hydrophobe d’une protéine et N
son environnement aqueux. Des groupes d’hélices amphiphiles C
peuvent créer un canal ou pore, permettant à des molécules C
Pas de l’hélice
polaires spécifiques de passer à travers les membranes cellulaires (3,6 résidus) = 0,54 nm N
hydrophobes. C
C
N
C
Le feuillet β C
0,15 nm
N
La seconde (d’où son nom « beta ») structure secondaire régulière C
reconnaissable dans les protéines est le feuillet β. Les résidus
d’acides aminés d’un feuillet β, quand on le regarde par la tranche,
forment un zigzag ou un motif plissé dans lequel les groupes R des
résidus contigus pointent dans des directions opposées. Con­ FIGURE 5-2  Orientation des atomes de la chaîne principale
trairement au squelette compact de l’hélice α, le squelette peptidi- d’un peptide autour de l’axe d’une hélice α.
CHAPITRE 5  Les protéines : structures d’ordre supérieur 39

R
mes d’hydrogène des fonctions amides des liaisons peptidiques.
R
Pourtant, contrairement à l’hélice α, ces liaisons se font entre des
segments contigus du feuillet β (Figure 5-5).
R
R Les interactions dans les feuillets β peuvent former un feuil­
let β parallèle, dans lequel les segments côte à côte de la chaîne
polypeptidique ont la même polarité du point de vue des liaisons
amino-carboxyle, ou former un feuillet β antiparallèle lorsque
R les polarités sont inverses (Figure 5-5). Ces configurations per-
mettent toutes deux un nombre maximum de liaisons hydrogène
R entre les segments ou brins du feuillet. La plupart des feuillets β
R
ne sont pas parfaitement plats mais ont tendance à s’enrouler sur
la droite. Des groupes de brins courbés de feuillets β forment le
cœur de nombreuses protéines globulaires (Figure 5-6). Les repré-
R
R sentations schématiques figurent les feuillets β comme des flèches
pointant dans l’orientation amino vers carboxy-terminale.
FIGURE 5-3  Vue axiale plongeante d’une hélice α. Les chaînes
latérales (R) sont à l’extérieur de l’hélice. Les rayons de van der Waals
des atomes sont plus grands que ce qui est figuré ici ; de ce fait il n’y a Les boucles et les coudes
pratiquement pas d’espace libre à l’intérieur de l’hélice. (Légèrement En gros, la moitié des résidus d’une protéine globulaire « typique »
modifié et reproduit avec autorisation d’après Stryer L : Biochemistry, se trouvent sous forme d’hélices α et de feuillets β, l’autre moitié
3rd ed. Freeman, 1988. Copyright © 1988, W.H. Freeman and Company). adoptant des conformations en boucles, tours, coudes et d’autres

que du feuillet β est très déplié. Mais, comme pour l’hélice α, la


stabilité des feuillets β vient pour l’essentiel des liaisons hydrogène
entre les atomes d’oxygène des groupements carbonyles et les ato-

N
C
C R
N
C R
C
N
R C
C
N
R C
C
N
C R
C
N
C R
C
N O
R C
C
N
R C
C
N
C R
C
N
C R FIGURE 5-5  Espacements et angles de liaison des liaisons
C hydrogène de feuillets β plissés antiparallèles et parallèles. Les
N flèches indiquent l’orientation de chaque brin. Les liaisons hydrogène
R C
C sont indiquées en lignes pointillées. Les atomes d’azote α (donneurs
d’hydrogène) et les atomes d’oxygène (accepteurs d’hydrogène) sont
indiqués en bleu et en rouge respectivement. Les atomes de carbone
du squelette figurent en noir. Pour la clarté de la représentation, les
groupes R et les atomes d’hydrogène ont été omis. En haut : feuillet β
FIGURE 5-4  Liaisons hydrogène (lignes en pointillés) formées antiparallèle. Il y a une alternance de liaisons hydrogène proches ou
entre les atomes H et O qui stabilisent un polypeptide dans sa nettement séparées, elles sont orientées approximativement
conformation en hélice α. (D’après Haggis G.H. et al. (1964), perpendiculairement au squelette polypeptidique. En bas : feuillet β
« Introduction to Molecular Biology ». Science 146 ; 1455-1456. Reproduit parallèle. Les liaisons hydrogène ont un espacement régulier mais
avec l’autorisation de AAAS). pointent dans des directions alternées.
Index
Note  : Les numéros de page suivis d’un f se rapportent à une figure, ceux suivis d’un t, à un tableau.

A r égulation de la pyruvate déshydrogénase, 182, élimination d’ammoniaque à partir des, 284f, 285
183f, 231 enchaînement dans la structure primaire, 22
A, substance de groupe sanguin, 696 synthèse du cholestérol et, 261-263, 261f, 263f essentiels du point de vue nutritionnel, 159, 276
A1, peptide, de l’entérotoxine de V. cholerae, 763 2-Acétylaminofluorène, structure, 727f excitateurs. Voir Aspartate ; Glutamate
AAH. Voir Aromatiques, hydroxylases des hydrocar- Acétylation, 707 glucogéniques, 164
bures, comme modification covalente, 31t glycémie et, 200
AAV. Voir Adénovirus, virus associé à l’, virus des histones, 737 hydrolyse des liaisons peptidiques, 712-713
ABC-1. Voir ATP, transporteur-1 à cassette de liaison Acétylcholine, inhibition de la libération d’, 584 interconversion, 158
N-Acétylgalactosamine, liaison à la sérine, 594f intermédiaires cataboliques pour la biosynthèse de
à l’
N-Acétylglutamate et biosynthèse de l’urée, 287f glucides et de lipides, 292
Abêtalipoprotéinémie, 247, 269t
N-Acétyllactosamine, unités de, 595 métabolisme, 158f, 159, 160f. Voir aussi Acides
ABO, groupes sanguins, sucres aminés des, 239
N-Acétylneuraminique, acide, 213f, 145f, 145t aminés, squelettes carbonés des ; Acides aminés,
ABO, système
dans les gangliosides, 243, 243f azote des,
importance en transfusion sanguine, 696
dans les glycoprotéines, 211, 213f, 590t phosphate de pyridoxal dans le, 553
substances ABO et, 696
dans les mucines, 525, 526f non essentiels du point de vue nutritionnel, 159,
Absorption par pinocytose, 489
Acholurique, jaunisse, 329 276,
Absorption, 534
Achondroplasie, 491t, 628f synthèse, 277-280
Absorption, spectres d’, des porphyrines, 322, 322f
Acide conjugué, 13 produits dérivés, 307-315. Voir aussi les produits
ACAT (acyl-CoA :cholestérol acyltransférase), 265
Acide gras, système de l’élongase des, 229, 232f spécifiques
Accélératrice (Ac-), globuline (facteur V), 678t
dans la synthèse des acides gras polyinsaturés, 232, propriétés, 18-21
Accepteur (A/aminoacyl, site, liaison des aminoacyl-
232f réactions chimiques, dictées par les groupements
ARNt dans la synthèse protéique, 404, 405f Acide rétinoïque tout trans, 743t
Accepteur, bras, de l’ARNt, 361, 361f, 410, 410f fonctionnels, 22-23
Acidémie isovalérique, 294t, 306 remplacement par des acides cétoniques dans l’ali-
ACE. Voir Angiotensine, inhibiteurs de l’enzyme de Acides
conversion de l’ mentation, 279
conjugués, 12
Acellulaires, systèmes, étude de vésicules dans des, solubilité, 21
polyfonctionnels, ex des nucléotides, 336
581 substitutions, dues à des mutations faux sens, 310,
comme donneurs de protons, 11
Acéruloplasminémie, 666 411f
forts, 11
Acétaldéhyde déshydrogénase, 771 synthèse, 276-280
faibles, 14. Voir aussi Acides faibles
Acétaldéhyde, 771, 772f dans le métabolisme des glucides, 158
structure moléculaire modifiant leur force, 14, 14t
Acétique, acide, 148t et cycle de l’acide citrique, 173, 174f
Acides alpha aminés. Voir aussi Acides aminés
valeur de pK/pKa, 14t systèmes de transport, effet des hormones, 483
dans les protéines, 17, 19t
Acétoacétate, 219, 220f spécification par le code génétique, 18, 18t-19t transamination. Voir Transamination
dans le catabolisme de la tyrosine, 299f l, acides aminés de série, dans les protéines, 18 valeurs de pK/pKa, 18t-19t, 20, 20f
Acétoacétyl-CoA synthétase, dans la synthèse du Acides aminés libres, absorption des, 537 effet de l’environnement, 21
mévalonate, 261, 261f Acides aminés, 3, 19-24, 19t-20t. Voir aussi Peptides Acides aminés, azote des
Acétone, 222 à chaîne ramifiée, catabolisme, 302-303, 304f catabolisme de l’, 281-289
Acétyl (acyl)-malonyl, enzyme, 226f, 226 maladies du, 303 dans le catabolisme du squelette carboné des acides
Acétyl transacylase, 227f, 228f absorption, 535-536 aminés, 292-293, 292f, 293f, 295f
Acétyl-CoA carboxylase, 222 analyse/identification, 23 dans le métabolisme de l’azote, 284-286, 284f
dans la régulation de la lipogenèse, 227f, 229-230, besoins, 540 produits terminaux, 283
230f biosynthèse, 277 dont l’urée, 286-288, 287f
Acétyl-CoA, 159, 159f, 164 carences, 275, 540 rôle de la L-aminoacide oxydase, 121
catabolisme, 171f, 172f. Voir aussi Citrique, cycle cétogéniques, 164 rôle de la L-glutamate déshydrogénase, 284-286,
de l’acide charge nette, 20-21, 20f 285f
dans la synthèse du facteur d’activation plaquet- conservation lors de la catalyse, 64, 64t transamination, 284, 284f
taire, 241f dans la néoglucogenèse, 173, 174f Acides aminés, catabolisme du squelette carboné des,
et régulation de la lipogenèse, 229-230 dans le cycle de l’acide citrique, 164 292
lipogenèse et, 227-228, 227f, 229f dans les peptides, 17, 22, 22f à chaîne ramifiée, 302-303, 304f
comme précurseur des acides gras, 228 dans les protéines, 18, 19 maladies, 211
métabolisme des glucides, 158, 158f dégradation protéique et, 282, 282f formation d’acétyl-CoA et, 298f, 299f, 304f, 305f
oxydation des acides gras en, 158, 159f, 218f désamination. Voir Désamination formation du pyruvate et, 293f, 295, 297f
oxydation du pyruvate en, 174, 175f, 181-182, 175f, échange entre organes et maintien du taux circu- transamination et amorçage, 292-293, 292f
183f, 184t lant, 282-283 Acides aminés, maladies du métabolisme des, 294t
810 Index

Acides aminés, séquençage. Voir aussi Protéines, Aconitase (hydratase de l’aconitate), 172 capture du glucose, 164
séquen­çage des ACP. Voir Acyles, protéines transporteuses d’, énergie lbre d’hydrolyse, 115
détermination de la structure primaire, 22 Acrosomique, réaction, 603 lors du jeûne, 166, 167
Acides aminés, squelette carboné des, 280, 283, 288 ACTH. Voir Adrénocorticotrope, hormone, métabolisme, 165f, 167t, 255-256, 255f
devenir, 292t Actine F, 632-633 Adipocytes, 257
Acides faibles, 14 Actine-G, 632 renouvellement, 713t
comportement décrit par l’équation de Henderson- Actine, 631, 694t, 695 ADN, 354, 365-387, 381f
Hasselbach, 13 actine F, 632, 634 à bouts francs, 449, 450
constantes de dissociation, 12-13 actine G, 632 ADP-ribosylation et réparation, 552
importance physiologique, 12-13 contrôle du muscle strié et, 636 altérations, 383f, 384, 384t
pouvoir tampon, 13-14 dans la contraction musculaire, 632, 634-637, 637 réparation des, 383-384, 384t
valeurs de pK/pKa, 14 décoration de l’, 634, 634f appariement des bases, 9, 353-355, 355f
Acides forts, 12 structure, 632 complémentarité pour la renaturation, 355-356
Acides gras, 3, 143 Actine, filaments (fins) d’, 584, 631, 633f technique de l’ADN recombinant et, 447-455
activation, 217, 218f Actine, filaments d’, 695 chromosomique, 366f, 369t, 370f
dans les membranes, 475 Activateur tissulaire du plasminogène, (alteplase/t-PA), complémentarité, 356, 357f, 452
effet sur l’absorption du calcium, 537 67, 681, 682f contrôle de l’intégrité, 384-385
essentiels, 225, 231, 231f, 232 Activateurs dans la chromatine, 366f, 367-368, 367t, 368f
déficit en, 232 et régulation de l’expression génique, 423-444, 424. dans la synthèse de l’ARN, 377-381
métabolisme anormal des, 235 Voir aussi Amplificateurs, Enhancers/Éléments dans les nucléosomes, 365, 365f, 366, 367, 368f
production de prostaglandine, 233 enhancers dépurination, réparation par excision de base et,
insaturés. Voir Insaturés, acides gras Activation, énergie d’, 73, 74 383
interconversion, 143 Activation, enzyme d’, dans l’ubiquitinylation, 579 double-brin, 354-355, 356, 356f, 357
la carnitine dans le transport des, 217, 218f Activation, enzymes modifiant la barrière d’énergie d’, forme relaché, 356
libres. Voir Acides gras libres, 75 information génétique, 353-356
métabolisme, 158, 159f Actomyosine, 631 mitochondrial, 372, 372f, 372t
nomenclature, 147, 147f Acyl-CoA déshydrogénase des acides gras à chaîne mutations, 364, 372-375. Voir aussi Mutations
non-estérifiés (libres). Voir acides gras libres moyenne, déficit en, 218 réarrangements permettant la diversité des anti-
oxydation, 217-219. Voir aussi Cétogenèse Acyl-CoA déshydrogénase, 122, 218, 218f corps, 374
aspects cliniques de l’, 223-224 dans l’activation des acides gras, 218f, 219 recombinant. Voir Recombinant ADN/technologie
dysfonctionnements causes d’hypoglycémie, dans la synthèse de triacylglycérol, 239, 255, 255f de l’ ADN recombinant
223 des chaînes-moyennes, déficit en, 224 régions codantes, 370, 370f
libération de l’acétyl-CoA et, 158, 159f, 217-219, Acyl-CoA :cholestérol acyltransférase (ACAT), 265 relation avec l’ARNm, 370f
218f Acylcarnitine 217, 217f renaturation, appariement des bases et, 355-356
propriétés physiques/physiologiques, 149 Acyles, protéine de transport des, (ACP), 226, 227f réparation des lésions double brins, 383-384, 384t,
saturés, 147, 148t, 149 synthèse à partir de l’acide pantothénique, 226, 385f
source d’écosanoïdes, 233, 234f 557 réparation des mésappariements, 383, 383f, 383t,
synthèse, 225-228, 226f, 227f. Voir aussi Lipoge- Acylglycérol, 239 384t
nèse aspects cliniques, 243-244 réparation par excision de bases, 383, 383f, 384t
cycle de l’acide citrique et, 168-175, 175f catabolisme, 238-239 réparation par excision de nucléotides, 383, 383f,
dans les mitochondries, 217, 218f métabolisme, 238-242 384t
extramitochondriale, 228 synthèse, 239-242, 239f réparation, 383-384, 384t, 579
métabolisme des glucides et, 158 dans le réticulum endoplasmique, 162, 162f réplication/synthèse, 356, 357f, 375-385, 375t, 376f,
trans, 149, 232-233 ADA bovine conjuguée au polyéthylène glycol, 759 382t
triacylglycérols (triglycérides) comme forme de ADA. Voir Adénosine désaminase amorce de l’ADN, 376f
stockage, 150, 150f Adduits, 716 bulle de réplication, formation, 379-380, 380f,
Acides gras libres, 147, 217, 248, 248t Adénine, 335t, 338t 381f
dans la cirrhose, 253 Adénomateux, polypes, 765 dans la phase S du cycle cellulaire, 380-383,
effet de l’insuline, 256 Adénosine, 335t 382f
effet du métabolisme du glucose, 256 appariement de bases dans l’ADN, 354, 355f fourche de réplication, formation, 376, 376f
effet sur la lipogenèse, 229, 230f conformères syn et anti, 335f initiation (amorçage), 378f
métabolisme, 248-249 dans la formation de l’acide urique, 348, 349f origine, 375
jeûne et, 166f, 166t, 167 Adénosine 3’-phosphate-5’-phosphosulfate, 337f, 337 reconstitution de la structure de la chromatine
régulation de la cétogenèse et, 221-222, 222f Adénosine désaminase et, 380
Acides gras, complexe de la synthase des, 226-228, déficit en, (ADA) 349 réduction des ribonucléosides diphosphates,
227f, 228f, 231 étude de cas, 758-759 346
Acides gras, élongation de la chaîne des, 229, 232f Adénosine monophosphate. Voir AMP réparation au cours de la, 383-384, 384t
Acides gras, glucides et synthèse des, 162 Adénosine triphosphate. Voir ATP rôle du complexe de l’ADN polymérase, 377t
Acides gras, oxydase des, 218 Adénovirus, virus associé à l’, 451 semi-conservative, 357, 357f
Acides gras, protéine de liaison aux, 217, 248 Adénylate cyclase, 517, 517t, 518, 763 semi-discontinue, 376f, 378f, 379
Acides gras, protéine membranaire de transport des, dans la lipolyse, 256, 257f séquençage, 441f
248 production d’AMPc, 189 séquences répétitives, 371
Acides gras, synthase des, 79 226-228 Adénylate kinase (myokinase), 118 séquences uniques (non répétitives), 371
Acido-basique, équilibre, 286 comme source d’ATP dans le muscle, 645 sillons, 355f, 356
Acidose dans la régulation de la néoglucogenèse, 199 stabilisation, 9
lactique. Voir Lactique, acidose Adényliques, transporteur de nucléotides, 134f, 134 structure, 343-346, 344f, 345f
métabolique et ammoniaque, 286 Adhérence cellulaire dénaturation pour l’analyser, 355
Acidurie molécules, 739, 739t en double-hélice, 9, 354-355, 355f
dicarboxylique, 224 rôle des glycosphingolipides, 243 surenroulé (superenroulé), 356, 380, 382f
méthylmalonique, 197 Adipeux, tissu, 147, 158, 255-256, 255f transcription, 356-357
orotique, 350 brun, 257-258, 258f transposition, 373-374
urocanique, 293 capture de l’énergie libre catabolique, 114, 132 ADN hélicase, 376f
Index 811

ADN ligase et technologie de l’ADN recombinant, ALA synthase érythrocytaire (ALAS2), 321 Allostériques, enzymes, 90-91, 164
449, 450t, 451f dans la porphyrie, 323t aspartate transcarbamylase un modèle d’, 90
ADN méthylase à spécificité de site, 448 ALA synthase hépatique, (ALAS1), 321 Allostériques, propriétés, de l’hémoglobine, 52
ADN polymérases, 375, 376f, 377, 456f dans la porphyrie, 323t, 324 ALP. Voir, Phosphatase alcaline
en génie génétique, 449t ALA synthase, 320 Alpha thalassémies, 57, 687t
ADN primase, 376f ALA. Voir Aminolévulinate Alpha-adrénergique, récepteurs, dans la glycogéno-
ADN sauteur, 374 Alanine, 19t, 283, 308 lyse, 192
ADN topoisomérases, 356, 381, 377f, 377t α-Alanine, 295 Alpha-aminé, azote.Voir Acides Aminés, azote des,
ADN-PK. Voir ADN, protéine kinase dépendant de l’ β-Alanine, 312-313 Alpha-cétoglutarate, 295
ADN-protéine, interactions, modèle du bactériophage dans la formation du pyruvate, 295 dans le catabolisme du squelette carboné des acides
lambda, 428-430, 428f pI, 20-21 aminés, 292f
ADN, combinaisons d’éléments d’, 438f synthèse, 277, 277f Alpha-fœtoprotéine,
ADN, altération Alanine aminotransférase, 67 comme biomarqueur tumoral, 741, 741t
par des agents environnementaux, 726 dans la synthèse de l’urée, 284, 284f alpha-Linolénique, acide, contre la carence en acides
par des rayons, 726 et jaunisse, 751 gras essentiels, 232
ADN, amplification de séquences et séquençage des valeur diagnostique, 66t Alpha-lipoprotéines. Voir aussi Lipoprotéines de
protéines, 31 valeurs de référence, 756t haute densité,
ADN, ARN polymérases dépendantes de l’, 389 Alanine transaminase. Voir Alanine aminotransférase déficit héréditaire en, 269t
ADN, élément de l’, modifiant l’expression génique, ALAS1 (ALA synthase hépatique), 321 Alpha-R, groupement, propriétés des acides aminés
424 et porphyrie, 323t, 324 modifiées par leur, 21-22
ADN, éléments régulateurs, 436f Albumine, 584, 617, 654, 655 656 alpha-SNAP, 582
ADN, fingerprinting, (empreinte), 465 combinaison avec les acides gras libres, 216, 247t, alpha-Thalassémies, 687t
ADN, footprinting (empreinte à la DNase), 465 248-249, 656 Alpha-tocophérol. Voir Tocophérol
ADN, lésions, 718 liaison de la bilirubine conjuguée, 329 alpha-Tubuline, 649
ADN, motifs de liaison à l’, et facteurs de transcrip- liaison du cuivre, 664 Alpha, anomères, 139
tion, 439t valeurs de référence, 756t Alpha, hélice, 38-39
ADN, protéine kinase dépendante de l’, 384 Albumine/globuline, rapport (rapport A/G), 753 alpha2-Macroglobuline, 656
ADN, sondes, pour diagnostiquer une porphyrie, 323 Albuminurie, 617 Alport, syndrome d’, 614
ADN, transfection d’, endocytose lors de la, 488 Alcalose métabolique, ammoniac dans l’, 286 ALT. Voir Alanine aminotransférase
ADN, virus à, 728 Alcalose, rôle de l’ammoniaque, 286 Altéplase (activateur tissulaire du plasminogène/t-PA),
ADNc, banque d’, 452 Alcaptonurie, 300 681, 677f
séquençage d’, pour l’analyse des glycoprotéines, 522t Alcool déshydrogénase, 771, 772f Altitude, adaptation à la haute, 55
ADNc, de l’érythropoïétine humaine, 689 dans la stéatose hépatique, 254 Alu, famille, 371, 374
ADNdb. Voir ADN double brin Alcool éthylique. Voir Éthanol Alzheimer, base génétique sporadique de la maladie
ADP-chaperon, complexe, 578. Voir aussi Chaperons Alcoolisme d’, 762
ADP-ribose, NAD comme source d’, 553 et cirrhose, 253 Alzheimer, maladie d’, perturbations affectives et
ADP-ribosylation, 553, 763, 763f, 764f et glycosylation de la transferrine, 659 comportementales, 762
ADP, 335f et stéatose hépatique, 254 Alzheimer, plaques amyloïdes et maladie d’, 668t, 760,
dans le contrôle respiratoire, 153 Aldéhyde déshydrogénase, 122 761f
myosine, contraction musculaire et, 568, 568f dans la stéatose hépatique, 255 anamnèse et examen clinique, 760
ADPase, 684, 684t Aldolases causes, 759-760
Adrénaline, 496. Voir aussi Catécholamines aldolase B, 209, 211f étude de cas, 759-762, 761f
biosynthèse, 504, 504f déficit, 213 traitement, 760
dans la régulation de la lipogenèse, 230 dans la glycolyse, 178, 179f Amadori, produits d’, 718
dans la régulation de la néoglucogenèse, 198 déficit en aldolase A, 183 Amadori, réarrangement d’, 602
effet sur la glycémie, 202 Aldose réductase, 211, 211f, 214 Amaigrissement, 158
synthèse, 311, 314f Aldoses, 138, 138t, 140f Ames, test d’, 728f
Adrénergiques, récepteurs, dans la glycogénolyse, structure cyclique, 138f Amidon, 142, 141f
192 Alignement de séquences multiple, 102 hydrolyse, 534
Adrénocorticotrope, hormone (ACTH) 755 Alimentation normale, état d’, et carburants alimen- indice glycémique, 534
et hypercortisolisme, 754, 754t taires, 158, 164-167, 166t Aminoacyl-ARNt synthétases, 409, 410f
Adrénoleucodystrophie néonatale, 573, 574t Alimentation, thermogenèse induite par l’, 257 Aminoacyl-ARNt, dans la synthèse protéique, 410
Aérobie, glycolyse, 697 Alimentation. Voir aussi Nutrition Aminoacyle (A/accepteur), site, liaison de l’aminoa-
comme source d’ATP musculaire, 646-647 effet sur le taux de cholestérol, 268, 269 cyl-ARNt, 418, 419f
taux dans les cellules cancéreuses, 740 régulation de la glycémie et, 200 Aminoacyles, résidus, 18, 22
Aérobie, métabolisme, 780 riche en graisse et stéatose hépatique, 253 et sructure peptidique, 22
Aérobie, respiration, cycle de l’acide citrique et, 172 sécrétion des VLDL hépatiques et, 253, 254f l-α-Aminoadipate, 300f
Aérobies, conditions, 184 très pauvre en glucides entrainant l’amaigrisse- l-α-Aminoadipate-δ-semialdéhyde, 300f
et formation d’ATP musculaire, 645-646 ment, 203 Aminolévulinate déshydratase, 320, 319f
AFP. Voir Alpha-fœtoprotéine, Aliments solides, 763 dans la porphyrie, 323, 323t
Agammaglobulinémie, 672 Allergiques, réactions, dues à l’absorption de peptides, Aminolévulinate synthase, 320, 321, 319f
AGE. Voir Glycation, produits avancés de 534 dans la porphyrie, 322f, 323, 323t
Agrécane, 625 Allopurinol, 340, 338f, 348, 351, 772 Aminolévulinate, 320, 319f
Agrégation, prévention de l’, 579 Allostérique, régulation, de la catalyse enzymatique, dans la porphyrie, 333
Agrégats, formation, 45 89-90, 90f, 164f Aminopeptidases, 537
Agrégées, protéines, effets toxiques, 718 régulation de la néoglucogenèse et, 198-199 Aminophospholipides et asymétrie membranaire,
AHG. Voir Antihémophilique Facteur A/globuline Allostérique, site, 90 478
Aiguë, protéines de la phase, 540, 656, 657t Allostériques, activateurs, 198 Aminotransférases (transaminases), 175, 174 f
la vitamine A comme régulateur négatif, 542, 545 Allostériques, effecteurs/modificateurs, 43f, 164 dans la biosynthèse de l’urée, 284, 284f
AINS. Voir Non stéroïdiens, médicaments antiinflam- et régulation de la néoglucogenèse, 198-199 signification diagnostique, 66t
matoires négatifs, 89. Voir aussi Rétroinhibition Aminotransférases érythrocytaires, (transaminases),
Ajustement induit, modèle de l’, 62, 62f seconds messagers en tant qu’, 90-91 pour déterminer le statut en vitamine B6, 551
812 Index

Ammoniaque Analogues de substrat dans l’inhibition compétitive, Anti-TSH récepteur, anticorps, 755
dans l’équilibre acido-basique, 286 80 Antiamariles, médicaments, inhibiteurs du folate,
détoxification, 285 Anaphylaxie et substance à réaction lente, Voir 556
élimination de l’azote sous forme d’, 284f, 285 SRS-A Antibiotiques
excès, 283 Anaphylaxie, substance à réaction lente de l’, 237 de type inhibiteurs de folate, 555
fixation par la glutamine synthase, 285, 285f Anaplérotiques, réactions, dans le cycle de l’acide effets sur la synthèse protéique bactérienne, 421
intoxication par l’, 285 citrique, 174 sucres aminés dans les, 141
Ammoniaque, taux sanguin et défaillance hépatique, Ancrage moléculaire, (docking), programme de, 44, traitement par, 759, 765, 777
752 103 Anticancéreux, agents, 743, 743t
Ammonium, ion, valeurs de valeurs de pK/pKa, 15t Ancre, 578 cibles, 742f
Amobarbital, effet sur la phosphorylation oxydative, Andersen, maladie d’, 190t effets secondaires, 742
127 Androgènes Anticancéreux, médicaments, effet sur la différencia-
AMP cyclique, 190, 191f, 337, 337f, 338t aromatisation périphérique, 500 tion, 743t
comme second messager, 189 synthèse, 499-500, 499f Anticancéreux, médicaments, effet sur les modifica-
dans la néoglucogenèse, 198, 199, 199f, 202 Anémies, 56 tions épigénétiques, 743t
dans la régulation du métabolisme du glycogène, carence en fer, 537, 556, 662 Antichymotrypsine, 652t
190-192, 191f, 192f causes, 686, 687t Anticoagulants (coumarine), 680
effet sur la contraction du muscle lisse, 643-644 définition, 686 Anticodon, région, de l’ARNt, 408, 410f
phosphoprotéines phosphatases et, 519 de Fanconi, 343 Anticonformères, 336, 335f
protéines kinases et, 518, 519 falciforme. Voir Anémie falciforme Anticorps, 651, 654. Voir aussi Immunoglobulines
rôle de l’adénylate cyclase, 189, 517, 517t, 518 hémolytique, 177, 183 diversité, 670-671
AMP cyclique, protéine de liaison à l’élément de due à des carences, 205, 211-212 monoclonaux, production par hybridomes, 672
réponse à l’, (CREB), 518 et hyperbilirubinémie/jaunisse, 328, 329t Antifolate, médicaments, affectant la synthèse des
AMP cyclique, protéine kinase dépendante de l’, 42f. et peroxydase, 209, 209f nucléotides puriques, 344, 351
Voir aussi Protéine kinases niveaux d’haptoglobine associés, 657 Antigènes, 594
AMP cyclique, protéine régulatrice dépendante de l’, mégaloblastique Antigénicité, altération par les xénobiotiques et lésion
(protéine activatrice de gène régulée par les cataboli- par carence en folate, 556 cellulaire, 768, 709f
tes), 426 par carence en vitamine B12, 556 Antigénique, déterminant, (épitope), 41
AMP, 335f, 335t, 336f 343f pernicieuse, 547t Antihémophilique, facteur A/globuline, 678t
coenzymes dérivés, 338t prévalence, 686 déficit, 680
comme régulateur de la PRPP glutamyl amido- Anémie falciforme, 687t Antihémophilique, facteur B (facteur IX), 678t
transférase, 344, 345 analyse de familles, 458f
déficit, 680
conversion de l’IMP en, 342, 344f Anémie pernicieuse, 543
effet des médicaments coumariniques, 680
cyclique. Voir AMP cyclique Anémies hémolytiques, 178, 184, 212
Antihormonaux, agents, effet, 743t
énergie libre d’hydrolyse, 116 analyses de laboratoire, 692t
Antimicrosomiques, anticorps, (anti peroxydase thy-
rétrorégulation, 344-346, 345f causes, 692f
roïdienne), 754
structure, 336f dues à un déficit en glucose-6-phosphate déshy-
Antimycine A, effets sur la chaîne respiratoire, 132
AMPc, 763, 763f, 764f. Voir aussi AMP cyclique drogénase, 205, 211-212, 691
Antioxydantes, propriétés, de l’acide urique, 772
Amphiboliques, voies/processus, 158 évènement en chaîne possible, 691f
Antioxydants, 125, 154
et cycle de l’acide citrique, 173 et peroxydase, 209, 209f, 211
aliments, 561-564
Amphiphiles, hélices, 38 hyperbilirunémie/jaunisse dans les, 328, 329t
rétinoïdes et caroténoïdes, 153, 543, 549
Amphiphiles, lipides, 155, 155f niveaux d’haptoglobulines dans les, 657
Aneuploïdie, 726, 726f vitamine C, 154
dans les lipoprotéines, 248, 248f
dans les membranes, 154, 155f, 475-476, 475f Angelman, syndrome d’, 283 vitamine E, 125, 154, 545,
Amphiphiles, repliement et molécules, 9 Angiogenèse, stimulation par les cellules cancéreuses, Antiparallèles, boucles, des ARNm et ARNt, 410
Ampicilline (Amp), gènes de résistance à l’, 451 738 Antiparallèles, brins, de l’ADN, 355, 355f
Ampicilline, 451 Angiotensine Antiparallèles, feuillets β-plissés, 39, 39f
Amplificateur, (enhancer) enzyme de conversion, 507 Antiport, systèmes, 483, 483f, 591
éléments de répone, 436f inhibiteurs de l’enzyme de conversion, 509 α1-Antiprotéase, dans l’emphysème et l’hépatite, 701
enhancer/élément enhancer, 434 Angiotensine II Antiprotéase, inhibiteur, 701
insertion, 728, 728t biosynthèse, 507 Antiprotéases, 701, 702
propriétés, 436f formation et métabolisme, 508f Antithrombine/antithrombine III, 657t, 680
protéines de liaison, 436 Angiotensinogène, 508 liaison de l’héparine, 680
Amylases, 59 Anhydride d’acides, liaisons, 337 α1-Antitrypsine dans l’emphysème, 666
dans l’hydrolyse de l’amidon, 534 Anhydrides d’acides, potentiel de transfert de groupe α1-Antitrypsine dans l’hépatite, 666
Amyloïde A sérique (SAA), 667 des, 337 α1-Antitrypsine, dans l’emphysème et maladie hépati-
Amyloïde, hypothèse de la cascade, 761 Anionique, trou, 756 que, 666-667
Amyloïde, peptide β (Aβ42), 760-761, 7611f valeurs de référence, 755t Aorte, 615
agrégation, 761 Anions, protéine échangeuse d’, (bande 3), 689 APC. Voir C, Protéine, activée
Amyloïde, protéines précurseurs, 46, 760, 761f Ankyrine, 694t, 695 Apicales, protéines, 584
dans la maladie d’Alzheimer, 46 Anomérique, atome de carbone, 134-135 Apo A-I, 248t, 248
Amyloïdose familiale, 667 Ansérine, 309, 310f, 312 déficits en, 269t
Amyloïdose primaire, 667 Antérograde, transport, (COPII), 581, 583f Apo A-II, 247, 248t
Amyloïdose secondaire, 667 Anthracycline iodée, 668 action sur la lipoprotéine lipase, 251
Amyloïdose, 653 Anti-angiogéniques, agents, 743t Apo A-IV, 248t, 248
Amylopectine, 142, 143f, 534 Anti-apoptotiques, gènes, surexpression, 737 Apo B-100, 248t, 247
Amylopectinose, 190t Anti-peroxydase thyroïdienne (antimicrosomiques), dans le métabolisme des LDL, 250f, 251
Amylose, 142, 143f anticorps, 776 régulation, 265
Anaboliques, voies/anabolisme, 114, 158. Voir aussi Anti-thyroïdiens, autoanticorps, 755 Apo B-100, récepteurs de, dans le métabolisme des
Endergonique, réaction ; Métabolisme Anti-thyroperoxydase, anticorps, 776 LDL, 251
Anaérobies, conditions, 648 Anti-TPO, anticorps. Voir Anti-thyroperoxydase, Apo B-48, 248t, 247
Analbuminémie, 657 anticorps Apo C-I, 248t, 247
Index 813

