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2020

Unité
d'Enseignement
Microbiologie
Générale
1ère Année S5

DZVET 360
‫القرآن‬ ‫‪‬‬

‫األذكار‬ ‫‪‬‬

‫تالوة‬ ‫‪‬‬

‫الحديث‬ ‫‪‬‬

‫مواقيت الصالة‬ ‫‪‬‬


‫تطبيق إسالم بوك ‪Islambook‬‬

‫تسابيح‬ ‫أذكار بعد الصالة‬ ‫أذكار المساء‬ ‫أذكار الصباح‬

‫جوامع الدعاء‬ ‫أذكار الصالة‬ ‫أذكار االستيقاظ‬ ‫أذكار النوم‬

‫أذكار متفرقة‬ ‫أدعية األنبياء‬ ‫األدعية القرآنية‬ ‫أدعية نبوية‬

‫أذكار المنزل‬ ‫أذكار الوضوء‬ ‫أذكار المسجد‬ ‫أذكار اآلذان‬

‫دعاء ختم القرآن الكريم‬ ‫أذكار الحج والعمرة‬ ‫أذكار الطعام‬ ‫أذكار الخالء‬

‫فضل القرآن‬ ‫فضل السور‬ ‫فضل الذكر‬ ‫فضل الدعاء‬

‫القرآن‬ ‫الرقية الشرعية‬


‫ُّ‬ ‫أدعية للم ّيت‬ ‫أسماء هللا الحسنى‬
UE : S5 - MICROBIOLOGIE GENERALE

OBJECTIFS D'ENSEIGNEMENT

Acquisition des connaissances fondamentales de base nécessaires à la


compréhension de la pathogénie et au contrôle des maladies
infectieuses

SOMMAIRE

1. Bactériologie - CM 1 à 3 - La structure bactérienne


2. Bactériologie - CM 3 - Physiologie bactérienne
3. Bactériologie - CM 4 à 5 - La taxinomie Bactérienne
4. Bactériologie - CM 6 - Génétique bactérienne
5. Bactériologie - CM 7 à 9 - Pouvoir pathogène des bactéries
6. Bactériologie - TD 1 - structure des eubactéries
7. Bactériologie - TD 2 - physiologie bactérienne
8. Bactériologie - TD 3 - Génétique Bactérienne
9. Bactériologie - TD 4 -Diagnostic Bactérien
10. Bactériologie - TP 1-2p - Isolement et identification d’une souche
bactérienne dans un contexte diagnostic
11. Virologie - CM 1-2-3-4-5p - Virologie générale
12. Virologie - CM 5-6p - Multiplication virale
13. Virologie - CM 6p - lutte antivirale
14. Virologie - CM 7p - Prions
15. Virologie - Fiche classification des virus
16. Virologie - TP 1-2
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


Module : Microbiologie Générale

LA STRUCTURE BACTERIENNE
I - Généralités
A- Différences entre Procaryotes et Eucaryotes
B- Morphologie des Eubactéries

II – Détail des éléments essentiels des Eubactéries


A- Le chromosome bactérien
B- Le cytoplasme
C- La membrane plasmique
D- La paroi bactérienne

III- Détail des éléments additionnels des Eubactéries


A- Les plasmides
B- Le glycocalyx
C- Les couches S
D- Les pili et fimbriae
E- Les flagelles
F- L’ endospore bactérienne

Cette information n’est pas dans le cours de la prof mais vous empêchera de
faire des confusions ou de vous payer la honte face à un microbiologiste

Une remarque particulière faite par la pro

Une confusion ou un rapprochement à ne pas faire

P Un passage déjà dans les annales ou cité par la prof comme pouvant tomber
! Cela ne veut pas dire que le reste ne tombera pas… Watch out !
Introduction :
La microbiologie est l’étude des micro-organismes (leur structure, leur
physiologie…). Ce sont des organismes trop petits pour être vus à l’œil nu :
le microscope est obligatoire. Ex : Bactéries, virus, certains champignons,
protozoaires.
Avant la découverte des Protistes (organismes unicellulaires), le
monde vivant était divisé en deux catégories : le règne animal et le
règne végétal.

2 Empires et 6 règnes

Mais de nouvelles formes de vie ayant à la fois des caractères d’animaux et


de végétaux ont été découvertes. Ces micro-organismes ont été regroupés dans le
REGNE DES PROTISTES.
Il existe une très grande variété de protistes, on distingue :

o Les Protistes eucaryotes (algues vertes)


o Les Protistes procaryotes (eubactéries, cyanobactéries =
algues bleu-vert aquatiques réalisant la photosynthèse).

Remarque : « Pro » signifie « primaire » donc les procaryotes


seraient apparus avant les eucaryotes.

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I- Généralités
A- Différences entre procaryotes et eucaryotes

Il faut retenir qu’il existe 4 différences morphologiques et 1 physiologique :

1-Les Protistes procaryotes


1. Nucléoïde (un chromosome, sans histones)

2. Cytoplasme dépourvu d’organites

3. Membrane plasmique

4. Paroi complexe, stable, constituée


d’un peptidoglycane
Temps de génération :
- 20 min pour E. coli
- 1 000 minutes pour
Mycobacterium tuberculosis
* Division cellulaire par scissiparité (asexuée) :à partir
d’une cellule mère, on obtient 2 cellules filles identiques. Il
faut environ 20 min pour obtenir une division, d’où une
croissance exponentielle des populations.

2-Les Protistes eucaryotes


1.Noyau vrai, avec une enveloppe, 2N chromosomes
diploïdes avec des histones

Mitochondrie

Reticulum Endoplasmique

Appareil de Golgi

Autres éléments :
2. Cytoplasme à organites (mitochondries, lysosomes, appareil de golgi, réticulum
endoplasmique)

3.Membrane plasmique et cytosquelette

4.Paroi facultative, variable, inconstante (cellulose ou chitine..)


*Division cellulaire par mitose (sexuée)

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B- Morphologie des Eubactéries
On distingue les Eubactéries ou « vraies bactéries », regroupent toutes les
bactéries (à l’exception des Archéobactéries), les mycoplasmes et les
cyanobactéries.
Les archéobactéries sont exclues car leur composition en ADN est différente.

Cyanobactéries Mycoplasmaagalactiae Salmonella Typhimurium

La plupart des Eubactéries vivent dans le sol, dans l’air et dans l’eau. De
nombreuses sont pathogènes (infections bactériennes), mais la majorité d’entre
elles sont inoffensives voire bénéfiques : beaucoup sont utilisées pour la
synthèse d’antibiotiques en médecine ! En effet, les bactéries synthétisent les
substances qui leur sont fatales, il s’agit d’un mécanisme de défense visant à
éliminer la concurrence.
Il existe également des bactéries commensales, vivant communément avec
l’organisme, indispensables à sa protection contre les bactéries pathogènes.
Ex RHL : Escherichia Coli, organisme vivant communément présent dans l’intestin,
largement utilisé en génie génétique est une eubactérie. Elle a un rôle de barrière et
aide à l’assimilation des aliments.
Remarque : il y a 10 fois plus de bactéries dans notre organisme que de nos propres
cellules.

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MORPHOLOGIE

La taille des Eubactéries varie entre 0.1-2 μm de diamètre et 2 – 8 μm de long


(nombreux morphotypes différents). Elles sont observables au microscope
photonique.
A L’ETAT FRAIS ON LES DEDUIT SEULEMENT grâce à la présence des
polynucléaires neutrophiles (PNN), présents sur le site pour phagocyter les
bactéries.
Cette observation nécessite une coloration et une fixation de l’échantillon à analyser.
On réalise d’abord une coloration simple (au bleu de méthylène par exemple)
donnant le « fond ». Avec cette méthode, on a une chance sur deux de les observer.
La coloration de différenciation est la coloration de Gram grâce à l’affinité des
parois pour les colorants. Elle permet de mettre en évidence les affinités tinctoriales
différentes (cf TP).
Principe de la coloration de Gram :
1- On réalise une première coloration à l'aide du violet de cristal et du lugol qui
vont colorer le cytoplasme des bactéries en violet
2- S'ensuit une étape de différenciation : on plonge les bactéries dans un solvant
polaire (alcool-acétone) ce qui a pour effet de décolorer le cytoplasme des bactéries
Gram -
3- Enfin, une dernière étape de coloration (Safranine) permet de colorer en rose
les bactéries Gram– (les Gram + sont toujours violettes)

Remarque : certaines bactéries comme les Spirochètes ont des parois particulières et
ne sont donc pas colorées par la coloration de Gram. On utilisera une autre méthode,
comme la coloration argentique ou l’immunofluorescence.

Coloration de Gram Coloration Argentique

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1- Les morphotypes : forme « ronde » ou coque
Attention les RHL : dire « coque » !
Les morphotypes donnent une orientation sur la nature de la bactérie lors d’une
infection (urinaire chez le chien par exemple).

80% des
bactéries
Ex : ont cette
Streptococcus forme.
Milleri Ex :
Staphylococcus
Aureus

Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Streptococcus milleri

2- Les morphotypes : forme cylindrique ou bacille

Cylindrique : extrémités arrondies


Bacille : extrémités carrées

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Remarque : le mode de groupement est important, car il est caractéristique de
certaines espèces. C’est un critère insuffisant pour la détermination, mais il permet
d’émettre des hypothèses et d’en rejeter d’autres.
Proteus mirabilis Pseudomonas aeruginosa

Bacillus cereus Brucella melitensis

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Corynebacterium diphtheriae Streptomyces

Vibrions cholerae

3- Les morphotypes : forme spiralée ou hélicoïdale


En tire-bouchon (ex :Borrelia burgdorferi), filamenteuse (ex : Campylobacter),
Spirochète (ex : Leptospira).

Borrelia burgdorferi
(cause la maladie de Lyme) Campylobacter - Leptospira
Remarque : Leptospira est une bactérie véhiculée par l’urine des rats. Elle est
responsable de la leptospirose et affecte les bovins, porcs, chiens, chevaux, …

II – Détail des éléments essentiels des Eubactéries


A l’origine, on pensait que les bactéries n’étaient qu’un sac rempli d’enzymes,
parce que le microscope optique ne permettait pas le détail (résolution insuffisante,
on ne distinguait qu’une forme grossière). On détaillera les 4 éléments essentiels
de la bactérie, présents systématiquement : son chromosome, son cytoplasme
(espace hydrogel riche en eau et ribosomes), sa membrane plasmique, sa paroi

(protection). ❤ ❤ ❤

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Eléments facultatifs : Glycocalyx, plasmide etc
NB : Les autres formes d’ADN à part le chromosome sont : plasmide, transposons,
bactériophages.

A- Le chromosome bactérien

Le chromosome est une molécule d’ADN bicaténaire ( = composé de 2


chaînes nucléotidiques avec complémentarité des bases), circulaire en
structure CCC (Cercle Covalent Clos) ; il est parfois linéaire (Borrelia, certaines
espèces de Streptomyces) mais c’est rare.
Sa structure est stabilisée par des protéines histone-like (attention, ce ne sont pas de
véritables histones).
C’est le support de l’information génétique nécessaire à la vie et à la
reproduction. La taille du génome bactérien peut être très variable selon les espèces
bactériennes, souvent entre : 0,5-1.106 paires de bases. Ex : E. Coli a 5,5.106 pb soit
5,5 Mpb codant pour 5400 protéines.
En général, il n’existe qu’un seul chromosome par bactérie, avec quelques
exceptions (Brucella : 2 chromosomes, Borrelia : 4 chromosomes).
Il constitue une unité de réplication autonome.
Il peut également exister du matériel génétique « supplémentaire » : des plasmides
(=ADN surnuméraire autonome non essentiel à la vie cellulaire), bactériophages
(=virus de bactérie) et transposons (=séquence autonome d’ADN, capable de se
déplacer dans le génome). Plasmides et bactériophages sont des réplicons, c’est-à-
dire qu’ils sont autonomes pour leur réplication (le chromosome bactérien est
également un réplicon).

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Le pourcentage en GC (GC%) permet d’évaluer la composition du
chromosome en bases azotées.

Formule : GC% = (G+C)*100/(A+T+G+C)

o Si la différence de GC% <3%, les bactéries appartiennent à la même espèce


o Si la différence de GC% >10%, elles appartiennent à 2 genres différents

Cette information a ses limites : deux bactéries peuvent avoir un GC% très
proche mais des séquences nucléotidiques très éloignées.
Par exemple, deux souches avec le même GC ne sont pas forcément les
mêmes.

La teneur en GC est variable selon les espèces bactériennes, elle est utilisée en
taxinomie.

B-Le cytoplasme
C’est un hydrogel colloïdal (= entre une suspension et une solution vraie) composé
d’eau, de sels minéraux et de ribosomes 70S avec deux sous unités : une petite qui
lit l’ARNm et décode l’information et une grosse qui synthétise la protéine
correspondante.

Il peut contenir des réserves qui seront utilisées en milieu défavorable. Ce sont
des inclusions ou des invaginations facultatives qui renferment des matières
organiques ou inorganiques :
- polysaccharides (amidon, glycogène) - lipides (neutres et esters d’AG à
longue chaîne)
- polyphosphates, soufre
- vacuoles à gaz (flottaison des bactéries en milieu aquatique)
- magnétosomes (sacs remplis de fer permettant à certaines bactéries de se
déplacer dans un champ magnétique). On retrouve ce dernier chez aquaspirillium.

Il n’y a pas d’organites chez les Procaryotes

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C- La membrane plasmique
C’est l’enveloppe qui enveloppe le cytoplasme. Seul le microscope électronique
permet d’approcher sa structure très mince (épaisseur 5-10nm).On retiendra qu’il
existe 3 catégories de composants :

o Des lipides (on dit que la membrane plasmique est trilamellaire, c’est-à-dire
composée de trois parties : hydrophile, hydrophobe, hydrophile)
o Deux types de protéines : intrinsèques (traversant entièrement la membrane) et
extrinsèques (liées de façon +/- faible aux lipides)
o Des composés glucidiques (adhérence, reconnaissance)
La membrane est donc une bicouche phospholipidique, à structure asymétrique dans
laquelle sont insérés glucides et protéines.

La membrane plasmique assure 3 grands rôles :

- Mise en forme et de protection du cytoplasme : elle forme le contour du


cytoplasme, d’autant plus important pour les cellules dépourvues de paroi
bactérienne
- Un rôle métabolique : respiration, photosynthèse, biosynthèse d’éléments
structuraux (constituants de la paroi, des pili)
- Une perméabilité sélective. Deux types de transports pour traverser la
membrane plasmique : par transport passif (sans énergie, dans le sens des
gradients électro-chimiques, par diffusion simple ou facilitée) ou bien par transport
actif (contre les gradients, ATP-dépendant). La sélectivité est basée sur la taille
des molécules, ainsi que leur hydrophobicité.

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Remarque : Les bactéries sont « astucieuses », elles sont capables de vivre dans
des milieux dilués ne fournissant pas toujours les nutriments dont elles ont besoin.
Elles peuvent avoir jusqu’à 3 systèmes de transport différents pour une seule
molécule, ce qui augmente beaucoup leur adaptabilité à l’environnement.

D- La paroi bactérienne

1. Il n’y a pas de paroi chez les Mycoplasmes (Eubactéries)


2. La paroi est atypique chez les Archéobactéries

La paroi est l’une des enveloppes de la bactérie, elle entoure le cytoplasme et sa


membrane. Elle est présente chez toutes les bactéries à l’exception des
mycoplasmes et quelques archéobactéries.

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C'est une structure rigide et résistante qui donne à la bactérie sa forme et la protège
des variations défavorables de l’environnement.
Sur la base de la coloration développée par Christian Gram en 1884, les bactéries se
divisent en deux groupes majeurs : Gram- ; Gram+ .

Escherichia Coli ( Gram -) Bacillus subtilis (Gram+ )


La paroi des bactéries Gram+ est épaisse (20 à 80nm) et homogène, celle des
Gram- est mince (10 à 15nm) et complexe.

1-Le peptidoglycane (murine)

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Ce peptidoglycane est constitué d’une partie glucidique N-Acétyl-
Glucosamine (NAG) associé à du N-Acétyl-Muramique (NAM)) reliés par des
liaisons osidiques beta et d’une partie peptidique de 4 aa (L-alanine, acide
glutamique, lysine, D-alanine) fixée sur le NAM au niveau de sa fonction acide
carboxylique.
Il forme le motif de base d’une trame resserrée, construite par formation
successive de ponts inter-peptdiques, qui aboutit à une structure en filet à maille 
forme l’épaisse couche de peptidoglycanes chez les Gram+. Il est commun aux
deux types de bactéries.
2 types acides : ❤ ❤
- Ceux qui traversent toute la couche de peptidoglycanes
- Ceux qui s’insèrent juste dans le feuillet de peptidoglycanes

2-La paroi des bactéries Gram + et Gram –

13/31
P


 La composition du LipoPolySaccharide des Gram - (LPS) : (savoir
redessiner)

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Les variants pour la paroi des bactéries Gram+ sont :
- Protéine M des streptocoques
- Protéine A des staphylocoques
- Polysaccharide C des streptocoques

Lorsque le lipide A est libéré dans la circulation sanguine, il exerce son pouvoir
pathogène, son activité toxique est active, cette toxicité dépend de la quantité de
LPS libérée (si forte quantité : choc toxique).
Le core est une unité de sucre stable (unité glucidique) et présente chez toutes les
bactéries.
La parte variable est exposée à la surface des bactéries, elle a donc un rôle
d’antigène, ex : antigène O. Les variations sont une stratégie des bactéries pour
échapper au système immunitaire qui se défend. Il peut y avoir une inversion de
sucres ce qui lui permet d’échapper à l’action des anticorps et ne pas être reconnu.
Le type de LPS (lipolysaccharide) influe sur l’apparence des colonies
bactériennes :
o S’il est complet (lipide A + core + chaînes polyosidiques), les colonies sont
de type « Smooth » S ie lisses.
o S’il est incomplet (absence de chaînes latérales), les colonies sont de type «
Rough » R ie rugueuses.

4-Fonctions de la paroi bactérienne

a. Rôle d'exo-squelette

Il définit la forme de la bactérie.


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b. Protection
La membrane plasmique protège le milieu intracellulaire des variations de
pression osmotiques. En milieu hypotonique (de plus faible concentration à
l’extérieur qu’à l’intérieur de la cellule), une bactérie sans paroi éclate ; en milieu
hypertonique (concentration à l’extérieur beaucoup plus élevée qu’à l’intérieur de la
cellule), l’eau sort de la cellule, la bactérie se rétracte et la membrane se décolle de
la paroi et se déchire (plasmolyse).
Isotonique : il se passe rien, conservation de la forme sphéroide.

Elle permet également la résistance aux agents chimiques. Ex : lysozymes etc.

Mode d’action des lysozymes :

Les lysozymes sont des enzymes protéolytiques présentes dans les sécrétions
comme la salive, le lait ; ils constituent un moyen de défense pour l’hôte. Ils
s’attaquent à la bactérie au niveau du peptidoglycane.
Capables de briser les liaisons entre NAG et NAM du peptidoglycane, ils
provoquent la rupture de la paroi, qui aboutit à la lyse de la bactérie (en milieu
hypotonique car l’eau entre dans la bactérie, et la fait éclater).
Sans peptidoglycanes : moins de paroi bactérienne  pour Gram – il reste la mb
externe, pour Gram + il ne reste rien .
Les bactéries Gram – privées de leur paroi sont appelées sphéroplastes
(membrane plasmique + membrane externe) . Les bactéries Gram + privées de
leur paroi sont appelées protoplastes (que membrane plasmique).
Les formes L ne possèdent « naturellement » pas de paroi (ou quasi inexistante).
Elles sont souvent responsables d’infections : l’hôte ne peut reconnaître la bactérie
dépourvue d’antigènes pariétaux

Mode d’action des antibiotiques


Certains antibiotiques agissent directement au niveau de la paroi de
manière spécifique, c’est le cas des bêta-lactamines (pénicilline,
céphalosporines…) ; la paroi étant le support de certains anitbiotiques. Ils inhibent
la synthèse du peptidoglycane.
Les bactéries dépourvues de paroi cellulaire polymorphe peuvent être à l’origine
d’infections chroniques.
16/31
Cette synthèse se déroule en 3 étapes :
o Synthèse d’une sous-unité disaccharidique pentapeptide NAG-NAM+5aa dans le
cytoplasme
o Transport du disaccharide jusqu’à la membrane plasmique
o Maturation via une batterie d’enzymes :
- des glycotransférases de la paroi relient les unités osidiques entre elles
- des transpeptidases relient les différentes chaînes avec des ponts
peptidiques (structure en filet à mailles)
- des carboxypeptidases recoupent la chaîne pentapeptidique pour couper
ce dont on n’a pas besoin

Les bêta-lactamines saturent les transpeptidases donc il ne peut pas y avoir de


formatons de liaisons entre les différentes unités. La bactérie est alors dépourvue de
peptidoglycanes et éclate à la moindre pression osmotique.
La bacitracine bloque le transporteur.
On a donc une bactérie avec une forme sphérique soit en protoplaste soit en
sphéroplaste soit en forme L (dépourvu paroi bactérienne sans action antibiotiques).

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c.Perméabilité et échanges avec l’extérieur
La membrane permet le passage de nutriments et les échanges avec le milieu
extérieur.
Chez les Gram +, la paroi est très perméable, tandis que chez les Gram – la
membrane supplémentaire limite la perméabilité : diffusion passive à travers la
membrane externe des petites molécules hydrophiles via les porines.

d.Interactions avec l’hôte


Les molécules présentées à la surface de la bactérie (acides
teichoïques et lipoteichoïques pour les Gram +, chaînes polyosidiques du LPS
porteuses de l’Ag O pour les Gram -) peuvent jouer le rôle d’Ag. Chez les Gram -,
le lipide A du LPS des bactéries à Gram - est une toxine (= molécule provoquant des
dégâts tissulaires). Libérée dans la circulation sanguine, elle peut être à l’origine d’un
choc toxique.

5- Les parois cellulaires atypiques : 3 exemples

a. Les mycobactéries

Ces bactéries correspondent à des Gram+ avec des éléments


supplémentaires formant une barrière hydrophobe. Ces mycobactéries sont liées à la
Tuberculose (chez l’Homme et l’animal).
Cette surépaisseur empêche la pénétration des colorants acides et de l’alcool : elles
sont dites acido-alcoolo-résistantes ❤. Cette couche supplémentaire n’existe pas
chez les Gram+, elle est riche en lipides et acides gras et formera une barrière
hydrophobe pour les colorants classiques qu’on utilise pour la coloration de Gram
(c’est embêtant ! Il faudra donc faire appel à d’autres types de coloration). On peut
néanmoins les colorer grâce à la coloraton Ziehl-Neelsen (on utilise de la Fushine).
Elles apparaissent en rose-violet sur fond bleu.
Ex : c’est ainsi qu’on met en évidence la présence de la Tuberculose.

18/31
b.Les Mycoplasmes

N’ayant pas de paroi, ils sont résistants aux antibiotiques ciblant la


paroi mais certains antibiotiques sont actifs (tetracyclines par exemple). La
seule enveloppe qu’ils possèdent est la membrane plasmique contenant des
lipides appelés stérols.
Ils ne sont pas colorés par le Gram. Ce sont des procaryotes
polymorphes (forme ronde ou cylindrique), les plus petites bactéries capables de
croître et de se reproduire hors d’une cellule hôte vivante.
Ils sont résistants à la plupart des antibiotiques (agissant sur la paroi bactérienne). Ils
sont pathogènes (infections respiratoires et urogénitales) pour l’homme et l’animal et
sont largement retrouvés dans l’environnement.

Différentes formes pour


Mycoplasma agalactiae

19/31
b. Les Archéobactéries

Elles sont très diverses par leur structure, leur forme, leur taille. Ces
bactéries peuvent vivre dans des conditions extrêmes (très hautes températures,
acidité ou salinité importante…) ; aucune démonstration de leur pouvoir pathogène
n’a été faite. Elles sont extrêmement diverses (forme, structure, taille).
Les Gram + possèdent dans leur paroi une pseudomuréine : NAM
remplacé par un autre sucre (l’acide N acétyltalmosaminuronique).
Les Gram - possèdent une paroi inhabituelle composée de protéines ou
glycoprotéines (dépourvue de peptidoglycane et de membrane externe) ; elles
résistent aux antibiotiques classiques (pénicilline).
A ce jour aucune démonstration de leur pouvoir pathogène.

III- Détail des éléments additionnels (ou facultatifs) des


Eubactéries

A-Les plasmides

Ce sont des molécules d’ADN bicaténaire, circulaire (parfois hélicoïdal)


extra- chromosomique localisé dans le cytoplasme, de taille variable (3.103 à
4,5.105 pdb). Il peut exister plusieurs plasmides par bactérie ; généralement de
petits plasmides seront en nombre important tandis que les plasmides de grande
taille seront en nombre plus réduit.

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Les gènes portés par les plasmides ne sont pas essentiels à la
bactérie, mais peuvent lui conférer un avantage sélectif de résistance (aux
antibiotiques, aux métaux lourds) ; de pathogénicité (toxines, facteurs de
virulence), métaboliques, cryptiques.
Les plasmides cryptiques sont porteurs de gènes dont la fonction est encore
inconnue.
Un plasmide possède plusieurs régions :
o Le core ou origine de réplication = ensemble de gènes agglutinés qui
contrôlent la réplication. C’est pourquoi le plasmide se suffit à lui-même.
L’ unité de transfert qui gère le transfert du plasmide au niveau du pili au cours de
la scission d’une cellule mère en deux cellules filles ou d’une cellule à une autre. Les
plasmides sont donc transmissibles à la descendance.
o Des gènes
Au sein d’une bactérie, des plasmides peuvent être compatibles (ils peuvent coexister)
ou bien incompatibles (leur présence simultanée cause généralement la mort de la
cellule).
Leur réplication est autonome et transmissible à la descendance selon un
mécanisme d’équipartition.

B- Le glycocalyx

C’est une couche de polymères protéiques ou polysaccharidiques adhérant à la


paroi. Il est responsable de la formation d’un biofilm : agrégat de bactéries
englobées dans une matrice riche en polymères, en eau et en minéraux, qui
s’amarre sur des surfaces inertes ou des tissus vivants (exemple de la plaque
dentaire : formation d’un biofilm composé de bactéries sur les dents). Il existe deux
types de glycocalyx :
o des capsules, au contour bien défini pouvant être mis en évidence à l’encre de
chine (a)
o des couches visqueuses, au contour plus ou moins flou, visibles au ME (b)

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Le glycocalyx est le support des antigènes de surface (Antigènes K (à savoir) ) qui
peuvent être reconnus par le système immunitaire mais permet aussi de masquer les
antigènes de la paroi de la bactérie. Ainsi, il la protège de la phagocytose.
Fonction principale : adhérer à des surfaces vivantes ou inertes et formation du
biofilm.
Un biofilm bactérien est un ensemble structuré de bactéries englobées dans une
matrice riche en polymères et en eau qui s’amarre sur des surfaces inertes ou sur
des tissus vivants.

C- Les couches S

Les couches S (couches de surface) sont des assemblages protéiques ou


glycoprotéiques géométriques (carrés, hexagonaux ou obliques) réalisés à l’intérieur de la
paroi, chez certaines bactéries (Chlamydia, Helicobacter, Bacillus, Clostridium…). Elles
possèdent un rôle de structuration, de protection des anticorps, d’adhésion à des surfaces
vivantes et de reconnaissance (elles constituent des Ag de surface).
Elles sont tellement fines qu’on peut les mettre en évidence en microscopie électronique.

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D- Les pili ou fimbriae

Ce sont des appendices filamenteux. On distingue 2 types :


o Le pili sexuel impliqué dans les phénomènes de conjugaison (transfert d’ADN
plasmitique ou chromosomique d’une bactérie à l’autre) : 1 à 10 par cellule. Via ce
pili il s’effectue une liaison bactérie donatrice/receveuse pour transférer le matériel
génétique.
o Les fimbriae : appendices servant à l’adhésion sur le support et les cellules hôtes,
ils sont présents en très grand nombre

Fonctions :
- Fixation à des récepteurs de surface des cellules eucaryotes 
constituent ainsi des facteurs de virulence.
Ex RHL : Fixation des entérocytes de veaux nouveau-nés des colibacilles F5+ ou F17+
ou F41+ (ETEC = E.coli enterotoxique)  les toxines engendrent une destruction des
entérocytes ce qui engendre une fuite d’eau et provoque la diarrhée.
- Support d’antigènes de surface
- Transfert de matériel génétique

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E-Les flagelles

Ce sont des appendices filamenteux d’environ 15-20 µm de long,


assurant la mobilité de certaines bactéries.
Fonction principale : mobilité de la bactérie.
Le mouvement correspond à chimiotactisme = une réponse sensorielle (attraction
par un nutriment, répulsion par un élément toxique). La mobilité induit en fait des
facteurs de virulence : la propagation est rapide !
Les flagelles peuvent être porteurs d’Ag de surface ( Antigène H des
entérobactéries ❤ ). La flagellation peut être :

Monotriche = 1 seul flagelle à une extrémité


Amphitriche = 1 flagelle à chaque extrémité
Lophotriche = plusieurs flagelles sur la surface bactérienne
Péritriche = plusieurs flagelles tout autour

Les espèces bactériennes se distinguent par le nombre et le mode de distribution des


flagelles (caractère important à prendre en considération pour le diagnostic).

Spirillum sp (Monotriche) Pseudomonas sp (Lophotriche) Proteus sp (Péritriche)

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Le flagelle possède 3 parties distinctes :

o Le filament, : cylindre creux constitué d’une seule protéine la flagelline


o Le crochet, plus large, constitué de sous unités protéiques
o Le corps basal formé d’anneaux attachés à un axe central. Il est fixé à la membrane
externe chez les Gram -, à la membrane plasmique chez les Gram +.
Fonction des flagelles :
- Mobilité  réponse sensorielle par chimiotactisme
- Facteurs de virulence (ex : Helicobacter pyroli)
- Antigènes de surface : les antigènes des flagelles sont décrits comme des Ag H
des entérobactéries

25/31
F- L’endospore bactérienne

1- Morphologie et structure de la spore

CERTAINES bactéries sont capables de prendre une forme de vie ralentie, la spore.

La spore est une structure ovale d’un diamètre variant de 0,2 à 2µm. Le
cytoplasme sporal est fortement déshydraté, les synthèses protéiques sont à l’arrêt.

L’endospore ou spore est un organite facultatif qui se forme au sein du cytoplasme


de certaines bactéries et diffère de la cellule végétative par sa forme, sa structure et
par sa résistance aux agents physiques et chimiques, lui permettant de survivre dans
des conditions très défavorables en attendant que celles-ci redeviennent favorables.
Les endospores se développent dans les cellules végétatives de quelques genres
bactériens: bactéries du sol, bactéries du tube digestif.
C’est par exemple le cas de Clostridium tetani (tetanos) ou bacillus cereus (anthrax).

Clostridium tetani

Bacillus cereus

26/31
Lorsque l’ADN est dans un stade de dormance, elle arrête tout cycle
producteur protéique ce qui confère la force à la bactérie.

27/31
En laboratoire, on utilise la chaleur humide pour détruire les endospores (10 min
à 120°C pour Bacillus anthracis, le charbon bactérien). Chaque spore possède une
thermorésistance qui lui est propre.

2- Formation de l’endospore, libération de la spore

28/31
La spore se forme par différenciation de la cellule végétative (quand la
bactérie est dans des conditions défavorables).
1- L’appareil chromosomique subit une élongation (formation du filament axial) avant
d’être séparé en deux fragments inégaux
2- Formation d’un septum : Une invagination de la membrane plasmique les isole l’un
de l’autre en deux parties inégales
3- L’enveloppe de l’endospore se forme progressivement autour du petit fragment
d’ADN. Pendant ce temps, la grande parte de la bactérie est dégradée. Puis la cellule
mère est lysée et l’endospore libérée dans le milieu devient une spore grâce à la
présence d’oxygène.
Ex RHL : ne jamais ouvrir un cadavre dehors ! Sinon les bactéries présentes dans le
corps vont se transformer en spores (via l’oxygène) et devenir très résistantes et s’en
débarrasser sera très dur.
4 -Formation de l’enveloppe d’un spore
5,6 - Formation de l’enveloppe du cortex puis libération du spore.
3- Germination de la spore

Si les conditions sont favorables (faible tension en O2 pour Clostridium


tetani (tétanos) ; ≥10°C pour Clostridium botulinum (botulisme)) , la spore peut
redonner une forme végétative (= une bactérie). On peut la découper en 3 phases :
1. L ’activation : elle consiste en une lésion des enveloppes sporales (par abrasion,
chauffage, sous l’effet de lysozymes, d’acides …). Cette phase est essentielle.
2. L ’initiation : les métabolites effecteurs (alanine, adénosine, magnésium…) pénètrent
à travers les membranes, déclenchant la lyse des éléments protecteurs de la spore
(processus autolytique).
3. L’émergence de la cellule végétative : la spore s’imbibe d’eau, le cytoplasme se
reforme, les synthèses reprennent, le génome se reconstruit, la croissance reprend.

29/31
4-Conséquences et applications
- L’existence de spores est un élément d’orientation du diagnostic.
Pour le diagnostic il faut faire attention à décontaminer les
prélèvements.
- L’épidémiologie (=étude des facteurs influant sur la santé et les maladies
des populations) repose sur la spore qui survit dans le milieu extérieur et
qui peut contaminer l’Homme et les animaux.
Ex maladies : charbon bactérien (Bacillus anthracis), botulisme
(Clostridium botulinum), tétanos (clostridium tetani)
- En termes d’hygiène alimentaire, certaines denrées comme les
conserves familiales peuvent être altérées (Clostridium botulinum). Des
cycles de chauffage sont intégrés au processus industriel pour éliminer les
risques de botulisme.
- En termes de prophylaxie (champs maudits). Il est difficile d’effectuer
une prophylaxie sanitaire (mesures d’hygiène : décontamination,
quarantaine …), la prophylaxie du charbon ou du tétanos sera avant tout
médicale (vaccins) car il est impossible de détruire les spores dans le sol
(champs maudits) ou dans l’eau.
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PHYSIOLOGIE BACTERIENNE


I- Les besoins nutritifs des bactéries
II- Les milieux de culture
III- La croissance bactérienne
1- Les conditions environnementales de la croissance
2- La croissance bactérienne
a) La division bactérienne
b) La croissance en milieu non renouvelé
c) La croissance en milieu renouvelé
IV- Mesurer la croissance bactérienne
1- Mesures directes
2- Mesures indirectes
3- Le métabolisme des bactéries chimioorganotrophes
a) Métabolisme énergétique des bactéries chimiorganotrophes
b) Catabolisme des glucides
c) Différentes applications du métabolisme des bactéries
V- Etude de la croissance et diagnostic
1- Ensemencement permettant l’obtention de cultures pures (TP)
2- Détermination de la sensibilité/résistance aux antibiotiques

Introduction

La physiologie bactérienne est la science des fonctions et des constantes du fonctionnement
normal des bactéries.
Trois éléments principaux seront étudiés :
- Les conditions de la croissance bactérienne, nutritionnelle et environnementales
- La croissance bactérienne, son dynamisme et sa quantification
- Le métabolisme des bactéries chimioorganotrophes.
En TP seront abordés les conséquences de ces caractéristiques sur la conduite d’un examen
bactériologique et dans le diagnostic d’une infection bactérienne.


