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Club de lecture

Organisé par le
Comité étudiant du Centre de recherche en infectiologie (CÉCRI)

Le mercredi 26 janvier 2011
12h30 à 13h30
Local D­3128, Centre hospitalier de l'Université Laval (CHUL)
Durée: 25 minutes

Présentateur: Sébastien Boisvert

Article: 

Bacterial charity work leads to population­wide resistance
Nature, 2 septembre 2010
http://dx.doi.org/doi:10.1038/nature09354
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Présentation du présentateur
D.E.C. en techniques de laboratoire, voie biotechnologies, Cégep de 
Lévis­Lauzon, sept. 2002­­avril 2005

B.Sc. en biotechnologies, concentration en bioinformatique, coopératif, 
U. de Sherbrooke, sept. 2005­­août 2008

M.Sc. en physiologie­endocrinologie, dirigé par Prof. Jacques Corbeil et 
codirigé par Prof. Mario Marchand (informatique), U. Laval, sept. 
2008­­décembre 2009 (passage accéléré au doc.), Bourse de maîtrise 
des IRSC, 1 année

Doctorat en physiologie­endocrinologie, dirigé par Prof. Jacques Corbeil 
et codirigé par Prof. François Laviolette (informatique), U. Laval, jan. 
2010­­août 2013, Bourse de doctorat des IRSC, 3 années

Sujet de doc.:  assemblage parallèle de génomes avec l'interface 
de passage de messages

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Journal dans lequel l'article choisi est paru
Nature est publié par le Nature Publishing Group à chaque semaine.

La publication existe depuis 1869.

Le travail journalistique de Nature a propulsé la génétique de 

A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid
Nature, 25 avril 1953
http://www.nature.com/nature/dna50/archive.html

À des travaux complexes comme

Bacterial charity work leads to population­wide resistance
Nature, 2 septembre 2010
http://dx.doi.org/doi:10.1038/nature09354

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Auteurs de l'article

Henry H. Lee 
biomedical engineering Ph.D. candidate at Boston University

Michael N. Molla 
post­doc, Boston University
Ph.D. in Computer Sciences with Genetics Minor

Charles R. Cantor 
Chief Scientific Officer and Director, Sequenom, Inc.
Séparation et cartographie physique de chromosomes humains

James J. Collins 
Professeur à Boston University, Développement de techniques de dynamique non­
linéaire pour étudier les fonctions biologiques.
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Conséquences des résistances
“Last February he went to a St. Louis hospital for what was to be a routine hip 
replacement. By late March, Mr. Armbruster, then 78, was dead. After a series 
of postsurgical complications, the final blow was a bloodstream infection that 
sent him into shock and resisted treatment with antibiotics.”

Rising Threat of Infections Unfazed by Antibiotics 
The New York Times, February 26, 2010 

“MRSA is a potentially lethal bug which is difficult to 
combat because it has developed resistance to some 
antibiotics.” 

“contrer un phénomène de 
MRSA 'spread by patients moving between hospitals' résistance qui ne cesse de 
BBC News, 12 January 2010 croître”

Stop aux antibiotiques
Le Devoir, 8 octobre 2002

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Article choisi

Bacterial charity work leads to population­wide resistance
Nature, 2 septembre 2010
http://dx.doi.org/doi:10.1038/nature09354

Financé par:

NIH National Institutes of Health
NSF National Science Foundation
HMMI Howard Hughes Medical Institute

But:

Étudier la dynamique d'un système qui permet l'apparition 
d'une résistance

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Escherichia coli K12 MG1655

E. coli est une bactérie présente dans le système digestif

forme de bâtonnet 

Gram ­

la souche E. coli K­12 MG1655 est la plus étudiée

les systèmes biologiques sont les plus étudiés

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Longueur du génome, nombre de génes

4 639 221 paires de 
bases

4288 gènes codant pour 
des protéines

Figure 1, Science 277, 1453­1462 (5 September 1997) doi:10.1126/science.277.5331.1453  8
© 1997 American Association for the Advancement of Science
Pompes membranaires pour la résistance

des pompes peuvent faire 
sortir les molécules 
dangeureuses pour la 
cellule

Box 1, Nature Reviews Cancer 10, 147­156 (February 2010) doi:10.1038/nrc2789 9
© 2011 Nature Publishing Group
norfloxacin

inhibe l'ADN gyrase – une enzyme qui 
permet l'introduction de supertours 
négatifs dans l'ADN.

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http://www.drugbank.ca/drugs/DB01059
Terminologie

MIC minimum inhibitory concentration
“MIC is defined as the drug concentration inhibiting no more
than 60% of unstressed cell growth.”

concentration minimum inhibitrice

LSI less resistant isolates
isolats moins résistants, ont un MIC petit

HLI high­resistant isolates
isolats très résistants, ont un MIC grand
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Quand une population résiste

Population de E. coli avec une MIC élevée pour la norfloxacin

Cette population contient 

peu de HRI 

et 

beaucoup de LRI

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Hypothèse de recherche


We speculated that the few HRIs were
generating a benefit for the numerous LRIs,
thus allowing weaker isolates to endure
more antibiotic stress than they could in
isolation.

