Teórica 21

Reloj molecular

Martín Ramírez, 2019. Curso de Sistemática Teórica, FCEyN – UBA

Referencias

Calibraciones
Ho, S. Y., & Phillips, M. J. (2009). Accounting for calibration
uncertainty in phylogenetic estimation of evolutionary divergence
times. Systematic Biology, 58, 367-380.

Métodos
Ho, S. Y., & Duchêne, S. (2014). Molecular‐clock methods for
estimating evolutionary rates and timescales. Molecular
ecology, 23, 5947-5965.

Perspectiva
Giribet, G. (2015). Morphology should not be forgotten in the era
of genomics–a phylogenetic perspective. Zoologischer Anzeiger-
A Journal of Comparative Zoology, 256, 96-103.
 Tasas de evolución
aproximadamente constantes
a través del tiempo

Zuckerkandl & Pauling (1965)

Reloj molecular
Idea general: Asociar tasas de cambio a tiempos – y estimar tiempos
de divergencia
A partir de un árbol filogenético, y:
• Uno o varios nodos con antigüedad estimada
• O tasas de cambio estimadas

Inferir todos los eventos de divergencia

 Heterogeneidad de tasas – por marcadores
Las tasas no son muy constantes…

Proteínas de mamíferos
Page & Holmes 2009
Heterogeneidad de tasas por linajes

Debido a diferencias en:

Tiempos generacionales
Tamaños poblacionales
Presiones selectivas
Tasas metabólicas
Mecanismos de reparación de ADN
Complejizando los modelos de reloj molecular

Ho & Duchene 2014

 Prueba de modelos – ajuste a reloj molecular estricto
Lemey & Posada
2009 en Lemey et
al. 2009

H1, 7 ramas H0, 4 ramas

Parámetros H1 – Parámetros H0 = 3
Tasas no correlacionadas

Las tasas varían independientemente de sus ancestros – de acuerdo a una distribución con
parámetros.

Un continuo: reloj estricto – exponencial autocorrelacionado – lognormal no correlacionado

– sin reloj
Comparación de modelos
 Calibraciones por fósiles
fósil
3
sinapomorfías

¿Cuál será la edad de los grupos A, B y C?

Ho & Phillips 2009

 Calibraciones por fósiles
fósil
3
sinapomorfías
Edad de 1 – mínima para A
Edad de 2 – mínima para B
Edad de 3 – mínima para A

Ho & Phillips 2009

 Calibraciones por fósiles
fósil
3
sinapomorfías
Edad de 1 – mínima para A
Edad de 2 – mínima para B
Edad de 3 – mínima para A

Ambigüedad: Se usan
valores conservativos

Ho & Phillips 2009

 Calibraciones por fósiles
33
Edad de 1 – mínima para A
Edad de 2 – mínima para B
Edad de 3 – mínima para A

P(H | datos) = P(datos | H) P(H) / P(datos)

Las calibraciones se insertan como probabilidades a priori (priors)
Se asocian a grupos de taxones que se asumen monofiléticos
Ho & Phillips 2009
 Calibraciones por fósiles
33
Edad de 2 – mínima para B

P(H | datos) = P(datos | H) P(H) / P(datos) tax5

tax6

tax7

tax8
B = tax5 + tax6 + tax7 + tax8

Ho & Phillips 2009

 Calibraciones por fósiles
33
Edad de 2 – mínima para B

P(H | datos) = P(datos | H) P(H) / P(datos) tax5

tax1
tax6
tax3
tax7
tax12
tax8
B = tax5 + tax6 + tax7 + tax8

No se asume monofilia del grupo datado. Si no fuera monofilético, la

edad mínima incluirá taxones adicionales

Ho & Phillips 2009

Calibraciones

Los distintos modelos de calibraciones surgen

tanto de implementaciones de software como
de formas de representar lo que se sabe de
los fósiles y la geología.

Ho & Phillips 2009

Calibraciones
a. Puntual. Representa la edad del ancestro.

Difícil de justificar:
• Edad de fósiles aproximada (dataciones,
paleoestratigrafía)
• Ancestros difíciles de reconocer.

Precisión ilusoria
Calibraciones
b. Edad mínima fija - flat prior. Representa la
edad mínima de un ancestro.

