PHYSIOLOGIE ET NUTRITION

VEGETALE.
www.unice.fr/IPMSV/
TP en SN II4

I-I NTRODUCTION .
Chez les plantes et chez les animaux, la vie ne pourrait se passer d’eau, constituant
important. Le végétal a sa concentration en eau qui varie fortement en fonction des conditions
environnementale et physiologique.
Nous avons une grande variation de l’eau disponible dans les plantes. On estime que les
tissus végétaux présentent une moyenne grossière de 70% d’eau.
La plante est caractérisée par un mouvement perpétuel d’eau, entre les racines et les
parties aériennes. Pour cela, il va y avoir mis en place de système spécialisé dans l’absorption de
l’eau et de solutions minérales et de transport.

II-L’ EAU ET LA CELLULE VEGETALE .

A-D IFFERENT ROLE DE L ’ EAU .

1-PROPRIETES PHYSICO -CHIMIQUE.

L’eau est un élément important pour tout ce qui concerne les réactions biologiques.
L’eau demeure liquide aux températures moyennes de la vie. Elle joue un rôle important
dans la régulation thermique des plantes.
Elle a un rôle de solvant.
L’eau est transparente, ce qui est essentiel à la capacité photosynthétique de la plante.

2-TRANSPORT DE L ’EAU.

Le transport de l’eau se fait par un transport passif ne nécessitant pas de l’énergie

chimique. Ces mouvement sont régit par les lois de l’osmose.

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 L’eau traverse les membranes hémiperméable pour équilibrer les concentrations entre
deux compartiments.

A- OSMOMETRIE.

Pour
caractériser le
transport de l’eau,
on utilise un
osmomètre. Dans
la « tulipe » on
met une solution à
forte
concentration en
saccharose, et
l’eau du bécher va
rentrer dans la
tulipe pour faire
augmenter le
niveau d’eau.
Dans un
second temps, on
peut utiliser un
piston pour
« mesurer » la
pression
osmotique. On
ajoute de la
pression sur le
piston, jusqu’à ce
que le niveau d’eau de la tulipe rejoigne celui du bécher.

B-POTENTIEL CHIMIQUE.

Pour calculer le potentiel chimique d’une solution, on utilise les lois de la

thermodynamique :

𝜇 = 𝜇 0 + 𝑅𝑇 ln 𝑎 + 𝑉𝑃 + 𝑧 𝐹𝛹 + 𝑚𝑔ℎ

« 𝑅𝑇 ln 𝑎 » correspond à l’activité chimique.

« 𝑉𝑃 » correspond au potentiel de pression.
« 𝑧 𝐹𝛹 » correspond au potentiel électrique.
« 𝑚𝑔ℎ » correspond au potentiel de gravité.

On considère que le potentiel électrique de l’eau est nul 𝜇𝑒𝑎𝑢 = 0. C’est la valeur la plus
élevée qu’on puisse trouver.
Le potentiel de gravité est négligeable au niveau cellulaire.
Le potentiel électrique aussi est négligeable, bien que la molécule d’eau soit un dipôle. La
molécule d’eau, est neutre.
Pour simplifier, on n’utilise pas le μ mais le Ψ, soit le potentiel hydrique, exprimé (non pas
en J.Mol-1) en bars ou en MPa.

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 On a :
𝛹 = 𝛹𝑠𝑜𝑙𝑢𝑡 é + 𝛹𝑝𝑟𝑒𝑠𝑠𝑖𝑜𝑛 + 𝛹𝑚𝑎𝑡𝑟𝑖𝑐𝑖𝑒𝑙 + 𝛹𝑔𝑟𝑎𝑣𝑖𝑡 é

Le potentiel de gravité est négligeable pour les plantes de moins de 10m de hauteur.
Le potentiel matriciel n’est important que dans le cadre de l’imbibition (lorsque les tissus
sont très déshydratés, on assiste à un phénomène d’hydratation des molécules, comme dans les
graines…).
Le potentiel de soluté est toujours inférieur ou égal à zéro.
Le potentiel de pression a une valeur négative lorsqu’il y a une tension (comme lorsqu’on
crée du vide dans un piston contenant un peu d’eau). S’il est positif, il y a un phénomène de
pression, provoquant la turgescence de la plante.

Lorsqu’on met en une cellule végétale dans différent environnement, les potentiels de
soluté et de pression vont être modifiés.
Lorsqu’on met la cellule végétale dans une solution de saccharose. L’eau de la cellule fuit,
vers l’extérieur.
Lorsqu’on la met dans de l’eau pure. L’eau du récipient entre dans la cellule pour diluer les
solutés de la vacuole.
Les force de pression permettent à la plante d’effectuer différents mouvements
cellulaires (stomates, plantes carnivores…).

3- LIAISONS DE L’EAU DANS UN VEGETAL .

On observe qu’il y a plus de soluté dans la racine. Ce qui engendre un transport favorable
du sol vers la plante. Si on augmente la concentration saline dans le sol, la racine augmente encore
plus sa concentration en soluté dans ses racines pour garder ses mouvements d’eau.
Ainsi on détermine différents types de plantes (qu’elle vive dans une rivière avec de l’eau
quasi distillée, ou dans un sol particulièrement salé).
Les plantes halophytes : peuvent accumuler d’énorme quantité de soluté dans ses racines.
Avec un Ψsoluté supérieur à 10 bars (1MPa). Près de milieu marins
Les xérophytes (genre cactus) : poussent dans le désert, là ou il n’y a pas d’eau. Elles ne
peuvent pas pour autant vivre là où il y a beaucoup de sel. Elles développent un système de
mucilage qui emmagasine beaucoup d’eau…
Les glycophytes (sensibles ou résistantes), avec Ψsoluté = 1 bars (0,1MPa).
Chez les champignons, le Ψs peut atteindre 100bars (10MPa), ce qui leur permet de
coloniser un grand nombre de milieu.

