Vous êtes sur la page 1sur 29

lOMoARcPSD|5565860

Biologie moléculaire - Notes de cours - Chapitre 1

Biologie moléculaire (Université de Liège)

StuDocu is not sponsored or endorsed by any college or university


Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)
lOMoARcPSD|5565860

Chapitre 1 : Introduction au cours de Biologie Moléculaire

1. Dogme de la biologie moléculaire : ................................................................................................. 2


2. Constitution de l’ADN ...................................................................................................................... 2
a. Les bases du DNA ........................................................................................................................ 3
b. Polarité, appariement et formes du DNA.................................................................................... 5
3. L’ARN ............................................................................................................................................... 8
a. Composition de l’ARN.................................................................................................................. 8
a. ARN messager.............................................................................................................................. 9
b. ARN de transfert ........................................................................................................................ 10
c. ARN ribosomiaux ....................................................................................................................... 11
4. Les génomes procaryotes et eucaryotes ....................................................................................... 11
a. Procaryotes................................................................................................................................ 11
b. Eucaryotes ................................................................................................................................. 12
c. Condensation du génome & le chromosome............................................................................ 13
5. La taille des génomes .................................................................................................................... 16
6. Les histones et la chromatines ...................................................................................................... 17
7. Dénaturation et renaturation du DNA .......................................................................................... 23
8. Le DNA peut être endommagé ...................................................................................................... 26
a. Déamination de la cytosine ....................................................................................................... 26
b. Déamination de la 5-méthyl-cytosine ....................................................................................... 26
c. Dépurination.............................................................................................................................. 26

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

1. Dogme de la biologie moléculaire :

Le dogme de la biologie moléculaire, a été édité par Francis Crick en 1960. Le


génome cellulaire (DNA) qui est à la base de la biologie moléculaire peut subir un
phénomène de transcription donnant naissance aux RNA messager et ribosomiaux
ainsi que aux RNA de transfert. Cette étape de transcription est importante.
Elle demande l’utilisation de certaines enzymes. Se sont des RNA polymérases.
Les RNA polymérases produisent du RNA en copiant du DNA.

Une sous population de ces RNA, les RNAm sont les seuls qui vont avoir une étape
de traduction en protéine. Les autres RNA restent dans la cellule et sont non
traduit. Ils ont d’autres fonctions importantes pour la cellule. Dans les cellules
eucaryote ou procaryote, avant l’étape de division, c'est-à-dire de mitose, le
génome de nos cellule doit se répliquer.
Cette réplication, s’effectue par une série d’enzymes, les DNA polymérases au
cours de la phase S du cycle cellulaire.

2. Constitution de l’ADN Acide désoxyribonucléique


- Chimiquement c’est une molécule « simple » : formé d’un squelette sucre
phosphate.
- Pourvu d’une extrémité 5’ phosphate ! 5’ Phosphate ainsi qu’une extrémité 3’
OH.
- Le squelette sucre phosphate est constitué de groupement phosphate liant
ensemble deux sucre à 5 carbones. Ce sucre est un déoxyribose constitué de
5 carbones, 1’, 2’, 3’, 4’ et 5’.

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

- Sur ce déoxyribose, se trouve au niveau du carbone 1’, une base associée par
une liaison N-glycosylique. C’est la liaison reliant la base et le sucre.

DNA

a. Les bases du DNA


La molécule d’ADN est constituée de 4 bases différentes, Adénine, cytosine,
guanine et thymine.

Il existe 2 purines : Adénine (A) et Guanine (G). Elles sont un noyau pyrimidine +
un noyau imidazole. La numérotation des atomes se fait d’abord sur le noyau
pyrimidine.
La liaison N-glycosylique avec le sucre se fait sur l’azote 9 au niveau des purines

Purine Pyrimidine

Il existe 2 pyrimidines : Cytosine (C) et Thymine (T). Ici c’est l’azote 1 qui est
impliqué dans la liaison glycosylique avec le sucre.

