Vous êtes sur la page 1sur 89

4MORPHOLOGIE ET ULTRA STRUCTURE DES BACTERIES

I- MORPHOLOGIE DES BACTERIES (Document 1)

Document 1 : FORMES ET REGROUPEMENTS DES BACTÉRIES

Cours de Microbiologie générale page 1


I-1- La forme
Les bactéries sont des organismes unicellulaires de formes variées. On distingue :
- Des bactéries de forme arrondies ou cocci, isolées, en chaînette, en amas (nombre
variable de cellules) : Staphylocoques, Streptocoques …
- Des bactéries de forme allongée ou bacilles isolés, en chaînette ou amas, de longueur
et diamètre variables : E.coli, Salmonella, Bacillus etc…
- Des bactéries de forme spiralée, spirilles, spirochètes comme Treponema
- Un groupe particulier de bactéries de forme filamenteuse se rapprochant des
moisissures : les Actinomycètes.

Cours de Microbiologie générale page 2


I-2- La taille
Les bactéries les plus petites ont une taille d’environ 0,2 µm (Chlamydia) et les plus longues certains
Spirochètes peuvent atteindre 250 µm de long. En moyenne la taille se situe entre 1 et 10 µm.

I-3- Les associations


Une espèce bactérienne peut apparaître sous forme de cellules isolées séparées ou en groupements
caractéristiques variables selon les espèces : association par paires, en amas réguliers, en chaînette,
par quatre (tétrades) etc. Cependant il faut savoir que les groupements ne sont caractéristiques
qu’au sortir de l’habitat naturel de la bactérie; exemples :
- Les Staphylocoques isolés d’un pus présentent des groupements caractéristiques en
« grappe de raisin » ;
- Les Streptocoques isolés d’un lait forment des chaînettes.
Ensuite lorsque ces bactéries sont cultivées sur milieux synthétiques les groupements
caractéristiques sont généralement perdus.
Dans la nature certaines bactéries vivent en groupes de cellules peu différenciées : Cyanobactéries
qui forment des trichomes.

II- LES CONSTITUANTS DE LA CELLULE BACTERIENNE (Document 2)

Document 2 : LA CELLULE BACTERIENNE

II-1- Les éléments constants de la cellule bactérienne


II-1-1- La paroi bactérienne
a) Méthodes d’étude
- Expériences de plasmolyse (cellule plongée dans un milieu hypertonique, la paroi se
« décolle ») ;
- Broyage des bactéries et lyse par ultrasons, congélation et décongélation successives, action
enzymatique ;
- On sépare ensuite les différents constituants par centrifugation différentielle, lavages.
- On passe ensuite à l’étude en microscopie électronique ou à l’étude chimique.

Cours de Microbiologie générale page 3


b) Aspect en microscopie électronique
La paroi est l'enveloppe caractéristique de la cellule procaryote. Elle est un véritable exosquelette qui
lui confère sa forme et lui permet de résister à la forte pression osmotique interne comprise entre 5
et 20 atmosphères.
La paroi est notamment formée d'un polymère : le peptidoglycane, encore appelé mucopeptide,
muréine ou encore muco complexe.
Certaines couches de la paroi sont le site de nombreux déterminants antigéniques majeurs. Le
lipopolysaccharide, par exemple, propre aux bactéries Gram négatif n'est autre que l'endotoxine
douée de propriétés pharmacologiques puissantes.
On distingue 2 types de parois au microscope électronique : les Gram (+) et les Gram (-).

Peptidoglycane Membrane externe 7 à 8


De 20 à 80 nm nm
Espace périplasmique

(80 à 90% de la paroi) Peptidoglycane

Espace périplasmique De 2Espace


nm périplasmique
(10 % de la paroi)
Membrane plasmique 7.5 nm
Membrane plasmique 7.5 nm

Gram + Gram –

c) Structure chimique de la paroi


L’élément structural de base de la paroi est le peptidoglycane
(=muréine=mucocomplexe=mucopeptide). C’est un polymère composé de :
 Une partie glucidique (N-acétyl glucosamine (NAG) et Acide N-acétyl muramique (ANAM) liés
par liaison β 1-4) ;
 Un tétrapeptide (lié à l’acide muramique par la fonction COOH (varie selon l’espèce)) ;
 Des ponts interpeptidiques (varient selon l’espèce).
Les Principaux constituants chimiques présents dans la paroi des bactéries Gram positif et Gram
négatif sont :

Paroi des bactéries Gram (+) Paroi des bactéries Gram (-)
Osamines : N-acétyl glucosamine (NAG) et Acide N-acétyl muramique (ANAM)
Acides teïchoiques et lipoteïchoiques
(polymères de polyribitol phosphate ou Pas d’acides teïchoiques ni lipoteïchoiques
polyglycérol phosphate)
Acides aminés dont 4 majeurs : Ala (D et L) Mêmes acides aminés
D-Glu, L-Lys, acide diaminopimélique (DAP) (moins de L-Lys et de DAP)
Peu de lipides (1 à 2 %) Lipides en grande quantité (10 à 20 % dans la
membrane externe)

La membrane externe de la paroi des bactéries Gram (-) est liée à la couche de peptidoglycane par la
lipoprotéine de Braun. Elle est formée d’une bicouche dont seule la partie inférieure est
phospholipidique. La partie supérieure est constituée de LPS (lipopolysaccharide). Le LPS peut être
extrait de la paroi des bactéries à Gram négatif en faisant agir un mélange phénol/eau. Il comprend :
- une partie lipidique (lipide A) qui comporte une activité toxique ; 
- liée à un polysaccharide central (le « core ») ;
- qui porte des chaînes de 3 à 6 sucres tournées vers l’extérieur (appelées «  l’antigène O » car
très antigénique).

Cours de Microbiologie générale page 4


A cause du pouvoir toxique du lipide A, le LPS est appelé une « endotoxine ».

Document 3 : PAROI DES BACTERIES GRAM +

Document 4 : PAROI DES BACTERIES GRAM ̶

La distinction entre bactéries Gram positif et bactéries Gram négatif repose sur une différence de
composition pariétale. La paroi des bactéries Gram positif est riche en acide teichoïque, absent chez
les bactéries Gram négatif et en acide diaminopimélique, moins abondant chez les Gram négatif
lesquelles ont une paroi plus riche en lipides. La paroi représente 20% du poids sec des bactéries.
Les différences de constitution et de structure chimique des parois Gram (+) et Gram (-) permettent
d’établir le principe de la coloration élaborée par Christian GRAM (1884) :

Cours de Microbiologie générale page 5


Document 5 : ETAPES DE LA COLORATION DE GRAM

Bactérie Gram Positif Etapes Bactérie Gram Négatif

1- coloration par le violet de


gentiane du cytoplasme des cellules

2- fixation du violet par le lugol


(réactif iodo-ioduré) = formation de
complexes violet-lugol

3- Décoloration par l’alcool


(solubilise les lipides de la membrane
externe des gram (-) et décolore le
complexe violet-lugol ; pas d’effet sur
les gram (+) car ne pénètre pas dans
leur cytoplasme)

4- Coloration par la fuschine (ou


safranine) qui recolore le cytoplasme
des gram (-) en rose

L’espace périplasmique  contient des enzymes qui participent à la nutrition (hydrolases) et des
protéines qui sont impliquées dans le transport de molécules à l’intérieur de la cellule.
Les Gram (+) excrètent plutôt les enzymes hors de la cellule. Ce sont alors des « exo enzymes ».

d) Rôles de la paroi
Afin d’étudier les rôles de la paroi, on utilise un enzyme lytique, le lysozyme. Le lysozyme clive les
liaisons β 1-4 glycosidiques entre le NAG et l’ANAM. Il en résulte une destruction totale du
peptidoglycane chez les bactéries Gram(+), et une fragmentation de celui-ci chez les Gram(-) car le
peptidoglycane est moins accessible à cause de la membrane externe.
Expérience :

1- On place une souche de Bacillus subtilis (bacille Gram+) en milieu hypotonique : la


bactérie se comporte normalement.
2- Si on ajoute du lysozyme à cette suspension, les bactéries gonflent et éclatent.
3- On fait la même expérience en milieu isotonique, les bactéries n’éclatent pas en
présence de lysozyme, mais elles prennent une forme sphérique appelée : protoplaste.
Les protoplastes ne possèdent plus les propriétés antigéniques de la bactérie, ne se
divisent plus, ne fixent plus les bactériophages et sont incapables de mobilité.
4- On fait la même expérience avec Escherichia coli (bacille Gram-) : en milieu isotonique +
lysozyme, les bactéries prennent une forme sphérique appelée : sphéroplaste. Les
sphéroplastes conservent toutes les propriétés initiales de la bactérie.

Cours de Microbiologie générale page 6


Conclusions :

Rôle 1 de la paroi : elle assure le maintien de la forme de la bactérie.


Rôle 2 de la paroi : elle assure une protection contre la pression osmotique intracellulaire (car il y a
une forte concentration en métabolites à l’intérieur de la cellule : l’eau rentre).
Un protoplaste ne possède plus les propriétés antigéniques de la bactérie d’origine. En effet, on
trouve comme antigènes pariétaux (= de la paroi) :
- chez les Gram(+) : peptidoglycane + acides teïchoiques et lipoteïchoiques + polyoside C chez
les streptocoques (voir TP sur le sérogroupage des streptocoques) ;
- chez les Gram(-) : les antigènes O du LPS (voir TP sur le sérotypage des salmonelles).
Rôle 3 de la paroi : elle possède des propriétés antigéniques.
L’étude des protoplastes met également en évidence d’autres rôles :
Rôle 4 de la paroi : elle permet la fixation des bactériophages. Ils reconnaissent des récepteurs
localisés sur le peptidoglycane des Gram(+) ou la membrane externe des Gram(-). Cette propriété est
utilisée pour l’identification de certaines bactéries : c’est la lysotypie.
Rôle 5 de la paroi : elle participe à la mobilité. En effet, les flagelles sont implantés dans la
membrane cytoplasmique mais ne peuvent pas fonctionner en absence de peptidoglycane (d’où
l’immobilité des protoplastes).
Rôle 6 de la paroi : toxicité. Chez les Gram(-), le LPS est une endotoxine (effet toxique porté par le
lipide A) qui peut donner fièvres et lésions.

Document 6 : Schéma simplifié du LPS

Rôle 7 de la paroi : perméabilité. La paroi laisse passer de petites molécules comme l’eau, les sels
minéraux ou des métabolites simples. Par contre elle est plus ou moins perméable à certains solvants
(exemple l’alcool. Cf. coloration de Gram).

e) Quelques parois bactériennes particulières


Certains groupes bactériens possèdent des parois très différentes de celles des Gram (+) et (-). C’est
le cas notamment des Archéobactéries et des Mycobactéries.
Chez les archaebactéries, la paroi a une structure et une composition très différentes des
Eubactéries. Mais elles peuvent être colorées par la méthode de Gram et apparaissent soit Gram+,
soit Gram- en fonction de la structure de leur paroi :

Cours de Microbiologie générale page 7


Les Gram + ont une paroi avec une couche épaisse et homogène de peptidoglycane mais différent de
celui des Eubactéries, on parle de pseudomuréine.
Les Gram- n’ont pas de membrane externe ni de peptidoglycane, mais elles possèdent une couche
superficielle de sous-unités protéiques ou lipoprotéiques.
Chez les Gram +, la pseudomuréine contient seulement des AA L dans les ponts, de l’acide N-
acétylalosaminuronique et pas de NAM et des liaisons osidiques  1-3 à la place de  1-4.
Les mycobactéries sont des  bacilles légèrement incurvés, se multipliant très lentement. Leur paroi
est très riche en lipides et contient des cires : acides gras en C60 (acides mycoliques), qui empêchent
de « prendre » la coloration de Gram.
Ces bactéries sont dites : BAAR : bacilles acido-alcoolo-résistants. On les appelle aussi  « bactéries
sans paroi ».
Ex : Mycobacterium bovis, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprea

II-1-2- La membrane cytoplasmique.


a) Techniques d’étude
- Expériences de plasmolyse en milieu hypertonique.
- Centrifugation différentielle ;
- Analyse chimique ;
- Microscopie électronique.

c) Structure et composition chimique (document 7) cf. cours physiologie 1 ère année


Structure
La membrane cytoplasmique limite le cytoplasme de la bactérie. Elle présente sur coupes ultrafines
examinées en microscopie électronique l’aspect typique de toutes les membranes : deux feuillets
denses limitant un feuillet interne clair, le tout mesurant environ 8 nm.

Document 7 : STRUCTURE DE LA MEMBRANE PLASMIQUE 

Composition chimique
 30 à 40 % de lipides
 60 à 70 % de protéines
 Glucides : constituants mineurs quantitativement, liés de façon covalente aux protéines
(glycoprotéines).
Différences entre membrane cytoplasmique bactérienne et membrane cytoplasmique de cellule
eucaryote :
 Absence de cholestérol dans les membranes bactériennes ;

Cours de Microbiologie générale page 8


 Absence de glycolipides dans les membranes bactériennes ;
 Protéines transmembranaires plus abondantes dans les membranes bactériennes.

c) Rôles de la membrane cytoplasmique


Rôle de barrière semi-perméable (ou semi sélective): elle permet le passage de molécules
lipophiles et empêche le passage des molécules hydrophiles.
On distingue deux (2) grands types de transport :
- Le transport passif : il se fait dans le sens du gradient de concentration et ne nécessite
pas d’énergie ;
- Le transport actif : il se fait en sens inverse du gradient de concentration des molécules,
ce qui nécessite l’utilisation d’énergie (généralement fournie sous forme d’ATP).

Site de fixation des flagelles (voir « les flagelles » plus loin)

Possède des protéines membranaires ayant pour rôles :


- Enzymes responsables de la biosynthèse et de l’excrétion dans l’espace périplasmique
de molécules nécessaires à la synthèse de la paroi ;
- Enzymes de la chaîne respiratoire permettant la synthèse d’ATP ;
- Transporteurs de diverses molécules (ions, sucres, …) dans les 2 sens.
De plus la membrane joue un rôle important dans la détection de composés présents dans le milieu
environnant grâce à la présence de protéines transmembranaires du chimiotactisme. Ceci permet
aux bactéries dotées de flagelles de « nager » vers les endroits qui leur sont les plus favorables, les
plus riches en nutriments par exemple et de s’éloigner des endroits défavorables comme ceux qui
contiennent des substances toxiques. Ces protéines interviennent dans le sens de rotation des
flagelles.

II-1-3- Le cytoplasme
Il est délimité par la membrane cytoplasmique. C’est une sorte de gel contenant de l’eau et :
 Des ribosomes : interviennent dans la synthèse des protéines. Sont associés en chapelets sur
l’ARNm sous forme de polysomes. Sont composés de 2 sous-unités de taille différente
(diamètre de 10 à 30 nm ; constante de sédimentation de 70S). Sont composés de protéines
et d’ARNr (particules ribonucléiques). On peut les colorer par du bleu de méthylène.

 Des substances de réserve = inclusions cytoplasmiques  : en général, chaque groupe de


bactéries synthétise une seule catégorie de substances de réserve qui forment des agrégats,
parfois de grande taille. Cela peut être des glucides (amidon et surtout glycogène), des
lipides (poly-hydroxy-butyrate) et parfois des minéraux (fer, soufre).

- réserves polysaccharidiques : amidon ou glycogène qui se forment en réponse à un


excès de source de carbone alors que la source d’azote ou de soufre ou de
phosphore est limitante. Ces inclusions sont trouvées notamment chez les bactéries
des genres Bacillus, Micrococcus, Neisseria…..
- granules de PHB (= poly-béta-hydroxybutyrate) réservoirs de carbone et d ‘énergie
qui s’accumulent quand les éléments nutritifs autres que la source de carbone
deviennent limitants. Elles sont trouvées notamment chez les Vibrions et les
Pseudomonas.
- Granules de polyphosphates inorganiques ou volutine chez la plupart des bactéries ;
ce sont des réserves de phosphate.
- Des lipides et des esters d’acides gras à longues chaînes sont stockés dans des
vacuoles chez les Mycobactéries notamment.

Cours de Microbiologie générale page 9


 Des organites spécialisés  : différents de ceux trouvés dans les cellules eucaryotes. On trouve
des chromatophores (organites spécialisés dans la photosynthèse), des vacuoles à gaz
(permettant aux bactéries aquatiques de flotter à la surface de l’eau).
 Des pigments : (= molécules colorées). On trouve des bactériochlorophylles (couleur verte)
ou des caroténoïdes (couleur jaune de l’espèce Staphylococcus aureus).
Le pH du cytoplasme se situe autour de 7 – 7.2.

II-1-4- L’appareil nucléaire


a) Techniques d’étude
Elles nécessitent de distinguer l’ADN des ARN, très nombreux dans le cytoplasme, qui masquent le
chromosome bactérien.

 Coloration de FEULGEN : traitement à l’acide chlorhydrique (HCl) dilué qui libère le


désoxyribose et ses fonctions aldéhyde. En présence de réactif de Schiff (colorant basique),
les résidus aldéhydiques se colorent en rouge foncé.
 Technique de BOIVIN : destruction de l’ARN par une ribonucléase, puis coloration classique
de l’ADN par un colorant basique (réactif de Schiff, bleu de méthylène…).
 Autoradiographie : on fait incorporer aux bactéries de la thymidine tritiée (base thymine (T)
spécifique de l’ADN) pendant leur croissance. La radioactivité résultante impressionne un
film photographique.

b) Structure du chromosome bactérien


Le chromosome bactérien est une unique molécule d’ADN circulaire fermée et très longue (environ
1000 fois plus longue que la bactérie : 1360 µm chez E. coli) libre et pelotonnée dans le cytoplasme.
L’absence de membrane nucléaire conduit à parler d’appareil nucléaire ou de nucléoide plutôt que
de noyau. Cet ADN est associé à des protéines notamment des topoisomérases qui interviennent
dans le repliement de la molécule d’ADN, par contre on ne trouve pas d’histones comme chez les
eucaryotes.
Une bactérie peut renfermer plus d’une copie de son chromosome, ceci dépend notamment des
conditions de croissance ; les cellules en croissance rapide ont plus d’une copie car la réplication de
l’ADN se met en route avant que la division cellulaire ne s’amorce et la séparation effective des deux
cellules filles peut intervenir avec un retard sur la réplication.
L'appareil nucléaire est en relation avec les invaginations de la membrane plasmique appelées
mésosome au niveau desquelles sont concentrés les sites enzymatiques qui permettent à l'ADN
d'exprimer ses différentes fonctions (ADN polymérases, ADN ligases, déroulases, gyrases, etc.).

c) Rôles du chromosome bactérien


Il est le support des caractères héréditaires, de l’information génétique.
Il va se répliquer à l’identique pour qu’une cellule fille hérite du même potentiel génétique que la
cellule mère.

II-2- Les éléments facultatifs de la cellule bactérienne


II-2-1- La capsule (documents 8)
Certaines bactéries sont capables, dans certaines circonstances, d'élaborer une couche gélatino-
muqueuse entourant la paroi : la capsule.
Pour qu’elle existe il faut que :
- la bactérie possède les gènes codant pour sa fabrication ;
- que la bactérie ait à sa disposition dans le milieu de culture les éléments nécessaires à sa
fabrication (principalement des glucides).

a) Mise en évidence

Cours de Microbiologie générale page 10


 Etat frais à l’encre de chine : les bactéries apparaissent sur fond sombre avec un halo clair
autour du corps bactérien qui correspond à la capsule.
Sur milieu solide, les colonies donnent un aspect caractéristique : colonies typiques, à aspect
muqueux, filantes : type M (exemple : Klebsiella pneumoniae).
 Microscopie électronique
 Techniques immunochimiques : des Ac anti-capsulaires se fixent sur les Ag capsulaires. Le
complexe Ag-Ac précipite et augmente l’épaisseur de la capsule qui devient visible au
microscope. Cette réaction est appelée : Réaction de gonflement de la capsule de NEUFELD.

b) Morphologie et structure chimique


De nombreuses bactéries sont capables de synthétiser des polyosides de surface. Parmi ces
polyosides de surface, on distingue de façon quelque peu arbitraire, la capsule et les couches
muqueuses ou slime.
- soit une couche gélatino-muqueuse, bien définie, entourant un ou plusieurs corps
bactériens (ex : Pneumocoques (Streptococcus pneumoniae) encapsulés en diplocoques ;
Klebsielle pneumoniae encapsulée seule)
- soit une couche diffuse et visqueuse.
La capsule est en général de nature polysaccharidique, et quelquefois polypeptidique (Bacillus
anthracis ou megatherium).

Document 8a : UNE BACTERIE ENCAPSULEE Document 8 b : LA MEME ESPECE SANS CAPSULE

 Couche muqueuse ou slime : couche diffuse, facilement séparable du corps bactérien. La


production de slime est fréquente chez les bactéries aquatiques et particulièrement
importante chez les bactéries du genre Zooglea qui produisent des masses gluantes. Certains
polyosides produits par des bactéries ont un intérêt industriel et sont produits comme
gélifiant notamment en industries alimentaires : Leuconostoc mesenteroides produit des
dextrans, Xanthomonas des xanthanes …
 Couche S : couche de surface cristalline de découverte relativement récente car elle ne peut
être mise en évidence que par microscopie électronique. Elle est constituée de sous unités
protéiques organisées de façon cristalline selon un système géométrique carré, hexagonal
ou oblique (ressemble à la cotte de maille des armures). Elle a été trouvée chez des
Archéobactéries (Methanococcus par ex) et chez des Bactéria (Chlamydia, Treponema,
Helicobacter, Bacillus Clostridium …). La couche S joue un rôle en tant que squelette mais elle
pourrait aussi être impliquée dans l’adhésion, dans la résistance aux protéases des
macrophages et dans la protection vis à vis des bactériophages.
c) Rôles et propriétés
La capsule n’a pas un rôle vital pour la bactérie (sans elle, elle peut vivre et se multiplier), mais elle
peut être utile à la bactérie grâce à ses rôles :
 De protection : contre les UV, la dessiccation, les agents physiques et chimiques.

