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UNIVERSITE CATHOLIQUE D’AFRIQUE CENTRALE CATHOLIC UNIVERSITY OF CENTRAL AFRICA

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ECOLE DES SCIENCES DE LA SANTE SCHOOL OF HEATHL SCIENCES
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Cours de Biochimie structurale

Ebogo Belobo Jean Thierry

Première année licence analyse médicale

Année académique 2018-2019

Année académique 2018-2019


Table de matière

I. Protides
acides aminés
peptides
protéines
II. Glucides
monosaccharides
oligosaccharides
polysaccharides
III. Acides nucléiques
nucléosides
nucléotides
ADN et ARN
IV. Lipides
acides gras
acylglycérol ou triglycérides (lipides de réserves)
phospholipides et sphingolipides (lipides membranaires)
stérols et stéroides
Introduction

La biochimie peut être définie comme la science qui étudie la base chimique de la vie.

Elle peut également être définie comme la science qui étudie les constituants chimiques des cellules
vivantes ainsi que les réactions et les processus qu'ils subissent.

Par cette définition, la biochimie englobe de vastes domaines, de la biologie cellulaire, de la biologie
moléculaire et la génétique moléculaire.

La biochimie et la médecine sont intimement liées. La santé dépend d'un équilibre harmonieux des réactions
biochimiques qui se produisant dans le corps tandis que la maladie quand à elle reflète des anomalies au
niveau des biomolécules, des réactions biochimiques, ou des processus biochimiques.
Introduction
Protides
Introduction

gros biopolymères : C, H, O, A et parfois S, P

Protéines
deuxième constituant cellulaire après l’eau, assurent diverses
fonctions biologiques aussi bien physiologiques que structurales

Monomères:α-aminoacides ou acides α-aminés

L’enchaînement, repliement et le nombre de chaînes polypeptidiques permet de déterminer plusieurs structures


Protides
α-aminoacides ou acides α-aminés

Fonctions des acides aminés

• Constituent les composants des peptides, des


protéines et des phospholipides
• Jouent le rôle de neurotransmetteur
• Jouent le rôle de précurseurs pour d’autres
métabolites
• Jouent le rôle de transporteur des groupes –NH2
Structure et classification Protides
• α-aminoacides apolaires: gly, ala, val, leu, ile, mét, pro (leur
chaine latérale est aliphatique) et try, phé (leur chaine latérale
est aromatique).

• α-aminoacides polaires non ionisables sont : asn, gln (groupe


fonctionnel amide), tyr, thr, sér (groupe fonctionnel hydroxyle),
cys (groupe fonctionnel sulfhydryle).

• α-aminoacides polaires ionisables sont : asp, glu (chaine latérale


acide), lys, hise, arg (chaine latérale basique).

α-aminoacides essentiels ou indispensables (ne peuvent être


synthétisés naturellement par l’organisme humain mais apportés
par l’alimentation): ile, val, leu, mét, phén, try, thr, lys.
α-aminoacides ou acides α-aminés

Propriétés des acides aminés

Les acides aminés sont des molécules chirales (acides α-aminés


protéinogènes sont de la série L) et le carbone en position α de la fonction
acide carboxylique est un carbone asymétrique sauf pour la glycine.

Les α-aminoacides possèdent à la fois des propriétés acide et basique, ils sont donc qualifiés de
molécules amphotères (molécules qui possèdent à la fois une fonction acide et une fonction basique).

En milieu aqueux, ils sont ionisés et l’état d’ionisation est fonction du pH.
α-aminoacides ou acides α-aminés

Propriétés des acides aminés

En milieu très acide, le carboxyle et l’amine sont protonés et l’α-aminoacide porte une charge positive. Au
fur et à mesure de l’augmentation du pH, un premier point d’inflexion apparaît au pH isoélectrique ou point
isoélectrique pI. À ce pH, la charge positive est égale à la charge négative et l’α-aminoacide se présente
comme un ion dipolaire de charge globale nulle (zwitterion) ; en milieu très alcalin, un deuxième point
d’inflexion apparaît, le carboxyle et l’amine sont déprotonés et l’α-aminoacide porte une charge négative.

Un α-aminoacide en solution aqueuse peut donc avoir une charge globale positive, négative ou nulle.

Exemple effet du pH sur l’aspartate ou acide aspartique


α-aminoacides ou acides α-aminés

Propriétés des acides aminés

Les α-aminoacides n’absorbent pas la lumière visible et sont non colorés. Toutefois la tyrosine, la
phénylalanine et le tryptophane absorbent dans l’ultraviolet entre 250-290 nm. Cependant le tryptophane
contribue à la capacité des protéines à absorber la lumière autour de 280 nm.

Chaque groupe fonctionnel d'un acide aminé peut réaliser toutes les réactions chimiques qui lui sont
caractéristiques:
• groupes d'acide carboxylique : formation des esters, amides, et anhydrides acides;

• groupes animés: l'acylation, l'amidation ;

• les groupes hydroxyles et sulfhydryles: l’oxydation et l’estérification.


Protides
Peptides

Un peptide est un enchaînement linéaire d’acides α-aminés associés par des liaisons peptidiques.

Une liaison peptidique est l’association de deux α-aminoacides par condensation du carboxyle en position α de
l’un avec l’amine de l’autre en position α. Il peut également avoir formation de liaison pseudo-peptidique entre
carboxyle ou l’amie en position α de l’un avec le carboxyle ou l’amine de l’autre qui n’est pas en position α

Formation d’une liaison peptidique

En fonction du nombre d’acide aminés dans la séquence, on distinguera les oligopeptides (moins de 10 α-
aminoacide) et les polypeptides (plus de 10 α-aminoacide)
Peptides Protides
Les chaînes peptidiques ont une direction et par
conséquent deux extrémités. L’extrémité aminée (N
terminale) et l’extrémité carboxylée (C terminale).

