1. Taxinomie 2. Identification 3. Virulence 4. Mise en évidence 1. Salmonella
Les salmonelles peuvent être responsable d’une
infection intestinale avec diarrhée et vomissements accompagnés de fièvre, ou d’une infection extra-intestinale parfois mortelle.
Quelques sérovars (Salmonella : Typhi, Paratyphi
A, Paratyphi B, Paratyphi C, Salmonella sendai ) considérés comme étroitement adapté à l’homme, sont responsables de la fièvre typhoïde.
Autres sérovars ubiquistes (Enteritidis,
Typhimurium,…) sont responsables des TIAC 1. Salmonella
09/03/2020 5 1. Salmonella
Taxinomie Le genre Salmonella (GC : 50-53 %) partage avec 32 autres genres la position systématique : Domaine: Bacteria. R: Procaryote E : Proteobacteria. C: -Proteobacteria. O : Enterobacteriales. F: Enterobacteriaceae. Les hybridations ADN-ADN ont montré qu’il n’existe que 2 espèces de ce genre: - Salmonella choleraesuis = Salmonella enterica - Salmonella bongori 1. Salmonella
Toutes les espèces infectant l’homme sont
regroupées dans S. enterica devisée en 6 sous espèces (subsp ou ssp)
Entre autres S. enterica subsp. enterica
Subdivisée elle-même en sérovars (+ 1443), sur
la base des constituants antigéniques (O, H et K), dont 6 sont d’une grande importance. 1. Salmonella
S. enterica subsp. enterica sérovars :
1. Enteritidis 2. Typhi 3. Paratyphi A 4. Paratyphi B 5. Paratyphi C 6. Typhimurium 1. Salmonella Identification morphologique - Petit bâtonnet droit - Taille 0.7-1.5 x 2.0-5.0 µm Identification biochimique Possède les 7 caractères généraux des la famille Enterobacteriaceae: - Cultivant sur milieux ordinaire - Gram-, mobile par ciliature péritriche, asporulé - Aéroanaérobie (métabolisme respiratoire et fermentatif - Oxydase- - Catalase+ - Glucose+ avec production du CO2 - Nitrates+ et nitrites+ 1. Salmonella
Les principaux caractères d’identification du genre
Salmonella :
+ : RM, citrate sauf Typhi, H2S, LDC sauf
Paratyphi A, ODC sauf Typhi, D-glucose / gaz sauf Typhi "+/-", D-mannitol.
Le genre Salmonella peut posséder 3 types d’antigènes:
(1) Antigène d’enveloppe K, de nature polysaccharidique,
détruits par une ébullition de 2h identifié que chez : Typhi, Paratyphi C et Dublin.
(2) Antigène somatiques O, de nature lipopolysaccharide
thermostables et résistants à l'alcool, détruit par le formol identifié chez toutes les espèces
(3) Antigène flagellaire H de nature protéique,
thermolabiles et résistants au formol, détruit par l'alcool identifié presque chez toutes les espèces 1. Salmonella
La virulence du genre Salmonella est liée à la
présence de nombreux facteurs, entre autres :
- Flagelles ; - Structures des LPS ; - Système de captation de fer ; - Toxines ; - Capacité à survivre dans les macrophages ; - Plasmides de virulence. 1. Salmonella
La mise en évidence des salmonelles peut être
directe (technique bactériologique) ou indirecte (par dosage des anticorps IgM et IgG).
- La technique bactériologique comporte 4 étapes
successives : (1) Pré-enrichissement 37 °C (16-20h) étape non sélective qui utilise un milieu riche (eau péptonée tamponnée EPT, bouillon lactosé), pour que les germes récupères leur faculté à se multiplier rapidement ; 1. Salmonella
(2) Enrichissement 42 °C (24h) étape
sélective qui utilise un milieu d’enrichissement selectif (bouillons: au sélénite, à base de tétrathionate, Rappaport-Vassiliadis), pour poursuivre la multiplication sélective des salmonelles ;
(3) Isolement 37 °C (24h) selon des
normes horizontales et d’autres verticales (spécifiques), cette étape utilise un milieu solide (30 formules commerciales disponibles) 1. Salmonella
09/03/2020 15 1. Salmonella