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 4- POTENTIEL HYDRIQUE D ’UN ECHANTILLON.

On met des
échantillons végétaux
dans des solutions de
plus en plus saline. Plus
la concentration de la
solution, la différence
de poids diminue. Au
point d’intersection
avec l’axe des
abscisses, c’est le point
isotonique

Vu que Ψp est
nul. On a Ψw= Ψs. Et
Ψs=-π et π=CRT.

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On met une feuille dans la Chambre de
Schrolender. On augmente la pression dans la
chambre. Au bout d’un certain point, l’eau va
sortir : on a dépassé la valeur du potentiel de
turgescence.

On peut utiliser un psychromètre.

B- R ELATIONS HYDRIQUES D ANS LA PLANTE .

Il y a une grande absorption d’eau. Cette eau doit traverser toutes les couches de tissus,
puis traverser la plante vers les parties aérienne pour être évapotranspirée. On a environ 5% de
l’eau qui absorbé au niveau de la racine qui servira à la croissance de la plante. 95% ne servira
qu’à l’évapotranspiration.

A-TENEUR EN EAU.

Lorsqu’on s’intéresse à la croissance d’une plante, on ne doit pas s’intéresser à la matière

fraiche mais bien à la matière sèche, qui donne une meilleure idée des variations de croissance.
On effectue d’abord une dessiccation (passage bref de quelques minutes à 110°) pour
détruire les différentes activités enzymatiques, puis on le déshydrate à 60°.

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 𝐸
Pour comparer la MF à la MS, on utilise un outil : 𝜃𝑠𝑒𝑐 = ∗ 100 avec E = mass d’eau et
𝑀𝑆
θ=poids sec.
Dans la patate, on a 20 fois plus d’eau que de matière sèche. Dans les graine, on en a 10
fois moins. Conclusion vaut mieux aller dans le désert avec des patate que des graines.

B- ABSORPTION DE L’EAU.

ELEMENTS EXTERNES INFLUANT SUR L’ABSORPTION.

Différents facteur influent sur l’absorption :

-la taille des particules :
-le sable : particule de plus de 50µm, friable, mais retient mal
l’eau, se dessèche rapidement et perd ses engrais par lessivage.
-le limon : particules de 2 à 50µm
-l’argiles : particules < 2µm, retient beaucoup l’eau, peut se
compacter induire un durcissement ou peut se saturer d’eau et entrainer un manque d’oxygène.

Un sol idéale devrait contenir 40% de sable ; 40% de limon et 20% d’argile.

-présence d’humus : il rend le sol friable, aéré, retient beaucoup d’eau (1000 fois plus que
l’argile) sans se compacter DONC prévient le desséchement du sol et le lessivage. Il fournit
progressivement des matières nutritives (engrais, minéraux) provenant de la décomposition.
Rend le sol favorable aux organismes qui l’habitent (vers, bactéries…). La composition du sol
entraine des changements au niveau de la capacité du sol à libérer cette eau.

C- SITE D’ABSORPTION.

A l’aide de l’expérience de Rosène, on repère la partie de la racine qui absorbe l’eau.

On met de l’eau et on rajoute de l’huile qui empêche toute absorption d’eau. Si on laisse la
partie apicale dans l’eau et qu’on met les poils absorbant dans l’huile, la plante meurt 
l’absorption se fait dans une partie plus haute que l’apex.

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 Ces poils permettent l’augmentation de la surface d’échange (facteur 100).
On peut avoir 200 à 500 poils par cm² chez les eudycotylédones. Chez les monocotylées
ça peut aller jusqu’à 1000 par cm². Chez les ligneuses on a très peu de poils absorbant, et on a la
mise en place d’un mycorhize.

Habituellement les racines se ramifient. Le rhizotron est la partie où la racine peut

absorber de l’eau. Si on met expérimentalement une plante à pousser dans un sol hétérogène de
sable et de tourbe, les racines se ramifient en traversant simplement le sable et envoie des
expansions dans la tourbe. Le végétale peut différencier les différent types de sol. Chez les
plantes, on a généralement 50% de la masse qui est racinaire. Le volume du sol qui va être
traversé par les racines est très important.

Il y a des plantes qui vivent non fixée

au sol. Elles poussent sur un support, elles sont
dites épiphytes. Elles peuvent absorber
directement l’eau de l’atmosphère (il faut une
atmosphère très humide ^^). Pour qu’il y ait un
transfert d’eau de l’air vers la plante, il faut
que les feuilles aient un très faible potentiel
hydrique (en accumulant des solutés).
Certaines ont un velamen.

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 D’autre comme les fougères, qui
pousse sur les arbres. Elles ont des feuilles
qui sont des feuilles réservoir. Elles forment
un petit puits qui emmagasinent de l’eau et
des particules et permettent la nutrition.

D- LES COMPOSANTS DE L ’ABSORPTION DE L’EAU.

