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Pr.

Hatem BOULAHDOUR
Biophysique et Médecine Nucléaire
hatem.boulahdour@univ-fcomte.fr

Ouvrages de base :
1- Eléments de biophysique tome 1 et tome 2
GREMY F. et LETERRIER F.
FLAMMARION

2- BIOPHYSIQUE (collection PCEM)


A.Aurengo; T. Petitclerc; F. Grémy
Édité par F. GREMY
Flammarion – médecine Sciences

1
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Il s’agit ici de mes NOTES DE COURS.

Ces notes de cours peuvent comporter


des erreurs.

Je vous remercie de me les signaler.

2
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
PLAN DU COURS
1ére Partie

Chapitre 1
Energie et Matière
1.1 Généralités
1.2 Thermodynamique et Biophysique
2 Etats physiques de la matière
2.1 Agitation moléculaire
2.2 Etat gazeux
3. Etat liquide
3.1 Propriétés
3.2 Incompressibilité
3.3 Pression pour un liquide
3.4 Viscosité
3.5 Phénomènes de surface
3.6 Vaporisation
4. Etat solide
5. Cristaux liquides
6. Forces de cohésion

3
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Physico-Chimie

1ére Partie

Chapitre 1
Energie et Matière

4
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Chapitre 1
Energie et Matière
1.1 Généralités

Intrication de la physique, domaine


de l’énergie
et de la chimie, domaine de la
matière

Einstein relie ces 2 domaines


E=mc2
Energie Matière

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Chimie
Réaménagement des atomes par
modification des forces liant les
atomes entre eux dans les
différentes structures moléculaires

Physique
Apparaît comme l’effet des forces
de liaison intermoléculaires
en relation avec la structure
de la matière

Physico-chimie étroitement liée à


la connaissance des forces inter-
atomiques et intermoléculaires et
de leurs modifications

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
1.2 Thermodynamique et Bio-
physique
 Science des échanges thermiques
Caractériser les propriétés
thermiques de la matière par des
quantités aussi générales que

P, V, T

Prévoir de façon précise les


échanges d’énergie thermique et de
travail

 Développement de concepts
généraux à tous les domaines où il y
a des échanges d’énergie et de
matière

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
 Conçue pour étudier des systèmes en
équilibre, elle a été étendue aux
systèmes en non équilibre

Vie = processus essentiellement


dynamique incompatible
avec l’équilibre thermodynamique

 Intérêts pour le biologiste

Diffusion, Pression osmotique,


phénomène de transport, Equilibre de
Donnan

1.2.1 Thermodynamique

On peut décrire la thermodynamique de


2 manières ou aspects différents :

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
l'échelle microscopique :

la description prend en compte les


particules réelles qui constituent le
système;
1 mg de cuivre c'est 1019 atomes.

on s'intéresse aux propriétés de la


matière à l'échelle microscopique ou
atomique en utilisant comme variables
les grandeurs cinétiques des atomes
ou molécules individuelles
(Pi ,Vi ,Ei ...)

(environ 1024 paramètres pour décrire


le système)

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
l'échelle macroscopique :

échelle mesurable et observable.

propriétés de la matière ou du système à


l'échelle globale ou macroscopique,
alors les propriétés sont décrites par
des variables d'état macroscopiques
telles ( P, V, T, m...)
(représente une moyenne à l'échelle
microscopique)

Cette thermodynamique obéit à un strict


déterminisme.
 Les mêmes causes produisant les
mêmes effets, l'évolution peut être
prévue.

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
 2 approches

Classique
La Thermodynamique Classique n'a
besoin d'aucune hypothèse sur la
structure atomique de la matière, elle
explique le comportement de la matière
ou des systèmes en fonction de leurs
variations d'énergie et d'entropie

Système macroscopique décrit par un


certain nombre d’équations d’état

Grandeurs macroscopiques
 Energie interne
 Enthalpie
 Entropie
 Energie libre
 P.V.T

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Statistique
Systèmes macroscopiques =
association d’atomes et de
molécules
Décrire l’état du système par une
approche statistique en tenant
compte de tous les états
individuels possibles de chacune
des espèces atomiques ou
moléculaires présentes

La Thermodynamique Statistique, cherche


à expliquer l'origine et la signification des
variables macroscopiques (P,T) et des
notions de chaleur, de travail et d'entropie,
en les reliant directement au mécanisme
de l'agitation moléculaire. Ainsi, on
explique les notions de température, de
pression et de chaleur
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Notion de température :
la température est reliée au degré
d'agitation moléculaire de la matière

