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21/11/2019

L’automatisation en
biologie médicale

Pr. Mohamed Fadhel Najjar

L’automatisation : Définitions
Automatisation: c’est la réalisation des gestes humains
par l’automate: prélèvement de l’échantillon et du réactif,
mélange, incubation, lecture du signal et sa transformation
en valeur quantitative selon la méthode programmé.

Consolidation: c’est l’installation de machines capables


d’effectuer plusieurs types de mesure simultanément,
réalisées auparavant sur des instruments isolés.
Intégration: c’est l’implication des différentes étapes de
l’analyse sur l’automate: certains laboratoires commencent
à se doter d’un plateau technique unique et robotisé.

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L’automatisation: Pourquoi ?
• Augmentation de l’activité, tout d’abord, liée elle-même à
l’arrivée de nouveaux marqueurs (en cardiologie,
cancérologie, infectiologie, etc.) et aux progrès des
techniques.
• Nécessité de l’augmentation des performances (qualité des
examens, sécurité des données) qui passe par la réduction
des erreurs, la diminution du délai de réalisation des
analyses, et le renforcement de la sécurité biologique.
• Limitation du nombre d’interventions manuelles  gain de
temps que l’on peut employer pour des tâches dont la valeur
ajoutée est supérieure (biologie moléculaire par exemple).
• Restructuration des laboratoires par l’augmentation de sa
productivité.

L’automatisation : typologie
• Automate en système ouvert: programmation possible par
l’utilisateur.
• Automate en système fermé: pas de possibilité de
programmation par l’utilisateur.
• Automate en random access : introduction des analyses à
réaliser par patient.
• Automate en série (batch): introduction des analyses par type.
• Automate à chargement continu ou discontinu.
• Automate à cuvettes jetables ou lavables.
• Automate à circulation d’eau pure continue ou non.

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Classification des analyseurs


• Les petits analyseurs spécialisés: analyseurs de pH, des
gaz du sang, des électrolytes et des métabolites.

• Les analyseurs multiparamétriques de biochimie.


• Les systèmes d'immunodosages :
• les systèmes avec observation immunochimique directe.
• les systèmes pour immunodosages avec marqueurs.

• Les systèmes intégrés.


• Les plateformes robotisées.

Qu’a-t-on automatiser?
• les tests classiques:
• Spectrophotométrie simple en point final.
• Spectrophotométrie en cinétique deux points.
• Spectrophotométrie en cinétique multipoints.
• Tests en potentiométrie.
• L’immunochimie directe et avec marqueurs.
• Les hémogrammes simples et avec formules.
• Les groupes sanguins.
• L’hémostase.
• Les tests immunologiques.
• les analyses bactériologiques.
• La biologie moléculaire.
• Etc.

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Organisation des laboratoires 1


Compte tenu des équipements disponibles, l'organisation des
laboratoires de biochimie s'est profondément modifiée, et le
biologiste exprime des souhaits en matière d'organisation du
travail :
• une diminution des postes de travail, voire réduction à 1.
• un travail à partir d'un prélèvement unique, non éclaté et non
décanté; d'où une grande simplification, une meilleure
hygiène, une diminution des risques de contamination virale
en particulier (hépatites, sida, etc.).

Organisation des laboratoires 2


• une amélioration des conditions et de l'intérêt de travail pour
le personnel technique.
• un fonctionnement adapté au rythme saccadé de la
demande (mode de travail principal par dossier, possibilité de
travailler par séries).
• une autogestion et un autocontrôle de l'analyseur (dilutions,
ré-analyses, etc.).
• une fiabilité des résultats garantie par une standardisation
des techniques et la sélection de techniques performantes.

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Organisation des laboratoires 3


• Actuellement sur le marché, on trouve des analyseurs aux
possibilités étonnantes : les plus performants peuvent réaliser, à
partir d'un tube de sang de 5 mL, la détermination de plus de 50
tests différents avec une cadence allant jusqu'à 10.000 dosages
par heure...
• Le biologiste désireux d'équiper un laboratoire, l'ingénieur
biomédical et le responsable du service des achats sont
confrontés à un problème de choix; l'industrie propose une
multitude de systèmes analytiques différents: «le bon choix?».