Apo C-II, 248t, 247  utations dues à son changement, 410f, 411-412,
m Aspartate19t, dans la catalyse covalente, 62
dans l’activité de la lipoprotéine lipase, 251 412f, 425 Aspartique, acide, 19t
Apo C-III, 248t, 247 et technologie de l’ADN recombinant, 456 pI, 20-21
action sur la lipoprotéine lipase, 251 maturations, 400 Aspartique, famille des protéases à acide, dans la cata-
Apo D, 248t, 248 et synthèse protéique, 358-359, 359t lyse acido-basique, 62
Apo E, 248t, 247, 251 relation avec l’ADN chromosomique, 370f Aspirine,
Apo E, récepteurs d’, ribosomique (ARNr), 360-361, 887, 389t action sur la cyclooxygénase, 233
dans la capture des résidus de chylomicrons, 250f, activité peptidyltransférase, 417, 417t action sur la synthèse des prostaglandines, 225
251 extinction, 463 actions antiplaquettaires, 682-684
dans le métabolisme des LDL, 251, 253, 254f petits, 361-362 AST. Voir Aspartate aminotransférase (transaminase)
Apo-transcétolase, activation de l’, pour mesurer le petit, nucléaire (snARN), 359t, 361, 388, 389t, 465 Asthme, leucotriènes et, 149
statut nutritionnel en thiamine, 552 épissage, 401-402 Asymétrie
Apolipoprotéines/apoprotéines, 247 structure, 357-362, 358f, 360f, 361f dans les membranes, 478
distribution, 247t, 248 synthèse, 354, 388-389 de la liaison de l’importine, 584
oxygénation de l’hémoglobine et, 51 initiation/élongation/terminaison, 389 des lipides et des protéines dans l’assemblage de la
de transfert (ARNt), 359-360, 361f, 388, 389t, 409- membrane, 584, 585f
Apomyoglobine, et encombrement stérique pour le
410, 409f intérieur-extérieur, 478
fer héminique, 51
aminoacyl, dans la synthèse protéique, 416 Asymétries régionales membranaires, 478
Apoprotéines. Voir Apolipoprotéines/apoprotéines
région anticodon, 408 Asymétrique, substitution, dans les porphyrines, 318,
Apoptose, 242, 243, 716, 761
maturation et modifications, 400 318f
aspects microscopiques, 735
ARN, édition, 405 Ataxie télangiectasique, 384
définition, 735
ARN, maturation alternative, 444-445 ATCase. Voir Aspartate transcarbamylase
et p54, 384 ARN, profilage des transcrits, et des protéines, 463
modes d’évasion des cellules cancéreiuses, 71, 735 Athérosclérose, 247, 684, 780
ARN, virus à, 728 cholestérol et, 152, 260, 268
principales caractéristiques, 737t ARNr. Voir Ribosomique, ARN
schématisation, 736f concentration plasmatique des LDL et, 252
ARNt, bras supplémentaire, 361, 361f facteurs de risque, 779
versus nécrose, 735 ARNt, Voir Transfert, ARN de
Apoptotiques, programme de mort des cellules, 717 HDL et, 251
Aromatiques, hydrocarbures, hydroxylases des, 706 hyperhomocystéinémie et suppléments d’acide
APP. Voir Amyloïde, protéines précurseurs de l’, Arrêt de transfert, signal d’, 577
Appariement flottant (Wobble), 410 folique pour sa prévention, 556
Arrêt/ transfert, signal d’, 577
Aquaporines, 480 lysophosphatidylcholine et, 151
Arrimage (docking), dans l’importation nucléaire.
Arabinosyl cytosine (cytarabine), 338, 339f Atlas de séquences et de structures protéiques, 99
Voir Docking
Atorvastatine, 269
Arachidonique, acide, arachidonate, 149, 149f, 232, Arrimage (docking), protéine de,. Voir Docking
ATP, 115-116, 335f, 337, 572, 573
231f Arrimage moléculaire (docking), programme de. Voir
à partir de l’énergie libre du catabolisme, 132
formation des eicosanoïdes, 233, 233f, 234f, 235f Docking
contrôle respiratoire et maintien de l’apport de,
rôle dans la carence en acides gras essentiels, 232 ARS (séquences de réplication autonome), 376, 465
175
Arachnodactylie rétractile congénitale, 615 Arseniate, effet sur l’oxydation et la phosphorylation,
dans la synthèse des purines, 342, 342f
Argentaffinome (carcinoïdes), sérotonine et, 310 180
dans la synthèse et l’importation des protéines
Arginase, 287t Arsénite, effet sur l’oxydation et la phosphorylation,
mitochondriales, 578
dans la synthèse de l’urée, 295f 184
Artériel, analyse gazeuse du sang, valeurs de référence, dans le couplage, 115
maladies la concernant, 289
756t dans le cycle de l’acide citrique, 171f, 173, 183,
Arginine, 20t, 308
Artérielle, paroi, 623 184t,
catabolisme, 293, 295f
Arthrite goutteuse, 349 dans le transfert d’énergie libre de processus exer-
dans la synthèse de l’urée, 293 goniques à endergoniques, 115, 117f
métabolisme, 308f Arthrite rhumatoïde, 606, 609
Arthropathie de l’hémochromatose, 774 dans le transport actif, 486-487, 487f
Argininosuccinicacidurie, 289 énergie libre de son hydrolyse, 115, 116
Arginosuccinate lyase Ascorbate, 209, 210f, 558
Ascorbique, acide (vitamine C), 206, 548 et contraction musculaire, 631-632, 634, 637
dans la synthèse de l’urée, 286, 287f sources multiples, 646f
déficit, 289 carence, 557
effets sur le collagène, 48, 576 et dégradation des protéines, 282
Arginosuccinate synthase, 289 hydrolyse
déficit, 289 comme antioxydant, 160
dans la synthèse du collagène, 48, 576 lors de la contraction musculaire, 634, 646
Arginosuccinate, dans la synthèse de l’urée, 288-289, par NSF, 583
Asialoglycoprotéines, récepteurs des, dans l’insertion
287f issu du contrôle respiratoire, 132t, 133
cotraductionnelle, 577f, 577
Armature, « scaffold », 613 phosphorylation oxydative, 645
Asparaginase dans le catabolisme de l’azote des acides
ARN amorce dans la synthèse d’ADN, 378f production de pyrophosphate inorganique, 117
aminés, 292-293, 293f
ARN nucléaire, maturation, 442 production par l’oxydation des acides gras, 217,
Asparagine synthétase, 277, 278f
ARN polymérases, 433 Asparagine, 19t 218, 219
dépendantes de l’ADN et synthèse d’ARN, 390 dans le catabolisme de l’azote des acides aminés, ATP synthase, 127, 127f, 128f
ARN-ARN hybrides, 362 292, 293 ATP-citrate lyase, 175, 175f
ARN-ARN, duplex imparfaits, 362 synthèse, 277, 277f et acétyl-CoA pour la lipogenèse, 228
ARN, 354 358-363, 389-390 Aspartate ATP, transporteur-1 à cassette de liaison à l’, 252, 252f
dans la chromatine, 365 catabolisme, 292, 292f, 293 ATPase, 487, 487f
classes/types, 359-362, 388 dans la synthèse de l’urée, 286 dans le transport actif, 502, 502f
complémentarité, 358, 358f, 360 synthèse, 277, 277f mutations dans le gène de celle de type P fixant le
hétérogène nucléaire (hnARN), 362 Aspartate aminotransférase (AST/SGOT) cuivre
messager (ARNm), 359, 359f, 360f, 388, 389t, 407 signification diagnostique, 66t, 67 responsable de la maladie de Menkes, 665
épissage alternatif, 402 valeurs de référence, 756t responsable de la maladie deWilson, 665
signification des codons, 408t, 409 Aspartate transaminase. Voir Aspartate aminotransfé- protéines chaperons à activité ATPase, 598
séquence nucléotidique, 408 rase Atractyloside, effet sur la chaîne respiratoire, 132,
polycistronique, 425 Aspartate transcarbamylase, 90 133f
micro (mi) et petit interférant (si), 362 dans la synthèse des pyrimidines, 347f, 348 Auto association par interactions hydrophobes, 9
814 Index

Auto-assemblage dans la synthèse des bicouches lipi- Bénigne, tumeur, 765 Biochimiques, analyses médicales. Voir aussi Labora-
diques, 477 Benzo(a)pyrène, structure, 727f toires, analyses de
Auto-oxydation. Voir Peroxydation Bériberi, 543 utilité, 749
Autoanticorps, dans la myasthénie, 776 Béribéri, de Soshin, 552 valeurs de références, 755-756t
Autoimmune, maladies, 555 bêta Thalassémies, 57, 687t Biocytine, 557
Autoradiographie, définition de l’, 465 beta-Alanyl dipeptides, 312 Bioénergétique, 114. Voir aussi ATP
Autosomique récessive, maladie, 759, 766, 774, 786 beta-Alanyl imidazole, 313 Bioéthique, 5
Autotrophes, organismes, 115 beta-Aminoisobutyrate, 312 Bioinformatique, 5, 97-98, 464
Avidine, cause de déficit en biotine, 557 bêta-Globine, groupe des gènes de, représentation biologie assistée par ordinateur, 101
Axiaux, rapports, 37 schématique, 457f cellules virtuelles, 104-105
Axonémale, dynéines, 650 béta-Hydroxybutyrique, acide, 342, 351f conception de médicaments assistée par ordina-
5- ou 6-Aza-uridine, 338 bêta-Lipoprotéines, 247. Voir aussi Lipoprotéines de teur, 103-104
5- ou 6-Azacytidine, 338 faible densité définition, 5, 97-98
5’-Azadésoxycytidine, 738, 743t bêta-Oxydation, des acides gras, 217-219, 218f fonction protéique et, 33-34
8-Azaguanine, 338, 338f et régulation de la cétogenèse, 221-222, 222f génomes et médecine, 97
Azathioprine, 339, 339f modifiée, 218f, 219 identification de « protéines inconnues », 102
Azote uréique, taux sanguin, valeurs de référence, bêta-Thalassémie, 458, 687t identification de protéines, 101
753t altérations structurales, 457t Projet Génome Humain, 97
Azoté, équilibre, 540 bêta-Tubuline, 649 ressource génomique en, 99
Aβ42. Voir Amyloïde β, peptide bêta, Anomères, 139 Bioingénierie, 5
bêta, Feuillets, 39 Biologie assistée par ordinateur, 101-104
de Aβ42, 761 définition, 101
B génomes et médecine, 97
bêta, Sous-unités, de l’hémoglobine et myoglobine, 57
bêta2-Microglobuline, 662 Projet Génome Humain, 97
B, gène, codant la Gal transférase, 697 ressources génomiques, 101
Bevacizumab, 743t
b, sous-unité de la SRP-R, 575 Biologie moléculaire, 30. Voir aussi recombinant,
BglII, 449t
B, sous-unité de SRP-R, 575 ADN ; Technologie de l’ADN recombinant
BHA. Voir Hydroxyanisole butylée
B, substance, groupe sanguin, 696, 697f, 697 Biologie, 4
BHT. Voir Hydroxytoluène butylé
B, vitamines. Voir Vitamines B, complexe Biomarqueurs, 656
Bi Bi, réactions, 82
B, vitamines. Voir Vitaminique, complexe, B Biomolécules. Voir aussi rubriques spécifiques
BAC, vecteurs. Voir Bactérien, chromosome artificiel, et cinétique de Michaelis-Menten, 82
modification structurale par l’eau, 7-8, 8-9
(vecteur BAC) Bicarbonate, 768
réaction avec les espèces réactives de l’oxygène, 715f
Bactérien, chromosome artificiel, (vecteur BAC), 450 dans le liquide extra- et intra-cellulaire, 474t
stabilisation, 9
Bactérienne, ARN-polymérase, ADN-dépendante, 393 Bicouches, épaisseur des, 586
Biophysique, 5
Bactériens, plasmides, 450 Bicouches, lipidiques, 475-476, 476f
Biotechnologie, 5
Bactériens, promoteurs, dans la transcription, 392f et protéines membranaires, 477-478
Biotine, 557
Bactéries Bile, sécrétion de bilirubine dans la, 325, 325f
carence, 556-557
cycle de transcription des, 390 Biliaire, hyperbilirubinémie/jaunisse par obstruction
comme groupement prosthétique, 59
intestinales et déconjugaison de la bilirubine, 326- de l’arbre, 327, 327t
dans la synthèse du malonyl-CoA, 226, 226f
327 Biliaires acides (sels), 267-268
BiP. Voir Immunoglobulines, protéine de liaison de la
Bactériophage, définition, 465 dans la digestion et l’absorption des lipides, 535
chaîne lourde des
BAL. Voir Dimercaprol recirculation entérohépatique, 268
2,3-Bisphosphoglycérate (BPG) stabilisation de la
BAL31, nucléase, et génie génétique, 450t secondaires, 267, 267f structure T de l’hémoglobine par, 55
Balance azotée négative, 540 synthèse, 266-268, 267f Bisphosphoglycérate mutase, dans la glycolyse
Balance azotée positive, 540 régulation, 267f, 268 érythrocytaire, 180, 180f
BamH1, 448, 449 Biliaires, pigments, 327. Voir aussi Bilirubine 2,3-Bisphosphoglycérate phosphatase érythrocytaire,
Bandelettes tests jetables, 753 Bilirubine 180, 181f
Bandes A, 631 accumulation (hyperbilirubinémie), 327-330, 327t Blanc d’œuf cru, carence en biotine due au, 557
Banque, 465 capture par le foie, 325-327, 326f BLAST, 102
Barbiturates, effets sur la chaîne respiratoire, 132, conjugaison, 326, 326f blastn, 101
133f conjuguée bastp, 101
Basal, taux métabolique, 538 liaison à l’albumine et, 329 blastx, 102
Basales, lames, 612 réduction en urobilinogène, 326-327 BMI. Voir IMC
Bascule (flip-flop), des phospholipides, asymétrie des fécale, dans la jaunisse, 329t BMR. Voir Basal, taux métabolique
membranes et, 464 glucuronidation, 706 Bohr, effet, 54
Bases maladie de la forme non conjuguée, 328 dans la méthémoglobine, 55
comme accepteurs de protons, 11 production par catabolisme de l’hème, 324-325, Bordure en brosse, enzymes de la, 534
conjuguées, 12 325f Botanique, 1
faibles, 12 sécrétion dans la bile, 326, 326f Botulinique, toxine B, 584
fortes, 12 urinaire, dans la jaunisse, 329, 329t Boucles, (conformation des protéines), 38-39
Base conjuguée, 13 valeurs normales, 329t Boucles, domaines en, de la chromatine, 367f, 369
Bases de données, 98 Bilirubine non conjuguée, cause de maladies, 328 Bourgeonnement des vésicules, 581, 586
Bases faibles, 12 Biliverdine réductase, 325 BPG. Voir 2,3-Bisphospho-glycérate
Bases fortes, 12 Biliverdine, 325, 325f Branchement, point de, 187
Bases, appariement des, de l’ADN, 10, 355-356, 355f Bimoléculaire, couche membranaire, 476. Voir aussi Bréfeldine A, 584
conforme pour la renaturation, 355-356 Bicouche lipidique Brin direct/précoce, dans la réplication de l’ADN,
Bases, réparation de l’ADN par excision de, 383f, 384t, Biochimie, 2-6 376f, 377
384 approches expérimentales et méthodes, 2t Brin retardé (rétrograde), dans la réplication de
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), 102 base de la physio-pathologie, 2-5 l’ADN, 376f, 377
Basolatérales, protéines, 584 définition, 1 Burkitt, lymphome de, translocation réciproque impli­
Becker, myopathie de, 639 770 et projet Génome Humain, 4-5, 4f quée, 730f
Bence Jones, protéine de, 672 relations avec la médecine, 1-2, 2, 3 Butyrique, acide, 148t
Index 815

C Canalisation, dans le cycle de l’acide citrique, 164 Carbamates de l’hémoglobine, 54


Canalopathies, 641 Carbamyl phosphate
C-réactive, protéine, 656, 657t, 750, 780 Canaux aqueux, 486 dans la synthèse de l’urée, 286, 287f
C-terminal, domaine de liaison, 39 Canaux ioniques contrôlés mécaniquement, 642t énergie libre d’hydrolyse, 116t
C20, acides polyinsaturés à l’origine des eicosanoïdes, Canaux ioniques dépendant d’un facteur, 479 excès de, 350
233, 234f, 237 Cancer, 557 Carbamyl phosphate synthétase
Ca2+-Na+ échangeur, 640 agents anticancéreux, 741-742, 741t carbamyl phosphate synthétase I, 286
CADD. Voir Médicaments, conception assistée par aspects immunologiques, 743 carbamyl phosphate synthétase II, dans la synthèse
ordinateur causes, 726 des pyrimidines, 346, 347f
Caféine, 336, 337f et métastases, 738-740 dans la synthèse de l’urée, 286, 287f
gènes oncogènes et suppresseurs de tumeur, 728- déficit, 288
et régulation hormonale de la lipolyse, 256
731 Carbone, dioxyde de,
Cage, substrat en cage, 44
implication des mitochondries, 740-741, 741f production par le cycle de l’acide citrique, 170-171,
Calbindine, 537
invasion, 738 172f
Calcidiol (25-hydroxycholecalciférol), dans le méta-
mécanismes épigénétiques, 737 transport par l’hémoglobine, 53
bolisme de la vitamine D, 550f
origine clonale, 725 Carbone, monoxyde de
Calciférol. Voir Vitamine D
prédisposition héréditaire, 734 effet sur la chaîne respiratoire, 132, 133f
Calcineurine, 639
prévalence, 724 effet sur la phosphorylation oxydative, 127
Calcinose, 549
prévention par les facteurs de risques modifiables, production par catabolisme de l’hème, 324
Calciques, canaux, dans le muscle cardiaque, 640
732, 732t Carbonique, acide, valeurs de pK/pKa, 13
Calcitonine, comme biomarqueur tumoral, 742, 742t
relation avec les facteurs de croissance polypeptidi- Carbonique, anhydrase, II (CAII), 624
Calcitriol-(l,25(OH)2-D3), 546, 547
ques, 732 Carboxybiotine, 557
biosynthèse
rôle des cellules souches, 737 Carboxylases, la biotine comme coenzyme des, 557
cutanée, 502, 503
types, 724 Carboxypeptidases, 537
hépatique, 503
Cancer colorectal héréditaire non polyposique Carcinoembryonnaire, antigène, 742, 742t, 750, 764
rénale, 503
(NPCC), 765 Carcinoïde (argentaffinome), effet de la sérotonine,
comme biomarqueur tumoral, 741, 741t 310
gènes de réparation des mésappariement et, 384t
et régulation de la concentration du calcium, 548 Cancer Genome Atlas, 101 Carcinoïde, syndrome, 553
Calcium, 549, 765 Cancer hormonodépendant et carence en vitamine Carcinome épidermoïde, 785
absorption, 537 B6, 554 Cardiaque, insuffisance, 151, 631
et métabolisme de la vitamine D, 537, 551 Cancer, cachexie du, 165, 181, 539 en cas de manque de thiamine, 551
dans l’activation plaquettaire, 682, 683f Cancer, chimiothérapie du Cardiaque, muscle, 631
dans l’hyperthermie maligne, 637 analogues synthétiques de nucléotides utilisés, 32è- Cardiaques, défauts de développement, 643
dans l’os, 556 338, 338f, 339f Cardiaques, glycosides, 140
dans la coagulation sanguine, 676, 676f, 678t inhibiteurs du folate, 555 Cardiaques, hypothèse du nombre de battements,
dans le liquide extracellulaire, 474, 474t neutropénie provoquée par la, 616 720
dans le liquide intracellulaire, 474, 474t Cancer, porphyrines dans la photothérapie du, 322 Cardiaques, troponines, 67
effet sur l’absorption du fer, 538 Cancer/cellules cancéreuses, 601, 605 Cardiolipine, 151f, 151
et contraction musculaire, 638 analyses par puces à ADN, 741 synthèse, 239, 239f, 241f
activation de la phosphorylase, 190 aneuploïdie, 733 Cardiomyocytes, vitesse de renouvellement, 713t
et réticulum sarcoplasmique, 640 anomalies de l’apoptose Cardiomyopathie dilatée, 639
dans le muscle lisse, 63 anomalies du cycle cellulaire, 733-734 Cardiomyopathie hypertrophique familiale, 642-643
et métabolisme de la vitamine D, 547 anomalies membranaires et, 491t Cardiomyopathies, 631, 641, 770
médiateur d’actions hormonales, 520, 521 biochimie, 740 Cardiovasculaire, système, 714
métabolisme, 520 colorectal, 763-765 Carence, maladie de. Voir aussi les différentes mala-
Calcium-dépendante, action hormonale, et métabo- cyclines et, 381 dies
lisme des phosphoinositides, 520 effet Warburg, 740 vitaminique, 542
Calcium-sodium, échangeur, 641 élévation de l’activité télomérase, 733 Carences vitaminiques multiples, 543
Calcium, ATPase dépendante du, 637 hormono dépendant et déficit en vitamine B6, 553 Cargo, protéines/molécules, 572
Calcium, protéines de liaison au, vitamine K, carboxy- instabilité génomique, 733 dans l’exportation, 572
lation du glutamate et modification postsynthétique, intérêt du séquençage pangénomique, 734-735 dans l’importation, 571, 572f
550-551 isozymes de la pyruvate kinase et glycolyse, 740f Carnitine
synthèse, 551f mécanisme d’échappement à l’apoptose, 736-737 dans le transport des acides gras, 216, 218f
Calcium/calmoduline, phosphorylase kinase sensible modifications biochimiques et génétiques, 725f déficit, 216, 223
au, dans la glycogénolyse, 192 propriétés métastatiques, 600 Carnitine palmityltransférase-I, 217, 217f
Calculs biliaires, 534 propriétés, 724, 725f dans la régulation de la cétogenèse, 222, 222f
de cholestérol, 267 stimulation de l’angiogenèse, 738 déficit, 223
Calculs rénaux (calculs d’urate), 773 taux de glycolyse aérobie, 740 Carnitine palmityltransférase-II, 217, 217f
Calculs, 773 Cancérigènes chimiques déficit, 223
Caldesmone, 644 directs et indirects, 727f Carnitine palmityltransférase, 217
Calmoduline, 519, 643 et cancers, 726-727 Carnitine-acylcarnitine translocase, 217, 217f
phosphorylase musculaire et, 190, 191f interaction avec l’ADN, 726 Carnitine, système de la, 134
Calmoduline-4Ca2+, dans la contraction du muscle sortes, 726t Carnosinase, déficit en, 313
lisse, 643-644 structures, 727f Carnosine, 312
Calnéxine, 579, 599 Cancérigènes directs, 727f Carnosinurie, 313
Calnéxine, modèle du cycle de la, 599 Cancérogenèse par agents chimiques 727 Carotène dioxygénase, 543
Calories, contrôle des, 765-766, 781-782 étapes, 727 Carotène, 559
Calréticuline, 597 Cancérogenèse, 725 Caroténoïdes, 543. Voir aussi Vitamine A
protéine du RE, 600 Cancers héréditaires, 735t Cartilage, 611, 613, 613f, 612t, 617f
Calséquestrine, 637, 638 CAP. Voir Catabolites, protéine de régulation génique composants, 625-627
CAM (molécules d’adhérence cellulaire), 739, 740t par les maladies métaboliques et génétiques, 625t
CAM. Voir, Adhérence cellulaire, molécules d’ Caproïque, acide, 148t représentation schématique, 626f
816 Index

Cartilage hyalin, principales protéines, 625 effet de la quantité d’enzyme, 88-89 Cérébrohépatorénal, syndrome de Zellweger, 224,
Cartilage nasal bovin, schéma, 627f flux métabolique et, 87, 87f 573, 575t
Caryophérine, 572 processus actifs et passifs impliquées, 87, 87f Cérébrosides, 243
Caryotype, 370f protéolyse dans la 89, 90f Céruloplasmine, 656, 661
Caspase, DNase activée par les, 736 rétro-inhibition (feedback), 89-90, 90f, 164 déficit, 659
Caspases, 736 rétro-régulation, 90, 164 signification diagnostique, 66t, 665
Cataboliques, voies/catabolisme, 114, 158. Voir aussi spécificité, 59 Cerveau, métabolisme du, 168t
Exergonique, réaction ; Métabolisme ; substances spé- Catalytique, constante (kcat), 78 nécessité du glucose, 164
cifiques Catalytique, efficacité, (kca/Km), 78 Cervonique, acide, 148t
énergie capturée à partir de la chaîne respira- Catalytique, site, 90. Voir aussi Actif, site Cétoacidose, 217
toire, 131f, 132 Catalytiques, conservation des résidus, 62f, 62, 64 dans le diabète sucré, 167
Catabolites, protéine activatrice du gène par les, 426 Cataracte diabétique du cristallin, fructose et sorbitol 3-Cétoacyl-CoA synthase, 226, 227f
Catabolites, protéine régulatrice par les, 517 dans la, 214 3-Cétoacyl-CoA thiolase, déficit en, 224
Catalases, 123, 691, 691t Cataractes, diabétiques, 214 Cétoamines, 602
comme antioxydant, 154 Catécholamines, biosynthèse, 504f Cétogenèse, 160f, 162, 220-224. Voir aussi Acides gras,
dans le métabolisme de l’azote, 285, 285f dopa décarboxylase, 504 oxydation des
Catalyse acido-basique, 70 dopamine β hydroxylase, 504 et HMG-CoA, 220, 221f
Catalyse acido/basique générale, 61 PNMT, 504 hauts niveaux d’oxydation des acides gras et, 219-
Catalyse acido/basique spécifique, 61 Catécholamines. Voir aussi rubriques spécifiques 221, 220f, 221f
Catalyse covalente, 60, 75 stockage/sécrétion, 510t régulation, 221-223, 222f
cas de la chymotrypsine, 63, 75 Cathepsines, dans la catalyse acido-basique, 62 Cétogéniques, acides aminés, 165
cas de la fructose-2,6-bisphosphatase, 64 Cation. Voir aussi les différents cations Cétoglutarate, transporteur de, 134, 133f
Catalyse par effet de contrainte, 61 passage des membranes, 134 Cétonémie, 222, 768
Catalyse par effet de proximité, 61 Cavéoles, 480 Cétonique, corps, 159, 160f, 161, 217, 220f
Catalyse/réactions catalytiques (enzymatiques). Voir Cavéoline-1, 480 acides gras libres comme précurseurs, 221
aussi Métabolisme CBG. Voir Corticostéroïdes, protéine de liaison des, en cas de famine, 166f, 166t, 167
acido-basique, 61 CBP, CBP/p300. Voir CREB, protéine de liaison à, lors du jeûne, 167
par la protéase du VIH, 62 CBP/p300 et voies de transduction de signaux, 527f un carburant des tissus extrahépatiques, 220-221,
au site actif, 62-63 CDK. Voir Cyclines, kinases dépendantes des, 222f
Bi-Bi, 82-83 CDKI/ inhibiteur des CDK-cyclines, intégrité de Cétonurie intermittente à chaînes ramifiées, 303
et cinétique de Michaelis-Menten, 82 l’ADN/chromosome et, 383 Cétonurie, 224, 768
cinétique, 74-75 CDR Voir Complémentarité, régions déterminant la des acides aminés à chaîne ramifiée (maladie des
changements d’énergie libre et, 73 CEA. Voir, Carcinoembryonnaire, antigène urines à odeur de sirop d’érable), 303
concentration du substrat et, 76 Cécité nocturne, provoquée par une carence en vita- Cétose 217, 222, 224
énergie d’activation, 72-73 mine A, 543, 548t cause de cétoacidose, 224
équilibre des équations, 71 Cécité, par carence en vitamine A, 545 dans le diabète sucré, 168, 224
et développement de médicaments, 83 Cellulaire, altération, rôle des EROS, 691 du bétail
états de transition et, 79 par des xénobiotiques, 635, 636f lactation et, 224
facteurs affectant la vitesse, 73 Cellulaire, biologie, 2 stéatose hépatique et, 253
inhibition compétitive vs. non compétitive, 79 Cellulaire, glucides et glycolipides de la surface, 152 durant le jeûne, 224
modèles, 77 Cellulaire, immunité à médiation, 654 lors de la lactation, 167
vitesse initiale, 76 Cellulaire, lyse, rôle du complément dans, 673 non pathologique, 224
coenzymes/cofacteurs, 59 Cellulaire, membrane. Voir Plasmique, membrane Cétoses (sucres), 138, 138t
conservation des résidus, 64 Cellulaire, reconnaissance, rôle des sphingolipides, CFTR, régulateur transmembranaire de la mucovisci-
constante d’équilibre et, 74 243 dose, 491, 765, 766, 767t
covalente, 61, 75 Cellulaires, protéines des membranes, 589 dégradation, 579
par la chymotrypsine, 63, 75 Cellule, 2 CFTR. Voir Mucoviscidose, régulation du canal trans-
par la fructose-2,6-bisphosphatase, 63f transport des macromolécules, 488-489, 488f, 490f membranaire de la,
de double transfert, 82 Cellule-cellule, communication, via les junctions Chaîne Ramifée, cétonurie à, (maladie des urines à
déplacement séquentiel, 82 communicantes, 490f odeur de sirop d’érable), 303
effet de la concentration en substrat sur la vitesse, Cellule-cellule, interactions, 474 fonction altérée du complexe de la décarboxylase
76 Cellule, migration, 616 des α-cétoacides, 305t
modèle de Hill, 77 Cellule, mort, 242, 243 Chaîne ramifiée, catabolisme des acides aminés à,
modèle de Michaelis-Menten, 77 Cellules souches 284, 303, 304f
groupements prosthétiques et, 59 définition, 686 maladies, 303
isozymes, 64 potence, 686, 687 Chaîne ramifiée, complexe de la décarboxylase des
mécanismes, 61-62 Cellules souches, 738 α-cétoacides à, 294t
étude par mutagenèse dirigée, 69 Rôle dans le cancer, 737 Chaîne, élongation de la,. Voir Élongation
groupements prosthétiques/cofacteurs/coenzy- Cellules souches, biologie, 5 Chaîne, initiation de la,. Voir aussi Initiation
mes impliqués, 59-60 Cellules souches, facteur des, 689 dans le cycle de la transcription, 390f
oxaloacétate et, 170 Cellules, fusion, 672, 786 Chaîne, terminaison de la,. Voir aussi Terminaison
par contrainte, 61 Cellulose, 142 dans le cycle de la transcription, 401f
par proximité, 61 Cellulose, acétate de, électrophorèse de zone sur, 654, Chaînes latérales des porphyrines, 318, 325f
ping-pong, 82 655f Chaînes légères
pour la détection des enzymes, 64-66 Centromère, 368, 369f gènes de celles des immunoglobulines, 670
régulation, 88-94, 163, 163f Céphaline (phosphatidyléthanolamine), 150f, 150 réarrangement de l’ADN et, 374-375
allostérique, 89-90, 90f, 163f, 164 asymétrie de la membrane et, 478 Chaînes lourdes de myosine, 643f
compartimentation, 87-88 synthèse, 239, 239f Chaînes Moyennes, déficit en acyl-CoA déshydrogé-
constante de Michaelis (Km), et, 87, 87f Céphalorachidien, liquide, (LCR), valeurs de réfé- nase des, 224
covalente, 89, 91, 92f rence, 757t Chaleur, de la chaîne respiratoire, 132
effet de la phosphorylation-déphosphorylation, Céramide, 152, 152f, 243-245, 243f Chaperonines, 45, 579
92f, 93t synthèse, 242-243, 243f Chaperons moléculaires. Voir Chaperons
Index 817