Cours de Microbiologie générale page 11


 Dans le pouvoir pathogène :
- Elle s’oppose à la phagocytose en diminuant l’adhésion de bactéries aux macrophages ;
- Elle exerce un chimiotactisme négatif sur les leucocytes ;
- Elle empêche la pénétration des antibiotiques.
Ainsi pour certains germes (ex : pneumocoques), une perte de la capsule correspond à une perte
de la virulence.

 Antigénique : les Ag capsulaires sont responsables de la spécificité sérologique (Ag K). A partir
de cette propriété, une classification peut être établie (ex : 70 types sérologiques différents
chez Streptococcus pneumoniae).

II-2-2- Les flagelles


Ce sont des organes locomoteurs spécialisés. Ils sont très rares chez les coques.
a) Mise en évidence
Indirecte : état frais (bactéries en mouvement) ou en milieu semi-gélosé (MM)
Directe : en microscopie optique après avoir épaissi les flagelles par des colorations spéciales
(Rhodes, Leifson : fuschine basique) ; ou en microscopie électronique.

b) Morphologie et mode d’insertion 


Ils mesurent en moyenne 16 à 20 μm (beaucoup plus que la bactérie) et sont très fins (300 Å
d’épaisseur).
Il existe différents modes d’insertion des flagelles, selon le nombre et la position de ceux-ci :
Ils sont fixés à la bactérie par insertion dans la membrane cytoplasmique.
Ils sont mobiles par rotation, comme une hélice, grâce à un mécanisme similaire à un « rotor »
fonctionnant grâce à l’énergie fournie par un gradient de protons.
Le mécanisme de rotation s’effectue grâce à un complexe situé dans la paroi.

Document 9 : MORPHOLOGIE, MODE D’INSERTION DES CILS ET TYPES DE CILIATURE


c) Architecture moléculaire
Le flagelle bactérien est constitué de 3 parties :
- le filament hélicoïdal

Cours de Microbiologie générale page 12


- le crochet
- le corpuscule basal
Le filament est un cylindre creux constitué d’une seule protéine multimérique : la flagelline (PM :
30.000 à 60.000 g/mol).
La flagelline, protéine fibreuse, se positionne en hélice rigide qui tourne à la manière de l’hélice d’un
bateau.
Le crochet lie le filament au corpuscule basal. Il a la même composition que le filament, mais à cet
endroit, la flagelline ne possède pas le même pas d’hélice, ce qui permet la formation d’un coude.
Le crochet est plus court que le filament, mais plus large. Très flexible, il permet d’induire le
mouvement de la bactérie.
La jonction crochet-filament est assurée par des « protéines associées au crochet » = protéines HAP
(Hook Associated Proteins).
Le corpuscule basal, enfoui dans la cellule, il insère le flagelle dans le corps cellulaire. Son
architecture, assez complexe, peut être simplifiée en 3 parties :
- une partie mobile = le rotor
- une partie fixe = le stator aiguilles
- un inverseur qui déclenche le mouvement soit dans le sens des d’une montre (CW) soit
dans le sens inverse (CCW)
Sa composition est différente chez les bactéries Gram (+) et Gram (-).
La synthèse du flagelle se fait par un assemblage séquentiel des différents composants : disques, du
corps basal, puis du crochet et enfin du filament.

e) Fonctionnement du flagelle (document 10)


 C’est une force « proton motrice » qui est responsable de la rotation (mécanisme pas totalement
élucidé).
C'est-à-dire qu’un gradient de protons se dispersant au travers des 2 anneaux fournit l’énergie
nécessaire à la rotation.
L’ATP ne semble pas être impliqué dans la rotation du flagelle.
 Selon le sens de rotation du flagelle, la bactérie ne se comporte pas de la même manière :

Document 10 a : MODE DE FONCTIONNEMENT DU FLAGELLE

1 : Dans le sens inverse des aiguilles d’une montre (CCW), la bactérie avance en tournant
légèrement sur elle-même
2 : Dans le sens des aiguilles d’une montre (CW), la bactérie culbute et change alors de
direction pour repartir en avant avec les flagelles tournant CCW.
Remarque : pour les ciliatures péritriches :
1 : tous les flagelles sont regroupés à l’arrière du corps bactérien (comme les tentacules d’un
poulpe).
2 : les flagelles se dispersent autour du corps bactérien et la bactérie culbute.

f) Rôles des flagelles


La locomotion est mise en évidence sur des milieux semi-gélosés (diffusion dans la gélose) ou sur
milieu solide (envahissement de la surface de la boîte. Ex : Proteus).

Cours de Microbiologie générale page 13


Rôle antigénique
Les antigènes flagellaires (Ag H) déterminent différents sérotypes (exemple : sérotypage des
Salmonella. Voir TP). En présence de l’anticorps correspondant à leur Ag H, les bactéries agglutinent
et les bactéries s’immobilisent.
La spécificité antigénique repose sur le nombre et la séquence des acides aminés de la flagelline.

Fixation des bactériophages


Les flagelles sont le lieu de fixation de certains bactériophages.

Le chimiotactisme
Certaines substances attirent les bactéries mobiles, d’autres les repoussent.
Selon la composition du milieu de culture, on distingue 2 types de trajectoires (Document 10)

II-2-3- Les pili ou fimbriae (Fimbriae =  « filament » ou  « fibre » en latin ; pili = « cheveu » ou
« structure chevelue » en latin).

Ce sont des structures filiformes, différentes des flagelles, qui sont quasi systématiques chez les
Gram (-) et rares chez les Gram (+). Ils sont de nature protéique. On distingue 2 sortes de pili :

 Les pili communs ou de type I : ils sont nombreux autour de la bactérie, courts (de l’ordre de
1µm) et rigides (on les appelle également des cils). Ils sont impliqués dans les propriétés
d’adhésion des bactéries aux tissus. Ils constituent donc un facteur de virulence pour les
bactéries pathogènes.

 Les pili sexuels ou de type II : ils sont plus longs (10 µm environ) et se terminent par un
renflement. Leur nombre varie entre 1 et 4. Ils ont un rôle dans la conjugaison bactérienne
(un des 3 modes de transfert de matériel génétique d’une bactérie à une autre).
Les pili de la bactérie donatrice vont permettre de reconnaître une bactérie réceptrice (de l’amarrer)
et entraîner la création d’un pont cytoplasmique entre les 2 bactéries, permettant ainsi le passage
d’une molécule d’ADN.

Les courses sont plus longues, les culbutes


moins fréquentes, et une direction privilégiée
Les mouvements se font au apparaît en fonction d’un gradient de substances
hasard, les courses sont attractives ou répulsives.
courtes, les culbutes sont
fréquentes, et il ne se dégage
pas une direction privilégiée.
Document 10 b : TRAJECTOIRES DE BACTERIES
Le milieu de culture est donc
neutre.
II-2-4- Le glycocalyx
Les bactéries peuvent s'entourer d'enveloppes supplémentaires plus ou moins structurées ou
diffuses.

Cours de Microbiologie générale page 14


a) Composition du glycocalyx
Il est de nature polysaccharidique.
De très nombreuses bactéries sont capables de synthétiser des polysaccharides de surface qui
peuvent, éventuellement, être libérés dans le milieu. Leur étude est cependant difficile pour deux
raisons majeures :
- Ces polysaccharides sont très fortement hydratés (plus de 99% d'eau), ce qui rend leur étude
difficile au microscope électronique, notamment parce que leur structure s'altère lors de la
déshydratation des échantillons.
- Ces polysaccharides sont élaborés de manière optimale lorsque les bactéries sont dans un milieu
hostile car ils apportent un moyen de coloniser l'environnement. Lors d'une culture in vitro, sur des
milieux riches, la synthèse des ces polysaccharides (qui représente une dépense énergétique) n'est
plus indispensable et les bactéries peuvent ne plus les élaborer.
En 1981, Costerton a proposé le terme de glycocalyx pour désigner tous les composants liés à la
membrane externe des bactéries à Gram négatif ou au peptidoglycane des bactéries à Gram positif.
Le terme de glycocalyx désigne donc à la fois les polysaccharides de surface et les protéines ou
glycoprotéines de surface. D'autres auteurs préfèrent utiliser le terme de substances polymérisées
extracellulaires (EPS : Extracellular Polymeric Substances).
Parmi les polysaccharides de surface, on peut distinguer de manière un peu arbitraire, la capsule et
les couches muqueuses ou slime. La capsule correspond à une structure bien organisée, facilement
mise en évidence par des techniques simples alors que le slime correspond à des constituants
polysaccharidiques plus ou moins libérés dans le milieu et ne constituant plus une véritable entité
morphologique.

b) Rôles du glycocalyx
 Il est responsable de l'attachement des bactéries aux cellules (cellules buccales,
respiratoires......) ou à des supports inertes (plaque dentaire sur l'émail dentaire, biofilms sur
les cathéters, ou encore les prothèses dans le cas de bactéries d'intérêt médical).
 Il protège les bactéries de la dessiccation et les rend résistantes aux antiseptiques,
désinfectants, antibiotiques.

II-2-5- Les plasmides


Ce sont des molécules d’ADN bicaténaire, extra-chromosomiques, plus petites que le chromosome
bactérien (environ 1/100 du chromosome), capables d’autoréplication.
Certains plasmides peuvent s’intégrer au chromosome bactérien : on les appelle des épisomes.
Les plasmides apportent du matériel génétique supplémentaire à la bactérie, qui code pour des
caractères additionnels, mais non indispensables au métabolisme normal de la cellule bactérienne.
Non indispensables à la survie de l’espèce, ces plasmides confèrent aux bactéries qui les hébergent
des avantages sélectifs importants : ils portent des gènes codant des résistances aux antibiotiques, à
des métaux lourds, des gènes codant des voies métaboliques nouvelles comme la possibilité d’utiliser
des hydrocarbures et des dérivés organiques complexes (très fréquents chez les bactéries du genre
Pseudomonas). Certaines bactéries portent aussi des gènes codant la synthèse de substances comme
des antibiotiques, des toxines et des facteurs de virulence.
Remarque : importance des plasmides portant des gènes de résistance aux antibiotiques dans
l’augmentation des cas d’infections nosocomiales.
Ces plasmides peuvent se transférer d’une bactérie à une autre par différents mécanismes.
Les plasmides sont des outils très utiles en génie génétique : on introduit dans une bactérie des
gènes non bactériens portés par des plasmides, afin de lui faire acquérir de nouveaux caractères
(exemples : synthèse d’insuline, d’hormone de croissance, vaccin HBV…).
II-2-5- Les spores (documents 11 12 et 13)
Ce sont des structures de résistance formées par certaines bactéries lorsque les conditions
deviennent défavorables (carence en éléments nutritifs …).

Cours de Microbiologie générale page 15


Trois genres bactériens sont caractérisés par des endospores : Bacillus, Clostridium et Sporosarcina.
Ce sont toutes des bactéries Gram (+).

a) Mise en évidence
 Les spores sont visibles à la coloration de Gram où elles apparaissent comme des espaces
vides à l’intérieur des bactéries : seul le contour de la spore apparaît coloré.
 A l’état frais, elles apparaissent comme de petites masses réfringentes au sein de la bactérie,
ou libres dans le milieu.
 Il existe des colorations spéciales basées sur le caractère acido-alcoolo-résistant des spores.
Exemple : coloration au vert de malachite = coloration de Benito-Trujillo. Après une contre
coloration par la fuschine, les spores apparaissent verte dans la bactérie rose.

b) Morphologie et structure
Les spores sont de petites unités ovales ou sphériques.
Elles peuvent déformer ou non le corps bactérien. Leur position dans la cellule est variable : centrale,
terminale, subterminale.
La spore peut-être libre ou non.
La recherche de tous ces caractères se fait dans un but taxonomique.

c) Composition chimique
La spore possède de nombreuses enveloppes.
La spore se différentie de la cellule végétative par :
 une faible teneur en eau (d’où résistance à la dessiccation)
 une faible teneur en enzymes (activité métabolique réduite)
 la présence de dipicholinate de calcium dans une enveloppe particulière : le cortex
 une diminution du nombre de liaisons entre NAM et NAG
 la présence de protéines de type kératine dans les tuniques

Document 11 : MORPHOLOGIE DE LA SPORE

d) Le cycle sporal
Il représente le passage de la forme végétative à la forme sporulée et inversement :

SPORULATION
Forme végétative Forme sporulée

Cours de Microbiologie générale page 16


GERMINATION
 Afin que la spore germe, elle doit se trouver dans des conditions favorables : eau,
nutriments, pH, force ionique, température convenable, pas d’agents antimicrobiens.
 Inversement, des conditions défavorables de croissance entraînent la sporulation ou
l’absence de germination de la spore.

e) Les étapes de la sporulation


La sporulation dure environ 7 heures.
La sporulation  est provoquée par l’épuisement du milieu en substrat nutritif et elle peut nécessiter
des conditions particulières : absence d’oxygène pour les Clostridium, présence d’oxygène au
contraire pour Bacillus anthracis .
Le processus de sporulation débute à la fin de la phase exponentielle et se déroule en 6 étapes :

a. stade 1 formation du filament axial : la division nucléaire n’étant pas suivie d’une
division cellulaire, les deux génomes fusionnent donnant un filament
chromatique axial
b. stade 2 : les deux génomes se séparent et en même temps la membrane
cytoplasmique s’invagine près d’un pôle de la cellule pour former un septum de
sporulation qui partage la cellule en deux parties inégales.
c. Stade 3 : Ce septum va envelopper le cytoplasme de la plus petite partie pour
former une préspore caractéristique

Document 12 : LES ETAPES DE LA SPORULATION

d. Stade 4 : entre les deux membranes limitant la préspore se forme la paroi sporale
puis apparaît rapidement le cortex
e. Stades 5 et 6 : apparition des tuniques et après maturation, la cellule végétative
se lyse et libère la spore.

Cours de Microbiologie générale page 17


f) Propriétés de la spore
La spore possède de nouvelles propriétés par rapport à la cellule végétative :
 Thermo résistance :
La spore résiste en général à des températures de 70-80°C pendant 10 minutes, parfois plus. Cette
propriété est due à la présence de l’acide dipicholinique et à la déshydratation de la spore. (Les
protéines et les acides nucléiques à l’état déshydratés sont très résistants à la dénaturation
thermique).
Cette propriété entraîne des problèmes importants dans les hôpitaux, les salles de chirurgie et les
industries alimentaires (Clostridium tetani : tétanos ; C. botulinum : botulisme).
 Résistance aux agents physiques et chimiques :
La spore résiste aux rayons UV, X, ultrasons, antiseptiques, désinfectants, ATB (un ATB
bactéricide pour une bactérie peut s’avérer simplement sporostatique pour les spores de la
même bactérie). Cela pose également des problèmes dans les hôpitaux.
 Résistance à la dessiccation et au vieillissement  :
Ces phénomènes semblent dus à la faible teneur en eau et au métabolisme ralenti : on parle
d’état de dormance.
 Synthèse d’antibiotiques :
Certaines bactéries synthétisent des ATB au début de la phase de sporulation. Exemple :
Bacillus licheniformis synthétise ainsi la Bacitracine ; Bacillus polymyxa le polymyxine.
Mais aussi des toxines (entérotoxine de Clostridium perfringens) ou des substances à activité
biopesticide (toxines létales pour des insectes) comme le corps parasporal de Bacillus
thuringiensis et de Bacillus sphaericus.

Document 13 : schéma de la spore

d) La germination 
Placée dans des conditions favorables (eau glucose acides aminés) la spore redonne naissance à une
cellule végétative. On distingue 3 stades dans le processus de germination :
a. l’activation : correspondant à une lésion des enveloppes sporales par des agents
physiques (choc thermique) ou chimiques (acides, lysozyme …) ou mécaniques (abrasion, choc).
Remarque : l’activation thermique est mise à profit au cours de la tyndallisation qui consiste à
chauffer 3 fois le produit à stériliser : 30 min à 60°C (destruction des formes végétatives et
induction de la germination d’éventuelles spores), le deuxième chauffage à 60°C 30 minutes tue les

Cours de Microbiologie générale page 18


spores issues da la germination et induit la germination des spores résiduelles et le troisième
chauffage dans les mêmes conditions détruit les dernières formes végétatives.
b. L’initiation débute en présence de conditions favorables d’hydratation et de
métabolites effecteurs (alanine, magnésium adénosine…) qui pénètrent à travers les enveloppes
endommagées. Des enzymes hydrolytiques dégradent les constituants de la spore ; il y a libération
du dipicolinate de calcium. le cortex détruit la pore s ‘imbibe d’eau et gonfle.
c. L’émergence de la nouvelle cellule végétative : grâce à l’altération des
enveloppes.

Les bactéries intracellulaires


Certaines bactéries sont des parasites obligatoires des cellules. Ce sont les Rickettsies et les
Chlamydies.
Les Rickettsies parasitent naturellement des arthropodes : tiques, puces et poux, sans leur être
nuisibles. Transmises à l'homme, par piqûre, elles sont responsables d'infections, souvent graves,
voire mortelles (Typhus épidémique, fièvre Q, fièvre pourprée des montagnes Rocheuses, etc.).
Les Chlamydies n'infectent que des vertébrés. Elles sont responsables de deux types d'infection chez
l'homme : les psittacoses ornithoses transmises par des oiseaux (perroquets, pigeons, etc.) et les
lymphogranulomatoses vénériennes, trachomes et conjonctivites à inclusion. Les
lymphogranulomatoses vénériennes se caractérisent par des lésions génitales et des adénopathies.
Les trachomes sont des atteintes graves de la cornée. Les conjonctivites à inclusions sont des
affections plutôt bénignes.

NUTRITION ET CROISSANCE DES BACTERIES


Selon les conditions environnementales, une bactérie existe sous deux états principaux : l'état
végétatif durant lequel sont assurées des biosynthèses équilibrées permettant une croissance plus ou
moins rapide et l'état de repos caractérisé par un minimum d'échange avec le milieu extérieur et par
une survie sans multiplication.

Cours de Microbiologie générale page 19


Chez les bactéries la croissance peut se traduire par une augmentation de volume des cellules, mais
elle conduit principalement à une augmentation du nombre de cellules.
Pour assurer sa croissance ou sa survie, une bactérie doit trouver dans son environnement de quoi
satisfaire ses besoins nutritifs : substances énergétiques permettant à la cellule de réaliser la
synthèse de ses constituants et substances élémentaires ou matériaux constitutifs de la cellule.
I. NUTRITION
Toutes les bactéries ont besoin d'eau, d'une source d'énergie, d'une source de carbone, d'une source
d'azote et d'éléments minéraux. Ces besoins élémentaires sont suffisants pour permettre la nutrition
des bactéries qualifiées de prototrophes. Certaines bactéries qualifiées d'auxotrophes nécessitent,
en plus des besoins élémentaires, la présence de facteurs de croissance.
Les différents types trophiques sont résumés dans le tableau ci-dessous.

