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2020

MICROBIOLOGIE
VETERINAIRE
COMBINAISON (S5+ S7+S7+ S8 )
Toute la microbiologie vétérinaire en un seul document
(S5 - Microbiologie générale+ S7 - Virologie médicale + S7 - Bactériologie
médicale et antimicrobiens (partie 1) + S8 - Bactériologie médicale et
antimicrobiens (partie 2) )

DZVET 360
2020

Unité
d'Enseignement
Microbiologie
Générale
1ère Année S5

DZVET 360
‫القرآن‬ ‫‪‬‬

‫األذكار‬ ‫‪‬‬

‫تالوة‬ ‫‪‬‬

‫الحديث‬ ‫‪‬‬

‫مواقيت الصالة‬ ‫‪‬‬


‫تطبيق إسالم بوك ‪Islambook‬‬

‫تسابيح‬ ‫أذكار بعد الصالة‬ ‫أذكار المساء‬ ‫أذكار الصباح‬

‫جوامع الدعاء‬ ‫أذكار الصالة‬ ‫أذكار االستيقاظ‬ ‫أذكار النوم‬

‫أذكار متفرقة‬ ‫أدعية األنبياء‬ ‫األدعية القرآنية‬ ‫أدعية نبوية‬

‫أذكار المنزل‬ ‫أذكار الوضوء‬ ‫أذكار المسجد‬ ‫أذكار اآلذان‬

‫دعاء ختم القرآن الكريم‬ ‫أذكار الحج والعمرة‬ ‫أذكار الطعام‬ ‫أذكار الخالء‬

‫فضل القرآن‬ ‫فضل السور‬ ‫فضل الذكر‬ ‫فضل الدعاء‬

‫القرآن‬ ‫الرقية الشرعية‬


‫ُّ‬ ‫أدعية للم ّيت‬ ‫أسماء هللا الحسنى‬
UE : S5 - MICROBIOLOGIE GENERALE

OBJECTIFS D'ENSEIGNEMENT

Acquisition des connaissances fondamentales de base nécessaires à la


compréhension de la pathogénie et au contrôle des maladies
infectieuses

SOMMAIRE

1. Bactériologie - CM 1 à 3 - La structure bactérienne


2. Bactériologie - CM 3 - Physiologie bactérienne
3. Bactériologie - CM 4 à 5 - La taxinomie Bactérienne
4. Bactériologie - CM 6 - Génétique bactérienne
5. Bactériologie - CM 7 à 9 - Pouvoir pathogène des bactéries
6. Bactériologie - TD 1 - structure des eubactéries
7. Bactériologie - TD 2 - physiologie bactérienne
8. Bactériologie - TD 3 - Génétique Bactérienne
9. Bactériologie - TD 4 -Diagnostic Bactérien
10. Bactériologie - TP 1-2p - Isolement et identification d’une souche
bactérienne dans un contexte diagnostic
11. Virologie - CM 1-2-3-4-5p - Virologie générale
12. Virologie - CM 5-6p - Multiplication virale
13. Virologie - CM 6p - lutte antivirale
14. Virologie - CM 7p - Prions
15. Virologie - Fiche classification des virus
16. Virologie - TP 1-2
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


Module : Microbiologie Générale

LA STRUCTURE BACTERIENNE
I - Généralités
A- Différences entre Procaryotes et Eucaryotes
B- Morphologie des Eubactéries

II – Détail des éléments essentiels des Eubactéries


A- Le chromosome bactérien
B- Le cytoplasme
C- La membrane plasmique
D- La paroi bactérienne

III- Détail des éléments additionnels des Eubactéries


A- Les plasmides
B- Le glycocalyx
C- Les couches S
D- Les pili et fimbriae
E- Les flagelles
F- L’ endospore bactérienne

Cette information n’est pas dans le cours de la prof mais vous empêchera de
faire des confusions ou de vous payer la honte face à un microbiologiste

Une remarque particulière faite par la pro

Une confusion ou un rapprochement à ne pas faire

P Un passage déjà dans les annales ou cité par la prof comme pouvant tomber
! Cela ne veut pas dire que le reste ne tombera pas… Watch out !
Introduction :
La microbiologie est l’étude des micro-organismes (leur structure, leur
physiologie…). Ce sont des organismes trop petits pour être vus à l’œil nu :
le microscope est obligatoire. Ex : Bactéries, virus, certains champignons,
protozoaires.
Avant la découverte des Protistes (organismes unicellulaires), le
monde vivant était divisé en deux catégories : le règne animal et le
règne végétal.

2 Empires et 6 règnes

Mais de nouvelles formes de vie ayant à la fois des caractères d’animaux et


de végétaux ont été découvertes. Ces micro-organismes ont été regroupés dans le
REGNE DES PROTISTES.
Il existe une très grande variété de protistes, on distingue :

o Les Protistes eucaryotes (algues vertes)


o Les Protistes procaryotes (eubactéries, cyanobactéries =
algues bleu-vert aquatiques réalisant la photosynthèse).

Remarque : « Pro » signifie « primaire » donc les procaryotes


seraient apparus avant les eucaryotes.

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I- Généralités
A- Différences entre procaryotes et eucaryotes

Il faut retenir qu’il existe 4 différences morphologiques et 1 physiologique :

1-Les Protistes procaryotes


1. Nucléoïde (un chromosome, sans histones)

2. Cytoplasme dépourvu d’organites

3. Membrane plasmique

4. Paroi complexe, stable, constituée


d’un peptidoglycane
Temps de génération :
- 20 min pour E. coli
- 1 000 minutes pour
Mycobacterium tuberculosis
* Division cellulaire par scissiparité (asexuée) :à partir
d’une cellule mère, on obtient 2 cellules filles identiques. Il
faut environ 20 min pour obtenir une division, d’où une
croissance exponentielle des populations.

2-Les Protistes eucaryotes


1.Noyau vrai, avec une enveloppe, 2N chromosomes
diploïdes avec des histones

Mitochondrie

Reticulum Endoplasmique

Appareil de Golgi

Autres éléments :
2. Cytoplasme à organites (mitochondries, lysosomes, appareil de golgi, réticulum
endoplasmique)

3.Membrane plasmique et cytosquelette

4.Paroi facultative, variable, inconstante (cellulose ou chitine..)


*Division cellulaire par mitose (sexuée)

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B- Morphologie des Eubactéries
On distingue les Eubactéries ou « vraies bactéries », regroupent toutes les
bactéries (à l’exception des Archéobactéries), les mycoplasmes et les
cyanobactéries.
Les archéobactéries sont exclues car leur composition en ADN est différente.

Cyanobactéries Mycoplasmaagalactiae Salmonella Typhimurium

La plupart des Eubactéries vivent dans le sol, dans l’air et dans l’eau. De
nombreuses sont pathogènes (infections bactériennes), mais la majorité d’entre
elles sont inoffensives voire bénéfiques : beaucoup sont utilisées pour la
synthèse d’antibiotiques en médecine ! En effet, les bactéries synthétisent les
substances qui leur sont fatales, il s’agit d’un mécanisme de défense visant à
éliminer la concurrence.
Il existe également des bactéries commensales, vivant communément avec
l’organisme, indispensables à sa protection contre les bactéries pathogènes.
Ex RHL : Escherichia Coli, organisme vivant communément présent dans l’intestin,
largement utilisé en génie génétique est une eubactérie. Elle a un rôle de barrière et
aide à l’assimilation des aliments.
Remarque : il y a 10 fois plus de bactéries dans notre organisme que de nos propres
cellules.

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MORPHOLOGIE

La taille des Eubactéries varie entre 0.1-2 μm de diamètre et 2 – 8 μm de long


(nombreux morphotypes différents). Elles sont observables au microscope
photonique.
A L’ETAT FRAIS ON LES DEDUIT SEULEMENT grâce à la présence des
polynucléaires neutrophiles (PNN), présents sur le site pour phagocyter les
bactéries.
Cette observation nécessite une coloration et une fixation de l’échantillon à analyser.
On réalise d’abord une coloration simple (au bleu de méthylène par exemple)
donnant le « fond ». Avec cette méthode, on a une chance sur deux de les observer.
La coloration de différenciation est la coloration de Gram grâce à l’affinité des
parois pour les colorants. Elle permet de mettre en évidence les affinités tinctoriales
différentes (cf TP).
Principe de la coloration de Gram :
1- On réalise une première coloration à l'aide du violet de cristal et du lugol qui
vont colorer le cytoplasme des bactéries en violet
2- S'ensuit une étape de différenciation : on plonge les bactéries dans un solvant
polaire (alcool-acétone) ce qui a pour effet de décolorer le cytoplasme des bactéries
Gram -
3- Enfin, une dernière étape de coloration (Safranine) permet de colorer en rose
les bactéries Gram– (les Gram + sont toujours violettes)

Remarque : certaines bactéries comme les Spirochètes ont des parois particulières et
ne sont donc pas colorées par la coloration de Gram. On utilisera une autre méthode,
comme la coloration argentique ou l’immunofluorescence.

Coloration de Gram Coloration Argentique

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1- Les morphotypes : forme « ronde » ou coque
Attention les RHL : dire « coque » !
Les morphotypes donnent une orientation sur la nature de la bactérie lors d’une
infection (urinaire chez le chien par exemple).

80% des
bactéries
Ex : ont cette
Streptococcus forme.
Milleri Ex :
Staphylococcus
Aureus

Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Streptococcus milleri

2- Les morphotypes : forme cylindrique ou bacille

Cylindrique : extrémités arrondies


Bacille : extrémités carrées

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Remarque : le mode de groupement est important, car il est caractéristique de
certaines espèces. C’est un critère insuffisant pour la détermination, mais il permet
d’émettre des hypothèses et d’en rejeter d’autres.
Proteus mirabilis Pseudomonas aeruginosa

Bacillus cereus Brucella melitensis

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Corynebacterium diphtheriae Streptomyces

Vibrions cholerae

3- Les morphotypes : forme spiralée ou hélicoïdale


En tire-bouchon (ex :Borrelia burgdorferi), filamenteuse (ex : Campylobacter),
Spirochète (ex : Leptospira).

Borrelia burgdorferi
(cause la maladie de Lyme) Campylobacter - Leptospira
Remarque : Leptospira est une bactérie véhiculée par l’urine des rats. Elle est
responsable de la leptospirose et affecte les bovins, porcs, chiens, chevaux, …

II – Détail des éléments essentiels des Eubactéries


A l’origine, on pensait que les bactéries n’étaient qu’un sac rempli d’enzymes,
parce que le microscope optique ne permettait pas le détail (résolution insuffisante,
on ne distinguait qu’une forme grossière). On détaillera les 4 éléments essentiels
de la bactérie, présents systématiquement : son chromosome, son cytoplasme
(espace hydrogel riche en eau et ribosomes), sa membrane plasmique, sa paroi

(protection). ❤ ❤ ❤

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Eléments facultatifs : Glycocalyx, plasmide etc
NB : Les autres formes d’ADN à part le chromosome sont : plasmide, transposons,
bactériophages.

A- Le chromosome bactérien

Le chromosome est une molécule d’ADN bicaténaire ( = composé de 2


chaînes nucléotidiques avec complémentarité des bases), circulaire en
structure CCC (Cercle Covalent Clos) ; il est parfois linéaire (Borrelia, certaines
espèces de Streptomyces) mais c’est rare.
Sa structure est stabilisée par des protéines histone-like (attention, ce ne sont pas de
véritables histones).
C’est le support de l’information génétique nécessaire à la vie et à la
reproduction. La taille du génome bactérien peut être très variable selon les espèces
bactériennes, souvent entre : 0,5-1.106 paires de bases. Ex : E. Coli a 5,5.106 pb soit
5,5 Mpb codant pour 5400 protéines.
En général, il n’existe qu’un seul chromosome par bactérie, avec quelques
exceptions (Brucella : 2 chromosomes, Borrelia : 4 chromosomes).
Il constitue une unité de réplication autonome.
Il peut également exister du matériel génétique « supplémentaire » : des plasmides
(=ADN surnuméraire autonome non essentiel à la vie cellulaire), bactériophages
(=virus de bactérie) et transposons (=séquence autonome d’ADN, capable de se
déplacer dans le génome). Plasmides et bactériophages sont des réplicons, c’est-à-
dire qu’ils sont autonomes pour leur réplication (le chromosome bactérien est
également un réplicon).

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Le pourcentage en GC (GC%) permet d’évaluer la composition du
chromosome en bases azotées.

Formule : GC% = (G+C)*100/(A+T+G+C)

o Si la différence de GC% <3%, les bactéries appartiennent à la même espèce


o Si la différence de GC% >10%, elles appartiennent à 2 genres différents

Cette information a ses limites : deux bactéries peuvent avoir un GC% très
proche mais des séquences nucléotidiques très éloignées.
Par exemple, deux souches avec le même GC ne sont pas forcément les
mêmes.

La teneur en GC est variable selon les espèces bactériennes, elle est utilisée en
taxinomie.

B-Le cytoplasme
C’est un hydrogel colloïdal (= entre une suspension et une solution vraie) composé
d’eau, de sels minéraux et de ribosomes 70S avec deux sous unités : une petite qui
lit l’ARNm et décode l’information et une grosse qui synthétise la protéine
correspondante.

Il peut contenir des réserves qui seront utilisées en milieu défavorable. Ce sont
des inclusions ou des invaginations facultatives qui renferment des matières
organiques ou inorganiques :
- polysaccharides (amidon, glycogène) - lipides (neutres et esters d’AG à
longue chaîne)
- polyphosphates, soufre
- vacuoles à gaz (flottaison des bactéries en milieu aquatique)
- magnétosomes (sacs remplis de fer permettant à certaines bactéries de se
déplacer dans un champ magnétique). On retrouve ce dernier chez aquaspirillium.

Il n’y a pas d’organites chez les Procaryotes

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C- La membrane plasmique
C’est l’enveloppe qui enveloppe le cytoplasme. Seul le microscope électronique
permet d’approcher sa structure très mince (épaisseur 5-10nm).On retiendra qu’il
existe 3 catégories de composants :

o Des lipides (on dit que la membrane plasmique est trilamellaire, c’est-à-dire
composée de trois parties : hydrophile, hydrophobe, hydrophile)
o Deux types de protéines : intrinsèques (traversant entièrement la membrane) et
extrinsèques (liées de façon +/- faible aux lipides)
o Des composés glucidiques (adhérence, reconnaissance)
La membrane est donc une bicouche phospholipidique, à structure asymétrique dans
laquelle sont insérés glucides et protéines.

La membrane plasmique assure 3 grands rôles :

- Mise en forme et de protection du cytoplasme : elle forme le contour du


cytoplasme, d’autant plus important pour les cellules dépourvues de paroi
bactérienne
- Un rôle métabolique : respiration, photosynthèse, biosynthèse d’éléments
structuraux (constituants de la paroi, des pili)
- Une perméabilité sélective. Deux types de transports pour traverser la
membrane plasmique : par transport passif (sans énergie, dans le sens des
gradients électro-chimiques, par diffusion simple ou facilitée) ou bien par transport
actif (contre les gradients, ATP-dépendant). La sélectivité est basée sur la taille
des molécules, ainsi que leur hydrophobicité.

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Remarque : Les bactéries sont « astucieuses », elles sont capables de vivre dans
des milieux dilués ne fournissant pas toujours les nutriments dont elles ont besoin.
Elles peuvent avoir jusqu’à 3 systèmes de transport différents pour une seule
molécule, ce qui augmente beaucoup leur adaptabilité à l’environnement.

D- La paroi bactérienne

1. Il n’y a pas de paroi chez les Mycoplasmes (Eubactéries)


2. La paroi est atypique chez les Archéobactéries

La paroi est l’une des enveloppes de la bactérie, elle entoure le cytoplasme et sa


membrane. Elle est présente chez toutes les bactéries à l’exception des
mycoplasmes et quelques archéobactéries.

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C'est une structure rigide et résistante qui donne à la bactérie sa forme et la protège
des variations défavorables de l’environnement.
Sur la base de la coloration développée par Christian Gram en 1884, les bactéries se
divisent en deux groupes majeurs : Gram- ; Gram+ .

Escherichia Coli ( Gram -) Bacillus subtilis (Gram+ )


La paroi des bactéries Gram+ est épaisse (20 à 80nm) et homogène, celle des
Gram- est mince (10 à 15nm) et complexe.

1-Le peptidoglycane (murine)

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Ce peptidoglycane est constitué d’une partie glucidique N-Acétyl-
Glucosamine (NAG) associé à du N-Acétyl-Muramique (NAM)) reliés par des
liaisons osidiques beta et d’une partie peptidique de 4 aa (L-alanine, acide
glutamique, lysine, D-alanine) fixée sur le NAM au niveau de sa fonction acide
carboxylique.
Il forme le motif de base d’une trame resserrée, construite par formation
successive de ponts inter-peptdiques, qui aboutit à une structure en filet à maille 
forme l’épaisse couche de peptidoglycanes chez les Gram+. Il est commun aux
deux types de bactéries.
2 types acides : ❤ ❤
- Ceux qui traversent toute la couche de peptidoglycanes
- Ceux qui s’insèrent juste dans le feuillet de peptidoglycanes

2-La paroi des bactéries Gram + et Gram –

13/31
P


 La composition du LipoPolySaccharide des Gram - (LPS) : (savoir
redessiner)

14/31
Les variants pour la paroi des bactéries Gram+ sont :
- Protéine M des streptocoques
- Protéine A des staphylocoques
- Polysaccharide C des streptocoques

Lorsque le lipide A est libéré dans la circulation sanguine, il exerce son pouvoir
pathogène, son activité toxique est active, cette toxicité dépend de la quantité de
LPS libérée (si forte quantité : choc toxique).
Le core est une unité de sucre stable (unité glucidique) et présente chez toutes les
bactéries.
La parte variable est exposée à la surface des bactéries, elle a donc un rôle
d’antigène, ex : antigène O. Les variations sont une stratégie des bactéries pour
échapper au système immunitaire qui se défend. Il peut y avoir une inversion de
sucres ce qui lui permet d’échapper à l’action des anticorps et ne pas être reconnu.
Le type de LPS (lipolysaccharide) influe sur l’apparence des colonies
bactériennes :
o S’il est complet (lipide A + core + chaînes polyosidiques), les colonies sont
de type « Smooth » S ie lisses.
o S’il est incomplet (absence de chaînes latérales), les colonies sont de type «
Rough » R ie rugueuses.

4-Fonctions de la paroi bactérienne

a. Rôle d'exo-squelette

Il définit la forme de la bactérie.


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b. Protection
La membrane plasmique protège le milieu intracellulaire des variations de
pression osmotiques. En milieu hypotonique (de plus faible concentration à
l’extérieur qu’à l’intérieur de la cellule), une bactérie sans paroi éclate ; en milieu
hypertonique (concentration à l’extérieur beaucoup plus élevée qu’à l’intérieur de la
cellule), l’eau sort de la cellule, la bactérie se rétracte et la membrane se décolle de
la paroi et se déchire (plasmolyse).
Isotonique : il se passe rien, conservation de la forme sphéroide.

Elle permet également la résistance aux agents chimiques. Ex : lysozymes etc.

Mode d’action des lysozymes :

Les lysozymes sont des enzymes protéolytiques présentes dans les sécrétions
comme la salive, le lait ; ils constituent un moyen de défense pour l’hôte. Ils
s’attaquent à la bactérie au niveau du peptidoglycane.
Capables de briser les liaisons entre NAG et NAM du peptidoglycane, ils
provoquent la rupture de la paroi, qui aboutit à la lyse de la bactérie (en milieu
hypotonique car l’eau entre dans la bactérie, et la fait éclater).
Sans peptidoglycanes : moins de paroi bactérienne  pour Gram – il reste la mb
externe, pour Gram + il ne reste rien .
Les bactéries Gram – privées de leur paroi sont appelées sphéroplastes
(membrane plasmique + membrane externe) . Les bactéries Gram + privées de
leur paroi sont appelées protoplastes (que membrane plasmique).
Les formes L ne possèdent « naturellement » pas de paroi (ou quasi inexistante).
Elles sont souvent responsables d’infections : l’hôte ne peut reconnaître la bactérie
dépourvue d’antigènes pariétaux

Mode d’action des antibiotiques


Certains antibiotiques agissent directement au niveau de la paroi de
manière spécifique, c’est le cas des bêta-lactamines (pénicilline,
céphalosporines…) ; la paroi étant le support de certains anitbiotiques. Ils inhibent
la synthèse du peptidoglycane.
Les bactéries dépourvues de paroi cellulaire polymorphe peuvent être à l’origine
d’infections chroniques.
16/31
Cette synthèse se déroule en 3 étapes :
o Synthèse d’une sous-unité disaccharidique pentapeptide NAG-NAM+5aa dans le
cytoplasme
o Transport du disaccharide jusqu’à la membrane plasmique
o Maturation via une batterie d’enzymes :
- des glycotransférases de la paroi relient les unités osidiques entre elles
- des transpeptidases relient les différentes chaînes avec des ponts
peptidiques (structure en filet à mailles)
- des carboxypeptidases recoupent la chaîne pentapeptidique pour couper
ce dont on n’a pas besoin

Les bêta-lactamines saturent les transpeptidases donc il ne peut pas y avoir de


formatons de liaisons entre les différentes unités. La bactérie est alors dépourvue de
peptidoglycanes et éclate à la moindre pression osmotique.
La bacitracine bloque le transporteur.
On a donc une bactérie avec une forme sphérique soit en protoplaste soit en
sphéroplaste soit en forme L (dépourvu paroi bactérienne sans action antibiotiques).

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c.Perméabilité et échanges avec l’extérieur
La membrane permet le passage de nutriments et les échanges avec le milieu
extérieur.
Chez les Gram +, la paroi est très perméable, tandis que chez les Gram – la
membrane supplémentaire limite la perméabilité : diffusion passive à travers la
membrane externe des petites molécules hydrophiles via les porines.

d.Interactions avec l’hôte


Les molécules présentées à la surface de la bactérie (acides
teichoïques et lipoteichoïques pour les Gram +, chaînes polyosidiques du LPS
porteuses de l’Ag O pour les Gram -) peuvent jouer le rôle d’Ag. Chez les Gram -,
le lipide A du LPS des bactéries à Gram - est une toxine (= molécule provoquant des
dégâts tissulaires). Libérée dans la circulation sanguine, elle peut être à l’origine d’un
choc toxique.

5- Les parois cellulaires atypiques : 3 exemples

a. Les mycobactéries

Ces bactéries correspondent à des Gram+ avec des éléments


supplémentaires formant une barrière hydrophobe. Ces mycobactéries sont liées à la
Tuberculose (chez l’Homme et l’animal).
Cette surépaisseur empêche la pénétration des colorants acides et de l’alcool : elles
sont dites acido-alcoolo-résistantes ❤. Cette couche supplémentaire n’existe pas
chez les Gram+, elle est riche en lipides et acides gras et formera une barrière
hydrophobe pour les colorants classiques qu’on utilise pour la coloration de Gram
(c’est embêtant ! Il faudra donc faire appel à d’autres types de coloration). On peut
néanmoins les colorer grâce à la coloraton Ziehl-Neelsen (on utilise de la Fushine).
Elles apparaissent en rose-violet sur fond bleu.
Ex : c’est ainsi qu’on met en évidence la présence de la Tuberculose.

18/31
b.Les Mycoplasmes

N’ayant pas de paroi, ils sont résistants aux antibiotiques ciblant la


paroi mais certains antibiotiques sont actifs (tetracyclines par exemple). La
seule enveloppe qu’ils possèdent est la membrane plasmique contenant des
lipides appelés stérols.
Ils ne sont pas colorés par le Gram. Ce sont des procaryotes
polymorphes (forme ronde ou cylindrique), les plus petites bactéries capables de
croître et de se reproduire hors d’une cellule hôte vivante.
Ils sont résistants à la plupart des antibiotiques (agissant sur la paroi bactérienne). Ils
sont pathogènes (infections respiratoires et urogénitales) pour l’homme et l’animal et
sont largement retrouvés dans l’environnement.

Différentes formes pour


Mycoplasma agalactiae

19/31
b. Les Archéobactéries

Elles sont très diverses par leur structure, leur forme, leur taille. Ces
bactéries peuvent vivre dans des conditions extrêmes (très hautes températures,
acidité ou salinité importante…) ; aucune démonstration de leur pouvoir pathogène
n’a été faite. Elles sont extrêmement diverses (forme, structure, taille).
Les Gram + possèdent dans leur paroi une pseudomuréine : NAM
remplacé par un autre sucre (l’acide N acétyltalmosaminuronique).
Les Gram - possèdent une paroi inhabituelle composée de protéines ou
glycoprotéines (dépourvue de peptidoglycane et de membrane externe) ; elles
résistent aux antibiotiques classiques (pénicilline).
A ce jour aucune démonstration de leur pouvoir pathogène.

III- Détail des éléments additionnels (ou facultatifs) des


Eubactéries

A-Les plasmides

Ce sont des molécules d’ADN bicaténaire, circulaire (parfois hélicoïdal)


extra- chromosomique localisé dans le cytoplasme, de taille variable (3.103 à
4,5.105 pdb). Il peut exister plusieurs plasmides par bactérie ; généralement de
petits plasmides seront en nombre important tandis que les plasmides de grande
taille seront en nombre plus réduit.

20/31
Les gènes portés par les plasmides ne sont pas essentiels à la
bactérie, mais peuvent lui conférer un avantage sélectif de résistance (aux
antibiotiques, aux métaux lourds) ; de pathogénicité (toxines, facteurs de
virulence), métaboliques, cryptiques.
Les plasmides cryptiques sont porteurs de gènes dont la fonction est encore
inconnue.
Un plasmide possède plusieurs régions :
o Le core ou origine de réplication = ensemble de gènes agglutinés qui
contrôlent la réplication. C’est pourquoi le plasmide se suffit à lui-même.
L’ unité de transfert qui gère le transfert du plasmide au niveau du pili au cours de
la scission d’une cellule mère en deux cellules filles ou d’une cellule à une autre. Les
plasmides sont donc transmissibles à la descendance.
o Des gènes
Au sein d’une bactérie, des plasmides peuvent être compatibles (ils peuvent coexister)
ou bien incompatibles (leur présence simultanée cause généralement la mort de la
cellule).
Leur réplication est autonome et transmissible à la descendance selon un
mécanisme d’équipartition.

B- Le glycocalyx

C’est une couche de polymères protéiques ou polysaccharidiques adhérant à la


paroi. Il est responsable de la formation d’un biofilm : agrégat de bactéries
englobées dans une matrice riche en polymères, en eau et en minéraux, qui
s’amarre sur des surfaces inertes ou des tissus vivants (exemple de la plaque
dentaire : formation d’un biofilm composé de bactéries sur les dents). Il existe deux
types de glycocalyx :
o des capsules, au contour bien défini pouvant être mis en évidence à l’encre de
chine (a)
o des couches visqueuses, au contour plus ou moins flou, visibles au ME (b)

21/31
Le glycocalyx est le support des antigènes de surface (Antigènes K (à savoir) ) qui
peuvent être reconnus par le système immunitaire mais permet aussi de masquer les
antigènes de la paroi de la bactérie. Ainsi, il la protège de la phagocytose.
Fonction principale : adhérer à des surfaces vivantes ou inertes et formation du
biofilm.
Un biofilm bactérien est un ensemble structuré de bactéries englobées dans une
matrice riche en polymères et en eau qui s’amarre sur des surfaces inertes ou sur
des tissus vivants.

C- Les couches S

Les couches S (couches de surface) sont des assemblages protéiques ou


glycoprotéiques géométriques (carrés, hexagonaux ou obliques) réalisés à l’intérieur de la
paroi, chez certaines bactéries (Chlamydia, Helicobacter, Bacillus, Clostridium…). Elles
possèdent un rôle de structuration, de protection des anticorps, d’adhésion à des surfaces
vivantes et de reconnaissance (elles constituent des Ag de surface).
Elles sont tellement fines qu’on peut les mettre en évidence en microscopie électronique.

22/31
D- Les pili ou fimbriae

Ce sont des appendices filamenteux. On distingue 2 types :


o Le pili sexuel impliqué dans les phénomènes de conjugaison (transfert d’ADN
plasmitique ou chromosomique d’une bactérie à l’autre) : 1 à 10 par cellule. Via ce
pili il s’effectue une liaison bactérie donatrice/receveuse pour transférer le matériel
génétique.
o Les fimbriae : appendices servant à l’adhésion sur le support et les cellules hôtes,
ils sont présents en très grand nombre

Fonctions :
- Fixation à des récepteurs de surface des cellules eucaryotes 
constituent ainsi des facteurs de virulence.
Ex RHL : Fixation des entérocytes de veaux nouveau-nés des colibacilles F5+ ou F17+
ou F41+ (ETEC = E.coli enterotoxique)  les toxines engendrent une destruction des
entérocytes ce qui engendre une fuite d’eau et provoque la diarrhée.
- Support d’antigènes de surface
- Transfert de matériel génétique

23/31
E-Les flagelles

Ce sont des appendices filamenteux d’environ 15-20 µm de long,


assurant la mobilité de certaines bactéries.
Fonction principale : mobilité de la bactérie.
Le mouvement correspond à chimiotactisme = une réponse sensorielle (attraction
par un nutriment, répulsion par un élément toxique). La mobilité induit en fait des
facteurs de virulence : la propagation est rapide !
Les flagelles peuvent être porteurs d’Ag de surface ( Antigène H des
entérobactéries ❤ ). La flagellation peut être :

Monotriche = 1 seul flagelle à une extrémité


Amphitriche = 1 flagelle à chaque extrémité
Lophotriche = plusieurs flagelles sur la surface bactérienne
Péritriche = plusieurs flagelles tout autour

Les espèces bactériennes se distinguent par le nombre et le mode de distribution des


flagelles (caractère important à prendre en considération pour le diagnostic).

Spirillum sp (Monotriche) Pseudomonas sp (Lophotriche) Proteus sp (Péritriche)

24/31
Le flagelle possède 3 parties distinctes :

o Le filament, : cylindre creux constitué d’une seule protéine la flagelline


o Le crochet, plus large, constitué de sous unités protéiques
o Le corps basal formé d’anneaux attachés à un axe central. Il est fixé à la membrane
externe chez les Gram -, à la membrane plasmique chez les Gram +.
Fonction des flagelles :
- Mobilité  réponse sensorielle par chimiotactisme
- Facteurs de virulence (ex : Helicobacter pyroli)
- Antigènes de surface : les antigènes des flagelles sont décrits comme des Ag H
des entérobactéries

25/31
F- L’endospore bactérienne

1- Morphologie et structure de la spore

CERTAINES bactéries sont capables de prendre une forme de vie ralentie, la spore.

La spore est une structure ovale d’un diamètre variant de 0,2 à 2µm. Le
cytoplasme sporal est fortement déshydraté, les synthèses protéiques sont à l’arrêt.

L’endospore ou spore est un organite facultatif qui se forme au sein du cytoplasme


de certaines bactéries et diffère de la cellule végétative par sa forme, sa structure et
par sa résistance aux agents physiques et chimiques, lui permettant de survivre dans
des conditions très défavorables en attendant que celles-ci redeviennent favorables.
Les endospores se développent dans les cellules végétatives de quelques genres
bactériens: bactéries du sol, bactéries du tube digestif.
C’est par exemple le cas de Clostridium tetani (tetanos) ou bacillus cereus (anthrax).

Clostridium tetani

Bacillus cereus

26/31
Lorsque l’ADN est dans un stade de dormance, elle arrête tout cycle
producteur protéique ce qui confère la force à la bactérie.

27/31
En laboratoire, on utilise la chaleur humide pour détruire les endospores (10 min
à 120°C pour Bacillus anthracis, le charbon bactérien). Chaque spore possède une
thermorésistance qui lui est propre.

2- Formation de l’endospore, libération de la spore

28/31
La spore se forme par différenciation de la cellule végétative (quand la
bactérie est dans des conditions défavorables).
1- L’appareil chromosomique subit une élongation (formation du filament axial) avant
d’être séparé en deux fragments inégaux
2- Formation d’un septum : Une invagination de la membrane plasmique les isole l’un
de l’autre en deux parties inégales
3- L’enveloppe de l’endospore se forme progressivement autour du petit fragment
d’ADN. Pendant ce temps, la grande parte de la bactérie est dégradée. Puis la cellule
mère est lysée et l’endospore libérée dans le milieu devient une spore grâce à la
présence d’oxygène.
Ex RHL : ne jamais ouvrir un cadavre dehors ! Sinon les bactéries présentes dans le
corps vont se transformer en spores (via l’oxygène) et devenir très résistantes et s’en
débarrasser sera très dur.
4 -Formation de l’enveloppe d’un spore
5,6 - Formation de l’enveloppe du cortex puis libération du spore.
3- Germination de la spore

Si les conditions sont favorables (faible tension en O2 pour Clostridium


tetani (tétanos) ; ≥10°C pour Clostridium botulinum (botulisme)) , la spore peut
redonner une forme végétative (= une bactérie). On peut la découper en 3 phases :
1. L ’activation : elle consiste en une lésion des enveloppes sporales (par abrasion,
chauffage, sous l’effet de lysozymes, d’acides …). Cette phase est essentielle.
2. L ’initiation : les métabolites effecteurs (alanine, adénosine, magnésium…) pénètrent
à travers les membranes, déclenchant la lyse des éléments protecteurs de la spore
(processus autolytique).
3. L’émergence de la cellule végétative : la spore s’imbibe d’eau, le cytoplasme se
reforme, les synthèses reprennent, le génome se reconstruit, la croissance reprend.

29/31
4-Conséquences et applications
- L’existence de spores est un élément d’orientation du diagnostic.
Pour le diagnostic il faut faire attention à décontaminer les
prélèvements.
- L’épidémiologie (=étude des facteurs influant sur la santé et les maladies
des populations) repose sur la spore qui survit dans le milieu extérieur et
qui peut contaminer l’Homme et les animaux.
Ex maladies : charbon bactérien (Bacillus anthracis), botulisme
(Clostridium botulinum), tétanos (clostridium tetani)
- En termes d’hygiène alimentaire, certaines denrées comme les
conserves familiales peuvent être altérées (Clostridium botulinum). Des
cycles de chauffage sont intégrés au processus industriel pour éliminer les
risques de botulisme.
- En termes de prophylaxie (champs maudits). Il est difficile d’effectuer
une prophylaxie sanitaire (mesures d’hygiène : décontamination,
quarantaine …), la prophylaxie du charbon ou du tétanos sera avant tout
médicale (vaccins) car il est impossible de détruire les spores dans le sol
(champs maudits) ou dans l’eau.
30/31
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PHYSIOLOGIE BACTERIENNE


I- Les besoins nutritifs des bactéries
II- Les milieux de culture
III- La croissance bactérienne
1- Les conditions environnementales de la croissance
2- La croissance bactérienne
a) La division bactérienne
b) La croissance en milieu non renouvelé
c) La croissance en milieu renouvelé
IV- Mesurer la croissance bactérienne
1- Mesures directes
2- Mesures indirectes
3- Le métabolisme des bactéries chimioorganotrophes
a) Métabolisme énergétique des bactéries chimiorganotrophes
b) Catabolisme des glucides
c) Différentes applications du métabolisme des bactéries
V- Etude de la croissance et diagnostic
1- Ensemencement permettant l’obtention de cultures pures (TP)
2- Détermination de la sensibilité/résistance aux antibiotiques

Introduction

La physiologie bactérienne est la science des fonctions et des constantes du fonctionnement
normal des bactéries.
Trois éléments principaux seront étudiés :
- Les conditions de la croissance bactérienne, nutritionnelle et environnementales
- La croissance bactérienne, son dynamisme et sa quantification
- Le métabolisme des bactéries chimioorganotrophes.
En TP seront abordés les conséquences de ces caractéristiques sur la conduite d’un examen
bactériologique et dans le diagnostic d’une infection bactérienne.


I- Les besoins nutritifs des bactéries

On distingue deux types de besoins :
- Les besoins élémentaires qui incluent les éléments indispensables à la survie et la
croissance des bactéries.

1
- Les besoins spécifiques (aa, vitamines, bases azotées non synthétisées par la bactérie
constituant des facteurs de croissance…)

• Les besoins élémentaires des bactéries sont :
- L’eau : 80 à 90% du poids de la bactérie. Elle joue un rôle fondamental en solubilisant
les nutriments, en assurant leur transport et les réactions d’hydrolyse.
- La source d’énergie qui peut être de deux types :
ð Lumière = bactéries phototrophes
ð Composé minéral ou organique = bactéries organotrophes
- Le carbone :
ð Sous forme de CO2 : bactéries autotrophes
ð Substances organiques (alcool, acide acétique) : bactéries hétérotrophes
- L’azote : ammoniac, sels d’ammonium, composés organiques
Bactériologie – Physiologie bactérienne
- Ions minéraux : soufre, phosphore, sodium, potassium, magnésium, chlore, fer
Finalement, il y a donc 5 sources élémentaires.
I - [DIAPOS 3-4] Les besoins nutritifs des bactéries
• Les besoins spécifiques sont les facteurs de croissance qui sont nécessaires aux
bactéries auxotrophes
On distingue deux types de puisqu’elles ne peuvent
besoins : des besoins pas les
élémentaires (quiproduire.
incluent lesCe sont les acides
aminés, les vitamines, les bases puriques ou pyrimidiques...
éléments indispensables à la survie et la croissance) et des besoins spécifiques (aa,
vitamines, bases azotées non synthétisés par la bactérie constituant des facteurs de
Les bactéries phototrophes n’ont que des besoins élémentaires tandis que les bactéries
croissance)…
auxotrophes ont aussi des besoins spécifiques.
Les bactéries prototrophes n’ont que des besoins élémentaires, tandis que les
bactéries auxotrophes ont aussi des besoins spécifiques.
On différencie plusieurs types trophiques selon la manière dont la bactérie fabrique sa propre
matière organique :
On différencie plusieurs types trophiques selon la manière dont la bactérie fabrique
sa propre matière organique :
Source d'énergie Source de pouvoir réducteur Source de carbone
Composé organique
Lumière Photoorganotrophes
CO2
Photo- Inorganique (autotrophe)
photolithotrophes
Composé organique
+
Composé chimique chimioorganotrophes Substances organiques
Chimio- Inorganique (hétérotrophe)
chimiolithotrophes


Seules les bactéries chimioorganotrophes hétérotrophes ont un intérêt médical et sont
Les bactéries ont des besoins élémentaires :
donc les seules à connaître !
En eau, qui représente 80 à 90% du poids de la bactérie. Elle assure le transport
des nutriments et les réactions d’hydrolyse.
II- Les milieux de culture
La source d’énergie peut être de deux types :
- Lumière (bactéries phototrophes)
- Composé minéral ou organique (bactéries organotrophes)
Il y a trois types de classification des milieux de culture, selon :
En carbone, trouvé dans le CO2 (bactéries autotrophes) ou dans d’autres
- Le type de culture
substances organiques comme l’alcool ou l’acide acétique) (bactéries
- La fonction
hétérotrophes).
- Ou la consistance du milieu de culture.
En azote, trouvé sous forme d’ammoniac NH3, de sels d’ammonium NH4+ou de
composés organiques
En ions et minéraux : soufre, phosphore, sodium, potassium, magnésium, chlore,
fer 2

Les bactéries CHIMIOORGANOTROPHES HETEROTROPHES sont les seules


Type de culture Fonction Consistance

Milieu
Milieu
Milieu empirique Milieu usuel Milieu sélectif d’enrichisseme Milieu liquide Milieu solide
synthétique
nt

Composition pas
Formation de bouillons de Utilisation de géloses
Composition exacte. Extrait de la Contient tous les
Contient des culture en flacons. Utilisés (liquide + agar-agar
définie viande de bœuf. éléments Destiné à isoler
molécules pour l’observation du mode dans une boîte de
qualitativement et Satisfait les nécessaires à la un agent
empêchant la d’enchainement des pétri). Permet de
quantitativement. Il besoins de la survie de la plupart infectieux en
culture de certains bactéries (Gram). distinguer la forme et
est standardisé et grande majorité des bactéries. faible proportion,
microorganismes La culture est homogène et l’aspect des colonies
utilisé pour les des bactéries. Mise en évidence en augmentant
et en favorisant dense donc facile à enrichir. et vérifier la pureté.
bactéries Surtout utilisé pour de nombreux sa croissance
d’autres.
autotrophes. les bactéries microorganismes.

d’intérêt médical.