Par convention, la nomenclature commencera par l’acide


α-aminé qui a l’extrémité aminée libre et se terminera par
celui qui aura l’extrémité carboxylée libre

Les acides α-aminés présents dans les peptides sont


appelés résidus d’aminiacyl et sont nommés par
remplacement du suffixe -ate ou -ine par –yl
(aspartate, aspartyl ; tyrosine, tyrosyl) et l’ acide α-
aminé C terminal conserve son nom.
Leucyl-glycyl-alanine ou Leu-Gly-Ala
Protides
Peptides

Nommer le peptide suivant


Peptides (d’intérêt biologique)

Des oligopeptides: la carnosine (dipeptides du muscle strié des mammifères constitué de βAla-His, sa
présence dans l’urine indique un régime alimentaire carné) et le glutathion (tripeptides constitué de γGlu-Cys-
Gly qui joue un rôle central dans la lutte contre le stress oxydatif causé par l’oxygène et ses dérivés)

Des hormones: la vasopressine (peptide de 9 acides aminés, hormone post hypophysaire ayant un effet
antidiurétique au niveau du rein), ocytocine (peptide de 9 acides aminés, hormone post hypophysaire
provoquant les contractions du muscle lisse, de l’utérus pendant l’accouchement etc.) l’insuline (hormone
hypoglycémiante sécrétée par le pancréas et constitué de deux chaines peptidiques, une de 21 acides α-aminés
et l’autre de 30 acides α-aminés), le glucagon (hormone hyperglycémiante de 29 acides aminés), la
thyrocalcitonine (hormone hypocalciante de 32 acides aminés),

Des médiateurs et neurotransmetteurs: les angiotensines (peptide de 8 acides aminés), et les kinines.
Des immunosuppresseurs: les cyclosporines
Des antibiotiques peptidiques: les tyrocidines, la colimycine, et la pénicilline.
Peptides (d’intérêt biologique)

Carnosine

vasopressine
Protides
Protéines

Les protéines sont des substances de masse molaire élevée qui ont des fonctions très diverses ; par exemple,
un rôle structural, enzymatique, de messager, de transport de molécules, mouvement, de fixation de molécules
etc. Se sont des polymères d’au moins 100 acides α-aminés. Elles sont obtenues par un processus biologique
appelé traduction.

À l’exception des protéines membranaires, la plupart des protéines sont solubles ; leur solubilité est fortement
influencée par divers facteurs comme le pH, la température ou la force ionique.
Protides
Protéines

Les protéines remplissent plusieurs fonctions dans l’organisme et peuvent être :

• Des protéines structurales responsables de la forme et de la stabilité des structures cellulaires telles que
le collagène, les histones
• Des protéines de transport telles que l’hémoglobine, l’albumine, les canaux ioniques
• Des protéines de protection et de défense telles que les immunoglobulines
• Des protéines de contrôle et de régulation intervenant dans la signalisation cellulaire telles que les
hormones et leurs récepteurs
• Des protéines enzymatiques (catalyse) telles que l’alcool déshydrogénase, la glutamate synthétase
• Des protéines intervenant dans les mouvements telles que l’actine et la myosine
• Des protéines de stockage
Protides
Protéines

Elles peuvent être classifiées en fonction de leur


composition en holoprotéines constituées uniquement des
α-aminoacides (albumine, globulines, histones etc.) et en
hétéroprotéines comprenant également des molécules non
protéiques (groupement prosthétiques) en plus de la partie
protéique (apoprotéine).
Protides
Protéines

En fonction des molécules non protéiques on distingue:


•Les phosphoprotéines (groupe phosphate). Elles peuvent constituer des éléments de structure ou de
contrôle, des substances de réserve (caséine du lait), des catalyseurs enzymatiques.
•Les chromoprotéines (ion métallique et sont colorées). Les principales sont les hémoglobines, les myoglobines,
les cytochromes, les enzymes héminiques (catalase,peroxydases) et les métalloprotéines (métalloenzymes ou
complexes métal-protéine).
•Les glycoprotéines (glucides). elles se rencontrent dans les membranes (agglutinogènes des groupes
sanguins), les tissus, le plasma (immunoglobulines).
•Les lipoprotéines dont les principales servent au transport des lipides dans le plasma (H DL, LDL, VLDL etc.).

Une protéine est un enchaînement linéaire d’acides α-aminés reliés par des liaisons peptidiques. La ou les
chaînes polypeptidiques adoptent une forme spécifique, un arrangement tridimensionnel, dans lequel
interviennent trois ou quatre niveaux d’organisation.
Protides
Protéines

Structure primaire

L’enchainement linéaire par les liaisons peptidiques des acides α-aminés. Cette séquence en acides α-aminés est
déterminée par le code génétique, par conséquent le remplacement d’un seul acides α-aminé de la séquence par
un autre possédant des propriétés différentes peut aboutir à une anomalie de la protéine (exemple de le
remplacement de l’acide glutamique par la valine dans l’hémoglobine est responsable de la drépanocytose).
Protides
Protéines

Structure secondaire

La structure secondaire d’une protéine fait référence à des


régions de repliement régulier de la chaîne polypeptidique. Elle
résulte des caractéristiques de la liaison peptidique dont la
géométrie permet la mise en évidence deux structures
secondaires :
• l’hélice α (structure établit à partir d’un seul polypeptide qui
s’enroule autour d’un axe en hélice)
• le feuillet β (structure résultante du repliement d’une chaine
polypeptidique et de l’agencement de plusieurs chaînes repliées
qui ont soit la même orientation soit des orientations opposées.
Dans cette structure secondaire, il y’a intervention des liaisons
hydrogènes.
Protides
Protéines

