Cours DCEM1 Professeur G.

HERBEIN Année 2003-2004

DÉFINITION, STRUCTURE, ET CLASSIFICATION

DES VIRUS

I – DÉFINITION DES VIRUS

C'est en 1953 que Lwoff a défini le concept de virion. C'est une particule virale
mature et infectieuse libre dans le milieu extérieur, phase ultime de la biosynthèse
des virus. Un virion a 4 caractères essentiels :

1- Le virion possède un seul type d'acide nucléique qui peut être soit de
l'ADN, soit de l'ARN. Les deux molécules ne coexistent donc pas dans la
particule virale, ce qui oppose les virus aux autres formes vivantes
connues jusqu'à ce jour. L'acide nucléique viral porte l'intégralité de
l'information génétique du virus et constitue ce que l'on appelle le génome
viral.

2- le virion se reproduit uniquement à partir de son matériel génétique

par réplication de son génome. Il n'existe pas de scissiparité comme
chez les bactéries et il n'y a pas de mitose comme dans les cellules
eucaryotes.

3- Les virus sont doués d'un parasitisme intracellulaire obligatoire. Ils ne

peuvent se reproduire qu'au sein d'une cellule hôte vivante. Du fait d'un
parasitisme intracellulaire absolu le virus ne possède aucun système
enzymatique ou énergétique lui permettant d'assurer sa propre auto-
réplication. Il est donc amené à détourner et à utiliser pour sa propre
biosynthèse l'ensemble des macromolécules de la cellule qu'il parasite
(ribosome, tARN, activité enzymatique, système de régulation). Au cours
de l'interaction entre la particule virale et sa cellule hôte, deux éventualités
peuvent survenir :

a. La multiplication virale peut aboutir à la mort de la cellule : c'est ce

que l'on appelle la lyse cellulaire.
b. Le virus interagit avec la cellule résultant en des lésions cellulaires
non léthales : c’est ce qu'on appelle la persistance virale.

Ceci implique que les virus sont incapables de se reproduire sur des milieux
inertes de type bactériologique. Leur isolement passe forcément par
l'inoculation à un système biologique vivant que l'on dit permissif afin
d'assurer leur réplication. Les interactions entre le virus et la cellule hôte au
cours de la multiplication virale expliquent également la difficulté de mise au

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point d'une chimiothérapie antivirale spécifique à la fois efficace, non
dangereuse et qui puisse raisonnablement être utilisable en thérapeutique
humaine. Le mode de reproduction des virus explique également leur
insensibilité aux antibiotiques, aux antibactériens; le virus ne présentant pas,
à l'action des drogues, les mêmes cibles pharmacologiques que les bactéries.

4- le virion présente une structure particulaire qui l'oppose aux être vivants
à structure cellulaire procaryote (les bactéries) ou eucaryote.
L'agencement des principaux constituants de la particule permet de
reconnaître aux virions un type de symétrie caractéristique (par
exemple, symétrie hélicoïdale ou symétrie cubique).

En résumé, les 4 caractères de définition du virion sont les suivants :

• un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN) qui constitue

le génome viral
• une reproduction par réplication du génome
• un parasitisme intracellulaire absolu
• une structure particulaire.

Ainsi définis, les virus représentent donc des êtres biologiques qui sont
différents des bactéries et des protozoaires. Leur structure et surtout leur mode de
reproduction très particulier conditionnent la majeure partie de leur propriétés
biologiques et de leur pathogénicité.

Il a été mis en évidence, à partir de 1971, l'existence d'agents infectieux,

décrits surtout chez les végétaux, limités à un ARN de très petite taille que l'on a
appelés viroïdes. Il a été proposé de diviser les virus en deux sous-groupes : les
virus conventionnels ou euvirus et les virus et agents non conventionnels ou
viroïdes.

II – ANATOMIE GÉNÉRALE DES PARTICULES VIRALES

Toute particule virale est constituée d'au moins deux éléments constants et
obligatoires :

1- le génome, de nature nucléotidique et composé d'acide nucléique

(ADN ou ARN)
2- la capside, est une coque de nature protéique qui entoure le
génome et est capable d'assurer sa protection et sa survie dans le
milieu extérieur.