Gélose au sang, après inoculation et Gélose de Mac Conkey, après inoculation et incubation d’Escherichia Gélose Chocolat, après innoculation et
incubation de Staphylococcus aureus, Coli (jaune) et Salmonella enterica (rosée). Milieu sélectif des Gram- incubation de souche de brucella
Milieu usuel Milieu d’enrichissement
(contient des sels biliaires qui inhibent la croissance des Gram+)

+ Test lactose (révèle si elles le dégradent ou non)

3
La gélose permet un dénombrement bactérien aisé et l’établissement de la validation, c’est
à dire l’observation de la pureté de la culture (un seul type de colonies observé s’il n’y a pas
de contamination).
Alors que dans les milieux liquidiens la culture est homogène et l’observation des modes
d’enchainement des bactéries est aisé, même si on ne distingue pas les espèces.
La croissance s’observe dans les deux cas, soit par des points sur la gélose ou si le milieu se
trouble.


III- La croissance bactérienne

1- Les conditions environnementales de la croissance

Plusieurs facteurs environnementaux vont conditionner la croissance bactérienne :

• Le pH : chaque espèce bactérienne se développe dans une gamme de pH définie, avec
un pH optimum de croissance. On distingue différents types de bactéries, suivant leur
pH optimum de croissance :

• La température : il existe pour chaque bactéries trois températures cardinales :



- Topt : Température optimale, pour laquelle la croissance est optimale
- Tmin : Température minimale, en dessous de laquelle il n’y a pas de croissance
bactérienne
- Tmax : Température maximale, au-dessus de laquelle il n’y a pas de croissance

• L’oxygène : les bactéries possèdent des modes respiratoires variés :



- Les aérobies strictes exigent de l’oxygène pour se développer
- Les micro-aérobies, se développent en présence d’une faible concentration d’oxygène
- Les aéro-anaérobies facultatives se développent mieux en présence d’oxygène
- Les aérobies strictes sont inhibées en présence d’oxygène.

Remarque : les microphiles sont cultivées avec une quantité d’oxygène minimale.

4
• Eau libre : correspond à la disponibilité de l’eau dans l’environnement = aw = water
activity :
%&'(()*+ ,' -!.'/& ,0 '!/ ,/ 1)2)'/ à 4
!" =
%&'(()*+ ,' -!.'/& ,0 '!/ ./&' à 4

• La pression osmotique : les bactéries ont une bonne tolérance au sel. Certaines
bactéries dites halophiles nécessitent du chlorure de sodium pour leur croissance.
D’autres ne sont qu’halotolérantes.
• Le gaz carbonique : la croissance de bactéries capnophiles est favorisée par le gaz
carbonique.

2- La croissance bactérienne

a) La division bactérienne

Les bactéries se multiplient le plus souvent par scissiparité (formation de deux clones à partir
d’une bactérie). La croissance des bactéries est donc un accroissement du nombre de cellules.

Elle se réalise en plusieurs étapes :
- Elongation de la cellule mère qui contient le matériel génétique
- Formation d’un anneau de division qui correspond à l’invagination de la membrane
plasmique
- Réplication du chromosome et des plasmides en vue de leur partition dans les deux
cellules filles.

La croissance des bactéries peut se réaliser en :
- Milieu non renouvelé : elle s’arrête lorsqu’elle n’a plus d’éléments nutritifs
- Milieu renouvelé : croissance bactérienne permanente

b) La croissance en milieu non renouvelé

On distingue 6 étapes de croissance :

1. Phase de latence : adaptation de la
bactérie à son milieu, pas de croissance
bactérienne
2. Phase d’accélération : début
d’accélération de la croissance
bactérienne, certaines bactéries
commencent à se diviser
3. Phase exponentielle : toutes les
bactéries sont en division, croissance
maximale

5
4. Phase de ralentissement : ralentissement de la croissance du fait que le milieu
commence à s’épuiser
5. Phase stationnaire : phase de plateau, taux de croissance nulle, plus de division
bactérienne, accumulation des déchets toxiques
6. Phase de déclin : les bactéries n’ayant plus de quoi se nourrir elles commencent à se
lyser et donc on va avoir la mort des bactéries

On peut mesurer le taux de croissance µmax (temps nécessaire à la division cellulaire = temps
de doublement de la population) et en déduire le temps de génération G (= temps d’une
division, environ 20 mn) :
G= ln(2)/ µmax avec ln(2)=0,693


c) La croissance en milieu renouvelé

Une culture continue est un milieu ouvert de volume constant, qui
reçoit en permanence du milieu nutritif neuf, alors que le milieu épuisé
est éliminé à la même vitesse.
C’est un système essentiel à la recherche dans de nombreux domaines
(diagnostic et industrie agro-alimentaire). Le système de culture
continue est appelé le chémostat.


IV- Mesurer la croissance bactérienne

1- Mesures directes

Ø Pour un comptage des cellules totales sur milieu liquide, on utilise une cellule de
Petroff-Hausser. On y dépose 10µL en une goutte et on compte les bactéries dans un
grand ou un petit carré.
Cette méthode a l’avantage d’être rapide mais est approximative car elle compte les cellules
mortes et vivantes.













6
Ø Pour un comptage des cellules viables uniquement :
- Sur milieu solide, on comptera le nombre de colonies obtenues après étalement sur
boîte de pétri (entre 30 et 300 colonies par boîte pour une mesure fiable). Si le
nombre est inférieur à 30 colonies, le résultat est peu représentatif et le milieu est
considéré comme stérile. Pour être significative, l'analyse doit être réalisée en
triplicata (on fait une moyenne des résultats obtenus). Il est exprimé en Unité Formant
Colonies (UFC)/mL.








- Sur un milieu liquide, on réalisera des dilutions successives avec lesquelles on


ensemencera plusieurs boîtes de pétri pour compter 30 à 300 colonies par boîte.

Ø Pour déterminer le poids sec, les cellules développées en milieu liquide sont récoltées
dans le culot après centrifugation, lavées, séchées dans un four et pesées. Le poids est
généralement exprimé en g de matière sèche/L. Cette technique est surtout utilisée
pour mesurer la croissance des champignons.

2- Mesures indirectes

- Mesure de la densité optique DO par spectrophotométrie
- Mesure de la lumière diffractée par néphélométrie
- Mesure de l’activité métabolique : consommation d’oxygène, de CO2 dégagé, ATP
produite… Ces mesures sont faites par des automates et sont beaucoup utilisées en
hôpital.

3- Le métabolisme des bactéries chimioorganotrophes

a) Métabolisme énergétique des bactéries chimiorganotrophes

Energie Croissance Accepteur final H ou e- ATP
Respiration aérobie Aérobiose O 2 38
Respiration Anaérobiose Composé inorganique 2≤N≤38
anaérobie ≠O2 ou organique
Fermentation Anaérobiose Composé organique 2

Les bactéries passent par un cycle de respiration. Si l’accepteur final est l’oxygène, on parle
d’aérobie et sinon d’anaérobie. Certaines bactéries utilisent seulement un certain composé
organique, on parle alors de fermentation. (cf Tableau)

7
NB : E.Coli réalise une respiration des nitrates (anaérobie).
Remarque : Certaines bactéries ont la capacité de faire les deux voies en même temps mais,
la respiration aérobie permet la production de plus d’énergie, elle est donc préférentiellement
réalisée.


b) Catabolisme des glucides Sous forme de glucose ou de
polysaccharides dégradés en
glucose

La fermentation est réalisée dans les conditions anaérobique ou aéroanaérobique. Elle porte
le nom du produit de fermentation (fermentation lactique, acétique, formique…).

Les glucides ont une structure qui ne leur permet pas de pénétrer dans la cellule bactérienne :
il y a donc une dégradation au préalable.
- Si respiration : Il y a donc glycolyse, dégradation de l’acide pyruvique en acétyl CoA et
entrée dans la respiration
- Si fermentation : il y a d’abord glycolyse puis formation des produits de fermentation.

Ainsi, on parle de métabolisme fermentaire (si fermentation), métabolisme oxydatif (si
respiration) ou mixte (les deux).
Remarque : certaines bactéries ne font pas de dégradation de glucose, elles utilisent d’autres
substrats : on parle alors de métabolisme inactif.

c) Différentes applications du métabolisme des bactéries

Les bactéries effectuent leur métabolisme afin de se procurer de l’énergie, et participent en
même temps à :
- Des cycles biologiques comme le cycle de l’azote

8
- Une oxydation de la matière organique et minéralisée (épuration par les bactéries de
l’eau)
- Des fermentations utilisées dans l’industrie (yaourt, vinaigre, fromage, ...)
- Des synthèses d’acides gras volatiles (source d’énergie pour la vache : les bactéries du
rumen dégradent la cellulose), d’acides aminés, de vitamines.

V- Etude de la croissance et diagnostic

1- Ensemencement permettant l’obtention de cultures pures (TP)

On réalise la série classique de tests sur une culture pure obtenue par ensemencement et
isolement par épuisement :
- Coloration de Gram pour déterminer taille, morphologie, regroupement...
- Tests enzymatiques (catalase et oxydase)
- Types respiratoires (aérobie, anaérobie, aéro-anaérobie, micro-aérobies)

2- Détermination de la sensibilité/résistance aux antibiotiques

En fonction de l’espèce bactérienne que l’on a identifié on sait quel antibiotique il faut utiliser.
Seulement, avec le développement des antibio-résistances, il est important de vérifier à
l’avance si le traitement fonctionne ou non, c’est à dire si la bactérie est sensible ou résistante
à l’antibiotique. Pour cela on réalise un antibiogramme :

Antibiogramme : on place des bactéries en présence d’antibiotiques différents (disques
d’antibiotiques) à des concentrations définies pour visualiser l’effet de ces antibiotiques sur
la croissance bactérienne.
Deux cas possibles :
- Si on observe des diamètres d’inhibition : la croissance bactérienne est inhibée par
l’antibiotique et la bactérie est donc sensible.
- Si on n’observe une croissance de la bactérie au contact du disque : la bactérie est
résistante.













9
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La taxinomie Bactérienne



I- La taxinomie bactérienne
1- La taxinomie phénotypique
2- La taxinomie numérique
3- La Taxinomie moléculaire
a) Détermination du GC% (« pourcentage de GC »)
b) Hybridation ADN/ADN
4- La taxinomie phylogénétique
5- La taxinomie polyphasique ou mixte

II- Comment identifier une espèce bactérienne ?
1- L’espèce bactérienne
2- Méthodes phénotypiques
3- Méthodes moléculaI- ires


Introduction

Un des aspects les plus importants du monde bactérien est sa diversité et il reste
encore de nombreuses bactéries à découvrir. C’est cette diversité qui nous amène à classer
les bactéries.

Taxinomie : Science de la classification biologique des organismes en groupes d’affinité ou
taxons.
Nomenclature : Ensemble de règles gouvernant l’attribution d’un nom à un taxon.

De manière générale, les microorganismes ayant les mêmes caractéristiques vont appartenir
au même groupe.

1
taxons.
Taxinomie : science de classification
Nomenclature biologique
: ensemble des règles des organismes
gouvernant en groupes
l’attribution d'affinité
d’un nom ou
à un taxon
taxons.
B) Les systèmes de classification
Nomenclature : ensemble des règles gouvernant l’attribution d’un nom à un taxon
1) [DIAPO3] La taxinomie phénotypique
B)I-Les systèmes
La taxinomie bactérienne
de classification
Elle repose sur un faible nombre de caractères considérés comme importants
(morphologie, coloration Gram, caractères culturaux, tests métaboliques, sensibilité à des
1) [DIAPO3] La taxinomie phénotypique
1- La taxinomie phénotypique
inhibiteurs ...).
Elle repose sur un:faible
Avantages facile, nombre
prend peude
decaractères considérés comme importants
temps à réaliser
Elle repose sur un faible nombre de caractères considérés comme importants (morphologie,
(morphologie, coloration
InconvénientsGram,
: caractères culturaux, tests métaboliques, sensibilité à des
coloration de GRAM, caractères culturaux, tests métaboliques, sensibilité à des inhibiteurs...).
inhibiteurs ...).- Elle ne reflète qu'une quantité réduite d'informations : seuls certains caractères sont étudiés
Avantages : rapide et facile
Avantages : facile,
- Cesprend
Inconvénients : peu depeuvent
informations temps àvarier
réaliser
: une bactérie sensible à un antibiotique peut devenir
Inconvénients : résistante
- Elle ne reflète qu’une quantité réduite d’informations : seuls certains caractères sont
- Elle ne reflète -étudiés
Les caractères
qu'une quantitésontréduite
étudiésd'informations
dans des conditions biencertains
: seuls précises,caractères
or une bactérie
sontpeut avoir
étudiés
- Ces informations peuvent varier : une bactérie sensible à un antibiotique peut devenir
des caractéristiques différentes d'un milieu à l'autre.
- Ces informations peuvent varier : une bactérie sensible à un antibiotique peut devenir
résistante
La méthode a été abandonnée.
résistante- Les caractères sont étudiés dans des conditions bien précises or une bactérie peut
- Les caractères avoir des caractéristiques différentes d’un milieu à un autre.
sont étudiés dans des conditions bien précises, or une bactérie peut avoir
2) [DIAPO 3]La taxinomie numérique
ð La méthode a donc été abandonnée.
des caractéristiques différentes d'un milieu à l'autre.
Elle repose sur l'étude d'un grand nombre de caractères morphologiques,
La méthode a2-été abandonnée.
La taxinomie numérique
biochimiques, culturaux, présence ou absence d'un constituant cellulaire particulier ...

On attribue le même poids à chaque caractère, codé en 1 (présence du caractère) ou
Elle repose sur l’étude d’une multitude de caractères (jusqu’à 300 caractères étudiés) :
2) [DIAPO 3]Ladutaxinomie
en 0 (absence caractère). Onnumérique
construit ensuite une matrice de similitude, qui donne le
morphologiques, culturaux, présence ou absence d’un constituant cellulaire particulier…
pourcentage de ressemblance des souches entre elles. morphologiques,
On attribue le même poids à un caractère, qui est codé par :
Elle repose sur l'étude d'un grand nombre de caractères
- Un 1 si présence de ce caractère
biochimiques,
Le mode de représentation "en arbre" appelé
culturaux, présence ou absence d'un constituant cellulaire particulier ...
- Un 0 si absence de celui-ci
dendrogramme est souvent utilisé.
On construit le
On attribue mêmeune
ensuite poids à chaque
matrice caractère,qui
de similitude, codé en 1le (présence du caractère) ou
donne
pourcentage de ressemblance des souches entre elles.
en 0 (absence du caractère). On construit ensuite une matrice de similitude, qui donne le
Le mode de représentation en arbre le plus souvent utilisé est un
pourcentage de ressemblance des souches entre elles.
dendogramme.
Le mode de représentation "en arbre" appelé

dendrogramme est souvent utilisé.
C’est donc une classification très complète mais qui prend plus de
temps à établir.




Bactériologie – Taxonomie bactéri

Dendrogramme

2
CARACTERE Car. A Car. B Car. C ...
Bactérie 1 0 0 1 ...
Bactérie 2 1 0 1 ...



Avantages Dendrogramme
: Les informations sont plus complètes et donc la cl

Inconvénients : Il faut étudier plus de 200 caractères pour chaq
2 un travail conséquent.

2
3) [DIAPOS 4-5-6] La taxinomie moléculaire
Détermination du GC% ("pourcentage de GC")
Avantages : Les informations sont plus complètes et donc la classification est plus précise.
Inconvénients : Il faut étudier plus de 200 caractères pour chaque bactérie : cela représente
un travail conséquent.

3- La taxinomie moléculaire (toujours basée sur l’ADN)


3) [DIAPOS 4-5-6] La taxinomie moléculaire (toujours basée sur l'ADN)
a) Détermination du GC% (« pourcentage de GC »)
Détermination du GC% ("pourcentage de GC")

Le GC% permet de mettre en évidence des homologies moléculaires concernant
Le GC% permet de mettre en évidence des homologies moléculaires concernant l’ensemble
l'ensemble du génome. Il est défini comme suit :
du génome. Il est défini comme suit :
GC% = (G + C) x 100 / (A+T+G+C)

Le GC% des procaryotes peut être très variable, de 25% à 80% en général.
Le GC% peut être très variable, de 25% à 80% en général.
o - Si la
Si la différence de GC>5%, les bactéries appartiennent à deux espèces différentes
différence de GC% >5%, les bactéries appartiennent à 2 espèces différentes
o - Si la
Si la différence de GC%>10%, elles appartiennent à deux genres différents
différence de GC% >10%, elles appartiennent à 2 genres différents
- laSi la différence de GC%<3%, elles appartiennent à la même espèce
o Si différence de GC% < 3%, elles appartiennent à la même espèce
o Une valeur de GC% identique n'implique pas que les bactéries soient identiques
REMARQUE : une valeur de GC% identique n’implique pas que les bactéries soient
identiques.

Hybridation ADN/ADN b) Hybridation ADN/ADN

Cette méthode permet de mettre en évidence la proximité génétique de deux molécules
Cette méthode permet de mettre en évidence la proximité génétique de deux
d’ADN provenant de deux bactéries différentes.
molécules d'ADN provenant de 2 bactéries différentes.

L'ADN est extrait, dénaturé à haute température (90°C). L'étape suivante est une
On procède par étapes :
1. Extraction de l’ADN des bactéries
Hybridation (au cours d’un refroidissement progressif) : les monobrins de la bactérie A et les
2. Dénaturation de l’ADN (90°C) : la température élevée permet de séparer les deux brins
monobrins de la bactérie B sont mis en contact et s'autoassemblent. La stabilité de l'hybride,
d’ADN.
fonction du nombre de bases identiques, est testée. Le pourcentage de recombinaison est égal
3. Hybridation
au pourcentage en baissant
d’hybridation. Plus illa est
température
élevé, plus les : les monobrins
souches de la bactérie
sont proches. A et de
En pratique, on la
bactérie B sont mis en contact et s’autoassemblent : jusqu’à quel pourcentage
considère que les souches sont de la même espèce si le pourcentage d’hybridation est supérieur
s’hybrident-ils ?
à 70 %.
4. La stabilité de l’hybride est testée en fonction du nombre de bases
Bactériologie identiques.
– Taxonomie Le
bactérienne
pourcentage d’hybridation est égal au pourcentage de recombinaison. Plus il est élevé
On peut aussi regarder la température à laquelle l’hybridation se fait, appelée T hyb, visible
et plus les souches sont proches. On considère que les souches sont de la même espèce
par fluorescence.
Cette si le pourcentage d’hybridation est supérieur à 70%.
méthode est très résolutive mais lourde à réaliser.

On peut aussi regarder la température à laquelle
l’hybridation se fait, Thyb, visible par fluorescence. Pour classer, on utilise différents
Cette méthode est résolutive et permet de définir de rangs hiérarchiques :
nouvelles espèces mais elle est très lourde à réaliser. DOMAINE

Ainsi, pour classer on utilise différents 3 rangs Classe
hiérarchiques : Sous-classe


Ordre
Sous-ordre
Famille
Genre
Rq : Seul rang
Espèce
intéressant en clinique

3
4) [DIAPOS 7-8] La taxinomie phylogénétique
Elle repose sur la comparaison des gènes d'intérêt (présents chez tou

4- La taxinomie phylogénétique

Elle repose sur la comparaison des gènes d’intérêts (présents chez toutes les espèces
bactériennes) ayant conservé leurs fonctions au cours du temps.
Pour comparer des bactéries éloignées on utilise donc le gène rrs de l’ARN 16S
(environ 1500 pdb) très stable dans le temps.
Si les bactéries sont proches, on fera appel à 4 ou 5 gènes ménages (= gènes codants
pour une fonction essentielle de la bactérie).

Les séquences de tous ces gènes sont récupérées, amplifiées par PCR, séquencées puis
combinées. On obtient alors un « profil » de la bactérie.

Remarque : le séquençage consisté à étudier la composition du gène en bases
nucléotidiques : séquence nucléotidique que l’on compare à celle d’une autre bactérie.
De plus, une banque génomique disponible sur internet contient les séquences génomiques
de la plupart des bactéries connues. On peut donc directement comparer la séquence obtenue
à celles données et ainsi déterminer la bactérie étudiée.

5- La taxinomie polyphasique ou mixte

Elle correspond à la synthèse de toutes les classifications. Elle tient ainsi compte d’un
maximum de données : phénotypiques, génétiques, chimiotaxinomiques, écologiques….


II- Comment identifier une bactérie ? (cf TP)

1- L’espèce bactérienne

Espèce : ensemble de souches bactériennes présentant des homologies génétiques se
traduisant par des pourcentages d’hybridation ADN-ADN > à 70% des bases et par une stabilité
thermique des hybrides telle que la DTm<5°C.
DTm : différence entre la température de stabilité des nouveaux hybrides et celle des
hybrides naturels.
L’appartenance à l’espèce bactérienne est basée sur le séquençage du gène rrs (ARNr 16S).

La nomenclature a pour but d’attribuer un nom à un taxon de telle manière qu’il
n’existe aucun risque dans la confusion. Il existe des règles gouvernant cette nomenclature
qui sont rassemblées dans le « code international de nomenclature bactérienne ».

Lorsqu’une nouvelle bactérie est découverte, son identification doit être publiée au
sein de l’International Journal of Systemic and Evolutionary Microbiology.
La bactérie est décrite par combinaison linéaire de son genre et de son espèce (toujours en
italique, sans majuscule) : Escherichia coli.

Au sein d’une espèce, on peut retrouver plusieurs sous espèces, appelées biovars (même
espèce bactérienne mais propriétés biologiques différentes), sérovars (idem mais pour les

4
propriétés antigénétiques), chimiovars (propriétés chimiques), pathovars (caractères
génomiques).

Il y a deux méthodes pour déterminer une bactérie : les méthodes phénotypiques ou
moléculaires.

2- Méthodes phénotypiques

Ces méthodes sont basées sur l’ensemble des caractères morphologiques,
structuraux, culturaux, physiologiques, métaboliques et antigéniques. On caractérise tout
d’abord la morphologie des colonies sur le milieu de culture. On réalise ensuite une coloration
de Gram, une identification des enzymes et du type respiratoire, et enfin, une Galerie API.
Bactériologie – Taxonomie bactérienne
Les galeries de microtests prennent en considération un ensemble de caractères en
une seule deétape.
statistique Une fois
la souche les résultats
à identifier aux obtenus
souches (délai
de lad’incubation
banque, et de 24h), leon profil
trouve réalise une
comparaison statistique de la souche à identifier sur une banque de données.
correspondant (avec un pourcentage de ressemblance). Cf TP

Galeries API



3- 12-13]
C) [DIAPOS Méthodes moléculaires (ADN)
Méthodes moléculaires (ADN)

Plusieurs étapes sont réalisées successivement :
Plusieurs étapes sont réalisées successivement :
- Extraction de la portion d’ADN à étudier (gène rrs de l’ARN 16s)
> Extraction de la portion d'ADN à étudier (gène rrs de l'ARNr 16S)
- Amplification par PCR (polymerase Chain reaction) pour le gène rrs ou les gènes de
ménage par PCR (Polymerase Chain Reaction) pour le gène rrs ou les gènes de
> Amplification
ménage Séquençage de l’amplifiât (détermination de la composition en acides nucléiques)
-
- Comparaison des séquences avec les banques de données ce qui permet de localiser
la souche dans l’arbre phylogénétique par rapport aux autres espèces bactériennes.
> Séquençage de l'amplifiât (détermination de la composition en acides nucléiques)

> Comparaison des séquences avec les banques de données ce qui permet de localiser
RAPPEL : une identification correcte correspond à un pourcentage de ressemblance > 97%.
la souche dans l’arbre phylogénétique par rapport aux autres espèces bactériennes.

Un diagnostic bactériologique peut prendre plus de 24h (méthode phénotypique plus longue
Une identification correcte correspond à un pourcentage de ressemblance > 97%. Un
à cause du temps d’incubation) ou seulement 4h (méthodes moléculaires).
diagnostic bactériologique peut prendre plus de 24h (en passant par une méthode
phénotypique, longue à cause des temps d'incubation) ou seulement 4h (méthodes
moléculaires)

5
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Génétique bactérienne – CM 6

GENETIQUE BACTERIENNE

I - Les mutations génétiques


A) Les différents types de mutations
B) Isolement d'un mutant

II - Les éléments génétiques mobiles


A) Phages lysogènes
B) Eléments transposables
C) Cassettes géniques
D) Les îlots génomiques

III- Les modes de transfert génétiques


A) La transformation
B) La conjugaison
C) La transduction

Introduction
1880 : George Mendel définit les lois de la génétique puis d’autres travaux ont permis de
découvrir les gènes

1944 : l'ADN est le support de tous les caractères héréditaires.

La génétique bactérienne est l'étude des génomes bactériens, de leur expression et


de leurs variations. On s'intéressera ici aux variations des génomes.

1
Génétique bactérienne – CM 6

I -Les mutations génétiques


A) Les différents types de mutations
Un complément de cours est sur vetoTice si vous êtes interessés (non présenté en cours)

Les mutations sont des changements de la séquence nucléique. Des nouvelles cellules
différentes des cellules sauvages apparaissent mais ces mutations ne sont pas toujours
visuelles ou morphologiques.
Il en existe différents types :
- des additions/délétions qui consistent en un ajout ou une suppression d'une ou
plusieurs bases, qui entraîne un décalage du cadre de lecture
- des substitutions lors desquelles un nucléotide est remplacé par un autre

Les mutations sont :


- spontanées : une bactérie sensible à un antibiotique (ATB) (de type sauvage) peut
devenir du jour au lendemain résistante, il s'agit d'une résistance acquise
- rares : elles se produisent 1 à 2 fois par génération (taux de mutation de 1/10 5)
- stables : une fois acquise, la mutation persiste et est transmise à la descendance
- spécifiques et indépendantes : une mutation peut toucher 1 caractère
indépendamment des autres
Leurs conséquences peuvent être de différents degrés ; les mutations peuvent être :
- silencieuses : il n'y a pas de modifications de l'acide aminé correspondant dans la protéine
- faux-sens : un acide aminé est modifié, pouvant entraîner la synthèse d'une protéine
non fonctionnelle (s'il est essentiel à son bon fonctionnement)
- non-sens : un codon stop apparaît et donne lieu à une protéine plus courte
Expérience pour révéler les résistances :

Au sein des cultures bactériennes, des


cellules mutantes se détachent des autres (ici
différence de couleur)

On peut également remarquer une

Résistance à un ATB (ici en réalisant


plusieurs piquages, par isolements
successifs, on obtient des souches
résistantes à la streptomycine)
2
Génétique bactérienne – CM 6

II - Les éléments génétiques mobiles


A) ]Phages lysogènes : cycle lytique, cycle lysogène

Les phages sont des virus infectant les bactéries.

= Introduction de l’ADN

L'intégration d’un phage au sein de la bactérie (= cellule hôte) engendre


deux types de cycles. L’intégration permet d’avoir une molécule d’ADN stable.
Les phages virulents vont essentiellement causer une infection lytique tandis
que les phages tempérés, des infections lysogéniques (ou lytiques dans certains
cas).
Lors du cycle lytique, il y a une multiplication intensive des phages :
l’ADN et la capside s’assemblent. La libération des phages engendre la lyse de la
cellule.
Lors du cycle lysogènique, l’ADN viral du phage s’associe à celui de la
bactérie de façon stable, et est transmis aux générations suivantes avec la
multiplication bactérienne. Le phage apporte des gènes d’intérêt à la bactérie
(caractères avantageux comme la capacité de synthétiser des toxines, des
résistances, etc …), c'est la conversion lysogénique. Par exemple, une bactérie
sans pouvoir pathogène comme Corynebacterium diphteriae devient
pathogène après infection par le phage β : elle produit alors une toxine, la
toxine diphtérique.

3
Génétique bactérienne – CM 6

Différences entre les deux cycles :


Lytique : le phage se multiplie + cela se finit par une lyse bactérienne (le
phage est libéré)  phage virulent
Lysogène : idem mais ne se termine pas par une lyse bactérienne, on
hérite d’un nouveau caractère. L’ADN viral est associé de façon stable à l’ADN
bactérien sous la forme d’un prophage et le tout est propagé lors de la division
bactérienne phage tempéré

B) Eléments transposables

Les éléments transposables sont des


éléments génétiques mobiles capables de
s'intégrer dans différents réplicons en l'absence
d'homologie génétique, codant pour l'enzyme
permettant leur transposition et différentes
autres fonctions.
Souvent ils codent pour un gène et pour
une enzyme leur permettant cette intégration.
Une transposase reconnait le transposon sur
l’ADN donneur, le clive et l’amène à l’ADN
receveur. Cet élément est ensuite intégré grâce
à l’action d’une ligase (lie les éléments).

La transposition peut être :


- conservatrice : l'ADN donneur perd son transposon (et ses transposases) par simple
passage du fragment d'un brin à l'autre
- réplicative : l'ADN donneur ne perd pas son transposon, il est répliqué avant de
migrer sur l'ADN receveur

Il existe deux types d'éléments transposables :


- des petits, les séquences d'insertion (800-2500 pdb), présents en grand nombre de
copies
- des grands, les transposons (2,5 - 67 kb), présent en 2 copies maximum par cellule.

C) Les cassettes géniques

Les cassettes géniques sont des éléments génétiques mobiles, qui possèdent une
unique séquence codante, capables de s'intégrer dans un site spécifique d'une molécule
d'ADN, un intégron. L'expression du gène porté par la cassette est sous le contrôle du
promoteur de l'intégron.

L’intégron reconnaît alors le site de recombinaison de la cassette pour son


intégration. Une fois la cassette intégrée elle pourra exprimer les gènes dont elle est porteuse.
4
Génétique bactérienne – CM 6
Les cassettes peuvent coder pour des résistances à des antibiotiques, la production de
toxines,…

D)Les îlots génomiques

Les îlots génomiques correspondent à un ensemble de gènes portés par le


chromosome, de GC% différent du chromosome. Ils codent pour une intégrase permettant leur
insertion. De nombreux îlots génomiques portent des gènes codant pour des facteurs de
virulence ou des toxines.

Ils sont aussi appelés îlots de pathogénicité lorsqu'ils codent pour un caractère
pathogène.

Ces îlots sont transférés horizontalement d'une bactérie vers une autre ; ce mode de
transfert est appelé transfert génétique horizontal.

III- Les modes de transfert génétiques


A) La transformation

C'est un mode de transfert au


cours duquel un fragment d'ADN
libre provenant d'une bactérie
donatrice est introduit dans une
bactérie réceptrice, puis intégré dans
le génome de celle-ci.

Ce transfert s'effectue sous certaines conditions : (IMPORTANT RHL)

- La bactérie doit être compétente : ce n'est pas applicable à toutes les


espèces, il faut une bactérie capable d'intégrer son génome à un génome
étranger
- Une homologie est nécessaire : les bactéries doivent être proches (de même espèce) car
pour intégrer le fragment d’ADN, il faut un minimum d’homologie entre celui-ci et l’ADN de
la cellule receveuse
5
Génétique bactérienne – CM 6
- L'ADN doit provenir du chromosome (et non d'un plasmide)
- La bactérie receveuse peut initier la transformation : quand la bactérie A
est en début de lyse cellulaire, une bactérie B peut émettre des signaux
afin d'initier le processus.

B) La conjugaison

C'est un mode de transfert au cours duquel l'ADN est transféré d'une


bactérie donatrice vers une bactérie réceptrice par un processus requérant un
contact cellulaire et la présence d'un plasmide conjugatif chez la bactérie
donatrice ; l'ADN est transféré est l'ADN plasmidique.

Le contact via un pili sexuel est nécessaire, il forme le pont. Il est synthétisé par la
bactérie donneuse grâce à des gènes sur le plasmide, on dit qu’il est conjugatif ( = il peut
induire la synthèse du pili). Ce plasmide est répliqué afin de transferer le brin monocaténaire à
la bactérie receveuse et garder une copie. On obtient donc deux bactéries donneuses après la
conjugaison.
Il existe des plasmides à large spectre, pouvant être transférés à une bactérie très
différente (d’une autre espèce).
Rappel : ce n’est pas comme les fimbriae qui communiquent par adhésion.

6
Génétique bactérienne – CM 6

C) La transduction

C'est un mode de transfert au cours


duquel l'ADN est transféré d'une bactérie
donatrice vers une bactérie réceptrice à
l'aide d'un bactériophage qui sert de
véhicule à l'information génétique.

Il existe 2 types de transductions :

La transduction généralisée

phage défectif : phage formé


pendant le cycle lysogénique,
contenant un fragment d'ADN
bactérien au lieu de l'ADN viral
(erreur d’assemblage)
gène défectif : fragment d'ADN
bactérien qui après la réplication
va être incorporé par erreur dans
BILAN une capside virale.
 pour la bactérie A : infection par un phage virulent qui provoque la lyse cellulaire
 pour la bactérie B : infection par un phage défectif, intégration de gènes de la
bactérie A et acquisition d'un nouveau caractère
S’applique chez les bactéries Gram+, Gram- et peuvent avoir de nombreuses
propriétés : fermentation des sucres, résistance aux antibiotiques, synthèse d’Ag…

7
Génétique bactérienne – CM 6

La transduction
restreinte

BILAN
 pour la bactérie A : infection par un phage P tempéré, prophage, induction par
les UV, surinfection par un phage P' virulent qui mène à la lyse cellulaire
 pour la bactérie B : infection par un phage défectif et acquisition d'un
nouveau caractère

8
Génétique bactérienne – CM 6

Les gènes échangés peuvent avoir de nombreuses propriétés : fermentation de


sucres, résistance aux ATBS, synthèses d'antigènes ... La bactérie acquiert ainsi de
nouveaux caractères.
La transduction peut se faire entre différentes espèces de bactéries mais il faut
que les récepteurs du phage soient compatibles.

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Le Pouvoir pathogène des bactéries

I- Infection et maladie bactérienne


II- Epidémiologie des infections bactériennes
A- Origine des agents pathogènes
B- Modes de transmission
C- Voies d’entrée des agents pathogènes
III- Réponse immunitaire anti-bactérienne
A- Réponse non spécifique
B- Réponse spécifique
IV- Déroulement d’une infection bactérienne
A- Généralités
B- Modalités des différentes étapes
1- Adhésion
2- Prolifération locale
3- Invasion cellulaire-Echappement à la réponse immunitaire
4- Les lésions tissulaires
a) Les toxines bactériennes
b) Le LPS de Gram-
5- Les toxines bactériennes : pouvoir antigénique

Introduction

On dit qu’une bactérie a un pouvoir pathogène (=pathogénicité) lorsqu’elle est capable


d’introduire des dommages chez l’hôte telles que des infections, ou encore des toxi-infections.

Infection : multiplication des bactéries dans l’organisme


Intoxication : synthèse de toxines par la bactérie
Toxi-infection : infection + intoxification

Ces affections peuvent évoluer vers une maladie si les bactéries prennent le dessus sur le système
immunitaire, ou alors l’infection restera latente s’il y a un équilibre entre la multiplication des
bactéries et leur destruction par le système immunitaire ou sera éliminée.

La pathogénicité bactérienne est sous la dépendance de plusieurs facteurs : les facteurs de virulence,
les toxines de la bactérie (= facteurs déterminants), des facteurs environnementaux comme les
conditions d’entretien (facteurs adjuvants), et enfin des facteurs prédisposants portant sur les
mécanismes de défense (spécifiques ou non spécifiques) de l’hôte.

1
multiplication des bactéries et leur destruction par le système immunitaire ou sera éliminée.

La pathogénicité bactérienne est sous la dépendance de plusieurs facteurs : les


facteurs de virulence, les toxines de la bactérie (=facteurs déterminants), des facteurs
environnementaux comme les condition d’entretien (facteurs adjuvants), et enfin des
facteurs prédisposants portant sur les mécanismes de défense (spécifiques ou non
spécifiques) de l'hôte.
I- Infection et maladie bactérienne
I - Infection et maladie bactérienne

infection : multiplication et persistance d'un micro-organisme pathogène dans un


organisme hôte
Infection : multiplication et persistance d’un micro-organisme pathogène dans un organisme hôte.
maladie : altération de l'état de santé suite à une infection ; c'est la conséquence plus ou
Maladie : altération dedirecte
moins l’étatde l'infection.
de santé suite à une infection ; c’est la conséquence plus ou moins
directe de l’infection.

Bactérie
Hôte
Virulence
Réponse
DIM Immunitaire
DL50

Déclenchement d'une maladie

Virulence : aptitude particulière


La virulence d’une
correspond bactérie
à l'aptitude à d'une
particulière pénétrer
bactérie et à se etmultiplier
à pénétrer à se dans un organisme.
Elle est définie par la dose infectante (notion quantitative).
multiplier activement dans un organisme. Elle est définie par la dose infectante (notion
quantitative).

DIM : la dose minimale La DIM est la dose minimale


infectante pourinfectante pour déclencher
déclencher l'infection. C'est
l’infection. C’estla dose
la au-
dose au-dessus de laquelle
dessus de laquelle l'infection se déclarera à coup sûr.
l’infection se déclarera à coup sûr.
La DL50 correspond à la Dose Létale pour 50% de la population, c'est-à-dire, la
quantité de bactérie nécessaire pour tuer la moitié de la population. Cette mesure est
DL50 : Dose létale
utiliséepour 50% de la population, c’est à dire, la quantité
en expérimentation. de bactérie nécessaire pour
tuer la moitié de la population. Cette mesure est utilisée en expérimentation.

A partir de là, on a pu classer les bactéries en deux catégories de bactéries : les bactéries pathogènes
et les bactéries opportunistes.

2
Seulement, cette classification a été revue : maintenant, dès qu’il y a infection, la bactérie est
considérée pathogène.

Postulat de koch : il permet de donner le statut de pathogène stricte à une bactérie. On réalise un
isolement de la bactérie à l’origine de l’infection. On inocule à l’individu sain la bactérie, celui-ci
devrait reproduire cette infection. La bactérie peut ensuite être à nouveau isolée en culture pure à
partir des individus infectés expérimentalement. Toutes les bactéries chez lesquelles on est capable
de reproduire cette expérimentation sont des bactéries considérées comme pathogène stricte.