I- Les besoins nutritifs des bactéries

On distingue deux types de besoins :
- Les besoins élémentaires qui incluent les éléments indispensables à la survie et la
croissance des bactéries.

1
- Les besoins spécifiques (aa, vitamines, bases azotées non synthétisées par la bactérie
constituant des facteurs de croissance…)

• Les besoins élémentaires des bactéries sont :
- L’eau : 80 à 90% du poids de la bactérie. Elle joue un rôle fondamental en solubilisant
les nutriments, en assurant leur transport et les réactions d’hydrolyse.
- La source d’énergie qui peut être de deux types :
ð Lumière = bactéries phototrophes
ð Composé minéral ou organique = bactéries organotrophes
- Le carbone :
ð Sous forme de CO2 : bactéries autotrophes
ð Substances organiques (alcool, acide acétique) : bactéries hétérotrophes
- L’azote : ammoniac, sels d’ammonium, composés organiques
Bactériologie – Physiologie bactérienne
- Ions minéraux : soufre, phosphore, sodium, potassium, magnésium, chlore, fer
Finalement, il y a donc 5 sources élémentaires.
I - [DIAPOS 3-4] Les besoins nutritifs des bactéries
• Les besoins spécifiques sont les facteurs de croissance qui sont nécessaires aux
bactéries auxotrophes
On distingue deux types de puisqu’elles ne peuvent
besoins : des besoins pas les
élémentaires (quiproduire.
incluent lesCe sont les acides
aminés, les vitamines, les bases puriques ou pyrimidiques...
éléments indispensables à la survie et la croissance) et des besoins spécifiques (aa,
vitamines, bases azotées non synthétisés par la bactérie constituant des facteurs de
Les bactéries phototrophes n’ont que des besoins élémentaires tandis que les bactéries
croissance)…
auxotrophes ont aussi des besoins spécifiques.
Les bactéries prototrophes n’ont que des besoins élémentaires, tandis que les
bactéries auxotrophes ont aussi des besoins spécifiques.
On différencie plusieurs types trophiques selon la manière dont la bactérie fabrique sa propre
matière organique :
On différencie plusieurs types trophiques selon la manière dont la bactérie fabrique
sa propre matière organique :
Source d'énergie Source de pouvoir réducteur Source de carbone
Composé organique
Lumière Photoorganotrophes
CO2
Photo- Inorganique (autotrophe)
photolithotrophes
Composé organique
+
Composé chimique chimioorganotrophes Substances organiques
Chimio- Inorganique (hétérotrophe)
chimiolithotrophes


Seules les bactéries chimioorganotrophes hétérotrophes ont un intérêt médical et sont
Les bactéries ont des besoins élémentaires :
donc les seules à connaître !
En eau, qui représente 80 à 90% du poids de la bactérie. Elle assure le transport
des nutriments et les réactions d’hydrolyse.
II- Les milieux de culture
La source d’énergie peut être de deux types :
- Lumière (bactéries phototrophes)
- Composé minéral ou organique (bactéries organotrophes)
Il y a trois types de classification des milieux de culture, selon :
En carbone, trouvé dans le CO2 (bactéries autotrophes) ou dans d’autres
- Le type de culture
substances organiques comme l’alcool ou l’acide acétique) (bactéries
- La fonction
hétérotrophes).
- Ou la consistance du milieu de culture.
En azote, trouvé sous forme d’ammoniac NH3, de sels d’ammonium NH4+ou de
composés organiques
En ions et minéraux : soufre, phosphore, sodium, potassium, magnésium, chlore,
fer 2

Les bactéries CHIMIOORGANOTROPHES HETEROTROPHES sont les seules


Type de culture Fonction Consistance

Milieu
Milieu
Milieu empirique Milieu usuel Milieu sélectif d’enrichisseme Milieu liquide Milieu solide
synthétique
nt

Composition pas
Formation de bouillons de Utilisation de géloses
Composition exacte. Extrait de la Contient tous les
Contient des culture en flacons. Utilisés (liquide + agar-agar
définie viande de bœuf. éléments Destiné à isoler
molécules pour l’observation du mode dans une boîte de
qualitativement et Satisfait les nécessaires à la un agent
empêchant la d’enchainement des pétri). Permet de
quantitativement. Il besoins de la survie de la plupart infectieux en
culture de certains bactéries (Gram). distinguer la forme et
est standardisé et grande majorité des bactéries. faible proportion,
microorganismes La culture est homogène et l’aspect des colonies
utilisé pour les des bactéries. Mise en évidence en augmentant
et en favorisant dense donc facile à enrichir. et vérifier la pureté.
bactéries Surtout utilisé pour de nombreux sa croissance
d’autres.
autotrophes. les bactéries microorganismes.

d’intérêt médical.

Gélose au sang, après inoculation et Gélose de Mac Conkey, après inoculation et incubation d’Escherichia Gélose Chocolat, après innoculation et
incubation de Staphylococcus aureus, Coli (jaune) et Salmonella enterica (rosée). Milieu sélectif des Gram- incubation de souche de brucella
Milieu usuel Milieu d’enrichissement
(contient des sels biliaires qui inhibent la croissance des Gram+)

+ Test lactose (révèle si elles le dégradent ou non)

3
La gélose permet un dénombrement bactérien aisé et l’établissement de la validation, c’est
à dire l’observation de la pureté de la culture (un seul type de colonies observé s’il n’y a pas
de contamination).
Alors que dans les milieux liquidiens la culture est homogène et l’observation des modes
d’enchainement des bactéries est aisé, même si on ne distingue pas les espèces.
La croissance s’observe dans les deux cas, soit par des points sur la gélose ou si le milieu se
trouble.


III- La croissance bactérienne

1- Les conditions environnementales de la croissance

Plusieurs facteurs environnementaux vont conditionner la croissance bactérienne :

• Le pH : chaque espèce bactérienne se développe dans une gamme de pH définie, avec
un pH optimum de croissance. On distingue différents types de bactéries, suivant leur
pH optimum de croissance :

• La température : il existe pour chaque bactéries trois températures cardinales :



- Topt : Température optimale, pour laquelle la croissance est optimale
- Tmin : Température minimale, en dessous de laquelle il n’y a pas de croissance
bactérienne
- Tmax : Température maximale, au-dessus de laquelle il n’y a pas de croissance

• L’oxygène : les bactéries possèdent des modes respiratoires variés :



- Les aérobies strictes exigent de l’oxygène pour se développer
- Les micro-aérobies, se développent en présence d’une faible concentration d’oxygène
- Les aéro-anaérobies facultatives se développent mieux en présence d’oxygène
- Les aérobies strictes sont inhibées en présence d’oxygène.

Remarque : les microphiles sont cultivées avec une quantité d’oxygène minimale.

4
• Eau libre : correspond à la disponibilité de l’eau dans l’environnement = aw = water
activity :
%&'(()*+ ,' -!.'/& ,0 '!/ ,/ 1)2)'/ à 4
!" =
%&'(()*+ ,' -!.'/& ,0 '!/ ./&' à 4

• La pression osmotique : les bactéries ont une bonne tolérance au sel. Certaines
bactéries dites halophiles nécessitent du chlorure de sodium pour leur croissance.
D’autres ne sont qu’halotolérantes.
• Le gaz carbonique : la croissance de bactéries capnophiles est favorisée par le gaz
carbonique.

2- La croissance bactérienne

a) La division bactérienne

Les bactéries se multiplient le plus souvent par scissiparité (formation de deux clones à partir
d’une bactérie). La croissance des bactéries est donc un accroissement du nombre de cellules.

Elle se réalise en plusieurs étapes :
- Elongation de la cellule mère qui contient le matériel génétique
- Formation d’un anneau de division qui correspond à l’invagination de la membrane
plasmique
- Réplication du chromosome et des plasmides en vue de leur partition dans les deux
cellules filles.

La croissance des bactéries peut se réaliser en :
- Milieu non renouvelé : elle s’arrête lorsqu’elle n’a plus d’éléments nutritifs
- Milieu renouvelé : croissance bactérienne permanente

b) La croissance en milieu non renouvelé

On distingue 6 étapes de croissance :

1. Phase de latence : adaptation de la
bactérie à son milieu, pas de croissance
bactérienne
2. Phase d’accélération : début
d’accélération de la croissance
bactérienne, certaines bactéries
commencent à se diviser
3. Phase exponentielle : toutes les
bactéries sont en division, croissance
maximale

5
4. Phase de ralentissement : ralentissement de la croissance du fait que le milieu
commence à s’épuiser
5. Phase stationnaire : phase de plateau, taux de croissance nulle, plus de division
bactérienne, accumulation des déchets toxiques
6. Phase de déclin : les bactéries n’ayant plus de quoi se nourrir elles commencent à se
lyser et donc on va avoir la mort des bactéries

On peut mesurer le taux de croissance µmax (temps nécessaire à la division cellulaire = temps
de doublement de la population) et en déduire le temps de génération G (= temps d’une
division, environ 20 mn) :
G= ln(2)/ µmax avec ln(2)=0,693


c) La croissance en milieu renouvelé

Une culture continue est un milieu ouvert de volume constant, qui
reçoit en permanence du milieu nutritif neuf, alors que le milieu épuisé
est éliminé à la même vitesse.
C’est un système essentiel à la recherche dans de nombreux domaines
(diagnostic et industrie agro-alimentaire). Le système de culture
continue est appelé le chémostat.


IV- Mesurer la croissance bactérienne

1- Mesures directes

Ø Pour un comptage des cellules totales sur milieu liquide, on utilise une cellule de
Petroff-Hausser. On y dépose 10µL en une goutte et on compte les bactéries dans un
grand ou un petit carré.
Cette méthode a l’avantage d’être rapide mais est approximative car elle compte les cellules
mortes et vivantes.













6
Ø Pour un comptage des cellules viables uniquement :
- Sur milieu solide, on comptera le nombre de colonies obtenues après étalement sur
boîte de pétri (entre 30 et 300 colonies par boîte pour une mesure fiable). Si le
nombre est inférieur à 30 colonies, le résultat est peu représentatif et le milieu est
considéré comme stérile. Pour être significative, l'analyse doit être réalisée en
triplicata (on fait une moyenne des résultats obtenus). Il est exprimé en Unité Formant
Colonies (UFC)/mL.








- Sur un milieu liquide, on réalisera des dilutions successives avec lesquelles on


ensemencera plusieurs boîtes de pétri pour compter 30 à 300 colonies par boîte.

Ø Pour déterminer le poids sec, les cellules développées en milieu liquide sont récoltées
dans le culot après centrifugation, lavées, séchées dans un four et pesées. Le poids est
généralement exprimé en g de matière sèche/L. Cette technique est surtout utilisée
pour mesurer la croissance des champignons.

2- Mesures indirectes

- Mesure de la densité optique DO par spectrophotométrie
- Mesure de la lumière diffractée par néphélométrie
- Mesure de l’activité métabolique : consommation d’oxygène, de CO2 dégagé, ATP
produite… Ces mesures sont faites par des automates et sont beaucoup utilisées en
hôpital.

3- Le métabolisme des bactéries chimioorganotrophes

a) Métabolisme énergétique des bactéries chimiorganotrophes

Energie Croissance Accepteur final H ou e- ATP
Respiration aérobie Aérobiose O 2 38
Respiration Anaérobiose Composé inorganique 2≤N≤38
anaérobie ≠O2 ou organique
Fermentation Anaérobiose Composé organique 2

Les bactéries passent par un cycle de respiration. Si l’accepteur final est l’oxygène, on parle
d’aérobie et sinon d’anaérobie. Certaines bactéries utilisent seulement un certain composé
organique, on parle alors de fermentation. (cf Tableau)

7
NB : E.Coli réalise une respiration des nitrates (anaérobie).
Remarque : Certaines bactéries ont la capacité de faire les deux voies en même temps mais,
la respiration aérobie permet la production de plus d’énergie, elle est donc préférentiellement
réalisée.


b) Catabolisme des glucides Sous forme de glucose ou de
polysaccharides dégradés en
glucose

La fermentation est réalisée dans les conditions anaérobique ou aéroanaérobique. Elle porte
le nom du produit de fermentation (fermentation lactique, acétique, formique…).

Les glucides ont une structure qui ne leur permet pas de pénétrer dans la cellule bactérienne :
il y a donc une dégradation au préalable.
- Si respiration : Il y a donc glycolyse, dégradation de l’acide pyruvique en acétyl CoA et
entrée dans la respiration
- Si fermentation : il y a d’abord glycolyse puis formation des produits de fermentation.

Ainsi, on parle de métabolisme fermentaire (si fermentation), métabolisme oxydatif (si
respiration) ou mixte (les deux).
Remarque : certaines bactéries ne font pas de dégradation de glucose, elles utilisent d’autres
substrats : on parle alors de métabolisme inactif.

c) Différentes applications du métabolisme des bactéries

Les bactéries effectuent leur métabolisme afin de se procurer de l’énergie, et participent en
même temps à :
- Des cycles biologiques comme le cycle de l’azote

8
- Une oxydation de la matière organique et minéralisée (épuration par les bactéries de
l’eau)
- Des fermentations utilisées dans l’industrie (yaourt, vinaigre, fromage, ...)
- Des synthèses d’acides gras volatiles (source d’énergie pour la vache : les bactéries du
rumen dégradent la cellulose), d’acides aminés, de vitamines.

V- Etude de la croissance et diagnostic

1- Ensemencement permettant l’obtention de cultures pures (TP)

On réalise la série classique de tests sur une culture pure obtenue par ensemencement et
isolement par épuisement :
- Coloration de Gram pour déterminer taille, morphologie, regroupement...
- Tests enzymatiques (catalase et oxydase)
- Types respiratoires (aérobie, anaérobie, aéro-anaérobie, micro-aérobies)

2- Détermination de la sensibilité/résistance aux antibiotiques

En fonction de l’espèce bactérienne que l’on a identifié on sait quel antibiotique il faut utiliser.
Seulement, avec le développement des antibio-résistances, il est important de vérifier à
l’avance si le traitement fonctionne ou non, c’est à dire si la bactérie est sensible ou résistante
à l’antibiotique. Pour cela on réalise un antibiogramme :

Antibiogramme : on place des bactéries en présence d’antibiotiques différents (disques
d’antibiotiques) à des concentrations définies pour visualiser l’effet de ces antibiotiques sur
la croissance bactérienne.
Deux cas possibles :
- Si on observe des diamètres d’inhibition : la croissance bactérienne est inhibée par
l’antibiotique et la bactérie est donc sensible.
- Si on n’observe une croissance de la bactérie au contact du disque : la bactérie est
résistante.













9
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La taxinomie Bactérienne



I- La taxinomie bactérienne
1- La taxinomie phénotypique
2- La taxinomie numérique
3- La Taxinomie moléculaire
a) Détermination du GC% (« pourcentage de GC »)
b) Hybridation ADN/ADN
4- La taxinomie phylogénétique
5- La taxinomie polyphasique ou mixte

II- Comment identifier une espèce bactérienne ?
1- L’espèce bactérienne
2- Méthodes phénotypiques
3- Méthodes moléculaI- ires


Introduction

Un des aspects les plus importants du monde bactérien est sa diversité et il reste
encore de nombreuses bactéries à découvrir. C’est cette diversité qui nous amène à classer
les bactéries.

Taxinomie : Science de la classification biologique des organismes en groupes d’affinité ou
taxons.
Nomenclature : Ensemble de règles gouvernant l’attribution d’un nom à un taxon.

De manière générale, les microorganismes ayant les mêmes caractéristiques vont appartenir
au même groupe.

1
taxons.
Taxinomie : science de classification
Nomenclature biologique
: ensemble des règles des organismes
gouvernant en groupes
l’attribution d'affinité
d’un nom ou
à un taxon
taxons.
B) Les systèmes de classification
Nomenclature : ensemble des règles gouvernant l’attribution d’un nom à un taxon
1) [DIAPO3] La taxinomie phénotypique
B)I-Les systèmes
La taxinomie bactérienne
de classification
Elle repose sur un faible nombre de caractères considérés comme importants
(morphologie, coloration Gram, caractères culturaux, tests métaboliques, sensibilité à des
1) [DIAPO3] La taxinomie phénotypique
1- La taxinomie phénotypique
inhibiteurs ...).
Elle repose sur un:faible
Avantages facile, nombre
prend peude
decaractères considérés comme importants
temps à réaliser
Elle repose sur un faible nombre de caractères considérés comme importants (morphologie,
(morphologie, coloration
InconvénientsGram,
: caractères culturaux, tests métaboliques, sensibilité à des
coloration de GRAM, caractères culturaux, tests métaboliques, sensibilité à des inhibiteurs...).
inhibiteurs ...).- Elle ne reflète qu'une quantité réduite d'informations : seuls certains caractères sont étudiés
Avantages : rapide et facile
Avantages : facile,
- Cesprend
Inconvénients : peu depeuvent
informations temps àvarier
réaliser
: une bactérie sensible à un antibiotique peut devenir
Inconvénients : résistante
- Elle ne reflète qu’une quantité réduite d’informations : seuls certains caractères sont
- Elle ne reflète -étudiés
Les caractères
qu'une quantitésontréduite
étudiésd'informations
dans des conditions biencertains
: seuls précises,caractères
or une bactérie
sontpeut avoir
étudiés
- Ces informations peuvent varier : une bactérie sensible à un antibiotique peut devenir
des caractéristiques différentes d'un milieu à l'autre.
- Ces informations peuvent varier : une bactérie sensible à un antibiotique peut devenir
résistante
La méthode a été abandonnée.
résistante- Les caractères sont étudiés dans des conditions bien précises or une bactérie peut
- Les caractères avoir des caractéristiques différentes d’un milieu à un autre.
sont étudiés dans des conditions bien précises, or une bactérie peut avoir
2) [DIAPO 3]La taxinomie numérique
ð La méthode a donc été abandonnée.
des caractéristiques différentes d'un milieu à l'autre.
Elle repose sur l'étude d'un grand nombre de caractères morphologiques,
La méthode a2-été abandonnée.
La taxinomie numérique
biochimiques, culturaux, présence ou absence d'un constituant cellulaire particulier ...

On attribue le même poids à chaque caractère, codé en 1 (présence du caractère) ou
Elle repose sur l’étude d’une multitude de caractères (jusqu’à 300 caractères étudiés) :
2) [DIAPO 3]Ladutaxinomie
en 0 (absence caractère). Onnumérique
construit ensuite une matrice de similitude, qui donne le
morphologiques, culturaux, présence ou absence d’un constituant cellulaire particulier…
pourcentage de ressemblance des souches entre elles. morphologiques,
On attribue le même poids à un caractère, qui est codé par :
Elle repose sur l'étude d'un grand nombre de caractères
- Un 1 si présence de ce caractère
biochimiques,
Le mode de représentation "en arbre" appelé
culturaux, présence ou absence d'un constituant cellulaire particulier ...
- Un 0 si absence de celui-ci
dendrogramme est souvent utilisé.
On construit le
On attribue mêmeune
ensuite poids à chaque
matrice caractère,qui
de similitude, codé en 1le (présence du caractère) ou
donne
pourcentage de ressemblance des souches entre elles.
en 0 (absence du caractère). On construit ensuite une matrice de similitude, qui donne le
Le mode de représentation en arbre le plus souvent utilisé est un
pourcentage de ressemblance des souches entre elles.
dendogramme.
Le mode de représentation "en arbre" appelé

dendrogramme est souvent utilisé.
C’est donc une classification très complète mais qui prend plus de
temps à établir.




Bactériologie – Taxonomie bactéri

Dendrogramme

2
CARACTERE Car. A Car. B Car. C ...
Bactérie 1 0 0 1 ...
Bactérie 2 1 0 1 ...



Avantages Dendrogramme
: Les informations sont plus complètes et donc la cl

Inconvénients : Il faut étudier plus de 200 caractères pour chaq
2 un travail conséquent.

2
3) [DIAPOS 4-5-6] La taxinomie moléculaire
Détermination du GC% ("pourcentage de GC")
Avantages : Les informations sont plus complètes et donc la classification est plus précise.
Inconvénients : Il faut étudier plus de 200 caractères pour chaque bactérie : cela représente
un travail conséquent.

3- La taxinomie moléculaire (toujours basée sur l’ADN)


3) [DIAPOS 4-5-6] La taxinomie moléculaire (toujours basée sur l'ADN)
a) Détermination du GC% (« pourcentage de GC »)
Détermination du GC% ("pourcentage de GC")

Le GC% permet de mettre en évidence des homologies moléculaires concernant
Le GC% permet de mettre en évidence des homologies moléculaires concernant l’ensemble
l'ensemble du génome. Il est défini comme suit :
du génome. Il est défini comme suit :
GC% = (G + C) x 100 / (A+T+G+C)

Le GC% des procaryotes peut être très variable, de 25% à 80% en général.
Le GC% peut être très variable, de 25% à 80% en général.
o - Si la
Si la différence de GC>5%, les bactéries appartiennent à deux espèces différentes
différence de GC% >5%, les bactéries appartiennent à 2 espèces différentes
o - Si la
Si la différence de GC%>10%, elles appartiennent à deux genres différents
différence de GC% >10%, elles appartiennent à 2 genres différents
- laSi la différence de GC%<3%, elles appartiennent à la même espèce
o Si différence de GC% < 3%, elles appartiennent à la même espèce
o Une valeur de GC% identique n'implique pas que les bactéries soient identiques
REMARQUE : une valeur de GC% identique n’implique pas que les bactéries soient
identiques.

Hybridation ADN/ADN b) Hybridation ADN/ADN

Cette méthode permet de mettre en évidence la proximité génétique de deux molécules
Cette méthode permet de mettre en évidence la proximité génétique de deux
d’ADN provenant de deux bactéries différentes.
molécules d'ADN provenant de 2 bactéries différentes.

L'ADN est extrait, dénaturé à haute température (90°C). L'étape suivante est une
On procède par étapes :
1. Extraction de l’ADN des bactéries
Hybridation (au cours d’un refroidissement progressif) : les monobrins de la bactérie A et les
2. Dénaturation de l’ADN (90°C) : la température élevée permet de séparer les deux brins
monobrins de la bactérie B sont mis en contact et s'autoassemblent. La stabilité de l'hybride,
d’ADN.
fonction du nombre de bases identiques, est testée. Le pourcentage de recombinaison est égal
3. Hybridation
au pourcentage en baissant
d’hybridation. Plus illa est
température
élevé, plus les : les monobrins
souches de la bactérie
sont proches. A et de
En pratique, on la
bactérie B sont mis en contact et s’autoassemblent : jusqu’à quel pourcentage
considère que les souches sont de la même espèce si le pourcentage d’hybridation est supérieur
s’hybrident-ils ?
à 70 %.
4. La stabilité de l’hybride est testée en fonction du nombre de bases
Bactériologie identiques.
– Taxonomie Le
bactérienne
pourcentage d’hybridation est égal au pourcentage de recombinaison. Plus il est élevé
On peut aussi regarder la température à laquelle l’hybridation se fait, appelée T hyb, visible
et plus les souches sont proches. On considère que les souches sont de la même espèce
par fluorescence.
Cette si le pourcentage d’hybridation est supérieur à 70%.
méthode est très résolutive mais lourde à réaliser.

On peut aussi regarder la température à laquelle
l’hybridation se fait, Thyb, visible par fluorescence. Pour classer, on utilise différents
Cette méthode est résolutive et permet de définir de rangs hiérarchiques :
nouvelles espèces mais elle est très lourde à réaliser. DOMAINE

Ainsi, pour classer on utilise différents 3 rangs Classe
hiérarchiques : Sous-classe


Ordre
Sous-ordre
Famille
Genre
Rq : Seul rang
Espèce
intéressant en clinique

3
4) [DIAPOS 7-8] La taxinomie phylogénétique
Elle repose sur la comparaison des gènes d'intérêt (présents chez tou

4- La taxinomie phylogénétique

Elle repose sur la comparaison des gènes d’intérêts (présents chez toutes les espèces
bactériennes) ayant conservé leurs fonctions au cours du temps.
Pour comparer des bactéries éloignées on utilise donc le gène rrs de l’ARN 16S
(environ 1500 pdb) très stable dans le temps.
Si les bactéries sont proches, on fera appel à 4 ou 5 gènes ménages (= gènes codants
pour une fonction essentielle de la bactérie).

Les séquences de tous ces gènes sont récupérées, amplifiées par PCR, séquencées puis
combinées. On obtient alors un « profil » de la bactérie.

Remarque : le séquençage consisté à étudier la composition du gène en bases
nucléotidiques : séquence nucléotidique que l’on compare à celle d’une autre bactérie.
De plus, une banque génomique disponible sur internet contient les séquences génomiques
de la plupart des bactéries connues. On peut donc directement comparer la séquence obtenue
à celles données et ainsi déterminer la bactérie étudiée.

5- La taxinomie polyphasique ou mixte

Elle correspond à la synthèse de toutes les classifications. Elle tient ainsi compte d’un
maximum de données : phénotypiques, génétiques, chimiotaxinomiques, écologiques….


II- Comment identifier une bactérie ? (cf TP)

1- L’espèce bactérienne

Espèce : ensemble de souches bactériennes présentant des homologies génétiques se
traduisant par des pourcentages d’hybridation ADN-ADN > à 70% des bases et par une stabilité
thermique des hybrides telle que la DTm<5°C.
DTm : différence entre la température de stabilité des nouveaux hybrides et celle des
hybrides naturels.
L’appartenance à l’espèce bactérienne est basée sur le séquençage du gène rrs (ARNr 16S).

La nomenclature a pour but d’attribuer un nom à un taxon de telle manière qu’il
n’existe aucun risque dans la confusion. Il existe des règles gouvernant cette nomenclature
qui sont rassemblées dans le « code international de nomenclature bactérienne ».

Lorsqu’une nouvelle bactérie est découverte, son identification doit être publiée au
sein de l’International Journal of Systemic and Evolutionary Microbiology.
La bactérie est décrite par combinaison linéaire de son genre et de son espèce (toujours en
italique, sans majuscule) : Escherichia coli.

Au sein d’une espèce, on peut retrouver plusieurs sous espèces, appelées biovars (même
espèce bactérienne mais propriétés biologiques différentes), sérovars (idem mais pour les

4
propriétés antigénétiques), chimiovars (propriétés chimiques), pathovars (caractères
génomiques).

Il y a deux méthodes pour déterminer une bactérie : les méthodes phénotypiques ou
moléculaires.

2- Méthodes phénotypiques

Ces méthodes sont basées sur l’ensemble des caractères morphologiques,
structuraux, culturaux, physiologiques, métaboliques et antigéniques. On caractérise tout
d’abord la morphologie des colonies sur le milieu de culture. On réalise ensuite une coloration
de Gram, une identification des enzymes et du type respiratoire, et enfin, une Galerie API.
Bactériologie – Taxonomie bactérienne
Les galeries de microtests prennent en considération un ensemble de caractères en
une seule deétape.
statistique Une fois
la souche les résultats
à identifier aux obtenus
souches (délai
de lad’incubation
banque, et de 24h), leon profil
trouve réalise une
comparaison statistique de la souche à identifier sur une banque de données.
correspondant (avec un pourcentage de ressemblance). Cf TP

Galeries API



3- 12-13]
C) [DIAPOS Méthodes moléculaires (ADN)
Méthodes moléculaires (ADN)

Plusieurs étapes sont réalisées successivement :
Plusieurs étapes sont réalisées successivement :
- Extraction de la portion d’ADN à étudier (gène rrs de l’ARN 16s)
> Extraction de la portion d'ADN à étudier (gène rrs de l'ARNr 16S)
- Amplification par PCR (polymerase Chain reaction) pour le gène rrs ou les gènes de
ménage par PCR (Polymerase Chain Reaction) pour le gène rrs ou les gènes de
> Amplification
ménage Séquençage de l’amplifiât (détermination de la composition en acides nucléiques)
-
- Comparaison des séquences avec les banques de données ce qui permet de localiser
la souche dans l’arbre phylogénétique par rapport aux autres espèces bactériennes.
> Séquençage de l'amplifiât (détermination de la composition en acides nucléiques)

> Comparaison des séquences avec les banques de données ce qui permet de localiser
RAPPEL : une identification correcte correspond à un pourcentage de ressemblance > 97%.
la souche dans l’arbre phylogénétique par rapport aux autres espèces bactériennes.

Un diagnostic bactériologique peut prendre plus de 24h (méthode phénotypique plus longue
Une identification correcte correspond à un pourcentage de ressemblance > 97%. Un
à cause du temps d’incubation) ou seulement 4h (méthodes moléculaires).
diagnostic bactériologique peut prendre plus de 24h (en passant par une méthode
phénotypique, longue à cause des temps d'incubation) ou seulement 4h (méthodes
moléculaires)

5
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Génétique bactérienne – CM 6

GENETIQUE BACTERIENNE

I - Les mutations génétiques


A) Les différents types de mutations
B) Isolement d'un mutant

II - Les éléments génétiques mobiles


A) Phages lysogènes
B) Eléments transposables
C) Cassettes géniques
D) Les îlots génomiques

III- Les modes de transfert génétiques


A) La transformation
B) La conjugaison
C) La transduction

Introduction
1880 : George Mendel définit les lois de la génétique puis d’autres travaux ont permis de
découvrir les gènes

1944 : l'ADN est le support de tous les caractères héréditaires.

La génétique bactérienne est l'étude des génomes bactériens, de leur expression et


de leurs variations. On s'intéressera ici aux variations des génomes.

1
Génétique bactérienne – CM 6

I -Les mutations génétiques


A) Les différents types de mutations
Un complément de cours est sur vetoTice si vous êtes interessés (non présenté en cours)

Les mutations sont des changements de la séquence nucléique. Des nouvelles cellules
différentes des cellules sauvages apparaissent mais ces mutations ne sont pas toujours
visuelles ou morphologiques.
Il en existe différents types :
- des additions/délétions qui consistent en un ajout ou une suppression d'une ou
plusieurs bases, qui entraîne un décalage du cadre de lecture
- des substitutions lors desquelles un nucléotide est remplacé par un autre

Les mutations sont :


- spontanées : une bactérie sensible à un antibiotique (ATB) (de type sauvage) peut
devenir du jour au lendemain résistante, il s'agit d'une résistance acquise
- rares : elles se produisent 1 à 2 fois par génération (taux de mutation de 1/10 5)
- stables : une fois acquise, la mutation persiste et est transmise à la descendance
- spécifiques et indépendantes : une mutation peut toucher 1 caractère
indépendamment des autres
Leurs conséquences peuvent être de différents degrés ; les mutations peuvent être :
- silencieuses : il n'y a pas de modifications de l'acide aminé correspondant dans la protéine
- faux-sens : un acide aminé est modifié, pouvant entraîner la synthèse d'une protéine
non fonctionnelle (s'il est essentiel à son bon fonctionnement)
- non-sens : un codon stop apparaît et donne lieu à une protéine plus courte
Expérience pour révéler les résistances :

Au sein des cultures bactériennes, des


cellules mutantes se détachent des autres (ici
différence de couleur)

On peut également remarquer une

Résistance à un ATB (ici en réalisant


plusieurs piquages, par isolements
successifs, on obtient des souches
résistantes à la streptomycine)
2
Génétique bactérienne – CM 6

II - Les éléments génétiques mobiles


A) ]Phages lysogènes : cycle lytique, cycle lysogène

Les phages sont des virus infectant les bactéries.

= Introduction de l’ADN

L'intégration d’un phage au sein de la bactérie (= cellule hôte) engendre


deux types de cycles. L’intégration permet d’avoir une molécule d’ADN stable.
Les phages virulents vont essentiellement causer une infection lytique tandis
que les phages tempérés, des infections lysogéniques (ou lytiques dans certains
cas).
Lors du cycle lytique, il y a une multiplication intensive des phages :
l’ADN et la capside s’assemblent. La libération des phages engendre la lyse de la
cellule.
Lors du cycle lysogènique, l’ADN viral du phage s’associe à celui de la
bactérie de façon stable, et est transmis aux générations suivantes avec la
multiplication bactérienne. Le phage apporte des gènes d’intérêt à la bactérie
(caractères avantageux comme la capacité de synthétiser des toxines, des
résistances, etc …), c'est la conversion lysogénique. Par exemple, une bactérie
sans pouvoir pathogène comme Corynebacterium diphteriae devient
pathogène après infection par le phage β : elle produit alors une toxine, la
toxine diphtérique.

3
Génétique bactérienne – CM 6

Différences entre les deux cycles :


Lytique : le phage se multiplie + cela se finit par une lyse bactérienne (le
phage est libéré)  phage virulent
Lysogène : idem mais ne se termine pas par une lyse bactérienne, on
hérite d’un nouveau caractère. L’ADN viral est associé de façon stable à l’ADN
bactérien sous la forme d’un prophage et le tout est propagé lors de la division
bactérienne phage tempéré

B) Eléments transposables

Les éléments transposables sont des


éléments génétiques mobiles capables de
s'intégrer dans différents réplicons en l'absence
d'homologie génétique, codant pour l'enzyme
permettant leur transposition et différentes
autres fonctions.
Souvent ils codent pour un gène et pour
une enzyme leur permettant cette intégration.
Une transposase reconnait le transposon sur
l’ADN donneur, le clive et l’amène à l’ADN
receveur. Cet élément est ensuite intégré grâce
à l’action d’une ligase (lie les éléments).

