Bases de datos de genomas y exploradores de genomas

1. Búsqueda de proyectos de secuenciación

a. Busca en la base de datos GOLD si existe algún proyecto de secuenciación del

phyllum de protistas Euglenozoa ¿Existen proyectos completados y publicados?

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Busca en NCBI genomes si existe una secuencia de referencia (RefSeq) del genoma de
Trypanosoma brucei brucei ¿Cuál es el identificador de este bioproyecto? ¿Cuál es el
identificador del ensamblaje?

Le das a list y sale esto:

En cada uno sale el identificador del proyecto, y más

adelante el de ensablaje
b. Busca alguna base de datos específica donde se encuentren alojados los genomas
de kinetoplástidos.
ASM21029v1

tritrypdb.org/
2. Navegando con el visor de genomas (GBrowse)

a. Explora la herramienta GBrowse de esta base de datos. Mira las diferentes

secciones: Instrucciones, Búsqueda (Search), Descripción (Overview), Región,
Detalles, Secciones específicas (Tracks).

b. - Mira el cuadro “Landmark or Region”, ¿qué información contiene?

Te permite hacer un zoom sobre las diferentes regiones del genoma.
- ¿Qué cromosoma estás mirando? ¿En qué parte del cromosoma te ubicas?
El cromosoma tb927_02_v5.1, te ubicas en la franja marcada dentro de la escala en
gris.
- Muévete a la región 1000000—1100000 en este cromosoma. Mira en la Descripción
(overview) para darte una idea del tamaño total de este cromosoma.
- Ve al cromosoma 9 ¿Cómo haces esto? (pista: cambia el número de cromosoma en el
cuadro “landmark or region” – debería verse así: Tb927_09_v5.1:1000000..1100000).

- Aplica el Zoom hasta ver una región de 20Kb. ¿Qué genes se ven en esta región?
(pista: mueve el ratón sobre los genes y mira las referencias que aparecen)

¿De qué especie es el genoma que estamos viendo?

Trypanosoma brucei brucei
- ¿Hay otras maneras de moverse y acercarse? Intenta resaltar (seleccionar con el
ratón) una sección en la parte de “Overview” o “Region” en GBrowse.
mmmmm no? Lo de scroll?
- ¿Cómo llegarías a un gen determinado en GBrowse? Intenta llegar a este gen:
Tb927.2.5800 ¿Qué es este gen?
Entra en la página dedicada a este gen. Busca la pestaña de Protein Browser y
pínchala. Selecciona los tracks de datos proteómicos en T. brucei ¿Se confirma que es
un gen real?

Sí
- Consigue la secuencia proteica de este gen y realiza una búsqueda con la
herramienta BLAST disponible en esta base de datos frente a las secuencias de las
especies del género Trypanosoma ¿Con qué otra proteína presenta homología?
sedoheptulosa-1,7-bisfosfatasa
Intenta hacer la misma búsqueda en la herramienta BLAST genomes de NCBI ¿Cuál es
el resultado?
Usar blast dentro de la página web en cuestión. Seleccionas las dos proteínas que salen
dentro de T. brucei. Una de ellas tiene un Evalue de 0, es nuestra proteína, la otra es la
homóloga, que es una fructosa fosfatasa. Coges la secuencia y la llevas a blast, debería
salir homología pero no sale porque así es la vida.
2.2 Explorando secciones (“tracks”) en GBrowse
a. Intenta determinar si existen genes sinténicos alrededor del gen “sedoheptulose-
1,7-bisphosphatase” en otros kinetoplástidos (pista: activa las secciones (tracks) de
genes sinténicos y luego presiona el botón “update image”. Pon el zoom a 20Kb).
Cogemos el ID del gen de antes, lo pegamos, le damos a select tracks (seleccionar
todos), le damos a la opción de orthology, ajustamos el zoom a 20kbp

b. ¿Hay genes sinténicos a este gen en todas las especies de TriTrypDB? Modifica los
subtracks para que se vean solo los de las especies del género Trypanosoma. ¿Hay
genes sinténicos a este gen en todas las especies? Examina el gen correspondiente a la
SBPasa de T. vivax ¿Qué nombre aparece? ¿Por qué es un fragmento? ¿Cuál puede ser
la razón de esto?
En select tracks, donde pone 78/78, pinchar y seleccionar solo Trypanosoma. Si vas
bajando por la columna de tu gen, se ve que todos tienen un gen. El gen de T.vivax es
el último, puede ser que siendo la misma proteína le hayan puesto distinto nombre a
los distintos exones de la misma proteína o incluso no haber puesto nombre así que no
pasa na. Se compara con los nombres que salen en T. brucei. Puede haber ocurrido
que haya habido una deleción, aunque es un poco raro porque la sedoheptulosa
fosfatasa en principio no debería ser prescindible. La otra opción es que no haya
habido un ensamblaje óptimo del genoma de T. vivax.
- Pon el zoom en 50KB. Mira la secuencia genómica de T. congolense ¿qué pasa con la
sintenia? Pon el zoom en 500KB ¿qué le ha podido pasar a esta región en T.
congolense?

Se observa que a la izquierda del gen seleccionado en amarillo hay una parte donde no
hay sintenia, así que es probable que haya habido una translocación. Se descarta que
sea una deleción porque ese espacio en realidad está ensamblado, no ha habido corte.
c. Explora otras tracks o secciones (recuerda que en este caso los tracks solo
mostrarán datos si éstos existen para T. brucei, ya que hemos seleccionado un gen de
T. brucei). Pon el zoom a 50Kb y centra en la región 0.6M. Desactiva el track de sintenia
y activa los de RNA-seq de Siegel et al (los 4 subtracks) ¿ves alguna diferencia entre las
formas de sangre y procíclicas? Mira los genes que parecen estar regulados
diferencialmente ¿Puedes concluir algo? Vete a la página donde se describe alguno de
estos genes y recopila toda la información disponible sobre su posible función.
Vamos a lo de seleccionar tracks, quitamos orthology, pinchamos en transcriptomics,
rnaseq, trypanosoma brucei brucei, escala lineal, seleccionar el primero que
corresponde a Siegel et al y seleccionar los cuatro tracks posibles. Para ponerse en la
sección 0,6M, pinchar con el dedo sobre él. Se aprecia que hay ciertas proteínas que se
expresan solo en la forma en la que vive en sangre, así que es posible que sean
glicoproteínas de membrana que sirven para adherirse a los hematíes.