Presse Med.

2008; 37: 507–512 en ligne sur / on line on

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ß 2008 Elsevier Masson SAS.
Tous droits réservés. www.sciencedirect.com INFECTION À HELICOBACTER PYLORI

Mise au point
Dossier thématique

Helicobacter pylori : caractères

bactériologiques, méthodes
diagnostiques et sensibilité
aux antibiotiques

Francis Mégraud

Inserm U853, F-33076 Bordeaux Cedex, France ; Université Victor Segalen Bordeaux 2, Laboratoire de
bactériologie, F-33076 Bordeaux Cedex, France

Disponible sur internet le :
7 février 2008
Correspondance :
Francis Mégraud, Laboratoire de bactériologie, Hôpital Pellegrin, F-33076 Bordeaux
Cedex, France.
Tél. : +33 5 56 79 59 77
Fax: +33 5 56 79 60 18
francis.megraud@chu-bordeaux.fr

Key points Points essentiels

Helicobacter pylori: bacteriological aspects, diagnostic
methods, and susceptibility to antibiotics
Helicobacter pylori is the best documented of a new group of
bacteria recently discovered to colonize the mucosa of humans and
other animals.
The acquisition of a cag pathogenicity island was an important
stage in its role as a pathogen.
Of the many diagnostic methods available, the respiratory test is
the most reliable.
Serology must also be considered in the diagnostic armamentarium
because patients frequently use proton pump inhibitors.
Macrolide susceptibility testing by culture or molecular methods is
now necessary before prescribing clarithromycin, because of the
high prevalence of this resistance.
Helicobacter pylori est le chef de file d’un nouveau groupe de
bactéries qui colonisent les muqueuses de l’homme et des animaux.
L’acquisition de l’îlot de pathogénicité cag a constitué une étape
importante pour son rôle pathogène.
Parmi les nombreuses méthodes diagnostiques disponibles, le
test respiratoire a la plus grande fiabilité.
La sérologie doit être de nouveau considérée dans l’arsenal diag-
nostique du fait de la prise fréquente d’inhibiteurs de la pompe à
protons par les malades.
La recherche de la sensibilité aux macrolides par culture ou
méthode moléculaire est maintenant nécessaire avant d’utiliser la
clarithromycine, du fait de la prévalence élevée de cette résistance.

D epuis sa découverte, Helicobacter pylori s’est imposé

comme une bactérie d’importance majeure en gastroentéro-
logie [1]. Mais cette bactérie a aussi été à l’origine de nombreux
enseignements pour les bactériologistes et d’une manière plus
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tome 37 > n83 > mars 2008 > cahier 2