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

La chaine sucre phosphate + base de l’ADN est ce que l’on appelle une chaine
poly nucléotidique.
L’unité de base de l’ADN est ce que l’on appelle un nucléotide. C'est-à-dire une
base, un sucre et le phosphate du coté 5’.

Le nucléoside est la base + le sucre sans le groupement phosphate.


Il existe 4 nucléotides et 4 nucléosides :
Nucléosides : Nucléotides :
- Deoxycytidie - dC - Déoxycytidine-5’-Phosphate
- Deoxythymidine - dT - Déoxythymidine-5’-
- Déoxyadénosine - dA Phosphate
- Déoxyguanosine – dG - Déoxyadénosine-5’-
Phosphate
- Déoxyguanosine-5’-
Phosphate

DNA en simple chaine : une seule chaine polynucléotidiques. Si à l’inverse il y a


deux chaines polynucléotidique, on parle d’un DNA en double chaine, ou d’un DNA
bi caténaire.

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

b. Polarité, appariement et formes du DNA


Si l’on a une molécule de DNA en double chaine, les chaines sont dites anti
parallèles, elles ont une polarité inverse : 5’ – 3’ et 3’ – 5’

3’ ------------------------ 5’

5’ ------------------------ 3’

DNA est très instable dut à une abondance de charge négatives réparties tout le
long de la chaine. Par répulsion électrostatique, ces deux chaines ne devraient
jamais se mettre l’une en face de l’autre. Ce sont deux chaines qui viennent
s’apparier. Elles forment un appariement.

Ces chaines s’apparient et parviennent à vaincre les répulsions électrostatiques


grâce à la formation de liaison Hydrogène entre les bases des chaines poly
nucléotidiques.

Ces liaisons Hydrogènes sont schématisées par les « pointillés », elles ont lieux
entre des oxygènes et des hydrogènes ou des azotes et des hydrogènes :

L’appariement d’une guanine (purine) avec une cytosine (pyrimidine) montre que
l’on a toujours un appariement purine / pyrimidine. On peut aussi avoir un
appariement Adénine / Thymine.

Entre une G/C : 3 liaisons H alors que entre A/T : 2 liaisons H.

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Ce sont ces liaisons H qui maintiennent les chaines poly nucléotidiques appariées
les unes aux autres. Plus le nombre de couple GC est important, plus l’appariement
est fort, dût à un nombre important de liaison H. Une molécule DNA riche en
couple GC sera plus stable qu’une molécule riche en couple AT.

En fonction du pH, on peut avoir différentes formes :

- Une forme amino ou imino pour une cytosine


- Une forme kéto ou énol pour une guanine

En fonction du pH les bases vont présenter des groupements donneurs ou


accepteurs d’hydrogène différents. Malgré tout, quelque soit la forme, il y
aura toujours 3 liaisons H impliqués dans l’appariement. La forme la plus
fréquente est la forme amino / kéto, c’est la forme que l’on détecte à pH 7.

C’est dans les années 50 que l’on a pu caractériser la structure de la molécule de


DNA. Ce fut découvert par 2 biologistes anglais, qui ont mis en évidence une
structure en double hélice. Grâce à la cristallisation de la molécule d’ADN et
l’analyse des cristaux par diffraction des rayons X, ils ont pu déterminer la
structure de l’ADN.

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

On peut noter que l’orientation anti parallèle est bien visible sur une double
chaine. Les deux chaines sont entourées autours d’un axe vertical. Et les bases
appariées l’une à l’autre sont perpendiculaire à cet axe vertical.

Molécule très fine et étroite, elle ne fait que 20 Angstrom de diamètre. 1 tour
d’hélice, correspondant à 10 paires de bases mesure 34 Angstrom. Comme une
molécule de DNA peut être constitué de plusieurs centaines de millions de paires
de bases.

Sur une autre représentation de


l’ADN, on peut voir qu’en
s’enroulant les deux chaines
forment 2 types de sillons
(groove). Un sillon majeur faisant
une hauteur de 22 Angstrom et le
petit sillon faisant une hauteur
de 12 Angstrom.

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Ceci est la structure classique de la molécule de DNA. Elle est aussi connue
comme étant la forme B.