Chaperons, 45, 570-571, 571t transport, 265-266, 266f Chrome, 559t


activité ATPasique, 578 inverse, 252, 252f, 261, 265f, 268 Chromosome, (walking), promenade sur, 460
dans le tri des protéines, 568, 585t Cholestérol HDL, valeurs de références, 756t Chromosomes, 368-370
des histones, 367, 380 Cholestérol, clivage de la chaîne latérale et structures interphase, fibres de chromatine durant l’, 367
liaison des protéines dépendantes de l’ATP, 570, de base des hormones stéroïdes, 498f métaphasiques, 368f, 369, 369t
579 Cholestérol, dérivés du, 497f polytènes, 368, 368f
Charge nette des acides aminés, 20-21, 21f Cholestéryl esters, 153, 243, 261 vérification de leur intégrité, 384-385
Charge, (attachement) dans la synthèse protéique, dans le cœur des lipoprotéines, 248, 248f Chromosomique, instabilité, 731, 731f
409, 410f Cholestéryl ester hydrolase, 265 Chromosomique, intégration, 374, 374f
Chediak-Higashi, maladie de, 580t Cholestéryl ester, protéine de transfert des, 266, 266f, Chromosomique, recombinaison, 373-374, 373f, 374f
Chélation, thérapie de, 774 269 Chromosomique, translocation, 729, 730t
Chénodésoxycholique, acide, 267, 267f, 268 Choline, 150, 151f Chromosomique, transposition, 374-375
Chénodésoxycholyl CoA, 267, 267f, asymétrie membranaire et, 478 Chyle, 249
Cheveux crépus, maladie des (maladie de Menkes), dans la synthèse de la glycine, 278, 278f Chylomicrons, 161, 165, 247, 248t
665 déficit associé à la cirrhose, 253 apolipoprotéines des, 247t, 248
Chimérique, approche par gène, ou de fusion, 438 Cholinestérase, 760 dans le transport des triacylglycérols, 249, 249f,
Chimériques, molécules, 448, 449 Cholinestérase, inhibition de son activité, 760 250f
préparation utilisant des enzymes de restriction et Cholique, acide, 267 métabolisme, 161, 165f, 249-251, 250f
l’ADN ligase, 452 Cholurique, jaunisse, 327 Chylomicrons, résidus de, 248t, 247, 249f
Chimiosmotique, théorie, 133 Cholyl CoA, dans la synthèse des acides biliaires, 267, capture par le foie, 251
dans le contrôle de la respiration, 131f, 133 267f Chymotrypsine, 537
Chimiothérapie anticancéreuse Chondrodysplasie, bases moléculaires, 628 dans la catalyse covalente, 61-62
analogues synthétiques de nucléotides utilisés, Chondroïtine, sulfates de, 144f, 143, 618-619 dans la digestion, 535
337-338, 338f, 339f Chondronectine, 626 résidus conservées et, 64t
inhibiteurs du folate et, 555 Christmas, facteur de (facteur IX), 677, 678f, 580t, Chymotrypsinogène, 537
Chimiothérapie, médicaments classiques, 742 679t cI, protéine répresseur/gène du répresseur cI, 425,
Chitine, 143, 144f déficit en, 680 425f
Chloramines 701 effet des médicaments coumariniques, 680 Cibles, cellules
Chlore/chlorure Chromatides concept, 493-494
coefficient de perméabilité, 477f empaquetage des nucléoprotéines dans les, 368, déterminants de la concentration des hormones à
dans les fluides extra- et intra-cellulaires, 474, 474t 369t leur niveau, 494t
Chlorés, production d’oxydants, 701 sœurs, 368, 369f Cinétique enzymatique, 72-84. Voir aussi Catalyse/
Chlorophylle, 318 échanges entre, 374, 374f Catalytiques, réactions
Choc thermique, protéine de, comme chaperons, 44, Chromatine, 365-367, 367f, 366t concentration en substrat, 76-79
570 complexes modificateurs, 435 modèles de ses effets, 77-79
Cholécalciférol (vitamine D3) inactive, 368 dans le développement de médicaments, 83
dans le métabolisme de la vitamine D, 546 niveau supérieur d’organisation/compaction, 367, effet de l’énergie d’activation, 72-73
synthèse cutanée, 546 368f effet des variations d’énergie libre, 72
Choléra reconstitution lors de la réplication de l’ADN, 380 enzymes à substrats multiples et, 81
étude de cas, 656-657, 657f régions actives et inactives de la, 368, 368f équations équilibrées et, 71-72
toxine cholérique, 243 remodelage lors de l’expression génique, 432 états de transition et, 72-73
transport du glucose dans le traitement du, 487 remodelage, 737 facteurs affectant la vitesse de réaction et, 73-74
Choléra, traitement intraveineux, 763 Chromatides sœurs, 368, 369f inhibition compétitive vs non compétitive et,
Cholestatique, jaunisse, 329 échange de, 374, 374f 79-81
Cholestérol, 152, 153, 153f, 247, 535, 705 Chromatine active, 368, 367f, 432 saturation, 78
alimentaire, 266 Chromatographie d’absorption pour purifier les pro- sigmoïde (équation de Hill), 78
dans la synthèse des acides biliaires, 266-268, 267f téines/peptides, 34 vitesse initiale et, 76
dans la synthèse des hormones, 441-448, 441f, Chromatographie d’affinité Cinétique, théorie de la collision, 74
442f pour la purification des peptides/protéines, 28-29 Cinétiques sigmoïdes de saturation en substrat, éva-
dans les lipoprotéines, 246, 248f pour la purification des protéines recombinantes luation par l’équation de Hill, 79
dans les membranes, 475 de fusion, 68 Circadien, rythme, de la synthèse du cholestérol, 309
modèle de la mosaïque fluide et, 480 Chromatographie d’échange d’ions pour purifier les Cires, 147
dans les tissus, 153, 153f protéines/peptides, 27 Cirrhose, 771
facteurs modifiant son équilibre, 264-265, 265f Chromatographie d’exclusion de taille pour purifier alcoolisme et, 254-255
excès de. Voir Hypercholestérolémie les protéines/peptides, 26, 27, 28f de la grossesse, 199
excrétion du, 266-268, 267f Chromatographie de partage pour purifier les protéi- déséquilibre du métabolisme des triacylglycérols
métabolisme, 159, 159f nes/peptides, 28 et, 253-254
aspects cliniques, 264-268, 269t Chromatographie en phase inverse à haute pression non alcoolique, 2253
HDL dans le, 251-253, 252f pour purifier les protéines/peptides, 30 stéatose non alcoolique, 224
variations circadiennes, 264 Chromatographie liquide à haute performance Cirrhose aiguë, de la grossesse, 224
niveaux plasmatiques (HPLC) Cirrhose du foie, 171, 253, 771, 774
athérosclérose et coronaropathies et, 268 à phase inverse, pour purifier les protéines/pepti- Cisternale, maturation, 584
effets de changements alimentaires, 268 des, 26-27 Cistron, 425
effets des changements de style de vie, 268 Chromatographie liquide à haute pression, 27 Citrate
effets des traitements médicamenteux, 269 Chromatographie sur colonne pour purifier les pro- dans la régulation de la lipogenèse, 229
normaux, 269 téines/peptides, 27 dans le cycle de l’acide citrique, 170, 171f
synthèse, 261-264, 261f, 262f, 263f Chromatographie. Voir aussi les différents types Citrate synthase, 172, 173f
métabolisme des glucides et, 158 d’affinité Citrique, acide, cycle de l’, 117, 127, 164, 171-172,
régulation par la HMG-CoA réductase, 264, pour purifier des protéines chimériques recom- 1714f, 173f
264f binantes, 68 dans le métabolisme, 158, 158f, 159f, 161, 162 f,
rôle de l’acétyl-CoA, 158, 159f, 261-263, 261f, pour purifier des protéines/peptides, 28 170, 173-174, 174f
263f pour purifier des protéines/peptides, 26-29 au niveau sub-cellulaire, 162, 162f
818 Index

des acides aminés, 158f, 160f f ormation de fibrine dans la, 676, 676f, 678-679, structure en triple hélice, 46-47, 46f, 610-611
des glucides, 158, 158f, 173, 174f 679f type I, 622
des lipides/acides gras, 158, 160f, 174-175, 175f produits des cellules endothéliales lors de la, 682, type IV, 612, 613
dans les mitochondries, 161, 162, 162f 684t type IX, 613
désamination et, 173-174 prostaglandines dans la, 225 type V, 601
équivalents réducteurs libérés, 171-173, 172f protéines impliquées, 676f, 678t. Voir aussi Coagu- Collisions, dissociation induite par, en spectrométrie
fourniture de substrats de la chaîne respiratoire par lation, facteurs de de masse, 33
le, 170, 171, 171f voie extrinsèque, 676, 676f, 678t Collisions, théorie cinétique des, 74
génération d’ATP par le, 171f, 173, 183, 184t voie intrinsèque, 676, 676f, 677, 678t Colon, cancer du. Voir Colorectal, cancer
libération de dioxyde de carbone par, 170-171, voies, 676f Colonie, facteur de stimulation de croisssance de, 455
172f Coagulation, facteurs de la, 676t. Voir aussi les diffé- Colorectal, cancer
néoglucogenèse et, 173, 174f, 195-198, 196f rents membres à, Facteur développement, 765
régulation, 175 la vitamine K dans leur synthèse, 549-551 changements génétiques associés, 731f
rôle des vitamines, 173 Coagulation, facteurs de, 678t, Voir aussi les différents gènes associés, 731t
transamination et, 174, 174f types à : Facteur rôle des gènes de réparation des mésapparie-
Citrique, acide, valeur de pK/pKa, 15t la vitamine K dans leur synthèse, 549 ments, 383, 383f, 384t
Citrulline, dans la synthèse de l’urée, 286 Cobalamine, 554 rôle des gènes suppresseurs de tumeur et des
Citrullinémie, 289 rôle du facteur intrinsèque dans son absorption, oncogènes, 730, 731, 731f
CK. Voir Créatine kinase 537 étude de cas, 763-765, 765f
Cl. Voir Chlore dans l’acidurie méthylmalonique, 197 Combinatoire, chimie, 65
Clairance des complexes antigène-anticorps, 673 Cobalphiline, 555 Combinatoire, diversité, 669
Clairance, tests de, 754 Cobalt, 554 Combustibles métaboliques. Voir Métaboliques, car-
Classe B, récepteur éboueur B1 de, 252, 252f Cobamide, coenzymes dérivées, 60 burants
Classe, (isotype, commutation de), 672 Codant, brin, de l’ADN, 355 389f Communicantes, jonctions, 490, 490f
Classique, voie, d’activation du complément, 656 dans la synthèse de l’ARN, 388 représentation schématique, 490f
Clathrine, 489f, 489 Codantes, régions, de l’ADN, 370 Commutation de classe (isotype), 671
vésicules libres de (nues), 580 Code épigénétique, Compartimentation, 88
vésicules recouvertes de, 580, 583 effaceurs de, 433 Compétitive, inhibition, et non compétitive, 80-81
Clathrine, vésicules non recouvertes de, 581 lecteurs de, 433 Complément sérique, 486
Clef et serrure, modèle, 61 Code génétique, ambiguités du, 408 Complément, 656
Clinique, médecine. Voir aussi Laboratoire, analyses Codons, 408, 409t dans l’inflammation, 672
de, importance en médecine clinique, 749 non-sens, 408 Complément, maladies de carence du, 673
Cliniques, étude de cas, 759-789 spécification de la séquence en acides aminés d’une Complémentaire, ADN (ADNc), banque d’ADNC,
cancer colorectal, 763-765 protéine, 409 453
cétoacidose diabétique, 767-770 tables de fréquence d’utilisation, 408 Complémentarité
choléra, 762-763 Cœliaque, maladie, 534 de l’ADN, 357f
déficit en adénosine désaminase, 758-759 Coenzymes, 60 de l’ARN, 360, 361f
goutte aiguë, 771-773 dans la catalyse, 60 Complémentarité, régions déterminant la, 673
hémochromatose primaire, 773-775 dérivés de nucléotides, 337, 338t ConA. Voir Concanavaline A
hypothyroïdisme, 775-776 synthèse du coenzyme A, 557 Concanavaline A, 145
infarctus du myocarde, 778-779 Cœur Conformation. Voir aussi les différentes substances
intoxication éthylique aiguë, 770-771 effet d’une carence en thiamine, 542 native, 44
kwashiorkor, malnutrition protéo-énergétique métabolisme, 167t polypeptides/protéines, 26f
(MPE), 776-778 Cofacteurs, 60 Conformationnelles, maladies, 767, 768
maladie d’Alzheimer, 759-762 de la catalyse, 60-61 Conformationnels, troubles, 586
mucoviscidose, 765-767 de la coagulation sanguine, 676, 678t, 680 Congénital, syndrome du long QT, 491t
myopathie de Duchenne, 769-770 de la régulation du cycle de l’acide citrique, 173 Congo, colorant rouge, 668
obésité, 779-782 Cognitives, déclin des fonctions, 760 Conjugaison
ostéoporose primaire (postménopausique), 782-784 Colchicine, 760 avec le glutathion, 706-707
xeroderma pigmentosum, 784-785 Colipase, 535 de la bilirubine, 326, 326f
Clivage Collagène(s), 46-47, 421, 593 Conjugaison, réactions de, et métabolisme des xéno-
de l’ubiquitine, 579 chondrodysplasies, 613, 625, 627 biotiques, 704
de la préproalbumine en proalbumine, 584f classification, 611t acétylation, 707
pour séquencer les protéines, 30 dans l’activation plaquettaire, 682, 683f avec le glutathion, 706-707
Clivage, en vue du séquençage des protéines, 30 dans le cartilage, 625-627, 625t glucuronidation de la bilirubine, 706
Clofibrate, 269 dans le tissu osseux, 622-625 méthylation, 707
Clonage positionnel. Voir Liaison, analyse de différenciation de l’élastine à partir de, 614t sulfatation, 706
Clonage, 448-452 formation de fibrilles, 610-611 Conjugaison, enzyme de, 580
taille de l’insert d’ADN, 451t gènes le codant, 610-611t Conjuguée, bilirubine,. Voir Bilirubine
Clonage, vecteurs de, 450-452, 451, 451t maladies causées par des mutations, 47, 613 Connexine, 490, 490f
Clones, dans la production d’anticorps monoclonaux, glycation, 602 Consensus, séquences, 393, 402f
672 les différents types, 611t de Kozak, 415
CMP-NeuAc, 591 maturation/synthèse du, 47 Conservation de l’énergie, 125
CMP. Voir, Cytidine, monophosphate maladies de la, 47 Conservés, résidus, 64
CO. Voir Carbone, monoxyde de, rôle de l’acide ascorbique (vitamine C), 47, 557 Constant(e)s, régions/segments, 668
CO2. Voir Carbone, dioxyde de, modifications post-traductionnelles, 612-613 de la chaîne légère des immunoglobulines, 375
CoA. Voir Coenzyme A mutations, 613 gènes codant les, 670
Coactivateurs de la transcription, 398, 401 ostéogenèse imparfaite, 624, 625t constituants anormaux, 753, 753t
Coagulation (du sang), 676 protéine abondante du règne animal, 611-614 Constitutive, expression génique, 428
analyses de laboratoire pour son évaluation, 684 représentation schématique des interactions cellu- Contact, sites de, 570
et vitamine K, 549 laires, 616f Contraction musculaire, modèle des filaments coulis-
effets des anticoagulants coumariniques, 680 réticulation, 602, 783 sants avec pontages, 632-633
Index 819

Contraction/contractilité. Voir Musculaire, contrac- Créatine kinase, 647 Cyclo-oxygénase, voie de la, 233-235, 234f, 235f
tion, signification diagnostique de la, 66, 769 Cycloheximide, 421
Contrôle, point de, (checkpoint), 384 Créatine phosphate, 308f, 312, 314f, 646 Cystathionnine-β-synthase, 294t
Conversion de précurseurs inactifs en produits actifs dans le muscle, 647t Cystéine, 19t, 306
par des protéases avec cascade d’amplification, 673 énergie libre d’hydrolyse, 116t besoins, 539
Coopérative, liaison Créatine phosphate, navette de la, 135, 135f conversion en taurine, 309f
de l’hémoglobine, 52 Créatine, 308, 308f métabolisme, 295-296, 297f
effet Bohr et, 54 Créatinine, 312, 314f anomalies, 295-296, 297f
description par l’équation de Hill, 77 clairance, 752, 753 source de pyruvate, 295, 297f
COPI, vésicules, 578, 581, 582t, 584 marqueur de la fonction rénale, 752 synthèse, 279, 279f
Copies, variation du nombre de, 457, 460, 734 valeurs de référence, 755t Cystine réductase, 296, 297f
COPII, vésicules, 578, 582, 582t, 584 CREB (protéine de liaison à l’élément de réponse à Cystinose (maladie du stockage de la cystine), 297
Coplanaires, atomes, caractère partiel de liaison dou- l’AMPc), 518 Cystinurie (cystine-lysinurie), 296
ble et, 23 CREB, protéine de liaison à, 524 Cytarabine (arabinosyl cytosine), 338, 339f
Coproporphyrines, 319f, 323 Crétinisme, 776 Cytidine monophosphate (CMP), 335t, 591
détection par spectrophotométrie, 321-322 Creutzfeldt-Jakob, maladie de, 46 Cytidine monophosphate N-acétylneuraminique, acide
Coproporphyrinogène I, 320, 320f, 321f Criblage, conditions de, pour les médicaments, dans (CMP-NeuAc), 591, 591t
Coproporphyrinogène III, 320, 320f, 321f les études cinétiques d’enzymes, 84 Cytidine triphosphate (CTP), 334
Coproporphyrinogène oxydase, 320, 321f, 322f Crigler-Najjar, maladie de, et phosphorylation, 117, 118
dans les porphyries, 323t type I (jaunisse congénitale non hémolytique), 328 Cytidine, 335t
Coprostanol, (coprostérol), 267 type II, 328 Cytochrome c oxydase, 127, 128f
Cores centraux, myopathie à, 638 Cristallographie par rayons X, démonstration de la Cytochrome oxydase, 121
Cori, cycle de, 201, 201f structure des protéines par, 48 Cytochrome P450, 504, 658
Cori, maladie de, 190t Cro, protéine, Cytochrome P450, enzyme de clivage de la chaîne
Coronaire (ischémique), maladie cardiaque. Voir aussi gène, 429, 429f, 430f latérale du, (P450scc), 498
Athérosclérose liaison à l’ADN, 431 Cytochrome P450, système du, 121, 124, 125f, 577,
cholestérol et, 268 structure 3D, 441f 691
Coronaire, maladie. Voir aussi Athérosclérose Croisssance, facteurs d’inhibition, 730 caractéres principaux, 705t
cholestérol et, 268 Crossing over (enjambement) inégal, 373, 373f effets sur l’ALA synthase, 320, 324
Coronaire, angioplastie, transluminale percutanée, Crossing-over (enjambements chromosomiques) et formes polymorphes, 705
recombinaison, 373, 373f induction enzymatique et, 324
(ACTP), 780
CRP. Voir c activée, protéine insertion membranaire, 576
Coronaires, maladie des artères, 562
Cryoprécipités, production par la technologie de interaction avec les médicaments, 705
Coronarienne, intervention, transcutanée, (ICT), 779
l’ADN recombinant, 681 isoformes, 704-705
Coronarienne, thrombose, 780
Cryptoxanthine, 543 dans le métabolisme des xénobiotiques, 705
Corrinoïdes, 554. Voir aussi Cobalamine
CSF. Voir Colonie, facteur de stimulation, dans le réticulum endoplasmique du foie
Corticostéroïdes, 784
CT. Voir Calcitonine humain, 704-705
Corticostéroïdes, globuline de liaison des, 511, 657t
CTP. Voir Cytidine triphosphate dans les tissus, 704
Corticotropine. Voir Adrénocorticotrope hormone
Cuivre, 558 lipides présents, 705
Cortisol, synthèse, 500
céruloplasmine dans la liaison du 659 nomenclature, 704
Cos, sites, 450
comme cofacteur, 664 mitochondrial, 124
Cosmides, 450 réactions catalysées, 704
dans la maladie de Menkes, 664
Cothromboplastine (facteur VII) dans la maladie de Wilson, 664 superfamille des enzymes héminiques, 704-705
effet des médicaments coumariniques, 680 dans les oxydases, 121 Cytochrome P450, système microsomal d’oxydation
et amorçage de la coagulation sanguine, 676, 677t enzymes en contenant, 664 de l’éthanol dépendant du, 255
Cotraductionnelle, glycosylation, 576 excès, 664 Cytochromes
Cotraductionnelle, insertion, 576, 576f, 577 Cuivre, mutations dans le gène codant l’ATPase de cytochrome a3, 121
Cotransport, systèmes de, 483f type P se liant au, cytochrome b5, 124, 577, 705
Coulomb, loi de, 8 rôle dans la maladie de Menkes, 665 cytochrome b558, 699
Coumarine, 680 rôle dans la maladie de Wilson, 665 comme déshydrogénases, 122
Couplage, 115, 115f Culture de cellules, 606 Cytokines, 784, 785f
ATP dans le, 115 Cuprique, toxicose, 641. Voir aussi Wilson, maladie dans la cachexie, 166
entre récepteur hormonal et effecteur, 438 de Cytosine, 335t
Couple moteur, 634 Cyanure appariement dans l’ADN, 355, 355f
Courbures dans la conformation des protéines, 39-40, effet sur la chaîne respiratoire, 132, 133f ses désoxyribonucléosides dans la synthèse des
40f effet sur la phosphorylation oxydative, 127 pyrimidines, 347-348, 349f
Covalente, modification Cycle cellulaire Cytosol, 568
dans la maturation des protéines, 46 anomalies dans les cellules cancéreuses, 733-734 glycolyse dans le, 162, 162f, 177
dans la régulation de la catalyse enzymatique, 89, aspects de base, 732 lipogenèse dans le, 225-228, 229f, 230
91, 92f. Voir aussi Phosphorylation ; Protéolyse phase S et synthèse de l’ADN, 380-383, 382f, 382t réactions de la voie des pentoses phosphates dans
flux métabolique et, 93 régulation, 579 le, 205-208
irréversible, 91, 92f Cycle cellulaire eucaryote, flexibilité, 94, 94f synthèse de l’ALA dans le, 318, 320f
régulation de la néoglucogenèse et, 198 Cyclines A, 371, 382f, 382t synthèse des pyrimidines dans le, 346
réversible, 91, 92f, 93t Cyclines B, 382f, 382t Cytosolique, branche, pour le tri des protéines, 570,
détection par spectrométrie de masse, 31-33, 31t, Cyclines D, 382, 382f, 382t 571f, 572
32f et cancer, 381 Cytosquelette
Covalentes, liaisons, Cyclines E, 382, 382f, 382t multiples fonctions cellulaires, 648-649
interaction lipides-protéines membranaires et, 477 Cyclines, 382-383, 382f, 382t protéines, 630
stabilisation des biomolécules par des, 8-9, 8t Cyclines, protéine kinases dépendantes des, 382, 382f, Cytotoxicité (lésion cellulaire), 708, 709f
Coxibs, 234 382t
CPT-I. Voir Carnitine palmityltransférase-I inhibition par les altérations de l’ADN/chromoso-
CRE. Voir AMP cyclique, élément de réponse à l’ mes, 384
820 Index

D Désoxyguanylate, 354 passive, 481t, 482f, 483f


Désoxyhémoglobine simple, 481t, 482f
d-, acides aminés, libres, 21 fixation des protons, 54 Diffusion simple, 482, 483t, 482f
D, bras, de l’ARNt, 361, 410f, 410 forme S, « pièce adhésive » et récepteur, 56f Diffusion/transport facilité, système de
DAF, Decay accelerating factor, régulateur du complé- Désoxyhémoglobine A, « pièce adhésive » et récepteur, et les transporteurs, 482-483
ment 605 56, 56f hormones impliquées dans sa régulation, 483
dAMP, 336f Désoxynojirimycine, 601 modèle « Ping-Pong » du, 483, 484f
Dantrolène, contre l’hyperthermie maligne, 638 Désoxynucléotides, 363 pour la bilirubine, 325
Database of Genotype and Phenotype (dbGAP), 101 Désoxyribonucléases (DNase)/DNase I, 362 pour le glucose. Voir aussi Glucose, transporteurs
dATP, 759 chromatine active et, 367 du,
dbGAP. Voir Database of Genotype and Phenotype Désoxyribonucléoside diphosphates (dNDP), réduc- dans la membrane cellulaire des hématies, 617
tion des NDP en, 346, 346f effet de l’insuline, 487
Débranchement, enzymes de
Désoxyribonucléosides, 334 Diffusion/transport passif, 482, 481t, 482, 482f, 483f
absence, 189t
dans la synthèse des pyrimidines, 347-348 Digestion, 534-535
dans la glycogénolyse, 187f, 188
Désoxyribose, 138 141 141f Digitaline, 487
Débrisoquine, 706
3-Désoxyuridine, 338 action sur l’échangeur Ca2+-Na+, 640-641
Décalage du cadre de lecture, mutations de, 412-413
Désoyribonucléique, acide. Voir ADN effets sur l’ATPase, dépendante de Na+- K+, 487
Décarboxylation de la S-adénosylméthionine, 310
Destruction ciblée/knockout de gène, 461 Dihydrobioptérine réductase, défaut de la, 300
Découplantes, protéines, 132
Détergents, 476, 478 Dihydrobioptérine, défaut de synthèse de la, 300
Découplants/protéines découplantes
Détoxification par le système des cytochromes 124, Dihydrofolate/dihydrofolate réductase, effet du
de la chaîne respiratoire, 131f, 132-133
125f méthotrexate sur la, 348, 556
sous-alimentation et, 539
Développement, biologie du, modèles, 721 Dihydrolipoamide déshydrogénase, 305t
Défense de l’organisme contre les infections bacté-
Dextrines, 138 Dihydrolipoyl déshydrogénase, 182, 182f
riennes, rôle des neutrophiles, 701
Dextrinose limite, 190t Dihydrolipoyl transacétylase, 182, 182f
Défensines, 698t
Dextrose, 139 Dihydropyridine, récepteur de la, 637
Déficit multiple en sulfatases, 245
DHA. Voir Docosahexaénoïque, acide Dihydrotestostérone, 500, 501f
Dégénérescence du code génétique, 408
DHEA. Voir Déshydroépiandrostérone Dihydroxyacétone phosphate, dans la glycolyse, 239,
Dégradation des virus, 581
DHPR. Voir Dihydropyridine, récepteur de 239f
Démence, 761 DHT. Voir Dihydrotestostérone
Demi-vie Dihydroxyacétone, 140f
Diabète bronzé, 774 24,25-Dihydroxyvitamine D3 (24-hydroxycalcidiol),
des enzymes, 282 Diabète insipide néphrogène, 486
des protéines, 282 dans le métabolisme de la vitamine D, 546
Diabète sucré, 136, 202, 247, 602, 780, 787t Diiodotyrosine, 506
plasmatiques, 656 cétose/cétoacidose dans le, 223, 224
Dénaturation, Dimercaprol, 132, 133f
cirrhose hépatique (stéatose) et, 253
analyse de la structure de l’ADN et, 355 Dimères
comme maladie métabolique, 157
repliement des protéines et, 44 d’histones, 366
hyperglycémie et, 167-168
température et, 75 de la protéine répresseur de lambda, cI, 429, 429f
lipogenèse dans le, 225, 229
Déphosphorylation. Voir aussi Phosphorylation des de protéine Cro, 429, 429f
prise en charge des patients, 601
protéines Dimériques, protéines, 41
taux d’acides gras libres dans le, 249
comme modification covalente, 93, 93t Diméthylallyl diphosphate, dans la synthèse de cho-
transport des lipides et maladie du stockage dans
Déplacement/transfert, réaction de lestérol, 261, 262f
le, 247
double, 82 Diméthylaminoadénine, 336f
Diabétique, cataracte, 214
séquentiel (simple), 82 2,4-Dinitrophénol, 132
Diabétique, cétoacidose, étude de cas, 768-769
Dépolarisation, dans la transmission de l’influx ner- Diacylglycérol acyltransférase, 239, 239f Dinucléotide, 339
veux, 487 Diacylglycérol, 150, 535 Dioxygénases, 124
Dépurination de l’ADN et réparation par excision de dans l’activation plaquettaire, 682, 683f Dipalmityl lécithine, 150
base, 383 formation, 239f Dipeptidases, 537
Dermatane, sulfates de, 619f, 620t, 618 Diagnostic moléculaire, tests de, 5 Diphosphatidylglycérol. Voir Cardiolipine
fonctions, 556 Diagnostique, enzymologie, 66 Diphtérique, toxine, 421, 486
Désamination oxydative, 284f Diagnostique, fenêtre, 67 Dipôles, formation par l’eau de, 8, 8f
Désamination, 159, 160f Diagnostiques, tests. Voir Laboratoire, analyses de Disaccharidases, 534
cycle de l’acide citrique et, 173 Diamond-Blackfan, anémie de, 690 Disaccharides, 138, 141, 142f, 143t Voir aussi rubri-
rôle du foie, 160 Diarrhée, 608 ques spécifiques
Déshydrocholestérol dans le métabolisme de la vita- sèvère, transport du glucose comme thérapie, 487 Dislocation, 579
mine D, 543 Dicarboxylique, acidurie, 224 Dissociation, 582
Déshydroépiandrostérone (DHEA), synthèse de la, Dicer, nucléase, 404 du faisceau de quatre hélices, 583
500 Dicoumarol (4-hydroxydicoumarine), 550 Dissociation de l’eau, 11
Déshydrogénases, 121, 121-122, 123f DICS. Voir Immunodéficience sévère combinée Dissociation, constantes de, 11
dans la chaîne respiratoire, 121-122 Diélectrique, constante, de l’eau, 8 constante de Michaelis (Km)et, 77
dépendant de la riboflavine, 122 Diéthylènetriaminepentaacétate (DTPA), comme dans le calcul du pH, 11
dépendant du coenzyme nicotinamide, 122, 123f antioxydant préventif, 155 dans les acides faibles, 11
et détection des enzymes, 66, 67 Différenciation tissulaire, rôle de l’acide rétinoïque, Disulfures, liaisons (ponts), repliement des protéines
Desmine, 639 545 et, 45
Desmostérol, dans la synthèse de cholestérol, 263, Diffusion, DIT. Voir Diiodotyrosine
263f effets de l’insuline, 487 DIT/MIT, rapport, 505
Désorption au laser assistée par la matrice. Voir facilitée, 45, 481, 481t, 482-483, 482f, 484f Divalents, transporteur de métaux, 659
MALDI de la bilirubine, 326 Diversité
Désoxy, sucres, 141, 141f du glucose. Voir aussi Glucose, transporteurs de combinatoire, 670
Désoxyadénylate, 354 membrane des hématies et, 617 des anticorps, 670-671
Désoxycholique, acide, synthèse, 267 hormones de régulation, 483 jonctionnelle, 671
Désoxycytidine, méthylation des résidus, 432 modèle « Ping-Pong », 483, 484f Dixon, représentation de, 81
Désoxycytidylate, 354 nette, 482f DMT1. Voir Divalents, transporteur de métaux
Index 821