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Les interactions entre acide nucléique et protéine de la capside sont très étroites.
Des structures protéiques se trouvent bien souvent incluses dans cet ensemble, ce
sont les protéines internes. La structure nucléoprotéique définit par l'acide
nucléique et les protéines internes prend le nom de nucléoïde et l'ensemble
nucléoïde et capside constitue une unité fonctionnelle que l'on appelle la
nucléocapside. Les virus limités à leur nucléocapside sont dits des virus nus. Dans
certaines familles virales, la nucléocapside est entourée d'une structure périphérique
facultative appelée l'enveloppe. Cette enveloppe, dont l'existence oppose les virus
enveloppés aux virus nus, peut être de provenance et de nature diverse. Lorsque
l'enveloppe dérive des systèmes membranaires de la cellule hôte, elle peut prendre
le nom de peplos . Dans certaines familles virales, une structure intermédiaire
appelée tégument peut venir s'interposer entre la nucléocapside et l'enveloppe.

III – TECHNIQUES D'ETUDE DES VIRUS

Il existe différentes techniques d'étude des virus :

1- La microscopie électronique permet soit la visualisation du virion, soit la

visualisation des acides nucléiques. La visualisation du virion par microscopie
électronique peut se faire soit par la technique d'ombrage, soit par la technique de
coloration négative. La visualisation des acides nucléiques par microscopie
électronique fait appel à une technique de flottage des ARN ou des ADN sur une
surface liquide recouverte d'un film de protéine et à l'ombrage métallique de la
préparation ainsi obtenue. Les méthodes de microscopie électronique permettent
d'obtenir de nombreux renseignements sur la taille des virus et sur la topologie de
leur acide nucléique.

2- la diffraction des rayons X.

3- l'ultra centrifugation.

4- l'électrophorèse.

5- les techniques biochimiques.

6- les techniques immunologiques.

IV – STRUCTURE DES VIRIONS

4-1 les acides nucléiques viraux

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La totalité de l'information génétique du virion est portée par l'acide nucléique qui
constitue son génome. Les acides nucléiques constituant les génomes viraux sont
d'une grande variété. Les principaux paramètres à étudier dans chaque famille
virale sont les suivants :

- la nature de l'acide nucléique : ARN ou ADN

- la taille de l'acide nucléique, longueur de la chaîne

polynucléotidique en nanomètre, la masse moléculaire en million de
dalton, le nombre de paires de base et la capacité approximative de
codage, c'est-à-dire (nombre de chaînes polypeptidiques pouvant
être codées par l'acide nucléique).

- la composition en bases, notamment le %GC,

l'existence de séquences répétitives, d'un segment polyadénylé
(polyA) en 3’, de bases ou de sucres anormaux, d'extrémités
palindromiques permettant la circularisation.

- La structure qui est soit monocaténaire, bicaténaire,

ou bien avec des fragments subgénomiques.

- Leur topologie, elle peut être linéaire ou circulaire.

4-1-a les génomes à ADN

Les ADN des virus animaux, le plus souvent bicaténaires et linéaires, présentent
pour la plupart une structure tridimensionnelle classique appelée en double hélice
(double chaîne désoxyribonucléotidique, complémentaire et anti-parallèle).

Des exceptions doivent cependant être notées :

- le génome des parvoviridae est monocaténaire,

apparaissant dans les virus sous deux aspects moléculaires
complémentaires capable de s'hybrider in vitro.

- le génome bicaténaire du virus de l'hépatite B est

circulaire.

- le génome de certains bactériophages, comme le

phage X174, un phage filamenteux, est à la fois monocaténaire et
circulaire.

- le génome des papovaviridae, bicaténaire circulaire

se présente sous deux formes :

• une forme 1, super hélicoïdale torsadée. Cette hélicité est

due à un déficit du nombre de tour de la molécule par rapport
à une structure en double hélice classique.
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• une forme 2, circulaire simple. La perte de la super hélicité
est due à l'apparition d'une coupure le long d'une chaîne
polynucléotidique.

La masse moléculaire des ADN viraux s'étale sur une large échelle allant de 1 à 180
x106 dalton :

- les plus petits génomes (parvoviridae, virus de

l'Hépatite B) ont une masse moléculaire voisine de 1,1 x 106 dalton.
- les papovaviridae ont un ADN de l'ordre de 3 x 10 6
dalton.
- les adénoviridae ont un ADN de 20 à 25 x 106 dalton.
- les herpesviridae de 80 à 150 x106 dalton.
- enfin on trouve des ADN de 160 à 180 x 106 dalton
chez les poxviridae.

La composition en base et en particulier le %GC, qui en est un reflet, varie de 32 à

75% (par comparaison, le %GC de l'ADN des cellules de mammifère est de l'ordre
de 42 %).