Notion de pression : la pression est due


aux nombreux chocs des atomes ou
molécules sur les parois du récipient
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
1.2.2 Concepts - Principes

Systèmes thermodynamiques
Ouvert : vis-à-vis des échanges
d’énergie et de matière
Fermé: échange d'énergie avec
environnement sans échange de
matière
Isolé: il n'interagit pas avec le milieu
extérieur
En thermodynamique classique, l'état
n’est défini rigoureusement "qu'à
l'équilibre".
Certaines propriétés sont "extensives"
(E et V). Le mélange de 2 systèmes aura
un volume égal à V1 + V2.
Certaines propriétés sont "intensives".
(T, Conc, Masse Volumique). Le
mélange de 2 systèmes n'aura pas T1 +
T2 mais T3 entre T1 et T2.
Ex: Une tasse de café à un sucre plus une tasse
de café à 3 sucres = un bol à 2 sucres.
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
 Energie du système
 E = Energie interne
Ensemble de toutes les formes
d’énergie
E = Eelec + Etrans + Erot + Evib + collisions

 W = travail
• Forme ordonnée de l’énergie
• Exemple: un piston de surface S se
déplaçant sur une distance d sous
l’effet d’une force F.
F = P.S  W = F.d = P.S.d or S.d=V
Donc W = P.V
Déplacement du point d'application
d'une force.
Ex: raccourcissement ou allongement
d'une fibre musculaire à l'origine d’une
force donc d'un travail.

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
 Q = chaleur
• Forme d’énergie non ordonnée
• Liée à l’agitation moléculaire
• Au niveau microscopique
chaque molécule se déplace
dans des directions différentes
qui varient dans le temps en
fonction des chocs
Résultante des énergies
cinétiques individuelles
= chaleur
• Liée à la température, cesse au
zéro absolu (3ème principe)

 Différentes formes d’énergie


• Mécanique, électrique,
thermique, chimique, sonore,
radiative
• Matière E = mc2 (conservation de
la masse et de l'énergie)

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Principes de la thermodynamique

1er principe : l’énergie interne d’un


système fermé (isolé) est constante.
Ce principe en représente l’aspect
thermique. Il y a équivalence
quantitative de l’énergie thermique
(chaleur) et des autres formes
d’énergies.
1 calorie = 4,1840 joules
Equivalent mécanique de la calorie.

Premier principe ou principe de la


conservation de l’énergie. (exemple :
équivalence chaleur-travail).

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
2ème principe :
Il fournit une information sur le
genre de processus (qui peuvent
être nombreux) qui aura
effectivement lieu.
S’il est possible de transformer
intégralement de l’énergie
mécanique, électrique, chimique en
chaleur, l’inverse n’est pas
complètement possible.
Ex: rendement d'une machine
(moteur)
Forme microscopique :
Abandonné à lui-même, un système
fermé tend vers le plus grand
désordre possible. L’entropie
(degré de désordre des atomes et
molécules) ne peut qu’augmenter et
tend vers une valeur maximale qui
est le désordre maximal.
L’entropie nulle est réalisée par
l’ordre absolu (ex : cristal parfait au
zéro absolu).
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Equations d’état
Convention de signes : Lorsque le
système reçoit de l’ énergie, on
utilise le signe +; lorsqu’il fournit
de l’énergie, on utilise le signe -

Energie interne
∆ E = ∆Q - ∆W

∆Q) = chaleur reçue par le système


(∆
(- ∆W) = travail fourni par le système

Si le système est isolé


∆Q = 0 et, ∆E = 0
Si ∆W = P ∆V avec P (énergie
mécanique)
∆E = ∆Q - P ∆V

si V cst, tte variation d’E se fait par


échange de chaleur

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Si on ajoute un travail de forces
électriques

∆E = ∆Q - P ∆V - ∆W’
si V cst ∆E = ∆Q - ∆W’

c.a.d. E. électrique se transforme en


chaleur (Loi de Joule) et E.calorifique
en électricité (effet thermoélectrique)

Si V et P varient

∆E + V ∆P = ∆Q - P ∆V - ∆W’ + V ∆P
∆E + V ∆P + P ∆V = ∆Q - ∆W’ + V ∆P

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Enthalpie

H = E + PV
∆H = ∆E + P ∆V + V ∆P

On peut écrire :
∆H = ∆Q - ∆W’ + V ∆P
Si ∆P = 0 alors ∆H = ∆Q - ∆W’
Si système isolé, alors ∆Q = 0 et
∆H = - ∆W’ , l’enthalpie correspond à
toute l’E. disponible par le système.
Si pas de travail, ∆H = ∆Q (tout se
transforme en chaleur).

