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République Algérienne Démocratique Et Populaire

Ministère De L'Enseignement Supérieur Et De La Recherche Scientifique


Centre Universitaire Nour El-Bachir El-Bayadh

M. NAIMI Mostefa
Email : mostecoc@yahoo.fr mosttus@yahoo.fr
Microorganismes pathogènes

1. Salmonella
2. Escherichia
3. Shigella
4. Staphylococcus
5. Campylobacter
6. Vibrio
7. Clostridium
8. Listeria
9. Yersinia
1. Salmonella

1. Taxinomie
2. Identification
3. Virulence
4. Mise en évidence
1. Salmonella

Les salmonelles peuvent être responsable d’une


infection intestinale avec diarrhée et
vomissements accompagnés de fièvre, ou d’une
infection extra-intestinale parfois mortelle.

Quelques sérovars (Salmonella : Typhi, Paratyphi


A, Paratyphi B, Paratyphi C, Salmonella sendai )
considérés comme étroitement adapté à l’homme,
sont responsables de la fièvre typhoïde.

Autres sérovars ubiquistes (Enteritidis,


Typhimurium,…) sont responsables des TIAC
1. Salmonella

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1. Salmonella

Taxinomie
Le genre Salmonella (GC : 50-53 %) partage avec
32 autres genres la position systématique :
Domaine: Bacteria. R: Procaryote E :
Proteobacteria. C: -Proteobacteria. O :
Enterobacteriales. F: Enterobacteriaceae.
Les hybridations ADN-ADN ont montré qu’il
n’existe que 2 espèces de ce genre:
- Salmonella choleraesuis = Salmonella enterica
- Salmonella bongori
1. Salmonella

Toutes les espèces infectant l’homme sont


regroupées dans S. enterica devisée en 6 sous
espèces (subsp ou ssp)

Entre autres S. enterica subsp. enterica

Subdivisée elle-même en sérovars (+ 1443), sur


la base des constituants antigéniques (O, H et K),
dont 6 sont d’une grande importance.
1. Salmonella

S. enterica subsp. enterica sérovars :


1. Enteritidis
2. Typhi
3. Paratyphi A
4. Paratyphi B
5. Paratyphi C
6. Typhimurium
1. Salmonella
Identification morphologique
- Petit bâtonnet droit
- Taille 0.7-1.5 x 2.0-5.0 µm
Identification biochimique
Possède les 7 caractères généraux des la famille
Enterobacteriaceae:
- Cultivant sur milieux ordinaire
- Gram-, mobile par ciliature péritriche, asporulé
- Aéroanaérobie (métabolisme respiratoire et
fermentatif
- Oxydase-
- Catalase+
- Glucose+ avec production du CO2
- Nitrates+ et nitrites+
1. Salmonella

Les principaux caractères d’identification du genre


Salmonella :

+ : RM, citrate sauf Typhi, H2S, LDC sauf


Paratyphi A, ODC sauf Typhi, D-glucose / gaz
sauf Typhi "+/-", D-mannitol.

Dans la plus part des cas + : ADH.

- : indole, TDA, VP, uréase, saccharose, lactose,


D-sorbitol, cellobiose, ONPG, acétate, esculine.
1. Salmonella
Identification antigénique

Le genre Salmonella peut posséder 3 types d’antigènes:

(1) Antigène d’enveloppe K, de nature polysaccharidique,


détruits par une ébullition de 2h  identifié que chez
: Typhi, Paratyphi C et Dublin.

(2) Antigène somatiques O, de nature lipopolysaccharide


thermostables et résistants à l'alcool, détruit par le
formol  identifié chez toutes les espèces

(3) Antigène flagellaire H de nature protéique,


thermolabiles et résistants au formol, détruit par
l'alcool  identifié presque chez toutes les espèces
1. Salmonella

La virulence du genre Salmonella est liée à la


présence de nombreux facteurs, entre autres :

- Flagelles ;
- Structures des LPS ;
- Système de captation de fer ;
- Toxines ;
- Capacité à survivre dans les macrophages ;
- Plasmides de virulence.
1. Salmonella

La mise en évidence des salmonelles peut être


directe (technique bactériologique) ou indirecte
(par dosage des anticorps IgM et IgG).