Il existe également des particularités pour certains virus :

- l'ADN des adénovirus, bicaténaire et linéaire,

présente à chaque extrémité 5’ des séquences inversées
d'une centaine de bases et il est circularisé dans le virion par la
présence d'une protéine de circularisation de 55 kilodalton. Cette
structure joue un rôle dans la réplication et l'infectivité de l'ADN.

- l'ADN des herpesvirus est également bicaténaire

et linéaire et est circularisable grâce à des séquences
répétitives inversées terminales. Ces séquences se retrouvent
également à l'intérieur de la molécule permettant de définir deux
régions internes pseudocirculaires.

4-1-b les génomes à ARN

La variabilité des ARN viraux est sensiblement moins grande que celle des
ADN. Les ARN viraux, généralement monocaténaires et linéaires, ont une masse
moléculaire comprise entre 2 X 106 dalton (virus de la mosaïque du tabac) ou 2,7
X106 dalton pour les entérovirus et 15 X106 dalton pour les reovirus.

Certains génomes sont bicaténaires (reovirus). Le génome des reovirus et des

myxovirus se présente sous forme de fragments subgénomiques (7 à 8 pour les
virus grippaux et 10 pour les reovirus). Cette disposition favorise les
recombinaisons génétiques entre virus et permet l'expression d'une grande
variabilité génétique et donc antigénique.
Publié le 3/09/03 5
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Le génome des rétroviridae est lui constitué de deux molécules d'ARN

monocaténaires, linéaires, identiques, reliées par des liaisons covalentes à leur
extrémité 5’.

Les ARN viraux peuvent présenter 3 caractéristiques particulières dont le rôle

physiologique est encore incomplètement élucidé :

− présence d'une coiffe à l'extrémité 5’ terminal : il s'agit de

l'existence d'une séquence 7-methylguanine que l'on
retrouve dans tous les ARN messagers de cellules
d'eucaryote et chez certains virus ARN.
− présence d'une séquence poly-A à l'extrémité 3’:
séquence polyadénylée de quelques dizaines à quelques
centaines de bases.
− présence d'une protéine liée de manière covalente à
l'extrémité 5’ de l'ARN qui se trouve bloquée
(Picornaviridae).

4-2 les capsides virales

4-2-a Généralités

Le génome, contenant l'information génétique constitue la partie « noble » du virion.

La protection de l'acide nucléique viral est assurée dans le milieu extra cellulaire par
une structure protéique, la capside, qui possède de plus chez les virus sans
enveloppe des signes de reconnaissance de la cellule hôte.

Les acides nucléiques viraux n'ont pas en moyenne de capacité de codage

suffisante pour une protéine de taille compatible avec celle de la capside virale. Il y a
donc eu un postulat qui est l'existence de sous-unités protéiques en petit nombre,
de masse moléculaire relativement peu élevée, assemblées en une métastructure
de dimension plus importante. L'existence d'unités de structures identiques,
structures de base de l'architecture des capsides virales a été depuis démontrée. De
plus, il a été énoncé ce que l'on appelle le principe de l'autoassemblage : les
sous-unités protéiques et l'acide nucléique du virion ont tendance à s'assembler
spontanément pour adopter la configuration qui correspond à l'état le plus stable où
l'énergie est minimale. L'énergie nécessaire à l'assemblage provient des interactions
entre les sous-unités. Cette règle conduit à admettre au sein de la structure du
virion, l'équivalence absolue de toutes les sous-unités entre-elles. Il a été également
démontré qu'une distorsion dans l'arrangement des sous-unités, pouvant aller
jusqu'à 4 à 5 degrés, était compatible avec une structure stable, conduisant à
énoncer le principe de quasi-équivalence qui régit depuis les concepts concernant
l'architecture des virions.

Publié le 3/09/03 6
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La conséquence des principes de quasi-équivalence et d'autoassemblage est qu'il
ne peut exister que deux systèmes permettant l'assemblage des sous-unités
protéiques et de l'acide nucléique pour constituer les nucléocapsides virales :

- le système à symétrie hélicoïdale (virus à

nucléocapside hélicoïdale)
- le système à symétrie cubique (virus à
nucléocapside cubique ou icosaédrique)

4-2-b les virus à symétrie hélicoïdale

La caractéristique des capsides à symétrie hélicoïdale est que les sous-unités

protéiques constituent à elles seules des unités morphologiques.

o a) l'exemple le plus classique est celui du virus de la

mosaïque du tabac.