DNase (désoxyribonucléase)/DNase I, 368 dissociation, 11 Emtricitabine, 83


chromatine active et, 367 structure biomoléculaire et, 8-9, 8t Émulsions de lipides amphiphiles, 155, 155f
et technologie de l’ADN recombinant, 449t structure, 8f Encéphalopathie
DNase humaine, 766 Éboueur, récepteur. Voir Classe B, récepteur éboueur de Wernicke, 551
dNDP. Voir Désoxyribonucléosides diphosphates Échange par des transporteurs, 133-136, 134f due à l’hyperbilirubinémie (ictère nucléaire), 328
Docking (arrimage moléculaire), programme de, 44 Échange par diffusion, systèmes d’, 133 due à un défaut mitochondrial héréditaire, 127
Docking (arrimage), 572 ECL. Voir Extracellulaire, liquide spongiformes (maladies à prions), 45
dans l’importation nucléaire, 571 EcoRI, 448, 449, 451f Encéphalopathie spongiforme bovine, 46
Docking (arrimage), protéine de, 562, 563f EcoRII, 448t Encéphalopathies spongiformes transmissibles (mala-
Docosahexaénoïque, acide, 233 Edman, réactif d’, pour le séquençage des protéines dies à prion), 46
Dolichol, 154, 154f, 596 (phénylisothiocyanate), 29, 31f ENCODE, projet, 101
dans la synthèse du cholestérol, 262f, 263 Edman, réaction d’, pour le séquençage des protéines, Encombrement de l’environnement du fer héminique,
structure, 596 29, 31f 51
Dolichol-P-P-GlcNAc (Dol-P-P-GlcNAc), 596 EDRF. Voir Endothélial, facteur relaxant Endergonique, réaction, 114
Dolichol-P-P-oligosaccharide, voie de synthèse, 596f EDTA (éthylène diamine tétraacétate) comme couplage et, 114
structure, 597f antioxydant préventif, 155 ATP dans le, 115
Dolicholpyrophosphate-oligosaccharide (Dol-P-P- EDTA, comme antioxydant préventif, 155 Endocrine, système. Voir aussi Hormones
oligosaccharide), 595-598 EFA. Voir Acides gras essentiels diversité, 493-511
Domaines régulateurs, 41 Effecteurs, 736 régulation neurale, 493
Domaines. Voir aussi les différents types EGF. Voir Récepteur du facteur de croissance épider- Endocytose médiée par un récepteur, 489f, 489
de l’albumine, 657 mique, EGFR Endocytose, 488, 489f
de la chromatine, 366f, 367 Ehlers-Danlos, syndrome d’, 47, 276, 611, 613 médiée par des récepteurs, 488f, 489
de liaison à l’ADN et activation de la transcription, Eicosanoïdes, 149, 233, 234f Endoglycosidase F, 592
442f Eicosapentaénoïque, acide, 231f, 236 Endonucléases, 363, 448
des protéines, 40 eIF dans la synthèse protéique, 413 apurinique et apyrimidique, dans la réparation par
Dopa décarboxylase, 311, 314f eIF-4E, complexe, dans la synthèse protéique, 415 excision de base, 384
dans la biosynthèse des catécholamines, 504 Élaïdique, acide, 148t, 149, 149f dans la technologie de l’ADN recombinant, 448t,
Dopamine β-hydroxylase (DBH), dans la biosynthèse Élastase, dans la digestion, 537 449, 449t
des catécholamines, 505 Élastine, 611 de restriction, 362, 447-448, 448t
Dopamine. Voir aussi Catécholamines Électrogène, effet, 487 Endopeptidases, 537
biosynthèse, 504, 504f Électrolytes et autres ions, valeurs de référence, 756t Endosymbiose, 716
synthèse, 311, 314f Électrons, coenzymes flaviniques comme transpor- Endothélial, dysfonctionnement, 780
Double déplacement, réactions de, 82 teurs d’, 552 Endothélial, facteur relaxant, 645. Voir aussi Nitrique,
Double hélice, structure de l’ADN en, 10, 355-356, oxyde
Électrons, flavoprotéine transférant les, 127, 218
355f Endothéliales, cellules, 602
Électrons, flux d’, à travers la chaîne respiratoire, 127,
Double inverse, représentation en, pour évaluer les dans la coagulation et la thrombose, 682, 684t
127f
inhibiteurs, 80 Endotoxine de V. cholerae, sous-unités de l’, 763
Électrons, mouvement des, dans le transport actif,
Double-brin, ADN, 355, 363, 384. Voir aussi ADN Énergétique, balance, 539
486
Double-brin, réparation des coupures des, 383t, 384, Énergie
Électrophiles, 10
383f, 385f besoins alimentaires en, 538
Électrophorèse
Douleur et prostaglandines, 222 d’activation, 72
pour l’analyse des protéines plasmatiques, 653
Doxycycline, antibiotique, 762 transduction dans les membranes, 473
en polyacrylamide pour purifier les protéines/pep-
Drosha-DGCR8, nucléase, 404 Énergie libre
tides, 28, 28f d’hydrolyse de l’ATP, 115, 116t
DTPA (diéthylènetriaminepentaacétate) comme anti­ bidimensionnelle, expression protéique et, 34
oxydant préventif, 155 variations, 114
Électrophorèse bidimensionnelle, expression des pro- couplage et, 114, 114f
Dubin-Johnson, syndrome de, 329
téines et, 34 effet des enzymes, 75
Duchenne, myopathie de, 460, 639-640
Électrophorèse sur gels de polyacrylamide pour la état d’équilibre et, 72
étude de cas clinique, 769-770
séparation des protéines/peptides, 29, 30f états de transition et, 72-73
Dynamine dans la pinocytose d’absorption, 489
Électrostatiques liaisons/interactions, 9, Voir aussi potentiel rédox et, 120, 121t
Dysbêtalipoprotéinémie, familiale, 269t
Salines, liaisons (électrostatiques) sens des réactions chimiques et, 71-72
Dyslipoprotéinémie, 269, 269t
rupture de la fixation de l’oxygène, effet Bohr, pro- Énergie, capture d’, 117
Dysplasie thanatophorique, 628
tons et, 51 Énergie, dépense d’, 538
Dysplasie, 765
Électrovaporisation, ionisation par, 33, 33f Énergie, transfert d’, 115
Dystrophine, 631, 639-640, 769, 770, 770f
en spectrométrie de masse, 32 Enhancer. Voir Amplificateur
Dystrophine, gène la codant, 769
ELISA, enzyme linked immunoassays 65 Énolase, dans la glycolyse, 180, 179f
Elliptocytose héréditaire, 692, 695 Entactine, 617
E Élongase, 229, 230f Entérocytes, absorption du fer, 659
dans la synthèse des acides gras polyinsaturés, 232, Entérohépatique, circulation, 268
E coli, métabolisme du lactose chez, hypothèse de 232f dans l’absorption lipidique, 535
l’opéron et, 426, 428f Élongation Entérohépatique, cycle, de l’urobilinogène, 327
E coli, vecteur (PAC) basé sur le bactériophage P1 de, dans la synthèse d’ARN, 390 Entéropeptidase, 537
450 dans la synthèse protéique, 417f Entérotoxine, 763
E-cadhérine, 739 Élongation des chaînes Enthalpie, 114
E, site de sortie, dans la synthèse protéique, 410f dans la synthèse des acides gras, 229, 230f Entrez Gene, 101
E0. Voir Rédox (oxydation-réduction)potentiel d’, dans le cycle de la transcription, 390, 390f Entropie, 114
Eact. Voir Activation, énergie d’ Élongation, arrêt d’, 575 Enzymatique, oxydation, des molécules organiques
Eau, 3, 8-9 Élongation, facteurs d’, dans la synthèse protéique, par l’oxygène moléculaire, 713
coefficient de perméabilité, 477f 417, 418, 418f Enzymatiques, mécanismes, et espèces réactives de
comme nucléophile, 10-11 facteur 2, 417, 417f l’oxygène (EROS), 718
comme solvant biologique, 7, 8f facteur, EF1A, 416, 417f Enzyme-linked immunoassay. Voir ELISA, 65
dans les liaisons hydrogène, 7, 8f Empreinte (footprinting), de l’ADN, 465 Enzyme-substrat (ES), complexe, 61
822 Index

Enzymes, 10 Équivalents réducteurs Exocrines, glandes, 766


activées par un métal, 60 dans la voie des pentoses phosphates, 208 Exocytose, 488, 489, 490
activité catalytique, 64. Voir aussi Catalyse/Cataly- dans le cycle de l’acide citrique, 171-171, 172f Exocytotique (sécrétoire), voie, 568
tiques, réactions (enzymatiques) dans les mitochondries, 127, 128f Exons, 370, 401, 456
cinétique, 75. Voir aussi Cinétique (enzyme) ERAD, dégradation des protéines mal repliées asso- interruption des. Voir Introns
permettant leur détection, 64-66 ciée au réticulum endoplasmique, 579, 586f Exonucléases, 363, 445
analyse comme aide au diagnostic, 66-68 Ercalcitriol, 546 et technologie de l’ADN recombinant, 449t
de l’infarctus du myocarde, 66 Ergocalciférol (vitamine D2), 546 Exopeptidase, 537
cinétique, 74-75. Voir aussi Cinétique (enzymati- Ergostérol, 153, 154f Exportines, 571
que) Erlotinib, 743 Extracellulaire, environnement, maintenance par les
classification, 59 EROS, mécanismes chimiques et espèces réactives de membranes, 474, 474t
concentration, effet sur la capacité catalytique, l’oxygène, 714 Extracellulaire, enzymes lysosomiaux, 606
88-89 Erreurs aléatoires, 751 Extracellulaire, liquide (ECF), 474, 474t
dans la réparation de l’ADN, 383, 384t Erreurs innées du métabolisme, 3, 292 Extramitochondrial, système, synthèse des acides gras
dans le développement de médicaments, 83 Érythrocytaire, unité d’éclosion, 606f, par le, 227
régulation, 88-94, 163f Érythrocytes Extrémités cohésives d’ADN, ligature d’, 449, 449f
spécificité, 59 glycolyse dans les, 181, 181f Extrinsèque, voie, de la coagulation sanguine, 676,
dans le diagnostic/pronostic des maladies, 66 hémolyse et voie des pentoses phosphates/gluta- 677f, 736
de débranchement thion peroxydase 208-209, 209f Ézétimibe, contre l’hypercholestérémie, 269
absence, 189t métabolisme, 167t
dans la glycogénolyse, 187f, 188 nécessité métabolique du glucose, 164
rôle de l’hémoglobine S  « à pièce adhésive », 55 F
de ramification, dans la biosynthèse du glycogène,
187, 187f voie du 2,3-bisphosphoglycérate dans les, 181, 181f
Érythropoïétine et production d’hématies, 689 Fab, région, 668
de restriction. Voir Restriction, endonucléases/enzy­
Érythropoïétine humaine (EPO), 689 Fabry, maladie de, 244t
mes de,
Érythropoïétine recombinante (époïétine alpha/ Facteur I (fibrinogène), 654f, 678, 678t
dégradation, contrôle, 89
EPO), 600, 689 conversion en fibrine, 678-679
des neutrophiles, 697, 697t
Érythropoïétine/érythropoïétine recombinante (époïé­ Facteur II (prothrombine), 678, 678t
dosage, 55
tine alfa/ EPO), 688f effet des médicaments coumariniques, 680
effet des substrats sur leur conformation, 61
clonage, 628 Facteur III (facteur tissulaire), 677, 677f, 678t, 679t
effet sur la vitesse d’hydrolyse, 10 Facteur IV. Voir Calcium
génie génétique pour leur étude, 68 ES, complexe. Voir Enzyme-substrat (ES), complexe
ESB. Voir Encéphalopathie spongiforme bovine Facteur IX (facteur antihémophilique B/facteur
inhibition irréversible (empoisonnement), 73 Christmas/composant plasmatique de la thrombo-
Escherichia coli, métabolisme du lactose chez, hypo-
isostériques, 90 plastine), 677f, 678, 678f, 678t, 679t
thèse de l’opéron et 424, 425f
isozymes, 64 déficit en, 680
Escherichia coli, vecteur (PAC) basé sur le bactério-
mécanismes d’action, 61 effet des médicaments coumariniques, 680
phage P1 de, 448
membranes et localisation des, 473 Facteur tissulaire, (facteur III), 677, 678f
Essentiels, acides aminés,. Voir Nutritionnel, acides
plasmatiques, signification diagnostique, 66 Facteur tissulaire, complexe du, 677
aminés essentiels du point de vue
régulatrices, 162, 163f Facteur tissulaire, inhibiteur de la voie du, 677
Essentiels, acides gras, 226, 231, 232f, 232
réseaux de contrôle, 93 Facteur V (proaccélerine/facteur labile/globuline
carence, 232
sites actifs, 60-61 accélératrice), 678, 678t, 679f, 679t
métabolisme anormal des, 235
spécificité, 59 Facteur V, Leiden, 680
production des prostaglandines et, 233
Enzymes, induction des, 706 EST. Voir Encéphalopathie spongiforme transmissi- Facteur VII (proconvertine/accélérateur sérique de
cytochrome P450 et, 324 ble conversion de la prothrombine/cothromboplastine),
dans la régulation de la néoglucogenèse, 198, 198t Étain, 559t 651, 677f, 678t, 679t
Enzymes, inhibiteurs des, les médicaments en tant qu’, Éthanol, 772f effet des médicaments coumariniques, 607-608
83 absorption du fer et, 538 Facteur VIII (facteur antihémophilique A/globuline
Enzymologie sur molécule isolée, 65 cirrhose et, 254-255 antihémophilique), 677f, 678, 678t, 679t
Enzymopathies, 692 glycosylation de la transferrine en cas d’abus chro- déficit en, 680
Épiderme, 713t nique, 659 Facteur VIII, concentrés de, production par génie
Épidermolyse bulleuse, 614 Éthanol, intoxication aiguë, étude de cas clinique, génétique, 681
Épigénétique, mécanismes 770-771 Facteur X (facteur Stuart-Prower), 677f, 678t, 679t
dans le cancer, 737 Éthers de lipides, biosynthèse des, 241f activation, 676-677, 676f
facteurs impliqués, 737f Étiquette SNP, 101 effet des médicaments coumariniques, 680
Épigénétiques, signaux Eucaryote, ADN, 438 Facteur X, activation de la prothrombine en throm-
cis-trans, 434, 435f Eucaryote, complexe de transcription, 396 bine par, 677f, 678, 679
transmission et propagation, 436f Eucaryote, expression génique, 432-434. Voir aussi Facteur XI (antécédent de la thromboplastine plasma-
Épimérases Génique, expression tique), 677f, 678t, 679t
dans la voie des pentoses phosphates, 207f, 208 interactions ADN/protéines, modèle du bactério- déficit en, 680
dans le métabolisme du galactose, 211, 212f phage lambda, 428-432, 428f Facteur XII (facteur de Hageman), 677f, 678, 678t,
Épimères, 140, 140f Eucaryote, structure de l’ARNm, 444f 679t
Épingle à cheveux, 357, 359f, 465, 578 Eucaryote, transcription et expression génique, 442t Facteur XIII (facteur de stabilisation de la fibrine/
Épithélio-mésenchymateuse, transition, 740 Eucaryotes, promoteurs, dans la transcription, 394 fibrinoligase), 677f, 678t, 679t, 680
Épitope (déterminant antigénique), 41 Euchromatine, 368 Facteurs de croissance polypeptidiques, 732t
EPO (érythropoïétine humaine), 688 Évolution et durée de vie, 723 fonctions, 731
Époxyde hydrolase, 709 Évolution Humaine, 4 relation avec le cancer, 732
Époxydes, 709 Excitation-réponse, couplage, rôle des membranes, FAD. Voir Flavine adénine dinucléotide
Éprodisate, 668 474 FADH2, production par oxydation des acides gras,
Équilibre, constante d’ (Km), 77 Exergonique, réaction, 114 218f
changements d’énergie libre et, 73 couplage et, 114 Farber, maladie de, 244t
dans la catalyse enzymatique, 74 rôle de l’ATP, 115 Farnesoïde X, récepteur de, dans la régulation de la
Equilibrées, réactions chimiques, 72 Exinucléase et réparation de l’ADN, 383f synthèse des acides biliaires, 268
Index 823

Farnésyl diphosphate dans la synthèse de cholestérol/ Fibronectine, 611, 613 formes alimentaires, 555
polyisoprénoïde, 261, 262f, 263, 264 représentation schématique, 615f inhibiteurs de son métabolisme, 555
Fatigue musculaire, 178 représentation schématique des interactions cellu- suppléments, 556
Faux sens, mutations, 411, 411f laires, 616f Fonctionnels, groupements
cause de cardiomyopathie hypertrophique fami- Fidélité des tests d’analyses médicales, 750 effet du milieu sur leur pK, 14
liale, 641-642 Figlu. Voir formiminoglutamate effets sur la réactivité chimique des acides aminés,
Favisme, 213 Filaments épais (de myosine), 631, 632 22-23
Fc, fragment, 668 Filaments fins (d’actine), 631, 632 effets sur les propriétés des acides aminés, 21-22
Fe. Voir Fer Filtration sur gel pour la séparation des protéines/ signification physiologique, 12-13
Fécondation, inhibition, 603 peptides, 28f Footprinting. Voir Empreinte
Fécondation, les glycoprotéines dans la, 603 Fingerprinting de l’ADN, 465 Forbes, maladie de, 190t
Fenton, réaction de, 691, 691t FISH. Voir Hybridation in situ par fluorescence Forkhead, facteur de transcription, 43f
Fer des porphyrines, 318 Flambée respiratoire, 539, 699 Formiminoglutamate, dans le catabolisme de l’histi-
Fer-soufre, protéine, dans les complexes de la chaîne Flavine adénine dinucléotide (FAD), 122, 338t, 552 dine, 295, 296f
respiratoire, 127, 129f dans le cycle de l’acide citrique, 173 Formique, acide, valeur de pK/pKa, 15t
Fer, 548t Flavine adénine mononucléotide (FMN), 60, 122, Formyl-tétrahydrofolate, 556
absorption, 537, 657, 657f, 774 552 Fourier, synthèse de, 43
dans l’hémochromatose, 537 Flavoprotéines FPA/FPB. Voir Fibrinopeptides A et B
effets de la vitamine C et de l’éthanol, 537 comme oxydases, 121-122, 124f Fractionnement, 27f
anémie due à un déficit en, 687t dans le complexe de la chaîne respiratoire, 122, 127 d-Fructofuranose, 139f
besoin chez les femmes, 659 de transfert des électrons, 122 Fructokinase, 210, 211f
capacité de liaison totale, 663 Flip-flop (bascule), des phospholipides, asymétrie des déficit en, 213
capacité totale de liaison, 764 membranes et, 478 d-Fructopyranose, 139f
carence/anémie de carence, 543 Fluidité membranaire, 480 Fructose
élément de réponse au, (IRE), 661 Fluor, 559t absorption, 534, 534f
ferreux, dans le transport de l’oxygène, 49-51 dans la glycolyse, 179f dans la cataracte diabétique, 214
hème, 324, 657 Fluorescence des porphyrines, 322, 322f effet sur l’absorption du fer, 537
absorption, 317, 537 1-Fluoro-2,4-dinitrobenzène (réactif de Sanger), pour formes pyranose et furanose du, 139f
dans la méthémoglobinémie, 55 le séquençage des polypeptides, 29 hépatique
encombrement stérique de l’, 50-51 Fluoroacétate, 173f effet sur le métabolisme, 209-214, 211f
5-Fluorouracile, 338f hypertriacylglycérolémie/hypercholestérolé-
incorporation dans la protoporphyrine, 319, 319f
Fluvastatine, 269 mie/hyperérucémie et, 212
non-héminique, 658
Flux de masse des protéines membranaires, 584 indice glycémique, 534
paramètres de l’homéostasie, valeurs de référence,
Flux, réaction génératrice de, 162 métabolisme, 211f
756t
FMN. Voir Flavine adénine mononucléotide défaut du, 213-214
surcharge en, 537
Foie Fructose 6-phosphate,
transport par la transferrine, 657
biopsie hépatique, 773 dans la glycolyse, 178, 179f
Fermé, complexe, 393
capture de la bilirubine, 325-327, 326f dans la néoglucogenèse, 196f, 206
Ferreux, fer
capture du glucose, 164 énergie libre d’hydrolyse, 116t
et transport de l’oxygène, 49-51
cirrhose, 170, 254, 770 d-Fructose, 140t
incorporation dans la protoporphyrine, 319
fructose 2,6-bisphosphate et régulation, 199, 199f Fructose-1,6-bisphosphatase, 207
Ferrique, fer, 324 des lipides, 253, 254f
dans la méthémoglobinémie, 55 dans la glycolyse, 178, 179f
du glycogène, 187f dans la néoglucogenèse, 196f, 206
Ferriréductase, 658f glycogène, 186, 187t Fructose-2,6-bisphosphate, 198, 197f
Ferritine, 538, 564, 657-658, 691, 774 glycogénolyse, 188 dans la catalyse covalente, 63
effets sur la synthèse protéique, 375, 420 isoformes du cytochrome P463, 632 Fructose, intolérance héréditaire au, 214
valeurs de référence, 755t lors du jeûne, 166 Fructosurie essentielle, 206, 214
Ferritine, récepteur de la, 659 métabolisme de la vitamine D, 546 Fucosyltransférase/fucosyl (Fuc) transférase, 696
Ferrochélatase (hème synthase), 321, 323t, 324 métabolisme du, 158, 160f, 161f, 167t, 170 Fumarase (fumarate hydratase), 171f, 172
dans les porphyries, 323t fructose, 209, 210f Fumarate, 171f, 172
Ferroportine, 537, 659 glucose, 196f, 199, 200f dans le catabolisme de la tyrosine, 309f
Feuillets plissés β, parallèles, 39 oxydation des acides gras, cétogenèse et, 220, dans la synthèse de l’urée, 286-287
FFA. Voir Acides gras libres 220f, 221f Fumarylacétoacétate dans le catabolisme de la tyro-
FGFR3 (récepteur 3 du facteur de croissance fibro- phosphorylase et son contrôle, 188 sine, 298, 299f
blastique), 627 production de corps cétoniques, 219, 220f, 221 Fumarylacétoacétate hydrolase, 294t
Fibrine stéatose défaut dans la tyrosinémie, 297
dans les thrombi, 675 alcoolisme et, 254 Furanose, formes cycliques, 139, 139f
dépôt de, 675 déséquilibre du métabolisme des triacylglycé- Furine, 584
dissolution par la plasmine, 680-681, 681f rols, 253-254 Fusion de vésicules, 582
fibrilline I, 615 pendant la grossesse, 224 Fusion, protéines de, recombinantes, dans l’étude des
fibrilline II, 615 surcharge en fructose et, 213 enzymes, 68
formation de réseau, 675 synthèse de l’hème, 319 Fusion/transition, température de, 356, 480
rôle de la thrombine, 678-679 ALA synthase dans sa régulation, 399-321, 322f FXR. Voir Farnésoïde X, récepteur du
formation, 676f, 678 synthèse de la vitamine D3, 548f, 549f
Fibrinogène (facteur I), 654f, 676, 678t synthèse de protéines plasmatiques, 161, 655
conversion en fibrine, 678-679 Foie, tests fonctionnels et valeurs de référence, 752t G
Fibrinoligase.(facteur XIII), 677f, 678t, 679t, 680 Folate, piège à, 555f
Fibrinolyse, 684t Folate. Voir Folique, acide G-CSF. Voir Granulocyte, facteur stimulant les colo-
Fibrinopeptides A et B, 679f Folding. Voir Repliement nies de
Fibroblastes, récepteur du facteur de croissance des, Folique, acide, 543, 555 G6PD (glucose 6-phosphate déshydrogénase), 690t, 691
627 carence, 293 déficience, 687t
Fibroblastes, 599 coenzymes dérivés, 60 et anémie hémolytique, 691, 691f
824 Index

GAG. Voir glycosaminoglycannes Génétique, 1 réticulocytes et synthèse protéique, 689, 690


Gal transférase, 697 Génétique, altérations, causes, 725 transport du glucose, 689
Gal-Gal-Xyl-Ser, trisaccharide, 593 Génétique, code, 354, 408, 409t régulation par production d’érythropoïétine, 688
GAL1, amplificateur (enhancer), 441 caractéristiques, 409, 409t Globuline de liaison aux hormones sexuelles (globu-
Galactokinase, 211, 212f Génétique, consultation, 770 line de liaison à la testostérone, aux-œstrogènes),
défauts héréditaires, 213 Génétique, liaison. Voir Liaison, analyse de 657t
d-Galactosamine (chondrosamine), 141 Génétique, prédisposition, 765 Globulines, 657
Galactosamine, 212 Génétiques, facteurs, influençant l’obésité, 781 Glomérulaire
Galactose 1-phosphate uridyl transférase, 212, 212f Génétiques, maladies. Voir aussi les différentes mala- filtration, 616
Galactose, 138 dies membrane, 616
absorption, 534, 534f diagnostic protéinurie, 753t
d-galactose, 139f, 140t enzymes utilisées, 68 Glomérule rénal, 614
indice glycémique, 534 technologie de l’ADN recombinant et, 456, 458f Glomérulonéphrite, 617
métabolisme, 210-211, 212f thérapie génique, 458 Glucagon, 158, 189, 198
déficits enzymatiques et, 214 Génétiques, syndromes, maladies, 765 durant le jeûne, 166
Galactosémie, 207, 214 Génétiques, tests, 775 et régulation de la néoglucogenèse, 198
Galactosidases, 592 Génétiques, variations, cause de maladies, 457-458 et régulation de la lipogenèse, 230, 230f
Galactosylcéramide, 152, 152f, 243, 244t Génétiques, variations, 656 Glucagon/insuline, rapport, dans la régulation de la
GalCer. Voir Galactosylcéramide Genève, système de, pour la nomenclature des acides cétogenèse, 222
GalNAc transférase, 697 gras, 147 Glucanne transférase dans la glycogénolyse, 188f, 188
GalNAc-Ser(Thr), 592 Génique, expression Glucanne, (glucosanne), 141
Gamma glutamyl transférase (γ GT/GGT), valeurs de constitutive, 425 Glucides, 136-145 Voir aussi Glucose, Sucres ; diffé-
référence, 757t dans la régulation de la synthèse des nucléotides rents types
Gamma-glutamyl phosphate, 277 pyrimidiques, 348 classification, 137, 138t
Gamma-glutamyl transférase (GGT), 707 inhibition par miARN et siARN, 362 dans la synthèse des acides gras, 163
Gamma-hydroxybutyrate, metabolisme, 314 315f régulation, 424 dans les lipoprotéines, 144
gamma-Tubuline, 649 négative vs positive, 424-425, 424t dans les membranes cellulaires, 144
Ganglioside GM, 763 réponses temporelles et, 424-432, 424f digestion et absorption, 534
Gangliosides GM1, 763 rôle de l’acide rétinoïque, 544 interconversion, 164
Gangliosides, 152 transcriptionnelle eucaryote, 428-432 isomérie, 138-139, 138f
acides sialiques des, 141 Génital, tractus, 766 métabolisme, 158, 158f, 159f
sucres aminés des, 140, 213f Génome maladies associées, 137
synthèse, 243, 243f en médecine et bioinformatique, 97 vitamine B1 et, 547f
Gastroentéropathie, déperdition protéique et, 656 invalidation ciblée d’un gène (knockout), 460 régimes amaigrissants très pauvres en, 203
Gaucher, maladie de, 244t redondance du, 370-371 surface cellulaire et glycolipides, 137
GDH. Voir Glutamate déshydrogénase/l-glutamate Génomique, 97 Glucides, protéines de liaison aux, 592
déshydrogénase séquençage des protéines et, 30 Glucidique, complexe. Voir les différents types
GDP, 572 Génomique, banque, 452 Glucocorticoïdes, 515. Voir aussi types spécifiques
GDP. Voir Guanosine diphosphate Génomique, instabilité, des cellules cancéreuses, 734 dans la lipolyse, 256, 257f
GEF. Voir Guanylique, nucléotides, facteur d’échange Génomique, révolution, 98 effet sur la glycémie, 202
Géfinib, 743 Génomique, technologie, 448-466. Voir aussi Recom- régulant l’expression de gènes, 515f
Gemfibrozil, 269 binant, ADN/ Recombinant, technologie de l’ADN synthèse, 499, 499f
Genbank, 100 Génomiques, ressources, 99 transport par la globuline de liaison aux corticosté-
Genbank, UniProt et Protein Database (PDB), 99 Géranyl diphosphate, dans la synthèse du cholestérol, roïdes, 511
Gène 261, 262f d-Glucofuranose, 139f
altérations, 372-375, 374f Géranylgéranyl, dans le recouvrement des vésicules, Glucogéniques, acides aminés, 174
amplification pour réguler l’expression génique, 584 Glucokinase, 197t
383f Gibbs, changements d’énergie libre de, 114.Voir aussi dans la biosynthèse du glycogène, 186, 187f, 198t
de ménage, 425 Energie libre, changements d’, dans la glycolyse, 178, 179f, 198t
des immunoglobulines et réarrangement de l’ADN, Gilbert, syndrome de, 328 dans la régulation de la glycémie, 201, 201f
374-375 GlcCer. Voir glucosylcéramide Gluconolactone hydrolase, 206, 208f
réparation des cassures double brins et, 385 GlcNAc phosphotransférase, 598 d-Glucopyranose, 142f
extinction ( knockout), 460 GlcNAc transférase V, 740 Glucosamine (GlcN), 619
inconnus auparavant, 4 GlcNAc, résidus, 593 Glucosanne (glucanne), 142
inductible, 425 Glibenclamide. Voir Glyburide Glucose 1-phosphate
invalidation ciblée, 460 Globine, 396 dans la néoglucogenèse, 196f, 197
maturé, 374 Globules rouges, 593-599. Voir aussi Érythrocytes énergie libre d’hydrolyse, 116t
Gène A, 697 à partir des cellules souches hématopoïétiques, Glucose 6-phosphate déshydrogénase
Gène, conversion de, 374 686, 687 dans la voie des pentoses phosphates, 205, 206f,
Gène, délétions et duplications, 770 différenciation schématique, 688f 207f
Gène, destruction de/knockout, ciblée, 461 durée de vie, 688 déficit, 205, 211-212
Gène, transcription, base de données GeneCards, 101. fonctions, 687-688 Glucose 6-phosphate déshydrogénase (G6PD) 691t,
du. Voir Transcription leur transporteur de glucose, 689, 690t 691
Gène. amplification de, 730, 729t maladies, 686, 687t déficience, 687t
Gène. Voir aussi Gènes ; Génome membrane, et anémie hémolytique, 691, 691f
Gènes codants, 606 analyse par SDS-¨PAGE, 693, 694f Glucose 6-phosphate, 187
Gènes codés par le génome mitochondrial humain, données biochimiques, 693t dans la biosynthèse du glycogène, 186, 187f
716t protéines cytosquelettiques périphériques, 694t, dans la glycolyse, 178, 179f
Gènes humains, localisation, 457t 695 dans la néoglucogenèse, 201, 202f
Gènes, cartographie des, 373 protéines intrinsèques, 693-694, 694f, 694t énergie libre d’hydrolyse, 121t
Gènes, puces de, et expression protéique, 34 métabolisme, 689t d-Glucose, 139f, 140f, 141t
Génétique inverse, 766 production d’oxydants, 690, 691 l-Glucose, 139f
Index 825

