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Presse Med.

2008; 37: 507–512 en ligne sur / on line on


www.masson.fr/revues/pm
ß 2008 Elsevier Masson SAS.
Tous droits réservés. www.sciencedirect.com INFECTION À HELICOBACTER PYLORI

Mise au point
Dossier thématique

Helicobacter pylori : caractères


bactériologiques, méthodes
diagnostiques et sensibilité
aux antibiotiques

Francis Mégraud

Inserm U853, F-33076 Bordeaux Cedex, France ; Université Victor Segalen Bordeaux 2, Laboratoire de
bactériologie, F-33076 Bordeaux Cedex, France

Correspondance :
Francis Mégraud, Laboratoire de bactériologie, Hôpital Pellegrin, F-33076 Bordeaux
Cedex, France.
Tél. : +33 5 56 79 59 77
Disponible sur internet le : Fax: +33 5 56 79 60 18
7 février 2008 francis.megraud@chu-bordeaux.fr

Key points Points essentiels

Helicobacter pylori: bacteriological aspects, diagnostic Helicobacter pylori est le chef de file d’un nouveau groupe de
methods, and susceptibility to antibiotics bactéries qui colonisent les muqueuses de l’homme et des animaux.
L’acquisition de l’îlot de pathogénicité cag a constitué une étape
Helicobacter pylori is the best documented of a new group of importante pour son rôle pathogène.
bacteria recently discovered to colonize the mucosa of humans and Parmi les nombreuses méthodes diagnostiques disponibles, le
other animals. test respiratoire a la plus grande fiabilité.
The acquisition of a cag pathogenicity island was an important La sérologie doit être de nouveau considérée dans l’arsenal diag-
stage in its role as a pathogen. nostique du fait de la prise fréquente d’inhibiteurs de la pompe à
Of the many diagnostic methods available, the respiratory test is protons par les malades.
the most reliable. La recherche de la sensibilité aux macrolides par culture ou
Serology must also be considered in the diagnostic armamentarium méthode moléculaire est maintenant nécessaire avant d’utiliser la
because patients frequently use proton pump inhibitors. clarithromycine, du fait de la prévalence élevée de cette résistance.
Macrolide susceptibility testing by culture or molecular methods is
now necessary before prescribing clarithromycin, because of the
high prevalence of this resistance.

D epuis sa découverte, Helicobacter pylori s’est imposé


comme une bactérie d’importance majeure en gastroentéro-
logie [1]. Mais cette bactérie a aussi été à l’origine de nombreux
enseignements pour les bactériologistes et d’une manière plus
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doi: 10.1016/j.lpm.2007.07.033
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générale sur l’évolution, que ce soit des populations bac- Encadré 1