Le virus à la morphologie de bâtonnets allongés rigides. Il s'agit en fait d'un

cylindre creux de 300 nanomètres de long et 18 nanomètres de diamètre délimitant
un canal central de 4 nanomètres de diamètre. La masse moléculaire totale du virion
est égale à 40 X106 dalton. L'acide nucléique est un ARN linéaire monocaténaire
de 2 X106 dalton soit 6 600 nucléotides. Il s'enroule dans l'espace selon une spirale
de 8 nm de diamètre. La capside est constituée de 2 200 unités de structure
protéiques toutes identiques. Chaque sous-unité est formée d'une protéine unique
de masse de 17 500 daltons (158 acides animés). Il s’agit d’une protéine résistante
notamment insensible à l'action des aminopeptidases. La structure secondaire de la
protéine présente des parties sous forme d'hélice alpha (environ la moitié de la
séquence). La structure tertiaire comporte essentiellement trois parties (repli)
conférant à la sous-unité une forme polygonale ovalaire que l'on peut décrire en
œuf ou bien en sabot ayant 70 ∆ de long sur 23 ∆ de large. Près de l'extrémité
intérieure de la sous unité, la présence d'une cavité allongée permet à la chaîne
d'ARN de venir se loger pendant la morphogenèse. Dans la particule complète, les
sous-unités sont reliées par des liaisons hydrophobes et par des liaisons de Van der
Waals.

o b) les virus animaux à symétrie hélicoïdale

La nucléocapside des virus animaux à symétrie hélicoïdale ne présente pas la

rigidité en bâtonnets du virus de la mosaïque du tabac. Elle est flexueuse, repliée
ou spiralée, et toujours entourée d'une enveloppe.

La nucléocapside du virus de la rage (rhabdoviridae) a une structure hélicoïdale.

L'ARN y est relié à des sous-unités d'une protéine de 52 000 daltons (protéine N).
Publié le 3/09/03 7
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La morphologie générale de la particule, entourée d'une enveloppe, est celle d'un
cylindre de 165 nm de long sur 50 nm de large, délimitant un canal axial. On trouve
encore à l'intérieur de l'enveloppe une trancriptase (protéine L), une protéine
matricielle (protéine M), et une protéine NS, non structurale. Le diamètre de la
nucléocapside est de l'ordre de 15 nm.

Les orthomyxoviridae (virus grippaux) présentent à l'intérieur d'une enveloppe

unique, plusieurs nucléocapsides (8) constituées d'un fragment d'ARN relié à une
molécule de polymérase et à des sous-unités protéiques. On trouve encore une
protéine membranaire (protéine M) à l'intérieur de l'enveloppe. Le diamètre de
chaque nucléocapside est de 8 nm et celui de la particule complexe de l'ordre de
100 nm.

Les paramyxoviridae ont une morphologie grossièrement sphérique de 150 à 200

nm de diamètre. On trouve à l'intérieur de l'enveloppe une nucléocapside de 12 à 18
nm de diamètre, constituée d'un d'ARN relié à des sous-unités de protéines NP de
56 000 dalton, deux ARN polymérases (L et P) et une protéine de membrane
(protéine M).

4-2-c les virus à symétrie cubique

La caractéristique essentielle des virus à symétrie cubique est que les unités de
structure protéique se groupent en unités morphologiques, visibles en
microscopie électronique et qu'une dénaturation ménagée de la nucléocapside
permet souvent d'isoler.

Ces unités morphologiques, qui prennent le nom de capsomères peuvent être

constituées de :

- 2 unités de structure : bimère

- 3 unités de structure : trimère
- 5 unités de structure : quintamère ou penton,
- 6 unités de structure : hexamère ou hexon.

Les considérations théoriques et les observations cristallographiques ont amené à

admettre que les groupements de capsomères des capsides des virus d'apparence
"sphérique" en microscopie électronique devaient en fait se faire selon une structure
symétrique. Parmi les polyèdres réguliers capables d'assurer une symétrique
cubique, l' icosaèdre a été sélectionné par la nature pour la constitution des
capsides virales à symétrie cubique. Le nombre de capsomère total (N) est donné
par la formule suivante : N = 10 (T-1) + 12. Dans cette formule T est le nombre de
triangulation qui est le nombre de triangles divisant chaque face de l'icosaèdre. En
conséquence, chaque capside icosaèdrique est constituée de 12 pentons et d'un
nombre variable d'hexons en fonction du nombre de triangulation.