- La technique bactériologique comporte 4 étapes


successives :
(1) Pré-enrichissement 37 °C (16-20h) 
étape non sélective qui utilise un milieu riche (eau
péptonée tamponnée EPT, bouillon lactosé), pour
que les germes récupères leur faculté à se
multiplier rapidement ;
1. Salmonella

(2) Enrichissement 42 °C (24h)  étape


sélective qui utilise un milieu d’enrichissement
selectif (bouillons: au sélénite, à base de
tétrathionate, Rappaport-Vassiliadis), pour
poursuivre la multiplication sélective des
salmonelles ;

(3) Isolement 37 °C (24h)  selon des


normes horizontales et d’autres verticales
(spécifiques), cette étape utilise un milieu solide
(30 formules commerciales disponibles)
1. Salmonella

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1. Salmonella

MacConkey ;
Hektoen ;
MacConkey : colonies
Endo ; larges, plates et incolores
SS : Salmonella-Shigella ; (lactose-, sorbitol-)
Gélose au sang et gélose chocolat ;
XLD : Xylose-Lysine-Désoxycholate ;
EMB : Eosine-Bleu de Méthylène ;
VRBL : Violet-Red-Bile-Lactose ;
BCP : Bromo-Cresol-Purple ;
DCL : Désoxycholate-Citrate-Lactose;
…………
SS : colonies incolore
(lactose-) avec centre
noire (H2S+).
1. Salmonella

(4) identification (1-3 jours)  étape


réalisée sur des souche pures, par étude des
caractères biochimique de famille est de genre,
et étude sérologique en utilisant le sérum
agglutinant anti salmonella.
2. Escherichia coli
vérotoxinogènes

1. Taxinomie
2. Identification
3. Virulence
4. Mise en évidence

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3. Shigella

1. Taxinomie
2. Identification
3. Virulence
4. Mise en évidence

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4. Staphylocoques
entérotoxique

1. Taxinomie
2. Identification
3. Virulence
4. Mise en évidence

09/03/2020 20
4. Staphylocoques
entérotoxique
Taxinomie
Le genre Staphylococcus (GC : 30-39 %) partage
avec plusieurs autres genres la position
systématique :
Domaine: Bacteria. R: Procaryote E : Firmicutes.
C: Bacilli. O : Bacillales. F: Staphylococcaceae.
Ce genre comprend actuellement 34 espèces et 13
sous espèces, qui sont classées par opposition :

- Staphylocoques à coagulase+  entérotoxique


- Staphylocoques à coagulase-
4. Staphylocoques
entérotoxique
- Staphylocoques à coagulase+ (entérotoxique)
St. aureus subsp. aureus
St. aureus subsp. anaerobius
l’espèce la plus virulente
Et autres : St. intermedius, ………

- Staphylocoques à coagulase-
St. epidermidis
St. saprophyticus
espèces moins virulentes
Et autres……
4. Staphylocoques
entérotoxique
Gélose au sang :

colonies moyennes à larges,


un peu soulevées,
translucides, de couleur
jaune-crème, lisses, avec
une zone α et / ou ß
hémolyse
4. Staphylocoques
entérotoxique

milieu Chapman:

colonies doré d’où son


appellation aureus et
acidification du milieux
par assimilation du
mannitol.
4. Staphylocoques
entérotoxique
Baird-Parker:

colonies noires (réduction


du tellurite de potassium)
avec halo clair
(protéolyse) et, plus
tardivement, une
opacification dans le halo
(lipase)  jaune d’œuf.
4. Staphylocoques
entérotoxique

cocci de forme régulière,


de diamètre d’environ 0,5 à
1,5 µm, à Gram+ de façon
intense et homogène,

Habituellement disposés en
grappes de raisin
4. Staphylocoques
entérotoxique
Il est
- Non sporulés et
- Immobiles
- Aéroanaérobie, Halophile [10%]
- Oxydase- , cataase+
- Mannitole+
- Sensible à la novobiocine
- présente parfois d’une capsule très mince
(microcapsule polysaccharidique) non visible au
microscope optique  Ce qui augmente sa
résistance à la phagocytose
4. Staphylocoques
entérotoxique
Sur sa paroi on trouve