tériennes ou humaines. Espèces d’Helicobacter répertoriées dans le Bergey’s Manual of
Dans cet article, les caractéristiques de H. pylori sont revues, Determinative Bacteriology
ainsi que les méthodes d’intérêt pour son diagnostic et l’étude
Helicobacter acinonychis
de sa sensibilité aux antibiotiques. Helicobacter aurati
Helicobacter bilis
Caractéristiques bactériologiques Helicobacter bizzozeronii
H. pylori est le chef de file d’un groupe bactérien particulier Helicobacter bovis
appelé Epsilonproteobacteria. Ces bactéries ont des caractéris- Helicobacter canadensis
tiques morphologiques (forme spiralée, flagellation polaire) et Helicobacter canis
physiologiques (microaérophiles, asaccharolytiques) qui leur Helicobacter cholecystus
Helicobacter cinaedi
confèrent une adaptation à une niche écologique particulière,
Helicobacter felis
le mucus du tractus digestif de l’homme et des animaux. Ces
Helicobacter fennelliae
caractères phénotypiques sont corroborés par des particularités Helicobacter ganmani
génomiques. Il est ainsi possible de les distinguer par la Helicobacter heilmannii
séquence du gène de l’ARNr 16S [2]. Helicobacter hepaticus
Des 2 familles individualisées Campylobacteraceae et Helico- Helicobacter mesocricetorum
bacteraceae, seule la seconde nous intéresse ici. Elle comporte Helicobacter muridarum
les genres Wolinella et Thiovulum en plus du genre Helicobacter. Helicobacter mustelae
Les espèces d’Helicobacter répertoriées dans la dernière édition Helicobacter nemestrinae
du Bergey’s Manual [3] sont présentées dans l’encadré 1. En fait Helicobacter pametensis
il est possible de distinguer 2 groupes : les Helicobacter gas- Helicobacter pullorum
Helicobacter pylori
triques et les Helicobacter entérohépatiques.
Helicobacter rodentium
Tout laisse penser qu’il y a 350 millions d’années a existé un
Helicobacter salomonis
ancêtre des Helicobacter dans le tube digestif non différencié Helicobacter trogontum
des vertébrés, et que lorsque l’estomac est apparu – une Helicobacter typhlonius
production d’acide dans la première partie qui s’est indivi- Helicobacter winghamensis
dualisée [4] –, certaines bactéries se sont adaptées et ont Source : Garrity et al. Helicobacteraceae fam. nov. Second ed.
évolué vers la bactérie que l’on connaît chez l’homme, à Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology. Vol. 2. New York:
savoir H. pylori. Chez d’autres vertébrés, l’évolution s’est faite Springer; 2005. p. 1168–94.
vers des espèces différentes, certaines connues, d’autres
encore à découvrir. Ainsi connaît-on des Helicobacter du porc
(H. suis), du boeuf (H. bovis), de la baleine (H. cetorum), du
furet (H. mustelae) et plus récemment du cheval
(H. equorum). Cet îlot de pathogénicité de taille 40 d code pour au moins une
La particularité des Helicobacter gastriques est de fabriquer de trentaine de gènes qui agissent de concert. Certains codent
grandes quantités d’uréase, qui constitue un élément impor- pour un système de sécrétion de type IV qui permet à la
tant de leur survie dans l’estomac, en créant un micro envi- bactérie d’injecter des molécules dans le cytoplasme des
ronnement qui permet de lutter contre l’acidité gastrique. Il est cellules eucaryotes, d’autres pour des effecteurs, le principal
possible que ureI joue un rôle important dans la régulation de étant la protéine CagA. CagA est en effet phosphorylé par des
l’urée intracellulaire en s’ouvrant quand le pH diminue [5]. kinases bactériennes de la famille Src au niveau de résidus
Une particularité de H. pylori par rapport aux autres Helico- tyrosine. Ceci se traduit par des modifications morphologiques
bacter colonisant les animaux est d’entraîner une inflammation et physiologiques majeures des cellules qui sont compatibles
de la muqueuse gastrique, à l’origine d’affections sévères. avec leur transformation [6].
Cette propriété pro-inflammatoire s’explique en partie par Une autre conséquence potentielle de l’introduction de CagA
l’acquisition d’un îlot de pathogénicité (appelé cagPAI) qui est l’activation de la voie du facteur nucléaire kB (NF-kB), voie
est présent chez certaines souches et pas d’autres. Ce cagPAI de signalisation très importante, sorte de « SOS » pour la cellule
a pu être acquis durant l’évolution de H. pylori à partir d’une épithéliale. En fait, le rôle de CagA à ce niveau n’est pas
autre bactérie qui a peut-être disparu. Certains ont proposé que unanimement reconnu. D’autres travaux ont montré que cette
cette acquisition a pu avoir lieu au moment où l’homme a stimulation de la voie du NF-kB était la conséquence de
domestiqué les animaux et où il a été en contact étroit avec une l’interaction entre des molécules du peptidoglycane bactérien
flore plus variée. (muramyl dipeptide) et les récepteurs intracellulaires NOD1 [7].
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Helicobacter pylori : caractères bactériologiques, méthodes diagnostiques et sensibilité aux antibiotiques
Infection à Helicobacter pylori

Mise au point
Encadré 2
Principaux facteurs de pathogénicité de Helicobacter pylori

Protéines de membrane externe


 Adhésines : babA2, sabA

 hopZ, hopQ

Inflammation (induction d’IL-8)