doi: 10.1016/j.lpm.2007.07.033
 F Mégraud

générale sur l’évolution, que ce soit des populations bac- Encadré 1

tériennes ou humaines. Espèces d’Helicobacter répertoriées dans le Bergey’s Manual of
Dans cet article, les caractéristiques de H. pylori sont revues, Determinative Bacteriology
ainsi que les méthodes d’intérêt pour son diagnostic et l’étude
Helicobacter acinonychis
de sa sensibilité aux antibiotiques. Helicobacter aurati
Helicobacter bilis
Caractéristiques bactériologiques Helicobacter bizzozeronii
H. pylori est le chef de file d’un groupe bactérien particulier Helicobacter bovis
appelé Epsilonproteobacteria. Ces bactéries ont des caractéris- Helicobacter canadensis
tiques morphologiques (forme spiralée, flagellation polaire) et Helicobacter canis
physiologiques (microaérophiles, asaccharolytiques) qui leur Helicobacter cholecystus
Helicobacter cinaedi
confèrent une adaptation à une niche écologique particulière,
Helicobacter felis
le mucus du tractus digestif de l’homme et des animaux. Ces
Helicobacter fennelliae
caractères phénotypiques sont corroborés par des particularités Helicobacter ganmani
génomiques. Il est ainsi possible de les distinguer par la Helicobacter heilmannii
séquence du gène de l’ARNr 16S [2]. Helicobacter hepaticus
Des 2 familles individualisées Campylobacteraceae et Helico- Helicobacter mesocricetorum
bacteraceae, seule la seconde nous intéresse ici. Elle comporte Helicobacter muridarum
les genres Wolinella et Thiovulum en plus du genre Helicobacter. Helicobacter mustelae
Les espèces d’Helicobacter répertoriées dans la dernière édition Helicobacter nemestrinae
du Bergey’s Manual [3] sont présentées dans l’encadré 1. En fait Helicobacter pametensis
il est possible de distinguer 2 groupes : les Helicobacter gas- Helicobacter pullorum
Helicobacter pylori
triques et les Helicobacter entérohépatiques.
Helicobacter rodentium
Tout laisse penser qu’il y a 350 millions d’années a existé un
Helicobacter salomonis
ancêtre des Helicobacter dans le tube digestif non différencié Helicobacter trogontum
des vertébrés, et que lorsque l’estomac est apparu – une Helicobacter typhlonius
production d’acide dans la première partie qui s’est indivi- Helicobacter winghamensis
dualisée [4] –, certaines bactéries se sont adaptées et ont Source : Garrity et al. Helicobacteraceae fam. nov. Second ed.
évolué vers la bactérie que l’on connaît chez l’homme, à Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology. Vol. 2. New York:
savoir H. pylori. Chez d’autres vertébrés, l’évolution s’est faite Springer; 2005. p. 1168–94.
vers des espèces différentes, certaines connues, d’autres
encore à découvrir. Ainsi connaît-on des Helicobacter du porc
(H. suis), du boeuf (H. bovis), de la baleine (H. cetorum), du
furet (H. mustelae) et plus récemment du cheval
(H. equorum). Cet îlot de pathogénicité de taille 40 d code pour au moins une
La particularité des Helicobacter gastriques est de fabriquer de trentaine de gènes qui agissent de concert. Certains codent
grandes quantités d’uréase, qui constitue un élément impor- pour un système de sécrétion de type IV qui permet à la
tant de leur survie dans l’estomac, en créant un micro envi- bactérie d’injecter des molécules dans le cytoplasme des
ronnement qui permet de lutter contre l’acidité gastrique. Il est cellules eucaryotes, d’autres pour des effecteurs, le principal
possible que ureI joue un rôle important dans la régulation de étant la protéine CagA. CagA est en effet phosphorylé par des
l’urée intracellulaire en s’ouvrant quand le pH diminue [5]. kinases bactériennes de la famille Src au niveau de résidus
Une particularité de H. pylori par rapport aux autres Helico- tyrosine. Ceci se traduit par des modifications morphologiques
bacter colonisant les animaux est d’entraîner une inflammation et physiologiques majeures des cellules qui sont compatibles
de la muqueuse gastrique, à l’origine d’affections sévères. avec leur transformation [6].
Cette propriété pro-inflammatoire s’explique en partie par Une autre conséquence potentielle de l’introduction de CagA
l’acquisition d’un îlot de pathogénicité (appelé cagPAI) qui est l’activation de la voie du facteur nucléaire kB (NF-kB), voie
est présent chez certaines souches et pas d’autres. Ce cagPAI de signalisation très importante, sorte de « SOS » pour la cellule
a pu être acquis durant l’évolution de H. pylori à partir d’une épithéliale. En fait, le rôle de CagA à ce niveau n’est pas
autre bactérie qui a peut-être disparu. Certains ont proposé que unanimement reconnu. D’autres travaux ont montré que cette
cette acquisition a pu avoir lieu au moment où l’homme a stimulation de la voie du NF-kB était la conséquence de
domestiqué les animaux et où il a été en contact étroit avec une l’interaction entre des molécules du peptidoglycane bactérien
flore plus variée. (muramyl dipeptide) et les récepteurs intracellulaires NOD1 [7].
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 Helicobacter pylori : caractères bactériologiques, méthodes diagnostiques et sensibilité aux antibiotiques
Figure 1
Effet de l’îlot de pathogénicité cag sur la cellule épithéliale
Source : Covacci A, Rappuoli R. Tyrosine-phosphorylated bacterial proteins: Trojan horses for
the host cell. J Exp Med. 2000;191:587–92.
Dans tous les cas, la translocation nucléaire de la sous-unité p65
du NF-kB aboutit à une production importante d’interleukine 8,
cytokine pro-inflammatoire qui contribue à la pathogénicité
(figure 1).
Une différence a été notée quant aux sites de phosphorylation
de CagA entre les souches asiatiques qui ont un site particulier
tome 37 > n83 > mars 2008 > cahier 2
Infection à Helicobacter pylori
Mise au point
Encadré 2
Principaux facteurs de pathogénicité de Helicobacter pylori
Protéines de membrane externe
 Adhésines : babA2, sabA
 hopZ, hopQ
Inflammation (induction d’IL-8)
 Îlot de pathogénicité cag
 oipA
 iceA1
Cytotoxine vacuolisante VacA
(D) et les souches de l’Ouest qui sont plus hétérogènes avec 3
sites (A, B, C), le site C pouvant être présent en plusieurs
exemplaires, ce qui les rend plus pathogènes (figure 2).
Un autre élément important dans les propriétés pathogènes
de H. pylori est la cytotoxine VacA codée par un gène
présentant un polymorphisme. L’allèle s1 correspond à une
production plus ou moins importante de cette toxine alors
