Institut spécialisé de technologie appliquée hôtelière et touristique d’Agadir

Encadré par : professeur Najy soraya

Stagiaire : Taziat mohamed

1. Qu'est-ce qu'un microorganisme ?

Le terme microorganisme a remplacé celui de microbes; ce sont des

organismes de très petite taille appartenant à des groupes divers : Bactéries,
Champignons, Protozoaires, on peut y ajouter les Virus, caractérisés par leur
structure non cellulaire.
Les microorganismes ont été observés pour la première fois en 1674 par Van
Leeuwenhoek mais ils ne sont réellement identifiés que 200 ans plus tard.
Ces êtres infimements petits -leur taille varie de 300 micromètres pour la
Paramécie à 0,03 µm pour le virus de la fièvre aphteuse- ont un grand rôle dans
le bon fonctionnement de la planète. En effet, ils effectuent 90% des réactions
biochimiques produites sur terre, sans eux la vie sur terre serait anéantie.
Les microorganismes sont probablement les premiers êtres vivants apparus
sur terre, ils seraient donc les ancêtres communs de tous les êtres vivants.
Apparus il y a 3,8 milliards d'années, ils ne sont observés que bien plus tard,
grâce au microscope qui permit à Pasteur de mettre à mal la théorie de la
génération spontanée et à Koch de découvrir le bacille responsable de la
Tuberculose, découvertes qui révolutionnèrent la vision des hommes sur le
monde.La présence d'une chronologie permettra au lecteur une vision globale
répartie surtout sur ces deux derniers siècles.

2. Les différents types de microorganisme

 Les protozoaires  

Les protozoaires (plus de 30 000 espèces !!!) sont des cellules Eucaryotes; la
cellule est donc à elle seule un organisme, siège des différentes fonctions
vitales : ils sont divisés en quatre grandes unités systématiques selon leur
mode de locomotion et leur organisation cellulaire.  Parmi les plus connus : le
genre Plasmodium, responsable du paludisme, le genre Trypanosome, agent
de la maladie du sommeil et transmis à l'homme par la mouche Tsé-Tsé, le
genre Trichomonas, responsable de maladies sexuellement transmissibles, la
Paramécie, fréquente dans les milieux d'eau douce.

 Les champignons  

Ne font partie des microorganismes que les champignons microscopiques : ce

sont des cellules Eucaryotes. Le groupe le plus important est celui des levures,
premier microorganisme a avoir été utilisé par l'Homme pour la production de
boissons alcoolisées (cela remonte à l'Antiquité). C'est à la suite de ses
travaux sur la levure que Pasteur a contribué à la fondation de la
microbiologie. Actuellement, ces microorganismes sont très utilisés en
recherche biomédicale et en biotechnologie.

 Les bactéries
 Les bactéries sont sûrement les êtres les plus nombreux sur terre : on estime
leur masse totale 15 fois supérieure à celle de tous les animaux. La bactérie est
une cellule Procaryote donc de structure relativement simple protégée par une
paroi qui lui confère soit la forme d'une sphère (coque), soit d'un bâtonnet
(bacille), soit d'une spirale (spirille) . Leur taille ne dépasse généralement pas 2
µm.

Les bactéries se reproduisent par simple division cellulaire, ce qui constitue la

reproduction asexuée : dans les conditions favorables, elles peuvent se diviser
toutes les 40 minutes; une seule cellule peut ainsi donner naissance à 2 36
cellules en 12 heures seulement !

Cependant, elles peuvent se reproduire également de façon sexuée : dans ce

cas, elles échangent de l'information génétique, située sur une chaîne
bicaténaire d'ADN circulaire.

Certaines bactéries peuvent vivre dans des conditions de température et de

pression très dures (les fumeurs noirs sous la mer contiennent des colonies
bactériennes) et atteindre des tailles phénoménales.