Publié le 3/09/03 8
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4-2-d les virus à symétrie complexe

Un certain nombre de virus ne paraissent pas répondre aux types de description

précédente.

Par exemple les poxvirus ont une morphologie parallélépipédique et des dimensions
importantes (350 nm x 200 nm x 100 nm). La nucléocapside occupe une position
centrale dans le virion et présente une forme en "lentille biconcave", les concavités
étant occupées par des structures denses appelées corps latéraux.

Les bactériophages de la série T paire présentent une symétrie binaire ou mixte.

Ces virus nus possèdent une capside en deux parties : une tête à symétrie cubique
formée de 152 capsomères contenant un ADN de grande dimension et une queue à
symétrie hélicoïdale reliée à la tête par le collier. La queue est constituée d'une
gaine protéique contractile délimitant un canal creux central. Elle est terminée par
une plaque basale elle-même porteuse de spicules et de 6 fibres caudales.

4-3 Les enveloppes virales

Certaines familles virales possèdent, autour de la nucléocapside, une structure ou

un ensemble de structures périphériques facultatives que l'on appelle enveloppe.
Les virus qui possèdent une enveloppe sont dits enveloppés, les autres sont
dits nus.

Tous les virus animaux ARN à nucléocapsides à symétrie hélicoïdale sont

enveloppés : orthomyxovirus, paramyxovirus, rhabdovirus. Quelques virus
icosaèdriques à ARN (togavirus) et des virus à ADN (herpesvirus, poxvirus)
possèdent également une enveloppe.

Les enveloppes virales sont de composition macromoléculaire complexe, lipido-

glucido-protéique. La structure lipido-protéique rend les enveloppes très sensibles
aux actions physico-chimiques, à l'action des solvants des lipides et en
particulier à l'éther, aux détergents, aux sels biliaires, aux variations de pH. Elle
confère d'autre part au virion une thermosensibilité. De ce fait, la présence d'une
enveloppe, loin d'être un élément de protection supplémentaire de la nucléocapside
confère au contraire aux virus enveloppés une certaine fragilité, dans le milieu
extérieur où ils survivent peu de temps et dans les milieux hostiles de l'organisme
(matière fécale).

Cela a des conséquences au niveau de l'épidémiologie (faible persistance dans

l'environnement, transmission directe), et du diagnostic (faible probabilité de
retrouver le virus à certains niveaux et nécessité d'un transport rapide, au froid et
dans des milieux de transports spéciaux du produit pathologique en vue de
l'isolement du virus).

La plupart des enveloppes virales proviennent des systèmes membranaires de la

cellule hôte (elles prennent le nom de peplos).
Publié le 3/09/03 9
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Trois origines membranaires sont possibles :

− la membrane nucléaire, au niveau de son feuillet interne

(herpès virus)
− les systèmes membranaires intra cytoplasmiques
comme le réticulum endoplasmique ou l'appareil de Golgi
− la membrane plasmique (myxovirus).

La nucléocapside en voie d'assemblage subit un transit intracellulaire et se

positionne en regard des sites membranaires. A ce niveau, se mettent en place des
structures complexes souvent glycoprotéique ou lipoprotéique, puis l'ensemble subit
un phénomène d'exocytose avec libération d'une nucléocapside enveloppée.
En même temps la nucléocapside subit un phénomène de maturation, objectivé
par des remaniements morphologiques, par exemple augmentation de la densité
aux électrons. Ces phénomènes de bourgeonnements sont d'intensité variable et
souvent compatibles avec une survie relativement prolongée de la cellule hôte.
Assez fréquemment la libération est incomplète et de nombreuses particules virales
restent absorbées sur les systèmes membranaires.

Les enveloppes virales ou peplos sont constituées de deux spécificités distinctes qui
se retrouvent dans leur structure antigénique :

− des constituants cellulaires, le virion emportant avec lui

une partie des composants et des antigènes de la cellule
hôte.
− des constituants codés par le génome viral.

On retrouve dans cette catégorie des composés à activité biologique particulière tel
que l’hémagglutinine, la neuraminidase, des facteurs toxiques, ou des
facteurs de fusion cellulaire. Ces composés peuvent se présenter sous la forme
de projection perpendiculaire à la surface de l'enveloppe et sont visibles en
microscopie électronique sous la forme de spicules. Les dimensions, la forme et le
nombre de ces spicules diffèrent selon la famille virale considérée.