Dans une coupe de racine, plus on va vers le centre, plus la concentration en soluté
augmente, plus la potentiel hydrique diminue, ce qui crée un appel d’eau vers le centre de la
plante.
Puis l’eau arrive dans la stèle, et là l’endoderme va avoir un rôle de filtre au niveau du
passage du cortex au vaisseau vasculaire. On remarque qu’après l’endoderme, la concentration en
soluté diminue. Ceci est dû au fait qu’il faille passer d’un transport horizontal à un transport
verticale dans les vaisseaux, par un autre mécanisme.
Pour le comprendre on étudie
l’expérience de Dixon. On remplit un entonnoir
d’eau. On y connecte un tube en verre. Au
sommet de l’entonnoir on met du plâtre qui
sert de surface poreuse qui permet au vapeur
d’eau. On ajoute du mercure dans le
cristallisoir en bas. Résultat : l’eau va
s’évaporer (à cause de la chaleur), ce qui crée
un appel de matière qui fait monter le niveau
de mercure, jusqu’à près d’1 mètre de mercure
soit 15 mètre d’eau !!! C’est la force de
cohésion des molécules d’eau. Par liaison
hydrogène, lorsqu’une molécule d’eau s’évapore,
elle entraine ses voisines avec elle qui
entrainent leurs voisines avec elles…

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 C’est ce mécanisme qui est utilisé pour faire monter la sève. Mais ce phénomène entraine
une tension (contraire de la pression hydrostatique).
C’est pour cette raison que les vaisseaux sont sclérifiés : pour ne pas s’écraser comme un
pneu qu’on viderait de son air.
On a un différentiel de potentiel hydrique très favorable entre le sol et la racine, entre
la racine et la feuille, et entre la feuille et l’atmosphère.

On a des tensions de 20 bars qui se créent chez certains végétaux.

Il faut que le sol soit aéré, il ne doit pas se compacter, sinon, il n’y a plus d’oxygène. D’où,
parfois le recours à des pneumatophores.
Il faut que les températures soient dans certaines limites. Ni trop froid, ni trop chaud.
Plus il y a de vent, plus il y a de transpiration : mais encore, il en faut ni trop ni trop peu.

E- LES MECANISMES DE L ’ABSORPTION.

2 grands types de plantes : les plantes à forte ou faible transpiration.

Les faibles, actives ou osmotiques, elles utilisent la force du gradient dans les racines.
Les fortes, passif utilisent les force de tension créées par l’évapotranspiration !
Expérience de Hales : on coupe
une tige, on la fait tremper dans de l’eau
ce qui extrait la sève brut, et on met un
siphon avec du mercure. On voit que les
plantes peuvent développer des tensions
(allant jusqu’à 9 bars pour le
marronnier !!!!). Mais pour certaines
plantes, cette force est presque nulle.

C-L A TRANSLOCATION ( TRANSIT ) DE L ’ EAU .

A- TRANSPORT RADIAL .

La pression racinaire permet le transport actif de minéraux dans la stèle. Il s’agit d’un
phénomène qui se fait surtout au cours de la nuit et qui vise à augmenter l’osmolarité de la stèle.
Le potentiel hydrique dans la stèle devient plus faible que le potentiel hydrique extérieur. L’eau
se déplace vers la stèle et pénètre dans les xylèmes par osmose : c’est la pression racinaire.

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 L’eau et les minéraux vont pouvoir subir différent types de transport.
Le système apoplasmique, il consiste à juste passer par les parois.
Le système symplasmique, on passe par les plasmodesmes, de cytoplasme en cytoplasme.
Le système transcellulaire : le passage de l’eau en traversant paroi, membrane cytoplasme,
vacuole, cytoplasme, membrane, paroi. Ce système n’est pas très utilisé, trop de traversées, trop
de filtres.

Dès qu’on arrive à la stèle, l’endoderme à cadre de Caspary, chez les eudycoltylédones
empêche la voie apoplasmique. Après ça il y a le parenchyme vasculaire, qui fait la transition
entre le transport horizontal et vertical.
Puis ça va dans les xylèmes et hop ! Ça monte dans les vaisseaux.
Pour le phloème, pas besoin de résister à de forte tension, ça retombe tout seul ^^.
Les limites de la capillarité : due à la cohésion entre les molécules d’eau entre elle et avec
la paroi des vaisseaux conducteurs. La montée est inversement proportionnelle au diamètre du
tube. Grâce à cela, l’eau ne peut pas monter plus haut que 1,5m dans les plus petites trachéides.
La capillarité ne contribue que très peu à la monté de l’eau dans les trachéides.

Le fait qu’il y ait des forces de tension

énorme entraine des problèmes de cavitation :
dès qu’on tire fort, ça crée des bulles d’air qui
apparaissent. Quand une bulle se forme, l’eau
ne peut plus monter, l’eau doit contourner la
bulle pour recontinuer dans son trachéide. Pour
régler ce problème, la plante condamne la
partie envahie par les bulles.

Trois forces qui contribuent à faire monter l’eau : la capillarité, la pression racinaire, et
l’aspiration foliaire.

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 B- CIRCULATION DE LA SEVE ELABOREE.

Potentiel de gravite : 𝛹𝑔 = 𝜌𝑔ℎ avec 𝜌 = 1000 𝑘𝑔/𝑚3 et 𝑔 = 9,81 𝑚/𝑠² et ℎ = ℎ𝑎𝑢𝑡𝑒𝑢𝑟

L’eau, par la voie du symplasme va passer des cellules du mésophile vers les cellules
parenchymateuses. Ensuite se met en place aussi la voie apoplasmique. Le sucre est stocké dans
une cellule criblée. Dans cette cellule y a une pompe à proton qui acidifie l’extérieur de la cellule.
Chaque proton qui sort fait rentrer un saccharose par antiport.

On a un transport d’organe source vers

organe puits (méristème, tubercule). Dans la
source, on a production massive de saccharose.
Beaucoup de saccharose dans le
vaisseau criblé  dans le phloème on a des
parois cellulosique et les cellules vont
accumuler eau et saccharose  augmentation
de la pression hydrostatique  mouvement de
zone de haute pression vers zone de basse
pression (baisse de pression parce que
polymérisation de saccharose en amidon ou
consommation du saccharose). Vitesse faible
(10 à 100 cm/h). Les différents types de
transport. On rappelle que l’eau a besoin
d’aquaporine (on a un tout petit peu de
diffusion libre d’eau). Ces porines sont un
système passif : il n’y a mouvement d’eau que
s’il y a différence de potentiel hydrique. Les
mouvements d’eau se font dans les deux sens.

