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SUPPORT DE COURS

MICROBIOLOGIE GENERALE

GBOGBO K. A.
Maître de Conférences
Laboratoire de Botanique & Ecologie Végétale /FDS/UL

2019
Etablissement : FDS
Code et Intitulé de l’UE : UE BIO 122 MICROBIOLOGIE GENERALE

Domaine : SCIENCES ET TECHNOLOGIES

Parcours : BPA / BPV

Semestre : 2

Crédits : 4

Volume horaire : 48 H

Jour, heure, Lieu de l’enseignement : Mardi 16 h 30 à 18 h 30 Amphi 1500 CN


Vendredi 07 h à 09 h Amphi 1500 CN

Enseignant responsable de l’UE : GBOGBO Koffi A. Maître de Conférences Mycologie/


Microbiologie Cel. 90 06 16 22, kgbogbo@univ-lome.tg; kagbogbo@gmail.com

Disponibilité : Vendredi de 9H à 12H Bureau Amphi C Flesh

Public cible : Etudiants

Bref descriptif de l’UE : cours théorique visant l’acquisition des notions de base et le langage qui
seront utiles dans le cadre des enseignements de la microbiologie mais aussi la sensibilisation des
étudiants aux risques microbiologiques qui sont nombreux et variés

Pré-requis : BIO 110 Biologie cellulaire

Objectif général : comprendre les notions de bases de la microbiologie.

Objectifs spécifiques

- Connaitre la structure et la composition des microorganismes,


- Distinguer les divers types de microorganismes
- Appréhender les risques microbiologiques.

Plan du contenu d’enseignement


DEFINITION ET QUELQUES ELEMENTS D’HISTOIRE
CHAPITRE 1 : LES PROCARYOTES
CHAPITRE 2 : LES EUCARYOTES
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GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
CHAPITRE 3 : LES MICROBES UTILES
CHAPITRE 4 : LES MICROBES RESPONSABLES D’ALTERATION
CHAPITRE 5 : POUVOIR PATHOGENE ET RELATION HOTE-MICROBE
CHAPITRE 6 : LA LUTTE CONTRE LES MICROBES
ANNEXE : HYGIENE ALIMENTAIRE

Intervention pédagogique : Cours magistral avec supports informatiques

Activités d’apprentissage : travail de recherche bibliographique

Evaluation : Devoir Surveillé (40%) + Examen (60%)

Bibliographie :

- Cours de microbiologie générale avec problèmes et exercices corrigés


Alphonse Meyer, José Deiana, Alain Bernard - Collection Biosciences et techniques
- Microbiologie de Prescott, Lansing M Prescott, Joanne M Willey, Linda M Sherwood,
Christopher J Woolverton - Collection Biologie
- Mini Manuel de Microbiologie - Cours et QCM/QROC, Dunod, Daniel Prieur, Claire Geslin,
Christopher Payan

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GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
SOMMAIRE .....................................................................................................................
DEFINITION ET QUELQUES ELEMENTS D’HISTOIRE ................................................
CHAPITRE 1 : LES PROCARYOTES .............................................................................
1.1. LES BACTERIES .....................................................................................................
1.1.1. MORPHOLOGIE ET ASSOCIATION DES BACTERIES .......................................
1.1.2. STRUCTURE CELLULAIRE DES BACTERIES ....................................................
1.2. LES ARCHEES ........................................................................................................
CHAPITRE 2 : LES EUCARYOTES ................................................................................
2.1 STRUCTURE DES CELLULES EUCARYOTES .......................................................
2.2. LES ALGUES ...........................................................................................................
2.3 LES CHAMPIGNONS ................................................................................................
2.4 LES PROTOZOAIRES ..............................................................................................
2.5. AUTRES REGNES ...................................................................................................
2.6 LES VIRUS ................................................................................................................
CHAPITRE 3 : LES MICROBES UTILES ........................................................................
3.1. NUTRITION ET CROISSANCES DES MICRO-ORGANISMES ...............................
3.2 LA FLORE COMMENSALE .......................................................................................
3.3 MICROBES D’INTERET INDUSTRIEL......................................................................
3.3.1 Les bactéries ..........................................................................................................
3.3.2 Les levures et moisissures .....................................................................................
3.4 LES RHIZOBIUM ET MYCORHIZES ........................................................................
3.4.1 Les Rhizobium ........................................................................................................
3.4.2 Les Mycorhizes .......................................................................................................
3.5 Autres exemples ........................................................................................................
CHAPITRE 4 : LES MICROBES RESPONSABLES D’ALTERATION .............................
4.1 Les bactéries .............................................................................................................
4.2 Les levures et moisissures ........................................................................................
CHAPITRE 5 : POUVOIR PATHOGENE ET RELATION HOTE-MICROBE ...................
5.1 INTERACTION DES MICROORGANISMES .............................................................
5.2 LES DIFFERENTS TYPES DE RELATION HOTE-MICROBE...................................
5.2.1 L'indifférence ou neutralisme ..................................................................................
5.2.2 La symbiose ou mutualisme ...................................................................................
5.2.3 Le commensalisme ou saprophytisme....................................................................
5.2.4 L’exploitation ou parasitisme ..................................................................................
5.3 POUVOIR PATHOGENE ET VIRULENCE................................................................
5.3.1 Les microbes pathogènes.......................................................................................
5.3.2 Les microbes opportunistes ....................................................................................
5.3.3 Notion de virulence .................................................................................................
CHAPITRE 6 : LA LUTTE CONTRE LES MICROBES ....................................................
6.1 LES REACTIONS DE DEFENSE DE L’ORGANISME ...............................................
6.2 STERILISATION ET ASEPSIE ..................................................................................
6.2.1 Quelques définitions ...............................................................................................
6.2.2 Différence entre pasteurisation et stérilisation ........................................................
6.3 LES ANTISEPTIQUES ...............................................................................................
6.4 LES ANTIBIOTIQUES (AGENTS CHIMIOTHERAPIQUES)......................................
6.4.1 Définition.................................................................................................................
6.4.2 CLASSIFICATION DES ANTIBIOTIQUES .............................................................
6.4.2.1 Critères de classification ......................................................................................
6.4.2.2 Principaux modes d'action ..................................................................................
ANNEXE : HYGIENE ALIMENTAIRE ..............................................................................

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GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
DEFINITION ET QUELQUES ELEMENTS D’HISTOIRE

La microbiologie est une sous-discipline de la biologie basée sur l'étude des micro-
organismes. Les micro-organismes constituent un groupe extrêmement diversifié
d'organismes microscopiques, unicellulaires et répartis dans les trois domaines du vivant
(bactérie, archée et eucaryote). Ils se distinguent les uns des autres par leur forme, leur
taille et leur mode de vie.

Les premières descriptions attestées d’organismes vivants invisibles à l’œil nu (micro-


organismes) ont été faites par un drapier hollandais, Antoni van Leeuwenhoek au cours
des années 1670 et 1680. De très nombreux micro-organismes furent décrits durant le
18ème siècle et des tentatives de classification furent proposées. Mais ce n’est que durant
le 19ème siècle qu’elles aboutirent véritablement, après de nombreux essais. Tous les
micro-organismes unicellulaires furent officiellement regroupés sous le nom de
« protistes », qui signifie « les tout premiers (protistos) » en grec (E. Haeckel, 1866).
Cependant, dès le 18ème siècle, il était apparu que deux grands groupes pouvaient être
décrits : les micro-organismes pourvus d’un noyau, tout comme nos propres cellules (ou
protistes eucaryotes), et les micro-organismes sans noyau (ou protistes procaryotes : pro
= avant ; karyon = noyau, en grec). Les premiers furent dénommés « protozoaires », qui
signifie « premier ou primitif (protôs) » et « animal (zôon) » en grec (O.F. Müller, 1786 ;
reconnu officiellement en 1920). Les protistes procaryotes furent, de leur côté, dénommés
« bacterium » en 1872 par F. Cohn. « Bacterium » est un dérivé latinisé d’un terme
français « bactéridie » (C.J. Davaine, 1850), signifie lui-même « bâton ou bâtonnet
(baktêrion) » en grec. Enfin, le mot « microbe (mikros : petit ; bios : vie ; en grec) » fut
proposé en 1878 par C.E. Sédillot, pour désigner tous les micro-organismes invisibles à
l’œil nu. « Microbe » et « protiste » sont en quelque sorte des équivalents, même si
aujourd’hui la science de la microbiologie inclut les bactéries et virus, à l’exclusion des
protozoaires. Aujourd’hui, les protistes comprennent non seulement des êtres
unicellulaires simples et syncitiaux, mais aussi des êtres pluricellulaires à cellules
indifférenciées. Beaucoup plus récemment (dans les années 1970), un troisième type de
cellules fut décrit à côté des cellules eucaryotes et des procaryotes classiques (ou
eubactéries) : les archaebactéries (archae : ancien) (C. Woese, 1970). Les cellules des
archaebactéries, bien que dépourvues de véritable noyau et formant donc des cellules
procaryotes, ne sont ni des cellules eucaryotes, ni des eubactéries.

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La microbiologie est la science qui étudie les micro-organismes. Ces derniers sont des
êtres vivants de petite taille qui ne peuvent être vues à l’œil nu (quelques protistes
unicellulaires sont visibles à l'œil). Ils ne peuvent donc être observés qu'à l'aide d'un
microscope.
Les microorganismes constituent un groupe très diversifié, ils existent à l'état de cellule
isolée ou en groupe. Ils sont aussi désignés sous le nom de « microbes » qui est un terme
générique et non scientifique visant les bactéries, levures, moisissures, algues,
protozoaires et virus, pathogènes ou non. Familièrement, le mot « microbe » désigne un
micro-organisme responsable d'une maladie.

Les micro-organismes sont rencontrés dans tous les types d'environnement présent dans
la nature. Ils se trouvent dans le sol, l’eau, l'air, mais aussi dans des environnements plus
hostiles tel que les pôles, les déserts, les geysers, le fond des océans, etc. De nombreux
micro-organismes sont associés aux plantes ou aux animaux avec lesquels ils peuvent
entretenir des relations de symbiose, de commensalisme ou de parasitisme. Certains
micro-organismes peuvent être pathogènes, c’est-à-dire entraîner une maladie chez les
plantes ou les animaux.
Les micro-organismes sont classés en deux groupes : Les procaryotes et les eucaryotes.
Les bactéries font partie des procaryotes ; alors que les champignons, les algues et les
protozoaires sont des eucaryotes. Les virus qui sont aussi des micro-organismes ne sont
classés dans aucun de ces deux groupes.
Ces micro-organismes jouent un rôle important dans le monde vivant. Ils peuvent avoir
des effets bénéfiques ou nuisibles en fonction des domaines considérés (biotechnologie,
environnement, santé, etc.…).

Le but de ce cours est d’acquérir les notions de base et le langage qui seront utiles dans
le cadre des enseignements de la microbiologie mais aussi de sensibiliser les étudiants
aux risques microbiologiques qui sont nombreux et variés.

