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: LISTE DES ENZYMES DE RESTRICTION

:
:
: Bases: A,C,G,T, N= base quelconque, Y=pyrimidine, R=purine, M=A ou C,
: K=G ou T, S=G ou C, W=A ou T, H=A, C ou T, B=G, T ou C,
: V=G, C ou A, D=G, A ou T.
:
:
: Lignes de commentaires : doivent commencer par un caract�re non
: alphab�tique en premi�re colonne.
:
: Lignes de donn�es : doivent commencer par un nombre entier
: (le nombre de bases du site de reconnaissance).
:
:
: Entrer les enzymes dans l'ordre correspondant au nombre de bases du site
: de reconnaissance. Pour chaque ligne, entrer dans l'ordre :
:
: - nombre de bases du site,
: - nom du site,
: - s�quence reconnue,
: - d�calage entre la premi�re base de la s�quence reconnue
: et l'extr�mit� 5' de l'enzyme de restriction,
: - deuxi�me s�quence reconnue (optionnelle) et d�calage �ventuel.
:
: Noter que :
:
: - Aucune ligne ne doit d�passer 80 caract�res.
: - Aucun site de reconnaissance ne doit d�passer 50 caract�res.
: - Si aucun d�calage n'est souhait�, lui attribuer n�anmoins la valeur 0.
: - La longueur du fichier ne doit pas d�passer 255 lignes de donn�es,
: (lignes de commentaires exclues).
:
: La liste des enzymes de restriction doit toujours �tre maintenue
: dans l'ordre correspondant au nombre de bases du site de reconnaissance
: figurant dans la premi�re colonne.
:
: Dans une recherche des sites de restriction, SEQAID II fournit les sites
: correspondant � l'extr�mit� 5'de la la liaison phosphodiester coup�e.
:
: Liste �tablie au 30/01/88
:
4,Alu I,AGCT,+1
4,Tha I,CGCG,+1
4,Hae III,GGCC,+1
4,Hha I,GCGC,+2
4,Hpa II,CCGG,0
4,Mnl I,CCTC,+10,GAGG,-8
4,Mae I,CTAG,0
4,Mae II,ACGT,0
4,Mse I,TTAA,0
4,Nla III,CATG,+3
4,Rsa I,GTAC,+1
4,Sau 3a,GATC,-1
4,Taq I,TCGA,0
:
5,Alw I,GGATC,+8,GATCC,-6
5,Ava II,GGWCC,0
5,Bbv I,GCAGC,+12,GCTGC,-13
5,Dde I,CTNAG,0
5,Eco RII,CCWGG,-1
5,Fnu 4H,GCNGC,+1
5,Fok I,GGATG,+13,CATCC,-14
5,Hga I,GACGC,+9,GCGTC,-11
5,Hinf I,GANTC,0
5,Hph I,GGTGA,+12,TCACC,-8
5,Mae III,GTNAC,-1
5,Mbo II,GAAGA,+12,TCTTC,-8
5,Nci I,CCSGG,+1
5,Ple I,GAGTC,+8,GACTC,-6
5,Sau 96I,GGNCC,0
5,Scr FI,CCNGG,+1
5,Sfa NI,GATGC,-10,GCATC,+9
:
6,Aat II,GACGTC,+4
6,Acc I,GTMKAC,+1
6,Afl II,CTTAAG,0
6,Afl III,ACRYGT,0
6,Aha II,GRCGYC,+1
6,Apa I,GGGCCC,+4
6,Apa LI,GTGCAC,0
6,Ase I,ATTAAT,+1
6,Asu II,TTCGAA,+1
6,Ava I,CYCGRG,0
6,Avr II,CCTAGG,0
6,Bal I,TGGCCA,+2
6,Bam HI,GGATCC,0
6,Ban I,GGYRCC,0
6,Ban II,GRGCYC,+4
6,Bcl I,TGATCA,0
6,Bgl II,AGATCT,0
6,Bsm I,GAATGC,+6,GCATTC,+6
6,Bsp HI,TCATGA,0
6,Bsp MI,ACCTGC,+9,GCAGGT,-9
6,Bsp MII,TCCGGA,0
6,Bss HII,GCGCGC,0
6,Cfr10 I,RCCGGY,0
6,Cla I,ATCGAT,+1
6,Dra I,TTTAAA,+2
6,Eae I,YGGCCR,0
6,Eco47 III,AGCGCT,+2
6,Eco RI,GAATTC,0
6,Eco RV,GATATC,+2
6,Fsp I,TGCGCA,+2
6,Hae I,WGGCCW,+2
6,Hae II,RGCGCY,+4
6,Hgi AI,GWGCWC,+4
6,Hinc II,GTYRAC,+2
6,Hind III,AAGCTT,0
6,Hpa I,GTTAAC,+2
6,Kpn I,GGTACC,+4
6,Ksp I,CCGCGG,+3
6,Mlu I,ACGCGT,0
6,Nae I,GCCGGC,+2
6,Nar I,GGCGCC,+1
6,Nco I,CCATGG,0
6,Nde I,CATATG,+1
6,Nhe I,GCTAGC,0
6,Nla IV,GGNNCC,+2
6,Nru I,TCGCGA,+2
6,Nsi I,ATGCAT,+4
6,Nsp I,RCATGY,+4
6,Pst I,CTGCAG,+4
6,Pvu I,CGATCG,+3
6,Pvu II,CAGCTG,+2
6,Sal I,GTCGAC,0
6,Sca I,AGTACT,+2
6,Sdu I,GDGCHC,+4
6,Sfu I,TTCGAA,+1
6,Sma I,CCCGGG,+2
6,SnaB I,TACGTA,+2
6,Sna I,GTATAC,0
6,Spe I,ACTAGT,0
6,Sph I,GCATGC,+4
6,Ssp I,AATATT,+2
6,Sst I,GAGCTC,+4
6,Sst II,CCGCGG,+3
6,Stu I,AGGCCT,+2
6,Sty I,CCWWGG,0
6,Xba I,TCTAGA,0
6,Xho I,CTCGAG,0
6,Xho II,RGATCY,0
6,Xma III,CGGCCG,0
:
7,Bst EII,GGTNACC,0
7,Bsu36 I,CCTNAGG,+1
7,Dra II,RGGNCCY,+1
7,Esp I,GCTNAGC,+1
7,PpuM I,RGGWCCY,+1
7,Rsr II,CGGWCCG,+1
:
8,Not I,GCGGCCGC,+1
8,Sgr AI,CRCCGGYG,+1
:
9,AlwN I,CAGNNNCTG,+5
9,Dra III,CACNNNGTG,+5
9,Tth 111 I,GACNNNGTC,+3
:
10,Xmn I,GAANNNNTTC,+4
:
11,Bgl I,GCCNNNNNGGC,+6
11,PflM I,CCANNNNNTGG,+6
:
12,Bst XI,CCANNNNNNTGG,+7
:
13,Sfi I,GGCCNNNNNGGCC,+7