Classe du besoin Nature du besoin Type trophique


Rayonnement lumineux Phototrophe
Source d'énergie Oxydation de composés organiques ou Chimiotrophe
inorganiques
Minéral Lithotrophe
Donneur d'électrons
Organique Organotrophe
Composé minéral Autotrophe
Source de carbone
Composé organique Hétérotrophe
Non nécessaires Prototrophe
Facteurs de croissance
Nécessaires Auxotrophe

  I.1. BESOINS ELEMENTAIRES


I.1.1. Source d'énergie
Selon la source d'énergie, les bactéries se divisent en phototrophes et chimiotrophes.
La source d'énergie des bactéries phototrophes est la lumière. Si la source d'électrons est minérale,
les bactéries sont qualifiées de photolithotrophes et si la source d'électrons est organique, les
bactéries sont photo-organotrophes.
Les bactéries chimiotrophes puisent leur énergie à partir de composés minéraux ou organiques. Si le
donneur d'électrons est minéral, les bactéries sont chimiolithotrophes et si le donneur d'électrons
est organique, les bactéries sont chimio-organotrophes. 
I.1.2. Source de carbone
Le carbone est l'élément constitutif le plus abondant chez les bactéries.
Les bactéries phototrophes et la plupart des bactéries chimiolithotrophes peuvent utiliser le dioxyde
de carbone comme unique source de carbone et elles sont dites autotrophes. Pour les autres
bactéries la source de carbone assimilable doit être un substrat organique et ces bactéries sont
qualifiées de hétérotrophes.
Les bactéries hétérotrophes peuvent dégrader de nombreuses substances hydrocarbonées : alcools,
acides organiques, sucres ou polyholosides. La liste des substrats carbonés utilisables par une souche
bactérienne comme unique source de carbone et d'énergie constitue l'auxanogramme de la souche.
I.1.3. Source d'azote

Cours de Microbiologie générale page 20


La synthèse des protéines, qui représentent environ 10% du poids sec des bactéries, nécessite des
substances azotées.
L'azote moléculaire est fixé par quelques bactéries vivant en symbiose avec des légumineuses ou des
champignons ou par des bactéries jouant un rôle dans la fertilisation des sols.
Pour la majorité des bactéries la source d'azote est constituée par d'autres composés inorganiques
(ammoniac, sels d'ammonium, nitrites, nitrates) ou par des sources organiques (groupements amines
des composés organiques).
I.1.4. Source de soufre et phosphore
Le souffre et le phosphore sont des constituants minéraux particulièrement importants.
 Le souffre est présent dans certains acides aminés (groupement thiol), il est le plus souvent
incorporé sous forme de sulfate ou de composés soufrés organiques. Pour certaines bactéries, le
souffre doit être apporté sous forme organique (méthionine, cystéine, biotine, thiamine) qui se
confond avec le besoin en facteurs de croissance.
 Le phosphore fait partie des acides nucléiques, de nombreuses coenzymes et de l'ATP. il est
incorporé sous forme de phosphate inorganique.
I.1.5. Eau et autres éléments minéraux
L'eau représente 80 à 90% du poids cellulaire. Elle joue un rôle fondamental en solubilisant les
nutriments, en assurant leur transport et en assurant les réactions d'hydrolyse. Un paramètre appelé
Aw (activity of water, activité de l'eau) quantifie la disponibilité de l'eau. Dans un nutriment, une
partie de l'eau est plus ou moins liée aux composants (sels, protéines) et elle n'est pas disponible
pour les micro-organismes qui ont besoin d'eau libre pour se développer. Les bactéries exigent un
certain seuil d'humidité et pour des Aw faibles, leur croissance est ralentie.
Les endospores peuvent survivre dans un environnement dépourvu d'eau libre.
Le degré d'humidité des aliments a une influence sur leur conservation et leur séchage est un
procédé de conservation fondé en partie sur la diminution de l'Aw.
Le sodium, le potassium, le magnésium et le chlore jouent un rôle dans l'équilibre physico-chimique
de la cellule.
D'autres éléments comme le fer, le manganèse, le molybdène, le calcium, le vanadium ou le cobalt
sont des oligoéléments nécessaires à des concentrations très faibles.
Dans l'organisme, le fer est lié à la transferrine ou à la lactoferrine et il n'est pas directement
disponible pour les bactéries. Aussi, pour assurer leur multiplication, les bactéries pathogènes ont
développé des mécanismes leur permettant de capter le fer chélaté à la transferrine et à la
lactoferrine.
I.2. LES BESOINS SPECIFIQUES
En présence d'eau, d'une source d'énergie, d'une source de carbone, d'une source azote et
d'éléments minéraux, de nombreuses bactéries sont capables de croître et elles sont qualifiées de
prototrophes. Les bactéries auxotrophes nécessitent, en plus, un ou plusieurs facteurs de croissance
qu'elles sont incapables de synthétiser.
Un facteur de croissance ne doit pas être confondu avec un métabolite essentiel. Les facteurs de
croissance et les métabolites essentiels sont des composés organiques strictement nécessaires à la
nutrition. Toutefois, un métabolite essentiel peut être synthétisé par une bactérie alors qu'un facteur
de croissance doit être présent dans l'environnement car la bactérie est incapable de le synthétiser.
Dans un milieu contenant du glucose, une source d'azote et des sels minéraux une bactérie telle que
Escherichia coli est capable de se multiplier alors que ce n'est pas le cas pour Proteus vulgaris. La
croissance de Proteus vulgaris exige l'adjonction supplémentaire de nicotinamide. La nicotinamide
est indispensable pour la croissance de ces deux espèces, mais contrairement à Proteus vulgaris,

Cours de Microbiologie générale page 21


Escherichia coli est capable d'en assurer la synthèse. La nicotinamide est un métabolite essentiel
pour ces deux espèces, mais elle n'est un facteur de croissance que pour Proteus vulgaris.
La notion de facteur de croissance est relative à un genre, à une espèce voire même à une souche.
Les facteurs de croissance sont des bases puriques ou pyrimidiques (nécessaires à la synthèse des
acides nucléiques), des acides aminés (nécessaires à la synthèse des protéines), des vitamines
(coenzymes, précurseurs de coenzymes, groupements prosthétiques de diverses enzymes) ou
diverses composés comme l'hème et ses dérivés (indispensables pour de nombreuses réactions).
L'exigence d'une souche pour le facteur X (protoporphyrine) et pour le facteur V (nicotinamide
adénine dinucléotide ou nicotinamide adénine dinucléotide phosphate) est un temps essentiel de
l'identification des espèces du genre Haemophilus. Par exemple, Haemophilus felis et Haemophilus
parasuis exigent la présence de facteur V, Haemophilus haemoglobinophilus exige le facteur X et
Haemophilus influenzae exige à la fois le facteur X et le facteur V. Dans le sang frais, le NAD est
souvent intracellulaire et le sang frais contient des inhibiteurs du NAD. Aussi, les meilleurs milieux
d'isolement pour les espèces exigeantes en facteur V sont des géloses au sang cuit ("gélose
chocolat"), des géloses enrichies en extraits globulaires ou des géloses complémentées en NAD ou en
NADP.
Les besoins quantitatifs en facteurs de croissance sont de l'ordre de 10 µg/mL pour les bases
puriques ou pyrimidiques, les acides gras ou les acides aminés et de l'ordre de moins de 1 µg/mL
pour les vitamines. En ce qui concerne le facteur X, selon les espèces et les souches, les exigences des
Haemophilus spp. varient de 0,1 à 200 µg/mL et les exigences en facteur V sont comprises entre 0,2
et 25 µg/mL.
Les besoins en facteur de croissance peuvent parfois être satisfaits par la présence d'une autre
bactérie. Ce mécanisme d'interaction métabolique, qualifié de syntrophie, se traduit sur un milieu
solide par la présence de colonies satellites (bactérie auxotrophe) se développant au voisinage de la
bactérie productrice du facteur de croissance.
II. CROISSANCE
La croissance peut être définie comme un accroissement ordonné de tous les composants d'un
organisme. Chez les organismes pluricellulaires, elle conduit à une augmentation de taille ou de
masse alors que chez les unicellulaires, elle aboutit à une augmentation du nombre d'individus. Cette
augmentation du nombre de cellules est synonyme de multiplication : presque toutes les 20 mn, une
bactérie peut donner naissance à deux bactéries.
La croissance se traduit par un appauvrissement du milieu en substrats nutritifs et un enrichissement
en métabolites divers. Les modifications induites les plus notables concernent le pH, la conductivité,
la pression osmotique, la tension superficielle.

II.1. MOYENS D'ETUDE DE LA CROISSANCE


Les techniques permettant l'étude de la croissance sont nombreuses. Sur un milieu solide, l'étude de
la croissance est rendue difficile en raison notamment de l'agrégation des cellules les unes aux
autres. En milieu liquide, les cellules sont dispersées, même si elles sont agrégées, il est possible de
les disperser par agitation ce qui permet des prises d'échantillons. La croissance peut alors être
appréciée en se basant sur le nombre de cellules ou sur la masse bactérienne.
II.1.1. Mesure du nombre de cellules
Une numération totale des cellules peut être effectuée au microscope en utilisant des
compartiments volumétriques (type hématimètres) ou au moyen de compteurs de particules.
Comptage à l'hématimètre :

Cours de Microbiologie générale page 22


Compteur de particules : C'est un système automatique qui dénombre les bactéries qui
passent entre 2 électrodes au niveau d'une micropipette.
Ces deux techniques posent plusieurs problèmes et, notamment, elles ne permettent pas de
distinguer facilement les cellules vivantes des cellules mortes.
La technique d'épifluorescence permet en théorie de distinguer les cellules vivantes des cellules
mortes. Elle utilise l'acridine orange ou d'autres fluorochromes qui se fixent sur l'ADN. Au microscope
à lumière ultraviolette, les bactéries vivantes apparaissent vertes alors que les bactéries mortes,
apparaissent rouges.
La numération des cellules viables après culture est une technique de référence et d'usage courant.

Un volume fixe d'une suspension bactérienne parfaitement homogène et de ses dilutions est étalé
sur un milieu gélosé ou incorporé à un milieu gélosé en surfusion. Dans ces conditions, seules les
cellules viables donnent une colonie. Après incubation réalisée dans des conditions convenables, on
compte les colonies bactériennes apparues sur ou dans le milieu de culture. L'analyse est réalisée en
triple exemplaires et le comptage est effectué sur les boîtes renfermant entre 30 et 300 colonies. On
ne peut cependant pas être sûr qu'une colonie résulte du développement d'une seule bactérie. En
effet, les amas ou les agglomérats bactériens donnent une seule colonie et plusieurs bactéries
déposées par hasard à proximité les unes des autres peuvent également donner naissance à une
seule colonie. Aussi, les résultats ne sont pas donnés en nombre de cellules mais en unités formant
colonies (UFC ou CFU pour colony forming unit).

II.1.2. Mesure de la biomasse


De très nombreuses techniques permettent de mesurer la biomasse : détermination du poids sec,
mesure de la densité optique, mesure d'un ou de plusieurs constituants cellulaires, mesure de la
consommation d'un substrat, mesure des produits d'excrétion, mesure des variations physico-
chimiques induites par la croissance, etc.
Pour déterminer le poids sec, on prélève un certain volume de suspension bactérienne et on laisse
sécher à 100 - 110°C pendant 12 heures puis on pèse l'échantillon sec. Les bactéries peuvent être
récoltées après centrifugation ou filtration, le culot ou le filtrat lavé puis séché est pesé. Le poids sec
s'exprime en g/L de culture. C'est la méthode de référence, car la plus précise quand elle est bien
maitrisée, mais elle est délicate a mettre en œuvre. (Masse de microorganismes complètement
déshydratés dans une culture).

Cours de Microbiologie générale page 23


La mesure de la densité optique est la technique la plus simple, la plus rapide et la plus utilisée. Elle
consiste à mesurer la lumière absorbée par une suspension bactérienne à l'aide d'un
spectrophotomètre réglé à une longueur d'onde de 650 nm (longueur d'onde pour laquelle
l'absorption de la lumière par les constituants cellulaires est la plus faible). Dans des conditions
techniques précises, l'absorbance est proportionnelle à la concentration cellulaire. La turbidité étant
inversement proportionnelle à la surface de la particule, pour que la turbidité soit une mesure
précise de la masse bactérienne, il faut que la surface cellulaire moyenne reste constante au cours de
la mesure. Cette situation ne se produit qu'au cours de la phase active de croissance (phase
exponentielle) et toute mesure effectuée sur des cellules au repos est erronée. La mesure de la
densité optique a une sensibilité modérée (il faut au moins 10 7 bactéries par ml pour pouvoir
mesurer une densité optique), elle est inutilisable avec des milieux très colorés et elle est incapable
de différencier les cellules vivantes des cellules mortes.
Pour la détermination d’un des constituants cellulaires, on mesure en général la quantité d’un
substrat source de C, N, O, ou d’un facteur de croissance.
Pour mesurer un constituant cellulaire, on peut doser par biofuminescence l’ATP, le FAD ou doser
l’activité enzymatique.
Au cours de leur développement, les bactéries rejettent dans leur environnement des produits de
leur métabolisme, leurs déchets. Le rapport entre le CO2 et la biomasse varie selon la voie
catabolique suivie par la bactérie.
Les variations physico-chimiques du milieu traduisent une évolution de la croissance. On peut
mesurer les modifications du pH, de la conductivité électrique, du potentiel d’oxydoréduction et
l’énergie libérée par les bactéries.

II.2.   Les constantes de la croissance


A partir d'une unique cellule, le cycle cellulaire donne naissance à deux cellules filles qui vont
chacune donner à leur tour deux autres cellules et ainsi de suite, selon une progression
géométrique : 1 cellule ---> 2 cellules ---> 4 cellules ---> 8 cellules ---> 16 cellules ---> 32 cellules .... La
croissance d’une bactérie placée dans des conditions idéales de culture peut donc être définie par
deux constantes : le temps de génération et le taux de croissance.
II.2.1. le temps de génération (G)
C’est le temps nécessaire au doublement du nombre de cellules ou l’intervalle de temps entre deux
divisions successives. Le temps de génération dépend de l'espèce, voire même de la souche et des
conditions environnementales. Dans les conditions optimales de culture, le temps de génération ou
G est de 13 minutes pour Vibrio parahaemolyticus, de 20 minutes pour Escherichia coli, de 100
minutes pour Lactobacillus acidophilus et de 1000 minutes pour Mycobacterium tuberculosis. Le
temps de génération s’exprime comme suit :

G= avec t : temps ; n : nombre de divisions

Détermination graphique de G:
On prend ln x1, ce qui nous donne t1 puis pour avoir t2 on prend un second point avec ln 2 + ln x1,
car il faut x2 = 2x1 c’est-à-dire ln x2 = ln 2 + ln x1.
Donc si on a ln x2 alors on a t2, alors G = t2 – t1
La croissance cellulaire se fait par divisions binaires successives selon le schéma : T étant le temps
s'écoulant entre 2 divisions.

Cours de Microbiologie générale page 24


II.2.1. Le taux de croissance (µ)

La vitesse de croissance ou accroissement de masse par unité de temps est proportionnelle à la

masse bactérienne présente au temps t. Le coefficient de proportionnalité, désigné par µ, est nommé
taux de croissance. Le taux de croissance est donc le nombre de divisions par unité de temps. Il est
égal à l'inverse du nombre de génération.

µ=

Pour les exemples donnés ci-dessus il est de 4,6 par heure pour Vibrio parahaemolyticus, de 3 par
heure pour Escherichia coli, de 0,6 par heure pour Lactobacillus acidophilus et de 0,06 par heure
pour Mycobacterium tuberculosis. 
II.3. Croissance en milieu non renouvelé
Dans un milieu non renouvelé, la croissance des bactéries est limitée par l'épuisement du milieu en
nutriments ou l’accumulation de substances toxiques. Pour suivre la croissance, on utilise un volume
limité de milieu dont les quantités de nutriments s’épuisent : c’est la croissance en milieu non
renouvelé. La cinétique de la croissance peut être établie expérimentalement en mesurant les
variations de la masse bactérienne (m) en fonction du temps (t).
III.3.1. Courbe de croissance
Sur la courbe de croissance six phases peuvent être définies : phase de latence, phase d'accélération,
phase de croissance exponentielle, phase de décélération, phase stationnaire et phase de déclin.
 La phase de latence, durant laquelle la masse reste identique à la masse bactérienne initiale,
se caractérise par une valeur de µ égale à zéro. La durée de la phase de latence est très variable et
dépend à la fois de la nature du milieu ainsi que de la nature et de la taille de l'inoculum bactérien.
Un inoculum bactérien prélevé en phase exponentielle de croissance et ensemencé dans un milieu
neuf identique se multiplie sans aucune phase de latence. En revanche, si le même inoculum est
placé dans un milieu différent on observe une phase de latence liée à l'adaptation des bactéries aux
nouveaux substrats (période d'adaptation enzymatique durant laquelle les bactéries synthétisent de
nouvelles enzymes leur permettant d'utiliser de nouveaux nutriments).

Cours de Microbiologie générale page 25


N

Courbe de croissance en milieu non renouvelé T


L'ensemencement d'un inoculum important réduit la durée de la phase de latence par des
mécanismes mal connus. On peut supposer qu'un grand nombre de bactéries est apte à neutraliser
rapidement un effet toxique du milieu. On peut également expliquer ce phénomène par un simple
problème technique de détection de la biomasse qui est plus facile si l'inoculum est déjà important.
L'âge des bactéries a une influence sur la durée de la latence qui peut être très courte lorsque des
cellules jeunes sont introduites dans un milieu neuf. En effet, un inoculum âgé peut contenir de
nombreuses cellules mortes et les quelques cellules viables devront se diviser de nombreuses fois
avant de donner une masse mesurable. De plus, dans un inoculum âgé, les bactéries sont dans un
état physiologique peu favorable et il leur faut du temps pour restaurer leurs systèmes enzymatiques
mis au repos.
 La phase d'accélération se caractérise par une augmentation de plus en plus rapide de la
masse. Le taux de croissance devient supérieur à zéro : il augmente progressivement alors que G
diminue.
 La phase de croissance exponentielle ne dure que quelques heures. Durant cette phase, la
masse augmente de façon exponentielle et µ atteint une valeur maximale et constante alors que G
est minimal. Les bactéries se multiplient sans entrave et elles libèrent des métabolites pouvant avoir
un intérêt industriel comme des antibiotiques ou des toxines. La pente de la droite permet de
mesurer µ. La valeur de µ dépend des conditions d'environnement comme la température, le pH, la
nature et la concentration des nutriments.
 Au cours de la phase de décélération, l'augmentation de la masse bactérienne ralentit et µ
diminue progressivement et G augmente.
 La phase stationnaire peut durer de quelques heures à quelques jours. La masse bactérienne
est maximale et constante et µ est égal à zéro alors que G tend vers ∞. Les bactéries peuvent
continuer à se diviser mais le taux de division est alors égal au taux de mortalité. Cette phase résulte
d'un épuisement du milieu et de l'accumulation de déchets toxiques. Durant cette phase les bactéries
qui en ont la capacité peuvent sporuler.
 Au cours de la phase de déclin, les bactéries ne se divisent plus, beaucoup d'entre elles
meurent et sont détruites par des autolysines. Dans quelques cas, les bactéries survivantes peuvent

Cours de Microbiologie générale page 26


amorcer une nouvelle phase de multiplication en utilisant les substances libérées par la lyse des
cellules. On parle alors de croissance cryptique.
 Phénomène de diauxie
Exemple : Milieu synthétique contenant :
- Un ose utilisable directement (ex: glucose) ;
- Un diholoside nécessitant une adaptation enzymatique (ex: maltose ou fructose).

Courbe diphasique

Le phénomène de diauxie se traduit par une courbe de croissance diphasique. Il est observé dans
des milieux synthétiques contenant au moins deux sources de carbone et il est lié à un mécanisme de
répression catabolique. Par exemple, dans un milieu contenant du glucose et du lactose, certaines
espèces vont dans un premier temps utiliser le glucose grâce à des enzymes constitutives. La
dégradation du lactose est sous la dépendance d'enzymes inductibles dont l'induction est réprimée
en présence de glucose. Lorsque le glucose sera épuisé, les bactéries utiliseront le lactose et
donneront une nouvelle phase de croissance exponentielle après un temps de latence intermédiaire.
Dans un milieu de culture contenant comme source de carbone un mélange de fructose et
d’arabinose, pour E. coli, on distingue trois phases A, B et C. pendant la phase A, seul le fructose est
utilisé. Ensuite, on note une phase stationnaire B puis une phase C, nouvelle croissance, pendant
laquelle l’arabinose est métabolisé. On peut obtenir cette double croissance avec un mélange
glucose – sorbitol. Les sucres peuvent être classés en deux groupes :
 Groupe 1 : glucose – saccharose – fructose – mannose ;
 Groupe 2 : maltose – sorbitol – arabinose – inositol.
Seuls les mélanges groupe 1 + groupe 2 donnent un phénomène de diauxie.

II.3.2. Expression mathématique de la croissance


Pendant la phase exponentielle de croissance, il ya une relation de proportionnalité entre logN et t
qui permet l’expression mathématique de µ et G.
Si on considère une population bactérienne de concentration initiale No :
 Après une génération, N1= 2No = 21No ;
 Après deux générations, N2 = 4No = 22No ;
 Après n générations, Nn = 2nNo.

Cette équation peut s’exprimer en fonction du taux de croissance : N =

Cours de Microbiologie générale page 27


µt = µ= G=

Ces équations sont applicables seulement si la phase de latence est nulle.

Si on prend deux valeurs de logN, on écrira : µ =

II.3.3. facteurs influençant la croissance


L'utilisation des nutriments par les bactéries dépend des conditions d'environnement susceptibles
d'inhiber ou de favoriser le développement bactérien.
  Température
La température influence la multiplication et le métabolisme. Selon leur température optimale de
croissance, on distingue schématiquement diverses catégories de bactéries.
 Les bactéries mésophiles préfèrent une température moyenne comprise entre 20 et 40 °C.
 Les psychrotrophes ont une température optimale de multiplication de 20 à 25 °C, mais elles
peuvent également cultiver à 0 °C.
 Les bactéries psychrophiles ont une température optimale de croissance située aux environs
de 10 °C, mais elles peuvent cultiver à 0 °C.
 Les cryophiles peuvent se développer à des températures négatives. Par exemple,
Trichococcus patagoniensis, isolé en Patagonie des fèces de pingouins, cultive à - 5 °C.
 Les thermotrophes se développent à 50 °C, mais leur température optimale de croissance
est comprise entre 30 et 40 °C.
 Les thermophiles se multiplient préférentiellement entre 45 et 55 °C.
 Les hyper thermophiles ont une température optimale de croissance supérieure ou égale à
70 °C. Methanothermus sociabilis cultive à 97 °C, Pyrobaculum islandicum cultive à 100 °C,
Pyrococcus furiosus a une température optimale de croissance de 100 °C, Pyrodictium occultum a
une température optimale de croissance de 105 °C, Methanopyrus kandleri cultive à 110 °C et le
record semble être détenu par Pyrolobus fumarii apte à se multiplier à 113 °C.
Les bactéries constituant les flores bactériennes des mammifères ainsi que les bactéries pathogènes
pour les mammifères et les oiseaux sont des bactéries mésophiles. Les bactéries psychrotrophes et
psychrophiles jouent un rôle important car elles peuvent contaminer et altérer des produits
biologiques (sang et dérivés du sang) ainsi que des aliments conservés à basse température.
  pH
La majorité des bactéries se multiplient préférentiellement à des pH voisins de la neutralité (6,5 à
7,5), mais elles sont capables de croître dans une large gamme de pH. Par exemple, Escherichia coli
peut se multiplier pour des pH compris entre 4,4 et 9,0.
Certaines bactéries qualifiées d’acidophiles préfèrent un pH acide. C'est le cas des lactobacilles dont
le pH optimal est de 6. On peut citer Thermoplasma acidophilum dont le pH optimal est compris
entre 0,8 et 3 et Thiobacillus thiooxidans dont le pH optimal de croissance est de 2 et qui peut se
multiplier à un pH de 0.