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CHAPITRE 1 : LES PROCARYOTES

Par rapport aux cellules eucaryotes, les cellules procaryotes n’ont pas de membrane
nucléaire, pas de noyau différencié, pas d’appareil de Golgi, pas de protéines histones,
pas de mitochondries, ni de chloroplastes. Ces deux dernières organelles dérivent
d’ailleurs de bactéries ancestrales qui ont développés une relation symbiotiques avec les
cellules eucaryotes. Les cellules procaryotes possèdent un chromosome sous forme
d’une molécule circulaire d’acide désoxyribonucléique et des ribosomes avec une valeur
de sédimentation 70S (ceux des cellules eucaryotes ont une valeur de sédimentation
80S). De plus, les (eu)bactéries possèdent une structure externe à la membrane
plasmique, qui s’appelle la paroi (mis à part les mycoplasmes et les chlamydies), qui est
formée d’une molécule particulière appelée le peptidoglycan, que l’on ne retrouve pas
dans la paroi de archaebactéries. D’autres différences entre cellule eucaryotes,
(eu)bactéries et archaebactéries sont reprises dans le tableau I.

TABLEAU I : Caractères différentiels généraux des cellules eucaryotes, des bactéries et


des archaebactéries.

Caractéristiques Eucaryotes Archae (bactéries) (Eu)bactéries

Paroi bactérienne Absente Absente ou présente sans Présente avec


peptidoglycan peptidoglycan

Lipides Chaînes droites unies Chaînes ramifiées unies au Chaînes droites unies
membranaires au glycérol par des glycérol par des liaisons au glycérol par des
liaisons ester éther liaisons ester

Génome 2n chromosomes Un chromosome circulaire Un chromosome


linéaires dans le noyau libre circulaire libre

Introns dans les Oui ? Non


gènes
Protéines histones Oui Non Non
ARNr 18S, 5.8S, 28S 16S, 23S, 5S 16S, 23S, 5S
Taille ribosomes 80S 70S 70S
Codon d’initiation Méthionine Méthionine Formylméthionine
Reproduction Mitose Scissiparité Scissiparité

Les archaebactéries forment un groupe de bactéries primitives, telles qu’elles devaient


exister au temps de l’atmosphère primitive de la terre. Elles ne comprennent aucune

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espèce d’intérêt médical, mais sont d’un très grand intérêt biologique en général, car elles
vivent dans des conditions extrêmes (bactéries extrémophiles) : sources d’eau bouillante,
abysses des océans, mer morte, lacs acides, ...

On désigne sous le terme « procaryotes » (du grec pro=avant et caryon=noyau),


l’ensemble des micro-organismes dont la cellule ne possède pas de noyau nucléaire ni
d'autres organites. Les procaryotes sont subdivisés en deux groupes taxonomiques : les
archées et les bactéries.

1.1. LES BACTERIES

Les bactéries (Bacteria) sont des micro-organismes vivants unicellulaires procaryotes.


Elles mesurent quelques microns ou micromètres (µm) de long et possèdent les éléments
essentiels à la vie cellulaire. Elles peuvent être désintégrées par divers procédés
physiques et chimiques, ce qui permet d'étudier les constituants bactériens ainsi libérés.

Quelques chiffres concernant une bactérie-type, Escherichia coli :


Poids d'une cellule : 10-12g
Eau : 70 %
Poids sec d'une cellule : 3.10-13g
Proportion du poids sec : protéines 55 % ; lipides 10 % ; lipopolysaccharides (LPS) 3 % ;
peptidoglycane 3 % ; ribosomes 40 % ; ARN 20 % ; ADN 3 %.

Les bactéries peuvent présenter différentes formes : des formes sphériques (coques), des
formes allongées ou en bâtonnets (bacilles) et des formes plus ou moins spiralées
(Spirilles).
Les bactéries sont ubiquitaires et sont présentes dans tous les types de biotopes : sol,
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eau, air, sur les végétaux et les animaux, etc. Chez l'homme, il a été calculé que 10
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bactéries colonisent la peau, 10 bactéries colonisent la bouche et 10 bactéries habitent
dans l'intestin. La plupart de ces bactéries sont inoffensives ou bénéfiques pour
l’organisme. Cependant, de nombreuses espèces bactériennes sont pathogènes et sont
responsables de maladies infectieuses comme le choléra, la syphilis et la tuberculose.

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1.1.1. MORPHOLOGIE ET ASSOCIATION DES BACTERIES

Les bactéries présentent une grande diversité de morphologies cellulaires (Figure 1).
Cette caractéristique est exploitée pour l’identification de la cellule par observation
microscopique. Non seulement chaque cellule bactérienne présente une forme particulière
(coque, bâtonnet, vibrion, filament,…), mais aussi les cellules filles dérivées d’une cellule
mère peuvent-elles s’assembler de manières particulières (amas, chaînettes,…).
Certaines espèces n’ont cependant pas de forme fixe au cours de leur cycle vital et sont
dites pléiomorphes (actinomycètes, mycoplasmes, ...). En fait, les formes et assemblages
typiques de chaque genre ou famille de bactéries sont surtout observés chez l’animal.
Lors de culture en milieu liquide, ils pourront parfois être observés, mais très rarement
après culture sur milieu solide. Ces différentes formes et assemblages varient selon
l’espèce et la souche bactériennes, bien sûr, mais aussi selon le milieu, l’âge et les
conditions de culture pour la même espèce bactérienne.

Figure 1: formes des bactéries

Par exemple, l’ensemble des genres et espèces formant la famille Enterobacteriaceae se


présentent sous forme de courts bâtonnets (coccobacilles) à tel point qu’il est
extrêmement difficile de les différencier les uns des autres au microscope après coloration
de Gram. Cependant, des variations sont observées selon l’espèce et, à l’intérieur d’une
même espèce, selon la souche (longueur des bâtonnets). De plus, selon que l’on examine
une culture en bouillon, sur gélose au sang ou sur gélose sélective, la longueur des
bâtonnets varie aussi. Enfin, une culture jeune est surtout composée de courts bâtonnets
tandis que leur taille est plus grande dans une culture âgée. Certains bactériologistes ont
tenté de définir des critères de taxonomie à partir des formes et dimensions des bactéries.
Ces critères sont valables dans des conditions bien standardisées et reproductibles, mais
sans plus.

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1.1.1.1 Les Coques

Les coques sont des bactéries de type sphérique (coccus = grain, baie). Il s’agit d’un nom
générique qui n’a aucune valeur de nomenclature, mais aide à l’enseignement et à la
classification en général. Toutes les bactéries cocciformes n’ont pas une forme sphérique
parfaite : certaines sont allongées, d’autres présentent une face aplatie, etc. Les coques
se multiplient selon un, deux ou trois plans de division. Les formes qui en résultent sont
respectivement des chaînettes, des tétrades ou des amas (Figure 2). La taille moyenne
des coques est de 0,8 à 1 µm avec des extrêmes de 0,5 à 2 µm.

Figure 2 : Modes d’association des bactéries

 Diplocoques (Diplo = deux)

Les diplocoques sont formés de deux coques assemblés : Streptococcus pneumoniae,


Neisseria spp.

 Streptocoques (Streptus = pliable, flexible)

Les streptocoques sont formés de chaînettes de coques. Ces chaînettes sont plus ou
moins longues : Streptococcus spp., Enterococcus spp.

 Tétrades

Les tétrades sont des amas de quatre bactéries formés suite à l’existence de deux plans
de division cellulaire.

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 Sarcines (Sarcina = un paquet)

Les sarcines sont des amas réguliers en trois dimensions de huit cellules bactériennes
suite à l’existence de trois plans de division cellulaire se succédant de manière ordonnée :
Sarcina spp.

 Staphylocoques (Staphylo = grappe de raisin)

Les staphylocoques sont des amas irréguliers de bactéries formés suite à l’existence de
trois plans de division cellulaire se succédant de manière anarchique : Staphylococcus
spp., Micrococcus spp.

1.1.1.2 Les Bacilles ou bâtonnets

Les bacilles sont des bactéries allongées dont un axe est de toute évidence plus grand
que l’autre. Il n’y a pas toujours une limite bien nette et franche entre les bâtonnets et les
coques : certains coques sont allongés ; certains bâtonnets sont très courts et à
extrémités arrondies (coccobacilles). La longueur du bâtonnet peut varier dans certaines
limites selon les conditions et l’âge de la culture pour une souche donnée, comme il a déjà
été dit.

Les bâtonnets ne présentent qu’un seul plan de division cellulaire : médian. Dans une
culture en multiplication, les bâtonnets sont isolés, en paires (diplobacilles), en chaînettes
plus ou moins longues (streptobacilles), en amas plus ou moins irréguliers (en lettres
chinoises) selon les espèces, les souches et les conditions de culture.

 Coccobacilles

Il s’agit de la forme typique d’un grand nombre de bactéries pathogènes telles les
pasteurelles et apparentées (famille Pasteurellaceae) et les entérobactéries (famille
Enterobacteriaceae). Ces bactéries ne sont pas beaucoup plus longues que larges et les
extrémités sont arrondies.

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 Bacilles corynéformes (coryne = une massue)

Il s’agit de courts bâtonnets de forme irrégulière présentant une extrémité épaissie sous
forme de massue ou de baguette de tambour. En général, cette extrémité apparaît colorée
plus intensément. Il s’agit de la forme typique du bacille de la diphtérie (Corynebacterium
diphteriae). Par analogie, les bactéries avec cette morphologie ont été appelées bâtonnets
corynéformes ou diphtéroïdes, bien que toutes ne soient par rattachées à l’espèce C.
diphteriae taxonomiquement.

 Les « Vrais » bacilles

Les « vrais bacilles » ont des tailles variables. Leur forme est régulière, leur longueur est
bien plus grande que leur largeur. Un très grand nombre de bactéries peuvent être
reprises dans ce groupe : Clostridium spp., Bacillus spp., Listeria spp., Bacteroides spp.,
Pseudomonas spp. Leur taille varie de 0,5 µm sur 0,2 µm (Erysipelothrix spp.) à 15 µm
sur 1 µm (Clostridium septicum). Les extrémités sont, en général, moins arrondies que
chez les coccobacilles.

 Les Bacilles filamenteux

Les bacilles filamenteux sont de très longs bâtonnets. Certaines espèces de bacilles
peuvent être qualifiées de bâtonnets filamenteux dans certaines conditions de croissance
(Clostridium septicum). Ce caractère filamenteux peut d’ailleurs être rapidement perdu en
culture.

 Les Bacilles fusiformes (fusus = un fuseau)

Les bacilles fusiformes sont des bâtonnets plus ou moins longs qui ont des extrémités
effilées (Fusiformis spp.) En subculture, ces formes typiques disparaissent et des formes
bacillaires classiques apparaissent.

 Les Bacilles ramifiés

Certaines bactéries peuvent former des ramifications à un moment au moins de leur cycle.
Cette forme les fait ressembler à des mycéliums, d’où leur nom d’actinomycètes (aktinos =
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rayon ; mykes = champignon) qui comprennent les genres Mycobacterium spp.,
Actinomyces spp., Nocardia spp., Rhodococcus spp. et Dermatophilus spp. D’autres
genres comme Bifidobacterium spp. montrent aussi des formes ramifiées typiques, mais
plus courtes. Selon les espèces, les conditions et l’âge de la culture, les formes ramifiées
sont plus ou moins abondantes par rapport aux bâtonnets simples.

1.1.1.3 Les Courbées

Ces bactéries sont, en fait, des bâtonnets qui ne sont pas droits, mais courbés et qui
forment des tours de spires. Deux groupes sont distingués selon leur longueur.

 Les Vibrions (vibrio = qui bouge rapidement)

Les vibrions sont des bâtonnets recourbés en virgule ou en vis. Ces bâtonnets sont courts
(< 5 µm) et ne présentent qu’un à deux tours de spire. Dans une culture, des formes
droites peuvent aussi être observées. Les genres de vibrions d’intérêt médical sont : Vibrio
spp., Campylobacter spp., Helicobacter spp.

