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Chap V.

Le cycle de Krebs
Le cycle de l’acide citrique
Le cycle tricarboxylique

dans les mitochondries Î conditions AÉROBIES

Acétyl-CoA
énergie
CO2

Voie finale, COMMUNE de l’oxydation des molécules


énergétiques : acides aminés, acides gras, glucides Figures tirées de
Lehninger Principles of Biochemistry
Fourth Edition
Copyright © 2004 by W. H. Freeman & Company
Vue générale du cycle de l’acide citrique

C6

C4
C6

C4 C5

C4

C4
C4
¾ 2 carbones entrent dans le cycle, 2 autres carbones en sortent
sous forme de CO2

¾ 4 réactions d’oxydo réduction ont lieu


- 6 électrons sont transférés sur 3 NAD+
- 1 paire d’atomes d’hydrogène (2 électrons) sont transférés
sur FAD

¾ 1 liaison phosphate, riche en énergie est formée à chaque


tour (1 GTP)

Régénération de NAD+ et de FAD conduit à la formation de 3


ATP et de 2 ATP respectivement, dans la chaîne respiratoire

3×3 + 1×2 + 1×1 = 12 ATP


Vue détaillée du cycle de l’acide citrique
I. Les 9 étapes en détail
1. Condensation de l’oxaloacétate et de l’acétyl coenzyme A
COO-
C O

CH2 + C CH3 + H2O


COO- S-CoA
Oxaloacétate Acétyl-CoA

Citrate synthétase

CH2 COO-

HO C COO- + HS-CoA + H+ O
CH2 COO- CH2 C S-CoA
Acide citrique Intermédiaire =
HO C COO-
Citryl-CoA
-
CH2 COO
2. + 3. Isomérisation du citrate

COO- COO- COO-

HC H H2O H C H2O H C OH
- - -
OOC C OH OOC C OOC C H

CH2 CH2 CH2


aconitase aconitase
COO- COO- COO-

Citrate Cis-Aconitate Isocitrate


4. Oxydo-réduction I

isocitrate + NAD+ α-cétoglutarate + CO2 + NADH + H+

- - -
COO COO COO
NAD+
H+ CO2
CH2 CH2 CH2
- -
H C COO H C COO CH2

H C OH C O C O
-
NADH + H+ - -
COO COO COO
Isocitrate Oxalosuccinate α-cétoglutarate

Isocitrate déshydrogénase
5. Décarboxylation oxydative

α-cétoglutarate + NAD+ + CoA succinyl-CoA + CO2 + NADH


-
COO COO-

CH2 CH2
+ NAD+ + HS-CoA + CO2 +
CH2 CH2 NADH + H+

C O C O
-
COO S-CoA
Enz = complexe α-cétoglutarate déshydrogénase

Cofacteurs = NAD+, CoA, TPP, lipoamide, FAD


6. Formation d’une liaison riche en énergie

¾ succinyl~CoA + Pi + GDP succinate + GTP + CoA


Succinyl CoA synthétase
¾Transfert sur ADP

GTP + ADP GDP + ATP


Nucléoside diphosphate kinase
7. Régénération de l’oxaloacétate
COO- COO-

CH2 CH
+ FAD + FADH2
CH2 succinate HC
déshydrogénase
COO- COO-
succinate fumarate
8. COO- COO-

CH HO C H

HC fumarase CH2
(trans addition
COO- stéréospécifique) COO-
fumarate L-malate

9. COO- COO-

HO C H + NAD+ C O + NADH + H+
malate
CH2 CH2
déshydrogénas
COO- e COO-
L-malate oxaloacétate
II. Bilan du cycle de l’acide citrique
acétyl-CoA + oxaloacétate + H2O citrate + CoA + H+
citrate cis-aconitate + H2O
cis-aconitate + H2O isocitrate
isocitrate + NAD+ α-cétoglutarate + CO2 + NADH
α-cétoglutarate + NAD+ + CoA succinyl-CoA + CO2 + NADH
succinyl-CoA + Pi + GDP succinate + GTP + CoA
succinate + FAD (lié) fumarate + FADH2 (lié)

fumarate +H2O malate


malate + NAD+ oxaloacétate + NADH + H+

Acétyl-CoA + 2 H2O + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi


2 CO2 + 3 NADH + FADH2 + GTP + 2 H+ + CoA
Bilan énergétique du cycle de Krebs
isocitrate déshydrogénase
1 NADH formé 3 liaisons ~
α-cétoglutarate déshydrogénase
1 NADH formé 3 liaisons ~
succinyl CoA synthétase
1 GTP formé 1 liaison ~
succinate déshydrogénase
1 FADH2 formé 2 liaisons ~
malate déshydrogénase
1 NADH formé 3 liaisons ~

