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République Algérienne Démocratique et Populaire

Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique


UNIVERSITE MOUSTAFA BEN BOULAID-BATNA 2-
FACULTE DES SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE

DEPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE ET DE BIOCHIMIE

MEMOIRE
En vue de l’obtention du diplôme de

MASTER
Filière science biologique
Option : Microbiologie Appliquée
Présenté par :
Toureche Mabrouka
Nouaoura Radhia
Mestek Nedjla Lilia

THEME

Epidémiologie et Antibiorésistance des germes isolés des infections


urinaires au niveau de L’établissement public Hospitalier de Batna
« Ex- Sanatorium »

Devant le jury :
Mme Bendjama Esma Maitre de conférences B Présidente
Dr. Benbouza Amel Maitre assistante en microbiologie clinique promotrice
Mr Boussif Abdelali Maître de conférences Université Batna -2 Co-Promoteur
Mme Noumeur Sara Maitre de conférence B Examinatrice

Année universitaire 2018/2019


République Algérienne Démocratique et Populaire
Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique
UNIVERSITE MOUSTAFA BEN BOULAID-BATNA 2-
FACULTE DES SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE

DEPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE ET DE BIOCHIMIE

MEMOIRE
En vue de l’obtention du diplôme de

MASTER
Filière science biologique
Option : Microbiologie Appliquée
Présenté par :
Toureche Mabrouka
Nouaoura Radhia
Mestek Nedjla Lilia

THEME

Epidémiologie et Antibiorésistance des germes isolés des infections


urinaires au niveau de L’établissement public Hospitalier de Batna
« Ex- Sanatorium »

Devant le jury :
Mme Bendjama Esma Maitre de conférences B Présidente
Dr. Benbouza Amel Maitre assistante en microbiologie clinique promotrice
Mr Boussif Abdelali Maître de conférences Université Batna -2 Co-Promoteur
Mme Noumeur Sara Maitre de conférence B Examinatrice

Année universitaire 2018/2019


Remerciement

Avant d’exposer notre travail, nous remercions en premier lieu ALLAH le tout
puissant pour la santé et la patience qu’il nous a donné durant toutes ces longues
années.

Nous tenons particulièrement à expirer nos sincères remerciements et notre


profonde reconnaissance à Dr. Amel Benbouza ; médecin chef du laboratoire
centrale, EPH Batna, maitre-assistante en Microbiologie clinique et l’initiatrice
de cette étude, pour nous avoir suivi et corrigé dans notre travail et pour son aide
durant notre stage au niveau du laboratoire central d’Etablissement Public
Hospitalier Batna.

Nous remercions Mr. Abdelali Boussif maitre de conférences et notre Co-


encadreur pour son suivi et correction de notre travail.

Un grand remerciement aux laborantins du laboratoire central d’EPH Batna de


nous aider pendant notre période de stage.

Nos remerciements s’adressent aussi à Dr. Rahmoune pour l’aide qu’elle nous a
apporté dans l’étude statistique.

Nous tenons à remercier également les membres de jury qui ont bien voulu
accepter de juger notre travail.

Nous remercions du fond du cœur nos enseignants qui nous avaient guider dans
notre cursus d’études.

A tous ceux qui ont contribué de près ou de loin à la réalisation de ce travail,


trouvent ici notre sincère reconnaissance.
Dédicaces
Je dédie ce mémoire aux personnes qui me sont très chères

A mon cher Père


A ma chère Mère
A mes chers Frères
A mes chères cousines
A mes chères collèges
A tous mes amies

Radhia
Dédicace
A mes chers parents, pour tous leurs sacrifices, leur amour et leur

soutien tout au long de mes études

A mes chères sœurs, chers frères et leurs enfants

A mes beaux-frères et belles sœurs

A mes amies et mes chères cousines

Merci d’être toujours là pour moi

Mabrouka.
Dédicace

Je dédie ce modeste travail

A ma chère mère qu’elle m’a donnée l’amour, la force


et la joie pendant toutes ces années.
Tu étais et tu resteras toujours mon bonheur et mon
héro.

A la plus belle, généreuse et précieuse sœur qui j'ai


partagé tous mes moments avec elle.

Aux petits enfants de la famille pour qu'ils


arriveront un jour à cette place.

A mes tantes, mon oncle, mes cousines et cousins.

A Dr. H. Badri pour son aide.

A mes chères amies Radhia, Ibtissem, Yasmina et


Chemsa.

A mes collègues du laboratoire Errazi.

Et à toute personne qui m’a aidé de loin ou de prêt.

Nedjla Lilia
‫ملخص‬
‫عا للجراثيم المسببة لألمراض التي‬
‫تنتشر التهابات المسالك البولية بشكل كبير في العالم‪ ،‬حيث تمثل مستود ً‬
‫تتطور مقاومتها للمضادات الحيوية مع مرور الوقت‪ ،‬مما سبب مشكلة عالجية خطيرة‪ .‬الهدف من هذه الدراسة هو تقدير‬
‫مدى انتشار التهابات المسالك البولية وكذلك تقييم مدى مقاومة المضادات الحيوية من طرف الكائنات المسببة لهذه‬
‫االلتهابات في مستشفى االمراض المعدية بباتنة‪ .‬أجريت دراستنا خالل فترة ‪ 3‬أشهر تتراوح من فبراير إلى أبريل ‪9102‬‬
‫في مختبر علم البكتيريا في مستشفى االمراض المعدية بباتنة‪ .‬تم جمع ودراسة ‪ 364‬عينة بول‪ .‬كانت نسبة انتشار التهابات‬
‫المسالك البولية ‪ .٪ 0..4‬غالبية السالالت المعزولة كانت عصيات سالبة الجرام‪ ،‬وتمثل بكتيريا األمعاء ‪ ٪ 20.4‬من‬
‫المعزوالت‪ .‬كان من األنواع السائدة ‪ ،)٪ 40.4( Escherichia coli‬تليها ‪ ,(7,2%)Enterobacter spp‬و‬
‫‪.)٪ 9.2(Proteus mirabilis )٪ 4.3( Klebsiella pneumoniae ،)٪ 7.4(Pseudomonas aeruginosa‬‬
‫بخصوص المكورات إيجابية الغرام تم عزل بكتيريا واحدة من »‪ .Streptococcus «D‬تجدر اإلشارة إلى أنه تم عزل‬
‫خميرة واحدة فقط‪ .‬وقد لوحظت مستويات مقاومة عالية لبكتيريا األمعاء ضد ‪ Amoxicilline‬و ‪ Ticarcilline‬بنسبة‬
‫‪ ٪ 46.6‬و ‪ ٪ 43.4‬على التوالي ‪.‬كانت العصيات غير المخمرة مقاومة لل‪ Piperacillin‬ولل ‪ Ticarcillin‬ولل‬
‫‪Céfépime‬بنسبة ‪ ٪97‬ضد كل واحد‪ .‬أظهرت هذه الدراسة أن التهابات المسالك البولية قد تصيب جميع الفئات العمرية‬
‫من الجنسين حيث تقل حساسية الجراثيم المعزولة يعود هذا الى تطور آليات مقاومة البكتيريا المسببة لها للمضادات الحيوية‪.‬‬

‫الكلمات المفتاحية‪ :‬عدوى المسالك البولية‪ ،‬فحص البكتيريا الخلوية‪ ،‬مقاومة المضادات الحيوية ‪ ،‬الجرام ‪.‬‬
Résumé
Les infections urinaires constituent un véritable problème de santé publique tant par
leurs fréquences que par leurs difficultés de traitement, elles représentent un réservoir de
germes pathogènes dont l’antibiorésistance progresse avec le temps, causant un sérieux
problème thérapeutique. L’objectif de cette étude était l’estimation de la prévalence des
infections urinaires ainsi que l’évaluation de l’antibiorésistance des germes en cause dans
l’EPH Batna. Notre étude a été réalisé pendant une période de 3 mois allant du mois de
Février jusqu’ au mois d’Avril 2019 au niveau du laboratoire central de l’EPH Batna. Un total
de 364 échantillons d’urine a été collecté et analysé. La prévalence des IUs était 18,4%. La
majorité des souches isolées étaient des bacilles à Gram négatif, les Entérobactéries
représentaient (91,4%) des isolats. Escherichia coli était l’espèce la plus dominante (71,4%),
suivi par Enterobacter spp. (7,2%), Pseudomonas aeruginosa (5,7%), Klebsiella pneumoniae
(4.3%) et Proteus mirabilis (2.9%). Concernant les Cocci à Gram positif ; une seule souche de
Streptococcus du groupe « D » a été identifiée. Il faut noter qu’on avait isolé des levures en
culture mais dans un seul prélèvement. Des taux de résistance élevés ont été observé chez les
Entérobactéries vis-à-vis l’Amoxicilline et la Ticarcilline avec 76.6% et 73,4 %
respectivement. Les bacilles non fermentant avaient une résistance à la Pipéracilline,
Ticarcilline et au Céfépime avec un taux de 25% pour chacune. Cette étude a montré que les
IUs touchent toutes les tranches d’âge des deux sexes où la sensibilité des germes isolés a été
plus au moins réduite, cela peut être dû au développement de leurs mécanismes de résistance.

Les mots clés : infection urinaire, examen cytobactériologique des urines, résistance
aux antibiotiques, Gram.
Abstract
Urinary tract infections are very common in the world, they represent a tank of
pathogenic germs whose antimicrobial resistance progresses with time, causing a serious
therapeutic problem. The objective of this study was to estimate the prevalence of UTI as
well as the antimicrobial resistance of the causative organisms in the HPE Banta. Our study
was carried out during a period of 3 months going from February to April 2019 in the
Bacteriology laboratory of HPE Banta. A total of 364 urine samples were collected. The
prevalence of UTIs was 18.4%. The majority of strains isolated were Gram-negative bacilli;
Enterobacteria represented 91.4% of isolates. Escherichia coli was the most dominant species
(71.4%), followed by Enterobacter spp (7, 2%), Pseudomonas aeruginosa (5.7%), Klebsiella
pneumoniae (4.3%) and Proteus mirabilis (2.9%). For the Gram positive cocci; only one
strain of Streptococcus “D” has been identified. It should be noted that only one yeast has
been isolated. High levels of resistance were observed in Enterobacteriaceae against
Amoxicillin and Ticarcillin with 76.6% and 73.4%, respectively. Non-fermenting bacilli had
resistance to Piperacillin, Ticarcillin and Cefepime with 25% against each one. This study
showed that UTI affects all age groups of both sexes, where the sensitivity of isolated germs
has been more or less reduced, this may be due to the development of their resistance
mechanisms.