 LesSpirilles (spirillum = petite spirale)

Les spirilles sont des bâtonnets recourbés en longues spirales (jusqu’à 20 µm et plus, car
certains spirochètes atteignent 0,5 mm de longueur !) présentant de nombreux tours de
spire. Ils sont fins tels les spirochètes (spira = un tour ; chaeta = un cheveu) avec les
genres Treponema spp., Brachyspira spp. et Serpulina spp. à spires étroites et régulières,
Borrelia spp. à spires larges et régulières et Leptospira spp. à spires étroites et
irrégulières, ou très épais tel le genre Anaerobiospirillum spp.

1.1.2. STRUCTURE CELLULAIRE DES BACTERIES

Les bactéries sont des cellules relativement simples, caractérisées par l’absence de noyau
et d’organites comme les mitochondries et les chloroplastes.

La morphologie détaillée des procaryotes ne fut révélée que grâce au microscope


électronique car, vu leur petite taille (ordre de grandeur du µm), le pouvoir de résolution du
microscope optique se révéla bien trop faible. Les cellules bactériennes sont en fait
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constituées, comme les cellules eucaryotes, d’un contenu, le cytoplasme et les organelles,
et d’un contenant, la membrane cytoplasmique et la paroi bactérienne. Cette dernière est,
cependant, un constituant unique des bactéries. Des structures extérieures aux
membranes existent aussi telles la capsule, les cils, les flagelles, les fimbriae.

Figure 3a : Structure d’une bactérie (tridimensionnelle)

Figure 3b : Structure d’une bactérie (dans le plan)

1.1.2.1. Le matériel génétique

Le matériel génétique d’une cellule bactérienne se répartit entre le chromosome bactérien


ou nucléoïde, les éléments extra-chromosomiques indépendants (plasmides) et les
éléments portés par le chromosome ou un plasmide, mais jouissant d’une certaine

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autonomie (phages, transposons, séquences d’insertion, transposons conjugatifs, îlots de
pathogénicité et de résistance).

 Le nucléoïde

Le matériel génétique de la bactérie est constitué d’une molécule d’acide


désoxyribonucléique (ADN) de composition classique, circulaire, bicaténaire et repliée sur
elle-même de multiples fois, afin de tenir dans la cellule bactérienne dont la grandeur est
de l’ordre du micron, alors qu’elle-même fait un mm de longueur si on l’étale (1000 fois la
longueur de la bactérie et 3 à 5 nanomètres de large). L'analyse chimique de l'appareil
nucléaire indique qu'il est composé à 80 % d'ADN, à 10 % d'acide ribonucléique ou ARN
(rôle de structuration) et à 10 % de protéines. Cette “ pelote d’ADN ”, appelée
“ chromosome bactérien ”, est composée d’une zone centrale fortement condensée où les
gènes sont inactifs et de zones périphériques formées de boucles d’ADN où se déploient
les gènes actifs recouverts de polysomes. Cette molécule d’ADN ne fait pas partie d’une
structure différenciée comme chez les eucaryotes. Le terme de noyau est donc impropre
et il vaut mieux utiliser celui de nucléoïde. L’ADN chromosomique n’est pas associé à des
protéines histones, même si certaines protéines pouvant jouer un rôle similaire,
ressemblant fortement en cela aux nucléoplasmes des mitochondries et des chloroplastes.

Cette molécule, ce « chromosome », est porteuse de toute l’information génétique


nécessaire au métabolisme bactérien (dégradations, synthèses) et à la reproduction de la
cellule bactérienne (réplication de l’ADN, synthèse de nouvelles membranes et parois,
division proprement dite). Toute la séquence d’ADN du chromosome n’est cependant pas
codante. En effet, les gènes sont séparés par des régions intergéniques qui ne possèdent
aucune fonction particulière reconnue à ce jour. Avant la division cellulaire, deux copies du
chromosome sont présentes dans la bactérie (= réplication semi-conservative par le
mécanisme des fourches). Ces deux copies vont ensuite ségréger vers les deux futures
cellules filles (= partition). La réplication et la partition sont sous contrôle génétique strict et
sont intimement couplées à la division bactérienne, elle-même sous contrôle génétique.

Chez les bactéries pathogènes, le chromosome peut aussi être porteur de l’information
génétique nécessaire à la synthèse de facteurs de virulence (adhésines, toxines, …).
Chez d’autres bactéries, il est aussi porteur d’information génétique pour les résistances à
des métaux lourds ou à des antibiotiques (résistances d’origine chromosomique par
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rapport à celles d’origine plasmidique). Ces informations sont classiquement présentes sur
des fragments d’ADN nouvellement acquis. C’est ainsi que l’on considère qu’une souche
pathogène d’Escherichia coli possède 20% d’information génétique supplémentaire par
rapport à une souche commensale non pathogène.

 Les plasmides (ADN extra-chromosomique)

A côté du chromosome, support de l'hérédité, la bactérie peut contenir des éléments


génétiques (ADN) de petite taille (0,5 à 5 % du chromosome bactérien), extra-
chromosomiques. Ces éléments, appelés plasmides, ne sont pas indispensables à la vie
de la bactérie dans les conditions habituelles de croissance. Les plasmides constituent
des molécules circulaires d’ADN bicaténaire, quoique des plasmides non circulaires aient
été décrits. Ils se répliquent indépendamment et en général plus rapidement que le
chromosome bactérien. On les détecte lorsque les gènes qu'ils transportent confèrent à la
bactérie de nouvelles propriétés. Les plus connus de ces plasmides sont les suivants :

 Le facteur sexuel ou facteur F qui assure le transfert de fragments de chromosome


bactérien par conjugaison (appariement de deux bactéries).
 Les plasmides de résistance aux antibiotiques (ou facteurs R). Ils portent des gènes
qui confèrent aux bactéries la résistance à divers antibiotiques. Au contraire de la
résistance conférée par une mutation chromosomique, la résistance conférée par
un plasmide peut concerner des antibiotiques appartenant à plusieurs familles si le
plasmide porte plusieurs gènes de résistance. La résistance codée par les gènes
plasmidiques est souvent liée à la production d'enzymes qui inactivent les
antibiotiques. Par exemple des plasmides de résistance très fréquents chez les
staphylocoques portent un gène qui code pour la production d'une pénicillinase qui
inactive la pénicilline G et les pénicillines du groupe A (ampicilline) ce qui rend la
bactérie résistante à ces pénicillines (idem chez E.coli, gonocoque,...).
 Les autres plasmides : Certains plasmides sont responsables de la virulence (ex. :
production de toxines), de la résistance aux antiseptiques, du métabolisme de
certains composés (lactose, lysine, etc...), et de la dégradation de substances, par
exemple le toluène, l'octane et l'acide salicylique.

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1.1.2.2 Le cytoplasme bactérien

La structure du cytoplasme bactérien est beaucoup plus simple que celle du cytoplasme
des cellules eucaryotes. Le cytoplasme ne contient pas en effet de mitochondries : les
enzymes transporteurs d'électrons sont localisés dans la membrane cytoplasmique. En
revanche, il est particulièrement riche en ARN solubles (ARN messager et ARN de
transfert) et surtout en ARN particulaire ou ribosomal. Les ribosomes, au nombre de
15000 environ par bactérie, représentent 40 % du poids sec de la bactérie et 90 % de
l'ensemble de l'ARN. Les ribosomes sont la cible d'action de nombreux antibiotiques,
aminosides, phénicols, cyclines, macrolides. Ils sont constitués de protéines ribosomales
et d'ARN (ARNr 16S, ARNr 23S et ARNr 5S). Ils sont classiquement divisés en 2 sous-
unités : la sous-unité 30S contient de l'ARNr 16S et est la cible des aminosides et des
cyclines ; la sous-unité 50S est constituée d'ARNr 23S et est la cible des macrolides et
apparentés. L'ensemble des constituants cytoplasmiques sont placés dans un gel
colloïdal, qui contient 80 % d'eau et des substances organiques et minérales, à une
pression interne considérable (5 à 20 atmosphères).

1.1.2.3 La membrane cytoplasmique

Cette membrane est la limite externe du cytoplasme. Elle est constituée d’une double
couche d’unités de phospholipides (35 %) et de protéines qui lui sont associées (65 %).
Certaines de ces protéines jouent un rôle dans la synthèse du peptidoglycane et sont
appelées protéines de liaison aux pénicillines (PLP) ou penicillin-binding-proteins (PBP)
car elles sont également la cible d'action des bêta-lactamines, famille d'antibiotiques à
laquelle appartient la pénicilline. La membrane cytoplasmique des bactéries se distingue
de celle des cellules eucaryotes par l'absence de stérols. Elle est caractérisée par son
extrême fluidité qui est liée au déplacement et à la rotation des groupements lipidiques.

 Fonctions principales de la membrane cytoplasmique

Les fonctions principales de la membrane cytoplasmique sont les suivantes :


— perméabilité sélective et transport des substances solubles à l'intérieur de la bactérie :
la membrane est à la fois une barrière osmotique et un lieu de transport actif grâce à des
perméases ;

13
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
— fonction respiratoire par transport d'électrons et phosphorylation oxydative dans les
espèces bactériennes aérobies (rôle équivalent à celui des mitochondries des
eucaryotes) ;
— excrétion d'enzymes hydrolytiques, qui dégradent les polymères en sous-unités
suffisamment petites pour pouvoir traverser la membrane cytoplasmique et être importés
dans la bactérie ;
— support d'enzymes et de transporteurs de molécules impliqués dans la biosynthèse de
l'ADN, des polymères de la paroi et des lipides membranaires.

 Certaines substances antibactériennes affectent la membrane cytoplasmique

Les détergents qui contiennent des groupements lipophiles et hydrophiles détruisent la


membrane cytoplasmique et tuent les bactéries. Certains antibiotiques, comme les
polymyxines, agissent sur la membrane cytoplasmique comme de véritables détergents.

1.1.2.4 La paroi bactérienne

Malgré la forte pression osmotique (5 à 20 atmosphères) qui règne à l'intérieur du


cytoplasme bactérien, la bactérie n'éclate pas grâce à l'existence d'une structure rigide,
appelée paroi, de nature polymérique. Les polymères et leur mode de liaison varient selon
les espèces bactériennes. Toutefois, une substance de base, spécifique des bactéries, est
partout présente : c'est la muréine, appelée encore peptidoglycane.

 Structure du peptidoglycane

Le peptidoglycane est un polymère complexe formé de 3 éléments différents :


- une épine dorsale faite d'une alternance de molécules de N-acétylglucosamine et
d'acide N-acétylmuramique ;
- un ensemble de chaînes latérales peptidiques identiques, composées de 4 acides
aminés et attachées à l'acide N-acétylmuramique ;
- un ensemble de « ponts interpeptidiques » identiques.

L'épine dorsale est la même pour toutes les espèces bactériennes tandis que les chaînes
latérales de tétrapeptides et les ponts interpeptidiques varient d'une espèce à l'autre. La
plupart des chaînes latérales comportent la L-alanine en position 1 (attachée à l'acide N-
14
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
acétylmuramique), le D-glutamate en position 2, l'acide diamino-pimélique, la lysine ou un
autre acide aminé en position 3, et la D-alanine en position 4.
La figure ci dessous donne une représentation schématique du peptidoglycane chez
Staphylococcus aureus. Il faut noter que les ponts interpeptidiques, qui assurent la
fermeture de ce véritable « filet » qu'est le peptidoglycane, sont constitués chez
Staphylococcus aureus d'une chaîne de 5 molécules de glycine entre la D-alanine
terminale et la L-lysine en position 3.