On distingue ainsi :
- Les bactéries pathogènes strictes = obligatoires. Ces bactéries vérifient le postylat de Koch.
Très virulentes, elles s’installent chez un hôte immuno-compétent. Ce sont par exemple :
Mycrobacterium tuberculosis, Shigella, Vibrio cholerae, Staphylococcus aureus…
- Les bactéries pathogènes facultatives = opportunistes. Ces bactéries à l’origine non
pathogènes deviennent pathogènes à la suite de modifications de l’environnement de la
bactérie et/ou des défenses de l’hôte (elles peuvent profiter d’un terrain immunodéprimé
pour exprimer leur caractère pathogène). Ce sont par exemple : Escherichia Coli,
Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa, …
- Les bactéries non pathogènes

Les bactéries peuvent entrer en interaction avec l’hôte selon différentes modalités :
- Le saprophytisme : mode de vie de certaines bactéries qui se nourrissent de MO : on les
retrouve dans l’environnement. Ils constituent les flores environnementales. Elles peuvent
aussi être hébergées par un hôte. C’est le cas de Pseudomonas aeruginosa.
- Le commensalisme : obligatoirement associées à un hôte, une des espèces profite de la
relation sans que l’autre soit affectée. Elles protègent des bactéries pathogènes.
Staphylococcus epidermidis (protège la peau en la recouvrant)
- Le parasitisme : le microorganisme est associé à un hôte et entraîne un trouble. Il existe des
flores pathogènes, constituées de bactéries parasites comme Bacillus anthracis.

II- Epidémiologie des infections bactériennes

Bactérie + organisme hôte + Environnement = infection bactérienne

A- Origine des agents pathogènes

 Origine exogène : les bactéries peuvent provenir :


- De l’environnement (sols, eaux, aliments)
Ex : salmonelles Listeria provoquent des intoxications alimentaires à cause de leurs toxines,
les bactéries sporogènes comme bacillus anthracis viennent du sol et leptosprire viennent de
l’eau.

3
- D’individus contagieux (malade ou porteur asymptomatique qui est infecté mais n’a pas
développé de signe clinique)
- De zoonoses : les animaux sont les vecteurs de microorganismes pathogènes pour l’homme
(brucellose, tuberculose, rage, peste, maladie de Lime…)
- D’infections nosocomiales = contractées à l’hôpital

Remarque : les microorganismes sont présents en forte quantité dans le milieu hospitalier. Leur
chaîne de transmission est favorisée par la présence d’individus affaiblis. Ils ont un fort taux de survie
dans le milieu extérieur et sont généralement résistants aux antibiotiques. Ce sont des pathogènes
opportunistes.

 Origine endogène (bactéries commensales) : elle joue un rôle de défense face aux bactéries.
Il faut donc faire attention aux ATBS qui peuvent détruire ces flores commensales et favoriser
le terrain à d’autres bactéries. Mais si elles sont présentes en trop grande quantité, elles peuvent
devenir pathogènes.

B- Modes de transmission

 Transmission directe de l’hôte infesté à l’hôte sain par l’air (tuberculose)


 Transmission indirecte de l’hôte infesté à l’hôte sain
 Véhiculé par l’eau ou les aliments (mais pas par l’air !)
 Par des vecteurs passifs (objets inanimés comme des seringues, du matériel de traite) ou des
vecteur actifs (arthropodes comme les puces et les tiques)
 Transmission verticale par exemple in utero de la mère aux petits

C- Voie d’entrée dans l’organismes des agents pathogènes

 Par le revêtement cutané : une peau altérée à la suite d’une agression constitue une
ouverture pour les germes de la flore commensale de la terre ou de l’eau. Un léchage de
l’animal peut aider l’infection. Attention aux manipulations en labo !
 Par les muqueuses :

4
III- Réponse immunitaire antibactérienne

A- Réponse non spécifique

Elle peut être de différents types :

 Mécanique, par le biais :


 Des cellules kératinisées cutanées et de la desquamation : la peau est en perpétuel
renouvellement ce qui empêche les particules de rester sur la peau.
 De flux liquidiens (larmes, urines…) qui débarrassent les muqueuses
 D’un « ascenseur » muco-ciliaire de la sphère respiratoire, le mucus englobe les bactéries et
les particules qui sont ensuite éliminés vers l’extérieur grâce aux balayage ciliaire.

 Chimique via :
 Le pH acide (estomac…) ou basique (vagin…)
 Des lysozymes qui attaquent les parois
 Des peptides antimicrobiens cationiques (défensines…)
 Une carence en Fe3+ : le Fe3+ est essentiel à la multiplication bactérienne, il est donc stocké
en cas d’infection pour mettre les bactéries en difficultés.

 Cellulaire, avec la phagocytose des PNN et macrophages

 Biologique, avec les flores commensales

5
B- Réponse spécifique : immunité acquise

Deux types de réponses possibles : à médiation humorale ou à médiation cellulaire. (cf histologie du
sang et immunologie S6)

1- Immunité acquise à médiation humorale : les anticorps

Elle est uniquement extracellulaire (dans la circulation sanguine) car les Ac ne peuvent pas entrer
dans les cellules.
 La réponse immunitaire peut se faire via les lymphocytes T4 (LTh pour les lymphocytes « helper »
ou auxiliaires) qui activent les lymphocytes B. les LB activent à la suite les plasmocytes, qui produisent
alors des Ac de type immunoglobuline G (IgG).
 Elle peut aussi se faire via les lymphocytes B pour des Ag T-indépendants. Les Ac produits par les
plasmocytes seront alors des IgM. Ces anticorps sont présents plus longtemps dans l’organisme que
les IgG.

2- Immunité acquise à médiation cellulaire

6
La médiation cellulaire est obligatoire pour les bactéries intracellulaires inaccessibles aux Ac.
Elle concerne soit des cellules présentatrices d’Ag soit les cellules infestées.

Les molécules du CMH (complexe majeur d’Histocompatibilité) sont à la surface des cellules
présentatrices de l’Ag de la bactérie identifiée et assurent la présentation de l’Ag aux lymphocytes T
afin de les activer.
 S’il s’agit d’un Ag exogène, inséré par phagocytose ou pinocytose dans la membrane
plasmique de la cellule présentatrice, il est associé à un récepteur CMH2. CMH2 active les
LT4, qui produisent des interférons gamma (IFN gamma) qui activent les macrophages,
entrainant une augmentation de leur action phagocytaire.
 S’il s’agit d’Ag endogènes produits par des cellules infectées, il est associé à un récepteur
CMH1. Celui-ci va activer les LTc (cytotoxiques) qui vont aller détruire les cellules
infectées.

IV- Déroulement d’une infection bactérienne

A- Généralités

Rappel : si l’infection bactérienne s’arrête au stade de dissémination, on parlera seulement


d’infection.
Si les dégâts apparaissent, on parlera de maladie.

Les infections peuvent être de plusieurs types :


- Des infections locales : au niveau du site d’entrée
- Des infections focales, au niveau d’un organe ou un tissu préférentiel, comme tuberculose
dans les poumons

7
- Des infections systémiques : généralisées telles que la bactérie sera retrouvée dans tout
l’organisme.

Remarque : lors d’une infection, l’organisme monte en température : fièvre. Celle-ci empêche les
bactéries de se développer (mais peut devenir néfastes pour l’organisme si trop haute).

Bactériémie : présence de bactérie dans le sang sans que cela soit forcément dû à un processus
infectieux.

Septicémie : multiplication des bactéries dans le sang, plutôt lié à un processus infectieux.

Bilan : les facteurs de virulence des bactéries (qu’elles possèdent initialement ou qu’elles
synthétisent lors de l’infection) sont multiples. Pour induire une infection, il faut qu’il y ait :
- Adhésion
- Captation de fer, nécessaire à la multiplication bactérienne
- Invasion
- Echappement à la réponse immunitaire
- Lésions tissulaires (si maladie)

B- Modalités des différentes étapes

1- Adhésion

L’adhésion des bactéries à une cellule est très spécifique, elle synthétise des structures particulières,
appelées adhésines, de deux types différents :

 Les fimbriae : ce sont des pilis particuliers qui bordent la surface de la bactérie et qui
peuvent se fixer sur la celluel hôte. Ce sont eux qui permettent à ETEC (Escherichia Coli
Module : Bactériologie Généra
entérotoxique) de se fixer aux entérocytes. Leur fixation est suivie par une production
d’entérotoxines, qui entraîne des fuites d’eau au niveau de l’épithélium, dont la manifestation
clinique est une diarrhée. Les fimbriaes sont variés : dans leàcas
équivalent uned’ETC, on retrouve
seringue F5, la
par laquelle F17,
bactérie intro
F41… chez les souches parasites de bovins, F4, F6,cytosol
et également F5 chezCelle-ci
de la cellule. les souches
subit porcines.
alors un remanieme
sont détruites, d'où là encore fuite d'eau et diarrhée.
 Les adhésines afimbriales : ce sont des
protéines particulières comme l’intimine pour
intimine
EPEC (Escherichia coli entéropathologique) qui
s’associe au récepteur Tir des entérocytes. La
fixation entraîne la synthèse d’un appareil de récepteur Tir
sécrétion de type III par la bactérie, équivalent
à une seringue par laquelle la bactérie introduit
des protéines dans le cytosol de la cellule. Celle-
ci subit alors un remaniement cellulaire : les
microvillosités sont détruites, d’où une fuite
d’eau et diarrhée.
2) Prolifération locale
Captation du fer : il existe différentes stratégies :
Acquisition directe à partir de transferrine (du sang)
de lactoferrine (du lait) : ce sont des protéines
8
impliquées dans le transport du fer, qui possèdent de
sites de fixation pour l'élément (très forte affinité), q
2- Prolifération locale

 Captation du fer
Il existe différentes stratégies :
- Acquisition directe à partir de transferrine (du sang) ou de lactoferrine (du lait) : ce sont des
glycoprotéines qui ont des sites de captation du fer, elles vont le fixer et le transférer plus
facilement aux bactéries.
- Utilisation de sidérophores bactériens : ce sont des petites molécules synthétisées par les
bactéries ; elles fournissent le fer aux cellules bactériennes par internalisation après fixation
sur un récepteur cellulaire.

 Destruction des IgA par les protéases des bactéries : les IgA sont majoritairement produites
au niveau des muqueuses, et forment une première barrière contre les bactéries. Les
protéases peuvent ainsi être synthétisées :
- Au niveau respiratoire par des bactéries à tropisme respiratoire comme Streptococcus
pneumoniae
- Au niveau uro-génital par des bactéries à tropisme uro-génital comme Neiserria gonorrhoeae

 Exemples d’invasions cellulaires :

L’invasion cellulaire est une étape non rigide : chaque espèce bactérienne adopte sa propre stratégie
pour envahir les tissus.

1. Les salmonelles

Les salmonelles se retrouvent dans l’eau et


les aliments ; elles sont responsables de
nombreux cas d’intoxications alimentaires
(phénomènes toxoalimentaires). Elles
évitent les mécanismes de défense
extracellulaire, provoquent des dégâts
cellulaires favorisant la colonisation,
poursuivent leur multiplication et se
répandent à l’intérieur de l’hôte. La cellule
hôte va former invaginations pour
envelopper la salmonelle de façon à ce que la
bactérie se retrouve à l'intérieur et une fois à
l'intérieur la salmonelle pourra se multiplier et ainsi de suite elle passera de cellule en cellule.
L’appareil de sécrétion de type III est une seringue à travers laquelle la bactérie injecte des protéines
qui vont engendrer des invaginations membranaires.

9
2. Listeria

Elle est aussi retrouvée dans les aliments,


est responsable de maladies néonatales
et de fausses couches chez l’homme. La
production de toxines lui permet
d’induire sa propre phagocytose. Elle se
débarrasse de la vacuole de phagocytose
à l’aide de phospholipases (échappement
à l’arrivée fatale du lysosome).

3- Invasion cellulaire – échappement à la réponse immunitaire

 Echappement à la phagocytose
Plusieurs types de défenses sont mis en place :
- Destruction des cellules phagocytaires (PNN et macrophages) par des leucotoxines( de
Mannheimia haemolytica), ou par des leucocidines (de Staphylococcus sp.)
- Inhibition de la phase d’attachement (étape primordiale de la phagocytose) à la cellule
phagocytaire (Bacillus anthracis grâce à sa capsule, Pasteurella multocida)
- Survie et multiplication dans les macrophages :
o Echappement de la vacuole de phagocytose grâce à des listeriolysines (Listeria
monocytogenes)
o Inhibition de la fusion phago-lysomiale, étape critique pour la bactérie puisqu’elle a
une action lytique (Brucella abortus, Mycobacterium tuberculosis, Coxiella burnetii)

 Résistance aux mécanismes dépendants des Ac

- Masquage d’Ag de surface par des protéines d’hôtes par exemple au travers de la fixation
de la protéine M de Streptococcus pyogenes sur le fibrinogène.
- Variation antigénique (Borrelia sp, Bordetella sp)
- Destruction des Ac (destruction des IgA par les protéases de Pseudomonas aeruginosa)
- Résistance aux ATBs par acquisition de plasmides de résistance par conjugaison ou
transduction

4- Lésions tissulaires

On distingue deux types d’actions : d’une part les actions directes, à travers la réaction
inflammatoire causées par les enzymes et les toxines bactériennes ; et d’autre part les actions
indirectes liées à la réaction inflammatoire.

On distingue deux types de toxines bactériennes :


- Les toxines protéiques
- Le lipide A du LPS (= toxine glucido-lipido-protéiques).

10
Remarque : la réaction inflammatoire (fièvre) est bénéfique car empêche la bactérie se développer
mais elle peut aussi devenir dangereuse si elle est trop exacerbée.

a) Les toxines protéiques

Exemple : connaître un exemple


- Les collagénases et hyaluronidases de Colostridium perfringens entrainent la destruction du
tissu conjonctif, facilitant alors le passage d’autres bactéries.
- Les coagulases de Staphylococcus aureus entraînent la formation de caillots sanguins :
capsules dans lesquelles les bactéries peuvent échapper à la réaction immunitaire et se
multiplier…

1. Les toxines protéiques sont majoritairement des exotoxines, produites pendant la phase de
germination ou de multiplication bactérienne.
- Si la bactérie stocke une partie des toxines (qui seront libérées en cas de lyse cellulaire), on
parle d’exo-endotoxines.
- Si la bactérie stocke la totalité des toxines dans son périplasme, on parlera d’endotoxines.
Elles seront libérées après lyse bactérienne.

2. Les toxines protéiques sont dénaturables :


- Par la chaleur (sauf entérotoxines staphylococciques)
- Par les pH acides (sauf entérotoxines staphylococciques, T.botuliques)
- Par les oxydants

3. Les toxines bactériennes ont un pouvoir toxique élevé, bien plus que les « poisons
classiques » comme le venin de serpent, les curares ou encore le cyanure…

11
4. Leur action est spécifique
- Elles sont très immunogènes
- Elles induisent la synthèse d’Ac neutralisants qui peuvent être utilisées en sérothérapie
- Elles sont transformables en anatoxines par dénaturation, qui peuvent être utilisées pour
des vaccins

5. Mécanisme d’action

 Les toxines qui agissent depuis la surface de la cellule :

Ce sont par exemple les superantigènes. Les superAg détournent le système de présentation des
antigènes : ce sont des molécules bivalentes qui se lient au CMH 2 et à la région variable des cellules
T. Ils ne sont pas internalisés au sein du complexe de récepteurs comme le serait n’importe quel AG,
mais se placent face externe et induisent une activation polyclonale des LT. Les LT produisent des
médiateurs de type cytokine (IL4, INF, gamma, TNF) qui entraînent un choc toxique avec fièvre et
défaillance cardiaque. C’est le cas des entérotoxines produites par Staphylococcus aureus.

 Les toxines à cible membranaire

Exemple : Listeriolysine O de Lysteria monocytogenes.


Cette toxine permet la libération de la bactérie dans le
cytoplasme cellulaire.

 Les toxines à cible intracellulaire

Ces toxines agissent depuis l’intérieur de la cellule, et


perturbent une fonction cellulaire essentielle pour le
métabolisme ou l’intégrité de la cellule. C’est le cas des
toxines A-B : A (activity) pour le fragment à activité
toxique, B (binding) pour le fragment de fixation, qui
différent simplement par leur structure (primaire et 3D).

12
Le mécanisme d’action comprend 3 étapes :
1. Fixation de la toxine sur un récepteur spécifique de la cellule
2. Internalisation de la toxine par endocytose
3. Modification de l’activité biologique ou d’une structure moléculaire essentielle au
fonctionnement normal de la cellule (séparation de A et B)
Module : Bactériologie Générale
La partie A peut avoir trois types d’actions :
Module : Bactériologie Générale

- Des toxines ont pour conséquences un


- Des toxines ont pour conséquences un
blocage de l’activité protéique, c’est le cas
blocage de l'activité protéique, c'est le cas
de la toxine Shiga, synthétisée par E.coli et
de la toxine Shiga, synthétisée par E. coli et
- Des provoquant
toxines ontunepourcolite hémorragique
conséquences un après
provoquant une colite hémorragique après
clivagedepar
blocage l’adénine
l'activité de l’ARN
protéique, c'est28S. cette
le cas
clivage par l'adénine de l'ARN 28S. Cette
detoxine agit
la toxine sur synthétisée
Shiga,
toxine
les cellulespar endothéliales
agit sur les cellules E. coli et
endothéliales des
des vaisseaux
provoquantvaisseaux
sanguins
une colite
de
hémorragique
la muqueuse
après
sanguins de la muqueuse
intestinale, la substance grise du SNC, les
clivage par l'adénine
intestinale,dela l'ARN 28S.grise
substance Cette
du SNC, les
cellules épithéliales du tube rénal, les
toxine cellules
agit sur épithéliales
lesetcellules du tube rénal,
endothéliales desles
macrophages monocytes.
macrophages et
vaisseaux sanguins de la muqueuse monocytes.
- intestinale,
D’autres la substancedans
interfèrent griseladutraduction
SNC, les du
- D'autres interfèrent dans la traduction du
signal,épithéliales
cellules c’est du le tube casrénal,
desles toxines
signal, c'est le cas des toxines charbonneuses
charbonneuses
macrophages qui produisent des
et monocytes.
qui produisent des messagers secondaires
messagers secondaires (adénylate cyclase
(adénylate
par la toxine cyclase par
EF = facteur la toxine EF=Facteur
oedémateux) ou oedémateux) ou activent des kinases
- D'autres interfèrent
cellulaires dans la traduction
(activation de MAPK du
(Mitogen-activated protein kinase) par la toxine LF=Facteur
activent des kinases cellulaires (activation
signal, c'estLétal)
le cas des toxines charbonneuses
de MAPK par la toxine LF= facteur Létal)
qui produisent des messagers secondaires
(adénylate cyclase par la toxine EF=Facteur oedémateux) ou activent des kinases
cellulaires (activation de MAPK (Mitogen-activated protein kinase) par la toxine LF=Facteur
Létal)

13
16
Module : Bactériologie Générale

Fixation du
présentateur d'Ag
Fixation des facteurs

Fixation du
présentateur d'Ag
Fixation des facteurs

Internalisation
Destruction de MAPK, (endosome)
synth. d'AMPc Internalisation
Destruction de MAPK, (endosome)
synth. d'AMPc

Les manifestations de la fièvre


Les manifestations decharbonneuse due à due
la fièvre charbonneuse Bacillus anthracis
à Bacillus seront
anthracis variables
seront variablesselon les
Les manifestations
espèces : formes externes de la fièvrechez
localisées charbonneuse
le porc, due à Bacillus
formes anthracis
internes seront variables
septicémiques chez les bovins qui
selon les espèces : formes externes localisées chez le porc, formes internes
selon les espèces : formes externes localisées chez le porc, formes internes
conduisentsepticémiques
à des hémorragies.
chez les bovins qui conduisent à des hémorragies.
septicémiques chez les bovins qui conduisent à des hémorragies.

Fièvre charbonneuse chez un porc, chez un veau - Botulisme aviaire - Tétanos sur un chien
Fièvre charbonneuse chez un porc, chez un veau - Botulisme aviaire - Tétanos sur un chien

Pour les toxines A-B agissant sur le trafic vésiculaire, elles bloquent la libération des
neurotransmetteurs au niveau de la membrane présynaptique. Soit l’acétyl-choline n’est pas
libérée, soit la glycine, conduisant soit à une paralysie flasque (toxine botulique), soit à une paralysie
spastique (muscles raides et très tendus, toxine tétanique).

17

17

14
b) LPS des Gram-

Il correspond à une endotoxine : une toxine qui appartient au corps bactérien, libérée uniquement
en cas de lyse cellulaire.

Le LPS est très stable que ce soit par rapport à la chaleur, au pH ou aux oxydants.
Il possède un pouvoir toxique non spécifique : quelle que soit l’espèce animale, quelle que soit
l’espèce bactérienne, il aura la même action toxique qui se traduira par les mêmes manifestations
cliniques. Le seul changement sera la faible/forte dose (réaction inflammatoire avec fièvre/choc
endotoxique avec CIVD (Coagulation Intravasculaire Disséminée).

Toxine botulique : libérée par clostridium botulia. Une fois libérée elle migre pour aller aux
terminaisons nerveuses et empêchent la libération d’acétylcoline en se plaçant dans l’espace
synaptique pas de transmission normale de l’influx nerveux pour contracter un muscle. Par
exemple : le muscle ne reçoit jamais la contraction et reste flasque  paralysie flasque

Toxine tetanique : au niveau des terminaisons, empêche la libération de glycine  inhibe la


décontraction -> muscle reste en contraction, tétanisé contraction rigide. Ex : Tétanos chez
cheval, veau, homme : le tétanos provoque paralysie des muscles respiratoires. Ex RHL : le
Botulisme chez les bovins : ils ne peuvent plus se relever à cause de la mollesse de leurs muscles.

Remarque : certaines toxines protéiques sont dénaturables : perte du pouvoir toxique mais elles
restent immunogènes (donc capable d’induire la synthèse d’ Ac)  principe même de la
vaccination (on a injecté une anatoxine).

15
Module : Bactériologie Générale

(réaction inflammatoire avec fièvre/choc endotoxique avec CIVD Coagulation


Intravasculaire Disséminée).

MECANISME D'ACTION

*TNF : Facteur *deTNF Nécrose


: FacteurTumorale
de Nécrose Tumorale
* l’activation du PAF Facteur Activateur de Plaquettes assure la coagulation et la vasodilatation des
vaisseaux sanguins.
* le complément est un système
* L'activation du PAF impliqué dans la de
Facteur Activateur réponse immunitaire.
Plaquettes assure la coagulation et la
* C3a et C5a sont considérés comme des
vasodilatation des vaisseaux sanguins.médiateurs de la réponse.

* Le complément
En cas de choc toxique, est un système
on ne traitera que « impliqué dansvoit
ce que l’on la réponse
» : immunitaire.
- Combattre lesetsymptômes
* C3a par une
C5a sont considérés fluidothérapie,
comme quidevalarectifier
des médiateurs réponse. l’hypovolémie
- Combattre les bactéries par des antibiotiques bactéricides (qui tuent les bactéries) ou
Module : Bactériologie Générale
bactériostatiques (inhibent la multiplication bactérienne). Cependant les bactéricides
entrainent la lyse des bactéries, qui libèrent le LPS ou des toxines…
En cas de choc toxique, on ne traitera que "ce que l'on voit" :
Dans un cas de septicémie, il faut taper vite et fort : on a longuement hésité, tous les
Dans un cas cliniciens
de
- Combattre nesymptômes
septicémie,
les sont pas d'accord,
il faut «par
taper mais
une vite généralement
et onvaaon
fort » :qui
fluidothérapie, se contentera
longuement
rectifier d'un bactéricide.
hésité,
l'hypovolémie tous les cliniciens
ne sont pas
- d’accord,
Combattre mais généralement
les bactéries on se contentera
par des antibiotiques d’un(qui
bactéricides bactéricide.
tuent les bactéries) ou
bactériostatiques (qui inhibent la multiplication bactérienne). Cependant les bactéricides
entraînent la lyse des bactéries, qui libèrent le LPS (pour les Gram -) ou des toxines ...
RAPPEL sur le LPS des Gram - :
P

19

 Le LPS est également toxique du fait de l’Ag0 des chaînes oligosaccharidiques


(reconnaissance par l’hôte et déclenchement de la réponse immunitaire)
Le LPS est également toxique du fait de l'Ag0 des chaînes oligosaccharidiques
(reconnaissance par l'hôte et déclenchement de la réponse immunitaire)
Il est assez immunogène 16
Il induit la synthèse d'Ac opsonisants qui permettent seulement la phagocytose de la
bactérie, sans action sur les toxines déjà libérées, MAIS PAS la synthèse d'Ac
 Il est assez immunogène
 Il induit la synthèse d’Ac opsonisants qui permettent seulement la phagocytose de la
Le LPS est également toxique du fait de l'Ag0 des chaînes oligosaccharidiques
bactérie, sans action sur les toxines déjà libérées, MAIS PAS la synthèse d’Ac neutralisants
(reconnaissance par l'hôte et déclenchement de la réponse immunitaire)
qui agissent sur les toxines.
Il est assez immunogène
 On ne peut pas séparer toxicité et Ag, quand les toxines sont libérées il est impossible de
Il induit la synthèse d'Ac opsonisants qui permettent seulement la phagocytose de la
prévenir un choc toxique.
bactérie, sans action sur les toxines déjà libérées, MAIS PAS la synthèse d'Ac
Ex RHL:neutralisants qui agissent
Cas d’une bactérie sur les
traitée avectoxines.
de la chaleurr ou du VPH acide on obtient une bactérie
inactivée, qui a perdu son pouvoir pathogène
On ne peut pas séparer toxicité et Ag, maislesqui
quand a gardé
toxines sontà libérées
sa surface ses
il est Ag. Le fait d'inoculer
impossible
cela à undeanimal (pas
prévenir un d'infection)
choc toxique.cela va permettre la synthèse des Ac qui vont neutraliser la
bactérie.
 Peut-on prévenir le choc toxique?
Même en détruisant la bactérie le lipide A sera toujours present et sera rattavhé au core et aux
chaînes latérales O, donc impossible à prévenir.
BILAN sur les toxines bactériennes :
Bilan sur les toxines bactériennes :
Toxine protéique LPS
Composition Protéique Glucido-lipido-protéique
Synthèse
Exotoxine, Exo-endotoxine, Endotoxine Endotoxine

Stabilité Dénaturables Très stable


Pouvoir toxique Elevé et Spécifique Non spécifique

5- Les toxines bactériennes : pouvoir antigénique

Sérothérapie : si un individu infecté par des toxines tétaniques n’est pas vacciné, on lui injecte un
sérum qui contient des anticorps ce qui empêche la toxine d’agir.

En effet, les toxines protéiques sont dénaturables


20 : elles perdent leur pouvoir toxique mais
permettent toujours la synthèse d’anticorps => principe de la vaccination

Avantage de la sérothérapie :
Lors d’une vaccination, il faut attendre 10 à 15 jours pour que la réaction inflammatoire se fasse,
alors qu’avec la sérothérapie la protection est immédiate.

17
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


TD1 BACTERIOLOGIE
GENERALE
Morphologie et structure des eubactéries

I QCM

1 - Les eubactéries
✔ sont des protistes
✔ sont haploïdes
✗ se divisent par mitose
✔ possèdent une membrane cytoplasmique
✔ sont des procaryotes
✗ possèdent comme seul acide nucléique de l'ADN chromosomique

Rappel: Les protistes sont tous les organismes unicellulaires possédant les
caractères du règne animal et végétal. Ils sont haploïdes (une seule copie du
chromosome contrairement aux eucaryotes qui ont un double chromosome), se
divisent par scissiparité, ont des plasmides.

2 - Associer les éléments suivants deux à deux :

Archéobactérie procaryote sans paroi de peptidoglycane


Algue Photosynthèse
Bactérie paroi cellulaire composée de
peptidoglycane
Mycète paroi cellulaire composée de chitine
Helminthe animal pluricellulaire
Protozoaire structure cellulaire complexe dépourvue de
paroi
Virus Acellulaire
Rappel : Les archéobactéries vivent dans des milieux extremes notamment à haute temperature

3 - Indiquer si les propositions suivantes sont vraies ou fausses


• On trouve des algues parmi les microbes => Vrai
Par exemple des cyanobactéries.
• Les archéobactéries sont des bactéries découvertes dans les
fouilles archéologiques => Faux

1/6
• La mycologie est l’étude des bactéries des contrées froides => Faux
La mycologie est l’étude des champignons
• Un protoplaste est une cellule dépourvue de paroi => Vrai
Il s'agit des bactéries Gram + dépourvues de peptidoglycane.
Rappel: chez les Gram- c’est le sphéroplaste.

• Les procaryotes peuvent se nourrir par phagocytose => Faux


Les bactéries se nourrissent par absorption: il y a diffusion des aliments à
travers la membrane qui sélectionne ce qui doit passer ou pas.

• La scissiparité bactérienne dure moins de 10 minutes => Faux


Le temps de generation est d’au moins 20min

4 - Parmi les techniques utilisées pour mettre en évidence la présence de


bactéries, laquelle(s) est (sont) la(s) plus utilisée(s) pour le diagnostic médical ?
✔ Microscopie optique
✗ Microscopie électronique
✔ Examen à l'état frais
La présence de polynucléaires neutrophiles est révélatrice d'une
infection bactérienne.
✔ Examen après coloration
✗ Examen par immunofluorescence
Rappel: Le microscope électronique permet d’observer des structures fines et
détaillées (membrane, chromosomes, plasmides..) mais il est peu utilisé pour un
diagnostique medical, ce qui est surtout important en bactériologie c’est de savoir si la
bactérie est Gram + ou -.
L’état frais permet de repérer des bactéries sur un prélèvement et éventuellement la
presence de polynucléaires neutrophils (PN). Cela serait synonyme d’une réponse
immunitaire, d’une reaction inflammatoire  Les PN sont les témoins de l’infection.
L’immunofluorescence permet de détecter les Ag bactériens. Cependant ce n’est pas
toujours utilisé car les bactéries changent d’Ag ! Il faut donc connaître le type de
bactérie avant.

5 – Qu’est ce qu’une capsule ?


Couche de polymères protéique ou polysaccharidique qui adhère à la paroi bactérienne et
confère à la bactérie une résistance supplémentaire.
- Permet à la bactéries l’adhésion aux surfaces inertes ou vivantes, et ainsi la formation
de biofilm.
- Protège la bactérie de la phagocytose.
- Support d’antigène de surface (Ag K d’E. coli)

6 - L'affinité tinctoriale des eubactéries dans la coloration de Gram dépend


✔ De l'épaisseur de la paroi
✗ De la richesse du cytoplasme en ribosomes
✗ De la teneur en lipides de la cellule
✔ De la fixation du violet de gentiane sur la paroi
✔ De la composition chimique de la paroi
✗ De la présence de stérols dans la membrane cytoplasmique

2/6
Rappel: Les Gram+ ont une paroi plus épaisse que les Gram- .

7 - La paroi des bactéries à Gram positif


✔ Est épaisse
✔ Est riche en acide N-acétylmuramique (sucre composant le
peptidoglycane)
✗ Est dépourvue de peptidoglycane
✔ Contient des acides téichoïques
✗ Est riche en lipides
La teneur en lipides est à peu près identique aux autres membranes sauf dans le
cas des Mycobactéries où elle est élevée

Remarque RHL : La question 8 n’existe pas même sur le corrigé de la prof.

9 - Le lipopolysaccharide des eubactéries


✔ Est spécifique des eubactéries à Gram négatif
✔ Est composé d'oses associés au lipide A
✗ A une activité toxique supportée par les chaînes oligosaccharidiques
L'activité toxique est supportée par la lipide A
✔ Est le support structural de l'antigène O des Enterobacteriaceae
✗ Constitue une barrière de perméabilité aux molécules hydrophobes
✗ A une fonction mécanique de maintien de la pression
osmotique intracellulaire

10- Le peptidoglycane :
✔ Il est responsable de la coloration différentielle de Gram
✗ Les bactéries Gram négatif en sont dépourvues
✔ Le lysozyme hydrolyse les liaisons glucosidiques
✔ La pénicilline hydrolyse les liaisons interpeptidiques
La pénicilline agit en saturant les transpeptidases (pas de liaison entre les
différentes
unités de sucre via un pont peptidique).
✗ Il est absent de la paroi des spirochètes
Les Spirochètes sont une famille bactérienne à Gram -

11 - L'endospore bactérienne
✗ Est un élément structural facultatif d'Escherichia coli
✔ Est un élément structural facultatif des espèces du genre Bacillus
✔ Est un élément structural facultatif des espèces du genre
Clostridium
✔ Résiste aux antibiotiques et à certains antiseptiques
✔ Est antigénique
✗ Survit à un chauffage à 140°C 30 minutes en chaleur humide
Un chauffage de 120 °C suffit à les détruire.
Rappel : La spore bactérienne est antigénique.

3/6
12 – Quel est l’appariement incorrect ?
A Glycocalix – adhésion
B Pili – transport de matériel génétique (ADN)
C Membrane plasmique – forme de la bactérie => c'est la paroi bactérienne qui est
responsable de la forme de la bactérie
D Paroi cellulaire – protection du milieu intracellulaire
E Membrane plasmique - échanges

II Restitution de connaissances
1 - Compléter le tableau suivant par les couleurs pouvant être
observées à chaque étape :

Gram + Gram -
Violet de cristal Violet Violet
Iode Violet Violet
Alcool-Acétone Violet (l'alcool ne détruit pas Incolore (l'alcool détruit les
les colorants) colorants)
Safranine Violet Rose (cette étape permet de
rendre visible les bactéries
Gram -)

Rappel: L’alcool-acétone provoque la différenciation : pour les Gram- la couleur


s’échappe par les pores et la cellule deviant incolore (d’où la Safranine pour les colorer
en rose).

2 - Pourquoi les colorants basiques colorent-ils les bactéries ?


NB : comprendre basiques au sens de standards
La paroi bactérienne est chargée négativement et les colorants basiques sont chargés
positivement, il ya alors une fixation par attraction.

3 - Vous avez ci-dessous un cliché pris en microscopie électronique d'une


bactérie. Cette bactérie est-elle à Gram positif ou à Gram négatif. A
quoi correspondent les différents éléments numérotés de 1 à 5 ?

3
4
5

1 : Paroi bactérienne
2 : Membrane plasmique
3 : Cytoplasme
4 : Noyau

4/6
5 : Plasmide
C'est une bactérie Gram + car on observe que la paroi est épaisse

4 - Pourquoi le terme de peptidoglycane ?


Composé de deux parties, une partie peptidique en ramification et une partie
glucidique (glycane)

5 - Citez les éléments structuraux pouvant permettre l'adhésion d'une bactérie


aux cellules de l'organisme.
L'adhésion des bactéries aux cellules de l'organisme est permise par :
- la capsule (potentiellement aussi le glycocalyx)
- la couche S
- les fimbriaes

6 - Citez les molécules de surface d'une bactérie ayant des propriétés


antigéniques.
Chez les Gram - il s'agit des chaînes polyosidiques du LPS et chez les Gram + des
acides téichoïques et lipotéichoïques.

7- A propos des flagelles bactériens, que signifient les termes monotriche,


péritriche et lophotriche ?
Monotriche : un seul flagelle au niveau d'une extrémité Péritriche : plusieurs
flagelles répartis sur la bactérie Lophotriche : plusieurs flagelles au niveau des
extrémités

8- Quelle protéine constituant le filament du flagelle bactérien ?


Il s'agit de la flagelline.

5/6
On apprend à dessiner !

6/6
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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TD 2 BACTERIOLOGIE GENERALE
Eléments de la physiologie bactérienne

1. Compléter les propositions suivantes:

1) Les micro-organismes qui puisent leur énergie dans le rayonnement lumineux


sont appelés phototrophes.
2) L' AW (water activity) est un paramètre qualifiant l'activité de l'eau c'est-à-dire sa
disponibilité.
3) Le temps de génération exprime le temps nécessaire à un doublement de la
population bactérienne ou de la biomasse.
4) Dans la technique de dénombrement cellulaire par culture sur milieu solide, on
appelle Unité Formant Colonies (UFC) une colonie car elle n'est pas forcément
issue d'une seule cellule.
5) La phase exponentielle constitue la période essentielle de la croissance où le
temps de génération et le taux de croissance peuvent être définis.
6) Le catabolisme est l'ensemble des réactions qui convertissent les nutriments en
métabolites nécessaires aux biosynthèses.
7) La respiration correpond chez un organisme, à la possession d'une chaîne
respiratoire (chaine de transport électronique) liée à une membrane
cellulaire et entraînant un flux unidirectionnel d'électrons dans un sens et un flux
équivalent de protons dans l'autre sens.

2. Indiquer si les propositions suivantes sont vraies ou fausses:


1) Le terme auxotrophe désigne les micro-organismes capable de se développer
avec du CO2 comme seule source de carbone. => Faux
Ce sont des organismes qui nécessitent des facteurs de croissance pour se
multiplier, par exemple des substances bactériennes pour se développer.

1/4
2) Le terme "facteur de croissance" désigne une substance qui doit entrer
impérativement dans la composition d'un milieu de culture destiné à étudier la
croissance des micro-organismes. => Faux
Les facteurs de croissance ne sont pas indispensables.

3) Un milieu d'enrichissement est un milieu liquide destiné à favoriser la croissance


d'un micro-organisme au détriment des autres, en agissant sur la vitesse spécifique
de croissance. => Vrai
Il contient des molécules qui inhibent la croissance de certaines bactéries et des
molécules qui favorisent la croissance d'autres bactéries. Le milieu est liquide afin de
permettre aux molécules d'agir de manière homogène.

4) L'avantage d'une culture en continu réside dans le fait que l'on peut assurer une
croissance indéfinie simplement en éliminant régulièrement une fraction de la
biomasse afin de ne jamais atteindre la phase stationnaire. => Vrai en apportant
du milieu nutritive neuf
Dans une culture en continue, on élimine régulièrement une fraction de la
biomasse ET on ajoute régulièrement du milieu nutritif au bouillon de culture (il faut
les 2 conditions !).

5) Un organisme aérobie strict peut utiliser la respiration dite anaérobie en


l'absence d'oxygène. => Faux
Par définition, il est STRICTEMENT aérobie !

6) L'ATP est la seule réserve d'énergie utilisable directement. => Vrai


Sauf dans le cas de certaines bactéries (nitrates).

7) Comment désigne-on les micro-organismes pouvant se développer sur des


aliments stockés dans un réfrigérateur ?
Ce sont des bactéries cycrophiles

3. Bacillus subtilis est une bactérie aérobie stricte


1) Citer le milieu de culture qui permet de mettre en évidence ce type
respiratoire et donner son principe d'utilisation, faire un schéma du résultat
obtenu avec Bacillus subtilis.
2/4
On utilise un milieu VF (viande-foie) dans lequel on ensemence les bactéries
par piqûre puis on incube pendant 24h. 3 résultats sont possibles :
- des colonies se sont développées sur tout le tube, il s'agit de bactéries
aéro- anaérobies facultatives
- des colonies se sont développées uniquement à la surface (en haut) du
tube, il s'agit de bactéries aérobies strictes
- des colonies se sont développées au fond du tube, elles sont donc
anaérobies strictes
Ici, Bacillus subtilis est une bactérie aérobie stricte donc on observe des
colonies uniquement à la surface du tube.

2) Indiquer la voie de dégradation du glucose que cette bactérie peut


utiliser et préciser la nature de l'accepteur final d'électrons.
C'est une bactérie aérobie stricte donc le glucose subit d'abord la glycolyse
pour donner de l'acide pyruvique, lui-même décarboxylé en acétyl CoA
puis il entre dans le cycle de Krebs et enfin, fonctionnement de la chaîne
respiratoire avec comme accepteur final l'O 2.