Glucose, 138-142, 648, 767 Glutathion, 718 Glycoconjugués. Voir les différents types
absorption, 533-540, 534 et conjugaison, 706-707 Glycoformes, 589
capture, 164 Glutathion peroxydase, 123, 209, 209f, 204, 691, 691t Glycogène, 142, 144f
coefficient de perméabilité, 477f Glutathion réductase érythrocytaire dans le métabolisme des glucides, 158, 263f, 197
comme précurseur de sucres aminés, 211, 213f statut en riboflavine et, 552 glycogène synthase et phosphorylase, 190, 192f
conversion du galactose en, 210, 212f voie des pentoses phosphates et, 208, 209f métabolisme. Voir aussi Glycogenèse ; Glycogéno-
dans la biosynthèse du glycogène, 186, 187f Glutathion réductase, 691, 691t lyse
dans le liquide extra- et intra-cellulaire, 474, 474t Glutathion S-transférases, 69f, 707 aspects cliniques, 189t, 192
épimères du, 144, 144f Glyburide (glibenclamide), 224 ramification dans le, 187f
et sécrétion d’insuline, 200-202 Glycation, hémoglobine glyquée (HbA1c)valeurs de musculaire, 164, 187, 187t
formes furanose, 138, 139f référence, 756t ramification, 188
formes pyranose, 138, 139f Glycation, produits avancés de, (AGE), 602, 718 rôle de l’AMP cyclique dans la régulation du méta-
indice glycémique, 534 formation, 601, 602f bolisme, 190-192, 191f
interconversion, 164 Glycémie, stockage des glucides et, 187, 187t
isomères, 139, 139f à l’état alimenté, 164, 166 synthèse, 166
nécessité métabolique, 164 effet de l’insuline, 200-202 Glycogène phosphorylase, 188f, 188-190, 647, 648
seuil rénal, 202 et acides gras libres, 255-256 phosphate de pyridoxal comme cofacteur, 553
structure, 138, 139f et érythrocytes, 689 régulation, 190, 192, 192f
transport, 200, 201f, 487-488, 488f, 534 normale, 186 Glycogène synthase dans le métabolisme du glyco-
effet de l’insuline, 487 par la voie des pentoses phosphates, 158, 205, 206f, gène, 189, 189f, 199t, 200
valeurs de référence, 755t 207f, 209f glycogène synthase a, 190, 192f
Glucose perméase, 690, 690t régulation glycogène synthase b, 190, 192f
Glucose sanguin. Voir Glycémie alimentation/néoglucogenèse/glycogénolyse, régulation, 190-191, 192f
Glucose-alanine, cycle, 201, 201f rôles de, 200-203, 200f, 203f Glycogène, maladies du stockage, 138, 187, 190t, 194
Glucose, acides gras et synthèse du, 161 aspects cliniques, 202-203, 203f Glycogenèse, 160, 193, 193f
Glucose, métabolisme du, 158-159, 159f, 178, 178f, effet de l’insuline, 200-202 régulation
179f, 198, 199 f Voir aussi Néoglucogenèse ; Glycolyse effet du glucagon, 202 enzymes impliquées, 198t
Glucose, tolérance au, 203, 203f glucokinase et, 201, 201f glycogène synthase et phosphorylase dans la,
Glucose, transporteurs, 201, 690, 690t mécanismes métaboliques et hormonaux, 201, 190, 192f
dans la régulation de la glycémie, 193, 194, 248 201t rôle de l’AMP cyclique, 190, 191f, 192, 192f
rôle du glycogène, 188
influence de l’insuline, 487 Glycogénine, 187, 188f
valeurs limites, 200
Glucoside, 140 Glycogénolyse, 160
Glycémique, indice, 142, 534
Glucosurie, 172, 627 AMP cyclique et régulation, 191, 191f, 192f
Glycéraldéhyde (glycérose), isomères d et l, 139f
Glucosylcéramide, 152, 243, 244f enzymes de débranchement au cours de la, 187f,
Glycéraldéhyde 3-phosphate
Glucosyltransférase, 599 188
dans la glycolyse, 178, 179f
d-Glucuronate, 209 indépendante de l’AMP cyclique, 190
oxydation, 178, 180f
Glucuronate/acide glucuronique, 209, 210f régulation de la glycémie et, 200-202, 200f, 201f
Glycérol, 147
conjugaison de la bilirubine avec lui, 326, 326f régulation par les glycogène synthase et phospho-
coefficient de perméabilité, 477f
Glucuronidation de la bilirubine, 326, 326f rylase, 191, 192f
synthèse, 197
Glucuronides, 206, 214 voie, 186-187, 187f
Glycérol éther phospholipides, synthèse des, 239, 242f
GLUT 1-4. Voir Glucose, transporteurs du Glycérol kinase, 239, 240f, 255 Glycolipides, 147, 152, 152f, 589
GLUT1 (transporteur de glucose), 690, 690t Glycérol-3-phosphate galactose dans la synthèse des, 210-211, 212f
Glutamate biosynthèse des acylglycérols et, 239, 240f sucres aminés et, 211, 213f
carboxylation, vitamine K comme cofacteur, 550 énergie libre d’hydrolyse, 116t Glycolipides, maladies du stockage des, 239
catabolisme, 292f, 293 estérification du triacylglycérol et, 255-256, 255f Glycolyse anaérobie, 178, 178f, 647-648
dans la biosynthèse de l’urée, 283f, 284, 284f transfert d’électrons via le, 128 comme source d’ATP musculaire, 646, 647
dans la synthèse de la proline, 278, 278f Glycérol-3-phosphate acyltransférase, 239, 240f Glycolyse, 116, 158, 159f 180-185, 180f
synthèse, 277, 277f Glycérol-3-phosphate déshydrogénase dans la glyco- aérobie, 178
transamination et, 283f, 284, 284f lyse, 196, 197f anaérobie, 177, 178, 179f
Glutamate aminotransférase, 332 Glycérol-3-phosphate déshydrogénase, 239, 240f aspects cliniques, 183
l-Glutamate décarboxylase, 314, 315f Glycérol, partie, des acylglycérols, 156 ATP généré, 183, 184t
Glutamate déshydrogénase/l-glutamate déshydrogé- Glycérophosphate, navette du, 135, 134f au niveau subcellulaire, 162, 162f
nase, 277, 277f Glycérophosphate, voie du, 240f barrières thermodynamiques s’opposant à son
dans le métabolisme de l’azote, 284-286, 285f Glycérophospholipides, 147 inversion, 195-198
Glutamate γ-semialdéhyde, 279f Glycérose (glycéraldéhyde), isomères D et L, 139f dans les érythrocytes, 181, 181f
Glutamate/aspartate, transporteur de, 135, 135f Glycine N-méthyl-transférase, 294f oxydation du pyruvate, 173, 175f, 181-183, 182f,
Glutaminase, dans la catabolisme de l’azote des acides Glycine, 22, 306 183f, 184t
aminés, 286 catabolisme, formation du pyruvate, 295, 296f régulation, 181
Glutaminase, réaction catalysée par la, 278f dans la synthèse de l’hème, 309, 388-321, 320f, enzymes impliquées, 198t
Glutamine synthétase/synthase, 277f, 278, 286, 286f 322f fructose 2,6-bisphosphate et, 199, 199f
Glutamine, 19t, 282 synthèse, 277-278, 278f néoglucogenèse et 181-183, 197-200, 198t, 199f
catabolisme, 293, 293f Glycine, complexe de clivage, 295 utilisation du glucose/néoglucogenèse, 178-181,
dans le catabolisme de l’azote des acides aminés, Glycine, résidus de, 624 179f, 181f, 195-197, 196f. Voir aussi Néoglucoge-
285-286 Glycinurie, 296 nèse
synthèse, 277, 277f, 285f Glycobiologie, 589 voies, 178-180, 179f, 180f
Glutamine, analogues affectant la synthèse des nucléo- Glycocalyx, 144 Glycolytiques, enzymes, dans les muscles, 631
tides puriques, 344, 346 Glycochénodésoxycholique, acide, synthèse de, 267f Glycome, 589
Glutamique, acide, 19t Glycocholique, acide, synthèse, 267f Glycomique, 5
Glutamyl amidotransférase, PRPP, régulation du, 345, Glycoconjugué, 589 Glycophorines, 145, 593
346, 343f étude, 608 glycophorines A, B et C, 694, 694t
Glutarique, acide, valeur de pK/pKa, 14t glycannes, 607-608 Glycoprotéine glycosyltransférase, 589
826 Index

Glycoprotéine hydrolases lysosomiales, déficits géné- GMP, 335t Haplotype, 101


tiques, 607 conversion de l’IMP en, 342, 344f Haplotype, carte des, (HapMap), 101
Glycoprotéine IIb-IIIa, dans l’activation plaquettaire, rétro-régulation, 345, 345f, 346 HapMap, base de données, 101
684, 683f cyclique, 337f, 338t Haptoglobine, 657, 657t, 658
Glycoprotéines, 37, 138, 213f, 497f, 589-593, 595-605, comme second messager, 337 Haptoglobine, protéine apparentée à, 658
607-609, 591t, 596, 659. Voir aussi Plasmatiques, pro- régulation de la PRPP glutamyl amidotransférase, Hartnup, maladie de, 302, 553
téines, les différents types 344, 345 Hashimoto, maladie de, 776, 776t
ancrées au glycosylphosphatidylinositol, 592 GMPc (GMP cyclique), 493t HAT, activité. Voir à Histone, activité acétyltransfé-
anomalies de biosynthèse, 604t Golgi, appareil de, 568, 581, 586 rase
chaînes oligosaccharidiques des, 589t, 594 adressage des protéines à sa membrane, 568, 576 Haut débit, criblage à, 65
clairance par les récepteurs des asialoglycoprotéi- dans la formation des VLDL, 249f Haworth, projection de, 138, 139f
nes, 591 dans la glycosylation, 568 HbA (hémoglobine A), P50 de l’, 53
substances des groupes sanguins ABO, 588 dans la synthèse des membranes, 568 HbA1c (hémoglobine glycosylée), 57
classes, 592 dans le tri des protéines, 568, 568f, 569 HbF (hémoglobine fœtale), P50 de l’, 52
complexes, 597 fusion apparente dans le RE, 583 HbM (hémoglobine M), 56, 411
dans la fécondation, 602 lumière, 576 HbS (hémoglobine drépanocytaire), 56, 411
dans la zone pellucide, 602 transport rétrograde à partir de lui, 576, 577 hCG, hormone chorionique gonadotrope humaine,
et asymétrie membranaire et, 478 Goutte aiguë, étude de cas, 771-773 742t
fonctions, 588-589, 589t Goutte chronique, 771-773, 773f HDL. Voir Lipoprotéines de haute densité
galactose dans leur synthèse, 211, 212f Goutte/goutte arthritique, 349, 772 Heinz, corps de, 692
glucides, 140t GPI, protéines liées au GPI, 601 Hélicases, ADN, 376f
glycoprotéines humaines, 590t GPI. Voir Glycosylphosphatidylinositol Hélice
hybrides, 595 GPIIb-IIIa, dans l’activation plaquettaire, 683f, 684 double, de la structure de l’ADN, 9, 354-355, 355f
l’exemple des immunoglobulines, 670 Graisses, 147. Voir aussi Lipides triple, de la structure du collagène, 46, 46f
maladies associées à leurs anomalies, 604-605 régimes riches en, cirrhose et, 261 Hélice-boucle-hélice, motifs, 40
N-liées, 592 Graisseux, tissu. Voir Adipeux, tissu Hélice-tour-hélice, motifs, 439
nature anhydre de la liaison, 591 Granulocytes, facteur de stimulation des colonies de, Helicobacter pylori, 608
O-liées, 594 689 association aux ulcères, 533
pinocytose extracellulaire absorptive, 489 Granulocytes/macrophages, facteur de stimulation cellules épithéliales de l’estomac, 607f
riches en mannose, 595 des colonies de, 689 Hémagglutine, 599
spectroscopie RMN à haute résolution, 589 Granulomateuse, maladie, chronique, 700 Hématopoïétiques, cellules souches, 687, 688
structure et fonction, 591t séquence des évènements responsables, 700f Hématopoïétiques, facteurs de croissance, 689
sucres aminés dans les, 141, 211, 213f Granulomateuse, maladie, chronique, 700, 700f Hématurie, 753t
sucres nucléotidiques, 594 Gratuits, inducteurs, 426 Hème, 47, 50, 50f, 56
sucres présents, 594 Grippe A, virus de la, 607 bilirubine produite par son catabolisme, 324-325,
techniques d’étude, 589-590 Grossesse 325f
utilisation des glycosidases, 591 et besoins en fer, 659 maladies, 323t, 324f
utilisation des lectines, 592 et hypoglycémie, 202 synthèse, 318-321, 320f, 321f, 322f
utilisation des récepteurs des asialoglycoprotéi- et stéatose hépatique, 224 ALA synthase, 319-321
nes, 591 GSH. Voir Glutathion incorporation de fer ferreux dans la protopor-
Glycoprotéines, enzymes de maturation, 611t GSL. Voir Glycosphingolipides phyrine, 319
Glycosaminoglycannes, 140, 144f, 617-620. Voir aussi GST (glutathion-S-transférase) étiquette, pour l’étude Hème oxygénase, système de l’, 324, 325f
les différents types des enzymes, 69f Hème synthase (ferrochélatase), 321, 322f,
fonctions, 622t GTP, 337, 575, 581, 582 dans la porphyrie, 323t
propriétés, 619t dans la phosphorylation, 118 Hème, fixation à l’, 658
structures, 618f protéines de liaison, 263
Hème, métabolisme, maladies génétiques, 318-320
GTP, état lié au, 584
sucres aminés, 141 Hémiacétal, 138
GTPases, 572
Glycosidases, 592 Hémiconnexine, 490f
petites, monomériques, 572, 584
Glycosides, 140 Hémine, 325, 325f
Guanine, 335t
Glycosphingolipides, 147, 152, 152f, 243, 243f, 620, Héminique, fer, 324
oxydation par les EROS, 715f
696 absorption, 538, 657f, 658
Guanosine diphosphate, 591
Glycosylation, 601 encombrement stérique de l’environnement du,
Guanosine monophosphate. Voir GMP
cotraductionnelle, 554 50-51
Guanosine, 334f, 335t
maladie héréditaires de la, 605t, 659 Héminiques, protéines (hémoprotéines), 318, 318t.
appariement de bases dans l’ADN, 354, 355f
modification covalente augmentant la masse, 31t Voir aussi Hémoglobine ; Myoglobine
dans la formation de l’acide urique, 348, 349f
Glycosylation, maladie congénitale de la (CDG), 605, catabolisme de l’hème, 324
Guanyliques, facteur d’échange des nucléotides, 572,
659 Hémochromatose héréditaire, 662
573f
Glycosylée, hémoglobine (HbA1c), 57 étude de cas, 743-745
l-Gulonolactose oxydase, 206
Glycosylphosphatidylinositol (GPI), 584, 593 Hémochromatose, 537
Glycosylphosphatidylinositol, glycoprotéines ancrées arthropathie, 774
au, (ancrées/liées au GPI), 593 H héréditaire, 773-775
Glypiation, 602 pénétrance, 774
GM-CSF, Voir Granulocytes-macrophages, facteur H, bandes, 631, 633f secondaire, 776
stimulant les colonies de, H, chaînes. Voir Chaînes lourdes, Hémodialyse, 771
GM1, ganglioside, 152, 152f H, substance, des groupes sanguins, 697, 697f Hémoglobine, 50-57, 658f
GM3, ganglioside, 152 H2A, histones, 366, 366f affinité pour l’oxygène, 55
GMP cyclique, 337, 337f, 493t H2B, histones, 365, 366f apoprotéine, 53
comme second messager, 337 Haber-Weiss, réaction d’, catalysée par le fer, 714t, courbe de dissociation de l’oxygène, 51
comme signal intracellulaire, 519-520 716 dans le transport de CO2, 54f
formation, 519 Hageman, facteur (facteur XII), 677f, 678, 678t, 679t dans le transport de l’oxygène, 49-51
rôle dans le muscle lisse, 644 Hairpin. Voir Épingle à cheveux dans le transport des protons, 54-55
Index 827

e xtracorpusculaire, liaison à l’haptoglobine, 656t, Hétérochromatine constitutive, 368 HNCC. Voir Cancer colorectal héréditaire non poly-
657 Hétérochromatine facultative, 368 posique
glycosylée (HbA1c), 55 Hétérochromatine, 368 Holocarboxylase synthétase, biotine comme coen-
Harakiri, 411, 411f Hétérodimère, 41 zyme de, 557
HbA, P51, 51 Hétérotrophes, organismes, 115 Homéostasie
HbF (fœtale), P51, 51 Hexapeptide, dans la synthèse de l’albumine, 657 dans le RE, 578
HbM, 55, 411 Hexokinase, 199t maintien par le sang, 653
HbS, 55-56, 411 dans la biosynthèse du glycogène, 186, 198t Homéostatiques, adaptations, 514
Milwaukee, 410 dans la glycolyse, 178, 179f, 198t Homocarnosine, 309, 310f, 312
mutations, 55-56, 411 comme réaction génératrice de flux, 163 Homocarnosinose, 314
oxygénation et changements conformationnels, 52 et régulation, 181 Homocystéine
propriétés allostériques, 52 dans la régulation de la glycémie, 201, 201f carence fonctionnelle en folate et, 554
stabilisation par le 2,3-bisphosphoglycérate, 52f dans le métabolisme du fructose, 209, 211f dans la synthèse de la cystéine et de l’homosérine,
adaptation à l’altitude et, 55 Hexosamines (sucres aminés), 141, 142f 279, 279f
structure tétramérique, 49 dans les glucosaminoglycannes, 141, 213f Homodimères, 41
changements au cours du développement, 52 dans les sphingoglycolipides, 211, 213f Homogentisate dans le catabolisme de la tyrosine,
synthèse de la bilirubine et, 334, 335f interrelations dans leur métabolisme, 213f 299f, 300
Hémoglobine Chesapeake, 56 le glucose, précurseur des, 211, 213f Homogentisate dioxygénase/oxydase, 124
Hémoglobine fœtale, P50 de l’, 53 Hexoses monophosphates, dérivation des. Voir Pento- Homogentisate oxydase, 294t
Hémoglobinopathies, 55 ses phosphates, voie des, déficit dans l’alcaptonurie, 294t, 297, 299f
Hémoglobinurie nocturne paroxystique, 491t, 602, Hexoses, 138, 138t Homologie, 102
687t dans les glycoprotéines, 135t dans la classification des protéines, 37
Hémoglobinurie, 754t importance physiologique, 139, 140t modélisation par, 44
Hémolyse, 688t métabolisme, 205-211, 206f, 207f, 209f. Voir aussi résidus conservés et, 64
Hémolysines, 692 Pentoses phosphates, voie des, Homopolymérique, extension, 449
Hémopexine, 657t HFE, gène, 774 Homosérine, synthèse, 278, 279f
Hémophilie A, 681 HFE, mutations, dans l’hémochromatose, 664 Hormonale, régulation, de la lipolyse, 255
Hémophilie B, 681 HGP, Projet Génome Humain Hormonale, régulation, des processus cellulaires,
Hémoprotéines, 318t HhaI, 449t 518f
Hémosidérine, 661 HHH, syndrome, Voir Hyperornithinémie, hyperam- Hormone chorionique gonadotrope humaine, hCG,
Hémostase, 676-685 Voir aussi Coagulation (sang), monémie et homocitrullinurie, syndrome 496
tests d’évaluation en laboratoire, 684 Hill, coefficient de, 79 Hormone de croissance, effets sur le transport des aci-
phases, 675 Hill, équation de, 79-80 des aminés, 484
Henderson-Hasselbalch, équation d’, 13 HindIII, 449t Hormone-récepteur, interaction, 509
Héparane, sulfate, effet sur la coagulation/thrombose, Hippurique, acide (hippurate), synthèse, 309, 309f Hormone, unité transcriptionnelle de réponse à une
684 Histamine, 699t hormone, 525f
Héparine, 143, 144f, 613, 622, 680 formation, 309 Hormones du lobe antérieur de l’hypophyse et régula-
effet sur l’activité antithrombine III, 675 Histidase (Histidine ammoniium lyase), 295, 294t tion de la glycémie, 194
effet sur les lipoprotéines et lipases hépatiques, 251 Histidine, 20t, 22, 309, 309f Hormones, 589, 776. Voir aussi les différentes hor­
structure, 619f besoins, 540 mones
Héparine, cofacteur II de l’, comme inhibiteur de la catabolisme, 293, 296f caractéristiques, 496t
thrombine, 680 dans la fixation de l’oxygène, 51f comme second messager, 495, 496t
Héparine/héparane, sulfate, 613 décarboxylation de l’, 309, 309f dans la régulation de la glycémie, 201
Héparines de faible poids moléculaire (LMWH), 680 résidus conservés et, 64t dans le contrôle métabolique, 163f, 164
Hépatique, biosynthèse des purines, 345, 345f Histidine F8 définition, 493
régulation de la formation de l’AMP et du GMP, dans la liaison de l’oxygène, 50 diversité chimique, 496, 497, 497f
345-346 remplacement dans l’hémoglobine M, 55 et régulation de la diffusion facilitée, 483
régulation de la PRPP glutamyl amidotransférase, Histidine 57, dans la catalyse covalente, 63 fixation aux récepteurs de la surface cellulaire, 495,
344, 345 Histidine ammoniium lyase (Histidase), 295, 294t 496t
Hépatique, fructose, Histidine distale (histidine E7) dans la liaison de l’oxy- fixation aux récepteurs intracellulaires, 495, 496t
effet sur le métabolisme, 209-214, 211f gène, 51 hydrosolubles, 495
et hypertriacylglycérolémie/hypercholestérolémie/ Histidine E7, dans la liaison de l’oxygène, 51 lipophiles, 495
hyperuricémie, 212 Histidine proximale, (histidine F8) molécules précurseurs, 496
Hépatite, 171 dans la liaison de l’oxygène, 49 régulation du métabolisme lipidique, 256-257,
jaunisse de l’, 328f, 329t son remplacement dans l’hémoglobine M, 55 257f
Hépatocellulaire, carcinome, 774 Histidinémie, 295, 294t réponse coordonnée à un stimulus, 514-515, 515f
Hépatocytes Histone acétyltransférase, activité, 527 stimulant l’adénylate cyclase, 517t
et synthèse de l’hème, 319 Histones, 365-366, 366f, 366t stockage et secrétion, 510
régulation par l’ALA synthase, 319-321, 322f acétylation, 737 synthèse, 497
Hépatolenticulaire, dégénérescence (maladie de Wil- Histones H1, 365, 366f 1,25(OH)2-D3, 502-503
son), 491t, 664 Histones H3, 365, 366f à partir de la tyrosine, 503-504
et taux de céruloplasmine, 665 Histones H4, 365, 366f angiotensine II, 507-509
et mutation de gènes, 491t, 664 Histones, chaperons des, 366 cholestérol et, 441-448, 441f, 442f
Hepcidine, 538, 661, 775 Histones, code des, 432 diversité chimique, 440-441, 441f
ferroportine, 774, 774f Histones, code épigénétique des, 433 et métabolisme de l’iode, 506
inhibant l’absorption du fer par les entérocytes, Histones, dimère, 365, 366 famille de la POMC, 509
774 Histones, modifications covalentes, 432 insuline, 506
libération de fer par les macrophages, 774 Histones, octamère, 366f, 366 précurseurs peptidiques et, 451-452
Héphaestine, 659 Histones, tétramère, 365, 366 précurseurs peptidiques, 506
Heptoses, 138, 138t HMG-CoA. Voir 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA PTH, 506-507
Hermansky-Pudlak, syndrome de, 580t (HMG-CoA) rôle de la tyrosine, 433, 440, 441f
Hers, maladie de, 190t HMM, Voir Méromyosine lourde spécialisation, 439
828 Index

stéroïdogenèse ovarienne, 500-502 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA (HMG-CoA) Hyperprolinémies de types I et II, 293, 294t, 295f
stéroïdogenèse surrénalienne, 498-500 dans la cétogenèse, 220, 221f Hypersensibles, sites, de la chromatine, 368
stéroïdogenèse testiculaire, 500 dans la synthèse du mévalonate, 261, 262f Hypersplénisme, dans l’anémie hémolytique, 693t
tétraiodothyronine, 504-506 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA (HMG-CoA) lyase Hypertension, 773
triiodothyronine, 504-506 dans la cétogenèse, 220, 221f Hyperthermie maligne, 638, 639f, 642t, 651
transport par des protéines plasmatiques, 510-511 dans la synthèse du mévalonate, 261, 262f Hyperuricémie, 349 773
vitamine D en tant qu’, 544 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA (HMG-CoA) chez les sujets masculins, 772
Hormones, élément de réponse réductase Hypervariables, régions, 669
cartographie, 439f contrôlant la synthèse du cholestérol, 261, 264f Hypoalbuminémie, 778
définition, 525 dans la synthèse du mévalonate, 261, 261f Hypoglycémie, 196, 771
séquence d’ADN, 515, 516t 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA (HMG-CoA) syn- induite par le fructose, 213
Hormones, récepteurs des thase oxydation des acides gras et, 216, 223
classification, 495 dans la cétogenèse, 220, 221f Hypoglycémique, effet, du glucagon, 198
protéiques, 495 dans la synthèse du mévalonate, 261, 261f Hypoglycine, 217, 224
reconnaissance et couplage, 494, 495 l(+)-3-Hydroxyacyl-CoA-déshydrogénase, 218, 218f Hypokaliémique, paralysie périodique, 642t
spécificité et sélectivité, 494, 494f Hydroxyanisole butylée, 154 Hypolipidémiques, médicaments, 269
Hp. Voir Haptoglobine 3-Hydroxyanthranilate dioxygénase/oxygénase, 124 Hypolipoprotéinémie, 243, 269, 269t
HpaI, 449t d-3-Hydroxybutyrate déshydrogénase, 210, 211f Hypothalamus, 776, 782
HPETE. Voir Hydroxyperoxydes, 24-Hydroxycalcidiol (24,25-dihydroxyvitamine D3), Hypothyroïdisme, 151
HPLC. Voir Chromatographie liquide à haute perfor- dans le métabolisme de la vitamine D, 550f congénital, 776
mance 24-Hydroxycholécalciférol (calcidiol), dans le méta- primaire, 777t
HRE. Voir Hormones, éléments de réponse aux, bolisme de la vitamine D, 550f primaire, étude de cas, 775-776
Hsp60/ Hsp70, comme chaperons, 45 4-Hydroxydicoumarine (dicoumarol), 550 secondaire, 776
5 HT (5-hydroxytryptamine). Voir Sérotonine 27-Hydroxylase, stérol, 267 tertiaire, 776
Humain, Projet Génome. Voir Human Genome Pro- Hydroxylase, cycle de l’, 124, 125f Hypouricémie, 349
ject Hydroxylases, 124 Hypoxanthine, 336, 336f
Human gene mutation database, 101 dans la synthèse du cortisol, 499 Hypoxie, 738
Human Genome Project, 4-6 Hydroxylation, 704 Hypoxie, facteur inductible par l’ (HIF-1), 738
domaines actuels d’intérêt, 4f modification covalente augmentant la masse, 31t Hypoxie, production de lactate et, 181
implications, 4 Hydroxylysine, synthèse, 278
Hunter, syndrome de, 621 3-Hydroxyméthylcytosine, 333, 336f
Hurler, syndrome de, 621 4-Hydroxyproline déshydrogénase, défaut de la, dans I
Hyaluronidase, 621 l’hyperhydroxyprolinémie, 293
Hyaluronique, acide, 143, 144f, 617 Hydroxyproline, 611, 614 I, bandes, 631, 632f
Hybridation in situ par fluorescence (FISH), 456 catabolisme, 296-297, 298f I. Voir Iode ; Iodure
Hybridation, 369, 453, 461 synthèse, 279, 279f Ibuprofène, 226, 234
Hybridomes, 672 15-Hydroxyprostaglandine déshydrogénase, 235 IC50, 81
Hydrocortisone. Voir Cortisol Hydroxytoluène butylé, 154 ICF. Voir Intracellulaire, liquide,
Hydrogène, concentration des ions. Voir aussi pH 5-Hydroxytryptamine. Voir Sérotonine Ictère (jaunisse), 327, 329t
effet sur la vitesse des réactions enzymatiques, Hyperalphalipoprotéinémie familiale, 269t Ictère nucléaire, 327
75-76 Hyperargininémie, 289 Idiotypes, 672
Hydrogène, liaisons, 8, 8f Hyperbilirubinémie, 327-319 327t IDL. Voir Lipoprotéines de densité intermédiaire
dans l’ADN, 354, 355, 355f cause de jaunisse, 327 l-Iduronate, 140, 141f
Hydrogène, peroxyde d’, 690, 714 conjuguée, causes, 337-328, 327t IEF. Voir Isoélectrofocalisation
substrat de l’hydroxyperoxydase, 122 de rétention, 327 IgA, 670t, 671f
Hydrogène, sulfure d’, 128f non conjuguée, 327t IgD, 670t
Hydrolases, 60 non conjuguée et conjuguée, causes, 329t IgE, 670t
cholestéryl ester, 264-265 par régurgitation, 327 IgG, 670t
fumarylacétoacétate, défaut des, dans la tyrosiné- taux élevé de bilirubine non conjuguée, 329 IgM, 670t, 671f
mie, 297 toxique, 328 Ileus méconial, (occlusion), 766
gluconolactone, 207, 207f Hypercholestérolémie, 247, 251 Ilôts de Langerhans et production d’insuline, 202
Hydrolyse (réactions hydrolytiques), 10. Voir aussi les causée par une charge du foie en fructose, 212 Imatinib, 743, 743t
différentes réactions Hyperchromicité et dénaturation, 356 IMC, indice de masse corporelle (BMI), 538
dans la glycogénolyse, 187f, 188 Hyperglycémie, 754. Voir aussi Diabète sucré Immunitaire, réponse, commutation de classe/isotype
des triacylglycérols, 238-239 Hyperglycémique, glycosurie, 753t et, 672
du GTP lié en GDP, 581 Hyperhomocystéinémie, supplémentation en acide Immunitaire, système, 778
énergie libre de l’, 115, 116t folique pour la prévenir, 557 Immunité cellulaire et humorale, abolition de l’, 760
Hydropathie, graphe d’, 477 Hyperhydroxyprolinémie, 297 Immunité innée, 668
Hydroperoxydases, 121 Hyperkaliémique, paralysie périodique, 642t Immunodéficience humaine, virus de l’, (VIH-1/HIV-1),
Hydroperoxydes, 234f, 235 Hyperlacticacidémie, 255 608
Hydrophile, portion, de la molécule lipidique, 155, Hyperlipidémie, utilité de la niacine, 554 Immunodéficience sévère combinée (DICS), 759, 760f
155f Hyperlipoprotéinémies, 247, 269, 269t Immunogénicité, atténuation, 672
Hydrophiles, hormones, 511 Hyperlysinémie périodique, 302 Immunoglobulines, 654, 657t, 670, 670t. Voir aussi
Hydrophobe effet, dans l’auto-assemblage des bicou- Hyperlysinémie périodique, 302 rubriques spécifiques à Ig
ches lipidiques, 477 Hypermétabolisme, 178, 540 classes, 669t
Hydrophobe, portion, de la molécule lipidique, 155, Hyperméthioninémie, 310 commutation de classe, 671
155f Hyperornithinémie-hyperammonionémie et homoci- fonctions, 669, 669t
Hydrophobes, chromatographie d’interactions, pour trulinémie, (syndrome HHH), 289 gènes. Voir Immunoglobulines, gènes
purifier les protéines/peptides, 27-28 Hyperornithinémie-hyperammonionémie, syndrome maladies dues à une sur- ou sous-production d’,
Hydrophobes, interactions, 9 d’, 295 671-672
Hydrosolubles, hormones, 516 Hyperoxalurie primaire, 295 production par des hybridomes, 672
Hydrostatique, pression, 655 Hyperphénylalaninémies, 300 structure, 671f
Index 829

Immunoglobulines, 760 Inositol triphosphate Intrinsèque, voie, de la coagulation sanguine, 676-678


