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Les protides:

50% du poids sec d’une cellule

1
Les protides:
AA, polypeptides, protéines
Résidu
= Monomère MACROMOLECULE
= Sous-unité = Polymère

Sucre = ose Polyoside

Acide aminé Polypeptide

Nucléotide Acide nucléique 2


Fonctions des protides

membranes: protéines membranaires


cytosquelette: actine, tubulines, cytokératines

lipoprotéines LDL, HDL

protéines des ME¢: extensine

transporteurs

3
Ce que vous connaissez déjà au meilleur niveau BCPST
Acide aminé: formule « modèle »

matériellement fictive si l’on tient compte du pH

4
5
Etat d’ionisation des AA

A-

AH
pH
pKa

pKa (COOH): 2
pKa (NH2): 9,5

6
Etat d’ionisation des AA:
les formules fonctionnelles des amino-acides

charge globale
+ 0 -
Au pHi, la charge globale est donc nulle
car les charges des extrémités N-terminale (amine) et C-terminale (acide carboxylique) ainsi que celles
éventuellement présentes sur les chaînes latérales s'équilibrent.

Si pH < pHi, la charge globale est positive, car la molécule a tendance à conserver ses protons ou à en capter
du milieu acide.
Si pH > pHi, la charge globale est négative, car la molécule a tendance à céder ses protons au milieu basique.
7
Répartition des ions en fonction du pH

Biochimie Lubert Stryer 5ème édition 8


Acides aminés: diversité des chaînes latérales

9
Acides aminés: diversité des chaînes latérales

diagramme
de Venn

10
1
1
Modifications fréquentes des AA

Hydroxyproline

Pont disulfure

Phosphorylation/O-glycosylation 12
La liaison peptidique: définition

13
La liaison peptidique: sa rigidité

mésomérie par résonnance

bilan: petit plan rigide

14
La liaison peptidique: la mobilité des liaisons environnantes

O
H
N C C

mésomérie par résonnance 15


Combinaisons possibles de  et : 16
diagramme de Ramachandran

antiparallèle triple hélice du collagène

dextrogyre

parallèle

Hélice α à gauche
très rarement

très fréquent:
abscisse Hélice α à droite

très fréquent:
ordonnée
Etablissement de la liaison peptidique in vivo:
(1) Activation de l’AA et accrochage sur ARNt

17
Etablissement de la liaison peptidique in vivo:
(2) Traduction de l’ARNm

18
Etablissement de la liaison peptidique in vivo:
(2) Traduction de l’ARNm

19
Etablissement de la liaison peptidique in vivo:
(2) Traduction de l’ARNm

cet ARNr est un ribozyme:


la peptidyl-transférase

activité
peptidyl-transférase
d’un des ARNr

*
… …
20
Structure primaire d’un polypeptide

radicaux
radicaux
variable

Nt Ct
constante

squelette peptidique covalent liaison


peptidique

21
Importance de la structure primaire: séquences
myoglobine/protomère de l’hémoglobine

dans β de Hb S: valine

38 résidus conservés 22
Importance relative de la structure primaire:
l’exemple de l’hémoglobine S

liaison ionique

acide glutamique

liaison hydrophobe

valine
23
Importance relative de la structure primaire:
l’exemple de l’hémoglobine S

=
=

24
sicklémie
drépanocytose

anémie falciforme

hémoglobinose S
Comparaison structure HbA et HbS

25
Structure secondaire: mise en évidence

Cliché de diffraction en RX: Diagramme de Ramachandran:


détection contrôle de la détection

26
Structure secondaire: hélice 

N AA n+4
H

O AA n

=
C

27
Exemples d’hélices 

Hélice transmembranaire Hélice amphipathique


hydrophobe
28
Convergence des structures secondaires issues de
structures primaires différentes :
séquences comparées myoglobine/protomère de l’Hb