3) Cette bactérie peut cultiver en absence d'oxygène quand on lui fournit dans
un milieu des nitrates. Expliquer ce phénomène.
Cette bactérie possède la nitrate réductase qui lui permet de réduire le nitrate en
nitrite. D'autres bactéries, présentent dans le milieu, peuvent dégrader ce nitrite en
azote, source d'énergie

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TD 3 : BACTERIOLOGIE GENERALE
Eléments de génétique bactérienne

1 - Les cellules bactériennes peuvent échanger de l'ADN d'une bactérie donatrice


vers une bactérie réceptrice par un mécanisme de
✔ transformation
✗ mutation
✗ transposition
✗ recombinaison homologue
✔ conjugaison
✔ transduction généralisée ou restreinte

2 - La transposition
x est un mode recombinaison entre deux molécules d'ADN
✗ nécessite une courte zone d'homologie entre les 2
molécules recombinantes
✔ nécessite une synthèse d'ADN et une transposase
✗ est une propriété propre aux transposons
✗ nécessite la protéine RecA
✗ aboutit toujours à la conservation de l'élément transposable par la molécule
d'ADN donatrice

3 - Trouvez les correspondances (1 lettre- 1 numéro ; un des numéros correspond à


deux propositions)

1 La conjugaison A est un mécanisme d'échange d'ADN horizontal entre


une bactérie donatrice et une bactérie receveuse qui
permet essentiellement le transfert de gènes
plasmidiques.
2 La transduction généralisée B est un mécanisme d'échange d'ADN horizontal entre
une bactérie donatrice et une bactérie receveuse qui
nécessite un bactériophage.
3 La transformation C est un mécanisme d'échange d'ADN horizontal entre
une bactérie donatrice et une bactérie receveuse qui
permet assez souvent le transfert horizontal de gènes
d'une espèce bactérienne à une autre espèce
bactérienne .
D est un mécanisme d'échange d'ADN horizontal entre
une bactérie lysée et une bactérie receveuse qui
permetessentiellement le transfert de gènes portés par
le chromosome .

1/4
A B C D
1 2 1 3

Exercice 1: Expérience de Griffith (1928)

Les pneumocoques (Streptococcus pneumoniae) capsulés injectés par voie intrapéritoniale


sont virulents pour la souris dont il provoque la mort. Lorsqu'on inocule par voie
intrapéritoniale des souris avec un mélange de pneumocoques capsulés virulents tués par la
chaleur et de pneumocoques non capsulés avirulents, les souris meurent de septicémie et
on réisole dans le sang des pneumocoques capsulés

Comment expliquez-vous le dernier résultat ? Définissez le mécanisme qui en est à


l'origine.
Il y a eu lyse de la bactérie capsulée et recombinaison de l'ADN des 2 pneumocoques rendant
le pneumocoque non capsulé virulent. Le mécanisme expliquant l’expérience de Griffith est un
mécanisme de transformation (un fragment d'ADN libre provenant d'une bactérie donatrice est
introduit dans une bactérie réceptrice puis intégré dans le génome de cette bactérie), suite à la
lyse bactérienne par chauffage du Streptocoque capsulé, il ya transfert du gène codant pour la synthèse
d’une capusle, gène acquis par le streptocoque non capsulé, qui devient capable de synthétiser une
capsule ce qui lui procure une virulence, induisant la mort de la souris.

2/4
Exercice 2: Expérience de Zinder et Lederberg (1952)
- -
La culture de 2 mutants auxotrophes de Salmnella Typhimurium, l'un His , l'autre trp , dans les
2 branches d'un tube en U séparées par un filtre de verre poreux perméable aux grosses
molécules et aux virus mais pas aux bactéries permet d'obtenir des recombinants
prototrophes dans une des branches du tube a une fréquence supérieur à celle des mutations
(10-5).

Que s'est il passé dans les deux branches du tubes en U de l'expérience et quel sont les
différents étapes de ce mécanisme ?
Un mécanisme de transduction suivant les étapes ci dessous :
- infection de S. Typhimurium His- par un bactériophage qui a acquis le caractère trp+
- transfert du bactériophage à travers le filtre de verre
- infection de S. Typhimurium trp- par le bactériophage qui devient S. Typhimurium trp+ et de ce
fait prototrophe

3/4
La bactérie a acquit la capacité à synthétiser des substances nécessaires à sa prolifération. Or
les bactéries sont trop grosses pour passer à travers le filtre donc il y a eu passage d'un virus
qui a fait office de vecteur d'un fragment d'ADN. Il y a eu transduction : le virus infecte une
bactérie donatrice, récupère un fragment d'ADN puis infecte la bactérie receveuse et lui donne
le fragment d'ADN

En quoi ce mode de transfert diffère-il de la conjugaison ?


La conjugaison s’effectue via un pili sexuel (directement) contrairement à la transduction qui nécessite un
bactériophage comme véhicule.

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DIAGNOSTIC BACTERIEN

Sommaire :
Introduction
1 Diagnostic direct
2 Diagnostic indirect
3 Applications

Introduction
Contexte : Infection bactérienne
But : établir un diagnostic
Il existe deux types de diagnostic : direct (on voit la bactérie ou un de ses éléments) et indirect (on utilise la
sérologie : on repère les anticorps).

1. Diagnostic direct

· Examen frais : on observe la bactérie au microscope


- Avantages : simple, rapide
- Inconvénients : incomplet (ne permet pas d’identifier la bactérie), dépend du type de prélèvement, dépend
de la quantité prélevée (possibilité de faux négatifs)
ð Test peu spécifique et peu sensible

· Isolement bactérien :
- Avantages : complet, diagnostic de référence
- Inconvénients : lent (le temps de culture dépend de la bactérie étudiée), risques de contamination, +/-
couteux (20 aines d’euros), sécurité (dépend du pathogène étudié)

· PCR : mise en évidence d’ADN bactérien


- Avantages : rapide (en une journée), pas de problème de sécurité après l’extraction de l’ADN, spécifique
selon les amorces, abordable (30 à 50 euros)
- Inconvénients : possibilité de problème d’amorce (en effet, une amorce universelle pour entrainer un faux
positif)
Mécanisme : extraction de l’ADN puis PCR (besoin d’une amorce qui s’hybride sur l’ADN bactérien) puis possibilité de
séquençage.

· Mise en évidence d’antigènes : on utilise pour cela des anticorps. Cette méthode est très spécifique mais il
faut une suspicion au préalable

S’il y la présence de bactéries exigeantes (type mycobactérie, mycoplasme…), on privilégie la PCR par rapport à
l’isolement bactérien.
2. Diagnostic indirect
On réalise une sérologie pour repérer les anticorps. Pour cela on prélève du sérum que l’on met en contact avec une
batterie d’antigènes bactériens (souches des bactéries). S’il y a une liaison antigène-anticorps, on observe une
réaction d’agglutination.

· Avantages : Spécifique
· Inconvénients :
- Il n’est pas possible de distinguer les individus malades des individus porteurs sains ou vaccinés
- Il faut 10 à 15 jours après l’apparition des signes cliniques pour que les anticorps soient détectables : il y a
donc un problème de délai è diagnostic tardif

3. Applications
3.1 Mammites
a) Si on a plusieurs cas, il est possible de comparer les différentes souches. Si ce sont les mêmes alors la
bactérie est responsable de la mammite.
Si on a qu’un cas :
Critères d’interprétation :
- Rôle étiologique de l’espèce bactérienne (dictionnaire de bactériologie médicale, PubMed)
- Pureté de l’isolement (pas de contamination)
- Répétition de l’isolement
- Présence de polynucléaires neutrophiles (témoins d’une infection bactérienne)

b) Les entérobactéries sont toutes Gram- donc ont des LPS composés du lipide A qui est toxique. L’effet
toxique identique dépend uniquement de la dose (fièvre à choc endotoxique). Quand les toxines du liquide A
sont libérées en grande quantité, on observe le syndrome de la vache couchée.

3.2 Broncho-pneumonie chez un chien


a) cf critères ci-dessus
Rôle étiologique de l’espèce bactérienne et concordance des signes cliniques.

b) Cette maladie s’appelle la toux du chenil. Elle a plusieurs origines. Soit elle est causée par un virus qui est un
Adénovirus, soit elle est due à une bactérie qui s’appelle Bordetella bronchiseptica.

c) Il aurait été possible de rechercher des polynucléaires neutrophiles.

3.3 Diarrhée néonatale et déshydratation chez des veaux

Veau 1 : Isolement d’E. coli dans les selles normal, pas d’aide au diagnostic, permet la mise en place d’un traitement
mais pas d’une prophylaxie.

Veau 2 : ETEC (F5) se fixe sur les entérocytes. Ainsi, le diagnostic est plus fin et il permet la mise en place d’un
traitement car Salmonella est aussi à l’origine de ce type d’infection. Il faut choisir un vaccin qui contient la valence
anti F5 (=> saturation du F5 et empêchement de la fixation de la bactérie sur les entérocytes).

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TP de bactériologie

Isolement et identification d’une souche


bactérienne dans un contexte diagnostic

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

Dans ce TP, nous allons étudier la méthode pour identifier une espèce bactérienne dans le
cadre d’une mammite.

En effet, lors d’une infection, il est important de savoir quel est l’agent pathogène afin de
pouvoir donner un traitement approprié à l’animal.

Bien que la mammite puisse être traitée avec des antibiotiques à large spectre (non
spécifiques, donc efficaces contre la plupart des bactéries), il faut éviter leur utilisation et cibler une
espèce afin d’éviter le développement de résistances bactériennes.

I/ La mammite bovine

Lorsqu’une vache présente une mammite, on constate une forte inflammation de la mamelle
avec une tuméfaction, de la douleur et des œdèmes, et éventuellement une atteinte de l’état
général. Celle-ci est d’origine infectieuse, plus particulièrement bactérienne.

Lors de l’infection, les micro-organismes infectent la mamelle en entrant par l’extrémité du


trayon, puis migrent au niveau du quartier de la mamelle et on retrouve des cellules inflammatoires
(les leucocytes) dans le sang. Une mammite ne concerne donc en général pas tous les quartiers du
pis de l'animal. Le plus souvent la maladie demeure subclinique avec altération de la composition du
lait et diminution de la production.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

En élevage laitier spécialisé, les mammites provoquent des pertes économiques importantes
(lait non produit, impropre à la consommation, altération de la qualité du lait) et constituent un
risque de santé publique (bactéries pathogènes et résidus antibiotiques).

Figure 1 : Mécanisme d'apparition d'une mammite

II/ Les différents types de mammites


On retrouve différents germes selon la source de la contamination :

 Les bactéries à réservoir mammaire (= se trouvant à la surface de la mamelle) :


Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Corynebacterium bovis. La contamination
a lieu au cours de la traite par contagion ; ces bactéries sont principalement responsables de
mammites sub-cliniques (non détectables à l'œil nu car pas de symptômes visibles) qu'il est
parfois difficile de guérir en cours de lactation. La période de tarissement est alors mise à
profit pour traiter les quartiers infectés aux antibiotiques.

Figure 2 : Staphylococcus Figure 3 : Streptococcus agalactiae


aureus
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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

 Les bactéries se trouvant dans l'environnement (litière,


champ) : Streptococcus uberis (que l'on aussi au niveau
mammaire), Enterobacteriacae (Salmonelles, E. coli ...). La
contamination a lieu à l'étable ou au champ ; ces bactéries
entrainent généralement des mammites cliniques, qui
peuvent aller jusqu'à la mort rapide de l'animal en
l'absence de traitement adapté. Ces mammites sont par
contre considérées comme ponctuelles.
Figure 4 : Enterobacteriacae

Lorsque la mammite est sub-clinique cela signifie qu’il n’y a pas de symptômes visibles, mais
que des leucocytes sont présents dans le lait.

La mammite clinique est en revanche symptomatique : la vache a le pis rouge et enflé,


chaud, le lait est souvent grumeleux, odorant et peu abondant, l’état général est dégradé (fièvre,
anorexie, abattement → syndrome de la vache couchée).

Signes cliniques Sain Subclinique Clinique

Bactéries - + +

- comptage
+ et comptage
Lait anormal - leucocytaire élevé
leucocytaire élevé
uniquement

Vache anormale - - +

III/ Identification de l’espèce bactérienne


Cette étape est à ne jamais délaisser.

En effet identifier les bactéries responsables de la mammite permet de cibler la bonne


espèce bactérienne et d’utiliser le bon antibiotique à spectre étroit.

RAPPEL : Il faut éviter les antibiotiques à large spectre, car ils engendrent des résistances
bactériennes, ce qui peut être à l’origine de futurs traitements inefficaces.

L’identification bactérienne se fait sur des méthodes phénotypiques et moléculaires.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

A) Méthodes phénotypiques

Elles s’appuient sur les caractères de la bactérie. 3

1. Caractères culturaux et coloration de Gram


1
 L’isolement se fait à partir du prélèvement, ici du lait. On dépose 2
une goutte (30μL) de lait avec une öse stérile sur une gélose non
sélective, puis on étale en 3 fois le prélèvement pour isoler les
bactéries. On incube 24h à 37°C, puis on constate le
développement d’un tapis bactérien et de colonies. Figure 5 : Isolement par
On peut valider l’isolement : épuisement après incubation
 S’il est pur : pas de contamination, présence de colonies
identiques seulement.
 S’il y a au moins 5 colonies isolées, pas qu’un tapis cellulaire.

On effectue ensuite un examen des colonies :

 Taille
 Forme : bombée, plate, ombiliquée, rondes, à bords dentelés
 Opacité : transparent, translucide, opaque
 Consistance : lisse, rugueuse Figure 6 : Exemples
d'hémolyses
 Couleur : crème, parfois pigmentées
 Hémolyse = capacité à lyser les globules rouges :
- α : hémolyse intermédiaire où la colonie a un contour vert
- β : hémolyse totale où la colonie à un contour clair

 La Coloration de Gram se fait à partir d’une colonie bactérienne qui est émulsionnée dans
de l’eau physiologique, séchée (fixation) et colorée.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

Figure 7 : Coloration de Gram

On complète l’identification en regardant la morphologie des bactéries (coques, bacilles), la


taille, et éventuellement le mode de groupement (isolées, grappes, chaines,…).

2. Caractères enzymatiques

On souhaite étudier le métabolisme énergétique des bactéries afin de déterminer la famille


bactérienne et la galerie API à utiliser par la suite. Pour cela on se base sur les résultats du Gram.

 Pour des bactéries Gram-, on fait le test de l’oxydase :


Ce test permet de mettre en évidence une enzyme : la phénylène
diamine oxydase des bactéries à partir de leur culture en milieu
gélosé.
Cette enzyme est capable d’oxyder un réactif : le N diméthyl
paraphénylène diamine.
En pratique on recueille une colonie de bactéries à Gram- avec un
écouvillon et on dépose une goutte de réactif.
- Si la colonie prend une teinte rose, violette. Le germe possède une oxydase
(cytochrome C) : le test est positif.
- Si la colonie reste incolore, le germe ne possède pas d’oxydase, le test est négatif.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

 Le test de la catalase est utilisé pour les bactéries Gram+. Il s'agit de


mettre en contact une colonie de la bactérie à étudier en présence
d'eau oxygénée. Une effervescence (dû à un dégagement de
dioxygène) signe la présence d'une catalase. La catalase est une
oxydoréductase qui catalyse la dismutation du peroxyde
d'hydrogène (H202) en eau et dioxygène.
- Apparition de bulles, dégagement gazeux de dioxygène :
catalase +
- Pas de bulles : catalase –

2. Types respiratoires

Il existe trois types respiratoires, on peut les mettre en évidence en ensemençant par piqûre
le long d’un tube contenant de la gélose viande foie régénérée et refroidie (liquide après chauffage).
Le tube permet d'établir un gradient vertical d'O2. On incube 24h à 37°C.

 Les bactéries micro-aérophiles : se développent avec peu d’O2, elles sont donc juste sous la
surface de la gélose.
 Les bactéries aérobies strictes : ne se développent qu’en présence d’O2. Elles sont dont
uniquement à la surface de la gélose.
 Les bactéries anaérobies strictes : se développent sans O2, celui-ci est toxique pour les
bactéries. La multiplication se fait donc uniquement dans la profondeur de la gélose (pas
d’02).
 Les bactéries aéro-anaérobie facultatives : se multiplient avec ou sans O2. On les retrouve
sur toute la longueur de la gélose, ainsi qu’à la surface en présence d’O2.
Pour les deux derniers types, il est important de noter s’il y a un dégagement gazeux.

3. Types métaboliques
Le test d’oxydation-fermentation (test de Hugh et Leifson) détermine si un organisme
recourt à un métabolisme respiratoire oxydatif ou à un métabolisme de fermentatif pour utiliser un
hydrate de carbone : ici le glucose. On remplit deux tubes, avec de la gélose peptonée (milieu de
culture enrichi en acides aminés et peptides) contenant le glucose et un indicateur de pH, le bleu de
bromothymol, qui rend le milieu vert (pH 7,1). Un des deux tubes est chauffé à la vapeur (pour en
éliminer l’oxygène dissous) et est refroidi rapidement juste avant utilisation. Chaque tube est alors
inoculé avec la culture à tester par piqure. Dans le tube “chauffé”, le milieu est immédiatement
recouvert d’une couche de paraffine liquide stérile (milieu anaérobie). Les deux tubes sont ensuite
incubés 24h à 37°C.

Le jaunissement de l’indicateur de pH indique l’utilisation du glucose. La respiration des


organismes provoque un jaunissement dans le milieu non paraffiné (oxydation en aérobiose). Les
anaérobies facultatifs font jaunir les deux milieux. Dans le milieu recouvert de paraffine, le glucose
est fermenté tandis que dans le milieu non paraffiné, il est d’abord attaqué par l’oxydation, puis par
la fermentation.

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- Quand le milieu est jaune en présence d’O2 : le métabolisme est oxydatif.


- Quand le milieu est jaune sans O2 (avec paraffine) : le métabolisme est fermentatif.
- Quand le milieu est vert : le métabolisme est inactif.

4. Ensemencement de galeries API (autres caractères métaboliques)

Les galeries API contiennent des tests biochimiques avec des réactifs. Cela permet d’étudier
le métabolisme bactérien des sucres et des acides aminés. En fonction des résultats précédents, on
choisit la galerie appropriée.
 Bactéries Gram- : - oxydase + → Galerie API NE
- oxydase - → Galerie API 20E
 Bactéries Gram + : - catalase + → Galerie Staph
- catalase - → Galerie API Strept

Après ensemencement des galeries, on incube 24h à 37°C.


Au moment de la lecture, il faut ajouter certains réactifs selon les protocoles propres à
chaque galerie. La lecture se fait en notant pour chaque test s’il est positif ou négatif. Grâce à l’outil
informatique ou à des tableaux (réalisés à partir de 100 souches bactériennes par espèce), on peut
identifier l’espèce bactérienne.

B) Méthodes moléculaires (seront vues plus tard)

Elles s’appuient sur les propriétés de L’ADN.

 PCR
 Séquençage
 Blast
 ARN 16S

IV/ Mise en place des traitements


Après identification de l’espèce bactérienne, on utilise un antibiotique spécifique à spectre
étroit. Cela permet une plus grande efficacité en diminuant le risque de résistance bactérienne par
rapport à l’utilisation d’un antibiotique à large spectre.

Ainsi au bout de 24 à 48h, l’infection devrait diminuer, et les bactéries vont être éliminées.

S’il n’y a pas d’amélioration, on peut craindre une résistance bactérienne, il faut alors utiliser
un antibiotique de seconde intention, selon les contraintes économiques de l’éleveur.

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

V/ Classification des micro-organismes par groupe de risque


On classe les microorganismes en 4
catégories différentes selon le risque qu'ils
représentent pour la santé humaine et
animale. Elles définissent les précautions
de manipulation en laboratoire.

 Groupe 1 : risque faible ou nul pour les individus


ou la collectivité, non pathogènes pour l'homme
Figure 8 : Symbole international du danger
ou l’animal : ce sont les bactéries que l'on porte
biologique
sur nous ou que l'on mange (Lactobacillus ...)
 Groupe 2 : pathogènes pour l'homme ou
l’animal, contagiosité faible, prophylaxie et traitements efficaces (Staphylococcus aureus)
 Groupe 3 : pathogènes pour l'homme ou l’animal, contagiosité, prophylaxie difficile et
traitements longs et lourds (Bactéries tuberculeuses)
 Groupe 4 : pathogènes pour l'homme ou l’animal, forte contagiosité, sans prophylaxie ni
traitement ; actuellement, ce groupe ne contient aucune bactérie, seulement des virus
comme Ebola

Groupe Niveau de sécurité Type de laboratoire Pratiques de Appareillage de


de risque laboratoire sécurité

1 De base Enseignement de base BPM* Aucun, paillasses sans


protection

2 De base, niveau de Services de santé BPM et vêtements Paillasses sans


sécurité biologique 2 primaires, labo protecteurs, logo de protection et PSM#
d’analyses ou de risque biologique contre le risque
recherche d’aérosols

3 Confinement niveau Diagnostic spécialisé, Comme niveau 2 + PSM classe 2


de sécurité biologique recherche vêtements spéciaux,
3 accès réglementé et
flux d’air dirigé

4 Confinement niveau Manipulation de Comme niveau 3 + PSM classe 3 ou


de sécurité biologique pathogènes sas à air à l’entrée, combinaisons
4 dangereux douche à la sortie et pressurisées, sas, air
élimination filtré
spécifique des
déchets

BPM : Bonnes pratiques microbiologiques PSM : Poste de sécurité microbiologique

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Module : Microbiologie Génrale - TP 1-2 Bactériologie

Lorsque le vétérinaire effectue des prélèvements, il ne sait pas de quel agent il s’agit, ni sa
dangerosité. Il est donc indispensable de toujours porter des gants.

CERISE MARGUERITE
Taille : moyenne Taille : moyenne
Forme : plate Forme : bombée
Opacité : translucide Opacité : opaque
Consistance : lisse Consistance : lisse
Couleur : crème brillante
grisâtre Couleur : blanchâtre
Hémolyse : NON jaunâtre
GRAM- et Oxydase - Hémolyse : NON
Aéroanaérobie- GRAM + et catalase +
facultative Aéroanaérobie-
Métabolisme mixte facultative
Métabolisme mixte
=> Enterobacteriaceae
Faible vitesse de croissance
API => E. coli de type 1
=> Micrococcaceae
API 20E
API => Galerie Staph

MILKA CHOUPETTE
Taille : petite Taille : grande
Forme : plate Forme : bombée
Opacité : Opacité : opaque
translucide Consistance : rugueuse
Consistance : Couleur : blanc-jaunâtre
rugueuse Hémolyse : NON
Couleur : grise GRAM- Oxydase +
Hémolyse α Aérobie stricte
GRAM + et Métabolisme oxydatif
Catalase -
Aérobie-
anaérobie-facultative
Métabolisme inactif => Pseudomonaceae,
Campylobacteriaceae, Brucella, Bordetella,
=> Streptococcaceae (à hémolyse α)
Flavobacteriaceae ...
API => API Strept
API => API NE

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Virologie Générale
Sommaire
I. Historique

II. Importance de la virologie

III. Qu’est ce qu’un virus ?


A. Définition (A. LWOFF)
B. Les moyens d’étude des virus

IV. La structure des virus


A. Structure constante
1) Les acides nucléiques
a. Les virus à ADN
b. Les virus à ARN
2) La capside
B. Les structures inconstantes
1) L’enveloppe ou péplos
2) Les spicules
C. Taille et forme

V. Classification des virus


A. Classification de LHT(Lwoff, Horne, Tournier)

1) Les virus à ADN


a. Les virus nus
b. Les virus enveloppés
2) Les virus à ARN
a. Les virus nus
b. Les virus enveloppés
B. Classification simplifiée de la classification de Baltimore
C. Classification de l'ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses)

VI. Action des agents physico-chimiques

A. Action de la pression
B. Action des radiations
C. Action de la température
D. Action du pH
E. Action des solvants lipidiques
F. Action des antiseptiques et des désinfectants

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Introduction

De nombreux microorganismes peuvent contaminer les êtres vivants : bactéries, parasites,


fungi (notamment les levures responsables de maladies cutanées), virus. Les virus peuvent
contaminer tous les êtres vivants, notamment nos animaux domestiques et l’homme.

Voici cinq exemples de maladies virales :

PIF : Péritonite Infectieuse Féline


La maladie peut prendre deux formes différentes : sèche ou
humide. Le "chat en forme de poire" correspond à la forme
humide de la PIF, qui provoque une ascite abondante
(accumulation de liquide dans l'abdomen), de la fièvre, un ictère
("jaunisse"), et un amaigrissement de l’animal par perte
d'appétit. Il n’existe pas de vaccin contre le Coronavirus
responsable de la PIF, le vétérinaire peut néanmoins soulager
l’animal en pratiquant des ponctions et en administrant des anti-
inflammatoires de type corticoïdes.

Ecthyma contagieux
Du à un Poxvirus chez les petits
Maladie de Carré ruminants et chez l’homme (par
Due à un Morbillivirus , elle est contact avec la peau lésée),
responsable chez le chien responsable de lésions cutanées.
d'écoulements oculaires
importants et d’une
hyperkératose de la truffe et des
coussinets plantaires.

Variole porcine Maladie de Newcastle (ou pneumoencéphalite aviaire)


Due à un Poxvirus, elle est Due à un Paramyxovirus, elle est présente dans les élevages
responsable de lésions avicoles. Les animaux sont immobiles, prostrés et silencieux. En
cutanées, uniquement chez les l’absence de traitement l’évolution est foudroyante (mort de
porcs. l’animal en 48h et propagation à tout l'élevage). Le vétérinaire
pratique alors un diagnostic nécropsique à partir d’animaux au
seuil de la mort, et constate des hémorragies au niveau intestinal
et cardiaque.

En plus des maladies qu’ils engendrent, les virus posent des enjeux de santé publique
auxquels le vétérinaire est confronté dans le cadre d’animaux vivants contaminés (cas de la rage par

Page 2 sur 26
exemple) qui peuvent contaminer l’homme (selon le virus), mais aussi au niveau de l’hygiène en
industrie agro-alimentaire.
La rage, transmise par un rhabdovirus, est considérée comme éradiquée de la France grâce
aux mesures de vaccination des animaux domestiques et sauvages qui ont été prises. Cette
vaccination s’est faite par l’intermédiaire du virus de la variole qui a été modifié pour produire une
glycoprotéine qui protège l’individu contre la rage.

Les virus sont donc très importants pour la conception de vaccins.

Liste complète des virus : http://www.ictvonline.org/

I. Historique
Les maladies infectieuses étaient connues avant même l’identification des agents
responsables.

 2000 ans avant J.C : Les chinois connaissaient déjà la variole alors que l’agent
responsable de cette maladie sera découvert près de 4000 ans plus tard → on ne
connaissait alors pas bien les virus, on les considérait comme des « bêtes étranges ».

 1400 avant JC : En Egypte, des gravures représentent le prête Râ avec une canne car il
souffre d'une paralysie flasque d’un membre : il est atteint de poliomyélite. Ceci montre
l’importance des virus qui peuvent induire des maladies graves à l’origine de séquelles
importantes.

 1796 : Jenner met au point la première vaccination contre la variole. Il constate que les
vachers en contact avec des lésions causées par la variole sur les pis des vaches, ne sont
pas atteints par cette maladie. Il utilise donc le virus bénin présent dans les lésions, qu’il
baptise la vaccine, et l’administre aux individus pour les protéger de la variole grave.

 1892 : Iwanowsky réalise une ultrafiltration de feuilles de tabac atteintes par la mosaïque
du tabac et montre que la maladie n’est pas due à une bactérie. En effet, le but d’une
ultrafiltration est de débarrasser une substance des bactéries qui y sont présentes. Or,
après avoir filtré un broyat de la plante, il administre le filtrat à des feuilles non malades :
la maladie est transmise malgré l'ultrafiltration. Comme on ne peut pas assimiler cette
maladie à l’action de bactéries, elle est due à l’action de substances particulières.
(cours des RHX)
La trilogie du corps (postulat de Koch) était un principe utilisé à l’époque pour savoir si ce
qu’on étudiait était un agent infectieux :
1. Le micro-organisme doit pouvoir être isolé de l'organisme malade et cultivé in vitro.
2. On doit pouvoir reproduire la maladie qu’il induit en l’inoculant à un individu.
3. Tous les individus inoculés avec le même agent infectieux doivent présenter la maladie.

 1898 : On a pu décrire la même chose pour les maladies animales. Ainsi, Löffer et Frosh (2
vétérinaires) découvrent la fièvre aphteuse puis la myxomatose (tumeur appartenant au

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groupe des varioles) affectant les lagomorphes et le sarcome de Rous qui génère des
cancers chez les volailles.

 1902 : Reed découvre l’agent ultra-filtrable de la fièvre jaune, mais il ne sait pas qu’il
s’agit d’un virus.

1902 : D’Herelle (de nationalité canadienne) travaille sur les bactéries à l’institut Pasteur
et il découvre que l’action de l’eau des égouts les détruit. Il isole de cette eau des virus
bactériophages, appelés bactériophages de Shigella, toxiques pour les bactéries Shigella.
Celles-ci sont responsables de dysenterie hémorragique chez l’homme.

Le virus est alors décrit comme un parasite obligatoire des animaux, des végétaux et
des bactéries.

 1932 : Knoll invente le microscope électronique à transmission, ce qui fait


considérablement avancer les recherches car on peut désormais observer les virus.

 1945-1946 : Carrel réalise la première culture de virus in vitro. Les amplifications


cellulaires rendent l’étude des virus plus facile.

 1953 : Lwoff donne la première définition des virus (voir partie III. A ).

[Ces parties ont été abordées de manière non structurée par le prof, le plan des RHX a donc été conservé car il est bien
organisé… ]

II. Importance de la virologie


On a tendance à penser qu’un virus est forcément pathogène et qu’il entraine la mort.
Cependant, un virus est un parasite de cellules diverses et possède des pouvoirs pathogènes
variés.
Dans la plupart des cas :

 Soit il est présent mais n’entraine pas de symptômes, on parle de porteur sain ou porteur
asymptomatique et on dit que l’infection est inapparente. Le porteur asymptomatique
permet alors la pérennisation du virus.

 Soit il est responsable d’une maladie bénigne (forme clinique fréquente).

 Dans 99% des cas la maladie est bénigne ou asymptomatique.

Exemples de maladies bénignes (mais signes cliniques


présents) :
 Coryza : surtout présent chez le chat -> bénin chez l'homme
mais peut être très grave chez le chat voire mortel si la maladie
n'est pas soignée.

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Coryza du chat
 Rhume
 Verrue (=lésion cutanée non cancéreuse)
 Entérite (=inflammation de l'intestin grêle)
 Varicelle-zona : il s’agit du même virus que l’herpèsvirus sauf que le zona est une
réactivation du virus latent dans le SNC qui peut redonner les symptômes de la varicelle lors
d’un stress important.

Il existe aussi des maladies graves bien que peu fréquentes (moins de 1% des virus
engendrent de telles maladies), et ce à cause des symptômes associés ou de surinfections
secondaires.

Exemples de maladies graves :

 Fièvre aphteuse (Picornaviridés, Aphtovirus) : elle affecte le bétail ; extrêmement


contagieuse, elle se caractérise par l'apparition de vésicules puis d’ulcères dans la cavité
buccale, sur les trayons ...
 Myxomatose (Poxvirus) : Un lapin atteint de myxomatose fut importé d’Europe en Australie
pour se débarrasser des lapins sauvages qui détruisaient les cultures, la maladie a décimé la
population entière de lapins de l’île. Les lapins ont donc été réintroduits ensuite sur le
continent.
 Morbillivirose (Paraxyxoviridés) : Elle entraîne des symptômes nerveux comme pour la
maladie de Carré dans l’espèce canine. On peut guérir l’animal mais il garde des séquelles
comme une atrophie musculaire. 2% des animaux atteints développent une septicémie.
C’est également l’agent de la rougeole et des oreillons, fréquents chez les enfants. Une
rougeole mal soignée peut entraîner à long terme une sclérose en plaques (maladie
neurologique auto-immune chronique du SNC, non mortelle).
 Hépatite de Rubarth : équivalente à l’hépatite humaine, entraîne la mort du chien.
 Parvovirose : gastro-entérite hémorragique du chien ; panleucopénie féline (diminution des
leucocytes) = typhus du chat =gastro-entérite infectieuse du chat, le chat est très sensibles
aux maladies et décède dans 95% des cas ; le diagnostic se fait à l’odorat par le vétérinaire
(odeur de putréfaction qui se dégage de la bouche), et le chat est immobile.
 F.I.V (virus de l’immunodéficience féline, Rétroviridés) : SIDA du chat, causé par un
rétrovirus. L’animal meurt dans 100% des cas notamment à cause de maladies
opportunistes.
 Fièvres hémorragiques : hautement pathogènes et mortelles.
 Hépatite fulminante : nécrose massive du parenchyme hépatique
 Herpès encéphalitique : très dangereux chez les immunodéprimés, lésions du parenchyme
cérébral.
 HIV (Rétroviridés)

Les virus peuvent aussi avoir un pouvoir oncogène, c'est-à-dire qu’ils peuvent être capables
d’induire des cancers.

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Exemples de virus à pouvoir oncogène :
 FeLV=Feline Leukemia Virus, BLV=Bovine Leukemia Virus (Rétroviridés, Oncornavirus) : Ils
sont responsables de la leucémie (cancer concernant la lignée blanche).
 Herpès : Un premier bouton apparaît puis la lésion se répand à partir de ce bouton comme si
elle se propageait par reptation sous la peau. Il peut guérir tout seul ou peut-être grave. Le
virus d’Epstein-Barr peut induire la mononucléose infectieuse à l’origine d’une fatigue
permanente. Le lymphome de Burkitt (causé par le virus d’Epstein-Barr), peut-être
responsable en Asie d’un cancer du nasopharynx. En Afrique, il peut être responsable d’un
lymphome du ganglion.
 Papillomavirus : il est associé à des cancers du col de l’utérus
 Hepadnavirus : Hépatite B, entraine parfois un cancer hépatique.

On connaissait l’infection bien avant de connaître le virus. Les virus furent découverts grâce
aux avancées de la technologie. Ils se multiplient obligatoirement sur un support (de la matière
vivante : cellules végétales ou animales, bactéries …). Dans 99% des cas, les maladies qu’ils
engendrent sont inapparentes ou bénignes.

III. Qu’est-ce qu’un virus ?


A. Définition (A. LWOFF)
Quatre points essentiels sont à retenir, il s’agit des quatre caractères fondamentaux de
LWOFF (prix Nobel de médecine et de physiologie en 1953).

Le virus :
1- Est une structure rudimentaire, ne possédant qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou
ARN) donc il est incapable de se reproduire seul.

2- Se reproduit uniquement par réplication à partir de son matériel génétique

3- Est un parasite intracellulaire absolu donc ce n’est pas lui qui effectue sa propre réplication
mais il utilise les matériaux de la cellule hôte.

4- Présente une structure élémentaire caractéristique qui est intra ou extra cellulaire et qui
est la particule virale mature appelée virion ou particule complète mature. Le virion
infecte la cellule ou l’organisme.
Le matériel génétique est enfermé dans une « boîte », la capside, constituée de protéines.

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On classe les bactéries et virus en quatre catégories (les archaebactéries ne sont pas
abordées ici) :

Les virus n’ont pas de parois et pas de ribosomes, or les parois et les ribosomes sont les
cibles des antibiotiques. Ceci explique pourquoi les virus ne sont pas détruits par les antibiotiques.
Il faut aussi rappeler que les bactéries, contrairement aux virus, possèdent à la fois de l’ADN
et de l’ARN.
On peut éliminer les bactéries et donc des contaminants à l’aide d’antibiotiques afin de ne
garder que des particules virales et de mieux lire un prélèvement. Cependant, lorsque l’on a la
grippe, le médecin peut nous prescrire des antibiotiques bien qu’il s’agisse d’une maladie virale. En
effet, le virus utilise notre organisme, ce qui nous affaiblit, nous sommes alors plus sensibles aux
bactéries environnantes : c’est donc un antibiotique de couverture. C’est une pratique courante en
médecine vétérinaire.

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B. Les moyens d’étude des virus
 On a 3 moyens d’étude (=types d’examens), selon la richesse en virus du prélèvement :

Schéma bilan : Etapes d’étude des virus

*Knoll : inventeur du MET, 1931


*Carrel : culture du virus de sarcome de Rous (RSV), virus cancérigène du poulet sur des cellules fraîches
de poulet, 1926
* Phénol et laurylsulfate de sodium (LSS) ou dodécylsulfate de sodium (SDS) déploient les protéines (perte
de la structure ternaire)

 Grâce à ces techniques on sait que les virus ont une capside et un acide nucléique mais on les
divise en 2 catégories : les virus à ADN et ceux à ARN.

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IV. La structure des virus
Tous les virus ont des structures constantes : ce sont l’acide nucléique et la capside.
D’autres éléments sont inconstants selon les virus : l’enveloppe et les protéines spécifiques.

A. Structures constantes
RAPPEL : Un virus ne possède toujours qu’un seul
1. Les acides nucléiques type d’acide nucléique.
a) Les virus à ADN

La molécule d’ADN est généralement bicaténaire et linéaire. Cette molécule fait de 3.106 DA
pour les Parvoviridae à 1,3.108 DA pour les Poxviridae.

Il existe cependant des exceptions, comme :


 les Parvoviridae dont l’ADN est monocaténaire linéaire.

 les Circoviridae dont l’ADN est monocaténaire circulaire.

 les Papovaviridae et les Hepadnaviridae dont l’ADN est circulaire bicaténaire.


(Pour les Hepadnaviridae, il n’est pas complètement circularisé).

La réplication de cette information génétique se fait généralement au niveau du noyau de


la cellule infectée.
Ces virus peuvent être enveloppés. Ils acquièrent leur enveloppe par bourgeonnement de la
membrane nucléaire (feuillet interne de la membrane nucléaire) de la cellule infectée.
Les lésions qu’ils provoquent sont donc intranucléaires.
Le Poxvirus est une exception : sa multiplication est intracytoplasmique, il s’agit d’un gros
virus avec un matériel enzymatique important.

b) Les virus à ARN

La molécule d’ARN est généralement monocaténaire et linéaire.


Mais, il existe aussi des exceptions (très importantes) :
 Le Reoviridae possède un ARN bicaténaire, circulaire et segmenté.
Cette segmentation entraine l’existence de plusieurs variants et plusieurs
sérotypes (c’est par exemple le cas de la FCO= Fièvre catarrhale ovine).
 L’Orthomyxoviridae (Ortho : vrai, myxo : affinité pour le mucus) est une autre
exception.
En effet, ce virus responsable de la grippe possède un ARN monocaténaire segmenté
en 7-8 segments, donc lors d’une infection par des virions de plusieurs origines, la cellule va
prendre des segments de chaque virion et créer un mutant, ce qui entraîne une pandémie.

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Il existe deux formes de virions :

 Les virions à ARN+ (positif) : l’ ARN+ correspond à l’ARNm. La cellule comprend directement
le message, donc la réplication se fait extrêmement rapidement. La cellule fabrique alors
l’ARN polymérase ARN dépendante, ce qui lui permet de faire des copies.
o Ex : virus de la fièvre aphteuse (il faut 6h pour produire un néovirion en laboratoire)

 Les virions à ARN- (négatif) : Dans le cas de l’ARN-, la cellule ne peut pas comprendre le
message directement. Le virion doit donc transformer cet ARN- en ARNm+et doit avoir pour
cela une transcriptase intégrée, cela est indispensable pour la réplication du virus. Il s’agit
d’une structure protéique n’existant que chez les virus. Dans ce cas, le temps de réplication
du virus est plus long.