C- EMISSION D’EAU.

La pression racinaire peut entrainer dans certains cas la guttation (≠rosée). La guttation
a lieu généralement près des systèmes vasculaires (près des vaisseaux). La sortie de l’eau se fait
via des hydathodes (stomates aquifères). Ce mécanisme permet à l’eau de sortir sous forme de
petites gouttes et permet un transfert d’eau dans le xylème. Ce phénomène n’est observé que si
le sol est gorgé d’eau et si l’air est assez humide pour ne pas que l’eau s’évapore immédiatement.

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 1-LE MECANISME DE LA TRANSPIRATION.

95% de l’eau qui monte va être évaporé. De ces 95%, 90% vont être évaporés au niveau
des feuilles, et 10 au niveau des lenticelles.
La cuticule cireuse empêche la nécrose du parenchyme par dessiccation due à la lumière
et à l’atmosphère. Dans cette cuticule, on a mis des stomates pour permettre quand même une
transpiration, mais une transpiration régulée.
L’eau arrive au niveau du xylème. L’eau va suivre un gradient de potentiel hydrique, vers le
parenchyme palissadique. L’eau va former une pellicule dans l’espace laissé par les cellules du
parenchyme. Vu que la pellicule est fine, plus la pression hydrostatique est faible.

Trois expériences :
-On enferme les parties basses de la plante dans un sac pour ne pas qu’il y ait
d’évaporation à ce niveau. Et on pèse à intervalle régulier.
-On enferme toute la plante dans une cloche. Si on illumine avec telle ou telle lumière, on
va observer plus ou moins de condensation sur la cloche.
-On utilise un indicateur coloré qui se déplace lorsque l’eau des racines monte.

Chez les eudycotylédones, on a des stomates elliptiques. Chez les monocotylées, on a des
stomates de type graminéen.
On a deux cellules « de garde » sur les côté, qui ouvrent ou ferment le passage. Elles
délimitent un espace qu’on appelle « ostiole ». Les cellules de garde sont entourées de « cellules
annexes ». L’ensemble de ces structures forment un complexe stomatique qui va permettre
d’améliorer les échanges en eau entre les tissus du parenchyme et l’atmosphère. Le CO 2 rentre
par là. Mais rentre aussi les polluant (genre O3 ou SO2). Les stomates ne se trouvent pas que sur
les feuilles (sur les tiges vertes), en général on a entrez 20 et 400 stomate/mm².
Dans les cellules stomatiques, on a des fibres de cellulose perpendiculaire à l’axe de la
cellule. A l’aide de la pression hydrostatique dans les vacuoles, on a turgescence ou plasmolyse
des cellules ouverture ou fermeture.
Pompe à proton ATPase, fait sortir des protons, ce qui provoque l’hyperpolarisation du
feuillet externe, ce qui active des canaux K + voltage-dépendants  Accumulation de K+ dans les

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cellules de garde, augmentation de l’osmolatrité, turgescence, ouverture de l’ostiole. On a aussi
une entrée de malate et d’ions Cl-.

Si avec de la fusicoccine ou du vanadate, on inhibe sélectivement les pompe à proton, les

stomates restent fermées

ABA arrive, entraine une entrée de calcium (et il y a libération de Ca 2+ de la vacuole vers
le cytosol), ce qui va entrainer une inhibition du transfert de proton et l’activation de canaux
sortant de K+  plasmolyse  fermeture.
Le vanadate est aussi un inhibiteur de la pompe à proton

Contrôle des mouvements.

La lumière (bleue principalement) entraine l’ouverture du stomate un moment, puis
fermeture.
Le CO2, si sa concentration est faible, en présence de lumière on a ouverture du stomate.
Si sa concentration est forte, en présence de lumière, on a fermeture du stomate.
La température. Dès qu’elle s’élève, on a ouverture du stomate. Mais lorsque la
température devient trop élevée, il y a fermeture rapide du stomate.

2- LES VARIATIONS DE LA TRANSPIRATION.

En hiver les arbres perdent leurs feuilles pour limiter la transpiration. Dans les milieux où
l’eau est peu accessible, on a des feuilles lancéolées, voire dans les cas extrêmes, des épines
(cactacées). Les végétaux peuvent aussi jouer sur le nombre de stomates.
Lorsqu’on a un état du sol où l’humidité de l’eau devient un facteur limitant, la plante va
émettre un signal de stress : synthèse au niveau de la racine d’une phytohormone l’acide
abscicissique.
Le vent et l’agitation de l’air est à prendre en compte : le vent accélère la transpiration
de la plante.
La température optimale de transpiration est de 25-30°. Les plantes CAM fixent le CO2
la nuit, le transforme en acide organiques. La nuit, elles retransforment ces acides organiques en
CO2 et continue sa vie. Résultat, pas ou peu d’évaporation.
On a aussi une périodicité selon le moment de l’année. L’ouverture maximale se fait au
printemps (beaucoup d’eau et température acceptable). En été, s’il pleut on a une ouverture
presque maximale. Si la journée est sèche, les stomates s’ouvrent dans la journée et se ferment

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d’un coup, la nuit tombée. Si la journée est très sèche, les stomates s’ouvrent un peu le matin et
se ferment très vite. En automne, s’il pleut, on a beaucoup d’eau, mais la journée est froide, alors
on va avoir une ouverture vers midi, au moment d’ensoleillement maximum, et fermeture.
En hiver, le sol gèle, les racines ne sont plus capables de puiser de l’eau. Mais il y a du
soleil, il fait 10-15° (il ne fait pas froid). Vu la chaleur des parties aériennes, la plante va ouvrir
ses stomates, transpirer, mais ne pouvant pas renouveler l’eau au niveau racinaire, la plante
meurt… c’est triste.