Entropie (2ième principe)


• Caractérise la « qualité » de la
chaleur par T (température)
• Notée S
Ex : Cuisson de l’œuf dans une
baignoire à 37°c/casserole à 100°c

∆S = ∆Q
T 21
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Energie libre (de Gibbs)
(enthalpie libre)

∆H = T ∆S - ∆W’ + V ∆P
∆H - T ∆S - S ∆T = V ∆P - ∆W’ - S ∆T

Équation d’état : G = H – TS

∆G = ∆H - T ∆S - S ∆T

donc ∆G = V ∆P - S ∆T - ∆W’

Si P = constante, si T = constante
∆ G = - ∆ W’

L’énergie libre représente le


travail que peut fournir le
système (ex: énergie chimique d’une
réaction d’oxydoréduction)

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Remarque
E. calorifique ne peut jamais être
entièrement transformée en E.
mécanique d’où :
Définition statistique de l’entropie
(Boltzmann)

S = K Ln Ω

K= constante de boltzmann

Ω = nombre de complexions (nombre


maximal d’états possibles (coordonnées
spatiales et quantité de mouvement) que
peuvent prendre les molécules)

S = caractérise le désordre
S = prend spontanément une valeur
maximale

(Ex : molécules de gaz dans un


récipient)
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
2. Etats physiques de la matière

2.1 Agitation moléculaire

 Mouvement incessant des


molécules
dite agitation thermique
E = Etrans + Erot + Evib + Ee

 Etude du mouvement Brownien

 Mouvement de fines particules dans


un liquide
 Mouvement Brownien (BROWN
1827)
÷ à la température
1
÷ à la viscosité
1
à la taille de la
÷
particule

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
 Mouvement désordonné indéfini qui
ne cesse qu’au zéro absolu
 Exprime la tendance des molécules à
s’éloigner les unes des autres
Diffusion, pression, conduction

Remarque

• Energie mécanique Température


• Contradiction avec le principe de
Carnot

Agitation moléculaire
+ liaisons intermoléculaires (forces)

Etats de la matière
Etat gazeux
Liquide
Solide
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
2.2 Etat gazeux
 Etat dispersé : dépourvu de toute
structure
 Grande distance entre les molécules 
forces intermoléculaires négligeables
Les gaz occupent tout le volume

2.2.1 Gaz parfaits


 Conditions
• molécules = points immatériels
• sans interaction mutuelle (forces
nulles)
• Seul l’E. de translation existe après
un choc
• E1 + E2 avant le choc = E’1 + E’2
après le choc (correspond aux
forces de répulsion)
• Ni vibration, ni rotation
 Equation d’état
Loi de Boyle-Marriotte PV = n RT
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
P=?
V=?
n=?
R=?

P Branches d’hyperboles
Portions d'isothermes

T3
T2
T1
V

Remarque : l’expérience montre PV =cste


ou V = C/P
À une température donnée, ce qui
intervient c’est uniquement le nombre de
molécules et non leur qualité
CNTP
À 0°C et à 760 mmHg 1 mole occupe 22.4 l
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Cette loi est donc valable pour tous les
gaz ou mélange gazeux

 autres formulations
Loi de Boyle (1627-1691)
PV = Cste si T = cste
Transformation isotherme

Loi de Charles (J.Charles et J.Gay-


Lussac)
si P = cste
V
= Cste Transformation isobare
T
Si dans un récipient à piston mobile, c'est
à dire à pression constante, on double la
température (en Kelvin), le volume aura
alors doublé.

