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A.

INTRODUCTION :
-La microbiologie, étymologiquement « science des microbes »
-Les travaux de Pasteur et Lister ont fait progresser la microbiologie
Les méthodes d'antisepsie : ensemble des méthodes employées pour détruire
momentanément les microbes qui déterminent des infections sur ou dans les êtres vivants.
Les techniques de l'asepsie chirurgicale : l'asepsie, ce sont ensemble des méthodes qui
consistent à empêcher les germes de parvenir jusqu'à nous.

-Protistes : c’est le troisième règne pour classer les micro-organismes regroupent tous les
organismes vivants unicellulaires animaux (Protozoaires) ou végétaux (Protophytes). Les
protistes sont divisés en protistes supérieurs (protistes eucaryotes) et en protistes inférieurs
(protistes procaryotes).
I. CLASSIFICATION DES MICROORGANISMES :
1. Les protistes eucaryotes ou protistes supérieurs
Structure et taille : -des organismes unicellulaires ou multicellulaires.
-Chaque cellule se caractérise par un noyau vrai et des vrai organites
(mitochondries, dictyosomes de l’appareil de Golgi, centriole…).
-délimité par une enveloppe nucléaire
-cellule diploïde (deux jeux de chromosomes)
Les principaux représentants de ce groupe :
-Les champignons microscopiques ou mycètes (levures et moisissures) : non photosynthétiques,
(ils tirent leur énergie de l’oxydation de composés organiques).
-Les algues ou protophytes (à l’exception des algues bleues) : photosynthétiques
-Les protozoaires : se nourrissant de matière organique (donc non photosynthétiques)

2. Les protistes procaryotes ou protistes inférieurs


Structure et taille : Ce sont des organismes unicellulaires
Les principaux représentants de ce groupe : (les bactéries)
-Les Gracilicutes, bactéries à paroi de type Gram -.
-Les Firmicutes, bactéries possédant une paroi de type Gram +.
-Les Tenericutes, bactéries sans paroi (mycoplasmes).
-Les Mendosicutes, bactéries à paroi « défectueuse » (Archéobactéries).

3. Cas particulier des virus


Structure et taille : -ils possèdent une organisation non cellulaire.
-Ils sont constitués par : un génome, une capside protéique et éventuellement
une enveloppe membranaire provenant de la cellule hôte.
-Ce sont donc des parasites intracellulaires obligatoires (sont incapables de se
reproduire seuls, et le font donc aux dépens d’une cellule animale, végétale ou
bactérienne qu’ils parasitent)
II. LES DOMAINES DE LA MICROBIOLOGIE
1. Les micro-organismes pathogènes : des micro-organismes provoquants ou pouvant
provoquer une maladie.
2. Les micro-organismes saprophytes (des végétaux supérieurs, des champignons) de
l’environnement : des micro-organismes vivant sur un hôte sans y provoquer de maladie.
3. Les micro-organismes commensaux de l’homme : des micro-organismes vivant associés à
une autre espèce en profitant des débris de ses repas, mais sans lui nuire.

III. LES MICROORGANISMES UTILES


*Biotechnologies : c’est l’utilisation de notre connaissance sur les micro-organismes et leur
métabolisme dans l'industrie.
1. Microorganismes de transformation :
Ils sont utilisés pour transformer une matière première, grâce à leur métabolisme, en de
nouveaux produits différents sur le plan des caractères organoleptiques et nutritionnels.
Transformation du lait :
- Fabrication du yaourt : grâce à l'action de deux bactéries : Streptococcus thermophilus et
Lactobacillus bulgaricus
- Fabrication des fromages : grâce à l'action successive de différents ferments
- Fabrication du beurre : il est obtenu en enrichissant la crème à l'aide de mélanges contenant
des ferments acidifiants et des ferments d'arômes
Transformation des fruits et légumes :
- Fabrication du vin : il est obtenu grâce la transformation du jus de raisin par les levures et les
bactéries répandues à la surface des grains. Celles-ci transforment le sucre en alcool et en
produits aromatiques.
- Le vin peut aussi être transformé en vinaigre si on l'ensemence avec Mycoderma aceti qui
transforme l'alcool en acide acétique.
Transformation de la viande : elle se fait grâce à des ferments lactiques comme Micrococcus,
Vibriocosticolus ... On aboutit à diverses charcuteries (saucisse ...).
Transformation des biomolécules de l'environnement :
Elle se fait grâce aux micro-organismes saprophytes des sols
- Nitrification de l'azote atmosphérique : certains micro-organismes transforment l'azote gazeux
présent dans l'air en nitrates : la forme d'azote utilisable par les plantes.
- Minéralisation de la matière vivante : (les matières organiques = molécules carbonées) sont
transformées par les bactéries du sol en C02 : la forme de carbone utilisable par les plantes.
2. Microorganismes du génie génétique (microorganismes producteurs)
C’est la transformation du patrimoine génétique de certaines bactéries ou levures en leur
ajoutant un gène de protéine humaine que les micro-organismes produisent ensuite en grande
quantité.
Par exemple, c'est la bactérie E. Coli recombinée qui produit aujourd'hui l'insuline indispensable
au traitement des diabétiques insulino-dépendants, ou l’hormone de croissance indispensable
au traitement du nanisme hypophysaire.
IV. BACTERIOLOGIE :