On peut mettre des molécules anti-transpirantes. Si on a des limbes on pourra pulvériser

des polymères imperméables. On peut aussi mettre des agents fermeurs de stomate (comme le
phénylacétate de mercure). On va augmenter la survie de la plante, mais on va empêcher le
développement (photosynthèse).

L A NUTRITION MINERALE CHEZ LES VEGETAUX .

Au XVI° siècle, Van Helmont fait une expérience. Il fait pousser un arbre pendant 5 ans.
L’arbre pèse 76 kg et le sol n’a perdu que quelques grammes. Donc, la masse de la plante vient
d’ailleurs. Vu qu’on a ajouté que de l’eau d’arrosage, on s’est d’abord dit qu’une plante prenait
toute sa masse dans les sels minéraux. Ce n’est que quelques siècles plus tard qu’on a compris que
la masse de la plante venait du CO2 atmosphérique. Mais la plante a quand même besoin de sel
minéraux de l’eau et du sol ! N, K, Ca en quantité importante (macroéléments).

La consommation en sels minéraux varie selon les espèces : crucifère (S), graminée (Si),
halophyte (Na), calcifuge (très peu de calcium), épinard (K).

La consommation en sels minéraux varie selon l’âge des plantes : organe jeune (K, N, P).

LES MACROELEMENTS.

On a des métaux. Principalement sous formes de cations. On a des non-métaux, sous

forme d’anions.

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 N UTRITION AZOTEE .

I MPORTANCE DE L ’ AZOTE POUR LES PLANT ES .

Les composés azotés synthétisés chez

l’ensemble des organismes :

Macromolécule (acides aminés, ADN,

phosphatidylcholine), intervention dans
l’énergie cellulaire (ATP), maintien du pouvoir
réducteur (NAD/NADH et NADP/NADPH).

Composés azotés spécifiques des végétaux :

-Hormones végétales (cytokinines, auxine)

-Chlorophylle
-Lignine qui dérive de la phénylalanine.
-Flavonoïdes (antioxydants) qui dérivent de la phénylalanine.

Une carence entraine une chlorose généralisée et l’affaiblissement de la plante. Sans

azote, la première protéine affectée est la Rubisco !

I- D ISPONIBILITE EN AZOTE POUR L ES PLANTES : LE CYCLE

DE L ’ AZOTE .

Le caractère limitant de l’azote entraine une nécessité à le recycler. Le recyclage se fait

en oxydant plus ou moins l’azote.
On part de NO3-, on ajoute un électron et on arrive à NO2-, puis NO (gaz à effet de
serre, plutôt toxique), puis N 2O (gaz toxique aussi), puis N2 (azote moléculaire, gaz extrêmement
stable)(, NH2OH qui est une étape facultative qui revient à NO 2-), NH4+, puis azote organique.

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 Il faut toujours un apport initial d’azote. Mais on a un recyclage, parce qu’on a un retour
de la matière dans le sol (chute de feuille, consommation par les animaux qui meurent). On a aussi
une perte d’azote par érosion ou par lessivage (le NO3- est plus facilement entrainé par les pluies,
etc. contrairement au NH4+ qui a tendance à rester dans la plante), et aussi par les récoltes.

1- APPORT EN AZOTE : LA REDUCTION DE L ’AZOTE ATMOSPHERIQUE .

L’apporte géochimique (10%) va être produit

par les éclairs dans le ciel, de la manière suivante :
N2O + hν  N2 + O°
N2O + O°  2NO
NO + O3  NO2 + O2
Ces éléments, dans les villes très polluées,
ont une importance dans l’apport atmosphérique
d’azote.

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 L’apporte industrielle (30%), provient d’engrais et est sous forme de NH 4+ ou sous forme
d’urée. Pour produire ces molécules à partir de N2 et d’hydrogène par le procédé d’Haber-Bosh
(haute température et haute pression) qui est très polluant.

L’apport biologique (60%), uniquement chez les bactéries procaryotes, libres ou

symbiotiques.

LA NITROGENASE.

La nitrogénase reste très semblable même chez les espèces très éloignée. Il y a
tellement de contrainte pour réussir la réaction qu’elle catalyse, qu’il ne peut y avoir de mutation.
On utilise 16 ATP et 8 électrons pour réduire une molécule d’azote moléculaire.

N2 + 8 H+ + 8 e-  2NH3 + H2 (consomme 16 ATP).

En fait, on la un complexe de protéines.

La protéine II dinitrogénase réductase

est un homodimère, codé par un seul gène nifH
et possède en son centre un motif 4 fer-4
souffre.
La protéine I dinitrogénase qui est un
hétéro-tétramère (2 sous-unités α et 2 sous-
unités β) qui possède un motif Molybdène-Fer
sur la sous-unité α. Chaque hétéro-dimère α/β
est lié par un cluster P.

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 La ferrédoxine donne un électron à la protéine II. Cette dernière peut alors lier 2 ATP et
se lier à la protéine I. Lorsqu’on hydrolyse les 2 molécules d’ATP, on transfère un seul électron à
la protéine I. L’électron passe par le cluster P et se fixe au motif FeMo. La protéine II se
sépare, et recommence son cycle encore sept fois de plus (huit fois en tout). On peut enfin
réduire un N2 avec nos huit électrons.

2- LA NITRIFICATION.

Si les sols sont plutôt alcalins (pH entre 7 et 8) et aérés (nécessite de l’oxygène), on
assiste à une nitrification.

NH3 + 3/2O2  NO2 + H2O + 2H+ 2 e- (réaction réalisée seulement par un certains
groupe de bactéries, les nitrosomonas, et consomme 1 NADH2)

NO2- + H2O  NO3-+2H+ + 2e- (réaction réalisée par un certains groupe restreint de
bactérie, les nitrobacters).