Figure 4 : Le peptidoglycane

 Différences entre bactéries à Gram positif et à Gram négatif

 Chez les bactéries à Gram positif,

Il y a de nombreuses couches de peptidoglycane qui représentent jusqu'à 90 % des


constituants de la paroi bactérienne. Celle-ci contient aussi un feutrage (10 à 50 % du
poids sec de la paroi) d'acides teichoïques (polymères du glycérol ou du ribitol phosphate)
associés étroitement au peptidoglycane et faisant parfois saillie à la surface de la bactérie.

15
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Certains, les acides lipoteichoïques, sont placés transversalement et s'enfoncent jusqu'à
la membrane cytoplasmique. En général il n'y a pas ou peu de protéines dans la paroi des
bactéries à Gram positif. Parmi les exceptions, notons la protéine A de Staphylococcus
aureus.

 Chez les bactéries à Gram négatif,

Il n'y a qu'une seule ou au plus deux couches de peptidoglycane qui ne représente que 5
à 20 % des constituants de la paroi bactérienne. Mais 3 polymères situés en dehors du
peptidoglycane viennent compléter la paroi : des lipoprotéines, une « membrane externe »
qui contient du lipopolysaccharide. Les lipoprotéines sont le lien entre le peptidoglycane et
la «membrane externe» : le composant protéine est un polymère de 15 acides aminés qui
forme une liaison peptidique avec le tétrapeptide des chaînes latérales du peptidoglycane
; le composant lipide est relié à la « membrane externe ». La « membrane externe » est
constituée d'une double couche de phospholipides dans laquelle tout ou partie des
phospholipides de la couche la plus externe sont remplacés par des molécules de
lipopolysaccharide. Au sein de cette « membrane externe », qui est une mosaïque fluide,
se trouvent associés au moins deux types de protéines spécifiques : certaines sont dites
protéines de structure car elles consolident la membrane externe (exemple : OMP-A) ;
d'autres, appelées « porines » permettent le passage des petites molécules hydrophiles et
en particulier, sur le plan médical, des antibiotiques (β-lactamines, tétracyclines,
quinolones...). Sur le plan immunologique, le lipopolysaccharide constitue l'antigène O des
bactéries à Gram négatif. Le LPS est un lipide complexe auquel est attaché un
polysaccharide qui est responsable de la spécificité antigénique de l'antigène O. Sur le
plan physiopathologique, le LPS, extrêmement toxique, représente l'endotoxine des
bactéries à Gram négatif.

 Rôle de la paroi

— La paroi confère à la bactérie sa morphologie véritable. Elle constitue le squelette


externe de la bactérie et représente 25 à 35 % du poids total de la bactérie.
— La paroi contient la pression osmotique interne. Sans paroi, les bactéries prennent une
forme sphérique appelée protoplaste s'il s'agit d'une bactérie à Gram positif, ou
sphéroplaste s'il s'agit d'une bactérie à Gram négatif. Les bactéries peuvent survivre sans
paroi et même se multiplier (on les appelle alors formes L) à condition d'être placées dans
16
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
un milieu dont la pression osmotique est équilibrée avec la pression osmotique qui règne à
l'intérieur de la bactérie.
— Elle joue un rôle déterminant dans la coloration de Gram. Chez les bactéries à Gram
positif, la paroi bloque l'extraction du violet de gentiane et de l'iodure par l'alcool alors
qu'elle ne bloque pas cette extraction chez les bactéries à Gram négatif.
— Elle joue un rôle déterminant dans la spécificité antigénique des bactéries.
— Elle est le support de l'action de certains enzymes exogènes (lysozyme) ou endogènes
(autolysines) et de certains antibiotiques, notamment les bêtalactamines (pénicillines) qui
inhibent la synthèse du peptidoglycane.
— Le lipopolysaccharide (LPS) et le peptidoglycane sont capables d'activer le complément
par la voie alterne ce qui libère, entre autre, les fractions C3a et C5a (effet chimiotactique)
et C3b (effet opsonisant par les récepteurs des phagocytes pour le C3b) qui jouent un rôle
important dans la défense non spécifique contre l'infection.

1.1.2.5 Les structures inconstantes

 La capsule

La capsule est un enduit excrété par certaines bactéries. Elle est habituellement de nature
polysaccharidique, quoique dans le cas de Bacillus anthracis (le bacille du charbon) elle
consiste en un polypeptide de l'acide D-glutamique. Chez les espèces bactériennes
capsulées, des mutations peuvent affecter la production de capsule. Les bactéries
sauvages capsulées donnent des colonies lisses (S pour « smooth ») ou muqueuses,
tandis que les bactéries mutantes non capsulées donnent des colonies rugueuses (R pour
« rough »). Des variations transitoires peuvent également l'affecter puisque la production
de capsule est souvent fonction de la présence de fortes concentrations de sucres ou de
sérum (variation phénotypique). La capsule joue un rôle important dans le pouvoir
pathogène de certaines espèces bactériennes (Streptococcus pneumoniae, Haemophilus
influenzae, Klebsiella, E.coli K1) par son rôle protecteur contre la phagocytose.

 Cils ou flagelles

Les cils, ou flagelles, sont des structures inconstantes chez les bactéries. Ce sont des
appendices filamenteux, composés entièrement de protéines, de 6 à 15 μm de long sur 12
à 30 nanomètres d'épaisseur. Les protéines flagellaires sont appelées flagellines.
17
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Antigéniques (elles provoquent la formation d'anticorps que l'on peut mettre en évidence
dans certains sérodiagnostics, ex. fièvre typhoïde), elles sont différentes d'une espèce
bactérienne à une autre. Les flagelles sont attachés dans le cytoplasme bactérien par une
structure complexe. Ils constituent les organes de locomotion pour les bactéries qui en
possèdent. Selon la disposition des flagelles, on distingue les bactéries monotriches (un
seul flagelle polaire), lophotriches (une touffe de flagelles polaires) ou péritriches (flagelles
répartis sur toute la surface de la bactérie).

 Les pili ou fimbriae

De nombreuses bactéries à Gram négatif (exceptionnellement des bactéries à Gram


positif) possèdent des appendices de surface plus courts et plus fins que les flagelles et
que l'on appelle pili (de pilus = poil), ou fimbriae (frange). On en distingue deux
catégories :

 Les pili communs

Les pili communs, sont des structures protéiques filamenteuses, de 2 à 3 μm de long,


disposés régulièrement à la surface de la bactérie. Ils sont constitués par la polymérisation
d'une même sous-unité polypeptidique, la piline, assemblée à des polypeptides mineurs
dont l'adhésine. L'adhésine peut avoir des interactions avec un récepteur cellulaire
hydrocarboné (glycolipides ou glycoprotéines) présent à la surface d'une cellule
eucaryote. En tant que support d'une adhésine, les pili permettent la fixation de certaines
bactéries sur les muqueuses, ce qui conditionne leur pouvoir pathogène (ex. fixation de
Escherichia coli sur la muqueuse vésicale, du gonocoque sur la muqueuse de l'urètre, du
vibrion du choléra sur les entérocytes...).

 Les pili sexuels,

plus longs mais en nombre plus restreint (1 à 4) que les pilis communs sont codés par des
plasmides (facteur F). Ils jouent un rôle essentiel dans l'attachement des bactéries entre
elles au cours de la conjugaison. Ces pilis sexuels servent également de récepteurs de
bactériophages spécifiques.

18
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
 Les spores

Les bactéries appartenant à certains genres, notamment le genre Bacillus et le genre


Clostridium, sont capables de former des endospores. Les bactéries sporulées subissent
un cycle de différentiation en réponse aux conditions d'environnement : en l'absence
d'aliments, une spore se forme à l'intérieur de chaque bactérie et est libérée lorsque la
bactérie s'autolyse. La spore est une cellule bactérienne au repos, hautement résistante à
la dessiccation, à la chaleur et aux agents chimiques.
Replacée dans des conditions nutritionnelles favorables, la spore germe et redonne une
bactérie identique à celle qui lui a donné naissance. La spore est donc une forme de
résistance aux conditions défavorables de vie, avec conservation de toutes les aptitudes
génétiquement déterminées.

 Le glycocalyx

Le glycocalyx est un feutrage de fibres polysaccharidiques (exopolymère) présent à la


surface des bactéries dans leur milieu naturel. Chez certaines espèces bactériennes des
quantités importantes de glycocalyx sont synthétisées (cas de Pseudomonas aeruginosa
ou de Streptococcus mutans) et engluent les cellules bactériennes. Le glycocalyx est alors
appelé « slime ». La production de glycocalyx favorise l'adhésion de la bactérie, par
exemple aux matériaux étrangers (prothèse...). Celui qui est produit par Streptococcus
mutans est responsable de la formation de la plaque dentaire, indirectement responsable
des caries.

1.2. LES ARCHEES

Les archées ou Archaea (anciennement appelées archéobactéries) sont un groupe majeur


de procaryotes, se distinguant des bactéries par certains caractères biochimiques, comme
la constitution de la membrane cellulaire ou le mécanisme de réplication de l'ADN.
Les archées sont des espèces anaérobies et vivant généralement dans des conditions
extrêmes (milieu salin, très acide ou très alcalin, milieu à température proche de
l'ébullition). Certaines archées sont aussi des organismes plus communs qui vivent dans
des conditions de vie ordinaires comme le sol, les lacs, la mer ou l’intestin des animaux.

19
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Les archées ne sont pas considérées comme des micro-organismes nocifs à la santé. En
effet, jusqu'à présent, aucune démonstration claire ne prouve l’existence des archées
pathogènes.

20
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CHAPITRE 2 : LES EUCARYOTES

Les Eucaryotes, du grec « noyau vrai », désignent l’ensemble des êtres vivants dont le
matériel génétique est enfermé, au sein de la cellule, dans une structure appelée noyau,
par opposition aux procaryotes. Les algues, les champignons et les protozoaires sont des
eucaryotes.

2.1 STRUCTURE DES CELLULES EUCARYOTES

La cellule eucaryote est entourée par une membrane, la membrane plasmique. L’intérieur
est occupé par un liquide aqueux, le cytoplasme, dans lequel baignent divers organites
responsables d’activités cellulaires spécifiques (mitochondries, appareil de Golgi, etc.).
Enfin, la cellule contient un noyau renfermant le matériel génétique (sous forme d’ADN)
entouré par une double membrane. La figure ci-après représente les différents organites
d’une cellule eucaryote.

Figure 5 : Structure d’une cellule eucaryote

21
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Outre les structures qu’on trouve chez les cellules procaryotes, les eucaryotes possèdent
d’autres organites qui leur sont spécifiques. Il s’agit notamment de : le noyau, la
mitochondrie, le réticulum endoplasmique et la vacuole.

2.1.1 Noyau :

Le noyau est la structure qui contient l’information génétique de la cellule. Il est entouré de
deux membranes lipidiques perforées à l’intérieur desquelles se trouvent les
chromosomes. Le noyau contrôle toutes les activités cellulaires et assure le maintien de
l’information génétique d’une génération cellulaire à l’autre.