La transposition peut être :


- conservatrice : l'ADN donneur perd son transposon (et ses transposases) par simple
passage du fragment d'un brin à l'autre
- réplicative : l'ADN donneur ne perd pas son transposon, il est répliqué avant de
migrer sur l'ADN receveur

Il existe deux types d'éléments transposables :


- des petits, les séquences d'insertion (800-2500 pdb), présents en grand nombre de
copies
- des grands, les transposons (2,5 - 67 kb), présent en 2 copies maximum par cellule.

C) Les cassettes géniques

Les cassettes géniques sont des éléments génétiques mobiles, qui possèdent une
unique séquence codante, capables de s'intégrer dans un site spécifique d'une molécule
d'ADN, un intégron. L'expression du gène porté par la cassette est sous le contrôle du
promoteur de l'intégron.

L’intégron reconnaît alors le site de recombinaison de la cassette pour son


intégration. Une fois la cassette intégrée elle pourra exprimer les gènes dont elle est porteuse.
4
Génétique bactérienne – CM 6
Les cassettes peuvent coder pour des résistances à des antibiotiques, la production de
toxines,…

D)Les îlots génomiques

Les îlots génomiques correspondent à un ensemble de gènes portés par le


chromosome, de GC% différent du chromosome. Ils codent pour une intégrase permettant leur
insertion. De nombreux îlots génomiques portent des gènes codant pour des facteurs de
virulence ou des toxines.

Ils sont aussi appelés îlots de pathogénicité lorsqu'ils codent pour un caractère
pathogène.

Ces îlots sont transférés horizontalement d'une bactérie vers une autre ; ce mode de
transfert est appelé transfert génétique horizontal.

III- Les modes de transfert génétiques


A) La transformation

C'est un mode de transfert au


cours duquel un fragment d'ADN
libre provenant d'une bactérie
donatrice est introduit dans une
bactérie réceptrice, puis intégré dans
le génome de celle-ci.

Ce transfert s'effectue sous certaines conditions : (IMPORTANT RHL)

- La bactérie doit être compétente : ce n'est pas applicable à toutes les


espèces, il faut une bactérie capable d'intégrer son génome à un génome
étranger
- Une homologie est nécessaire : les bactéries doivent être proches (de même espèce) car
pour intégrer le fragment d’ADN, il faut un minimum d’homologie entre celui-ci et l’ADN de
la cellule receveuse
5
Génétique bactérienne – CM 6
- L'ADN doit provenir du chromosome (et non d'un plasmide)
- La bactérie receveuse peut initier la transformation : quand la bactérie A
est en début de lyse cellulaire, une bactérie B peut émettre des signaux
afin d'initier le processus.

B) La conjugaison

C'est un mode de transfert au cours duquel l'ADN est transféré d'une


bactérie donatrice vers une bactérie réceptrice par un processus requérant un
contact cellulaire et la présence d'un plasmide conjugatif chez la bactérie
donatrice ; l'ADN est transféré est l'ADN plasmidique.

Le contact via un pili sexuel est nécessaire, il forme le pont. Il est synthétisé par la
bactérie donneuse grâce à des gènes sur le plasmide, on dit qu’il est conjugatif ( = il peut
induire la synthèse du pili). Ce plasmide est répliqué afin de transferer le brin monocaténaire à
la bactérie receveuse et garder une copie. On obtient donc deux bactéries donneuses après la
conjugaison.
Il existe des plasmides à large spectre, pouvant être transférés à une bactérie très
différente (d’une autre espèce).
Rappel : ce n’est pas comme les fimbriae qui communiquent par adhésion.

6
Génétique bactérienne – CM 6

C) La transduction

C'est un mode de transfert au cours


duquel l'ADN est transféré d'une bactérie
donatrice vers une bactérie réceptrice à
l'aide d'un bactériophage qui sert de
véhicule à l'information génétique.

Il existe 2 types de transductions :

La transduction généralisée

phage défectif : phage formé


pendant le cycle lysogénique,
contenant un fragment d'ADN
bactérien au lieu de l'ADN viral
(erreur d’assemblage)
gène défectif : fragment d'ADN
bactérien qui après la réplication
va être incorporé par erreur dans
BILAN une capside virale.
 pour la bactérie A : infection par un phage virulent qui provoque la lyse cellulaire
 pour la bactérie B : infection par un phage défectif, intégration de gènes de la
bactérie A et acquisition d'un nouveau caractère
S’applique chez les bactéries Gram+, Gram- et peuvent avoir de nombreuses
propriétés : fermentation des sucres, résistance aux antibiotiques, synthèse d’Ag…

7
Génétique bactérienne – CM 6

La transduction
restreinte

BILAN
 pour la bactérie A : infection par un phage P tempéré, prophage, induction par
les UV, surinfection par un phage P' virulent qui mène à la lyse cellulaire
 pour la bactérie B : infection par un phage défectif et acquisition d'un
nouveau caractère

8
Génétique bactérienne – CM 6

Les gènes échangés peuvent avoir de nombreuses propriétés : fermentation de


sucres, résistance aux ATBS, synthèses d'antigènes ... La bactérie acquiert ainsi de
nouveaux caractères.
La transduction peut se faire entre différentes espèces de bactéries mais il faut
que les récepteurs du phage soient compatibles.

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Le Pouvoir pathogène des bactéries

I- Infection et maladie bactérienne


II- Epidémiologie des infections bactériennes
A- Origine des agents pathogènes
B- Modes de transmission
C- Voies d’entrée des agents pathogènes
III- Réponse immunitaire anti-bactérienne
A- Réponse non spécifique
B- Réponse spécifique
IV- Déroulement d’une infection bactérienne
A- Généralités
B- Modalités des différentes étapes
1- Adhésion
2- Prolifération locale
3- Invasion cellulaire-Echappement à la réponse immunitaire
4- Les lésions tissulaires
a) Les toxines bactériennes
b) Le LPS de Gram-
5- Les toxines bactériennes : pouvoir antigénique

Introduction

On dit qu’une bactérie a un pouvoir pathogène (=pathogénicité) lorsqu’elle est capable


d’introduire des dommages chez l’hôte telles que des infections, ou encore des toxi-infections.

Infection : multiplication des bactéries dans l’organisme


Intoxication : synthèse de toxines par la bactérie
Toxi-infection : infection + intoxification

Ces affections peuvent évoluer vers une maladie si les bactéries prennent le dessus sur le système
immunitaire, ou alors l’infection restera latente s’il y a un équilibre entre la multiplication des
bactéries et leur destruction par le système immunitaire ou sera éliminée.

La pathogénicité bactérienne est sous la dépendance de plusieurs facteurs : les facteurs de virulence,
les toxines de la bactérie (= facteurs déterminants), des facteurs environnementaux comme les
conditions d’entretien (facteurs adjuvants), et enfin des facteurs prédisposants portant sur les
mécanismes de défense (spécifiques ou non spécifiques) de l’hôte.

1
multiplication des bactéries et leur destruction par le système immunitaire ou sera éliminée.

La pathogénicité bactérienne est sous la dépendance de plusieurs facteurs : les


facteurs de virulence, les toxines de la bactérie (=facteurs déterminants), des facteurs
environnementaux comme les condition d’entretien (facteurs adjuvants), et enfin des
facteurs prédisposants portant sur les mécanismes de défense (spécifiques ou non
spécifiques) de l'hôte.
I- Infection et maladie bactérienne
I - Infection et maladie bactérienne

infection : multiplication et persistance d'un micro-organisme pathogène dans un


organisme hôte
Infection : multiplication et persistance d’un micro-organisme pathogène dans un organisme hôte.
maladie : altération de l'état de santé suite à une infection ; c'est la conséquence plus ou
Maladie : altération dedirecte
moins l’étatde l'infection.
de santé suite à une infection ; c’est la conséquence plus ou moins
directe de l’infection.

Bactérie
Hôte
Virulence
Réponse
DIM Immunitaire
DL50

Déclenchement d'une maladie

Virulence : aptitude particulière


La virulence d’une
correspond bactérie
à l'aptitude à d'une
particulière pénétrer
bactérie et à se etmultiplier
à pénétrer à se dans un organisme.
Elle est définie par la dose infectante (notion quantitative).
multiplier activement dans un organisme. Elle est définie par la dose infectante (notion
quantitative).

DIM : la dose minimale La DIM est la dose minimale


infectante pourinfectante pour déclencher
déclencher l'infection. C'est
l’infection. C’estla dose
la au-
dose au-dessus de laquelle
dessus de laquelle l'infection se déclarera à coup sûr.
l’infection se déclarera à coup sûr.
La DL50 correspond à la Dose Létale pour 50% de la population, c'est-à-dire, la
quantité de bactérie nécessaire pour tuer la moitié de la population. Cette mesure est
DL50 : Dose létale
utiliséepour 50% de la population, c’est à dire, la quantité
en expérimentation. de bactérie nécessaire pour
tuer la moitié de la population. Cette mesure est utilisée en expérimentation.

A partir de là, on a pu classer les bactéries en deux catégories de bactéries : les bactéries pathogènes
et les bactéries opportunistes.

2
Seulement, cette classification a été revue : maintenant, dès qu’il y a infection, la bactérie est
considérée pathogène.

Postulat de koch : il permet de donner le statut de pathogène stricte à une bactérie. On réalise un
isolement de la bactérie à l’origine de l’infection. On inocule à l’individu sain la bactérie, celui-ci
devrait reproduire cette infection. La bactérie peut ensuite être à nouveau isolée en culture pure à
partir des individus infectés expérimentalement. Toutes les bactéries chez lesquelles on est capable
de reproduire cette expérimentation sont des bactéries considérées comme pathogène stricte.

On distingue ainsi :
- Les bactéries pathogènes strictes = obligatoires. Ces bactéries vérifient le postylat de Koch.
Très virulentes, elles s’installent chez un hôte immuno-compétent. Ce sont par exemple :
Mycrobacterium tuberculosis, Shigella, Vibrio cholerae, Staphylococcus aureus…
- Les bactéries pathogènes facultatives = opportunistes. Ces bactéries à l’origine non
pathogènes deviennent pathogènes à la suite de modifications de l’environnement de la
bactérie et/ou des défenses de l’hôte (elles peuvent profiter d’un terrain immunodéprimé
pour exprimer leur caractère pathogène). Ce sont par exemple : Escherichia Coli,
Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa, …
- Les bactéries non pathogènes

Les bactéries peuvent entrer en interaction avec l’hôte selon différentes modalités :
- Le saprophytisme : mode de vie de certaines bactéries qui se nourrissent de MO : on les
retrouve dans l’environnement. Ils constituent les flores environnementales. Elles peuvent
aussi être hébergées par un hôte. C’est le cas de Pseudomonas aeruginosa.
- Le commensalisme : obligatoirement associées à un hôte, une des espèces profite de la
relation sans que l’autre soit affectée. Elles protègent des bactéries pathogènes.
Staphylococcus epidermidis (protège la peau en la recouvrant)
- Le parasitisme : le microorganisme est associé à un hôte et entraîne un trouble. Il existe des
flores pathogènes, constituées de bactéries parasites comme Bacillus anthracis.

II- Epidémiologie des infections bactériennes

Bactérie + organisme hôte + Environnement = infection bactérienne

A- Origine des agents pathogènes

 Origine exogène : les bactéries peuvent provenir :


- De l’environnement (sols, eaux, aliments)
Ex : salmonelles Listeria provoquent des intoxications alimentaires à cause de leurs toxines,
les bactéries sporogènes comme bacillus anthracis viennent du sol et leptosprire viennent de
l’eau.

3
- D’individus contagieux (malade ou porteur asymptomatique qui est infecté mais n’a pas
développé de signe clinique)
- De zoonoses : les animaux sont les vecteurs de microorganismes pathogènes pour l’homme
(brucellose, tuberculose, rage, peste, maladie de Lime…)
- D’infections nosocomiales = contractées à l’hôpital

Remarque : les microorganismes sont présents en forte quantité dans le milieu hospitalier. Leur
chaîne de transmission est favorisée par la présence d’individus affaiblis. Ils ont un fort taux de survie
dans le milieu extérieur et sont généralement résistants aux antibiotiques. Ce sont des pathogènes
opportunistes.

 Origine endogène (bactéries commensales) : elle joue un rôle de défense face aux bactéries.
Il faut donc faire attention aux ATBS qui peuvent détruire ces flores commensales et favoriser
le terrain à d’autres bactéries. Mais si elles sont présentes en trop grande quantité, elles peuvent
devenir pathogènes.

B- Modes de transmission

 Transmission directe de l’hôte infesté à l’hôte sain par l’air (tuberculose)


 Transmission indirecte de l’hôte infesté à l’hôte sain
 Véhiculé par l’eau ou les aliments (mais pas par l’air !)
 Par des vecteurs passifs (objets inanimés comme des seringues, du matériel de traite) ou des
vecteur actifs (arthropodes comme les puces et les tiques)
 Transmission verticale par exemple in utero de la mère aux petits

C- Voie d’entrée dans l’organismes des agents pathogènes

 Par le revêtement cutané : une peau altérée à la suite d’une agression constitue une
ouverture pour les germes de la flore commensale de la terre ou de l’eau. Un léchage de
l’animal peut aider l’infection. Attention aux manipulations en labo !
 Par les muqueuses :

4
III- Réponse immunitaire antibactérienne

A- Réponse non spécifique

Elle peut être de différents types :

 Mécanique, par le biais :


 Des cellules kératinisées cutanées et de la desquamation : la peau est en perpétuel
renouvellement ce qui empêche les particules de rester sur la peau.
 De flux liquidiens (larmes, urines…) qui débarrassent les muqueuses
 D’un « ascenseur » muco-ciliaire de la sphère respiratoire, le mucus englobe les bactéries et
les particules qui sont ensuite éliminés vers l’extérieur grâce aux balayage ciliaire.

 Chimique via :
 Le pH acide (estomac…) ou basique (vagin…)
 Des lysozymes qui attaquent les parois
 Des peptides antimicrobiens cationiques (défensines…)
 Une carence en Fe3+ : le Fe3+ est essentiel à la multiplication bactérienne, il est donc stocké
en cas d’infection pour mettre les bactéries en difficultés.

 Cellulaire, avec la phagocytose des PNN et macrophages

 Biologique, avec les flores commensales

5
B- Réponse spécifique : immunité acquise

Deux types de réponses possibles : à médiation humorale ou à médiation cellulaire. (cf histologie du
sang et immunologie S6)

1- Immunité acquise à médiation humorale : les anticorps

Elle est uniquement extracellulaire (dans la circulation sanguine) car les Ac ne peuvent pas entrer
dans les cellules.
 La réponse immunitaire peut se faire via les lymphocytes T4 (LTh pour les lymphocytes « helper »
ou auxiliaires) qui activent les lymphocytes B. les LB activent à la suite les plasmocytes, qui produisent
alors des Ac de type immunoglobuline G (IgG).
 Elle peut aussi se faire via les lymphocytes B pour des Ag T-indépendants. Les Ac produits par les
plasmocytes seront alors des IgM. Ces anticorps sont présents plus longtemps dans l’organisme que
les IgG.

2- Immunité acquise à médiation cellulaire

6
La médiation cellulaire est obligatoire pour les bactéries intracellulaires inaccessibles aux Ac.
Elle concerne soit des cellules présentatrices d’Ag soit les cellules infestées.

Les molécules du CMH (complexe majeur d’Histocompatibilité) sont à la surface des cellules
présentatrices de l’Ag de la bactérie identifiée et assurent la présentation de l’Ag aux lymphocytes T
afin de les activer.
 S’il s’agit d’un Ag exogène, inséré par phagocytose ou pinocytose dans la membrane
plasmique de la cellule présentatrice, il est associé à un récepteur CMH2. CMH2 active les
LT4, qui produisent des interférons gamma (IFN gamma) qui activent les macrophages,
entrainant une augmentation de leur action phagocytaire.
 S’il s’agit d’Ag endogènes produits par des cellules infectées, il est associé à un récepteur
CMH1. Celui-ci va activer les LTc (cytotoxiques) qui vont aller détruire les cellules
infectées.

IV- Déroulement d’une infection bactérienne

A- Généralités

Rappel : si l’infection bactérienne s’arrête au stade de dissémination, on parlera seulement


d’infection.
Si les dégâts apparaissent, on parlera de maladie.

Les infections peuvent être de plusieurs types :


- Des infections locales : au niveau du site d’entrée
- Des infections focales, au niveau d’un organe ou un tissu préférentiel, comme tuberculose
dans les poumons

7
- Des infections systémiques : généralisées telles que la bactérie sera retrouvée dans tout
l’organisme.

Remarque : lors d’une infection, l’organisme monte en température : fièvre. Celle-ci empêche les
bactéries de se développer (mais peut devenir néfastes pour l’organisme si trop haute).

Bactériémie : présence de bactérie dans le sang sans que cela soit forcément dû à un processus
infectieux.

Septicémie : multiplication des bactéries dans le sang, plutôt lié à un processus infectieux.

Bilan : les facteurs de virulence des bactéries (qu’elles possèdent initialement ou qu’elles
synthétisent lors de l’infection) sont multiples. Pour induire une infection, il faut qu’il y ait :
- Adhésion
- Captation de fer, nécessaire à la multiplication bactérienne
- Invasion
- Echappement à la réponse immunitaire
- Lésions tissulaires (si maladie)

B- Modalités des différentes étapes

1- Adhésion

L’adhésion des bactéries à une cellule est très spécifique, elle synthétise des structures particulières,
appelées adhésines, de deux types différents :

 Les fimbriae : ce sont des pilis particuliers qui bordent la surface de la bactérie et qui
peuvent se fixer sur la celluel hôte. Ce sont eux qui permettent à ETEC (Escherichia Coli
Module : Bactériologie Généra
entérotoxique) de se fixer aux entérocytes. Leur fixation est suivie par une production
d’entérotoxines, qui entraîne des fuites d’eau au niveau de l’épithélium, dont la manifestation
clinique est une diarrhée. Les fimbriaes sont variés : dans leàcas
équivalent uned’ETC, on retrouve
seringue F5, la
par laquelle F17,
bactérie intro
F41… chez les souches parasites de bovins, F4, F6,cytosol
et également F5 chezCelle-ci
de la cellule. les souches
subit porcines.
alors un remanieme
sont détruites, d'où là encore fuite d'eau et diarrhée.
 Les adhésines afimbriales : ce sont des
protéines particulières comme l’intimine pour
intimine
EPEC (Escherichia coli entéropathologique) qui
s’associe au récepteur Tir des entérocytes. La
fixation entraîne la synthèse d’un appareil de récepteur Tir
sécrétion de type III par la bactérie, équivalent
à une seringue par laquelle la bactérie introduit
des protéines dans le cytosol de la cellule. Celle-
ci subit alors un remaniement cellulaire : les
microvillosités sont détruites, d’où une fuite
d’eau et diarrhée.
2) Prolifération locale
Captation du fer : il existe différentes stratégies :
Acquisition directe à partir de transferrine (du sang)
de lactoferrine (du lait) : ce sont des protéines
8
impliquées dans le transport du fer, qui possèdent de
sites de fixation pour l'élément (très forte affinité), q
2- Prolifération locale

 Captation du fer
Il existe différentes stratégies :
- Acquisition directe à partir de transferrine (du sang) ou de lactoferrine (du lait) : ce sont des
glycoprotéines qui ont des sites de captation du fer, elles vont le fixer et le transférer plus
facilement aux bactéries.
- Utilisation de sidérophores bactériens : ce sont des petites molécules synthétisées par les
bactéries ; elles fournissent le fer aux cellules bactériennes par internalisation après fixation
sur un récepteur cellulaire.

 Destruction des IgA par les protéases des bactéries : les IgA sont majoritairement produites
au niveau des muqueuses, et forment une première barrière contre les bactéries. Les
protéases peuvent ainsi être synthétisées :
- Au niveau respiratoire par des bactéries à tropisme respiratoire comme Streptococcus
pneumoniae
- Au niveau uro-génital par des bactéries à tropisme uro-génital comme Neiserria gonorrhoeae

 Exemples d’invasions cellulaires :

L’invasion cellulaire est une étape non rigide : chaque espèce bactérienne adopte sa propre stratégie
pour envahir les tissus.

1. Les salmonelles

Les salmonelles se retrouvent dans l’eau et


les aliments ; elles sont responsables de
nombreux cas d’intoxications alimentaires
(phénomènes toxoalimentaires). Elles
évitent les mécanismes de défense
extracellulaire, provoquent des dégâts
cellulaires favorisant la colonisation,
poursuivent leur multiplication et se
répandent à l’intérieur de l’hôte. La cellule
hôte va former invaginations pour
envelopper la salmonelle de façon à ce que la
bactérie se retrouve à l'intérieur et une fois à
l'intérieur la salmonelle pourra se multiplier et ainsi de suite elle passera de cellule en cellule.
L’appareil de sécrétion de type III est une seringue à travers laquelle la bactérie injecte des protéines
qui vont engendrer des invaginations membranaires.

9
2. Listeria

Elle est aussi retrouvée dans les aliments,


est responsable de maladies néonatales
et de fausses couches chez l’homme. La
production de toxines lui permet
d’induire sa propre phagocytose. Elle se
débarrasse de la vacuole de phagocytose
à l’aide de phospholipases (échappement
à l’arrivée fatale du lysosome).

3- Invasion cellulaire – échappement à la réponse immunitaire

 Echappement à la phagocytose
Plusieurs types de défenses sont mis en place :
- Destruction des cellules phagocytaires (PNN et macrophages) par des leucotoxines( de
Mannheimia haemolytica), ou par des leucocidines (de Staphylococcus sp.)
- Inhibition de la phase d’attachement (étape primordiale de la phagocytose) à la cellule
phagocytaire (Bacillus anthracis grâce à sa capsule, Pasteurella multocida)
- Survie et multiplication dans les macrophages :
o Echappement de la vacuole de phagocytose grâce à des listeriolysines (Listeria
monocytogenes)
o Inhibition de la fusion phago-lysomiale, étape critique pour la bactérie puisqu’elle a
une action lytique (Brucella abortus, Mycobacterium tuberculosis, Coxiella burnetii)

 Résistance aux mécanismes dépendants des Ac

- Masquage d’Ag de surface par des protéines d’hôtes par exemple au travers de la fixation
de la protéine M de Streptococcus pyogenes sur le fibrinogène.
- Variation antigénique (Borrelia sp, Bordetella sp)
- Destruction des Ac (destruction des IgA par les protéases de Pseudomonas aeruginosa)
- Résistance aux ATBs par acquisition de plasmides de résistance par conjugaison ou
transduction

4- Lésions tissulaires

On distingue deux types d’actions : d’une part les actions directes, à travers la réaction
inflammatoire causées par les enzymes et les toxines bactériennes ; et d’autre part les actions
indirectes liées à la réaction inflammatoire.

On distingue deux types de toxines bactériennes :


- Les toxines protéiques
- Le lipide A du LPS (= toxine glucido-lipido-protéiques).

10
Remarque : la réaction inflammatoire (fièvre) est bénéfique car empêche la bactérie se développer
mais elle peut aussi devenir dangereuse si elle est trop exacerbée.

a) Les toxines protéiques

Exemple : connaître un exemple


- Les collagénases et hyaluronidases de Colostridium perfringens entrainent la destruction du
tissu conjonctif, facilitant alors le passage d’autres bactéries.
- Les coagulases de Staphylococcus aureus entraînent la formation de caillots sanguins :
capsules dans lesquelles les bactéries peuvent échapper à la réaction immunitaire et se
multiplier…

1. Les toxines protéiques sont majoritairement des exotoxines, produites pendant la phase de
germination ou de multiplication bactérienne.
- Si la bactérie stocke une partie des toxines (qui seront libérées en cas de lyse cellulaire), on
parle d’exo-endotoxines.
- Si la bactérie stocke la totalité des toxines dans son périplasme, on parlera d’endotoxines.
Elles seront libérées après lyse bactérienne.

2. Les toxines protéiques sont dénaturables :


- Par la chaleur (sauf entérotoxines staphylococciques)
- Par les pH acides (sauf entérotoxines staphylococciques, T.botuliques)
- Par les oxydants

3. Les toxines bactériennes ont un pouvoir toxique élevé, bien plus que les « poisons
classiques » comme le venin de serpent, les curares ou encore le cyanure…

11
4. Leur action est spécifique
- Elles sont très immunogènes
- Elles induisent la synthèse d’Ac neutralisants qui peuvent être utilisées en sérothérapie
- Elles sont transformables en anatoxines par dénaturation, qui peuvent être utilisées pour
des vaccins

5. Mécanisme d’action

 Les toxines qui agissent depuis la surface de la cellule :

Ce sont par exemple les superantigènes. Les superAg détournent le système de présentation des
antigènes : ce sont des molécules bivalentes qui se lient au CMH 2 et à la région variable des cellules
T. Ils ne sont pas internalisés au sein du complexe de récepteurs comme le serait n’importe quel AG,
mais se placent face externe et induisent une activation polyclonale des LT. Les LT produisent des
médiateurs de type cytokine (IL4, INF, gamma, TNF) qui entraînent un choc toxique avec fièvre et
défaillance cardiaque. C’est le cas des entérotoxines produites par Staphylococcus aureus.

 Les toxines à cible membranaire

Exemple : Listeriolysine O de Lysteria monocytogenes.


Cette toxine permet la libération de la bactérie dans le
cytoplasme cellulaire.

 Les toxines à cible intracellulaire

Ces toxines agissent depuis l’intérieur de la cellule, et


perturbent une fonction cellulaire essentielle pour le
métabolisme ou l’intégrité de la cellule. C’est le cas des
toxines A-B : A (activity) pour le fragment à activité
toxique, B (binding) pour le fragment de fixation, qui
différent simplement par leur structure (primaire et 3D).

12
Le mécanisme d’action comprend 3 étapes :
1. Fixation de la toxine sur un récepteur spécifique de la cellule
2. Internalisation de la toxine par endocytose
3. Modification de l’activité biologique ou d’une structure moléculaire essentielle au
fonctionnement normal de la cellule (séparation de A et B)
Module : Bactériologie Générale
La partie A peut avoir trois types d’actions :
Module : Bactériologie Générale

- Des toxines ont pour conséquences un


- Des toxines ont pour conséquences un
blocage de l’activité protéique, c’est le cas
blocage de l'activité protéique, c'est le cas
de la toxine Shiga, synthétisée par E.coli et
de la toxine Shiga, synthétisée par E. coli et
- Des provoquant
toxines ontunepourcolite hémorragique
conséquences un après
provoquant une colite hémorragique après
clivagedepar
blocage l’adénine
l'activité de l’ARN
protéique, c'est28S. cette
le cas
clivage par l'adénine de l'ARN 28S. Cette
detoxine agit
la toxine sur synthétisée
Shiga,
toxine
les cellulespar endothéliales
agit sur les cellules E. coli et
endothéliales des
des vaisseaux
provoquantvaisseaux
sanguins
une colite
de
hémorragique
la muqueuse
après
sanguins de la muqueuse
intestinale, la substance grise du SNC, les
clivage par l'adénine
intestinale,dela l'ARN 28S.grise
substance Cette
du SNC, les
cellules épithéliales du tube rénal, les
toxine cellules
agit sur épithéliales
lesetcellules du tube rénal,
endothéliales desles
macrophages monocytes.
macrophages et
vaisseaux sanguins de la muqueuse monocytes.
- intestinale,
D’autres la substancedans
interfèrent griseladutraduction
SNC, les du
- D'autres interfèrent dans la traduction du
signal,épithéliales
cellules c’est du le tube casrénal,
desles toxines
signal, c'est le cas des toxines charbonneuses
charbonneuses
macrophages qui produisent des
et monocytes.
qui produisent des messagers secondaires
messagers secondaires (adénylate cyclase
(adénylate
par la toxine cyclase par
EF = facteur la toxine EF=Facteur
oedémateux) ou oedémateux) ou activent des kinases
- D'autres interfèrent
cellulaires dans la traduction
(activation de MAPK du
(Mitogen-activated protein kinase) par la toxine LF=Facteur
activent des kinases cellulaires (activation
signal, c'estLétal)
le cas des toxines charbonneuses
de MAPK par la toxine LF= facteur Létal)
qui produisent des messagers secondaires
(adénylate cyclase par la toxine EF=Facteur oedémateux) ou activent des kinases
cellulaires (activation de MAPK (Mitogen-activated protein kinase) par la toxine LF=Facteur
Létal)

13
16
Module : Bactériologie Générale

Fixation du
présentateur d'Ag
Fixation des facteurs

Fixation du
présentateur d'Ag
Fixation des facteurs

Internalisation
Destruction de MAPK, (endosome)
synth. d'AMPc Internalisation
Destruction de MAPK, (endosome)
synth. d'AMPc

Les manifestations de la fièvre


Les manifestations decharbonneuse due à due
la fièvre charbonneuse Bacillus anthracis
à Bacillus seront
anthracis variables
seront variablesselon les
Les manifestations
espèces : formes externes de la fièvrechez
localisées charbonneuse
le porc, due à Bacillus
formes anthracis
internes seront variables
septicémiques chez les bovins qui
selon les espèces : formes externes localisées chez le porc, formes internes
selon les espèces : formes externes localisées chez le porc, formes internes
conduisentsepticémiques
à des hémorragies.
chez les bovins qui conduisent à des hémorragies.
septicémiques chez les bovins qui conduisent à des hémorragies.

Fièvre charbonneuse chez un porc, chez un veau - Botulisme aviaire - Tétanos sur un chien
Fièvre charbonneuse chez un porc, chez un veau - Botulisme aviaire - Tétanos sur un chien

Pour les toxines A-B agissant sur le trafic vésiculaire, elles bloquent la libération des
neurotransmetteurs au niveau de la membrane présynaptique. Soit l’acétyl-choline n’est pas
libérée, soit la glycine, conduisant soit à une paralysie flasque (toxine botulique), soit à une paralysie
spastique (muscles raides et très tendus, toxine tétanique).

17

17

14
b) LPS des Gram-

Il correspond à une endotoxine : une toxine qui appartient au corps bactérien, libérée uniquement
en cas de lyse cellulaire.

Le LPS est très stable que ce soit par rapport à la chaleur, au pH ou aux oxydants.
Il possède un pouvoir toxique non spécifique : quelle que soit l’espèce animale, quelle que soit
l’espèce bactérienne, il aura la même action toxique qui se traduira par les mêmes manifestations
cliniques. Le seul changement sera la faible/forte dose (réaction inflammatoire avec fièvre/choc
endotoxique avec CIVD (Coagulation Intravasculaire Disséminée).

Toxine botulique : libérée par clostridium botulia. Une fois libérée elle migre pour aller aux
terminaisons nerveuses et empêchent la libération d’acétylcoline en se plaçant dans l’espace
synaptique pas de transmission normale de l’influx nerveux pour contracter un muscle. Par
exemple : le muscle ne reçoit jamais la contraction et reste flasque  paralysie flasque

Toxine tetanique : au niveau des terminaisons, empêche la libération de glycine  inhibe la


décontraction -> muscle reste en contraction, tétanisé contraction rigide. Ex : Tétanos chez
cheval, veau, homme : le tétanos provoque paralysie des muscles respiratoires. Ex RHL : le
Botulisme chez les bovins : ils ne peuvent plus se relever à cause de la mollesse de leurs muscles.

Remarque : certaines toxines protéiques sont dénaturables : perte du pouvoir toxique mais elles
restent immunogènes (donc capable d’induire la synthèse d’ Ac)  principe même de la
vaccination (on a injecté une anatoxine).

15
Module : Bactériologie Générale

(réaction inflammatoire avec fièvre/choc endotoxique avec CIVD Coagulation


Intravasculaire Disséminée).

MECANISME D'ACTION

*TNF : Facteur *deTNF Nécrose


: FacteurTumorale
de Nécrose Tumorale
* l’activation du PAF Facteur Activateur de Plaquettes assure la coagulation et la vasodilatation des
vaisseaux sanguins.
* le complément est un système
* L'activation du PAF impliqué dans la de
Facteur Activateur réponse immunitaire.
Plaquettes assure la coagulation et la
* C3a et C5a sont considérés comme des
vasodilatation des vaisseaux sanguins.médiateurs de la réponse.

* Le complément
En cas de choc toxique, est un système
on ne traitera que « impliqué dansvoit
ce que l’on la réponse
» : immunitaire.
- Combattre lesetsymptômes
* C3a par une
C5a sont considérés fluidothérapie,
comme quidevalarectifier
des médiateurs réponse. l’hypovolémie
- Combattre les bactéries par des antibiotiques bactéricides (qui tuent les bactéries) ou
Module : Bactériologie Générale
bactériostatiques (inhibent la multiplication bactérienne). Cependant les bactéricides
entrainent la lyse des bactéries, qui libèrent le LPS ou des toxines…
En cas de choc toxique, on ne traitera que "ce que l'on voit" :
Dans un cas de septicémie, il faut taper vite et fort : on a longuement hésité, tous les
Dans un cas cliniciens
de
- Combattre nesymptômes
septicémie,
les sont pas d'accord,
il faut «par
taper mais
une vite généralement
et onvaaon
fort » :qui
fluidothérapie, se contentera
longuement
rectifier d'un bactéricide.
hésité,
l'hypovolémie tous les cliniciens
ne sont pas
- d’accord,
Combattre mais généralement
les bactéries on se contentera
par des antibiotiques d’un(qui
bactéricides bactéricide.
tuent les bactéries) ou
bactériostatiques (qui inhibent la multiplication bactérienne). Cependant les bactéricides
entraînent la lyse des bactéries, qui libèrent le LPS (pour les Gram -) ou des toxines ...
RAPPEL sur le LPS des Gram - :
P

19

 Le LPS est également toxique du fait de l’Ag0 des chaînes oligosaccharidiques


(reconnaissance par l’hôte et déclenchement de la réponse immunitaire)
Le LPS est également toxique du fait de l'Ag0 des chaînes oligosaccharidiques
(reconnaissance par l'hôte et déclenchement de la réponse immunitaire)
Il est assez immunogène 16
Il induit la synthèse d'Ac opsonisants qui permettent seulement la phagocytose de la
bactérie, sans action sur les toxines déjà libérées, MAIS PAS la synthèse d'Ac
 Il est assez immunogène
 Il induit la synthèse d’Ac opsonisants qui permettent seulement la phagocytose de la
Le LPS est également toxique du fait de l'Ag0 des chaînes oligosaccharidiques
bactérie, sans action sur les toxines déjà libérées, MAIS PAS la synthèse d’Ac neutralisants
(reconnaissance par l'hôte et déclenchement de la réponse immunitaire)
qui agissent sur les toxines.
Il est assez immunogène
 On ne peut pas séparer toxicité et Ag, quand les toxines sont libérées il est impossible de
Il induit la synthèse d'Ac opsonisants qui permettent seulement la phagocytose de la
prévenir un choc toxique.
bactérie, sans action sur les toxines déjà libérées, MAIS PAS la synthèse d'Ac
Ex RHL:neutralisants qui agissent
Cas d’une bactérie sur les
traitée avectoxines.
de la chaleurr ou du VPH acide on obtient une bactérie
inactivée, qui a perdu son pouvoir pathogène
On ne peut pas séparer toxicité et Ag, maislesqui
quand a gardé
toxines sontà libérées
sa surface ses
il est Ag. Le fait d'inoculer
impossible
cela à undeanimal (pas
prévenir un d'infection)
choc toxique.cela va permettre la synthèse des Ac qui vont neutraliser la
bactérie.
 Peut-on prévenir le choc toxique?
Même en détruisant la bactérie le lipide A sera toujours present et sera rattavhé au core et aux
chaînes latérales O, donc impossible à prévenir.
BILAN sur les toxines bactériennes :
Bilan sur les toxines bactériennes :
Toxine protéique LPS
Composition Protéique Glucido-lipido-protéique
Synthèse
Exotoxine, Exo-endotoxine, Endotoxine Endotoxine

Stabilité Dénaturables Très stable


Pouvoir toxique Elevé et Spécifique Non spécifique

5- Les toxines bactériennes : pouvoir antigénique

Sérothérapie : si un individu infecté par des toxines tétaniques n’est pas vacciné, on lui injecte un
sérum qui contient des anticorps ce qui empêche la toxine d’agir.