Contrairement à la nitrogénase, qui est presque la même pour tous, les enzymes de
nitrification sont spécifiques à certains groupes bactéries chimio-lithotrophes autotrophes (qui
n’ont en commun que le fait d’être gram-).

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 Chez ces bactéries nitrifiantes, on utilise le métabolisme du nitrate pour produire des
protons, qui se lient à de l’O2 pour former de l’H2O et former au passage un gradient de proton.
Ce gradient de proton permet la réduction du NAD en NADH (au final dans le complexe 1).

3- ASSIMILATION OU PERTE D’AZOTE : LA DENITRIFICATION.

On a deux types de dénitrifications : la dénitrification assimilatrice aérobie et la

dénitrification dissimilatrice anaérobie.

La dénitrification assimilatrice : NO3-  NO2-  NH4+  glutamate. Réduction

assimilatrice  production de biomasse  déchets organiques et décomposition complexe par les
déaminases  ammonification aérobie.

La dénitrification dissimilatrice : perte sous formes gazeuses NH3, NO, N2O et N2. Cette
dénitrification a lieu en condition d’oxygène limitant, il y a mise en place de chaînes respiratoires
alternatives. Ici, le nitrate sert d’accepteur terminal d’électrons. Cela peut se faire par des
bactéries qui possède un complexe nitrate réductase membranaire. Un complexe hémique est
suivit d’un motif Fe-S et de molybdène qui sont capable de capter des électrons et de les
transmettre à la nitrate réductase qui utilise cet électron pour transformer NO3- en NO2-. Dans
le prériplasme de ces bactéries, de nombreuse enzyme vont convertir le NO 2-. Cette conversion
consomme pas mal d’électrons. NO2  2NO N2ON2. Bien sûr chacun de ces gaz peut
diffuser hors de l’organisme et être rejeté dans l’atmosphère (on peut arrêter la réaction
périplasmique à chaque étape).

19
II- A BSORPTION DE L ’ AZOTE MINERALE CHEZ LES VEGETAUX .

1- RAPPEL.

L’absorption racinaire consiste en un transport vers les vaisseaux conducteurs.

20
 2- RACINES : CARACTERISATION PHYSIOLOGIQUE DE L’INFLUX DE
NITRATE.

Transport à contre gradient de concentration mais aussi contre le gradient

électrochimique surtout pour le nitrate. On va donc avoir besoin d’énergie pour faire rentrer le
nitrate dans la cellule, d’où la présence d’un système de symport (symport= co-transport actif).

On a donc du nitrate en excès dans le sol. Il y a transport, via le système ci-dessus, au

niveau des poils absorbants. Le nitrate rejoint les vaisseaux conducteurs, où il est transporté
jusqu’aux feuilles où il est enfin assimilé. Le nitrate va être transloqué au niveau des plastes.

DEUX SYSTEMES DE TYPE SYMPORT SONT PRESENTS DANS LA PLANTE.

Ces deux symports sont NRT1 et NRT2. Ils présentent une affinité différente avec les
nitrates selon externe en nitrate (NO3-).

21
 3- IDENTIFICATION DE NRT1, UN SYSTEME DE TRANSPORT DE FAIBLE
AFFINITE.

Les mutants capables de pousser en présence de chlorate (ClO 3-) sont tous affectés au
niveau du transport, ils ne peuvent transporter que des très faibles quantités de nitrate.
Puisque le ClO3- est un analogue que nitrate, il peut être transporté par le même
transporteur, de plus, le chlorate peut utiliser la nitrate réductase pour transformer le chlorate
en chlorite.

Il y a accumulation très toxique du ClO2-, car cette espèce chimique n’est pas reconnue
par la nitrate réductase.

Il y a une forte régulation du transporteur NRT2.

4- LES SYSTEMES AMT DE TRANSPORT D ’AMMONIUM.

Les AMT sont des symports. S’il n’y a que de l’ammoniac dans le sol, on aura une
acidification de l’iosphère (=milieu externe).
Il ressort des expériences que la présence de NH 4+ associer à la présence de NO3- est
une condition optimale d’absorption d’azote, car une haute concentration en NH4+ entraine une
acidification du milieu, ce qui facilitera l’entrée de l’azote par un symport NO 3-/H+. Ceci
s’explique par le fait que lorsque la plante absorbe du NH 4+, elle fera sortir plus facilement un
proton.

LE SYNDROME AMMONIACAL.

Lorsque le NO3- sort de la vacuole, des acide organique sont former (pour compenser la
charge négative qui sort de la vacuole et entre dans le cytoplasme). Si on n’a une nutrition azotée
exclusivement à base de NH4+, cette formation d’acide organique n’aura pas lieu. Hors, ces acides
organiques formeront les acides aminés nécessaires pour la détoxification du NH4+ toxique (en le
transformant en NH3+). Mais si on a une nutrition azotée exclusivement à base de NH 4+, on n’a pas
d’acide organique, donc pas d’acides aminés, donc accumulation toxique de NH 4+ : c’est le
syndrome ammoniacal.

22
 III- A SSIMILATION DES NITR ATES ET R EDUCTION EN
A MMONIUM .

2- ASSIMILATION DES NITRATES ET REDUCTION EN AMMONIUM.

On a des systèmes d’assimilation du nitrate au niveau du cortex. S’il est en grande

quantité il va être stocké dans la vacuole. Si la plante a assez d’énergie, elle va transformer le
nitrate en nitrite en NH4+.

ASSIMILATION PAR LA NITRATE REDUCTASE ET NITRITE REDUCTASE.

Le nitrate va être réduit.