A noter qu'à côté des enveloppes virales directement issues des membranes
cellulaires (peplos) et qui constituent des éléments de fragilité du virus, existent chez
certains virus des systèmes différents.

Les poxvirus possèdent un système d'enveloppes multiples et complexes. La

nucléocapside est entourée d'une première enveloppe, puis d'une double membrane
externe dont elle est séparée par des formations protéiques, les corps latéraux. La
membrane la plus externe porte des péplomères responsables d'une activité
hémagglutinante.

Les virus de l'hépatite B (particule de DANE) possèdent une nucléocapside à ADN

entourée d'un système d'enveloppe porteur de l'antigène de surface (antigène HBs).

Publié le 3/09/03 10
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Dans les deux cas, c'est-à-dire poxvirus et virus de l'hépatite B, la présence d'un
système d'enveloppes, qui ne peut pas être assimilé à un peplos commun, est un
élément de résistance du virion dans le milieu extérieur. Les poxvirus et le virus de
l'hépatite B résistent particulièrement bien aux actions physico-chimiques et en
particulier aux antiseptiques.

V – CLASSIFICATION DES VIRUS

La classification des virus est difficile à établir.

La classification des virus peut reposer sur différents critères, par exemple la nature
de l'hôte, le tropisme tissulaire, le pouvoir pathogène, le mode de transmission.

− La nature de l'hôte.

− Le tropisme tissulaire : virus dermotrope, neurotrope,

viscérotrope…

− Le pouvoir pathogène : virus morbilleux responsable de la

rougeole, virus ourlien responsable des oreillons, etc…

La classification selon le pouvoir pathogène pose certains

problèmes. Le plus souvent un virus donné possède un domaine
pathologique étendu qui touche en fait plusieurs organes,
appareils ou systèmes. Inversement un syndrome donné peut
être dû à une grande multiplicité de virus différents. D'autre part,
au cours des années, un certain nombre de virus (alors
dénommés orphelins) ont été découverts et isolés chez l'homme
auquel aucun pouvoir pathogène n'a pu être attribué rendant
impossible une classification fondée sur la seule pathogénicité.

− Le mode de transmission : virus respiratoire, entérique,

transmis par des arthropodes, etc…

Plus récemment, une meilleure définition des virus a permis

l'obtention d'une nouvelle classification fondée uniquement sur
des critères objectifs. Elle est le résultat des travaux de Lwoff,
Horne, et Tournier qui proposèrent en 1962 une classification
appelée système L.H.T. qui retient 4 critères :

o La nature de l'acide nucléique, permettant de

distinguer des virus à ADN (D), des virus à ARN
( R ),

Publié le 3/09/03 11
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o La symétrie de la nucléocapside : hélicoïdale
(H), cubique (C ) ou mixte,

o La présence (E) ou l'absence (N) d'une

enveloppe,

o Enfin le nombre de capsomères pour les virus à

nucléocapside icosaèdriques ou bien le diamètre
(A) de la nucléocapside pour les virus hélicoïdaux.

Un virus peut ainsi être représenté par un sigle à 4 éléments. Un inconvénient

important à cette classification est la coexistence sous un même sigle de virus
différents (par exemple groupe des paramyxovirus, et le groupe des herpes virus).
L'adjonction de critères supplémentaires comme les caractéristiques moléculaires du
génome ou le cycle cellulaire de réplication permet une discrimination plus fine.

En fait, depuis 1966, un comité international de taxonomie des virus a défini une
nomenclature des virus et proposé une classification à vocation universelle.

Publié le 3/09/03 12
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NOMENCLATURE DES VIRUS

Les critères :

- morphologie du virion ( hélicoïdale ou cubique, enveloppé ou non)

- nature de l=acide nucléique (ADN, ou ARN)
- stratégie de la réplication virale (noyau ou cytoplasme).

- suffixes :
1. Ordre (le Taxon le plus élevé) : - virales
2. Familles - viridae
3. Sous-familles - virinae
4. Genres - virus

Ces noms sont écrits :

- capitale et italique pour les familles : ± ex : PARAMYXOVIRIDAE
- en italique sans capitale pour les sous-familles et genres.

Pour les espèces noms communs, romain sans capitale ± ex : la rougeole.