La réplication des virus à ARN se fait généralement au niveau du cytoplasme, les lésions
provoquées par ses virus sont donc intracytoplasmiques.
Si le virus possède une enveloppe (aussi appelée péplos), il l’acquière quand il sort de la cellule via
un bourgeonnement de la membrane cytoplasmique.

Il existe des exceptions : (cours des RHX)


 L’Orthomyxovirus est capable de faire la réplication dans le noyau et il acquière son
enveloppe par bourgeonnement de la membrane plasmique.
Ainsi les virions vont posséder des antigènes de la cellule hôte, ce qui peut compliquer le diagnostic
(cas du virus responsable du SARS = Severe Acute Respiratory Symptom).

2. La capside

La capside protège l’acide nucléique. On dit qu’il est empaqueté. Elle sert à la
reconnaissance du virus et à son attachement. Cette capside est de composition exclusivement
protéique à la différence de la capsule des bactéries qui est polysaccharidique. Les sous unités
formant la capside sont appelées les capsomères. Les capsides existent sous plusieurs formes :

 Des virus à symétrie hélicoïdale :


Les capsomères s’enroulent autour du génome du virus. On parle alors de nucléocapside.
Il s’agit toujours de virus à ARN (pas de virus à ADN à symétrie hélicoïdale).

 Des virus à symétrie cubique ou icosaédrique:


La conformation de la capside est dite de symétrie cubique mais au ME celle-ci apparaît
icosaédrique (20 faces). Les capsomères constituent une sorte de cube à 20 faces. Selon leur
position, ces capsomères sont des hexons (avec 6 faces (donc 6 « voisins ») car situés sur les arrêtes
et les faces) ou des pentons (avec 5 faces car situés sur les pointes).
Les pentons portent des antigènes spécifiques récurrents (fibres hémagglutinantes, Cf. IV B
2 du cours) qui déterminent la spécificité de type du virus. Ils participent alors à la fabrication de
vaccins.

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Remarque : La différence entre le HIV et le FIV se situe exclusivement au niveau des pentons : ainsi
ces virus sont spécifiques d'une espèce.
Remarque pour les virus cubiques (RHX) : La présence de fibres toxiques sur les pentons est
responsable d’une grande toxicité des virus qui les possèdent. Ceci a été mis en évidence par le fait
qu’une culture de ce type de virus est responsable d’une dégradation de culture avant même de se
multiplier.

Exemple de virus à symétrie icosaédrique: les Adénovirus


comme le responsable de l’hépatite de Rubarth dont la
structure est donnée sur la droite (icosaédrique).

¤ Structure du virus responsable


de l’hépatite de Rubarth

¤ Les deux types de capsides ¤

Il existe aussi des virus à capside à symétrie complexe, définie comme étant
différente des capsides à symétrie hélicoïdale et icosaédrique. C’est le cas des
Poxviridae (agent responsable de la variole) et le bactériophage T4.

Tous les virus ont cette composition : les acides nucléiques et la capside forment la
structure constante des virus. Cependant, certains virus possèdent d’autres composants.

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B. Les structures inconstantes
1. L’enveloppe (ou péplos)
Autour de la capside qui est toujours présente, les virus peuvent acquérir pendant leur
maturation une enveloppe appelée aussi péplos qui provient en général :
 De la membrane plasmique pour les virus à ARN lors de leur bourgeonnement,
 Du feuillet interne de la membrane nucléaire pour les virus à ADN lors de la sortie du
noyau.

Par conséquent, les virus à enveloppe possèdent à leur surface des antigènes de la cellule
dont ils sont issus. Ces antigènes peuvent alors compliquer le diagnostic (puisqu’ils ne sont pas
détectés par la cellule comme du « non-soi »).
Exemple : Virus responsable du Syndrome Respiratoire Sévère Aigu (SRAS, Coronavirus), une
pneumonie atypique, dont les antigènes proviennent de la cellule animale infectée et compliquent
le diagnostic : les anticorps reconnaissent les cellules et non le virus.

Exemples de virus enveloppés:


 Le FIV (Virus de l’Immunodéficience Féline, Rétroviridés, Lentivirus): Il comprend deux
molécules d’ARN et une transcriptase inverse incluses dans une nucléocapside. Le tout est
entouré de protéines matricielles, elles-mêmes entourées par l’enveloppe.

 Orthomyxoviridae (virus des grippes) : Ils possèdent tous les mêmes antigènes internes, c’est
une spécificité du groupe. Par contre, ils ont des antigènes de surface différents selon le virus.

Ce type de virion est donc très emballé. Mais attention, tous les virus à enveloppe sont
sensibles dans le milieu extérieur : en effet, l’enveloppe est faite de lipides et donc facilement
destructible par les savons. Ils possèdent des antigènes de surface, permettant la reconnaissance de
ces virus au niveau des cellules cibles et donc l’infectivité (=pouvoir infectieux du pathogène) ; si ces
antigènes sont détruits le virus ne peut pas perdurer.

L’enveloppe a une grande importance car elle conditionne l’épidémiologie des maladies :

Un virus à enveloppe nécessite un espace confiné, un contact étroit (direct ou par aérosols, ou par
transmission sexuelle) et une effraction de la barrière cutanée pour se transmettre.
Un virus nu peut se transmettre sur de plus longues distances et lors de plus longs passages à l’air
libre= transmission indirecte. Il nécessite alors de plus grandes précautions de désinfection
(exemple de la fièvre aphteuse) car il est extrêmement virulent et il garde son infectivité dans le
milieu extérieur.

Présence ou absence d’enveloppe et conséquence sur la résistance:

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 Virus rabique (Rhabdoviridés, Lyssavirus) : ce virus à structure hélicoïdale est enveloppé et
donc très sensible. Sa seule voie d’entrée dans l’organisme est une infection directe par
effraction de la barrière cutanée, donc essentiellement par morsure ou griffure. Il est éliminé
en 10 minutes hors d’une cellule.

 Virus de la fièvre aphteuse (Picornaviridés, Aphtovirus): son génome est à ARN positif et il
s’agit d’un virus nu donc résistant. En 1963 avait eu lieu la dernière épidémie de fièvre
aphteuse. Lorsqu’un éleveur remarquait des aphtes sur la langue des bêtes, il faisait
directement appel à un vétérinaire. Les vétérinaires prenaient des précautions (blouse, gants,
bottes, mains …) et se nettoyaient bien avant de quitter l’élevage mais oubliaient de nettoyer
les roues de leur voiture. Or, les roues entrainaient les virions et rependaient l’infection dans
les élevages visités ensuite par le vétérinaire.

 FIV (Virus de l'Immunodéficience Féline, Rétroviridés, Lentivirus) : cette infection se


transmet par contact étroit comme lors de bagarres entre chats ou lors de la reproduction,
car le virus est très fragile dans le milieu extérieur.

 Virus de la mononucléose infectieuse (Herpesviridés) : virus enveloppé. Pour les mêmes


raisons que pour le FIV, il ne se transmet que par « baiser profond » (dixit M. Kodjo).

2. Les spicules
Les spicules sont des glycoprotéines d’enveloppe, ce sont des protéines de structure comme
les protéines matricielles (donnent la forme du virus) et les protéines de tégument.
D’autres protéines sont non structurales, elles concernent les virus à ARN, ce sont les
transcriptases, protéases, intégrases (rétrovirus). Ces protéines sont importantes dans les
traitements car elles sont nécessaires au virus, notamment à la multiplication dans l’organisme : ce
sont donc des cibles thérapeutiques antivirales.

Définition et importance des spicules :


 Ce sont les structures les plus externes du virus, ancrées dans le péplos. C’est donc contre elles
que les premières défenses vont être dirigées (fonction d’antigène). On peut aussi créer des
vaccins en récupérant ces spicules. Ces vaccins n’ont pas de problème de réversion contre la
cellule car ils sont dépourvus d’acides nucléiques, c'est-à-dire que le virus ne peut pas muter et
retrouver un pouvoir pathogène.

 Ils portent les spécificités les plus fines du virus ce qui permet de les identifier. On peut ainsi
différencier les familles de virus.

On distingue deux types d’antigènes :


 Les hémagglutinines : (forme pointue)
Ce sont des antigènes de reconnaissance, intervenant aussi dans la fixation et la fusion
cellulaire. La reconnaissance et la fixation se font au niveau de l’acide sialique d’une
mucoprotéine cellulaire au niveau pulmonaire, ce qui entraine des maladies respiratoires. Ces
antigènes permettent de fabriquer des vaccins, ils ont une fonction immunogène. Elles
provoquent in vitro une hémagglutination des érythrocytes.

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Ce sont les plus nombreuses à fonction immunogène : ce sont donc des antigènes majeurs.

 Les Neuraminidases : (forme tétraglobulaire)


Elles clivent le couple hémagglutinine – acide sialique, ce qui permet la libération du virus
de la membrane cellulaire. Donc si on bloque la rupture de cette liaison, on empêche la
prolifération du virus.
C’est ce que font certaines mesures thérapeutiques visant à empêcher la réplication du
virus : on utilise une enzyme inhibitrice de la neuraminidase comme moyen de traitement, les
virions néoformés ne peuvent plus s’extraire de la cellule « mère », et ne contaminent pas de
nouvelles cellules.
Les neuraminidases sont moins nombreuses, ce sont des antigènes mineurs.

Les spicules sont souvent glycosylées, on retrouve alors l’abréviation GP (ex : GP120) pour
glycoprotéine.
Les spicules sont mis en place lors de l’acquisition de l’enveloppe et sont spécifiques d’une
famille de virus.

¤ Le virus de la grippe ¤
(Orthomyxovirus), un exemple de virus
à structure spiculée

Spicule tétraglobulaire = Neuraminidase

Spicule en pointe = Hémagglutinine

Génome = structure hélicoïdale


ARN- transcriptase
Génome + Capside = nucléocapside

Remarque :
 Les protéines matricielles forment une gangue protectrice
 Il existe 16 types d’hémagglutinines et 9 types de neuraminidases, donc le nom de
certains virus (exemple des grippes : H5N1, H1N1, H3N2, etc.) correspond à préciser
quelles spicules sont présentes sur le virus : H= hémagglutinine et N= neuraminidase.
(Et on verra cela de manière plus précise l’année prochaine).

On identifie les virus grâce aux protéines et antigènes externes qui sont spécifiques à chaque
virus, les protéines internes étant partagées par les virus cela ne permet pas de les discriminer.

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Les virus sont donc constitués d’éléments constants : un génome (soit ADN soit ARN) et une
capside (à structure soit icosaédrique soit hélicoïdale, ou complexe). Certains virus ont, en plus
de ces éléments constants, une enveloppe acquise à partir du bourgeonnement de la
membrane plasmique ou de la membrane nucléaire et/ou des spicules.

C. Tailles et formes

 Taille :
On exprime la taille des virus en nm. Il existe des virus tout petits comme les Parvovirus et les
Picornavirus (ex : Virus aphteux) (< 20 nm) et des virus très gros comme les Poxvirus et les
Mimivirus.

Smallpoxvirus (210*260nm) > Herpes simplex (130nm) > HIV (100nm) >Picornavirus (25nm) >protéines
Une petite bacterie mesure 475nm en comparaison.

 Forme :
Les virus peuvent être :
 circulaires (=en couronne) : les Coronavirus

 en fils : les Filoviridae (responsables de fièvre


hémorragique), très fins.

 en baguettes ou obus : les Rhabdoviridae (en grec


rabdus=baguette, virus responsable de la rage)

 en grain de sable : les Arenavirus (en espagnol arena=sable)

 en poc ou vésicules : les Poxvirus

 en calice : les Calicivirus

Remarque : Les noms peuvent aussi être liés à un nom de région où vit le virus comme c’est le cas
pour les Bunyavirus (venant du village de Bunyamera en Afrique), mais aussi liés à sa forme, taille,
ou à ses modalités biologiques.
Ils peuvent aussi correspondre à une évocation (forme clinique) : l’herpès est nommé ainsi
car les boutons apparaissent comme si il y avait quelque chose de rampant sous la peau (un
herpétologue est quelqu’un qui étudie les serpents, herpes en grec = rampant).
L’orthomyxovirus vient de ortho=vrai et myxo=mucus ce sont les virus de la grippe.
L’hépatovirus est un virus des hépatocytes.
Les Papillomes donnent des papules.
Les Adénoviridae touchent les glandes (adenos en grec = de la glande).

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V. Classification des virus (trèèèèès important !)
Il existe deux types de classification : une classification phénotypique (LHT) et une
classification moléculaire (Baltimore).

A. Classification de LHT(Lwoff, Horne, Tournier)


Elle fonctionne selon un système binaire : les caractères sont soit présents, soit absents.
On va classer selon :
 La nature du génome : virus à ADN ou virus à ARN.
 La symétrie de la capside : virus à symétrie icosaédrique, hélicoïdale, ou complexe.
 La présence d’une enveloppe : virus enveloppés ou virus nus.

1. Les virus à ADN

On regarde d’abord les virus les plus gros et les plus complexes que sont les Poxviridae (env.
450µm). Ils ont une symétrie complexe, et malgré le fait que ce soit des virus à ADN, leur
réplication est réalisée au niveau cytoplasmique. Ils sont enveloppés mais restent très résistants.
Ce sont les virus associés à la variole, ils sont importants dans la vaccination. C’est pourquoi ils sont
mis à part dans la classification des virus à ADN.

Rappel : il n’existe pas de virus à ADN à capside hélicoïdale.

CAPSIDE COMPLEXE + enveloppe = Poxviridae Varioles humaines et animales


CAPSIDE CUBIQUE ENVELOPPES CAPSIDE CUBIQUE NUS

1) Herpèsviridae 1) Adenoviridae
> Alphaherpèsvirinae Hépatite de Rubarth - Toux du chenil
Infectious Bovine Rhinotracheitis - Maladie
d'Aujeszky - IPV - Mareck -HSV1 - HSV2 2) Papoviridae
> Bêtaherpèsvirinae (cytomégalovirus) Verrues
> Gammaherpèsvirinae
Virus d'Epstein-Barr [Mononucléose] 3) Parvoviridae
Parvovirose canine - Panleucopénie Féline
2) Hepadnaviridae = Typhus
Hépatite B
4) Iridoviridae
3) Asfarviridae Peste Porcine Africaine
Peste Porcine Africaine
5) Circoviridae

6) Anelloviridae

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a) Les virus nus =>grande résistance au milieu extérieur

Par leur résistance dans l’air, ils sont présents partout et sont
responsables de maladies fréquentes (ex : rhumes, grippes, angines …).

 Adenoviridae : On le supposait à grande affinité pour les glandes d’où son


nom. 90% d’entre eux provoquent des maladies bénignes (toux, diarrhée).
Ces virus ont une forte affinité pour les hépatocytes, mais peuvent agir au
Kératite bleue liée à
niveau respiratoire, génital (touche l’oviducte chez les oiseaux : maladie
l'hépatite de Rubarth
des œufs mous = sans coquille), ou encore au niveau des entérocytes.
L’infection par un de ces virus entraîne un désordre immunologique à l’origine de
l’hépatite de Rubarth du chien : des complexes immuns forment des dépôts bleus à la
surface de la cornée (« œil bleu »). En France ce virus a disparu du fait de la vaccination,
néanmoins la pression vaccinale est maintenue. Chez le chien, ce virus est connu sous deux
types : CAVI (canine adenovirus type 1) qui est responsable de l’hépatite de Rubarth et CAVII
(type 2) responsable de la toux du chenil. En vaccinant un chien contre CAVII, on la protège
aussi contre CAVI (donc contre l’hépatite).

 Papovaviridae ou Papillomaviridae : Il faut retenir qu’ils sont associés aux verrues (guérison
spontanée, mais sinon on traite par l’azote liquide et exérèse s’il gène l’animal pour se
nourrir). Il existe dans ce groupe 3 familles de virus données par les 3 premières syllabes de
Papovaviridae :
 pa = virus des papillomes, des verrues, en général bénins ; mais aussi associé
au cancer du col de l’utérus chez la femme.
 po = polyome, petite tumeur très peu pathogène.
 va = vacuolating virus, virus associé à une activité de vacuolisation en culture.
C’est un excellent modèle pour l’étude de l’apparition des cancers.
Chez l’Homme les sérotypes 16 et 18 seraient associés au cancer du col de l’utérus.

 Parvoviridae : Ce sont des virus à ADN monocaténaire, très petits et entrainant des troubles
entériques, c'est-à-dire des troubles au niveau des entérocytes. Ce sont les virus responsables
de la gastro-entérite hémorragique du chien et de la panleucopénie féline (= Typhus). Ces
virus agissent surtout chez les jeunes.
 Parvovirose canine : Elle entraine une lyse cellulaire et une gastro-entérite
hémorragique (= vomissement + diarrhée + sang dans les selles). Elle affecte
les chiots, et ceux de moins de trois mois qui ne sont pas vaccinés peuvent en
mourir.
 Panleucopénie féline : il s’agit d’un virus affectant la lignée blanche des chats
(qui deviennent alors sensibles aux maladies opportunistes). « On la sent plus
qu’on ne la voit » (à cause des gastro-entérites). Il y a 90% de mortalité. Si la
chatte atteinte est gestante et que le virus passe la barrière placentaire, soit il
y a un avortement, soit le développement du cervelet est modifié (d’où de
multiples conséquences sur les chatons dont certains aveugles, ou ataxiques).

 Iridoviridae : Il s’agit d’un virus qui affecte principalement les insectes, il leur donne un
aspect iridescent (il semble changer de couleur suivant l’angle sous lequel on le regarde ou
selon l’angle sous lequel il est éclairé / idée d’arc en ciel). La PPA (Peste Porcine Africaine)

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est due à un virus non classé aujourd’hui mais il possède les caractéristiques d’un
Iridoviridae et d’un Poxviridae. Ce virus peut aussi affecter des poissons.

 Circoviridae : Ce sont des virus à ADN monocaténaire circulaire. Ils sont responsables de
maladie entrainant des dépérissements chroniques chez les porcelets.

 Anelloviridae : Ce sont les Torque teno virus. Ils sont souvent associés aux circovirus.

b) Les virus enveloppés => moins résistants dans le milieu extérieur, nécessitent un
contact étroit
Dans les virus enveloppés, il existe deux catégories :

 Herpesviridae (= herpetoviridae) : Ces virus sont à lésions rampantes (cf. : serpents). Ils forment
des vésicules. En général, chaque espèce à son propre herpetovirus (électivité zoologique =
zooélectivité) : il y a peu de passages interspécifiques (sauf Herpes Aujeszky). Ces herpès sont
caractérisés par une latence importante. De plus, une fois l’organisme infecté le virus ne
disparait jamais. Par exemple, le virus de la varicelle peut se réactiver sous la forme d'un
zona à l’âge adulte. Il existe trois sous-familles des Herpesviridae :

o Les Alphaherpesvirinae :
 Infectious Bovine Rhinotracheitis IBR (infection bovine rétrotrachéale) touchant
l’arbre respiratoire et IPV (infectiouspustulusvulvovaginitis) pouvant donner des
pustules vaginales. Il entraine un état fébrile très prononcé, et souvent des
avortements.
 Virus de la maladie d’Aujeszky : Ce virus a été trouvé naturellement chez le porc et
est responsable de troubles nerveux chez le porcelet (encéphalite,
ataxie), d’avortement chez la truie et de retard de croissance chez le
porc plus âgé. Elle est donc pléomorphe dans ses symptômes. Cette
maladie réglementée est à déclaration obligatoire.
ATTENTION : C’est un des virus qui peut se transmettre à d’autres
espèces. Par exemple, un chat ayant mangé des abats de porc
contaminés peut déclarer la maladie d’Aujeszky qui déclenche des
prurits importants. Elle est appelée la « maladie qui rend fou »
Blessures d'automutilation chez un
car l’animal peut se gratter jusqu’à se blesser gravement voire
porcelet atteint de la maladie
mourir (attention au diagnostic différentiel, une confusion est
d'Aujeszky possible avec la rage).

o Les Betaherpesvirinae :
 Cytomegalovirus : il entraine la formation de cellules géantes, surtout chez
l’homme. Il se trouve au niveau des glandes salivaires et du rein, ce qui pose des
problèmes en cas de transplantation.

o Les Gammaherpesvirinae : le virus d’Epstein Barr fait partie de cette catégorie, il est
responsable de mononucléose infectieuse ou de lymphome.

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 Hepadnaviridae : Il s’agit de virus avec une grande affinité pour les hépatocytes. Ils sont
responsables de l’hépatite B humaine associée parfois à des cancers s’il s’introduit dans le
génome des cellules cibles. Leur transmission se fait par contact étroit, sexuel ou par transfusion.
Il existe un virus analogue chez le canard et la marmotte qui est utilisé comme modèle pour
étudier l’hépatite B de l’homme. Mais ils sont peu présents chez les animaux.

 Asfarviridae : Ces virus se transmettent par les insectes, c’est le cas de la peste porcine africaine
(PPA ou ASF =African Swine Fever "swine"=nc. pl., porcs) qui a les mêmes symptômes que la
peste porcine classique, donc on fait une recherche simultanée des deux maladies pour
déterminer la peste dont il s’agit.

2. Les virus à ARN

Le nombre de virus à ARN est très important, on s’intéresse donc aux familles d’intérêt
vétérinaire et on a choisi un système de classification simplifié.

VIRUS A ARN NUS (CUBIQUES) VIRUS A ARN ENVELOPPES


1) Réoviridae SYM. HELICOIDALE SYM CUBIQUE
> Orthireovirus 1) Orthomyxoviridae 1) Togaviridae Rubéole
> Rotavirus =Influenza virus Grippes > Alphavirus Méningites
> Orbivirus FCO- peste équine
2) Paramyxoviridae 2) Flaviridae
2) Picornaviridae Paragrippes > Pestivirus
> Aphtovirus Fièvre aphteuse > Morbillivirus Peste porcine - BVD -
> Enterovirus Polyomyélite Maladie de Carré Border disease
> Hepatovirus Hépatite A > Respirovirus > Hepaticivirus Hépatite C
> Rhinovirus Rhumes > Rubulavirus > Flavivirus Fièvre jaune
Rougeole - Oreillons
3) Caliciviridae > Avulavirus
> Vesivirus Coryza du chat Maladie de Newcastle 3) Retroviridae
> Lagovirus > Henipavirus > Lentivirus
> Hepatite E like virus > Pneumovirus FIV-BIV-HIV

3) Rhabdoviridae > Oncornavirus


4) Astrovirus Gastro-entérites > Lyssavirus Rage
BELV - FELV
> Vesicullovirus
4) Arteriviridae
4) Coronaviridae PIF
5) Birnaviridae
5) Filoviridae
> Aquabirnavirus Virus Ebola et Marburg
> Avibirnavirus
6) Bunyaviridae
Maladie de la vallée du Rift

7) Arenaviridae
Chorioméningites

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a) Les virus nus => tous à symétrie icosaédrique !!!

 Réoviridae :R= respiratoire, E= entérique et O= orphelin (car ils sont parfois responsables de
maladies rares). Ce sont des virus très répandus qui contiennent un ARN bicaténaire et
segmenté en 8 à 10 fragments dans une double capside (voire triple). On a l’habitude de dire
qu’ils ont tout en double ! Ils sont parfois véhiculés sur de
grandes distances par des arthropodes. Arteriviridae
 Orthoréovirus : Ce sont les vrais réoviridae. Ils
induisent des infections respiratoires spontanément
résolutives (=guérison spontanée).
 Rotavirus : Ils ressemblent à des roues et sont
responsables de la diarrhée du jeune veau (important
dans les pathologies des bovins), et donc d’une
diminution de la croissance. Elle est spontanément
résolutive et extrêmement contagieuse.
 Orbivirus : Ils sont responsables de la ♥FCO(Fièvre
Catarrhale Ovine ou maladie de la langue bleue) et de la
peste équine.
Symptômes de la FCO

 Picornaviridae : Ces virus sont de petite taille (10-20nm), très courants et sont responsables
de maladies bénignes comme les rhinites ou de maladies plus graves.
 ♥ Aphtovirus = FIEVRE APHTEUSE (très important) :
Virus qui provoque des aphtes, surtout chez les bi-ongulés (porcs,
sangliers, bovins, ovins). Ils sont notamment responsables de la fièvre
aphteuse : les animaux atteints présentent alors des aphtes au niveau
des onglons qui donnent naissance à des ulcères hémorragiques
lorsqu’ils se rompent, ce qui assure la diffusion des virions. Cette
maladie est donc très contagieuse du fait de la très grande résistance du
virus et de la diffusion rapide des virions. Elle se traduit aussi par des
aphtes sur la langue et la mamelle. Lorsqu’elle est décelée tous les
Lésion buccale liée à l'Aphtovirus animaux sont abattus et enfouis sur place.
(vache)
 Enterovirus : Ces virus sont importants en santé humaine. Ils sont, par exemple,
responsables de la poliomyélite (virus qui suit un cycle oral/fécal et transmis par l’eau
de boisson et qui est capable de résister au pH du tube digestif). C'est un virus très
résistant donc malgré la disparition de la maladie en France la vaccination reste
systématique.
 Hepatovirus : Ils sont responsables d’hépatites et sont en général très résistants (c’est
le cas du virus de l’hépatite A). Ils suivent un cycle fécal-oral et se trouvent dans les
liquides. Ils provoquent un état d’asthénie (=fatigue physique) persistant 3 à 6 mois.
L’hépatite E est présente chez le canard et peut se transmettre à l’homme.
 Rhinovirus : Ils présentent un tropisme pour l’arbre respiratoire (rhumes) et sont très
contagieux.

 Caliciviridae : Ils ont une forme de coupe et sont très contagieux. Leur taille est identique aux
Picornaviridae (environ 25nm).

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 Vesivirus : Ces virus entraîne l’apparition de vésicules sur la
langue du chat (coryza du chat). Chez le porc, ils entraînent
les mêmes symptômes que la FCO, il faut donc faire
attention à une possible confusion.
 Lagovirus : Ils infectent les lagomorphes et sont
responsables de fièvres hémorragiques (maladies
foudroyantes). Il a été responsable de la disparition des
lapins en Australie. Feline calicivirus
 Hépatite E like virus : Spécifique aux humains mais il semblerait qu'il est infecté des
canards de l'ouest de la France

 Astroviridae : Ils entraînent des affections du tube digestif, et plus


précisément des gastro-entérites surtout grâce aux huîtres (->avis aux
amateurs d’huîtres à Noël… ;) ). Ce sont de nouveaux virus, de forme
étoilée.
Astrovirus
 Birnaviridae : Ils possèdent deux ARN bicaténaires. On distingue les Aquabirnavirus infectant
les poissons, et les avibirnavirus présents chez les volailles qui développent alors des maladies
opportunistes graves.

b) Les virus enveloppés.


Ils sont divisés en deux groupes : ceux à symétrie cubique et ceux à symétrie hélicoïdale.

 Parmi les virus enveloppés à symétrie cubique, on distingue:

 Togaviridae : Le péplos forme une toge autour du virus. Ils sont majoritairement humains
(rubéole par exemple -> très souvent responsable de malformations chez les enfants, de
résorption embryonnaire ou d’avortement, d’où un diagnostic anténatal obligatoire, sinon
faute professionnelle). Ils sont souvent transmis par des arthropodes piqueurs.
Les Alphavirus (appartenant aux Togaviridae) siègent dans le SNC et les méninges et sont
donc responsables de troubles encéphaliques et méningitiques.

 Flaviviridae : Ils ressemblent aux Togavirus. C’est dans ce groupe qu’on trouve les virus de la
fièvre jaune.
 Pestivirus (3 types de peste) :
- La peste porcine classique qui induit des avortements chez la truie et des syndromes
nerveux chez le jeune, et des hémorragies de l’épiglotte, la rate et la vessie.
/ ! \ RAPPEL : La peste porcine africaine est due à un Asfarviridae, virus enveloppé à
ADN.
- La BVD = diarrhée virale bovine (ou MDBVD = mucosaldisease bovine viral diarrhea),
qui entraîne une mauvaise croissance du veau. La BVD est une maladie pléomorphe. Le
virus responsable de la BVD se trouve dans les muqueuses. Il peut traverser la barrière
placentaire et infecter le fœtus qui reconnaît donc le virus comme un élément du soi.
Par conséquent, le fœtus est immunotolérant et il ne produit donc pas d’anticorps
pour se défendre et il est infecté permanent. On ne peut pas le diagnostiquer mais le
veau est chétif, a souvent de la diarrhée et permet la multiplication du virus.

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- La « border disease », « maladie de la frontière», est aussi provoquée par un virus de
ce type. C’est une maladie qui ressemble à la BVD, mais que l’on trouve surtout chez
les ovins, les caprins.
 Hepaticivirus : Responsable de l’hépatite humaine (hépatite C).
 Flavivirus : Fièvre jaune.

 Rétroviridae : Ils possèdent une enzyme qui transforme l’ARN en ADN. Ils sont responsables
de maladies à tendance immunodéficiente et de phénomènes cancéreux affectant les
leucocytes.
 Lentivirus : Ils sont à l’origine de maladies à évolution lente. C’est le cas du FIV (virus
d’immunodéficience féline), SIV (virus d’immunodéficience simienne), BIV (virus
d’immunodéficience bovine), HIV (virus d’immunodéficience humaine). Par exemple,
pour le HIV, les premiers signes de la maladie peuvent se déclarer au terme de la 10 ème
année, et le virus favorise les développements de maladie opportunistes.
 Oncornavirus : Ils ciblent les leucocytes (lignée blanche) et entraînent donc une
immunodépression) et sont responsables de leucose. C’est le cas de la BELV (Bovine
Leukemia Virus) et de la FELV (FElineLeukemia Virus) / (chez l’homme HTLV). Pour le
FELV, 90% des chats guérissent naturellement (on peut aussi leur donner des
interférons γ, cytokines à action spécifique), tandis que d’autres développent un
cancer.

 Parmi les virus enveloppés à symétrie hélicoïdale, on distingue :

 ♥ Rhabdoviridae : Ils entrainent des maladies graves, mortelles de type vésiculaire. Ils sont
en forme de baguette, allongés.
 Lyssavirus : (Lyssa vient du grec et signifie « fou ») le vrai virus de la rage (rage =
"rabies" en anglais) fait partie de cette catégorie. Il s’agit d’un virus très fragile qui
ne franchit la barrière cutanée que si elle est déchirée. Il se transmet donc par
morsure ou griffure. Une fois la barrière cutanée franchie, le virus migre vers le
SNC en se déplaçant le long des fibres nerveuses et s’y développe. Ensuite, il
redescend jusqu’au glandes salivaires. A ce moment-là, l’individu infecté ne
présente pas encore de symptômes mais il est contagieux, c’est pourquoi les
animaux suspectés sont mis en observation pendant une durée de quinze jours
(temps maximal d’apparition des symptômes) : on regarde si des troubles nerveux
apparaissent ou non. Le virus se développe dans le cerveau en formant des lésions
* cellulaires particulières appelées corps de Negri. Le virus de la rage est présent
chez toutes les espèces.

Virus de la rage
* Corps de Negri  Vésiculovirus : Ils entraînent la formation de vésicules chez les bovins, ovins,
humains.

 Orthomyxoviridae (= influenza virus) : Il s’agit des premiers virus à avoir été associés à la
GRIPPE (syndrome = ensemble des symptômes: fièvre, troubles respiratoires, extrême
fatigue, douleurs musculaires). Ces virus ont une forte affinité pour les mucoprotéines
("myxo") ce qui expliquent leurs actions sur l’arbre aérifère. Ceux-ci sont donc les vrais virus
de la grippe (nous verrons ensuite les faux virus !). Son génome est formé d’ARN segmenté
en 7 à 8 segments. Plus ce nombre est important, plus le virus est pathogène. Lorsqu'une

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cellule est infectée par des virions différents, un réappariement des segments entre les
virus peut avoir lieu. Ces réappariements sont responsables de pandémies (=épidémie sur
une vaste zone géographique) chez l'homme, les équidés et les porcs : les vaccins ne
fonctionnent pas sur les virus réassortis. Les Orthomyxoviridae tendent à avoir une
apparition saisonnière car ils sont extrêmement fragiles dans le milieu extérieur mais
résistent bien au froid : ils apparaissent surtout en hiver. On les croyait ainsi influencés par
les astres, d'où l'appellation "influenza". Malgré le terme de grippe aviaire il n'existe pas de
grippes chez les oiseaux car ils n'ont pas de symptômes respiratoires mais ils ont des
septicémies.

 Paramyxoviridae : Il s’agit des faux virus de grippe, associés à un large spectre d’hôtes et
d’organes (SNC, système respiratoire, …). Leur génome est non segmenté. On parle des
PARAGRIPPES
 Morbillivirus : Parmi eux, le virus responsable de la maladie de Carré chez
le chien provoque des syndromes cutanés, nerveux ou encore respiratoires
et l'issue est fatale dans 95% des cas ; d'autres virus sont responsables
de septicémies comme le virus de la peste des bovins (à l'origine de la
création de l'ENVL, après les épidémies au sein des troupeaux destinés à nourrir
les militaires) et des petits ruminants. Ils sont souvent mortels.
 Respirovirus : ils touchent les voies respiratoires.
Enfant atteint des
 Rubulavirus : Il s’agit de virus responsables de maladies éruptives comme
oreillons avec une la rougeole, très grave chez l’enfant ou encore les oreillons.
parotidite  Avulavirus : Il s’agit de virus responsables de maladies chez les oiseaux, en
particulier responsables d’un syndrome identique à celui de la peste
aviaire, d’où le nom de pseudo-peste aviaire ou maladie de Newcastle. On
ne peut pas distinguer les deux de par les symptômes, elles sont donc
diagnostiquées en même temps.
 Henipavirus : C’est une association de deux virus responsables de
septicémies presque identiques mais dont le spectre d’hôte est différent.
Poulet atteint de la Ces deux virus ont été découverts dans les villages d’Hendrah (Australie,
maladie de Newcastle : infectant les chevaux) et de Nipah (Malaisie, infectant les porcs), d’où leur
troubles nerveux, nom. Ces virus sont hautement pathogènes, et transmissibles à
diarrhée, oedème l’homme=zoonotiques ; leur manipulation est donc faite en laboratoire de
classe 4 (protection très importante).
 Pneumovirus : [RHX] Ils présentent un tropisme pour une certaine catégorie de
cellules respiratoires chez les humains et bovins. C’est le cas du VRS (virus
respiratoire syncytial) qui est responsable de la maladie bronchique du nourrisson
(= bronchiolite).

 Coronaviridae : Ces virus présentent une enveloppe épaisse en couronne.


L’impression de couronne est due aux glycoprotéines présentes sur
l’enveloppe de ce virus. Ce sont des virus très résistants en dépit de leur
enveloppe, répandus, cosmopolites et responsables d’infections
digestives et de septicémies. La PIF (Péritonite Infectieuse Féline, cf chat en
poire p2) est provoquée par ce virus. Ces virus sont aussi responsables du
SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) et de pestes.
Coronavirus

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 Filoviridae : ils sont responsables de syndromes hémorragiques et de septicémie
chez les primates. Ces virus sont très longs comme des fils, quasiment toujours
(90%) mortels.
Ex : virus Ebola, virus Marburg.

 Bunyaviridae : (découvert en Ouganda, d’où le nom). Ils sont transmis par des
Virus Ebola arthropodes piqueurs (=Arbovirus) et rappellent en cela les Alphavirus (RAPPEL :
(ᴓ60 à 80nm) virus enveloppé à ARN, à symétrie cubique appartenant à la famille des
Togaviridae !). Ex: La maladie de la vallée du rift.
Ce sont des virus émergents.

 Arenavirus : Ils ont une forme de grain de sable, fins, affectent le SNC et infectent les
rongeurs en provoquant une méningite (chorioméningite). Ces virus peuvent provoquer des
zoonoses, et sont responsables de fièvres hémorragiques chez l’homme. Ils sont
manipulables uniquement en laboratoire de classe 4.

BILAN : On peut résumer par le tableau suivant cette classification de LHT des
familles de virus (ADN & ARN) :

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B. Classification simplifiée de la classification de Baltimore.
Il existe une classification plus complexe, basée sur la stratégie de réplication du virus, qui
regroupe les virus en 6 classes. Nous étudierons une version simplifiée après le chapitre sur la
réplication virale.

C. Classification de l'ICTV (International Committee on Taxonomy of


Viruses)
Elle fait 1327 pages imprimées .... Le prof l'a dans son bureau pour les passionnés, mais
n'arrive pas à l'apprendre lui même :p
Elle est consultable en ligne : http://www.ictvonline.org/virusTaxonomy.asp
Elle se base sur plusieurs critères du virus. Dans l'ordre on retrouve :
1) La morphologie (taille, enveloppe, capside ...)
2) Le génome (morcelé, linéaire, ADN ...)
3) Le mode de réplication
4) Les antigènes
5) Les hôtes

VI. Action des agents physico-chimiques


Nous avons vu qu’il y avait 2 éléments importants pour la transmission du virus : l’enveloppe
et la capside. Un virus avec uniquement une capside comme un Picornavirus est très résistant. On
ne sait pas comment l’inhiber. Un virus enveloppé comme un Lyssavirus, est très fragile. La
fabrication de vaccin est alors délicate car il ne faut pas perdre les glycoprotéines portées par
l’enveloppe. Les agents physico-chimiques permettent de détruire les virus ou de les inactiver pour
produire des vaccins.

A. Action de la pression
Elle est inefficace car les virus présentent une grande résistance aux fortes pressions. Il
faudrait une pression > à 1000 atm pour qu’il y ait un résultat (qui reste faible).

B. Action des radiations


Il s’agit par exemple de l’action de la lumière (RX ou UV) seule (ce qui est un moyen
physique de désinfection, de stérilisation d’instruments) ou de la lumière associée à des colorants
du type bleu de méthylène (anciennement utilisé dans les yeux du patient et efficace) ce qui induit
une sensibilité accrue du virus et provoque donc son inactivation. Cette méthode fonctionne mais
est aujourd’hui obsolète car disgracieuse.

C. Action de la température
Les virus sont plus ou moins résistants à la température. Ils se conservent bien dans le froid
(ex : grippe attrapée en hiver). Cette propriété est intéressante et explique 2 faits :
 La conservation des prélèvements de virologie se fait dans l’azote liquide (à -192°C) et l’envoi se
fait sous conditions de froid.

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Néanmoins les virus résistent mal à la chaleur, ils sont détruits par pasteurisation

[RHX] Leur destruction se produit au bout de :


 1 seconde à 60°C
 1 heure à 20°C
 1 jour à 4°C
Cette faible résistance explique pourquoi on laisse parfois agir la fièvre sans essayer de la diminuer.
L'action de la température sur les virus est utilisée pour la pasteurisation.

D. Action du pH
Le point critique est pH=3. Il y a deux cas de figure :
- virus résistant à ce pH. Ex : Adénovirus et Rétrovirus,
- virus inactivé à ce pH. Ex : Picornavirus et Myxovirus.

Le virus peut être acido-stable (généralement ce sont les virus nus) ou acido-labile. Ceci
détermine si le virus résistera ou non au pH gastrique et donc s’il pourra utiliser un cycle oral-fécal
pour infecter un hôte.
Par exemple, le virus de la poliomyélite résiste au pH imposé par les sucs gastriques et donc
présente un cycle oral-fécal : la vaccination des enfants peut donc se faire par voir orale (une goutte
de vaccin sur un sucre). En revanche, le virus de la rage est sensible à l’acidité, il ne peut dont pas
être transmis par la voie orale.

E. Action des solvants lipidiques


Ce sont par exemple le savon ou les détergents comme l’éther, ils détruisent notamment
avec efficacité les virus enveloppés. C’est pourquoi après une morsure il faut laver la blessure au
savon ! De manière générale, il faut se laver les mains dès qu'il y a eu risque de transmission de la
rage.

