Vous êtes sur la page 1sur 30

Transfert d’électrons et oxydations phosphorylantes en un clin d’œil

- Dans chaque cellule se déroulent des centaines de réactions chimiques, qui


constituent le métabolisme. Les composés chimiques impliqués sont appelés
métabolites.
- Pratiquement toutes ces transformations ne se dérouleraient que très lentement en
dehors de la cellule et de plus dans toutes les directions. Des successions
ordonnées de réactions chimiques avec une vitesse élevée (= voies métaboliques),
ne sont possibles que grâce à l’existence d’enzymes spécifiques.

A. Vue d’ensemble sur le métabolisme intermédiaire


- La plupart des cellules et des organismes ont en commun un ensemble de voies
métaboliques centrales.
- Ces voies qui servent à la synthèse, la dégradation et la transformation de
métabolites importants ainsi qu’à la conservation de l’énergie, forment le
métabolisme intermédiaire, dont nous allons examiner ici un schéma simplifié.
- Pour vivre, les cellules ont besoin en permanence de matières organiques et
inorganiques ainsi que d’énergie chimique, qu’elles tirent essentiellement de l’ATP.
- Selon la façon dont ces besoins seront couverts, on distingue les organismes
autotrophes ou hétérotrophes:
Les espèces autotrophes (végétaux et nombreux micro-organismes), peuvent
synthétiser des molécules organiques à partir de
précurseurs inorganiques (CO2).
Les espèces hétérotrophes (animaux et champignons), dépendent de l’apport de
substances organiques par la nourriture.
- La plupart des substances nutritives (protéines, sucres, acides nucléiques et
lipides) ne peuvent être utilisées directement → doivent d’abord être dégradées
en éléments plus petits par des voies cataboliques (flèches roses, Figure 1).
- Les métabolites ainsi formés (= compartiment métabolique) vont:
1) soit aboutir à la formation d’énergie après de nouvelles transformation
cataboliques
2) soit être de nouveau intégrés dans des molécules complexes par des voies
anaboliques (flèches bleues, Figure 1).
Le métabolisme
intermédiaire Nous n’avons représenté
ici que des métabolites
importants, comme le
pyruvate, l’acétyl-CoA
et le glycérol. Ces
molécules constituent
des liens entre les
métabolismes des
protéines, des sucres et
des lipides.

Figure 1
Les intermédiaires du cycle de l’acide
citrique font également partie du
« pool » métabolique. Cette voie
cyclique a des rôles cataboliques aussi
bien qu’anaboliques, elle est
amphibolique

- le cycle de l’acide citrique est


responsable de la production de CO2
à partir de l’acétyl-CoA

- le NAD+ est un accepteur d’électron


et est réduit en la forme NADH

B-H B
2e-

NAD+ NADH
(oxydée) (réduite)

Figure 2
- La forme de réserve de l’énergie chimique dans toutes les cellules est l’adénosine
triphosphate (ATP).
- La formation d’ATP nécessite l’utilisation d’énergie, le processus est donc
endergonique.
- de l’énergie sera libérée par la coupure de l’ATP en ADP et en phosphate.
L’hydrolyse de l’ATP est exergonique.
• cette hydrolyse permet, via un couplage énergétique, le déroulement de
phénomènes nécessitant de l’énergie comme la plupart des voies métaboliques
anaboliques ainsi que les phénomènes de transport et de mouvement.
- La voie la plus importante de synthèse d’ATP est la phosphorylation oxydative
(Figure 1).
- les voies cataboliques du métabolisme génèrent des cofacteurs réduits
(NADH, QH2). Les électrons seront ensuite transportés jusqu’à l’oxygène.
- ce processus fortement exergonique est catalysé par la chaîne respiratoire et
utilisé indirectement pour la synthèse d’ATP.
- plusieurs organismes peuvent, dans des conditions anaérobiques (en absence
d’oxygène) se rabattre sur l’ATP provenant de la glycolyse. Ce mode de
formation de l’ATP, plus rapide mais moins efficace, est la fermentation
Les réactions d’oxydo-réduction