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Club de lecture Bacterial charity work leads to population­wide resistance Nature 467, 82–85  doi:10.1038/nature09354 

Fig. 1: la résistance dans la population

la MIC des isolats est en 
général inférieure à la 
MIC de la population

la résistance à des 
concentrations de plus en 
plus grande apparait au 
fils des jours

Figure 1, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354  14
© 2010 Nature Publishing Group
L'indole
produit par les cellules non­stressée en croissance active

active l'expression de gènes codant pour des transporteurs

en mesurant l'expression des gènes avec des biopuces 
Affymetrix GeneChip E. coli Antisense Genome Array, 
les auteurs ont montré que la présence d'indole augmente 
l'expression de mdtE – une pompe qui fait sortir plusieurs 
drogues de la cellule

par contre, ce fait était déjà connu

 
Hirakawa, H., Inazumi, Y., Masaki, T., Hirata, T., Yamaguchi, A.
Indole induces the expression of multidrug exporter genes in Escherichia coli.
Mol. Microbiol. (2005) Volume 55, Issue 4, pages 1113–1126, February 2005
doi:10.1111/j.1365-2958.2004.04449.x 15
Spectrométrie de masse

Conflit d'intérêt non­déclaré à Nature:

Charles R. Cantor est président­directeur­général et chef de la direction chez Sequenom

La spectrométrie de masse permet d'identifier des molécules dont 
on connait déjà la signature

Les auteurs ont utilisé le Boston University Proteomics Core 
Facility pour identifier des protéines d'intérêt

Le système Sequenom iPLEX permet de faire du génotypage et 
de mesurer la fréquence allélique pour des marqueurs génétiques 
sélectionnés

Ce système est un spectromètre de masse

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Fig. 2: le mécanisme du meilleur HRI
a le plus résistant des HRI est
c10,12 – colonie numéro 12, jour 10

Ce HRI exprime constituvement le


gène tnaA. il code pour la protéine
TnaA (bande identifiée par
spectrométrie de masse)

Celle-ci brise le tryptophane en


amoniac, pyruvate et indole

b c10,12 produit de l'indole peu


importe le stress

c c10,6, un LRI, a une meilleure


résistance en présence d'indole

d en produisant de l'indole dans le


milieu, c10,12 rend c10,6 résistant

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Figure 2, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354 
© 2010 Nature Publishing Group
Séquençage parallèle à haut débit
a

un gabarit d'ADN est


séquençé à la fois avec la
méthode de Frederick Sanger

plusieurs gabarits d'ADN sont


lus en parallèle

chaque point lumineux


correspond à un gabarit
d'ADN en cours de lecture

Figure 1, Nature Biotechnology 26, 1135 ­ 1145 (9 October 2008) doi:10.1038/nbt1486  18
© 2008 Nature Publishing Group
Illumina, Inc.
Jay Flatley est le CEO d'Illumina depuis octobre 1999

2006: Illumina achète Solexa (séquençage parallèle produisant des courtes lectures)
pour $600M en stock option

2008: Illumina achète Avantome (longues lectures d'ADN) pour $60M

2010: Illumina a acheté Helixis (PCR temps réel) pour $110M

Produits commerciaux:

séquenceurs d'ADN: Genome Analyzer IIx, HiSeq 1000 & 2000, MiSeq

Expression des gènes: BeadArray Technology,

PCR temps réel: Eco RT PCR

Possède 70% du marché de l'analyse génétique

Illumina: Shining In Dreary Times 19


Forbes, 29 January 2009
Fig. 3: Lire plusieurs génomes à plusieurs moments

a le séquençage des génomes


de 5 isolats soulignent des
mutations présentent dans des
sous-unités de gyrB, une ADN
gyrase

b la fréquence allélique des


mutations augmentent au cours
des jours – en faveur des allèles
conférant un phénotype de
résistance

Les fréquences alléliques ont été


mesurées par spectrométrie de
masse avec le Sequenom iPLEX

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Figure 3, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354 
© 2010 Nature Publishing Group
Fig. 4: la diversité génétique s'adapte

a toutes les cellules produisent de l'indole en l'absence de stress

b aucune cellules (non-résistant) produisent de l'indole en présence de stress et elles meurent

c les cellules non-résistantes bénéficient de l'apparition de cellules résistantes parce que


celles-ci produisent l'indole

Figure 4, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354  21
© 2010 Nature Publishing Group
Fig. sup. 1: et avec la gentamicin ?
A pour la gentamicin, la MIC 
des isolats est en général 
inférieure à la MIC de la 
population

b pour la gentamicin, la 
résistance à des 
concentrations de plus en plus 
grande apparait au fils des 
jours

c C7,11 (HRI) produit de 
l'indole, mais pas C7,2 (LRI)

d C7,11 (HRI) aide C7,2 (LRI) 
à croître

Supplementary Figure 1, Nature 467, 82–85 (02 September 2010) doi:10.1038/nature09354  22
© 2010 Nature Publishing Group
Conclusions des auteurs
“under antibiotic stress, a few spontaneous drug­resistant mutants will 
endure a fitness cost to produce and share among the population the 
metabolite indole, thus shielding the less resistant isolates from antibiotic 
insult.”
Les HRI protègent les LRI. Cependant, 
les HRI doivent probablement 
fabriquer et/ou obtenir plus de 
tryptophane puisque cet acide aminé 
est brisé pour former l'indole chez les 
HRI.

“These few drug­resistant mutants, by enhancing the survival capacity of the 
overall population in stressful environments, may also help to preserve the 
potential for the population to return to its genetic origins should the stress prove 
transient.”

Les LRI n'ont pas à porter le fardeau métabolique 
associé à la production d'indole, lequel est présent 
chez les HRI. Cette propriété facilite la restoration 
des origines génétiques de la population. 23

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