En effet, les toxines protéiques sont dénaturables


20 : elles perdent leur pouvoir toxique mais
permettent toujours la synthèse d’anticorps => principe de la vaccination

Avantage de la sérothérapie :
Lors d’une vaccination, il faut attendre 10 à 15 jours pour que la réaction inflammatoire se fasse,
alors qu’avec la sérothérapie la protection est immédiate.

17
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


TD1 BACTERIOLOGIE
GENERALE
Morphologie et structure des eubactéries

I QCM

1 - Les eubactéries
✔ sont des protistes
✔ sont haploïdes
✗ se divisent par mitose
✔ possèdent une membrane cytoplasmique
✔ sont des procaryotes
✗ possèdent comme seul acide nucléique de l'ADN chromosomique

Rappel: Les protistes sont tous les organismes unicellulaires possédant les
caractères du règne animal et végétal. Ils sont haploïdes (une seule copie du
chromosome contrairement aux eucaryotes qui ont un double chromosome), se
divisent par scissiparité, ont des plasmides.

2 - Associer les éléments suivants deux à deux :

Archéobactérie procaryote sans paroi de peptidoglycane


Algue Photosynthèse
Bactérie paroi cellulaire composée de
peptidoglycane
Mycète paroi cellulaire composée de chitine
Helminthe animal pluricellulaire
Protozoaire structure cellulaire complexe dépourvue de
paroi
Virus Acellulaire
Rappel : Les archéobactéries vivent dans des milieux extremes notamment à haute temperature

3 - Indiquer si les propositions suivantes sont vraies ou fausses


• On trouve des algues parmi les microbes => Vrai
Par exemple des cyanobactéries.
• Les archéobactéries sont des bactéries découvertes dans les
fouilles archéologiques => Faux

1/6
• La mycologie est l’étude des bactéries des contrées froides => Faux
La mycologie est l’étude des champignons
• Un protoplaste est une cellule dépourvue de paroi => Vrai
Il s'agit des bactéries Gram + dépourvues de peptidoglycane.
Rappel: chez les Gram- c’est le sphéroplaste.

• Les procaryotes peuvent se nourrir par phagocytose => Faux


Les bactéries se nourrissent par absorption: il y a diffusion des aliments à
travers la membrane qui sélectionne ce qui doit passer ou pas.

• La scissiparité bactérienne dure moins de 10 minutes => Faux


Le temps de generation est d’au moins 20min

4 - Parmi les techniques utilisées pour mettre en évidence la présence de


bactéries, laquelle(s) est (sont) la(s) plus utilisée(s) pour le diagnostic médical ?
✔ Microscopie optique
✗ Microscopie électronique
✔ Examen à l'état frais
La présence de polynucléaires neutrophiles est révélatrice d'une
infection bactérienne.
✔ Examen après coloration
✗ Examen par immunofluorescence
Rappel: Le microscope électronique permet d’observer des structures fines et
détaillées (membrane, chromosomes, plasmides..) mais il est peu utilisé pour un
diagnostique medical, ce qui est surtout important en bactériologie c’est de savoir si la
bactérie est Gram + ou -.
L’état frais permet de repérer des bactéries sur un prélèvement et éventuellement la
presence de polynucléaires neutrophils (PN). Cela serait synonyme d’une réponse
immunitaire, d’une reaction inflammatoire  Les PN sont les témoins de l’infection.
L’immunofluorescence permet de détecter les Ag bactériens. Cependant ce n’est pas
toujours utilisé car les bactéries changent d’Ag ! Il faut donc connaître le type de
bactérie avant.

5 – Qu’est ce qu’une capsule ?


Couche de polymères protéique ou polysaccharidique qui adhère à la paroi bactérienne et
confère à la bactérie une résistance supplémentaire.
- Permet à la bactéries l’adhésion aux surfaces inertes ou vivantes, et ainsi la formation
de biofilm.
- Protège la bactérie de la phagocytose.
- Support d’antigène de surface (Ag K d’E. coli)

6 - L'affinité tinctoriale des eubactéries dans la coloration de Gram dépend


✔ De l'épaisseur de la paroi
✗ De la richesse du cytoplasme en ribosomes
✗ De la teneur en lipides de la cellule
✔ De la fixation du violet de gentiane sur la paroi
✔ De la composition chimique de la paroi
✗ De la présence de stérols dans la membrane cytoplasmique

2/6
Rappel: Les Gram+ ont une paroi plus épaisse que les Gram- .

7 - La paroi des bactéries à Gram positif


✔ Est épaisse
✔ Est riche en acide N-acétylmuramique (sucre composant le
peptidoglycane)
✗ Est dépourvue de peptidoglycane
✔ Contient des acides téichoïques
✗ Est riche en lipides
La teneur en lipides est à peu près identique aux autres membranes sauf dans le
cas des Mycobactéries où elle est élevée

Remarque RHL : La question 8 n’existe pas même sur le corrigé de la prof.

9 - Le lipopolysaccharide des eubactéries


✔ Est spécifique des eubactéries à Gram négatif
✔ Est composé d'oses associés au lipide A
✗ A une activité toxique supportée par les chaînes oligosaccharidiques
L'activité toxique est supportée par la lipide A
✔ Est le support structural de l'antigène O des Enterobacteriaceae
✗ Constitue une barrière de perméabilité aux molécules hydrophobes
✗ A une fonction mécanique de maintien de la pression
osmotique intracellulaire

10- Le peptidoglycane :
✔ Il est responsable de la coloration différentielle de Gram
✗ Les bactéries Gram négatif en sont dépourvues
✔ Le lysozyme hydrolyse les liaisons glucosidiques
✔ La pénicilline hydrolyse les liaisons interpeptidiques
La pénicilline agit en saturant les transpeptidases (pas de liaison entre les
différentes
unités de sucre via un pont peptidique).
✗ Il est absent de la paroi des spirochètes
Les Spirochètes sont une famille bactérienne à Gram -

11 - L'endospore bactérienne
✗ Est un élément structural facultatif d'Escherichia coli
✔ Est un élément structural facultatif des espèces du genre Bacillus
✔ Est un élément structural facultatif des espèces du genre
Clostridium
✔ Résiste aux antibiotiques et à certains antiseptiques
✔ Est antigénique
✗ Survit à un chauffage à 140°C 30 minutes en chaleur humide
Un chauffage de 120 °C suffit à les détruire.
Rappel : La spore bactérienne est antigénique.

3/6
12 – Quel est l’appariement incorrect ?
A Glycocalix – adhésion
B Pili – transport de matériel génétique (ADN)
C Membrane plasmique – forme de la bactérie => c'est la paroi bactérienne qui est
responsable de la forme de la bactérie
D Paroi cellulaire – protection du milieu intracellulaire
E Membrane plasmique - échanges

II Restitution de connaissances
1 - Compléter le tableau suivant par les couleurs pouvant être
observées à chaque étape :

Gram + Gram -
Violet de cristal Violet Violet
Iode Violet Violet
Alcool-Acétone Violet (l'alcool ne détruit pas Incolore (l'alcool détruit les
les colorants) colorants)
Safranine Violet Rose (cette étape permet de
rendre visible les bactéries
Gram -)

Rappel: L’alcool-acétone provoque la différenciation : pour les Gram- la couleur


s’échappe par les pores et la cellule deviant incolore (d’où la Safranine pour les colorer
en rose).

2 - Pourquoi les colorants basiques colorent-ils les bactéries ?


NB : comprendre basiques au sens de standards
La paroi bactérienne est chargée négativement et les colorants basiques sont chargés
positivement, il ya alors une fixation par attraction.

3 - Vous avez ci-dessous un cliché pris en microscopie électronique d'une


bactérie. Cette bactérie est-elle à Gram positif ou à Gram négatif. A
quoi correspondent les différents éléments numérotés de 1 à 5 ?

3
4
5

1 : Paroi bactérienne
2 : Membrane plasmique
3 : Cytoplasme
4 : Noyau

4/6
5 : Plasmide
C'est une bactérie Gram + car on observe que la paroi est épaisse

4 - Pourquoi le terme de peptidoglycane ?


Composé de deux parties, une partie peptidique en ramification et une partie
glucidique (glycane)

5 - Citez les éléments structuraux pouvant permettre l'adhésion d'une bactérie


aux cellules de l'organisme.
L'adhésion des bactéries aux cellules de l'organisme est permise par :
- la capsule (potentiellement aussi le glycocalyx)
- la couche S
- les fimbriaes

6 - Citez les molécules de surface d'une bactérie ayant des propriétés


antigéniques.
Chez les Gram - il s'agit des chaînes polyosidiques du LPS et chez les Gram + des
acides téichoïques et lipotéichoïques.

7- A propos des flagelles bactériens, que signifient les termes monotriche,


péritriche et lophotriche ?
Monotriche : un seul flagelle au niveau d'une extrémité Péritriche : plusieurs
flagelles répartis sur la bactérie Lophotriche : plusieurs flagelles au niveau des
extrémités

8- Quelle protéine constituant le filament du flagelle bactérien ?


Il s'agit de la flagelline.

5/6
On apprend à dessiner !

6/6
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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TD 2 BACTERIOLOGIE GENERALE
Eléments de la physiologie bactérienne

1. Compléter les propositions suivantes:

1) Les micro-organismes qui puisent leur énergie dans le rayonnement lumineux


sont appelés phototrophes.
2) L' AW (water activity) est un paramètre qualifiant l'activité de l'eau c'est-à-dire sa
disponibilité.
3) Le temps de génération exprime le temps nécessaire à un doublement de la
population bactérienne ou de la biomasse.
4) Dans la technique de dénombrement cellulaire par culture sur milieu solide, on
appelle Unité Formant Colonies (UFC) une colonie car elle n'est pas forcément
issue d'une seule cellule.
5) La phase exponentielle constitue la période essentielle de la croissance où le
temps de génération et le taux de croissance peuvent être définis.
6) Le catabolisme est l'ensemble des réactions qui convertissent les nutriments en
métabolites nécessaires aux biosynthèses.
7) La respiration correpond chez un organisme, à la possession d'une chaîne
respiratoire (chaine de transport électronique) liée à une membrane
cellulaire et entraînant un flux unidirectionnel d'électrons dans un sens et un flux
équivalent de protons dans l'autre sens.

2. Indiquer si les propositions suivantes sont vraies ou fausses:


1) Le terme auxotrophe désigne les micro-organismes capable de se développer
avec du CO2 comme seule source de carbone. => Faux
Ce sont des organismes qui nécessitent des facteurs de croissance pour se
multiplier, par exemple des substances bactériennes pour se développer.

1/4
2) Le terme "facteur de croissance" désigne une substance qui doit entrer
impérativement dans la composition d'un milieu de culture destiné à étudier la
croissance des micro-organismes. => Faux
Les facteurs de croissance ne sont pas indispensables.

3) Un milieu d'enrichissement est un milieu liquide destiné à favoriser la croissance


d'un micro-organisme au détriment des autres, en agissant sur la vitesse spécifique
de croissance. => Vrai
Il contient des molécules qui inhibent la croissance de certaines bactéries et des
molécules qui favorisent la croissance d'autres bactéries. Le milieu est liquide afin de
permettre aux molécules d'agir de manière homogène.

4) L'avantage d'une culture en continu réside dans le fait que l'on peut assurer une
croissance indéfinie simplement en éliminant régulièrement une fraction de la
biomasse afin de ne jamais atteindre la phase stationnaire. => Vrai en apportant
du milieu nutritive neuf
Dans une culture en continue, on élimine régulièrement une fraction de la
biomasse ET on ajoute régulièrement du milieu nutritif au bouillon de culture (il faut
les 2 conditions !).

5) Un organisme aérobie strict peut utiliser la respiration dite anaérobie en


l'absence d'oxygène. => Faux
Par définition, il est STRICTEMENT aérobie !

6) L'ATP est la seule réserve d'énergie utilisable directement. => Vrai


Sauf dans le cas de certaines bactéries (nitrates).

7) Comment désigne-on les micro-organismes pouvant se développer sur des


aliments stockés dans un réfrigérateur ?
Ce sont des bactéries cycrophiles

3. Bacillus subtilis est une bactérie aérobie stricte


1) Citer le milieu de culture qui permet de mettre en évidence ce type
respiratoire et donner son principe d'utilisation, faire un schéma du résultat
obtenu avec Bacillus subtilis.
2/4
On utilise un milieu VF (viande-foie) dans lequel on ensemence les bactéries
par piqûre puis on incube pendant 24h. 3 résultats sont possibles :
- des colonies se sont développées sur tout le tube, il s'agit de bactéries
aéro- anaérobies facultatives
- des colonies se sont développées uniquement à la surface (en haut) du
tube, il s'agit de bactéries aérobies strictes
- des colonies se sont développées au fond du tube, elles sont donc
anaérobies strictes
Ici, Bacillus subtilis est une bactérie aérobie stricte donc on observe des
colonies uniquement à la surface du tube.

2) Indiquer la voie de dégradation du glucose que cette bactérie peut


utiliser et préciser la nature de l'accepteur final d'électrons.
C'est une bactérie aérobie stricte donc le glucose subit d'abord la glycolyse
pour donner de l'acide pyruvique, lui-même décarboxylé en acétyl CoA
puis il entre dans le cycle de Krebs et enfin, fonctionnement de la chaîne
respiratoire avec comme accepteur final l'O 2.

3) Cette bactérie peut cultiver en absence d'oxygène quand on lui fournit dans
un milieu des nitrates. Expliquer ce phénomène.
Cette bactérie possède la nitrate réductase qui lui permet de réduire le nitrate en
nitrite. D'autres bactéries, présentent dans le milieu, peuvent dégrader ce nitrite en
azote, source d'énergie

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TD 3 : BACTERIOLOGIE GENERALE
Eléments de génétique bactérienne

1 - Les cellules bactériennes peuvent échanger de l'ADN d'une bactérie donatrice


vers une bactérie réceptrice par un mécanisme de
✔ transformation
✗ mutation
✗ transposition
✗ recombinaison homologue
✔ conjugaison
✔ transduction généralisée ou restreinte

2 - La transposition
x est un mode recombinaison entre deux molécules d'ADN
✗ nécessite une courte zone d'homologie entre les 2
molécules recombinantes
✔ nécessite une synthèse d'ADN et une transposase
✗ est une propriété propre aux transposons
✗ nécessite la protéine RecA
✗ aboutit toujours à la conservation de l'élément transposable par la molécule
d'ADN donatrice

3 - Trouvez les correspondances (1 lettre- 1 numéro ; un des numéros correspond à


deux propositions)

1 La conjugaison A est un mécanisme d'échange d'ADN horizontal entre


une bactérie donatrice et une bactérie receveuse qui
permet essentiellement le transfert de gènes
plasmidiques.
2 La transduction généralisée B est un mécanisme d'échange d'ADN horizontal entre
une bactérie donatrice et une bactérie receveuse qui
nécessite un bactériophage.
3 La transformation C est un mécanisme d'échange d'ADN horizontal entre
une bactérie donatrice et une bactérie receveuse qui
permet assez souvent le transfert horizontal de gènes
d'une espèce bactérienne à une autre espèce
bactérienne .
D est un mécanisme d'échange d'ADN horizontal entre
une bactérie lysée et une bactérie receveuse qui
permetessentiellement le transfert de gènes portés par
le chromosome .

1/4
A B C D
1 2 1 3

Exercice 1: Expérience de Griffith (1928)

Les pneumocoques (Streptococcus pneumoniae) capsulés injectés par voie intrapéritoniale


sont virulents pour la souris dont il provoque la mort. Lorsqu'on inocule par voie
intrapéritoniale des souris avec un mélange de pneumocoques capsulés virulents tués par la
chaleur et de pneumocoques non capsulés avirulents, les souris meurent de septicémie et
on réisole dans le sang des pneumocoques capsulés

Comment expliquez-vous le dernier résultat ? Définissez le mécanisme qui en est à


l'origine.
Il y a eu lyse de la bactérie capsulée et recombinaison de l'ADN des 2 pneumocoques rendant
le pneumocoque non capsulé virulent. Le mécanisme expliquant l’expérience de Griffith est un
mécanisme de transformation (un fragment d'ADN libre provenant d'une bactérie donatrice est
introduit dans une bactérie réceptrice puis intégré dans le génome de cette bactérie), suite à la
lyse bactérienne par chauffage du Streptocoque capsulé, il ya transfert du gène codant pour la synthèse
d’une capusle, gène acquis par le streptocoque non capsulé, qui devient capable de synthétiser une
capsule ce qui lui procure une virulence, induisant la mort de la souris.

2/4
Exercice 2: Expérience de Zinder et Lederberg (1952)
- -
La culture de 2 mutants auxotrophes de Salmnella Typhimurium, l'un His , l'autre trp , dans les
2 branches d'un tube en U séparées par un filtre de verre poreux perméable aux grosses
molécules et aux virus mais pas aux bactéries permet d'obtenir des recombinants
prototrophes dans une des branches du tube a une fréquence supérieur à celle des mutations
(10-5).

Que s'est il passé dans les deux branches du tubes en U de l'expérience et quel sont les
différents étapes de ce mécanisme ?
Un mécanisme de transduction suivant les étapes ci dessous :
- infection de S. Typhimurium His- par un bactériophage qui a acquis le caractère trp+
- transfert du bactériophage à travers le filtre de verre
- infection de S. Typhimurium trp- par le bactériophage qui devient S. Typhimurium trp+ et de ce
fait prototrophe

3/4
La bactérie a acquit la capacité à synthétiser des substances nécessaires à sa prolifération. Or
les bactéries sont trop grosses pour passer à travers le filtre donc il y a eu passage d'un virus
qui a fait office de vecteur d'un fragment d'ADN. Il y a eu transduction : le virus infecte une
bactérie donatrice, récupère un fragment d'ADN puis infecte la bactérie receveuse et lui donne
le fragment d'ADN

En quoi ce mode de transfert diffère-il de la conjugaison ?


La conjugaison s’effectue via un pili sexuel (directement) contrairement à la transduction qui nécessite un
bactériophage comme véhicule.

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DIAGNOSTIC BACTERIEN

Sommaire :
Introduction
1 Diagnostic direct
2 Diagnostic indirect
3 Applications

Introduction
Contexte : Infection bactérienne
But : établir un diagnostic
Il existe deux types de diagnostic : direct (on voit la bactérie ou un de ses éléments) et indirect (on utilise la
sérologie : on repère les anticorps).

1. Diagnostic direct

· Examen frais : on observe la bactérie au microscope


- Avantages : simple, rapide
- Inconvénients : incomplet (ne permet pas d’identifier la bactérie), dépend du type de prélèvement, dépend
de la quantité prélevée (possibilité de faux négatifs)
ð Test peu spécifique et peu sensible

· Isolement bactérien :
- Avantages : complet, diagnostic de référence
- Inconvénients : lent (le temps de culture dépend de la bactérie étudiée), risques de contamination, +/-
couteux (20 aines d’euros), sécurité (dépend du pathogène étudié)

· PCR : mise en évidence d’ADN bactérien


- Avantages : rapide (en une journée), pas de problème de sécurité après l’extraction de l’ADN, spécifique
selon les amorces, abordable (30 à 50 euros)
- Inconvénients : possibilité de problème d’amorce (en effet, une amorce universelle pour entrainer un faux
positif)
Mécanisme : extraction de l’ADN puis PCR (besoin d’une amorce qui s’hybride sur l’ADN bactérien) puis possibilité de
séquençage.

· Mise en évidence d’antigènes : on utilise pour cela des anticorps. Cette méthode est très spécifique mais il
faut une suspicion au préalable

S’il y la présence de bactéries exigeantes (type mycobactérie, mycoplasme…), on privilégie la PCR par rapport à
l’isolement bactérien.
2. Diagnostic indirect
On réalise une sérologie pour repérer les anticorps. Pour cela on prélève du sérum que l’on met en contact avec une
batterie d’antigènes bactériens (souches des bactéries). S’il y a une liaison antigène-anticorps, on observe une
réaction d’agglutination.

· Avantages : Spécifique
· Inconvénients :
- Il n’est pas possible de distinguer les individus malades des individus porteurs sains ou vaccinés
- Il faut 10 à 15 jours après l’apparition des signes cliniques pour que les anticorps soient détectables : il y a
donc un problème de délai è diagnostic tardif

3. Applications
3.1 Mammites
a) Si on a plusieurs cas, il est possible de comparer les différentes souches. Si ce sont les mêmes alors la
bactérie est responsable de la mammite.
Si on a qu’un cas :
Critères d’interprétation :
- Rôle étiologique de l’espèce bactérienne (dictionnaire de bactériologie médicale, PubMed)
- Pureté de l’isolement (pas de contamination)
- Répétition de l’isolement
- Présence de polynucléaires neutrophiles (témoins d’une infection bactérienne)

b) Les entérobactéries sont toutes Gram- donc ont des LPS composés du lipide A qui est toxique. L’effet
toxique identique dépend uniquement de la dose (fièvre à choc endotoxique). Quand les toxines du liquide A
sont libérées en grande quantité, on observe le syndrome de la vache couchée.

3.2 Broncho-pneumonie chez un chien


a) cf critères ci-dessus
Rôle étiologique de l’espèce bactérienne et concordance des signes cliniques.

b) Cette maladie s’appelle la toux du chenil. Elle a plusieurs origines. Soit elle est causée par un virus qui est un
Adénovirus, soit elle est due à une bactérie qui s’appelle Bordetella bronchiseptica.

c) Il aurait été possible de rechercher des polynucléaires neutrophiles.

3.3 Diarrhée néonatale et déshydratation chez des veaux

Veau 1 : Isolement d’E. coli dans les selles normal, pas d’aide au diagnostic, permet la mise en place d’un traitement
mais pas d’une prophylaxie.

Veau 2 : ETEC (F5) se fixe sur les entérocytes. Ainsi, le diagnostic est plus fin et il permet la mise en place d’un
traitement car Salmonella est aussi à l’origine de ce type d’infection. Il faut choisir un vaccin qui contient la valence
anti F5 (=> saturation du F5 et empêchement de la fixation de la bactérie sur les entérocytes).

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TP de bactériologie

Isolement et identification d’une souche


bactérienne dans un contexte diagnostic

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

Dans ce TP, nous allons étudier la méthode pour identifier une espèce bactérienne dans le
cadre d’une mammite.

En effet, lors d’une infection, il est important de savoir quel est l’agent pathogène afin de
pouvoir donner un traitement approprié à l’animal.

Bien que la mammite puisse être traitée avec des antibiotiques à large spectre (non
spécifiques, donc efficaces contre la plupart des bactéries), il faut éviter leur utilisation et cibler une
espèce afin d’éviter le développement de résistances bactériennes.

I/ La mammite bovine

Lorsqu’une vache présente une mammite, on constate une forte inflammation de la mamelle
avec une tuméfaction, de la douleur et des œdèmes, et éventuellement une atteinte de l’état
général. Celle-ci est d’origine infectieuse, plus particulièrement bactérienne.

Lors de l’infection, les micro-organismes infectent la mamelle en entrant par l’extrémité du


trayon, puis migrent au niveau du quartier de la mamelle et on retrouve des cellules inflammatoires
(les leucocytes) dans le sang. Une mammite ne concerne donc en général pas tous les quartiers du
pis de l'animal. Le plus souvent la maladie demeure subclinique avec altération de la composition du
lait et diminution de la production.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

En élevage laitier spécialisé, les mammites provoquent des pertes économiques importantes
(lait non produit, impropre à la consommation, altération de la qualité du lait) et constituent un
risque de santé publique (bactéries pathogènes et résidus antibiotiques).

Figure 1 : Mécanisme d'apparition d'une mammite

II/ Les différents types de mammites


On retrouve différents germes selon la source de la contamination :

 Les bactéries à réservoir mammaire (= se trouvant à la surface de la mamelle) :


Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Corynebacterium bovis. La contamination
a lieu au cours de la traite par contagion ; ces bactéries sont principalement responsables de
mammites sub-cliniques (non détectables à l'œil nu car pas de symptômes visibles) qu'il est
parfois difficile de guérir en cours de lactation. La période de tarissement est alors mise à
profit pour traiter les quartiers infectés aux antibiotiques.

Figure 2 : Staphylococcus Figure 3 : Streptococcus agalactiae


aureus
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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

 Les bactéries se trouvant dans l'environnement (litière,


champ) : Streptococcus uberis (que l'on aussi au niveau
mammaire), Enterobacteriacae (Salmonelles, E. coli ...). La
contamination a lieu à l'étable ou au champ ; ces bactéries
entrainent généralement des mammites cliniques, qui
peuvent aller jusqu'à la mort rapide de l'animal en
l'absence de traitement adapté. Ces mammites sont par
contre considérées comme ponctuelles.
Figure 4 : Enterobacteriacae

Lorsque la mammite est sub-clinique cela signifie qu’il n’y a pas de symptômes visibles, mais
que des leucocytes sont présents dans le lait.

La mammite clinique est en revanche symptomatique : la vache a le pis rouge et enflé,


chaud, le lait est souvent grumeleux, odorant et peu abondant, l’état général est dégradé (fièvre,
anorexie, abattement → syndrome de la vache couchée).

Signes cliniques Sain Subclinique Clinique

Bactéries - + +

- comptage
+ et comptage
Lait anormal - leucocytaire élevé
leucocytaire élevé
uniquement

Vache anormale - - +

III/ Identification de l’espèce bactérienne


Cette étape est à ne jamais délaisser.

En effet identifier les bactéries responsables de la mammite permet de cibler la bonne


espèce bactérienne et d’utiliser le bon antibiotique à spectre étroit.

RAPPEL : Il faut éviter les antibiotiques à large spectre, car ils engendrent des résistances
bactériennes, ce qui peut être à l’origine de futurs traitements inefficaces.

L’identification bactérienne se fait sur des méthodes phénotypiques et moléculaires.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

A) Méthodes phénotypiques

Elles s’appuient sur les caractères de la bactérie. 3

1. Caractères culturaux et coloration de Gram


1
 L’isolement se fait à partir du prélèvement, ici du lait. On dépose 2
une goutte (30μL) de lait avec une öse stérile sur une gélose non
sélective, puis on étale en 3 fois le prélèvement pour isoler les
bactéries. On incube 24h à 37°C, puis on constate le
développement d’un tapis bactérien et de colonies. Figure 5 : Isolement par
On peut valider l’isolement : épuisement après incubation
 S’il est pur : pas de contamination, présence de colonies
identiques seulement.
 S’il y a au moins 5 colonies isolées, pas qu’un tapis cellulaire.

On effectue ensuite un examen des colonies :

 Taille
 Forme : bombée, plate, ombiliquée, rondes, à bords dentelés
 Opacité : transparent, translucide, opaque
 Consistance : lisse, rugueuse Figure 6 : Exemples
d'hémolyses
 Couleur : crème, parfois pigmentées
 Hémolyse = capacité à lyser les globules rouges :
- α : hémolyse intermédiaire où la colonie a un contour vert
- β : hémolyse totale où la colonie à un contour clair

 La Coloration de Gram se fait à partir d’une colonie bactérienne qui est émulsionnée dans
de l’eau physiologique, séchée (fixation) et colorée.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

Figure 7 : Coloration de Gram

On complète l’identification en regardant la morphologie des bactéries (coques, bacilles), la


taille, et éventuellement le mode de groupement (isolées, grappes, chaines,…).

2. Caractères enzymatiques

On souhaite étudier le métabolisme énergétique des bactéries afin de déterminer la famille


bactérienne et la galerie API à utiliser par la suite. Pour cela on se base sur les résultats du Gram.

 Pour des bactéries Gram-, on fait le test de l’oxydase :


Ce test permet de mettre en évidence une enzyme : la phénylène
diamine oxydase des bactéries à partir de leur culture en milieu
gélosé.
Cette enzyme est capable d’oxyder un réactif : le N diméthyl
paraphénylène diamine.
En pratique on recueille une colonie de bactéries à Gram- avec un
écouvillon et on dépose une goutte de réactif.
- Si la colonie prend une teinte rose, violette. Le germe possède une oxydase
(cytochrome C) : le test est positif.
- Si la colonie reste incolore, le germe ne possède pas d’oxydase, le test est négatif.

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 Le test de la catalase est utilisé pour les bactéries Gram+. Il s'agit de


mettre en contact une colonie de la bactérie à étudier en présence
d'eau oxygénée. Une effervescence (dû à un dégagement de
dioxygène) signe la présence d'une catalase. La catalase est une
oxydoréductase qui catalyse la dismutation du peroxyde
d'hydrogène (H202) en eau et dioxygène.
- Apparition de bulles, dégagement gazeux de dioxygène :
catalase +
- Pas de bulles : catalase –

2. Types respiratoires

Il existe trois types respiratoires, on peut les mettre en évidence en ensemençant par piqûre
le long d’un tube contenant de la gélose viande foie régénérée et refroidie (liquide après chauffage).
Le tube permet d'établir un gradient vertical d'O2. On incube 24h à 37°C.

 Les bactéries micro-aérophiles : se développent avec peu d’O2, elles sont donc juste sous la
surface de la gélose.
 Les bactéries aérobies strictes : ne se développent qu’en présence d’O2. Elles sont dont
uniquement à la surface de la gélose.
 Les bactéries anaérobies strictes : se développent sans O2, celui-ci est toxique pour les
bactéries. La multiplication se fait donc uniquement dans la profondeur de la gélose (pas
d’02).
 Les bactéries aéro-anaérobie facultatives : se multiplient avec ou sans O2. On les retrouve
sur toute la longueur de la gélose, ainsi qu’à la surface en présence d’O2.
Pour les deux derniers types, il est important de noter s’il y a un dégagement gazeux.

3. Types métaboliques
Le test d’oxydation-fermentation (test de Hugh et Leifson) détermine si un organisme
recourt à un métabolisme respiratoire oxydatif ou à un métabolisme de fermentatif pour utiliser un
hydrate de carbone : ici le glucose. On remplit deux tubes, avec de la gélose peptonée (milieu de
culture enrichi en acides aminés et peptides) contenant le glucose et un indicateur de pH, le bleu de
bromothymol, qui rend le milieu vert (pH 7,1). Un des deux tubes est chauffé à la vapeur (pour en
éliminer l’oxygène dissous) et est refroidi rapidement juste avant utilisation. Chaque tube est alors
inoculé avec la culture à tester par piqure. Dans le tube “chauffé”, le milieu est immédiatement
recouvert d’une couche de paraffine liquide stérile (milieu anaérobie). Les deux tubes sont ensuite
incubés 24h à 37°C.

Le jaunissement de l’indicateur de pH indique l’utilisation du glucose. La respiration des


organismes provoque un jaunissement dans le milieu non paraffiné (oxydation en aérobiose). Les
anaérobies facultatifs font jaunir les deux milieux. Dans le milieu recouvert de paraffine, le glucose
est fermenté tandis que dans le milieu non paraffiné, il est d’abord attaqué par l’oxydation, puis par
la fermentation.

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- Quand le milieu est jaune en présence d’O2 : le métabolisme est oxydatif.


- Quand le milieu est jaune sans O2 (avec paraffine) : le métabolisme est fermentatif.
- Quand le milieu est vert : le métabolisme est inactif.

4. Ensemencement de galeries API (autres caractères métaboliques)

Les galeries API contiennent des tests biochimiques avec des réactifs. Cela permet d’étudier
le métabolisme bactérien des sucres et des acides aminés. En fonction des résultats précédents, on
choisit la galerie appropriée.
 Bactéries Gram- : - oxydase + → Galerie API NE
- oxydase - → Galerie API 20E
 Bactéries Gram + : - catalase + → Galerie Staph
- catalase - → Galerie API Strept

Après ensemencement des galeries, on incube 24h à 37°C.


Au moment de la lecture, il faut ajouter certains réactifs selon les protocoles propres à
chaque galerie. La lecture se fait en notant pour chaque test s’il est positif ou négatif. Grâce à l’outil
informatique ou à des tableaux (réalisés à partir de 100 souches bactériennes par espèce), on peut
identifier l’espèce bactérienne.

B) Méthodes moléculaires (seront vues plus tard)

Elles s’appuient sur les propriétés de L’ADN.

 PCR
 Séquençage
 Blast
 ARN 16S

IV/ Mise en place des traitements


Après identification de l’espèce bactérienne, on utilise un antibiotique spécifique à spectre
étroit. Cela permet une plus grande efficacité en diminuant le risque de résistance bactérienne par
rapport à l’utilisation d’un antibiotique à large spectre.