La forme B est la forme que l’on rencontre partout dans nos cellules
notamment dans les conditions physiologiques de température et de pH. On
peut rencontrer deux autres formes de structure du DNA que la forme B, les
formes A et Z. elles sont structurellement de la forme B. La forme A est
caractérisé par une variation du pH physiologique. La forme Z elle se rencontre
dans les zones d’une molécule de DNA très riche en paire GC. Les formes A et Z
sont des formes anecdotiques.

3. L’ARN

a. Composition de l’ARN
La molécule de RNA est aussi un poly nucléotides. C’est un poly nucléotides aussi
avec une extrémité 5’ et 3’ et en simple chaine. La structure est quasiment la
même que pour le DNA. Toutefois il y a quelques différences :

- Ce n’est pas un déoxyribose, mais, à un ribose. Le groupement sur le


carbone 2’ est un groupement –OH, et non pas comme la molécule de DNA
où on a un groupement –H. La liaison entre deux sucres est la même que
dans le DNA, c’est une liaison phospho diester.
- La thymine est remplacée par une autre pyrimidine, l’uracile.

Chez les virus, on peut observer un RNA double chaine.

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Exemple d’ARN :

Il existe trois types de RNA : RNAr, RNAt, RNAm. Ils sont constitués d’une
seule chaine de poly nucléotides. Ça ne veut pas dire qu’ils sont incapables de
faire des appariements car ils possèdent la capacité de former des liaisons H.
Ces appariements se font par un repliement de la chaine sur elle-même.

Une molécule de RNA peut alterner des zones doubles chaines et des zones
simples chaines alors qu’il n’y a qu’un seul poly nucléotides.

a. ARN messager
Le poly nucléotide messager est celui qui par sa longueur la plus importante va
réaliser un nombre d’appariements importants. Il est capable de réaliser des
structures en double hélice. Toutefois, si l’on compare la longueur de l’ARN
double brins par rapport à la longueur de l’ARN double brins, il sera l’ARN
ayant le plus de structure simple brin.

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

b. ARN de transfert
Sur le schéma suivant d’un RNAT on peut voir qu’il possède une extrémité 3’
et 5’ et une seule chaine poly nucléotidiques mais de nombreux appariement.
Un RNAT est formé majoritairement de zones appariées formant une double
hélice. Comme la boucle « anti codon » s’appariant avec l’ARNm permettant la
traduction. Il présente une structure en feuille de trèfle.

10

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

c. ARN ribosomiaux
Il existe des RNA ribosomiaux :

Ils sont différents en


fonction de la petite ou de la
grosse sous unités du
ribosome. Les structures
secondaires sont nettement
majoritaires. Les parties
véritablement de RNA en
simple chaine sont très
limitées. La structure est
stable, tout comme le RNAT,
la structure dans l’espace est
gouvernée par ces

Appariements entre les bases. Par opposition le RNAm de par l’absence de


zones d’appariements est beaucoup moins stable. Ces structures
d’appariements sont responsables de la forme 3D des molécules

4. Les génomes procaryotes et eucaryotes

a. Procaryotes
Chez les procaryotes : (bactéries + cyanobactéries [algue bleu]) et organisme
unicellulaire, il n’y a pas de noyau définit. Le génome « flotte » dans le
cytoplasme. Il est constitué d’une molécule de DNA double chaine. Chez les
procaryotes, ce génome est une molécule unique dont les extrémités sont
attachées l’une à l’autre formant un cercle double chaine. C’est un DNA double
chaine circulaire fermé.
" Taille du génome varie entre 1 à 10.106 paires de bases.

En plus de l’ADN, il y a d’autres entités autonomes, qui sont sous forme de DNA
double chaine circulaire fermés, mais de plus petites tailles, les plasmides.

" On peut avoir de 1 à plus de 250 plasmides pouvant être différents ou sous
forme de plusieurs copies.

Le génome est dit haploïde car présent en une seule copie. Les plasmides peuvent
être haploïdes ou polyploïdes s’il y a « n » copies du même plasmide.