Qu'est ce qu'un analyseur? 1


Un analyseur est la composante instrumentale d'un ensemble
complexe, appelé «Système de Traitement des Analyses
Biologiques: STAB», dans lequel on peut distinguer des sous-
ensembles:
• STS : système de traitement des spécimens.
• STD: système de traitement du milieu réactionnel.
(anciennement appelé système de traitement des dosages).
• STM : système de traitement des mesures.
• STI : système de traitement des informations.
• STC : système de traitement de la connexion.

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Qu'est ce qu'un analyseur? 2


• Ces sous-ensembles sont soutenus et gérés par un système
d'organisation assurant le «pilotage» instrumental et humain du
STAB, et permettant la réalisation des analyses (Système de
Gestion du Laboratoire: SGL) (SIGL, SIL).

• Le STAB se compose de moyens matériels (locaux,


instruments, consommables et réactifs, échantillons), de
moyens analytiques (méthodes et techniques), de moyens
humains (recrutement, qualification, encadrement, habilitation)
et d'organisation (protocole opératoire et fonctionnement du
laboratoire).

Qu'est ce qu'un analyseur? 3


• Le STS et le STI sont les points d'échanges d'informations
de l'analyseur avec le laboratoire. C’est l‘interface utilisateur
(ensemble des facilités proposées pour une utilisation simple,
conviviale et efficace de l'analyseur). Cette notion englobe la
notion de sélectivité, l'organisation du travail et les contrôles et
sécurités aux différents niveaux, la cadence, les problèmes de
connexion, etc.

• Le STD et le STM constituent la partie analytique de


l'analyseur. L'accès ou non accès à la définition et au
paramétrage de ces systèmes entraînera la notion «système
ouvert/fermé», donc le choix des techniques, de la T°C, etc.

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Qu'est ce qu'un analyseur? 4

Système ouvert/système fermé 1


• Les systèmes sont dits fermés lorsque les algorithmes de
traitement des échantillons, des dosages, des mesures et des
informations sont imposés par le fabricant, et le plus souvent
figés. Bien souvent, les réactifs sont aussi imposés par le
fabricant de l'analyseur (réactifs «captifs»).

• Les systèmes sont dits ouverts, lorsque l'utilisateur peut


programmer, ou «paramétrer» les techniques de son choix
(volume d'échantillon et de réactifs, temps d'incubation,
algorithmes de saisie des mesures…) selon ses exigences
propres. Le choix des réactifs est alors toujours libre.

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Système ouvert/système fermé 2


• Les systèmes mixtes partiellement ouverts : il s'agit de
systèmes qui laissent à l'utilisateur la possibilité d'installer une
ou plusieurs techniques de son choix.

• Plusieurs approches sont présentées par les fabricants :


• soit des machines assez fermées avec un nombre limité
de canaux ouverts (programmation ?).
• soit des machines comportant en fait deux sous-
ensembles, l'un étant complètement fermé, l'autre
complètement ouvert.

Les robots en biologie


• Un robot est un «manipulateur automatique, asservi en
positions, reprogrammable, polyvalent, capable de
positionner et d'orienter des matériaux, pièces, outils ou
dispositifs spécialisés au cours de mouvements variables et
programmés pour l'exécution de tâches variées». Il se
présente souvent sous la forme d'un ou de plusieurs bras se
terminant par un poignet. Son unité de commande utilise
notamment un dispositif de mémoire et éventuellement de
perception de l'environnement et des circonstances ainsi que
d'adaptation en résultant. Il est évolutif.
• Ils effectuent la même fonction de façon cyclique.
• La relation homme-robot se fait via un ordinateur.

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Robots de microplaques
• En immunodosage, un robot est un système ouvert non lié à
des marques de réactifs. Par son format, la microplaque est
un standard approprié à une manipulation robotique.
• La plupart des systèmes actuels utilisent la microplaque en
tant que phase solide éventuelle et support de présentation.
• On trouvera des systèmes assurant la prise en charge de la
distribution des spécimens, des réactifs et des solutions de
lavage: il s'agit des distributeurs, préparateurs d'échantillons
de capacité variable, adaptables aux besoins de chaque
laboratoire; et d'autres assurant une prise en charge complète
par exemple en sérologie infectieuse.