2.1.2 Mitochondrie :

Les mitochondries sont des organites de forme ovoïde assurant la réalisation de la


respiration cellulaire, et fournissant l’essentiel de l’énergie (sous forme d’ATP) nécessaire
au fonctionnement de la cellule.

2.1.3 Réticulum endoplasmique :

Le réticulum endoplasmique est associé aux structures cellulaires responsables de la


synthèse des protéines et des lipides (les ribosomes dans le premier cas et les enzymes
dans le second). Ces molécules nouvellement synthétisées sont prises en charge par le
réticulum endoplasmique, qui assurent leur transport jusqu’à l’appareil de Golgi grâce à
des vésicules.

2.1.4 Appareil de Golgi :

L’appareil de Golgi est un organite, généralement situé près du noyau, impliqué dans la
maturation des protéines et des lipides nouvellement synthétisés dans la cellule pour les
rendre fonctionnelles. Cette maturation comprend en particulier l’élimination de certains
résidus glucidiques et l’ajout de molécules glucidiques supplémentaires (c’est notamment
le cas pour les protéines et lipides membranaires, souvent associées à des molécules de
sucres). Un autre rôle de l’appareil de Golgi est celui du tri des molécules et de leur

22
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
dispersion vers les différents compartiments cellulaires où ces molécules sont
nécessaires.

2.1.5 Autres organites:

Les cellules des eucaryotes phototrophes, comme les algues, ont des chloroplastes qui
convertissent l'énergie lumineuse du soleil en énergie chimique utilisée pour fabriquer des
sucres par photosynthèse. Les réserves ainsi produites sont stockées dans les vacuoles
de ces cellules.
Certaines cellules eucaryotes peuvent devenir mobiles, en utilisant un cil ou un flagelle
(spermatozoïde par exemple). Leur flagelle est plus évolué que celui des procaryotes.

2.2. LES ALGUES

Ces microorganismes, uni- ou multicellulaires, sont largement répondus dans les eaux
douces ou salées et dans le sol. Ce sont des organismes capables d’assurer leur nutrition
par photosynthèse (autotrophes), grâce à la chlorophylle qu’elles contiennent.
Les algues possèdent aussi des pigments tels que les caroténoïdes, les xanthophylles et
les phycocyanines qui assurent leur coloration et jouent un rôle biochimique important.

Figure 6 : La morphologie d’une algue. Schéma d’une cellule d’algue eucaryote typique
montrant certains organites et d’autres structures
23
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
2.3 LES CHAMPIGNONS

Les champignons sont des organismes eucaryotes apparentés aux végétaux, mais qui
s'en distinguent, en particulier, par leur mode de nutrition non photosynthétique.
Les champignons ont des formes de vie très variées. Les plus simples sont unicellulaires,
mais la plupart sont pluricellulaires. Ils se nourrissent des matières organiques de leur
environnement en sécrétant des enzymes qui « digèrent » les divers composés
organiques qui les entourent et les réduisent en petites molécules solubles.

Les champignons sont présents dans le sol, plantes, débris végétaux, lichen, parasites de
l'homme, des animaux et des plantes.
La classification des champignons décrit quatre phylums (embranchements) principaux :
les Oomycètes, les Zygomycètes, les Ascomycètes et les Basidiomycètes. Les
moisissures et levures qui ont un grand intérêt en microbiologie alimentaire font partie des
champignons.

2.3.1. LES MOISISSURES

Les champignons sont typiquement des organismes filamenteux eucaryotes (Figures 7 et


8).

Figure 7 : coupe transversale d’une cellule fongique. 1. Vacuole ; 2. Glycogène ; 3.


Réticulum endoplasmique ; 4. Mitochondrie ; 5. Ribosomes ; 6. Membrane nucléaire ; 7.
Nucléole ; 8. Noyau ; 9. Plasmalemme ; 10. Paroi cellulaire ; 11. Iomasome

24
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L'hyphe est l'élément structural du champignon. La paroi contient souvent de la chitine et
la croissance apicale suivie d'une ramification des hyphes conduit à la formation d'un
mycélium.

Tous les champignons sont chimiohétérotrophes. Leur source de carbone et d'énergie


provient de molécules carbonées organiques. Ces organismes peuvent souvent utiliser
des polymères complexes grâce à des enzymes extra-cellulaires (dépolymérases). Ils sont
saprophytes ou parasites.

On trouve des moisissures dans deux grands groupes de champignons, les zygomycètes
(champignons inférieurs) et les ascomycètes (champignons supérieurs). Chez les
premiers, les hyphes (les filaments qui constituent le mycélium) ne sont pas cloisonnés ;
ils le sont chez les seconds (Figure 8).

Figure 8 : Structure des moisissures

On peut distinguer, au sein des zygomycètes, deux grands types de morphologie du


mycélium, notamment sur la base de critères comme la ramification des hyphes ou la
position des sporocystes (structures sphériques qui contiennent les spores). Chez les
moisissures du genre Rhizopus (par exemple la moisissure noire du pain, Rhizopus
nigricans), les sporanges sont disposés en bouquets à partir de ramifications d'un filament
appelé stolon. Ces derniers portent en outre des rhizoïdes qui font office de « racines »
pour fixer le champignon à son substrat. Chez les espèces comme les Phycomyces, la
disposition des sporocystes semble plus anarchique, comme apparus au hasard sur les
hyphes qui forment un réseau.
Les moisissures les plus connues du groupe des ascomycètes sont celles des genres
Penicillium (par exemple Penicillum notatum, dont on tire la pénicilline) et Aspergillus (par

25
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
exemple la moisissure des confitures, Aspergillum glaucum). Leur mycélium en réseau
porte non pas des sporocystes, mais des acscopores (structure qui contiennent les
asques, cellules reproductrices des ascomycètes).

2.3.2. LES LEVURES

Les levures sont des champignons généralement unicellulaire (certaines levures sont
cependant capables d'arborer un aspect pseudo pluricellulaire) aptes à provoquer la
fermentation des matières organiques animales ou végétales.

Figure 9 : Levures
A- Levures bourgeonnants B- Schéma général d’une levure

Ces micro-organismes, de forme généralement ovales, d'environ 6 à 10 microns et jusqu’à


50 micromètres, se multiplient par bourgeonnement ou par scissiparité (division cellulaire).
Ils sont souvent capables d'accomplir une sporulation soit dans un but de dormance en
milieu défavorable, soit dans un but de dispersion.
Le terme courant de levure désigne généralement le genre Saccharomyces (levure de
bière ou levure de pain). Il existe beaucoup d'autres genres de levures. En particulier
Candida possédant un pouvoir pathogène (responsable des mycoses connues sous
l'appellation de "candidoses").

26
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
2.4 LES PROTOZOAIRES

Les protozoaires sont des êtres unicellulaires dépourvus de paroi cellulaire (contrairement
aux algues), certains vivants en colonies.
La plupart des protozoaires vivent dans un milieu aquatique, océan, lac, rivière, étang.
Leur longueur varie entre 2 et 70 microns. Ils se nourrissent en ingérant des bactéries, des
déchets excrétés par d'autres organismes, des algues ou d'autres protozoaires.
La plupart des espèces sont mobiles, grâce à des prolongements (les flagelles) ou à des
organes ressemblant à des poils (les cils) ou encore par déplacement amiboïde,
mouvement continu reposant sur la formation de pseudopodes (extensions en forme de
pied).

2.5. AUTRES REGNES

Les règnes végétaux (avec affinité avec les algues) et animaux (avec affinité avec les
protozoaires) sont aussi classés parmi des eucaryotes. Ils ne sont pas classés comme
micro-organismes car ils ne vivent pas et ne se reproduisent pas à l’état unicellulaire.

2.6 LES VIRUS

Les virus sont les plus petits des micro-organismes. Leur taille est de l’ordre de quelques
nanomètres ; ils ne sont observables qu’au microscope électronique.

Figure 10 : Comparaison de la taille moyenne des bactéries et des virus


27
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Ce sont des parasites obligatoires de toutes cellules vivantes des animaux, des plantes et
bactéries. Leur croissance et leur multiplication ne peuvent s’effectuer qu’à l’intérieur d’une
cellule vivante ce qui entraîne, en général, la destruction de la cellule-hôte. Les virus
parasites des bactéries sont appelés bactériophages (Figure 11).

Figure 11 : Reconstitution de quelques types de virions. Les virions sont ici reconstitués et
schématisés. Deux d'entre eux correspondent à une capside nue (adénovirus et virus de la mosaïque
du tabac) tandis que le virion du virus grippal possède une enveloppe enfermant une nucléocapside
hélicoïdale. Le virion du bactériophage T2 est beaucoup plus complexe puisque l'on observe une tête,
correspondant à une capside, et un appareil contractile complexe, la queue. Tous ces virions ont été
représentés à la même échelle.

Les virus sont composés soit d’acide ribonucléique (ARN), soit d’acide
désoxyribonucléique (ADN), d’une coque protectrice appelée capside, constituée de
protéines seules ou combinées à des glucides, et parfois entourés d’une membrane
plasmique provenant d’une cellule hôte dont le virus est sorti.

La taille et l’aspect des virus sont très variés. De nombreux virus ont une forme
pseudosphérique très simple sans aucune symétrie, dont le diamètre varie entre 60 et 300
28
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
nm. Les plus petits, dont la forme est icosaédrique (polygones à vingt côtés), mesurent
entre 18 et 20 nm de large. Certains bactériophages portent, outre cette structure, une
sorte de queue qui leur permet d’injecter leur génome à l’intérieur de la bactérie qu’ils
infectent. Les plus longs virus sont les virus en bâtonnet, dont certains peuvent atteindre
plusieurs microns de longueur.

Les virus sont souvent agent de maladies, bénignes ou graves. Actuellement, plusieurs
milliers de virus ont été recensés.

29
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
CHAPITRE 3 : LES MICROBES UTILES

La plupart du temps, les microbes sont perçus comme dangereux. Cependant - chose
largement méconnue - nombre d'entre eux nous sont très utiles. Par exemple, en plus de
faciliter notre digestion (les intestins humains renferment plusieurs milliards de microbes
utiles), ils figurent aussi en bonne place dans notre nourriture quotidienne. Les aliments
fermentés sont ceux dans lesquels les microbes provoquent des changements positifs.
Ces changements sont liés essentiellement aux caractéristiques nutritionnelles et à
l’activité de synthèse de ces microorganismes.

3.1. NUTRITION ET CROISSANCES DES MICRO-ORGANISMES

La croissance microbienne est définie comme une augmentation des constituants


cellulaires, et peut se traduire par une augmentation de taille (cas des moisissures par
exemple) ou du nombre des microorganismes (bactéries par exemple).

Pour leur croissance, les microorganismes exigent de l’eau, une source d’énergie, de
l’azote, des sels minéraux, éventuellement de l’oxygène et/ou des facteurs de croissance
(substance organique nécessaire à la croissance d'un micro-organisme et qui ne peut être
synthétisée par celui-ci) pour leur croissance. D’autres facteurs comme le pH, la
température, les radiations électromagnétiques, ont un effet important sur la croissance
des microorganismes.
En absence des conditions favorables de croissance, certains microorganismes se
transforment en une forme de résistance (Spores) pour continuer à survivre, mais sans se
multiplier. Lorsque le milieu devient favorable, les spores se transforment en forme
végétative durant laquelle sont assurées des biosynthèses équilibrées permettant une
croissance plus ou moins rapide.
En fonction de la source que microorganisme utilise pour avoir ses nutriments, on
distingue plusieurs types trophiques (Tableau II).