Seule une minorité de bactéries est pathogène (environ 3%) , c'est à dire
provoquent des maladies chez l'Homme; la majorité intervient dans de
nombreux phénomènes biologiques tels que fermentations, fixation de l'azote
atmosphérique, etc...

 Levure

Une levure est un champignon unicellulaire1 apte à provoquer la fermentation des

matières organiques animales ou végétales. Les levures sont employées pour
la fabrication du vin, de la bière, des spiritueux, des alcools industriels, du pain et
d'antibiotiques.

Ces micro-organismes, de forme variable selon l’espèce (sphérique, ovoïde, en

bouteille, triangulaire ou apiculée, c'est-à-dire renflée à chaque bout comme
un citron) mais généralement ovales, d'environ 6 à 10 microns et jusqu’à 50
microns, se multiplient parbourgeonnement ou par fission (scissiparité). Ils sont
souvent capables d'accomplir unesporulation soit dans un but de dormance en
milieu défavorable, soit dans un but de dispersion.

La dénomination levure découle de l'observation des fermentations et tout

particulièrement celle qui a lieu durant la fabrication du pain : on dit
communément et depuis longtemps que le pain lève. Ce n'est pas, à
proprement parler, une dénomination scientifique actuelle. Mais l'importance
des levures dans le domaine des fermentations conduit à conserver ce terme
générique qui continue à être correctement perçu.
Lorsqu'on parle de « levure » sans précision, on désigne en général la levure
de boulanger (ou de bière), Saccharomyces cerevisiae.

Il ne faut pas la confondre avec la levure chimique, ne serait-ce que pour éviter
les déboires culinaires.

 Moisissure

Moisissure est un nom vernaculaire ambigu qui désigne en français certains

microorganismes au développement filamenteux, le plus souvent
des champignons du clade des mycètes, bien que le nom ait été longtemps
employé pour désigner des espèces d’un règne assez éloigné et aujourd'hui
distingué (comme celui deschromistes, plus proches des végétaux verts que
des champignons) ; il en existe des milliers d'espèces différentes. Ce sont en
général des organismes pluricellulaires.
La plupart des moisissures sont hétérotrophes (fondant leur développement sur
l’assimilation des produits organiques produits par d'autres espèces vivantes
ou lors de leur décomposition), mais ce n’est pas toujours le cas, certaines
ayant des métabolismes mixtes leur permettant aussi de se développer aussi
soit en symbioseavec une autre espèce, soit en synthétisant de façon
autotrophe les produits organiques à partir de nutriments minéraux et d’une
source d'énergie (par exemple les moisissures chromistes capables d'une
forme limitée de photosynthèse, et certaines moisissures acidophiles ou
basophiles).

 Les virus

 Leur mise en évidence remonte au siècle dernier (en 1892) par Ivanovskiy. Les
virus sont de 10 à 100 fois plus petits que les bactéries (leur taille varie de 300
nm à 30 nm) : ce n'est qu'avec l'arrivée de la microscopie électronique (en
1932) qu'ils ont pu être observés.

Ce sont des "objets biologiques" sub-cellulaires doués de continuité génétique

et présentant une grande capacité évolutive. Ils sont constitués d'un acide
nucléique (ADN ou ARN pour les rétrovirus) et d'une enveloppe protéique.
Les virus sont des parasites endo-cellulaires; en effet, pour se multiplier, ils
utilisent les systèmes enzymatiques et énergétiques de la cellule qu'ils
parasitent : virus de l'hépatite B, virus du SIDA, virus de la grippe...
Ils sont très utilisés en biologie fondamentale et clinique : leur ADN peut être
utilisé comme vecteur de gènes en thérapie génique.
 PRINCIPAL T.I.A ET M.I.A

 Intoxication alimentaire

Une toxi-infection alimentaire (en langage courant, une intoxication

alimentaire) est une maladie, souvent infectieuse et accidentelle, contractée suite
à l'ingestion de nourriture ou de boisson contaminées par des agents
pathogènes qu’il s’agisse de bactéries, virus, parasites ou de prions. Pour les
maladies d’origine alimentaire provoquées par l’ingestion de produits non
comestibles ou toxique (intoxications médicamenteuses, métaux
lourds, empoisonnement, champignons vénéneux, des produits chimiques), on
parle seulement d’intoxication alimentaire.