Ainsi au bout de 24 à 48h, l’infection devrait diminuer, et les bactéries vont être éliminées.

S’il n’y a pas d’amélioration, on peut craindre une résistance bactérienne, il faut alors utiliser
un antibiotique de seconde intention, selon les contraintes économiques de l’éleveur.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

V/ Classification des micro-organismes par groupe de risque


On classe les microorganismes en 4
catégories différentes selon le risque qu'ils
représentent pour la santé humaine et
animale. Elles définissent les précautions
de manipulation en laboratoire.

 Groupe 1 : risque faible ou nul pour les individus


ou la collectivité, non pathogènes pour l'homme
Figure 8 : Symbole international du danger
ou l’animal : ce sont les bactéries que l'on porte
biologique
sur nous ou que l'on mange (Lactobacillus ...)
 Groupe 2 : pathogènes pour l'homme ou
l’animal, contagiosité faible, prophylaxie et traitements efficaces (Staphylococcus aureus)
 Groupe 3 : pathogènes pour l'homme ou l’animal, contagiosité, prophylaxie difficile et
traitements longs et lourds (Bactéries tuberculeuses)
 Groupe 4 : pathogènes pour l'homme ou l’animal, forte contagiosité, sans prophylaxie ni
traitement ; actuellement, ce groupe ne contient aucune bactérie, seulement des virus
comme Ebola

Groupe Niveau de sécurité Type de laboratoire Pratiques de Appareillage de


de risque laboratoire sécurité

1 De base Enseignement de base BPM* Aucun, paillasses sans


protection

2 De base, niveau de Services de santé BPM et vêtements Paillasses sans


sécurité biologique 2 primaires, labo protecteurs, logo de protection et PSM#
d’analyses ou de risque biologique contre le risque
recherche d’aérosols

3 Confinement niveau Diagnostic spécialisé, Comme niveau 2 + PSM classe 2


de sécurité biologique recherche vêtements spéciaux,
3 accès réglementé et
flux d’air dirigé

4 Confinement niveau Manipulation de Comme niveau 3 + PSM classe 3 ou


de sécurité biologique pathogènes sas à air à l’entrée, combinaisons
4 dangereux douche à la sortie et pressurisées, sas, air
élimination filtré
spécifique des
déchets

BPM : Bonnes pratiques microbiologiques PSM : Poste de sécurité microbiologique

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

Lorsque le vétérinaire effectue des prélèvements, il ne sait pas de quel agent il s’agit, ni sa
dangerosité. Il est donc indispensable de toujours porter des gants.

CERISE MARGUERITE
Taille : moyenne Taille : moyenne
Forme : plate Forme : bombée
Opacité : translucide Opacité : opaque
Consistance : lisse Consistance : lisse
Couleur : crème brillante
grisâtre Couleur : blanchâtre
Hémolyse : NON jaunâtre
GRAM- et Oxydase - Hémolyse : NON
Aéroanaérobie- GRAM + et catalase +
facultative Aéroanaérobie-
Métabolisme mixte facultative
Métabolisme mixte
=> Enterobacteriaceae
Faible vitesse de croissance
API => E. coli de type 1
=> Micrococcaceae
API 20E
API => Galerie Staph

MILKA CHOUPETTE
Taille : petite Taille : grande
Forme : plate Forme : bombée
Opacité : Opacité : opaque
translucide Consistance : rugueuse
Consistance : Couleur : blanc-jaunâtre
rugueuse Hémolyse : NON
Couleur : grise GRAM- Oxydase +
Hémolyse α Aérobie stricte
GRAM + et Métabolisme oxydatif
Catalase -
Aérobie-
anaérobie-facultative
Métabolisme inactif => Pseudomonaceae,
Campylobacteriaceae, Brucella, Bordetella,
=> Streptococcaceae (à hémolyse α)
Flavobacteriaceae ...
API => API Strept
API => API NE

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Virologie Générale
Sommaire
I. Historique

II. Importance de la virologie

III. Qu’est ce qu’un virus ?


A. Définition (A. LWOFF)
B. Les moyens d’étude des virus

IV. La structure des virus


A. Structure constante
1) Les acides nucléiques
a. Les virus à ADN
b. Les virus à ARN
2) La capside
B. Les structures inconstantes
1) L’enveloppe ou péplos
2) Les spicules
C. Taille et forme

V. Classification des virus


A. Classification de LHT(Lwoff, Horne, Tournier)

1) Les virus à ADN


a. Les virus nus
b. Les virus enveloppés
2) Les virus à ARN
a. Les virus nus
b. Les virus enveloppés
B. Classification simplifiée de la classification de Baltimore
C. Classification de l'ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses)

VI. Action des agents physico-chimiques

A. Action de la pression
B. Action des radiations
C. Action de la température
D. Action du pH
E. Action des solvants lipidiques
F. Action des antiseptiques et des désinfectants

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Introduction

De nombreux microorganismes peuvent contaminer les êtres vivants : bactéries, parasites,


fungi (notamment les levures responsables de maladies cutanées), virus. Les virus peuvent
contaminer tous les êtres vivants, notamment nos animaux domestiques et l’homme.

Voici cinq exemples de maladies virales :

PIF : Péritonite Infectieuse Féline


La maladie peut prendre deux formes différentes : sèche ou
humide. Le "chat en forme de poire" correspond à la forme
humide de la PIF, qui provoque une ascite abondante
(accumulation de liquide dans l'abdomen), de la fièvre, un ictère
("jaunisse"), et un amaigrissement de l’animal par perte
d'appétit. Il n’existe pas de vaccin contre le Coronavirus
responsable de la PIF, le vétérinaire peut néanmoins soulager
l’animal en pratiquant des ponctions et en administrant des anti-
inflammatoires de type corticoïdes.

Ecthyma contagieux
Du à un Poxvirus chez les petits
Maladie de Carré ruminants et chez l’homme (par
Due à un Morbillivirus , elle est contact avec la peau lésée),
responsable chez le chien responsable de lésions cutanées.
d'écoulements oculaires
importants et d’une
hyperkératose de la truffe et des
coussinets plantaires.

Variole porcine Maladie de Newcastle (ou pneumoencéphalite aviaire)


Due à un Poxvirus, elle est Due à un Paramyxovirus, elle est présente dans les élevages
responsable de lésions avicoles. Les animaux sont immobiles, prostrés et silencieux. En
cutanées, uniquement chez les l’absence de traitement l’évolution est foudroyante (mort de
porcs. l’animal en 48h et propagation à tout l'élevage). Le vétérinaire
pratique alors un diagnostic nécropsique à partir d’animaux au
seuil de la mort, et constate des hémorragies au niveau intestinal
et cardiaque.

En plus des maladies qu’ils engendrent, les virus posent des enjeux de santé publique
auxquels le vétérinaire est confronté dans le cadre d’animaux vivants contaminés (cas de la rage par

Page 2 sur 26
exemple) qui peuvent contaminer l’homme (selon le virus), mais aussi au niveau de l’hygiène en
industrie agro-alimentaire.
La rage, transmise par un rhabdovirus, est considérée comme éradiquée de la France grâce
aux mesures de vaccination des animaux domestiques et sauvages qui ont été prises. Cette
vaccination s’est faite par l’intermédiaire du virus de la variole qui a été modifié pour produire une
glycoprotéine qui protège l’individu contre la rage.

Les virus sont donc très importants pour la conception de vaccins.

Liste complète des virus : http://www.ictvonline.org/

I. Historique
Les maladies infectieuses étaient connues avant même l’identification des agents
responsables.

 2000 ans avant J.C : Les chinois connaissaient déjà la variole alors que l’agent
responsable de cette maladie sera découvert près de 4000 ans plus tard → on ne
connaissait alors pas bien les virus, on les considérait comme des « bêtes étranges ».

 1400 avant JC : En Egypte, des gravures représentent le prête Râ avec une canne car il
souffre d'une paralysie flasque d’un membre : il est atteint de poliomyélite. Ceci montre
l’importance des virus qui peuvent induire des maladies graves à l’origine de séquelles
importantes.

 1796 : Jenner met au point la première vaccination contre la variole. Il constate que les
vachers en contact avec des lésions causées par la variole sur les pis des vaches, ne sont
pas atteints par cette maladie. Il utilise donc le virus bénin présent dans les lésions, qu’il
baptise la vaccine, et l’administre aux individus pour les protéger de la variole grave.

 1892 : Iwanowsky réalise une ultrafiltration de feuilles de tabac atteintes par la mosaïque
du tabac et montre que la maladie n’est pas due à une bactérie. En effet, le but d’une
ultrafiltration est de débarrasser une substance des bactéries qui y sont présentes. Or,
après avoir filtré un broyat de la plante, il administre le filtrat à des feuilles non malades :
la maladie est transmise malgré l'ultrafiltration. Comme on ne peut pas assimiler cette
maladie à l’action de bactéries, elle est due à l’action de substances particulières.
(cours des RHX)
La trilogie du corps (postulat de Koch) était un principe utilisé à l’époque pour savoir si ce
qu’on étudiait était un agent infectieux :
1. Le micro-organisme doit pouvoir être isolé de l'organisme malade et cultivé in vitro.
2. On doit pouvoir reproduire la maladie qu’il induit en l’inoculant à un individu.
3. Tous les individus inoculés avec le même agent infectieux doivent présenter la maladie.

 1898 : On a pu décrire la même chose pour les maladies animales. Ainsi, Löffer et Frosh (2
vétérinaires) découvrent la fièvre aphteuse puis la myxomatose (tumeur appartenant au

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groupe des varioles) affectant les lagomorphes et le sarcome de Rous qui génère des
cancers chez les volailles.

 1902 : Reed découvre l’agent ultra-filtrable de la fièvre jaune, mais il ne sait pas qu’il
s’agit d’un virus.

1902 : D’Herelle (de nationalité canadienne) travaille sur les bactéries à l’institut Pasteur
et il découvre que l’action de l’eau des égouts les détruit. Il isole de cette eau des virus
bactériophages, appelés bactériophages de Shigella, toxiques pour les bactéries Shigella.
Celles-ci sont responsables de dysenterie hémorragique chez l’homme.

Le virus est alors décrit comme un parasite obligatoire des animaux, des végétaux et
des bactéries.

 1932 : Knoll invente le microscope électronique à transmission, ce qui fait


considérablement avancer les recherches car on peut désormais observer les virus.

 1945-1946 : Carrel réalise la première culture de virus in vitro. Les amplifications


cellulaires rendent l’étude des virus plus facile.

 1953 : Lwoff donne la première définition des virus (voir partie III. A ).

[Ces parties ont été abordées de manière non structurée par le prof, le plan des RHX a donc été conservé car il est bien
organisé… ]

II. Importance de la virologie


On a tendance à penser qu’un virus est forcément pathogène et qu’il entraine la mort.
Cependant, un virus est un parasite de cellules diverses et possède des pouvoirs pathogènes
variés.
Dans la plupart des cas :

 Soit il est présent mais n’entraine pas de symptômes, on parle de porteur sain ou porteur
asymptomatique et on dit que l’infection est inapparente. Le porteur asymptomatique
permet alors la pérennisation du virus.

 Soit il est responsable d’une maladie bénigne (forme clinique fréquente).

 Dans 99% des cas la maladie est bénigne ou asymptomatique.

Exemples de maladies bénignes (mais signes cliniques


présents) :
 Coryza : surtout présent chez le chat -> bénin chez l'homme
mais peut être très grave chez le chat voire mortel si la maladie
n'est pas soignée.

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Coryza du chat
 Rhume
 Verrue (=lésion cutanée non cancéreuse)
 Entérite (=inflammation de l'intestin grêle)
 Varicelle-zona : il s’agit du même virus que l’herpèsvirus sauf que le zona est une
réactivation du virus latent dans le SNC qui peut redonner les symptômes de la varicelle lors
d’un stress important.

Il existe aussi des maladies graves bien que peu fréquentes (moins de 1% des virus
engendrent de telles maladies), et ce à cause des symptômes associés ou de surinfections
secondaires.

Exemples de maladies graves :

 Fièvre aphteuse (Picornaviridés, Aphtovirus) : elle affecte le bétail ; extrêmement


contagieuse, elle se caractérise par l'apparition de vésicules puis d’ulcères dans la cavité
buccale, sur les trayons ...
 Myxomatose (Poxvirus) : Un lapin atteint de myxomatose fut importé d’Europe en Australie
pour se débarrasser des lapins sauvages qui détruisaient les cultures, la maladie a décimé la
population entière de lapins de l’île. Les lapins ont donc été réintroduits ensuite sur le
continent.
 Morbillivirose (Paraxyxoviridés) : Elle entraîne des symptômes nerveux comme pour la
maladie de Carré dans l’espèce canine. On peut guérir l’animal mais il garde des séquelles
comme une atrophie musculaire. 2% des animaux atteints développent une septicémie.
C’est également l’agent de la rougeole et des oreillons, fréquents chez les enfants. Une
rougeole mal soignée peut entraîner à long terme une sclérose en plaques (maladie
neurologique auto-immune chronique du SNC, non mortelle).
 Hépatite de Rubarth : équivalente à l’hépatite humaine, entraîne la mort du chien.
 Parvovirose : gastro-entérite hémorragique du chien ; panleucopénie féline (diminution des
leucocytes) = typhus du chat =gastro-entérite infectieuse du chat, le chat est très sensibles
aux maladies et décède dans 95% des cas ; le diagnostic se fait à l’odorat par le vétérinaire
(odeur de putréfaction qui se dégage de la bouche), et le chat est immobile.
 F.I.V (virus de l’immunodéficience féline, Rétroviridés) : SIDA du chat, causé par un
rétrovirus. L’animal meurt dans 100% des cas notamment à cause de maladies
opportunistes.
 Fièvres hémorragiques : hautement pathogènes et mortelles.
 Hépatite fulminante : nécrose massive du parenchyme hépatique
 Herpès encéphalitique : très dangereux chez les immunodéprimés, lésions du parenchyme
cérébral.
 HIV (Rétroviridés)

Les virus peuvent aussi avoir un pouvoir oncogène, c'est-à-dire qu’ils peuvent être capables
d’induire des cancers.

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Exemples de virus à pouvoir oncogène :
 FeLV=Feline Leukemia Virus, BLV=Bovine Leukemia Virus (Rétroviridés, Oncornavirus) : Ils
sont responsables de la leucémie (cancer concernant la lignée blanche).
 Herpès : Un premier bouton apparaît puis la lésion se répand à partir de ce bouton comme si
elle se propageait par reptation sous la peau. Il peut guérir tout seul ou peut-être grave. Le
virus d’Epstein-Barr peut induire la mononucléose infectieuse à l’origine d’une fatigue
permanente. Le lymphome de Burkitt (causé par le virus d’Epstein-Barr), peut-être
responsable en Asie d’un cancer du nasopharynx. En Afrique, il peut être responsable d’un
lymphome du ganglion.
 Papillomavirus : il est associé à des cancers du col de l’utérus
 Hepadnavirus : Hépatite B, entraine parfois un cancer hépatique.

On connaissait l’infection bien avant de connaître le virus. Les virus furent découverts grâce
aux avancées de la technologie. Ils se multiplient obligatoirement sur un support (de la matière
vivante : cellules végétales ou animales, bactéries …). Dans 99% des cas, les maladies qu’ils
engendrent sont inapparentes ou bénignes.

III. Qu’est-ce qu’un virus ?


A. Définition (A. LWOFF)
Quatre points essentiels sont à retenir, il s’agit des quatre caractères fondamentaux de
LWOFF (prix Nobel de médecine et de physiologie en 1953).

Le virus :
1- Est une structure rudimentaire, ne possédant qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou
ARN) donc il est incapable de se reproduire seul.

2- Se reproduit uniquement par réplication à partir de son matériel génétique

3- Est un parasite intracellulaire absolu donc ce n’est pas lui qui effectue sa propre réplication
mais il utilise les matériaux de la cellule hôte.

4- Présente une structure élémentaire caractéristique qui est intra ou extra cellulaire et qui
est la particule virale mature appelée virion ou particule complète mature. Le virion
infecte la cellule ou l’organisme.
Le matériel génétique est enfermé dans une « boîte », la capside, constituée de protéines.

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On classe les bactéries et virus en quatre catégories (les archaebactéries ne sont pas
abordées ici) :

Les virus n’ont pas de parois et pas de ribosomes, or les parois et les ribosomes sont les
cibles des antibiotiques. Ceci explique pourquoi les virus ne sont pas détruits par les antibiotiques.
Il faut aussi rappeler que les bactéries, contrairement aux virus, possèdent à la fois de l’ADN
et de l’ARN.
On peut éliminer les bactéries et donc des contaminants à l’aide d’antibiotiques afin de ne
garder que des particules virales et de mieux lire un prélèvement. Cependant, lorsque l’on a la
grippe, le médecin peut nous prescrire des antibiotiques bien qu’il s’agisse d’une maladie virale. En
effet, le virus utilise notre organisme, ce qui nous affaiblit, nous sommes alors plus sensibles aux
bactéries environnantes : c’est donc un antibiotique de couverture. C’est une pratique courante en
médecine vétérinaire.

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B. Les moyens d’étude des virus
 On a 3 moyens d’étude (=types d’examens), selon la richesse en virus du prélèvement :

Schéma bilan : Etapes d’étude des virus

*Knoll : inventeur du MET, 1931


*Carrel : culture du virus de sarcome de Rous (RSV), virus cancérigène du poulet sur des cellules fraîches
de poulet, 1926
* Phénol et laurylsulfate de sodium (LSS) ou dodécylsulfate de sodium (SDS) déploient les protéines (perte
de la structure ternaire)

 Grâce à ces techniques on sait que les virus ont une capside et un acide nucléique mais on les
divise en 2 catégories : les virus à ADN et ceux à ARN.

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IV. La structure des virus
Tous les virus ont des structures constantes : ce sont l’acide nucléique et la capside.
D’autres éléments sont inconstants selon les virus : l’enveloppe et les protéines spécifiques.

A. Structures constantes
RAPPEL : Un virus ne possède toujours qu’un seul
1. Les acides nucléiques type d’acide nucléique.
a) Les virus à ADN

La molécule d’ADN est généralement bicaténaire et linéaire. Cette molécule fait de 3.106 DA
pour les Parvoviridae à 1,3.108 DA pour les Poxviridae.

Il existe cependant des exceptions, comme :


 les Parvoviridae dont l’ADN est monocaténaire linéaire.

 les Circoviridae dont l’ADN est monocaténaire circulaire.

 les Papovaviridae et les Hepadnaviridae dont l’ADN est circulaire bicaténaire.


(Pour les Hepadnaviridae, il n’est pas complètement circularisé).

La réplication de cette information génétique se fait généralement au niveau du noyau de


la cellule infectée.
Ces virus peuvent être enveloppés. Ils acquièrent leur enveloppe par bourgeonnement de la
membrane nucléaire (feuillet interne de la membrane nucléaire) de la cellule infectée.
Les lésions qu’ils provoquent sont donc intranucléaires.
Le Poxvirus est une exception : sa multiplication est intracytoplasmique, il s’agit d’un gros
virus avec un matériel enzymatique important.

b) Les virus à ARN

La molécule d’ARN est généralement monocaténaire et linéaire.


Mais, il existe aussi des exceptions (très importantes) :
 Le Reoviridae possède un ARN bicaténaire, circulaire et segmenté.
Cette segmentation entraine l’existence de plusieurs variants et plusieurs
sérotypes (c’est par exemple le cas de la FCO= Fièvre catarrhale ovine).
 L’Orthomyxoviridae (Ortho : vrai, myxo : affinité pour le mucus) est une autre
exception.
En effet, ce virus responsable de la grippe possède un ARN monocaténaire segmenté
en 7-8 segments, donc lors d’une infection par des virions de plusieurs origines, la cellule va
prendre des segments de chaque virion et créer un mutant, ce qui entraîne une pandémie.

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Il existe deux formes de virions :

 Les virions à ARN+ (positif) : l’ ARN+ correspond à l’ARNm. La cellule comprend directement
le message, donc la réplication se fait extrêmement rapidement. La cellule fabrique alors
l’ARN polymérase ARN dépendante, ce qui lui permet de faire des copies.
o Ex : virus de la fièvre aphteuse (il faut 6h pour produire un néovirion en laboratoire)

 Les virions à ARN- (négatif) : Dans le cas de l’ARN-, la cellule ne peut pas comprendre le
message directement. Le virion doit donc transformer cet ARN- en ARNm+et doit avoir pour
cela une transcriptase intégrée, cela est indispensable pour la réplication du virus. Il s’agit
d’une structure protéique n’existant que chez les virus. Dans ce cas, le temps de réplication
du virus est plus long.

La réplication des virus à ARN se fait généralement au niveau du cytoplasme, les lésions
provoquées par ses virus sont donc intracytoplasmiques.
Si le virus possède une enveloppe (aussi appelée péplos), il l’acquière quand il sort de la cellule via
un bourgeonnement de la membrane cytoplasmique.

Il existe des exceptions : (cours des RHX)


 L’Orthomyxovirus est capable de faire la réplication dans le noyau et il acquière son
enveloppe par bourgeonnement de la membrane plasmique.
Ainsi les virions vont posséder des antigènes de la cellule hôte, ce qui peut compliquer le diagnostic
(cas du virus responsable du SARS = Severe Acute Respiratory Symptom).

2. La capside

La capside protège l’acide nucléique. On dit qu’il est empaqueté. Elle sert à la
reconnaissance du virus et à son attachement. Cette capside est de composition exclusivement
protéique à la différence de la capsule des bactéries qui est polysaccharidique. Les sous unités
formant la capside sont appelées les capsomères. Les capsides existent sous plusieurs formes :

 Des virus à symétrie hélicoïdale :


Les capsomères s’enroulent autour du génome du virus. On parle alors de nucléocapside.
Il s’agit toujours de virus à ARN (pas de virus à ADN à symétrie hélicoïdale).

 Des virus à symétrie cubique ou icosaédrique:


La conformation de la capside est dite de symétrie cubique mais au ME celle-ci apparaît
icosaédrique (20 faces). Les capsomères constituent une sorte de cube à 20 faces. Selon leur
position, ces capsomères sont des hexons (avec 6 faces (donc 6 « voisins ») car situés sur les arrêtes
et les faces) ou des pentons (avec 5 faces car situés sur les pointes).
Les pentons portent des antigènes spécifiques récurrents (fibres hémagglutinantes, Cf. IV B
2 du cours) qui déterminent la spécificité de type du virus. Ils participent alors à la fabrication de
vaccins.

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Remarque : La différence entre le HIV et le FIV se situe exclusivement au niveau des pentons : ainsi
ces virus sont spécifiques d'une espèce.
Remarque pour les virus cubiques (RHX) : La présence de fibres toxiques sur les pentons est
responsable d’une grande toxicité des virus qui les possèdent. Ceci a été mis en évidence par le fait
qu’une culture de ce type de virus est responsable d’une dégradation de culture avant même de se
multiplier.

Exemple de virus à symétrie icosaédrique: les Adénovirus


comme le responsable de l’hépatite de Rubarth dont la
structure est donnée sur la droite (icosaédrique).

¤ Structure du virus responsable


de l’hépatite de Rubarth

¤ Les deux types de capsides ¤

Il existe aussi des virus à capside à symétrie complexe, définie comme étant
différente des capsides à symétrie hélicoïdale et icosaédrique. C’est le cas des
Poxviridae (agent responsable de la variole) et le bactériophage T4.

Tous les virus ont cette composition : les acides nucléiques et la capside forment la
structure constante des virus. Cependant, certains virus possèdent d’autres composants.

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B. Les structures inconstantes
1. L’enveloppe (ou péplos)
Autour de la capside qui est toujours présente, les virus peuvent acquérir pendant leur
maturation une enveloppe appelée aussi péplos qui provient en général :
 De la membrane plasmique pour les virus à ARN lors de leur bourgeonnement,
 Du feuillet interne de la membrane nucléaire pour les virus à ADN lors de la sortie du
noyau.

Par conséquent, les virus à enveloppe possèdent à leur surface des antigènes de la cellule
dont ils sont issus. Ces antigènes peuvent alors compliquer le diagnostic (puisqu’ils ne sont pas
détectés par la cellule comme du « non-soi »).
Exemple : Virus responsable du Syndrome Respiratoire Sévère Aigu (SRAS, Coronavirus), une
pneumonie atypique, dont les antigènes proviennent de la cellule animale infectée et compliquent
le diagnostic : les anticorps reconnaissent les cellules et non le virus.

Exemples de virus enveloppés:


 Le FIV (Virus de l’Immunodéficience Féline, Rétroviridés, Lentivirus): Il comprend deux
molécules d’ARN et une transcriptase inverse incluses dans une nucléocapside. Le tout est
entouré de protéines matricielles, elles-mêmes entourées par l’enveloppe.

 Orthomyxoviridae (virus des grippes) : Ils possèdent tous les mêmes antigènes internes, c’est
une spécificité du groupe. Par contre, ils ont des antigènes de surface différents selon le virus.

Ce type de virion est donc très emballé. Mais attention, tous les virus à enveloppe sont
sensibles dans le milieu extérieur : en effet, l’enveloppe est faite de lipides et donc facilement
destructible par les savons. Ils possèdent des antigènes de surface, permettant la reconnaissance de
ces virus au niveau des cellules cibles et donc l’infectivité (=pouvoir infectieux du pathogène) ; si ces
antigènes sont détruits le virus ne peut pas perdurer.

L’enveloppe a une grande importance car elle conditionne l’épidémiologie des maladies :

Un virus à enveloppe nécessite un espace confiné, un contact étroit (direct ou par aérosols, ou par
transmission sexuelle) et une effraction de la barrière cutanée pour se transmettre.
Un virus nu peut se transmettre sur de plus longues distances et lors de plus longs passages à l’air
libre= transmission indirecte. Il nécessite alors de plus grandes précautions de désinfection
(exemple de la fièvre aphteuse) car il est extrêmement virulent et il garde son infectivité dans le
milieu extérieur.

Présence ou absence d’enveloppe et conséquence sur la résistance:

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 Virus rabique (Rhabdoviridés, Lyssavirus) : ce virus à structure hélicoïdale est enveloppé et
donc très sensible. Sa seule voie d’entrée dans l’organisme est une infection directe par
effraction de la barrière cutanée, donc essentiellement par morsure ou griffure. Il est éliminé
en 10 minutes hors d’une cellule.

 Virus de la fièvre aphteuse (Picornaviridés, Aphtovirus): son génome est à ARN positif et il
s’agit d’un virus nu donc résistant. En 1963 avait eu lieu la dernière épidémie de fièvre
aphteuse. Lorsqu’un éleveur remarquait des aphtes sur la langue des bêtes, il faisait
directement appel à un vétérinaire. Les vétérinaires prenaient des précautions (blouse, gants,
bottes, mains …) et se nettoyaient bien avant de quitter l’élevage mais oubliaient de nettoyer
les roues de leur voiture. Or, les roues entrainaient les virions et rependaient l’infection dans
les élevages visités ensuite par le vétérinaire.

 FIV (Virus de l'Immunodéficience Féline, Rétroviridés, Lentivirus) : cette infection se


transmet par contact étroit comme lors de bagarres entre chats ou lors de la reproduction,
car le virus est très fragile dans le milieu extérieur.

 Virus de la mononucléose infectieuse (Herpesviridés) : virus enveloppé. Pour les mêmes


raisons que pour le FIV, il ne se transmet que par « baiser profond » (dixit M. Kodjo).

2. Les spicules
Les spicules sont des glycoprotéines d’enveloppe, ce sont des protéines de structure comme
les protéines matricielles (donnent la forme du virus) et les protéines de tégument.
D’autres protéines sont non structurales, elles concernent les virus à ARN, ce sont les
transcriptases, protéases, intégrases (rétrovirus). Ces protéines sont importantes dans les
traitements car elles sont nécessaires au virus, notamment à la multiplication dans l’organisme : ce
sont donc des cibles thérapeutiques antivirales.

Définition et importance des spicules :


 Ce sont les structures les plus externes du virus, ancrées dans le péplos. C’est donc contre elles
que les premières défenses vont être dirigées (fonction d’antigène). On peut aussi créer des
vaccins en récupérant ces spicules. Ces vaccins n’ont pas de problème de réversion contre la
cellule car ils sont dépourvus d’acides nucléiques, c'est-à-dire que le virus ne peut pas muter et
retrouver un pouvoir pathogène.

 Ils portent les spécificités les plus fines du virus ce qui permet de les identifier. On peut ainsi
différencier les familles de virus.

On distingue deux types d’antigènes :


 Les hémagglutinines : (forme pointue)
Ce sont des antigènes de reconnaissance, intervenant aussi dans la fixation et la fusion
cellulaire. La reconnaissance et la fixation se font au niveau de l’acide sialique d’une
mucoprotéine cellulaire au niveau pulmonaire, ce qui entraine des maladies respiratoires. Ces
antigènes permettent de fabriquer des vaccins, ils ont une fonction immunogène. Elles
provoquent in vitro une hémagglutination des érythrocytes.

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Ce sont les plus nombreuses à fonction immunogène : ce sont donc des antigènes majeurs.

 Les Neuraminidases : (forme tétraglobulaire)


Elles clivent le couple hémagglutinine – acide sialique, ce qui permet la libération du virus
de la membrane cellulaire. Donc si on bloque la rupture de cette liaison, on empêche la
prolifération du virus.
C’est ce que font certaines mesures thérapeutiques visant à empêcher la réplication du
virus : on utilise une enzyme inhibitrice de la neuraminidase comme moyen de traitement, les
virions néoformés ne peuvent plus s’extraire de la cellule « mère », et ne contaminent pas de
nouvelles cellules.
Les neuraminidases sont moins nombreuses, ce sont des antigènes mineurs.

Les spicules sont souvent glycosylées, on retrouve alors l’abréviation GP (ex : GP120) pour
glycoprotéine.
Les spicules sont mis en place lors de l’acquisition de l’enveloppe et sont spécifiques d’une
famille de virus.

¤ Le virus de la grippe ¤
(Orthomyxovirus), un exemple de virus
à structure spiculée

Spicule tétraglobulaire = Neuraminidase

Spicule en pointe = Hémagglutinine

Génome = structure hélicoïdale


ARN- transcriptase
Génome + Capside = nucléocapside

Remarque :
 Les protéines matricielles forment une gangue protectrice
 Il existe 16 types d’hémagglutinines et 9 types de neuraminidases, donc le nom de
certains virus (exemple des grippes : H5N1, H1N1, H3N2, etc.) correspond à préciser
quelles spicules sont présentes sur le virus : H= hémagglutinine et N= neuraminidase.
(Et on verra cela de manière plus précise l’année prochaine).

On identifie les virus grâce aux protéines et antigènes externes qui sont spécifiques à chaque
virus, les protéines internes étant partagées par les virus cela ne permet pas de les discriminer.

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Les virus sont donc constitués d’éléments constants : un génome (soit ADN soit ARN) et une
capside (à structure soit icosaédrique soit hélicoïdale, ou complexe). Certains virus ont, en plus
de ces éléments constants, une enveloppe acquise à partir du bourgeonnement de la
membrane plasmique ou de la membrane nucléaire et/ou des spicules.

C. Tailles et formes

 Taille :
On exprime la taille des virus en nm. Il existe des virus tout petits comme les Parvovirus et les
Picornavirus (ex : Virus aphteux) (< 20 nm) et des virus très gros comme les Poxvirus et les
Mimivirus.

Smallpoxvirus (210*260nm) > Herpes simplex (130nm) > HIV (100nm) >Picornavirus (25nm) >protéines
Une petite bacterie mesure 475nm en comparaison.

 Forme :
Les virus peuvent être :
 circulaires (=en couronne) : les Coronavirus

 en fils : les Filoviridae (responsables de fièvre


hémorragique), très fins.

 en baguettes ou obus : les Rhabdoviridae (en grec


rabdus=baguette, virus responsable de la rage)

 en grain de sable : les Arenavirus (en espagnol arena=sable)

 en poc ou vésicules : les Poxvirus

 en calice : les Calicivirus

Remarque : Les noms peuvent aussi être liés à un nom de région où vit le virus comme c’est le cas
pour les Bunyavirus (venant du village de Bunyamera en Afrique), mais aussi liés à sa forme, taille,
ou à ses modalités biologiques.
Ils peuvent aussi correspondre à une évocation (forme clinique) : l’herpès est nommé ainsi
car les boutons apparaissent comme si il y avait quelque chose de rampant sous la peau (un
herpétologue est quelqu’un qui étudie les serpents, herpes en grec = rampant).
L’orthomyxovirus vient de ortho=vrai et myxo=mucus ce sont les virus de la grippe.
L’hépatovirus est un virus des hépatocytes.
Les Papillomes donnent des papules.
Les Adénoviridae touchent les glandes (adenos en grec = de la glande).

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V. Classification des virus (trèèèèès important !)
Il existe deux types de classification : une classification phénotypique (LHT) et une
classification moléculaire (Baltimore).

A. Classification de LHT(Lwoff, Horne, Tournier)


Elle fonctionne selon un système binaire : les caractères sont soit présents, soit absents.
On va classer selon :
 La nature du génome : virus à ADN ou virus à ARN.
 La symétrie de la capside : virus à symétrie icosaédrique, hélicoïdale, ou complexe.
 La présence d’une enveloppe : virus enveloppés ou virus nus.

1. Les virus à ADN

On regarde d’abord les virus les plus gros et les plus complexes que sont les Poxviridae (env.
450µm). Ils ont une symétrie complexe, et malgré le fait que ce soit des virus à ADN, leur
réplication est réalisée au niveau cytoplasmique. Ils sont enveloppés mais restent très résistants.
Ce sont les virus associés à la variole, ils sont importants dans la vaccination. C’est pourquoi ils sont
mis à part dans la classification des virus à ADN.

Rappel : il n’existe pas de virus à ADN à capside hélicoïdale.