Key words: urinary tract infection, cytobacteriological analysis of urines, Gram, antibiotic
resistance.
LISTE DES TABLEAUX

Tableau Ⅰ : Répartition des patients selon le sexe et les tranches d’âge……………………..15


Tableau Ⅱ : Fréquence de positivité des ECBUs selon le sexe et tranches d’âge…………...20
LISTE DES FIGURES

Figure 01 : Répartition des patients selon les tranches d’âge……………………………….13

Figure 02 : Répartition des patients selon le sexe…………………………………………...14

Figure 03 : Répartition des patients selon le sexe et les tranches d’âge……………………..16

Figure 04 : Fréquence de positivité des ECBU………………………………………………17

Figure 05 : Fréquence de positivité des ECBU selon le sexe……………………………......18

Figure 06 : Fréquence de positivité des ECBUs par tranche d’âge………………………….19

Figure 07 : Fréquence de positivité des ECBU selon le sexe et la tranche d’âge……………20

Figure 08 : Répartition des germes isolés en fonction de Gram……………………………..21

Figure 09 : Répartition des germes isolés selon les groupes………………………………....22

Figure 10 : Répartition des souches isolées selon l’espèce…………………………………. 23

Figure 11 : La résistance d’Entérobactéries aux différents antibiotiques testés…………......24

Figure 12 : Résistance de bacille non fermentant aux différents antibiotiques testés………. 28


Liste des abréviations

ATB : Antibiotiques.

BGN : Bacilles à Gram négatif.

BLSE : Béta lactamases à spectre étendu.

BMR : Bactéries multirésistantes.

BNF : Bacilles non fermentant.

CGP : Cocci à Gram positif.

CLSI : Clinical Laboratory Standards Institute.

CMIT : Collège des Universitaires des Maladies Infectieuses et Tropicales.

E-BLSE : Entérobactéries productrices de Béta lactamases à spectre étendu.

ECBU : Examen cytobactériologique des urines.

EPH-Batna : Etablissement public hospitalier de Batna.

F : Féminin.

H2O2 : Eau oxygénée.

H2S : Sulfure d’hydrogène.

I : Intermédiaire.

IU : Infection urinaire.

IUC : Infection urinaire communautaire.

IUN : Infection urinaire nosocomiale.

M : Masculin.

Mc Farland : Mac Farland.

ml : millilitre.

OH- : Radicaux Hydroxyles.


OMS : Organisation mondiale de la santé.

pH : Potentiel hydrogène.

R : Résistant.

S : Sensible.

SPILF : La société de pathologie infectieuse de langue française.

TSI : Tri-Sugar-Iron-agar.

UFC : Unité formant colonie.

UTI : Urinay Tract Infection.

µg : Microgramme.

Liste des antibiotiques


AMC : Amoxicilline + Acide clavulanique.

AMX : Amoxicilline.

ATM : Aztréonam.

CAZ : Céftazidime.

CIP : Ciprofloxacine.

COL : Colistine.

CTX : Céfotaxime.

CZ : Céfazoline.

C3G : Céphalosporines de troisième génération.

ERY: Erythromycine.

ETP: Ertapéneme.

FOS : Fosfomycine.

FOX : Céfoxitine.

GEN : Gentamicine.

IPM : Imipenème.

KAN : Kanamycine.
LIN : Lincomycine.

LVX : Levofloxacine.

PEN : Pénicilline G.

PIPERA : Pipéracilline.

PRI : Pristinamycine.

RIF : Rifampicine.

SXT : Triméthoprime / Sulfaméthoxazole.

TEICO: Teicoplanine.

TICAR: Ticarcilline.

TOB: Tobramycine.

VAN: Vancomycine.
SOMMAIRE

I. Introduction…………………………………………………………………… 01

II. Matériel et Méthodes………………………………………………………..05

Ⅱ.1. Description de l’étude ……………………………………………………... 05

Ⅱ.1.1. Type d’étude ……………………………………………………………………. 05

Ⅱ.1.2. Lieu et durée de l’étude ……………………………………………………… 05

II.2. Population d’étude ………………………………………………………….. 05

Ⅱ.2.1. Recrutement …………………………………………………………………….. 05

Ⅱ.2.2. Critères d’inclusion……………………………………………….…………... 05

Ⅱ.3. Méthode……………………………………………………….………………….. 05

Ⅱ.3.1. Echantillonnage …………………………………………………..……………. 05

Ⅱ.3.2. Examen cytobactériologique des urines ……………………………….… 06

Ⅱ.3.2.1. Examen macroscopique des urines …………………………………..…………..06

Ⅱ.3.2.2 Examen cytologique des urines ……………………………………....……………06

Ⅱ.3.2.3. Mise en culture…………………………………………………..…………………07

Ⅱ.3.2.4. Identification …………………………………………………..………………….. 07

Ⅱ.3.2.4.a. Coloration de Gram …………………………………………………..…………..07

Ⅱ.3.2.4.b. Identification biochimique…………………………………………………..….. .08

 Test à l’oxydase…………………………………………………..……………………08
 Test à la catalase…………………………………………………..………………….. 08
 Galerie biochimique classique…………………………………………………..……. 08
 Galerie biochimique API 20 E…………………………………………………..…… 10

Ⅱ.3.2.5. Antibiogramme…………………………………………………..………………... 10

Ⅱ.3.2.5.a. La liste des antibiotiques testés …………………………………………………. 11


 Disques d’antibiotiques testés aux Entérobactéries ………………………………….. 11
 Disques d’antibiotiques testés aux Bacilles non fermentant ……………………….... 11
 Disques d’antibiotiques testés aux Streptocoques « D » non Entérococal …………... 12

Ⅱ.4. Analyse statistique …………………………………………………………... 12

III. Résultats et Discussion ……………………………………………………..13

Ⅲ.1. Echantillonnage ………………………………………………………………13

Ⅲ.1.1. Répartition des patients selon l’âge ……………………………………….13

Ⅲ.1.2. Répartition des patients selon le sexe ……………………………………..14

Ⅲ.1.3. Répartition des patients selon le sexe et l’âge …………………………. 15

Ⅲ. 2. Analyse des ECBU positifs ……………………………………………...16

Ⅲ.2.1. Fréquence de positivité des ECBUs selon le sexe …………………….. 17

Ⅲ.2.2. Fréquence de positivité des ECBUs par tranches d’âge ……………..18

Ⅲ.2.3. Fréquence de positivité selon le sexe et tranches d’âge ………………19

Ⅲ.3. Caractérisation des souches isolées ………………………………… 21

Ⅲ.3.1. Gram des souches isolées …………………………………………………….21

Ⅲ.3.2. Identification des germes isolés …………………………………………….22

Ⅲ.3.2.1. Répartition des germes selon les groupes ……………………………………… 22

Ⅲ.3.2.2. Répartition des germes selon les espèces ………………………………………..22

Ⅲ.4. Résistance de souches isolées aux antibiotiques ………………...24

Ⅲ.4.1. La résistance des Entérobactéries aux antibiotiques ...………………..24

Ⅲ.4.1.1. La résistance d’Escherichia coli aux antibiotiques ……………………………. 24

Ⅲ.4.1.2. La résistance d’Enterobacter spp. aux antibiotiques ………………………….25

Ⅲ.4.1.3. La résistance des espèces du genre Klebsiella aux antibiotiques …………… ..26
Ⅲ.4.1.4. La résistance des espèces du genre Proteus…………… ……………………….26

Ⅲ.4.2. La résistance des bacilles non fermentant aux antibiotiques ……….27

Ⅲ.4.3. La résistance de Streptocoque « D » aux antibiotiques ………….…...28

IV. Conclusion ………………………………………..…………………………… 29

Liste des références

Annexes

Résumé
Introduction
Les infections urinaires (IUs) sont l’une des infections les plus récurrentes dans le
monde, prenant la seconde position après les infections bronchiques et pulmonaires (Majeed
et Aljanaby, 2019).

L’appareil urinaire est composé de deux reins, deux uretères, une vessie et un urètre.
Les reins doués de maintenir la stabilité des liquides corporels et l’excrétion des déchets
(notant qu’ils transforment environ 1700 Litre de sang et extraient 1 Litre d’urine par jours).
Les uretères transportent les urines vers la vessie qui joue le rôle d’un réservoir d’urines dont
le vidange sera assuré par l’urètre (Quérin et Valiquette, 2004).

Une IU est définie par la pénétration et la prolifération bactérienne dans une partie de
l’appareil urinaire, soit par voie ascendante, descendante ou hématogène. Elle peut toucher les
reins engendrant une infection urinaire haute (pyélonéphrite) ou peut aussi affecter l’urètre
(urétrite), la vessie (cystite) ou la prostate (prostatite) qui sont des infections urinaires basses
(Xie et al., 2017).

Les IUs simples comprennent la cystite et la pyélonéphrite aiguës. Une infection


urinaire simple, ne peut exister chez les hommes, car une cystite chez l’homme est considérée
et traitée comme une prostatite aigue (Berthélémy, 2016). Tandis que les IUs sont dites
“compliquées” lorsqu’il existe des facteurs de risque déclenchant leurs survenues tels que des
anomalies organiques ou fonctionnelles, certaines pathologies (diabète, immunodépression et
insuffisance rénale) et certains terrains physiologiques (sexe masculin, âge avancé et
grossesse) (Berthélémy, 2016). Elles se manifestent par plusieurs signes cliniques : les
brulures, polyurie, perte d’urine, fièvre, sensation de pression au bas-ventre… etc. (Quérin et
Valiquette, 2004).

Les infections urinaires nosocomiales (IUN) sont des infections généralement liées à
la mise en place d’une sonde vésicale ; créant un déséquilibre dans les mécanismes
physiologiques de défense, donc des micro-organismes sans facteurs de virulence spécifiques
pour le système urinaire peuvent induire une infection. Les infections urinaires
communautaires (IUC) sont le plus souvent des IUs ascendantes causées par l’envahissement
d’un organe de l’arbre urinaire par la flore urétrale (Caron, 2003).

Les femmes sont les plus exposées aux IUs que les hommes, cela est due
principalement à la physiopathologie urogénitale où l’urètre de la femme est plus court et
large que celui de l’homme, situé près de l’anus et du vagin (Gonthier, 2000). Autres facteurs

1
favorisant les IUs chez les femmes sont aussi mentionnés dans plusieurs études tels que les
rapports sexuels, la grossesse et la ménopause (CMIT, 2018). Concernant le sexe masculin,
les sécrétions prostatiques ont un effet bactéricide (Quérin et Valiquette, 2004 ; Lafaurie,
2014).