Les automates en biologie


• Un automate est un dispositif assurant un enchaînement
automatique et continu d'opérations, selon une séquence
logique fixée.
• Un automate est un système spécialisé non évolutif, à
reprogrammation impossible ou limitée.
• En immunoanalyse, un automate est un système fermé lié à
une marque de réactifs; il s'agit souvent d'un système dont la
conception, souvent innovatrice, est contemporaine de la
mise au point d'une nouvelle méthode.
• En biochimie classique, on a encore la double possibilité :
système ouvert ou système fermé autour d'une technologie
plus ou moins originale et liée à une marque de réactifs.

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Systèmes ouverts: électrolytes


• Module particulier imposé par le fabricant et dédié aux
dosages des électrolytes: Na+, K+, CL-.
• Techniques proposées: la potentiométrie directe ou
indirecte.
• Quelques aspects particuliers devront être examinés:
 Prédilution automatique des urines  domaine de
mesure adapté (Na+: 10 à 200 et K+: 150 ou 200 mmol/L).
 Prise en compte par une dilution de l'environnement
ionique très variable d'un spécimen à l'autre.

Systèmes ouverts: substrats


• Un, deux, voire trois réactifs par dosage à programmer.
• Programmation libre du temps d'incubation avec chaque
réactif selon les techniques.
• Réalisation d’un blanc échantillon, soit par des techniques à
deux cuvettes, soit par des techniques à deux réactifs.
• Réalisation de dilutions de l'échantillon dans le milieu
réactionnel  mesure fiable d’un volume de 1 μL.
• Gérer différents algorithmes d'acquisition des données:
point final, cinétique en 2 points (temps fixés), cinétiques
linéaires (intervalles fixes programmables), etc.

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Systèmes ouverts
Enzymes et Protéines
Activités enzymatiques
• Cinétique multipoints en 2-3 min (facteur ou étalon ?).
• Dilution automatique au besoin et mesures à 340 ou 405 nm.
• Milieu de travail thermostatée à 30 ou 37°C.
Protéines spécifiques
• Dosage immunoturbidimétrique à 340 nm en cinétique.
• Étalonnage multipoints avec dilution en cascade d'un étalon
concentré et courbe non linéaire.
• Détection d’excès d’antigène.

Mode de travail des analyseurs


• La gestion par patient ou par séries successives  des
conséquences importantes sur le rendu des résultats, et sur
la réalisation des urgences.
• Le travail par dossier: l'analyseur réalise l'ensemble des
tests du premier spécimen avant de passer au spécimen
suivant. En général, un mode «urgence» permet à tout
moment, et en priorité, d'introduire et de traiter une urgence.
• Le travail par séries: l'analyseur (ou parfois le biologiste)
organise le travail en séries, et l'informatique regroupe les
résultats. les urgences sont difficiles à gérer.

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Sélectivité des automates


• Les analyseurs modernes sont presque tous sélectifs, c'est
à dire qu'ils ne réalisent que les dosages demandés; ils ne
consomment l'échantillon et les réactifs que pour ces
analytes.

• Rarement, il ne s'agit que d'une sélectivité d'édition


(plusieurs tests sont réalisés mais seuls les tests demandés
sont édités (module multi-électrodes des analyseurs de
biochimie et analyseurs de GDS/électrolytes).

Cadence des analyseurs


• Il faut apprécier la cadence réelle des analyseurs dans les
conditions d'exploitation prévues, et la confronter aux besoins
du laboratoire : temps disponible, pointes d'activité, etc.
• La cadence réelle des analyseurs est parfois assez
différente de la cadence théorique, en particulier pour les
systèmes ouverts.
• Il faut répondre à un certain nombre de questions :
• La cadence vraie: spécimens/h ou en tests/h?
• L’incidence du nombre de réactifs sur la cadence?
• La cadence est-elle dépendante des électrolytes?

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STS: Système de Traitement des Spécimens


Prélèvement à analyser
• Il convient d'examiner les différentes facilités au niveau
du traitement des spécimens.
• Le spécimen à analyser peut être un tube primaire et/ou
un godet avec sérum/plasma.
• La possibilité de travailler sur un tube primaire avec ou
sans bouchon et avec ou sans centrifugation (sang total).
• La prise d’essai à travers le bouchon, est appréciable,
pour la sécurité, la rapidité et la praticabilité (prévoir alors
les tubes particuliers pour les prélèvements).