F. Action des antiseptiques et des désinfectants


Exemple : l’iode, le formol (était utilisé à 0,5-1 % mais actuellement interdit malgré le fait
que ce soit un des plus efficaces). La soude peut être utilisée pour éliminer les virus
(concentration 8 pour 1000).
La javel détruit aussi très bien les virus, notamment les virus nus (quasiment infaillible) ou
les prions (nature protéique, apparemment dépourvus d'acides nucléiques).

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


La multiplication virale
(Appartient à la virologie générale)

I. Interaction virus-cellule

A. Interaction abortive
B. Interaction productive
C. Interaction intégrative

II. La multiplication virale

A. Les étapes de la multiplication


B. Le cycle de multiplication d’un virus
C. Les stratégies des virus pour assurer leur réplication
D. Réplication des virus à ADN
E. Réplication des virus à ARN
1. Les virus à ARN+
2. Les virus à ARN-
3. Les rétrovirus
4. Conséquences des différents cycles de réplication sur la classification des
virus

III. Les conséquences de la multiplication virale pour la cellule

A. La décapsidation
B. Les effets cytopathiques et cytopathogènes
1. Les virus à ADN
2. Les virus à ARN
C. Les conséquences du cycle du virus sur la cellule et sur la pathogénie des viroses

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Les virus sont des particules élémentaires composées au minimum d’un génome unique
(ARN ou ADN) et d’une capside. Ils sont capables de se multiplier et d’engendrer de nouveaux virus,
c’est pourquoi nous considérons qu’il s’agit d’éléments vivants. Il ne faut pas considérer la
multiplication des virus au sens littéral, il s’agit en fait d’une réplication du génome et d’une
duplication de la capside. La cellule hôte est nécessaire à la multiplication virale : le virus est
considéré comme un parasite.

Les laboratoires doivent tester de nombreuses cellules pour trouver celles qui sont
permissives, c'est-à-dire qui peuvent être infectées. Or, il existe pour chaque virus un spectre plus
ou moins restreint de cellules permissives. Les laboratoires travaillent sur les conséquences des
virus et peuvent identifier ces virus en comparant les symptômes des patients. Tous les laboratoires
présentent une spécialisation : ainsi, en humaine, les laboratoires sont spécialisés dans les différents
types de virus (viroses cutanées, viroses respiratoires ...), en médecine vétérinaire, ils se spécialisent
par rapport à une espèce (maladie des bovins, des poissons, pathologies des oiseaux, viroses des
abeilles, et des petits ruminants ...). Sur l’ENVL aucun isolement de virus n’est réalisé. CF TP

L'étude de la multiplication virale permet également d’élaborer une classification spéciale :


la classification de Baltimore. Elle est basée sur la stratégie de réplication du virus, et regroupe les
virus en 6 classes.

I. Interaction virus-cellule
Quand le virus rencontre la cellule, il y a trois évolutions possibles. Nous allons les étudier
successivement. Cette rencontre est le fruit du hasard.

forme intégrée

forme épisomale

Figure 1 : Interactions virus-cellules et évolutions possibles

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A) Interaction abortive
Le virus n’est pas pathogène, il n’a pas d’effet sur la cellule (pas de production de virions par
la cellule). On parle d’interaction abortive et la cellule est dite non permissive ou réfractaire. Ceci
peut se produire in vivo et in vitro et concerne 95% des virus. L’interaction n’est donc pas visible car
la cellule reste intacte car elle ne subit pas de modification physiologique.

Attention : Cela ne veut pas dire qu’il n’y a pas réplication du virus, mais juste qu’il n’y a pas
production de virions (pas de maturation).

B) Interaction productive
Le virus interagit avec une cellule permissive et trouve ainsi les éléments pour sa
réplication. On trouve dans la cellule des particules virales.

La cellule permissive permet la multiplication directe du virus et la production de virions.


L’interaction est donc productive. Le cycle peut-être un cycle productif dans lequel le virus est
produit en continu et s’échappe par bourgeonnement. Dans ce cas, la cellule infectée reste intègre
et si l’animal guérit, il ne gardera pas de séquelles. Par contre, si le cycle est lytique, le virus lyse la
cellule qui l’a produit pour s’échapper : le virus est accumulé dans la cellule jusqu’à ce que celle-ci
explose. Lors d’un cycle lytique, il s’agit dans 90% des cas d’un virus nu, car celui-ci ne bourgeonne
pas.

Une énorme libération de virus dans le milieu au cours des cycle productif et cycle lytique
mais elle n'est réalisée en continu que lors d’un cycle productif.

Les deux cycles sont intéressants lorsque l’on veut fabriquer des vaccins au laboratoire et
concernent 2 à 3% des virus.

C) Interaction intégrative

Le génome du virus est intégré dans la cellule :


- directement avec l’ADN cellulaire grâce à des amorces
- ou sous forme épisomale: le génome reste dans le noyau, sans s’intégrer au génome
cellulaire.

La cohabitation des deux génomes peut entraîner des perturbations du métabolisme


cellulaire provoquant une modification de la morphologie de la cellule ; la cellule peut devenir
cancéreuse. C’est l’interaction intégrative. Les virus à ADN sont souvent associés aux tumeurs et
cancers.
Le temps s’écoulant entre la pénétration dans la cellule et la libération des virions, et où il
n’y a pas de symptômes observables est appelée phase de latence.

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A un moment donné, un évènement entraîne la réactivation, la réinduction du virus. Cette
induction amène à la reprise du cycle et donc à une interaction productive, le plus souvent avec un
cycle productif. Cela concerne 1 à 2% des virus.
Les Rétroviridés ainsi que les Herpesviridés (responsables de l’Herpes) sont souvent des virus
avec intégration puis reprise après un temps de latence. Certains Herpesviridés et Papillomaviridés
(cancer du col de l'utérus), le virus leucémogène félin (FeLV, Rétroviridés, Oncornavirus), le virus de
l’hépatite B (Hepadnaviridés, cancer hépatique) ont une période de latence et sont associés à des
phénomènes cancéreux.

II. La multiplication virale

A) Les étapes de la multiplication

Figure 2 : Etapes de la multiplication virale

1. Reconnaissance du virion : Cela se fait par des récepteurs cellulaires qui vont reconnaitre
les antigènes du virus. Il peut alors y avoir adsorption du virus à la surface de la cellule (fixation à un
support par des liaisons faibles de type Van der Waals) puis pénétration de la capside dans la
cellule. La pénétration se fait par endocytose pour les virus nus ou par fusion membranaire pour
les virus enveloppés.

Remarque : pour les virus nus, une fois l’endocytose terminée, la membrane de
séquestration est ouverte par les enzymes cellulaires (d’où la libération du virus dans la
cellule).

2. Décapsidation : cette décapsidation, quasi-instantanée, entraîne la libération de l’acide


nucléique dans la cellule et donc sa mise à disposition pour la cellule. La décapsidation est toujours
réalisée par la cellule hôte (sauf pour les gros virus), alors qu’il s’agit d’un parasite pour la cellule
(paradoxe biologique !).
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3. Transcription, réplication et traduction : en règle générale la réplication se fait dans le
cytoplasme pour les virus à ARN et dans le noyau pour les virus à ADN. Dans le cas des virus à
ADN, la traduction se fait en deux étapes :
- transcription et traduction précoces : protéines NS (non structurales), nécessaires à la
réplication du génome (polymérase virales, tyrosine kinase). La réplication du génome
peut ensuite commencer.
- quand le nombre de copies atteint une certaine valeur, une transcription et une
traduction tardives se mettent en place afin d’obtenir des protéines de structure.

4. Assemblage : l’ensemble génome-capside se forme sous la face interne de la membrane


cellulaire.

5. Libération : soit par bourgeonnement pour des virus enveloppés, soit par lyse cellulaire
pour des virus nus.

B) Le cycle de multiplication d’un virus


Le cycle de multiplication du virus peut être reconstitué en mesurant le taux de virus
circulant :

 La latence est le temps s’écoulant entre la pénétration dans la cellule et la libération des
virions. Lors de cette phase le virus n’est plus visible hors de la cellule. Elle peut durer de
quelques heures (virus aphteux) à plusieurs années (Rhabdoviridés, Herpèsviridés,
Retroviridés).

 L’éclipse regroupe la pénétration dans la cellule, la décapsidation, la transcription, la


réplication et la traduction. Il s’agit de la période durant laquelle le virus n’est plus
détectable.

Le fait que les virus soient intra ou extracellulaires modifie la durée de ces deux périodes.

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 L’assemblage est aussi appelé maturation. Pendant cette maturation, les virus se
reproduisent mais restent à l’intérieur de la cellule, c’est pourquoi la quantité de virus
infectieux extracellulaire est nulle.

C) Les stratégies des virus pour assurer leur réplication

Les stratégies utilisées par les virus pour assurer leur réplication dépendant à la fois de la
nature du génome du virus et de la présence ou non d’enzymes dans la capside.

L’ARN est le point central pour la multiplication. Les virus à ADN subissent une transcription
classique.
On distingue les virus ARN positif (ARN+), directement utilisables car directement messagers
(cycle très rapide), et les virus à ARN négatif (ARN-), qui nécessitent la transformation de l’ARN- en
ARN+ grâce à une transcriptase intégrée dans le virion. Le cycle est par conséquent plus long.

Il existe aussi des transcriptases inverses permettant la formation d’ADN à partir d’ARN,
permettant ensuite l’insertion de la molécule d’ADN dans le génome de la cellule hôte
(rétroviridés).

D) Réplication des virus à ADN

Figure 3 : Etapes de la réplication des virus à ADN

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On utilisera ici comme cas général des virus à ADN l’exemple de l'Adénovirus responsable de
l’hépatite de Rubarth.

Les virus à ADN n'ont pas besoin d'enzymes spécifiques. La réplication compte deux étapes :

 La première consiste à obliger la cellule à transcrire l'ADN viral. Il se déroule alors une
transcription précoce, par de l’ARN polymérase ADN dépendante cellulaire. Elle est
suivie d’une traduction précoce aboutissant à la présence dans la cellule de protéines
qui ne sont pas retrouvées dans la capside. On trouve également une enzyme assurant la
réplication du virus, l’ADN polymérase virale. Cette ADN Polymérase virale permet la
réplication de l’ADN du virus.

 Puis, se déroulent une transcription et une traduction tardives permettant la formation


des protéines structurales, c’est à dire des capsomères de la capside. Enfin, le génome et
les capsomères s’assemblent sous la membrane cellulaire et le nouveau virus est libéré
par pinocytose et lyse de la cellule.

Il existe des exceptions :


 Les Poxviridés sont des virus à ADN, mais la réplication a lieu dans le cytosol grâce à des
corps d’inclusion. Ce sont des gros virus qui possèdent un appareil enzymatique élaboré
(ARN polymérase) qui assure la transcription de l’ADN. Ils se suffisent quasiment à eux-
mêmes : ils provoquent leur propre réplication une fois dans la cellule (mais utilisent les
ribosomes cellulaires pour la traduction des protéines). Pour l’identification, on repère des
corps d’inclusion colorés (c'est un élément de diagnostic important : peu de virus forment ce
genre de corps) dans le cytoplasme de la cellule hôte.

 Les Parvoviridés sont des virus très petits à faible capacité de codage ; Ils font parfois appel
à d’autres virus pour les assister dans leur réplication (dependovirus), et leur taux de
réplication est très élevé lorsqu’il s’agit de lutter contre la défection.

Explication RHX : des portions de leur ADN monocaténaire peuvent être transcrites dans le mauvais
sens (50% sont dans le sens 3’ vers 5’). Ainsi, les virus deviennent défectifs, et l’infection virale
s’arrête.

 Les Hepadnaviridés ont un génome circulaire sur un brin (ADN), partiellement double brin,
capable de se circulariser en début de réplication. Il code notamment pour une ADN
polymérase virale et la transcriptase inverse. Ces virus insèrent leur ADN au génome de la
cellule qu’ils infectent et peuvent ainsi devenir responsables de cancers.

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E) Réplication des virus à ARN

Les virus à ARN peuvent se répliquer selon 3 possibilités, suivant le schéma général ci-
dessous :

intégration au
génome cellulaire
VIRUS Figure 4 : Schéma général de la réplication des virus à ARN

1) Les virus à ARN+ (Fièvre aphteuse)

Nous prenons ici l’exemple du virus de la fièvre aphteuse


(Picornaviridé comprend les Aphtovirus) qui est un petit
virus (d’où le préfixe « Pico »), nu donc très résistant ; la
fièvre aphteuse est très contagieuse (apparition de vésicules
puis d’ulcères dans la cavité buccale, sur le bourrelet
coronaire des onglons, ainsi que sur la mamelle et les
trayons).
Figure 5 : Virus de la fièvre aphteuse
L’adsorption se fait grâce à la présence de récepteurs cellulaires glycoprotéiques puis par
pinocytose. Après la décapsidation, les ribosomes assurent la traduction de l’ARN+ qui est
directement « messager », donc directement traduit par la cellule. Cette traduction donne une
première protéine P0 qui va être clivée en plusieurs petites protéines à l'origine des protéines de la
capside : P1, P2 et P3. P3 intervient dans la formation d’une ARN polymérase ARN dépendante.
Quand la protéine VP4 (protéine virale) apparaît, c’est le signal qui signifie que le virion est prêt à
s’assembler. Puis la lyse cellulaire libère les virions. Cette lyse explique les ulcères, et la destruction
des épithéliums lorsque l’animal libère les virus.

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Il est important de remarquer que le cycle est extrêmement rapide (7 à 8 heures). Cette
rapidité de multiplication, ajoutée à la lyse des cellules et au fait que ces virus soient nus donc
résistants, explique que la fièvre aphteuse soit très contagieuse. Après guérison, des séquelles
subsistent.
Lors de cultures, si on suspecte ce type de virus il faut regarder les boites toutes les 2 à 3 h car
comme le cycle est rapide, si on attend trop longtemps tout le tapis cellulaire sera lysé et on ne
verra plus rien.

Figure 6 : Cycle des Picornaviridae (ex : virus de la fièvre aphteuse, Aphtovirus)

VP = viral protein

2) Les virus à ARN- (Maladie de Newcastle)

On prend ici l’exemple d'un Paramyxoviridé. L'un d'entre eux est responsable de la maladie
de Newcastle (Avulavirus) ou pseudo peste aviaire, qui est très contagieuse et entraîne 90% de
mortalité dans un poulailler. C’est un virus enveloppé.
La reconnaissance de la cellule par le virus se fait par des récepteurs cellulaires
mucoprotéiques, qui sont généralement des molécules d’acide sialique et qui interagissent avec les
glycoprotéines virales, puis avant la fusion de l'enveloppe virale et de la membrane plasmique.
Après décapsidation du virus, l’ARN- est libéré, mais la cellule ne comprend pas encore le message :
il est ensuite transformé en ARN+ par une transcriptase intégrée d’origine virale.
Le cycle se réalise ensuite de la même manière que précédemment, avec reformation d’ARN-
à partir de l’ARN+, puis la libération se fait par bourgeonnement donnant un virus enveloppé. Les
glycoprotéines de surface du virus se positionnent dans la membrane plasmique. Ces glycoprotéines

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sont pour la plupart des molécules permettant la fusion de deux membranes. Il arrive alors parfois
qu’une cellule infectée fusionne avec sa voisine. Il se forme ainsi des syncytia : le virus est qualifié
de virus syncytiogène. Le fait de posséder une enveloppe issue de la membrane plasmique de la
cellule hôte permet au virus de se protéger contre le système immunitaire de l’hôte. De plus, cela
rend l’identification du virus plus difficile : il faudra rechercher les glycoprotéines de surface.
La durée du cycle est plus longue et s’étend sur 10 à 20 heures (in vitro). Après la guérison,
il n’y a pas de séquelles.

Figure 7 : Multiplication d’un virus à ARN-

Il existe des particularités :


 Les Orthomyxoviridés (=Influenza virus), responsables des grippes humaines et animales,
possèdent un génome segmenté en 7 ou 8 segments. Plus les segments sont nombreux, plus
les virus sont virulents. Des associations aléatoires entre segments de deux espèces
différentes parasitant une même cellule peuvent se réaliser au cours de l'assemblage : on
parle de réassortants. C’est le cas chez certains virus affectant les porcs : on peut avoir des
segments de porc et de poule dans une même cellule par exemple. Ces derniers sont donc
sensibles aux grippes aviaire et humaine. Ces virus sont responsables de pandémies
(diffusion large et traçante). De plus les protéines de surface sont en perpétuelle évolution,
et des mutations du génome viral peuvent se produire. Il faut donc isoler de nouvelles
souches virales à la fin de chaque épidémie pour obtenir une vaccination efficace contre la
prochaine grippe.

 Les Réoviridés (FCO, peste équine), virus nus, possèdent un ARN double brin, segmenté, sont
à double capside et ne possèdent pas d’enveloppe. Après décapsidation partielle, une ARN
polymérase intégrée va transcrire activement l’ARN- génomique en ARN+ servant à la
traduction et à la réplication du génome viral. Le cycle très rapide. Ils sont responsables de la
peste équine et de la fièvre catarrhale ovine.

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3) Les rétrovirus (Lentivirus : FIV, BIV, HIV + Oncornavirus FELV, BELV)

Le Rétrovirus est un virus enveloppé. Le virus bascule à l'intérieur de la cellule après


reconnaissance d'un récepteur spécifique (GP120 correspond à une glycoprotéine du virus du sida
du chat (FIV).) ; la rétrotranscriptase = transcriptase inverse véhiculée par le virus récupère l'ARN+
pour en faire un proADN qui possède à ses extrémités des régions LTR (Long Terminal Repeat).
L'intégrase assure l'intégration du proADN dans le génome de la cellule hôte. Une phase de latence
particulièrement longue s’installe alors (rétrovirus : si pour le Sarcome de Rous la maladie est
fulgurante, cela peut prendre des années, quelques semaines à quelques années, voire plus de 10
ans !).
Après réactivation du virus, le génome viral est transcrit en ARNm à son tour traduit en
protéines de la capside (gène GAG), de l’enveloppe (gène Env), en ARN polymérases (gène Pol) et en
intégrases et protéases qui sont des petites protéines secondaires pouvant être des cibles
médicamenteuses. Le virus est ensuite assemblé puis libéré par bourgeonnement.
La latence est une signature des rétrovirus. On peut bloquer le cycle à chaque étape par
utilisation d’analogues des nucléotides rendant non fonctionnelle la protéine à laquelle ils sont
intégrés (avec souvent également des effets néfastes sur la cellule hôte ...).
A la suite d'une phase de latence, la cellule peut se transformer, et initier des cancers
comme des leucoses (=prolifération des leucocytes, en relation avec des tumeurs ganglionnaires,
lymphomes ...) (Virus Leucémogène Félin ou FeLV, Rétroviridés, Oncornavirus).

Figure 8 : Multiplication d’un Rétrovirus

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4) Conséquences des différences de cycles de réplication sur la classification
des virus (à connaitre parfaitement !)

Ces différents cycles ont permis d’établir une nouvelle classification : la classification de
Baltimore. Elle est divisée en 6 groupes :

 Groupe I : virus à ADN bicaténaire : Herpesviridés, Adénoviridés, Poxviridés.


 Groupe II : virus à ADN monocaténaire : Parvoviridés.
 Groupe III : virus à ARN bicaténaire : Réoviridés.
 Groupe IV : virus à ARN+ monocaténaire infectieux : Picornaviridés, Togaviridés, Aphtovirus
c'est un Picornaviridé ; directement traduits, donc prolifération très rapide.
 Groupe V : virus à ARN- monocaténaire : Paramyxoviridés c'est un Myxoviridé,
Rhabdoviridés, Myxoviridés ; la latence est plus longue pour les ARN-.
 Groupe VI : virus à ARN+ monocaténaire avec RT : Rétroviridés.
 Le groupe VII a été découvert après la classification de Baltimore : virus à ADN bicaténaire,
dotés d'une ADNpol fonctionnant un peu comme une intégrase : les Hepadnaviridés insèrent
leur génome dans les hépatocytes et peuvent conduire à des phénomènes cancéreux.

Figure 9 : La classification de Baltimore

Remarque (dite en TP) : il y a différents moyens pour la culture des virus :


- In vivo (sur organisme vivant) : contraignant, cher, lent et règlementé (Cf. cours d’éthique sur
l’expérimentation animale).
- In ovo (sur oeuf embryonné, en général sur oeuf de poule) : c’est l’idéal. On peut vacciner 10
enfants avec un œuf mais il y a des inconvénients : certains sont allergiques à l’œuf et tous les virus
ne se cultivent pas sur œuf embryonné. Seuls les virus des oiseaux et certains humains sont
cultivables sur œuf. Toutefois, on peut « avianiser » des virus pour faciliter leur culture (on fait des

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passages aveugles : on fait des clonages et on essaie de cultiver les clones sur l’œuf embryonné, et
parfois au bout d’un certain temps ça marche).
- In vitro (sur tout type de cellules a priori), Cf. TP.

III. Les conséquences de la multiplication virale pour la cellule


A) La décapsidation

La décapsidation du virus est assurée par la cellule car le virus n’a pas les enzymes
nécessaires pour la réaliser : le virus met donc en place une stratégie pour que la cellule assure sa
décapsidation.
Un autre phénomène est associé à cette décapsidation : il y arrêt de la synthèse des protéines
cellulaires. La cellule engage son énergie dans la décapsidation. Mais, cet arrêt peut être plus ou
moins brutal.

B) Les effets cytopathiques ou cytopathogènes

Les effets cytopathiques sont aussi appelés effets cytopathogènes. Ces effets sont
consécutifs à la réplication du virus dans la cellule. On peut se servir de ces effets pour identifier de
façon indirecte ces virus, ils permettent en fait de deviner leur présence dans les cellules. Ils sont
utilisés pour le diagnostic sur des tissus infectés (via une biopsie) ou sur des cultures cellulaires
(histologie).

1) Les virus à ADN

Pour les virus à ADN, les effets cytopathiques sont sous forme de lésions nucléaires
(corps à inclusion intranucléaire) SAUF pour les Poxvirus (intracytosolique).

 Les Poxviridés sont des virus à ADN à capside complexe et enveloppe dont la réplication se
fait au niveau du cytosol. Les effets cytopathiques sont alors sous forme d’inclusions au
niveau du cytosol, ces inclusions étant des mélanges de protéines cellulaires et de protéines
du virus en cours de synthèse. Ils provoquent aussi la fusion de cellules formant ainsi des
syncytia.

On utilisera des colorations de type MGG (May-Gründwald-Giemsa) pour différencier les


corps d'inclusion basophiles (bleus) et éosinophiles (roses).

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Figure 10 : Effets cytopathiques des Poxvirus

Sur l’image précédente (Figure 10) :


- les flèches indiquent une rétraction de la cellule
- La cellule possède trois noyaux, ce qui est suspect : cela signifie que le virus a la capacité
de générer un syncytium (pouvant compter jusqu’à 30 noyaux). Les noyaux ne sont pas
affectés par le virus, ils sont intacts.
- au niveau du cytosol, se trouvent des corps d’inclusions roses qui sont donc éosinophiles
et des corps d’inclusions bleus qui sont basophiles : il s’agit d’inclusions intra
cytoplasmiques éosinophiles et basophiles.
D’après tous ces éléments, nous pouvons conclure que le virus qui a infecté cette cellule
appartient à la famille des Poxviridae (virus responsable de la variole humaine et animale). Il
possède tout le matériel génétique pour assurer sa réplication dès son entrée dans la cellule.

Pour les autres virus à ADN, les effets sont des lésions intranucléaires.

 Nous nous intéressons maintenant à l’Adénoviridé responsable de l’hépatite de Rubarth.


Lors de la présence de ce virus, le tapis cellulaire va être comme troué : ceci est dû aux fibres
toxiques portées par les pentons de la capside à la surface du virus nu. On remarque que les
lésions apparaissent au niveau du noyau et évoluent au cours de trois stades différents. On
a alors une structure en forme de ballon ou de « chou-fleur » qui est caractéristique des
Adénovirus et permet d’aider à l’identification.

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Figure 11 : Effets cytopathiques des adénovirus

 Les Herpesviridés sont des virus très nombreux : HSV1, HSV2, VZV (Aphaherpèsvirinae, virus
responsables de la varicelle et du zona), CMV (CytoMégalo Virus, (Bêtaherpèsvirinae) qui
provoque l’apparition de gros syncytia ou cellules géantes), le virus responsable de la
maladie d’Aujeszky ( Alphaherpèsvirinae) (principalement chez le porc avec des symptômes
qui peuvent être nerveux, respiratoire ou génitaux), virus responsable de la maladie du
Marek (Alphaherpèsvirinae) (principalement chez les oiseaux et qui a des effets
oncogéniques), IBR (Alphaherpèsvirinae) localisé au niveau de l’arbre respiratoire parfois
associé à IPV localisé au niveau génital.

Les glycoprotéines portées à la surface des herpèsviridés peuvent induire la formation d’un
syncytium, qui peut être énorme dans le cas des Cytomégalovirus (CMV). Ces Herpesvirus
entraînent une destruction cellulaire avec margination de la chromatine par la formation
d’inclusions acidophiles en cocarde ou en oeil d’oiseau. La chromatine périphérique et la formation
en œil d’oiseau oriente l’identification vers les Herpesviridés.

Figure 12 : Effets cytopathiques des


Herpetovirus

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2) Les virus à ARN

Pour les virus à ARN, les effets cytopathiques sont sous forme de lésions majoritairement
au niveau du cytosol.

 Les Orthomyxoviridés (grippes) et les Paramyxoviridés (maladie de Carré et peste, rougeole et


oreillons, Newcastle) sont des virus extrêmement syncitogènes. Contrairement aux syncitia
des Orthomyxovirus, les syncitia formés sont de très grande taille pour les Paramyxovirus,
avec jusqu’à 15 noyaux et des inclusions acidophiles intra cytoplasmiques à la périphérie du
cytosol de la cellule infectée. Ces inclusions forment de grosses plaques roses qui
n’affectent pas les noyaux. La maladie de Carré est diagnostiquée par la présence de corps
de Lentz.

 Quand ils sont mis en culture, les Picornaviridés (poliomyélite, fièvre aphteuse) sont à
l’origine de la disparition du tapis cellulaire en 6h. Auparavant, ce virus aura provoqué un
allongement de la cellule avec formation d’un corps d’inclusion énorme repoussant le noyau
hyper chromatique, déformé, rétracté et pycnotique (Se dit d'une cellule dont le noyau
présente des phénomènes de condensation de la chromatine) à la périphérie : on parle de
fantôme du noyau.

 Les Réoviridés, responsables de la peste équine, de la maladie de langue bleue chez les
moutons et de Gumboro (maladie trouvée chez les oiseaux et qui provoque une
immunodéficience chez les jeunes avec des lésions dans la bourse de Fabricius = bursite
infectieuse), est à l’origine de cellules dissociées, rares. Ces cellules vont posséder une
inclusion intra-cytoplasmique volumineuse semi-circulaire éosinophile englobant le noyau
sans en faire totalement le tour : aspect fréquent en « fer à cheval ».

On peut ainsi retrouver les effets des virus à ARN sur le schéma suivant :

Figure 13 : Effets cytopathiques des virus à ARN

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C) Les conséquences du cycle du virus sur la cellule et sur la
pathogénie des viroses : physiopathogénie

Etudier la latence des virus permet d'anticiper les conséquences sur la cellule infectée.
La période de latence peut-être plus ou moins courte :

 Latence extrêmement brève :


- Il s’agit en général de virus à ARN+ qui entraînent une lyse massive des cellules (contagiosité
importante) : ceci est souvent associé à des aphtes et à des ulcères et concerne des virus nus
résistants. C’est le cas de la fièvre aphteuse.
- Les virus à ARN double brin ont aussi une latence brève. C’est le cas des Réovirus
responsables de pestes équines et de la langue bleue. Ces virus provoquent des lésions
variables au sein des cellules.

 Latence variable :
- Rapide : c’est le cas du virus de la grippe qui sort de la cellule par un mécanisme de
bourgeonnement, ce qui permet l’absence de séquelles lors de la guérison.
- Longue : c’est le cas du virus de la rage (Rhabdovirus) qui possède un ARN- qui explique
cette longue latence. Ici, des lésions apparaissent sous forme d’agrégats, au niveau du
cerveau, appelés corps de Negri. Il s’agit donc d’une maladie à incubation très longue.
Les symptômes de a rage apparaissent à peu près 2 mois après la morsure : en effet le virus
doit atteindre les neurones, puis il commence à se répliquer avant de redescendre le long
des neurones pour provoquer des lésions.

 Latence très longue : c’est le cas des virus devant s’intégrer dans le génome, comme par
exemple les Rétrovirus. Ils possèdent une rétrotranscriptase et de l’ARN+. L’infection est dite
opportuniste. Ces virus ont des effets transformant sur la cellule. Ils reconnaissent des
cellules particulières à CD4. Quand il y a infection, le pouvoir de protection de l’individu
diminue considérablement. Les pathogénies provoquées par ces virus sont les leucoses,
lymphosarcome et une fréquence plus importante d’infections opportunistes. Les virus mis
en cause sont : FeLV, BeLV, FIV, BIV HIV, SIV ...

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Ainsi la latence est en liaison avec des lésions et une pathogénicité variables :

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


La Lutte antivirale

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Sommaire

I. Introduction

II. La chimiothérapie antivirale

A. Les virostatiques de la chimiothérapie antivirale


B. Les cibles de la chimiothérapie antivirale

1- lors de la phase de reconnaissance et attachement


2- lors de la pénétration
3- lors de la décapsidation
4- lors de la réplication
5- lors de la maturation

III. Les interférons

A. Mise en évidence et définition


B. Production des différents types d’IFN
C. Mode d’action des IFN

I. Introduction : Traitement des maladies virales

La majorité des infections d’origine virale sont bénignes. Moins de 1% des virus entrainent
des maladies graves. C’est contre ces virus qu’il faut trouver des solutions. C’est ce qu’on appelle la
« lutte antivirale ».

Définition « Antiviraux » : On appelle antiviraux l'ensemble des molécules de thérapie antivirale


et des substances d'origine biologique qui interfèrent avec la réplication, ce sont les interférons.

Le traitement des maladies virales dépend du comportement du virus impliqué. Ce


traitement est en conflit avec le caractère de parasite intracellulaire du virus : les virus sont des
parasites intracellulaires totaux, ils ont un impact sur les cellules, allant jusqu’à les lyser. Les
antiviraux utilisés doivent agir quand le virus se multiplie. Or à ce moment là, il est dans la cellule

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donc on risque de détruire en même temps la cellule hôte. C’est à cause de la lyse cellulaire que l’on
observe des effets secondaires.
La majorité des antiviraux ont donc un effet virostatique, c'est-à-dire qu’ils empêchent ou
ralentissent la réplication et facilitent l'action des lymphocytes T, mais ne sont pas virucides car ces
substances sont cytotoxiques. Les virucides sont utilisés pour décontaminer une étable, un
poulailler ou une table d'examen, mais jamais pour traiter un animal.

Il existe deux types d’antiviraux, à la base de la lutte antivirale :


- la chimiothérapie antivirale
- les interférons

La chimiothérapie antivirale regroupe les molécules chimiques synthétisées au laboratoire


avec une action directe sur la multiplication du virus alors que les interférons sont des molécules
naturelles intervenant dans la communication cellulaire et produites par les cellules en réaction à
la multiplication du virus.

II. La chimiothérapie antivirale

A. Les virostatiques de la chimiothérapie antivirale

Comme nous l’avons précisé l’utilisation des virucides est limitée car ils possèdent des effets
cytotoxiques. On utilise donc souvent des virostatiques.

Un certain nombre de notations ont été définies afin de caractériser les virostatiques, c'est-
à-dire la capacité d’une molécule à limiter la multiplication d’un virus :
 La DL50 est la dose moyenne infectante qu’il faut inoculer à une population animale pour que
50% des individus soient infectés
 Cytotoxicité : Elle se note CT50. C’est la quantité de produit nécessaire pour inhiber 50% des
fonctions vitales des cellules.
 L’index thérapeutique se définit par le rapport suivant :

Cytotoxicité du produit à 50% CT50


Index thérapeuthique = =
Dose infectante à 50% DL50

B. Les cibles de la chimiothérapie antivirale


Le cycle d’un virus se compose de 5 phases :
 La reconnaissance et l’attachement
 La pénétration et la décapsidation
 La réplication
 La maturation
 La libération

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Figure 1 : Etapes du cycle viral

A chaque étape correspond une cible particulière des virostatiques (entre parenthèses sur le
schéma).

1- Action sur la phase de reconnaissance et d’attachement

Il s'agit obtenir des molécules qui miment les virus et se fixent sur leurs récepteurs pour les
saturer. Mais il y a risque de choc anaphylactique (=réaction allergique exacerbée).
Ex : les CD4 se fixent sur les récepteurs du HIV : même si on utilise des CD4-like pour empêcher la
fixation du virus sur les CD4 on sait qu’il existe en fait d’autres récepteurs reconnus par le HIV, ce qui
rend l’action des CD4-like inutile.

2- Action sur la phase de pénétration et de décapsidation

 Les virus pénètrent dans la cellule via des endosomes dans lesquels s'installe un pH acide qui
permet la décapsidation du virus (cas du virus de la Grippe). Il existe des qui empêchent
l'acidification des endosomes en bloquant les canaux à protons des membranes : si l'on
augmente le pH on bloque l’entrée du virus.
Ex : l’Amantadine ou la Rimantadine bloquent la pénétration du virus de la grippe.

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 La décapsidation est réalisée par les enzymes cellulaires pour mettre le génome viral à
disposition, ces dernières peuvent également être bloquées par des substances
antagonistes. Mais souvent lorsque l’on intervient il est trop tard pour bloquer cette phase.
Ex : C’est le cas de Chalcone qui intervient dans le cycle des Rhinovirus (sous-groupe des
Picornaviridés, rhumes). Il est rarement utilisé car les rhumes sont considérés comme bénins. Ou
encore Arildone qui bloque les Entérovirus (également un sous-groupe des Picornaviridsé,
polyomyélite).

3- Action sur la phase de réplication

La cible des antiviraux est dans la plupart des cas les ADN polymérases. Les substances
utilisées sont des nucléosides modifiés (triphosphorylés) ajoutés à la nourriture de l'animal qui sont
intégrés et qui bloquent l’élongation de la chaîne d’ADN, en bloquant l’ADN polymérase. Mais on
risque aussi d’affecter l’ADN cellulaire, d’où des risques d’effets secondaires importants (effets
cytotoxiques) sauf dans le cas des antiviraux traitant les herpès.
Il a été découvert que l’inhibition de l'ADN polymérase virale a des répercussions sur l’ADN
polymérase cellulaire. Cette répercussion néfaste a été contournée afin de réaliser des antiviraux
anti-herpétiques, donnant lieu à des thérapies antivirales efficaces et atoxiques.
En effet, lorsque l’on utilise des nucléosides modifiés ils sont
incorporés autant par l’ADN polymérase virale que par celle de la cellule. Il NB : Cette
fallait donc trouver une molécule ayant une affinité plus importante pour méthode est plus
l’ADN polymérase virale. La cycloguanosine remplit ce rôle. Elle a besoin difficile à utiliser
d’être triphosphorylée par une kinase, pour être active, ensuite elle pour le blocage
entre dans le génome du virus et stoppe son cycle de réplication. Cette des ARN pol
molécule a 1000 fois plus d’effets sur l’ADN polymérase virale que sur
l’ADN polymérase cellulaire. La thymidine kinase virale est plus active sur la cycloguanosine que
les kinases cellulaires. Ainsi, ces antiviraux (acyclovir ou zovirax, ganciclovir) agissent
préférentiellement sur le virus et non sur la cellule, ce qui diminue les effets secondaires.

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4- Action sur la maturation

Des enzymes inhibent l’action des protéases


virales. Le Saquinavir est utilisé dans ce but dans le
traitement contre les HIV. En effet ces molécules
empêchent le clivage de la grande protéine virale avant
son clivage en diverses protéines servant à constituer
l’enveloppe et les protéines virales : le virus ne peut pas
s’assembler.

5- Action sur la libération

Les particules virales des virus enveloppés en bourgeonnement sont liées entre elles et à la
membrane cellulaire par des molécules d’acide sialique. La neuraminidase trouvée à la surface des
influenza virus (Orthomyxovirus) permet la libération des virus par hydrolyse de la liaison acide
sialique-hémagglutinine. En bloquant la neuraminidase, on empêche la sortie du virus à l’extérieur
de la cellule (Cf. Viro-01 virologie générale).

L’action la plus efficace de la chimiothérapie est d’empêcher la réplication virale.

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III. Les interférons (IFN)

A. Mise en évidence et définition


Précédemment, a été abordé le cas des interférons. Ils ont été mis en évidence par ISAACS
et LINDENMANN en 1957 :

 Protocole expérimental : Injection d’un virus grippal vivant et inactivé dans un œuf
embryonné. Puis récupération par centrifugation du surnageant de l’œuf dans lequel se
trouvait le virus, et inoculation à un deuxième œuf infecté par le même virus ou par un
différent.

 Observations : Aucune multiplication virale n’est détectée ou alors celle-ci est très réduite.

 Interprétations : Le surnageant contient une substance soluble qui inhibe ou réduit la


multiplication virale.

Ces substances naturelles produites par certaines cellules et agissant sur d’autres ont été
désignées comme appartenant au groupe des interleukines et ont été nommées interférons car
elles interféraient avec le virus.

Si on inocule un virus différent du premier au second œuf, il n'y a pas de multiplication


virale, ce qui montre que les interférons ne sont pas spécifiques des virus qu’ils inhibent. Par
contre, si on remplace le second œuf par un œuf d'une espèce différente de la première, il y a
multiplication virale car les interférons sont spécifiques d'une espèce donnée.

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Les interférons (IFN) sont en fait définis comme constituant un ensemble de glycoprotéines
conférant aux cellules un état de résistance à une infection virale et inhibant la multiplication
virale.
Ces molécules sont de 4 types : IFN α, IFN β, IFN γ, et IFN Ω. Elles font partie des moyens de
défense non spécifiques (pas que pour les virus), mis en œuvre rapidement par l’organisme en
réponse à une induction, par exemple par un virus. Les interférons sont codés par le chromosome
cellulaire et restent spécifiques de l’espèce productrice : les interférons bovins ne protègent ainsi
que les bovins MAIS CONTRE UNE GRANDE VARIETE DE VIRUS (pas de spécificité de virus).

B. Production des différents types d’interférons

Les IFN α, β et Ω sont des interférons de classe I et les IFN γ des interférons de classe II. Ces
classes sont définies par l’existence de récepteurs spécifiques au niveau des cellules (en réponse à
différents agents). Les interférons sont synthétisés par les cellules infectées par un virus, au
moment où le gène de ce dernier est sous forme bicaténaire (pour le cas des virus à ARN). Cf. III- C.
mode d’action des IFN.

(Et IFN Ω)

Figure 2 : Production des différents types d’interférons

Il existe différent types de virus inducteurs de la production d’interférons. Ils sont classés en
3 catégories :

 Virus vélogène : Virus très virulent (= capacité à se multiplier très rapidement - "véloce" -).
Ils induisent une faible production d’IFN car la cellule n’a pas le temps de répondre à la
stimulation.
Ex : Herpetovirus

 Virus mésogène : Virus à vitesse de multiplication intermédiaire. Ils peuvent être utilisés
pour la fabrication de vaccins.