qu’avec l’allèle s2 elle n’est pas produite. Cette cytotoxine
provoque une vacuolisation des cellules in vitro alors qu’in
vivo elle agit au niveau des mitochondries et stimule les voies
de l’apoptose [8].
Il existe d’autres facteurs de pathogénicité dont le rôle a été
montré et qui sont présentés dans l’encadré 2. Une mention
particulière doit être faite pour l’adhésine BabA qui joue un rôle
important dans la colonisation des souches de H. pylori.
H. pylori se révèle donc comme une bactérie panmictique et non
clonale. Ceci a permis de comparer les souches de différentes
régions du monde en utilisant le séquençage de 7 gènes de
ménage et, grâce à des modèles mathématiques, de retracer les
migrations humaines au travers des souches de H. pylori [9]. Une
tentative pour apprécier le début de la colonisation de l’homme
Figure 2
Sites de phosphorylation de
CagA
509
 F Mégraud
par H. pylori a même été faite : H. pylori aurait diffusé à partir
d’Afrique de l’Est il y a 58 000 ans [10].
Méthodes diagnostiques
Les méthodes bactériologiques standards ont été d’abord
appliquées, à savoir l’examen microscopique et la culture, ainsi
que la détection sur préparation histologique.
Ces méthodes présentent l’inconvénient de faire réaliser une
endoscopie pour obtenir des biopsies gastriques. Pour ces
raisons, des méthodes non invasives se sont développées :
d’abord la sérologie, comme pour beaucoup d’agents infec-
tieux, puis un autre test indirect fondé sur la production en
quantité importante d’uréase par H. pylori – le test respiratoire
à l’urée marquée au carbone 13 (13C) et un test direct fondé sur
la détection d’antigènes de H. pylori dans les selles [11].
Un progrès récent réside dans le développement d’une
méthode de PCR (Polymerase Chain Reaction) en temps réel
réalisable sur les biopsies gastriques [12], mais aussi à partir
des selles [13], qui de plus permet de détecter une éventuelle
mutation à l’origine de la résistance aux macrolides.
D’autres méthodes sont également possibles mais peu ou pas
utilisées en France : le test rapide à l’uréase, qui permet
d’obtenir un résultat rapide en appliquant une biopsie gastrique
sur un milieu spécial, est considéré comme un « docteur test »
et n’est pas remboursé par l’assurance-maladie en France ; la
recherche d’anticorps spécifiques au niveau de l’urine et de la
salive peut également être réalisée, mais ces tests ne sont pas
commercialisés dans notre pays.
La sensibilité et la spécificité des différents tests non invasifs
présentés dans l’encadré 3 sont assez voisines. L’avantage va
au test respiratoire car il est indépendant à la fois des conditions
de transport et de l’interprétation de l’expérimentateur [14]. La
culture peut avoir une fiabilité excellente mais les conditions de
transport et de traitement au laboratoire sont draconiennes. La
recherche histologique donne également d’excellents résultats
si la biopsie est correcte et le pathologiste expérimenté. Une
bonne fiabilité des tests détectant les antigènes de H. pylori
Encadré 3
Tests diagnostiques de Helicobacter pylori utilisés en France
Tests invasifs
 Culture
 Histologie
 PCR (Polymerase Chain Reaction)
Tests non invasifs
 Sérologie
 Test respiratoire à l’urée marquée
 Test antigénique dans les selles
510
dans les selles nécessite l’utilisation de réactifs à base d’anti-
corps monoclonaux et une réaction Elisa en plaque. Les nou-
velles méthodes de PCR en temps réel ont une sensibilité
supérieure à celle des PCR standards.
D’autres critères de choix peuvent être considérés, comme le
coût, la rapidité du résultat, la possibilité de vérification, et bien
sûr la valeur ajoutée de chaque test. En effet, pour un premier
diagnostic, l’histologie présente l’avantage de permettre la
détection d’éventuelles lésions précancéreuses (atrophie,
métaplasie intestinale) ou cancéreuses, ce qui doit conduire
à privilégier cet examen chez les sujets âgés de plus de 55 ans,
âge à partir duquel les carcinomes gastriques sont surtout
détectés dans notre pays. La culture qui permet l’étude de la
sensibilité aux antibiotiques présente sans doute un avantage
chez les sujets plus jeunes car c’est chez eux que l’éradication
est la plus difficile [15] et la résistance aux antibiotiques
souvent plus élevée. Le test antigénique dans les selles, bien
qu’utilisable à tous les âges, est sans doute la méthode la plus
pratique en pédiatrie, du fait que la collecte de selles ne pose
pas de problème à cet âge.
La sérologie, longtemps décriée pour un manque de spécificité,
a regagné ses lettres de noblesse. En effet, les études
comparatives ont souffert de la faiblesse des tests utilisés
comme référence. Maintenant, du fait de l’existence d’inhibi-
teurs de la pompe à protons (IPP) génériques, cette classe
thérapeutique est largement utilisée chez tous les dyspep-
tiques avant exploration. La sérologie est le seul test qui ne
soit pas influencé par un traitement préalable par les IPP, pour
les autres une fenêtre thérapeutique d’au moins 1 semaine est
nécessaire. De plus, il existe des situations particulières comme
les hémorragies ulcéreuses, l’atrophie gastrique ou le lym-
phome gastrique du Malt où la sérologie s’avère la meilleure
méthode [16].
En ce qui concerne le suivi post-traitement, qui doit être réalisé au
moins 4 semaines après la fin du traitement, le test largement
recommandé et remboursé en France est le test respiratoire à
l’urée marquée. Ce contrôle doit en effet être réalisé de manière
non invasive, sauf s’il s’agissait d’un ulcère gastrique.
Sensibilité aux antibiotiques
H. pylori peut développer des résistances à tous les antibio-
tiques qui sont utilisés pour son traitement. Il s’agit toujours de
résistances par mutations, comme pour Mycobacterium tuber-
culosis, le seul autre pathogène humain majeur ayant cette
particularité. Les gènes concernés par ces mutations sont
présentés dans le tableau I.
Il est possible de distinguer les antibiotiques pour lesquels cette
résistance est assez fréquente (macrolides, fluoroquinolones,
nitroimidazolés) de ceux pour lesquels cette résistance est très
rare, voire absente en France en 2007 (amoxicilline, tétracy-
clines, rifampicine).
tome 37 > n83 > mars 2008 > cahier 2
Helicobacter pylori : caractères bactériologiques, méthodes diagnostiques et sensibilité aux antibiotiques
Infection à Helicobacter pylori