1. Classification des bactéries


Classification nutritionnelle :
- selon la source d'énergie
- selon la source de carbone
Classification par groupes physiologiques : du point de vue écologique
- groupe du cycle de l'azote
- groupe du cycle du carbone
- groupe du cycle du soufre
- groupe du cycle du fer
Classification taxonomique (La taxonomie est la science de la classification)
- la morphologie
- les caractères biochimiques
- la structure de l'ADN
- la séquence de l'ARN ribosomial 16S
Plusieurs classifications ont été élaborées :
-La classification de Bergey (USA)
-La classification de Prevot (France) :
Les Eubactéria (vraies bactéries)
Les Mycobactéria (possédant des caractères communs avec les champignons Inférieurs)
Les Algobactéria (possédant des caractères communs avec les algues)
Les Protozoobactéria (proche des protozoaires)
-La classification de Linné : - E – Sous E – C – Or – F – Tribu – G – Esp – Souche

2. Notion de genre / espèce et Souche :


Le genre : c'est un ensemble d'espèces morphologiquement semblable ou voisine et
physiologiquement parentes. Ex : Corynebacterium
L'espèce : c'est un groupe de bactéries possédant en commun de nombreux caractères
morphologiques et physiologiques. Ex : l'espèce Corynebacterium diphteriae
La variété : à l'intérieur d'une espèce, il peut se produire une variation qui donne naissance à
une variété bien caractérisée et stable.
La souche : une souche bactérienne est une culture pure de bactérie issue de la descendance
d'un isolement unique, ce qui signifie qu'elle provient d'une colonie isolée absolument pure,
constituée d'individus rigoureusement identiques issus à l’origine d’une même cellule. Ex :
Corynebacterium diphteriae, souche Park-William.
3. Les principaux groupes de bactéries d’intérêt médical : (Certaines espèces sont pathogènes
pour l’homme)
-Les spirochètes : forme hélicoïdale. Treponema pallidum responsable de la syphilis
---Les bactéries Gram- aérobies ou micro-aérophiles : comprenant de nombreux genres
bactériens ayant un rôle dans les cycles de minéralisation de la matière organique, un intérêt
médical ou industriel.
Pseudomonas aeruginosa (pathogène opportuniste) / Neisseria meningitidis (méningite
cérébrospinale)
-Les bactéries Gram- anaérobies facultatives : groupe très important qui réunit les
Entérobacteriaceae, les Vibrionaceae et les Pasteurellaceae.
Salmonella typhi (typhoïde) /Yersinia pestis (peste)/ Vibrio cholerae (choléra)
-Les bactéries Gram- anaérobies : toutes les espèces des Bacteroïdaceae (bacilles) et des
Veillonellaceae (coques) sont des parasites de l’homme et de l’animal. Les principaux genres
sont Fusobacterium, Veillonelle
Les rickettsies et les chlamydies : ce sont de très petits organismes. Les rickettsies sont des
parasites intracellulaires obligatoires. Toutes les rickettsies sont potentiellement pathogènes
pour l’homme.
Les bactéries Gram+ non sporulées : renfermant des genres aérobies stricts, anaérobies
facultatifs et anaérobies stricts de différentes morphologies.
Cocci : les genres Staphylococcus et Streptococcus. Staphylococcus aureus (intoxications
alimentaires)
Bacilles : Lactobacillus (genre très important en industrie agroalimentaire : fromages,
yoghourts) Bifidobacterium (flore intestinale de l’homme adulte).
Les bactéries Gram+ sporulées : les Bacillus sont des bactéries de l’environnement. Bacillus
anthracis (charbon). Le genre Clostridium regroupe des bactéries anaérobies strictes dont
certaines sont pathogènes.
Les actinomycètes : ce sont des micro-organismes filamenteux fréquents dans le sol,
ressemblant aux champignons mais possédant les caractéristiques des bactéries (procaryotes,
sensibles aux antibactériens et aux bactériophages mais résistants aux antifongiques).
Mycobacterium tuberculosis est responsable de la tuberculose.
Le genre Streptomyces est d’une importance majeure car nombre de ses espèces sont
productrices d’antibiotique (ex : Streptomyces griseus productrice de streptomycine).
Les mycoplasmes : ce sont des bactéries sans paroi, très répandues chez l’homme (cavité
buccale, tractus uro-génital, moelle, sang etc.) dont le pouvoir infectieux est controversé.

