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Analyse des genomes

Génétique et génomique évolutives (Université Claude-Bernard-Lyon-I)

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DGG :

Analyse des génomes


I. Les étapes de l'analyse des génomes.

1. Cartographie des génomes.

→ Carte génétique : position relative des marqueurs (forcément polymorphes (CA)n, SNPs
etc). C’est très utile pour la localisation des gènes impliqués dans des maladies génétiques (analyse
de co-ségrégation).
Il existe 2 types de cartes chromosomiques :
– Cartes hybrides somatiques ou d'irradiation (fragment d'ADN portant les mêmes marqueurs
→ marqueurs proches)
– Cartes cytogeniques (FISH) : correlation entre une carte génétique et une carte
chromosomique

→ Cartographie physique : permettent de rendre accessible l'ADN pour le sequencage et


obtenir des distances réelles en pb entre les marqueurs.
Méthodes :
– Clonage de l'ADN dans des vecteurs (cosmides, BACs, PACs, YACs)
– Construction de contigs de clone couvrant les chromosomes

2. Séquençage des génomes.

– Méthode de Sanger : voir cours OBM


Capacité : 14 000 séquences / an / technicien (7 Mb)
– Séquenceur capillaire : utilisation des tubes capillaires de verre de seulement quelques
microns de diamètre, sur plusieurs dizaines de centimètres de longueur (30 à 50 cm en général),
pour réaliser la séparation des brins d'ADN durant l'électrophorèse. Les quatre nucléotides passent
dans le même tube capillaire. Il faut donc utiliser quatre marqueurs fluorescents différents pour
caractériser les quatre nucléotides du brin d'ADN séquencé (adénine, guanine, thymine, cytosine).
Capacité : 500 000 séquences / an / technicien (250 Mb)
– NGS (next generation sequencing) : fait par Illumina ou Solexa. Voir cours GSE
Capacité : 10 000 Mb / jour / technicien (10 Gb)
– Séquençage ordonné : réalisation des contigs, clonage dans des vecteurs. Fragmentation,
clonage est assemblage à nouveau, ainsi on obtient la séquence.
– Séquençage en vrac

Il y a 3 niveau de vérification de la éequence :


– Vérification de complétude → problème de trous non séquencés
– Vérification de l'exactitude → score de probabilité
– Validité de l'assemblage → comparaison avec les cartes physiques et génétiques existantes

3. Annotation des séquences.

Annotation fonctionnelle : basée sur l'analyse de la séquence protéique (séquences primaire,


secondaire, tertiaire, motifs, domaines etc), et annotation basée sur d'autres informations
(localisation chromosomique, pattern de distribution entre espèces, voisinage génomique, usage du

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codons etc).

Si deux séquences présentent des similarités au niveau de leurs séquences primaires →


séquences homologues → fonctions similaires héritées de leur ancêtre commun.

→ Découverte de gènes ab inition = utilisation d’un logiciel qui reconnait les caractéristiques
propres aux régions codantes :
– Existence de longues ORFs
– Présence de motifs d’initiation de la transcription et de la traduction
– Présence de sites polyA en 3’
– Présence de séquences consensus d’épissage

Vérification avec 5 types d’arguments :


– Identité avec une séquence de référence annotée ailleurs (ESTs)
– Similarité avec des séquences codantes d’autres organismes
– Prédiction de structure de la protéine codée correspondant à un domaine connu d’une autre
protéine
– Association avec des séquences promotrices (boites TAT), ilots CpG

3 défauts :
– Caractérisation imprécise et incomplète de la structure des gènes
– Caractérisation de faux positifs
– Incapacités à identifier certains vrais gènes

4. Fonctions des séquences.

Génomique fonctionnelle : décryptage de la fonction des séquences pour comprendre le


fonctionnement cellulaire.
Méthodes : étudier l'expression des gènes et des protéines ; inactiver une séquence et observer
les conséquences sur le fonctionnement de la cellule (analyse des mutants).

5. Comparaison des génomes.

Intérêt de la recherche des orthologues : problème important pour l'évolution moléculaire :


annotation des gènes, inférer la physiologie des espèces selon une grande quantité de gènes présents
chez la plupart des génomes, comparaison génomique selon le contenu en gènes des espèces.

II. Les projets génome.

Les techniques de sequencage sont d'abord appliquees a des organismes modeles en biologie
(E. Coli), levure de boulanger (S. cerevisiae), nematode (C. elegans), drosophile (D. melanogaster),
poisson zebre (D. rerio) et autres.

A quoi sert le sequencage du génome ?

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