La protéine A : un composant majeur de la


paroi, il se lie à l’immunoglobuline humaine IgG et
exerce un effet fortement antiphagocytaire

Une protéine de liaison au fibrinogène (FnBP


"clumping factor", ou coagulase liée) et

d'autres protéines de la surface de paroi


favorise la fixation des Bs sur les caillots ou sur
les tissu recouverts de fibrinogène
4. Staphylocoques
entérotoxique

St.aureus produit des toxines et des enzymes


particulièrement nombreuses :

- hémolysines (α, ß, γ et δ ; qui sont


cytotoxiques et cytolytiques)

- Leucocidine (détruit très spécifiquement les


polynucléaires et les macrophages)
4. Staphylocoques
entérotoxique

- toxines épidermolytiques ou exfoliatines (2


sérotypes A et B ; dissocie la couche
granulaire de l'épithélium)

- TSST-1 (Toxic Shock Syndrome Toxin-1 :


fièvre avec hypotension artérielle, diarrhée,
céphalée, frissons)
4. Staphylocoques
entérotoxique
- entérotoxines (sont au nombre de 8 : A, B,
C1 C2. C3, D, E, et récemment H, sont
thermostables (30min à 121°C, +heures à 80-
100°C) et résistants aux enzymes digestives =
causent d’intoxinations alimentaires)
4. Staphylocoques
entérotoxique

- coagulase libre

- Pénicillinase, fibrinolysine ou staphylokinase,


hyaluronidase, et DNase.

Ces enzymes sont impliquées dans la virulence.


4. Staphylocoques
entérotoxique
La mise en évidence St. aureus est uniquement directe
(technique bactériologique), est fondée sur des méthodes
de références et des méthodes de routine.
- Elle est réalisés sur 2 milieux :
(1) milieu de Baird-Parker 
présence de pyruvate de sodium qui protège les
germes stressés et favorise leur récupération ;

présence d’agents sélectifs (glycine, chlorure de


lithium) ;

présence de suppléments (tellurite de potassium et


le jaune d’ œuf).
4. Staphylocoques
entérotoxique
(2) milieu au plasma de lapin et au
fibrinogène 

milieu à la même base que le milieu Baird-


Parker ;

présence de suppléments (plasma de lapin et


fibrinogène bovin, tellurite de potassium ) ;

colonies grise à noires (réduction de tellurite


et entourées d’une zone opaque indiquant une
activité coagulase).
4. Staphylocoques
entérotoxique
L’identification doit être poursuit par mise en
évidence de la coagulase libre à partir de 5
colonie typique prélevées sur milieu de Baird-
Parker, chaque colonie est ensemencée dans un
bouillon cœur-cervelle (incubation 37 °C 24h),
après on ajoute du plasma de lapin (incubation 37
°C 24h), une prise de masse indique une activité
coagulase
4. Staphylocoques
entérotoxique

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5. Campylobacter

1. Taxinomie
2. Identification
3. Virulence
4. Mise en évidence

09/03/2020 37
5. Campylobacter

- Le genre Campylobacter à été proposé suite à


des études portants sur la teneur en base de
la GC et le séquençage d’ARNr;

- Etymologiquement du grec kampulos = incurvé


et bacter = bâtonnet, constitue avec 2 autres
genres (Arcobacter, Spirillum) la famille
Campylobacteraceae ;

- Domaine: Bacteria. R: Procaryote E :


Proteobacteria. C: Epsilonproteobacteria. O :
Campylobacterales. F: Campylobacteraceae.
5. Campylobacter
- Aujourd’hui, ce genre constitue un groupe
hétérogène de GC% = 29–47, ou cohabites
différentes espèces :
C. concisus , C. curvus  dont l’habitat
préférentiel est la cavité buccale de l’homme
C. fetus (espèce type)  retrouvé
essentiellement chez certains animaux
( taureaux)
C. jejuni , C. coli, C. lari, et C. upsaliensis
(Campylobacter thermotolérants) 
impliquées dans des TIAC 
campylobactériose, C. jejuni à 95% des cas.
5. Campylobacter