Tableau I
Antibiotiques pour lesquels une résistance a été détectée chez
Helicobacter pylori et les gènes concernés
Antibiotiques Gènes concernés
Macrolides
Métronidazole
Quinolones
Rifamycines
Amoxicilline
Tétracycline
La résistance la plus importante à considérer, du fait de sa
prévalence et des conséquences qu’elle a sur l’éradication de
H. pylori, est celle aux macrolides, en particulier à la clarithro-
mycine. Cette résistance est due essentiellement à 2 mutations
faciles à détecter par des méthodes de biologie moléculaire. En
effet, le taux d’éradication de la trithérapie clarithromycine-
amoxicilline-IPP passe de 87 % quand la souche est sensible à
17 % quand elle est résistante [17]. La prévalence en France en
2007 n’est pas connue précisément, mais les études ponc-
tuelles réalisées laissent penser qu’elle est  20 %, niveau qui
conduit à recommander une recherche systématique avant
sont utilisation [16].
Mise au point
La résistance aux fluoroquinolones pose aussi problème, car la
lévofloxacine est de plus en plus utilisée comme traitement de
seconde ou troisième intention et, là encore, sa présence
conduit à un taux d’échec d’éradication très élevé. Il s’agit
de mutations au niveau de la zone dite « quinolone resistance
rrn 23S
determining region » du gène gyrA de H. pylori, également
rdxA, frxA détectable par méthodes moléculaires. Sa prévalence en France
gyrA est de l’ordre de 15 à 20 %. Elle doit également être recherchée
rpoB avant traitement [18].
plp1 Par contre, la résistance au métronidazole détectée in vitro
rrn 16S n’est pas toujours reproductible et sans impact majeur sur les
traitements contenant cet antibiotique. Le taux de succès passe
de 90 % quand la souche est sensible à 65 % quand elle est
résistante [17]. Il n’existe pas actuellement de méthode de
détection moléculaire. La conférence Maastricht III a recom-
mandé de ne pas rechercher cette résistance en routine [16].
Une résistance à la tétracycline, à la rifabutine et à l’amoxicilline
a été trouvée à un niveau faible dans certains pays mais pas en
France à ce jour.
En résumé, l’antibiogramme minimum réalisé après culture doit
rechercher la sensibilité aux macrolides (disque d’érythromy-
cine [19]) et au fluoroquinolones (disque de ciprofloxacine). Si
l’amoxicilline est testée, l’utilisation du E-test est préférable.
L’utilisation d’une détection de H. pylori et de sa résistance aux
macrolides par PCR en temps réel directement dans les selles
constitue un progrès majeur dans la prise en charge de cette
infection.
Conflits d’intérêts : aucun