11

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Ces plasmides détiennent l’information génétique notamment pour résister aux


antibiotiques. Lorsque deux bactéries se conjuguent, les plasmides peuvent
passer d’une à l’autre, et donc transférer des phénomènes de résistances.

b. Eucaryotes
La cellule est beaucoup plus grande (5 fois + en moyenne). La molécule de DNA
est enfermée dans une structure, le noyau. Chez tous les eucaryotes, il y a un
noyau. Chez les eucaryotes supérieurs, le génome est constitué d’une série de
pièces différentes. Notre génome est constitué de morceaux de DNA linéaires.
Et chaque morceau est dupliqué. Il y a donc 2 copies de chaque morceau. Chez les
eucaryotes supérieurs, tel que chez l’homme, le génome est constitué de
molécules de DNA double chaines, linéaires, segmentés.
Dans les cellules eucaryotes, il y a des génomes accessoires, se sont les génomes
présents notamment dans la mitochondrie. Chez les végétaux, il y en a également
présent dans le chloroplaste en plus de la mitochondrie. Il y a donc, des génomes
mitochondriaux et des génomes chloroplastiques. En effet une cellule contient de
nombreuses mitochondries et de nombreux chloroplastes. Ces deux types de
génomes ressemblent aux plasmides des bactéries. Constitués de DNA double
chaine, circulaire fermés.

12

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

c. Condensation du génome & le chromosome


La taille des génomes nucléaires et mitochondriaux est très différentes. Chez
l’homme du génome nucléaire est de 3.109 paires de bases, la taille du génome
mitochondriale est de 15 000 paires de bases.

Lors d’une phase du cycle cellulaire, au cours de la métaphase de la mitose, ces


segments se condensent afin de former les chromosomes. Il y a autant de
segment que de chromosomes. Chez la femme, le génome est totalement diploïde
car il y a les chromosomes sexuels XX, tandis que chez l’homme le génome n’est
pas totalement diploïde car les chromosomes sexuels sont XY. Ceci est vérifiable
dans toutes les cellules de nos tissus à l’exception des cellules sexuelles, chez
l’ovule et le spermatozoïde, pour lesquelles le génome est haploïde.

Le DNA génomique bactérien est attaché à la membrane de la bactérie. Ce DNA


est associé à quelques protéines. Ces complexes protéiques définissent des
boucles faisant environ 40 kpaires de bases de long. Ce sont des protéines
basiques donc, riche en acides aminés basiques.

Rappel : Les acides aminés basiques à pH neutre, portant donc une charge « + » :

- Lysine
- Arginine
- Histidine

C’est par des interactions électrostatiques que les acides aminés basiques
interagissent avec les charges négatives des groupements phosphate de l’ADN.

13

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Pour la grosse majorité du DNA génomique bactérien, il est « nu » c'est-à-dire


non associé à des protéines.

Ceci est en opposition avec le DNA génomique eucaryotique qui lui, est associé à
des protéines dénommées histones. Ces complexes entre l’acide nucléique et les
histones forment ce que l’on appelle la chromatine. Si la chromatine se condense,
on observe la formation de chromosome. Les chromosomes sont détectés lors de
la métaphase.

On observe :

- Un bras court
- Un bras long du
chromosome
- Un centromère
- Les extrémités du
chromosome sont les
télomères

Etapes de condensation du DNA

14

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Cette organisation est valable pour tous nos chromosomes. On possède 22 paires
de chromosomes dit autosomes et une paire de chromosome sexuels, d’où un total
de 23 chromosomes.

Description précise du
chromosome :

- Bras court p
- Bras long q
- Télomères aux extrémités
- Centromère
- Bande claire
- Bande sombre

On peut colorer les chromosomes avec certains colorants tels que l’acridine
orange et on peut ainsi les observer au microscope.

Intérêt de les observer au microscope ?


Quand on pratique la cytogénétique, on peut observer les chromosomes afin de
repérer des maladies ou plus simplement anomalies génétiques tel que le
mongolisme. Le mongolisme est une maladie génétique provoquant l’apparition de
chromosome excédentaire.