Structure tertiaire

Dans une protéine, la structure tertiaire décrit l’arrangement


tridimensionnel de tous les acides aminés situés dans la chaîne
polypeptidique.
Il s’agit d’une conformation native, biologiquement active,
maintenue par de multiples liaisons principalement construites
par les radicaux des acides aminés:
• liaisons covalentes par pont disulfure entre deux molécules de
cystéines,
• interactions électrostatiques entre groupement de charges
opposées,
• liaisons hydrogène,
• les interactions de van der Waals entre radicaux hydrophobes.
Protides
Protéines

Structure quaternaire

Ce quatrième niveau de structure protéique est rencontré dans les protéines contenant plus d’une
polypeptidique. Cette structure est un arrangement spatial des différentes sous-unités polypeptidiques
(protomères) avec la description des interactions qui les lient.
Protides
Dénaturation

Pour qu’une protéine puisse jouer pleinement son rôle, l’intégrité de la conformation de sa structure
primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire est requise. La conformation d’une protéine peut être
altérée quand la protéine est soumise aux
• agents physiques (la chaleur, les radiations, le gel dégel répété, la haute pression) ou à
• agents chimiques (les acides, les bases, les solvants organique, les solutions d’urée concentrée etc.).

L’altération de la structure d’une protéine conduit à la perte de ses propriétés et fonctions. Ce processus
est appelé dénaturation et implique la rupture des liaisons et forces qui maintiennent la structure
secondaire, tertiaire et quaternaire.
Protides
Dénaturation

Une protéine est donc dite dénaturée (n’est plus sous sa forme native) lorsqu’elle perd son activité
biologique due à une altération de sa conformation native par rupture de certaines liaisons sans atteinte
de la structure primaire(les liaisons peptidiques sont conservées). Cette dénaturation peut être réversible
ou irréversible suivant les facteurs de dénaturation et peut affecter la solubilité d’une protéine.
Glucides

Les glucides peuvent être définis comme des polyols (plusieurs fonctions alcool) possédant une fonction
carbonyle (aldéhyde ou cétone).

Ils sont aussi appelés sucres, saccharides ou hydrates de carbone en raison de leur formule élémentaire
Cn(H2O)n.

Ils jouent au sein des êtres vivants nombre de rôles très divers, tant structuraux que métaboliques. Ce
sont des molécules très répandues dans les tissus animaux et végétaux.
Réserve énergétique
Reconnaissance et
communication cellulaire
Production
d’énergie

Constituant du glycocalyx
Constituant de la paroi
Glucides
Classification

En fonction de leur complexité, les glucides peuvent être classés en :


• monosaccharides ou oses simples tels que le glucose (le plus important des oses), le galactose, le
mannose ou le fructose
• oligosaccharides ou oligosides, polymères de 2 à 10 oses tels que le maltose, le lactose, le saccharose ou
le cellobiose,
• polysaccharides ou polyosides tels que l’amidon, le glycogène ou la cellulose. Les polymères glucidiques
peuvent être classés selon leur rôle en polyosides de structure (cellulose) et en polyosides de réserve
(amidon, glycogène).

Les oligosaccharides et les polysaccharides peuvent former des liaisons avec des protéines et des lipides
pour former des glycoconjugués (protéoglycanes, les glycoprotéines et les glycolipides).
Glucides
Monosaccharides

Les glucides simples sont appelés oses, il s’agit des composés non ramifiés dont le nombre n d’atome de
carbone varie de trois à sept d’où leur appellation : triose (3 C), tétrose (4 C), pentose (5 C), hexose (6 C)
et heptose (7 C). Les hexoses et les pentoses sont les oses les plus couramment rencontrés dans le règne
animal.

L’analyse fonctionnelle met en évidence la présence dans la molécule d’un groupe carbonyle aldéhydique qui
caractérise les aldoses ou d’un groupe carbonyle cétonique qui définit les cétoses et la présence de (n – 1)
groupes hydroxyle (primaire ou secondaire) fixés sur une chaîne carbonée linéaire.

Les monosaccharides peuvent être décrit en indiquant le nombre de carbone et la fonction carbonyle
exemple aldohexose (6 C avec la fonction aldéhyde), cetopentose (5 C avec la fonction cétone).
Glucides
Monosaccharides

Par convention, les atomes de carbone des aldoses et des cétoses sont numérotés d’une extrémité à l’autre
de la chaîne carbonée de telle façon que le carbone du groupe carbonyle soit affecté du plus petit numéro
possible : 1 pour les aldoses, 2 pour les cétoses.

Tous les oses simples sont réducteurs (réductions du groupe carbonyle) et ces propriétés réductrices
peuvent être mise en évidence en présence de la liqueur de Felhing (précipité rouge) ou de sels d’argent en
milieu alcalin (dépôt d’argent métallique sous forme de miroir).
Glucides
Monosaccharides

Les oses les plus simples sont le glycéraldéhyde (aldotriose) et le dihydroxyacétone (cetotriose). Tous les
sucres avec un nombre plus grand de carbone dérivent de ces deux trioses (filiation des oses) par
synthèse chimique en additionnant, à chaque étape, juste en dessous de l’atome de carbone du groupe
carbonyle, un atome de carbone tétraédrique porteur d’un groupe hydroxyle et d’un atome d’hydrogène.