30
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Tableau II : Différents types nutritionnels ou trophiques

Classe du besoin Nature du besoin Type trophique


Source d'énergie Rayonnement lumineux Phototrophe
Oxydation de composés Chimiotrophe
organiques ou
inorganiques
Donneur d'électrons Minéral Lithotrophe
Organique Organotrophe
Source de carbone Composé minéral Autotrophe
Composé organique Hétérotrophe
Facteurs de croissance Non nécessaires Prototrophe
Nécessaires Auxotrophe

3.2 LA FLORE COMMENSALE

De nombreuses bactéries sont normalement présentes sur la peau et les muqueuses des
sujets sains. Elles constituent les flores commensales résidentes. Celles-ci participent
activement au maintien de la santé. Par exemple, la flore intestinale synthétise de la
vitamine K, aide à l'absorption des aliments, prévient par son équilibre la prolifération de
bactéries commensales potentiellement dangereuses (Clostridium difficile) et gêne la
colonisation par des bactéries pathogènes.

Les bactéries commensales peuvent être réparties en 4 flores principales (cutanée,


respiratoire, génitale et digestive).

1. La flore cutanée est variable en qualité et en quantité (102 à 106/cm2) selon la


topographie.
— La flore résidente est formée de germes Gram + potentiellement peu pathogènes
— La flore transitoire est plus polymorphe et peut comporter des germes potentiellement
pathogènes, provenant du tube digestif ou du rhinopharynx. Les mains portent souvent
une flore transitoire abondante (rôle dans la transmission croisée).

31
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
2. La flore de l'arbre respiratoire supérieur est très variable et abondante au niveau du
rhinopharynx (108/ml de sécrétion pharyngée). Elle contient de nombreux opportunistes
majeurs. Au niveau de la trachée, la flore est minime et activement combattue par le
mucus, les cils, les macrophages, etc… L'arbre respiratoire inférieur est stérile.

3. La flore génitale joue un rôle de protection, essentiel chez la femme. Les lactobacilles
acidophiles ou bacilles de Döderlein, par leur sécrétion d'acide lactique entretiennent un
pH bas qui limite la flore commensale. Cette flore commensale est réduite.
Après la ménopause, les anaérobies et entérobactéries sont plus abondantes.

4. La flore digestive est la plus abondante et la plus importante. Elle varie en fonction des
différents étages du tube digestif. Au niveau de la bouche peuvent se trouver la plupart
des germes présents dans le rhinopharynx avec comme particularité l'abondance des
streptocoques surtout non groupables, la présence éventuelle d'entérobactéries et
d'anaérobies. Les streptocoques jouent un rôle important dans la genèse de la plaque
dentaire et, s'ils essaiment, dans le développement des endocardites. On dénombre
habituellement 108 à 109 germes par ml de salive.

L'estomac possède une flore très pauvre du fait de son acidité. L'intestin grêle possède
aussi une flore pauvre en raison du péristaltisme et de l'abondance des sécrétions. La
flore colique est en revanche extrêmement variée et abondante. Elle comprend 10 11 à 1012
bactéries/gramme avec une nette prédominance des anaérobies stricts (99,9 %), surtout
Bacteroïdes (≈1011 par gramme de selle), Bifidobactérium, Clostridium. Cette flore est
habituellement stable et limite l'implantation d'espèces pathogènes telles que Salmonelle,
Shigelle ou Campylobacter et le développement de bactéries commensales
potentiellement dangereuses.

3.3 MICROBES D’INTERET INDUSTRIEL

Dans le domaine de l’industrie laitière, de multiples microorganismes utiles sont


impliqués :

32
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
3.3.1 Les bactéries

− les bactéries lactiques : Ce sont des bactéries Gram + (coques ou bacilles)


produisant de l’acide lactique par fermentation des glucides simples ou oses (fermentation
lactique), tolérant des pH acides, de niches écologiques anaérobies ou anaérobies
facultatives et se montrant catalase négative. Elles ont pour rôles essentiels d’acidifier le
lait et le caillé, de participer à la formation du goût (protéolyse, production d’arômes), de la
texture et de l’ouverture des produits laitiers (fromage, beurre, yaourt, lait fermenté). Ces
bactéries sont maintenant largement utilisées sous formes de levains sélectionnés.

− les bactéries propioniques. Ce sont des bactéries Gram +, fermentant les lactates
pour donner de l’acide acétique et propionique, ainsi que du CO 2 (fermentation
propionique). Ils participent à la formation du goût et de l’ouverture des fromages à pâte
pressée cuite (Emmental, Comté, Gruyère).

− les microcoques, les staphylocoques non pathogènes (Staphylococcus equorum, S.


xylosus, S. lentus), les bactéries corynéformes (Brevibacterium, Arthrobacter, etc.). Ce
sont des bactéries Gram+, constituants de la flore de surface des fromages affinés. Ils
jouent un rôle essentiel dans la formation du goût des fromages, notamment des fromages
à croûte lavée, fleurie ou croûte mixte (Munster, Camembert, Pont l’Evêque, etc.…).

3.3.2 Les levures et moisissures

Les levures sont retrouvées de manière plus importante (en moyenne 100 fois plus) à la
surface des fromages (à pâte molle notamment) qu’à l’intérieur. Elles interviennent dans la
désacidification de la pâte en début d’affinage, permettant ainsi l’implantation ultérieure
d’une flore acido-sensible comme les bactéries corynéformes, et interviennent également
dans la formation du goût.

P. camemberti est présent à la surface des fromages à pâte molle à croûte fleurie comme
le Camembert ou les fromages de chèvre. P. roqueforti est la moisissure interne des bleus
comme le Bleu d’auvergne (lait de vache) ou le Roquefort (lait de brebis). Mucor est la
moisissure dominante à la surface de la Tomme de Savoie et est présente également à la
surface du Saint Nectaire fermier. Par leurs aptitudes biochimiques, les moisissures jouent
un rôle déterminant dans la formation des caractéristiques sensorielles des fromages.
33
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
3.4 LES RHIZOBIUM ET MYCORHIZES

3.4.1 Les Rhizobium

Les nodosités sont de petites boursouflures se formant sur les racines de nombreuses
espèces de plantes, notamment les Fabacées, sous l'action de bactéries du genre
Rhizobium vivant en symbiose avec la plante. Dans cette association symbiotique, la
plante fournit les substances carbonées et les bactéries les substances azotées
synthétisées à partir de l'azote atmosphérique. Cette symbiose permet à la plante de fixer
l'azote atmosphérique grâce à l'enzyme nitrogénase synthétisée par la bactérie et dont les
plantes eucaryotes sont dépourvues. Elle permet ainsi à la plante de couvrir en grande
partie ses besoins en azote. Le développement des nodosités est induit par les bactéries
au niveau des racines et contrôlé par la plante. L’azote réduit par les bactéries et non
consommé par les plantes est ensuite rejeté dans le sol sous une forme non toxique et
contribue à son enrichissement. Cette relation symbiotique est très sensible aux
changements environnementaux.

3.4.2 Les Mycorhizes

La mycorhize est une association entre les racines des PLANTES et les CHAMPIGNONS.
Elle existerait chez 95 % de toutes les plantes à fleurs et à graines. Dans la nature, elle
est probablement essentielle à la survie des deux partenaires. Chez la plante, elle
augmente sa capacité d'absorber les minéraux essentiels et sa résistance aux maladies
des racines. Elle permet au champignon de tirer les glucides directement de son
partenaire, sans la compétition des autres micro-organismes. Les mycorhizes se
produisent sous plusieurs formes dont les effets bénéfiques diffèrent selon la plante et le
champignon associés.

3.5 Autres exemples

La méthanisation de certains déchets urbains (boues d'épuration, ordures ménagères)


permet de récupérer de l'énergie sous forme de biogaz (méthane).

34
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Les microbes participent au recyclage des déchets (cycle biogéochimiques de l'azote, du
soufre). Ils permettent également d’expliquer les phénomènes de dégradation biologique
des pollutions.

35
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
CHAPITRE 4 : LES MICROBES RESPONSABLES D’ALTERATION

Du fait même de leur composition et des conditions de production, le lait et les produits
laitiers peuvent être contaminés par des microorganismes qui, en se multipliant dans le
milieu, provoquent des transformations nuisibles à la qualité des produits par dégradation
de leurs constituants (protéines, lipides, lactose) et (ou) libération en leur sein de
composés indésirables. Ces dégradations peuvent être dues à des bactéries, levures et
moisissures et se traduisent par des défauts de goût, d’odeur, d’aspect et de texture.

4.1 Les bactéries

Les coliformes peuvent être responsables de gonflements précoces dans les fromages,
conduisant notamment en pâte molle, à des accidents spectaculaires (fromage à aspect
spongieux). Ce gonflement est du principalement à la formation d’hydrogène très peu
soluble dans le fromage.

Lors de leur développement dans le lait et les produits laitiers, les bactéries
psychrotrophes (genre Pseudomonas principalement, mais également Bacillus) peuvent
produire des lipases et protéases extracellulaires, généralement thermostables. Ces
enzymes peuvent provoquer des défauts de goût dans les fromages (goût de rance,
amertume) ou être responsables (protéases) de la déstabilisation des laits UHT.

Les bactéries butyriques (Clostridium tyrobutyricum) peuvent se développer dans les


fromages (à pâte pressée cuite et non cuite) et donner des défauts de goût et d’ouverture
(« gonflement tardif ») par fermentation butyrique (production d’acide butyrique et
d’hydrogène).

4.2 Les levures et moisissures

Elles se manifestent dans le fromage (peu dans le lait). Ainsi, Mucor est responsable de
l’accident dit « poil de chat » principalement en fromage à pâte molle, se caractérisant par
un défaut d’aspect des fromages, et par l’apparition de mauvais goûts. De même,
Geotrichum candidum peut devenir un agent d’altération (défaut de texture et de goût) en
technologie pâte molle s’il est amené à trop se développer (accident de la « graisse » ou de
la « peau de crapaud »).
36
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
De nombreuses espèces de moisissures sont des agents d'altération des produits carnés
(viandes fraiches, volailles, poissons). Les moisissures sont également des agents
d'altération importants des fruits.

Il est à noter que le regroupement des microorganismes en flore utile ou flore d’altération
est à nuancer en fonction des technologies considérées. Par exemple, le Mucor est utile
en Tomme de Savoie, mais nuisible en Camembert (accident du « poil de chat »).

37
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
CHAPITRE 5 : POUVOIR PATHOGENE ET RELATION HOTE-MICROBE

La plupart des microbes connus mènent une vie indépendante d'un autre organisme
vivant ; ces germes sont appelés des saprophytes. Ils vivent dans la nature sur les
déchets organiques dont ils assurent la destruction. Ce sont eux qui sont responsables
des cycles biologiques de l'azote et du carbone. La vie de différents microorganismes
dans le même milieu les amène à développer divers types de relations et d’interactions

5.1 INTERACTION DES MICROORGANISMES

L'interaction de micro-organismes différents peut varier :

 La métabiose : Succession sur un même milieu de micro-organismes ; les premiers


préparent le « terrain » pour les suivants, puis stoppent leur multiplication et enfin
disparaissent.

 La symbiose : Développement sur un même milieu et en même temps de plusieurs


espèces microbiennes, ces espèces se favorisant mutuellement.