Cours de Microbiologie générale page 28


Inversement, les bactéries basophiles (ou alcalophiles) préfèrent des pH alcalins. Ainsi, le pH optimal
est de 9 pour la multiplication de Vibrio cholerae, il est compris entre 8,5 et 9,5 pour
Exiguobacterium aurantiacum et Alkaliphilus transvaalensis est capable de croître à un pH de 12,5.
Au cours des cultures, le métabolisme bactérien engendre des composés acides ou basiques qui
seraient susceptibles d'entraver la multiplication bactérienne. Pour éviter ces variations de pH, les
milieux de culture sont tamponnés, le plus souvent en utilisant des tampons phosphates.
  Pression
 Les bactéries barophiles (du grec baros, poids, pesanteur) ou piézophiles (du grec piezein, presser) se
caractérisent par le fait que leur croissance est favorisée par une incubation dans une atmosphère
dont la pression est supérieure à la pression atmosphérique.
La plupart des bactéries barophiles actuellement caractérisées appartiennent à la classe des
Gammaproteobacteria et elles se recrutent principalement au sein des genres Colwellia (Colwellia
hadaliensis), Moritella (Moritella abyssi, Moritella japonica, Moritella profunda et Moritella
yayanosii), Photobacterium (Photobacterium profundum), Psychromonas (Psychromonas kaikoae,
Psychromonas profunda) et Shewanella (Shewanella benthica et Shewanella violacea). Parmi ces
espèces, Colwellia hadaliensis, Moritella yayanosii et Psychromonas kaikoae sont strictement
barophiles et leur culture doit obligatoirement être réalisée avec une pression supérieure à la
pression atmosphérique.
Des bactéries barophiles, n'appartenant pas à la classe des Proteobacteria ont toutefois été
caractérisées. C'est le cas par exemple de Thermococcus barophilus et de Marinitoga piezophila.
  Pression osmotique
Les bactéries, à l'exception des Mycoplasmatales, sont peu sensibles aux variations de pression
osmotique car elles sont protégées par leur paroi. Toutefois, certaines espèces marines sont
adaptées à des milieux contenant environ 35 g de NaCl par litre.
Selon leur sensibilité à la pression osmotique, on distingue trois groupes de bactéries.
 Les bactéries non-halophiles capables de croître dans des milieux dont la concentration en
NaCl est inférieure à 0,2 M.
 Les espèces halophiles ne pouvant croître que dans des milieux contenant des
concentrations en NaCl supérieures à 0,2 M pour les moins halophiles (Cobetia marina) à 5,2 M pour
les plus halophiles (Halococcus morrhuae, Halobacterium salinarum, Halorubrum sodomense).
 Les espèces halotolérantes comme les Staphylococcus spp., les Listeria spp. ou les
Lactobacillus spp. 
La conservation des aliments comme les salaisons ou les confitures fait appel à une augmentation de
la pression osmotique. Ces procédés ancestraux de conservation ont recours à l'addition de sel ou de
sucre qui limitent la croissance de nombreuses bactéries. Seules les bactéries osmophiles se
multiplient en présence de fortes concentrations de sucre et seules les bactéries halophiles se
multiplient en présence de fortes concentrations de sel.
  Oxygène
  C'est vis-à-vis de l'oxygène que les exigences gazeuses des bactéries sont précises :
 Lors de leur métabolisme énergétique certaines bactéries utilisent l'oxygène moléculaire
comme accepteur final d'électrons. Ces bactéries ont obligatoirement besoin d'oxygène libre et elles
sont qualifiées d'aérobies.
 Au contraire, les bactéries anaérobies ne peuvent se multiplier et survivre qu'en l'absence
d'oxygène. Ce sont des bactéries qui ne possèdent ni catalase ni peroxydase ni superoxyde dismutase
et qui sont donc incapables de détoxifier les composés formés lors de réactions d'oxydation (comme
l'eau oxygénée ou l'ion superoxyde).

Cours de Microbiologie générale page 29


 Les bactéries aéro-anaérobies peuvent croître aussi bien en présence qu'en absence
d'oxygène.
 Les bactéries anaérobies-aérotolérantes tolèrent l'oxygène mais leur croissance est
meilleure en anaérobiose.
 Les bactéries micro-aérophiles ont besoin d'oxygène, mais elles ne supportent pas une
tension en oxygène équivalente à celle de l'air et elles ne peuvent se multiplier qu'en présence d'une
faible tension d'oxygène.
La mise en évidence du type respiratoire est schématisée dans la figure suivante :

Type respiratoire des bactéries


La culture des bactéries aérobies ou aéro-anaérobies ou anaérobies-aérotolérantes ne présente pas
de difficultés particulières car l'incubation peut être réalisée dans l'atmosphère ambiante. En
revanche la culture des bactéries anaérobies et micro-aérophiles nécessitent une incubation dans
une atmosphère dépourvue d'oxygène (bactéries anaérobies) ou appauvrie en oxygène (bactéries
micro-aérophiles).
L'utilisation de chambres anaérobies est réservée à des laboratoires spécialisés. Un laboratoire de
diagnostic non spécialisé, fera généralement appel à l'utilisation de jarres anaérobies qui sont des
récipients en polycarbonate ou en alliage métallique pouvant contenir 10 à 30 boîtes de Pétri. Selon
le type de jarre, deux grandes modalités d'utilisation sont possibles.
La première, appelée la technique d'évacuation-remplacement, consiste à faire le vide dans la jarre
puis à la remplir avec un mélange gazeux dépourvu d'oxygène et contenant du dioxyde de carbone
souvent nécessaire à la croissance des anaérobies. Par exemple, on utilisera un mélange à trois gaz :
H2: CO2: N2: = 5:15:80 (ou 5:5:90). L'opération sera répétée trois fois ce qui permet d'obtenir
rapidement une anaérobiose de bonne qualité.
La deuxième modalité, de mise en œuvre plus facile, consiste à utiliser des systèmes générateurs de
gaz commercialisés. On place dans une jarre les boîtes de Pétri, un catalyseur ainsi qu'un sachet
contenant un mélange de bicarbonate de sodium, d'acide tartrique et d'hydrure de carbone. Au
moment de l'emploi le sachet est ouvert et additionné d'eau et la jarre est fermée le plus rapidement
possible. Il se produit un dégagement de CO 2 et d'H2 qui élimine l'oxygène en présence d'un
catalyseur. L'inconvénient du système tient au temps nécessaire à l'obtention de l'anaérobiose et
une concentration en oxygène inférieure à 0,2 p. cent n'est obtenu que 210 minutes après la
fermeture de la jarre.

Cours de Microbiologie générale page 30


Les milieux utilisés pour la culture des bactéries anaérobies sont soit des milieux pré-réduits soit des
milieux fraîchement préparés (ou désaérés par ébullition à 100 °C durant 20 minutes) et contenant
un agent réducteur tel que du thioglycolate de sodium, du glutathion, du chlorure de palladium, etc.
Des systèmes comparables sont utilisés pour réaliser une atmosphère micro-aérophile. Dans la
technique d'évacuation-remplacement on utilise le plus souvent un mélange de quatre gaz CO 2: N2:
O2: H2 = 5:88:5:2. On peut également utiliser des jarres avec des systèmes générateurs de gaz à
condition d'enlever le catalyseur.

II.4. Milieux de culture


 De très nombreux milieux de culture sont utilisés en bactériologie et ils peuvent être classés selon de
nombreux critères, mais toutes les classifications se recoupent. Seules les classifications basées sur la
consistance, sur la composition et sur l'utilisation seront brièvement envisagées ci-dessous.
  II.4.1. Classification selon la consistance
D'après leur consistance on distingue les milieux liquides ou bouillons et les milieux solides.
Les milieux solides ont permis un progrès décisif en bactériologie car ils permettent la croissance des
bactéries en colonies isolées et donc leur séparation et leur purification. En 1881 Koch utilisa la
gélatine pour solidifier les milieux. La gélatine présentait cependant deux inconvénients : elle fond
aux alentours de 25 °C et elle est liquéfiée par de nombreuses bactéries. Ultérieurement Hesse
proposa de remplacer la gélatine par la gélose ou agar-agar. La gélose, extraite d'algues, est un
polyoside qui possède la propriété de fixer une grande quantité d'eau (jusqu'à 500 fois son poids).
Elle est soluble dans l'eau à 100 °C et elle reste en surfusion jusqu'à 40 °C, température à laquelle elle
se gélifie. Une fois gélifiée, il faudra la chauffer à nouveau à 100 °C pour obtenir sa liquéfaction. Cela
signifie qu'au cours d'une incubation, généralement effectuée à des températures variant de 20 à 45
°C pour les bactéries d'intérêt vétérinaires, la gélose restera solide. Lorsque la gélose est en
surfusion, par exemple aux alentours de 45 °C, on peut lui ajouter des produits biologiques comme
du sang, du sérum ou du lait, sans que ces produits biologiques soient altérés par la chaleur. Enfin la
gélose présente deux autres avantages : elle n'est que rarement attaquée par les bactéries d'intérêt
vétérinaire et elle est transparente ce qui permet une observation aisée des colonies.
II.4.2.   Classification selon la composition
  Les milieux de culture doivent contenir quantitativement et qualitativement les nutriments exigés
pour la croissance et l'entretien des bactéries. Leur pH est généralement compris entre 7 et 7,6, leur
isotonie correspond généralement à une solution de NaCl à 9 p. 1000 et leur taux d'humidité doit
être suffisant pour permettre la croissance de la grande majorité des bactéries.
Les milieux naturels ou empiriques, très utilisés, sont préparés à partir de constituants d'origine
animale (macérations ou décoctions de tissus, peptones, œuf, gélatine, lait, ...) ou d'origine végétale
(pomme de terre, levure, soja, ...). Leur composition n'est pas parfaitement définie et, pour un même
milieu, elle peut varier d'un lot à un autre.
 Les macérations et les décoctions sont obtenues en laissant séjourner dans l'eau des tissus
tels que du muscle, du foie ou de la cervelle. Au bout de quelques heures on récupère une solution
riche en sels minéraux, en vitamines hydrosolubles, en protéines peu dégradées et en glucides.
L'extraction aqueuse peut s'effectuer à froid et on parle de macération ou s'effectuer à chaud (100
°C) et on parle de décoction. Ces macérations et décoctions sont commercialisées sous le nom
d'extraits de viande.
 Les peptones occupent une place très importante dans la préparation des milieux de culture.
Ce sont des mélanges de composés solubles dans l'eau et résultant de l'action d'enzymes
protéolytiques sur diverses protéines. Leur classification repose sur la nature de l'enzyme
protéolytique (peptones pepsiques, pancréatiques, trypsiques, papaïniques, etc.) et sur l'origine des
protéines (peptones de viande, de caséine, de gélatine, de soja, etc.). Pour désigner une peptone il

Cours de Microbiologie générale page 31


faut donc indiquer le nom de l'enzyme et celui de la protéine. Par exemple, on parlera de peptone
pancréatique de viande, de peptone trypsique de cœur, etc. La composition des peptones est très
variable. Ainsi, les peptones pepsiques contiennent des polypeptides complexes dépourvus d'acides
aminés libres et ce sont donc des produits très peu dégradés. Inversement les peptones
pancréatiques renferment des polypeptides simples avec une forte proportion d'acides aminés libres.
Deux exemples de milieux naturels sont donnés ci-dessous.
 Gélose nutritive : macération de viande (1 litre), peptone trypsique (15 g), Na Cl (5 g), agar-
agar (15 à 20 g).
 Gélose trypticase-soja : peptone trypsique de caséine (15 g/L), peptone papaïnique de soja
(5 g/L), Na Cl (5 g/L), gélose (15 g/L).
Les milieux synthétiques ont une composition parfaitement définie. Ils sont constitués de corps purs
chimiquement définis et dissous dans de l'eau distillée en proportions déterminées. C'est le cas par
exemple du milieu urée-indole dont la composition est la suivante : L-tryptophane (0,3 g), KH 2PO4
(0,1 g), K2HPO4 (0,1 g), NaCl (0,5 g), urée (2 g), alcool à 95 (1 mL), rouge de phénol à 1 p. cent (0,25
mL), eau distillée (100 mL).
Les milieux semi-synthétiques contiennent des substances chimiques pures en proportions
déterminées et des produits d'origine naturelle. La plupart des milieux actuellement commercialisés
sont des milieux semi-synthétiques. Par exemple, la gélose lactosée au bromocrésol pourpre (BCP)
contient (en grammes par litre d'eau distillée) 5 g de peptone, 3 g d'extraits de viande, 10 g de
lactose, 15 g d'agar-agar et 0,025 g de pourpre de bromocrésol.
II.4.3.  Classification selon l'utilisation
La classification d'après l'utilisation permet de distinguer quatre grands types de milieux.
Les milieux usuels ou de base d'un emploi aussi général que possible. Il convient cependant de
remarquer qu'aucun milieu n'est apte à assurer la croissance de toutes les bactéries.
Les milieux d'isolement qui peuvent être des milieux usuels, des milieux enrichis (avec du sang, du
sérum, ...), des milieux électifs ou d'enrichissement permettant la culture abondante et rapide de
certaines bactéries alors que la majorité des espèces s'y développent lentement et des milieux
sélectifs permettant la croissance d'une ou de quelques espèces alors que la multiplication de la
majorité des autres espèces est entravée. Un effet sélectif est obtenu en jouant sur les facteurs
physico-chimiques (pH, pression osmotique) ou par l'utilisation d'agents bactériostatiques ou
bactéricides (colorants, antibiotiques).
Les milieux d'enrichissement et les milieux sélectifs sont actuellement très nombreux et ils
permettent d'isoler une ou quelques espèces bactériennes même au sein d'une flore complexe.
Les milieux d'identification qui permettent la mise en évidence des caractères biochimiques des
bactéries et de résoudre les problèmes d'identification différentielle.
Les milieux de conservation qui sont des milieux pauvres au sein desquels les bactéries survivent
dans un état de vie ralentie.
  Conclusion
  L'étude de la nutrition et de la croissance bactérienne est riche d'applications :
Elle permet de définir les paramètres assurant une culture optimale des bactéries (atmosphère
gazeuse, température, pression, etc.).
Elle permet la confection de milieux servant à cultiver, à isoler et à identifier les bactéries ainsi qu'à
étudier leur sensibilité aux antibiotiques.
Dans l'industrie, elle permet de fabriquer des denrées alimentaires (vinaigres, yaourts, laits…).

Cours de Microbiologie générale page 32


METABOLISME BACTERIEN
L’identification biochimique des bactéries repose sur la révélation de certains aspects
particulièrement significatifs et stables du métabolisme des familles, genres ou espèces étudiés.
Le métabolisme est l'ensemble des réactions biochimiques mises en jeu par un organisme pour
permettre sa croissance.
Les réactions métaboliques peuvent être classées en deux catégories:
 Celles qui produisent de l'énergie: catabolisme ;
 Celles qui consomment de l'énergie: anabolisme ou biosynthèse.
L’étude du métabolisme peut s’intéresser :
 A l’assimilation des aliments ;
 Aux réactions permettant la synthèse des constituants de la bactérie ;
 Aux réactions qui fournissent de l’énergie pour le métabolisme ;
 Aux enzymes.

METABOLISME ENERGETIQUE
I. La respiration : technique d’étude du type respiratoire

I.1. Généralités

La respiration est l'ensemble des réactions biochimiques d'oxydation procurant à


l'organisme l'énergie nécessaire à ses biosynthèses essentiellement grâce à des
phosphorylations oxydatives membranaires (chaîne de transfert des électrons).
On distingue deux types de réactions en fonction de la nature chimique de l'accepteur final :
 accepteur = O2 → respiration aérobie
 accepteur ≠ O2 → respiration anaérobie; l'accepteur peut être minéral (nitrates,
sulfates, gaz carbonique) ou organique (ex: fumarate).
Les atomes d’hydrogène qui sont libérés lors du catabolisme des glucides vont réduire des
molécules de Nicotinamide-Adénine-di nucléotide (NAD). Ces molécules réduites seront à
leur tour oxydées. Oxydation et réduction s’accompagnent de libération d’énergie stockée
sous forme d’ATP.

EXEMPLE DE REACTION CATABOLIQUE

I.2. Milieux permettant l’étude du type respiratoire


Les milieux utilisés:

 doivent contenir du glucose, terme originel du métabolisme énergétique ;


 ne doivent pas renfermer de nitrates, qui pourraient servir d’accepteur et permettre le
développement en anaérobiose de certaines bactéries aérobies strictes donnant ainsi un résultat
faussement positif ;
 doivent être conditionnés dans des tubes respectant les exigences de l’anaérobiose
(tubes étroits).

Cours de Microbiologie générale page 33


Le milieu d’étude type est la gélose VF (Viande-Foie). Sont également utilisés : gélose VL (Viande-
levure) et la gélose T.G.Y. (Trypticase-Gélose-Yeast).

I.3. Technique (cf. fiche technique : gélose VF) 

LA GELOSE VF : détermination du type respiratoire

I.3.1. Intérêt
Le milieu viande foie permet de déterminer __________________________________________,
c’est-à-dire définir ___________________________________________________________.
Certaines bactéries ne peuvent vivre qu’en son absence, d’autres qu’en sa présence, d’autres encore
sont indifférents.

I.3.2. Composition pour 1 L d’eau distillée

Composant Quantité (en g/L) Rôle


Base viande foie 30,0
Glucose 2,0
Agar 6,0
pH 7,4

I.3.3. Technique d’ensemencement

 Régénérer pendant 20 minutes au bain d’eau bouillant :

→____________________________________________________________________.

 Ensemencer, à l’aide d’une _________________________________________ en remontant


en spirale dans la gélose. Le tube doit être _____________________________________ ;
 ______________________________________________________________________.

I.3.4. Lecture
Après 24 heures d’incubation à 37°C, on observe à quel niveau du tube il y a eu culture :

Cours de Microbiologie générale page 34


I.3.5. Causes d’erreurs
Si les milieux sont convenablement régénérés, les erreurs sont limitées. Elles sont souvent dues à des
fautes techniques au cours de l’ensemencement comme :

 ensemencement de milieux trop chauds qui donnent de faux aspects « aérobies strictes » ;
 ensemencement de milieux trop refroidis qui donnent de faux aspects « aérobies
facultatifs » ;
 pénétration d’eau dans les milieux au cours de la régénération qui donne de faux aspects
« anaérobies stricts ».

II. Etude des enzymes respiratoires

II.1. recherche de la catalase


II.1.1. Intérêt
La recherche de la catalase présente un_____________________________________________
___________________________________________________________________________.

II.1.2. Principe
La catalase est une enzyme qui catalyse la dégradation du peroxyde d’hydrogène ( H2O2) :
Le test consiste à mettre des bactéries en quantité suffisante en contact de peroxyde d’hydrogène
(H2O2). Si elles possèdent la catalase, elles dégradent le peroxyde d’hydrogène __________________
_______________________________________________________________________________.

Cours de Microbiologie générale page 35


II.1.3. Technique
 Déposer sur une lame _____________________________________________________
______________________________________________________________________________ ;
 Prélever __________________________________________________________________ ;
 Dissocier ________________________________________________________________.

Remarque : l’utilisation de l’anse est possible à condition qu’elle ne possède pas d’action catalasique,
ce que l’on vérifiera facilement par un test sans bactérie.

II.1.4. Lecture

II.1.5. Causes d’erreurs :


 Catalase faussement positive : réalisation du test sur un milieu contenant la catalase ;
Exemple : réalisation du test à partir de colonies prélevées sur gélose au sang (l’hémoglobine
possède une activité catalasique pouvant donc donner des résultats faussement positifs).
 Catalase faussement négative : quantité de bactéries insuffisante ;
 Catalase faussement négative : eau oxygénée périmée (la tester avec une souche catalase +).

II.2. recherche de l’oxydase


II.2.1. Intérêt
La recherche de l’oxydase présente un ________________________________________________
__________________________________________________________________________________
_______________________________________________________________________________.

II.2.2. Principe
Le test consiste à mettre en évidence la capacité que possède la bactérie _______________________
__________________________________________________________________________________
__________________________________________________________________________________
__________________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________

Cours de Microbiologie générale page 36


II.2.3. Technique
 Placer _______________________________ sur une lame à l’aide d’une pince flambée ;
 Déposer ________________________________________ sur le disque non imprégné ;
 Avec________________________________________________________________________
___________________________________________________________________________.

Remarque :
 Ne pas utiliser _________________________________________. En effet, le métal peut
être recouvert d’un oxyde et donner un résultat faussement positif.
 Le milieu solide ne doit pas contenir d’indicateur de pH, ni de glucides.

II.2.4. Lecture
Pas de lecture avant 30 secondes environ

II.2.5.Causes d’erreurs :
 Réalisation du test sur un milieu glucidique (une fermentation peut cacher une respiration) ;
 Humidification trop importante du disque, entraînant une élimination du réactif ;
 Quantité de bactéries insuffisante ;
 Réactif périmé (l tester avec une souche oxydase + et une souche oxydase -) ;
 Utilisation d’un instrument « oxydase + » ;
 Lecture trop tardive : au delà de 30 secondes.

Cours de Microbiologie générale page 37


III. Etude des accepteurs minéraux

Les bactéries peuvent utiliser comme accepteur final d’électrons des composés minéraux
riches en oxygène : c’est la respiration anaérobie. La recherche d’enzymes impliquées dans
ce processus respiratoire présente un grand intérêt dans les techniques d’identification
bactérienne.
LE BOUILLON NITRATE Recherche de la nitrate réductase

1. Intérêt
Ce milieu liquide permet de mettre en évidence la présence d’une enzyme du métabolisme
énergétique _______________________________________________________________________

2. Composition
Bouillon nutritif additionné de__________________________________________________________

3. Principe
Dans la_____________________________________________________ NO 3̶ est utilisé comme
__________________________________________, qui proviennent de l'oxydation d'un composé
organique (ex : glucose). NO3- est _________________________ par la nitrate réductase :

 soit en …………………………………………………………

(1)

 soit en ……………………………………………………………

(1)

La technique consiste donc :

 A mettre en évidence, dans un premier temps, la ………………………………………………………………….


grâce au …………………………………………………… (nitrite I = acide sulfanilique et nitrite II = α-
naphtylamine) qui forme un complexe ……………………………………………………………. avec les nitrites
Remarque : en présence d’autres composés azotés (N 2), le réactif conserve______________________
………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………

 A rechercher, en absence de nitrite, la ………………………………………………………………………… en


ajoutant du ……………………………… qui catalyse la réduction des nitrates en nitrites alors mis en
évidence par le réactif de Griess.