 Virus lentogène : Ce sont des mutants de virus vélogènes qui se multiplient lentement et
induisent une forte production d’IFN (car la cellule a le temps de réagir). Ils sont ainsi
intéressants pour la production de vaccins thérapeutiques. Ce type de vaccin est utilisé
contre la rage.

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Remarque : ne pas confondre virulence et facteurs de pathogénicité :
Virulence= liée à la vitesse de multiplication des virus
Pathogénicité= liée à la « dangerosité » des virus (symptômes plus ou moins graves …)

C. Mode d’action des IFN

Pour expliquer le mode d’action des IFN, on va étudier l’exemple d’un virus lentogène où la
production d’IFN est effective. On peut prendre l’exemple du virus responsable de la maladie de
Newcastle (Paramyxoviridés, Avulavirus, virus enveloppé à ARN-) :
Ce Paramyxovirus possède un ARN monocaténaire, qui au cours de la réplication passe par
un stade bicaténaire qui inactive un répresseur naturel des IFN au niveau du génome de la cellule
infectée, permettant à celle-ci de produire des IFN. On les retrouve dans le surnageant.
ATTENTION les IFN n’agissent pas directement sur les virus.
Ils se fixent sur des récepteurs de la membrane plasmique des cellules, et provoquent la
synthèse de protéines à action antivirale (PAV).

Ces PAV sont réparties en 2 classes avec des voies d’action différentes :

o Les PAV de classe 1 : elles entraînent une polymérisation d'ATP et l'activation d’une
ribonucléase qui dégrade l’ARN viral.

o Les PAV de classe 2 : elles entraînent la phosphorylation de protéines kinases qui


induisent un arrêt des synthèses de protéines virales, donc plus de réplication du virus.

Pour résumer sur les IFN

Ils sont :
 Solubles
 Spécifiques du type cellulaire (Ex : l’utilisation des interférons α ou β dépend seulement du
type cellulaire).
 Spécifiques de l'espèce
 Non spécifiques du virus inducteur mais à spectre antiviral large, ce qui peut sembler
paradoxal car en médecine ils ne sont pas utilisés pour traiter l'ensemble des maladies
virales.
 Résistants aux nucléases, aux pH acides (on peut les administrer par voie orale), à la chaleur
(1 h à 50°C)
 A demi-vie brève (il faut donc les administrer fréquemment).

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Ils ont pour fonctions :
 L'inhibition de la multiplication virale
 L'inhibition de la division cellulaire (rôle anticancéreux)
 Des modifications membranaires (antigènes du système HLA responsables de cytotoxines
cellulaires, microglobuline, Fc récepteurs).
 L’immuno-modulation (augmente la cytotoxicité cellulaire, et l'activité des natural killer et
des macrophages).
 Une fonction de cytokine (induit le Tumor Necrosis Factor (TNF α) qui agit à distance. Ils
augmentent la fièvre et agissent sur la nécrose des cellules tumorales (activité
anticancéreuse). Mais la destruction massive peut provoquer un choc endotoxique (et
augmenter le désordre).

En médecine vétérinaire, l’utilisation des interférons est plus limitée qu’en


médecine humaine. Les IFN les plus utilisés sont les IFN Ω (classe 1, équivalent de
l’IFN α chez l’homme). Ils sont utilisés pour la lutte contre la Parvovirose, le FIV et
les Coronavirus félines.
Cependant, les effets secondaires sont importants : symptômes pseudo-grippaux, nausée,
malaise. Ces effets secondaires expliquent le fait que les interférons ne soient pas utilisés
pour les maladies bénignes (varicelle...), ni chez les patients immunodéprimés.

Remarque:
Leur utilisation en médecine humaine est rare, mais on peut citer :
-interféron α : hépatite B et C, antiproliférative dans le cas de cancer, leucémies, sarcome de Kaposi (tumeur
liée à la présence d'un herpesvirus)
-interféron β : sclérose en plaque (désordre immunitaire)
-interféron γ : maladies où il y a diminution de l'activité antivirale de la cellule (granulomatose septique
classique).

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Les Prions

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Module : Microbiologie Générale

Sommaire

I. Qu’est ce qu’un prion ?

A. Définition
B. Historique de la découverte des prions
1. La période vétérinaire
2. La période d’émergence des premières ESST humaines
3. La dernière période de découverte

II. L’importance des prions

A. L’importance de l’étude des prions


B. Les encéphalopathies spongiformes humaines et animales
1. Les encéphalopathies spongiformes humaines
2. Les encéphalopathies spongiformes animales
a. Généralités
b. La tremblante du mouton
c. L’ESB chez les bovins
3. Caractéristiques communes des ESST chez l’homme et les animaux

III. L’agent responsable des ESST

A. Mise en évidence de l’agent


B. Origine du prion
C. Des éléments qui relient les deux formes de protéines
1. Mise en évidence de ces éléments
2. Les voies de biogénèse des prions infectieux
D. Modèle du prion
E. L’action d’agents physiques et chimiques contre les prions

Le prof est passé hyper vite sur ce chapitre, nous avons donc essayé d’aller à l’essentiel. Il a
notamment zappé une partie sur la santé publique et sur le contrôle des ESST.

Donc pour informations complémentaires, regardez le cours des RHX !

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Module : Microbiologie Générale

Jusqu’à présent, dans les premiers cours, nous nous sommes intéressés aux virus classiques.
Cependant, il existe d’autres particules très petites qui ne répondent pas aux antibiotiques et qui
sont traditionnellement enseignées avec les virus : il s’agit des prions. Ils n’ont cependant rien à voir
avec les virus en dehors de leur très petite taille.

I. Qu’est ce qu’un prion ?

A. Définition

Les prions sont des agents infectieux particuliers de nature protéique uniquement, capables
de provoquer chez l’homme et l’animal des affections neuro-dégénératives, inoculables et
incurables. Ils ne provoquent pas de production d’interférons ni d’inflammation. Ces affections
d’évolution lente, de nature infectieuse et/ou génétique sont désignées sous le terme générique
d’Encéphalopathies Spongiformes Subaiguës Transmissibles (ESST), et d’Agents Transmissibles Non
Conventionnels (ATNC).

 Ces maladies sont à évolution lente. Cependant, ces maladies sont à distinguer des maladies
classiques à évolution lente qui sont dues à des virus tels que les lentivirus (genre de la
famille des Retroviridae).

 Ces maladies sont caractérisées par l’aspect spongiforme du cerveau (cf p6) : en effet, il y a
atteinte quasi-exclusive du système nerveux central avec des disparitions de corps
neuronaux. Cette disparition laisse apparaître des trous appelés lésions de vacuolisation au
niveau du cerveau, ce qui lui donne un aspect d’éponge. Au niveau pathologique, on
constate une perte de mémoire, puis une dégradation progressive de toutes les fonctions.

 Les agents étiologiques, c'est-à-dire les agents à l’origine de ces maladies, sont des prions,
aussi qualifiés d’Agents de Transmission Non Conventionnels (ATNC). Cette notion d’ATNC a
été développée par un biologiste américain. Comme les biologistes conventionnels n’étaient
pas d’accord avec le fait qu’une seule protéine (le prion) puisse être infectieuse, cette
appellation a été choisie. Il existe donc à l'heure actuelle 2 hypothèses : soit la protéine, le
prion, est elle seule responsable de la maladie, soit il existe un agent supplémentaire dont
on ne connait pas la nature.

B. L’historique de la découverte des prions

Ces Agents de transmission Non Conventionnels ont été à l’origine de deux Prix Nobel.
Dans la découverte des ATNC, il y a eu trois périodes importantes : la période « vétérinaire
», puis la période d’émergence des premières ESST humaines et enfin une dernière période où est
apparue la première hypothèse sur la nature de l’ATNC (protéine infectieuse), avec l’épidémie de la
« vache folle » en grande Bretagne et les premières interrogations en Santé Publique.
Cet ATNC pourrait-il passer de l’animal à l’homme ? (D’où la crise de la filière viande).

1. La période vétérinaire
Depuis 1732, la tremblante du mouton était observée dans les populations animales.

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Module : Microbiologie Générale

En 1936, deux vétérinaires de l’ENVT ont fait des études sur cette maladie. Un des deux, Jean
Cuille, a fait la première description des lésions histologiques spongiformes. Le deuxième, Jean-
Paul Chelle, a été le premier à démontrer le caractère inoculable de cette maladie. Il a réussi à la
reproduire en injectant des broyats de cerveaux provenant d’animaux malades.
C’est ainsi qu’on a mis en évidence un nouveau concept : les Encéphalopathies
Spongiformes Transmissibles.

2. La période d’émergence des premières ESST humaines


En 1919-1920, ont été réalisées les premières descriptions de lésions chez l’homme. Ces
lésions ont été décrites par Hans Gerhard Creutzfeld et Alfons Maria Jakob : cela a donné la maladie
de CREUTZFELD-JAKOB, dont la description ressemble à la tremblante du mouton (= scrapie en
anglais).
En 1957, une pathologie a été découverte dans les tribus de Papouasie – Nouvelle-Guinée
par Carleton Gajdusek (Prix Nobel de médecine et de physiologie). Cette pathologie ne touchait que
les femmes (tremblantes) et les enfants (avaient du mal à se tenir debout). Or, dans ces tribus, on
consommait les morts ; les parties nobles (muscles) étaient réservées aux hommes et les parties les
moins nobles (viscères, abats, cerveau) étaient mangées par les femmes et les enfants. Il s’est donc
avéré que ces parties moins nobles transmettaient une maladie qui entraînait des tremblements,
qui a pris le nom de Kuru. Cette maladie est caractérisée par sa transmission et son aspect
spongieux. Elle a été éradiquée lorsque la tribu a arrêté le cannibalisme.

3. La dernière période de découverte


En 1982, Stanley Prusiner (Prix Nobel de médecine en 2006) fournit une première
hypothèse sur l’origine de l’agent responsable de cette maladie : il s’agirait d’agents uniquement
d’origine protéique.
C’est en 1986 qu’apparait pour la première fois cette maladie chez les bovins : au début, les
lésions ressemblaient à celles de la rage mais en absence de virus (et de corps de Negri). On s’est
alors demandé si cela ne pouvait pas être la même maladie que chez le mouton. C’est alors qu’est
apparue l’épidémie de la « vache folle » en Grande Bretagne fortement liée à l'utilisation de farines
animales ; en même temps que cette épidémie, sont apparues des craintes en Santé Publique.

II. L’importance des prions


A. L’importance de l’étude des prions
Tout d’abord, sur le plan médical, la nature exclusivement protéique de l’agent infectieux
soulève de nombreuses questions et craintes. En effet, tous les chercheurs ne sont pas d’accord et
certains pensant qu’il est impossible qu’une structure uniquement protéique puisse transmettre
une maladie.
Leur importance relève aussi de leur capacité de propagation à différentes espèces
animales : les prions ont été découverts sur des moutons puis sur de nombreuses autres espèces.
Ils induisent donc des maladies réputées contagieuses transmissibles à l'homme notamment par
ingestion.
De plus, chez l’homme, les caractéristiques de cette maladie soulignent toute l’importance
médicale qu’il faut attacher à ces agents :
 Maladie nerveuse associée à une déchéance mentale
 Evolution longue et lente
 Incurable

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Module : Microbiologie Générale

Ensuite, sur le plan économique, nous pouvons distinguer deux périodes :


 En 1986, en Grande-Bretagne, on découvre que le bovin peut être infecté et on détruit des
troupeaux entiers par principe de précaution.
 En 2002, cette crise est portée sur les écrans de télévision et est décrite dans tous les
médias. C’est le début de la crise de la filière « viande ».

B. Les encéphalopathies spongiformes humaines et animales (pas à savoir par


cœur pour l’exam !)

1. Les encéphalopathies spongiformes humaines


On trouve cinq types majeurs d’encéphalopathies :

 La maladie de Creutzfeld Jakob : Il s’agit d’une maladie rare à répartition mondiale mais qui
est à 80% sporadique, c'est-à-dire qu’elle peut apparaître sans prévenir, d’un seul coup,
sans même l’explication d’un contact avec l’agent infectieux. 5 à 15% des cas sont d’origine
génétique (donc possibilité pour la descendance d’avoir un jour la maladie) et aujourd’hui
moins de 1% d’entre eux sont iatrogènes, c'est-à-dire occasionnés par un traitement
médical. Elle se caractérise par un syndrome démentiel puis cérébelleux, une myoclonie
c'est-à-dire une contraction spontanée de l’ensemble des muscles, ainsi qu’une évolution
rapide (inférieure à 6 mois).

 Le Kuru : Elle a été découverte en 1957, en Papouasie car dans ce pays les tribus
pratiquaient le cannibalisme rituel. Elle se caractérise par un syndrome cérébelleux
progressif et des signes démentiels modérés et tardifs.

Le fait que ces maladies puissent contaminer un individu lors d’accidents iatrogènes donne
une indication sur la nature de l’agent :
 Il y a eu des cas de contamination par des hormones de croissance récupérées dans des
cerveaux atteints et administrées à des patients par voie intramusculaire : donc l’inoculation
de l’agent extrait est capable de provoquer la maladie (120 cas dans le monde dont 76 en
France).
 Le prion peut se transmettre par l’utilisation d’instruments chirurgicaux même si ceux-ci sont
stérilisés à 180°C donc une forte température ne parvient pas à inactiver l’agent infectieux
: il est très résistant.

2. Les encéphalopathies spongiformes animales


a. Généralités
On parle de la tremblante pour les moutons, chèvres et mouflons. Ces trois espèces sont
infectées par le même agent. Elle est décrite dès 1732 chez le mouton et au XXème siècle pour les
autres espèces citées.
Chez les bovins on parle de l’encéphalopathie spongiforme bovine ou ESB (1996). Elle est
aussi présente chez les ruminants exotiques de zoo (1986).
Les carnivores sont aussi atteints : on parle d’encéphalopathie spongiforme féline chez le
chat, puma et le guépard. Elle apparaît dans les années 1990.

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Module : Microbiologie Générale

Remarque : pour les lapins et les poules, on ne peut pas savoir si cette maladie existe car leur cycle
de vie est trop court.

Figure 1 : Lésions des ESB et du Kuru

b. La tremblante du mouton(RHX)

Cette maladie peut prendre deux formes chez le mouton :


 Une forme prurigineuse : on observe un prurit dorsolombaire avec une dépilation, et du grattage
(l’animal se gratte de manière très importante jusqu’à s’enlever toute la laine sur le dos et au niveau
des lombes), d’où son appellation « scrapie ».
 Une forme paralytique qui se traduit par une parésie (=pertes partielles des capacités motrices) de
l’arrière-train et une perte de coordination.

Lors de l’évolution de cette maladie, on observe une hyperesthésie, c'est-à-dire des troubles du
comportement (perte de l’instinct grégaire et peurs), des tremblements et une altération marquée de l’état
général. L’évolution est apyrétique (sans fièvre), sans rémission et l’animal meurt en 1 à 2 mois.
Si on isole les souches du prion et si on essaie de reproduire cette maladie chez la souris, on observe des
variations au niveau de la distribution des lésions dans le cerveau et de la durée d’incubation. On en déduit
qu’il existe plusieurs souches d’agent (au moins une 20aine de souches d’ATNC).

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c. L’ESB chez les bovins


Les animaux infectés sont adultes : ils sont âgés de 3 à 6 ans. Cette maladie se caractérise
par des troubles du comportement (prurit) se poursuivant par des troubles locomoteurs, une
hyperexcitabilité, une hyperesthésie et une altération marquée de l’état général.
L’évolution est apyrétique (= sans fièvre), sans rémission (=diminution temporaire de l'état
de maladie) et l’animal meurt en 15 jours à 6 mois.
Ces symptômes sont superposables à ceux de la rage donc il faut faire un diagnostic
différentiel. En effet, au bout de 15 jours, on peut avoir des doutes : il peut s’agir de la rage ou de
l’ESB mais au bout de 6 mois ça ne peut être que l’ESB. On a très peu de souches d’ATNC chez les
bovins.

3. Caractéristiques communes des ESST humaines et animales


Il s’agit de maladies neurodégénératives qui touchent presque exclusivement le système
nerveux. Elles sont transmissibles, se caractérisent par une longue durée d’incubation, par une
évolution lente mais toujours fatale. Il y a absence de réactions inflammatoire (ni anticorps, ni
fièvre) ce qui empêche de réaliser un diagnostic précis et direct. Les lésions histologiques sont de
type spongieux avec une dégénérescence vacuolaire des neurones. C’est une maladie incurable.
Il y a perte progressive de la mémoire au cours de la maladie.

III. L’agent responsable des ESST (Partie importante à savoir)


A. Mise en évidence de l’agent
Les travaux de Prusiner permettent de mieux comprendre la nature de l’agent et sa
transmissibilité. Il a cherché un modèle en laboratoire qui diminuerait le temps d’incubation. Il a mis
en évidence l’agent des ESST en 1982 et l’appela prion. Pour cela, il a étudié un mouton atteint de la
tremblante (« scrapie ») et a réalisé une infection expérimentale d’un hamster afin de limiter la
durée d'incubation (rendant ainsi possible l'étude du prion en laboratoire).

Figure 2 : Expérience de
Prusiner

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L’analyse d’extraits purifiés de cerveau du hamster a montré :


- L’existence d’un type de protéine résistant aux protéases et aux nucléases donc non
porteur d’information génétique.
- Que son inoculation permet de reproduire la maladie.
- Que cette protéine est présente dans toutes les ESST.
- Qu’elle est co-purifiée avec l’ATNC

Cela montre que le postulat de Koch est vérifié (qui établit une relation de cause à effet liant
un microbe et une maladie) : RAPPEL du postulat de Koch
1. Le micro-organisme doit pouvoir être isolé de l'organisme malade et cultivé in vitro.
2. On doit pouvoir reproduire la maladie qu’il induit en l’inoculant à un individu.
3. Tous les individus inoculés avec le même agent infectieux doivent présenter la maladie.

Prusiner émet donc l’hypothèse d’une protéine infectieuse qu’il nomme Proteinaceous
Infectious ONly particle (=PRION) et qui est extraite à partir d’un mouton « scrapie » d’où le nom
Prpsc (prion of scrapie).

B. Origine du prion

1. La première étape fut de se demander si la particule contenait de l’acide nucléique.


Cependant, après l'action de nucléases, le pouvoir infectieux est conservé : cette particule
est donc résistante aux nucléases et toute tentative de mise en évidence d’acide nucléique a
échoué. Cela suppose une origine autre pour la particule infectieuse qui serait alors une
protéine.

2. La seconde étape fut d’étudier la possibilité d’une existence endogène de cette particule et
donc de mettre en évidence des gènes correspondants : on fabrique la séquence
nucléotidique correspondant à la protéine, puis on produit une sonde d’acides nucléiques
correspondant au 15 acides aminés terminaux de la protéine ; on réalise ensuite une
hybridation sur des animaux sains et malades : le signal est positif dans les deux cas. Ceci
montre que le prion a une origine endogène. Le groupe de gènes codant pour la Prp c'est-à-
dire la protéine prion, chez tous les mammifères est le gène prn-p.

3. La troisième étape fut de localiser l'expression du gène dans l'organisme. Sur l’animal sain,
la protéine est ainsi présente au niveau du tissu nerveux, de la rate, des poumons, du coeur,
des nœuds lymphatiques, des reins, de l’utérus, des muscles striés squelettiques et de la
mamelle. De plus, elle est non pathogène car son inoculation chez un autre individu ne le
rend pas malade. On nomme cette protéine Prpc car il s’agit du prion d’origine cellulaire.
Cette protéine est sensible aux protéases. Chez les animaux malades, elle est abondante et
détectable dans le tissus nerveux et dans d’autres tissus de manière plus limitée. On nomme
cette protéine Prpc ou Prpres car cette protéine est résistante aux nucléases, aux protéases
et il s’agit de la même protéine que celle étudiée précédemment chez le mouton « scrapie ».
L’inoculation de Prpsc/Prpres chez un animal sain est capable d’induire la maladie : il s’agit
d’une maladie reproductible.

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Module : Microbiologie Générale

Pour résumer, on a chez tous les mammifères le gène prn-p qui code pour une protéine, le prion,
qui a deux formes de protéines :
 Une forme cellulaire sensible qui n’est pas pathogène et pourrait être un signal cellulaire
 Une forme résistante qui s’accumule dans le système nerveux et qui provoque la maladie.

Figure 3 : Deux formes de protéines produites par le gène Prn-p

C. Les éléments qui relient les deux formes de protéines

1. Mise en évidence de ces éléments


Pour découvrir les évènements conduisant à la forme résistante, Prusiner a fait une série
d’expériences.

 Mise en évidence du pouvoir infectieux de la protéine résistante et de la relation entre la


forme cellulaire et la forme résistante :
Il prélève du prion chez une souris malade et l’administre chez une souris saine. Cette
dernière meurt, il en extrait un grand nombre de prions qu’il ré administre chez une autre souris et
réalise ainsi n cycles. Puis, il étudie des souris dépourvues de prion, c'est-à-dire à qui on a enlevé
pendant l’embryogénèse le gène codant pour le prion (gène prn-p). Si on leur administre du prion
d’une souris malade, on constate que ces souris sont résistantes à la maladie. La présence du gène
normal donc du prion cellulaire Prpc est indispensable à l’infection, elle-même produite par des
prions résistants.

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Figure 4 : Mise en évidence du pouvoir infectieux par Prusiner

De plus il est possible de convertir in vitro Prpc en Prpres. La protéine Prpc est présente dans
les cellules nerveuses et va donner le prion pathogène, grâce à Prpres.

 Mise en évidence du pouvoir d’infection d’un prion pur recombinant :


On étudie deux protéines : une protéine normale avec une proline en position 102 (mutation
responsable de la maladie SGSS) et une anormale avec une leucine en position 102. On produit la
protéine anormale (issue d’une mutation) en grande quantité en l’introduisant dans Escherichia Coli
: on obtient la synthèse de prion recombinant (elle produit du prion pathogène). Ensuite, une souris
est infectée par le prion pur recombinant : elle produit du prion pathogène. On montre que ce prion
est infectieux.

Figure 5 : Mise en
évidence du pouvoir
d’infection d’un prion
pur recombinant

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Une protéine pure peut donc avoir un pouvoir infectieux.

2. Les voies de biogénèse des prions infectieux

Il existe deux voies de biogénèse :


 Le prion pathogène exogène peut recruter du prion sain pour le transformer en prion
pathogène.
 Une mutation affecte spontanément le gène du prion cellulaire ce qui induit la production
de prion pathogène qui alors recrute du prion sain, etc.

Accumulation
de prions
résistants dans
le cerveau

Forme
pathogène

Figure 6 : Voies de biogénèse des prions

D. Modèle de protéine prion

Dans un premier temps nous allons comparer les structures primaires des prions cellulaires
et résistants, en prenant l’exemple du modèle ovin.

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Figure 7 : Structure primaire du prion

La protéine Prpc native possède une séquence de 253 acides aminés. En enlevant ses deux
extrémités, elle devient fonctionnelle et fait alors 208 aa.

Sur le schéma : H = hélice α, et SR correspond à une séquence pouvant être éliminée ou


insérée ailleurs (à l’origine du polymorphisme pathologique)

On observe :
- Des délétions de zones répétées. Les individus sont alors résistants.
- Des insertions. Les individus sont alors sensibles à l’infection.

Figure 8 : Polymorphisme du prion

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Des cristallographies ont été réalisées pour étudier la structure tertiaire de la protéine. On
constate que la protéine normale présente un repliement en hélice α et la protéine pathologique
un repliement en feuillet β. De plus, Les protéines en feuillet β imposent leur forme à celles ayant
des hélices α et leur confèrent ainsi une extrême résistance à l’action des enzymes de recyclage
cellulaire. Cela explique leur accumulation dans le corps des neurones.

Figure 9 : Structure des Prpres et Prpc étudiée par cristallographie

En élevage, on cherche alors à sélectionner les animaux les moins sensibles aux prions.

E. L’action d’agents physiques et chimiques contre les prions (à savoir)

 Le prion résiste à la chaleur sèche : si on le soumet à une chaleur de 360°C pendant une
heure, il reste contaminant. Sachant que les instruments médicaux sont stérilisés à 180°C, on
comprend pourquoi il y a eu des infections iatrogènes.
 La chaleur humide, appliquée entre 132°C et 136°C pendant au moins une heure sous
haute pression, provoque l’inactivation du prion. Or les autoclaves en microbiologie
fonctionnent à 120°C pendant ½ heure.
 Les radiations n’ont aucun effet (car résistance aux UV à 254 nm, résistance partielle aux UV
à 237 nm, et résistance aux rayons γ).
 Cet agent résiste à toute variation de pH, au formol et au chloroforme.
 Les hypochlorites (Javel), la soude et le périodate sodique à forte concentration sont les
seuls agents capables de détruire le prion.

Page 13 sur 14
Module : Microbiologie Générale

Il s’agit donc d’un agent infectieux très résistant et c’est ce qui a posé de nombreux
problèmes. Les moyens habituels employés pour détruire bactéries et virus ne sont d’aucun effet
sur les prions !

Figure 10 : Tableau présentant l’action des agents chimiques

Ce qu’il faut retenir du concept et de la structure des prions infectieux :


Le prion infectieux est une petite (14 à 40 nm) protéine endogène modifiée, accumulée et
abondante au niveau du système nerveux central.
La structure en feuillet β leur confère des capacités exceptionnelles de résistance et une fonction
infectieuse.

Conclusion

Les prions ou Agents Transmissibles Non Conventionnels (ATNC) restent encore aujourd’hui
des agents infectieux mystérieux aux yeux des biologistes. Ce caractère mystérieux et la similitude
de l’agent de l’Encéphalopathies Spongiforme Subaigüe Transmissible Bovine et de certaines
Encéphalopathies Spongiformes Subaigües Transmissibles Humaines justifient les mesures prises
pour réduire l’incidence d’une maladie dont on ne connaît que très peu de choses.
Ils possèdent des propriétés spécifiques, notamment leur très grande résistance à de
nombreux facteurs comme la température sèche. Seules trois méthodes ont été détectées à ce jour
pour les combattre.

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Virus à ADN
Enveloppés Nus

Symétrie icosaédrique Symétrie complexe Symétrie icosaédrique



Herpèsviridae Infectious Bovine Rhinotracheitis

Alphaherpèsvirus HSV1-HSV2 Hépatite de rubarth
Poxviridae Varioles animales et
Maladie d’Aujeszky Adenoviridae
humaines
Bêtaherpèsvirus IPV Toux du chenil

Gammaherpèsvirus Virus d’Epstein-Barr

Hepadnaviridae
Hépatite B Papoviridae Verrues

Parvovirose canine

Panleucopénie Féline
Parvoviridae
= Typhus



Virus à ARN
Nus Enveloppés
Symétrie icosaédrique (toujours !) Symétrie hélicoïdale Symétrie cubique
Réoviridae Orthomyxoviridae Grippes Togaviridae Rubéole

Rotavirus Alphavirus Méningites
Orbivirus FCO – peste équine

Picornaviridae Paramyxoviridae Paragrippes Flaviridae

Aphtovirus Fièvre aphteuse Morbillivirus Maladie de Carré Pestvirus Peste porcine –
BVD
Enterovirus Polomyélite Respirovirus Border disease
Rougeole-Oreillons
Hepatovirus Hépatite A Rubulavirus Maladie de newcastle Hepaticivirus Hépatite C

Rhinovirus Rhumes Avulavirus Flavivirus Fièvre jaune

Henipavirus

Pneumovirus


Calciviridae Rhabdoviridae Retroviridae

Vesivirus Vésicules (chat) Lyssavirus Rage Lentivirus FIV-BIV-HIV
Lagovirus Fièvres hémorragiques
Hepatite E Like virus Vesicullovirus Oncornavirus BELV-FELV

Astrovirus Gastro-entérites


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Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

TP VIROLOGIE 1 ET 2

I. La mise en culture des virus


Il est nécessaire, pour pouvoir étudier les effets des virus sur les animaux, de les
cultiver. Au fil du temps, 3 techniques se sont différenciées : la culture in vivo, la culture in
ovo, et enfin la culture in vitro.

L'organe ou l'animal est alors réduit en un broyat que l'on met en suspension dans
une solution adéquate. Une centrifugation permet d'éliminer les fragments de tissus et on
recueille le surnageant qui contient en général une quantité importante de virus.

A) Culture sur animal (in vivo)


Le virus est directement inoculé à un animal. On peut utiliser une large gamme
d'animaux et de voies de contamination (intracérébrale, intramusculaire, par scarification
cutanée ...).

Actuellement, cette technique n'est utilisée que dans des cas limités (10 000€ par
singe de labo, ou même 2000€ par furet, en comptant 50 témoins et 50 infectés, ça fait cher)
: étude de la transmission des virus dont on ignore le réservoir ; vérification de l'innocuité (=
aspect non pathogène) et de l'efficacité d'un nouveau vaccin ...

B) Culture sur oeuf embryonné (in ovo)


air sac : chambre à air
shell : coquille
shell membrane : membrane coquillère

Cette méthode est toujours utilisée par


l'industrie pharmaceutique pour fabriquer les
vaccins antigrippaux.

Il s'agit d'une méthode facile à utiliser, peu


coûteuse. Le problème réside dans la gestion des
spectres d'hôte des virus : certains virus sont
impossibles à cultiver sur une espèce aviaire !

Selon les virus, l'inoculation sera réalisée


en un point variable : certains se développeront
mieux au niveau du chorion, d'autres dans la cavité amniotique ... Les virus de variole ("pox"
en anglais), de la rougeole ("measles"), de la maladie de Carré ("canine distemper"), la fièvre

1
Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

aphteuse ("foot and mouth disease"), des grippes (aviaire, porcine, humaine ...) peuvent par
exemple être cultivés in ovo.

C) Culture cellulaire (in vitro)


On utilise des flacons de Roux (photo).
Attention au sens d'utilisation (intuitif mais tout de
même) : le bouchon doit être en position haute, autrement il y
a risque de fuite. La base fixe le tapis cellulaire.

1) Sur tapis continu


Un tapis cellulaire continu est constitué de cellules tumorales, qui peuvent donc se
multiplier sans limite. Actuellement, c'est interdit d'utiliser cette technique pour la
conception de vaccin : il peut toujours rester des cellules cancéreuses dans le vaccin, au
risque de contaminer l'animal.

2) Sur culture cellulaire


Le virus est cultivé sur des cellules saines mises spécialement en culture (c'est la
méthode réalisée en TP).

II. Trypsination, infection et mise en culture de cellules (TP 1)


A) Protocoles
cf ANNEXES 1 et 2 pour les protocoles

Quelques explications concernant le matériel biologique :


o Les cellules MDBK utilisées sont des cellules de rein de bovin (Mardin-Darby
Bovine Kidney).
o Les cellules véro utilisées correspondent à une lignée cellulaire fréquemment
utilisée. Elle fut isolée à partir de cellules épithéliales de rein extraites d'un singe
vert africain (vert -> véro)
o Le virus utilisé (pour mon groupe Ca en tout cas !) est le virus BHV (Bovine Herpès
Virus). Les herpès sont très spécifiques : celui-ci ne concerne QUE les bovins. Il
existe d'ailleurs 4 différents herpès bovins, impossibles à distinguer d'après leur
effet cytopathique. Pour savoir comment les distinguer, rendez-vous en A2 ! On
les appellera BHV1, BHV2, BHV3 et BHV4 (super original).
En virologie, la culture des virus s'avère souvent fastidieuse, voire impossible. Il
existe en effet peu de systèmes permissifs, aussi le choix des cellules cultivées est
très important. Chaque type cellulaire sera plus ou moins sensible à l'infection. En
France, il existe différents laboratoires du ministère de l'Agriculture, qui travaillent

2
Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

chacun sur quelques types de cultures, espèce par espèce. En Bretagne, on


retrouvera les espèces porcines et aviaires, vers Lyon les bovins, à Nice les petits
ruminants et les abeilles, des équidés ailleurs ... En revanche, pour ce qui est du
chien et du chat, il n'existe pas de laboratoire financé par le ministère de
l'Agriculture, ce sont donc des laboratoires privés comme Mérial ou Zoetis qui
mettent à disposition l'équipement nécessaire à l'étude des virus de carnivores
domestiques.

Quelques précautions lors de la manipulation afin de limiter les contaminations :


o On manipule sous PSM2, qui permet de maintenir le milieu stérile grâce à un
courant d'air évacuant les particules contaminantes vers le haut.
o Il est important de nettoyer la paillasse avant et après manipulation
o Les pipettes doivent être manipulées comme suit :
 Ouvrir l'emballage par le haut, à demi
 Fixer la poire, en tenant toujours la pipette par l'emballage
 Ne jamais toucher la pipette dans son tiers inférieur
 Ne pas poser la pipette sur la paillasse
 Faire attention à ne pas toucher quoi que ce soit avec la partie inférieure (la
blouse de protection, un flacon ...)

Quelques précautions générales :

 TOUJOURS demander si le virus est pathogène, pour l'Homme mais aussi pour vos
propres animaux, histoire de ne contaminer personne en rentrant à la maison
 ATTENTION AUX JOBS D'ETE proposés par les laboratoires. TOUJOURS demander s'il y
a des primates (souvent utilisés pour tester des prothèses humaines). Si oui,
demander s'ils sont exempts d'Herpès B. Une réponse valable sera soit qu'ils
proviennent d'une région du monde sans risque (le virus est surtout présent chez les
macaques d'Asie du Sud-Est et de l'Inde), soit que les tests sérologiques sont négatifs.
Sinon c'est aller directement à la mort : l'herpès B est une zoonose majeure,
transmise de façon directe (griffure, morsure mais aussi aérosols). Chez les primates,
le virus est à peu près l'équivalent du virus de la varicelle chez l'Homme : après une
première apparition sans gravité, il peut éventuellement être réactivé (comme pour
le zona). En revanche, si l'expérimentateur est infecté, une encéphalomyélite se
déclare, mortelle dans 99% des cas. Les 1% restants auront des séquelles graves et
resteront en chaise roulante ...

3
Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

B) Résultats (TP 2 24h plus tard)

Petit rappel des manip :

① On a infecté un tapis cellulaire de cellules MDBK avec BHV

② On a infecté un tapis cellulaire de cellules MDBK trypsiné avec BHV

③ On a infecté un tapis cellulaire de cellules véro avec BHV

Les résultats obtenus :


Si un trouble apparaît, c'est que la culture a été contaminée (bactéries, levures ...).
On balance tout, et c'est pour ta pomme !
Donc je crois que comme tout le monde avait foiré sa culture (le milieu de croissance
devait être déjà contaminé, et oui, c'est ça de passer en dernier !) on est partis sur le virus
d'Aujeszky. Ce virus est à la base un virus porcin, qui va causer des avortements chez les
truies, des malformations des porcelets, qui n'engraissent pas etc : il possède une grande
importance économique. Ce virus échappe à l'électivité zoologique : il peut également
toucher les bovins, que l'on retrouvera près des barrières de leurs enclos à se gratter
pendant 2-3 jours, avant de mourir. Il peut également infecter les chats, déclenchant un
prurit violent, souvent au niveau du cou : le chat se gratte avec ses pattes postérieures, et se
griffe le cou très profondément.

On a (normalement) comme résultats :

① Effet cytopathique : les cellules meurent et se détachent les unes des autres en se
rétractant, laissant des lacunes.
② 3 évolutions différentes : soit le tapis cellulaire se reforme, soit il y a un effet
cytopathique, soit le tapis est purement et simplement détruit. A l'échelle de l'individu, tout
dépend de la virulence du virus inoculé, de la perméabilité des barrières physiologiques
(paroi placentaire pour Aujeszki), de l'âge de l'infection (stade foetus ...).
③ Aucun effet cytopathique : le virus BHV n'infecte pas les cellules de singe !

4
Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

III. Détermination du titre d'une suspension virale (TP 2)


A) Protocole
Si l'expérimentateur souhaite avoir une
échelle d'effets cytopathiques, il est nécessaire de
lui fournir différentes concentrations en virus.
On fait généralement une dilution allant de
10 en 10 (raison de la suite crée R=10) dans les
cupules d’une microplaque stérile. Une cupule ne
contenant que des cellules (=témoin) est
également préparée.

On cherche la dilution virale pour laquelle


50% des cellules meurent par effet cytopathogène.

B) Explications des calculs et quelques exemples

Il s'agit de compter les cupules où les cellules sont mortes/vivantes. Il faut


d'abord rechercher les deux dilutions (lignes) au niveau desquelles environ 50% des cellules
sont mortes. Sur l'exemple 1 (voir page 6), cela correspond à la ligne L1 (3/5 des cellules sont
mortes) et à la ligne L2 (1/5 des cellules sont mortes).

LIGNE SUPERIEURE L1 :

A= nombre de cupules "mortes" + cupules "mortes" des doses moins fortes (car ils
seraient morts aussi avec la dose supérieure)

B= nombre de cupules "vivantes" + cupules "vivantes" des doses plus fortes (car ils
seraient restés vivants avec la dose inférieure)

LIGNE INFERIEURE L2:

C = nombre de cupules "mortes" + cupules "mortes" des doses moins fortes

D= "vivantes" + cupules "vivantes" des doses plus fortes

R correspond comme nous l'avons vu au coefficient de dilution ; il vaut presque tout le


temps 10. Donc log(R) vaut 1.

5
Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

-(4+1/6)

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Module : Microbiologie Générale - TP de Virologie

Et pour parler un peu des aléas expérimentaux ...

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8
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‫تسابيح‬ ‫أذكار بعد الصالة‬ ‫أذكار المساء‬ ‫أذكار الصباح‬

‫جوامع الدعاء‬ ‫أذكار الصالة‬ ‫أذكار االستيقاظ‬ ‫أذكار النوم‬

‫أذكار متفرقة‬ ‫أدعية األنبياء‬ ‫األدعية القرآنية‬ ‫أدعية نبوية‬

‫أذكار المنزل‬ ‫أذكار الوضوء‬ ‫أذكار المسجد‬ ‫أذكار اآلذان‬

‫دعاء ختم القرآن الكريم‬ ‫أذكار الحج والعمرة‬ ‫أذكار الطعام‬ ‫أذكار الخالء‬

‫فضل القرآن‬ ‫فضل السور‬ ‫فضل الذكر‬ ‫فضل الدعاء‬

‫القرآن‬ ‫الرقية الشرعية‬


‫ُّ‬ ‫أدعية للم ّيت‬ ‫أسماء هللا الحسنى‬

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REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM
2020

Unité
d'Enseignement
Virologie médicale
2ème Année – S7

DZVET 360
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UE : S7 - VIROLOGIE MEDICALE
OBJECTIFS D'ENSEIGNEMENT

Comprendre la physiopathogénie des principales viroses animales,


connaître les modalités de leur diagnostic, de leur contrôle et de leur
prévention

SOMMAIRE

1. CM 1 Présentation de l’enseignement de virologie générale (p)


2. CM 1-2-3 Physiopathogénie des infections virales (p)
3. CM 3-4 p Poxviridae
4. CM 4-5-6 (p) Herpesviridae
5. CM 6-7 (p) Adenoviridae
6. CM 8-9 Parvoviridae (p)
7. CM 9-10 (p) Orthomyxoviridae
8. CM 10-11 (p) Paramyxoviridae
9. CM 10-11 (p) Paramyxoviridae
10.CM 11-12 (p) Rhabdoviridae
11.CM 14-15 Coronavirus (p)
12.CM 15 (p) Picornaviridae
13.CM 15p - Caliciviridae
14.CM 16-17p - Retroviridae
15.CM 17p - Autres virus
16.Tableau bilan VIRO par espèces
17.Tableau virus par tropisme
18.TD1 (p) Virologie
19.TD2 (p) L'essentiel des virus
20.TD2 (p) testez vous partie 1
21.TD2 (p) testez vous partie 2
22.TD3 - quizz
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PRESENTATION DE L'ENSEIGNEMENT
DE VIROLOGIE MEDICALE

Bilan des acquis et objectifs :

Mme Cros, habitante de Genève, consulte notre ami Kodjo au sujet de sa chatte
diagnostiquée d’une Péritonite Infectieuse Féline (PIF, maladie virale due à un coronavirus,
virus à ARN, se traduisant notamment par une ascite -épanchement abdominal- abondante).
Selon son vétérinaire, il n’existe aucun traitement. Ce terme "PIF" vous évoque quelque
chose, et parle à tous les vétérinaires du monde entier.