Publié le 3/09/03 13
I - VIRUS à RNA

A - VIRUS À RNA À SYMETRIE HELICOIDALE

ILS SONT ENVELOPPÉS ET SIMPLE BRIN

a) Une molécule de RNA (cytoplasme)

F : CORONAVIRIDAE Polarité ρ

G. Coronavirus
Pléomorphique 75-160 nm ι
Pas de protéine matricielle
27 à 33 kb
Rhume, selles, SRAS

F. PARAMYXOVIRIDAE Polarité σ

SF. Paramyxovirinae

G. Paramyxovirus (Para 1,2,3)

G. Morbillivirus (rougeole)

G. Rubulavirus (oreillons)

SF. Pneumovirus (RSV)

150 à 300 nm ι

15 - 16 kb

F. RHABDOVIRIDAE

G. Vesiculovirus (VSV like virus)

G. Lyssavirus (virus type rage)

Forme en obus 180/75 nm

13-16 kb

Publié le 3/09/03 14
 Vesiculovirus ( VSV, Chandipura, Piry, Isfahan)

Lyssavirus (rage, virus africain)

F. FILOVIRIDAE Polarité σ

G. Filovirus (Marburg, Ebola, Reston viruses)

Ressemblent à Rhabdovirus mais pléomorphique
790-970 nm long et 80 de large.
12,7 kb
± fièvres hémorragiques graves
Le Reston (1989) isolé de singe en provenance des Philippines mais ± seulement
infections inapparentes

b) RNA Segmenté

F. ORTHOMYXOVIRUS (noyau) Polarité σ

G. Influenzae A,B 8 segments

G. Influenzae C 7 segments
G. Non dénommé Thogoto like virus ι 80 -120 nm
13,6 kb
nouveau genre : orthomyxovirus ( tick-borne, Dhori, Thogoto).

F. ARENAVIRIDAE (Cytoplasme)
2 segments Polarité σ
G. Arenavirus
Arena : sable, car présence de particules ressemblant à des ribosomes à l=intérieur
des virus enveloppés pléomorphiques 110 - 130 nm
2 segments - 10-14 kb (circulaires)
Chorioméningite lymphocytaire
Mais Lassa, Machupo, Junin, Guanarito ± fièvres hémorragiques souvent fatales.

F. BUNYAVIRIDAE (cytoplasme)

Publié le 3/09/03 15
 3 segments Polarité σ

G. Bunyavirus (Bunyamwera supergroupe)

G. Phlebovirus (Sandfly fever)
G. Nairovirus (Nairobi sheep disease-like virus)
G. Hantavirus (fièvre hémorragique)

Les Bunyavirus : environ 100 virus

90-120 nm ι . 3 nucléocapsides tubulaires, circulaires et maintenues telles par des liaisons
hydrogènes, à polarité négative parfois ambisens (phlébovirus)
Multiplication dans le cytoplasme, bourgeonnement dans la membrane de Golgi.
A l=exception des Hantavirus : réservoir :animaux sauvages, ovaires des moustiques.
Fièvre hémorragique de Crimée ou du Congo ( = Nairovirus).

B - VIRUS A RNA A SYMETRIE CUBIQUE

SIMPLE BRIN (cytoplasme)

Non enveloppés

F. PICORNAVIRIDAE (3P, 32 Echo, 6 Cox B, 23 Cox A) Polarité ρ

G. Enterovirus (Coxsackie, E.C.H.O., Polio)

G. Hepatovirus (Hepatite A) 7,5 à 8,5 kb
G. Rhinovirus (100 sero)
Non enveloppé, cubique 25-30 ι

F. CALICIVIRIDAE Polarité ρ

G. Calicivirus 8 kb
35 à 45 nm ι
Publié le 3/09/03 16
 Gastroentérite.

F. ASTROVIRIDAE Polarité ρ

G. Astrovirus 7,5 à 8,5 kb

2 protéines de capside seulement
28 à 30 nm ι

Enveloppés
F. TOGAVIRIDAE Polarité ρ

G. Alphavirus (groupe A arbovirus)

Les alphavirus : Eastern, Western, Venezuelan equine encephalitis virus ; Ross River
virus, Chikungunya virus.
60 à 70 nm ι

G. Rubivirus (rubéole) 12 kb
Rubivirus : rubéole

F. FLAVIVIRIDAE Polarité ρ

G. Flavivirus (ancien groupe B arbovirus)

Flavivirus : fièvre jaune, Dengue, encéphalite de : Saint-Louis, Japonaise, Murray
Valley.