12 liaisons ~
III. Particularités et mécanismes
¾ entrée du pyruvate dans la mitochondrie (cf. avant)
¾ devenir des atomes de C :
S-CoA
oxaloacétate

citrate
isocitrate

+
CO2
succinate

succinyl-CoA CO2 α-cétoglutarate


¾ complexe de l’α-cétoglutarate déshydrogénase

Très semblable au complexe pyruvate déshydrogénase

Mêmes cofacteurs : TPP, lipoamide, CoA, FAD, NAD+

3 enzymes :
A’ : α-cétoglutarate déshydrogénase
B’ : transsuccinylase
C’ : dihydrolipoyl déshydrogénase

A B C A’ B’ C’

A B C’ A’ B’ C

Complexes fonctionnels
¾ La citrate synthétase
oxaloacétate + acétyl-CoA citrate + CoA

- enzyme = 2 monomères en interaction


- (a) = enzyme sans substrat
- (b) = enzyme avec substrats Î changement conformationnel,
le site actif « se referme »
- présence d’histidines dans le site actif qui stabilisent les
différents intermédiaires
¾ L’aconitase A B
• Aspect structural : 1 COO- 1
COO-
COO- 2 CH 2
CH2
C H2 3C 3
COO- ou C COO-
HO C COO- 4 4
CH2 CH
CH2 5 - 5 -
COO COO
-
COO cis aconitate
1 1
-
COO COO-
citrate
2 2
HO C H ou CH2
3 3
-
HC COO HC COO-
4 4
CH2 H C OH
5 -
5 -
COO isocitrate COO
¾ Comment l’enzyme peut elle être spécifique sur une
molécule symétrique



CH2COO-

Site COO-
Site OH
Site CH2COO-

Molécule symétrique reconnue de manière asymétrique


• Aspect fonctionnel : Dichapetelum cymosum
Aconitase inhibée par fluoroacétate
O
COO- CoA-SH
C
CH2 F
F CH 2 S-CoA
fluoroacétate fuoroacétyl CoA
oxaloacétate
-
COO
Fluor Blocage
C H2
-
Fe2+ HO C COO
Site COO-
Site OH
F C H
Site CH2COO-
-
COO
Aconitase fluorocitrate
IV. Régulation du cycle de Krebs
Régulation du cycle :
¾ Complexe pyruvate déshydrogénase :
• Acétyl-CoA inhibe la transacétylase
• NADH inh. Dihydrolipoyl déshydrogénase

• modification covalente : P de Ser


ATP, NADH, Acétyl-CoA
P si élevés
ADP NAD+ CoA
• déphosphorylation si pyruvate élevé

¾ Citrate synthétase :

• inhibée allostériquement par ATP


(ATP baisse l’affinité de l’enzyme par l’Acétyl-CoA)
¾ Isocitrate déshydrogénase :
• stimulation allostérique par ADP
(ADP augmente l’affinité pour les substrats)
• NADH inhibe l’enzyme car déplace le NAD+

¾ α-cétoglutarate déshydrogénase :
• inhibition par succinyl-CoA et par NADH

Résumé : si taux énergétique cellulaire élevé, vitesse du


cycle et vitesse d’incorporation de C2 réduites
V. Le cycle de l’acide citrique : source de précurseurs
Remarques :

• Dans situation alimentaire désespérée :


Î voie néoglucogenèse : oxaloacétate Î glucides (glucose pour
le cerveau)

• Compensation par réactions anaplérotiques :

Ex : pyruvate + CO2 + ATP + H2O

pyruvate carboxylase

oxaloacétate + ADP + Pi + 2 H+
VI. Cycle de Krebs et Béribéri
¾ paralysie / tremblement mains + pieds, parfois tout le corps
¾ provoqué par carence en vitamine B1 = thiamine

Î TPP = groupe prosthétique de 3 enzymes importants

• pyruvate déshydrogénase
Cycle de Krebs
• α-cétoglutarate déshydrogénase

Voie des
pentoses
• transcétolases

Activités enzymatiques faibles

Extrême Orient / riz, faible teneur en vit. B1


VII. Le cycle glyoxylique

NADH + H+ Acétyl-CoA
Oxaloacétate
NAD+ Malate
déshydrogénase CoASH

CoASH
Glucose Malate Citrate
Acétyl-CoA
Malate
synthase
Fumarate Glyoxylate Isocitrate
Isocitrate lyase CO2

Succinate α-cétoglutarate

Succinyl CoA CO2

Bilan : 2 Acétyl-CoA + NAD+ + 2 H2O succinate + 2 CoA + NADH + H+

Remarque : Acétate + CoA + ATP Acétyl-CoA + AMP + PPi