Immunoglobulines, chaînes légères, 671 dans l’activation plaquettaire, 682, 683f 677f
gènes, 670 Inr. Voir Initiatrice, séquence Intrinsèques (intégrales), protéines, 37, 479, 479f
réarrangement de l’ADN et, 374-375 Insaturés, acides gras, 149, 149t. Voir aussi Acides gras comme récepteurs, 488
Immunoglobulines, gènes des, 671 alimentaires, effet sur le taux de cholestérol, 268 de la membrane des hématies, 693-694, 694f, 694t
réarrangements de l’ADN et, 374-375 dans les membranes, 475, 475f, 477f interaction avec les protéines du cytosquelette,
réparation des cassures double brin et, 383f double liaisons cis, 149, 149f 694f
Immunoglobulines, protéine de liaison à la chaîne essentiels, 231, 231f Introns (séquences intervenantes), 370, 371f, 374, 401,
lourde des, 579 anomalies de leur métabolisme, 235 408, 465
Immunologie, 1 déficit, 232-233 excision à partir des transcrits primaires, 401f
IMP (Inosine monophosphate) et production de prostaglandines, 225 Inuline, 142
conversion en AMP et en GMP, 342, 343f métabolisme, 231 clairance, 753
rétrorégulation, 345, 345f oxydation, 219 Inverti, sucre, 142
synthèse, 342-344, 343f, 344f sources d’eicosanoïdes, 225, 233, 234f, 235f Iode, métabolisme
Importines, 572, 573f structures, 231f dans le follicule thyroïdien, 505f, 506
Inactives, protéines normalement, 673 synthèse, 231-232, 232f synthèse d’hormones, 506
Inclusions cellulaires, maladie des, 491, 491t, 580t, 599 Insertion, séquences d’, non clivées, 578 Iode/iodure, 559t
causes, 606 Insertion, signal transitoire d’. Voir Signal, peptide 5-Iodo-2’-désoxyuridine, 338f
Indirect, cancérigène, 728f Insuline, 158, 490, 585 Iodopsine, 544
Indole, coefficient de perméabilité de, 477f dans la glycolyse, 178, 198 5-Iodouracile, 338
Indométhacine, effet sur les cyclooxygénases, 234 dans la régulation de la glycémie, 200-202 Ionique, produit, 11
Inducteurs dans la régulation de la lipogenèse, 231 Ioniques, canaux, 474, 482-484, 483f, 483t, 482
affectant la synthèse d’enzymes, 88 dans la régulation de la lipolyse, 231, 255f, 256, dans le muscle cardiaque, 641, 641t
dans la régulation de la néoglucogenèse, 198 257f maladies associées à des désordres des, 641t
dans la régulation de l’expression génique, 425 dans le transport du glucose, 483 Ionisants, rayons, réparation par excision réparation
gratuits, 426 déficicit, 202. Voir aussi Diabète sucré des dommages de l’ADN dus aux, 384, 384t
Inductible, gène, 425 effet sur l’initiation de la synthèse protéique, 416, Ionophores, 134, 486
Infection, 777 417f IP3. Voir Inositol triphosphate
perte protéique, 539 effet sur le métabolisme du tissu adipeux, 256 IPTG. Voir Isopropylthiogalactoside
Infections pulmonaires/insuffisances cardiaques, 766 effet sur les acides gras libres, 247, 256 IRES. Voir Ribosomes site d’entrée interne des,
Irréversible, inhibition, des enzymes, 82
Infections récurrentes bronchopulmonaires, 766 effets sur la phosphorylase b, 190
Irréversibles, modifications covalentes, 91, 93f
Infections récurrentes, 606, 668 et réserves de carburant métabolique, 164
Ischémie totale du myocarde, 780
Inflammation, 226, 673 stockage, 510t
Ischémie, 178, 491
prostaglandines, 225 synthèse, 506
Isoaspartyle méthyltransférase, 720f
protéines de phase aiguë, 656 transmission du signal par des kinases, 522, 523f
Isoaspartyle, liaison, dans le squelette polypeptidique,
rôle du complément, 672-673 Insuline, récepteur, 495
720f
Inflammation chronique, 744 Insuline/glucagon, rapport, dans la régulation de la
Isocitrate déshydrogénase (IDH), 172, 173f
Inflammatoire aiguë, biomolécules à propriétés vaso­ cétogenèse, 222
dans la production du NADPH, 228, 229f
actives impliquées dans la réponse, 699t Intégration à spécificité de site, 374
mutation, 741
Information biologique, 521 Intégration chromosomique, 374, 374f
Isoélectrique, pH (pI), charge nette d’un acide aminé
Information, voie/flux de l’, 516f Intégrines, et, 21
Ingénierie inverse, modélisation par, 105 leucocytes, 698, 698t Isoélectrofocalisation, 29, 30f
Inhibiteur panprotéase, 673 neutrophiles, 698, 698t Isoenzymes. Voir Isozymes
Inhibiteur-1, 189, 191f, 192f, 193 plaquettes, 698, 698t Isolants, 439
Inhibiteurs à liaison forte, 81 Interferon β humain, enhancer de son gène, 437f les lipides non polaires, 146
Inhibition Intérieur-extérieur, asymétrie membranaire, 478 Isoleucine, 19t
basée sur le mécanisme, 82 Interleukines-1 et 6, 625 besoins, 540
compétitive vs, non-compétitive, 79-81 Interleukines, 688 catabolisme, 303, 304f, 305f
irréversible, 82 Intermédiaires protéiques et molécules cargo, 584 interconversion, 279
par liaison forte, 82 Intermembranaire, espace mitochondrial, protéines Isomaltose, 143t
rétroinhibition dans la régulation allostérique, de l’, 570 Isomérases, 59
89-90, 90f Interphasiques, chromosomes, fibres chromatinien- Isomérie
Inhibition basée sur le mécanisme, 83 nes dans les, 367 des stéroïdes, 152, 152f
Initiation (amorçage) Intestin grêle, digestion des monosaccharides, 534 des sucres, 138-139, 138f
dans la synthèse de l’ADN, 378f, 380f Intestinal, épithélium, renouvellement, 713t géométrique, des acides gras insaturés, 149, 149f
dans la synthèse des ARN, 389, 390 Intestinales, bactéries dans le métabolisme de la bili- Isomérie D, 138, 139f
dans la synthèse protéique, 413, 414f rubine, 327 Isomérie géométrique des acides gras insaturés, 149,
Initiation, complexe 43S d’, dans la synthèse protéique, Intracellulaire, environnement, maintien par les 149f
413, 414f membranes de l’, 474, 474t l-Isomérie, 138, 139f
Initiation, complexe 80S d’, dans la synthèse protéique, Intracellulaire, liquide (LIC), 474, 474t Isomorphe, remplacement, 43
414f, 413 Intracellulaire, trafic, 568-570, 573-574. Voir aussi Isopentényle diphosphate, dans la synthèse du choles-
Initiation, complexes d’, dans la synthèse protéique, Protéines, tri des térol, 261, 262f
413, 414f maladies dues à des mutations de gènes impliqués, Isoprène, unités, polyprénoides synthétisés à partir d’,
Initiatrice, séquence, 389, 761 574t, 585 153, 154f
Innées, erreurs, du métabolisme, 3, 292 vésicules de transport et, 580-584 Isoprénoides, synthèse des, 262, 263f
Inosine monophosphate (IMP) Intracellulaires, membranes, 474 dans la synthèse du cholestérol, 263f
conversion en AMP et en GMP, 342, 343f Intracellulaires, signaux, 519 Isopropylthiogalactoside, 426
rétro-régulation de la, 345, 345f Intravasation, 739 Isoprostanes (prostanoïdes), 149, 155
synthèse, 342-344, 343f, 344f Intraveineuse, injection, de sel-dextrose, 771 voie synthétique de la cyclooxygénase, 234-234,
Inositol hexaphosphate (acide phytique), altération de Intrinsèque, facteur, 537, 555 234f
l’absorption du calcium par, 537 dans l’anémie pernicieuse, 554 Isostériques, enzymes, 90
830 Index

Isothermes, systèmes, exemple des systèmes biologi- L LDL oxydés, 780


ques, 114 LDL, cholestérol, valeurs de référence, 756t
Isotopes. Voir aussi les différents types L, canal calcique de type, 640 LDL. Voir Lipoprotéines de faible densité
dans l’analyse des protéines plasmatiques, 655 L, chaînes. Voir Chaînes légères LDL/HDL, rapport du cholestérol des, 268
Isotypes, 672 Labile, facteur (Facteur V), 679f, 679t Leader, séquence (de tête). Voir Signal, peptide
Isotypique, commutation, (de classe), 671 Laboratoire, analyses de Lécithine :cholestérol acyltransférase (LCAT), 243,
Isovalérique, acidémie, 306 automatisation, 751 251, 265f, 266
Isovaléryl-CoA déshydrogénase, 294t causes de taux anormaux des analytes dosés, 748, déficit familial en, 269t
dans l’acidémie isovalérique, 303 749t Lécithines (phosphatidylcholines),
Isozymes, 64 importance en médecine clinique, 748 asymétrie membranaire et, 478
interprétation, 751 exemples/commentaires, 592t
synthèse, 239, 240f
J paramètres modifiant les valeurs, 750
tests biochimiques. Voir Biochimiques, analyse de végétales, 592t
laboratoire Lécithines. Voir aussi phosphatidylcholines
J, chaîne, 671f métabolisme, 242f
Jak-STAT, voie, 523, 523f tests fonctionnels d’organes, 751-754, 752t, 753t,
754t Leiden, facteur V de, 680
Jamaïque, maladie des vomissements de la, 224 Leptine, 257
Jaunisse (ictère), 327, 327t utilisation, 751
valeur prédictive, 750 Lesch-Nyhan, syndrome de, 342, 773
Jaunisse néonatale (physiologique), 327t Leucémie myélocytique aiguë, 735
Jaunisse non hémolytique congénitale, (maladie de validité des résultats, 748, 749
vérification de la validité, 750 Leucémies, 687
Crigler-Najjar de type I), 328 Leucine, 18t
Jaunisse physiologique (néonatale), 328 Laboratoire, analyses de, pour diagnostiquer les mala-
dies thyroïdiennes, 754t besoins, 539
Jaunisse posthépatique, 328f catabolisme, 303, 304f
Jaunisse préhépatique, 328f lac A, gène, 425f, 426, 427f
lac I, gène, 426, 425f interconversion, 279
Jeûne, 114
lac, opéron, 425, 425f, 427f Leucine aminomutase, 555
aspects cliniques, 167
lac, répresseur de, 424, 425f Leucine, motif en fermeture éclair à, 436
cétose, 224
Lactase, 540 Leucocyte, déficit d’adhérence de type I, 699
mobilisation des carburants métaboliques, 166-
déficit en (intolérance au lactose/lait), 533 Leucocytes, 603
167, 166f, 166t
Lactate facteur de croissance régulant la production des,
redirection des triacylglycérols, 251
formation, 770 616
stéatose hépatique, 253
glycolyse anaérobie et, 177, 179f, 180-181 renouvellement, 713t
Jeûne, carburants métaboliques pendant le, 161, 167,
hypoxie et, 180-181 valeurs de référence, 756t
167f, 167t
Lactate déshydrogénase, 41 Leucocytes-cellules endothéliales, interactions, 603t
Jonction, gène du segment de, 671
dans la glycolyse anaérobie, 180 Leucocytes, déficit d’adhérence de type II (LAD), 605
Jonctionnelle, diversité, 671
isozymes, 67 Leucocytes. Voir aussi les différents types
signification diagnostique, 66t, 67, 67f et intégrines, 698, 698t
K Lactation, cétose de la, 167 facteurs de croissance régulant leur production,
Lactique, acide, cycle de l’, 201, 201f 689
K. Voir Constante de dissociation, Potassium Lactique, acide, valeur du pK/pKa, 15t Leucodystrophie, métachromatique, 244t
k. Voir Constante de vitesse Lactique, acidose, 178 Leucotriènes, 149, 149f, 233, 235, 237
K+, canal, 484-485 due à des défauts mitochondriaux héréditaires, formation par la voie de la lipoxygénase, 24, 234,
Kartagener, syndrome de, 650 127 234f, 236f
Kcat. Voir Constante catalytique métabolisme du pyruvate et, 183 leucotriène A4, 149f
Kcat/Km.Voir Catalytique, efficacité carence en thiamine et, 551 signification clinique, 234-236, 128f
Kd. Voir Dissociation, constante de Lactoferrine, 698t Leucovirine, 556
KDEL, protéines à motif, 568t, 578 Lactose, 138, 141f, 142t, 211, 212 Levures, dans l’étude de l’importation mitochondriale
Keq. Voir Constante d’équilibre intolérance au, 137, 533, 534 des protéines, 570
Kératane, sulfates de, 628 le galactose dans la synthèse du, 210, 212f Liaison (à la membrane), 574
Kératines, 651 métabolisme du, hypothèse de l’opéron et, 425-428, Liaison, analyse de, 736
Kernictère. Voir Ictère nucléaire 425f Liaison, constante de, de Michaelis (Km), approxima-
Kinase A, protéines d’ancrage de la, 517 Lactose synthase, 212, 212f tion, 77
Kinases, protéines Voir Protéine Kinases Lactulose, 143t Liaison, protéines de, 657t
Kinésine, 650 lacY, gène, 425f, 426 Liaisons. Voir rubriques spécifiques
Kinétochore, 369, 734f lacZ, gène, 425f, 426 Libération, facteurs de, (RF1/RF3), dans la terminai-
Kininogène de haut poids moléculaire, 677, 678, 677f LAD II (déficit d’adhérence leucocytaire II), 605 son de la synthèse protéique, 406, 406f
Kinuréninase, 301f, 302 Lait (lactose), intolérance au, 138, 534 Ligand-récepteur, complexe, 520-521, 521f
Kinurénine formylase, 301f, 302 Lambda, répresseur de (cI), protéine/gène, 428-432, Ligand, canaux commandés par un ligand, 492, 642t
Kinurénine-anthranilate, voie de la, dans le catabo- 428f, 429f Ligand, domaine de liaison au, 530
lisme du tryptophane, 302, 301f Laminine, 614 Ligands, 103
Km. Voir Michaelis, constante de, représentation schématique des interactions cellu- Ligases, 60, 580
Knockout (invalidation) de gènes, 461 laires, 616f Ligature d’ADN à extrémités franches, 449
knockout/destruction de gène ciblée, 461 Langerhans, îlots de, insuline produite par les, 202 Ligature/ligation, 464
Korsakoff, psychose de, 552 Lanostérol, dans la synthèse du cholestérol, 261, 262, Ligature/ligation, d’extrémités cohésives d’ADN, 449,
Kozak, séquences consensus de, 416 263f 449f
Krabbe, maladie de, 244t Large bande bêta, maladie de la (dys-bêta-lipoprotéi- LINE, définition, 466
Krebs, cycle de. Voir Citrique, cycle de l’acide némie), 269t LINE. Voir Longues séquence répétées dispersées
Kw. Voir Ionique, produit Laue, radio cristallographie (rayons x) de, 44 Lineweaver-Burk, représentation de
Kwashiorkor (œdémateux), 276, 538, 777 Laurique, acide, 148t et estimation des Km et Vmax, 77-78
caractéristiques, 777 LBD. Voir Ligand, domaine de liaison au et évaluation des inhibiteurs, 80
malnutrition protéino-énergétique (MPE), 776- LCAT. Voir Lécithine cholestérol acyltransférase α-Linoléique, acide, contre le déficit en acides gras
778 LCR. Voir Locus, régions de contrôle du essentiels, 219
Index 831

Linoléique, acide/linoléate, 147t, 231, 231f, 232 effet de l’insuline, 231 Lyases, 60
rôle dans le déficit en acides gras essentiels, 232 effet des hormones, 257, 258f Lymphocytes B, 668
synthèse, 232f lipase hormono-sensible dans la, 256-257, 256f et production d’hybridomes, 600, 600f
Lipase gastrique, 539 Lipophiles, hormones, 495 Lymphocytes B pour la production d’hybridomes,
Lipase hépatique, 251 Lipoprotéine (a) excès familial de, 269t 672
dans la capture des résidus de chylomicrons, 250f, Lipoprotéine lipase, 161, 162f, 250f, 252, 255f, 622 Lymphocytes T, 746, 759
251 déficit familial, 269t étude par la technologie de l’ADN recombinant,
déficit en, 269t impliquée dans la capture des résidus de chylomi- 628
Lipase hormonosensible, 255, 256f crons, 251 Lymphoïdes, cellules précurseurs, 438
effet de l’insuline, 256 Lipoprotéines, 37, 145, 161, 247-256, 248t, 249f. Voir Lyse cellulaire, le complément dans la, 673
Lipase linguale, 535 aussi les différents types Lyse, test de, et érythroblastose multinucléaire hérédi-
Lipase pancréatique, 535 classification, 247-248, 247t taire, 605
Lipases dans le transport du cholestérol, 265-266, 266f Lysine hydroxylase, la vitamine C comme coenzyme
dans la digestion, 534, 535 déficit et cirrhose hépatique, 253 de, 588
dans le métabolisme des triacylglycérols, 238, 255, glucides dans les, 144 Lysine, 20t
255f, 534, 535 maladies des, 269-270, 269t besoins, 540
signification diagnostique des, 66t résidus, 247t, 250f, 251 catabolisme, 300, 300f
Lipides, 147-156. Voir aussi les différents types capture hépatique des, 251 pI, 20
acides gras, 147-150 Lipoprotéines de densité intermédiaire, 248t, 251, 266 Lysogène, voie, 428f, 429
amphiphiles, 154, 155f Lipoprotéines de faible densité, 248t, 249, 261, 265 Lysolécithine (lysophosphatidylcholine), 151, 151f,
asymétrie et assemblage membranaire, 584, 585f apolipoprotéines des, 247t, 248 242, 242f
classification, 147 métabolisme, 250f, 251 Lysophosphatidylcholine, 151, 151f
complexes, 147 rapport LDL/HDL et athérosclérose, 268 Lysophospholipase, 242, 242f
dérivés, 147 récepteurs, 251 Lysophospholipides, 151, 151f
digestion et absorption, 534-535 dans la capture des résidus de chylomicrons, Lysosomes, 598
glycolipides, 147, 151-152, 152f 251f, 251 dans l’endocytose, 488
interconversion, 164 pour l’insertion cotraductionnelle, 576, 576f maladies associées à des défauts d’entrée des protéi-
maladies associées à des anomalies des, 490 régulation des, 264-269 nes, 579, 585t
membranaires, 474-478 Lipoprotéines de faible densité, protéine apparentée Lysosomiale, voie de dégradation, défectueuse dans
métabolisme, 158, 159f, 161, 161f. Voir aussi Lipo- au récepteur des, (LRP), 247 les lipidoses, 245
lyse dans la capture des résidus de chylomicrons, 250f, Lysosomiales, enzymes, dans la maladie des inclu-
à l’état alimenté, 166 251 sions cellulaires (I cell disease), 491, 491t
dans le foie, 253, 254f Lipoprotéines de haute densité, 248t, 247 Lysosomiales, protéases, dans la dégradation protéi-
neutres, 147 apolipoprotéines des, 247t, 248 que, 580
peroxydation, 153-154, 154f athérosclérose et, 252, 268 Lysosomiales, protéines, 586
phospholipides, 147, 150-151, 150f cycles, 252 Lysozyme, 40f, 698t
précurseurs, 147 métabolisme, 252-253, 252f Lysyl hydroxylase, 611
ratio des protéines dans les membranes, 474, 475f rapport avec celles de faible densité HDL/LDL, dans la synthèse de l’hydroxylysine, 279
renouvellement (turnover), membranes et, 584- 268 déficit en, 614
585 récepteur, 252, 252f Lysyl oxydase, 611, 613
simples, 147 Lipoprotéines de très faible densité, récepteur des, 247 Lytique, voie, 428f, 429
stéroïdes, 152-154, 152f, 153f Lipoprotéines de très faible densité, 164, 247, 248t, Lytique/lysogène, commutation, 428f
transport et stockage, 247-248 265, 266 d-Lyxose, 140f
aspects cliniques, 253-255 dans l’état alimenté, 166
déficit en acides gras et, 234-236 dans le transport des triacylglycérols, 249f, 250f
en tant que lipoprotéine, 247-248, 247t, 248f métabolisme, 161, 161f, 249-251, 250f M
rôle du foie, 253, 254f sécrétion hépatique selon le statut alimentaire et
tissu adipeux brun et, 257-258, 258f hormonal, 253, 254f Macromolécules, transport cellulaire des, 486, 488,
tissu adipeux et, 255, 255f Liposomes, 479, 480 482f, 483f
triacylglycérols (triglycérides), 150, 150f formation par des lipides amphiphiles, 154, 155f Magnésium, 559t
Lipides neutres, 147 membranes artificielles et, 478-479 dans la chlorophylle, 317
Lipides, maladies du stockage, (lipidoses), 244t, 245 Lipotrope, facteur, 253 dans le liquide extra- et intra- cellulaire, 474, 474t
Lipidique, bicouche, 447-479, 477f Lipoxines, 149, 233, 235 Maillard, réaction de, 601
protéines membranaires et, 477-478 signification clinique, 235-236 Maladie des urines à odeur de sirop d’érable (cétonu-
Lipidique, cœur, des lipoprotéines, 247 voie de la lipoxygénase dans leur formation, 234, rie à chaînes ramifiées), 303
Lipidique, composition, du RE, 576 234f, 236f fonction altérée du complexe de la décarboxylase
Lipidique, peroxydation, 716 5-Lipoxygénase, 235f, 236f des α-cétoacides, 305t
Lipidique, profil, valeurs de référen ce, 756t Lipoxygénase, 235f, 236f Maladie, 1. Voir aussi Cas cliniques ; les différentes
Lipidiques, gouttellettes, 255, 257 espèces réactives produites par elle, 154 maladies
Lipidiques, radeaux, 480, 584, 586 Lipoxygénase, voie de la, 234, 235, 235f, 236f bases chimiques, 3-4
Lipidomique, 5 Lithium, 559t conformationnelles, 579t
Lipogenèse, 160, 164, 226-229, 219f, 253-254 Lithocholique, acide, synthèse d’, 267f principales causes, 3t
acétyl CoA pour la, 228 LMM. Voir Méromyosine légère Projet Génome Humain et, 4-5
e t complexe acide gras synthase, 226-228, 226f, 227f Locus, régions de contrôle du, 439 recherche des gènes, 2, 3
NADPH pour la, 228, 229f Longues séquences répétées dispersée (LINE), 371 Malaria, 608
production de malonyl-CoA, 226, 226f LRP. Voir Lipoprotéines de faible densité, protéine Malate déshydrogénase, 172f, 172
régulation, 229-231, 230f apparentée aux récepteurs des, Malate, 171f, 172
enzymes impliquées, 198t, 226-228, 229-230 LT. Voir Leucotriènes Malate, navette du, 135, 135f
état nutritionnel et, 228 Lubrifiant, 589t MALDI, désorption au laser assistée par la matrice, en
mécanismes à court et long terme, 229-231 Lumière solaire. Voir Ultraviolette, lumière spectrométrie de masse, 33, 33f
Lipolyse, 161, 255-258, 250f, 256f. Voir aussi Lipides Lumière, dans le transport actif, 488 Maléylacétoacétate, dans le catabolisme de la tyrosine,
des triacylglycérols, 238 LX. Voir Lipoxines 298, 299f
832 Index

Malignité/malignes, cellules. Voir Cancer/cancéreuses Médicaments, détoxification/interaction des, cyto- Membranes, mucines associées aux, 593
cellules chromes P450 et, 124, 125f Membraneux, os, 625f
Malique, enzyme, dans la production de NADPH, Médicaments, développement de, Mémoire à court terme, perte de, 760
228f, 228, 229f ARN cible pour le, 362 Ménadiol, 550
Malonate, cinétique enzymatique, mécanisme et inhibition Ménadiol, diacétate de, 550
effet sur la chaîne respiratoire, 132, 133f dans le, 83 Ménadione, 550. Voir aussi Vitamine K
inhibition de la succinate déshydrogénase par le, Médicaments, métabolisme in vivo des, 84 Ménage, gènes de, 425
79 Médicaments, nouveaux, approches de développe- Ménaquinone, 550. Voir aussi Vitamine K
Malonyl CoA, dans la synthèse des acides gras, 226, ment, 709-710, 709f Menkes, maladie de (maladie des cheveux cassants),
227f Médicaments, résistance, 444 665
Malonyl transacylase, 226, 227f, 228f Médicaments, tests enzymatiques appropriés pour le carence en cuivre, 614
Maltase, 534 criblage à haut débit dans la découverte de, 66 Menkes, maladie de, 673
Maltose, 141, 142f, 141t Mégaloblastique, anémie, 687t Menkes, syndrome de, 614
Mammifères, corégulateurs protéiques, 527t par déficit en folate, 554 MEOS. Voir Cytochrome P450, système microsomial
Mammifères, récepteurs des asialoglycoprotéines des, par déficit en vitamine B12, 556 d’oxydation de l’éthanol dépendant du,
593 MELAS, 136 6-Mercaptopurine, 338, 338f
Man 6-P, protéines récepteur du, 606 Mélatonine, biosynthèse et métabolisme, 313f Mercuriques, ions, effet sur le métabolisme du pyru-
Manganèse, 559t Membranaire, fusion, 581 vate, 184
d-Mannosamine, 141 Membranaire, protéine, de transport des acides gras, Méromyosine,
Mannosamine, 212, 213f 248 légère, 633
Mannose 6-phosphate/mannose 6-P, Membranaire, transport, 481t, 482, 483f, 484f, 486f. lourde, 633
dans le flux des protéines, 588t Voir aussi les différents mécanismes Messager, ARN (ARNm), 359, 359f, 360f, 389, 410,
signal, 619 Membranaires, lipides 417f, 448.Voir aussi ARN
d-Mannose, 140f, 141t formation de bicouches, 476-477, 476f, 477f édition, 313
Mannose, protéine de liaison au, déficit en, 607 glycosphingolipides, 475 modification, 404-405
Manteau (Coatamères), protéines de, nature amphiphile, 475-476 molécules, 572
fonction, 581 phospholipides, 474-475 non traduit, 419-420
recrutement, 581, 582f stérols, 475 polycistronique, 425
Manteau, coque de protéines de, (coatamères), 582 Membranaires, protéines, 478-479 491t, 576. Voir relation avec l’ADN chromosomique, 370f
MAP. Voir Microtubules, protéines associées aussi Glycoprotéines séquence nucléotidique, 408
Marasme, 114, 276, 539, 777 association avec la bicouche lipidique, 477 mutations dues à des changements de la, 411-
Marasmique, kwashiorkor, 774 intrinsèques, 36, 478, 479f 412, 412f
Marfan, maladie de, 615 maladies causées par des mutations les affectant, signification des codons, 407, 408t
MAT. Voir Méthionine adénosyltransférase 490-491, 491t site de démarrage de la transcription et, 389
Matrice périphérique, 478, 479f système exportateur, 572
extracellulaire. Voir les différents composants structure, dynamique, 477-478 Métabolique, syndrome, 781
mitochondriale, 127, 171 Membrane mitochondriale externe, 127, 570 Métabolique, théorie, du vieillissement, 720
Matrice extracellulaire, 544-562. Voir aussi Matrice ; et insertion des protéines, 571 Métabolique, voie/flux, 162-163. Voir aussi rubrique
les différents composants Membrane mitochondriale interne, 127, 570 spécifique et Métabolisme
fibronectine, 615-616 insertion des protéines dans la, 569 nature unidirectionnelle, 87
processus de vieillissement, 610 Membrane, assemblage de la, 575 réactions de non-équilibre, 163
protéines structurales, 610 Membrane, polysomes liés à la, 574 réactions génératrices de flux, 163
protéoglycanne, 610 Membranes, 474-492 régulation, 87-88, 87f, 163, 163f
rôle dans le pouvoir métastatique, 739 appareil de Golgi et synthèse, 568 modification covalente dans la, 91
tissu conjonctif, 610 artificielles, 478-479 Métaboliques, carburants, 165-167. Voir aussi Diges-
Matrice, brin d’ADN, 355, 358, 359f asymétrie, 474, 478 tion
transcription pour la synthèse d’ARN, 389-390 bicouche, 476f, 477-478 à l’état alimenté et à jeun, 164-167, 165f, 166f, 166t
Matrice, liaison à la, dans la transcription, 391 association des protéines membranaires et, 477 apports alimentaires, 538
Matrice, peptidase de maturation de la, 570 biogenèse, 585, 585f, 585t aspects cliniques, 166-167
Matricielles, protéines, 570, 573 cholestérol dans les, 475 besoins quotidiens, 157
maladies causées par des défauts d’importation et modèle de la mosaïque fluide 480 chez l’adulte normal, 157
des, 573 dépolarisation dans la transmission de l’influx ner- interconversion, 164-167
Maturation nucléolytique de l’ARN, 404 veux, 431 stocks, 157-168. Voir aussi Métabolisme
MBP. Voir Mannose, protéine de liaison au, effet de la fluidité, 480 Métaboliques, maladies, du métabolisme des acides
McArdle, syndrome de, 190t fonction, 478-491 aminés, 294t
MEC. Voir Matrice extracellulaire glycosphingolipides dans les, 475 Métabolisme, 115, 159-169. Voir aussi rubrique spéci-
Médecine légale intracellulaires, 474 fique ; Catalyse ; Catalytique, réaction (enzymatique) ;
nombre variable de répétitions en tandem (VNTR) lipides. Voir aussi, Membranaires, lipides Métabolique, voie/flux ; types spécifiques
et, 460 amphiphiles, 154, 155f, 475-476, 476f au niveau des tissus et des organes, 159-161, 160f,
polymorphisme de longueur de fragments de res- maladies causées par des mutations les affectant, 167t
triction (RFLP) et, 458 490-491, 491t au niveau subcellulaire, 161-162, 162f
Médecine préventive, impact de la recherche biochi- phospholipides, 150-151, 151f, 474-475, 475f carburants tissulaires et intégration du, 159-162
mique sur la, 3 plasmique. Voir Plasmique, membrane circulation sanguine et, 159-161, 160f, 161f
Médecine, protéines dans les, 477-478, 485t. Voi aussir Mem- compartimentation, 87-88
préventive, recherche biochimique et, 3 branaires, protéines, contrôle de la concentration et, 88-89
relations avec la biochimie, 1-2, 3 rapport protéines/lipides dans les, 474, 475f des médicaments in vivo, 83
Médicamenteuses, interactions, 705 sélectivité des, 480-486, 481t, 482f, 484f, 485f, 485t erreurs innées du, 2, 291
Médicaments stérols dans les, 475 modification covalente et, 89, 91, 92f, 93
comme inhibiteurs d’enzyme, 83 structure, 474-477, 474f réactions de transfert de groupe, 10
doses, 758 asymétrie et, 478 réactions limitantes, 88
Médicaments, conception assistée par ordinateur, modèle de la mosaïque fluide, 479-480, 479f régulation, 87f, 88, 163, 163f
(CADD), 103 Membranes artificielles, 479-480 enzymes intervenant, 163, 163f
Index 833

mécanismes allostériques et hormonaux, 89-90, Microbiennes, toxines, 486 Molybdène, 559t