STS: Système de Traitement des Spécimens


Identification des spécimens
• Une identification positive et réelle sur le plateau des
spécimens de l’automate, par un lecteur intégré, par lecture
d'un identifiant solidaire du tube, le plus souvent une étiquette
avec des codes à barres, est très importante.

• Une gestion du spécimen: détecteur de niveau (capacitif,


conductimétrique…) c'est-à-dire pilotage de la plongée de la
sonde de prélèvement, et détecteur de microcaillots pour
alerter sur un bouchage éventuel, constituent des éléments
importants de sécurité et de confort. Un lecteur «non intégré»,
crayon optique par exemple, n'apporte pas la même sécurité.

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STS: Système de Traitement des Spécimens


Volume mort
• Sur les analyseurs actuels, le volume mort (quantité de
spécimen indispensable pour permettre son prélèvement, mais
non consommé) est souvent plus important que les volumes
nécessaires aux dosages!

• Il s'exprime en microlitres (μL) et dépend du mode de


détection de niveau; un détecteur de type capacitif permet en
général d'avoir des volumes morts plus faibles, de l'ordre de 20
à 30 μL sur microgodet...

STS: Système de Traitement des Spécimens


Sondes de prélèvement et prétraitement
• Sonde à usage unique (embout) ou multiple (lavable).
• Les procédures de lavage (décontamination) de cette sonde
sont importantes à examiner (évaluer la contamination !!!).
• Leur rythme de travail (le temps du cycle de prélèvement)
conditionne la cadence (un analyseur prélevant un spécimen
toutes les 20 secondes peut théoriquement réaliser 180
tests/h !!!).
• Les prétraitements: dilution des urines, ré-analyse avec ou
sans dilution du spécimen en cas de besoin.

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STD: Système de Traitement des Dosages


Réactifs utilisés
• Forme des réactifs variable: liquides, plaques, cassettes, etc.
• Conditionnement variable: unitaire, multiple, etc.
• Nombre et séquences d'addition de réactifs/dosage variables.
• Gestion importante des réactifs: stock (péremption) et sur
l'analyseur (stabilité).
• La quantité en place (nombre disponible de tests) conditionne
l'autonomie de l'analyseur.
• La température de stockage: +2 et +8°C.
• L'identification positive des réactifs: facilité et sécurité.
• Le nombre de réactifs disponible: 30 à 80 selon l’analyseur.

STD: Système de Traitement des Dosages


Milieu réactionnel
• Le support du milieu réactionnel: cuves, carrousel, barrettes,
Les supports: à usage unique ou lavable? Si oui, comment
(qualité de l’eau/additif) et quels sont les moyens de contrôle?
• L'avantage de l'usage unique: garantie de cuvettes propres.
• La décontamination des effluents produits doit être gérée.
• L'incubation du milieu réactionnel thermostatée (37°C) et son
temps (fixe ou programmable).
• La gestion des étapes de séparation pour les systèmes
d’immuno-dosages avec marqueur est importante.

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STM: Système de Traitement des Mesures


Capteurs électrométriques

• Electrodes sélectives sur le module de l’analyseur.


• Spécimens dilués ou non dilués.
• Sur spécimen non dilué: mesure de l'activité de l'ion étudié
dans le plasma. Dans ce cas, il est possible d'utiliser du sang
total et l'on parle de potentiométrie directe.
• Sur spécimen dilué: potentiométrie indirecte. Il s'agit là
encore d'une mesure d'activité de l'ion (relation complexe
activité/spécimen). Les résultats sont superposables à ceux de
la photométrie de flamme et possibilité de dosage des urines.

STM: Système de Traitement des Mesures


Mesures photométriques
• Perspectives intéressantes par les progrès actuels .
• Meilleure stabilité et maintien d’un bruit de fond faible.
• Mesures d'absorbance à plusieurs longueurs d'ondes
(longueurs d'ondes disponibles : au moins 340, 405, 510, 550
et 630 nm) et lecture en bichromatisme.
• Quantification à l'aide d'une barrette de diodes.
• Spectre en un temps très court, exploité par l'informatique.
• Correction des perturbations liées au spécimen : turbidité,
hémolyse, bilirubine.