 L'antibiose : on en distingue plusieurs formes :

o par compétition, lié au nombre et à la virulence d'une espèce ; la plus


combative occupant le milieu, celui-ci devient impropre au développement de
l'espèce la plus faible.

o par inhibition : les antibiotiques

o par parasitisme : les bactériophages ou virus dont la multiplication est 25 à


100 fois plus rapide que celle des bactéries.

38
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
5.3 LES DIFFERENTS TYPES DE RELATION HOTE-MICROBE

Certains microbes vont trouver les conditions nécessaires à leur croissance à la surface
ou à l'intérieur d'un autre organisme vivant : ils sont appelés alors parasites. Diverses
relations biologiques peuvent s'établir entre le microbe et son hôte : Le tableau ci-dessous
résume les relations qui peuvent s'établir entre un microbe et un hôte.

Type de relations bactérie cellule animale

indifférence 0 0

symbiose

commensalisme 0

exploitation -

0 = sans effet -

5.2.1 L'indifférence ou neutralisme

Les microbes vivent chez l'hôte sans lui apporter ni gêne ni avantage. Ils sont, par
exemple apportés par l'alimentation (la tolérance pour la viande hachée se situe à 500.000
bactéries par gramme et l'eau d'Evian en contient 20.000 par ml). Elles ne trouvent pas les
conditions favorables pour s'implanter dans le tube digestif et sont donc de simples
transitaires.

5.2.2 La symbiose ou mutualisme

Étymologiquement : vivre ensemble. La cohabitation est salutaire pour les deux types de
cellules. L'hôte fournit la table au parasite mais ce dernier collabore utilement au
métabolisme de son bienfaiteur : ainsi les bactéries présentes dans l'estomac des
termites, leur permettent la digestion de la cellulose. Des bactéries implantées dans
l'intestin humain par exemple participent à la synthèse de la vitamine K qui est utile dans
les processus de coagulation du sang.
39
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
5.2.3 Le commensalisme ou saprophytisme

La bactérie vit chez l'hôte et tire profit de cette situation mais n'apporte aucune gêne. Les
frontières entre commensalisme et symbiose sont toutefois assez imprécises :

o du commensalisme à la symbiose :
la flore dite commensale s'oppose à l'implantation de bactéries à potentiel pathogène :
c'est l'effet barrière qui protège contre certaines infections.

o du commensalisme à l'exploitation :
Certains membres de la flore dite commensale peuvent occasionner des infections chez
les sujets fragiles aux défenses amoindries : ce sont des pathogènes opportunistes.

Remarque : (en fait saprophyte se dit d'un microbe qui vit dans la nature aux dépens de
débris végétaux : sapros = pourriture et phyte = plante). Ce terme est souvent utilisé pour
désigner des microbes non pathogènes (non générateurs de maladies) ou commensales,
ce qui constitue un abus de langage

5.2.4 L’exploitation ou parasitisme

Situation relativement exceptionnelle qui conduit à l'infection. L'hôte est gêné par la
présence du microbe. Le parasite tire un bénéfice substantiel de l'hôte qui lui n'en tire
aucun. Certaines bactéries sont parasites facultatifs et peuvent donc vivre avec ou sans
leur hôte, d'autres sont parasites obligatoires : elles ne peuvent se multiplier dans des
conditions naturelles en dehors de leur hôte. Si le parasite possède vis-à-vis de son hôte
un pouvoir agressif il apparaît chez ce dernier une série de troubles : le parasite est dit
pathogène. L'hôte va opposer à cette agression divers mécanismes de défense
(Immunité). La maladie infectieuse est la résultante entre le pouvoir agressif du germe
pathogène et les divers mécanismes que l'hôte va opposer à cette agression. La maladie
dépend à la fois donc du microbe et de l'hôte, de l'agent infectieux et du "terrain".

EXEMPLE : Les microbes nous habitent, notre organisme fait de 10 13 cellules héberge
1014 bactéries et les relations entre hôte et microbe sont des relations normalement
équilibrées et contrôlées : toute rupture de cet équilibre est source de désordres ou cause
de maladie.
40
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
La maladie infectieuse suppose une participation de l'organisme : ne fait pas une infection
qui veut ! L'organisme réagit habituellement en produisant cellules et anticorps
spécifiques : c'est la réaction immunitaire. Le sérodiagnostic met à profit cette réaction : la
mise en évidence des anticorps et le suivi de leur cinétique permet de diagnostiquer
l'infection.

5.3 POUVOIR PATHOGENE ET VIRULENCE

L'infection est une maladie provoquée par des agents pathogènes vivants. On distingue
deux types de microbes responsables d'infections:

5.3.1 Les microbes pathogènes

Ils sont responsables d'une maladie même chez le sujet " sain " (ex typhoïde, choléra,
tuberculose, méningite...).

Le pouvoir pathogène conditionne le type de maladie et va dépendre de l'espèce


microbienne responsable de l'infection. Par exemple, le choléra dont l'agent est Vibrio
cholerae est une maladie complètement différente de la méningite à méningocoque. Cette
notion de pouvoir pathogène est à distinguer de celle de virulence.

Ces bactéries pathogènes peuvent (pneumocoque, Haemophilus, méningocoque..) ou non


(Mycobacterium tuberculosis, Salmonella, Shigella, Vibrio cholerae…) appartenir à la flore
humaine commensale. Pour certaines bactéries, comme le méningocoque (agent de la
méningite cérébrospinale), le portage sain dans le nasopharynx est la situation de loin la
plus fréquente, la maladie est l'exception puisqu'elle ne touche qu'un porteur sain sur
10 000. Ce point souligne que pour ces bactéries qui en réalité appartiennent à la flore
commensale de l'homme bien que "pathogènes", il existe une susceptibilité individuelle qui
peut être l'âge (plus fréquentes chez les jeunes enfants) ou propre à certains individus, de
nature encore indéterminée.

5.3.2 Les microbes opportunistes

Ils ne donnent habituellement pas de maladie chez les sujets sains. En revanche, ils
peuvent devenir pathogènes chez les sujets aux défenses immunitaires altérées.
41
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Ces microbes sont souvent des commensales qui vivent à la surface de la peau et des
muqueuses de l'homme par exemple. Chez le sujet normal, elles ne donnent pas
d'infections, mais à la faveur d'une immunodépression ou d'une antibiothérapie, elles vont
être contre-sélectionnées et proliférer leur donnant ainsi un avantage sélectif. Ainsi on doit
considérer tout microorganisme saprophyte, commensal ou non comme potentiellement
pathogène.

5.3.3 Notion de virulence

Pour qu'un germe soit pathogène il faut :


— qu'il parvienne à s'implanter chez l'hôte quels que soient les moyens de défense que
celui-ci lui oppose ;
— qu'il crée chez cet hôte des troubles morbides.
La virulence est l'aptitude qu'a un micro-organisme de se développer dans les tissus de
l'hôte et de produire des troubles morbides. Elle est donc fonction de la bactérie et de
l'hôte. Signalons cependant que pour certains auteurs, la virulence est la propriété que
possède un micro-organisme de pouvoir se multiplier chez un hôte (le mot virulence veut
dire pouvoir de prolifération). La notion de virulence, dans ce sens, n'implique pas l'idée de
pathogénicité.

La virulence est une notion quantitative alors que le pouvoir pathogène est une notion
qualitative. Ainsi pour un même pouvoir pathogène, il peut y avoir des souches plus ou
moins virulentes. Exemple : Shigella dysenteriae et Shigella flexneri sont toutes les deux
responsables d'une dysenterie bacillaire, mais pas avec les mêmes doses. Quelques
bactéries suffisent pour développer une infection avec S.dysenteriae alors que plusieurs
milliers sont nécessaires avec S. flexneri. Cette espèce est donc considérée comme
moins virulente que S. dysenteriae.

42
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
CHAPITRE 6 : LA LUTTE CONTRE LES MICROBES

6.4 LES REACTIONS DE DEFENSE DE L’ORGANISME

Malgré le contact permanent de l'homme et des microbes, les maladies infectieuses sont
rares. L'organisme oppose, en effet, une résistance naturelle à l’entrée des microbes dans
les tissus. Elle est souvent parfaitement efficace, mais, en des circonstances diverses,
cette protection est insuffisante et une infection se développe. La guérison peut alors
survenir, grâce à l'élaboration de moyens de défense nouveaux, créant une immunité
spécifique, durable, capable par conséquent de s'opposer ensuite au succès d'une
nouvelle contamination.
Il convient donc de distinguer :

— la résistance naturelle, appelée encore immunité naturelle, ou innée, non spécifique,


que l'organisme oppose avec plus ou moins de succès à tous les microbes et parasites
(barrières cutanéo-muqueuses, la réaction inflammatoire, etc.) ;

— l'immunité acquise, spécifique, que l'organisme élabore activement à la suite d'une


infection ou d'une vaccination, ou qui lui est conférée passivement.

6.5 STERILISATION ET ASEPSIE

Les agents antibactériens sont des substances le plus souvent chimiquement


individualisées, dont le contact, dans des conditions définies, avec les bactéries, entraîne
soit l'arrêt de leur multiplication, soit leur destruction.
On divise ces divers agents en deux catégories.
1- les antiseptiques.
2- les agents chimiothérapiques ou antibiotiques.
Avant d'aborder leur étude, il est nécessaire d'évoquer quelques notions absolument
fondamentales en microbiologie. Ces notions découlent du principe de la stérilisation.

Les usages thérapeutiques modernes (multiplication de la voie parentérale pour introduire


les médicaments dans l'organisme) et les nécessités d'explorations fonctionnelles
endovasculaires ou endocavitaires font facilement comprendre la nécessité de ne pas

43
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
introduire de micro-organismes chez le sujet. Pour ce faire, il faut utiliser du matériel stérile
et il faut travailler dans des conditions convenables en respectant l'asepsie.

6.2.1 Quelques définitions.

Désinfection: décontamination microbienne par divers procédés physiques ou chimiques.


Elle peut être plus ou moins complète (produits désinfectants).
Stérilisation : procédé de désinfection aboutissant à une destruction totale des micro-
organismes dans un milieu donné.
Stérilité : absence totale de micro-organismes dans un milieu donné.
Antisepsie : méthode de lutte ou de prévention des infections par destruction systématique
des germes en cause par des produits dits antiseptiques. L'antisepsie vise à supprimer
toutes les bactéries présentes dans le milieu.
Asepsie : méthode de prévention des infections par différents procédés, empêchant
l'introduction des bactéries dans un milieu stérile.

6.2.2 Différence entre pasteurisation et stérilisation

Pasteurisation : La pasteurisation est un procédé par lequel un aliment est chauffé à une
température définie pendant une période de temps aussi définie. Les températures de
pasteurisation varient entre 65°C (149°F) et 100°C (212°F) ou plus. La chaleur détruit les
bactéries pathogènes et celles qui causent la détérioration des aliments. Le produit est
chauffé et refroidi de façon rapide afin de conserver la qualité de l'aliment. La
pasteurisation détruit les bactéries pathogènes mais il est important de réfrigérer les
aliments pasteurisés afin de prévenir la multiplication des bactéries qui ne sont pas
détruites.