La plupart des oses présents chez les êtres vivants appartiennent à


la série D (le groupe hydroxyle-OH du dernier carbone asymétrique
de la chaine verticale est à droite) mais quelques-uns, tels que
l’arabinose, et certains 6-désoxyhexoses constituants des
glycoconjugués, tels que le fucose (6-désoxy-L-galactose) et le
rhamnose (6-désoxy-L-mannose), font exception à cette règle et
appartiennent à la série L.
Glucides
Monosaccharides (représentation linéaire)
Monosaccharides
Glucides
Monosaccharides (cyclisation)

En solution aqueuse, les oses à cinq atomes de carbone ou plus adoptent préférentiellement une structure
cyclique qui résulte d’une hémiacétalisation interne entre le groupe carbonyle et l’un des groupes hydroxyle.

L’hétérocycle formé est constitué de cinq


ou de six atomes, dont un atome d’oxygène.
Les cycles à 5 carbones et 6 carbones sont
respectivement appelés furanose
(provenant du noyau furane) et pyranose
(provenant du noyau pyrane).
Glucides
Monosaccharides (cyclisation)

La structure cyclique des oses est représentée selon la projection de Haworth. La formation de ce cycle
permet de distinguer les formes α et β appelées formes anomériques.

Ces anomères α et β s’interconvertissent par un


phénomène appelé mutarotation (interconversion des
formes anomères α et β en passant par la forme
linéaire) pour atteindre un équilibre qui dépend de
chaque ose.
Glucides
Monosaccharides
Glucides
Monosaccharides

Dans les organismes vivants, il y a, outre les oses décrits ci-dessus, des constituants biologiquement
importants dérivés de ces derniers. Les glucides dérivés des oses peuvent résulter de différentes
réactions chimiques:

• L’estérification d’une fonction alcool par l’acide phosphorique pour donner des dérivés phosphorylés : par
exemple, les trioses phosphate (D-glycéraldéhyde 3-phosphate et dihydroxyacétone phosphate), le
glucose 6-phosphate, le glucose 1-phosphate.
• L’oxydation du groupe carbonyle aldéhydique en un groupe carboxyle conduit aux acides aldoniques ; ainsi,
au D-glucose correspond le D-gluconate susceptible de se lactoniser en D-gluconolactone.
• L’oxydation la fonction alcool primaire donne l’acide uronique, ainsi, au D-glucose correspond le D-
glycuronate.
Glucides
Monosaccharides

• La réduction du groupe carbonyle aldéhydique des aldoses en un groupe hydroxyle conduit aux alditols ;
ainsi, au D-glucose correspond le D-glucitol, souvent appelé sorbitol.
• La réduction d’une fonction alcool comme dans le L-fucose, le L-rhamnose et le désoxyribose qui
deviennent des désoxyoses.
• La fonction hydroxyle peut être remplacée par un groupe amine pour donner, par exemple, la glucosamine
ou la galactosamine, acétylées ou non. Ces oses aminés peuvent subir des substitutions supplémentaires et
conduire, entre autres, à l’acide muramique ou à l’acide neuraminique dont les dérivés N-acétylés ou N-
glycolylés sont appelés acides sialiques. Tous ces composés sont d’importants constituants de nombreux
glycoconjugués naturels.
Glucides
Monosaccharides
Glucides
Les osides

Les osides (oligosides et polyosides) résultent de l’association de deux ou plusieurs oses ou dérivés d’oses
grâce aux liaisons glycosidiques ou osidiques.

Ils sont classés en holosides, composés uniquement d’oses ou de molécules dérivées et en hétérosides,
composés d’oses et de molécules non glucidiques.

Une liaison glycosidique implique la condensation du groupe hydroxyle porté par l’atome de carbone
anomérique avec le groupe hydroxyle d’un alcool ou d’un hémiacétal, formant une liaison O-glycosidique, ou
avec une amine, formant alors une liaison N-glycosidique.
Glucides
Les osides: holosides

Les oligosides sont de petits polymères comprenant de deux (diholoside) à dix molécules d’oses. Ils sont le
plus souvent associés à des lipides (glycolipides) ou à des protéines (glycoprotéines). Se sont généralement
des marqueurs de surface des membranes plasmiques chez les cellules animales.

Les diholosides les plus courants sont:


• Le maltose (intermédiaire de la formation de l’amidon et du glycogène constitués de deux molécules de
α-D-glucopyranose liés par une liaison α (1-4) glycosidique),
• le lactose (sucre du lait constitué d’une molécule de α-D-glucopyranose et d’une molécule de β-D-
galactoopyranose liés par une liaison β (1-4) glycosidique)
• le saccharose ou sucrose (produit de la photosynthèse constitué de α-D-glucopyranose et de β-D-
fructofuranose liés par une liaison β (1-2) glycosidique) sont les disaccharides les plus représentés.

Le maltose et le lactose conservent leurs propriétés réductrices.


Glucides
Les osides: holosides
Glucides
Les osides: holosides

Les polyosides sont des macromolécules que l’on peut classer en polyosides de réserve (glycogène, amidon,
inuline) et en polyosides de structure (cellulose, chitine). Les plus représentés sont les homopolymères du
glucose ou glucanes (glycogène, amidon et cellulose).