- les réactions d’oxydo-réduction, qui se traduisent par des transferts d’électrons,


fournissent la plus grande partie de l’énergie libre aux organismes

Réduction -> gain d’électrons NAD+ + H+ + 2e- NADH

le NAD+ est un accepteur d’électrons ou agent oxydant ou forme oxydée


le NADH est un donneur d’électrons ou agent réducteur ou forme réduite

Oxydation -> perte d’électrons H2O ½O2 + 2H+ + 2e- (photosynthèse)

- l’efficacité thermodynamique du transfert d’électron peut être déterminé par les


valeurs de potentiel d’oxydo-réduction standard (E°)

- l’affinité d’un agent oxydant pour les électrons augmente avec la valeur de son
potentiel d’oxydo-réduction standard (E°)

NAD+ + H+ + 2e- NADH E° = -0.315 V


H2O ½O2 + 2H+ + 2e- E° = 0.815 V

• plus le potentiel d’oxydo-réduction standard est positif, plus la forme oxydée


a tendance à accepter les électrons et à devenir une forme réduite
- de ces deux réactions, c’est la réaction O2/H2O qui a la valeur de E° la plus élevée
et donc la plus grande affinité pour les électrons

- si ces deux réactions sont maintenant couplées en une réaction d’oxydo-réduction,


c’est le NADH qui sera le donneur d’électrons et O2 l’accepteur

½O2 + NADH + H+ H2O + NAD+

la différence de potentiel d’oxydo-réduction (ΔE°) de cette réaction est:

ΔE° = E° (l’accepteur d’électron) - E° (donneur d’électron)


ΔE° = 0.815 – (-0.315) = 1.130 V

On peut calculer la variation d’énergie libre de cette réaction par l’équation:

ΔG° = -nFΔE° où n = nombre d’électrons transférés par mole de substrat


F = constante de Faraday (96.494 C/mol)

- pour la réaction ci-haut, le ΔG° sera de -218 kJ/mol => réaction très exergonique

- pour produire 1mol d’ATP à partir d’ADP et de Pi, la quantité d’énergie libre requise
est de 30,5 kJ/mol => la variation d’énergie libre de l’oxydation du NADH par O2
est amplement suffisante pour produire plusieurs moles d’ATP
Respiration et fermentation

A. Oxydation aérobique et anaérobique du glucose

- En présence d’oxygène (conditions aérobies) la plupart des cellules animales sont


capables de « respirer », c’est-à-dire de dégrader complètement par des processus
oxydatifs divers types d’aliments (lipides, acides aminés et sucres).

- Si l’oxygène manque (conditions anaérobies), seul le glucose peut encore servir à la


formation d’ATP. Bien que la dégradation du glucose dans ces conditions se termine
précocement au niveau du lactate, et ne fournisse que de faibles quantités d’ATP, elle
a une importance considérable pour la survie des cellules en l’absence d’oxygène.
Oxydation aérobique
et anaérobique du glucose cytoplasme

ATP
mitochondrie

NAD+

NADH

Figure 3
total: 32 ATP/glucose total: 2 ATP/glucose
Conditions aérobiques (Figure 3 à gauche)

- l’ATP est obtenu presque exclusivement par phosphorylation oxydative.