6.6 LES ANTISEPTIQUES

Les antiseptiques sont des substances chimiques très diverses agissant puissamment sur
les microbes qu'ils détruisent à une vitesse constante, mais plus ou moins rapide. Ils
agissent globalement et directement sur les structures bactériennes par des processus
physiques ou physico-chimiques intéressant, soit la paroi bactérienne qui se trouve
dissociée et éclate rapidement, soit le protoplasme cellulaire qui est lysé ou coagulé
massivement, soit une combinaison variable de ces deux phénomènes.
44
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Les antiseptiques ne diffèrent fondamentalement des antibiotiques que parce que leur
action chimique est peu spécifique (toutes les cellules vivantes où ils peuvent pénétrer
sont sensibles), et que, par conséquent, malgré la découverte de nouveaux antiseptiques
moins toxiques, leur dose efficace est souvent peu éloignée de leur dose toxique. On les
emploie donc surtout en applications locales. Leur action est très généralement
bactéricide ; parfois l'effet n'est que bactériostatique, réversible. D'autre part, sur le plan de
l'utilisation pratique, l'action agressive s'exerce sur la cellule vivante en général.
Exemples : les acides et les bases, les halogènes (iode et le chlore,…), les oxydants
(permanganate, hypochlorite, eau oxygénée, formol,…), les solvants (éther, toluène…),
Etc.

6.4 LES ANTIBIOTIQUES (AGENTS CHIMIOTHERAPIQUES)

6.4.1 Définition

- WAKSMAN (1943) : " toutes les substances chimiques produites par des micro-
organismes capables d'inhiber le développement et de détruire les bactéries et d'autres
micro-organismes"

- TURPIN ET VELU (1957): " Tout composé chimique, élaboré par un organisme vivant ou
produit par synthèse, à coefficient chimiothérapeutique élevé dont l'activité thérapeutique
se manifeste à très faible dose d'une manière spécifique, par l'inhibition de certains
processus vitaux, à l'égard des virus, des microorganismes ou même de certaines êtres
pluricellulaires".

du grec anti, contre et bios, la vie, il s’agit de tout composé chimique, élaboré par un
microorganisme ou produit par synthèse, dont l'activité thérapeutique se manifeste à très
faible dose d'une manière spécifique, par l'inhibition de certains processus vitaux, à l'égard
des microorganismes sensibles.

Les antibiotiques possèdent une toxicité sélective! (tuer ou inhiber le germe pathogène en
portant le moins préjudice à l’hôte).

45
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Exemple : pénicilline inhibe les enzymes responsables de la synthèse du peptidoglycane
bactérien et a peu d’effets sur les cellules hôtes car elles ne possèdent pas de
peptidoglycane = indice thérapeutique élevé.

Ils peuvent avoir un Champ d’efficacité ou spectre étroit (limité à une variété de
microorganismes) ou large (nombreux types d’agents pathogènes différents).
Exemple : les sulfamides sont efficaces contre plus d’un groupe (bactéries et certains
protozoaires)

Effet bactéricide (mort de la bactérie cible) / fongicide (mort du champignon cible) ou


bactériostatique / fongistatique (inhibition réversible de la croissance).

Naturellement, les antibiotiques sont des substances qui sont synthétisées par les
microorganismes, surtout champignons et bactéries, et émises dans le milieu naturel afin
d'inhiber la prolifération d'autres germes, et permettre ainsi au germe émetteur de se
développer dans le milieu.
Les antibiotiques naturels empêchent un micro organisme de se développer mais sont peu
actifs sur les microorganismes en état de vie ralentie ; ils ne les tuent donc pas ils sont
bactériostatiques mais pas bactéricides (actuellement certains antibiotiques artificiels sont
également bactéricides).
Ex. : Pénicilline fabriquée par Penicillum chrysogenum
Cyclosérine fabriquée par Streptomyces orchidaceus
Polymixine fabriquée par Bacillus polymixa

CMI (concentration minimale inhibitrice)!: concentration la plus faible d’un antibiotique


capable d’empêcher le développement d’un microorganisme particulier.

NB : Certains désignent sous le nom d'antibiotique, toute substance manifestant une


action antibactérienne.

46
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
6.4.2 CLASSIFICATION DES ANTIBIOTIQUES

6.4.2.1 Critères de classification

Origine : " élaboré par un organisme vivant ou produit par synthèse" ou Nature chimique
qui est très variable, souvent une structure de base comme le cycle ß-lactame (famille des
ß-lactamines) sur laquelle il y a hémisynthèse.

Modes d'action :

"l'activité thérapeutique se manifeste à très faible dose d'une manière spécifique, par
l'inhibition de certains processus vitaux, à l'égard des virus, des microorganismes ou
même de certaines êtres pluricellulaires".

6.4.2.3 Principaux modes d'action :

Le mécanisme d’action des antibiotiques antibactériens n’est pas toujours parfaitement


élucidé mais on distingue cinq grands modes d’action (voir figure 1) : action sur la
synthèse du peptidoglycane, action sur la membrane cytoplasmique, action sur l’ADN,
action sur la synthèse des protéines, action par inhibition compétitive.

47
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
ANNEXE : HYGIENE ALIMENTAIRE

L’hygiène alimentaire est indispensable pour éviter la survenue de toxi-infections


alimentaires préjudiciables à la santé. Celles-ci peuvent survenir dans un cadre de
restauration collective ou en milieu domestique et notamment lors de voyages dans les
pays où la sécurit é alimentaire n’est pas assurée.

Le risque alimentaire concerne à la fois l’eau et les aliments.

D’une manière générale, il est essentiellement lié à la qualité de l eau.

LES BOISSONS

Critères de potabilité d une eau :

- une eau est potable si elle ne contient ni microorganisme ni substance chimique en


quantité dangereuse et nocive pour la santé.
- La plupart des pays ont intégré dans leur législation une réglementation de la qualité de
l'eau portant sur :
o l'acceptabilité (couleur, odeur, saveur,…)
o la composition physico-chimique
o la sécurité bactériologique

Les risques

- infectieux

o la pollution des eaux est liée à la présence d’excrément s (humains ou non)


et d’eaux usées. La contamination peut avoir lieu à la source ainsi que t out le long
des canalisations en raison de leur vétusté
o les agents pathogènes : on en reconnaît 3 types
 bactéries
 virus
 parasites
Ils sont pour la plupart fixés sur des supports organiques d’où l’importance de la filtration
avant tout traitement de l’eau

- chimique

le risque est à long terme par accumulation

Pour une sécurité optimale,


Les boissons il est possible d’utiliser :

De l’eau minérale ou bien Des boissons (thé, café,..) Autres cas : l’eau doit
des boissons capsulées ou des aliments (soupe) dont être rendue potable.
(décapsulées devant soi). la température au moment Attention : voyages
du service est > 60°C.
I
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
Pour rendre l’ eau de boisson potable, il faut :

- éliminer les substances en suspension par décantation ou filtration grossière sur filtre en
papier ou tissu coton

- décontaminer l’eau grâce à :


o la chaleur
o les agents chimiques
o la filtration

LA CHALEUR : le plus simple, le plus sûr

Efficacité :

Destruction de tous les micro-organismes par ébullition (100°C) :


- 1 min
- 3 min au-dessus de 2000 m
- au moins 5 min pour détruire le virus de l’ hépatite A

Inconvénients :

- goût désagréable
- pas toujours facile à mettre en œuvre
- recontamination rapide en l’absence de conservation efficace

=> le plus facile à mettre en œuvre

II
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale
LES AGENTS CHIMIQUES Les agents chimiques

Les agents chimiques


Dérivés chlorés Dérivés iodés Ions Argent
Efficacité Efficacité Efficacité
- très efficace sur la - efficace contre les bactéries et - efficacité insuffisante
plupart des certains virus pour la désinfection (il
bactéries et des virus faut un temps de contact
- peu efficace contre les ATTENTION : la désinfection à de plusieurs heures)
parasites l’Iode augmente les apports - à utiliser surtout pour la
- efficacité limitée par la journaliers => risque de conservation d’une eau
présence de matières en désordres thyroïdiens déjà rendue potable
suspension (efficacité des ions
- délai d’act ion : 1 h - l’usage doit donc être de Argent > 6 mois) =>
- consommation dans les courte durée et occasionnel conservation
24 h - CONTRE-INDICATIONS :
grossesse et pathologies
thyroïdiennes
Produits : Produits : Produits :
*Eau de Javel® *Solution alcoolique d’Iode à 2% *Micropur®
- peu pratique en voyage - 5 gouttes/ L d’eau claire 30 min
- 3 gouttes d’eau de Javel avant la consommation
à 12° chlorométriques par - jusqu’à 10-12 gout t es en cas
litre d’eau de giardiase (= lambliase : affect
ion
*DrinkwellChlore® parasitaire de l’intestin)
- formule en compte
goutte
- 3 gouttes par litre d’eau
1 h avant la
consommation

*Aquatabs®
- comprimés effervescents
- 1 cp/ L d’eau claire 30
min avant la
consommation

*Hydroclonazone®
efficacité insuffisante de
ce produit par rapport
aux précédents qui sont
actuellement privilégiés
notamment par l'OMS.

Inconvénients

- activité variable sur les divers agents pathogènes


- toxicité potentielle
- variabilité entre les produits (puissance, délai d’action, matières en suspension,
composition de l’eau à traiter )
III
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LA MICROFILTRATION : plus difficile à mettre en œuvre

Efficacité :
Elle est en général efficace sur la plupart des agents infectieux mais pas sur les virus. De
plus, elle nécessite un matériel particulier, à savoir un microfiltre en céramique ou une
membrane synthétique. L’efficacité peut être augmentée grâce aux produits suivants :
Paille Pentapure®, Gourde Pentasport®, charbon actif Combikatadyn®

Inconvénients :
- nécessité d’une pompe
- nécessité d’un nettoyage ou d’un remplacement fréquent du filtre
- certains produits assez onéreux

=> mieux vaut préférer la chaleur ou les agents chimiques

Conservation de l’eau traitée :

-> dans le récipient ayant servi à son traitement, couvert et à l’abri des insectes.
-> sinon, utiliser un récipient avec une petite ouverture ; pour une longue conservation,
utiliser l’ion argent (Micropur ®)

LES ALIMENTS

Les intoxications alimentaires sont en nette augmentation depuis une vingtaine d’années.
Elles peuvent être la source de graves infect ions, d’où la nécessité d’avoir une bonne
hygiène alimentaire.

Ce risque d’intoxication peut être maîtrisé par le respect de règles d’hygiène simples et
efficaces :
- Ne consommer que des viandes, poissons, crustacés bien cuits et chauds.
- Laver et peler les fruits et les crudités.
- Ne pas consommer de lait cru.
- Ne consommer ni glaçons, ni crèmes glacées, ni jus de fruits pressés.
- Eviter les aliments cuits qui sont restés à température ambiante trop longtemps.
- Eviter les fruits dont la peau est abîmée.
- Eviter les aliments vendus à la sauvette dans la rue.
Il faut impérativement être vigilant sur :
 La provenance
 La date de péremption
 La préparation
 utiliser une cuisine et des ustensiles d’une propreté irréprochable et nettoyés
entre chaque recette,
 stocker les aliments dans des conditions adaptées (réfrigérateurs pour les uns,
congélateurs pour d’autres et à température ambiante pour certains,…) mais
toujours éviter qu’ils ne soient en contact les uns avec les autres pour éliminer
tout risque de contamination croisée.
 La conservation :
 il faut toujours respecter les indications de conservation sur les emballages ainsi
que la chaîne du froid,
 en cas de doute, ne pas hésiter à jeter

IV
GBOGBO K. A. Microbiologie Générale