90f, 163-164, 163f Microbiologie, 2 Monoacylglycérol acyltransférase, 239, 240f
régulation allostérique, 89-90, 90f, 163, 163f Microfibrilles, 615 Monoacylglycérol, voie du, 240f, 241, 535
Métabolites, flux des, 87 Microfilaments, 661 2-Monoacylglycérols, 240f
Métabolomique, 5 Micronutriments, 543. Voir aussi les différents micro- Monoclonale, immunoglobuline, 742t
Métachromatique, leucodystrophie, 244t nutriments Monoclonaux, anticorps anti VEGF, 738
Métal, enzymes activées par un, 60 vitamines. Voir Vitamines, Monoclonaux, anticorps, 743t
Métalliques, ions, dans les réactions enzymatiques, Microsatellites (ADN), polymorphisme, 372, 460 466 application thérapeutique humaine, 672
60 Microsatellites, instabilité des, 372, 734 production par hybridomes, 672, 672f
Métalloenzymes, 60 Microsatellites, séquences répétées, 372, 466 Monoglycosylée, structure, du cœur des glycoprotéi-
Métalloflavoprotéines, 122 Microsomial, cytochrome P450, 771 nes, 599
Métalloprotéines, 37 Microsomial, système de l’élongase, 229, 230f Monoidotyrosine, 506
Métallothionéines, 665 Microtubules, 584, 649 Monoinsaturés, acides gras, 148, 148t. Voir aussi Aci-
Métaphasiques, chromosomes, 369, 369t, 370f, 373, représentation schématique, 649f des gras ; Acides gras insaturés
373f Microtubules, protéines associées aux, 649 alimentaires affectant le taux de cholestérol, 268
Métastases, 589, 740t Minéralocorticoïdes, 496, 497, 499f synthèse, 231-232, 232f
amplification génique, 739 Minéraux, 3, 543-546, 548, 559-560 Monomériques, protéines, 44
anomalies membranaires et, 491t digestion et absorption, 537 Mononucléotides, 335
et cancers, 738-740 MIT. Voir Monoiodotyrosine réactions de « récupération », 343f, 344
schéma simplifié, 738f Mitchell, théorie chimiosmotique de. Voir Chimiosmo- Monooxygénase, 124. Voir aussi Cytochrome P450,
Méthacrylyl-CoA, catabolisme du, 304f tique, théorie système du
Méthémoglobine, 56, 691 Mitochondrial (mt), génome, 570 Monosaccharides, 138. Voir aussi les différents types
Méthémoglobinémie aiguë massive, 693 Mitochondrial, ADN, 372f, 372t et Glucose
Méthémoglobinémie, 56, 687t, 693 Mitochondrial, cytochrome P450, 124, 705. Voir aussi absorption, 533, 534
Méthionine, 19t, 302, 302f Cytochrome P450, système du, importance physiologique des, 139, 140t
activée (S-adénosylméthionine), 302, 302f, 309, Mitochondriale, glycérol-3-phosphate déshydrogé- Mort, voie des récepteurs de, 736
310, 310f, 337, 337f, 338t nase, 122 Mortalité et vieillissement, 712
besoins, 540 Mitochondriale, matrice, 570, 571f Mosaïque fluide, modèle de la, 480, 480f
catabolisme, 302, 302f, 303f Mitochondriale, oxydation, des flavines réduites, 564f MPE (malnutrition protéino-énergétique),
dans le piège à folate, 554f Mitochondriale, théorie, du vieillissement, et radicaux primaire, 777
Méthionine adénosyltransférase (MAT), 302t, 310f libres, 716 secondaire, 777
Méthionine synthase, 555 Mitochondriales, encéphalopathies, accompagnées
MPO. Voir Myéloperoxydase
Méthotrexate, 348, 556 d’acidose lactique et d’épisodes d’attaques (MELAS),
MPS. Voir Mucopolysaccharides
effet sur dihydrofolate/dihydrofolate réductase, 348 136
mRNA. Voir Messager, ARN
Méthyl pentose, dans les glycoprotéines, 145t Mitochondriales, membranes
MRP-2, dans la sécrétion de la bilirubine, 329
Méthyl-tétrahydrofolate, dans le piège à folate, 555, enzymes marqueurs des compartiments séparés
MRP-2, protéine 2 apparentée à la protéine de résis-
555f, 556 par les, 127
tances multiples aux médicaments, dans la sécrétion
Méthylation, 707 insertion des protéines, 576
de la bilirubine, 329
des résidus de résidus de cytosine, 737 structure, 127, 127f
MstII, 449t
modification covalente augmentant la masse, 31t Mitochondriaux, complexes protéiques, dans la chaîne
dans l’anémie falciforme, 458f
5-Méthylcytosine, 336, 336f respiratoire, 127, 128f
mtADN. Voir Mitochondrial, ADN
Méthylène, tétrahydrofolate de, 556 Mitochondries
dans le piège à folate, 556 apoptose, 688-689 Mucines, propriétés, 595t
7-Méthylguanine, 336f chaîne respiratoire. Voir Respiratoire, chaîne Mucolipidoses, défauts biochimiques et tests diagnos-
Méthylhistidine dans la maladie de Wilson, 309 cycle de l’acide citrique, 158, 159f, 161-162, 161f, tiques, 621t
Méthylmalonique, acidurie, 198 162f, 171, 175, 175f Mucopolysaccharides, 143, 144f
Méthylmalonyl-CoA isomérase (mutase), dans le exportation de phosphate à haute énergie, 135, Mucopolysaccharidoses, 620, 621
métabolisme du propionate, 196, 198f, 555 136f caractéristiques, 621t
Méthylmalonyl-CoA racémase, dans le métabolisme implication dans le cancer, 740-741, 741f causes, 621f
du propionate, 196, 198f oxydation des acides gras, 216, 218f défauts biochimiques et tests diagnostiques, 620t
Méthylmalonyl-CoA, accumulation lors d’une carence synthèse d’ALA, 318, 319 diagnostic, 621t
en vitamine B12, 555 synthèse protéique et importation, 568t, 569 Mucoprotéines. Voir Glycoprotéines
Méthylpentose, dans les glycoprotéines, 145t transport ionique, 134 Mucoviscidose, 487, 487t, 491, 491t, 534, 608
Mévalonate, synthèse du, 261, 262f Mitochondries, altérations redox, 716 étude de cas, 765-767, 767t
dans la synthèse du cholestérol, 261, 262f ML. Voir mucolipidoses Mucus visqueux, 766
Mg. Voir Magnésium MOAT. Voir Transporteur multispécifique d’anions Mucus, 593
miARN (micro) et siARN (interférant), 362 organiques représentation schématique, 594f
Micelles, 476, 476f Mode de Vie, changement de, effet sur les taux de cho- Multifactorielles, maladies, bioinformatique et, 97
dans l’absorption des lipides, 535 lestérol, 268 Muscle. Voir aussi Cardiaque, muscle ; Muscle sque-
formation par des lipides amphiphiles, 154, 155f, Modélisation moléculaire dans l’analyse de la struc- lettique
476, 476f ture des protéines, 44 capture du glucose, 164
Michaelis-Menten, équation de, 77 Modifiables, facteurs de risque, pour le cancer, 733 catabolisme, 777
effet de la concentration du substrat, 75-79 Modifications covalentes réversibles, 93f, 94, 93t Voir contraction, Voir Musculaire, contraction
réaction Bi-Bi et, 82 aussi Phosphorylation des protéines contrôle par des phosphorylases, 188
régulation du flux métabolique et, 87, 87f Moléculaire, dynamique, 44 dans la transduction de l’énergie, 630-632
Michaelis, constante de (Km), 77 Moléculaire, génétique, 2, 448-46 Voir aussi recombi- fibres, 631f
approximation de la constante d’affinité, 78 nant, ADN/technologie de l’ADN recombinant glycogène dans le, 163, 164t
effet des inhibiteurs, 80 Moléculaire, modélisation, pour l’analyse de la struc- lors du jeûne, 166-167
effets allostériques sur la, 90 ture des protéines, 44 lors du jeûne, 166-167
vitesse de catalyse enzymatique et, 77, 87, 87f Moléculaire, pathologie, 584 métabolisme, 160f, 161, 167t
Micro (mi), ARN, 362, 404, 405f Moléculaire, remplacement, 44 du glycogène, 186, 188
Microalbuminurie, 754 Moléculaires, commutations, 581 production de lactate, 180
834 Index

protéines. Voir Actine ; Myosine ; Titine par changement de la séquence des nucléotides Na+-K+, ATPase, 487, 487f
rôle de l’ATP, 630-631, 640 de l’ARNm, 413f dans le transport du glucose, 488, 488f
strié, 631 intégration et, 373, 373f NaCl, haute concentration dans la sueur, 766
Muscle lisse, 643 non-sens, 412-413 NAD(P)+, déshydrogénase dépendantes du, pour la
contraction, par changement de la séquence des nucléotides de détection enzymatique, 66
et phosphorylation de la chaîne légère de myo- l’ARNm, 408, 408f, 412f NAD+ (nicotinamide adénine dinucléotide), 122, 553
sine, 642 ponctuelles, 413 comme coenzyme, 122, 123f, 338t
régulation basée sur la myosine, 642 recombinaison et, 372, 373 373f dans le cycle de l’acide citrique, 175
rôle du calcium, 642 spontanées, de la membrane plasmique, 430
interactions actine-myosine, 643 substitution de base, 410, 410f spectre d’absorption, 66, 66f
relâchement, rôle du calcium, 642 suppresseur, 412 NADH
Muscle squelettique, 640, 646, 651. Voir aussi Muscle ; transition, 310, 310f dans la régulation de la pyruvate déshydrogénase,
Musculaire, contraction transposition et, 373-374 182, 183f
caractéristiques biochimiques, 647t transversion, 410, 410f oxydation extramitochondriale, et navettes de
caractéristiques, 646t MYC (oncogène), 731t substrats, 134, 135f
comme réserve protéique, 647-648 Myéline, couches de, 488 production par l’oxydation des acides gras, 218
fourniture de glycogène, 645 Myélome multiple, 672 spectre d’absorption, 66, 66f
métabolisme, 160f, 161 Myélome, 672 NADH déshydrogénase, 122
production de lactate, 180-181 Myélome, hybridomes dérivés de cellules de, 672, NADH-Q oxydoréductase, 127, 128, 128f
stocks de glycogène, 656-647 672f comme accepteur d’électrons, 127, 128f, 172f
Muscle strié, 640f, 643 Voir aussi Muscle ; Cardiaque, Myéloperoxydase, 691, 691t, 698t NADP + (nicotinamide adénine dinucléotide phos-
muscle, Muscle squelettique des neutrophiles, 700, 700f phate), 122, 552f
interactions actine-myosine, 643t Myocarde, infarctus du, (IM) comme coenzyme, 122, 123f, 338t
Muscles intercostaux, renouvellement des cellules, cause, 780f dans la voie des pentoses phosphates, 205, 206f,
713t enzymes aidant au diagnostic, 67 207f
Musculaire, contraction, 631-632, 633, 636-637 étude de cas, 778-779 NADPH
dans le muscle lisse, 642, 643-644, 643f Myocarde, infarctus du, diagnostic utilisant les isoen- dans les réactions du cytochrome P450, 124f
kinase des chaînes légères de la myosine et, 643 zymes de la lactate déshydrogénase, 67, 68 et transhydrogénases, 134
et hydrolyse de l’ATP, 634 Myofibrilles, 642, 643f fourniture d’équivalents réducteurs aux cellules
et monoxyde d’azote, 644-645 Myoglobine, 56 sanguines, 691
courbe de dissociation de l’oxygène et, 51 pour la lipogenèse, 228, 229f
modèle de glissement des pontages entre filaments,
stockage de l’oxygène par la, 50 voie des pentoses phosphates et, 205, 206f, 211
631-632
Myoglobinurie, 56 NADPH-cytochrome P450 réductase, 705
phase de relâchement, 635, 636
Myokinase (adénylate kinase), 117 NADPH-oxydase, 698t, 699, 700
régulation
dans la régulation de la néoglucogenèse, 199 composants, 699
basée sur l’actine, 636
Myopathie de Duchenne, 639, 651, 766, 769-770 dans les phagocytes au repos, 699
calcium et, 636
Myopathie mitochondriale infantile fatale, et dysfonc- mutations des gènes de ses composants, 699, 700
réticulum sarcoplasmique et, 636-637
tion rénale, 136 Nanotechnologies, 65
rôle du calcium, 638
Myopathies, dues à des défauts mitochondriaux héré- Native, conformation, des protéines, 44
activation de la phosphorylase, 190
ditaires, 136 NCBI (National Center for Biotechnology Informa-
muscles lisses, 642
Myopathies, formes congénitales de, 606, 631 tion), 98
réticulum sarcoplasmique, 640 NDP. Voir Ribonucléosides diphosphates
tropomyosine et troponine dans la, 635-636 Myophosphorylase, déficit en, 188t
Myosine, 638, 642 Nébuline, 639
Musculaire, fatigue, 184 Nécrose vs apoptose, 737
dans la contraction musculaire, 631-632, 634-638
Musculaire, fonte, 580, 778, 778t NEFA (acides gras non estérifiées). Voir Acides gras
structure et fonction, 631
Musculaire, phosphorylase libres
Myosine, chaînes légères, 643
absence, 189t Néoglucogenèse, 158, 159, 196-206, 197f, 771, 772f
dans la contraction du muscle lisse, 642
phase de relaxation, coût énergétique, 203
Myosine, chaînes lourdes, 642
AMPc et, 191f dans la glycolyse, 178-180, 179f, 181f, 196f, 197
cardiomyopathie hypertrophique familiale causée
calcium/contraction musculaire et, 190 régulation, 181-183
par des mutations dans leurs gènes, 642
Musculaires, types de fibres, 647t régulation selon la glycémie, 200-202, 200f, 201f
Myosine, filaments de, (épais), 631
Mutagenèse ciblée, pour l’étude des enzymes, 69 régulation, 197-200, 198t, 199f
Myosine, kinase de la chaîne légère de, 643, 644
Mutagenèse ciblée, pour l’étude du mécanisme d’ac- barrières thermodynamiques entre elle et la gly-
Myosine, protéine C de liaison à la, 642
tion d’enzymes, 69 colyse, 195-197, 196f
Myosine, tête de la, 643, 651
Mutation constitutive, 425 cycle futiles des substrats, 199-200
changements de conformation dans la contraction
Mutation par substitution de base, 410f, 411 fructose 2,6-bisphophate et, 199, 199f
musculaire, 634
Mutations géniques, banque humaine de, 101 induction et répression enzymatique dans la,
Myotonique, dystrophie (Myotonia congenita), 642t
Mutations ponctuelles, 411, 729 198, 198t
Myristique, acide, 148t
Mutations somatiques, théorie du vieillissement par, Myristylation, modification covalente changeant la modification allostérique et, 198-199
719 masse, 31t modification covalente et, 198
Mutations, 55, 370, 372f, 573, 729t, 769 rôle du cycle de l’acide citrique, 173-174, 174f, 195-
constitutives, 425 197, 196f
conversion de gène et, 374, 761 N Néoglucogénique, acide aminé, 284
de l’ADN mitochondrial, 741 Néoplasme, 725
de protéines membranaires, maladies causées par N- Glycannes, chaînes, 576 Nerveux, influx, 487
des, 490-491, 491t N- Glycosides hétérocycliques, 334 Nerveux, système
décalage du cadre de lecture, 412, 412f N- Glycosidique, liaison, 592 effet de la carence en thiamine, 551
des cyclines et des CDK, 733 N- Glycosylation des protéines, 596 nécessité métabolique du glucose, 164
échange de chromatides sœurs et, 374, 374f N-Acétylneuraminique, acide, 609 NES. Voir Nucléaire, signal d’exportation
faux-sens, 410, 411, 411f N-liées, glycoprotéines, 593 NeuAc. Voir N-Acétylneuraminique, acide
cause de cardiomyopathie hypertrophique fami- N-Méthyl-4-aminoazobenzène, structure, 728f Neural, tube, défauts du, compléments préventifs
liale, 641-642 Na. Voir Sodium d’acide folique, 557
Index 835

Neuraminidases, 592, 607 Non covalentes, forces Nucléotides, 334-340, 336t, 408-412, 409t, 410, dans.
Neuraminique, acide, 143, 152 conformation des peptides et, 23 Voir aussi Purines, Pyrimidines/Pyrimidiques, nucléo­
Neurodégénératives, maladies, 760 dans la stabilisation des molécules, 8 tides
Neurofibrilles, faisceau de, 761, 762f Non covalents, assemblages, dans les membranes, 475 absorption de la lumière ultraviolette, 336-337
Neurofilaments, 649t Non déterminants, processus, mortalité et vieillisse- adénylate kinase (myokinase) dans l’interconver-
Neurologiques, désordres, sévères, 573 ment, 712 sion des nucléotides, 118
Neurologiques, maladies, altération de la conforma- Non équilibre, réactions de, 162 analogues synthétiques en chimiothérapie, 337-
tion protéique et, 46 régulation de la glycolyse et, 181-183, 195-197 338, 339f
Neurologiques, signes graves, 666 régulation du cycle de l’acide citrique et, 175 comme acides polyfonctionnels, 336
Neurones, membranes des Non estérifiés, acides gras. Voir Acides gras libres comme coenzyme, 338t
canaux ioniques dans les, 484f, 485f Non héminique, fer, 659 fonctions physiologiques, 337
fusion des vésicules synaptiques avec les, 584 Non histones, protéines, 365 métabolisme, 341-351
influx transmis le long des, 487 Non insulino dépendant, diabète sucré (NIDDM/ mutations dues à leurs changements, 410f, 411-
Neuropathie sensorielle par excès de vitamine B6, 554 type2), 202 412, 411f, 412, 412f
Neurotoxicité, 762, 762f Non œdémateux, marasme Voir Marasme polynucléotides, 338-339
Neutrophiles Non oxydative, phase, de la voie des pentoses phos- Nucléotides cycliques 3’,5’, phosphodiestérase des,
activation, 699 phates, 206 dans la lipolyse, 257
Nucléotides, pli de liaison des. Voir Rossmann, pli de
adhérence aux cellules endothéliales, 698 Non stéroïdiens, médicaments anti-inflammatoires
Nucléotides, réparation de l’ADN par excision de,
défense de l’organisme contre les infections bacté- (AINS), 772
383f, 362
riennes, 698 affectant la cyclooxygénase, 233
Nucléotidiques, sucres, 590, 595
enzymes et protéines des, 697, 697t synthèse des prostaglandines et, 225, 233
Nutrition, 538-543. Voir aussi Alimentation ; Régime
intégrines, 698, 698t Non-répété (séquence unique), ADN, 371
alimentaire
myéloperoxydase, 700, 700f Non-sens, codons, 405, 408
impact de la recherche biochimique, 3
protéases, 700-701, 700t Non-sens, mutations, 413 lipogenèse régulée par l’, 229
sous-familles, 698 Noradrénaline, 519. Voir aussi Catécholamines Nutritionnel, acides aminés essentiels sur le plan, 159,
Neutrophiles-cellules endothéliales, schéma des inte- biosynthèse, 504, 505f 540. Voir aussi Acides aminés
ractions, 604f dans la thermogenèse, 257, 258f Nutritionnel, acides aminés non-essentiels sur le plan,
Neutrophiles, transmigration, 604 synthèse, 311, 314f 159, 275, 276t, 540
NF-κB, voie Northern, transfert de (blot), 356 synthèse, 277-280
mécanisme d’inhibition, 524, 525 NPC. Voir Nucléaire, complexes du pore Nutritionnel, acides gras essentiels sur le plan, 231.
régulation, 523-525, 524f NSF, facteur sensible à NEM, 582t, 582 Voir aussi Acides gras
Niacine, 553 . Voir aussi Nicotinamide. Nicotinique, Nucléaire, importines et exportines dans le transport, déficit en, 232, 235
acide 573f, 572 métabolisme anormal des, 235
carence, 552 Nucléaire, résonance magnétique, (RMN), spectros- Nutritionnelles, carences, 539
excès/toxicité, 553 copie, 44 dans le SIDA et le cancer, 538-539
Nick, translation (déplacement de fenêtre), 466 Nucléaire, signal de localisation, (NLS), 568t, 572,
Nick/Nicks (interruptions), soudure des, dans la répli- 573f
cation de l’ADN, 381, 381f Nucléaire, signaux d’exportation (NES), 572 O
Nickel, 559t Nucléaires, complexes des pores, 571
Nicotinamide, 547t. Voir aussi Niacine Nucléaires, gènes, protéines codées par les, 570 O-glycosilation, caractéristiques, 596t
coenzymes dérivés, 60 Nucléaires, protéines, 593 O-glycosidique, liaison, 592, 611
déshydrogénases et, 122, 123f Nucléaires, récepteurs, 495 O-liaison, 593f
excès/toxicité, 552 avec des ligands spéciaux, 527t O, gène, 697
Nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+), 117, 535 Nucléaires, récepteurs, corégulateurs protéiques des Obésité, 158, 247, 538, 541
comme coenzyme, 122, 123f, 338t mammifères, 526t étude de cas, 779-782
dans le cycle de l’acide citrique, 173 et transcription, 526-528 lipogenèse et, 225
spectre d’absorption, 66, 66f Nucléaires, récepteurs, superfamille des, 526, 526t Octamères d’histones, 366, 366f
Oculocérébrorénal, syndrome, 580t
Nicotinamide adénine dinucléotide phosphate caractéristiques structurales, 526
Œdémateux. Voir Kwashiokor
(NADP+), 121, 553 Nucléases, 10, 362
Œdème
comme coenzyme, 122, 123f, 338t chromatine active et, 368
concentration des protéines plasmatiques et, 655
dans la voie des pentoses phosphates, 205, 206f, 207f Nucléiques, acides. Voir aussi ADN ; ARN
dans le kwashiokor, 538
Nicotinique, acide, 552. Voir aussi Niacine bases, 334, 335t
en cas de carence en thiamine, 542
comme médicament hypolipémiant, 269 digestion, 362 Œil, fructose et sorbitol dans l’, et cataracte diabétique,
NIDDM. Voir Non insulinodépendant, diabète sucré non essentiels dans l’alimentation, 342 214
Niemann-Pick de type C, protéine 1 apparentée à la structure et fonction, 353 Œstrogènes
protéine, 269 Nucléophile, l’eau comme, 10-11 biosynthèse, 502f
Niemann-Pick, maladie de, 244t Nucléoplasme, 573f étapes d’hydroxylation, 500
Nitrique, oxyde (monoxyde d’azote, NO), synthases Nucléoprotéines, empaquetage des, 367f, 369t, 369 par aromatisation périphérique des androgènes,
de l’, 645 Nucléosidases (nucléotides phosphorylases), des 500
réaction catalysée, 308f purines, déficit en, 349 et transport des acides aminés, 483
Nitrique, oxyde, 631, 645, 646t, 645t Nucléosides diphosphates, 334, 334f Œstrone, 502
effet sur la coagulation/thrombose, 682, 684t Nucléosides diphosphates kinase, 118 1,25(OH)2-D3. Voir Calcitriol
Nitroglycérine, 645 Nucléosides triphosphates Okazaki, fragments d’, 377, 377t, 380f
NLS. Voir Nucléaire, signal de localisation analogues non-hydrolysables des, 338, 339f Oléique, acide, 147, 147f, 148t, 149f
NO synthase, 645 dans la phosphorylation, 118 Oligoméres, importation par les peroxysomes, 573
NO. Voir Nitrique, oxyde ; Monoxyde d’azote dans le transfert de phosphate de haute énergie, Oligomérisation, 761
Nomenclature, 581 118 Oligomycine, effet sur l’oxydation et la phosphoryla-
Non codant, brin, 367 potentiel de transfert de groupe, 337, 338t tion, 132, 133f
Non codantes, régions, dans la technologie de l’ADN Nucléosides, 334-340, 335t Oligonucléotides
recombinant, 457 Nucléosomes, 365, 366, 365f, 398 définition, 464
Non compétitive, inhibition vs compétitive, 80-83 Nucléosomes, phase des, 369 pour déterminer la structure primaire, 31
836 Index

Oligosaccharides, 138 Ostéoclastes, 623 P


liés aux membranes et circulants, 595 Ostéogenèse, imparfaite (osteogenesis imperfecta),
structures, 595f 276, 624 p-Hydroxyphénylpyruvate hydroxylase, 294t
structures de ceux O-liés, 593f Ostéomalacie, 543, 784 p-Hydroxyphénylpyruvate, dans le catabolisme de la
Oligosaccharides, maturation des, 569, 576, 596 Ostéopénie, 784 tyrosine, 298, 299f
et appareil de Golgi, 576 Ostéopétrose (maladie des os de marbre), 624 P, corpuscules, 420f, 418-419
voie schématique, 598f Ostéoporose, 549, 624, 785f P450, cytochrome. Voir Cytochrome P450, système du
Oligosaccharidiques, chaînes, 656 primaire (postménopausique), étude de cas, 782- P50, valeur, de l’affinité de l’hémoglobine pour l’oxy-
Omega-3, acides gras, 760 784 gène, 53
OMIM, Online Mendelian Inheritance in Man, base Ouabaïne, 141, 487 P53 (gène suppresseur de tumeur), 730t
de données, 99 effet sur l’ATPase Na+-K+, 487
p53, gène, 737
OMP (Orotidine monophosphate), 346, 346f Oxaloacétate
P53, protéine, 733
Oncogènes, 3, 765, 765f cycle de l’acide citrique, 162f
P53, protéine/p53, gène, 386
cyclines et, 381 dans la synthèse de l’aspartate, 277, 277f
p97, 579
définition, 728 dans le catabolisme du squelette carboné des acides
PAC, vecteur, (dérivé de P1), 450
et gènes suppresseurs de tumeur, différences, 730 aminés, 292, 292f, 293, 293f
PAF. Voir Plaquettaire, facteur d’activation,
et perte d’activité de gènes suppresseurs de tumeur dans le cycle de l’acide citrique, 162, 170, 171f, 173,
Pagaie chargée, 486, 486f
conduisant les cellules vers la croissance tumorale, 174f, 175
Palindrome, 466
728f Oxydants, 690
Palmitate, 223
mécanismes d’activation, 728, 728t Oxydases à fonction mixte, 124, 704. Voir aussi Cyto-
Palmitique, acide, 148t
propriétés, 730t chrome P450, système du,
Palmitoléique, acide, 148t, 231f
rôle dans le cancer colorectal, 730, 731, 731f Oxydases, 121-122, 121f. Voir aussi les différents types
synthèse, 231
rôle des produits protéiques dans le développement à fonction mixte, 123. Voir aussi Cytochrome P450,
Palmitylation, modification covalente augmentant la
du cancer, 728-729, 729f système du,
masse, 31t
virus tumoraux, 729 la céruloplasmine, 664
Pancréatique, canaux, et obstruction, 766
Oncogènes, virus, 726, 726f le cuivre dans les, 121
les flavoprotéines, 121-122, 121f Pancréatique, insuffisance, lors de carence en vitamine
Oncoprotéines, protéine Rb et, 383
Oncotique (osmotique), pression, 655 Oxydation, 121 B12, 555
Oncovirus et cyclines, 383 définition, 120 Pancréatiques, carcinomes, 735
Opérateur droit, 429f, 441-442 des acides gras, 216-219. Voir aussi Cétogenèse Pancréatiques, îlots, et production d’insuline, 201
Opérateur, locus, 425f, 426 aspects cliniques, 223-224 Pancréatiques, préparation d’enzymes, 766
Opéron, hypothèse de l’opéron, 426-428, 427f dans la mitochondrie, 216, 218f Pantothénique, acide, 226, 558
Optique, activité/isomérie, 139 hypoglycémie en cas d’oxydation, défectueuse, coenzymes dérivés, 60
OR. Voir Opérateur droit 223 dans le cycle de l’acide citrique, 173
ORC. Voir Origine de réplication, complexe de, libération d’acétyl-CoA, 158, 159f, 217-219, Papaïne, digestion des immunoglobulines par la, 668
ORE. Voir Origine de réplication, élément de, 218f PAPS. Voir Adénosine 3’-phosphate-5’- phosphosul-
Organes, tests fonctionnels des, et déshydrogénases, 121-122, 123f fate
hépatiques, 751, 752t hydroperoxydases, 122 Paralysie périodique
rénaux, 751, 752, 752t oxydases, 121, 121f, 123f hyperkaliémique, 641t
Origine de réplication (ori), 376, 376f oxygénases, 123, 124f hypokaliémique, 641t
Origine de réplication, complexe de, 376 potentiel rédox et, 120, 121t Paralysie périodique hyperkaliémique, 642t
Origine de réplication, élément de, 376 toxicité de l’oxygène, 125 Paralysie périodique hypokaliémique, 642t
Ornithine, 308 Oxydative, phase, de la voie des pentoses phosphates, Parasitaires, infections, 692
catabolisme, 293, 295f 206, 207f, 208f Parathormone bovine, 508f
dans la synthèse de l’urée, 286, 287 Oxydo-réduction (redox) potentiel d’, 121, 121t Parathormone, hormone de la parathyroïde (PTH),
métabolisme, 311f Oxydoréductase, 39, 122, 123f 507-508
Ornithine transcarbamylase/l-ornithine transcarba- NADH-Q, 127, 128f biosynthèse, 506-507
mylase comme accepteur d’électrons, 127, 127f, 172f stockage vésiculaire, 510
dans la synthèse de l’urée, 286 Oxydoréductase, 60, 127. Voir aussi les différents Pathologie, 2
déficit en, 289, 350 types. pBR322, 452f, 451
Ornithine-citrulline, déficit en antiporteur, 295 Oxydosqualène :lanostérol cyclase, 262, 263f PCR. Voir Polymérisation en chaîne, réaction de
Ornithine-δ-aminotransférase, 294t Oxygénases, 121, 124 PCU/PKU. Voir Phénylcétonurie
Orotate phosphoribosyltransférase, 347f, 348, 351 Oxygénation de l’hémoglobine PDGF. Voir Plaquettaire, facteur de croissance
Orotidine monophosphate (OMP), 346, 346f adaptation à la haute altitude, 55 PDH. Voir Pyruvate déshydrogénase
Orotidinurie, 351 changements conformationnels l’accompagnant, Peau
Orotique, acidurie, 350 52 effet du déficit en acides gras essentiels, 234-235
Os apoprotéine, 52 et synthèse de la vitamine D3, 548f
maladies métaboliques et génétiques, 624-625, 625t stabilisation par le 2,3-bisphosphoglycérate, 52f Pellagre, 543
protéines principales, 625t hémoglobines mutantes, 55 Pénicillamine, contre la maladie de Wilson, 666
tissu conjonctif minéralisé, 622-623 Oxygène Pentasaccharidique, cœur, 596f
Osmolarité, 768 affinité de l’hémoglobine (P50), 51 Pentoses, 140, 141t
valeurs de référence, 756t dette d’, 180 dans les glycoprotéines, 144t
Osmotique (oncotique), pression, 655 fer ferreux et transport, 49-51 importance physiologique, 139, 140t
Osseuse liaison, 51, 51f. Voir aussi Oxygénation pentosurie essentielle, 205, 212
cellules souches de la moelle, 759 effet Bohr, 54, 54f Pentoses phosphates, voie des, 158, 206-209, 207f,
synthèse de l’hème dans la moelle, 319 rôle des histidines F8 et E7, 50, 50f 208f, 209f
protéine Gla de la matrice, 547t stockage par la myoglobine, 49-51 dysfonctionnement, 211-212
transplantation de moelle, 759 Oxygène, courbe de dissociation, pour la myoglobine enzymes, 198t
Ostéoarthrite, 611, 615 et l’hémoglobine, 51 hémolyse des érythrocytes et, 211-212
Ostéoblastes, 625f Oxygène, toxicité, radical libre superoxyde, 125. Voir localisation cytosolique des réactions, 205-206
et résorption osseuse, 624f aussi Radicaux libres phase non-oxydative, 208
Ostéocalcine, 558 Oxystérols, 155 phase oxydative, 206-208, 206f, 207f
Index 837

production de NADPH, 205, 206f, 207f catabolisme, 298, 299f, 300 Phosphodiestérases, 339, 519
pour la lipogenèse, 227f, 228, 229f dans la phénylcétonurie, 298, 299f hydrolyse de l’AMPc, 189
production de ribose, 206f, 208 synthèse de tyrosine à partir de, 279, 279f Phosphoénolpyruvate
Pentosurie alimentaire, 214 Phénylalanine hydroxylase, 43f, 294t dans la néoglucogenèse, 173, 174f
Pentosurie essentielle, 206, 213 dans la synthèse de la tyrosine, 279, 279f énergie libre d’hydrolyse, 116t
PEPCK. Voir Phosphoénolpyruvate carboxykinase déficit, 298 Phosphoénolpyruvate carboxykinase (PEPCK), 174,
Pepsine, 537 Phénylcétonurie, 300 174f
dans la catalyse acido-basique, 62 Phényléthanoalanine-N-méthyltransférase (PNMT), dans la régulation de la néoglucogenèse, 173, 174f,
Pepsinogène, 537 dans la biosynthèse des catécholamines, 505 196, 196f
Pepsique, ulcère, 608 Phénylisothiocyanate (réactif d’Edman), pour le Phosphoénolpyruvate carboxylase, 199t
Peptidases, dans la dégradation des protéines, 282 séquençage des protéines, 29, 31f dans la néoglucogenèse, 190t
Peptides, 23, 497f. Voir aussi Acides aminés ; Pro­téines Phi, angle, 37 Phosphofructokinase (phosphofructokinase-1), 199t
comme précurseurs d’hormones, 506 Phlébotomie, 779 dans la glycolyse, 178, 179f, 198t
Peptidiques, liaisons, 23. Voir aussi Peptides Phosphagènes, 117 régulation, 181
caractère partiel de double liaison, 23, 23f Phosphatase acide, signification diagnostique de la, 65 dans la régulation de la néoglucogenèse, 199
et conformation secondaire, 36 Phosphatase alcaline sérique, activité, 752 déficit musculaire en, 183, 189t
formation, 10, 417 Phosphatase alcaline, 623 Phosphoglucomutase, dans la biosynthèse de glyco-
hydrolyse, 712-713 dans la technologie de l’ADN recombinant, 449t gène, 188f, 212f
Peptidiques, récepteur des hormones, 495 isozymes et leur valeur diagnostique, 66t 6-Phosphogluconate déshydrogénase, 207f, 206, 208f
Peptidyl prolyl isomérase, 579 valeurs de référence, 756t 3-Phosphoglycérate
Peptidylglycine hydroxylase, ayant la vitamine C Phosphatases dans la glycolyse, 179f, 181
comme coenzyme, 558 acide, signification diagnostique, 66t dans la synthèse de la sérine, 277, 278f
Peptidyltransférase, 417, 418t alcaline Phosphoglycérate kinase, dans la glycolyse, 180, 179f
Périlipine, 258 dans la technologie de l’ADN recombinant, 449t dans les érythrocytes, 181, 181f
Périoste, 615 isozymes et signification diagnostique, 66t Phosphoglycérate mutase, dans la glycolyse, 180, 179f
Perméabilité, coefficients de, pour les substances tra- Phosphatases, cascade de, 496t Phosphoglycérides, dans les membranes, 475, 475f
versant la bicouche lipidique, 477f Phosphate de haute énergie, 115. Voir aussi ATP Phosphoglycérols
Peroxines, 573 comme « monnaie énergétique » de la cellule, 116, lysophopholipides dans leur métabolisme, 150,
Peroxydases, 123, 234 132 151f
Peroxydation dans la capture et le transfert d’énergie, 115, 116t synthèse, 239, 239f
des lipides insaturés, 715f symbole le représentant, 116 Phosphohexose isomérase dans la glycolyse, 180, 207f
des lipides produisant des radicaux libres, 153-154, Phosphate, transporteurs de, 135, 133f Phospholipase A1, 242, 242f
154f Phosphates de faible énergie, 117 Phospholipase A2, 241f, 242, 242f
Peroxydes, 564 Phosphates/phosphore, 554 dans l’activation plaquettaire, 682, 683f
Peroxysomes, 124, 572 dans le liquide extra et intracellulaire, 474t Phospholipase C, 242, 242f
absence/anomalies, 573, 574t de faible énergie, 115 clivage de PIP2, 521f
dans le syndrome de Zellweger, 224, 573 de haute énergie, 115. Voir aussi ATP dans l’activation et les interactions hormone-récep-
biogenèse, 573 comme « monnaie d’échange énergétique » cel- teur, 521f
dans l’oxydation des acides gras, 218-219 lulaire, 116, 132 Phospholipases
Peroxysomes, séquences d’adressage à leur matrice, dans la capture et le transfert de l’énergie, 115- dans la dégradation et le remodelage du phospho-
(PTS), 568t, 572, 571f 116, 116t glycérol, 241-242, 242f
Peroxysomiques, anomalies, causes de maladies, 574t, symbole les désignant, 116 phospholipase D, 242, 242f
568 énergie libre d’hydrolyse, 115-116, 116t Phospholipides, 150, 247
Peroxysomiques, enzymes, 573 Phosphatidate, 239 240f comme précurseur de second messager, 238
Petites molécules, 762 dans la synthèse des triacylglycérols, 239, 240f dans l’activité de la lipoprotéine lipase, 251
développement, 761 Phosphatidique, acide, 150, 151f, 475, 475f dans la sclérose en plaque, 244
Petits ARN, 362-363 Phosphatidique, acide, voie de l’, 536f dans les membranes, 150-151, 151f, 474-475, 475f,
PFK-1. Voir Phosphofructokinase (phosphofructoki- Phosphatidyl inositol 3-kinase (PI-3 kinase) 477, 584
nase 1) dans la transduction du signal de l’insuline, 465, asymétrie membranaire et, 584
PG. Voir Prostaglandines 465f digestion et absorption, 534-535
PGHS. Voir Prostaglandine H synthase dans la voie Jak/STAT, 466 synthèse des éthers de glycérol, 239-241, 241f
PGI. Voir Prostacyclines Phosphatidylcholines (lécithines), 150, 151f synthèse, 240f
pH, 12-15. Voir aussi Acido-basique, équilibre asymétrie membranaire et, 478 Phosphoprotéine phosphatases, 519
calcul du, 11-12 synthèse, 239, 239f Phosphoprotéines acides, 624
charge nette d’un acide aminé et, 20-21, 21f Phosphatidyléthanolamine (céphaline), 151f, 150 Phosphore. Voir Phosphate
définition, 11 asymétrie membranaire et, 478 Phosphorique, acide, valeur du pK/ pKa, 15t
effet sur la vitesse des réactions catalysées par des synthèse, 239, 240f Phosphorylase
enzymes, 75 Phosphatidylglycérol, 151f, 151 activation et AMPc, 190
effet tampon, 13-14. Voir aussi Tampon, système Phosphatidylinositides, métabolisme et action hor- calcium/contraction musculaire et, 190
isoélectrique, charge nette d’un acide aminé et, 20 monale dépendante du calcium, 516 dans le métabolisme du glycogène, 187f, 190
pH, bas, 660 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2), 151, 489 régulation, 190, 192f
Phage lambda, 428-429, 428f, 429f dans l’activation plaquettaire, 682, 683f et AMPc, 191f
Phages, dans la technologie de l’ADN recombinant, Phosphatidylinositol bisphosphate, hydrolyse, 699 hépatique, 188
450 Phosphatidylinositol/phosphatidylinositide, 151f, 151 déficit en, 189t
Phagocytaires, cellules, flambée respiratoire des, 699 comme second messager/précurseur de second musculaire, 188
Phagocytose, 489 messager, 150f, 151 absence de, 189t
Pharmacie, 2 synthèse, 239, 239f phosphorylase a, 190, 191f
Pharmacogénomique, 5, 709-710, 709f Phosphatidylinositols, 489 phosphorylase b, 190, 191f
Pharmacologie, 2 Phosphatidylsérine, 151f Phosphorylase hépatique, déficit en, 188t
Phénobarbital, 705 asymétrie membranaire et, 478 Phosphorylase kinase
Phénylalanine, 20t Phosphocréatine, dans le muscle, 631 déficit en, 189t
besoins, 540 Phosphodiester, liaisons 339-340 effet de la protéine phosphatase-1, 190
838 Index