B6=25

C2=37 CD1=43

E7=64 F4=89

F8=93

HC2=146
les mêmes hélices 29
Exemples d’hélices 

kératine

myoglobine
coiled-coil

30
L’hélice α

31
Les conformations  : le coude 

liaison n+3
Ct
R

Coude béta

Nt
liaison n

32
Structure II: brin et feuillet 

33
Le feuillet β antiparallèle

34
Quelques exemples de structures secondaires

Utilisez la même technique pour dessiner


le feuillet béta antiparallèle

35
Un exemple de structure supersecondaire

le motif hélice – boucle - hélice

Ct

calcium

calcium
calcium
Nt
calcium

la calmoduline, 4 motifs répétés

36
Représentations de la structure tertiaire d’un polypeptide

atomes

le polypeptide comme alternance


de segments en structure I seule et
de segments en structure II (émergente
elle-même d’une’ SI)
liaisons
covalentes 37
Convergence des structures tertiaires issues de structures
primaires différentes :
myoglobine/protomère de l’hémoglobine

38
Arbre phylogénétique des gènes de globine

39
Structure tertiaire: myoglobine/protomère Hb
F

C
H

B
E

Rouge: AA hydrophiles A
Bleu: AA hydrophobes

G
40
Une schématisation possible

41
L’hème,
exemple de groupement prosthétique (structure)
de cofacteur (fonction)

cycle tétrapyrrole

Fe2+, fer ferreux


hexacoordiné
s’il est lié à O2

42
O2
Myoglobine: relations hème-apoprotéine

43
Myoglobine: relations hème-apoprotéine 44

hélice E

carte de densité électronique de myoglobine


La poche hydrophobe de l’hème dans la structure tertiaire

45
La poche hydrophobe de l’hème dans la structure tertiaire

46
Le changement de conformation par fixation de
dioxygène

47
Bilan fonctionnel du changement de conformation
de la myoglobine et des protomères de l’hémoglobine

48
Bilan fonctionnel de la structure tertiaire
de la myoglobine et des protomères de l’hémoglobine

poche hydrophobe poche hydrophobe


E-F E-F

49
Les immunoglobulines G des protéines à motifs en
feuillets β antiparallèles

50
Liaisons impliquées dans la structure tertiaire

51
Liaisons impliquées dans la structure tertiaire

52
Prévisibilité de la structure tertiaire

53
Repliement et activité du polypeptide: 54
maturation in vivo de l’insuline
Liaisons impliquées dans structure tertiaire
ACTIVE INACTIVE

ou ribonucléase reployée: information dans la SI

55
Liaisons impliquées dans structure tertiaire
INACTIVE ACTIVE À 1%

on ôte le mercoaptoéthanol
mais pas l’urée

puis on ôte l’urée par dialyse

ACTIVE À 1%
ACTIVE

on laisse passer une


dizaine d’heures Ribonucléase reployée

56
Chaperonines

ATP
+H2O

ADP
+Pi

57
Ex de repliements fautifs: prions

PrP PrPsc

PrPc PrPsc

58
http://www.futura-sciences.com/fr/doc/t/medecine-1/d/hormone-de-croissance_1042/c3/221/p7/
Structure tertiaire: Notion de domaines
Ex1 récepteur membranaire

59
Structure III: Notion de domaines
Ex2 récepteur d’hormone stéroïdienne est un FT

Nt charnière Ct

Domain Domaine Domaine


de liaison de liaison de liaison
à l’ARN Pol à l’ADN à l’H

séquence
régulatrice

FT

ARN Pol

60
ARN
Flexibilité conformationnelle et liaison d’un ligand:
exemple de la myoglobine et des protmères d’Hb

(2) Rigidité:
Transmission

(1) Modification
conformationnelle:
(3) Modification •Phosphorylation
Conformationnelle: •Liaison à un médiateur
•Activité enzymatique
•Liaison
•Ouverture canal

61
Flexibilité conformationnelle et transport:
exemple d’une pompe transmemebranaire

(1) Modification
conformationnelle:
•Phosphorylation
•Liaison à un médiateur
(2) Rigidité:
Transmission

(3) Modification
Conformationnelle:
•Activité enzymatique
•Liaison
•Ouverture canal

62
Flexibilité conformationnelle et transmission d’informations:
exemple d’un récepteur transmemebranaire

(1) Modification
Conformationnelle:
•Phosphorylation
•Liaison à un médiateur

(2) Rigidité:
Transmission

(3) Modification
Conformationnelle:
•Activité enzymatique
•Liaison
•Ouverture canal
63
Le polypeptide, résultat d’un bricolage évolutif : ex N-CAM
cell adhesion molecule

liaison possible aux protéoglycanes et aux intégrines

domaine constant…

… répété

domaine transmb

Immunoglobuline G: Interactions
N-CAM domaine cytosolique entre 2 N-CAM
(2+4)2 domaines Ig
64
Le polypeptide, résultat d’un bricolage évolutif