 Îlot de pathogénicité cag

 oipA

 iceA1

Cytotoxine vacuolisante VacA

(D) et les souches de l’Ouest qui sont plus hétérogènes avec 3


sites (A, B, C), le site C pouvant être présent en plusieurs
exemplaires, ce qui les rend plus pathogènes (figure 2).
Un autre élément important dans les propriétés pathogènes
de H. pylori est la cytotoxine VacA codée par un gène
présentant un polymorphisme. L’allèle s1 correspond à une
production plus ou moins importante de cette toxine alors
Figure 1
qu’avec l’allèle s2 elle n’est pas produite. Cette cytotoxine
Effet de l’îlot de pathogénicité cag sur la cellule épithéliale
provoque une vacuolisation des cellules in vitro alors qu’in
Source : Covacci A, Rappuoli R. Tyrosine-phosphorylated bacterial proteins: Trojan horses for
vivo elle agit au niveau des mitochondries et stimule les voies
the host cell. J Exp Med. 2000;191:587–92.
de l’apoptose [8].
Il existe d’autres facteurs de pathogénicité dont le rôle a été
montré et qui sont présentés dans l’encadré 2. Une mention
particulière doit être faite pour l’adhésine BabA qui joue un rôle
important dans la colonisation des souches de H. pylori.
Dans tous les cas, la translocation nucléaire de la sous-unité p65 H. pylori se révèle donc comme une bactérie panmictique et non
du NF-kB aboutit à une production importante d’interleukine 8, clonale. Ceci a permis de comparer les souches de différentes
cytokine pro-inflammatoire qui contribue à la pathogénicité régions du monde en utilisant le séquençage de 7 gènes de
(figure 1). ménage et, grâce à des modèles mathématiques, de retracer les
Une différence a été notée quant aux sites de phosphorylation migrations humaines au travers des souches de H. pylori [9]. Une
de CagA entre les souches asiatiques qui ont un site particulier tentative pour apprécier le début de la colonisation de l’homme

Figure 2
Sites de phosphorylation de
CagA
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par H. pylori a même été faite : H. pylori aurait diffusé à partir dans les selles nécessite l’utilisation de réactifs à base d’anti-
d’Afrique de l’Est il y a 58 000 ans [10]. corps monoclonaux et une réaction Elisa en plaque. Les nou-
velles méthodes de PCR en temps réel ont une sensibilité
Méthodes diagnostiques supérieure à celle des PCR standards.
Les méthodes bactériologiques standards ont été d’abord D’autres critères de choix peuvent être considérés, comme le
appliquées, à savoir l’examen microscopique et la culture, ainsi coût, la rapidité du résultat, la possibilité de vérification, et bien
que la détection sur préparation histologique. sûr la valeur ajoutée de chaque test. En effet, pour un premier
Ces méthodes présentent l’inconvénient de faire réaliser une diagnostic, l’histologie présente l’avantage de permettre la
endoscopie pour obtenir des biopsies gastriques. Pour ces détection d’éventuelles lésions précancéreuses (atrophie,
raisons, des méthodes non invasives se sont développées : métaplasie intestinale) ou cancéreuses, ce qui doit conduire
d’abord la sérologie, comme pour beaucoup d’agents infec- à privilégier cet examen chez les sujets âgés de plus de 55 ans,
tieux, puis un autre test indirect fondé sur la production en âge à partir duquel les carcinomes gastriques sont surtout
quantité importante d’uréase par H. pylori – le test respiratoire détectés dans notre pays. La culture qui permet l’étude de la
à l’urée marquée au carbone 13 (13C) et un test direct fondé sur sensibilité aux antibiotiques présente sans doute un avantage
la détection d’antigènes de H. pylori dans les selles [11]. chez les sujets plus jeunes car c’est chez eux que l’éradication
Un progrès récent réside dans le développement d’une est la plus difficile [15] et la résistance aux antibiotiques
méthode de PCR (Polymerase Chain Reaction) en temps réel souvent plus élevée. Le test antigénique dans les selles, bien
réalisable sur les biopsies gastriques [12], mais aussi à partir qu’utilisable à tous les âges, est sans doute la méthode la plus
des selles [13], qui de plus permet de détecter une éventuelle pratique en pédiatrie, du fait que la collecte de selles ne pose
mutation à l’origine de la résistance aux macrolides. pas de problème à cet âge.
D’autres méthodes sont également possibles mais peu ou pas La sérologie, longtemps décriée pour un manque de spécificité,
utilisées en France : le test rapide à l’uréase, qui permet a regagné ses lettres de noblesse. En effet, les études
d’obtenir un résultat rapide en appliquant une biopsie gastrique comparatives ont souffert de la faiblesse des tests utilisés
sur un milieu spécial, est considéré comme un « docteur test » comme référence. Maintenant, du fait de l’existence d’inhibi-
et n’est pas remboursé par l’assurance-maladie en France ; la teurs de la pompe à protons (IPP) génériques, cette classe
recherche d’anticorps spécifiques au niveau de l’urine et de la thérapeutique est largement utilisée chez tous les dyspep-
salive peut également être réalisée, mais ces tests ne sont pas tiques avant exploration. La sérologie est le seul test qui ne
commercialisés dans notre pays. soit pas influencé par un traitement préalable par les IPP, pour
La sensibilité et la spécificité des différents tests non invasifs les autres une fenêtre thérapeutique d’au moins 1 semaine est
présentés dans l’encadré 3 sont assez voisines. L’avantage va nécessaire. De plus, il existe des situations particulières comme
au test respiratoire car il est indépendant à la fois des conditions les hémorragies ulcéreuses, l’atrophie gastrique ou le lym-
de transport et de l’interprétation de l’expérimentateur [14]. La phome gastrique du Malt où la sérologie s’avère la meilleure
culture peut avoir une fiabilité excellente mais les conditions de méthode [16].
transport et de traitement au laboratoire sont draconiennes. La En ce qui concerne le suivi post-traitement, qui doit être réalisé au
recherche histologique donne également d’excellents résultats moins 4 semaines après la fin du traitement, le test largement
si la biopsie est correcte et le pathologiste expérimenté. Une recommandé et remboursé en France est le test respiratoire à
bonne fiabilité des tests détectant les antigènes de H. pylori l’urée marquée. Ce contrôle doit en effet être réalisé de manière
non invasive, sauf s’il s’agissait d’un ulcère gastrique.