MacConkey ; Hektoen ; MacConkey : colonies Endo ; larges, plates et incolores SS : Salmonella-Shigella ; (lactose-, sorbitol-) Gélose au sang et gélose chocolat ; XLD : Xylose-Lysine-Désoxycholate ; EMB : Eosine-Bleu de Méthylène ; VRBL : Violet-Red-Bile-Lactose ; BCP : Bromo-Cresol-Purple ; DCL : Désoxycholate-Citrate-Lactose; ………… SS : colonies incolore (lactose-) avec centre noire (H2S+). 1. Salmonella
(4) identification (1-3 jours) étape
réalisée sur des souche pures, par étude des caractères biochimique de famille est de genre, et étude sérologique en utilisant le sérum agglutinant anti salmonella. 2. Escherichia coli vérotoxinogènes
1. Taxinomie 2. Identification 3. Virulence 4. Mise en évidence
09/03/2020 18 3. Shigella
1. Taxinomie 2. Identification 3. Virulence 4. Mise en évidence
09/03/2020 19 4. Staphylocoques entérotoxique
1. Taxinomie 2. Identification 3. Virulence 4. Mise en évidence
09/03/2020 20 4. Staphylocoques entérotoxique Taxinomie Le genre Staphylococcus (GC : 30-39 %) partage avec plusieurs autres genres la position systématique : Domaine: Bacteria. R: Procaryote E : Firmicutes. C: Bacilli. O : Bacillales. F: Staphylococcaceae. Ce genre comprend actuellement 34 espèces et 13 sous espèces, qui sont classées par opposition :
- Staphylocoques à coagulase+ entérotoxique
- Staphylocoques à coagulase- 4. Staphylocoques entérotoxique - Staphylocoques à coagulase+ (entérotoxique) St. aureus subsp. aureus St. aureus subsp. anaerobius l’espèce la plus virulente Et autres : St. intermedius, ………
- Staphylocoques à coagulase- St. epidermidis St. saprophyticus espèces moins virulentes Et autres…… 4. Staphylocoques entérotoxique Gélose au sang :
colonies moyennes à larges,
un peu soulevées, translucides, de couleur jaune-crème, lisses, avec une zone α et / ou ß hémolyse 4. Staphylocoques entérotoxique
milieu Chapman:
colonies doré d’où son
appellation aureus et acidification du milieux par assimilation du mannitol. 4. Staphylocoques entérotoxique Baird-Parker:
colonies noires (réduction
du tellurite de potassium) avec halo clair (protéolyse) et, plus tardivement, une opacification dans le halo (lipase) jaune d’œuf. 4. Staphylocoques entérotoxique
cocci de forme régulière,
de diamètre d’environ 0,5 à 1,5 µm, à Gram+ de façon intense et homogène,
Habituellement disposés en grappes de raisin 4. Staphylocoques entérotoxique Il est - Non sporulés et - Immobiles - Aéroanaérobie, Halophile [10%] - Oxydase- , cataase+ - Mannitole+ - Sensible à la novobiocine - présente parfois d’une capsule très mince (microcapsule polysaccharidique) non visible au microscope optique Ce qui augmente sa résistance à la phagocytose 4. Staphylocoques entérotoxique Sur sa paroi on trouve
La protéine A : un composant majeur de la
paroi, il se lie à l’immunoglobuline humaine IgG et exerce un effet fortement antiphagocytaire
Une protéine de liaison au fibrinogène (FnBP
"clumping factor", ou coagulase liée) et
d'autres protéines de la surface de paroi
favorise la fixation des Bs sur les caillots ou sur les tissu recouverts de fibrinogène 4. Staphylocoques entérotoxique
St.aureus produit des toxines et des enzymes
particulièrement nombreuses :
- hémolysines (α, ß, γ et δ ; qui sont
cytotoxiques et cytolytiques)
- Leucocidine (détruit très spécifiquement les
polynucléaires et les macrophages) 4. Staphylocoques entérotoxique
- toxines épidermolytiques ou exfoliatines (2
sérotypes A et B ; dissocie la couche granulaire de l'épithélium)
- TSST-1 (Toxic Shock Syndrome Toxin-1 :
fièvre avec hypotension artérielle, diarrhée, céphalée, frissons) 4. Staphylocoques entérotoxique - entérotoxines (sont au nombre de 8 : A, B, C1 C2. C3, D, E, et récemment H, sont thermostables (30min à 121°C, +heures à 80- 100°C) et résistants aux enzymes digestives = causent d’intoxinations alimentaires) 4. Staphylocoques entérotoxique
- coagulase libre
- Pénicillinase, fibrinolysine ou staphylokinase,
hyaluronidase, et DNase.
Ces enzymes sont impliquées dans la virulence.