NO3-NO2-NH4+ (première enzyme : nitrate réductase assimilatrice cytosolique ;

deuxième enzyme : nitrite réductase (chloro)plastique)
Dans les plastes, le NH4+ va être assimilé.
On a besoin, au niveau des plastes d’avoir des transporteurs à NO2-.

Pour réduire le nitrate on va utiliser les électrons fournit par NADH. Les 6 électrons
nécessaires à la réduction du NO2- sont apportés par 6 ferrédoxines (elle-même fournit par le
photosystème 1).

STRUCTURE DE LA NITRATE REDUCTASE (NR).

On a un homodimère. Chaque monomère est composé comme suit :

-on a une flavine (FAD)

-un domaine charnière qui associe le FAD au domaine suivant.
-un domaine hémique.
-puis le domaine catalytique proprement dit, qui est un domaine à cofacteur à molybdène.

Le molybdène étant un métal, peut être à l’état oxydé ou réduit, et pour échanger des
électrons. Même si, en termes de stabilité, chaque sous-unité a besoin de la présence de l’autre,
elles fonctionnent indépendamment l’une de l’autre.
Le domaine charnière entre le FAD et l’hème est sensible aux protéases. Si on coupe à ce
niveau, qu’on donne à FAD un donneur d’électrons, FAD les prendra les électrons.

23
 Si on prend juste la partie Hème/MoCo, et qu’on ajoute un fort donneur d’électron, on va
quand même réussir à transférer les électrons pour la réduction des nitrates.

Les différentes parties sont opérationnelles seules. Comme si les gènes de s’étaient
accidentellement retrouvés les uns à la suite des autres.

STRUCTURE DE LA NITRITE REDUCTASE (NIR).

Elle a seulement deux domaines :

-un domaine qui va se lier la ferrédoxine réduite.
-un domaine 4Fe-4S/hème.

Le domaine 4Fe-4S/hème est un groupement dit prostétique, car il n’est pas de nature
protéique mais se lie à l’apoprotéine pour que le domaine ait sa fonctionnalité.

En cas de carence en azote, le nitrate sera assimilé dans la racine. Mais dans ce cas, pas
de photosynthèse, donc pas de ferrédoxine. Alors comment ça se passe ? On a recours à la voie
des pentose-phosphates. Dans cette voie, on une expulsion de deux électrons qui vont réduire du
NADP+ en NADPH. Ces NADPH produit vont chacun réduire 2 ferrédoxines (donc 4 ferrédoxine
en tout). Pour la NiR on a besoin de 6 électrons par nitrite. On va donc devoir réduire une
molécule et demie de glucose pour transformer un nitrite. C’est très coûteux en énergie.

On va mettre ne place des systèmes de régulation de la NiR pour éviter d’avoir trop de
nitrite en cas de carence en pouvoir réducteur.

Elle a un peptide signal, dans la région N-terminal, qui dirige la NiR dans le chloroplaste.
La NR n’en a pas, elle restera dans le cytosol.

3- FACTEURS ENVIRONNEMENTAUX INFLUENÇANT L’ACTIVITE DE LA

NR.

On a deux façons d’inhiber l’activité de la NR : soit on stop la synthèse de l’enzyme, soit

on la désactive une fois synthétisée.

Pour savoir si notre gène est transcrit ou pas, on broie une cellule, on récupère tous les
ARNm, et on révèle spécifiquement l’ARNm de notre NR, avec une sonde. On « évalue » ensuite la
puissance du signal pour connaitre la proportion d’ARNm synthétisée. On peut faire des mesures
dans différentes conditions. On met des feuilles et des racines en présence continue de NO 3- et
on regarde l’évolution de la production d’ARNm avec le temps d’exposition au nitrate. Ça donne un
truc du genre :

24
 ARNm des feuilles
ARNm des racines

On observe l’activité de la NR en fonction des cycles jour/nuit :

Activité de la RN

Activité de la RN

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 On reste à concentration constante de nitrate et on alterne les cycles jour/nuit :

ARNm de NR

ARNm de NR

Pendant la journée, la quantité d’ARNm diminue. Pendant la journée elle augmente. La

concentration en acide aminé (glutamine) suit une progression en miroir. Il y a un décalage entre
transcription d’ARNm et synthèse de protéine (NR). La nuit on produit les ARNm qui seront
transformé en enzyme plus tard et utilisée dans la journée, pour réduire les nitrates.
On dit que la production de NR suit un cycle circadien.

C’est le saccharose qui indique qu’il y a effectivement des chloroplastes fonctionnels qui
assimile le carbone, qui produisent du pouvoir réducteur, qui permet l’assimilation de nitrate.
D’où le fait que la nuit, on arrête de traduire les sARNm en enzyme, parce qu’on n’a pas de
pouvoir réducteur pour faire fonctionner cette enzyme, parce qu’on n’a pas de photosynthèse
(normal : c’est la nuit).

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 PRINCIPE D’INACTIVATION DE LA NR.

On commence par une diminution de la concentration en CO 2, cela favorise l’activité d’une

kinase qui phosphoryle la NR (sur sa Sérine 534), ce qui la rend affine avec une petite protéine,
la protéine 14-3-3 : NR est inactivée lorsqu’elle est liée à 14-3-3.
Dès qu’on a augmentation de la concentration en CO2, on favorise l’activité d’une
phosphatase qui déphosphoryle la NR. La protéine 14-3-3 ne peut pas y rester liée, elle se
détache et NR est réactivée.

IV- A SSIMILATION DE L ’ AZOTE AMMONIACAL .