B. Morphologie et structure de la cellule bactérienne :

Fonctions des différentes structures de la cellule bactérienne :

Capsule - Adhérence au tissus animaux. / - Résistance à la phagocytose.


-Résistance aux agressions physico-chimiques.
Paroi - Maintien de la forme / - Résistance à la pression osmotique intracellulaire.
Membrane - Barrière perméable sélective. / - Transport des éléments nutritifs et des
plasmique déchets. - Site de la respiration cellulaire.
Nucleoide - Localisation du matériel génétique (ADN)
Ribosomes - Synthèse de protéines
Plasmide (ADN) -Gène de résistance aux antibiotiques / - Gènes de virulence. - Gènes codant de
nouvelles possibilités métaboliques.
Flagelle Mobilité.
Pili ou fimbriae - Adhérence aux supports vivants et inertes.
- Les Pili sexuels sont essentiels à la conjugaison.
Spore Thermorésistance / - Résistance aux agents physico-chimiques

-La paroi bactérienne est constituée principalement par le peptidoglycane (polymère).

Structure du peptidoglycane :
-Le peptidoglycane à son rôle constitue par des glucides aminés ‘’les osamines’’ : N-
acétylglucosamine (NAG) et l’Acide N-acétylmuramique (NAM).
-Chaque peptidoglycane est composé de 2 glycanes (chaînes polysaccharidiques) :
-Chaque glycane est constituée alternativement d’une série des NAG et NAM, ces deux
osamines sont liées entre eux par la Liaisons β -1,4-glycosidiques.
-Les deux glycanes sont liés par les NAM qui possèdent une molécule Tétrapeptide PEP, et
entre ces molécules de PEP il existe des Liaisons ou ponts interpeptidiques.

Les parois Gram+ et Gram- :


Gram+ Gram-
Peptidoglycane Couche épaisse (80-90% de Couche mince (5-10% de
la paroi) la paroi)
Espace périplasmique : situé entre le mb (Entre peptidoglycane et (Entre mb externe et
plasmique et la face interne de la mb mb plasmique) peptido, entre peptido et
externe. Contient des enzymes. mb plasmique)
Mb plasmique + +
Acide téichoïque (Polymères de glycérol
reliés par des groupes phosphates) (en
niveau du peptidoglycane) + -
Acide lipotéichoïque (reliés par des
liaisons covalentes aux lipides de la mb
Plasmique)
Mb externe - +
Porine (au niveau du mb externe)
protéines qui fonctionnent comme des
canaux pour l’entrée et la sortie de sub - +
hydrophiles de bas poids moléculaires
Lipopolysaccharide LPS (au niveau du
mb externe)
- +
Lipoprotéine de Brawn: assurent la
liaison entre mb externe et peptido (existe - +
aussi entre peptido et mb plasmique)

Coloration de Gram :
Préparation du frottis fixé : - étalement de la culture en couche mince sur la lame
-séchage à l’air libre
-passage de la lame à travers la flamme pour fixer la préparation.
Coloration de Gram : 1- recouvrement du frottis par le violet de gentiane 1min = toutes les B
sont colorées en violet
2-ajout du Lugol et maintien en contact pendant 1min = tous les B restent
colorées en violet
3- décoloration à l’éthanol 20s = les B Gram+ restent violettes, les B
Gram- sont décolorées
4-contre coloration avec la fuschine = les B Gram+ sont colorées en violet
et les B Gram- sont colorées en rose-rouge.

Fonction de la paroi :
- Le lysozyme est une enzyme qui rompt les liaisons β -1,4 des chaines polysaccharidiques du
peptidoglycane. Donc dégrade le peptidoglycane des parois des bactéries Gram + et Gram -. (la
B devient protoplaste)
- Le protoplaste : bactérie ayant perdu sa paroi, donc elle perd sa forme bacillaire et devient
sphériques
- Le sphéroplaste : une partie de la paroi et maintenue

C. Nutrition Bactérienne :
Le microorganisme doit trouver dans son environnement (naturel ou milieu de culture) : Substances
élémentaires constitutives de la cellule (C, O, H, N, S, P) + autres minéraux ; Substances énergétiques
permettant à la cellule de réaliser la synthèse de ses propres constituants, ces deux types de substances
sont les besoins communs à toutes les bactéries. Aussi, il y a des Substances spécifiques constituent les
besoins spécifiques à certaines bactéries appellent ‘’les facteurs de croissance’’.