Une telle contamination résulte habituellement de méthodes inadéquates de

manipulation, préparation, stockage ou conservation ou cuisson des aliments
(non-respect des températures d’entreposage ou de cuisson, contaminations
croisées). De bonnes pratiques d’hygiène avant, pendant, et après la
préparation de la nourriture peuvent réduire les risques des toxi-infections. Les
notions englobant la surveillance de la nourriture (« de la fourche à la
fourchette ») pour s'assurer qu'elle ne provoquera pas de maladie transmise
par voie alimentaire sont connues comme étant du domaine de la salubrité
alimentaire (voir sécurité alimentaire). Une intoxication alimentaire peut aussi
être le résultat d'une trop grande absorption d'un aliment.

Une toxi-infection alimentaire collective (TIAC) est une Maladie infectieuse à

Déclaration Obligatoire (MDO) qui a lieu lorsqu’il existe « au moins deux cas
groupés, avec des manifestations similaires dues à une contamination par un
micro-organisme (bactéries en général) ou une toxine. »1. Les plus grandes
toxi-infections alimentaires collectives sont des « crises alimentaires ».

 Transmission

Les salariés malades qui manipulent des aliments sont l'une des sources de
contamination les plus répandues transmise par voie alimentaire. Quelques
maladies fréquentes sont occasionnellement transmises à la nourriture par
l'eau qui sert dans ce cas de vecteur. Parmi celles-ci on compte
les infections provoquées par les Shigelles, l’hépatite A et les parasites
comme Giardia lamblia et Cryptosporidium parvum. La souillure de
la nourriture par des animaux nuisibles en particulier
les mouches, rongeurs et cancrelats, constitue un autre mode de
contamination des aliments par d'autres vecteurs. La maladie transmise par
voie alimentaire peut également être due à la présence de pesticides ou
de médicaments dans la nourriture, ou encore à la consommation involontaire
de substances naturelles toxiques comme les champignons vénéneux ou des
poissons des récifs coralliens.

 Maladie infectieuse

Une maladie infectieuse est une maladie provoquée par la transmission

d'un micro-organisme : virus, bactérie, parasite, champignon. Les virus ne
sont pas vivants, mais, comme le prion, qui n'est pas à proprement parler
un micro-organisme ils ont des propriétés de type infectieuses, et donc des
effets pathogènes.

L'étude des agents infectieux relève de la médecine, de la microbiologie, de

l'épidémiologie et de l'écoépidémiologie. Dans la nature, des maladies
infectieuses se développent chez tous les organismes vivants
(animaux, végétaux, fongiques, micro-organismes.. on connaît même des virus
de virus1). En tant qu'interactions durables, les maladies infectieuses font
partie des boucles de rétroaction qui entretiennent la stabilité relative
(équilibre dynamique) des écosystèmes, la plupart des pathogènes co-évoluant
avec leurhôte depuis des millions d'années. Leur mode de transmission est
variable et dépend de leur réservoir (humain, animal, environnemental) et
parfois de vecteurs (maladies vectorielles).
Elles sont plus ou moins contagieuses ; Par exemple, le tétanos est une toxi-
infection causée par Clostridium tetani, une bactérie qui se trouve dans la
terre. Il n’y a pas de transmission interhumaine, l’infection se produit si la
bactérie entre dans l’organisme par une plaie souillée. Un vaccin existe contre
cette affection et est obligatoire en France pour tous les enfants d’âge scolaire.
Autre exemple, lepaludisme est dû à un parasite, le Plasmodium falciparum (il
existe d’autres Plasmodii), transmis d’homme à homme par l’intermédiaire
d’un moustique, l’anophèle. Le réservoir du parasite est humain mais il n’y a
pas de transmission interhumaine. Il n’existe pas devaccin. La tuberculose se
transmet d’homme à homme par mécanisme aéroporté : le réservoir est
humain et c’est une maladie contagieuse. Les infections sexuellement
transmissibles (IST, ou MST pour Maladies Sexuellement Transmissibles) se
transmettent à l’occasion de rapports sexuels.