Sensibilité aux antibiotiques


Encadré 3 H. pylori peut développer des résistances à tous les antibio-
Tests diagnostiques de Helicobacter pylori utilisés en France tiques qui sont utilisés pour son traitement. Il s’agit toujours de
résistances par mutations, comme pour Mycobacterium tuber-
Tests invasifs culosis, le seul autre pathogène humain majeur ayant cette
 Culture
particularité. Les gènes concernés par ces mutations sont
 Histologie
présentés dans le tableau I.
 PCR (Polymerase Chain Reaction)
Il est possible de distinguer les antibiotiques pour lesquels cette
Tests non invasifs résistance est assez fréquente (macrolides, fluoroquinolones,
 Sérologie nitroimidazolés) de ceux pour lesquels cette résistance est très
 Test respiratoire à l’urée marquée
rare, voire absente en France en 2007 (amoxicilline, tétracy-
 Test antigénique dans les selles
clines, rifampicine).
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Helicobacter pylori : caractères bactériologiques, méthodes diagnostiques et sensibilité aux antibiotiques
Infection à Helicobacter pylori

Mise au point
Tableau I La résistance aux fluoroquinolones pose aussi problème, car la
Antibiotiques pour lesquels une résistance a été détectée chez lévofloxacine est de plus en plus utilisée comme traitement de
Helicobacter pylori et les gènes concernés seconde ou troisième intention et, là encore, sa présence
conduit à un taux d’échec d’éradication très élevé. Il s’agit
Antibiotiques Gènes concernés
de mutations au niveau de la zone dite « quinolone resistance
Macrolides rrn 23S
determining region » du gène gyrA de H. pylori, également
Métronidazole rdxA, frxA détectable par méthodes moléculaires. Sa prévalence en France
Quinolones gyrA est de l’ordre de 15 à 20 %. Elle doit également être recherchée
Rifamycines rpoB avant traitement [18].
Amoxicilline plp1 Par contre, la résistance au métronidazole détectée in vitro
rrn 16S n’est pas toujours reproductible et sans impact majeur sur les
Tétracycline
traitements contenant cet antibiotique. Le taux de succès passe
de 90 % quand la souche est sensible à 65 % quand elle est
résistante [17]. Il n’existe pas actuellement de méthode de
détection moléculaire. La conférence Maastricht III a recom-
mandé de ne pas rechercher cette résistance en routine [16].
Une résistance à la tétracycline, à la rifabutine et à l’amoxicilline
La résistance la plus importante à considérer, du fait de sa a été trouvée à un niveau faible dans certains pays mais pas en
prévalence et des conséquences qu’elle a sur l’éradication de France à ce jour.
H. pylori, est celle aux macrolides, en particulier à la clarithro- En résumé, l’antibiogramme minimum réalisé après culture doit
mycine. Cette résistance est due essentiellement à 2 mutations rechercher la sensibilité aux macrolides (disque d’érythromy-
faciles à détecter par des méthodes de biologie moléculaire. En cine [19]) et au fluoroquinolones (disque de ciprofloxacine). Si
effet, le taux d’éradication de la trithérapie clarithromycine- l’amoxicilline est testée, l’utilisation du E-test est préférable.
amoxicilline-IPP passe de 87 % quand la souche est sensible à L’utilisation d’une détection de H. pylori et de sa résistance aux
17 % quand elle est résistante [17]. La prévalence en France en macrolides par PCR en temps réel directement dans les selles
2007 n’est pas connue précisément, mais les études ponc- constitue un progrès majeur dans la prise en charge de cette
tuelles réalisées laissent penser qu’elle est  20 %, niveau qui infection.
conduit à recommander une recherche systématique avant
sont utilisation [16]. Conflits d’intérêts : aucun