15

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

On peut également observer des translocations, c'est-à-dire des morceaux de


chromosome qui ont été échangé. Par exemple, un morceau d’un bras de
chromosome peut avoir été échangé avec un autre morceau d’un autre bras de
chromosome. C’est fréquemment observé dans certaines leucémies. Donc certains
cancers se caractérisent par translocation de morceaux de chromosomes. Par
exemple, la LMC : leucémie myéloïde chronique. C’est une leucémie pour laquelle
on observe une translocation entre deux chromosomes provoquant l’apparition de
chromosome totalement anormal, c’est le chromosome « Philadelphie ».

5. La taille des génomes


Tableau comptabilisant le nombre de chromosomes en fonctions des différentes
espèces :

Tous les eucaryotes sont en général diploïdes, sauf exceptions. Par exemple chez
la levure on peut avoir des organismes diploïdes mais également haploïdes. Chez
les eucaryotes, les tailles des génomes varient. En effet la levure possède 12. 106
paires de bases jusqu’à 3 200. 106 chez l’homme.

16

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Ce sont les végétaux qui ont les génomes eucaryotiques les plus grands : 120 000
106 de paires de bases pour les végétaux.

La densité de gènes chez les organismes eucaryotiques inférieurs est supérieure


à celle de l’homme. Plus on avance dans l’évolution, plus les gènes sont dispersés
dans notre génome. La densité génétique chez l’homme est de 6.106 chez l’homme
alors qu’elle est de 400.106 de paires de bases chez la levure.

6. Les histones et la chromatines

On possède 4 histones, H2A, H2B, H3 et H4 formant les nucléosomes. On


possède une 5ème histone, H1 qui est inter nucléosomale, c'est-à-dire entre les
nucléosomes.

17

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Comme toutes les protéines, les histones ont une extrémité amino terminale et
carboxy terminale. On peut distinguer clairement ces deux zones.
- La séquence en acides aminés de la zone amino-terminale est assez proche
entre les 4 histones.
- Le domaine de repliement de l’histone, cette zone est constituée de 3
cylindres, zone en hélice α
o Types d’interactions permettant à l’hélice α de se maintenir : les
liaisons hydrogènes.
o Acide aminé ne pouvant jamais être dans une hélice α : proline

Les histones, pour former le nucléosome s’associent 2 à 2 selon 2 axes : vertical


et horizontal.

Le nucléosome est donc un octamère protéique, il est constitué de 8 protéines : 2


de chaque histone.

18

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

On voit bien que les régions amino terminales sortent du nucléosome. Elles ne
font pas partie de l’interaction. On a d’abord H3 et H4 qui interagissent et
forment un tétramère. Ce dernier, vient s’associer avec le DNA, et c’est
seulement après que l’autre tétramère H2A H2B vient s’associer pour former le
complexe complet.

Le poids de la partie protéique de l’histone est de 108 kD. Quel est le poids
moléculaire moyen d’un acide aminé : 110 D. Donc un nucléosome est constitué
d’environ 1000 acides aminés.

La partie DNA, associé avec le nucléosome correspond à une longueur de 200


paires de bases pour un poids moléculaires de 230 kD. La masse moléculaire de
l’ADN équivaut à la masse moléculaire protéique. On peut également voir que la
protéine H1 inter nucléosomale a un poids moléculaire de 24 kD.

Les 200 paires de bases sont


enroulés autours du nucléosome. Ce
sont les interactions entres les
phosphates du DNA et les acides
aminés basique (arginine, leucine...)
qui maintiennent le complexe en
place. Un nucléosome fait 11nm de
diamètre pour 6 nm de haut.

19

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

On observe un axe de symétrie au niveau du DNA autours du nucléosome. La


distance entre la séquence A et B est toujours de 80 paires de bases. Le
nucléosome est une entité rigide et stable caractérisé par une symétrie
importante.