• Le glycogène est un polymère de glucose sous forme α-D-glucopyranose liés par des liaisons α (1-4) et
comportant des branchements α (1-6) toute les dix unités approximativement. Il est stocké dans les
cellules hépatiques.
• L’amidon, substance glucidique de réserve des végétaux, est formé à partir de l’α-D-glucopyranose et
correspond à un mélange de deux glucanes : l’amylose (enchaînement linéaire par liaisons α (1-4) et
l’amylopectine (enchaînement linéaire par liaisons α (1-4) et possédant des ramifications α (1-6)).
• La cellulose, composé présent dans les parois cellulaires végétales et les parties ligneuses, représente le
polysaccharide le plus important de la biomasse. Elle est constituée d’un enchaînement linéaire β-D-
glucopyranose liés par une liaison β (1-4) glycosidique.
Glucides
Les osides: hétérosides

Les hétérosides comportent une fraction non glucides appelée aglycone. La liaison entre l’oside et la
molécule non glucidique s’établit entre le carbone anomère du glucide et un atome d’oxygène (liaison O-
osidique) ou d’azote (liaison N-osidique) de l’aglycone. Nous pouvons ainsi citer :

• les glucoaminoglycanes tels que l’acide hyaluronique, le kératate sulfate, Chondroïtine-6-sulfate,


l’héparine
• Les glycolipides membranaires tels que les glycoglycérolipides, les glycosphingolipides et les glycosyl-
phosphoinositides,
• Les lipopolysaccharides
• Les glycopeptides et glycoprotéines (récepteurs membranaires, immunoglobulines, groupes, certaines
hormones (FSH, LH, TSH)).
Glucides
Les osides: hétérosides

D-galactose N-acétylglucosamine

L-fucose

N-acétylgalactosamine
Acides nucléiques

Les acides nucléiques sont des macromolécules dont l’unité de base est le nucléotide, qui lui-même est
constitué d’un nucléoside (une base et un sucre) et d’un groupement phosphate. Les AN jouent un rôle
central dans le stockage et l’expression de l’information génétique.

Ils sont divisés en deux classes majeures : les acides désoxyribonucléiques (ADN) et les acides
ribonucléiques.
Acides nucléiques
Nucleosides

Les nucléosides sont constitués d’un ose, le D-ribofuranose dans les ribonucléosides ou le 2-désoxy-D-
ribofuranose dans les désoxyribonucléosides, uni à une base purine telle que l’adénine (A) ou la guanine (G),
ou une base pyrimidine telle que la cytosine (C), l’uracile (U) ou la thymine (T), grâce à une liaison N-
glycosidique établie entre l’atome d’azote N-9 des purines ou N-1 des pyrimidines et le carbone C-1’ du
pentose (atomes numérotés en prime pour différencier des atomes des bases).

Chez les êtres vivants, on identifie essentiellement quatre ribonucléosides, l’adénosine, la guanosine, la
cytidine et l’uridine, et quatre désoxyribonucléosides, la désoxyadénosine, la désoxyguanosine, la
désoxycytidine et la thymidine où le préfixe désoxy est généralement omis parce que dans la cellule la
thymine est toujours unie au désoxyribose.
Acides nucléiques
Nucleosides
Acides nucléiques
Nucléotides

Les nucléotides sont des esters phosphoriques des nucléosides. Les nucléotides cellulaires peuvent avoir un,
deux, trois groupements phosphate au niveau de la liaison estérifiée. Le ribose ou le 2-désoxyribose et le
phosphate sont unis par une liaison ester.

Les principaux ribonucléotides cellulaires sont l’adénosine-, le guanosine-, le cytidine et l’uridine 5’-
monophosphate, abrégés en AMP, GMP, CMP et UMP, respectivement ; l’adénosine-, le guanosine-, le
cytidine- et l’uridine 5’-diphosphate, ou ADP, GDP, CDP et UDP ; l’adénosine, le guanosine-, le cytidine- et
l’uridine 5’-triphosphate, ou ATP, GTP, CTP et UTP.

Les désoxyribonucléotides correspondant sont précédés de la lettre d, sauf pour les dérivés de la thymidine
étant donné que dans la cellule la thymine n’est unie qu’au désoxyribose. Seuls les nucléosides 5’-
monophosphates se rencontrent dans les acides nucléiques.
Acides nucléiques
Nucléotides
Acides nucléiques
Nucléotides

Les nucléotides jouent des rôles centraux dans le métabolisme :


• Fonction de transfert d’énergie : l’ATP est l’unité énergétique dans la plupart des processus cellulaires, le
GTP est une source d’énergie essentielle dans la synthèse des protéines,
• Fonction de substrat ou d’intermédiaire de réactions : l’ATP, le GTP, le CTP et l’UTP sont les substrats
dans la synthèse des acides ribonucléiques (RNA), tandis que le dATP, le dGTP, le dCTP et le TTP sont les
substrats dans la synthèse de l’acide désoxyribonucléique (DNA). L’UDP-glucose est l’intermédiaire activé
dans le métabolisme du galactose et dans la synthèse des polyosides, tout comme le CDP-diacylglycérol
est l’intermédiaire activé dans la synthèse des phospholipides.
Acides nucléiques
Nucléotides

• Fonction de coenzyme : Des nucléotides adényliques sont des constituants de cofacteurs enzymatiques,
tels que le NAD+, le NADP+, le FAD et le CoA.
• Fonction de messager : Les cellules possèdent aussi des nucléotides cycliques tels que l’adénosine 3’,5’-
phosphate (AMP cyclique ou cAMP) et le guanosine 3’,5’-phosphate (GMP cyclique ou cGMP) qui
interviennent dans la régulation du métabolisme.
Acides nucléiques
Nucléotides
Acides nucléiques
Acides nucléiques

Des ribonucléotides sont les unités structurales des RNA et des désoxyribonucléotides celles du DNA. Dans
les RNA et dans le DNA, les nucléotides s’unissent les uns aux autres par une liaison où le groupe 5’-
phosphate de l’un estérifie le groupe 3’-hydroxyle de l’autre. L’acide phosphorique en 5’ engage donc deux de
ses fonctions acide dans une liaison dite, phosphodiester, sa troisième fonction acide demeurant libre.