Les IUs représentent le motif principal de consultation, des examens


microbiologiques, de la prescription et la consommation des antibiotiques dans les deux
milieux : hospitalier et communautaire. L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)
représente l’analyse microbiologique le plus demandée (Salih et al. 2016 ; Sbiti et al., 2017 ;
Delcaru et al., 2017).

Les IUs sont en général des infections mono-microbiennes, essentiellement


bactériennes (CMIT, 2018) causées en premier lieu par Les Bacilles à Gram négatif (BGN),
bacilles d’origine digestive, qui ont une importante fréquence d’isolement dans les IUs. Les
germes principalement incriminés sont des Entérobactéries, parmi eux Escherichia coli est de
loin la plus fréquemment incriminée grâce à sa grande capacité d’adhésion, de colonisation et
d’engendrer une infection (Xie et al. 2017). Selon les données de la littérature, la prévalence
de cette souche bascule entre 70% et 90%, suivi par Klebsiella, Proteus mirabilis et
Entérobacter (Mwambete et Malaba, 2017). Pseudomonas aeruginosa qui appartient aux
bacilles non fermentant (BNF), a une prévalence non négligeable dans plusieurs études va de
2.6% à 5,7% (Salih et al., 2016 ; Gravey et al.,2017 ; Costa at al., 2017). Ces BGN résistent
à un grand nombre d’antibiotiques (ATB), y compris les céphalosporines de troisième
génération et même récemment les carbapénèmes ; les meilleurs produits pour inhiber les
bactéries multirésistantes. Elles sont en tête de la liste des agents bactériens contre lesquels il
est urgent d’avoir des nouveaux antibiotiques ; publiée par l’organisation mondiale de la santé
(OMS) en 2017, dans le cadre des efforts de cette dernière pour lutter contre la résistance
croissante aux antimicrobiens dans le monde (OMS, 2017).

Les Cocci à Gram positif (CGP) sont aussi incriminés : Staphylocoque à coagulase
négative surtout le Staphylococcus saprophyticus qui est incriminé dans les IUs chez la jeune
femme, Enterococcus faecalis et Streptococcus agalactiae (Kline et Lewis, 2016 ;
Mwambete et Malaba, 2017).

Depuis leur découverte et le début de leur utilisation extensive, Chaque nouvelle


génération d’antibiotiques a vu apparaître des mécanismes de résistance lui correspondant
(Carle, 2009).

2
« Une souche est dite résistante lorsqu’elle supporte une concentration d’antibiotique
notablement plus élevée que celle qui inhibe le développement de la majorité des autres
souches de la même espèce » (OMS, 1990).

Il existe 2 types de résistance aux antibiotiques, naturelle et acquise. La résistance


naturelle ou intrinsèque concerne toutes les souches de la même espèce, dont le support est
chromosomique. C’est une résistance innée de toutes les souches d’une même espèce
bactérienne, elle est stable et ne se modifie pas avec le temps. La résistance acquise : il s’agit
de l’apparition de bactéries résistantes à certains antibiotiques au sein d’une espèce qui était
initialement et uniformément sensibles à ces antibiotiques, c’est une reproduction spontanée
de mutants résistants sous la pression de l’antibiotique, peut survenue après une mutation
chromosomique ou par l’acquisition d’un gène ou résistance plasmique (OMS, 1990).

La résistance bactérienne aux ATBs est assurée par cinq mécanismes principaux : la
résistance enzymatique; par inactivation de l’ATB, consiste pour les bactéries à modifier la
structure de l’ATB de façon à lui faire perdre sa capacité de se lier à sa cible cellulaire, c’est
le mécanisme le plus fréquent et le plus efficace (exemple : les bêta-lactamases), suivie par la
résistance par modification de la cible, la résistance par diminution de la perméabilité, la
résistance par efflux et à la fin la résistance par modification du métabolisme de la bactérie
(OMS, 1990).

Les bétalactamines avec les 5 groupes (Les pénames, les oxapénames, Les
céphalosporines, les carbapénèmes, le monobactame (Aztréonam)), constituent la famille
d’antibiotiques la plus utilisée en médecine à travers le monde parce qu’elles sont peu
toxiques et elles agissent sur le peptidoglycane qui est une structure typiquement bactérienne.
Au fur et à mesure du développement et de la prescription de ces antibiotiques, les bactéries
ont développé différents mécanismes de résistance (Philippon, 2013). La résistance des
Entérobactéries aux céphalosporines de troisième génération (C3G) due à l'acquisition des
gènes codant les bétalactamases à spectre élargi (BLSE), ce qui rend les bactéries
multirésistantes aux antibiotiques (BMR) (Sbiti et al., 2017).

Les BLSE sont des enzymes à large spectre, conférant une résistance à toutes les
bétalactamines sauf les céphamycines (exemple : céfoxitine) et les carbapénèmes (exemple :
l’imipénème) (Grall et al., 2011).

La prévalence des Entérobactéries uropathogènes productrices de BLSE (E-BLSE)


est en progression. Ces dernières ont été observées essentiellement en milieu hospitalier, la

3
diffusion de ces germes multirésistants en milieu communautaire est de plus en plus
inquiétante (Philippon, 2013). La transmission, principalement plasmidique, des gènes
codants pour les BLSE est responsable de leur dissémination rapide et ainsi de l'augmentation
de la prévalence des bactéries productrices de BLSE partout dans le monde (Sbiti et al., 2017
; Rodriguez-Bano et al., 2018).

Selon l’OMS, l’utilisation abusive et anarchique d’antibiotiques favorise l’émergence


et la propagation des résistances des microorganismes, ce qui constitue un obstacle pour les
médecins d’instaurer une chimiothérapie anti-infectieuse efficace contre ces infections
incluant même les IUs (OMS., 2017).

Cette étude a été faite dans l’objectif d’estimer la prévalence des infections urinaires
chez les patients en communautaire et les patients hospitalisés à fin d’évaluer
l’antibiorésistance des germes en cause au niveau d’Etablissement publique Hospitalier de
Batna (EPH-Batna). Nous avons respecté la démarche suivante : Recueil des échantillons
urinaires des patients consultants et hospitalisées à l’EPH Batna, accompagnés chacun d’une
fiche de renseignements cliniques (Annexe 01), examen cytobactériologique des urines
(ECBU), détermination de la sensibilité et la résistance des germes isolés aux antibiotiques et
analyse descriptive simple des résultats obtenus.

4
II. Matériel et méthodes

II.1. Description de l’étude

Ⅱ.1.1 Type de l’étude

Il s’agit d’une étude descriptive et prospective dont l’objectif est l’estimation de la


prévalence des infections urinaires ainsi que l’évaluation de l’antibiorésistance des souches
impliquées chez des patients en communautaire et des patients hospitalisés.

Ⅱ.1.2. Lieu et durée de l’étude

Cette étude a été menée au niveau du laboratoire central de l’Etablissement public


hospitalier de Batna (EPH Batna) (Ex-SANATORIUM) pendant une durée de 3 mois allant
du mois de Février jusqu’au mois d’Avril 2019.

II.2. Population d’étude

Ⅱ.2.1. Recrutement

Les sujets faisant l’objet de cette étude ont été recrutés parmi les patients hospitalisés
et consultants (faisant leur analyse microbiologique des urines) au niveau de laboratoire
central de l’Etablissement public hospitalier de Batna (EPH Batna) (Ex-SANATORIUM).

Ⅱ.2.2. Critères d’inclusion

Dans cette étude ; les deux sexes, tous les âges et tous les germes isolés ont été
inclus.

II.3. Méthodes

Ⅱ.3.1. Echantillonnage

Au cours de la période d’étude 364 prélèvements urinaires, de patients externes et


hospitalisés à l’EPH-Batna, ont été analysé. Une fiche de renseignements cliniques a été
préparée pour chaque patient une fois le prélèvement reçu et qui comporte tous les
renseignements concernant le malade pouvant aider le biologiste dans l’interprétation des
résultats (Annexe 01).

Afin d’assurer la fiabilité des résultats et d’éviter de recevoir des échantillons


contaminés, un protocole d’un bon prélèvement a été expliqué aux patients externes en leur

5
remettant un récipient stérile pour le recueil des urines qui a été fourni par le laboratoire ;
alors que pour les patients hospitalisés ce sont les paramédicaux qui leurs expliquent les
modalités du prélèvement.

Les conditions du prélèvement exigé par le laboratoire étaient:

- Prélever les urines avant toute antibiothérapie.

- Prélever les urines du matin où à défaut ceux ayant séjourné au moins 4 heures dans la
vessie.

- Le prélèvement est précédé d’un lavage soigneux des organes génitaux externes,
d’avant en arrière à l’eau et au savon suivi d’un rinçage à l’eau.

- Le malade élimine le 1er jet urinaire, puis prélève 20 ml du milieu du jet directement
dans le flacon stérile qui a été fourni par le laboratoire.

- Les urines doivent être transportés au laboratoire en moins d’une heure, ils peuvent
être conservés à +4°C pendant une durée ne dépassant pas les 24 heures (CMIT,
2018).

Pour les nourrissons et les jeunes enfants ; utilisez des sacs collecteurs stériles (poche
à urine adhésive) à usage unique. Si le nourrisson n’a pas uriné au bout de 30 minutes il faut
éliminer et remplacer le sac collecteur par un autre dispositif neuf après nettoyage des organes
génitaux (Remic, 2008).

Ⅱ.3.2. Examen cytobactériologique des urines

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est un examen clé, réalisé pour
confirmer une infection urinaire suspectée cliniquement ou la dépister dans les infections
urinaires cliniquement asymptomatiques surtout chez la femme enceinte, il permet d’isoler le
germe responsable et de tester sa sensibilité aux antibiotiques (CMIT, 2018).

Ⅱ.3.2.1. Examen macroscopique des urines

L’examen macroscopique des urines permet de noter la limpidité, la turbidité,


l’hématurie macroscopique et la couleur des urines, sachant que cette dernière peut être
changée par la prise de certains médicaments (Berthélémy.2016).

Ⅱ.3.2.2. Examen cytologique des urines

6
Consiste à la numération des différents éléments cellulaires (leucocytes, hématies,
cellules épithéliales, levures, germes, cristaux et cylindres...) par unité de volume d’urine
entière (annexe 02). Cette numération est faite à l’aide d’un dispositif de comptage type
cellule de Nageotte ; sous microscope optique à l’objectif x 40 (OMS, 1982 ; Berthélémy,
2016).

Une leucocyturie supérieure à 104 leucocytes/ml est un élément décisif du processus


inflammatoire et de l’infection urinaire (Berthélémy, 2016 ; SPILF, 2018). La présence de
cellules épithéliales est un témoin de contamination (Berthélémy, 2016 ; CMIT, 2018).