4. Technique d’ensemencement
 Ensemencer le bouillon nitraté _________________________________________________
 Incuber 24h à 37 °C.

5. Lecture
Après 24 heures d’incubation à 37°C :

 Vérifier que …………………………………………………………………………………………………………………………..


 Ajouter le……………………………………………………………………………………………………………………………….
 Observer la couleur du milieu.

Cours de Microbiologie générale page 38


 Ajouter du ……………………………….. selon le résultat de l’étape précédente et interpréter la
couleur du milieu.

METABOLISME GLUCIDIQUE
I. Généralités

Cours de Microbiologie générale page 39


I.1. Principaux glucides utilisés en microbiologie

I.1.1. Les oses : ce sont des sucres simples non hydrolysables. Ils comportent 3 à 8 atomes de
carbones. Selon qu’ils possèdent une fonction aldéhyde ou une fonction cétone, on parle
d’aldose ou de cétose.

I.1.1.1. Pentoses : ce sont des sucres à 5 atomes de carbone ; exemples : Arabinose ; Xylose.

I.1.1.2. Dérivés des pentoses : méthylpentoses. Ce sont des pentoses qui possèdent 6 atomes de
carbone, mais le radical en position 6 est un méthyl au lieu d’être un alcool. Le plus intéressant
en microbiologie est le L-rhamnose.

I.1.1.3. Hexoses : ce sont les sucres à 6 atomes de carbone, comme le glucose, le galactose, le
fructose.

I.1.2. Les osides : sucres complexes hydrolysables.

I.1.2.1. Les holosides : ils ne donnent que des oses après hydrolyse. On peut citer :

 Le saccharose : c’est un diholoside non réducteur dont l’hydrolyse donne le glucose et le


fructose ;
 Le lactose : c’est un diholoside réducteur dont l’hydrolyse donne le glucose et le
galactose ;
 Le maltose : c’est également un diholoside réducteur dont l’hydrolyse donne deux
molécules de glucose ;
 Le raffinose : c’est un tri holoside dont l’hydrolyse donne le galactose, le glucose et le
fructose ;
 L’amidon : c’est un polyholoside. Il est formé de plusieurs molécules de glucose.

I.1.2.2. Les hétérosides sont des sucres complexes qui après hydrolyse donnent des oses et une
fraction non glucidique. On peut citer : l’esculine ; l’amygdaline ; la saliciline.

I.1.3. Les polyalcools : on les utilise sous le terme impropre de glucides des polyalcools dont
l’attaque par les bactéries se traduit par une acidification. C’est le cas du glycérol, du mannitol,
du sorbitol, de l’adonitol, de l’inositol.

I.2. Principe

Les sucres simples peuvent être directement utilisés ou convertis sous l’action d’isomérases. Les
sucres complexes sont hydrolysés en sucres simples.

L’utilisation du sucre par la bactérie se traduit généralement par l’accumulation de produits


acides. S’il s’agit d’une bactérie fermentaire, en plus d’un abaissement du pH, il y a une
production de gaz (CO2 ou H2). Si la bactérie est oxydative, la diminution faible du pH exige des
méthodes plus sensibles.

La constatation de l’acidification d’un milieu est le procédé le plus fréquemment utilisé pour
l’étude de l’attaque d’un sucre.

II. Milieux permettant l’étude globale de l’utilisation des glucides


II.1. Généralités

Cours de Microbiologie générale page 40


Le principe de l’étude consiste à ajouter, dans un milieu de culture en général 1% du glucide dont
on veut étudier l’attaque.
L’attaque, qui peut se faire avec ou sans production de gaz, provoquera une acidification du
milieu qui traduira le virage de l’indicateur.
II.2. LE MILIEU BCP (Bromocrésol pourpre)
II.2.1. Intérêt
__________________________________________________________________________________
__________________________________________________________________________________
__________________________________________________________________________________
__________________________________________________________________________________

II.2.2. Composition pour 1 L d’eau distillée

Composant Quantité (g/L) Rôle


Extrait de viande de bœuf 2
Peptones 5
Lactose 5
Bromocrésol pourpre 0,025
Agar 10
pH 6,9

II.2.3.Principe

Caractère biochimique lu : utilisation du lactose comme source de carbone

 La lecture de l’utilisation du lactose est possible grâce à la présence________________________


_________________________________. L’utilisation du lactose____________________________

_________________________, ce qui est révélé par le virage de l’indicateur de pH à sa teinte acide


(________________).

II.2.4. Lecture
Observation Interprétation Conclusion

Colonies
jaunes

Colonies
bleues

Cours de Microbiologie générale page 41


II.3. LE MILIEU HAJNA-KLIGER

II.3.1. Intérêt

Ce milieu d’identification permet de mettre en évidence :

 _______________________________________________________________________________
 _______________________________________________________________________________
 _______________________________________________________________________________

Il permet aussi la recherche de la _____________________________________ en 2 ème jour.

II.3.2. Composition
Composant Quantité (g/L) Rôle
Extrait de viande de bœuf, de
15
levures, peptones

Chlorure de sodium 5

Thiosulfate de sodium 0,3

Citrate ferrique 0,2

Lactose 10

Glucose 1

Rouge de phénol 0,0024

Agar 11

pH 7,1

II.3.3. Principe
 Mise en évidence de la dégradation du glucose et du lactose

Ce milieu contient deux glucides, ……………………………………………………………… présents à des


concentrations différentes : [glucose] < [lactose]

 Le glucose est toujours utilisé en premier par la bactérie, jusqu’à épuisement car le glucose
inhibe les enzymes nécessaires à l’utilisation du lactose.

On distingue deux zones dans le milieu :

 dans le culot, ……………………………………………, le glucose, en faible concentration, est dégradé


par la bactérie par ………………………………………………… . Sa dégradation entraîne la
……………………………………………………………………………………………………………………………….. L’acidification au
niveau du culot est révélée par le ………………………………………………………………………………………………………
Il y a éventuellement production ………………………………………………………. plus ou moins abondants
formant des bulles ou décollant la gélose.

 sur la pente, …………………………………………, le glucose est dégradé par ……………………………………..


L’acidification produite sera ……………………, d’autant que la quantité de glucose est faible.

Cours de Microbiologie générale page 42


Deux cas peuvent alors se présenter :

o la bactérie ne peut pas dégrader le lactose : lorsque le glucose est épuisé, elle
dégrade alors ………………………………… entraînant la formation de produits
………………………………………………………………….. est révélée par le virage de l’indicateur coloré (le rouge
de phénol) à sa teinte basique (rouge).

o la bactérie peut utiliser le lactose : après ………………………………………………………………,


elle dégrade le lactose, entraînant ainsi la …………………………………………………………………… en grande
quantité. Dans ce cas, l’indicateur de pH reste à …………………………………………….. au niveau de la pente.
Remarque : une bactérie glucose – est forcément lactose ̶.

 Mise en évidence de la production de H2S

La présence de ………………………………………………………… dans le milieu et de ………………………………


permet également d’apprécier la capacité des bactéries à produire de …………………….. à partir du
thiosulfate.

 Le H2S forme un ……………………………………………………………………………………………………………………………..

II.3.4. Technique d’ensemencement

 A partir d’une suspension bactérienne, ensemencer à l’aide


d’une pipette Pasteur fermée:

o la pente par ………………………………………………………….
o le culot par ……………………………………………………………
 Incuber 24 heures à 37°C, ………………………………………………………………

II.3.5. Lecture

Caractère
Zone du tube Observation Interprétation Conclusion
recherché

Cours de Microbiologie générale page 43


Culot
Glucose
……………………….

Pente
Lactose
……………………….
.

Production de
gaz

Culot ou
jonction pente
culot

Production
d’H2S

Cours de Microbiologie générale page 44


II.3.6. Causes d’erreurs
Des bactéries peuvent apparaitre faussement lactose + si le tube est fermé hermétiquement.
Des bactéries peuvent apparaitre faussement SH 2 ̶ lorsque la forte acidification du milieu due à la
fermentation du lactose entraine la solubilisation du sulfate de fer, qui ne réapparaitra avec sa
coloration noire caractéristique qu’après alcalinisation du milieu (Na OH 4N).

II.4. LE TEST ONPG


II.4.1. Intérêt
Ce test est réalisé lors de l’identification de très nombreuses bactéries (Gram + et Gram -). La ϐ-
galactosidase est une enzyme qui intervient dans ………………………………………………………………………………

L’utilisation du lactose par la bactérie requiert deux enzymes :


 la …………………………………………………………… qui permet au lactose de pénétrer dans la bactérie
 la  ………..…………………………………………………. qui catalyse l’hydrolyse du lactose en …………………
…………….………………………………………………………………………………………………………………………………………………
La recherche de la ϐ-galactosidase ne présente d’intérêt que pour ……………………………………………………
En effet, ………………………………………………………………………………………………………………………. La recherche
de l’enzyme est donc inutile pour ces bactéries.
II.4.2. Principe
La ϐ-galactosidase est une enzyme inductible : ………………………………………………………………………………….
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
 La recherche de la ϐ-galactosidase ne peut donc se faire que sur ………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….
On utilise un substrat synthétique : l’ortho-nitro-phényl-galactoside (= …………………) ………………, de
structure proche du lactose et …………………………………………………………………………………………………………….
 Si la bactérie possède la ϐ-galactosidase, on obtient du galactose et de l’ortho-nitro-phénol
(=……………) ……………………………………………………………….

La réaction est la suivante :

II.4.3. Ensemencement
ATTENTION : Ce test doit être effectué à partir d’une souche lactose - cultivée dans un milieu
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….
 Faire ………………………………………………………………………………………… (tube à hémolyse)
 Déposer un……………………………………………………………………………………………………………………………..
 Placer au…………………………………………………………………………………………………………………………………
 Lire après 30 minutes

II.4.4. Lecture

Observation Interprétation Conclusion

Cours de Microbiologie générale page 45


II.5. LE MILIEU MANNITOL MOBILITE NITRATE
II.5.1.Intérêt
Ce milieu permet l’étude de :

 ……………………………………………………………………………………………………………………………………

 ……………………………………………………………………………………………………………………………………

 ……………………………………………………………………………………………………………………………………
II.5.2. Composition

Composant Quantité (g/L) Rôle


Peptone trypsique de
10
viande

Mannitol 7,5

Nitrate de potassium 1

Rouge de phénol 0,04

Agar 4

pH 7,6

II.5.3. Principe
 La présence d’une faible teneur d’agar (…………………………………………) rend possible
le_________________________________________________________________________________
 La lecture de l’utilisation du mannitol est possible grâce à la présence d’un ……………
………………………………………………………………………………. L’utilisation du mannitol …………………………………….

……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………

 La présence de nitrate de potassium permet la recherche ………………………………………..

Cours de Microbiologie générale page 46


…..…………………………………………………..........................................................................................................

II.5.4. Technique d’ensemencement

Aspect du tube
 Par …………………………………………… à l’aide d’une pipette après
Pasteur fermée. ensemencement
 Incuber 24 heures à 37°C en laissant le bouchon du tube dévissé.

II.5.5. Lecture
Caractère Observation Interprétation Conclusion

Fermentation
du mannitol

Mobilité

Recherche de Même principe que dans le bouillon nitraté : ajout du ………………………………………………………


la nitrate qui réagit avec les nitrites pour former un complexe rouge. En absence de coloration
réductase rouge : ajout de ……………………………………… qui réduit les nitrates (s’il en reste) en nitrites.

Cours de Microbiologie générale page 47


II.6. LE MILIEU BEA (Bile Esculine Azide)
II.6.1. Intérêt
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….
………….
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

II.6.2. Composition pour 1 L d’eau distillée

Composant Quantité (g/L) Rôle


EXTRAIT DE VIANDE 3

Peptones 17

Extrait de levure 5

Citrate de sodium 1

Citrate de fer 0,5

Chlorure de sodium 5

Esculine 1

Bile de bœuf (désoxycholate) 10

Azide de sodium 0,25

Agar 13

pH 7,1

II.6.3. Principe

 Agents sélectifs : …..……………………………………………………………………………………………….


…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

 Caractère biochimique lu : ……………………………………………………………………………………..


…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

II.6.4. Lecture

Présence ou absence de culture (colonies)
o Présence :
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………….
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….
…………………………………………………………………………………………………..………………………………………………………..
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..
o Absence :
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………….
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

Cours de Microbiologie générale page 48


 Couleur des colonies

Observation Interprétation Conclusion

Colonies
entourées d’un
halo noir

Absence de
halo noir

II.7. LE MILIEU CLARK ET LUBS

II.7.1. Intérêt

Lorsque plusieurs espèces bactériennes différentes dégradent le glucose par voie fermentative les
produits de dégradation obtenus peuvent être différents, puisqu’il existe plusieurs voies
fermentatives.

Ce milieu permet une différenciation………………………………………………………………………………………………….

……………………………………………………………………………………………..……………………………………………………………..

II.7.2. Composition

Composant Quantité (g/L) Rôle


Peptones 5

Glucose 5

K2HPO4 5

pH 7,5

II.7.3. Principe du VP
La fermentation du glucose par la voie du butane-diol se traduit par……………..…………………………………
du milieu ainsi que…………………………….……………..…………………….……………………………………………………………
En présence………………………………………………………………………………………, l’acétoïne forme un composé
rose :……………………………………………………………...........................................................................................

Cours de Microbiologie générale page 49


II.7.4. Ensemencement
 Ensemencer avec ……………………………………………………………………………………………………….
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
 Incubation 24 heures à 37°C
II.7.5. Lecture

AJOUTER
Culture bactérienne, 1mL de milieu
( 20 gouttes)
caractérisée par un aspect  10 gouttes d’-naphtol
trouble du milieu  10 gouttes de NaOH
(ou KOH)

Tube à hémolyse
stérile

Lecture après 10 à 15 minutes tube incliné

Observation Interprétation Conclusion

Coloration rose du
milieu

Pas de coloration
du milieu

II.7.6. Principe du RM

La fermentation du glucose par la voie des acides mixtes se traduit par ……………………...……………………

……………………………… L’indicateur de pH utilisé et le ………………………………………………….. (………), qui est


rouge à un pH <…….. et jaune à un pH > ……. Le pH est bas parce qu’il y a production importante
d’acides.
II.7.7. Ensemencement
 Ensemencer avec _______________________________________________________
__________________________________________________________________________________
 Incubation 24 heures à 37°C
II.7.8. Lecture

Cours de Microbiologie générale page 50


AJOUTER
1mL de milieu
Culture bactérienne,
( 20 gouttes) 2 gouttes de Rouge de
caractérisée par un aspect
trouble du milieu Méthyle. La lecture est
instantanée.

Tube à hémolyse
stérile

Observation Interprétation Conclusion

Coloration rouge
du milieu

Pas de coloration
du milieu

II.8. LE MILIEU CITRATE DE SIMMONS

II.8.1. Intérêt

Ce milieu permet l’étude de l’utilisation, par la bactérie, …………………………………………………………………

……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

II.8.2. Composition : Milieu synthétique

Composant Quantité (g/L) Rôle


Sulfate de magnésium 0,2

Cours de Microbiologie générale page 51


Phosphate monoammonique 1

Phosphate bipotassique 1

Chlorure de sodium 5

Citrate de sodium 2

Bleu de bromothymol 0,08

Agar 15

pH 7,1

II.8.3. Principe
Seules les bactéries possédant ……………………………………………… peuvent utiliser le citrate comme seule
source de carbone. La lecture de l’utilisation du citrate comme seule source de carbone est possible
grâce à la présence :

 ………………………………………………………………………………………………………………………………
 ………………………………………………………………………………………………………………………………

L'oxydation du citrate entraîne la libération de CO2 volatil et la consommation de H+ :


2 C6H5073- + 9 O2 + 6 H+ 12 CO2 + 8 H2O
Le CO2, gaz acide, étant éliminé, on a dans le tube ……………………………………………………………….
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………
La dégradation du citrate …………………………………………………………………………………………………….
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………

……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………

II.8.4. Ensemencement

 Par ………………………………………………… à l’aide d’une pipette Pasteur fermée.


 Incuber 24 heures à 37°C,………………………………………………………………………………..

II.8.5. Lecture et interprétation

Observation Interprétation Conclusion

Cours de Microbiologie générale page 52


Présence de culture
bactérienne

Milieu bleu

Présence de culture
bactérienne

Milieu inchangé (vert)

Absence de culture
bactérienne

Milieu inchangé (vert)

II.9. LE MILIEU HUGH ET LEIFSON : Recherche de la voie d’attaque du glucose


II.9.1. Intérêt

Ce milieu permet de déterminer …………………………………………………………………………………, ose utilisé


comme ………………………………………………………… par la plupart des bactéries.

Pour synthétiser de l’énergie, les bactéries peuvent attaquer par :

 ………………………………………………………………………… : le glucose est utilisé uniquement en


présence de dioxygène (faible libération d’acides).

 …………………………………………………………………………. : le glucose est utilisé en absence et en


présence de dioxygène ou seulement en absence de dioxygène (forte libération d’acides).

II.9.2. Composition

Composant Quantité (g/L) Rôle


Base nutritive avec peu de peptones 2,0

Bleu de bromothymol 0,03

NaCl 5

K2HPO4 0,3

Agar 2,5

Cours de Microbiologie générale page 53


pH 7,1

ATTENTION : ajout de …………………………………………………………………………… avant l’ensemencement

II.9.3. Principe
Pour étudier la voie d’attaque d’un glucide, on utilise des milieux contenant ……………………………………..
……………………………………… et un ……………………………….………………………………………………………………………….

La voie d’attaque du glucose est étudiée grâce à :

-
la présence du ……………………………………………………………………………………………………… et la
présence du ………………………………………………….. comme indicateur de pH. L’utilisation du
glucose se traduit par .………………………………………………………………………………………………………….
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

- l’étape de ………………………………………………………………………………………………………………………………

II.9.4. Technique d’ensemencement


 ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
 Additionner………………………………………………………………………………………………………………………………………….
 …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….
 Ensemencer par …………………………………………………………………………………………………………………………………..
 Incuber 24h à 37°C, ……………………………………………………………………………………………………………………………..
II.9.5. Lecture
Après 24 heures d’incubation à 37°C :

 on vérifie ……………………………………………………………………………………………………………………………………………..
 on interprète le ……………………………………………………………………………………………………………………………………

observation

Cours de Microbiologie générale page 54


interprétation

conclusion

METABOLISME PROTIDIQUE
I. Appréciation globale du pouvoir protéolytique
I.1. Protéolyse de la gélatine

I.1.1. Intérêt

Le test permet la recherche………………………………………………………………………………………………………………..

I.1.2. Principe

La gélatinase dégrade………………………………………………………………………………………………………………………….
On met en évidence cette enzyme avec soit :
 Un film photographique noir et blanc exposé et développé constitué..…………………….
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

Cours de Microbiologie générale page 55


……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………

 Un disque de Köhn constitué


de………………………………………………………………………………………

I.1.3. Ensemencement
 Faire ……………………………………………………………………………………………………………………..
 Ajouter …………………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………………………………

 Incuber 24h à 37 °C

I.1.4. Lecture
Observation Interprétation Conclusion

II. Etude de la dégradation des acides aminés et de l’urée

Cours de Microbiologie générale page 56


II.1. RECHERCHE DE LDC, ODC (DECARBOXYLASES) ET ADH (DIHYDROLASE)

II.1.1. Intérêt

La recherche des enzymes : - ………………………………………………………………………………

- ………………………………………………………………………………

- ………………………………………………………………………………

est d’une grande importance pour l’identification des bactéries de la famille des ………………………..

……………………………………………………………………………………………………………………….…….et d’autres bacilles


Gram ̶ .

II.1.2. Composition : milieu semi-synthétique

Composant Quantité (g/L) Rôle


Arginine ou Lysine ou Ornithine 0,2

Extraits de levure 1

Glucose en faible quantité 1

Pourpre de bromocrésol 5

NaCl 2

pH 6,8

II.1.3. Principe
Les enzymes ADH, LDC et ODC catalysent respectivement……………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………………… présent dans le milieu.

 Cette dégradation aboutit à la formation de………………………………………………………………………………… ;

L’……………………………………………………. du milieu est révélée par un virage de l’indicateur de pH (le


pourpre de bromocrésol) à sa teinte ………………………………………………………………………………….

On opère en milieu …………………………………………………….. et contenant une…………………………………………..

……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………

 L’acidification (due à l’utilisation du glucose) et l’anaérobiose sont des conditions favorables à la


synthèse des décarboxylases.

Cours de Microbiologie générale page 57


 dans un premier temps, la bactérie dégrade…………………………………………………………………………..
…………………………………………………………………………………………………………………………………….
 dans un second temps, si elle possède l’enzyme correspondante, elle utilise………………………..
……………………………………………………………………………………………………………………………………
II.1.4. Ensemencement
 Ensemencer le milieu avec……………………………………………………………………………………………………….
 Agiter
 Si le tube n’est pas plein, le recouvrir par de la vaseline stérile……………………………………………….
…………………………………………………………………………………………………………………………………….
 Incuber 24 heures à 37°C,………………………………………………………………………………………………………
II.1.5. Lecture

Observation Interprétation Conclusion

II.2. LE MILIEU UREE INDOLE


II.2.1. Intérêt

Cours de Microbiologie générale page 58


Ce milieu permet de mettre en évidence les caractères suivants :

 présence d’une………………………………………………………………………………………………………………………
 présence
d’une………………………………………………………………………………………………………………………
 présence
d’une………………………………………………………………………………………………………………………
Ce milieu est utilisé pour l’identification…………………………………………………………………………………………….