L’enchaînement de ribonucléotides ou de désoxyribonucléotides au moyen de liaisons de ce type présentent


une extrémité 5’ où un groupe 5’-phosphate a deux de ses fonctions acide libres et une extrémité 3’ où un
groupe 3’ hydroxyle est libre. Ainsi, une chaîne polynucléotidique, tout comme une chaîne polypeptique,
présente une polarité. Par convention, on écrit et lit toujours une chaîne polynucléotidique dans le sens
5’ P 3’ OH
Acides nucléiques
Acides nucléiques
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide Désoxyribonucléique ou ADN)

Une chaîne (ou brin) de DNA est un polymère linéaire de désoxyribonucléotides unis par des liaisons
phosphodiester ; les bases y sont l’adénine (A), la guanine (G), la cytosine (C) et la thymine (T).

Dans les cellules procaryotes et eucaryotes, Watson et Crick ont décrit l’ADN comme étant une molécule en
double hélice où deux chaînes antiparallèles s’enroulent l’une autour de l’autre avec, à l’intérieur un
appariement spécifique des bases au moyen de liaisons hydrogène (A-T et G-C), et à l’extérieur, la formation
d’un squelette ose-phosphate.

Chaque pas de l’hélice comprend 10 bases et correspond à une distance de 34Å et un diamètre externe de
20Å.
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide Désoxyribonucléique ou ADN)

Formation de trois liaisons hydrogène


entre C et G et deux liaisons entre A et T
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide Désoxyribonucléique ou ADN)

La séparation des deux brins de l’ADN peut être réalisée par l’action d’agents biologiques ou
physicochimiques. Ainsi par chauffage progressif, la dénaturation ou la fusion de l’ADN est obtenue. La
température de fusion dépend de la teneur en G+C. La renaturation s’obtient par refroidissement lent.

L’ADN peut être retrouvé sur plusieurs formes. La plus stable est la forme B (Watson et Crick) dans
laquelle les bases sont perpendiculaires à la double hélice.
Dans la forme A, les bases sont inclinées sur l’axe ; il y’a augmentation du nombre de base (11 par tour) et le
pas de l’hélice est égal à 28Å.
En outre, il existe une forme Z dont le nombre de bases par tour est égal à 12 et le pas de l’hélice est égal à
45Å. Chez les procaryotes, l’ADN est sous forme compacte, circulaire à brins super enroulés et chez les
eucaryotes, il est sous forme de complexe ADN-protéine (chromatine).
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)

Une chaîne (ou brin) de RNA est un polymère linéaire de ribonucléotides unis par des liaisons
phosphodiester. Les bases y sont l’adénine (A), la guanine (G), la cytosine (C) et l’uracile (U).

Elle se distingue donc d’une chaîne de DNA par l’ose, qui est le ribose et non pas le désoxyribose, et par l’une
des bases pyrimidiques, qui est l’uracile et non pas la thymine.

Contrairement au DNA, une molécule de RNA procaryote ou eucaryote est habituellement sous la forme
simple brin dont des segments, éventuellement étendus, peuvent présenter des appariements de bases G-C
et A-U.
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)

Chez certains Virus, le RNA constitue le matériel génétique ; il y assure sa réplication en dirigeant lui-même
une RNA polymérase.

Dans toutes les cellules procaryotes ou eucaryotes actuelles, les RNA constituent le transcriptome ; ils y
sont synthétisés par des RNA polymérases, enzymes qui transcrivent les instructions données par une
matrice de DNA ; les RNA sont donc la copie d’une région du DNA.

Les cellules contiennent trois types de RNA : les RNA messagers (mRNA) (5%), le RNA ribosomique (rRNA)
(80%) et les RNA de transfert (tRNA) (15%).
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)

Les mRNA constituent les matrices à partir desquelles sont traduites les protéines ; chez bactéries, un
mRNA, peut être produit par un gène ou un groupe de gènes, tandis que chez les Eucaryotes, à chaque mRNA
correspond le plus souvent un gène distinct.

Étant donné que les protéines sont construites à partir de 20 aminoacides mais qu’il n’y a que 4 bases, un
groupe de 3 bases, appelé codon, est nécessaire pour coder pour un aminoacide.

Les mRNA se présentent donc comme une succession de codons mais ils contiennent aussi des signaux de
départ et des signaux stop pour la synthèse des protéines.
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)

Les tRNA transfèrent des aminoacides activés vers les ribosomes où sont formées les liaisons peptidiques
grâce auxquelles sont élaborées les protéines. Ils jouent le rôle de molécules adaptatrices entre le mRNA et
le site de synthèse des protéines.

Il y a au moins un type de tRNA pour chacun des 20 aminoacides et le transfert s’effectue selon une
séquence de 3 nucléotides (anticodont) imposée par le mRNA. Les tRNA sont des petits acides
ribonucléiques constitués de 73 à 93 ribonucléotides seulement.

Leur extrémité 5’ est phosphorylée, habituellement pG, tandis que leur extrémité 3’ présente un groupe OH
libre. Les tRNA différent par leurs séquences nucléotidiques.
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)

Tous les tRNA sont susceptibles d’adopter une structure secondaire, dite en feuille de trèfle, caractérisée
par quatre zones d’appariement entre bases complémentaires et trois boucles.

Tous les tRNA contiennent, à l’extrémité 3’ de leur chaîne dite bras accepteur, un site d’attachement pour
un aminoacide constitué par la même séquence trinucléotidique terminale pCpCpA en simple brin ; le
carboxyle de l’aminoacide est estérifié par l’hydroxyle en 3’ ou 2’ du ribose adénylique terminal grâce à une
réaction catalysée par une aminoacyl-tRNA synthétase spécifique.
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)

Les rRNA sont les constituants essentiels des ribosomes où ils ont un rôle structural et une fonction
catalytique lors de la synthèse des protéines.