- les acides gras parviennent dans les mitochondries avec l’aide de la carnitine
et y seront dégradés par β-oxydation en groupements acétyls liés au coenzyme A.
- Le glucose sera transformé en pyruvate dans le cytoplasme par la glycolyse.
-le pyruvate sera transporté dans la matrice mitochondriale pour y
être décarboxylé de façon oxydative en acétyl-CoA par le complexe
pyruvate-déshydrogénase.
- Les équivalents réducteurs (2 NADH par glucose) apparus durant la glycolyse
atteignent la matrice mitochondriale grâce à la navette du malate.
- Les groupements acétyls formés seront oxydés en CO2 dans le cycle de l’acide
citrique.
- La dégradation des acides aminés génère également des groupements acétyls ou des
produits qui peuvent s’insérer directement dans le cycle de l’acide citrique.
- Les équivalents réducteurs obtenus seront en cas de besoin transférés à l’oxygène
via la chaîne respiratoire, ce qui libère de l’énergie libre utilisée pour former de
l’ATP par l’intermédiaire d’un gradient de protons.
Conditions anaérobiques (Figure 3 à droite)

- comme l’accepteur d’électrons de la chaîne respiratoire (l’oxygène) manque, le NADH


et le QH ne peuvent plus être réoxydés.
- Ce n’est donc pas seulement la synthèse mitochondriale d’ATP qui se bloque mais
presque tout le métabolisme de la matrice mitochondriale.
- Une des causes majeures de ce phénomène est l’élévation de la concentration
de NADH, qui inhibe entre autres le cycle de l’acide citrique et la pyruvate-
déshydrogénase.
- La β-oxydation et la navette du malate, qui ont besoin de NAD+, sont
également arrêtées.
- Comme la dégradation des acides aminés ne peut plus conduire à la formation
d’énergie, la cellule est complètement dépendante de la formation d’ATP via la
dégradation du glucose par la glycolyse.
- Si ce processus doit se poursuivre continuellement, le NADH formé doit être réoxydé
en permanence. Comme ceci ne peut plus s’effectuer dans les mitochondries, les
cellules animales réduisent le pyruvate en lactate dans des conditions anaérobies et
libèrent ce lactate dans le sang.
- Ce type de processus est appelé fermentation et leur rendement en ATP est faible :
c’est ainsi que lors de la formation du lactate on n’obtient que 2 ATP par glucose.
- Si l’on veut évaluer le nombre de molécules d’ATP formées dans des conditions
aérobiques, il est nécessaire de connaître le quotient P/O,
- le rapport molaire entre l’ATP formé (« P ») et l’eau formée (« O »).
- Au cours du transport de deux électrons du NADH à l’O2, on estime aujourd’hui que
10 protons seront accumulés dans l’espace intermembranaire, tandis qu’à partir de
l’ubiquinone (QH2) il n’y en aura que 6.
- L’ATP-synthase a besoin de trois H+ pour la synthèse d’un ATP, de sorte que les
rapports P/O maximaux possibles sont environ de 3 ou 2.
- Cependant, le transport des métabolites dans la matrice mitochondriale et l’échange
de ATP4- contre ADP3- dans l’espace intermembranaire utilisent aussi des protons.
- donc, les rapports P/O pour l’oxydation de NADH et du QH2 sont plutôt de l’ordre de
2,5 ou 1,5 selon le cas.
- Si l’on évalue le bilan énergétique de la glycolyse aérobie sur la base de ces données,
on aboutit à un rendement de 32 ATP par glucose

(certains livres rapportent des rapports P/O de 3 pour le NADH et 2 pour le QH2,
ce qui donne un rendement de 38 ATP par glucose)
Mitochondries : organisation et rôles (Chapitre 20, Voet et Voet)