II.2.2. Composition : Milieu synthétique


Composant Quantité (g/L) Rôle
Urée 2

L-tryptophane 0,3

Chlorure de sodium 0,5

Dihydrogénophosphate
0,1
de potassium

Hydrogénophosphate de
0,1
potassium

Rouge de phénol 0,0025

pH 7

II.2.3. Principe
 recherche de l’uréase

L’uréase dégrade l’urée selon la réaction suivante :

Les ions NH4+ vont entraîner une………………………………………………………………………………………………………..


…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

 recherche de la production d’indole (mise en évidence de la tryptophanase)

La tryptophanase hydrolyse le tryptophane selon la réaction suivante :

L’indole forme un……………………………………………………………………………………………………………………………….

 recherche de la tryptophane désaminase (TDA)

La TDA dégrade le tryptophane selon la réaction suivante :

Cours de Microbiologie générale page 59


L’acide indole pyruvique forme……………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

II.2.4. Ensemencement
 Ensemencer
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
Incubation 24 heures à 37°C

II.2.5. Lecture
Recherche de
l'uréase Ajout de réactif de Recherche de
Kovacs la tryptophanase
(Production d’indole)

Ajout de chlorure de fer


III
Recherche de
la TDA
Milieu
Urée-Indole
24h d’incubation

Caractère recherché Observation Interprétation Conclusion

Uréase

(lecture après 24 heures


d’incubation)

Après avoir effectué la lecture, séparer le milieu urée indole en deux (prélever une partie du milieu et le
transvaser dans un tube à hémolyse propre) puis réaliser les tests suivants :

Cours de Microbiologie générale page 60


1er tube : recherche de la production d’indole :
Ajouter 3 gouttes du réactif de Kovacs et effectuer la lecture sans agiter le milieu

Indole

2ème tube : recherche de la tryptophane désaminase (TDA) :


Ajouter 3 gouttes du réactif (= chlorure de fer III en solution acide) et effectuer la lecture

TDA

LA GALERIE API 20E

Cours de Microbiologie générale page 61


1. Ensemencement en 1er jour

Frottis fixé Prélèvement d’une


coloré au Gram
SEULE colonie isolée

Ensemencement : Suspension bactérienne

- une gélose VF dans 5 mL d’eau stérile


 type respiratoire
- une gélose Hajna Kliger  2
dégradation du lactose Isolement
3 sur gélose
4
ordinaire
N° souche
Ensemencement
d’une Galerie API20E

MODE OPERATOIRE GALERIE API 20E


 Préparation de la galerie
o Répartir un peu d’eau dans les alvéoles du fond pour créer une atmosphère humide.
o Inscrire la référence de la souche sur la languette latérale de la boîte
o Déposer la galerie DE FACON STERILE dans la boîte
 Inoculation de la galerie
Ensemencer la galerie avec une pipette Pasteur stérile ouverte chargée en suspension, pointe posée
sur un côté de la cupule, en laissant couler doucement la suspension dans la cupule. Tenir la boîte
légèrement inclinée pour éviter la formation de bulles.
o Pour les caractères encadrés (CIT, VP, GEL) : remplir entièrement la cupule (tube et
orifice)  mise en aérobiose.
ATTENTION

o Pour les autres caractères, ne remplir que le tube.

o
Pour les caractères soulignés (ADH, LDC, ODC, H2S, URE) : remplir l’orifice de la
cupule avec de l’huile de vaseline stérile  mise en anaérobiose.
Refermer la boîte et mettre à l’étuve à 37°C pendant 18 à 24 heures.
2. Lecture en 2ème jour
 ……………………………………………………………………………………………………………………………………

Cours de Microbiologie générale page 62


 ……………………………………………………………………………………………………………………………………
……………………………………………………………………………………………………………………………………
 ……………………………………………………………………………………………………………………………………
 ……………………………………………………………………………………………………………………………………

Tableau des Caractères de la Galerie API20E

Produit(s) Réactif(s) Lecture Lecture


Caractère Substrat Enzyme indicateur
formé(s) ajouté(s) + –

ONPG-
hydrolase
ONPG ONPG ONP (jaune) Jaune Incolore (1)
-------------- galactose
Β-galactosidase

Arginine Ornithine Rouge - Jaune


ADH Arginine Dihydrolase NH3 RP
orange (2)
(ADH) CO2
Lysine Jaune
Cadavérine Rouge -
LDC Lysine Décarboxylase RP
CO2 orange (2)
(LDC)

Ornithine Putréscine Jaune


Rouge -
ODC Ornithine Décarboxylase RP
CO2 orange (2)
(ODC)

CO2 Vert
CIT Citrate BBT Bleu
H2O (3)

(Thiosulfate Incolore
H2S S2O32- S2- (H2S) Fer III Noir
Réductase) (jaune pâle)

NH4+
URE Urée Uréase RP Rouge Jaune
(HCO3-)

Tryptophane Acide indole TDA / immédiat Marron


TDA Tryptophane Désaminase pyruvique
(Fer III) Brun Jaune
(TDA) NH3

Indole
James / immédiat Incolore
IND Tryptophane Tryptophanase A. pyruvique Rouge
ou Kovacs / 2min Jaune
NH3

VP Pyruvate Acétoïne VP1 (KOH) + VP2 Rouge


(-naphtol) / Incolore

Cours de Microbiologie générale page 63


10min (5)

Acides Incolore
GEL Gélatine Gélatinase Noir (+particules
Aminés
intactes)
Bleu ou
GLU Glucose Acides BBT Jaune bleu-vert

(4)
Bleu ou bleu
Man, Ino, Sor,
SUCRES vert
Rha, Sac, Mel, Acides BBT Jaune
(AUXAN.)
Amy, Ara
(4)

NO2-/ N2

NO2-
NO3- Nit1 + Nit2 / 2min Rouge Incolore
Nitrate
Réductase -----------------
(cupule GLU) -------------------------- ----------------- --------------
N2
(Zinc) Incolore Rouge

(1) une très légère couleur jaune est positive


(2) une couleur orange après 48H D’INCUBATION doit être considérée comme négative
(3) le résultat se lit dans la cupule (zone aérobie)
(4) la fermentation commence dans la partie inférieure des tubes et l’oxydation dans la cupule
(5) une légère coloration rose après 10 minutes doit être considérée comme négative

INFECTION MICROBIENNE

Cours de Microbiologie générale page 64


I. Généralités et Définitions

Les microorganismes participent dans l’équilibre biologique existant à la surface de la terre, certains
d’entre eux sont nuisibles pour l’organisme humain, d’autres sont par contre utiles.

I.1.Types de survie des bactéries


Saprophytisme : forme de nutrition permettant à un organisme d’utiliser des matières organiques
en décomposition.
Une bactérie est saprophyte lorsqu’elle vit et se nourrit dans l’environnement (sol, eaux, surfaces).
Commensalisme : type d’association conduisant deux espèces différentes d’organismes à vivre
ensemble, sans que l’une nuise à l’autre, et où parfois l’une des espèces se procure de la nourriture,
une protection ou d’autres avantages.
Une bactérie est commensale lorsqu’elle vit au contact du revêtement cutanéo-muqueux d’un hôte
sans entraîner de désordres. Les bactéries commensales proviennent soit de l’environnement
(certaines bactéries saprophytes), soit d’autres hôtes (bactéries incapables de survivre en dehors de
l’hôte).
L’exposition de tout individu aux bactéries est inévitable. Dès la naissance, une flore bactérienne
s’installe au niveau de la peau et des muqueuses et cette association constante de bactéries avec les
surfaces au contact du milieu extérieur durera tout au long de la vie. Au cours de l’évolution, un
système complexe de défense s’est mis en place pour éviter l’envahissement de l’individu par les
bactéries. Un équilibre s’installe entre l’individu et les différentes flores commensales de la peau et
des muqueuses.
La flore est variable dans le temps en fonction de différents éléments (âge, alimentation, état de
santé, antibiothérapie,…). Cette flore est source de certains nutriments et vitamines nécessaires à
l’hôte et constitue une barrière écologique contre l’implantation de germes virulents.

I.2. Notions de pouvoir pathogène et de virulence


Bactéries pathogènes : bactéries capables de provoquer une maladie chez un sujet dont les
mécanismes de défense sont normaux (ex : tuberculose, typhoïde, choléra).

Pouvoir pathogène ou pathogénicité d’une bactérie : ensemble des mécanismes conditionnant le


type de maladie dépendant d’une bactérie (Notion qualitative). Le pouvoir pathogène d'une bactérie
mesure sa capacité à provoquer des troubles chez son hôte. Il varie selon la souche et dépend de son
pouvoir invasif (capacité à se répandre dans les tissus et à y établir un ou des foyers infectieux), de
son pouvoir toxinogène (capacité à produire des toxines) et de sa capacité à se reproduire.

Virulence : capacité de la bactérie à déclencher une maladie infectieuse. Elle est définie par la dose
infectante (Notion quantitative). Pour un même pouvoir pathogène, il peut y avoir des souches plus
ou moins virulentes (ex : Shigella dysenteriae est beaucoup plus virulente que Shigella flexneri,
donnant une maladie (dysenterie bacillaire) plus sévère pour des doses infectantes très faibles).
Les bactéries pathogènes peuvent (pneumocoque, méningocoque, Staphylococcus aureus,
Haemophilus) ou non (Mycobacterium tuberculosis, Salmonella typhi, Shigella, Vibrio cholerae)
appartenir à la flore humaine commensale.
Pour les bactéries « pathogènes » qui en réalité appartiennent à la flore commensale de l’homme, il
existe en fait une susceptibilité individuelle liée à différents facteurs tels que l’âge ou le patrimoine
génétique.
Bactéries opportunistes : certaines bactéries peuvent devenir pathogènes lorsque les défenses de
l’hôte sont affaiblies (ex : immunodépression), mais ne donnent pas habituellement de maladie chez
le sujet sain. Ces bactéries sont souvent des bactéries commensales (ex : entérocoque, Escherichia
coli, Staphylococcus epidermidis), parfois des bactéries saprophytes de l’environnement (ex :
Pseudomonas aeruginosa).

Cours de Microbiologie générale page 65


I.3. mesure de l’effet létal
La virulence peut être estimée en mesurant la DL50 ou dose létale à 50%. La DL50 est la quantité
d'une substance qui, administrée d'un seul coup, entraîne la mort de la moitié (50%) des animaux
soumis au test. Cette évaluation de la toxicité peut être appliquée aux agents infectieux : la DL50
correspond dans ce cas au nombre d’agents pathogènes supposés tuer 50 % des animaux d’un
groupe expérimental. Plusieurs lots homogènes d’animaux (souris, rats, lapins…) subissent des
administrations de la substance ou de l’agent infectieux à tester. Chaque animal d’un même lot
reçoit une dose identique et unique, mais la dose augmente progressivement d’un lot au suivant. Le
taux de mortalité peut donc varier entre 0 et 100 % : la DL50 est la dose pour laquelle ce taux de
mortalité est égal à 50%, la dose minimale mortelle (DMM) est la dose la plus faible capable de tuer
tous les animaux d’un lot (= DL100). La dose infectieuse à 50 % (DI50) peut également être
déterminée : il s’agit du nombre d’agents pathogènes nécessaires pour infecter 50 % des individus
testés.

II. La virulence
La virulence d'un agent infectieux mesure sa capacité à se développer dans un organisme (pouvoir
invasif) et à y sécréter des toxines (pouvoir toxique). Elle dépend du germe et des facteurs liés à
l’hôte.
II.1. Facteurs liés au germe
Les bactéries ont une capacité d’adaptation très importante : elles ont su développer de nombreuses
stratégies pour contrer les mécanismes de défense de leur hôte (fig.1).

Figure 1 : Rôle des composants bactériens dans le pouvoir pathogène des bactéries extracellulaires

II.2. Facteurs facilitant la colonisation et l’invasion des surfaces de l’hôte par la bactérie

Cours de Microbiologie générale page 66


II.2.1. Pénétration à travers la peau intacte
-Utilisation d’un insecte vecteur pour pénétrer dans l’organisme.
-Infections cutanées iatrogènes par bactéries de flore cutanée (plaies chirurgicales, cathéters).

II.2.2. Pénétration au niveau des muqueuses


- Mobilité des bactéries : pour bactéries possédant un (des) flagelle(s) elles traversent la couche de
mucus, luttent contre flux urinaire ou péristaltisme du tube digestif (TD).
- Sécrétion d’IgAs protéases : le clivage des IgA sécrétoires évite à la bactérie d’être bloquée dans la
couche de mucus (Haemophilus influenzae, pneumocoque, méningocoque).
- Entrée par les cellules M au niveau de la muqueuse du TD (Plaques de Peyer) : la couche de mucus
est fine à ce niveau et les cellules sont naturellement phagocytaires, le contournement des cellules
épithéliales permet d’accéder au tissu sous-jacent ou au sang (Yersinia, Salmonella, Shigella).

II.2.3. Adhésion bactérienne


Le phénomène d’adhésion bactérienne aux cellules de l’hôte est, dans la très grande majorité des
cas, une étape obligatoire pour la bactérie : c’est le début du processus de colonisation.
L’adhésion bactérienne fait intervenir des constituants superficiels de la bactérie (adhésines) et des
récepteurs cellulaires de l’hôte. L’interaction moléculaire entre bactérie et cellule-hôte est
spécifique.
Notion de répertoire d’adhésines : pour une bactérie donnée, différentes adhésines sont exprimées
alternativement à la surface de la bactérie en fonction de l’environnement physico-chimique et des
surfaces cellulaires rencontrées lors du cheminement de la bactérie dans l’hôte.
Il existe deux groupes d’adhésines :
- Pili ou fimbriae : adhésines filamenteuses ancrées à la surface de la bactérie et formées de la
polymérisation d’une sous-unité élémentaire protéique, appelée piline. La sous-unité terminale ou
extrémité adhésive correspond au site de reconnaissance du récepteur cellulaire. Ces adhésines
reconnaissent des récepteurs glycoprotéiques ou glycolipidiques à la surface des cellules.
Les pili sont retrouvés à la surface de nombreuses bactéries à gram négatif (Ex : Neisseria
gonorrheae, Escherichia coli enterotoxinogènes (ECET) ou uropathogènes).
- Adhésines non fimbriales : protéines de surface de la paroi bactérienne permettant un contact
serré entre la bactérie et la cellule, existent chez les bactéries à gram négatif et les bactéries à gram
positif. La fixation de l’adhésine se fait soit directement au récepteur cellulaire le plus souvent, soit
parfois à la fibronectine, protéine synthétisée par l’hôte et présente dans le sérum, la salive et le tissu
conjonctif, et qui elle-même se fixe à un récepteur membranaire cellulaire de type intégrine
(fibronectine = pont entre bactérie et membrane cellulaire. Ex : Streptococcus pyogenes,
Staphylococcus aureus).
- Cas particulier : Bio films
Certaines bactéries sécrètent dans le milieu extérieur des polysaccharides (slime) impliqués dans
l’adhésion des bactéries entre elles et à la surface cellulaire entrainant la formation d’un bio film qui
met les bactéries à l’abri des cellules phagocytaires et des antibiotiques.
On note un bio film physiologique au niveau des muqueuses vaginale, buccale ou digestive : flores
commensales.
La formation d’un bio film est une caractéristique du pouvoir pathogène pour certaines bactéries :
Streptococcus mutans provoque la formation de la plaque dentaire ; Staphylococcus epidermidis :
colonisation des biomatériaux (cathéters, sondes, prothèses osseuses ou valvulaires) entrainant des
infections iatrogènes.

II.2.4. Mécanismes d’acquisition du fer


Synthèse de sidérophores par la bactérie : chélateurs du fer avec une haute affinité, compétition
avec lactoferrine et transferrine (chélateurs du fer de l’hôte).
II.2 Facteurs d’échappement aux défenses de l’hôte (complément, phagocytose, réponse
anticorps)

Cours de Microbiologie générale page 67


II.2.1. Capsule bactérienne
Enveloppe externe de la bactérie, le plus souvent de nature polysaccharidique.
- Rôle protecteur contre l’activation du complément.
- Capsule en général immunogénique (intérêt pour vaccin anti-Haemophilus influenzae type B ou
vaccin anti-pneumococcique).
- Mais il existe des exceptions : capsules dont la nature ressemble à des polysaccharides de l’hôte
(acide hyaluronique chez Streptococcus pyogenes, acide sialique chez Neisseria meningitidis type B)
sont non immunogéniques , ne provoque pas de réponse anticorps et l’opsonisation est impossible.
Elle joue un rôle protecteur contre la phagocytose. Les bactéries pathogènes qui échappent à la
phagocytose sont appelées bactéries pathogènes extracellulaires.

II.2.2. Autres facteurs de résistance au complément


* Modification du LPS (antigène O) : Prévention de la formation du complexe d’attaque
membranaire (Bactéries à gram négatif dites «sérum résistantes»).
* Synthèse de C5a peptidase : prévient la migration des phagocytes vers le site de l’infection.

II.2.3. Echappement à la réponse anticorps


- Certaines bactéries sont capables de faire varier leurs antigènes de surface : variation antigénique
(Ex : variations de phase intéressant les flagelles de Salmonella, ou les pili du gonocoque).
- Camouflage avec des molécules ressemblant à celles de l’hôte : certaines capsules.

II.3. Facteurs endommageant l’hôte

II.3.1. Enzymes hydrolytiques


De nombreuses bactéries pathogènes sécrètent des enzymes hydrolytiques permettant la
destruction des tissus (hyaluronidases, protéases, DNAses,…). Ces enzymes facilitent la
dissémination des bactéries et la production de pus. Ex : Bactéries pyogènes (Staphylococcus aureus,
Streptococcus pyogenes)

II.3.2. Toxinogénèse
Il existe deux types de toxines : les exotoxines et les endotoxines.

Endotoxines
Exotoxines
Toxines glucido-lipido-protéiques (GLP)
Toxines protéiques

Caractéristiques Caractéristiques
 Sont libérées à la mort de la bactérie  Sont libérées dans le milieu extra cellulaire
au fur et à mesure de leur fabrication par la
bactérie
 Les troubles provoqués apparaissent plus  Les troubles apparaissent rapidement après
tardivement que dans le cas des exotoxines l’absorption
Propriétés Propriétés
 Pouvoir toxique faible  Pouvoir toxique élevé
 Difficilement détruites à la chaleur.  Facilement détruites à la chaleur

Exemples Exemples
toxine sécrétée par les salmonelles toxine du staphylocoque doré
toxine sécrétée par les méningocoques du bacille diphtérique
responsables de méningite de Clostridium perfringens

Cours de Microbiologie générale page 68


II.3.2.1. Toxines protéiques bactériennes (exotoxines)
La survie et la multiplication des bactéries chez l’hôte infecté s’accompagnent souvent de la
production et de la sécrétion de toxines à l’extérieur de la bactérie. Après libération, les toxines vont
diffuser dans l’organisme et venir agir sur leurs cellules-cible. Elles peuvent donc agir à distance du
foyer infectieux où elles sont produites.
Dans certains cas, le pouvoir pathogène d’une bactérie ne s’exprime que par une ou plusieurs toxines
: Rôle majeur dans l’expression clinique de la maladie (ex : Tétanos, diphtérie, botulisme). Certaines
ont un pouvoir toxique très élevé : substances les plus toxiques connues (ex : toxine botulinique). Il
en existe trois types suivant la structure et le mécanisme d’action :
 Toxines de type A-B. La plupart des toxines protéiques appartiennent à cette catégorie.
 Structure : 2 portions
Portion A : possède l’activité enzymatique responsable de la toxicité
Portion B : permet la liaison avec le récepteur de la cellule cible
 Mécanisme d’action :
- Liaison à la cellule cible par la portion B qui reconnaît un récepteur spécifique cellulaire. La portion
B détermine la spécificité de la cellule cible.
- Translocation : correspond à l’internalisation de la portion A dans la cellule cible.
- Activité enzymatique : la portion A devient active dans le cytoplasme de la cellule et peut exercer
son activité toxique.
Ex : toxine diphtérique provoque un arrêt des synthèses protéiques qui entraine la mort de la cellule.
 Application : Vaccin antibactérien
Souvent, les toxines protéiques de type A-B sont responsables de la totalité des symptômes cliniques
(ou presque) ; il n’y a pas de multiplication de la bactérie dans l’organisme (Toxi-infection).
La synthèse d’anticorps neutralisant la toxine permet une protection efficace contre la maladie.
- Vaccination par anatoxine : substance qui a perdu tout pouvoir toxique (détoxification par le
formol), mais conserve son pouvoir immunogène. C’est une vaccination très efficace. Ex : vaccination
antitétanique, vaccination antidiphtérique.
- Utilisation d’antitoxine : Ig spécifiques humaines qui procure une protection immédiate, transitoire,
peu efficace si la toxine est déjà fixée sur récepteur cellulaire.
 Cytolysines ou hémolysines = Toxines provoquant une rupture membranaire de la cellule
cible. On distingue deux types :
- soit des protéines venant s’intégrer dans la membrane de la cellule provoquant la formation de
pores membranaires entraînant la lyse cellulaire avec fuite des constituants cellulaires. Ex :
Streptolysine O (Streptococcus pyogenes), Toxine α (Staphylococcus aureus).
- soit des enzymes déstabilisant la membrane plasmique par action au niveau des phospholipides
membranaires : phospholipases ou lécithinases. Ex : Toxine α (Clostridium perfringens) Super
antigènes provoquant une hyperstimulation des lymphocytes T CD4+ (helper) entrainant un excès de
IL-2 et TNFα et une importante réaction inflammatoire, parfois état de choc. Ex : Toxine du Toxic
Shock Syndrome (S. aureus), Toxine pyrogénique streptococcique (S. pyogenes).