Chez les bactéries, il y a trois types de rRNA dénommés, en raison de leur coefficient de sédimentation,
23S, 16S et 5S.

Chez les Eucaryotes, les rRNA ont des masses plus importantes et leurs coefficients de sédimentation sont
de 28S, 18S et 5S.
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)
Acides nucléiques
Acides nucléiques (Acide ribonucléique ou ARN)
Lipides

Les lipides sont des constituants biologiques très variés caractérisés par leur propriété physique commune
d’être insoluble dans l’eau mais solubles dans certains solvants organiques (méthanol, le chloroforme,
l’acétone).

Contrairement aux glucides ou aux protéines, les lipides ne peuvent pas former des polymères. Leurs
propriétés biologiques sont importantes, ils sont :
• des formes de réserve (lipides de réserve) et de transport des métabolites énergétiques. Lorsqu’ils sont
localisés sous la peau, ils apportent une protection efficace contre le froid,
• des matériaux de structure (lipides de structure) des membranes biologiques qui délimitent les cellules
ou les organites intracellulaires,
• des précurseurs de substances à forte activité biologique (hormones lipophiles, vitamines liposolubles,
coenzymes) (lipides fonctionnels), intervenant dans la régulation de nombreux processus biologiques
fondamentaux et dans la reconnaissance cellulaire.
Lipides
Lipides
Classification

En fonction de la complexité de la molécule, les lipides peuvent être classés en deux groupes :

• Les lipides simples ou homolipides constitués des glycérides (ester d’acide gras et de glycérol), des
cérides (ester d’acide gras et de monoalcool à longue chaîne carbonée, constituants des cires animales et
végétales) et stérides (ester d’acide gras et de stérol).
• Lipides complexes ou hétérolipides (esters d’acides gras contenant un groupe additionnel en plus de
l’acide gras et de l’alcool) constitués de phospholipides, de glycolipides, et les lipoprotéines.

Ces deux groupes constituent les lipides vrais (esters ou amides d’acides gras).

D’autres composés à caractère lipidique sont des précurseurs et dérivés de lipides. Parmi ces composés
associés aux lipides on peut citer les stérols, les terpènes, et les vitamines liposolubles (A, D, E, K) et sont
appelés lipides non vrais.
Lipides
Classification

En fonction de la propriété de saponification , les lipides peuvent être classés en :


• Lipides hydrolysables (saponifiables) qui sont des esters ou amides d’acides gras tels que les glycérides,
les cérides, les stérides, les phospholipides, les sphingolipides.
• Lipides non hydrolysables (insaponifiables) tels que les terpènes, les stéroïdes, les prostaglandines, les
vitamines hydrosolubles, les quinones respiratoires etc.

Saponification: Réaction suivant laquelle les corps gras


(esters de la glycérine) sont dédoublés en glycérine et acides
gras et par extension hydrolyse d'un ester.
Lipides
Les acides gras

Les acides gras sont des acides monocarboxyliques comportant une chaîne aliphatique généralement non
ramifiée avec des atomes de carbones pairs compris entre 4 et 26.

La chaîne carbonée est hydrophobe et le groupe carboxylique hydrophile. À partir de n 10, les acides gras
sont insolubles dans l’eau ; ils s’associent alors pour former des micelles, le pôle hydrophile dirigé vers l’eau
et le pôle hydrophobe vers l’intérieur de la micelle.

La fonction acide carboxylique réagit avec les alcools et les


amides pour former des esters ou amides respectivement.
C’est sous cette forme qu’ils existent dans les aliments.
Lipides
Les acides gras

Les chaînes carbonées peuvent être


entièrement saturées ou insaturées (présenter
une ou plusieurs doubles liaisons).

Les atomes de carbone sont numérotés à partir du carboxyle et le carbone du méthyle est appelé ω. Lorsqu’il
y a plusieurs doubles liaisons, celle-ci, sont toujours distantes de trois atomes de carbone.

Le nombre de doubles liaisons est indiqué à la suite du nombre de carbone ; ainsi l’acide linoléique qui
comporte 18 atomes de carbone et 3 doubles liaisons est noté C 18 :3
Lipides
Les acides gras

Deux méthodes sont utilisées pour indiquer la position d’une double liaison :
• Méthode delta (∆) indique une double liaison située entre les atomes des carbones 9 et 10 en accord avec
la numérotation (à partir de la fonction acide)
• Méthode Oméga (ω) indique une double liaison sur le carbone à partir de la position ω (méthyle de la chaîne
aliphatique).

C 18: 3 ∆6 ou C 18: 3 ω3

Certains acides gras polyinsaturés tels que le linoléate (ω-6), l’α-linolénate (ω-3) et l’acide arachidonique (ω-
6) ne peuvent pas être synthétisés par les mammifères ; ils sont dits essentiels car ce sont des précurseurs
indispensables qui doivent donc être apportés par l’alimentation.
Lipides
Les acides gras

Quelques propriétés chimiques caractéristiques


des acides gras insaturés permettent de les
caractériser :
• L’hydrogénation (en présence d’un catalyseur)
des huiles végétales entraine un durcissement
et la formation de margarine ; celles des
graisses animales produits des succédanés du
lard.
• L’oxydation par le dioxygène de l’air des lipides
entraîne le rancissement (altération) et les
rends toxiques (formation des peroxydes).
Lipides
Acylglycérols ou glycérides (lipides de réserve)

Les lipides de réserve, encore dénommés graisses ou huiles, sont essentiellement des triacylglycérols (ou
triglycérides) car ce sont des esters de glycérol et d’acides gras.