T1 / V1 = T2 / V2

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
V P = Cste
Extrapolation:

Tk = Tc + 273

PV = aTc + b Tc°c
- 273°c

à partir de a et b et de Tk = Tc + 273°
PV = nRt
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Constante des gaz parfaits
Le nombre de molécules étant
habituellement grand, on travaille sur
des moles.
Sous la pression atmosphérique, une
mole occupe à 0°C un volume de 22,4
litres (conditions normales de T et de P) :

PV (1atm)
x (22,4 litres)
R= =
nT (273 K) x (1 mole)

x mole−1
atm
= 0,082 l x
degré.K
1 litre = 10-3 m3 1 Pa = 1 N.m-2
1 atm = 1,013 105 N.m-² = 760 mm Hg
= 760 Torr = 1 Bar

R = 8,3 joule.degré.K-1.mole-1
Si P en Pa et V en m3
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Mélange gazeux : loi de Dalton

•Soit 2 enceintes contenant 2 gaz


différents
1) 2)
V2 V1

n2 n1

P P

T T
•Communication

Chaque gaz occupe V1 + V2


P (V1 + V2) = (n1 + n2) RT
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Fraction molaire d’un gaz
C’est le rapport du nombre de moles de
chaque gaz au nombre total de moles du
mélange.

xi = ni = ni
Impossible d’afficher l’image.
n1 + n2 + .... ∑ni
Pourcentage en volume du gaz considéré :

V = V1 + V2 .... = ∑ Vi

Vi ×100
V
pV1 = n1RT
pV2 = n2RT
Et pV = (n1 + n2 + …)RT

Vi = ni
V ∑ni
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Pression partielle
Définition
Pression partielle d’un constituant d’un
mélange gazeux est égale à la pression
qu’aurait ce constituant s'il était seul
dans le volume

n1 RT n2 RT
P= +
V1+V2 V1+V2

n1 RT
Ppartielle(1)=
V1+V2

P = PP(1) + PP(2)

Loi de Dalton
La pression d’un mélange de plusieurs
gaz est égale à la somme des pressions
partielles des différents gaz occupant
tout le volume

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
p = p1 + p2 + …
pV = (n1 + n2 + …)RT = nRT

p1 n1 p2 n2
= , = ....
p n p n

soit p1 = p = x1 p
n1
p2 = x2 p
n
La pression partielle d’un gaz dans
un mélange est égale à la fraction
molaire multipliée par la pression
totale
Concentration molaire :
À un instant donné, pour une
température donnée
ni
V 34
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Remarque
Va Va
Pa = P = P.
VT Va + Vb
Va
= fraction volumique
VT

Et Pa/P = na/n Fraction molaire

Exemple : P = 760 mmHg

Air F02 = 21% P02 = 160


inspiré mmHg
sec FN2 = 79 % PN2 = 600
mmHg
FC02 = 0%
Air F02 = 17% P02 = 130
expiré mmHg
FN2 = 79% PN2 = 600
mmHg
FC02 = 4 % Pc02 = 30
mmHg
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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
GAZ REELS
Comportement s’éloigne de celui des
gaz parfaits.
On peut écrire : PV = RT+ bP+ cP² …
b et c sont des coefficients correctifs.
Ceci veut dire que les volumes des
molécules ne sont plus négligeables /
volume du gaz et qu’elles interagissent
entre elles.
Équation de Van der Walls:
(P + π ) x (V – b) = RT
π Pression interne (expression des
liaisons intermoléculaires)
b = covolume (expression du volume
propre des molécules).
(Le comportement des gaz réels s’écarte
d’autant plus des gaz parfaits que la T. diminue
et que la P. augmente cad que l’on se rapproche
des conditions de changements d’état).

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
3. Etat liquide

 Le liquide est un fluide, il ne diffère de


l’état gazeux que par une agitation
thermique plus faible

 Distance entre les molécules 1000 fois


plus petite (à la pression normale)

Les forces intermoléculaires deviennent


très importantes

Cohésion
incompressibilité
Certain degré d’organisation

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
3.1 Propriétés

• Fluide → obéit à l’équation de Van der


Waals
• Condensé → distance IM petites

 Absence d’expansion
Une masse de liquide a un volume
défini, les molécules s’attirent
suffisamment pour rester voisines

 Absence de forme définie


Cohésion insuffisante pour empêcher
les molécules de glisser les unes par
rapport aux autres

Le liquide prend la forme du récipient

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
3.2 Incompressibilité
 Forces dans les liquides
Forces électrostatiques