CAPSIDE COMPLEXE + enveloppe = Poxviridae Varioles humaines et animales


CAPSIDE CUBIQUE ENVELOPPES CAPSIDE CUBIQUE NUS

1) Herpèsviridae 1) Adenoviridae
> Alphaherpèsvirinae Hépatite de Rubarth - Toux du chenil
Infectious Bovine Rhinotracheitis - Maladie
d'Aujeszky - IPV - Mareck -HSV1 - HSV2 2) Papoviridae
> Bêtaherpèsvirinae (cytomégalovirus) Verrues
> Gammaherpèsvirinae
Virus d'Epstein-Barr [Mononucléose] 3) Parvoviridae
Parvovirose canine - Panleucopénie Féline
2) Hepadnaviridae = Typhus
Hépatite B
4) Iridoviridae
3) Asfarviridae Peste Porcine Africaine
Peste Porcine Africaine
5) Circoviridae

6) Anelloviridae

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a) Les virus nus =>grande résistance au milieu extérieur

Par leur résistance dans l’air, ils sont présents partout et sont
responsables de maladies fréquentes (ex : rhumes, grippes, angines …).

 Adenoviridae : On le supposait à grande affinité pour les glandes d’où son


nom. 90% d’entre eux provoquent des maladies bénignes (toux, diarrhée).
Ces virus ont une forte affinité pour les hépatocytes, mais peuvent agir au
Kératite bleue liée à
niveau respiratoire, génital (touche l’oviducte chez les oiseaux : maladie
l'hépatite de Rubarth
des œufs mous = sans coquille), ou encore au niveau des entérocytes.
L’infection par un de ces virus entraîne un désordre immunologique à l’origine de
l’hépatite de Rubarth du chien : des complexes immuns forment des dépôts bleus à la
surface de la cornée (« œil bleu »). En France ce virus a disparu du fait de la vaccination,
néanmoins la pression vaccinale est maintenue. Chez le chien, ce virus est connu sous deux
types : CAVI (canine adenovirus type 1) qui est responsable de l’hépatite de Rubarth et CAVII
(type 2) responsable de la toux du chenil. En vaccinant un chien contre CAVII, on la protège
aussi contre CAVI (donc contre l’hépatite).

 Papovaviridae ou Papillomaviridae : Il faut retenir qu’ils sont associés aux verrues (guérison
spontanée, mais sinon on traite par l’azote liquide et exérèse s’il gène l’animal pour se
nourrir). Il existe dans ce groupe 3 familles de virus données par les 3 premières syllabes de
Papovaviridae :
 pa = virus des papillomes, des verrues, en général bénins ; mais aussi associé
au cancer du col de l’utérus chez la femme.
 po = polyome, petite tumeur très peu pathogène.
 va = vacuolating virus, virus associé à une activité de vacuolisation en culture.
C’est un excellent modèle pour l’étude de l’apparition des cancers.
Chez l’Homme les sérotypes 16 et 18 seraient associés au cancer du col de l’utérus.

 Parvoviridae : Ce sont des virus à ADN monocaténaire, très petits et entrainant des troubles
entériques, c'est-à-dire des troubles au niveau des entérocytes. Ce sont les virus responsables
de la gastro-entérite hémorragique du chien et de la panleucopénie féline (= Typhus). Ces
virus agissent surtout chez les jeunes.
 Parvovirose canine : Elle entraine une lyse cellulaire et une gastro-entérite
hémorragique (= vomissement + diarrhée + sang dans les selles). Elle affecte
les chiots, et ceux de moins de trois mois qui ne sont pas vaccinés peuvent en
mourir.
 Panleucopénie féline : il s’agit d’un virus affectant la lignée blanche des chats
(qui deviennent alors sensibles aux maladies opportunistes). « On la sent plus
qu’on ne la voit » (à cause des gastro-entérites). Il y a 90% de mortalité. Si la
chatte atteinte est gestante et que le virus passe la barrière placentaire, soit il
y a un avortement, soit le développement du cervelet est modifié (d’où de
multiples conséquences sur les chatons dont certains aveugles, ou ataxiques).

 Iridoviridae : Il s’agit d’un virus qui affecte principalement les insectes, il leur donne un
aspect iridescent (il semble changer de couleur suivant l’angle sous lequel on le regarde ou
selon l’angle sous lequel il est éclairé / idée d’arc en ciel). La PPA (Peste Porcine Africaine)

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est due à un virus non classé aujourd’hui mais il possède les caractéristiques d’un
Iridoviridae et d’un Poxviridae. Ce virus peut aussi affecter des poissons.

 Circoviridae : Ce sont des virus à ADN monocaténaire circulaire. Ils sont responsables de
maladie entrainant des dépérissements chroniques chez les porcelets.

 Anelloviridae : Ce sont les Torque teno virus. Ils sont souvent associés aux circovirus.

b) Les virus enveloppés => moins résistants dans le milieu extérieur, nécessitent un
contact étroit
Dans les virus enveloppés, il existe deux catégories :

 Herpesviridae (= herpetoviridae) : Ces virus sont à lésions rampantes (cf. : serpents). Ils forment
des vésicules. En général, chaque espèce à son propre herpetovirus (électivité zoologique =
zooélectivité) : il y a peu de passages interspécifiques (sauf Herpes Aujeszky). Ces herpès sont
caractérisés par une latence importante. De plus, une fois l’organisme infecté le virus ne
disparait jamais. Par exemple, le virus de la varicelle peut se réactiver sous la forme d'un
zona à l’âge adulte. Il existe trois sous-familles des Herpesviridae :

o Les Alphaherpesvirinae :
 Infectious Bovine Rhinotracheitis IBR (infection bovine rétrotrachéale) touchant
l’arbre respiratoire et IPV (infectiouspustulusvulvovaginitis) pouvant donner des
pustules vaginales. Il entraine un état fébrile très prononcé, et souvent des
avortements.
 Virus de la maladie d’Aujeszky : Ce virus a été trouvé naturellement chez le porc et
est responsable de troubles nerveux chez le porcelet (encéphalite,
ataxie), d’avortement chez la truie et de retard de croissance chez le
porc plus âgé. Elle est donc pléomorphe dans ses symptômes. Cette
maladie réglementée est à déclaration obligatoire.
ATTENTION : C’est un des virus qui peut se transmettre à d’autres
espèces. Par exemple, un chat ayant mangé des abats de porc
contaminés peut déclarer la maladie d’Aujeszky qui déclenche des
prurits importants. Elle est appelée la « maladie qui rend fou »
Blessures d'automutilation chez un
car l’animal peut se gratter jusqu’à se blesser gravement voire
porcelet atteint de la maladie
mourir (attention au diagnostic différentiel, une confusion est
d'Aujeszky possible avec la rage).

o Les Betaherpesvirinae :
 Cytomegalovirus : il entraine la formation de cellules géantes, surtout chez
l’homme. Il se trouve au niveau des glandes salivaires et du rein, ce qui pose des
problèmes en cas de transplantation.

o Les Gammaherpesvirinae : le virus d’Epstein Barr fait partie de cette catégorie, il est
responsable de mononucléose infectieuse ou de lymphome.

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 Hepadnaviridae : Il s’agit de virus avec une grande affinité pour les hépatocytes. Ils sont
responsables de l’hépatite B humaine associée parfois à des cancers s’il s’introduit dans le
génome des cellules cibles. Leur transmission se fait par contact étroit, sexuel ou par transfusion.
Il existe un virus analogue chez le canard et la marmotte qui est utilisé comme modèle pour
étudier l’hépatite B de l’homme. Mais ils sont peu présents chez les animaux.

 Asfarviridae : Ces virus se transmettent par les insectes, c’est le cas de la peste porcine africaine
(PPA ou ASF =African Swine Fever "swine"=nc. pl., porcs) qui a les mêmes symptômes que la
peste porcine classique, donc on fait une recherche simultanée des deux maladies pour
déterminer la peste dont il s’agit.

2. Les virus à ARN

Le nombre de virus à ARN est très important, on s’intéresse donc aux familles d’intérêt
vétérinaire et on a choisi un système de classification simplifié.

VIRUS A ARN NUS (CUBIQUES) VIRUS A ARN ENVELOPPES


1) Réoviridae SYM. HELICOIDALE SYM CUBIQUE
> Orthireovirus 1) Orthomyxoviridae 1) Togaviridae Rubéole
> Rotavirus =Influenza virus Grippes > Alphavirus Méningites
> Orbivirus FCO- peste équine
2) Paramyxoviridae 2) Flaviridae
2) Picornaviridae Paragrippes > Pestivirus
> Aphtovirus Fièvre aphteuse > Morbillivirus Peste porcine - BVD -
> Enterovirus Polyomyélite Maladie de Carré Border disease
> Hepatovirus Hépatite A > Respirovirus > Hepaticivirus Hépatite C
> Rhinovirus Rhumes > Rubulavirus > Flavivirus Fièvre jaune
Rougeole - Oreillons
3) Caliciviridae > Avulavirus
> Vesivirus Coryza du chat Maladie de Newcastle 3) Retroviridae
> Lagovirus > Henipavirus > Lentivirus
> Hepatite E like virus > Pneumovirus FIV-BIV-HIV

3) Rhabdoviridae > Oncornavirus


4) Astrovirus Gastro-entérites > Lyssavirus Rage
BELV - FELV
> Vesicullovirus
4) Arteriviridae
4) Coronaviridae PIF
5) Birnaviridae
5) Filoviridae
> Aquabirnavirus Virus Ebola et Marburg
> Avibirnavirus
6) Bunyaviridae
Maladie de la vallée du Rift

7) Arenaviridae
Chorioméningites

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a) Les virus nus => tous à symétrie icosaédrique !!!

 Réoviridae :R= respiratoire, E= entérique et O= orphelin (car ils sont parfois responsables de
maladies rares). Ce sont des virus très répandus qui contiennent un ARN bicaténaire et
segmenté en 8 à 10 fragments dans une double capside (voire triple). On a l’habitude de dire
qu’ils ont tout en double ! Ils sont parfois véhiculés sur de
grandes distances par des arthropodes. Arteriviridae
 Orthoréovirus : Ce sont les vrais réoviridae. Ils
induisent des infections respiratoires spontanément
résolutives (=guérison spontanée).
 Rotavirus : Ils ressemblent à des roues et sont
responsables de la diarrhée du jeune veau (important
dans les pathologies des bovins), et donc d’une
diminution de la croissance. Elle est spontanément
résolutive et extrêmement contagieuse.
 Orbivirus : Ils sont responsables de la ♥FCO(Fièvre
Catarrhale Ovine ou maladie de la langue bleue) et de la
peste équine.
Symptômes de la FCO

 Picornaviridae : Ces virus sont de petite taille (10-20nm), très courants et sont responsables
de maladies bénignes comme les rhinites ou de maladies plus graves.
 ♥ Aphtovirus = FIEVRE APHTEUSE (très important) :
Virus qui provoque des aphtes, surtout chez les bi-ongulés (porcs,
sangliers, bovins, ovins). Ils sont notamment responsables de la fièvre
aphteuse : les animaux atteints présentent alors des aphtes au niveau
des onglons qui donnent naissance à des ulcères hémorragiques
lorsqu’ils se rompent, ce qui assure la diffusion des virions. Cette
maladie est donc très contagieuse du fait de la très grande résistance du
virus et de la diffusion rapide des virions. Elle se traduit aussi par des
aphtes sur la langue et la mamelle. Lorsqu’elle est décelée tous les
Lésion buccale liée à l'Aphtovirus animaux sont abattus et enfouis sur place.
(vache)
 Enterovirus : Ces virus sont importants en santé humaine. Ils sont, par exemple,
responsables de la poliomyélite (virus qui suit un cycle oral/fécal et transmis par l’eau
de boisson et qui est capable de résister au pH du tube digestif). C'est un virus très
résistant donc malgré la disparition de la maladie en France la vaccination reste
systématique.
 Hepatovirus : Ils sont responsables d’hépatites et sont en général très résistants (c’est
le cas du virus de l’hépatite A). Ils suivent un cycle fécal-oral et se trouvent dans les
liquides. Ils provoquent un état d’asthénie (=fatigue physique) persistant 3 à 6 mois.
L’hépatite E est présente chez le canard et peut se transmettre à l’homme.
 Rhinovirus : Ils présentent un tropisme pour l’arbre respiratoire (rhumes) et sont très
contagieux.

 Caliciviridae : Ils ont une forme de coupe et sont très contagieux. Leur taille est identique aux
Picornaviridae (environ 25nm).

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 Vesivirus : Ces virus entraîne l’apparition de vésicules sur la
langue du chat (coryza du chat). Chez le porc, ils entraînent
les mêmes symptômes que la FCO, il faut donc faire
attention à une possible confusion.
 Lagovirus : Ils infectent les lagomorphes et sont
responsables de fièvres hémorragiques (maladies
foudroyantes). Il a été responsable de la disparition des
lapins en Australie. Feline calicivirus
 Hépatite E like virus : Spécifique aux humains mais il semblerait qu'il est infecté des
canards de l'ouest de la France

 Astroviridae : Ils entraînent des affections du tube digestif, et plus


précisément des gastro-entérites surtout grâce aux huîtres (->avis aux
amateurs d’huîtres à Noël… ;) ). Ce sont de nouveaux virus, de forme
étoilée.
Astrovirus
 Birnaviridae : Ils possèdent deux ARN bicaténaires. On distingue les Aquabirnavirus infectant
les poissons, et les avibirnavirus présents chez les volailles qui développent alors des maladies
opportunistes graves.

b) Les virus enveloppés.


Ils sont divisés en deux groupes : ceux à symétrie cubique et ceux à symétrie hélicoïdale.

 Parmi les virus enveloppés à symétrie cubique, on distingue:

 Togaviridae : Le péplos forme une toge autour du virus. Ils sont majoritairement humains
(rubéole par exemple -> très souvent responsable de malformations chez les enfants, de
résorption embryonnaire ou d’avortement, d’où un diagnostic anténatal obligatoire, sinon
faute professionnelle). Ils sont souvent transmis par des arthropodes piqueurs.
Les Alphavirus (appartenant aux Togaviridae) siègent dans le SNC et les méninges et sont
donc responsables de troubles encéphaliques et méningitiques.

 Flaviviridae : Ils ressemblent aux Togavirus. C’est dans ce groupe qu’on trouve les virus de la
fièvre jaune.
 Pestivirus (3 types de peste) :
- La peste porcine classique qui induit des avortements chez la truie et des syndromes
nerveux chez le jeune, et des hémorragies de l’épiglotte, la rate et la vessie.
/ ! \ RAPPEL : La peste porcine africaine est due à un Asfarviridae, virus enveloppé à
ADN.
- La BVD = diarrhée virale bovine (ou MDBVD = mucosaldisease bovine viral diarrhea),
qui entraîne une mauvaise croissance du veau. La BVD est une maladie pléomorphe. Le
virus responsable de la BVD se trouve dans les muqueuses. Il peut traverser la barrière
placentaire et infecter le fœtus qui reconnaît donc le virus comme un élément du soi.
Par conséquent, le fœtus est immunotolérant et il ne produit donc pas d’anticorps
pour se défendre et il est infecté permanent. On ne peut pas le diagnostiquer mais le
veau est chétif, a souvent de la diarrhée et permet la multiplication du virus.

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- La « border disease », « maladie de la frontière», est aussi provoquée par un virus de
ce type. C’est une maladie qui ressemble à la BVD, mais que l’on trouve surtout chez
les ovins, les caprins.
 Hepaticivirus : Responsable de l’hépatite humaine (hépatite C).
 Flavivirus : Fièvre jaune.

 Rétroviridae : Ils possèdent une enzyme qui transforme l’ARN en ADN. Ils sont responsables
de maladies à tendance immunodéficiente et de phénomènes cancéreux affectant les
leucocytes.
 Lentivirus : Ils sont à l’origine de maladies à évolution lente. C’est le cas du FIV (virus
d’immunodéficience féline), SIV (virus d’immunodéficience simienne), BIV (virus
d’immunodéficience bovine), HIV (virus d’immunodéficience humaine). Par exemple,
pour le HIV, les premiers signes de la maladie peuvent se déclarer au terme de la 10 ème
année, et le virus favorise les développements de maladie opportunistes.
 Oncornavirus : Ils ciblent les leucocytes (lignée blanche) et entraînent donc une
immunodépression) et sont responsables de leucose. C’est le cas de la BELV (Bovine
Leukemia Virus) et de la FELV (FElineLeukemia Virus) / (chez l’homme HTLV). Pour le
FELV, 90% des chats guérissent naturellement (on peut aussi leur donner des
interférons γ, cytokines à action spécifique), tandis que d’autres développent un
cancer.

 Parmi les virus enveloppés à symétrie hélicoïdale, on distingue :

 ♥ Rhabdoviridae : Ils entrainent des maladies graves, mortelles de type vésiculaire. Ils sont
en forme de baguette, allongés.
 Lyssavirus : (Lyssa vient du grec et signifie « fou ») le vrai virus de la rage (rage =
"rabies" en anglais) fait partie de cette catégorie. Il s’agit d’un virus très fragile qui
ne franchit la barrière cutanée que si elle est déchirée. Il se transmet donc par
morsure ou griffure. Une fois la barrière cutanée franchie, le virus migre vers le
SNC en se déplaçant le long des fibres nerveuses et s’y développe. Ensuite, il
redescend jusqu’au glandes salivaires. A ce moment-là, l’individu infecté ne
présente pas encore de symptômes mais il est contagieux, c’est pourquoi les
animaux suspectés sont mis en observation pendant une durée de quinze jours
(temps maximal d’apparition des symptômes) : on regarde si des troubles nerveux
apparaissent ou non. Le virus se développe dans le cerveau en formant des lésions
* cellulaires particulières appelées corps de Negri. Le virus de la rage est présent
chez toutes les espèces.

Virus de la rage
* Corps de Negri  Vésiculovirus : Ils entraînent la formation de vésicules chez les bovins, ovins,
humains.

 Orthomyxoviridae (= influenza virus) : Il s’agit des premiers virus à avoir été associés à la
GRIPPE (syndrome = ensemble des symptômes: fièvre, troubles respiratoires, extrême
fatigue, douleurs musculaires). Ces virus ont une forte affinité pour les mucoprotéines
("myxo") ce qui expliquent leurs actions sur l’arbre aérifère. Ceux-ci sont donc les vrais virus
de la grippe (nous verrons ensuite les faux virus !). Son génome est formé d’ARN segmenté
en 7 à 8 segments. Plus ce nombre est important, plus le virus est pathogène. Lorsqu'une

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cellule est infectée par des virions différents, un réappariement des segments entre les
virus peut avoir lieu. Ces réappariements sont responsables de pandémies (=épidémie sur
une vaste zone géographique) chez l'homme, les équidés et les porcs : les vaccins ne
fonctionnent pas sur les virus réassortis. Les Orthomyxoviridae tendent à avoir une
apparition saisonnière car ils sont extrêmement fragiles dans le milieu extérieur mais
résistent bien au froid : ils apparaissent surtout en hiver. On les croyait ainsi influencés par
les astres, d'où l'appellation "influenza". Malgré le terme de grippe aviaire il n'existe pas de
grippes chez les oiseaux car ils n'ont pas de symptômes respiratoires mais ils ont des
septicémies.

 Paramyxoviridae : Il s’agit des faux virus de grippe, associés à un large spectre d’hôtes et
d’organes (SNC, système respiratoire, …). Leur génome est non segmenté. On parle des
PARAGRIPPES
 Morbillivirus : Parmi eux, le virus responsable de la maladie de Carré chez
le chien provoque des syndromes cutanés, nerveux ou encore respiratoires
et l'issue est fatale dans 95% des cas ; d'autres virus sont responsables
de septicémies comme le virus de la peste des bovins (à l'origine de la
création de l'ENVL, après les épidémies au sein des troupeaux destinés à nourrir
les militaires) et des petits ruminants. Ils sont souvent mortels.
 Respirovirus : ils touchent les voies respiratoires.
Enfant atteint des
 Rubulavirus : Il s’agit de virus responsables de maladies éruptives comme
oreillons avec une la rougeole, très grave chez l’enfant ou encore les oreillons.
parotidite  Avulavirus : Il s’agit de virus responsables de maladies chez les oiseaux, en
particulier responsables d’un syndrome identique à celui de la peste
aviaire, d’où le nom de pseudo-peste aviaire ou maladie de Newcastle. On
ne peut pas distinguer les deux de par les symptômes, elles sont donc
diagnostiquées en même temps.
 Henipavirus : C’est une association de deux virus responsables de
septicémies presque identiques mais dont le spectre d’hôte est différent.
Poulet atteint de la Ces deux virus ont été découverts dans les villages d’Hendrah (Australie,
maladie de Newcastle : infectant les chevaux) et de Nipah (Malaisie, infectant les porcs), d’où leur
troubles nerveux, nom. Ces virus sont hautement pathogènes, et transmissibles à
diarrhée, oedème l’homme=zoonotiques ; leur manipulation est donc faite en laboratoire de
classe 4 (protection très importante).
 Pneumovirus : [RHX] Ils présentent un tropisme pour une certaine catégorie de
cellules respiratoires chez les humains et bovins. C’est le cas du VRS (virus
respiratoire syncytial) qui est responsable de la maladie bronchique du nourrisson
(= bronchiolite).

 Coronaviridae : Ces virus présentent une enveloppe épaisse en couronne.


L’impression de couronne est due aux glycoprotéines présentes sur
l’enveloppe de ce virus. Ce sont des virus très résistants en dépit de leur
enveloppe, répandus, cosmopolites et responsables d’infections
digestives et de septicémies. La PIF (Péritonite Infectieuse Féline, cf chat en
poire p2) est provoquée par ce virus. Ces virus sont aussi responsables du
SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) et de pestes.
Coronavirus

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 Filoviridae : ils sont responsables de syndromes hémorragiques et de septicémie
chez les primates. Ces virus sont très longs comme des fils, quasiment toujours
(90%) mortels.
Ex : virus Ebola, virus Marburg.

 Bunyaviridae : (découvert en Ouganda, d’où le nom). Ils sont transmis par des
Virus Ebola arthropodes piqueurs (=Arbovirus) et rappellent en cela les Alphavirus (RAPPEL :
(ᴓ60 à 80nm) virus enveloppé à ARN, à symétrie cubique appartenant à la famille des
Togaviridae !). Ex: La maladie de la vallée du rift.
Ce sont des virus émergents.

 Arenavirus : Ils ont une forme de grain de sable, fins, affectent le SNC et infectent les
rongeurs en provoquant une méningite (chorioméningite). Ces virus peuvent provoquer des
zoonoses, et sont responsables de fièvres hémorragiques chez l’homme. Ils sont
manipulables uniquement en laboratoire de classe 4.

BILAN : On peut résumer par le tableau suivant cette classification de LHT des
familles de virus (ADN & ARN) :

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B. Classification simplifiée de la classification de Baltimore.
Il existe une classification plus complexe, basée sur la stratégie de réplication du virus, qui
regroupe les virus en 6 classes. Nous étudierons une version simplifiée après le chapitre sur la
réplication virale.

C. Classification de l'ICTV (International Committee on Taxonomy of


Viruses)
Elle fait 1327 pages imprimées .... Le prof l'a dans son bureau pour les passionnés, mais
n'arrive pas à l'apprendre lui même :p
Elle est consultable en ligne : http://www.ictvonline.org/virusTaxonomy.asp
Elle se base sur plusieurs critères du virus. Dans l'ordre on retrouve :
1) La morphologie (taille, enveloppe, capside ...)
2) Le génome (morcelé, linéaire, ADN ...)
3) Le mode de réplication
4) Les antigènes
5) Les hôtes

VI. Action des agents physico-chimiques


Nous avons vu qu’il y avait 2 éléments importants pour la transmission du virus : l’enveloppe
et la capside. Un virus avec uniquement une capside comme un Picornavirus est très résistant. On
ne sait pas comment l’inhiber. Un virus enveloppé comme un Lyssavirus, est très fragile. La
fabrication de vaccin est alors délicate car il ne faut pas perdre les glycoprotéines portées par
l’enveloppe. Les agents physico-chimiques permettent de détruire les virus ou de les inactiver pour
produire des vaccins.

A. Action de la pression
Elle est inefficace car les virus présentent une grande résistance aux fortes pressions. Il
faudrait une pression > à 1000 atm pour qu’il y ait un résultat (qui reste faible).

B. Action des radiations


Il s’agit par exemple de l’action de la lumière (RX ou UV) seule (ce qui est un moyen
physique de désinfection, de stérilisation d’instruments) ou de la lumière associée à des colorants
du type bleu de méthylène (anciennement utilisé dans les yeux du patient et efficace) ce qui induit
une sensibilité accrue du virus et provoque donc son inactivation. Cette méthode fonctionne mais
est aujourd’hui obsolète car disgracieuse.

C. Action de la température
Les virus sont plus ou moins résistants à la température. Ils se conservent bien dans le froid
(ex : grippe attrapée en hiver). Cette propriété est intéressante et explique 2 faits :
 La conservation des prélèvements de virologie se fait dans l’azote liquide (à -192°C) et l’envoi se
fait sous conditions de froid.

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Néanmoins les virus résistent mal à la chaleur, ils sont détruits par pasteurisation

[RHX] Leur destruction se produit au bout de :


 1 seconde à 60°C
 1 heure à 20°C
 1 jour à 4°C
Cette faible résistance explique pourquoi on laisse parfois agir la fièvre sans essayer de la diminuer.
L'action de la température sur les virus est utilisée pour la pasteurisation.

D. Action du pH
Le point critique est pH=3. Il y a deux cas de figure :
- virus résistant à ce pH. Ex : Adénovirus et Rétrovirus,
- virus inactivé à ce pH. Ex : Picornavirus et Myxovirus.

Le virus peut être acido-stable (généralement ce sont les virus nus) ou acido-labile. Ceci
détermine si le virus résistera ou non au pH gastrique et donc s’il pourra utiliser un cycle oral-fécal
pour infecter un hôte.
Par exemple, le virus de la poliomyélite résiste au pH imposé par les sucs gastriques et donc
présente un cycle oral-fécal : la vaccination des enfants peut donc se faire par voir orale (une goutte
de vaccin sur un sucre). En revanche, le virus de la rage est sensible à l’acidité, il ne peut dont pas
être transmis par la voie orale.

E. Action des solvants lipidiques


Ce sont par exemple le savon ou les détergents comme l’éther, ils détruisent notamment
avec efficacité les virus enveloppés. C’est pourquoi après une morsure il faut laver la blessure au
savon ! De manière générale, il faut se laver les mains dès qu'il y a eu risque de transmission de la
rage.

F. Action des antiseptiques et des désinfectants


Exemple : l’iode, le formol (était utilisé à 0,5-1 % mais actuellement interdit malgré le fait
que ce soit un des plus efficaces). La soude peut être utilisée pour éliminer les virus
(concentration 8 pour 1000).
La javel détruit aussi très bien les virus, notamment les virus nus (quasiment infaillible) ou
les prions (nature protéique, apparemment dépourvus d'acides nucléiques).

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


La multiplication virale
(Appartient à la virologie générale)

I. Interaction virus-cellule

A. Interaction abortive
B. Interaction productive
C. Interaction intégrative

II. La multiplication virale

A. Les étapes de la multiplication


B. Le cycle de multiplication d’un virus
C. Les stratégies des virus pour assurer leur réplication
D. Réplication des virus à ADN
E. Réplication des virus à ARN
1. Les virus à ARN+
2. Les virus à ARN-
3. Les rétrovirus
4. Conséquences des différents cycles de réplication sur la classification des
virus

III. Les conséquences de la multiplication virale pour la cellule

A. La décapsidation
B. Les effets cytopathiques et cytopathogènes
1. Les virus à ADN
2. Les virus à ARN
C. Les conséquences du cycle du virus sur la cellule et sur la pathogénie des viroses

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Les virus sont des particules élémentaires composées au minimum d’un génome unique
(ARN ou ADN) et d’une capside. Ils sont capables de se multiplier et d’engendrer de nouveaux virus,
c’est pourquoi nous considérons qu’il s’agit d’éléments vivants. Il ne faut pas considérer la
multiplication des virus au sens littéral, il s’agit en fait d’une réplication du génome et d’une
duplication de la capside. La cellule hôte est nécessaire à la multiplication virale : le virus est
considéré comme un parasite.

Les laboratoires doivent tester de nombreuses cellules pour trouver celles qui sont
permissives, c'est-à-dire qui peuvent être infectées. Or, il existe pour chaque virus un spectre plus
ou moins restreint de cellules permissives. Les laboratoires travaillent sur les conséquences des
virus et peuvent identifier ces virus en comparant les symptômes des patients. Tous les laboratoires
présentent une spécialisation : ainsi, en humaine, les laboratoires sont spécialisés dans les différents
types de virus (viroses cutanées, viroses respiratoires ...), en médecine vétérinaire, ils se spécialisent
par rapport à une espèce (maladie des bovins, des poissons, pathologies des oiseaux, viroses des
abeilles, et des petits ruminants ...). Sur l’ENVL aucun isolement de virus n’est réalisé. CF TP

L'étude de la multiplication virale permet également d’élaborer une classification spéciale :


la classification de Baltimore. Elle est basée sur la stratégie de réplication du virus, et regroupe les
virus en 6 classes.

I. Interaction virus-cellule
Quand le virus rencontre la cellule, il y a trois évolutions possibles. Nous allons les étudier
successivement. Cette rencontre est le fruit du hasard.

forme intégrée

forme épisomale

Figure 1 : Interactions virus-cellules et évolutions possibles

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A) Interaction abortive
Le virus n’est pas pathogène, il n’a pas d’effet sur la cellule (pas de production de virions par
la cellule). On parle d’interaction abortive et la cellule est dite non permissive ou réfractaire. Ceci
peut se produire in vivo et in vitro et concerne 95% des virus. L’interaction n’est donc pas visible car
la cellule reste intacte car elle ne subit pas de modification physiologique.

Attention : Cela ne veut pas dire qu’il n’y a pas réplication du virus, mais juste qu’il n’y a pas
production de virions (pas de maturation).

B) Interaction productive
Le virus interagit avec une cellule permissive et trouve ainsi les éléments pour sa
réplication. On trouve dans la cellule des particules virales.

La cellule permissive permet la multiplication directe du virus et la production de virions.


L’interaction est donc productive. Le cycle peut-être un cycle productif dans lequel le virus est
produit en continu et s’échappe par bourgeonnement. Dans ce cas, la cellule infectée reste intègre
et si l’animal guérit, il ne gardera pas de séquelles. Par contre, si le cycle est lytique, le virus lyse la
cellule qui l’a produit pour s’échapper : le virus est accumulé dans la cellule jusqu’à ce que celle-ci
explose. Lors d’un cycle lytique, il s’agit dans 90% des cas d’un virus nu, car celui-ci ne bourgeonne
pas.

Une énorme libération de virus dans le milieu au cours des cycle productif et cycle lytique
mais elle n'est réalisée en continu que lors d’un cycle productif.

Les deux cycles sont intéressants lorsque l’on veut fabriquer des vaccins au laboratoire et
concernent 2 à 3% des virus.

C) Interaction intégrative

Le génome du virus est intégré dans la cellule :


- directement avec l’ADN cellulaire grâce à des amorces
- ou sous forme épisomale: le génome reste dans le noyau, sans s’intégrer au génome
cellulaire.

La cohabitation des deux génomes peut entraîner des perturbations du métabolisme


cellulaire provoquant une modification de la morphologie de la cellule ; la cellule peut devenir
cancéreuse. C’est l’interaction intégrative. Les virus à ADN sont souvent associés aux tumeurs et
cancers.
Le temps s’écoulant entre la pénétration dans la cellule et la libération des virions, et où il
n’y a pas de symptômes observables est appelée phase de latence.

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A un moment donné, un évènement entraîne la réactivation, la réinduction du virus. Cette
induction amène à la reprise du cycle et donc à une interaction productive, le plus souvent avec un
cycle productif. Cela concerne 1 à 2% des virus.
Les Rétroviridés ainsi que les Herpesviridés (responsables de l’Herpes) sont souvent des virus
avec intégration puis reprise après un temps de latence. Certains Herpesviridés et Papillomaviridés
(cancer du col de l'utérus), le virus leucémogène félin (FeLV, Rétroviridés, Oncornavirus), le virus de
l’hépatite B (Hepadnaviridés, cancer hépatique) ont une période de latence et sont associés à des
phénomènes cancéreux.

II. La multiplication virale

A) Les étapes de la multiplication

Figure 2 : Etapes de la multiplication virale

1. Reconnaissance du virion : Cela se fait par des récepteurs cellulaires qui vont reconnaitre
les antigènes du virus. Il peut alors y avoir adsorption du virus à la surface de la cellule (fixation à un
support par des liaisons faibles de type Van der Waals) puis pénétration de la capside dans la
cellule. La pénétration se fait par endocytose pour les virus nus ou par fusion membranaire pour
les virus enveloppés.

Remarque : pour les virus nus, une fois l’endocytose terminée, la membrane de
séquestration est ouverte par les enzymes cellulaires (d’où la libération du virus dans la
cellule).

2. Décapsidation : cette décapsidation, quasi-instantanée, entraîne la libération de l’acide


nucléique dans la cellule et donc sa mise à disposition pour la cellule. La décapsidation est toujours
réalisée par la cellule hôte (sauf pour les gros virus), alors qu’il s’agit d’un parasite pour la cellule
(paradoxe biologique !).
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3. Transcription, réplication et traduction : en règle générale la réplication se fait dans le
cytoplasme pour les virus à ARN et dans le noyau pour les virus à ADN. Dans le cas des virus à
ADN, la traduction se fait en deux étapes :
- transcription et traduction précoces : protéines NS (non structurales), nécessaires à la
réplication du génome (polymérase virales, tyrosine kinase). La réplication du génome
peut ensuite commencer.
- quand le nombre de copies atteint une certaine valeur, une transcription et une
traduction tardives se mettent en place afin d’obtenir des protéines de structure.

4. Assemblage : l’ensemble génome-capside se forme sous la face interne de la membrane


cellulaire.

5. Libération : soit par bourgeonnement pour des virus enveloppés, soit par lyse cellulaire
pour des virus nus.

B) Le cycle de multiplication d’un virus


Le cycle de multiplication du virus peut être reconstitué en mesurant le taux de virus
circulant :

 La latence est le temps s’écoulant entre la pénétration dans la cellule et la libération des
virions. Lors de cette phase le virus n’est plus visible hors de la cellule. Elle peut durer de
quelques heures (virus aphteux) à plusieurs années (Rhabdoviridés, Herpèsviridés,
Retroviridés).

 L’éclipse regroupe la pénétration dans la cellule, la décapsidation, la transcription, la


réplication et la traduction. Il s’agit de la période durant laquelle le virus n’est plus
détectable.