De nombreux microbes vivent normalement et nécessairement dans notre tube

digestif et sur notre peau, et ne deviennent infectieux qu'à certaines occasions.
Le contact avec les microbes est nécessaire à l'entretien et au bon
fonctionnement du système immunitaire.

3. Les microorganismes et l'homme

Par association d'idées, les premiers mots qui viennent à l'esprit lorsque l'on
parle de microorganismes sont "microbes", "maladies"... Bien évidemment,
tous les microorganismes ne sont pas responsables de maladies (on a vu que
seulement 3% des bactéries sont pathogènes), et peuvent même être utiles à
l'homme : ils sont utilisés dans les fermentations pour les boissons
alcoolisées ou dans les milieux de la recherche.

Maladies

4. Utilisations industrielles

Par attachement à nos origines, nous nous limiterons ici aux produits français,
espérant ainsi faire découvrir une nouvelle culture au lecteur.

En premier lieu, vient le Pain, qui n'est pas une spécialité française, loin de là,
mais qui s'inscrit dans notre culture. La fabrication d'un pain commence par la
cuisson d'une pâte constituée de farine   (de blé ou d'orge, suivant le type de
pain) et d'eau à laquelle on ajoute de la levure de boulangerie pour la  faire
lever. Cette levure de boulangerie n'est autre que Saccharomyces Cerevisiae,
champignon microscopique qui décompose les sucres en alcools et gaz
carbonique par le processus de la fermentation.

Cette levure est également impliquée dans la fabrication du vin et du

Champagne : à partir du raisin cueilli début octobre, on obtient par pressurage
un jus ou moût. Ce jus est ensuite envoyé dans une cuve de fermentation où il
subit une première fermentation : la fermentation alcoolique sous l'action des
levures  indigènes et des levures de culture pure appartenant notamment à
Saccharomyces. Puis intervient la fermentation malolactique qui permet de
diminuer l'acidité et l'agressivité du vin. A l'issue de ces deux fermentations,
les vins sont assemblés par chaque viticulteur qui cherche donc à marier les
caractéristiques des différents cépages de chaque cru. Le vin est ensuite
mélangé dans une cuve avec une liqueur ensemencée de souche de levures
sélectionnées. Il est ensuite mis en bouteille, les bouteilles sont couchées
dans les caves tandis que se déroule une nouvelle fermentation alcoolique qui
donne la mousse. Le vin doit rester au minimum un an en bouteilles pour les
cuvées courantes, trois ans pour les cuvées spéciales. Au cours du
vieillissement, différents composés volatils apparaissent, constituants
essentiels de la qualité des vins.
Une autre spécialité de la France est le fromage : il existe plus de 400 types de
fromages français. Le Camembert, par exemple, remonte à la Révolution
Française... Sa création est attribuée à Marie Harel, fermière de la commune de
Camembert (Normandie). Sa fabrication actuelle est restée proche de celle
d'autrefois. Le lait est coagulé sous l'action de la présure : on obtient un gel
qui est égoutté, l'égouttage s'accompagne d'une acidification due à l'action de
bactéries lactiques introduites dans le lait au moment de l'addition de la
présure. On obtient du caillé, il est saupoudré de sel et ensemencé de spores
de Penicillium camemberti. La pâte est soumise à un affinage de quatre à cinq
semaines qui correspond à une phase de digestion enzymatique : sous l'action
d'enzymes élaborés par les microorganismes présents, les constituants du
caillé sont dégradés. Il y a modification de l'aspect, de la texture, de la
consistance et développement d'une saveur et d'un arôme caractéristiques.