1. Organisation des mitochondries (Figure 4)

- Les mitochondries sont des organites de la taille d’une bactérie (taille d’environ
1 x 2 μm), présents en grand nombre dans pratiquement toutes les cellules
eucaryotes.
- il en existe à peu près 2,000 par cellule et occupent jusqu’à 25% du volume
d’une cellule.
- les mitochondries sont bordées par deux membranes:
- une membrane externe lisse
- une membrane interne plissée qui présente donc une surface importante et
traverse l’espace matriciel. Les replis de la membrane interne s’appellent
des crêtes.
- l’espace intermédiaire entre la membrane externe et la membrane interne
est désigné le plus souvent sous le terme d’espace inter­membranaire.
- les tissus ayant un métabolisme oxydatif intense comme par exemple le muscle
cardiaque possèdent des mitochondries contenant de nombreuses crêtes.
Figure 4
Les membranes mitochondriales contiennent des protéines intégrales.
- Dans la membrane externe, sont présentes:
- des porines, formant des pores qui rendent la membrane perméable aux
molécules de taille inférieure à 10 kDa ainsi permettant l’échange de ces
molécules entre le cytoplasme et l’espace intermembranaire.
- La membrane interne des mitochondries est au contraire imperméable à la plupart
des molécules (à l’exceptions de l’O2, CO2, et H2O).
- elle contient des cardiolipines, un type de phospholipide particulier.
- parmi les protéines de la membrane interne, on va trouver des
transporteurs spécifiques qui permettent un transport contrôlé de
substances, des enzymes et d’autres composants de la chaîne
respiratoire ainsi que l’ATP-synthase.
- La matrice est également riche en protéines, et en particulier en enzymes du
cycle de l’acide citrique.
2. Rôles métaboliques (Figure 5)

- Les mitochondries sont appelées les « usines biochimiques » de la cellule car elles
génèrent au cours de la dégradation oxydative des substances alimentaires via la
phosphorylation oxydative la majeure partie de l’ATP.
- dans la matrice sont localisé la pyruvate déshydrogénase (transformation du
pyruvate en acétyl-CoA), les enzymes du cycle de l’acide citrique, de la
dégradation des acides gras par β-oxydation, et d’une partie du cycle de l’urée.
- la chaîne respiratoire couplée à la synthèse d’ATP (dont l’ensemble est désigné sous
le nom de phosphorylation oxydative) ainsi que les enzymes de la biosynthèse des
hèmes sont associées à la membrane interne.
- les mitochondries fournissent aux cellules les produits intermédiaires de leur
métabolisme et constituent une réserve de calcium qui maintient la concentration
cytoplasmique à une valeur constante faible (~ 1 μm).
Figure 5
Formation d’un gradient de protons
- la membrane interne joue un rôle important dans la phosphorylation oxydative :
comme elle est imperméable aux protons, la chaîne respiratoire (complexes I, III
et IV à la Figure 6), qui pompe des protons dans la matrice et les accumulent dans
l’espace intermembranaire, va générer au niveau de cette membrane interne un
gradient de protons.
- Ce gradient permet de conserver l’énergie chimique libérée par l’oxydation du
NADH. L’ATP-synthase (complexe V à la Figure 6) utilise ensuite l’énergie
accumulée dans ce gradient pour former de l’ATP à partir d’ADP et de phosphate
inorganique.

Figure 6
RÔLES

- point d’entrée des


électrons du NADH
- pompe à H+

- introduit les
électrons du
FADH2 dans la
chaîne

- pompe à H+

- pompe à H+
- réduction de
l’oxygène

- synthèse d’ATP

Figure 7
La chaîne de transport
des électrons: aspects
thermodynamiques

- le transfert d’électrons
s’effectue vers l’agent
oxydant avec le potentiel
d’oxydo-réduction (E°)
le plus élevé

- le transfert d’électrons
entre les complexes
s’accompagne d’une
variation d’énergie libre
(ΔG°) favorable qui
sera utilisée pour
pomper des protons (H+)
dans l’espace inter-
membranaire

Figure 8
Figure 9
Récapitulation
Récapitulation::Rôles
Rôlesmétaboliques
métaboliquesdes
desmitochondries
mitochondries