Le fait que les virus soient intra ou extracellulaires modifie la durée de ces deux périodes.

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 L’assemblage est aussi appelé maturation. Pendant cette maturation, les virus se
reproduisent mais restent à l’intérieur de la cellule, c’est pourquoi la quantité de virus
infectieux extracellulaire est nulle.

C) Les stratégies des virus pour assurer leur réplication

Les stratégies utilisées par les virus pour assurer leur réplication dépendant à la fois de la
nature du génome du virus et de la présence ou non d’enzymes dans la capside.

L’ARN est le point central pour la multiplication. Les virus à ADN subissent une transcription
classique.
On distingue les virus ARN positif (ARN+), directement utilisables car directement messagers
(cycle très rapide), et les virus à ARN négatif (ARN-), qui nécessitent la transformation de l’ARN- en
ARN+ grâce à une transcriptase intégrée dans le virion. Le cycle est par conséquent plus long.

Il existe aussi des transcriptases inverses permettant la formation d’ADN à partir d’ARN,
permettant ensuite l’insertion de la molécule d’ADN dans le génome de la cellule hôte
(rétroviridés).

D) Réplication des virus à ADN

Figure 3 : Etapes de la réplication des virus à ADN

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On utilisera ici comme cas général des virus à ADN l’exemple de l'Adénovirus responsable de
l’hépatite de Rubarth.

Les virus à ADN n'ont pas besoin d'enzymes spécifiques. La réplication compte deux étapes :

 La première consiste à obliger la cellule à transcrire l'ADN viral. Il se déroule alors une
transcription précoce, par de l’ARN polymérase ADN dépendante cellulaire. Elle est
suivie d’une traduction précoce aboutissant à la présence dans la cellule de protéines
qui ne sont pas retrouvées dans la capside. On trouve également une enzyme assurant la
réplication du virus, l’ADN polymérase virale. Cette ADN Polymérase virale permet la
réplication de l’ADN du virus.

 Puis, se déroulent une transcription et une traduction tardives permettant la formation


des protéines structurales, c’est à dire des capsomères de la capside. Enfin, le génome et
les capsomères s’assemblent sous la membrane cellulaire et le nouveau virus est libéré
par pinocytose et lyse de la cellule.

Il existe des exceptions :


 Les Poxviridés sont des virus à ADN, mais la réplication a lieu dans le cytosol grâce à des
corps d’inclusion. Ce sont des gros virus qui possèdent un appareil enzymatique élaboré
(ARN polymérase) qui assure la transcription de l’ADN. Ils se suffisent quasiment à eux-
mêmes : ils provoquent leur propre réplication une fois dans la cellule (mais utilisent les
ribosomes cellulaires pour la traduction des protéines). Pour l’identification, on repère des
corps d’inclusion colorés (c'est un élément de diagnostic important : peu de virus forment ce
genre de corps) dans le cytoplasme de la cellule hôte.

 Les Parvoviridés sont des virus très petits à faible capacité de codage ; Ils font parfois appel
à d’autres virus pour les assister dans leur réplication (dependovirus), et leur taux de
réplication est très élevé lorsqu’il s’agit de lutter contre la défection.

Explication RHX : des portions de leur ADN monocaténaire peuvent être transcrites dans le mauvais
sens (50% sont dans le sens 3’ vers 5’). Ainsi, les virus deviennent défectifs, et l’infection virale
s’arrête.

 Les Hepadnaviridés ont un génome circulaire sur un brin (ADN), partiellement double brin,
capable de se circulariser en début de réplication. Il code notamment pour une ADN
polymérase virale et la transcriptase inverse. Ces virus insèrent leur ADN au génome de la
cellule qu’ils infectent et peuvent ainsi devenir responsables de cancers.

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E) Réplication des virus à ARN

Les virus à ARN peuvent se répliquer selon 3 possibilités, suivant le schéma général ci-
dessous :

intégration au
génome cellulaire
VIRUS Figure 4 : Schéma général de la réplication des virus à ARN

1) Les virus à ARN+ (Fièvre aphteuse)

Nous prenons ici l’exemple du virus de la fièvre aphteuse


(Picornaviridé comprend les Aphtovirus) qui est un petit
virus (d’où le préfixe « Pico »), nu donc très résistant ; la
fièvre aphteuse est très contagieuse (apparition de vésicules
puis d’ulcères dans la cavité buccale, sur le bourrelet
coronaire des onglons, ainsi que sur la mamelle et les
trayons).
Figure 5 : Virus de la fièvre aphteuse
L’adsorption se fait grâce à la présence de récepteurs cellulaires glycoprotéiques puis par
pinocytose. Après la décapsidation, les ribosomes assurent la traduction de l’ARN+ qui est
directement « messager », donc directement traduit par la cellule. Cette traduction donne une
première protéine P0 qui va être clivée en plusieurs petites protéines à l'origine des protéines de la
capside : P1, P2 et P3. P3 intervient dans la formation d’une ARN polymérase ARN dépendante.
Quand la protéine VP4 (protéine virale) apparaît, c’est le signal qui signifie que le virion est prêt à
s’assembler. Puis la lyse cellulaire libère les virions. Cette lyse explique les ulcères, et la destruction
des épithéliums lorsque l’animal libère les virus.

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Il est important de remarquer que le cycle est extrêmement rapide (7 à 8 heures). Cette
rapidité de multiplication, ajoutée à la lyse des cellules et au fait que ces virus soient nus donc
résistants, explique que la fièvre aphteuse soit très contagieuse. Après guérison, des séquelles
subsistent.
Lors de cultures, si on suspecte ce type de virus il faut regarder les boites toutes les 2 à 3 h car
comme le cycle est rapide, si on attend trop longtemps tout le tapis cellulaire sera lysé et on ne
verra plus rien.

Figure 6 : Cycle des Picornaviridae (ex : virus de la fièvre aphteuse, Aphtovirus)

VP = viral protein

2) Les virus à ARN- (Maladie de Newcastle)

On prend ici l’exemple d'un Paramyxoviridé. L'un d'entre eux est responsable de la maladie
de Newcastle (Avulavirus) ou pseudo peste aviaire, qui est très contagieuse et entraîne 90% de
mortalité dans un poulailler. C’est un virus enveloppé.
La reconnaissance de la cellule par le virus se fait par des récepteurs cellulaires
mucoprotéiques, qui sont généralement des molécules d’acide sialique et qui interagissent avec les
glycoprotéines virales, puis avant la fusion de l'enveloppe virale et de la membrane plasmique.
Après décapsidation du virus, l’ARN- est libéré, mais la cellule ne comprend pas encore le message :
il est ensuite transformé en ARN+ par une transcriptase intégrée d’origine virale.
Le cycle se réalise ensuite de la même manière que précédemment, avec reformation d’ARN-
à partir de l’ARN+, puis la libération se fait par bourgeonnement donnant un virus enveloppé. Les
glycoprotéines de surface du virus se positionnent dans la membrane plasmique. Ces glycoprotéines

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sont pour la plupart des molécules permettant la fusion de deux membranes. Il arrive alors parfois
qu’une cellule infectée fusionne avec sa voisine. Il se forme ainsi des syncytia : le virus est qualifié
de virus syncytiogène. Le fait de posséder une enveloppe issue de la membrane plasmique de la
cellule hôte permet au virus de se protéger contre le système immunitaire de l’hôte. De plus, cela
rend l’identification du virus plus difficile : il faudra rechercher les glycoprotéines de surface.
La durée du cycle est plus longue et s’étend sur 10 à 20 heures (in vitro). Après la guérison,
il n’y a pas de séquelles.

Figure 7 : Multiplication d’un virus à ARN-

Il existe des particularités :


 Les Orthomyxoviridés (=Influenza virus), responsables des grippes humaines et animales,
possèdent un génome segmenté en 7 ou 8 segments. Plus les segments sont nombreux, plus
les virus sont virulents. Des associations aléatoires entre segments de deux espèces
différentes parasitant une même cellule peuvent se réaliser au cours de l'assemblage : on
parle de réassortants. C’est le cas chez certains virus affectant les porcs : on peut avoir des
segments de porc et de poule dans une même cellule par exemple. Ces derniers sont donc
sensibles aux grippes aviaire et humaine. Ces virus sont responsables de pandémies
(diffusion large et traçante). De plus les protéines de surface sont en perpétuelle évolution,
et des mutations du génome viral peuvent se produire. Il faut donc isoler de nouvelles
souches virales à la fin de chaque épidémie pour obtenir une vaccination efficace contre la
prochaine grippe.

 Les Réoviridés (FCO, peste équine), virus nus, possèdent un ARN double brin, segmenté, sont
à double capside et ne possèdent pas d’enveloppe. Après décapsidation partielle, une ARN
polymérase intégrée va transcrire activement l’ARN- génomique en ARN+ servant à la
traduction et à la réplication du génome viral. Le cycle très rapide. Ils sont responsables de la
peste équine et de la fièvre catarrhale ovine.

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3) Les rétrovirus (Lentivirus : FIV, BIV, HIV + Oncornavirus FELV, BELV)

Le Rétrovirus est un virus enveloppé. Le virus bascule à l'intérieur de la cellule après


reconnaissance d'un récepteur spécifique (GP120 correspond à une glycoprotéine du virus du sida
du chat (FIV).) ; la rétrotranscriptase = transcriptase inverse véhiculée par le virus récupère l'ARN+
pour en faire un proADN qui possède à ses extrémités des régions LTR (Long Terminal Repeat).
L'intégrase assure l'intégration du proADN dans le génome de la cellule hôte. Une phase de latence
particulièrement longue s’installe alors (rétrovirus : si pour le Sarcome de Rous la maladie est
fulgurante, cela peut prendre des années, quelques semaines à quelques années, voire plus de 10
ans !).
Après réactivation du virus, le génome viral est transcrit en ARNm à son tour traduit en
protéines de la capside (gène GAG), de l’enveloppe (gène Env), en ARN polymérases (gène Pol) et en
intégrases et protéases qui sont des petites protéines secondaires pouvant être des cibles
médicamenteuses. Le virus est ensuite assemblé puis libéré par bourgeonnement.
La latence est une signature des rétrovirus. On peut bloquer le cycle à chaque étape par
utilisation d’analogues des nucléotides rendant non fonctionnelle la protéine à laquelle ils sont
intégrés (avec souvent également des effets néfastes sur la cellule hôte ...).
A la suite d'une phase de latence, la cellule peut se transformer, et initier des cancers
comme des leucoses (=prolifération des leucocytes, en relation avec des tumeurs ganglionnaires,
lymphomes ...) (Virus Leucémogène Félin ou FeLV, Rétroviridés, Oncornavirus).

Figure 8 : Multiplication d’un Rétrovirus

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4) Conséquences des différences de cycles de réplication sur la classification
des virus (à connaitre parfaitement !)

Ces différents cycles ont permis d’établir une nouvelle classification : la classification de
Baltimore. Elle est divisée en 6 groupes :

 Groupe I : virus à ADN bicaténaire : Herpesviridés, Adénoviridés, Poxviridés.


 Groupe II : virus à ADN monocaténaire : Parvoviridés.
 Groupe III : virus à ARN bicaténaire : Réoviridés.
 Groupe IV : virus à ARN+ monocaténaire infectieux : Picornaviridés, Togaviridés, Aphtovirus
c'est un Picornaviridé ; directement traduits, donc prolifération très rapide.
 Groupe V : virus à ARN- monocaténaire : Paramyxoviridés c'est un Myxoviridé,
Rhabdoviridés, Myxoviridés ; la latence est plus longue pour les ARN-.
 Groupe VI : virus à ARN+ monocaténaire avec RT : Rétroviridés.
 Le groupe VII a été découvert après la classification de Baltimore : virus à ADN bicaténaire,
dotés d'une ADNpol fonctionnant un peu comme une intégrase : les Hepadnaviridés insèrent
leur génome dans les hépatocytes et peuvent conduire à des phénomènes cancéreux.

Figure 9 : La classification de Baltimore

Remarque (dite en TP) : il y a différents moyens pour la culture des virus :


- In vivo (sur organisme vivant) : contraignant, cher, lent et règlementé (Cf. cours d’éthique sur
l’expérimentation animale).
- In ovo (sur oeuf embryonné, en général sur oeuf de poule) : c’est l’idéal. On peut vacciner 10
enfants avec un œuf mais il y a des inconvénients : certains sont allergiques à l’œuf et tous les virus
ne se cultivent pas sur œuf embryonné. Seuls les virus des oiseaux et certains humains sont
cultivables sur œuf. Toutefois, on peut « avianiser » des virus pour faciliter leur culture (on fait des

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passages aveugles : on fait des clonages et on essaie de cultiver les clones sur l’œuf embryonné, et
parfois au bout d’un certain temps ça marche).
- In vitro (sur tout type de cellules a priori), Cf. TP.

III. Les conséquences de la multiplication virale pour la cellule


A) La décapsidation

La décapsidation du virus est assurée par la cellule car le virus n’a pas les enzymes
nécessaires pour la réaliser : le virus met donc en place une stratégie pour que la cellule assure sa
décapsidation.
Un autre phénomène est associé à cette décapsidation : il y arrêt de la synthèse des protéines
cellulaires. La cellule engage son énergie dans la décapsidation. Mais, cet arrêt peut être plus ou
moins brutal.

B) Les effets cytopathiques ou cytopathogènes

Les effets cytopathiques sont aussi appelés effets cytopathogènes. Ces effets sont
consécutifs à la réplication du virus dans la cellule. On peut se servir de ces effets pour identifier de
façon indirecte ces virus, ils permettent en fait de deviner leur présence dans les cellules. Ils sont
utilisés pour le diagnostic sur des tissus infectés (via une biopsie) ou sur des cultures cellulaires
(histologie).

1) Les virus à ADN

Pour les virus à ADN, les effets cytopathiques sont sous forme de lésions nucléaires
(corps à inclusion intranucléaire) SAUF pour les Poxvirus (intracytosolique).

 Les Poxviridés sont des virus à ADN à capside complexe et enveloppe dont la réplication se
fait au niveau du cytosol. Les effets cytopathiques sont alors sous forme d’inclusions au
niveau du cytosol, ces inclusions étant des mélanges de protéines cellulaires et de protéines
du virus en cours de synthèse. Ils provoquent aussi la fusion de cellules formant ainsi des
syncytia.

On utilisera des colorations de type MGG (May-Gründwald-Giemsa) pour différencier les


corps d'inclusion basophiles (bleus) et éosinophiles (roses).

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Figure 10 : Effets cytopathiques des Poxvirus

Sur l’image précédente (Figure 10) :


- les flèches indiquent une rétraction de la cellule
- La cellule possède trois noyaux, ce qui est suspect : cela signifie que le virus a la capacité
de générer un syncytium (pouvant compter jusqu’à 30 noyaux). Les noyaux ne sont pas
affectés par le virus, ils sont intacts.
- au niveau du cytosol, se trouvent des corps d’inclusions roses qui sont donc éosinophiles
et des corps d’inclusions bleus qui sont basophiles : il s’agit d’inclusions intra
cytoplasmiques éosinophiles et basophiles.
D’après tous ces éléments, nous pouvons conclure que le virus qui a infecté cette cellule
appartient à la famille des Poxviridae (virus responsable de la variole humaine et animale). Il
possède tout le matériel génétique pour assurer sa réplication dès son entrée dans la cellule.

Pour les autres virus à ADN, les effets sont des lésions intranucléaires.

 Nous nous intéressons maintenant à l’Adénoviridé responsable de l’hépatite de Rubarth.


Lors de la présence de ce virus, le tapis cellulaire va être comme troué : ceci est dû aux fibres
toxiques portées par les pentons de la capside à la surface du virus nu. On remarque que les
lésions apparaissent au niveau du noyau et évoluent au cours de trois stades différents. On
a alors une structure en forme de ballon ou de « chou-fleur » qui est caractéristique des
Adénovirus et permet d’aider à l’identification.

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Figure 11 : Effets cytopathiques des adénovirus

 Les Herpesviridés sont des virus très nombreux : HSV1, HSV2, VZV (Aphaherpèsvirinae, virus
responsables de la varicelle et du zona), CMV (CytoMégalo Virus, (Bêtaherpèsvirinae) qui
provoque l’apparition de gros syncytia ou cellules géantes), le virus responsable de la
maladie d’Aujeszky ( Alphaherpèsvirinae) (principalement chez le porc avec des symptômes
qui peuvent être nerveux, respiratoire ou génitaux), virus responsable de la maladie du
Marek (Alphaherpèsvirinae) (principalement chez les oiseaux et qui a des effets
oncogéniques), IBR (Alphaherpèsvirinae) localisé au niveau de l’arbre respiratoire parfois
associé à IPV localisé au niveau génital.

Les glycoprotéines portées à la surface des herpèsviridés peuvent induire la formation d’un
syncytium, qui peut être énorme dans le cas des Cytomégalovirus (CMV). Ces Herpesvirus
entraînent une destruction cellulaire avec margination de la chromatine par la formation
d’inclusions acidophiles en cocarde ou en oeil d’oiseau. La chromatine périphérique et la formation
en œil d’oiseau oriente l’identification vers les Herpesviridés.

Figure 12 : Effets cytopathiques des


Herpetovirus

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2) Les virus à ARN

Pour les virus à ARN, les effets cytopathiques sont sous forme de lésions majoritairement
au niveau du cytosol.

 Les Orthomyxoviridés (grippes) et les Paramyxoviridés (maladie de Carré et peste, rougeole et


oreillons, Newcastle) sont des virus extrêmement syncitogènes. Contrairement aux syncitia
des Orthomyxovirus, les syncitia formés sont de très grande taille pour les Paramyxovirus,
avec jusqu’à 15 noyaux et des inclusions acidophiles intra cytoplasmiques à la périphérie du
cytosol de la cellule infectée. Ces inclusions forment de grosses plaques roses qui
n’affectent pas les noyaux. La maladie de Carré est diagnostiquée par la présence de corps
de Lentz.

 Quand ils sont mis en culture, les Picornaviridés (poliomyélite, fièvre aphteuse) sont à
l’origine de la disparition du tapis cellulaire en 6h. Auparavant, ce virus aura provoqué un
allongement de la cellule avec formation d’un corps d’inclusion énorme repoussant le noyau
hyper chromatique, déformé, rétracté et pycnotique (Se dit d'une cellule dont le noyau
présente des phénomènes de condensation de la chromatine) à la périphérie : on parle de
fantôme du noyau.

 Les Réoviridés, responsables de la peste équine, de la maladie de langue bleue chez les
moutons et de Gumboro (maladie trouvée chez les oiseaux et qui provoque une
immunodéficience chez les jeunes avec des lésions dans la bourse de Fabricius = bursite
infectieuse), est à l’origine de cellules dissociées, rares. Ces cellules vont posséder une
inclusion intra-cytoplasmique volumineuse semi-circulaire éosinophile englobant le noyau
sans en faire totalement le tour : aspect fréquent en « fer à cheval ».

On peut ainsi retrouver les effets des virus à ARN sur le schéma suivant :

Figure 13 : Effets cytopathiques des virus à ARN

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C) Les conséquences du cycle du virus sur la cellule et sur la
pathogénie des viroses : physiopathogénie

Etudier la latence des virus permet d'anticiper les conséquences sur la cellule infectée.
La période de latence peut-être plus ou moins courte :

 Latence extrêmement brève :


- Il s’agit en général de virus à ARN+ qui entraînent une lyse massive des cellules (contagiosité
importante) : ceci est souvent associé à des aphtes et à des ulcères et concerne des virus nus
résistants. C’est le cas de la fièvre aphteuse.
- Les virus à ARN double brin ont aussi une latence brève. C’est le cas des Réovirus
responsables de pestes équines et de la langue bleue. Ces virus provoquent des lésions
variables au sein des cellules.

 Latence variable :
- Rapide : c’est le cas du virus de la grippe qui sort de la cellule par un mécanisme de
bourgeonnement, ce qui permet l’absence de séquelles lors de la guérison.
- Longue : c’est le cas du virus de la rage (Rhabdovirus) qui possède un ARN- qui explique
cette longue latence. Ici, des lésions apparaissent sous forme d’agrégats, au niveau du
cerveau, appelés corps de Negri. Il s’agit donc d’une maladie à incubation très longue.
Les symptômes de a rage apparaissent à peu près 2 mois après la morsure : en effet le virus
doit atteindre les neurones, puis il commence à se répliquer avant de redescendre le long
des neurones pour provoquer des lésions.

 Latence très longue : c’est le cas des virus devant s’intégrer dans le génome, comme par
exemple les Rétrovirus. Ils possèdent une rétrotranscriptase et de l’ARN+. L’infection est dite
opportuniste. Ces virus ont des effets transformant sur la cellule. Ils reconnaissent des
cellules particulières à CD4. Quand il y a infection, le pouvoir de protection de l’individu
diminue considérablement. Les pathogénies provoquées par ces virus sont les leucoses,
lymphosarcome et une fréquence plus importante d’infections opportunistes. Les virus mis
en cause sont : FeLV, BeLV, FIV, BIV HIV, SIV ...

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Ainsi la latence est en liaison avec des lésions et une pathogénicité variables :

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


La Lutte antivirale

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Sommaire

I. Introduction

II. La chimiothérapie antivirale

A. Les virostatiques de la chimiothérapie antivirale


B. Les cibles de la chimiothérapie antivirale

1- lors de la phase de reconnaissance et attachement


2- lors de la pénétration
3- lors de la décapsidation
4- lors de la réplication
5- lors de la maturation

III. Les interférons

A. Mise en évidence et définition


B. Production des différents types d’IFN
C. Mode d’action des IFN

I. Introduction : Traitement des maladies virales

La majorité des infections d’origine virale sont bénignes. Moins de 1% des virus entrainent
des maladies graves. C’est contre ces virus qu’il faut trouver des solutions. C’est ce qu’on appelle la
« lutte antivirale ».

Définition « Antiviraux » : On appelle antiviraux l'ensemble des molécules de thérapie antivirale


et des substances d'origine biologique qui interfèrent avec la réplication, ce sont les interférons.

Le traitement des maladies virales dépend du comportement du virus impliqué. Ce


traitement est en conflit avec le caractère de parasite intracellulaire du virus : les virus sont des
parasites intracellulaires totaux, ils ont un impact sur les cellules, allant jusqu’à les lyser. Les
antiviraux utilisés doivent agir quand le virus se multiplie. Or à ce moment là, il est dans la cellule

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donc on risque de détruire en même temps la cellule hôte. C’est à cause de la lyse cellulaire que l’on
observe des effets secondaires.
La majorité des antiviraux ont donc un effet virostatique, c'est-à-dire qu’ils empêchent ou
ralentissent la réplication et facilitent l'action des lymphocytes T, mais ne sont pas virucides car ces
substances sont cytotoxiques. Les virucides sont utilisés pour décontaminer une étable, un
poulailler ou une table d'examen, mais jamais pour traiter un animal.

Il existe deux types d’antiviraux, à la base de la lutte antivirale :


- la chimiothérapie antivirale
- les interférons

La chimiothérapie antivirale regroupe les molécules chimiques synthétisées au laboratoire


avec une action directe sur la multiplication du virus alors que les interférons sont des molécules
naturelles intervenant dans la communication cellulaire et produites par les cellules en réaction à
la multiplication du virus.

II. La chimiothérapie antivirale

A. Les virostatiques de la chimiothérapie antivirale

Comme nous l’avons précisé l’utilisation des virucides est limitée car ils possèdent des effets
cytotoxiques. On utilise donc souvent des virostatiques.

Un certain nombre de notations ont été définies afin de caractériser les virostatiques, c'est-
à-dire la capacité d’une molécule à limiter la multiplication d’un virus :
 La DL50 est la dose moyenne infectante qu’il faut inoculer à une population animale pour que
50% des individus soient infectés
 Cytotoxicité : Elle se note CT50. C’est la quantité de produit nécessaire pour inhiber 50% des
fonctions vitales des cellules.
 L’index thérapeutique se définit par le rapport suivant :

Cytotoxicité du produit à 50% CT50


Index thérapeuthique = =
Dose infectante à 50% DL50

B. Les cibles de la chimiothérapie antivirale


Le cycle d’un virus se compose de 5 phases :
 La reconnaissance et l’attachement
 La pénétration et la décapsidation
 La réplication
 La maturation
 La libération

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Figure 1 : Etapes du cycle viral

A chaque étape correspond une cible particulière des virostatiques (entre parenthèses sur le
schéma).

1- Action sur la phase de reconnaissance et d’attachement

Il s'agit obtenir des molécules qui miment les virus et se fixent sur leurs récepteurs pour les
saturer. Mais il y a risque de choc anaphylactique (=réaction allergique exacerbée).
Ex : les CD4 se fixent sur les récepteurs du HIV : même si on utilise des CD4-like pour empêcher la
fixation du virus sur les CD4 on sait qu’il existe en fait d’autres récepteurs reconnus par le HIV, ce qui
rend l’action des CD4-like inutile.

2- Action sur la phase de pénétration et de décapsidation

 Les virus pénètrent dans la cellule via des endosomes dans lesquels s'installe un pH acide qui
permet la décapsidation du virus (cas du virus de la Grippe). Il existe des qui empêchent
l'acidification des endosomes en bloquant les canaux à protons des membranes : si l'on
augmente le pH on bloque l’entrée du virus.
Ex : l’Amantadine ou la Rimantadine bloquent la pénétration du virus de la grippe.

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 La décapsidation est réalisée par les enzymes cellulaires pour mettre le génome viral à
disposition, ces dernières peuvent également être bloquées par des substances
antagonistes. Mais souvent lorsque l’on intervient il est trop tard pour bloquer cette phase.
Ex : C’est le cas de Chalcone qui intervient dans le cycle des Rhinovirus (sous-groupe des
Picornaviridés, rhumes). Il est rarement utilisé car les rhumes sont considérés comme bénins. Ou
encore Arildone qui bloque les Entérovirus (également un sous-groupe des Picornaviridsé,
polyomyélite).

3- Action sur la phase de réplication

La cible des antiviraux est dans la plupart des cas les ADN polymérases. Les substances
utilisées sont des nucléosides modifiés (triphosphorylés) ajoutés à la nourriture de l'animal qui sont
intégrés et qui bloquent l’élongation de la chaîne d’ADN, en bloquant l’ADN polymérase. Mais on
risque aussi d’affecter l’ADN cellulaire, d’où des risques d’effets secondaires importants (effets
cytotoxiques) sauf dans le cas des antiviraux traitant les herpès.
Il a été découvert que l’inhibition de l'ADN polymérase virale a des répercussions sur l’ADN
polymérase cellulaire. Cette répercussion néfaste a été contournée afin de réaliser des antiviraux
anti-herpétiques, donnant lieu à des thérapies antivirales efficaces et atoxiques.
En effet, lorsque l’on utilise des nucléosides modifiés ils sont
incorporés autant par l’ADN polymérase virale que par celle de la cellule. Il NB : Cette
fallait donc trouver une molécule ayant une affinité plus importante pour méthode est plus
l’ADN polymérase virale. La cycloguanosine remplit ce rôle. Elle a besoin difficile à utiliser
d’être triphosphorylée par une kinase, pour être active, ensuite elle pour le blocage
entre dans le génome du virus et stoppe son cycle de réplication. Cette des ARN pol
molécule a 1000 fois plus d’effets sur l’ADN polymérase virale que sur
l’ADN polymérase cellulaire. La thymidine kinase virale est plus active sur la cycloguanosine que
les kinases cellulaires. Ainsi, ces antiviraux (acyclovir ou zovirax, ganciclovir) agissent
préférentiellement sur le virus et non sur la cellule, ce qui diminue les effets secondaires.

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4- Action sur la maturation

Des enzymes inhibent l’action des protéases


virales. Le Saquinavir est utilisé dans ce but dans le
traitement contre les HIV. En effet ces molécules
empêchent le clivage de la grande protéine virale avant
son clivage en diverses protéines servant à constituer
l’enveloppe et les protéines virales : le virus ne peut pas
s’assembler.

5- Action sur la libération

Les particules virales des virus enveloppés en bourgeonnement sont liées entre elles et à la
membrane cellulaire par des molécules d’acide sialique. La neuraminidase trouvée à la surface des
influenza virus (Orthomyxovirus) permet la libération des virus par hydrolyse de la liaison acide
sialique-hémagglutinine. En bloquant la neuraminidase, on empêche la sortie du virus à l’extérieur
de la cellule (Cf. Viro-01 virologie générale).

L’action la plus efficace de la chimiothérapie est d’empêcher la réplication virale.

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III. Les interférons (IFN)

A. Mise en évidence et définition


Précédemment, a été abordé le cas des interférons. Ils ont été mis en évidence par ISAACS
et LINDENMANN en 1957 :

 Protocole expérimental : Injection d’un virus grippal vivant et inactivé dans un œuf
embryonné. Puis récupération par centrifugation du surnageant de l’œuf dans lequel se
trouvait le virus, et inoculation à un deuxième œuf infecté par le même virus ou par un
différent.

 Observations : Aucune multiplication virale n’est détectée ou alors celle-ci est très réduite.

 Interprétations : Le surnageant contient une substance soluble qui inhibe ou réduit la


multiplication virale.

Ces substances naturelles produites par certaines cellules et agissant sur d’autres ont été
désignées comme appartenant au groupe des interleukines et ont été nommées interférons car
elles interféraient avec le virus.

Si on inocule un virus différent du premier au second œuf, il n'y a pas de multiplication


virale, ce qui montre que les interférons ne sont pas spécifiques des virus qu’ils inhibent. Par
contre, si on remplace le second œuf par un œuf d'une espèce différente de la première, il y a
multiplication virale car les interférons sont spécifiques d'une espèce donnée.

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Les interférons (IFN) sont en fait définis comme constituant un ensemble de glycoprotéines
conférant aux cellules un état de résistance à une infection virale et inhibant la multiplication
virale.
Ces molécules sont de 4 types : IFN α, IFN β, IFN γ, et IFN Ω. Elles font partie des moyens de
défense non spécifiques (pas que pour les virus), mis en œuvre rapidement par l’organisme en
réponse à une induction, par exemple par un virus. Les interférons sont codés par le chromosome
cellulaire et restent spécifiques de l’espèce productrice : les interférons bovins ne protègent ainsi
que les bovins MAIS CONTRE UNE GRANDE VARIETE DE VIRUS (pas de spécificité de virus).

B. Production des différents types d’interférons

Les IFN α, β et Ω sont des interférons de classe I et les IFN γ des interférons de classe II. Ces
classes sont définies par l’existence de récepteurs spécifiques au niveau des cellules (en réponse à
différents agents). Les interférons sont synthétisés par les cellules infectées par un virus, au
moment où le gène de ce dernier est sous forme bicaténaire (pour le cas des virus à ARN). Cf. III- C.
mode d’action des IFN.

(Et IFN Ω)

Figure 2 : Production des différents types d’interférons

Il existe différent types de virus inducteurs de la production d’interférons. Ils sont classés en
3 catégories :

 Virus vélogène : Virus très virulent (= capacité à se multiplier très rapidement - "véloce" -).
Ils induisent une faible production d’IFN car la cellule n’a pas le temps de répondre à la
stimulation.
Ex : Herpetovirus

 Virus mésogène : Virus à vitesse de multiplication intermédiaire. Ils peuvent être utilisés
pour la fabrication de vaccins.

 Virus lentogène : Ce sont des mutants de virus vélogènes qui se multiplient lentement et
induisent une forte production d’IFN (car la cellule a le temps de réagir). Ils sont ainsi
intéressants pour la production de vaccins thérapeutiques. Ce type de vaccin est utilisé
contre la rage.

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Remarque : ne pas confondre virulence et facteurs de pathogénicité :
Virulence= liée à la vitesse de multiplication des virus
Pathogénicité= liée à la « dangerosité » des virus (symptômes plus ou moins graves …)

C. Mode d’action des IFN

Pour expliquer le mode d’action des IFN, on va étudier l’exemple d’un virus lentogène où la
production d’IFN est effective. On peut prendre l’exemple du virus responsable de la maladie de
Newcastle (Paramyxoviridés, Avulavirus, virus enveloppé à ARN-) :
Ce Paramyxovirus possède un ARN monocaténaire, qui au cours de la réplication passe par
un stade bicaténaire qui inactive un répresseur naturel des IFN au niveau du génome de la cellule
infectée, permettant à celle-ci de produire des IFN. On les retrouve dans le surnageant.
ATTENTION les IFN n’agissent pas directement sur les virus.
Ils se fixent sur des récepteurs de la membrane plasmique des cellules, et provoquent la
synthèse de protéines à action antivirale (PAV).

Ces PAV sont réparties en 2 classes avec des voies d’action différentes :

o Les PAV de classe 1 : elles entraînent une polymérisation d'ATP et l'activation d’une
ribonucléase qui dégrade l’ARN viral.

o Les PAV de classe 2 : elles entraînent la phosphorylation de protéines kinases qui


induisent un arrêt des synthèses de protéines virales, donc plus de réplication du virus.

Pour résumer sur les IFN

Ils sont :
 Solubles
 Spécifiques du type cellulaire (Ex : l’utilisation des interférons α ou β dépend seulement du
type cellulaire).
 Spécifiques de l'espèce
 Non spécifiques du virus inducteur mais à spectre antiviral large, ce qui peut sembler
paradoxal car en médecine ils ne sont pas utilisés pour traiter l'ensemble des maladies
virales.
 Résistants aux nucléases, aux pH acides (on peut les administrer par voie orale), à la chaleur
(1 h à 50°C)
 A demi-vie brève (il faut donc les administrer fréquemment).

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Ils ont pour fonctions :
 L'inhibition de la multiplication virale
 L'inhibition de la division cellulaire (rôle anticancéreux)
 Des modifications membranaires (antigènes du système HLA responsables de cytotoxines
cellulaires, microglobuline, Fc récepteurs).
 L’immuno-modulation (augmente la cytotoxicité cellulaire, et l'activité des natural killer et
des macrophages).
 Une fonction de cytokine (induit le Tumor Necrosis Factor (TNF α) qui agit à distance. Ils
augmentent la fièvre et agissent sur la nécrose des cellules tumorales (activité
anticancéreuse). Mais la destruction massive peut provoquer un choc endotoxique (et
augmenter le désordre).