Conditions physico-chimiques : Température, pH, oxygène, pression osmotique, …

1- Besoins énergétiques et élémentaires :

1. Source d'energie

2. Source de carbone (C)


Phototrophre Chimiotrophe
(nécessaire à la formation du squelette de toutes les molécules
organiques.)

B. qui utilisent l’énergie


B. qui puisent (prendre)
de l’oxydation des
leur énergie dans le
produits chimiques
rayonnement lumineux
(photosynthèse)
organiques ou Autotrophes Hétérotrophes
inorganiques

Selon la source d’électrons /hydrogène

e- : Minérale e- : Minérale
B .utilisent des molécules
Photolithotrophes Chimiolithotrophes B. utilisent le CO2 (molécule organiques préformées
inorganique) comme unique réduites, comme sources de
ou principale source de carbone sont
e- : Organique e- : Organique carbone (ces molécules provenant
Photoorganotrophes Chimioorganotrophes d'autres organismes).
2- Besoins spécifiques-facteurs de croissance :

Un facteur de croissance (F.C) est une substance


organique essentielle à la synthèse des constituants On distingue

cellulaires et qui ne peut pas être produite par une


bactérie à partir des nutriments essentiels.

1. A.A: nécessaires à la synthèse des protéines


2. Purines et pyrimidines : nécessaires à la synthèse des Prototrophe Auxotrophe
A.N
3. Vitamines : cofacteurs
B. qui ne nécessitent pas B. qui exigent un apport
un apport extérieur en extérieur en F.C
F.C
Phénomène de Syntrophie :

C’est un phénomène observé quand on ensemence deux bactéries (l’une est auxotrophe pour un F.C et
l’autre prototrophe est productrice de ce facteur) dans le même milieu de culture, après incubation, la
croissance de la B. auxotrophe n’est observée qu’à proximité de la culture de B. prototrophe. Les
besoins en facteurs de croissance d’une espèce (auxotrophe) sont satisfaits par la présence d’une autre
espèce qui synthétise ces facteurs.
Exemple
Haemophilus sp: bactérie auxotrophe pour le facteur V (NAD)
Staphylococcus: bactérie productrice de NAD

3- Milieux de culture :

Un milieu de culture : est une préparation qui permet la multiplication des Bs. Doit contenir les besoins
élémentaires, énergétiques et spécifiques des µorganismes à faire cultiver.

Sont classés selon leur :


1. Consistance
2. Composition
3. Utilisation
Milieux liquides (ou La Cr bactérienne se traduit
bouillons) par l’apparition d’un trouble.

Consistance Milieux solides (ou géloses) La Cr bactérienne se traduit


milieu liquide + agar (12 à 20 g/l grd parl’apparition de colonies.
consentration)

Milieux semi-solides
Milieu liquide + agar à faible
concentration (3 à 5 g/l)

La composition chimique est non définie.


Constitués d’extraits de produits naturels
Milieux empiriques Ex: Bouillon nutritif
(extrait de viande, extrait de levure,
peptones…).

La composition chimique est définie.


Composition Milieux solides synthétiques Ex: Constitués de composés organiques et
Gélose Citrate de Simmons inorganiques déterminés àdes
concentrations connues.

Milieux semi-synthétiques Ex: Composés de: Milieu synthétique + Produit


Gélose EMB d’origine naturelle

Milieux usuels de base Ex: bouillon permettent la Cr de la plupart des B. hétérotrophes ne


nutritif présentant pas d'exigences nutritives particulières.

Milieux enrichis Ex: Gélose nutritive au Milieu de base + substances (sang, sérum…) pour favoriser
sang, Favorise la croissance des bactéries hémolytiques la croissance du microorganisme recherché.