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STM: Système de Traitement des Mesures


Modalités de mesure
• Modalité de lecture: directe (le support d'incubation,
souvent une cuvette, sert aussi de cuve de lecture) ou
transfert (les deux dispositifs sont distincts).
• Programmation primordiale (cinétiques enzymatiques).
• Photomètre unique (la majorité des analyseurs) ou
multiple (4 à 8, ne sont plus utilisés).
• Photomètre fixe (le plateau tourne pour faire passer en
lecture toutes les cuvettes, et l'ordinateur traite les données)
ou mobile (le photomètre se déplace).

STM: Système de Traitement des Mesures


Cas des immunodosages avec marqueur
• Le signal: absorbance, fluorescence, ou chimiluminescence
avec traitement informatique de l’information.
• Absorbance : il s'agit de photométrie classique.
• Intensité de fluorescence (dispositif adapté) : on utilise soit
de la fluorescence classique et mesure d'une intensité de
fluorescence, soit un déclin de fluorescence, soit un taux de
polarisation de fluorescence.
• Intensité de chimiluminescence (dispositif adapté): mesure
du nombre total de photons émis qui est proportionnel au
nombre de molécules de luminophore.

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STI: Système de Traitement des Informations


Le matériel
• D'abord, selon le matériel informatique utilisé, unité
centrale, mémoires de masse, clavier, écran, imprimante, les
différentes fonctions du logiciel seront plus ou moins
accessibles et confortables.
• Un analyseur dont le logiciel est complètement résident en
mémoire vive, ou accessible d'une manière quasiment
instantanée à partir d'un support (disque dur par exemple)
est beaucoup plus agréable qu'un système qui charge
laborieusement son logiciel à partir d'un support.

STI: Système de Traitement des Informations


Logiciel d’exploitation et de pilotage 1
Actuellement, les dispositifs proposés sont très performants.
Un logiciel «multitâche» permet une plus grande souplesse.
Les différentes fonctions du logiciel sont à examiner:
- saisie des demandes et problèmes d'identification des
spécimens.
- procédure d’étalonnage disponible et mémorisation de
plusieurs lots de réactifs.
- possibilité de réaliser une gamme à partir d'un étalon
concentré (dilutions en cascade).

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STI: Système de Traitement des Informations


Logiciel d’exploitation et de pilotage 2
- alarmes analytiques et leur positionnement par rapport au
résultat (à coté, à la place?).
- traitement des résultats, validation des résultats; problème
des repassages et des dilutions automatiques ou non.
- contrôle de qualité : exploitation en temps réel pour une
aide à la validation des résultats? exploitation longitudinale?
- Éditions et contrôle de fonctionnement, etc.

Dans le cas d'un analyseur connecté, certaines de ces


fonctions sont complètement inutiles.

STC: Système de Traitement de la Connexion


La connexion informatique 1
• Le but d'une connexion est d'une part la transcription rapide
et fiable de données entre un analyseur et un ordinateur, et
d'autre part l'exactitude de l'identification des spécimens.
• La connectique englobe l'ensemble des caractéristiques de
la liaison entre un appareillage de laboratoire (analyseur) et
un ordinateur; cette définition comprend :
* Les supports physiques: matériels permettant de réaliser
la liaison selon les normes standards.
* Les logiciels spécifiques à la communication entre les
deux systèmes pour permettre l'échange d'informations.

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STC: Système de Traitement de la Connexion


La connexion informatique 2
• Il doit exister au niveau de l'analyseur un logiciel émetteur
ou émetteur/récepteur, et au niveau de l'ordinateur le logiciel
récepteur ou émetteur/récepteur correspondant:
• liaison monodirectionnelle: Analyseur  Ordinateur.
• liaison bidirectionnelle: Analyseur  Ordinateur.

• Une telle liaison permet à l'analyseur d'acquérir une partie


de l'information nécessaire à son fonctionnement en
interrogeant l'ordinateur; cette liaison implique au niveau de
l'analyseur: l'identification automatique des échantillons (code
à barre: type de prélèvement et nature de la demande).

