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Organisé par le
Comité étudiant du Centre de recherche en infectiologie (CÉCRI)
Le mercredi 26 janvier 2011
12h30 à 13h30
Local D3128, Centre hospitalier de l'Université Laval (CHUL)
Durée: 25 minutes
Présentateur: Sébastien Boisvert
Article:
Bacterial charity work leads to populationwide resistance
Nature, 2 septembre 2010
http://dx.doi.org/doi:10.1038/nature09354
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Présentation du présentateur
D.E.C. en techniques de laboratoire, voie biotechnologies, Cégep de
LévisLauzon, sept. 2002avril 2005
B.Sc. en biotechnologies, concentration en bioinformatique, coopératif,
U. de Sherbrooke, sept. 2005août 2008
M.Sc. en physiologieendocrinologie, dirigé par Prof. Jacques Corbeil et
codirigé par Prof. Mario Marchand (informatique), U. Laval, sept.
2008décembre 2009 (passage accéléré au doc.), Bourse de maîtrise
des IRSC, 1 année
Doctorat en physiologieendocrinologie, dirigé par Prof. Jacques Corbeil
et codirigé par Prof. François Laviolette (informatique), U. Laval, jan.
2010août 2013, Bourse de doctorat des IRSC, 3 années
Sujet de doc.: assemblage parallèle de génomes avec l'interface
de passage de messages
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Journal dans lequel l'article choisi est paru
Nature est publié par le Nature Publishing Group à chaque semaine.
La publication existe depuis 1869.
Le travail journalistique de Nature a propulsé la génétique de
A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid
Nature, 25 avril 1953
http://www.nature.com/nature/dna50/archive.html
À des travaux complexes comme
Bacterial charity work leads to populationwide resistance
Nature, 2 septembre 2010
http://dx.doi.org/doi:10.1038/nature09354
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Auteurs de l'article
Henry H. Lee
biomedical engineering Ph.D. candidate at Boston University
Michael N. Molla
postdoc, Boston University
Ph.D. in Computer Sciences with Genetics Minor
Charles R. Cantor
Chief Scientific Officer and Director, Sequenom, Inc.
Séparation et cartographie physique de chromosomes humains
James J. Collins
Professeur à Boston University, Développement de techniques de dynamique non
linéaire pour étudier les fonctions biologiques.
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Conséquences des résistances
“Last February he went to a St. Louis hospital for what was to be a routine hip
replacement. By late March, Mr. Armbruster, then 78, was dead. After a series
of postsurgical complications, the final blow was a bloodstream infection that
sent him into shock and resisted treatment with antibiotics.”
Rising Threat of Infections Unfazed by Antibiotics
The New York Times, February 26, 2010
“MRSA is a potentially lethal bug which is difficult to
combat because it has developed resistance to some
antibiotics.”
“contrer un phénomène de
MRSA 'spread by patients moving between hospitals' résistance qui ne cesse de
BBC News, 12 January 2010 croître”
Stop aux antibiotiques
Le Devoir, 8 octobre 2002
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Article choisi
Bacterial charity work leads to populationwide resistance
Nature, 2 septembre 2010
http://dx.doi.org/doi:10.1038/nature09354
Financé par:
NIH National Institutes of Health
NSF National Science Foundation
HMMI Howard Hughes Medical Institute
But:
Étudier la dynamique d'un système qui permet l'apparition
d'une résistance
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Escherichia coli K12 MG1655
E. coli est une bactérie présente dans le système digestif
forme de bâtonnet
Gram
la souche E. coli K12 MG1655 est la plus étudiée
les systèmes biologiques sont les plus étudiés
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Longueur du génome, nombre de génes
4 639 221 paires de
bases
4288 gènes codant pour
des protéines
Figure 1, Science 277, 14531462 (5 September 1997) doi:10.1126/science.277.5331.1453 8
© 1997 American Association for the Advancement of Science
Pompes membranaires pour la résistance
des pompes peuvent faire
sortir les molécules
dangeureuses pour la
cellule
Box 1, Nature Reviews Cancer 10, 147156 (February 2010) doi:10.1038/nrc2789 9
© 2011 Nature Publishing Group
norfloxacin
inhibe l'ADN gyrase – une enzyme qui
permet l'introduction de supertours
négatifs dans l'ADN.