F Répulsion
Forces de Pauli

r
r0 résultante
Attraction
Forces de Van Der
Walls

r distance entre les charges

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
f attractives : Electrostatiques car le
centre de gravité des charges + et des
charges – ne coïncide pas: les
molécules sont des dipôles.
f(1/r7)
F répulsion : Très faible rayon d’action
Interaction électrostatique des 2 noyaux
et interpénétration des nuages
électroniques. Le principe de Pauli
interdit l’introduction de nouveaux
électrons sur les couches internes déjà
saturées des atomes.
f( 1/r13) mais très intenses
Equilibre en r0

r
r0

40
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
3.3 Pression pour un liquide

P=F = 1N =1Pa
S 1m ²
S
h

Liquide incompressible
F1 = poids de la colonne
d’eau

h= hauteur de
la colonne
ρ= masse
volumique
g= accélération
pesanteur

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
F=Vρg=Shρg

F
P = = hρg
S
P = h ρg

g = 9,8 m/s² P en Pa
h en m ρ en Kg/m3

 Unités
1 Pa = 1 N / m²
1 atm = 760 mm Hg
= 1.013 105 Pa ≈ 105 Pa ≈ 10 m d’eau
≈ 1 Bar

42
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
3.4 Viscosité

 Les molécules d’un liquide peuvent


subir des mouvements d’ensemble
sous des influences diverses
(pesanteur … forme du récipient)

• Mais dans ces mouvements toutes


les molécules ne se déplacent pas à
la même vitesse

• L’huile paraît plus épaisse, plus


visqueuse, que l’eau

 La résistance à l’écoulement traduit


l’existence de frottements internes,
expression des forces cohésion IM qui
s’opposent aux mouvements relatifs
des molécules

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Solide : forces de cohésion très
fortes. Absence de glissement

Gaz parfaits :
molécules sont indépendantes,
viscosité nulle

Coefficient de viscosité (gaz, liquides)


(en régime laminaire)

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
F dv
v =η
Plan mobile v max
S dx
dv
gradient de vitesse
dx
dv
Plan fixe v=0 F = ηS
x dx
Profil de vitesse de v = 0 à v = max

S = surface F = force de frottement


η = coefficient de viscosité [M][L]-1[T]-1
Unités : MKSA → 1 Poiseuille = 1 kg m-1 s-1 = 1 Pa.s
CGS → 1 Poise (le)
1 poiseuille (un) = 10 poises = 1 Pa.s
45
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
 Variation avec la température

T augmente, η
η
diminue
L’augmentation de T°
diminue les forces de
cohésion, donc η
θ

 Loi de Stokes
• module dans un liquide soumis à
une force motrice cste (en mouvement)

• viscosité → F (frottement)

[F ] = 6πηrv mobile sphérique


Rayon r et vitesse de déplacement v

 Sédimentation
Centrifugation
Electrophorèse
46
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
3.5 Phénomènes de surface

Essentiels dans les tissus vivants


Conséquence directe de l’existence des
FIM
Tension superficielle
Les forces intermoléculaires sont aussi
responsables de la tension superficielle
des liquides. En absence des forces de
gravité, les liquides formeront des
sphères, car dans cet arrangement le
nombre moyen de voisins des molécules
est le plus élevé et l'énergie de
l'ensemble est la plus basse. Les gouttes
tombant d'un robinet s'approchent à
cette géométrie (la gravité est
responsable de la déviation de la
sphère).

47
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
3.6 Vaporisation : conséquence
de l’agitation moléculaire
A t°donnée

≡ Équilibre = Pvap est max.


n moles = n moles
de 1 → 2 2→1

≡ Pvap max = Pression de vapeur


saturante

• Les molécules ont des


vitesses diverses
• Certaines ont une
énergie suffisante pour
quitter la phase liquide

La pression de vapeur = pression des


molécules qui sont passées dans phase
gazeuse

48
1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
4. Etat solide

Structure cristalline :
disposition régulière en 3 D
exemple : cristal de NaCl

Etat ordonné
Place des molécules définie
Cristallographie. 14 dispositions
(forme cubique (sel), hexagonale
(glace) …)

Seul facteur de désordre


• La vibration
• Rotation partielle

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière
Si on élève la T° → pâteuse →
liquide (évolution progressive)

Liquide ou solide ?

5. Cristaux liquides

 à T°donnée phase inter-


médiaire entre l’état liquide et
l’état solide
 présentent à la fois certaines
caractéristiques de l’état cris-
tallin et de l’état liquide

 Mesure de température
 Affichage

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1ère Partie : chapitre 1 : Energie et Matière

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