Permettent la croissance de la bactérie recherchée


Utilisation Milieux sélectifs Ex: Gélose Chapman (sélection) en inhibant les autres. Caractérisés par des
(forte concentration de NaCl), Sélective pour les agents séléctifs: Inhibiteurs chimiques (- sels biliaires, qq
Staphylocoques (halotolérants) colorants ; eosine, cristal violet...) et des Fortes
concentrations de NaCl

-Mettre en évidence une ou plusieurs propriétés


Milieux différentiels ou biochimiques chez une bactérie. -Distinguer deux types
d’identification Ex: Gélose Mac Conkey: de bactéries se développant dans un même milieu.
lactose+ rose, lactose- jaune -Des milieux sélectifs + indicateurs de pH permettant la
mise en évidence d’une activité métabolique donnée.
Principaux con

Extrait de viande de
Extrait de Lev
boeuf

Composé de sels
Excellente
minéraux, vitamines
vitamin
hydrosolubles, A.A,
composés
peptides, nucléotides,
carbo
glucides.
D. METABOLISME ENERGETIQUE :
1- Def :

L’énergie se définit comme la capacité d’accomplir un travail ou celle de provoquer des changements
particuliers.

Le métabolisme cellulaire est l’ensemble des réactions chimiques qui ont lieu dans la cellule.

L’anabolisme est l’ensemble des réactions chimiques consommatrices d’énergie (endergoniques),


aboutissant à la biosynthèse de molécules à partir de précurseurs simples. Par ex, l’anabolisme des
protéines correspond à leur synthèse à partir des A.A. (ΔG > O)
L’oxydation des molécules libère de l’énergie (mise en réserve sous une forme facilement utilisable, l’ATP)

Le catabolisme est l’ensemble des réactions chimiques pourvoyeuses d’énergie (exergoniques),


aboutissant à la dégradation des molécules (le catabolisme des protéines correspond à leur dégradation
en A.A). (ΔG < O)

2- Les principaux processus de la production d’énergie chez les microorganismes

L’oxydoréduction est un processus des transferts d’électrons permet la récupération d’énergie


(oxydant + n(e-)  réducteur ; réducteur = donneur d’électrons ; oxydant = accepteur d’électrons).

L’énergie libérée durant le transfert des électrons est piégée sous forme d’ATP.

Une oxydation définie par une perte d'e- par un substrat, on écrire : AH2 (réducteur) A+2H++ 2e-

Une réduction définie par une gain d'e- par un substrat, on écrire : (oxydant) ????

Les électrons libres capturent par un oxydant B selon l'équation : AH2  A / B  BH2

Il est possible d'identifier plusieurs voies métaboliques selon le trajet suivi par les électrons et la nature
de l'oxydant (accepteur d'électrons) final :

a) La respiration aérobie, transfert des électrons par des cytochromes jusqu’à l’oxygène moléculaire
comme accepteur final.

b) La respiration anaérobie, transfert des électrons par des cytochromes jusqu’à un accepteur final qui
peut être un ion minéral comme le nitrate ou un substrat organique comme le fumarate.

c) La fermentation, qui se produit uniquement en anaérobiose sans intervention des cytochromes et où


l’accepteur final des électrons est un composé organique oxygéné.

La respiration : l’oxydation complète des substrats organiques en composés minéraux (CO 2 et H2O) elle
fournit une grande quantité d’ATP (36 pour une molécule de glucose)

La fermentation : la dégradation incomplète des substrats, aboutissant à la formation de composés


organiques résiduels (acide lactique par exemple), et à la formation d’une moins grande quantité d’ATP
(2 pour une molécule de glucose)
3- Le rôle de l’ATP dans le métabolisme :

Un intermédiaire est nécessaire pour coupler les réactions exergoniques aux réactions endergoniques,
riches en énergie et peut être soit dérivés phosphorylés ayant une liaison anhydride (ATP, ADP, GTP,
GDP...) ou une liaison énol (phosphoénolpyruvate), les composés comportant une liaison thio-ester
(acétylCoA). Ils interviennent comme agents de couplage.

L’énergie est donc mise en réserve au sein de liaisons covalentes qui peuvent s’hydrolyser facilement.

Les réactions de phosphorylation se font soit dans le cytoplasme (phosphorylation au niveau du


substrat), soit au niveau de la membrane cytoplasmique (phosphorylation oxydative ou oxydation
phosphorylante).

4- L’OXYDATION DU GLUCOSE (SUBSTRAT ÉNERGÉTIQUE TYPE) :

a. Dégradation du glucose en pyruvate : Toutes les B. sont capables de réalise la dégradation


b. Cycle de Krebs (cycle des acides tricarboxyliques) : du G en pyruvate, mais seulement les B. aérobies qui
sont capables de faire l’oxydation complète du
pyruvate en CO2 par le cycle de Krebs dont les
enzymes sont situées dans la membrane
cytoplasmique.
5- LA RESPIRATION AÉROBIE :
3. Source d’azote (N) (Elément essentiel pour la synthèse des protéines et
des acides nucléiques.)

Minérale Organic

-N2
-Nitrates NO-
3 -Nitrites -A.A
NO-2 -A.N
-Ammoniac
NH3