09/03/2020 40
5. Campylobacter
Caractères phénotypiques
de base
Ce genre présente différentes
morphologies :

- Bacille fin incurvé en S ou en


virgule 0.2-0.5 µm Ø x 8 µm
a) b)
de long (a) ;
- Bacilles fin de forme
hélicoïdale 0.2-0.5 µm Ø x 8
µm de long (b) ;
- Formes coccoides 1 µm Ø (c);
- Gram-, mobilité+ grâce à un c)
unique flagelle polaire,
asporulé, parfois capsulé
5. Campylobacter
Caractères culturaux de base
- Toutes les espèces du genre sont mésophile 37
°C, sauf les espèces d’intérêt en bactériologie
alimentaire sont thermotolérants avec une T°
optimale de 42 °C ;
- Microaérophile, se cultive dans une atmosphère
appauvrie en O2 5% et enrichie en CO2 10%
(dans des jarres d’incubation) ;
- La durée optimale d’incubation est de 24h 
42 °C / 48h  37 °C;
- Zone optimale de pH est de 6.5-7.5 ;
- Exige une [Nacl] de 0.5%.
5. Campylobacter

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5. Campylobacter
- Sur milieu solide, peuvent présenter des
aspects différents :

gélose au sang  petites colonies, rondes,


convexes, à bord régulier de faible Ø (1-
2mm), translucides et brillantes ;

gélose Karmali  colonies plates, grises en


tache de bougie, à bord irrégulier ;

Sur milieu liquide :

trouble juste en-dessous de la surface du


bouillon  zone de microaérophilie
5. Campylobacter

Culture de Campylobacter Culture de Campylobacter


sur gélose au sang sur gélose Karmali

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5. Campylobacter
- Le mécanisme pathogène de C. jejuni n’est pas
clairement établi, mais il est admis qu’il agit
selon un schéma général, en 4 étapes :

1) absorption d’une dose infectieuse base ;


2) colonisation du tube digestif ;
3) adhésion aux cellules intestinales au
moyen de protéines de la membrane
externe;
4) effet cytotoxique sur les cellules
intestinales par production de toxines
(entérotoxine, cytotoxines) et captation de
Fer.
5. Campylobacter
- La détection des Campylobacter
thermotolérants dans les aliments est réalisée
par méthode bactériologique de référence, qui
comporte 3 étapes :
1) préparation de SM avec un rapport 1/10
dans un bouillon d’enrichissement, bouillon de
Perston, ou bouillon de Park et Sanders +
2 solutions d’antibiotiques ;
2) isolement par ensemencement de 2
milieux sélectifs, dont obligatoirement la
gélose Karmali, l’autres géloses est
choisie librement (Skirrow, Butzler,…)
42°C/1-5J
5. Campylobacter
3) identification et confirmation de 5
colonies (de chaque boites ensemencées)
ayant les caractéristiques culturaux des
Campylobacter  chaque colonie est mise
dans 1ml de bouillon Brucella. Qu’ à partir
de ce bouillon les caractères d’identification
sont à réaliser pour différencier les 4
espèces.
observations microscopique : Gram, mobilité;
galerie en 6 tests biochimique : oxydase,
TSI, croissance à 25°C, catalase,
antibiogramme (acide nalidixique et
céphalotine), et hydrolyse de l’hippurate de
sodium.
5. Campylobacter

Représentation
schématique du mode
opératoire de la
méthode de référence
de la recherche des
Campylobacter dans les
aliments

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5. Campylobacter

09/03/2020 50
6. Vibrio

1. Taxinomie
2. Identification
3. Virulence
4. Mise en évidence

09/03/2020 51
8. Listeria

1. Taxinomie
2. Identification
3. Virulence
4. Mise en évidence

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