Références
[1] Warren JR, Marshall B. Unidentified curved
bacilli on gastric epithelium in active chronic
gastritis. Lancet 1983;1:1273-5.
[2] Vandamme P, Falsen E, Rossau R, Hoste B,
Segers P, Tytgat R et al. Revision of
Campylobacter, Helicobacter, and Wolinel-
la taxonomy: emendation of generic
descriptions and proposal of Arcobacter
gen. nov. Int J Syst Bacteriol 1991;41:
88-103.
[3] Garrity GM, Belle JA, Lilburn T. Family III.
Helicobacteraceae fam. nov. 2nd ed.,
Bergey’s Manual of Determinative Bacter-
iology, 2, 2nd ed. New York: Springer;
2005. p. 1168-94.
[4] Koelz HR. Gastric acid in vertebrates. Scand J
Gastroenterol Suppl 1992;193:2-6.
[5] McGee DJ, May CA, Garner RM, Himpsl JM,
Mobley HLT. Isolation of Helicobacter pylori
genes that modulate urease activity. J
Bacteriol 1999;181:2477-84.
[6] Hatakeyama M, Higashi H. Helicobacter
pylori CagA: a new paradigm for bacterial
carcinogenesis. Cancer Sci 2005;96:835-43.
[7] Viala J, Chaput C, Boneca IG, Cardona A,
Girardin SE, Moran AP et al. Nod1 responds
to peptidoglycan delivered by the Helico-
bacter pylori cag pathogenicity island. Nat
Immunol 1994;5:1166-74.
[8] Galmiche A, Rassow J, Doye A, Cagnol S,
Chambard JC, Contamin S et al. The N-
terminal 34 kDa fragment of Helicobacter
pylori vacuolating cytotoxin targets mito-
chondria and induces cytochrome c release.
Embo J 2000;19:6361-70.
[9] Falush D, Wirth T, Linz B, Pritchard JK,
Stephens M, Kidd M et al. Traces of human
migrations in Helicobacter pylori popula-
tions. Science 2003;299:1582-5.
[10] Linz B, Balloux F, Moodley Y, Manica A, Liu
H, Roumagnac P et al. An African origin for
the intimate association between humans
and Helicobacter pylori. Nature 2007;
445:915-8.
[11] Megraud F, Lehours P. Helicobacter pylori
diagnosis and antimicrobial susceptibility
testing. Clin Microbiol Rev 2007;20:280-322.
[12] Oleastro M, Ménard A, Santos A, Lamou-
liatte H, Monteiro L, Barthélémy C et al.
Real-time PCR assay for rapid and accurate
detection of point mutations conferring
resistance to clarithromycin in Helicobacter
pylori. J Clin Microbiol 2003;41:397-402.
[13] Schabereiter Gurtner C, Hirschl AM, Drago-
sics B, Hufnagl P, Puz S, Kovach Z et al.
Novel real-time PCR assay for detection of
Helicobacter pylori infection and simulta-
neous clarithromycin susceptibility testing of
stool and biopsy specimens. J Clin Microbiol
2004;42:4512-8.
[14] Monteiro L, de Mascarel A, Sarrasqueta AM,
Bergey B, Barberis C, Talby P et al. Diagnosis
of Helicobacter pylori infection: noninvasive
511