Ⅱ.3.2.3. Mise en culture

La culture consiste à isoler et dénombrer les bactéries responsables de l’IU. La


grande majorité des bactéries responsables des IUs ne sont pas exigeantes, donc la culture a
été réalisée sur un milieu de base (gélose nutritive).

Selon la méthode simplifiée de Veron, une dilution à 1/100 ème des urines a été
réalisée, mettre 2 gouttes des urines (équivalent de 0.1ml) dans 10 ml d’eau distillée stérile.
Puis à l’aide d’une pipette râteau stérile ; 2 gouttes de la dilution (0.1 ml) ont été étalées sur
une gélose nutritive ou un milieu Chrome-Agar. (Archambaud lave, 2008). Finalement
incuber les boites Pétri à 37°c pendant 18-24 h voir 48 h si nécessaire (Remic, 1998 ; Hasan
et al., 2014) (Annexe 03).

Ⅱ.3.2.4. Identification

Chez un homme symptomatique, avec une leucocyturie supérieur à 104


Leucocytes/ml, le seuil significatif de bactériurie est 105 UFC/ml pour tous les germes
uropathogènes (SPILF, 2018).

L’identification est débutée quand on s’assure de la pureté de la souche obtenue par


culture :

a. Coloration de Gram

Préparer sur lame un frottis bactérien en déposant une goutte d’eau physiologique et
une colonie. Une fois le frottis sec est fixé à la flamme, le violet de Gentiane doit être versé
sur la lame afin de l’inonder. Après l’avoir laissé agir pendant 1min, rincer la lame par un
mince filet d’eau distillée. Le lugol a été ajouté à son tour sur la lame puis retiré en l’égouttant
après 1 min. Par la suite, la lame doit être inondée à l’alcool et être rincée après 30 secondes.
La fuschine constitue le dernier colorant à verser sur la lame qui doit être rincée après 1 min.

7
Sécher la lame entre deux feuilles de papier buvard. L’observation a été effectuée après
l’ajout de l’huile de cèdre, sous microscope optique à grossissement X 100 (Delarras, 2007).

La coloration de Gram permet de distinguer les bactéries à Gram négatif qui


apparaissent roses, les bactéries à Gram positif qui apparaissent violettes et aussi leurs
dispositions (Delarras, 2007).

b. Identification biochimique

 Test à l’oxydase

L’oxydase ou Cytochrome oxydase est une enzyme présente dans certaines


chaines respiratoires cytochromique bactérienne. La recherche de cette enzyme est utile dans
le diagnostic des bacilles à Gram négatif (Delarras, 2007).

Sur une lame, déposer un disque d’oxydase et l’imbiber avec une goutte d’eau
distillée ou d’eau physiologique stérile. Une partie de la colonie bactérienne à étudier a été
prélevée puis étalée sur le disque à l’aide d’une pipette Pasteur boutonnée stérile. Eviter
l’utilisation d’une anse de platine qui peut oxyder le réactif contenu dans le disque et donner
de faux positif (Delarras, 2007).

Si une couleur rose, violette apparait sur le disque, le germe possède une
oxydase : le test est positif (annexe 04).

 Test à la catalase

La catalase est une enzyme qui décompose l’eau oxygénée (H2O2) en eau et en
oxygène qui se dégage.

On met en présence d’une colonie microbienne ; une goutte d’eau oxygénée sur une
lame. Le dégagement de bulles de gaz signe la présence d’une catalase (Delarras, 2007)
(Annexe 05).

 Galerie biochimique classique

Qui comprend : l’étude de l’attaque des sucres et la mise en évidence d’une Uréase et
l’utilisation du citrate comme source de carbone.

 L’étude de l’attaque des sucres

Le milieu TSI (Tri-Sugar-Iron-agar) est un milieu d’identification qui met en


évidence la fermentation des sucres par les entérobactéries, il s’agit du glucose qui constitue

8
le culot puis la pente qui est constituée de saccharose et du lactose respectivement (Annexe
06). Cette fermentation des sucres peut s’accompagner de la production de gaz et ou de
sulfure d’hydrogène l’H2S (Delarras, 2007).

À partir d’une culture pure et à l’aide d’une pipette pasteur, ensemencer la pente en
stries serrés puis le culot par piqure centrale. La lecture se fait après incubation à 37°c
pendant 24 h (Delarras, 2007).

La fermentation du glucose se traduit par le virage au jaune du culot et cela est dû à


son acidification et la production de gaz se traduit par la formation des bulles d’air dans la
gélose ou le décollement de celle-ci, la fermentation du lactose et/ou du saccharose se traduit
par le virage au jaune de la pente alors que la production d’H2S se traduit par l’apparition
d’un halo noire (Delarras, 2007).

 Utilisation du Citrate comme seule source de carbone

La bactérie est dite « citrate-positive » si elle utilise le Citrate comme seule source de
carbone, avec l’intervention d’une Citrate-perméase.

L’utilisation du Citrate par la bactérie se manifeste par une alcalinisation du milieu.

En effet, les enzymes qui utilisent le citrate comme substrat, le font sous la forme
d’acide citrique :

Citrate +3H20 Acide citrique + 3 OH-

De ce fait, l’incorporation d’un citrate par la bactérie, équivaut à la libération de 3


OH-

Donc, chaque fois que la bactérie oxyde complètement le citrate (comme cela se
passe à travers le cycle tricarboxylique de Krebs), il y a libération de radicaux Hydroxyles
OH-, qui vont alcaliniser le milieu (Delarras, 2007).

On utilise le Milieu au Citrate de SIMMONS, coloré en vert foncé (bleu de


Bromothymol).

Le milieu est inoculé à partir d’une culture sur gélose, sur une moitié de la pente,
l’autre moitié servant de témoin négatif. La bactérie est dite « Citrate+ » si la zone inoculée
vire du vert au bleu (alcalinisation). La bactérie est dite « Citrate - » si la zone inoculée ne
vire pas (Annexe 07).

 Recherche d’Uréase et de la tryptophanase

9
Le milieu urée-indole contient l'urée pour la recherche d’Uréase et le tryptophane
pour la recherche de la production d’indole par l’intermédiaire d’une Tryptophanase.

Le milieu urée-indole a été ensemencé avec quelques colonies de la souche à étudier,


puis incubé à 37°C pendant 24 heures.

L'uréase est une enzyme qui hydrolyse l'urée en ammoniac et le virage du milieu au
rose fuschia signe la présence d’une uréase. La lecture de l’indole a été effectuée par l’ajout
de quelques gouttes de réactif d’Ehrlich-Kovacs, l’apparition d’un anneau rouge signe la
présence d’indole qui est le produit de l’hydrolyse du tryptophane par une enzyme qui est la
tryptophanase (Annexe 08).

 Galerie biochimique API 20 E

La galerie a été utilisée après avoir trouvé des difficultés dans l’identification des
souches isolées.

Préparer une suspension bactérienne homogène. Puis l’introduire dans chaque tube à
l’aide d’une pipette Pasteur stérile. Les tubes et les cupules des tests CIT, VP, GEL doivent
être remplis avec la suspension bactérienne, les cupules des tubes d’ADH, LDC, ODC, H2S et
URE doivent être remplis d’huile de paraffine pour créer l’anaérobiose. Finalement incuber à
37°c pendant 24h (Delarras, 2007).

Les métabolites produits durant la période d’incubation se traduisent par des


changements de couleur spontanés ou révélés par addition de réactifs. La lecture de ces
réactions se fait à l'aide d’un tableau de lecture et l'identification est obtenue à l'aide d’un
catalogue analytique (Delarras, 2007) (Annexe 09).

Ⅱ.3.2.5. Antibiogramme

L’étude de la sensibilité de la souche identifiée aux antibiotiques se fait par la


méthode de diffusion des disques en milieu gélosé Mueller-Hinton en respectant les
recommandations du Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI, 2014).

La technique consiste, tout d’abord, à couler dans une boite de Pétri la gélose Muller
Hinton sur une épaisseur de 4mm. Les géloses doivent être séchées avant l’utilisation (Bonnet
et al, 2019).

L’inoculum est obtenu par préparation d’une suspension bactérienne à partir d’une
culture pure de 24h avec une turbidité de l’étalon 0,5 Mc Farland (équivalent à 3-5 colonies

10
identiques dissociés dans 5ml d’eau physiologique stérile). L’inoculum doit être manipulé
avant 15 min (Bonnet et al, 2019).

L’ensemencement se fait par écouvillonnage. Pour se faire, un écouvillon stérile est


trempé dans la suspension puis essoré sur la paroi interne de tube afin d’éliminer l’excès.
L’écouvillonnage est réalisé par la suite sur la totalité de la surface de la gélose dans trois
directions, à la fin l’écouvillon est repassé au tour du milieu. L’écouvillon est rechargé en cas
où il y a plus d’une boite (Rahal et al., 2014 ; Bonnet et al., 2019).

A la fin de l’ensemencement, les disques d’antibiotiques sont déposés à la surface de


la gélose par une pince flambée (Rahal et al., 2014). Une fois déposés, Les disques ne
doivent pas être déplacés car la diffusion des antibiotiques est très rapide. Le nombre de
disques déposés par boîte est limité du fait du chevauchement des zones d’inhibition et pour
limiter les interférences entre les antibiotiques. Ensuite, Les boîtes sont incubées à 37°c
pendant 24h (Bonnet et al., 2019) (Annexe 10).

La lecture a été réalisée après incubation en mesurant les diamètres des zones d’inhibition,
puis le diamètre de chaque zone est comparé à un diamètre critique ce qui permet de classer la
bactérie isolée en Sensible (S), Intermédiaire (I) ou Résistante (R) à l’aide du logiciel «
WHONET » recommandé par le CLSI (Rahal et al., 2014).

a. La liste des antibiotiques testés

 Disques d’antibiotiques testés aux Entérobactéries

12 antibiotiques ont été testés dont 7 sont Bétalactamines : Amoxicilline (AMX),


Amoxicilline + Acide clavulanique (AMC), Ticarcilline (TICAR), Céfazoline (CZ),
Céfoxitine (FOX), Céfotaxime (CTX) et Ertapéneme (ETP), 2 sont des Aminosides :
Gentamicine (GEN) et Kanamicine (KAN), 1 Sulfamide :
Triméthoprime/Sulfaméthoxazole (SXT), 1 Polymixine : Colistine (COL) et 1 Quinolone :
Ciprofloxacine (CIP).