II.3.2.2. Endotoxines
Elles sont libérées à la mort de la bactérie. Elles ont un pouvoir toxique faible et sont détruites
difficilement par la chaleur.

II.3.3. Composants de la paroi bactérienne à l’origine de la réaction inflammatoire


Structures microbiennes très conservées : pathogen associated molecular patterns (PAMPs) :
Bactéries à gram négatif : Lipopolysaccharide (LPS) ou endotoxine

Cours de Microbiologie générale page 69


Le LPS est un constituant de la membrane externe de la paroi des bactéries à gram négatif. Il est
composé d’une partie lipidique (lipide A) et d’une partie polysaccharidique (core central +chaines
polysaccharidiques). (fig. 2)
Mécanismes d’action : Pour exercer son action, le LPS doit d’abord se lier à une protéique sérique,
LPS binding protein, le complexe ainsi formé interagit avec des récepteurs de la membrane du
macrophage (CD14, TLR) entrainant une réaction inflammatoire.
Bactéries à gram positif : Acides (lipo)teichoïques, peptidoglycane. Rôle équivalent au LPS des
bactéries à gram négatif dans la genèse du choc septique.

Figure 2 : Structure du LPS


- Lipide A => propriétés toxiques identiques pour toutes les bactéries => choc septique
- Portion polysaccharidique => antigénique : antigène O ou Ag somatique.

Une réponse inflammatoire excessive peut avoir des conséquences néfastes, soit en altérant le
fonctionnement d’un organe (poumons, système nerveux central), soit en entraînant un désordre
circulatoire systémique (choc septique) (fig. 3).

II.4. Cas particulier : Facteurs permettant la survie des bactéries pathogènes intracellulaires

II.4.1. Classification des bactéries intracellulaires


Pathogènes intracellulaires obligatoires
- Bactéries incapables de survivre à l’extérieur des cellules
- Adaptation totale à l’hôte
- Provoquent souvent des lésions minimes chez l’hôte qui assure en définitive leur survie. Ex :
Chlamydia, Rickettsia.
Pathogènes intracellulaires facultatifs
- Soit bactéries de l’environnement adaptées à un prédateur = amibe (Ex : Legionella pneumophila)
- Soit bactéries dont une étape du cycle correspond à un passage intracellulaire (ex: traversée de
muqueuse TD) (Ex : Shigella, Yersinia, Salmonella)
- Soit bactéries recherchant un gîte à l’abri des défenses de hôte (Ex : Brucella, Mycobacterium
tuberculosis).

II.4.2. Facteurs du parasitisme intracellulaire


Entrée dans les cellules (épithéliales ou phagocytes) : processus complexe au cours duquel
l’interaction spécifique de la bactérie (molécules de surface) avec la cellule (récepteurs
membranaires) va déclencher des remaniements du cytosquelette de la cellule qui aboutissent à
l’ingestion de la bactérie c’est une phagocytose induite par la bactérie.
- Survie et multiplication intracellulaire : la bactérie se retrouve dans une vacuole de phagocytose
ou phagosome. Plusieurs mécanismes sont possibles pour le devenir de la bactérie dans la cellule :
- soit survie dans le phagosome : inhibition de la fusion phagosome-lysosome (Ex : Salmonella,
Legionella, Mycobacterium tuberculosis, Brucella, Chlamydia) ou survie dans le phagolysosome avec
résistance au burst oxydatif (Coxiella). Multiplication bactérienne intra-vacuolaire (fig 4).
- Soit survie dans le cytoplasme : échappement du phagosome après lyse de la membrane de la
vacuole avec libération de la bactérie dans le cytoplasme. Mobilité intra-cytoplasmique par
polymérisation de l’actine à un pôle de la bactérie et propulsion de la bactérie à travers la cellule vers

Cours de Microbiologie générale page 70


cellule adjacente sans passage extérieur (Listeria, Shigella, Rickettsia). Multiplication bactérienne
intra cytoplasmique.
- Echappement aux défenses de l’hôte : multiplication intracellulaire permet à la bactérie de rester à
l’abri des défenses immunitaires de l’hôte avec induction d’une immunité de type cellulaire dirigée
contre les cellules infectées.
II.5 Conclusion
De l’étude du cycle infectieux des bactéries (facteurs de pathogénicité, interactions avec l’hôte)
dépendent plusieurs enjeux importants de la médecine tels que :
- développement de nouveaux vaccins ;
- identification de nouvelles cibles thérapeutiques pour la mise au point de nouveaux anti-infectieux.

III. Physiopathologie de l’infection

III.1. Différents modes de transmission


La source de l’infection est liée au statut de bactérie pathogène ou opportuniste et à l’écologie de la
bactérie : notion de réservoir de bactéries (homme, animaux, environnement). Notion de maladie
strictement humaine (ex : infection à méningocoque ou pneumocoque, coqueluche),
d’anthropozoonose (maladie animale et plus rarement humaine) (ex : brucellose, peste).
Transmission directe : contamination par contact avec le réservoir (contact direct avec individu ou
animal infecté).
Transmission indirecte : contamination par l’intermédiaire d’objet infecté, aliment contaminé, eau,…
Notion de survie possible de la bactérie dans l’environnement pendant un certain délai.
Transmission horizontale (contamination interhumaine) différent de verticale (in utero).

III.2. Différentes voies de contamination


Pour chaque voie possible de contamination ou porte d’entrée de la bactérie, l’organisme possède
des défenses qui limitent l’implantation bactérienne et peuvent éventuellement éviter l’infection.
Voie digestive : ingestion d’eau ou aliments souillés (ex : choléra, typhoïde).
Voie respiratoire : inhalation d’aérosols contaminés (ex : légionellose, coqueluche).
Voie cutanée : inoculation par contact (plaie souillée) (ex : tétanos, surinfections de plaie).
Voie transcutanée : inoculation iatrogène (injection, cathéter) ou par piqûre d’insecte vecteur de
bactéries (ex : peste).
Voie sexuelle : maladies sexuellement transmissibles (ex : syphilis, urétrite gonococcique ou à
Chlamydia trachomatis).

III.3. Eléments de physiopathologie


La première étape du processus infectieux correspond à l’implantation des bactéries sur le
revêtement cutanéo-muqueux : c’est l’étape de colonisation. Elle est dépendante d’un mécanisme
essentiel du pouvoir pathogène des bactéries, l’adhésion bactérienne.

L’adhésion est suivie dans la plupart des cas par une deuxième étape d’ invasion (bactéries
invasives): franchissement de la barrière cutanéo-muqueuse associée au développement d’une
inflammation non spécifique au niveau de la porte d’entrée (secondaire à la multiplication
bactérienne à ce niveau). Cette infection localisée (ex : pneumonie, infection urinaire, infection sur
cathéter,..) peut être suivie par une troisième étape de dissémination à partir de la porte d’entrée,
par voie sanguine (bactériémie) ou lymphatique, aboutissant parfois à des localisations secondaires
au niveau de différents organes, appelées métastases septiques (ex : endocardite, abcès profond,
ostéite, méningite,..).
Parmi ces bactéries invasives, il existe des bactéries à multiplication extracellulaire et des bactéries
à multiplication intracellulaire.

Cours de Microbiologie générale page 71


Le pouvoir pathogène des bactéries repose schématiquement d’une part sur des facteurs de
pathogénicité permettant la multiplication bactérienne, d’autre part sur la sécrétion de toxines
bactériennes qui vont pouvoir agir à distance.

Figure 3 : Physiopathologie de la réaction inflammatoire et du choc septique

Figure 4 : Multiplication intra-macrophagique de Brucella. (Microscopie électronique, 48h


d’infection cellulaire, image Inserm U431)
III.4. Différents modes d’infection
Sur le plan physiopathologique, on décrit trois modes d’infection par les bactéries :

Cours de Microbiologie générale page 72


Fig. 5 : Différents modes d’infection

III.4.1. Toxi-infection simple :


Bactéries à l’extérieur de l’organisme ou en transit dans le tube digestif (Pas de colonisation de
l’hôte). Sécrétion de toxines par la bactérie : la toxine ingérée ou produite dans la lumière intestinale
est seule responsable du pouvoir pathogène. Ex : Toxi-infections alimentaires à Staphylococcus
aureus ou Clostridium botulinum (Botulisme).

III.4.2. Colonisation suivie d’une toxi-infection :


Adhésion de la bactérie et colonisation (multiplication bactérienne) sans pénétration au-delà du
revêtement cutanéo-muqueux. Sécrétion de toxines responsables du pouvoir pathogène.
L’adhésion à des cellules-cibles renforce l’efficacité de l’action des toxines en permettant leur
production in situ. Ex : Clostridium tetani (Tétanos), Corynebacterium diphteriae (Diphtérie).

III.4.3. Colonisation suivie d’une invasion bactérienne:


Adhésion de la bactérie et colonisation de la peau ou d’une muqueuse, puis invasion du tissu sous
épithélial. La plupart des bactéries rencontrées en pathologie infectieuse sont des bactéries
invasives.

AGENTS ANTIMICROBIENS

Cours de Microbiologie générale page 73


L’utilisation d’agents antimicrobiens permet de contrôler le développement des
microorganismes, et plus particulièrement des microorganismes pathogènes et (ou) des
microorganismes responsables des phénomènes de dégradation des produits alimentaires.
Les agents antimicrobiens sont utilisés :
 Dans les bio-industries, pour la conservation des produits alimentaires, des
cosmétiques…
 Pour la désinfection du matériel et des surfaces : laboratoires, agroalimentaire,
pharmaceutique…
 En milieu médical ou pharmaceutique : pour traiter les plaies, lutter contre les
maladies infectieuses…
Les moyens de lutte contre les microorganismes sont très nombreux et peuvent être
schématiquement classés en :
 Agents physiques (température, rayonnements, etc.)
 Agents chimiques (leur activité et leur nocivité s’appliquent aussi bien aux cellules
microbiennes qu’aux cellules humaines ou animales)
 D’autres agents au pouvoir de toxicité sélective; ils s’opposent par exemple à la
multiplication microbienne sans nuire aux cellules de l’hôte (chimio thérapeutique). Cette propriété
permet leur utilisation en thérapeutique.

I. Définitions
Document 1 : définitions liées aux agents antimicrobiens
Opération visant à éliminer de façon durable tous les
microorganismes vivants, d’un objet ou d’un produit

Opération au résultat momentané permettant d’éliminer les


microorganismes portés sur des milieux inertes contaminés
(surfaces, objets…)

Opération au résultat momentané permettant d’éliminer les


microorganismes au moment où l’on effectue l’opération

Qualificatif d’un milieu contenant des microorganismes

Agent capable de détruire les microorganismes (ou d’arrêter leur


action leur action) sur un tissu vivant

Agent capable de détruire les microorganismes (ou d’arrêter leur


action) sur une surface inerte

Ensemble des mesures permettant d’empêcher tout apport


extérieur de microorganismes

Se dit d’un agent antimicrobien qui détruit les bactéries

Se dit d’un agent antimicrobien qui inhibe


momentanément la croissance bactérienne

Se dit d’un agent qui détruit les spores bactériennes

Cours de Microbiologie générale page 74


Se dit d’un agent antimicrobien qui détruit les
champignons (levures, moisissures)

Se dit d’un agent antimicrobien qui détruit les virus

II. Les agents antimicrobiens

Document 2 : traitements thermiques utilisant la chaleur humide


Température/ Destruction
durée des formes
Technologie Applications Destruction Impact sur le produit
couramment végétatives
principales des spores
utilisée

Pasteurisation 63°C/20 min Liquides


basse

Pasteurisation 80°C/2 min Liquides


haute

Stérilisation 140°C/qq sec liquides


UHT

Ebullition 100°C/1 à 2 H Liquides et


solides

Autoclavage 120°C/20 min Liquides et


solides

Cycle 60°C/30 Produits


min + sensibles
Tyndallisation refroidissement
(x2)

Document 3 : mode d’action des agents antimicrobiens


Antimicrobien Microorganisme Mortalité ? Mode d’action
cible

Réfrigération, Tous les Ralentissement du métabolisme →ralentissement de la


congélation organismes croissance

Destruction des protéines par dénaturation thermique :

- Elimine les protéines de structure des


membranes et paroi → apparition de pores et vide du
Chaleur (sèche Tous les contenu cellulaire
ou humide) organismes - Elimine les enzymes (nature protéique) → arrêt
du métabolisme

Cours de Microbiologie générale page 75


Tous les
organismes (si
Filtration taille > aux pores)

Impact sur les acides nucléiques (ADN, ARN) :

- La cellule ne peut plus dupliquer son matériel


génétique (arrêt de la croissance)
Rayonnements Tous - Les anomalies créées empêchent la fabrication
microorganismes de constituants cellulaires normaux (arrêt du
renouvellement des constituants cellulaires)
De nombreux modes d’actions possibles selon le
principe actif :

- Dissolution des membranes, dénaturation des


Désinfectant, Tous protéines → création de pores et vide du contenu
antiseptiques microorganismes cellulaire
- Oxydation de composés cellulaires → arrêt
métabolique
De nombreuses cibles possibles selon l’antibiotique :

Antibiotiques

II.1. les agents physiques


En raison de leur faible spécificité d’action, la plupart des agents physiques antimicrobiens se
montrent efficaces sur l’ensemble des microorganismes. La sensibilité relative des germes sera
fonction de leur structure (espèce), de leur composition et de leur environnement. Le plus souvent,

Cours de Microbiologie générale page 76


ce sont des réactions affectant le génome ou des protéines fonctionnelles ou de structure qui sont à
l’origine des effets microbicides ou plus rarement microbiostatiques observés.

II.1.1. les traitements thermiques


Le froid ralentit la croissance des microorganismes et permet d’augmenter la durée de vie du
produit. Il existe la réfrigération et la congélation.
La conservation au froid n’est pas forcément efficace sur toutes les flores : microorganismes
psychrophiles et psychotropes peuvent encore se développer au froid.
La chaleur permet de tuer les microorganismes ; il existe plusieurs types de procédés thermiques :
 La chaleur sèche (four) : traitement des emballages en verre ou des objets métalliques…
 La chaleur humide (traitement à l’eau chaude ou à la vapeur) : de nombreuses méthodes
utilisent la chaleur humide :
o La pasteurisation : peut être réalisée à température modérée (63°C/20min : basse
pasteurisation) ou à température plus élevée (80°C/2 min : pasteurisation haute). On peut encore
augmenter la température (140°C/quelques secondes) : stérilisation UHT (Ultra Haute Température).
o L’ébullition : l’eau est portée à 100°C dans un récipient non clos.
o L’autoclavage (équivalent industriel de la cocotte minute domestique) : la mise sous
pression permet d’augmenter la température d’ébullition (vers 120°C) permettant de renforcer
l’impact de la chaleur.
o La tyndallisation : permet de détruire les spores bactériennes (qui ne sont pas
éliminer par les traitements à 60, 80 ou 100°C). Elle conserve les produits qui ne peuvent être portés
à cette température car ils seraient totalement dénaturés. Il s’agit d’un traitement thermique
équivalent à des pasteurisations répétitives séparées par des passages à des températures voisines
de 30 à 40°C de l’ordre de 10 à 24 h. Au cours de la pasteurisation, seules les formes végétatives sont
inactivées tandis qu’au cours des incubations à 30-40°C pendant 10 à 24 h successives à la
pasteurisation, la plupart des spores thermorésistantes sont à même de germer en formant des
cellules végétatives qui sont alors inactivées par la pasteurisation suivante.

II.1.2. les radiations


Les rayons solaires ou radiations ultraviolettes sont de précieux agents naturels de stérilisation. On
distingue les radiations électromagnétiques, rayonnements ultra-violet, rayons X, les radiations
soniques, les radiations électroniques.
Les rayons X et γ : utilisés dans l’industrie pour détruire les microorganismes et les spores.
Les rayons UV : détruisent les microorganismes, mais pas les spores. On s’en sert pour stériliser le
matériel ou de petites pièces (ex : chambres froides, laboratoires).
Les ultra-sons tuent les microorganismes en suspension par un effet “mécanique” de vibration. De
telles radiations sont surtout utilisées comme moyen de rupture des structures bactériennes et/ou
d’extraction des composants cellulaires.

II.1.3. Elimination mécanique


Deux procédés mécaniques permettent d’éliminer les microorganismes dans un milieu liquide : la
filtration et la centrifugation.
Il est possible de réaliser des filtrations stérilisantes en utilisant des supports poreux organiques
(dérivés de la cellulose, polyamide, téflon, etc.) ou minéraux (filtres d’amiantes, d’alumine, de
porcelaine, de verre fritté, amiante, etc.) au niveau desquels la taille des “pores” est parfaitement
contrôlée et de dimension inférieure à celle de la plupart des microorganismes à retenir (diamètre
inférieur ou égal à 0,5 μm).
La centrifugation au dessus de 5000 g permet de diminuer la charge microbienne ( bactofugation en
industrie laitière) ce qui rend beaucoup plus efficace la pasteurisation. Pour les laits non stérilisables :
 à 60°C, 95 % des spores sont éliminés par réaction avec des agglutinines associées au globule
gras et se retrouvent donc dans la phase légère ;

Cours de Microbiologie générale page 77


 à 80°C, les agglutinines sont rapidement dénaturées et perdent leur activité en une dizaine
de minutes ; 98 à 99 % des spores sont alors éliminées dans le culot.

II.1.4. Hautes pressions en présence ou non de gaz


La plupart des microorganismes sont sensibles aux hautes pressions. Cela résulte de déstructurations
irréversibles de structures cellulaires. Il faut des pressions voisines de 5000 bar pour espérer, au
cours du cycle pressurisation / dépressurisation, obtenir des contraintes mécaniques de déformation
suffisantes pour casser des structures cellulaires et inactiver ainsi les micro-organismes. A ces
pressions seules des formes végétatives sont sensibles à ce type de traitement.
Les traitements en présence de gaz sous pression se traduisent selon le gaz, les microorganismes et
les pressions, par des effets antimicrobiens plus ou moins marqués.

II.2. Les agents chimiques


Les phénols sont un groupe d’antimicrobiens pour la plupart “odorants” dotés de propriétés
microbicides dont les utilisations à des fins antiseptiques et désinfectantes dans le passé étaient
nombreuses. De nos jours, on les utilise comme désinfectant dans les labos et hôpitaux.
Ils agissent par dénaturation des protéines et altération des membranes cellulaires. Ils restent actifs
longtemps sur les surfaces. Les solutions de phénols clairs sont utilisées à la concentration de 1 à 5 %,
leur stabilité est d’environ une semaine.
Les alcools sont bactéricides et fongicides mais non sporicides. Détruisent certains virus, dénaturent
les protéines et dissolvent les lipides membranaires.
Les halogènes :
L’iode sert comme antiseptique de labo. Il oxyde les constituants cellulaires et iode les protéines
cellulaires. A concentration élevée, peut tuer certaine spore. Il peut endommager la peau et induire
des allergies.
Les iodophores sont des complexes iode + transporteurs organiques (bétadine). Ils sont utilisés dans
les hôpitaux pour une antisepsie pré opératoire de la peau et comme désinfectant à l’hôpital et au
laboratoire. Ils sont non tachant et minimise les irritations de la peau.
Le chlore est un désinfectant pour l’eau de consommation. Il provoque une oxydation des
constituants cellulaires.
Les ammoniums quaternaires :
Les détergents servent d’agents mouillants et d’émulsifiants grâce à leurs extrémités hydrophiles et
hydrophobes. Ce sont des agents de nettoyage efficace.
Les détergents cationiques détériorent les membranes bactériennes et dénaturent les protéines.
Les aldéhydes :
Le formaldéhyde inactive les protéines. Il est sporicide.
Le glutaraldéhyde désinfecte le matériel et équipement hospitalier.
Les gaz stérilisants :
L’oxyde d’éthylène permet de stériliser de nombreux objets thermosensibles (seringues, cathéters). Il
est germicide et sporicide en se fixant sur les protéines cellulaires.

II.3. les agents chimiothérapiques ou biochimiques ou antibiotiques (ATB)


Les agents chimio thérapeutiques tuent les micro-organismes pathogènes en inhibant leur
développement à des concentrations suffisamment faibles pour éviter d’occasionner des dommages
chez l’hôte.
L’agent chimio thérapeutique doit avoir une toxicité sélective. Beaucoup d’ATB sont à spectre étroit,
c'est-à-dire que leur efficacité est limitée à une variété restreinte de micro-organismes. Ils sont
synthétisés par les micro-organismes ou par méthodes chimiques.
Les ATB sont définis par leur :
- activité antibactérienne (spectre d’activité) ;
- toxicité sélective (mode d’action) ;
- activité en milieu organique (pharmacocinétique) ;

Cours de Microbiologie générale page 78


- bonne action et diffusion dans l’organisme.

II.3.1. Modes d’action des ATB (cf. document 3)

Document 4 : principales familles d’antibiotiques

Famille d’antibiotique Exemples commerciaux Indications

Pénicilline Amoxicilline, Bronchites, pneumonies, infections ORL,


Augmentin, Clamoxyl méningites…

Céphalosporines Céfazoline, Orelox, Bronchites, pneumonies, infections ORL,


Fortam méningites…

Aminosides Tobrafen, Garamycin Maladies infectieuses, infections oculaires,


collyre maladies intestinales, plaies infectées…

Macrolides Zithromax, Infections bucco-dentaires, infections ORL,


Clarithromycine, Aknilox infections génitales…

Tétracyclines Doxycicline, Aknin, Acné, infections génitales, infections pulmonaires…


Minac

Quinolones Avalox, Travid, ciproxine Infections urinaires et génitales…

Sulfamides Bactrim, Nopil, ATB de seconde intention pour les infections uro-
salazopyrin génitales persistantes…

II.3.1.1. Inhibition de la synthèse de la paroi


Les pénicillines inhibent l’enzyme catalysant la réaction de transpeptidation, ce qui bloque la
synthèse du peptidoglycane et conduit à une lyse osmotique.