On peut voir que la chromatine est condensée. Ceci est possible grâce à la
présence de la protéine H1 qui est internucléosomale. Dans notre génome, il
existe des régions où la chromatine est relâchée et dans d’autre où elle est
condensée. Ceci est fait afin de réguler l’action des gènes. Ce sont des zones
dans lesquelles s’opère l’expression des gènes, c'est-à-dire la transcription :
synthèse des différents types de RNA. C’est pour cela que l’on dit que la
chromatine relâchée est active transcriptionellement.

20

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

On peut l’observer au niveau du microscope électronique :

Activité transcriptionnelle Absence d’activité transcriptionnelle

Zone de chromatine condensée riche en histone H1 forme la fibre 30 nm. On peut


voir que les queues amino terminale qui initialement n’entraient pas en compte
lors de la formation du nucléosome, sont ici, en interaction les unes avec les
autres. Elles jouent un rôle crucial dans l’état condensé ou dans l’état relâché. On
peut observer que les régions amino terminale peuvent avoir leurs acides aminés
les composant peuvent être modifié. Ce type de modification est totalement
caractéristique en fonction de l’état condensé ou relâché.

21

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Séquences en acide aminés des queues amino terminales :

On observe un nombre très important de lysine. H3 joue un rôle crucial dans la


définition de l’état relâché ou de l’état condensé. Il existe trois types majeurs de
modifications :

- Phosphorylation sur sérines et thréonines


- Méthylation sur arginine ou lysine
- Acétylation sur lysine

La phosphorylation et acétylation apporte des charges négatives sur les


extrémités amino négative. Ça amène une répulsion électrostatique entre
les queues amino terminales.

La méthylation est signal de condensation dans la plupart des cas. Mais


dans certains cas, la méthylation peut être associée à une relaxation. On
peut observer soit une mono méthylation ou une tri méthylation.

Dans le noyau des cellules, il y a des enzymes qui mettent des groupements
phosphates, ce sont des kinases agissant sur les sérines et thréonines. Ce sont
des sérines ou thréonines kinases. D’autres enzymes sont des histones acétyle-
transférases. Elles vont transférer des groupements acétyles sur les lysines
amino terminales des histones. Enfin il existe des histones méthylases qui vont
elles ajouter des groupements méthyle sur des arginine ou lysine.

" Rôle important dans le contrôle de l’état relaxé ou non du DNA

22

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

7. Dénaturation et renaturation du DNA

Les deux chaines anti parallèles sont maintenues les unes aux autres par des
liaisons H. Ces chaines se repoussent l’une et l’autre. L’état double chaine est dû
aux liaisons H qui maintiennent et la neutralisation des charges négatives par des
cations sodium contribuant à neutraliser partiellement des groupements
phosphates.

" La stabilité des doubles chaines :


o Na+ : contre ions
o Liaisons H

Formation de duplexes partiels entre la molécule de DNA et des petites amorces.

23

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

La molécule de DNA double chaine peut être dénaturée, c'est-à-dire


transformée en molécule simple chaine. Il y a une séparation physique des deux
chaines qui s’établit.

Comment peut le faire ?

- La chaleur : augmentation de la température


- L’urée : urée entre en compétition avec les liaisons H et dénature la
molécule de DNA

Comment peut-on suivre la réaction de dénaturation ?


En mesurant l’absorbance à 260 nm en fonction de la température. L’absorbance
reste stable puis augmente brutalement. Le point à mi-hauteur correspond à la
température de dénaturation de l’ADN.

Si on reporte en fonction de la longueur d’onde l’absorbance de la molécule d’ADN


on obtient un spectre d’absorption avec un minimum à 235 nm et un maximum à
260 nm. C’est une absorption des radiations UV (UV : 100nm – 300nm)
Les bases absorbent les UV car elles possèdent des doubles liaisons.

Rappel :
UV : 100 nm – 300 nm
Visible : 300 nm –800 nm
IR : 800 nm ->

Pourquoi observe-t-on un phénomène d’augmentation de l’absorbance ? Effet


hyperchrome. Car les liaisons H sont détruites et la délocalisation électronique
sur les noyaux purines et pyrimidines est modifiée par la séparation des paires de
bases.