 Disques d’antibiotiques testés aux Bacilles non fermentant

Dans cette étude, 9 antibiotiques ont été testés dont 6 appartenant aux
Bétalactamines : Pipéracilline (PIPERA), Ticarcilline (TICAR), Céftazidime (CAZ),
Céfépime (FEP), Aztréonam (ATM) et Imipénème (IPM), 1 Aminoside : Tobramycine
(TOB), 1 Polymixine : Colistine (COL) et 1 Quinolone : Ciprofloxacine (CIP).

11
 Disques d’antibiotiques testés aux Streptocoques « D » non Entérococal :

Un nombre de 13 antibiotiques testés. Parmi eux 5 Bétalactamines : Pénicilline G


(PEN), Ticarcilline (TICAR), Céfotaxime (CTX) et Pristinamycine (PRI), 1 Fosfomycine
(FOS), 2 Glycopeptides : Vancomycine (VAN) et Teicoplanine (TEICO), 2 Macrolides et
apparentés : Lincomycine (LIN), Erythromycine (ERY), 1 Quinolone : Levofloxacine (LVX),
1 Sulfamide : Triméthoprime/Sulfaméthoxazole (SXT) et Rifampicine (RIF).

Les antibiotiques testés ainsi que leurs diamètres critiques d’interprétation et leurs
charges sont présentés dans l’Annexe 11 (RAHAL et al., 2014).

Ⅱ.4. Analyse statistique


Une analyse descriptive de la population a été effectuée. Le logiciel SPSS version 25
et EXCEL ont été utilisés pour l’analyse statistique des donnés.

12
Ⅲ. Résultats et Discussion

Ⅲ.1. Echantillonnage
Un nombre de 364 échantillons a été inclut durant la période d’étude. L’analyse a été
effectuée à partir de la fiche des renseignements établie pour chaque patient et concerne
différents critères tels que le sexe, l’âge, la combinaison entre les deux et la grossesse, qui
aident dans l’interprétation des résultats et le diagnostic des principales causes des infections
urinaires.

Ⅲ.1.1. Répartition des patients selon l’âge

La moyenne d’âge des patients qui ont réalisés un ECBU au cours de la période
d’étude était de 39±20 ans, avec des extrêmes allant de 3 ans à 95 ans. Les patients ont été
répartis sur sept tranches d’âge : Enfant (<14 ans), (15 – 29 ans), (30-44ans), (45-59ans), (60-
74ans), (75-89ans), (> 90 ans). La répartition des patients selon la tranche d’âge est présentée
dans la Figure 01.

Figure 01. Répartition des patients selon les tranches d’âge.

Les résultats obtenus montrent que les patients appartenant aux tranches d’âge de 15
à 29 ans, de 30 à 44 ans et de 45 à 59 ans avaient le nombre des prélèvements le plus élevé

13
avec un pourcentage de 20,6 %, 38,5% et 17,6% respectivement. En fait, ceci pourrait être
justifié par le fait que cet intervalle d’âge représente la période où les personnes subissent des
changements dans leurs habitudes de vie surtout la puberté et la découverte de la vie sexuelle
(Rakotovao-Ravahatra et al., 2017).

Ⅲ.1.2. Répartition des patients selon le sexe

La majorité des consultants étaient du sexe féminin soit 251 femmes (69%), contre
seulement 113 hommes (31%) avec un sex-ratio (F/M) de 2,22. En outre, 13,55% des femmes
recensées étaient des femmes enceintes (Figure 02).

Figure 02. Répartition des patients selon le sexe.

Effectivement, nos résultats sont en accord avec ceux issus d’une étude faite par
Sierra-Diaz et al. (2019) qui montre aussi une prédominance féminine de 57% de la
population étudiée. Un sex-ratio (F/M=1,76) inferieur a été trouvé à l’hôpital militaire Moulay
Ismail, Meknès par Sbiti et al. (2017). Cependant, Gravey et al. (2017) ont trouvé presque
une égalité entre les deux sexes dans leur population d’étude.

En fait, les IUs sont plus fréquentes chez la femme, cette prédominance s’explique
par l’anatomie de l’appareil urinaire féminin : urètre court qui mesure environ 5cm de
longueur et s’ouvre entre le clitoris et l’ouverture du vagin ; de ce fait il y a toujours des

14
contaminations microbiennes et des irritations inflammatoires contrairement à celui de
l’homme qui mesure environ 20-25cm ce qui diminue le risque d’IU. L’effet des sécrétions
prostatiques permet d’offrir chez l’homme une protection supplémentaire (CMIT, 2018).

Les rapports sexuels (surtout au début du mariage) et la grossesse constituent aussi


des facteurs de risque chez la femme.

Les femmes enceintes représentent un terrain à risque de complication des IUs


(CMIT, 2018).

Ⅲ.1.3. Répartition des patients selon le sexe et l’âge

Les résultats de la combinaison entre le sexe et l’âge sont montrés dans la Tableau Ⅰ
et le Figure 03.

Tableau Ⅰ : Répartition des patients selon le sexe et les tranches d’âge.

Tranche < 14 ans 15 – 29 30 – 44 45 – 59 60 – 74 75 – 89 > 90 ans


d’âge ans ans ans ans ans
Femmes 19 68 115 24 15 9 01
Hommes 9 7 25 40 23 9 0

Chez le sexe féminin la majorité des prélèvements étaient issus de la tranche d’âge
(30 à 44ans). Concernant le sexe masculin, la majorité des prélèvements étaient issus de la
tranche d’âge de 45 à 59ans.

15
Femme
Homme

Figure 03 : Répartition des patients selon le sexe et les tranches d’âge.

L’effectif des femmes était plus élevé que celui des hommes dans les 3 premières
tranches d’âges < 14 ans, (15-29ans), (30-44ans). Pour les tranches d’âge (45-59ans) et (60-
74ans), le nombre des prélèvements issus du sexe masculin était plus important que celui du
sexe féminin.

Selon le CMIT (2018), la fréquence des IUs augmente avec l’âge ; chez la femme,
avec 2 pics, l’un au début de la vie sexuelle et l’autre après la ménopause et cela s’explique
par le déséquilibre de la flore vaginale et le déficit hormonal en œstrogène qui joue un rôle
important dans la survenue des IUs. Les changements anatomiques et hormonaux durant la
grossesse favorisent aussi ces infections, et peuvent conduire à des complications graves chez
la maman et le fœtus (Hasan et al. ,2014). La prévalence des IUs et des colonisations
urinaires chez l’homme augmente également avec l’âge et est favorisé par les problèmes
prostatiques (Lafaurie, 2014).

Ⅲ. 2. Analyse des ECBU positifs

Les résultats des ECBUs obtenus sont résumés dans la Figure 04.

16
Figure 04. Fréquence de positivité des ECBU.

Dans notre étude, sur 364 échantillons de patients suspectés ayant une IU ; 250
étaient négatifs, 69 positifs et 45 contaminées.

Un pourcentage des ECBUs positifs proche (18.4%) a été trouvé dans une étude faite
par Hailaji et al. (2016) dans la ville de Nouakchott, Mauritanie où ils ont étudié 3082
prélèvements urinaires. Cependant, Sierra-Diaz et al. (2019) et Hasan et al. (2014) ont
trouvé des prévalences plus élevées : 24.5% à partir de 5895 échantillons et 45% à partir de
800 ECBUs respectivement. Une prévalence plus basse (13.3%) a été estimée à Meknès, où
19400 prélèvements ont été analysé (Sbiti et al., 2017).

La majorité des ECBUs étaient négatifs avec un pourcentage de 69 % des ECBUs


totaux. Cela peut être expliqué par la consommation d’antibiotiques au moment de la
réalisation du prélèvement (Bruyère et al. 2013).

Notons que le nombre des ECBUs contaminés était aussi non négligeable, ceci est dû
certainement au non-respect des conditions du prélèvement, la contamination du prélèvement
par la flore vaginale, ou encore la contamination des urines par les bactéries qui colonisent
l’urètre (entrainement des bactéries du méat urétral et de pilosité périnéale par les urines)
(Gravey et al., 2017 ; CMIT., 2018).

Ⅲ.2.1. Fréquence de positivité des ECBUs selon le sexe

La réparation des ECBUs positifs selon le sexe est affichée dans la Figure 05.

17
Figure 05. Fréquence de positivité des ECBU selon le sexe.

On note que la majorité des ECBUs positifs proviennent des femmes ; 52 soit
76,81%, tandis que 17 seulement des ECBUs positifs proviennent des hommes (23,19%),
avec un sex-ratio (F/H) : 3,31.

Un sex-ratio inférieur (F/H=1,52) a été trouvé par Sierra-Diaz et al. (2019). Alors
qu’en Portugal, une étude réalisée au niveau de laboratoire de Centro Médico da Praça Lda, a
montré une prédominance féminine où les ECBUs positifs féminins représentent 83% parmi
4270 ECBUs positifs, avec un sex-ratio (F/M) 5,02 (Costa et al., 2017). La prédominance
féminine s’expliquer par l’anatomie de l’appareil urogénitale (urètre court, large et proche de
vagin et l’anus), les rapports sexuels (surtout au début de la vie sexuelle), la grossesse et la
ménopause (chez la femme ménopausée ; la carence hormonale et l’augmentation de pH
favorisent la colonisation des urines par les germes uropathogènes), ainsi que le manque
d’hygiène. Chez l’homme la longueur de l’urètre prévient la migration ascendante des
bactéries du méat urétral vers la vessie (Rakotovao-Ravahatra et al. ,2017 ; CMIT, 2018).

Ⅲ.2.2. Fréquence de positivité des ECBUs par tranches d’âge

La tranche d’âge de 30 à 44 ans était la plus concernée par les IUs suivie par celle
des âgés (60-74 ans). La réparation des ECBUs positifs selon les tranches d’âge est illustrée
dans la Figure 06.

18
Figure 06. Fréquence de positivité des ECBUs par tranche d’âge.

La positivité des ECBUs était plus observée chez les patients incluant dans la
tranche d’âge de 30 à 44 ans (39,1%). ce sont des personnes dans une période d’activité
sexuelle, des gens qui exercent différentes professions et dont l’hygiène de vie n’est pas
respectée chez eux (manque de consommation d’eau, stagnation des urines dans la vessie
pendant plusieurs heures,…etc.). La tranche d’âge de 60-74ans vient en deuxième position
avec un pourcentage de (20,3%), suivie par celles de 15 à 29 ans (18,8%), 75 à 89 ans
(11,6%), 45 à 59 ans (5 ,8%) et à la fin celle des enfants avec 4,3%. Par contre, Costa et al.
(2017) ont montré que la tranche d’âge des âgés était la plus concernée par les IUs avec 2219
ECBUs soit un pourcentage de 52%. En accord avec la même étude, La tranche d’âge la
moins affectée par les IUs était celle des enfants.