Références
[1] Warren JR, Marshall B. Unidentified curved [6] Hatakeyama M, Higashi H. Helicobacter and Helicobacter pylori. Nature 2007;
bacilli on gastric epithelium in active chronic pylori CagA: a new paradigm for bacterial 445:915-8.
gastritis. Lancet 1983;1:1273-5. carcinogenesis. Cancer Sci 2005;96:835-43. [11] Megraud F, Lehours P. Helicobacter pylori
[2] Vandamme P, Falsen E, Rossau R, Hoste B, [7] Viala J, Chaput C, Boneca IG, Cardona A, diagnosis and antimicrobial susceptibility
Segers P, Tytgat R et al. Revision of Girardin SE, Moran AP et al. Nod1 responds testing. Clin Microbiol Rev 2007;20:280-322.
Campylobacter, Helicobacter, and Wolinel- to peptidoglycan delivered by the Helico- [12] Oleastro M, Ménard A, Santos A, Lamou-
la taxonomy: emendation of generic bacter pylori cag pathogenicity island. Nat liatte H, Monteiro L, Barthélémy C et al.
descriptions and proposal of Arcobacter Immunol 1994;5:1166-74. Real-time PCR assay for rapid and accurate
gen. nov. Int J Syst Bacteriol 1991;41: [8] Galmiche A, Rassow J, Doye A, Cagnol S, detection of point mutations conferring
88-103. Chambard JC, Contamin S et al. The N- resistance to clarithromycin in Helicobacter
[3] Garrity GM, Belle JA, Lilburn T. Family III. terminal 34 kDa fragment of Helicobacter pylori. J Clin Microbiol 2003;41:397-402.
Helicobacteraceae fam. nov. 2nd ed., pylori vacuolating cytotoxin targets mito- [13] Schabereiter Gurtner C, Hirschl AM, Drago-
Bergey’s Manual of Determinative Bacter- chondria and induces cytochrome c release. sics B, Hufnagl P, Puz S, Kovach Z et al.
iology, 2, 2nd ed. New York: Springer; Embo J 2000;19:6361-70. Novel real-time PCR assay for detection of
2005. p. 1168-94. [9] Falush D, Wirth T, Linz B, Pritchard JK, Helicobacter pylori infection and simulta-
[4] Koelz HR. Gastric acid in vertebrates. Scand J Stephens M, Kidd M et al. Traces of human neous clarithromycin susceptibility testing of
Gastroenterol Suppl 1992;193:2-6. migrations in Helicobacter pylori popula- stool and biopsy specimens. J Clin Microbiol
[5] McGee DJ, May CA, Garner RM, Himpsl JM, tions. Science 2003;299:1582-5. 2004;42:4512-8.
Mobley HLT. Isolation of Helicobacter pylori [10] Linz B, Balloux F, Moodley Y, Manica A, Liu [14] Monteiro L, de Mascarel A, Sarrasqueta AM,
genes that modulate urease activity. J H, Roumagnac P et al. An African origin for Bergey B, Barberis C, Talby P et al. Diagnosis
Bacteriol 1999;181:2477-84. the intimate association between humans of Helicobacter pylori infection: noninvasive
511

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F Mégraud

methods compared to invasive methods [16] Malfertheiner P, Megraud F, O’Morain C, [18] Vakil N, Mégraud F. Eradication therapy for
and evaluation of two new tests. Am J Bazzoli F, El-Omar E, Graham D et al. Helicobacter pylori. Gastroenterology
Gastroenterol 2001;96:353-8. Current concepts in the management of 2007;133:985-1001.
[15] Broutet N, Tchamgoué S, Periera E, Lamou- Helicobacter pylori infection - The Maas- [19] Grignon B, Tankovic J, Megraud F,
liatte H, Salamon R, Mégraud F. Risk factors tricht III Consensus Report. Gut 2007;56: Glupczynski Y, Husson MO, Conroy MC
for failure of Helicobacter pylori therapy - 772-81. et al. Validation of diffusion methods for
results of an individual data analysis of [17] Mégraud F. H pylori antibiotic resistance: macrolide susceptibility testing of Helico-
2751 patients. Aliment Pharmacol Ther prevalence, importance, and advances in bacter pylori. Microb Drug Resist 2002;8:
2003;17:99-109. testing. Gut 2004;53:1374-84. 61-6.
512

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