65
Bilan structure tertiaire: un monomère de la
la glycéraldéhyde3phosphate déshydrogénase
GAPDH

structure presque IV

66
Structure quaternaire:
exemple de l’hémoglobine

67
Spectroscopie
rayons γ ultra-violets infrarouges
ondes radio

rayons X micro-ondes

68
Les états physiologiques de l’hémoglobine

OxyHb

DésoxyHb 69
Courbes de saturation de Myo & Hb,
chacune dans leurs conditions physiologiques

tissus Myoglobine poumons


(hyperbolique)

Hémoglobine
(sigmoïde)

70
Polymérisation de 2nd ordre & supermolécules protéiques:
exemple du cytosquelette

microtubules
voir BCPST1 « Cellule eucaryote »

sarcomère: actine/myosine: voir BCPST2 71


Polymérisation de 2nd ordre & supermolécules protéiques:
exemple du cytosquelette

Kératine: surenroulement (coiled-coil)

Interactions
hydrophobes

72
Polymérisation de 2nd ordre & supermolécules protéiques:
exemple du cytosquelette: α-kératine

73
Polymérisation de 2nd ordre & supermolécules protéiques:
la glycéraldéhyde3phosphate déshydrogénase
GAPDH

Glc Glc

le protomère a une
structure presque IV

Glc
Glc

structure IV: dimère de dimères


(2 altères en croix) 74
Polymérisation de 2nd ordre & supermolécules protéiques:
exemple du collagène

Epiderme:
Lame
basale

Derme:

Fibres
d’élastine

Substance
fondamentale
(gel hydraté)

Fibroblaste Fibre de
Fibroblaste et collagène (MET)
collagène
75
+ Fibronectines (réticulation)
Polymérisation de 2nd ordre & supermolécules protéiques:
exemple du collagène

Polypeptide en Triple hélice Fibres: association Fibres en MET76


hélice gauche droite de triples hélices coloration négative
Polymérisation de 2nd ordre & supermolécules protéiques:
exemple du collagène

hélice « 1 » hélice « 2 »

glycine

Polypeptide en Triple hélice Triple hélice en CT


hélice gauche droite
77
Courbes de saturation de Myo & Hb,
chacune dans leurs conditions physiologiques

tissus Myoglobine poumons


(hyperbolique)

Hémoglobine
(sigmoïde)

78
Courbes de saturation HbF/HbA

79
A la différence de la myoglobine,
l’Hb possède diverses
conformations entre 2 extrèmes :
formes R et T

80
A la base de la coopérativité dans Hb:
récupération du micromouvement dû à la fixation d’O2

hélice F

le fer ferreux passe de


His F8 l’état pentacoordonné à
l’état hexacoordonné

His E7
0,4 nm
hème

le fer ferreux plonge dans le plan de l’hème sur 0,4nm


hélice E 81
A la base de la coopérativité dans Hb:
transmission du micromouvement dû à la fixation d’O2

fragment du monomère α1
dans le tétramère à l’état T,
avant la fixation d’O2

fragment du monomère α1
dans le tétramère passant à l’état R,
après la fixation d’O2
82
A la base de la coopérativité dans Hb:
transmisson du micromouvement dû à la fixation d’O2

fragment du monomère α1
dans le tétramère à l’état T,
avant la fixation d’O2

fragment du monomère α1
dans le tétramère passant à l’état R,
après la fixation d’O2
83
A la base de la coopérativité dans Hb:
transmisson du micromouvement dû à la fixation d’O2

monomère α1 dans le tétramère passant à l’état R, après la fixation d’O 2 84


2 conformations : R et T
la coopérativité

85
Convergence des structures tertiaires issues de structures
primaires différentes :
séquences comparées myoglobine/protomère de l’Hb

B6=25

C2=37 CD1=43

E7=64 F4=89

F8=93

HC2=146
86
38 résidus conservés, environ 25%
Hémoglobine: récapitulatif des données physiologiques

40 mmHg = 5,3kPa

50 mmHg = 6,7kPa

87
Modulation par le taux de CO2 et pH: effet Bohr

ou
(CO2)