En médecine vétérinaire, l’utilisation des interférons est plus limitée qu’en


médecine humaine. Les IFN les plus utilisés sont les IFN Ω (classe 1, équivalent de
l’IFN α chez l’homme). Ils sont utilisés pour la lutte contre la Parvovirose, le FIV et
les Coronavirus félines.
Cependant, les effets secondaires sont importants : symptômes pseudo-grippaux, nausée,
malaise. Ces effets secondaires expliquent le fait que les interférons ne soient pas utilisés
pour les maladies bénignes (varicelle...), ni chez les patients immunodéprimés.

Remarque:
Leur utilisation en médecine humaine est rare, mais on peut citer :
-interféron α : hépatite B et C, antiproliférative dans le cas de cancer, leucémies, sarcome de Kaposi (tumeur
liée à la présence d'un herpesvirus)
-interféron β : sclérose en plaque (désordre immunitaire)
-interféron γ : maladies où il y a diminution de l'activité antivirale de la cellule (granulomatose septique
classique).

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Les Prions

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Module : Microbiologie Générale

Sommaire

I. Qu’est ce qu’un prion ?

A. Définition
B. Historique de la découverte des prions
1. La période vétérinaire
2. La période d’émergence des premières ESST humaines
3. La dernière période de découverte

II. L’importance des prions

A. L’importance de l’étude des prions


B. Les encéphalopathies spongiformes humaines et animales
1. Les encéphalopathies spongiformes humaines
2. Les encéphalopathies spongiformes animales
a. Généralités
b. La tremblante du mouton
c. L’ESB chez les bovins
3. Caractéristiques communes des ESST chez l’homme et les animaux

III. L’agent responsable des ESST

A. Mise en évidence de l’agent


B. Origine du prion
C. Des éléments qui relient les deux formes de protéines
1. Mise en évidence de ces éléments
2. Les voies de biogénèse des prions infectieux
D. Modèle du prion
E. L’action d’agents physiques et chimiques contre les prions

Le prof est passé hyper vite sur ce chapitre, nous avons donc essayé d’aller à l’essentiel. Il a
notamment zappé une partie sur la santé publique et sur le contrôle des ESST.

Donc pour informations complémentaires, regardez le cours des RHX !

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Module : Microbiologie Générale

Jusqu’à présent, dans les premiers cours, nous nous sommes intéressés aux virus classiques.
Cependant, il existe d’autres particules très petites qui ne répondent pas aux antibiotiques et qui
sont traditionnellement enseignées avec les virus : il s’agit des prions. Ils n’ont cependant rien à voir
avec les virus en dehors de leur très petite taille.

I. Qu’est ce qu’un prion ?

A. Définition

Les prions sont des agents infectieux particuliers de nature protéique uniquement, capables
de provoquer chez l’homme et l’animal des affections neuro-dégénératives, inoculables et
incurables. Ils ne provoquent pas de production d’interférons ni d’inflammation. Ces affections
d’évolution lente, de nature infectieuse et/ou génétique sont désignées sous le terme générique
d’Encéphalopathies Spongiformes Subaiguës Transmissibles (ESST), et d’Agents Transmissibles Non
Conventionnels (ATNC).

 Ces maladies sont à évolution lente. Cependant, ces maladies sont à distinguer des maladies
classiques à évolution lente qui sont dues à des virus tels que les lentivirus (genre de la
famille des Retroviridae).

 Ces maladies sont caractérisées par l’aspect spongiforme du cerveau (cf p6) : en effet, il y a
atteinte quasi-exclusive du système nerveux central avec des disparitions de corps
neuronaux. Cette disparition laisse apparaître des trous appelés lésions de vacuolisation au
niveau du cerveau, ce qui lui donne un aspect d’éponge. Au niveau pathologique, on
constate une perte de mémoire, puis une dégradation progressive de toutes les fonctions.

 Les agents étiologiques, c'est-à-dire les agents à l’origine de ces maladies, sont des prions,
aussi qualifiés d’Agents de Transmission Non Conventionnels (ATNC). Cette notion d’ATNC a
été développée par un biologiste américain. Comme les biologistes conventionnels n’étaient
pas d’accord avec le fait qu’une seule protéine (le prion) puisse être infectieuse, cette
appellation a été choisie. Il existe donc à l'heure actuelle 2 hypothèses : soit la protéine, le
prion, est elle seule responsable de la maladie, soit il existe un agent supplémentaire dont
on ne connait pas la nature.

B. L’historique de la découverte des prions

Ces Agents de transmission Non Conventionnels ont été à l’origine de deux Prix Nobel.
Dans la découverte des ATNC, il y a eu trois périodes importantes : la période « vétérinaire
», puis la période d’émergence des premières ESST humaines et enfin une dernière période où est
apparue la première hypothèse sur la nature de l’ATNC (protéine infectieuse), avec l’épidémie de la
« vache folle » en grande Bretagne et les premières interrogations en Santé Publique.
Cet ATNC pourrait-il passer de l’animal à l’homme ? (D’où la crise de la filière viande).

1. La période vétérinaire
Depuis 1732, la tremblante du mouton était observée dans les populations animales.

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Module : Microbiologie Générale

En 1936, deux vétérinaires de l’ENVT ont fait des études sur cette maladie. Un des deux, Jean
Cuille, a fait la première description des lésions histologiques spongiformes. Le deuxième, Jean-
Paul Chelle, a été le premier à démontrer le caractère inoculable de cette maladie. Il a réussi à la
reproduire en injectant des broyats de cerveaux provenant d’animaux malades.
C’est ainsi qu’on a mis en évidence un nouveau concept : les Encéphalopathies
Spongiformes Transmissibles.

2. La période d’émergence des premières ESST humaines


En 1919-1920, ont été réalisées les premières descriptions de lésions chez l’homme. Ces
lésions ont été décrites par Hans Gerhard Creutzfeld et Alfons Maria Jakob : cela a donné la maladie
de CREUTZFELD-JAKOB, dont la description ressemble à la tremblante du mouton (= scrapie en
anglais).
En 1957, une pathologie a été découverte dans les tribus de Papouasie – Nouvelle-Guinée
par Carleton Gajdusek (Prix Nobel de médecine et de physiologie). Cette pathologie ne touchait que
les femmes (tremblantes) et les enfants (avaient du mal à se tenir debout). Or, dans ces tribus, on
consommait les morts ; les parties nobles (muscles) étaient réservées aux hommes et les parties les
moins nobles (viscères, abats, cerveau) étaient mangées par les femmes et les enfants. Il s’est donc
avéré que ces parties moins nobles transmettaient une maladie qui entraînait des tremblements,
qui a pris le nom de Kuru. Cette maladie est caractérisée par sa transmission et son aspect
spongieux. Elle a été éradiquée lorsque la tribu a arrêté le cannibalisme.

3. La dernière période de découverte


En 1982, Stanley Prusiner (Prix Nobel de médecine en 2006) fournit une première
hypothèse sur l’origine de l’agent responsable de cette maladie : il s’agirait d’agents uniquement
d’origine protéique.
C’est en 1986 qu’apparait pour la première fois cette maladie chez les bovins : au début, les
lésions ressemblaient à celles de la rage mais en absence de virus (et de corps de Negri). On s’est
alors demandé si cela ne pouvait pas être la même maladie que chez le mouton. C’est alors qu’est
apparue l’épidémie de la « vache folle » en Grande Bretagne fortement liée à l'utilisation de farines
animales ; en même temps que cette épidémie, sont apparues des craintes en Santé Publique.

II. L’importance des prions


A. L’importance de l’étude des prions
Tout d’abord, sur le plan médical, la nature exclusivement protéique de l’agent infectieux
soulève de nombreuses questions et craintes. En effet, tous les chercheurs ne sont pas d’accord et
certains pensant qu’il est impossible qu’une structure uniquement protéique puisse transmettre
une maladie.
Leur importance relève aussi de leur capacité de propagation à différentes espèces
animales : les prions ont été découverts sur des moutons puis sur de nombreuses autres espèces.
Ils induisent donc des maladies réputées contagieuses transmissibles à l'homme notamment par
ingestion.
De plus, chez l’homme, les caractéristiques de cette maladie soulignent toute l’importance
médicale qu’il faut attacher à ces agents :
 Maladie nerveuse associée à une déchéance mentale
 Evolution longue et lente
 Incurable

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Module : Microbiologie Générale

Ensuite, sur le plan économique, nous pouvons distinguer deux périodes :


 En 1986, en Grande-Bretagne, on découvre que le bovin peut être infecté et on détruit des
troupeaux entiers par principe de précaution.
 En 2002, cette crise est portée sur les écrans de télévision et est décrite dans tous les
médias. C’est le début de la crise de la filière « viande ».

B. Les encéphalopathies spongiformes humaines et animales (pas à savoir par


cœur pour l’exam !)

1. Les encéphalopathies spongiformes humaines


On trouve cinq types majeurs d’encéphalopathies :

 La maladie de Creutzfeld Jakob : Il s’agit d’une maladie rare à répartition mondiale mais qui
est à 80% sporadique, c'est-à-dire qu’elle peut apparaître sans prévenir, d’un seul coup,
sans même l’explication d’un contact avec l’agent infectieux. 5 à 15% des cas sont d’origine
génétique (donc possibilité pour la descendance d’avoir un jour la maladie) et aujourd’hui
moins de 1% d’entre eux sont iatrogènes, c'est-à-dire occasionnés par un traitement
médical. Elle se caractérise par un syndrome démentiel puis cérébelleux, une myoclonie
c'est-à-dire une contraction spontanée de l’ensemble des muscles, ainsi qu’une évolution
rapide (inférieure à 6 mois).

 Le Kuru : Elle a été découverte en 1957, en Papouasie car dans ce pays les tribus
pratiquaient le cannibalisme rituel. Elle se caractérise par un syndrome cérébelleux
progressif et des signes démentiels modérés et tardifs.

Le fait que ces maladies puissent contaminer un individu lors d’accidents iatrogènes donne
une indication sur la nature de l’agent :
 Il y a eu des cas de contamination par des hormones de croissance récupérées dans des
cerveaux atteints et administrées à des patients par voie intramusculaire : donc l’inoculation
de l’agent extrait est capable de provoquer la maladie (120 cas dans le monde dont 76 en
France).
 Le prion peut se transmettre par l’utilisation d’instruments chirurgicaux même si ceux-ci sont
stérilisés à 180°C donc une forte température ne parvient pas à inactiver l’agent infectieux
: il est très résistant.

2. Les encéphalopathies spongiformes animales


a. Généralités
On parle de la tremblante pour les moutons, chèvres et mouflons. Ces trois espèces sont
infectées par le même agent. Elle est décrite dès 1732 chez le mouton et au XXème siècle pour les
autres espèces citées.
Chez les bovins on parle de l’encéphalopathie spongiforme bovine ou ESB (1996). Elle est
aussi présente chez les ruminants exotiques de zoo (1986).
Les carnivores sont aussi atteints : on parle d’encéphalopathie spongiforme féline chez le
chat, puma et le guépard. Elle apparaît dans les années 1990.

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Module : Microbiologie Générale

Remarque : pour les lapins et les poules, on ne peut pas savoir si cette maladie existe car leur cycle
de vie est trop court.

Figure 1 : Lésions des ESB et du Kuru

b. La tremblante du mouton(RHX)

Cette maladie peut prendre deux formes chez le mouton :


 Une forme prurigineuse : on observe un prurit dorsolombaire avec une dépilation, et du grattage
(l’animal se gratte de manière très importante jusqu’à s’enlever toute la laine sur le dos et au niveau
des lombes), d’où son appellation « scrapie ».
 Une forme paralytique qui se traduit par une parésie (=pertes partielles des capacités motrices) de
l’arrière-train et une perte de coordination.

Lors de l’évolution de cette maladie, on observe une hyperesthésie, c'est-à-dire des troubles du
comportement (perte de l’instinct grégaire et peurs), des tremblements et une altération marquée de l’état
général. L’évolution est apyrétique (sans fièvre), sans rémission et l’animal meurt en 1 à 2 mois.
Si on isole les souches du prion et si on essaie de reproduire cette maladie chez la souris, on observe des
variations au niveau de la distribution des lésions dans le cerveau et de la durée d’incubation. On en déduit
qu’il existe plusieurs souches d’agent (au moins une 20aine de souches d’ATNC).

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c. L’ESB chez les bovins


Les animaux infectés sont adultes : ils sont âgés de 3 à 6 ans. Cette maladie se caractérise
par des troubles du comportement (prurit) se poursuivant par des troubles locomoteurs, une
hyperexcitabilité, une hyperesthésie et une altération marquée de l’état général.
L’évolution est apyrétique (= sans fièvre), sans rémission (=diminution temporaire de l'état
de maladie) et l’animal meurt en 15 jours à 6 mois.
Ces symptômes sont superposables à ceux de la rage donc il faut faire un diagnostic
différentiel. En effet, au bout de 15 jours, on peut avoir des doutes : il peut s’agir de la rage ou de
l’ESB mais au bout de 6 mois ça ne peut être que l’ESB. On a très peu de souches d’ATNC chez les
bovins.

3. Caractéristiques communes des ESST humaines et animales


Il s’agit de maladies neurodégénératives qui touchent presque exclusivement le système
nerveux. Elles sont transmissibles, se caractérisent par une longue durée d’incubation, par une
évolution lente mais toujours fatale. Il y a absence de réactions inflammatoire (ni anticorps, ni
fièvre) ce qui empêche de réaliser un diagnostic précis et direct. Les lésions histologiques sont de
type spongieux avec une dégénérescence vacuolaire des neurones. C’est une maladie incurable.
Il y a perte progressive de la mémoire au cours de la maladie.

III. L’agent responsable des ESST (Partie importante à savoir)


A. Mise en évidence de l’agent
Les travaux de Prusiner permettent de mieux comprendre la nature de l’agent et sa
transmissibilité. Il a cherché un modèle en laboratoire qui diminuerait le temps d’incubation. Il a mis
en évidence l’agent des ESST en 1982 et l’appela prion. Pour cela, il a étudié un mouton atteint de la
tremblante (« scrapie ») et a réalisé une infection expérimentale d’un hamster afin de limiter la
durée d'incubation (rendant ainsi possible l'étude du prion en laboratoire).

Figure 2 : Expérience de
Prusiner

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L’analyse d’extraits purifiés de cerveau du hamster a montré :


- L’existence d’un type de protéine résistant aux protéases et aux nucléases donc non
porteur d’information génétique.
- Que son inoculation permet de reproduire la maladie.
- Que cette protéine est présente dans toutes les ESST.
- Qu’elle est co-purifiée avec l’ATNC

Cela montre que le postulat de Koch est vérifié (qui établit une relation de cause à effet liant
un microbe et une maladie) : RAPPEL du postulat de Koch
1. Le micro-organisme doit pouvoir être isolé de l'organisme malade et cultivé in vitro.
2. On doit pouvoir reproduire la maladie qu’il induit en l’inoculant à un individu.
3. Tous les individus inoculés avec le même agent infectieux doivent présenter la maladie.

Prusiner émet donc l’hypothèse d’une protéine infectieuse qu’il nomme Proteinaceous
Infectious ONly particle (=PRION) et qui est extraite à partir d’un mouton « scrapie » d’où le nom
Prpsc (prion of scrapie).

B. Origine du prion

1. La première étape fut de se demander si la particule contenait de l’acide nucléique.


Cependant, après l'action de nucléases, le pouvoir infectieux est conservé : cette particule
est donc résistante aux nucléases et toute tentative de mise en évidence d’acide nucléique a
échoué. Cela suppose une origine autre pour la particule infectieuse qui serait alors une
protéine.

2. La seconde étape fut d’étudier la possibilité d’une existence endogène de cette particule et
donc de mettre en évidence des gènes correspondants : on fabrique la séquence
nucléotidique correspondant à la protéine, puis on produit une sonde d’acides nucléiques
correspondant au 15 acides aminés terminaux de la protéine ; on réalise ensuite une
hybridation sur des animaux sains et malades : le signal est positif dans les deux cas. Ceci
montre que le prion a une origine endogène. Le groupe de gènes codant pour la Prp c'est-à-
dire la protéine prion, chez tous les mammifères est le gène prn-p.

3. La troisième étape fut de localiser l'expression du gène dans l'organisme. Sur l’animal sain,
la protéine est ainsi présente au niveau du tissu nerveux, de la rate, des poumons, du coeur,
des nœuds lymphatiques, des reins, de l’utérus, des muscles striés squelettiques et de la
mamelle. De plus, elle est non pathogène car son inoculation chez un autre individu ne le
rend pas malade. On nomme cette protéine Prpc car il s’agit du prion d’origine cellulaire.
Cette protéine est sensible aux protéases. Chez les animaux malades, elle est abondante et
détectable dans le tissus nerveux et dans d’autres tissus de manière plus limitée. On nomme
cette protéine Prpc ou Prpres car cette protéine est résistante aux nucléases, aux protéases
et il s’agit de la même protéine que celle étudiée précédemment chez le mouton « scrapie ».
L’inoculation de Prpsc/Prpres chez un animal sain est capable d’induire la maladie : il s’agit
d’une maladie reproductible.

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Module : Microbiologie Générale

Pour résumer, on a chez tous les mammifères le gène prn-p qui code pour une protéine, le prion,
qui a deux formes de protéines :
 Une forme cellulaire sensible qui n’est pas pathogène et pourrait être un signal cellulaire
 Une forme résistante qui s’accumule dans le système nerveux et qui provoque la maladie.

Figure 3 : Deux formes de protéines produites par le gène Prn-p

C. Les éléments qui relient les deux formes de protéines

1. Mise en évidence de ces éléments


Pour découvrir les évènements conduisant à la forme résistante, Prusiner a fait une série
d’expériences.

 Mise en évidence du pouvoir infectieux de la protéine résistante et de la relation entre la


forme cellulaire et la forme résistante :
Il prélève du prion chez une souris malade et l’administre chez une souris saine. Cette
dernière meurt, il en extrait un grand nombre de prions qu’il ré administre chez une autre souris et
réalise ainsi n cycles. Puis, il étudie des souris dépourvues de prion, c'est-à-dire à qui on a enlevé
pendant l’embryogénèse le gène codant pour le prion (gène prn-p). Si on leur administre du prion
d’une souris malade, on constate que ces souris sont résistantes à la maladie. La présence du gène
normal donc du prion cellulaire Prpc est indispensable à l’infection, elle-même produite par des
prions résistants.

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Figure 4 : Mise en évidence du pouvoir infectieux par Prusiner

De plus il est possible de convertir in vitro Prpc en Prpres. La protéine Prpc est présente dans
les cellules nerveuses et va donner le prion pathogène, grâce à Prpres.

 Mise en évidence du pouvoir d’infection d’un prion pur recombinant :


On étudie deux protéines : une protéine normale avec une proline en position 102 (mutation
responsable de la maladie SGSS) et une anormale avec une leucine en position 102. On produit la
protéine anormale (issue d’une mutation) en grande quantité en l’introduisant dans Escherichia Coli
: on obtient la synthèse de prion recombinant (elle produit du prion pathogène). Ensuite, une souris
est infectée par le prion pur recombinant : elle produit du prion pathogène. On montre que ce prion
est infectieux.

Figure 5 : Mise en
évidence du pouvoir
d’infection d’un prion
pur recombinant

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Module : Microbiologie Générale

Une protéine pure peut donc avoir un pouvoir infectieux.

2. Les voies de biogénèse des prions infectieux

Il existe deux voies de biogénèse :


 Le prion pathogène exogène peut recruter du prion sain pour le transformer en prion
pathogène.
 Une mutation affecte spontanément le gène du prion cellulaire ce qui induit la production
de prion pathogène qui alors recrute du prion sain, etc.

Accumulation
de prions
résistants dans
le cerveau

Forme
pathogène

Figure 6 : Voies de biogénèse des prions

D. Modèle de protéine prion

Dans un premier temps nous allons comparer les structures primaires des prions cellulaires
et résistants, en prenant l’exemple du modèle ovin.

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Figure 7 : Structure primaire du prion

La protéine Prpc native possède une séquence de 253 acides aminés. En enlevant ses deux
extrémités, elle devient fonctionnelle et fait alors 208 aa.

Sur le schéma : H = hélice α, et SR correspond à une séquence pouvant être éliminée ou


insérée ailleurs (à l’origine du polymorphisme pathologique)

On observe :
- Des délétions de zones répétées. Les individus sont alors résistants.
- Des insertions. Les individus sont alors sensibles à l’infection.

Figure 8 : Polymorphisme du prion

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Des cristallographies ont été réalisées pour étudier la structure tertiaire de la protéine. On
constate que la protéine normale présente un repliement en hélice α et la protéine pathologique
un repliement en feuillet β. De plus, Les protéines en feuillet β imposent leur forme à celles ayant
des hélices α et leur confèrent ainsi une extrême résistance à l’action des enzymes de recyclage
cellulaire. Cela explique leur accumulation dans le corps des neurones.

Figure 9 : Structure des Prpres et Prpc étudiée par cristallographie

En élevage, on cherche alors à sélectionner les animaux les moins sensibles aux prions.

E. L’action d’agents physiques et chimiques contre les prions (à savoir)

 Le prion résiste à la chaleur sèche : si on le soumet à une chaleur de 360°C pendant une
heure, il reste contaminant. Sachant que les instruments médicaux sont stérilisés à 180°C, on
comprend pourquoi il y a eu des infections iatrogènes.
 La chaleur humide, appliquée entre 132°C et 136°C pendant au moins une heure sous
haute pression, provoque l’inactivation du prion. Or les autoclaves en microbiologie
fonctionnent à 120°C pendant ½ heure.
 Les radiations n’ont aucun effet (car résistance aux UV à 254 nm, résistance partielle aux UV
à 237 nm, et résistance aux rayons γ).
 Cet agent résiste à toute variation de pH, au formol et au chloroforme.
 Les hypochlorites (Javel), la soude et le périodate sodique à forte concentration sont les
seuls agents capables de détruire le prion.

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Module : Microbiologie Générale

Il s’agit donc d’un agent infectieux très résistant et c’est ce qui a posé de nombreux
problèmes. Les moyens habituels employés pour détruire bactéries et virus ne sont d’aucun effet
sur les prions !

Figure 10 : Tableau présentant l’action des agents chimiques

Ce qu’il faut retenir du concept et de la structure des prions infectieux :


Le prion infectieux est une petite (14 à 40 nm) protéine endogène modifiée, accumulée et
abondante au niveau du système nerveux central.
La structure en feuillet β leur confère des capacités exceptionnelles de résistance et une fonction
infectieuse.

Conclusion

Les prions ou Agents Transmissibles Non Conventionnels (ATNC) restent encore aujourd’hui
des agents infectieux mystérieux aux yeux des biologistes. Ce caractère mystérieux et la similitude
de l’agent de l’Encéphalopathies Spongiforme Subaigüe Transmissible Bovine et de certaines
Encéphalopathies Spongiformes Subaigües Transmissibles Humaines justifient les mesures prises
pour réduire l’incidence d’une maladie dont on ne connaît que très peu de choses.
Ils possèdent des propriétés spécifiques, notamment leur très grande résistance à de
nombreux facteurs comme la température sèche. Seules trois méthodes ont été détectées à ce jour
pour les combattre.

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Virus à ADN
Enveloppés Nus

Symétrie icosaédrique Symétrie complexe Symétrie icosaédrique



Herpèsviridae Infectious Bovine Rhinotracheitis

Alphaherpèsvirus HSV1-HSV2 Hépatite de rubarth
Poxviridae Varioles animales et
Maladie d’Aujeszky Adenoviridae
humaines
Bêtaherpèsvirus IPV Toux du chenil

Gammaherpèsvirus Virus d’Epstein-Barr

Hepadnaviridae
Hépatite B Papoviridae Verrues

Parvovirose canine

Panleucopénie Féline
Parvoviridae
= Typhus



Virus à ARN
Nus Enveloppés
Symétrie icosaédrique (toujours !) Symétrie hélicoïdale Symétrie cubique
Réoviridae Orthomyxoviridae Grippes Togaviridae Rubéole

Rotavirus Alphavirus Méningites
Orbivirus FCO – peste équine

Picornaviridae Paramyxoviridae Paragrippes Flaviridae

Aphtovirus Fièvre aphteuse Morbillivirus Maladie de Carré Pestvirus Peste porcine –
BVD
Enterovirus Polomyélite Respirovirus Border disease
Rougeole-Oreillons
Hepatovirus Hépatite A Rubulavirus Maladie de newcastle Hepaticivirus Hépatite C

Rhinovirus Rhumes Avulavirus Flavivirus Fièvre jaune

Henipavirus

Pneumovirus


Calciviridae Rhabdoviridae Retroviridae

Vesivirus Vésicules (chat) Lyssavirus Rage Lentivirus FIV-BIV-HIV
Lagovirus Fièvres hémorragiques
Hepatite E Like virus Vesicullovirus Oncornavirus BELV-FELV

Astrovirus Gastro-entérites


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Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

TP VIROLOGIE 1 ET 2

I. La mise en culture des virus


Il est nécessaire, pour pouvoir étudier les effets des virus sur les animaux, de les
cultiver. Au fil du temps, 3 techniques se sont différenciées : la culture in vivo, la culture in
ovo, et enfin la culture in vitro.

L'organe ou l'animal est alors réduit en un broyat que l'on met en suspension dans
une solution adéquate. Une centrifugation permet d'éliminer les fragments de tissus et on
recueille le surnageant qui contient en général une quantité importante de virus.

A) Culture sur animal (in vivo)


Le virus est directement inoculé à un animal. On peut utiliser une large gamme
d'animaux et de voies de contamination (intracérébrale, intramusculaire, par scarification
cutanée ...).

Actuellement, cette technique n'est utilisée que dans des cas limités (10 000€ par
singe de labo, ou même 2000€ par furet, en comptant 50 témoins et 50 infectés, ça fait cher)
: étude de la transmission des virus dont on ignore le réservoir ; vérification de l'innocuité (=
aspect non pathogène) et de l'efficacité d'un nouveau vaccin ...

B) Culture sur oeuf embryonné (in ovo)


air sac : chambre à air
shell : coquille
shell membrane : membrane coquillère

Cette méthode est toujours utilisée par


l'industrie pharmaceutique pour fabriquer les
vaccins antigrippaux.

Il s'agit d'une méthode facile à utiliser, peu


coûteuse. Le problème réside dans la gestion des
spectres d'hôte des virus : certains virus sont
impossibles à cultiver sur une espèce aviaire !

Selon les virus, l'inoculation sera réalisée


en un point variable : certains se développeront
mieux au niveau du chorion, d'autres dans la cavité amniotique ... Les virus de variole ("pox"
en anglais), de la rougeole ("measles"), de la maladie de Carré ("canine distemper"), la fièvre

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Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

aphteuse ("foot and mouth disease"), des grippes (aviaire, porcine, humaine ...) peuvent par
exemple être cultivés in ovo.

C) Culture cellulaire (in vitro)


On utilise des flacons de Roux (photo).
Attention au sens d'utilisation (intuitif mais tout de
même) : le bouchon doit être en position haute, autrement il y
a risque de fuite. La base fixe le tapis cellulaire.

1) Sur tapis continu


Un tapis cellulaire continu est constitué de cellules tumorales, qui peuvent donc se
multiplier sans limite. Actuellement, c'est interdit d'utiliser cette technique pour la
conception de vaccin : il peut toujours rester des cellules cancéreuses dans le vaccin, au
risque de contaminer l'animal.

2) Sur culture cellulaire


Le virus est cultivé sur des cellules saines mises spécialement en culture (c'est la
méthode réalisée en TP).

II. Trypsination, infection et mise en culture de cellules (TP 1)


A) Protocoles
cf ANNEXES 1 et 2 pour les protocoles

Quelques explications concernant le matériel biologique :


o Les cellules MDBK utilisées sont des cellules de rein de bovin (Mardin-Darby
Bovine Kidney).
o Les cellules véro utilisées correspondent à une lignée cellulaire fréquemment
utilisée. Elle fut isolée à partir de cellules épithéliales de rein extraites d'un singe
vert africain (vert -> véro)
o Le virus utilisé (pour mon groupe Ca en tout cas !) est le virus BHV (Bovine Herpès
Virus). Les herpès sont très spécifiques : celui-ci ne concerne QUE les bovins. Il
existe d'ailleurs 4 différents herpès bovins, impossibles à distinguer d'après leur
effet cytopathique. Pour savoir comment les distinguer, rendez-vous en A2 ! On
les appellera BHV1, BHV2, BHV3 et BHV4 (super original).
En virologie, la culture des virus s'avère souvent fastidieuse, voire impossible. Il
existe en effet peu de systèmes permissifs, aussi le choix des cellules cultivées est
très important. Chaque type cellulaire sera plus ou moins sensible à l'infection. En
France, il existe différents laboratoires du ministère de l'Agriculture, qui travaillent

2
Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

chacun sur quelques types de cultures, espèce par espèce. En Bretagne, on


retrouvera les espèces porcines et aviaires, vers Lyon les bovins, à Nice les petits
ruminants et les abeilles, des équidés ailleurs ... En revanche, pour ce qui est du
chien et du chat, il n'existe pas de laboratoire financé par le ministère de
l'Agriculture, ce sont donc des laboratoires privés comme Mérial ou Zoetis qui
mettent à disposition l'équipement nécessaire à l'étude des virus de carnivores
domestiques.

Quelques précautions lors de la manipulation afin de limiter les contaminations :


o On manipule sous PSM2, qui permet de maintenir le milieu stérile grâce à un
courant d'air évacuant les particules contaminantes vers le haut.
o Il est important de nettoyer la paillasse avant et après manipulation
o Les pipettes doivent être manipulées comme suit :
 Ouvrir l'emballage par le haut, à demi
 Fixer la poire, en tenant toujours la pipette par l'emballage
 Ne jamais toucher la pipette dans son tiers inférieur
 Ne pas poser la pipette sur la paillasse
 Faire attention à ne pas toucher quoi que ce soit avec la partie inférieure (la
blouse de protection, un flacon ...)

Quelques précautions générales :

 TOUJOURS demander si le virus est pathogène, pour l'Homme mais aussi pour vos
propres animaux, histoire de ne contaminer personne en rentrant à la maison
 ATTENTION AUX JOBS D'ETE proposés par les laboratoires. TOUJOURS demander s'il y
a des primates (souvent utilisés pour tester des prothèses humaines). Si oui,
demander s'ils sont exempts d'Herpès B. Une réponse valable sera soit qu'ils
proviennent d'une région du monde sans risque (le virus est surtout présent chez les
macaques d'Asie du Sud-Est et de l'Inde), soit que les tests sérologiques sont négatifs.
Sinon c'est aller directement à la mort : l'herpès B est une zoonose majeure,
transmise de façon directe (griffure, morsure mais aussi aérosols). Chez les primates,
le virus est à peu près l'équivalent du virus de la varicelle chez l'Homme : après une
première apparition sans gravité, il peut éventuellement être réactivé (comme pour
le zona). En revanche, si l'expérimentateur est infecté, une encéphalomyélite se
déclare, mortelle dans 99% des cas. Les 1% restants auront des séquelles graves et
resteront en chaise roulante ...

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Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

B) Résultats (TP 2 24h plus tard)

Petit rappel des manip :

① On a infecté un tapis cellulaire de cellules MDBK avec BHV

② On a infecté un tapis cellulaire de cellules MDBK trypsiné avec BHV

③ On a infecté un tapis cellulaire de cellules véro avec BHV

Les résultats obtenus :


Si un trouble apparaît, c'est que la culture a été contaminée (bactéries, levures ...).
On balance tout, et c'est pour ta pomme !
Donc je crois que comme tout le monde avait foiré sa culture (le milieu de croissance
devait être déjà contaminé, et oui, c'est ça de passer en dernier !) on est partis sur le virus
d'Aujeszky. Ce virus est à la base un virus porcin, qui va causer des avortements chez les
truies, des malformations des porcelets, qui n'engraissent pas etc : il possède une grande
importance économique. Ce virus échappe à l'électivité zoologique : il peut également
toucher les bovins, que l'on retrouvera près des barrières de leurs enclos à se gratter
pendant 2-3 jours, avant de mourir. Il peut également infecter les chats, déclenchant un
prurit violent, souvent au niveau du cou : le chat se gratte avec ses pattes postérieures, et se
griffe le cou très profondément.

On a (normalement) comme résultats :

① Effet cytopathique : les cellules meurent et se détachent les unes des autres en se
rétractant, laissant des lacunes.
② 3 évolutions différentes : soit le tapis cellulaire se reforme, soit il y a un effet
cytopathique, soit le tapis est purement et simplement détruit. A l'échelle de l'individu, tout
dépend de la virulence du virus inoculé, de la perméabilité des barrières physiologiques
(paroi placentaire pour Aujeszki), de l'âge de l'infection (stade foetus ...).
③ Aucun effet cytopathique : le virus BHV n'infecte pas les cellules de singe !

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Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

III. Détermination du titre d'une suspension virale (TP 2)


A) Protocole
Si l'expérimentateur souhaite avoir une
échelle d'effets cytopathiques, il est nécessaire de
lui fournir différentes concentrations en virus.
On fait généralement une dilution allant de
10 en 10 (raison de la suite crée R=10) dans les
cupules d’une microplaque stérile. Une cupule ne
contenant que des cellules (=témoin) est
également préparée.

On cherche la dilution virale pour laquelle


50% des cellules meurent par effet cytopathogène.

B) Explications des calculs et quelques exemples

Il s'agit de compter les cupules où les cellules sont mortes/vivantes. Il faut


d'abord rechercher les deux dilutions (lignes) au niveau desquelles environ 50% des cellules
sont mortes. Sur l'exemple 1 (voir page 6), cela correspond à la ligne L1 (3/5 des cellules sont
mortes) et à la ligne L2 (1/5 des cellules sont mortes).

LIGNE SUPERIEURE L1 :

A= nombre de cupules "mortes" + cupules "mortes" des doses moins fortes (car ils
seraient morts aussi avec la dose supérieure)

B= nombre de cupules "vivantes" + cupules "vivantes" des doses plus fortes (car ils
seraient restés vivants avec la dose inférieure)

LIGNE INFERIEURE L2:

C = nombre de cupules "mortes" + cupules "mortes" des doses moins fortes

D= "vivantes" + cupules "vivantes" des doses plus fortes

R correspond comme nous l'avons vu au coefficient de dilution ; il vaut presque tout le


temps 10. Donc log(R) vaut 1.

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Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

-(4+1/6)

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Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

Et pour parler un peu des aléas expérimentaux ...

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