tome 37 > n83 > mars 2008 > cahier 2

 F Mégraud
methods compared to invasive methods
and evaluation of two new tests. Am J
Gastroenterol 2001;96:353-8.
[15] Broutet N, Tchamgoué S, Periera E, Lamou-
liatte H, Salamon R, Mégraud F. Risk factors
for failure of Helicobacter pylori therapy -
results of an individual data analysis of
2751 patients. Aliment Pharmacol Ther
2003;17:99-109.
512
[16] Malfertheiner P, Megraud F, O’Morain C,
Bazzoli F, El-Omar E, Graham D et al.
Current concepts in the management of
Helicobacter pylori infection - The Maas-
tricht III Consensus Report. Gut 2007;56:
772-81.
[17] Mégraud F. H pylori antibiotic resistance:
prevalence, importance, and advances in
testing. Gut 2004;53:1374-84.
[18] Vakil N, Mégraud F. Eradication therapy for
Helicobacter pylori. Gastroenterology
2007;133:985-1001.
[19] Grignon B, Tankovic J, Megraud F,
Glupczynski Y, Husson MO, Conroy MC
et al. Validation of diffusion methods for
macrolide susceptibility testing of Helico-
bacter pylori. Microb Drug Resist 2002;8:
61-6.
tome 37 > n83 > mars 2008 > cahier 2