Ⅲ.2.3. Fréquence de positivité selon le sexe et tranches d’âge

Chez le sexe féminin l’IU était plus fréquente dans la tranche d’âge de 30 à44ans où
42,3% des femmes touchées par l’IU appartient à cette tranche. Chez les hommes, les patients
qui appartiennent à la tranche d’âge de 60 à 74 ans étaient les plus touchée représentant

35,29% des hommes touchés par l’IU (TableauⅡet Figure 07).

19
Tableau Ⅱ : Fréquence de positivité des ECBUs selon le sexe et tranches d’âge.

Tranche < 14 ans 15 – 29 30 – 44 45 – 59 60 – 74 75 – 89 > 90 ans


d’âge ans ans ans ans ans
Femmes 3 12 22 4 8 3 0
Hommes 0 1 5 0 6 5 0

Femme
Homme

Figure 07. Fréquence de positivité des ECBU selon le sexe et la tranche d’âge.

Nous avons noté que les IUs sont fréquentes chez les femmes dans la plupart des
tranches d’âges (<14 ans, 15-29 ans, 30-44 ans, 45-59 ans et 60-74 ans). Ce résultat concorde
avec celui de Costa et al. (2017) qui ont montré une prédominance féminine chez les adultes
où 70,3 % des adultes affectés par les IUs étaient des femmes. L’anatomie de l’appareil
urogénitale féminin ; brièveté de l’urètre et sa proximité du vagin et de l’anus permet à la
flore vaginale et digestif de pénétrer les voies urinaires, les femmes adultes sont généralement
non ménopausées et sexuellement actives, ce qui explique cette prédominance (Stapleton et
al., 2016). Cependant dans la tranche d’âge de 75 à 89 ans on constate une prédominance des
hommes, ce qui concorde avec les résultats montré par Traore (2006).

Chez la femme ménopausée, la carence hormonale entraine un déséquilibre de la


flore vaginale et provoque la disparition des lactobacilles et une alcalinisation du pH

20
favorisant ainsi la colonisation des urines par les souches uropathogènes (Gonthier, 2000).
Selon le CMIT (2018) chez l’homme la fréquence des IUs augmente après l’âge de 50 ans du
fait de la pathologie prostatique.

Dans la tranche d’âge des enfants, nous avons constatés une absence des IUs chez le
sexe masculin. Par contre, au Portugal, 29,7 % des enfants affectés par une IU étaient de sexe
masculin (Costa et al. ,2017). Toujours l’anatomie de l’appareil urinaire féminin explique
l’exposition des fillettes aux IUs plus que les garçons.

Ⅲ.3. Caractérisation des souches isolées

Ⅲ.3.1. Gram des souches isolées

Figure 08. Répartition des germes isolés en fonction de Gram.

Les bacilles à Gram à négatif (BGN) représentent 98.5% des bactéries isolées, par
contre les Cocci à Gram positif (CGP) représentent 1,5% ; issu d’’un seul ECBU (Figure 08).
Il faut noter qu’une seule culture de levure a été trouvée.

Les résultats de la coloration de Gram sont proches à celle de la littérature ; 95,7%,


94% et 91% étaient les prévalences des BGN isolés dans les études de Bruyère et al. (2013),
Hailaji et al. (2016) et Chervet et al. (2017) respectivement.

D’après les résultats et après comparaison avec autres études internationales, nous
avons constaté que les BGN sont les plus incriminés dans les IUs.

21
Ⅲ.3.2. Identification des germes isolés

Ⅲ.3.2.1. Répartition des germes selon les groupes

Au cours de cette étude, nous avons isolés et identifies 70 souches à partir de 364 et
chez 69 patients ; notant qu’il y a un patient présentant une sonde à demeure et chez lequel 2
souches ont été isolées (Pseudomonas aeruginosa et Escherichia coli). Une diversité
d’espèces isolées a été constatée (Figure 09) où la majorité des germes étaient des
Entérobactérie représentants 91,4% des isolats, suivi par les bacilles non fermentant
représentant 5,7% des isolats, une seule souche de Streptocoque « D » non entérococcal et une
seule levure ont été aussi trouvé.

Figure 09. Répartition des germes isolés selon les groupes.

Un résultat proche était trouvé par Sbiti et al. (2017) à l'Hôpital Militaire Moulay
Ismail de Meknès. 80,5 % des isolats étaient des Entérobactéries, cela est dû à la
physiopathologie des IUs qui sont en général ascendantes et la colonisation de tube digestif
par les Entérobactéries (Sbiti et al., 2017). Mouayche et al. (2018) aussi montraient que les
espèces les plus incriminées étaient des Entérobactéries avec une prévalence de 81%.

Ⅲ.3.2.2. Répartition des germes selon les espèces

L’identification des germes isolés, par les techniques d’identification biochimique ;


galerie API 20 E, galerie biochimique classique, des tests rapides tel que la catalase et
d’oxydase, montrait une prédominance d’Escherichia coli avec 50 souches soit 71.4% des

22
isolats, suivit par d’Enterobacter spp avec 5 souches (7.2%), 4 Bacilles non fermentant ;
Pseudomonas aeruginosa (5.7%), 3 Klebsiella pneumoniae (4.3%), 2 Proteus mirabilis et 2
Proteus spp. avec 2.9% pour chacune. En dernière position 1 Klebsiella spp. et une Klebsiella
oxytoca ,1 Streptocoque « D » non entérococcal et une culture de levure avec une prévalence
de 1.4% pour chacune (Figure 10).

Figure 10. Répartition des souches isolées selon l’espèce.

La prédominance d’Escherichia coli (E. coli) était mise en évidence lors d’une étude
réalisée sur les femmes enceintes à Dar es Salam, Tanzanie, où 46,8% des souches isolée
étaient E. coli (Mwambete et Malaba, 2017).

Une prévalence d’E. coli de 45.5% et 41.8% chez les patients adultes et les patients
plus de 65 ans respectivement, suivie par Enterococcus faecalis (9.7%), Pseudomonas
aeruginosa (5.7%), Proteus mirabilis (4.6%) et Klebsiella pneumoniae (4.2%) a été trouvées
par Gravey et al. (2017).

En France, les souches isolées d’après une étude réalisée dans le groupe LCD à paris
étaient : E. coli, Klebsiella spp., Enterococcus spp., Proteus spp. et Citrobacter spp. avec des
pourcentages : 69%, 8%, 6%, 6%, et 4% respectivement (Chervet et al. 2017).

Une prédominance d’E. coli (44%) suivi par Klebsiella pneumoniae (31%) et
Enterobacter cloacae (3%) était constatées par Mouayche, et al. (2018). Le même ordre était

23
trouvé par Nguefack et al. (2019) dont la prévalence était : 48.6 %, 14.3% et 11,4 %
respectivement.

Ⅲ.4. Résistance de souches isolées aux antibiotiques


La résistance des souches isolées aux antibiotiques testés est obtenue à partir des
résultats de l’antibiogramme basé sur les recommandations de CLSI 2014.

Ⅲ.4.1. La résistance des Entérobactéries aux antibiotiques

Les résultats de la résistance des Entérobactéries vis-à-vis aux 12 antibiotiques testés


sont montrés ci-dessous (Figure11).

Figure 11. La résistance d’Entérobactéries aux différents antibiotiques testés.

D’après la figure 11, le taux le plus élevé de la résistance est celui de l’Amoxicilline
et la Ticarcilline avec 76.6% et 73,4 % respectivement. La Gentamicine représente le taux de
résistance le plus faible (3.1%). Il faut signaler que le pourcentage de résistance de 12,5 %.

Des taux de résistance de 42,2% et 21,9% contre et le Triméthoprime/


Sulfaméthoxasole et la ciprofloxacine respectivement ont été observé.

Ⅲ.4.1.1. La résistance d’Escherichia coli aux antibiotiques

Nos résultats montrent qu’E. coli résiste avec 74% à l’Amoxicilline et à la


Ticarcilline. La résistance est plus élevée (94,1%) à l’Amoxicilline dans l’étude réalisée par

24
Rakotovao-Ravahatra et al. (2017). Par contre, Gravey et al. (2017) et Garnotel et al.
(2017) ont obtenus une résistance inférieure avec 59% et 49,8% respectivement. Cette
résistance de type pénicillinase est acquise et serait la conséquence de la pression de sélection
liée à la consommation abusive de cet antibiotique dans les pays en développement. Ces taux
élevés de résistance à l’Amoxicilline justifient que les aminopénicillines ne soient plus
actuellement recommandées en traitement probabiliste des IUs (Rakotovao-Ravahatra et al.
,2017).

E. coli résiste dans 10% des cas à l’association d’Amoxicilline et l’Acide


clavulanique contrairement à un taux de résistance qui atteint 87,3% constaté par Rakotovao-
Ravahatra et al. (2017) à partir d’une étude sur le profil de résistance d’E. coli à
Befelatanana Antananarivo.

Une faible résistance était montrée vis-à-vis la Gentamicine et la Céfoxitine avec 4%


et 2% respectivement, ce qui contracte à celle trouvé chez les E-BLSE isolées par Sbiti et al.
(2017) où la résistance à la Gentamicine était 67,2%. Concernant le reste des antibiotiques, E.
coli résiste avec 48%, 26%, 24% et 22% aux Triméthoprime/Sulfaméthoxazole,
Ciprofloxacine, Céfazoline et la Kanamycine respectivement.

Signalant que parmi les 50 souches d’E.coli isolées 6 souches étaient E-BLSE soit
une résistance de 12% à la Céfotaxime. Aucune souche résistante aux Carbapénèmes et aux
Colistines n’a été isolées durant notre étude.

En effet, le fait de traiter une IU suspectée cliniquement sans documentation par


certains prescripteurs a joué un rôle important dans l’apparition de l’antibiorésistance, sans
omettre de parler de l’automédication qui a aussi contribuée dans la propagation de ce
problème de l’antibiorésistance (Rakotovao-Ravahatra et al. ,2017).

Ⅲ.4.1.2. La résistance d’Enterobacter spp. aux antibiotiques

Les résultats de l’antibiogramme ont mis en évidence : la Céphalosporinase


d’Entérobacter spp. qui est une résistance naturelle à l’Amoxicilline et la Céfazoline, une
résistance avec un taux de 80% à l’association Amoxicilline-Acide clavulanique, à la
Ticarcilline et au Céfoxitine, et une faible résistance avec un pourcentage de 20% à la
Céfotaxime. Entérobacter spp. reste sensible vis-à-vis des aminosides (Gentamicine et
Kanamicine), la Colistine, l’Imipenème, la Ciprofloxacine et le Triméthoprime /
Sulfaméthoxazole.