STC: Système de Traitement de la Connexion


La connexion informatique 3
Le développement de ces logiciels demande une analyse
détaillée et exhaustive des diverses fonctions nécessaires; ce
sont eux qui donneront cohérence et souplesse à la
connexion; aussi.
L'analyse des besoins doit se faire en étroite collaboration
des biologistes, techniciens, et informaticiens.
Le type de liaison, directe ou indirecte: il peut exister entre
l'analyseur et l'ordinateur un intermédiaire, boîte noire,
microordinateur, etc. permettant, avant leur transfert vers
l'ordinateur, un prétraitement des informations.

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STC: Système de Traitement de la Connexion


La connexion informatique 4
analyseur  microordinateur  système central (SIC)
Cette dernière modalité est-elle préférable, ou s'agit il d'une
procédure permettant de corriger des insuffisances du
logiciel de l'analyseur?
Le type de dialogue: le dialogue entre l'analyseur et
l'ordinateur peut s'effectuer de deux façons : d'une manière
instantanée (temps réel pour l'utilisateur); ou d'une manière
différée : «batch» de données, demandes ou résultats, ce qui
a une réelle incidence sur l'organisation du travail.

STC: Système de Traitement de la Connexion


La connexion informatique 5
• Pour un maximum de cohérence et de souplesse 
connexion bidirectionnelle optimisée :
- Gestion totale du spécimen.
- Connexion bidirectionnelle totale au SIC.
- Chargement continu.
•- Autonomie suffisante en réactifs.

• Enfin, il faudra prévoir ce qui se passe en cas de rupture


momentanée de la connexion, en particulier pour la saisie des
demandes, le positionnement du spécimen et le rendu du
résultat!!!

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Aspects Généraux
Analyse des coûts
• Achat des appareils ou mise à disposition ?
• Coûts d'exploitation, réactifs, consommables et
maintenance.
o Pour les systèmes fermés: calcul facile du coût par test, y
compris le coût du technicien (amortissement).

o Pour les systèmes ouverts: calcul plus difficile à évaluer


(consommables, eau déminéralisée, détergents, diluants,
décontaminants, tensioactifs, électrodes, lampes, réactifs,
étalons, contrôles, maintenance et techniciens).

Aspects Généraux
Contraintes d’installation
• Variables d'un analyseur à l'autre.
• Adapter les analyseurs aux locaux ou l’inverse ?
• Electricité: le problème des microcoupures doit être
examiné, et l'utilisation d'un dispositif protecteur (onduleur)
devient indispensable.
• Installation d’une station d’eau déminéralisée.
• Climatisation est le plus souvent indispensable.
• Installation informatique.

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Aspects Généraux
Prévention des risques: L'analyseur travaille-t-il sur
tube primaire avec le bouchon? Existe-t-il des procédures de
décontamination des effluents?, fermeture du capot, etc.

Formation du personnel: L'utilisateur doit être


formé avec cette interface; la présentation et le contenu du
manuel, en Français, permettent un apprentissage rapide; il
faut prévoir un stage de formation (routine et maintenance); la
simplicité, la souplesse, la convivialité du logiciel sont des
points très importants.

Critères de choix de l’analyseur


• Analyse du besoin: quantitatif (nombre de tests/j, nombre
de tests simultanés), mais aussi qualitatif (nature des tests,
délai de réponse, travail par séries/dossier patient, urgences
et garde, liaison au SIL, etc.
• Tests disponibles.
• Robustesse.
• Fiabilité et exactitude analytique.
• Pérennité et sérieux de la société et de son SAV.
• Praticabilité.
• Coût.

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Conclusion
• Suivre l’évolution technologique.
• Adapter l’analyseur aux besoins ressentis.
• Primer la qualité des résultats sur le coût.
• Privilégier l’intégration des systèmes analytiques.
• Tenir compte de la qualité du fournisseur.
• Tenir compte des locaux disponibles.
• Former le personnel suffisant et l’habiliter à son poste.
• Prévoir une solution de rechange au besoin.
• Bien préparer la qualification de conception (cahier de
charge des caractéristiques techniques).

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