24

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

Le phénomène de dénaturation est réversible. En effet, si on prend une solution


contenant de l’ADN dénaturée à 60°C… Si on diminue doucement la température,
la molécule va se renaturer. Si à l’inverse on diminue brutalement la température,
l’absorbance restera importante à 260 nm, les deux chaines de DNA resteront
séparées.

Pour les petits fragments de DNA on peut calculer la température de


dénaturation, il faut au maximum 25 paires de bases.
TD = 4 (GC) + 2 (AT)

Phénomène de dénaturation / renaturation peut s’effectuer aussi bien en phase


solide qu’en phase liquide. Par exemple :

La molécule de DNA est une molécule présentant une réactivité chimique. C'est-
à-dire que l’on peut la modifier par réaction avec une série de composés
chimiques. Voici 3 réactions chimiques fréquentes pouvant se passer dans une
cellule :

25

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

8. Le DNA peut être endommagé

a. Déamination de la cytosine

Le groupement NH2 de la cytosine à un certain degré d’instabilité et il peut


en présence d’une molécule d’eau être remplacé par un groupement céto
transformant la cytosine en uracile. Dans certaines conditions, si ce genre de
réaction de déamination de la cytosine se produit, on va se retrouver avec
des uraciles dans l’ADN. Ceci est problématique car se sont des obstacles à
la réplication et à la transcription. On possède une série d’enzymes
permettant d’éliminer l’uracile du DNA.

b. Déamination de la 5-méthyl-cytosine

On retrouve dans le RNAT. Si cette 5- méthyl-cytosine est désaminée ont


génère de la thymidine, rendant impropre le RNAT impropre à sa fonction.

c. Dépurination

La liaison est sensible au p H. Si le pH, baisse un peu et devient acide, on


observe le détachement de la purine du sucre, et on se retrouve avec ce que
l’on appelle un site apurinique. Ce site est donc dépourvu de purine. L’absence

26

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

d’une purine dans une double hélice la rend impropre à la transcription et


réplication

Les purines sont les bases les plus sensibles chimiquement :

- Oxydation ! forme la 8 – oxo guanine


- Alkylation
- Déamination
- Alkylation
Les phénomènes d’oxydation sont très fréquents et conduisent à la
formation de 8-oxoguanine au niveau en particulier du DNA mitochondrial
parce que la mitochondrie est le siège de la respiration. Pour empêcher la
formation de ce composé, on a développé dans les cellules à de nombreux
composés et enzymes luttant contre ces oxydations associées à la
respiration.

Le DNA est également sensible aux radiations physiques, notamment aux


radiations solaires de l’UV :

Un des produits de cette radiation se forme entre deux pyrimidines


adjacentes. Ça peut être une thymine/thymine, cytosine/thymine,
thymine/cytosine, cytosine/cytosine. On peut voir que lors que deux
thymines sont proches, il y a deux doubles liaisons proches. Lorsque les
rayons UV interviennent, on forme un anneau qui attache de manière
covalente deux pyrimidines adjacentes. Ce genre de dommage du DNA

27

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)


lOMoARcPSD|5565860

intervient par exemple lors de coups de soleils. On peut réparer nos


cellules grâces à des enzymes spécifiques.
Toutefois si l’on s’expose de manières répétées aux radiations solaires, on
accumule ce genre de dommage dans notre patrimoine génétique. Or il est
maintenant démontré que l’accumulation de ce genre de lésions est à
l’origine de cancers de la peau.

Le DNA peut également être cassé, le squelette sucre-phosphate. C’est ce


que l’on appelle une cassure double chaine.

Ceci s’observe suite à une exposition ionisante (RX, rayons y). Ce sont des
lésions difficiles à réparer, même si nos cellules possèdent des enzymes
qui tentent de le faire.

Toutes ces modifications du DNA sont des lésions dites génotoxiques.


C'est-à-dire, toxique pour notre génome. Identifier les composés qui
mutent l’ADN, permettent la mise en évidence de composés qui peuvent
être cancérogènes.

28

Downloaded by amedjoudj thaldja (amedjoudj.theldja@gmail.com)