25
L’isolement des souches d’Entérobacter spp. était déjà réalisé par Delcaru et al.
(2017), qui ont réalisé une étude sur l’antibiorésistance des pathogènes urinaires chez les
sujets âgés ayant des problèmes prostatiques, où ils ont isolé 4 souches d’Entérobacter spp.
dont 2 étaient résistantes à l’Amoxicilline et à la Ciprofloxacine et une seule souche était
résistante au Triméthoprime / Sulfaméthoxazole (Delcaru et al. , 2017).

Le résultat de la résistance aux antibiotiques d’Enterobacter isolé dans le service de


néphrologie à Marrakech, montrent que ces souches sont totalement sensibles à l’Imipenème,
au Céphalosporine de 3ème génération, au Triméthoprime/Sulfaméthoxazole et à la
Gentamicine d’une part et résistants à l’Amoxicilline et à l’association Amoxicilline-acide
clavulanique d’une autre part (Mouayche et al., 2018).

Ⅲ.4.1.3. La résistance des espèces du genre Klebsiella aux antibiotiques

Durant la période d’étude, 5 souches du genre Klebsiella ont été isolées ; 3 souches
de l’espèce Klebsiella pneumoniae, 1 Klebsiella oxytoca et 1 Klebsiella spp.

Klebsiella pneumoniae représente 4.7 % des souches isolées. Par contre Nguefack et
al. (2019) ont considéré Klebsiella pneumoniae comme un deuxième pathogène représentant
14.3% des isolats, dans une étude inclus uniquement les femmes enceintes. D’après les
résultats de l’antibiogramme, une seule souche parmi les trois était productrice de BLSE.

Cette espèce avait une résistance totale à l’Amoxicilline et au Ticarcilline (pénicillinase


chromosomique naturelle). Elle résiste avec un taux de 33,3% aux : Céfazoline, Céfotaxime,
Kanamycine et Triméthoprime/Sulfaméthoxazole, tandis qu’elle reste sensible aux :
Amoxicilline-Acide clavulanique, Céfoxitine, Gentamicine, Ertapéneme, Ciprofloxacine et
Colistine. Ces taux de résistance sont inférieurs de ceux estimés à la ville de Najaf en Irak où
le taux minimal de résistance était de 45%, dans la même étude une résistance de K.
pneumoniae à l’Imipénème avec un taux 5,7% a été observée (Majeed et Aljanaby, 2019).

Les résultats de l’antibiogramme montrent que Klebsiella oxytoca était résistante à


l’Amoxicilline, Ticarcilline et Kanamicine.

Klebsiella spp., cette souche sauvage est sensible à tous les antibiotiques testés.

Ⅲ.4.1.4. La résistance des espèces du genre Proteus

Les 2 souches de Proteus mirabilis qui sont résistantes naturellement à la Colistine


restent sensibles aux autres antibiotiques testés. Contrairement, Majeed et Aljanaby (2019)
ont trouvé des taux de résistance plus au moins importants aux différents antibiotiques ; un

26
taux de résistance 75 % à l’Amoxicilline, 50 % à la Céphtazidime et 25 % au Céfotaxime,
Gentamycine, Tobramycine et au Ciprofloxacine. Aucune résistance à l’Imipénème et à
l’Amikacine n’a été détectée (Majeed et Aljanaby, 2019).

Deux souches de Proteus spp ont été isolées représentant 2,9 % des isolats. En plus
de leurs résistances naturelles (Céphalosporinase de bas niveau et la résistance à la Colistine),
ces deux souches présentent une résistance aux Triméthoprime/Sulfaméthoxazole seulement.

Ⅲ.4.2. La résistance des bacilles non fermentant aux antibiotiques

 La résistance de Pseudomonas aeruginosa

Les résultats de l’identification des bacilles non fermentant (BNF) montrent que les 4
souches BNF isolées appartiennent à l’espèce Pseudomonas aeruginosa. Les résultats de leur
antibiorésistance aux différents antibiotiques testés sont représentés dans la figure ci-dessous
(Figure12).

Figure 12. Résistance de bacille non fermentant aux différents antibiotiques testés.

Concernant la résistance aux Bétalactamines, la Figure 12 montre que Pseudomonas


aeruginosa résiste à la Pipéracilline, la Ticarcilline et au Céfépime avec un taux de 25%.
Cependant le taux de résistance à la Céftazidime, Aztréonam, Imipénème, à l’Aminoside
(Tobramycine), à la Polymixine (Colistine) et aux Fluoroquinolones (Ciprofloxacine) était
nul. Ces résultats ne s’accordent pas avec ceux publiés dans une étude réalisée à la ville de
Najaf en Irak sur l’antibiorésistance des germes isolés chez les patients ayants des problèmes

27
rénaux, où le taux de résistance de P. aeruginosa à la Céftazidime et Tobramycine était 50%,
à la Céfotaxime et Tétracycline était 44,5 %, à la Ciprofloxacine, Levofloxacine et la
Gentamycine était 38,7 %, à l’Amikacine avec un taux de 27,7%. Aucune résistance à
Imipénème a été détectée (Majeed et Aljanaby, 2019).

Ⅲ.4.3. La résistance de Streptocoque « D » aux antibiotiques


Une seule souche de Streptocoque « D » non entérococcal a été identifiée soit (1,4%)
des isolats. Par contre Chervet et al. (2017) ont isolés 15 souches de Streptocoque soit (13%)
des isolats parmi 72 isolats à Gram positif. Cette souche était résistante à la Levofloxacine,
tandis qu’elle était sensible aux antibiotiques restants (Pénicilline G, Tétracycline,
Céfotaxime, Pristinamycine, Fosfomycine, Vancomycine, Teicoplanine, Lincomycine,
Erythromycine, Triméthoprime-Sulfaméthoxazole et Rifampicine).

28
Ⅳ. Conclusion
L’épidémiologie des IUs et l’évolution de l’antibiorésistance des germes isolés est l’un
des plus importants sujets à traiter et à contrôler au tour du monde entier. Les germes
uropathogènes incriminés dans ces infections représentent une variabilité large d’un endroit à
un autre, ce qui attire les chercheurs à les caractériser. Les Entérobactéries restent toujours le
groupe majeur et prédominant retrouvé.

L’objectif essentiel de cette étude était l’estimation de la prévalence des infections


urinaires chez les patients consultants (communautaires) et les patients hospitalisés au niveau
du laboratoire central de l’EPH Batna d’une part, et d’autre part d’évaluer le niveau de
l’antibiorésistance des souches isolées.

Sur 364 échantillons de patients suspectés à une infection urinaire et suites à un examen
cytobactériologique des urines, 69 étaient positifs et répondaient aux critères d’infection
urinaire, soit 18.4 %. Une prédominance féminine était estimée à 76,81 %.

Les patients de la tranche d’âge de 30 à 44 ans sont les plus concernés où 39,1% des
ECBU positif issus de cette tranche. Chez le sexe masculin, les âgés (60-74ans) étaient les
plus touchés avec un pourcentage de 35,29 % des hommes touchés par l’IU. Cependant la
tranche d’âge de 30-44 ans est la tranche majoritaire du sexe féminin avec 42,30 %.

Les Bacilles à Gram négatif sont majoritaires avec un pourcentage de 98.5 % (68
souches). Les tests biochimiques utilisés au cours de l’études : tests rapides à savoir la
catalase et l’oxydase, galerie API 20 E, galerie biochimique classique (TSI, Citrate de
semonce, milieu urée-indole) ont permis d’identifier les différentes souches isolées. Les
Entérobactéries sont les plus prédominantes dont le chef de fil est l’Escherichia coli (71.4 %).

Les souches d’Entérobactéries isolées présentent des résistances acquises à des degrés
variables ; certaines présentent des pénicillinases de bas niveau, d’autres des pénicillinases de
haut niveau voire même des bétalactamases à spectre élargi mais elles restent toujours
sensibles aux carbapénèmes. Les bactéries non fermentantes ont une résistance plus au moins
faible à la Pipéracilline, Ticarcilline et Céfépime (25%).

La multi-résistance des germes uropathogènes aux antibiotiques représente un sujet


inquiétant et constitue la menace infectieuse la plus sérieuse pour les prochaines années, en
ville et à l’hôpital.

29
Perspectif
Elargir les études au niveau de tous les laboratoires localement, à l’échelle régionale et
même nationale et puis communiquer les résultats de réseau national de surveillance des
résistances des antibiotiques pour essayer de contrôler et de limiter l’émergence de ces
résistances.

30
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Annexes

Annexe 01

Fiche de renseignements pour ECBU


N° patient : ...................
Nom et prénom : ............................................ Sexe :

Age : ................................. Adresse : Batna / hors Batna


Service : ............................ Date d’hospitalisation : .../…. /...

Date de prélèvement : .../......../2019


Opérer sur les voies urinaires : oui/ non Sondage : oui/non

Signes cliniques : entourez les signes + :


• Signes fonctionnelles urinaires : pollakiurie, Brulures mictionnelles, dysurie, polyurie,
douleurs sus pubiennes, émission d’urine trouble, hématurie macroscopique.

• Fièvre ou frissons : +/-

Températures :
Diagnostic clinique : ........................................................................................

Terrain particulier et antécédent :


Diabète : oui/non Grossesse : oui/non
Immunodépression : oui/non Insuffisance rénale : oui/non
Anomalie organique ou fonctionnelle de l’arbre urinaire : lithiase, résidu, tumeur, acte récent
sur l’appareil urinaire :………………………………………………………………
Antécédent d’IU : oui/non
Traitement en cours : ATB : oui/non. Si oui, nom d’ATB :

Hospitalisation dans les 6 derniers mois :


Oui/non Motif : Service :

Antibiothérapie dans les 3-6 derniers mois avant l’infection :


Oui/non Nom d’ATB : Durée :
Annexe 02

A B

C D

Figure 01. Examen cytologique des différents éléments cellulaires.(Denis et al., 2007).

La figure montre les différents éléments cellulaires à compter en état frais sous microscope optique
A :Leucocytes, B :Cylindres leucocytaires, C : Levures, D : Cristaux d’oxalate de calcium.

Annexe 03

A B

Figure 02. culture urinaire sur gélose nutritive avant et après incubation. (Denis et al., 2007).
La prolifération des germes après incubation sur gélose nutritive à 37°c pendant 18-24 h.A : Avant incubation,
B : Après incubation.

Annexe 04

Figure 03. Test d’oxydase. (Denis et al., 2007).