El fósil demuestra que el linaje existía en una

época determinada – pero tal vez antes
también y todavía no se encontró un registro

Pero al no presentar un límite de edad, no hay límite para la raíz. Tasas

muy bajas dan edades muy antiguas con la misma probabilidad.
Se precisa una edad máxima u otra calibración complementaria.
Calibraciones
c. Edad máxima fija. Clado ausente antes de
cierta época.

Expresa que el clado no existió antes de una

cierta época, inferido a partir de ausencia de
fósiles (phylogenetic bracketing).

Puede ser cuestionable, y hay alternativas

menos drásticas:

Lo mismo, pero límites menos drásticos. Todas

las edades tienen cierta probabilidad, con una
transición más suave.
Calibraciones

Normal. Simétrica, no se usa tanto.

Lognormal. Asimétrica. Tres parámetros: inicio

(usualmente el fósil más antiguo), moda y desvío
estándar. Es lo más utilizado.

Exponencial. Dos parámetros: Inicio (usualmente el

fósil más antiguo) y media. Mayor probabilidad cerca
de la edad del fósil.
 Calibraciones por fósiles
33
Edad de 2 – mínima para B

P(H | datos) = P(datos | H) P(H) / P(datos) tax5

tax6

tax7

tax8
B = tax5 + tax6 + tax7 + tax8
sinapomorfías
¿Es un hecho que el fósil (2) pertenece a B?

Ho & Phillips 2009

 Tip dating

Datación según evidencia

total: Fósiles como terminales
(tip dating)

El datado se asocia a los

terminales fósiles – no a nodos
específicos

Los terminales fósiles se

incluyen en el análisis,
codificados en la partición
morfológica

Ronquist et al 2012
 Tip dating

Datación según evidencia

total: Fósiles como terminales
(tip dating)

68 actuales, 7 marcadores
48 fósiles
343 caracteres

Fósiles: Ubicación algo

incierta

Ronquist et al 2012
 Tip dating

Datación según evidencia

total: Fósiles como terminales
(tip dating)

molecular
34 actuales
1 marcador (RAG-1)

morfológico
8 actuales, 41 fósiles
161 caracteres

(poco solapamiento…)

Pyron 2011
Ronquist et al 2012
Fuentes de incertidumbre en reloj molecular

Varias fuentes de incertidumbre

• Modelo de evolución molecular estocástico

• Filogenia estimada en base a datos limitados

• Datación de fósiles con fechas aproximadas

• Parentescos de fósiles inferidos por

caracteres limitados
 Múltiples calibraciones y múltiples genes

Heat 2015
Cuantos más puntos de calibración, menos incertidumbre

Puntos de calibración

Pérez & Pol 2012

Cuando no hay fósiles

Calibraciones biogeográficas

Tasas de cambio para marcadores usuales

Hormiga et al 2003
calibración
Filogenia y geología: Una alianza poderosa

Hormiga et al 2003
Filogenia y geología: Una alianza poderosa

Las calibraciones biogeográficas deben usarse

con cuidado – y son bastante criticadas
•Asumen ciertas distribuciones ancestrales
•Se vuelven circulares al poner a prueba
hipótesis biogeográficas
Hormiga et al 2003
Sharma y Giribet 2012
¿Cómo llegaron los
perezosos a las Antillas?
Colonización de Juan Fernández
Eduardo Soto
Soto et al 2017
Ceccarelli et al. 2016
Tardías para vicarianza…

Ceccarelli et al. 2016

 J
F

(+ +
)
Tardías para vicarianza…

Malpighiaceae
Viejo mundo
calibraciones Wikipedia

Disyunciones Nuevo / viejo mundo

56 33.9 23 5.3
 Tempranas para vicarianza…

Amphibia

San Mauro et al 2005

Tempranas para vicarianza…

San Mauro et al 2005

Wood et al. 2012, 2013
Datación por
terminales:
diversificaciones
más antiguas

126 caracteres
4 marcadores

18 actuales, 5 fósiles
22 grupos externos

Wood et al 2013
 Fósiles en ámbar y micro-CT

Penney et al 2007
Morfología, fósiles y genes – una alianza poderosa