CO2 + H20 ------------------------> HCO3- + H+


88
Effet allostérique du pH

pKalatéral = 6

R T
His non liée à Glu- H-His+ ---- - Glu

89
Effet allostérique du CO2

Hb-NH2 + CO2 <=====> Hb-NH-COO- + H+

R T
CarbaminoHb

90
Modulation par le 2-3 BPG

91
T R
Effet allostérique du 2,3-BPG

92
Bilan
des effets coopératifs
entre protomères de
l’hémoglobine

93
94
Bilan …
le fer ferreux va plonger dans le plan de l’hème
avec la fixation d’O2

déoxyHb
= forme tendue coopérativité: le contact (α1α2) est relâché par
Δconformation au sein de α1, facilitation
allostérique par le départ de CO2

le fer ferreux de ce protomère devient plus libre


de ses mouvements
interfaces
stables
coopérativité: le contact (β1β2) se relâchent avec
poche départ allostérique du 2-3-BPG
hydrophobe

coopérativité: l’effet coopératif se poursuit de (α2)


à (β1) et (β2) simultanément, ce qui préserve la la
symétrie du tétramère

coopérativité: nouvelles liaisons verrouillant la


commutation R----T, ou transition coopérative et
oxyHb allostérique
= forme relâchée
Notion d’allostérie et de coopérativité
L’allostérie est la variation d’activité de la protéine par fixation d’une
molécule d’un effecteur sur un site régulateur, différent du site actif.
Un changement de conformation naît au site régulateur et se propage
au site actif qui réagit. L’ allostérie cause la variation de l’activité ,
l’activant ou l’inhibant.

Si l’effecteur est une substance quelconque, l’allostérie est


hétérotrope.
Si l’effecteur est le ligand d’intérêt, l’allostérie est homotrope.

La coopérativité est la variation de l’activité d’une protéine lorsque la


fixation d’une première molécule du ligand d’intérêt sur le site actif
facilite la fixation d’autres molécules de ce ligand sur ses autres sites
actifs. La coopérativité cause la variation de l’affinité.
En général la protéine est oligomérique et l’effet coopératif se
propage par changement de conformation, né d’un site vers les
autres.
L’opposé de la coopérativité est l’anticoopérativité. 95
Notion d’allostérie et de coopérativité
Parce que les premières protéines non michaeliennes étudiées étaient
allostériques ET coopératives, par des mécanismes étroitement liés,
ces deux concepts ont été initialement confondus.
La sigmoïde de la dissociation de l’Hb est due à la coopérativité. Le
déplacement de la sigmoïde est dû à l’allostérie.
La relation entre une protéine et son ligand d’intérêt peut être
michaelienne, coopérative ou ni l’une, ni l’autre.

La plupart des utilisateurs (y compris les rédacteurs de sujets)


confondent encore ces deux concepts et disent « transition
allostérique » et « courbe allostérique ».

96
Allostérie & coopérativité d’une protéine:
Exemple de la phosphofructokinase (PKA)

AMP cyclique

PKA
inactive

Sous-unité Liaison de
régulatrice l’AMPc aux su Sous-unités
régulatrices catalytiques
actives

97
Allostérie & coopérativité d’une protéine:
exemple du récepteur à l’acétylcholine : voir BCPST2

98
Coopérativité sans allostérie d’une protéine :
exemple de la glycéraldéhyde3phosphate déshydrogénase
GAPDH

Glc Glc

le protomère

coopérativité pour Glc


la fixation du NAD+ Glc

pas d’effecteurs

structure IV: dimère de dimères


(2 altères en croix) 99
Complexes protéiques supramoléculaires:
ex de la capside du virus de la mosaïque du tabac (TMV)

ARN

100
Complexes protéiques supramoléculaires:
ex de la capside du bactériophage λ

ADN

ADN
bactérien
et
viral
injecté
capside

101
Protéines conjuguées

 Groupement prosthétique:
ex: Ose, Phosphate , Fe2+ héminique ou non,
Mg2+, FMN …

 Complexes nucléoprotéiques
ex: Chromosomes, ribosomes, virus, réplicon (DNApolymérase)

102
retour sur Terre

l’ovalbumine qui se dénature (coagule)


le plus facilement à la chaleur

l’ovotransferrine (Fe2+), l’ovomucoïde,


l’ovomucine qui résistent mieux à la
chaleur et lysozyme (antibiotique)

« mon ovocyte ! »
lécithine

103

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