Les étapes du test oxydases sont illustrées dans la Figure 03.

Annexe 05

A B

Figure 04. Test catalase (Denis et al., 2007).

La Figure 04 du test catalase montre la différence entre la catalase négative (A) et la catalase positive (B), A :
Test catalase négatif, B : Test catalase positif.
Annexe 06

A B C D E

Figure 05. Etude de l’attaque des sucres (Denis et al., 2007).

La Figure 05 constitue les différents résultats en milieu TSI selon les sucres. A : tube avant ensemencement, B :
glu+, sacc-, lac-, gaz-, H2s- ,C : glu+, sacc+, lac+, gaz+, H2s- ,D : glu+, sacc-, lac- gaz, H2s+ ,E : bacille non
fermentant.

Annexe 07

A B

Figure 06. Aspect du milieu Citrate de Simmons (Denis et al., 2007)

Le virage du couleur en bleu du milieu citrate de Simmons est montré dans la Figure 06. A : Résultat Positif.
B : Résultat négatif.
Annexe 08

Positif Négatif Négatif Positif

Figure 07. Recherche d’Uréase et tryptophanase (Denis et al., 2007).

La Figure 07 montre la différence entre l’uréase et la tryptophanase positifs et négatifs.


Milieu à l’urée

Urée + Tryptophane
Uréase →↓ ↓ →tryptophanase
NH3 indole
↓ ↓
(Virage du milieu au ↓
Rose-fushia) ↓
R° d’Ehrlich-Kovacs
(Addition du réactif d’Ehrlich-Kovacs (addition de perchlorure de fer)
Indole + indole -
↓ ↓
Anneau rouge anneau clair

Figure 08. Schéma explicatif du test Uréase et tryptophanase (Denis et al., 2007).

Annexe 09

Figure 09. La galerie biochimique API 20 E (Denis et al., 2007)

Les différents paramètres à rechercher par la galerie API 20 E sont affichés dans la Figure 09.
Annexe 10

Figure 10. Résultat de l’antibiogramme après incubation (Denis et al., 2007).

La Figure 10 montre le résultat de l’antibiogramme. Les zones claires sont les zones d’inhibition par les disques
d’antibiotiques.
Annexe 11

Tableau Ⅰ : la charge et les diamètres critiques des antibiotiques testés pour les
Entérobactéries (Rahal et al., 2014).

Antibiotiques testés Charge des Diamètre critique (mm)


disques (µg) Résistante Intermédiaire Sensible
Amoxicilline - - - -
Amoxicilline-Acide clavulanique 20/10 <13 14-17 >18
Ticarcilline - - - -
Céfazoline 30 <19 20-22 >23
Céfoxitine 30 <14 15-17 >18
Céfotaxime 30 <22 23-25 >26
Imipénème 10 <19 20-22 >23
Colistine - - - -
Ciprofloxacine 5 <15 16-20 >21
Gentamicine 10 <12 13-14 >15
Kanamicine - - - -
Triméthoprime/Sulfaméthoxazole 1,25/23,75 <10 11-15 >16

Tableau Ⅱ : la charge et les diamètres critiques des antibiotiques testés pour Pseudomonas
aeroginosa (Rahal et al., 2014).

Antibiotiques Charge des Diamètre critique (mm)


testés disques (µg) Résistante Intermédiaire Sensible
Pipéracilline 100 <14 15-20 >21
Ticarcilline 75/10 <15 16-23 >24
Céftazidime 30 <14 15-17 >18
Céfépime - - - -
Aztreonam 30 <15 16-21 >22
Imipénème 10 <15 16-18 >19
Tobramicyne 10 <12 13-14 >15
Colistine 10 <10 - >11
Ciprofloxacine 5 <15 16-20 >21
Tableau Ⅲ : la charge et les diamètres critiques des antibiotiques testés pour Streptococcus
spp (non hémolytique) (Rahal et al., 2014).

Antibiotiques testés Charge des Diamètre critique (mm)


disques (µg) Résistante Intermédiaire Sensible
Penicilline 10 <28 - >29
Ticarcilline - - - -
Amoxicilline - - - -
Pristinam - - - -
Céfotaxime - - - -
Fosfomycine - - - -
Vancomycine - - - -
Teicoplanine 30 <10 11-13 >14
Lincomycine - - - -
Erythromycine 15 <13 14-22 >23
Lévofloxacine 5 <15 16-20 >21
Trimethoprime/Sulfamethoxazole 1,25/23,75 <10 11-15 >16
Rifampicine 5 <16 17-19 >20
‫ملخص‬
‫ حيث تمثل مستودعًا للجراثيم المسببة لألمراض التي تتطور‬،‫تنتشر التهابات المسالك البولية بشكل كبير في العالم‬
‫ الهدف من هذه الدراسة هو تقدير مدى انتشار التهابات‬.‫ مما سبب مشكلة عالجية خطيرة‬،‫مقاومتها للمضادات الحيوية مع مرور الوقت‬
‫المسالك البولية وكذلك تقييم مدى مقاومة المضادات الحيوية من طرف الكائنات المسببة لهذه االلتهابات في مستشفى االمراض المعدية‬
‫ في مختبر علم البكتيريا في مستشفى االمراض المعدية‬9102 ‫ أشهر تتراوح من فبراير إلى أبريل‬3 ‫ أجريت دراستنا خالل فترة‬.‫بباتنة‬
‫ غالبية السالالت المعزولة كانت عصيات‬.٪ 0..4 ‫ كانت نسبة انتشار التهابات المسالك البولية‬.‫ عينة بول‬364 ‫ تم جمع ودراسة‬.‫بباتنة‬
‫ تليها‬،)٪ 40.4( Escherichia coli ‫ كان من األنواع السائدة‬.‫ من المعزوالت‬٪ 20.4 ‫ وتمثل بكتيريا األمعاء‬،‫سالبة الجرام‬
Proteus )٪ 4.3( Klebsiella pneumoniae ،)٪ 7.4( Pseudomonas aeruginosa‫و‬,(7,2%)Enterobacter spp
‫ تجدر اإلشارة إلى أنه‬.Streptococcus «D» ‫ بخصوص المكورات إيجابية الغرام تم عزل بكتيريا واحدة من‬.)٪ 9.2(mirabilis
46.6 ‫ بنسبة‬Ticarcilline ‫ و‬Amoxicilline ‫ وقد لوحظت مستويات مقاومة عالية لبكتيريا األمعاء ضد‬.‫تم عزل خميرة واحدة فقط‬
٪97 ‫ بنسبة‬Céfépime ‫ ولل‬Ticarcillin ‫ ولل‬Piperacillin‫كانت العصيات غير المخمرة مقاومة لل‬. ‫ على التوالي‬٪ 43.4 ‫ و‬٪
‫ أظهرت هذه الدراسة أن التهابات المسالك البولية قد تصيب جميع الفئات العمرية من الجنسين حيث تقل حساسية‬.‫ضد كل واحد‬
.‫الجراثيم المعزولة يعود هذا الى تطور آليات مقاومة البكتيريا المسببة لها للمضادات الحيوية‬
. ‫ الجرام‬، ‫ مقاومة المضادات الحيوية‬،‫ فحص البكتيريا الخلوية‬،‫ عدوى المسالك البولية‬:‫الكلمات المفتاحية‬
Résumé
Les infections urinaires constituent un véritable problème de santé publique tant par leurs
fréquences que par leurs difficultés de traitement, elles représentent un réservoir de germes pathogènes
dont l’antibiorésistance progresse avec le temps, causant un sérieux problème thérapeutique.
L’objectif de cette étude était l’estimation de la prévalence des infections urinaires ainsi que
l’évaluation de l’antibiorésistance des germes en cause dans l’EPH Batna. Notre étude a été réalisé
pendant une période de 3 mois allant du mois de Février jusqu’ au mois d’Avril 2019 au niveau du
laboratoire central de l’EPH Batna. Un total de 364 échantillons d’urine a été collecté et analysé. La
prévalence des IUs était 18,4%. La majorité des souches isolées étaient des bacilles à Gram négatif, les
Entérobactéries représentaient (91,4%) des isolats. Escherichia coli était l’espèce la plus dominante
(71,4%), suivi par Enterobacter spp. (7,2%), Pseudomonas aeruginosa (5,7%), Klebsiella pneumoniae
(4.3%) et Proteus mirabilis (2.9%). Concernant les Cocci à Gram positif ; une seule souche de
Streptococcus du groupe « D » a été identifiée. Il faut noter qu’on avait isolé des levures en culture
mais dans un seul prélèvement. Des taux de résistance élevés ont été observé chez les Entérobactéries
vis-à-vis l’Amoxicilline et la Ticarcilline avec 76.6% et 73,4 % respectivement. Les bacilles non
fermentant avaient une résistance à la Pipéracilline, Ticarcilline et au Céfépime avec un taux de 25%
pour chacune. Cette étude a montré que les IUs touchent toutes les tranches d’âge des deux sexes où la
sensibilité des germes isolés a été plus au moins réduite, cela peut être dû au développement de leurs
mécanismes de résistance.
Les mots clés : infection urinaire, examen cytobactériologique des urines, résistance aux
antibiotiques, Gram.
Abstract
Urinary tract infections are very common in the world, they represent a tank of pathogenic
germs whose antimicrobial resistance progresses with time, causing a serious therapeutic problem.
The objective of this study was to estimate the prevalence of UTI as well as the antimicrobial
resistance of the causative organisms in the HPE Banta. Our study was carried out during a period of 3
months going from February to April 2019 in the Bacteriology laboratory of HPE Banta. A total of
364 urine samples were collected. The prevalence of UTIs was 18.4%. The majority of strains isolated
were Gram-negative bacilli; Enterobacteria represented 91.4% of isolates. Escherichia coli was the
most dominant species (71.4%), followed by Enterobacter spp (7, 2%), Pseudomonas aeruginosa
(5.7%), Klebsiella pneumoniae (4.3%) and Proteus mirabilis (2.9%). For the Gram positive cocci;
only one strain of Streptococcus “D” has been identified. It should be noted that only one yeast has
been isolated. High levels of resistance were observed in Enterobacteriaceae against Amoxicillin and
Ticarcillin with 76.6% and 73.4%, respectively. Non-fermenting bacilli had resistance to Piperacillin,
Ticarcillin and Cefepime with 25% against each one. This study showed that UTI affects all age
groups of both sexes, where the sensitivity of isolated germs has been more or less reduced, this may
be due to the development of their resistance mechanisms.
Key words: urinary tract infection, cytobacteriological analysis of urines, Gram, antibiotic resistance.

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