II.3.1.2. Antibiotiques actifs sur les membranes


En général, ils agissent en désorganisant la membrane plasmique.
Les polymyxines, actives sur les bactéries à Gram négatif, agissent tout d’abord sur la membrane
externe entraînant des modifications morphologiques comme la formation de vésicules puis, la
membrane cytoplasmique est atteinte ce qui provoque la fuite de substances intracellulaires et la
mort des bactéries.
En raison de la similitude entre les membranes des cellules bactériennes et des cellules eucaryotes,
les antibiotiques actifs sur la membrane sont toxiques et seul un nombre restreint de molécules a
trouvé une utilisation thérapeutique.

II.3.1.3. Antibiotiques inhibiteurs de la synthèse des protéines


La traduction des ARNm en protéines s’effectue au niveau des ribosomes et peut se décomposer en
trois phases : initiation, élongation, terminaison.
Les tétracyclines (4 cycles sur lesquels sont fixées des chaines latérales), inhibent la synthèse
protéique en se fixant sur la sous unité 30S du ribosome et empêchent la fixation des aminoacides
ARNt.
Les aminoglycosides : la steptomicine, la canamicine, la néomicine sont synthétisées par
Streptomycès. Elles   se fixent sur la petite sous unité ribosomale et interfère avec la synthèse
protéique. Elles provoquent des erreurs de lecture de l’ARNm.

Cours de Microbiologie générale page 79


Les macrolides se fixent sur l’ARN ribosomal pour inhiber l’élongation de la chaine peptidique en
croissance.
Le chloramphénicol inhibe la peptidyltransférase en se fixant sur l’ARN ribosomal.

II.3.1.4. Antibiotiques actifs sur l’ADN


La réplication ou la transcription de l’ADN constituent une cible d’action pour des antibiotiques dont
certains, comme les quinolones, sont largement utilisés en clinique.
Les ATB peuvent inhiber soit l’ADN polymérase, soit l’ADN gyrase, soit la synthèse de l’acide folique.
Les sulfamides entrent en compétition avec l’acide para-amino-benzoïque (PAB) qui participe dans la
synthèse de l’acide folique. Ils se fixent sur le site actif de l’enzyme et font baisser la concentration en
acide folique essentiel à la synthèse des purines et pyrimidines (base de l’ADN et ARN). Il s’en suit un
arrêt de la croissance ou la mort de la bactérie.
L’homme ne synthétise pas l’acide folique donc les sulfamides n’ont pas d’effets sur lui.
Les quinolones inhibent l’ADN gyrase bactérienne qui facilite la séparation des chaines. Elles
perturbent la réplication, la transcription et la réparation de l’ADN.

II.3.1.5.   Antibiotiques agissant par inhibition compétitive


L’acide tétrahydrofolique intervient dans de nombreuses voies métaboliques et notamment dans la
synthèse des purines et des pyrimidines. Chez les bactéries, sa synthèse se fait en trois étapes dont la
première nécessite de l’acide para-amino-benzoïque ou PAB. La synthèse de l’acide
tétrahydrofolique est inhibée par les sulfamides, le triméthoprime et l’acide para-amino-salicylique.

II.3.2. Résistances aux antis bactériens


Le mécanisme de résistance aux ATB est basé sur les propriétés physico chimiques de la molécule.
Ainsi on distingue trois mécanismes de résistance :
-si l’ATB doit pénétrer, la bactérie peut empêcher la pénétration de l’ATB par la modification
des protéines liant l’ATB.
- si la molécule doit être détruite ou modifiée, la bactérie peut synthétiser des enzymes qui
inactivent l’ATB par modification chimiques : hydrolyse du noyau Béta lactame (pénicilline), ou
addition de groupe chimique (phosphorylation ou acétylation des aminoglycosides et
chloramphénicol).
- Utilisation d’une voie alternative pour éviter la séquence inhibée : utilisation de l’acide
folique pré formée dans l’environnement pour contrecarrer les sulfamides.
La transmission de la résistance se fait grâce aux plasmides R qui codent pour des enzymes de
destruction ou modification des ATB.
Document 5 : Mécanismes de résistance

Antibiotiques Imperméabilité - efflux Enzymes Modification ou


d’inactivation altération de la cible
Mutation porines Beta-lactamases PLPs mutées, recombinées
Beta-Lactamines Efflux Pénicillinases ou
Mutation LPS (rare) céphalosporinases, supplémentaires (PLP2a
carbapénémases SARM)
Défaut de transport Acetyltranférases Méthylation ARN 16 S (rare)
Aminosides Efflux Phosphotransférases
Nucleotidyl transférases
Mutations ADN gyrase,
Quinolones Efflux Acétylase (rare) topoisomérase IV
Porines Cible protégée (qnr)
Gram (-): naturelle
Glycopeptides peptidoglycane remanié _ Acquisition gènes van
surproduit (S. aureus)

Cours de Microbiologie générale page 80


Macrolides Estérase ou Acquisition
Lincosamides Gram (-): naturelle phosphotransférases (rare) méthylase de l’ARN 23S ou
Streptogramines Efflux (cocci G+) mutation ARN 23S

oxazilidones Gram (-): naturelle _ Mutation ARN 23S (rare)

Déficit transport (systèmes Glutathion-S- transférase


Fosfomycine GlpT ou UlpT) (rare)

ADP-ribosyl transférase Mutation ARN-polymérase


Rifampicine Gram (-) : naturelle (rare)

Acide fusidique Gram (-): naturelle Mutation EF-6

Tétracyclines Mutation porines TetX (Bactéroides) Protection de la cible


Efflux

Chloramphénicol Efflux Chloramphénicol acétyl


transférase

Mutation DHPS
Sulfamides _ _ DHPS additionnelle faible
affinité
Mutation DHFR
Triméthoprime _ _ DHFR additionnelle faible
affinité
Surproduction DHFR
Imperméabilité
Polymyxines membranaire (LPS) (rare)

Métronidazole Défaut d’activation Nim (Bacteroides)

II.3.3. Détermination de l’efficacité des antibiotiques


Les techniques d’évaluation de l’activité des ATB peuvent être mises en œuvre au laboratoire. Elles
reposent sur les mesures de la CMI (Concentrations Minimales Inhibitrices) et de la CMB
(concentration minimale bactéricide) qui correspond à la plus petite concentration de l’antibiotique
laissant 0,01% au plus de survivants de l’inoculum initial après 18 h de culture à 37°C.
L'antibiogramme a pour but de déterminer les CMI d'une souche bactérienne vis-à-vis des divers
antibiotiques. Par définition la CMI est la plus faible concentration d'antibiotique capable de
provoquer une inhibition complète de la croissance d'une bactérie donnée, appréciable à l'œil nu,
après une période d'incubation donnée. La détermination de cette valeur est peu précise mais elle
est consacrée par l'usage et elle bénéficie d'une masse importante d'informations recueillies à son
sujet.
II.3.3.1. Méthodes de dilution
Les méthodes de dilution sont effectuées en milieu liquide ou en milieu solide. Elles consistent à
mettre un inoculum bactérien standardisé au contact de concentrations croissantes d'antibiotiques
selon une progression géométrique de raison 2.

Cours de Microbiologie générale page 81


En milieu liquide, l'inoculum bactérien est distribué dans une série de tubes (méthode de macro
dilution) ou de cupules (méthode de micro dilution) contenant l'antibiotique. Après incubation, la
CMI est indiquée par le tube ou la cupule qui contient la plus faible concentration d'antibiotique et
où aucune croissance n'est visible.

Document 6a : Détermination de la CMI par dilution en milieu liquide.

En milieu solide, l'antibiotique est incorporé dans un milieu gélosé coulé en boîtes de Pétri. La
surface de la gélose est ensemencée avec un inoculum des souches à étudier (un inoculateur à têtes
multiples, appareil de Steers, permet d'ensemencer de 20 à 30 souches différentes par boîte). Après
incubation, la CMI de chaque souche est déterminée par l'inhibition de la croissance sur le milieu
contenant la plus faible concentration d'antibiotique.

Document 6b : Détermination de la CMI par dilution en milieu gélosé

 II.3.3.2. Méthodes de diffusion : antibiogramme standard


Après étalement de la souche bactérienne à tester sur gélose Mueller Hinton, on dépose différents
disques comportant des antibiotiques pré-imprégnés. Les antibiotiques diffusent dans la gélose de
façon à former un gradient de concentration (la concentration décroit plus on s’éloigne du disque).
On obtiendra une zone d’inhibition de la croissance bactérienne autour du disque de cet
antibiotique.

La lecture est fonction de l’existence ou non de zones d’inhibition. Cette lecture est essentiellement
qualitative.

Cours de Microbiologie générale page 82


Document 7a : Résultat de l’antibiogramme

Trois réponses sont possibles :


- souche sensible : le diamètre de la zone d’inhibition est égal ou supérieur 15 mm (sauf pour
polymyxine et colimycine 10 mm). La CMI est inférieure à la concentration critique inférieure.
- souche limite : le diamètre de la zone d’inhibition est inférieur à 10 mm. La CMI est
comprise entre les deux concentrations critiques, la souche est dite de sensibilité intermédiaire.
- souche résistante : pas de zone d’inhibition. La CMI est supérieure à la concentration
critique supérieure.
Si la souche est sensible à un ATB donné, il sera utilisable dans le cadre d’un traitement. Lors d’un
traitement, le médecin impose une posologie car l’ATB peut devenir toxique au-delà d’une certaine
concentration. La concentration sanguine en ATB chez un patient lorsqu’il reçoit un traitement ATB
standard avec une posologie de routine (CCI : concentration critique inférieure : c) ou bien avec une
posologie renforcée (CCS : concentration critique supérieure : C). Il n’est pas possible d’augmenter la
posologie au-delà de la CCS car il y a un risque de toxicité pour le patient.

Document 7b : Catégories de souches


Catégories CMI (mg/L) Diamètre (mm)

Sensible (S) CMI ≤ c Diamètre ≤ D

Résistant (R) CMI > C Diamètre < d

Intermédiaire (I) c < CMI ≤ C d ≤ Diamètre < D

Document 7c : Catégories de souches

Cours de Microbiologie générale page 83


II.3.4. Etude de l’association d’antibiotiques
L’association d’antibiotiques (2 en général) peut produire une synergie des effets bactériostatiques
ou bactéricides, ou l’addition des effets des 2 antibiotiques pris séparément, ou au contraire un
antagonisme (les 2 antibiotiques voient leurs effets annulés du fait de leur association). Pour étudier
ces effets, on utilise des bandes papier buvard imprégnées d’antibiotiques dont on veut étudier les
effets d’association, disposées perpendiculairement dans une boîte de Pétri. Les antibiotiques
diffusent à partir de chaque bande dans la gélose. Dans les zones de contact de 2 bandes, les deux
antibiotiques sont présents et la forme de la zone d’inhibition permet la lecture de l’effet associatif.
D'une manière générale, l'antibiogramme ne permet pas la mise en évidence des interactions
éventuelles entre deux agents antimicrobiens et l'étude des synergies ou antagonismes nécessite des
tests complémentaires. En l'absence de tests complémentaires, le respect des lois de Jawetz et
Gunisson peut permettre d'éviter les erreurs les plus grossières.
Lois de Jawetz et Gunisson :
1 - L'association de deux antibiotiques bactéricides peut produire un effet synergique.
2 - L'association de deux antibiotiques bactériostatiques donne généralement un effet additif.
3 - L'association d'un antibiotique bactéricide et d'un antibiotique bactériostatique peut donner un
effet antagoniste.
Il existe toutefois deux cas particuliers où l'antibiogramme est apte à donner des indications sur les
associations :
 La résistance aux macrolides, lincosamides et streptogramines (résistance MLS), par synthèse
d'une méthylase inductible, peut être détectée en plaçant un disque d'érythromycine en regard d'un
disque de lincomycine. L'érythromycine déclenche la synthèse de la méthylase inductible et une
image d'antagonisme est visible en face du disque de lincomycine.
 Un disque unique est utilisé pour les associations bêta-lactamine-inhibiteurs des bêta-
lactamases ou pour les associations triméthoprime-sulfamides.

II.3.5. Réalisation d'un antibiogramme


Un antibiogramme est une technique de laboratoire visant à tester la sensibilité d'une souche
bactérienne vis-à-vis d'un ou plusieurs antibiotiques supposés ou connus.
Le principe consiste à placer la culture de bactéries en présence du ou des antibiotiques et à observer
les conséquences sur le développement et la survie de celle-ci. On peut par exemple placer plusieurs
pastilles imbibées d'antibiotiques sur une souche bactérienne déposée dans une boite de Pétri. Il
existe trois types d'interprétation selon le diamètre du cercle qui entoure le disque d'antibiotique :
souche ou bactérie sensible, intermédiaire ou résistante.

II.3.5.1. Matériel
 une gélose Mueller-Hinton en boîte de Pétri
 disques d'antibiotique, ou un distributeur permettant la dépose standardisée des disques sur
la gélose.
 une souche pure de la bactérie à étudier
 un râteau ou un écouvillon
 une pipette de 1 mL

Cours de Microbiologie générale page 84


 tube à hémolyse
 pipette pasteur
 étalon de Mac Farland no 0.5 (1.5.10⁸ UFC/mL)
 Eau physiologique stérile...

II.3.5.2. Choix des milieux de culture


 Mueller-Hinton (MH) pour les Entérobactéries et les staphylocoques
 Gélose au Sang Ordinaire (GSO) pour les Streptocoques
 Gélose au sang cuit (GSC) pour Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Nesseria
gonorrhoeae et Streptococcus pneumoniae.

II.3.5.3. Préparation des milieux de culture


 Prendre la gélose de Mueller-Hinton, vérifier l'absence d'eau à la surface ; s'il y en a, laisser
sécher;
 Régénérer le milieu à la température du laboratoire pendant environ 30 mn ;
 Annoter où seront positionnés les disques d'antibiotiques sur le fond de la boîte (Il faut les
éloigner de 1,5 cm du bord minimum); [conseil : diviser la boîte autant de fois (maximum 5 pour une
boîte de 10 cm, ou 12 pour une boîte de 15 cm) que vous avez d'antibiotiques, ou utiliser un patron];

II.3.5.4. Préparation de l’inoculum


Il y a deux solutions possibles:
Soit vous disposez d'un bouillon de culture vieux de 24 h (phase stationnaire) vous pouvez l'utiliser
de la manière suivante:
 Pour les gram-positif, effectuer une dilution au 1/500;
 Pour les gram-négatif, effectuer une dilution au 1/5000.
Soit vous disposez de colonies pures sur un milieu de culture, dans ce cas :
 Mettre stérilement de l'eau physiologique dans un tube à hémolyse;
 Prélever les colonies pures et les mettre en suspension jusqu'à obtenir la même opacité que
l'étalon Mac Farland 0.5;
 Si la suspension est trop trouble, ajuster l'opacité en ajoutant de l'eau physiologique ;
 Pour les entérobactéries et Campylobacter spp, faire une dilution au 1/100 ème (106 UFC/mL),
ce qui correspond à 10µL de l’inoculum dans 10 mL d’eau physiologique ;
 Pour les Staphylocoques et les Streptocoques, faire une dilution au 1/10 ème (107 UFC/mL),
correspondant à 20µL de l’inoculum dans 10 mL d’eau physiologique ;
 Pour Neisseria meningitidis et gonorrhoeae et Helicobacter pylori, l’écouvillonnage est
réalisé avec l’inoculum de départ.

II.3.5.5. Ensemencement
 Ensemencer la gélose par 1 mL de suspension;
 Etaler le volume avec le râteau du centre vers les bords;
 Ou tremper l'écouvillon dans la suspension, enlever l'excès d'inoculum par pression sur les
bords du tube, écouvillonner régulièrement la gélose en tournant la plaque de 60 ° jusqu'à
ensemencement de la totalité de la surface;
 Laisser sécher de 3 à 5 minutes à la température du laboratoire, le couvercle, étant fermé;

II.3.5.6. Distribution des disques d’ATB

Cours de Microbiologie générale page 85


 Technique
 Déposer les disques d'antibiotiques choisis à l’aide du distributeur ou de pinces stériles ;
 Une distance minimale de 15 mm doit séparer un disque périphérique du bord de la boite et
deux disques doivent être éloignés au minimum de 30 mm ;
 Les disques doivent être parfaitement appliqués à plat sans glissement en appuyant
légèrement sur la surface e la gélose ;
 Garder les boites pendant 30 mn à la température ambiante pour une pré-diffusion des
antibiotiques ;
 Incuber à l’étuve à 37°C pendant 18 à 24 h. Ne pas empiler plus de deux boites les unes sur
les autres dans l’étuve.
 Choix et disposition des ATB

Document 8 : Schéma d’applications des disques d’antibiotiques dans le cas de boîtes de Pétri de
90 mm de diamètre

Document 9a : Choix des disques d’ATB

ENTEROBACTERIES STAPHYLOCOQUES STREPTOCOQUES PSEUDOMONAS

ATB Sigle ATB Sigle ATB Sigle ATB Sigle

Amoxiciline AMX Pénicilline P Pénicilline P Ticarcilline TIC

Céfoxitine FOX Kanamycine K Tétracycline TE Aztreonam ATM

Gentamicine GM Erythromycine E Streptomycine S 500 Gentamicine GM

Trimethoprine SXT Oxacilline (30° ou OX 5 Rifampicine RA Petloxacine PEF


milieu hyper salé)
Sulfametoxazole

Ticarcilline TIC Rifampicine RA Amoxiciline AMX Ticarcilline + Ac. TIM


Clavulanique

Cefotaxime CTX Tobramycine NN Erythromycine E Cefotaxime CTX

Cours de Microbiologie générale page 86


Tobramycine NN Lincomycine L Kanamycine K Tobramycine NN

A. Nalidixique NA Ac. fusidique FA Vancomycine VA Ciprofloxacine CIP

Cefalotine CF Amoxicilline + Ac. AMC Fosfomycine FFL Piperacilline PIP


Clavulanique

Augmentin AMC Gentamycine GM Oxacilline 1 OX 1 Imipeneme IPM

Netilmicine NET Pristinamycine PR Oxacilline 5 OX 5 Metilmicine NET

Petloxacine PEF Trimethoprime SXT Lincomycine L Fosfomycine FFL


Sulfamethoxazole

Imipenem IPM Vancomycine VA Gentamicine GM 500 Ceflazidime CAZ

Cefoperazone CFP Pefloxaxacine PEF Teicoplamine TEC Cefsulodine CFS

Amikacine AN Tétracycline TE Cephaloxine CF Amikacine AN

Tetracycline TE Pristinamycine PR

Minocycline MI chloramphenicol C Trimethoprime SXT


Sulfamethoxazole
Colistine CL Trimethoprine SXT

Sulfametoxazole

II.3.5.7. Lecture et interprétation

Tapis bactérien de colonies


juste confluentes

Gélose Mueller-Hinton de 4
mm d’épaisseur

Document 9b : Schéma en coupe d’une gélose Mueller-Hinton utilisée pour un antibiogramme
standard
L’antibiotique diffuse en profondeur puis latéralement à partir du disque pré-imprégné d’une masse
connue d’antibiotique (appelée charge du disque) en créant un gradient de concentration
standardisé.
Il existe pour chaque antibiotique une relation linéaire entre le logarithme de la concentration en
antibiotique et le diamètre du cercle concentrique au disque d’antibiotique appelée droite de
concordance.
On peut placer sur cette droite de concordance les concentrations critiques en antibiotique et en
déduire les diamètres de diffusion correspondants (Document 9c).

Cours de Microbiologie générale page 87


Document 9c : Droite de concordance entre logarithme de la concentration en antibiotique et
diamètre de diffusion de l’antibiotique
Plus on s’éloigne du disque d’antibiotique plus la concentration en antibiotique diminue. La CCinf
est plus petite que la CCsup donc D(CCinf) est plus grand que d(CCsup).

 Mesurer en millimètre le diamètre d’inhibition de chaque disque d’ATB à l’aide d’une règle
ou d’un pied à coulisse ;
 Ces mesures doivent être effectuées sur la face inférieure de le boite, sans ouvrir le
couvercle ;
 Comparer les diamètres obtenus aux diamètres critiques de l’abaque et interpréter le
résultat en sensible, intermédiaire ou résistant. Les abaques de lecture se présentent sous forme de
bandes présentant deux données qui délimite les zones SENSIBLE, INTERMEDIAIRE et RESISTANTE.
Un report du diamètre mesuré sur la boîte permet de conclure rapidement ;
 Lecture interprétative est importante et permet de déterminer les phénotypes obtenus et les
mécanismes de résistance des germes aux ATB.

Document 10 : Abaque de lecture :


Exemple : 3 souches bactériennes sont
testées vis à vis de l’ampicilline. On mesure
les diamètres d’inhibition suivants : souche
A = 8mm, souche B = 25mm et souche C =
15mm. La souche A est donc RESISTANTE
(R), la souche B SENSIBLE (S) et la souche C
est déclarée INTERMEDIAIRE (I).

II.3.5.8. Rédaction des résultats


Le compte-rendu des résultats d’un antibiogramme standard sera réalisé en reportant les diamètres
d’inhibition mesurés pour chaque antibiotique et les diamètres critiques dans un tableau. Une
colonne permettra d’interpréter la résistance ou la sensibilité de la souche pour chaque antibiotique.

Document 11 : Exemple de tableau de rendu des résultats d’un antibiogramme standard

∅ mesuré d(CCsup) D(CCinf) Interprétation

Cours de Microbiologie générale page 88


Antibiotique Sigle (mm) (mm) (mm) S, I ou R

Acide fusidique FA 26 15 22 S

Amoxicilline AMX 16 14 21 I

Gentamicine GM 12 16 18 R

Cours de Microbiologie générale page 89

Vous aimerez peut-être aussi