Le glycérol présente trois fonctions alcool qui peuvent être estérifiées par un acide gras, ce qui conduit
successivement à des mono-, di- et triacylglycérols.
Lipides
Acylglycérols ou glycérides (lipides de réserve)

Ces derniers sont dénommés d’après les acides gras qui les constituent ; par exemple, tripalmitine,
tristéarine ou trioléine, pour les triacylglycérols contenant trois palmitates, trois stéarates ou trois
oléates, respectivement ; pour les triacylglycérols mixtes, les plus habituellement rencontrés dans les
graisses naturelles, la nature et la position de chaque acide gras sont indiquées, par exemple 1-stéaryl, 2-
linoléyl, 3-palmityl glycérol.

Les graisses extraites des milieux biologiques contiennent habituellement un mélange complexe de
triacylglycérols présentant fréquemment un acide gras insaturé au niveau du C-2 du glycérol.

Les triacylglycérols sont des molécules apolaires, hydrophobes, de densité inférieure à celle de l’eau.
Lipides
Acylglycérols ou glycérides (lipides de réserve)

Dans le sang, les triacylglycérols sont contenus dans des lipoprotéines :


• chylomicrons pour les triacylglycérols d’origine alimentaire,
• VLDL pour les triacylglycérols endogènes.

Dans la plupart des cellules eucaryotes, ils se présentent sous forme de fines gouttelettes qui constituent
une importante réserve d’énergie métabolique très concentrée. Dans les adipocytes (cellules spécialisées
dans le stockage des triacylglycérols), ces derniers occupent la presque totalité du volume cellulaire. Les
triacylglycérols constituent une source d’énergie beaucoup plus avantageuse que les polysaccharides tels que
le glycogène ou l’amidon car ils sont plus réduits et anhydres. Ainsi, ils permettent aux oiseaux migrateurs
d’effectuer un vol ininterrompu sur de très longues distances. Chez certains animaux tels que les Cétacés où
ils sont emmagasinés sous la peau, ils jouent le rôle de réserve énergétique, mais aussi d’isolant protecteur
contre le froid.
Lipides
Les glycérophospholipides et les sphingolipides (lipides membranaires)

Les glycérophospholipides dérivent des phosphatidates (diacylglycérol + acide phosphorique) intermédiaire


commun de la synthèse des glycérides et des phospholipides.

Ces composés sont des esters construits à partir du glycérol, dont les hydroxyles en C1 et C2 sont
estérifiés par des acides gras et dont l’hydroxyle en C-3 est estérifié par l’acide phosphorique.
Lipides
Acylglycérols ou glycérides (lipides de réserve)

Dans les glycérophospholipides, ce dernier est lui-même estérifié par un alcool, tel que :
• l’éthanolamine ou la sérine (céphalines abondant dans le cerveau),
• la choline (lécithines parmi lesquels le surfactant des alvéoles pulmonaires),
• l’inositol (phosphatidylinositol) dont la phosphorylation donne phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (dont
le clivage libère deux second messagers ; le DAG et inositol 1,4,5trisphosphate).

Ils peuvent également être estérifiés par le glycérol estérifié par un second acide phosphatidique pour
former les cardiolipides (présents dans les mitochondries du muscle cardiaque).

Les glycérophospholipides sont des molécules amphipathiques (molécules ayant une tête polaire et une
queue hydrophobe).
Lipides
Acylglycérols ou glycérides (lipides de réserve)
Lipides
Acylglycérols ou glycérides (lipides de réserve)

Les sphingolipides qui constituent le deuxième groupe de lipides membranaires, dérivent des céramides
(formation d’un amide entre la sphingosine qui est un aminoalcool et un acide gras). Ainsi, on peut avoir :

• Les sphingomyélines (céramide estérifié au C1 de la sphingosine par la phosphoéthanolamine ou la


phosphorylcholine) présentes dans les membranes plasmiques des cellules animales et tout
particulièrement dans les gaines de myéline qui entourent et isolent les axones de certains neurones.
• Les glycosphingolipides (céramide uni à un ou plusieurs oses sur l’hydroxyle en C-1 de la sphingosine) tels
que les cérébrosides (galactose), les sulfatides (glucose estérifié par l’acide sulfurique) et les
gangliosides (oligoside).
Lipides
Acylglycérols ou glycérides (lipides de réserve)
Lipides
Stérols et stéroïdes

Les stérols et les stéroïdes sont formés par la fusion de quatre cycles. Chez les Eucaryotes, tous les
stérols, et donc leurs dérivés, sont synthétisés à partir d’unités isopréniques à cinq carbones.

Le cholestérol est le principal stérol (le plus important) des tissus animaux où il est l’un des constituants des
membranes, mais il est aussi le précurseur de nombre de molécules douées d’une activité biologique
importante, tels que:
• les sels biliaires qui interviennent dans la digestion des graisses,
• les hormones stéroïdes
• la vitamine D qui régulent l’expression de certains gènes.
Lipides
Stérols et stéroïdes

Le cholestérol, stérol en C27, possède une chaîne hydrocarbonée fixée sur le C17 et un groupe hydroxyle au
niveau du C3 et présente une double liaison ∆5 ; il est donc amphipathique, avec un core hydrocarboné non
polaire, le noyau stéroïde et la queue hydrocarbonée, et une tête polaire, le groupe hydroxyle.

Le cholestérol est apporté par l’alimentation mais il est aussi synthétisé de novo, essentiellement dans le
foie, mais aussi dans l’intestin. Il est transporté dans les fluides corporels sous forme d’esters d’acides gras
au sein de particules lipoprotéiques : les chylomicrons et les restes de chylomicrons pour le cholestérol
d’origine alimentaire, les LDL et les HDL pour le cholestérol endogène.
Lipides
Stérols et stéroïdes