¾Les
¾Les mitochondries
mitochondries sontsont appelées
appelées les
les «« usines biochimiques »»
usines biochimiques
de
delalacellule
cellulecar
carelles
ellesproduisent
produisentlalamajeure
majeurepartiepartiede
del’ATP,
l’ATP,au
au
cours
coursde delaladégradation
dégradationoxydative
oxydativedesdessubstances
substancesalimentaires.
alimentaires.
¾Les
¾Lesprocessus
processussuivants
suivantsse sedéroulent
déroulentdans
dansleslesmitochondries
mitochondries::
transformation
transformationdu dupyruvate
pyruvateen enacétyl-CoA,
acétyl-CoA,cyclecyclede
del’acide
l’acide
citrique,
citrique, chaîne respiratoire couplée à la synthèse d’ATP(dont
chaîne respiratoire couplée à la synthèse d’ATP (dont
l’ensemble
l’ensembleest estdésigné
désignésous
souslelenom
nomdedephosphorylation
phosphorylation
oxydative),dégradation
oxydative), dégradationdes desacides
acidesgras
grasparparβ-oxydation
β-oxydationetetune
une
partie
partieduducycle
cyclede
del’urée
l’urée. .
¾La
¾La tâche
tâche fondamentale
fondamentale des des mitochondries
mitochondries est est de
de prélever
prélever
dans
dans lele cytoplasme
cytoplasme les substrats du
les substrats du métabolisme
métabolisme énergétique
énergétique
(acides
(acidesgras,
gras,pyruvate,
pyruvate,squelette
squelettecarboné
carbonédes
desacides
acidesaminés)
aminés)etet
de
deréaliser
réaliserune
unedégradation oxydativede
dégradationoxydative deces
cessubstances
substancesen enCOCO22
etetHH2OOenenéchange
échanged’ATP.
d’ATP.
2
¾Les
¾Lesréactions
réactionsduducycle
cyclededel’acide
l’acidecitrique
citriquequi
quise
sedéroulent
déroulent
principalement
principalementdans danslalamatrice
matricefournissent
fournissentduducarbone
carbone
complètement oxydé (CO
complètement oxydé (CO22) et des équivalents réducteursliés
) et des équivalents réducteurs liésàà
des
descoenzymes
coenzymes(NADH
(NADHetetQH2).
QH2).
Récapitulation
Récapitulation::La
Lachaîne
chaînerespiratoire
respiratoire

¾La
¾La chaîne
chaîne respiratoire
respiratoire qui qui réoxyde
réoxyde les les coenzymes
coenzymes est est localisée
localisée
dans
danslalamembrane
membraneinterneinternedesdesmitochondries.
mitochondries.
¾Elle
¾Ellenécessite
nécessitecomme
commeagentsagentsréducteurs
réducteurs(fournissant
(fournissantdes des
électrons) du NADH et du FADH
électrons) du NADH et du FADH22 liés à un enzyme pourréduire
liés à un enzyme pour réduire
l’oxygène et former l’H
l’oxygène et former l’H22O. O.
¾Cette
¾Cetteréaction
réactionfortement
fortementexergonique
exergoniqueest estdivisée
diviséeen enplusieurs
plusieurs
étapes +
étapesetetcouplée
coupléeavec
avecleletransport
transportde deprotons
protons(H (H+),),depuis
depuislala
matrice
matricejusqu’à
jusqu’àl’espace
l’espaceintramembranaire
intramembranaireààtravers traverslala
membrane
membraneinterne
internedesdesmitochondries
mitochondries. .
¾Il
¾Ilseseforme
formeainsi
ainsidedepart
partetetd’autre
d’autrede delalamembrane
membraneinterneinterneunun
gradient
gradientélectrochimique
électrochimique. .
¾Les
¾Lesmitochondries
mitochondriesutilisent
utilisentces
cesgradients
gradientspourpourlalasynthèse
synthèse
d’ATP
d’ATPààpartir
partird’ADP
d’ADPetetde dePPi,i,catalysée
catalyséeparparl’ATP-synthase;
l’ATP-synthase;par par
ailleurs, certains systèmes de transport spécifique
ailleurs, certains systèmes de transport spécifique seront seront
stimulés.
stimulés.
Études expérimentales de la chaîne de transport des électrons
- l’élucidation de la séquence des transporteurs de la chaîne de transport
d’électrons est due, pour une large part, à l’utilisation d’inhibiteurs spécifiques
de composantes de cette chaîne:

- la roténone (une toxine végétale)


- l’amytal (un barbiturique)
- l’antimycine A (un antibiotique)
- le cyanure

- ces inhibiteurs bloquent le transport des électrons le long de la chaîne (Figure 11)

- l’activité de la chaîne de transfert d’électrons peut être mesurée grâce à sa


vitesse de consommation d’oxygène

- utilise une électrode à


oxygène pour mesurer
la concentration en O2 =>

Figure 10
Sites d’interaction
des inhibiteurs
dans la chaîne de
transport des
électrons

Figure 11
Figure 12

Tracé théorique obtenu par l’électrode à l’oxygène plongée dans une


suspension de mitochondries en présence d’un excès d’ADP et Pi. Aux
points numérotés, les réactifs indiqués sont injectés dans la suspension
et les variations de [O2] sont enregistrées. Les chiffres (1 à 6)
correspondent à ce qui est écrit dans le texte des pages suivantes
Les expériences suivantes montrent comment les inhibiteurs indiqués ci hauts ont été
utilisés:
Une solution tampon contenant de l’ADP et du Pi en excès est équilibrée dans la
cellule réactionnelle d’une électrode à oxygène. On fait différentes additions dans la
cellule et on enregistre la consommation d’O2 :

1) Des mitochondries et du ß-hydroxybutyrate sont ajoutés dans la cellule. Les


mitochondries assurent l’oxydation du ß-hydroxybutyrate NAD+-dépendante:

Figure 13

Au fur et à mesure que le NADH formé est oxydé par la chaîne de transfert
d’électrons avec O2 comme accepteur terminal d’électrons, la concentration en O2 dans le
mélange réactionnel diminue.
2) L’addition de roténone ou d’amytal arrête complètement l’oxydation du ß-
hydroxybutyrate.

3) L’addition de succinate, qui s’oxyde par l’intermédiaire du FAD, rétablit la


consommation d’O2. Les électrons du FADH2 peuvent donc réduire l’oxygène en
présence de roténone ; cela signifie que les électrons du FADH2 entrent dans la
chaîne de transfert d’électrons après le site d’inhibition de la roténone.

4) L’addition d’antimycine A inhibe le transfert d’électrons provenant du FADH2.

5) Bien que le NADH et le FADH2 soient les donneurs d’électrons physiologiques de


la chaîne respiratoire, on peut utiliser aussi des donneurs d’électrons artificiels
pour explorer le cheminement des électrons.
• Le tétraméthyl-p-phénylène-diamine (TMPD) est un transporteur d’électrons
réduit par l’ascorbate et qui transfère ses électrons directement au
cytochrome c.
HO

O
O
N N + HO

HO OH
Tétraméthyl-p-phénylènediamine
Acide ascorbique
(TMPD), forme oxydée

HO

O
O
NH NH + HO

Figure 14 O O
TMPD, forme réduit Acide déhydroascorbique

L’addition de TMPD et d’ascorbate au mélange réactionnel inhibé par l’antimycine


fait repartir la consommation d’oxygène ; il y a donc un troisième point d’entrée
pour les électrons dans la chaîne de transfert d’électrons.

6) L’addition de cyanure inhibe complètement l’oxydation des trois donneurs


d’électrons, ce qui indique qu’il bloque la chaîne de transfert d’électrons
après le troisième point d’entrée des électrons.
Cl

DPIP
Na O N O Bleu

Cl

2e- + 2H+
Cl

DPIPH2
Na O N OH Incolore

Cl
Dans votre expérience portant sur la chaîne respiratoire de la
mitochondrie, l’utilisation du colorant DPIP permet l’étude du
fonctionnement de la chaîne de transport d’électrons et déduire les
sites d’interaction du DPIP et du DPIPH2

Figure 15