phosphorylase kinase a, 190, 191f Plasmatique, antécédent de la thromboplastine, 677f, Polymorphismes


phosphorylase kinase b, 190, 191f 685, 678t de l’ADN microsatellite, 460
sensible à calcium/calmoduline, dans la glycogéno- déficit en, 677 de longueur des fragments de restriction. Voir
lyse, 190 Plasmatique, composant de la thromboplastine, 676, RFLP
Phosphorylation au niveau du substrat, 129f, 132 677f, 678t des microsatellites, 361
Phosphorylation des protéines, déficit en, 680 des protéines plasmatiques, 655
au niveau du substrat, 131f, 132 effet des médicaments coumariniques, 680 Polynucléotide kinase, dans la technologie de l’ADN
comme modification covalente, 91, 92f, 93t Plasmatique, protéome, 654 recombinant, 450t
augmentation de masse résultante, 31t Plasmatiques, enzymes. Voir aussi Enzyme Polynucléotides, 339-340
lors de la flambée respiratoire, 627 valeur diagnostique des, 66 modification post-traductionnelle, 339
multisite, dans le métabolisme du glycogène, 192 Plasmatiques, lipoprotéines. Voir Lipoprotéines Polyols (sorbitol), voie des, 214
oxydative. Voir Phosphorylation oxydative Plasmatiques, protéines, 588, 654-669, 671, 673, 674, Polypeptides
polyvalence, 93, 93t, 94f 657t. Voir aussi rubriques spécifiques et Glycopro­ séquençage
Phosphorylation multisite dans le métabolisme du téines et clivages, 30
glycogène, 192 analyse par électrophorèse, 653, 654 méthode de Sanger, 29
Phosphorylation oxydative, 117, 127, 158, 646 .Voir concentration, 659 synthèse protéique, 26f
aussi Phosphorylation ; Respiratoire, chaîne, demi-vie, 656 Polyphosphoinositides, voie des, dans l’activation pla-
au niveau de la chaîne respiratoire, 130, 184t fonctions, 656, 656t quettaire, 682
enzymes marqueurs des compartiments séparés polymorphisme, 655 Polypose adénomateuse familiale, 765
par les membranes mitochondriales, 127 synthèse Polyprénoïdes, 153, 154f
production d’ATP, 130 dans le foie, 161, 655 Polyribosomes libres, synthèse protéique sur, 568 574.
Phosphotriose isomérase, 180 sur les polysomes, 655 Voir aussi Polysomes
Photosensibilité, dans les porphyries, 323 transport, 656t Polyribosomes. Voir Polysomes
Photothérapie du cancer, et porphyrines, 322 Plasmides, 450, 451f Polysaccharides, 138, 142-143, 144f. Voir aussi rubri-
Phylloquinone, 548t. Voir aussi Vitamine K Plasmine, dissolution des caillots de fibrine 681, 682f ques spécifiques
Physiologie, 2 Plasminogène, 682 Polysomes (polyribosomes), 361, 418-419, 568f
Phytanique, acide, maladie de Refsum causée par son activateurs du, 67, 681f, 684t hypothèse du signal de liaison aux, 569f, 574-576,
accumulation, 224 Plasmique, membrane, 474-475, 477-478, 480-481, 574t
Phytase, 537 487-494 585. Voir aussi Membranes lieu de synthèse protéique, 568f, 569, 569f, 574
Phytique, acide (inositol hexaphosphate), affectant glucides, 144 des protéines plasmatiques, 655
l’absorption du calcium, 537 maladies dues à des mutations, 490, 491t Polytènes, chromosomes, 368, 368f
pI (pH isoélectrique), charge nette des acides aminés PLC (phospholipase C) Polyubiquitinée, protéine cible, 580
et, 21 activation et interactions hormone-récepteur, 521f POMC, famille, 509
PI-phospholipase C (PI-PLC), 594 clivage de PIP2, 521f POMC, gène, 510
Pi, 666 Pleckstrine, dans l’activation plaquettaire, 682 POMC. Voir Pro-opiomélanocortine (POMC), famille
dans la contraction musculaire, 636, 646f Plomb, empoisonnement par le, inhibition de l’ALA de peptides de la,
PIC. Voir Préinitiation, complexe de, déshydratase et, 320 Pompes, 482, 483f, 487
Pièce adhésive dans l’hémoglobine S, 56 PLP. Voir Pyridoxal, phosphate de et transport actif, 487, 487f
PIG-A, gène, mutations dans l’hémoglobinurie pOH, dans le calcul du pH, 12 Pompe, maladie de, 190t
paroxystique nocturne, 605, 606f Poisson, maladie des yeux de, 269t Pontages covalents, 611
Pilocarpine, iontophorèse, 766 Polaires, métabolites, 704 Pontages, 634, 644
Ping-Pong, mécanisme, dans la diffusion facilitée, Polarité de la synthèse des protéines, 413 Porcin, syndrome de stress, 638
484, 484f Poly-N-acétyllactosamine, chaînes, 595 Porphobilinogène, 319f, 320f, 321f
Ping-Pong, réactions, 82-83, 83f PolyA, queue des ARNm, 360 Porphyries, 318, 322-323, 324f
Pinocytose absorptive, particules d’assemblage, 489 et initiation de la synthèse protéique causes biochimiques des signes et symptômes,
Pinocytose absorptive, protéines adaptatrices, 489 Polyacrylamide, électrophorèse sur gel de, pour puri- 324f
Pinocytose, 506f fier les protéines/peptides, 29 principales données, 323t
Pinocytose, ou endocytose fluide, 489f, 489, 490f Polyamines, synthèse des, 310, 308f Porphyrines réduites, 318
PIP2 (phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate), 151 Polyanions, 622 Porphyrines, 318-325, 327-330, 321f
dans l’activation plaquettaire, 682, 683f Polycistronique, ARNm, 421 détection par spectrophotométrie, 321-322
dans la pinocytose absorptive, 489 Polycomb, complexe répresseur 2, (PRC2), 433 et synthèse de l’hème, 318-319, 319f, 321f, 322f
PIR. Voir Protein Information Resource Polyélectrolytes, les peptides comme, 23 réduites, 319
Pituitaires (hypophysaires), hormones, 427. Voir aussi Polyfonctionnels, acides, nucléotides comme, 344 spectre d’absorption, 321, 322f
les différentes hormones Polyglobulie, 56 Porphyrinogènes, 320
effet sur la glycémie, 202 Polyinsaturés, acides gras, 149, 148t. Voir aussi Acides accumulation dans les porphyries, 313
pK/ pKa, 21 gras : Insaturés, acides gras Posttraductionnelle, maturation, 46, 421
des acides aminés, 18t-19t, 20, 20f alimentaires, effet sur le taux de cholestérol, 268 et assemblage membranaire, 575
effet de l’environnement, 21-22, 21t essentiels, 231, 231f Posttraductionnelle, translocation, 575
des acides faibles, 12-13, 20 et formation des eicosanoïdes, 233, 233f, 234f Posttraductionnelles, modifications, des histones, 738
effet du milieu, 14 synthèse, 232, 232f Potassium, 559t, 768
Plaque intimale, 780 Polyisoprénoides, dans la synthèse du cholestérol, coefficient de perméabilité, 477f
Plaques séniles, 761 261-262, 262f dans le liquide intra- et extra-cellulaire, 474, 474t
Plaquettaire, facteur d’activation (PAF), 239 Polymérases PPI. Voir Peptidyl prolyl isomérase
synthèse, 239, 239f, 241f ADN, 375, 376f, 377 PPi. Voir Pyrophosphate
Plaquettes dans la technologie de l’ADN recombinant, 449t PR. Voir Progestérone
activation/agrégation, 675, 682, 683f ARN, dépendante de l’ADN, dans la synthèse Pravastatine, 269
effet de l’aspirine, 683-684 d’ARN, 390 Préanalytiques, paramètres, 751
intégrines, 698, 698t Polymérisation en chaîne, réaction de (PCR), 68, 456f Précision des analyses de laboratoire, 750
Plasma, 659 pour détecter les séquences répétées microsatelli- Prednisone, 770
analyse des enzymes plasmatiques, 66 tes, 371 Prégnénolone, conversion en testostérone, 500
Plasmalogènes, 151, 151f, 239, 239f pour déterminer la structure primaire, 30 Préinitiation (préamorçage), complexe de, 390
biosynthèse, 232f Polymorphisme de nucléotide unique. Voir SNP dans la synthèse protéique, 413, 414f
Index 839

Préinitiation, complexe de, 43s, et synthèse protéique, Prolyl hydroxylase, 611 p rotéine kinase C (PKC) et activation plaquettaire,
413, 414f Prolyl hydroxylase, la vitamine C comme coenzyme, 682, 682f
Prékallikréine, 677f, 677 558 Protéine phosphatase-1, 191f, 192f
Prémenstruel, syndrome, neuropathie sensorielle, Prolyl hydroxylase, réaction catalysée, 279, 280f et glycogène phosphorylase, 190
traitement par la vitamine B6, 554 Promédicaments, 84, 704 Protéine S dans la coagulation sanguine, 679t, 680
Préprocollagène, 612 transformation métabolique, 83 Protéine-ARN, complexes, dans l’initiation, 413, 414f
Préprohormone, 507 Promoteur, insertion, 729, 729t, 729f Protéine-protéine, pontages, et glycation, 718f
Préproprotéine, synthèse de l’albumine sous forme de, Promoteur, site, dans le modèle de l’opéron, 425f, 426 Protéine, disulfure isomérase, et repliement des pro-
657 Promoteur, spécificité de reconnaissance, 390 téines, 45
PréproPTH, 507 Promoteurs dans la transcription, 380, 391f Protéine, phosphorylation des. Voir Phosphorylation
Préprotéines, 570, 655 eucaryote, 394 des protéines
Présentation de petits peptides, 581 Propionate Protéine. Voir aussi les différentes protéines
Préséquence. Voir Signal, peptide dans la néoglucogenèse, 196f, 206 cycle vital, 26f
Préséquences internes, 571 glycémie et, 200 prénylation, 263-264
pri-miARN. Voir Primaire, transcrit métabolisme, 195-197 translocation, 26f
Primaire, structure, 34-37. Voir aussi Protéines, Propionyl-CoA Protéine/ADN, interaction, le bactériophage lambda,
séquençage méthionine et formation de, 303, 304f un paradigme, 428-432, 430f, 431f
apport de la génomique dans son analyse, 33 production par oxydation des acides gras, 218 Protéines. Voir aussi les différents types et Peptides
des polynucléotides, 339 Propionyl-CoA carboxylase, 196, 198f absorption, 535
détermination de la séquence des acides aminés, Proprotéines, 46, 92, 421 Protéases adressage vers la matrice, 619
22 proPTH (Proparathormone), 507 alimentaires
détermination par biologie moléculaire, 30 Propyle, gallate de, comme antioxydant/conservateur besoins, 540
détermination par la technique de Sanger, 29-30 alimentaire, 157 digestion et absorption, 535
protéomique et, 33-34 Prostacyclines, 149 métabolisme à l’état alimenté, 166
réaction d’Edman pour sa détermination, 30, 31 effet sur la coagulation/thrombose, 682, 683f, 684t appareil de Golgi dans la glycosylation et le tri,
Primaire, transcrit (pri-miARN), 389, 401-402 signification clinique, 235 568
Primaquine, 692 Prostaglandines, 149, 149f, 226, 233 catabolisme, 281-289
Primaquine, anémie hémolytique sensible à la, 692 voie de la cyclooxygénase dans leur synthèse, 233- classification, 37
Primases, ADN, 376f 234, 234f, 235f comme polyélectrolytes, 23
Primosome, 466 comme récepteurs, 489
Prostaglandine E2, 148, 148f
Prion, protéine apparentée au, (PrP), 46 configuration, 36
Prostaglandine H, synthase, 233
Prions, 46 conformation, 36
Prostanoïdes, 149
Prions, maladies à (encéphalopathies spongiformes effet des liaisons peptidiques, 22
signification clinique, 226
transmissibles), 46 dans les liquides extracellulaire et intracellulaire,
voie de la cyclooxygénase dans leur synthèse, 233-
Pro-opiomélanocortine (POMC), famille de peptides 474, 474t
234, 234f, 235f
de la, 494. Voir aussi les différents types de fusion, pour l’étude des enzymes, 68
Prostatique, antigène spécifique, 742, 742t
Pro-oxydants, 691. Voir aussi Radicaux libres de phase aiguë, 656, 656t
Prosthétique, groupement, 60
Proaccélérine (facteur V), 678, 678t, 679t négatives, de liaison à la vitamine A par ex,, 545
dans la catalyse, 59-60
Proalbumine, 584 dégradation en acides aminés, 282, 282f
Protamine, 680
Proaminopeptidase, 537 dénaturation
Procaryote, expression génique. Voir aussi Génique, Protéase/protéinases, 10, 537, 594. Voir aussi les diffé-
effet de la température, 76
expression rents types
et repliement protéique, 45
comme modèle d’étude, 425 clivant la synaptobrévine, 542
des neutrophiles, 697, 697t
particularités, 425 dans la dégradation des protéines, 282, 282f, 535 dimériques, 41
Procaspases, 736 rennine, 58 domaines, 41, 42f
Prochymotrypsine, activation, 92, 92f Protéases et acides aminés L, 20
Procollagène aminoprotéase, 613 des neutrophiles, 700-701, 700t et acides aminés, 18, 20, 22
Procollagène carboxyprotéase, 613 et MEC, 739 et asymétrie d’assemblage de la membrane, 584,
Procollagène, 421, 558 Protéasome, 576 585f
Procollagène, glycosylation de molécules d’hydroxyli- dégradation dans le, 579 fibreuses, 46
sine du, 613 Protéasome, couvercles du, 581 ex. collagène, 46
Proconvertine (facteur VII), 676 677f, 678t, 679t Protéasomes et protéines mal repliées, 580 globulaires, 37
effet des médicaments coumariniques, 680 ubiquination, 579-580, 580f identification par homologie, 101-102
Produits, 68 Protein Database (PDB), 99 importation mitochondriale, 569-571, 571t
Proélastase, 537 Protein Information Resource (PIR), 99 inconnues et leur identification, 102-103
Proenzymes, 92 Protéine C activée membranaires, 477-478, 485t. Voir aussi Glycopro-
Profilage protéique, transcrits ARN et, 464 dans la coagulation sanguine, 680 téines, Membranaires, protéines
Progestérone, 497f résistance, 706 proportion par rapport aux lipides, 475f
Prohormones, 421 Protéine C, dans la coagulation sanguine, 679t, 680 modification post-traductionnelle, 46, 420
Proinflammatoires, molécules, 602 Protéine kinase A (PKA), 520 monomériques, 41
Proinsuline, 506 Protéine kinase C (PKC), 682, 683f perte en cas de traumatisme/infection, 539
structure, 507f Protéine kinases, 91 763, 763f phosphorylation, 91, 92f, 93t. Voir aussi Phospho-
Proline cis-trans isomérase, repliement des protéines dans l’initiation de la synthèse protéique, 413 rylation des protéines
et, 45, 45f dans la régulation hormonale de la lipolyse, 256f, principes modulaires de construction, 37
Proline déshydrogénase, blocage du catabolisme de la 257f purification, 26-27
proline à son niveau, 293 dans le métabolisme du glycogène, 190-192, 191f, ratio avec lipides dans les membranes, 474
Proline, 20t 192f réaction avec les EROS, 715f
accumulation, 293, 294t, 295f dépendante de l’ADN pour réparer les cassures rôle de la bioinformatique dans leur identification,
catabolisme, 293 double brin, 384 34-35
hydroxylation, 612 dépendante/indépendante de l’AMPc, 518 séquences ou molécules directrices, 568t
métabolisme, 308f et phosphorylation de protéines, 92f, 93, 94f solubles, 37
synthèse, 278, 278f protéine kinase A (PKA) et AMPc, 518 structure, 37-41
840 Index

altération dans les maladies à prions, 45-46 secondaire, 37-41 effet des médicaments coumariniques, 680
analyse par radiocristallographie de rayons X, 42 effet des liaisons peptidiques, 45 et carence en vitamine K, 549
analyse par spectroscopie de résonance magné- supersecondaire, 39 Prothrombine sérique, accélérateur de la conversion
tique nucléaire, 44 tertiaire, 37 de, 676, 677f, 678t, 679t
d’ordre supérieur, 36-47 facteurs stabilisants, 47 effet des médicaments coumariniques, 680
modélisation moléculaire, 45 Protéines, tri des Prothrombine, activation en thrombine, par le facteur
primaire, 25-35, 37. Voir aussi Primaire, structure appareil de Golgi, 568, 568f, 577 Xa, 684
quaternaire, 37 assemblage membranaire, 569t, 583 Prothrombine, temps de, (PT), 752
repliement et, 44-45 chaperons, 578 Proto-oncogènes, 728
secondaire, 37-41 et mitochondrie, 568, 569f activation par insertion de promoteur, 729f
supersecondaire, 39 hypothèse du signal de liaison du polysome, 569f, Protomotrice, force, 130
tertiaire, 39 574-576, 574t Protons, les acides comme donneurs de, 12
synthèse, 173, 419-434. Voir aussi Protéines, tri des, importines, exportines, 571, 572f Protons, les bases comme accepteurs de, 12
code génétique/ARN et, 358-359, 358t, 408-409. insertion cotraductionnelle, 575f, 576 Protons, pompe à, 130
Voir aussi Génétique, code maladies dues à des mutations de gènes codants, exemple de la chaîne respiratoire, 127
effet des agressions du milieu environnant, 420 585 Protons, transhydrogénases de translocation des, 133
effet des virus, 420f peroxysomes/maladies peroxysomiques et, 571t, Protons, transport par l’hémoglobine, 54-55
élongation, 413, 417f 573 Protoporphyrine III, 318, 319f
en cas d’alimentation suffisante, 166 réponse aux protéines non repliées, 578 Protoporphyrine, 320, 319f
inhibition par des antibiotiques, 421, 421f séquence d’acides aminés KDEL, 568t, 577 incorporation de fer dans la, 319f
initiation (démarrage), 413, 414f, 417f séquences signal, 567, 574f incorporation de fer dans l’hème, 319
maturation post-traductionnelle, 420 transport rétrograde, 577 Protoporphyrinogène III, 320, 321f
mitochondriale, 568, 568t vésicules de transport, 580-584, 581t, 582f Protoporphyrinogène oxydase, 320, 321f, 322f, 323t
polysomes et, 419, 568, 568f Protéino-énergétique, malnutrition, (MPE), 777 Provitamine A, caroténoïdes, 543
principes modulaires, 37 Protéinurie de débordement, 753t PrP. Voir Prion, protéine apparentée au,
reconnaissance et attachement (charge de Protéinurie postrénale, 753t PRPP glutamyl amidotransférase
l’ARNt), 39, 409f Protéinurie, 754 dans la synthèse des purines, 344-346, 345f
sur les ribosomes, 162, 162f Protéique, carence, 779f dans la synthèse des pyrimidines, 346, 347f
terminaison, 418 Protéique, dégradation défauts responsables de la goutte, 348
translocation, 417 ATP et ubiquitine dépendante, 282 PSA. Voir Prostatique, antigène spécifique,
transcription, 443f ATP indépendante, 282 Pseudo-Hurler, polydystrophie, 621
transmembranaires rôle de l’ubiquitine, 579-580, 580f
Pseudogènes, 374, 457
les canaux ioniques, 483-485, 485f, 485t Protéique, repliement, 30f, 44, 767
Pseudouridine, 350, 351f
Protéines (ponction lombaire) valeurs de référence, chaperons et, 570, 578-579, 578t
Psi, angle, 37
757t dégradation, 577, 577f
Pstl, 449t
Protéines additionnelles, dans le muscle, 639 mauvais repliement et, 578
Pstl, site, insertion d’ADN au, 452f
Protéines de chorion, gènes s36 et s38, 443f Protéique, séquençage
Psychiatriques, maladies, 762
Protéines Fibreuses, 46 clivage des polypeptides et, 29
PTA. Voir Plasmatique, antécédent de la thrombo-
exemple du collagène, 41 et biologie moléculaire, 30
plastine
Protéines G, 518t et spectrométrie de masse, 31, 31t, 32f
PTC. Voir Plasmatique, composant de la thrombo-
classes et fonctions, 518t génomique et, 33
Protéines G, récepteurs couplés aux, 520, 521f plastine
méthode de Sanger, 29-30
Protéines globulaires, 37 protéomique et, 34-35 PTCA. Voir Coronaire, angioplastie trancutanée
Protéines mal repliées purification de peptides en vue de, 26-29 transluminale
accumulation dans le réticulum endoplasmique, purification en vue du, 26-29, 29f Ptérylglutamique, acide. Voir Folique, acide
578 réaction d’Edman, 29-30, 30f PTH. Voir Parathormone
dégradation associée au réticulum endoplasmique, Protéique, synthèse PTS. Voir Peroxysomes, séquences d’adressage à la
577f, 579 et acides aminés, 159, 159f matrice des,
ubiquitination, 579, 580f et réticulocytes, 689, 690 PTS1 et PTS2, 572
Protéines mal repliées, accumulation dans le réticu- sur les ribosomes, 26f Pubmed, 98
lum endoplasmique, 579 Protéoglycanne, aggrécane, Puces à ADN pour l’analyse des cancers, 746
Protéines non repliées, réponse aux, 579 microscopie en fond sombre, 617 Puces à ADN, 746
Protéines périphériques du cytosquelette, 694t, 695 représentation schématique, 617f Puces à ADN, réseau de gènes, expression protéique
Protéines périphériques, 479, 479f Protéoglycannes, 143, 589, 611, 626, 628. Voir aussi et, 33
Protéines phosphatases, 93-94, 94f. Voir aussi Phos- Glycosaminoglycannes Puces à ADN, technologie des, 463
phatases fonctions, 622t « Puffs » (renflements), des chromosomes polytènes,
Protéines recombinante, chimériques (de fusion), galactose dans leur synthèse, 211, 212f 368, 368f
pour l’étude des enzymes, 70 sulfate d’héparane, 613 Purification de protéines/peptides, 26-28, 30
Protéines tissulaires, dégradation, 648 Protéolyse, 584 Purine nucléosides phosphorylase, déficit en, 342
Protéines, canal de passage des, (translocon), 575 dans l’activation de la prochymotrypsine, 91-92, Purines/puriques, nucléotides, 334-337, 334f, 336f
Protéines, perte de, lors de gastroentéropathie, 656 92f absorption de la lumière ultraviolette, 336-337
Protéines, profilage des, transcrits ARN et, 464 pour la modification covalente, 91, 92f biosynthèse, 342, 342f, 343f, 344f, 345f
Protéines, remplacement (turnover) des, 89, 282 Protéolytique, coupure, 26f catalyseurs, 342, 343f
effet des membranes, 584-585 Protéolytiques, enzymes, 87 coordination avec la synthèse des pyrimidines,
et vitesse de dégradation enzymatique, 88-87 Protéome des protéines plasmatiques humaines, 654 346
Protéines, réparation des altérations, 719 Protéome, 34 métabolisme, 341-351
Protéines, structure des, 762 Protéome/protéomique, 33-34, 461 la goutte, 348
primaire, 26-29. Voir aussi Primaire, structure du plasma, 585 maladies associées, 348-349
quaternaire, 36, 39, 39f, 40 Protéomique, 4 non essentiels du point de vue alimentaire, 342
de l’hémoglobine, et propriétés allostériques, objectif, 33 Puromycine, 421, 422f
51-55 Prothrombine (facteur II), 676, 678t Putrescine dans la synthèse des polyamines, 308f
facteurs stabilisants, 47 activation, 677 Pyranose, structures cycliques, 139, 139f
Index 841

Pyridoxal, phosphate de, 62, 554 R Récepteurs, comparaison avec les protéines de trans-
dans la biosynthèse de l’urée, 284 port, 511
dans la synthèse de l’hème, 318 R (relâché), état, de l’hémoglobine et oxygénation, 53, Recombinaison chromosomique, 373-374, 373f
Pyridoxine/pyridoxal/pyridoxamine (vitamine B6), 554 Recombinant, ADN/ technologie de l’ADN recombi-
54f
carence et excrétion de xanthurénate, 302, 302f nant
R, groupements, et propriétés des acides aminés, 18,
excès/toxicité, 553-554 ADN ligase, 448
19t
Pyriméthamine, 556 clonage, 450-451
pK/pKa, 18
Pyrimidines, 342 dans l’étude des enzymes, 68
Pyrimidines, analogues de, dans la biosynthèse de R, groupes, des acides aminés, et propriétés, 21-22,
en hématologie, 701
nucléotides pyrimidiques, 347 21t
enzymes de restriction, 448, 448t
Pyrimidines/pyrimidiques, nucléotides, 342, 326f Rab, famille des protéines, 584
molécules chimériques, 448-449
absorption de lumière UV, 336-337 Rab, molécules de, 581 technologie, 447-455
biosynthèse, 334-337, 347f Rab, protéines effectrices, 582, 584 Récupération, réactions de,
catalyseurs, 346 Rab, protéines, 582 dans la synthèse des purines, 343f, 344, 345f
coordination avec la synthèse des purines, 348 Rachitisme, 543 dans la synthèse des pyrimidines, 347-348
régulation, 346, 348f Radiations, énergie des, Recyclage, 583
déficit en précurseurs, 350 altérations de l’ADN, 726t Rédox (oxydation-réduction), potentiel, 121, 121t
métabolisme, 341-351, 349f et cancer, 726-727 Rédox, état, 219
maladies dues à une surproduction de cataboli- Radicalaire, théorie, du vieillissement, 716 Réduction, définition, 121
tes, 350-351 Radicaux libres (espèces réactives de l’oxygène). Voir Référence, valeurs de, 756
métabolites hydrosolubles et, 349, 351f aussi Antioxydants Refsum, maladie de, 220, 573, 574t
non essentiels du point de vue alimentaire, 342 dans le kwashiorkor, 539 Refsum, maladie infantile de, 224, 573, 574t
pyrimidiques, nucléotides, biosynthèse, 342 et théorie mitochondriale du vieillissement, 716 Régime riche en calories, 765
et polypeptides multifonctionnels, 346, 347f et toxicité de l’oxygène, 125 Régime très pauvre en glucides et amaigrissement,
régulation, 348, 348f hydroperoxydases protégeant contre les, 122 204
voie, 347f issus de la peroxydation des lipides, 153-154, 154f Régions cadres, entre les régions variables, 669
Pyrophosphatase, inorganique mécanismes de protection contre les altérations, Régulateurs négatifs de l’expression génique, 424,
dans l’activation des acides gras, 117, 118, 217 564 424t, 430
dans la biosynthèse du glycogène, 186, 186f origine de réactions en chaîne autoentretenues, Régulateurs positifs de l’expression génique, 424, 424t,
Pyrophosphate 561 425, 428
énergie libre d’hydrolyse du, 116t responsables d’altérations, 561 Réhydradation orale, solution de, 762
inorganique, 117-118 Rein Voir aussi à Rénal
sources multiples d’oxygène radicalaire, 563
Pyrrole, 50 durant le jeûne, 167
Ramification (ou branchement), enzymes de
Pyruvate, 158 et glycogénolyse, 188
absence, 189t
et néoglucogenèse, 171 et métabolisme de la vitamine D, 547
dans la synthèse du glycogène, 187f
formation lors du catabolisme du squelette carboné
Ran, protéines, 572 membrane basale, 622
des acides aminés, 293f, 295, 297f
Rancissement dû à la peroxydation, 154 métabolisme, 167
oxydation, 173-174, 175f, 181-182, 182f, 183f, 184t.
RAS (oncogène), 731t Rein, tests fonctionnels, 753, 754, 755t
Voir aussi Acétyl-CoA ; Glycolyse
Rayons ionisants induisant la réparation de dégâts de Relaché (R), état de l’hémoglobine, lors de l’oxygéna-
aspects cliniques, 183
l’ADN par excision de nucléotides, 384, 384t tion, 53, 54f
enzymes impliqués, 198t
Rayons X, cristallographie par, de Laue, 44 Relâchement, phase de
et néoglucogenèse, 195, 196f
Rayons X, diffraction des, et cristallographie pour de la contraction du muscle lisse rôle du calcium,
Pyruvate carboxylase, 174, 174f, 199t, 774
démontrer la structure des protéines, 43-44 642
dans la régulation de la néoglucogenèse, 173, 174f,
RB (gène suppresseur de tumeur), 730t de la contraction du muscle squelettique, 637
195, 198t
Rb, protéine, perte de, 733 Rénale, excrétion, 771
Pyruvate déshydrogénase, 174, 174, 175f, 182, 182f,
Rb, protéine. Voir Rétinoblastome, protéine de Rénale, glycosurie, 753t
199t
RCPG. Voir Protéines G, récepteur couplé aux, Renaturation de l’ADN par appariement de bases,
déficit, 183
la thiamine diphosphate comme coenzyme, 551 356
Réactifs, concentration des, effet sur la vitesse d’une
régulation, 182, 183f Rénaux, tests fonctionnels, valeurs de référence, 753t
réaction chimique, 74
rôle de l’acétyl-CoA, 181-182 Renouvellement cellulaire, 713t
Réactions à déplacement unique, 82
rôle de l’acyl-CoA, 183f, 231 Réparation de l’ADN et contrôle sur épreuve, 719
Réactions de déplacements séquentiels, 82
Pyruvate déshydrogénase, complexe de la, 182 Répétitions en tandem en nombre variable Voir
Réactives, espèces, de l’oxygène (EROS), 713-714,
Pyruvate kinase, 199t VNTR
714f, 715f
dans la glycolyse, 179f, 180, 198t Répétitives (répétées), courtes séquences, dispersées
chimiquement prolifiques, 714 (SINE), 371, 466
régulation, 181-183 comme produits secondaires biologiques toxiques,
déficit, 183, 692 Répétitives, séquences, de l’ADN, 371
714f Réplication, bulles de, 380, 380f
et régulation de la néoglucogenèse, 198 mécanismes enzymatiques et chimiques d’inter-
Pyruvate kinase (PK), déficience, 687t Réplication, fourche de, 380f
ception des espèces dommageables, 718 Réplication/synthèse. Voir ADN ; ARN
réaction