G. Hépatite C
40 - 50 nm ι 10 kb

Double brin segmenté (Cytoplasme)

Non enveloppés
Publié le 3/09/03 17
F. REOVIRIDAE

G. Orthoreovirus 10 segments 22 kpb

G. Orbivirus 10 segments 18 kpb
G. Rotavirus 11 segments 16-21 kpb
G. Coltivirus 12 segments 27 kpb.
60 -80 nm ι

Deux copies simple brin (Noyau et cytoplasme) RT Polarité ρ

Enveloppés

F. RETROVIRIDAE Polarité ρ

(Oncovirus)
Classification provisoire

1. Groupe des virus de la leuco-sarcomatose aviaire (ASLV)

(Ex : virus du sarcome de Rous RSV)

2. Groupe des virus de type B des mammifères

(Ex : virus de la tumeur mammaire de la souris MMTV)

3. Groupe des virus des leucémies murines (MuLV)

(Ex : virus de la leucémie murine de Moloney)

4. Groupe des virus de la leucémie humaine à cellules T et de la leucémie bovine

(Ex : HTLV-1, HTLV-2, Human T lymphotropic virus)

5. Groupe des virus de type AD@

(Ex : virus simiesques de Mason-Pfizer).

6. Lentivirus

Publié le 3/09/03 18
 (Ex :VIH, virus de l=immunodéficience humaine)

7. Spumavirus (pas de pathologie connue)

CARACTERISTIQUE
Transcription de l=ARN génomique en ADN double brin linéaire par la transcriptase
inverse ou réverse transcriptase (RT). Ce DNA est colinéaire de son modèle RNA,
mais il contient des répétitions terminales longues (LTR) qui ne sont pas présentes
dans le RNA viral.
Ces virus s=intègrent dans le DNA cellulaire sous forme de provirus.

Parmi les autres virus sans famille :

Hépatite D
Genre deltavirus
32 nm ι
1,7 kb sb RNA circulaire

Prions.

II - VIRUS A DNA

Symétrie cubique , replication noyau.

Simple brin

F. PARVOVIRIDAE (Parvovirus) (non enveloppé)

SF. Parvovirinae

G. Parvovirus (parvo B19)

G. Densovirus

G. Dependovirus (AAV = adeno-associated virus 7 5 sérotypes)

Publié le 3/09/03 19
 20 nm ι , cubique, sb DNA, 5 kb

Double brin

Non enveloppés

PAPOVAVIRIDAE (non enveloppé) : replication noyau

G. Papillomavirus 5 nm 8 kpb

Circulaire G.
Polyomavirus 45
nm 5 kpd

ADENOVIRIDAE (non enveloppé) : réplication noyau

Linéaire G. Mastadenovirus 70 nm 50 sérotypes 36-38 kpb.

Enveloppés

F. HERPESVIRIDAE (réplication noyau)

SF. Alphaherpesvirinae

Linéaire - Herpes Simplexvirus type 1 HHV1, HSV1

- Herpes Simplexvirus type 2 HHV2, HSV2
- Varicelle Zona HHV3, VZV

SF. Betaherpesvirinae (cytomegalovirus)

- Cytomegalovirus HHV5, CMV

- Herpes 6 (Roseole) HHV6
- Herpes 7 HHV7

SF. Gammaherpesvirinae (lymphoproliferative herpesvirus)

- EBV HHV4
- Herpes 8 (Kaposi) HHV8

Publié le 3/09/03 20
F. HEPADNAVIRIDAE (hépatite B virus)

G. Orthohepadnavirus (hépatite B des mamifères)

Particules enveloppées de 42 nm

Contenant 1 nucléocapside icosaédrique - 27 nm

Brin long 3,2 kb

Brin court 1,7 à 2,8 kb.

Symétrie complexe réplication cytoplasme

F. POXVIRIDAE

SF. Chordopoxyvirinae (les poxivirus des vertébrés)

G. Orthopoxvirus (sous groupe vacciniavirus)

G. Parapoxvirus (sous groupe des orf virus)

G. Molluscipoxvirus (molluscum contagiosum virus)

G. Yatapoxvirus (sous groupe des yata/tanapoxvirus)

G. Avipoxvirus : fowlpox et canarypox : vecteurs....

Les plus grands et les plus complexes des virus des vertébrés.
Forme de brique 250/200 nm
sauf pour les ORF qui sont ovoïdes
DNA : db 130-250 kpb
Développement cytoplasmique
Nombreux enzymes associés

Orthopoxvirus : (cowpox, ectromelia (mousepox) (monkeypox)

(variole et Vaccine).

Publié le 3/09/03 21