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http://www.drugbank.ca/drugs/DB01059
Terminologie
MIC minimum inhibitory concentration
“MIC is defined as the drug concentration inhibiting no more
than 60% of unstressed cell growth.”
concentration minimum inhibitrice
LSI less resistant isolates
isolats moins résistants, ont un MIC petit
HLI highresistant isolates
isolats très résistants, ont un MIC grand
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Quand une population résiste
Population de E. coli avec une MIC élevée pour la norfloxacin
Cette population contient
peu de HRI
et
beaucoup de LRI
12
Hypothèse de recherche
“
We speculated that the few HRIs were
generating a benefit for the numerous LRIs,
thus allowing weaker isolates to endure
more antibiotic stress than they could in
isolation.
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Club de lecture Bacterial charity work leads to populationwide resistance Nature 467, 82–85 doi:10.1038/nature09354
Fig. 1: la résistance dans la population
la MIC des isolats est en
général inférieure à la
MIC de la population
la résistance à des
concentrations de plus en
plus grande apparait au
fils des jours
Figure 1, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354 14
© 2010 Nature Publishing Group
L'indole
produit par les cellules nonstressée en croissance active
active l'expression de gènes codant pour des transporteurs
en mesurant l'expression des gènes avec des biopuces
Affymetrix GeneChip E. coli Antisense Genome Array,
les auteurs ont montré que la présence d'indole augmente
l'expression de mdtE – une pompe qui fait sortir plusieurs
drogues de la cellule
par contre, ce fait était déjà connu
Hirakawa, H., Inazumi, Y., Masaki, T., Hirata, T., Yamaguchi, A.
Indole induces the expression of multidrug exporter genes in Escherichia coli.
Mol. Microbiol. (2005) Volume 55, Issue 4, pages 1113–1126, February 2005
doi:10.1111/j.1365-2958.2004.04449.x 15
Spectrométrie de masse
Conflit d'intérêt nondéclaré à Nature:
Charles R. Cantor est présidentdirecteurgénéral et chef de la direction chez Sequenom
La spectrométrie de masse permet d'identifier des molécules dont
on connait déjà la signature
Les auteurs ont utilisé le Boston University Proteomics Core
Facility pour identifier des protéines d'intérêt
Le système Sequenom iPLEX permet de faire du génotypage et
de mesurer la fréquence allélique pour des marqueurs génétiques
sélectionnés
Ce système est un spectromètre de masse
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Fig. 2: le mécanisme du meilleur HRI
a le plus résistant des HRI est
c10,12 – colonie numéro 12, jour 10
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Figure 2, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354
© 2010 Nature Publishing Group
Séquençage parallèle à haut débit
a
Figure 1, Nature Biotechnology 26, 1135 1145 (9 October 2008) doi:10.1038/nbt1486 18
© 2008 Nature Publishing Group
Illumina, Inc.
Jay Flatley est le CEO d'Illumina depuis octobre 1999
2006: Illumina achète Solexa (séquençage parallèle produisant des courtes lectures)
pour $600M en stock option
Produits commerciaux:
séquenceurs d'ADN: Genome Analyzer IIx, HiSeq 1000 & 2000, MiSeq
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Figure 3, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354
© 2010 Nature Publishing Group
Fig. 4: la diversité génétique s'adapte
Figure 4, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354 21
© 2010 Nature Publishing Group
Fig. sup. 1: et avec la gentamicin ?
A pour la gentamicin, la MIC
des isolats est en général
inférieure à la MIC de la
population
b pour la gentamicin, la
résistance à des
concentrations de plus en plus
grande apparait au fils des
jours
c C7,11 (HRI) produit de
l'indole, mais pas C7,2 (LRI)
d C7,11 (HRI) aide C7,2 (LRI)
à croître
Supplementary Figure 1, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354 22
© 2010 Nature Publishing Group
Conclusions des auteurs
“under antibiotic stress, a few spontaneous drugresistant mutants will
endure a fitness cost to produce and share among the population the
metabolite indole, thus shielding the less resistant isolates from antibiotic
insult.”
Les HRI protègent les LRI. Cependant,
les HRI doivent probablement
fabriquer et/ou obtenir plus de
tryptophane puisque cet acide aminé
est brisé pour former l'indole chez les
HRI.
“These few drugresistant mutants, by enhancing the survival capacity of the
overall population in stressful environments, may also help to preserve the
potential for the population to return to its genetic origins should the stress prove
transient.”
Les LRI n'ont pas à porter le fardeau métabolique
associé à la production d'indole, lequel est présent
chez les HRI. Cette propriété facilite la restoration
des origines génétiques de la population. 23