4. Staphylocoques entérotoxique La mise en évidence St. aureus est uniquement directe (technique bactériologique), est fondée sur des méthodes de références et des méthodes de routine. - Elle est réalisés sur 2 milieux : (1) milieu de Baird-Parker présence de pyruvate de sodium qui protège les germes stressés et favorise leur récupération ;
présence d’agents sélectifs (glycine, chlorure de
lithium) ;
présence de suppléments (tellurite de potassium et
le jaune d’ œuf). 4. Staphylocoques entérotoxique (2) milieu au plasma de lapin et au fibrinogène
milieu à la même base que le milieu Baird-
Parker ;
présence de suppléments (plasma de lapin et
fibrinogène bovin, tellurite de potassium ) ;
colonies grise à noires (réduction de tellurite
et entourées d’une zone opaque indiquant une activité coagulase). 4. Staphylocoques entérotoxique L’identification doit être poursuit par mise en évidence de la coagulase libre à partir de 5 colonie typique prélevées sur milieu de Baird- Parker, chaque colonie est ensemencée dans un bouillon cœur-cervelle (incubation 37 °C 24h), après on ajoute du plasma de lapin (incubation 37 °C 24h), une prise de masse indique une activité coagulase 4. Staphylocoques entérotoxique
09/03/2020 36 5. Campylobacter
1. Taxinomie 2. Identification 3. Virulence 4. Mise en évidence
09/03/2020 37 5. Campylobacter
- Le genre Campylobacter à été proposé suite à
des études portants sur la teneur en base de la GC et le séquençage d’ARNr;
- Etymologiquement du grec kampulos = incurvé
et bacter = bâtonnet, constitue avec 2 autres genres (Arcobacter, Spirillum) la famille Campylobacteraceae ;
- Domaine: Bacteria. R: Procaryote E :
Proteobacteria. C: Epsilonproteobacteria. O : Campylobacterales. F: Campylobacteraceae. 5. Campylobacter - Aujourd’hui, ce genre constitue un groupe hétérogène de GC% = 29–47, ou cohabites différentes espèces : C. concisus , C. curvus dont l’habitat préférentiel est la cavité buccale de l’homme C. fetus (espèce type) retrouvé essentiellement chez certains animaux ( taureaux) C. jejuni , C. coli, C. lari, et C. upsaliensis (Campylobacter thermotolérants) impliquées dans des TIAC campylobactériose, C. jejuni à 95% des cas. 5. Campylobacter
09/03/2020 40 5. Campylobacter Caractères phénotypiques de base Ce genre présente différentes morphologies :
- Bacille fin incurvé en S ou en
virgule 0.2-0.5 µm Ø x 8 µm a) b) de long (a) ; - Bacilles fin de forme hélicoïdale 0.2-0.5 µm Ø x 8 µm de long (b) ; - Formes coccoides 1 µm Ø (c); - Gram-, mobilité+ grâce à un c) unique flagelle polaire, asporulé, parfois capsulé 5. Campylobacter Caractères culturaux de base - Toutes les espèces du genre sont mésophile 37 °C, sauf les espèces d’intérêt en bactériologie alimentaire sont thermotolérants avec une T° optimale de 42 °C ; - Microaérophile, se cultive dans une atmosphère appauvrie en O2 5% et enrichie en CO2 10% (dans des jarres d’incubation) ; - La durée optimale d’incubation est de 24h 42 °C / 48h 37 °C; - Zone optimale de pH est de 6.5-7.5 ; - Exige une [Nacl] de 0.5%. 5. Campylobacter
09/03/2020 43 5. Campylobacter - Sur milieu solide, peuvent présenter des aspects différents :
gélose au sang petites colonies, rondes,
convexes, à bord régulier de faible Ø (1- 2mm), translucides et brillantes ;
gélose Karmali colonies plates, grises en
tache de bougie, à bord irrégulier ;
Sur milieu liquide :
trouble juste en-dessous de la surface du
bouillon zone de microaérophilie 5. Campylobacter
Culture de Campylobacter Culture de Campylobacter
sur gélose au sang sur gélose Karmali
09/03/2020 45 5. Campylobacter - Le mécanisme pathogène de C. jejuni n’est pas clairement établi, mais il est admis qu’il agit selon un schéma général, en 4 étapes :
1) absorption d’une dose infectieuse base ;
2) colonisation du tube digestif ; 3) adhésion aux cellules intestinales au moyen de protéines de la membrane externe; 4) effet cytotoxique sur les cellules intestinales par production de toxines (entérotoxine, cytotoxines) et captation de Fer. 5. Campylobacter - La détection des Campylobacter thermotolérants dans les aliments est réalisée par méthode bactériologique de référence, qui comporte 3 étapes : 1) préparation de SM avec un rapport 1/10 dans un bouillon d’enrichissement, bouillon de Perston, ou bouillon de Park et Sanders + 2 solutions d’antibiotiques ; 2) isolement par ensemencement de 2 milieux sélectifs, dont obligatoirement la gélose Karmali, l’autres géloses est choisie librement (Skirrow, Butzler,…) 42°C/1-5J 5. Campylobacter 3) identification et confirmation de 5 colonies (de chaque boites ensemencées) ayant les caractéristiques culturaux des Campylobacter chaque colonie est mise dans 1ml de bouillon Brucella. Qu’ à partir de ce bouillon les caractères d’identification sont à réaliser pour différencier les 4 espèces. observations microscopique : Gram, mobilité; galerie en 6 tests biochimique : oxydase, TSI, croissance à 25°C, catalase, antibiogramme (acide nalidixique et céphalotine), et hydrolyse de l’hippurate de sodium. 5. Campylobacter
Représentation schématique du mode opératoire de la méthode de référence de la recherche des Campylobacter dans les aliments
09/03/2020 49 5. Campylobacter
09/03/2020 50 6. Vibrio
1. Taxinomie 2. Identification 3. Virulence 4. Mise en évidence
09/03/2020 51 8. Listeria
1. Taxinomie 2. Identification 3. Virulence 4. Mise en évidence
![Physiologie et phatologie digestives du cobaye domestique (Cavia porcellus). 2002[151-200]](https://imgv2-1-f.scribdassets.com/img/document/590336319/149x198/a556b77f30/1661958771?v=1)