Une fois le nitrate transformé en ammonium (NH4+), il doit être assimilé. Il est à noter
que le nitrate n’est pas la seule source d’ammonium. On a une assimilation primaire et une
assimilation secondaire.
L’assimilation primaire c’est le transport et la réduction des nitrates, le transport
d’ammonium direct, la fixation de l’azote atmosphérique.
L’assimilation secondaire correspond à l’absorption d’azote produit par la photo-
respiration, le catabolisme protéique (hydrolyse de la Rubisco avant la chute des feuilles pour ne
pas gâcher), l’utilisation des composés impliqué dans le transport de l’azote (asparagine, arginine,
uréides), la mobilisation de l’azote, la germination des graine (déamination). On se rend compte,
que comme la Rubisco, on a des protéines qui sont synthétisées (même si on en n’a pas vraiment
besoin) et qui peuvent servir de stock d’azote.

1- ASSIMILATION DU NH4+ PAR LE SYSTEME GS/GOGAT.

Il existe des organes de réserves (comme le tubercule de pomme de terre). On observe

aussi une grande proportion d’azote stockée dans les graines. Il existe des molécules spécifiques
qui n’ont pas d’activité enzymatique qui, au moment de la germination, vont devenir sensible aux
protéases (les déaminases) qui les métabolisent en produisant du NH 4+.

27
 On a aussi une forte quantité de NH3+ qui est produit lors de la photo-respiration des
plantes C3.

On part de 1,5 Ribulose bi-phosphate et la Rubisco va soit former deux PGA soit former
un PGG et un phosphoglycolate. Ce phosphoglycolate, lorsqu’il entre dans le peroxysome va être
transformé pour former un aldéhyde (glyoxylate) et une molécule d’eau. Par transamination, le
glyoxylate va former une glycine : on fixe un NH2 !!! Puis, dans les mitochondries, deux glycines
sont transformées en une sérine, par décarboxylation et déamination (on rejette un CO2 et un
NH3).
Le NH3 assimilé ainsi peut être trois fois supérieure à celui assimilé par assimilation
primaire.

On a 4 acides aminés essentiels à l’assimilation de NH 4+, ils dérivent des acides α-

cétoniques du cycle de Krebs :
-l’α-cétoglutarate donne le glutamate et la glutamine.
-l’oxaloacétate donne l’aspartate et l’asparagine.

Les deux premiers acides aminés synthétisés sont la glutamine et le glutamate. Ensuite ils
sont, rarement, utilisés tel quel. Sinon, ils sont transformé en aspartate (à partir du glutamate).
L’asparagine va être assimilé la nuit, parce qu’elle assez inerte (pas de modification du
métabolisme général).
La quantité de glutamate reste constante, par contre l’α-cétoglutarate oscille selon les
cycles jour/nuit.

On part du glutamate  amidation (catalysée par la glutamine synthétase ou GS qui

consomme de l’ATP)  glutamine  transfert du NH2 directement sur le carbone α de l’α-
cétoglutarate  2 glutamates (celui de départ + un qui a assimilé de l’azote).

Le transfert du NH2 se fait par la Glutamate OxoGlutarate Amino-Transferase (GOGAT).

Cette réaction correspond à une réduction de cétone, qui nécessite un apport d’électrons. On a
donc 2 types de GOGAT : une qui consomme du NADH et une autre qui consomme deux
ferrédoxines.

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 On a deux inhibiteurs : la Méthionine SulfOximine (MSO) et l’azasérine qui présentent
une partie homologue respectivement avec la glutamine et l’α-cétoglutarate, qui inhibent donc
respectivement la GS et la GOGAT.

On a deux GS et deux GOGAT.

GS1 et GS2 sont très proche et ont des activités chimique très très proches : la seule
différence c’est leur localisation (intracellulaire et tissulaire). GS1 est racinaire et cytosolique (à
plus de 95%) ; la GS2 est foliaire et (chloro)plastique (à plus de 95%).

La GOGAT NADH-dépendante est racinaire tandis que la GOGAT ferrédoxine-

dépendante (codée par le gène GLU1) est foliaire. En fait elles n’ont pas exactement le même
rôle.

On fait une expérience : On remarque que les mutants qui n’expriment pas GS2 ou GLU1
se développent normalement que si on les met sous 1% de CO 2. Sous atmosphère ambiante, elles
sont chlorotiques (jaunes et toute moche). On remarque que la quantité des chlorophylles dans
les mutants est toujours inférieure à celle présente chez le sauvage (dans toutes les conditions).
Les mutants à l’air sont dans le même état qu’en carence en azote. En fait, quand on diminue la
concentration en CO2, la Rubisco se met en mode photo-respiration et produit 1 PGA et 1
phosphoglycolate et pour gérer ce phosphoglycolate, il faut… de la GS et de la GOGAT.

2- ASSIMILATION DU NH4+PAR LE SYSTEME GLUTAMATE

DESHYDROGENASE (GDH) : UNE VOIE ALTERNATIVE .

Il faut savoir que la GS a une plus forte affinité pour le NH 4+, que la GDH.
En condition d’excès d’azote, on utilise la GDH pour décharger le GS de son boulot et
parce qu’on a atteint une concentration en NH4+ suffisante au vu du Km de la GDH

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 3- SYNTHESE DES AUTRES ACIDES AMINES DANS LA PLANTES.

On a suivit la formation de glutamate. On sait qu’on peut former de l’aspartate en

transaminant du glutamate sur de l’oxaloacétate. Cette réaction est catalysée par l’aspartate
amino-transférase (AAT).
(On a une autre transamination évoquée précédemment : celle du glyoxylate pour former
de la glycine dans les peroxysomes.)

On peut avoir une amidation de l’aspartate par la glutamine pour donner du glutamate et
de l’asparagine. Réaction catalysée par l’asparagine synthétase (coûte l’hydrolyse d’un ATP en
AMP). A la fin de la journée on a formé plein de glutamine. On va lui retirer un N pour former de
l’asparagine, forme de réserve.

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D EUX SCHEMAS IMPORTANTS .

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