1. En fin de première année nous devions pouvoir dire que cette maladie est une
infection virale, et nous devions également être capables de déterminer les particularités
structurales du virus : un virus est constitué d'une capside protéique, à symétrie cubique ou
icosaédrique, hélicoïdale ou encore à symétrie complexe, à l'intérieur de laquelle se trouve
un seul type d'acide nucléique.
On différencie les virus nus des virus enveloppés ; les virus enveloppés sont moins
résistants dans le milieu extérieur. En effet, ils possèdent des récepteurs sur l'enveloppe,
capitaux pour le cycle infectieux et la pénétration des cellules cibles. Cependant l'enveloppe
se dégrade rapidement dans le milieu extérieur : il faudra une distance minimale voire un
contact strict pour assurer la transmission du virus. A l'inverse, un virus nu va se pérenniser
dans le milieu extérieur. Cette caractéristique est importante à connaître dans un cabinet
vétérinaire : si un animal malade dépose ses particules virales dans la salle d'attente, la
transmission au chat suivant est possible. Il faut alors mettre en place des moyens de lutte
adaptés.
Nous avons vu la classification LHT (Lwoff Horne Tournier), basée sur le type d'acide
nucléique (ADN ou ARN), la symétrie de la capside, la présence éventuelle d'une enveloppe.

2. Nous avions également vu la classification de Baltimore qui se base quant à elle sur
les moyens de réplication des virus. On parle de réplication plutôt que de multiplication car
un virus ne peut pas spontanément générer un autre virus. Cette réplication est assurée par
la cellule hôte.La classification de Baltimore comprend 6 classes :

1/4
1. Les virus à ADN double brin, par exemple les Herpèsvirus ;
2. Les virus à ADN monobrin, comme par exemple les Parvovirus, aussi appelés
dépendovirus, avec une réplication très complexe ; LA CITATION INUTILE
3. Les virus à ARN double brin comme les Réovirus : "C'est compliqué d'être
4. Les virus à ARN simple brin +, comme les Aphtovirus, monobrin".
directement traduits donc prolifération très rapide ;
5. Les virus à ARN simple brin -, dont les Rhabdovirus, latence plus longue ;
6. Les rétrovirus, ARN simple brin + avec rétrotranscriptase

3. Il est également important de connaître les modalités d'inactivation du virus. Le


moyen le plus simple de se débarrasser d'un virus enveloppé est d'utiliser un détergent afin
de détruire l'enveloppe formée de phospholipides. Ainsi le premier réflexe à avoir après une
morsure est d'aller tout de suite se laver les mains avec du savon pour éliminer le risque de
transmission de rage.

En deuxième année nous nous intéresserons à l'infection virale :

 Comment l'infection est-elle acquise ? Attention, il peut y avoir infection


(multiplication du pathogène dans l'organisme) sans maladie !

 Comment l'infection diffuse-t-elle ? Le virus peut se répandre dans l'environnement,


se transmettre directement d'un animal à l'autre voire au propriétaire : il s'agira pour
le vétérinaire de rompre le cycle de transmission.

 Comment l'infection évolue-t-elle ? On observe une guérison spontanée dans 95%


des cas, sinon il ne resterait plus grand monde sur Terre... Si malheureusement cette
guérison n'a pas lieu, il faut savoir comment l'infection va se propager : en mode
pandémique sur une large zone voire plusieurs continents, en mode endémique sur
une zone restreinte...

 Comment le diagnostic est-il réalisé ? Mme Cros est venue voir un autre vétérinaire
car elle ne croyait pas au premier diagnostic ; par exemple, comment diagnostique-t-
on la rage ? Les symptômes nerveux habituellement constatés peuvent également
être liés à une intoxication. Lorsque l'on décèle une maladie nécessitant l'abatage de
tout un troupeau (comme la fièvre aphteuse), on doit être sûr en affinant le
diagnostic. Certains symptômes sont dits pathognomoniques (=très caractéristiques).

 Comment la combattre ? Dans un cas de parvovirose déclarée dans un chenil, il faut


vacciner tous les chiens, faire un vide sanitaire, décontaminer (mais avec quoi ? Il est
important de connaître le virus pour savoir quel produit utiliser).

 Y a t-il un risque pour l'homme ? Soigner l'animal permet aussi de prévenir des
maladies chez l'homme, en interrompant les transmissions de zoonoses.

2/4
A propos du cours :
"Contrairement à l'année dernière, le cours sera long et complexe ; les virus seront vus
famille par famille [...] : au début le cours parait passionnant, parce que l'enseignant
en face il est passionnant ; de famille en famille on se perd [...] et comme par magie,
au fur et à mesure, l'amphithéâtre devient désert. [...] Et oui moi j'ai été comme vous,
alors je fais pas l'appel"
Les cours seront plus ou moins importants, et seront signalés en fonction. Il ne
s’agit pas de faire l’impasse totale sur les accessoires, mais la synthèse du prof c'est "si vous
êtes fainéant, apprenez les plus importants, et puis si ça ne passe pas pour septembre
vous les apprenez tous TOUS TOUS."
Il faut aussi penser que ces cours seront tous importants pour la pratique.

A propos de l'examen :
"Les informations cliniques que je vais vous donner vous allez les rencontrer dans
d'autres cours (PI, Immunologie médicale, médecine ...) mais à l'examen jamais vous
ne serez interrogés sur la clinique [...] ça m'est interdit, même si je brûle d'envie, par
contre, je peux vous amener à utiliser la clinique pour identifier un virus."

Pour remplacer le prof éventuellement (car même s'il sait des choses, il ne sera jamais aussi
complet qu'un livre) :

- Classification and Nomenclature of Viruses (ICTV) sur internet


- Virologie médicale par CRAINIC R et NICOLAS J-C (éditions EM inter) par MAMMETTE
(Coin)
- Viruses of vertebrates par ANDREWES, PEREIRA & WILDY (Baillière Tindall)
- Virus et Diagnostic virologique de P. ARDOIN (Maloine)
- Principales maladies infectieuses et parasitaires du bétail publié par l'OIE (Office
International des épizooties), Pierre Charles Lefèvre, Jean Blancou et René
Chermette. 400p très complet, avec une partie sur les bactéries, une sur les virus et
une sur les parasites
- Virologie clinique des ruminants par un vétérinaire belge surement le plus pointu en
Europe en virologie : Etienne Thierry ; la version carnivores existe également :
Virologie clinique du chien et du chat

Pour le planning : cf page suivante


1er TD : suite du TD de l'an dernier
2è TD : Rappel des familles virales avec un résumé des caractéristiques de chacune
3è + 4è TDs : Vous serez mis à contribution : il faudra faire des recherches
5è : Présentation du travail "Ensemble nous décidons si nous aimons votre travail ou
pas" ; une note sur 4 points est attribuée. "En général c'est un bonus". A l'examen
l'année dernière il y a eu 99% de succès (1 seul rattrapage "Il n'est pas là ... donc on peut
parler de lui. [...] Il n'a pas eu de chance, il a tiré une question, c'était une impasse.").

3/4
Comprendre la physiopathogénie des principales viroses animales, connaître les modalités
Objectifs d'enseignement
de leur diagnostic, de leur contrôle et de leur prévention.

Modalités d'évaluation Ecrit : série de 2 à 4 questions portant sur l'ensemble du programme, TD inclus

Physiopathogénie des infections virales 1hCM 1

Physiopathogénie des infections virales 1hCM 2

Poxviridae 1hCM 3

Poxviridae 1hCM 4

Herpesviridae 1hCM 5

Herpesviridae 1hCM 6

Paramyxoviridae 1hCM 7

Rhabdoviridae 1hCM 8

Rhabdoviridae 1hCM 9

Paramyxoviridae et Caliciviridae 1hCM 10

Adenoviridae 1hCM 11

Parvoviridae 1hCM 12

Flaviviridae et Togaviridae 1hCM 13

Retroviridae 1hCM 14

Réoviridae et Arbovirus 1hCM 15

Bunyaviridae 1hCM 16

Autres virus 1hCM 17

Autres virus 1hCM 18

Pouvoir pathogène des virus/lésions (après CM2) 2hTD 1

Séroneutralisation, prévention, diagnostic (après CM2) 2hTD 2

Présentation des maladies virales (après CM15 et 3 sem après 2hTD 3

Maladies virales (avant TD3) 4hTD NP

4/4
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REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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:

PHYSIOPATHOGENIE DES INFECTIONS


VIRALES

Introduction : .................................................................................................................................... 2
I - Scénario de l'infection ............................................................................................................ 5
A) Présentation générale.......................................................................................................... 5
1. Le virus ...................................................................................................................................................................... 5
2. L'hôte ......................................................................................................................................................................... 6
3. La rencontre entre le virus et l'hôte ............................................................................................................... 7

B) Voies de pénétration ............................................................................................................ 7


C) Dissémination et sites de multiplication du virus...................................................... 12
D) Voies d’excrétion du virus ................................................................................................. 13
E) Les moyens de défense de l'organisme ........................................................................ 16

II – Les différents types de maladies virales .................................................................... 16


A) Contexte général de la physiopathogénie ................................................................... 16
B) Les infections virales aigües ............................................................................................. 17
C) Les infections virales chroniques .................................................................................... 18
D) Les infections à évolution lente ....................................................................................... 19

III- Vue synthétique des infections virales ......................................................................... 19

IV- Applications .............................................................................................................................. 20


A) Diagnostic clinique .............................................................................................................. 20
B) Expérimental direct et indirect ........................................................................................ 20
C) Traitement - Prévention .................................................................................................... 21

1/22
Introduction :

La physiopathologie ou physiopathogénie d’une infection virale correspond à la


succession d’événements se déroulant entre la rencontre de l’hôte avec le virus et
l’apparition de l’infection. En d’autres termes elle peut aussi être considérée comme la
genèse des phénomènes physiologiques qui concourent à l’infection.
Une infection virale est l’ensemble des interactions entre la virulence d’un agent
infectieux, le virus, et la réponse de l’hôte. Par conséquent, la naissance de la maladie
résulte d’un conflit entre l’agent infectieux, qui essaye de survivre, et l’hôte, qui résiste à
cette agression. L’issue du conflit dépend de la biologie du virus et des mécanismes mis en
jeu par l’animal pour se défendre. L’infection virale est donc un état infectieux généralement
transitoire.

Lorsque l’on parle d’infection au sens biologique il n’y a pas forcément maladie mais des
virus sont présents dans l’organisme. Cependant, au sens médical, une infection désigne
une maladie virale.

Remarque : 95% des virus sont inoffensifs ; L'infection "maladie" est extrêmement rare et
transitoire : si c'était l'évolution la plus fréquente, il n'y aurait quasiment plus d'êtres supérieurs

La durée d'incubation correspond à la durée entre la rencontre d'un virus et


de l'animal et le moment où la maladie se déclare. Elle peut être de 2 jours ou bien très
longue, comme pour la rage où elle peut dépasser 2 mois.
La période d'excrétion du virus ne correspond pas forcément avec la phase de
maladie déclarée. Par exemple, dès qu’un chien ou un chat mord ou griffe, il faut le mettre
en observation car il peut excréter des virus sans exprimer encore de symptômes
neurologiques de la rage. Il faut attendre 3 semaines pour vérifier qu’il n’est pas porteur de
la maladie.
Tout cela va dépendre de la nature du virus : un virus qui met longtemps à se
multiplier va laisser à l'organisme le temps de mettre en place des défenses, alors qu'un
virus qui se réplique vite sera déjà dans les cellules ...

2/22
bicaténaire

env.
cx.
→ Poxviridae (varioles humaines et animales)
linéaire

→ Herpesviridae
- Alphaherpesvirinae (IBR= Infectious Bovine Rhinotracheitis ;
IPV=Infectious Pustulus Vulvovaginitis, Virus de la maladie
d'Aujesky chez le Porc, Virus de la maladie de Marek chez la
bicaténaire poule, HSV1=Herpes Simplex Virus de type 1 ; HSV2)
enveloppé

linéaire - Bêtaherpesvirinae (Cytomegalovirus CMV chez l'Homme)


- Gammaherpesvirinae (Epstein Barr > Mononucléose
infectieuse chez l'Homme)
→ Asfarviridae (African swine fever and related viruses, comme le
ADN

virus de la PPA = Peste Porcine Africaine)

bicaténaire
→ Hepadnaviridae (Hépatite B)
cubique

circulaire
→ Adenoviridae (CAVI = Canine AdenoVirus type 1 > Hépatite de
bicaténaire
Rubarth du chien ; CAVII > Toux du chenil)
linéaire

bicaténaire → Papovaviridae=Papillomaviridae (Pa = virus des papillomes,


circulaire verrues ; Po= Polyome -petite tumeur- ; Va = Vacuolating virus)
nu

monocat.
→ Circoviridae (dépérissements chroniques chez les porcelets)
circulaire

monocat.
→ Parvoviridae (Parvovirose canine, Panleucopénie féline)
linéaire

RAPPELS DU S5 (tableau non exhaustif)

NOTE : Les Arbovirus ne sont pas une famille de virus, il s’agit d’un regroupement de
virus issus de plusieurs familles mais ayant un point commun : ARthropods BOrn disease). On
peut citer plus précisément la FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), qui est un Orbivirus.

3/22
→ Coronaviridae (PIF = Péritonite Infectieuse Féline, SRAS =
monocat. (+)
Syndrôme Respiratoire Aigu Sévère chez l'Homme)

→ Paramyxoviridae
- Morbillivirus (Virus de la maladie de Carré, Peste des bovins et
des petits ruminants, rougeole)
- Respirovirus (Influenza)
hélicoïdale

enveloppé

- Rubulavirus (Rougeole)
- Avulavirus (Maladie de Newcastle chez les oiseaux =
monocat. (-)
Pseudopeste aviaire)
- Henipavirus (2 virus, un chez le porc l'autre chez les équins)
- Pneumovirus (VRS = Virus Respiratoire Syncitial > Maladie
bronchique du nourrisson = bronchiolite)
→ Rhabdoviridae (Lyssavirus = Virus de la rage ; Vésiculovirus chez
les bovins, ovins, humains)

monocat. (-)
→ Orthomyxoviridae (grippes)
segmenté
→ Flaviviridae
- Pestivirus (Peste porcine classique, BVD=Diarrhée Virale Bovine,
border disease chez les ovins et caprins)
env.

monocat. (+)
ARN

- Hepaticivirus (Hépatite C)
- Flavivirus (Fièvre jaune)
→ Togaviridae (Alphavirus)
bicaténaire → Reoviridae (R= respiratoire, E=entérique, O=orphelin)
segmenté en 8 - Orthireovirus ("vrais Reovirus", infections respiratoires)
à 10 fgts, - Rotavirus (diarrhée du jeune veau)
cubique

double - Orbivirus (FCO = Fièvre Catarrhale Ovine ; Peste équine)


capside
→ Picornaviridae
- Aphtovirus (Fièvre Aphteuse chez les PC, sangliers, BV, OV)
nu

- Enterovirus (Polyomyélite chez l'Homme)


- Hepatovirus (Hépatite A chez l'Homme, Hépatite E chez le
canard - zoonose- )
monocat. (+)
- Rhinovirus
→ Caliciviridae
- Vesivirus (Coryza du chat)
- Lagovirus (fièvres hémorragiques chez les lagomorphes)
+ Hepatite E-like virus
→ Retroviridae
- Lentivirus (FIV = Virus de l'Immunodéficience Féline, SIV = Virus
de l'Immunodéficience Simienne, BIV = Virus de
linéaire (+)
l'Immunodéficience Bovine, HIV)
- Oncornavirus (BeLV = Bovine Leukemia Virus, FeLV = Feline
env.
cx.

Leukemia Virus)
→ Filoviridae (Ebola, Marburg > fièvres hémorragiques chez
l'Homme)
linéaire (-)

4/22
I - Scénario de l'infection

A) Présentation générale
1. Le virus

LE VIRUS = Agresseur L'ANIMAL = Hôte

résistance - fragilité Réponses à l'agresseur


virulence - âge
voies d'inoculation - nutrition
inoculum - état physiologique
vitesse de réplication - état hormonal
modalités de réplication - race
- température extérieure

INTERACTIONS

excrétion
incubation

excrétion états pathologiques


(types de maladies virales)

guérison - immunité - complications

L’agresseur est caractérisé par différents éléments qui déterminent ses chances de
succès pour se multiplier :

• La résistance ou fragilité du virus dans le milieu extérieur, propre à sa structure : un virus


enveloppé (ex : Herpesvirus) est plus fragile dans le milieu extérieur qu’un virus nu (ex :
Parvovirus, Picornaviridae). Cela influe également sur les modalités de contamination
(contact étroit ou à distance).

• Sa vitesse de réplication, sa virulence (capacité du virus à se répliquer plus ou moins vite) :


- les virus lentogènes sont intéressants pour la production de vaccins : l’animal a le
temps de mettre en place une réponse immunitaire permettant la création de
vaccins thérapeutiques (ex : Lyssavirus = virus de la Rage).
- au contraire, les virus vélogènes sont trop rapides pour laisser le temps à
l’organisme de se défendre, et sont en général caractérisés par des infections
aigues et une faible production d’IFN (ex : Herpesvirus).

5/22
- les virus mésogènes sont de type intermédiaire.

• Sa voie d’inoculation : si le virus se retrouve directement dans le torrent circulatoire il


arrivera plus rapidement et facilement dans l'organe cible. Mais pour cela il faut qu’il
franchisse des barrières (ex : barrière cutanée). Attention : seuls les virus nus restent
vivants lorsqu’ils passent par voie orale.

• L’inoculum : c’est la charge de virus administrée au moment du contact (quelques


particules à plusieurs milliers). Pour des virus très virulents une toute petite quantité est
suffisante pour infecter, tandis que pour des virus moins virulents il faudra un inoculum
important.

• Ses modalités de réplication : site et siège de réplication. Par exemple, les virus ayant pour
cible le système nerveux central (SNC) doivent pouvoir échapper aux défenses immunitaires
avant d’atteindre le SNC, puis se répliquer dans un milieu pauvre en nutriments, et enfin en
sortir.

Ces « armements » permettent de percer la résistance de l’hôte.

2. L'hôte
L’hôte a pour seul objectif de maintenir son intégrité donc lutter contre son
agresseur. La résistance de l’hôte au virus va dépendre de :

• son âge : par exemple, les jeunes n’ont pas encore mis en place leurs mécanismes de
défense spécifique et non spécifique du système immunitaire, ils sont donc plus
vulnérables, et les infections risquent d’être beaucoup plus graves. De même pour les
animaux âgés dont le système immunitaire est moins efficace (stock limité de LT).

• sa nutrition : elle va agir sur sa santé générale : dans les populations faméliques, les taux
d'infection sont toujours beaucoup plus élevés que chez les populations bien nourries : on
élabore moins de cellules immunitaires ...

• son état physiologique : les femelles gestantes sont plus sensibles à l’infection ("Moi je sais
pas ... je sais pas ... qu'est-ce que vous en pensez ? C'est ce qui se dit..."). On peut assister à
des avortements, des malformations… Toute l’énergie est donnée pour la conception du
fœtus ; on assiste à une baisse de la production des protéines anti-infectieuses.
.
• son état hormonal : (lié à l'état physiologique) on a ainsi des maladies qui peuvent être
plus fréquentes chez les femelles ou chez le mâle.

6/22
• sa race : ("Ca aussi, ça m'interpelle"), Par exemple, les Herpesvirus ne vont pas se
comporter de la même façon en fonction de la localisation géographique de la population
atteinte; en Europe ils provoqueront une grande fatigue qui durera plusieurs mois («
maladie du baiser » = mononucléose infectieuse, provoquée par le virus Epstein-Barr,
Herpesvidirae), alors qu’en Asie on aura apparition d’un cancer du nasopharynx, et en
Afrique on observera une tumeur au niveau de la mâchoire (lymphome de Burkitt).

• La température extérieure : la température n’est pas en association directe avec l’infection


mais avec la multiplication de l’agent. Les virus sont plus ou moins résistants à la
température et se conservent bien dans le froid ce qui explique la dispersion de certain
virus surtout l’hiver (exemple de la grippe). De plus, en période de grand froid, les individus
se regroupent, ce qui fait moins de distance à parcourir pour le virus d’où une plus grande
propagation de l’infection l’hiver chez nous (dans les pays chauds, le taux d’incidence est le
même toute l’année).

3. La rencontre entre le virus et l'hôte


On parle d’infection, de contage, d’exposition, lorsque le virus entre en contact avec
l’organisme.
De nombreuses interactions ont lieu lors de cette rencontre : le virus cherche à se
multiplier tandis que l’hôte ne cherche qu’à s’en débarrasser via son immunité.
A l’issue de cette rencontre, évolutions sont possibles :
• la guérison spontanée : le virus est complètement détruit. C’est ce qu’il se produit dans
95% des cas et il y a mise en place de l’immunité.

• la maladie s’installe : l’état de l’animal peut évoluer de différentes manières : la mort, la


guérison, ou un conflit permanent jusqu’à un état d’équilibre précaire. En général, l’animal
mange moins. Cet état est généralement rare et transitoire.

Dans la plupart des cas il est difficile de soigner le virus : les antiviraux sont rares et
coûtent très cher (mettre sur une vache un anti virus à 3000€ la seringue ...).

B) Voies de pénétration
 La peau
Lorsque la peau est saine, elle peut être considérée infranchissable à la plupart des
virus. La peau possède des défenses locales qui ne permettent pas le passage des virus
(ordre du nanomètre) par les pores cutanés. Pour que le virus pénètre, une lésion est
indispensable. Cette voie d'entrée concerne les virus enveloppés : en danger à l'extérieur, ils
bénéficient de moyens efficaces pour "rentrer vite".

7/22
Après effraction, il y a deux possibilités : soit l’organisme contient l’invasion, soit le
virus commence à se disséminer dans l’organisme et l’infection devient généralisée. Dans ce
cas, le virus emprunte le plus souvent la voie hématogène (= circulation sanguine), mais
peut aussi se faire par neuroprobasie : après effraction dans l’organisme, le virus rampe le
long des filets nerveux pour atteindre le cerveau et les autres organes du SNC. C’est ce qui se
passe chez les Rhabdoviridae (rage), et l’Herpes B (transmis par morsure de singe, si
l’homme est infecté on ne sait pas le soigner). Ces derniers sont responsables de troubles
nerveux en étant pourtant entrés par la voie cutanée. Ce sont des virus fragiles.

A SAVOIR ABSOLUMENT, REDHIBITOIRE AU PARTIEL :


Citez un virus provoquant une infection généralisée à point de départ cutané.
>> Le virus de la rage (Lyssavirus, famille des Rhabdoviridae)

Virus à infection généralisée


Virus à infection localisée au • par piqûre d'un arthropode
tissus sous cutané (arboviroses)
• par inoculations accidentelles type
- Papovaviridés (verrues) transfusion, injections (BeLV,
- Poxviridae (varioles) Hépatite B, CMV)
• par morsure et neuroprobasie
(Rhabdoviridae, Herpès B)

Voies de pénétration cutanée des virus

Dans le cas d'une inoculation accidentelle, l’infection est alors souvent iatrogène (ie
inoculée par un traitement médical) : le vétérinaire devient « la source de contamination »
s’il ne change pas d’aiguille entre chaque vache pendant les grandes campagnes de
prophylaxie (la rémunération se faisant au nombre de prises de sang il faut aller vite...). Ce
genre de contaminations a été à l'origine de transmission de la leucose bovine. Les greffes
ont également déjà été des sources de transmission de virus comme celui responsable du
CMV (CytoMegalo virus).

8/22
 Le tractus respiratoire
Cette voie d'entrée concerne à la fois les virus enveloppés et les virus nus. C'est la
voie majeure d'entrée de nombreux virus. Ceux ci vont lutter contre des défenses locales
importantes comme le tapis muco-ciliaire, les IgA sécrétoires et les macrophages
alvéolaires, d’où l’importance d’un inoculum conséquent.

Certains dysfonctionnements favorisent l'infection : la pollution chimique,


atmosphérique, le froid et le stress. Le stress est considéré chez l'homme mais également les
animaux : les israëliens mettent de la musique à leurs vaches pour augmenter la production
mais aussi les capacités de résistance aux virus ! Il existe également des virus cilio agressifs,
c’est le cas pour le virus de la grippe chez le furet où on n'observe plus de tapis muco-cilié
après pénétration nasale du virus.

On distingue à nouveau deux types de virus, à infection localisée et à infection généralisée :

→ Les virus induisant une infection respiratoire localisée (dans la majorité des cas) :
- Les virus de la grippe humaine et animale (sous sa forme simple) : même si on a
des symptômes généraux associés, le virus reste dans le tractus respiratoire
uniquement (Orthomyxoviridae), sauf pour les oiseaux où l’infection est
généralisée
- Les Parainfluenza virus (pseudopeste aviaire, Paramyxoviridae), ...
- Les Rhinovirus (virus du rhume, Picornaviridae).
- Les Adénoviridae respiratoires (CAVII > Toux du chenil)
- Les Pneumovirus (VRS = Virus Respiratoire Syncitial > Maladie bronchique du
nourrisson = bronchiolite, Paramyxoviridae)...

→ Les virus induisant une infection généralisée à point de départ respiratoire (en
général, la dissémination se fait surtout chez les immunodéprimés) :
- Cas des Paramyxovirus aviaires.
- Les Morbillivirus (Maladie de Carré, Paramyxoviridae) et les Paramyxovirus en
général.
- Les Poxviridae (varioles)
- Certains Herpesviridae (qui vont dans le SNC)

A SAVOIR ABSOLUMENT :
Parmi les virus pénétrant par voie respiratoire, on retiendra en particulier les Myxovirus (Para et
Ortho) qui par définition, ont une grande affinité pour les mucoproteines.
ATTENTION LA GRIPPE EST UNIQUEMENT RESPIRATOIRE SAUF CHEZ LES OISEAUX = PSEUDOPESTE
AVIAIRE

9/22
 Le tractus digestif
Le virus est transmis par ingestion d’eau ou d’aliments contaminés et éventuellement
par léchage. Les virus empruntant cette voie sont résistants dans l’eau, à l’acidité gastrique
et aux sels biliaires. Ces virus empruntent alors ce qu’on appelle un cycle oral-fécal.

A SAVOIR ABSOLUMENT :
Ce sont OBLIGATOIREMENT DES VIRUS NUS, SAUF POUR QUELQUES EXCEPTIONS comme le BVD
(Pestivirus à ARN enveloppé), car ils doivent pouvoir résister à l’acidité gastrique.

Une fois encore on a deux possibilités :

→ Des virus induisant une infection localisée aux cellules du tractus intestinal, qui sont le
point de multiplication primaire :
- Gastro-entérites à Rotavirus (Réoviridae), responsables de grosses diarrhées chez le
veau (pour limiter l'infection il faut administrer très vite le colostrum de la mère)
- Maladie des muqueuses ou BVD (un Pestivirus, Flaviviridae : virus à ARN enveloppé
!).
- Entérovirus : le tube digestif constitue le réservoir (Picornaviridae, responsable d’une
maladie grave, la poliomyélite).
- HSV 1 (Herpès simplex virus 1, Herpesviridae > herpes buccal)

→ Des virus induisant une Infection généralisée après virémie secondaire :


- La plupart des Picornaviridae : virus de la fièvre aphteuse (Aphtovirus), virus de la
poliomyélite (Enterovirus, qui pénètre par voie orale, mais la maladie se manifeste
nerveusement  paralysie flasque ; le tube digestif est alors le réservoir, c’est
pourquoi la maladie est difficile à éliminer), virus de l'Hépatite A (Hepatovirus)
- Parmi les Flaviviridae, les Pestivirus responsables de la peste porcine, du border
disease du mouton

 La voie conjonctive (oculaire en particulier)


Les virus peuvent pénétrer dans l'organisme par la conjonctive oculaire. Ils sont
capables de résister à l'action mécanique des larmes, via des glycoprotéines capables de
s'adsorber à la conjonctive. Cette voie d'entrée concerne surtout les virus humains et est
moins importante pour les animaux. C'est le cas du HSV 1 (Herpesviridae), de certains
Entérovirus (Picornaviridae) et des Poxviridae (dont le Smallpox = la vaccine).

Remarque : Le HSV1 est le virus d'herpès le plus répandu ; il peut infecter l'Homme par la bouche,
le système respiratoire et la conjonctive. Il se distingue de l'herpès simplex de type 2 par sa
localisation (l'un est un herpès buccal, le 2 génital). Mais l'on peut le retrouver au niveau génital "On
vous laisse imaginer ce qu'il s'est passé..."

10/22
 Le tractus génital
Là encore il existe deux types de virus, le contact étroit est indispensable :

→ Des virus responsables d’infections localisées (le plus souvent)


- Papillomavirus génitaux
- Poxviridae (Molluscum Contagiosum).
- HSV2 : Herpès simplex 2

→ Des virus responsables d'infections généralisées


- Hépatites, surtout la B (Hepadnaviridae), chez l’homme
- HIV, FIV, FeLV (Retroviridae)
- CMV (CytoMégaloVirus, Herpesviridae) chez l’homme et les animaux de laboratoire
- Pour les animaux cela concerne essentiellement les Lentivirus (Retroviridae) comme
le CAEV des caprins ou le virus de la maladie de Visna-Maëdi chez les ovins, le FIV, ou
bien des Oncornavirus (Retroviridae) comme le FeLV.

De plus, ces infections peuvent avoir lieu soit lors de relations sexuelles (infections
vénériennes comme le FIV) soit lors du part (au moment du franchissement de la barrière
pelvienne). Dans ce cas, le nouveau né est immunotolérant : il ne fabrique pas d’anticorps
contre le virus, il est en général porteur sain mais il transmet le virus aux autres individus
(excrétion de virions). On parle aussi d’IPI (Infectés Permanents Immunotolérants, cf
Immuno S6). C'est le cas du HSV2 ou du HBV. Il est alors impossible de mettre en évidence
des anticorps lors d'une recherche de virus (faux négatif).

Remarque : en ce qui concerne les risques de transmission de l’herpès de la mère au petit lors du
part, il existe une méthode de prévention : la vaccination altruiste. La mère est vaccinée pendant la
gestation, et produit alors des anticorps. Le colostrum contient donc des Ac dirigés contre d'herpès.

Attention : la transmission génitale est différente de la transmission in utero.


Dans le cas des infections in utero, il s’agit d’une transmission transplacentaire. On
peut citer la rubéole (Rubulavirus, Paramyxoviridae), le CMV, le HIV, le VZV (Varicelle Zona
Virus, Herpesviridae, plus rarement), le virus de la BVD (Diarrhée Virale Bovine, Pestivirus,
Flaviviridae, avec risque d'IPI)

Le virus peut avoir trois attitudes différentes. Soit il ne fait rien, soit il se multiplie
dans les cellules jusqu’à provoquer leur lyse (ce qui est responsable des avortements), ou
bien il se multiplie un peu ce qui provoque le blocage de la formation d’un organe (ce qui est
responsable de malformations). Ces derniers sont dits virus tératogènes, ce sont par
exemple les Pestivirus ou le virus de la rubéole.

11/22
C) Dissémination et sites de multiplication du virus

Porte d'entrée
Cellules : g. lymphatiques

Torrent sanguin

GB Plasma Globules
Lymphocytes rouges
Monocytes
Plaquettes
Paramyxovirus, Entérovirus Peste éq., CML, AIE,
Poxvirus, Myxovirus, PP
Rougeole

Multiplication secondaire (foie,


rate...) = persistance du virion)

Organes effecteurs

Peau Cell. endothéliales Cerveau ...

Une fois entré dans l’organisme le virus va essayer de se libérer du ganglion


lymphatique dans lequel il est bloqué après sa pénétration. En effet, plus un virus reste
localisé, plus il va être repéré par le système de défense de l’hôte et disparaître rapidement.
Son but va donc être de se disséminer dans l'organisme et d'atteindre son ou ses organes
effecteurs.

Le virus doit tout d'abord passer la protection constituée des cellules et des ganglions
lymphatiques avant de passer dans le torrent circulatoire. Lorsque le virus passe dans le
torrent sanguin, on parle de virémie première. On peut alors prélever les virus mais ce
moment est très fugace.

Il n'est donc quasiment possible de trouver un virus dans le sang.

Dans le sang, un virus peut se déplacer soit :

- directement dans le plasma, de façon inerte, comme les Entérovirus


- après adsorption sur les globules rouges, comme le virus de la peste équine
(Orbivirus, Réoviridae)
- adsorbé sur des globules blancs, comme les Poxviridae, sur des plaquettes…

12/22
Une fois dans le sang, le virus a accès à tous les organes, notamment au foie et à la
rate, où il va se produire une multiplication secondaire. A partir de là, le virus peut être
excrété immédiatement ou non. Si les virus ne sont pas excrétés ces organes jouent le rôle
de réservoir.

Quand son titre est suffisant, le virus gagne ses organes effecteurs (via le sang) : c’est
la virémie secondaire). C’est à ce moment là que les symptômes vont commencer à
apparaître. Ces organes effecteurs ne sont pas nécessairement excréteurs mais ils sont
ceux où se déroule l’infection.

Infection localisée Infection généralisée


- par piqûre d'un arthropode
(Arbovirus)
Papovaviridés - par inoculations accidentelles
Peau Poxviridés type transfusion, injections (BeLV,
Hépatite B, CMV)
- par morsure et neuroprobasie
(Rhabdoviridae, Herpès B)
Paramyxovirus aviaires,
Orthomyxovirus, Parainfluenza Morbillivirus (Maladie de Carré,
Tractus virus, Rhinovirus, Adénovirus Paramyxoviridae), Paramyxovirus
respiratoire espiratoires, Pneumovirus en général, Les Poxviridae, certains
Herpesviridae

la plupart des Picornaviridae ,


Gastro-entérites à Rotavirus, BVD,
Tractus digestif Pestivirus
Entérovirus, HSV 1
Voie des Poxviridae (dont le Smallpox =
HSV 1
conjonctive la vaccine).
Hépatite B, HIV, FIV, FeLV, CMV,
Papillomavirus génitaux, Poxviridae
Lentivirus (CAEV, Visna-Maëdi,FIV)
(Molluscum Contagiosum), HSV2
Tractus génital Oncornavirus comme le FeLV.
Lors du part : HSV2 HBV
In utero : rubéole, CMV, HIV, VZV, BVD

D) Voies d’excrétion du virus


On remarque qu’il y a souvent peu de lien entre la voie d’entrée et la voie
d’excrétion. Il est intéressant de connaitre les lieux de multiplication et d’excrétion du
virus ainsi que son organe effecteur afin de réaliser les meilleurs prélèvements pour faire
des analyses :

13/22
- le virus de la rage franchit la barrière cutanée par morsure ou griffure, il suit les
liaisons nerveuses (donc une prise de sang est très très très inutile !) jusqu'au
cerveau (organe effecteur) ; l'excrétion se fait ensuite dans la salive ; les organes
excréteurs sont dans ce cas les glandes salivaires.
- les Poxvirus entrent par la conjonctive, gagnent le foie et la rate où ils se multiplient
puis sont excrétés par la peau (pustules).
- le virus de la peste équine se multiplie dans la rate puis va attaquer les cellules
endothéliales ce qui provoque une anémie.
- le virus du CMV provoque des lésions dans les cellules endothéliales mais il est
excrété dans les urines. Le diagnostic est donc souvent fait par prélèvement d’urine.
- le virus de la maladie de Carré est excrété dans les urines, rien à voir avec sa voie
d'entrée ou les organes effecteurs !

QUESTION D'EXAMEN FREQUENTE :


Citez un exemple de virus d’importance majeure en médecine vétérinaire pour chaque voie
d’excrétion.

14/22
 Le tractus respiratoire  L'urine
Dans ce cas, les virus sont excrétés par la C'est le cas du virus de la maladie de Carré
toux, les éternuements. Soit le virus est entré par le (Morbilivirus, Paramyxoviridae / dans l’urine
tractus respiratoire et reste localisé (exemple des ou les cellules de la vessie), de la rougeole,
grippes et des rhumes), soit il est généralisé et est
des oreillons, de la CML (chorio-méningite
excrété au niveau respiratoire. C'est le cas du virus
de la maladie de Carré (entraine une interdiction de lymphocytaire, chez la souris).
chenil, également excrété dans les urines), de la
grippe, du rhume, de la variole, de la rougeole.  Le sperme
C'est le cas du FIV (Lentivirus, Retroviridae),
La salive du CMV, du HBV.
La transmission se fait dans le cadre de morsures ou
encore par les baisers. Les virus transmis par cette  Le lait
voie sont le plus souvent fragiles dans le milieu Les principaux concernés par cette voie
extérieur (nécessité d'un contact rapproché). C'est le d’excrétion sont les Lentivirus animaux
cas de la rage (Lyssavirus, Rhabdoviridae), des comme par exemple le CAEV (Arthrite
oreillons, de la mononucléose infectieuse (EBV, Encéphalite chez les caprins). Il s’agit d’une
Epstein Barr, Herpesviridae) réaction immunitaire induisant un dépôt au
niveau des articulations. Dans l’idéal, on
La peau voudrait un lait exempt d’anticorps anti-CAEV,
L’excrétion des virus se fait à la faveur d’éruptions mais 30% du cheptel est atteint en France. Un
vésiculaires, d’aphtes, de lésions… C'est le cas de la autre exemple est le Visna-Maedi (aussi
fièvre aphteuse (Aphtovirus, Picornaviridae), de la appelé maladie des poumons chez le mouton,
qui est un équivalent du CAEV). Chez l’homme
variole, de l'herpès, de la varicelle.
on trouve le MMTV (Mouse Mammary Tumor
Virus) et le virus des oreillons qui sont
 Le tractus intestinal éliminés par cette voie.
Ce sont souvent des virus nus et qui résistent aux pH
bas qui sont excrétés par cette voie via les selles.  Le sang et ses dérivés
C'est le cas du Rotavirus de la diarrhée du jeune Cela concerne les Retroviridae (Lentivirus :
veau (Reoviridae), d'Entérovirus, du virus de FIV, HIV… , et Oncornavirus : BeLV …), les virus
l'hépatite A. des hépatites B et C, les Filoviridae (fièvres
hémorragiques type Ebola)

Tractus
Toux, éternuements : grippes, rhumes, varioles, rougeole
respiratoire
Salive Rage oreillons, mononucléose infectieuse (EBV)
Peau Variole, herpes, varicelle, FA : Lors d'éruptions vésiculaires et aphtes
Tractus Contamination du milieu extérieur par les selles : entérovirus, hépatite A,
intestinal Rotavirus, BVD
Oreillons, rougeole, HBV (Hépatite B Virus), CMV (Cytomégalovirus), CML
Urine
(Chorio Méningite Lymphocytaire), Paramyxovirus (Maladie de Carré)
Sperme HBV, Lentivirus, CMV...
Lait Lentivirus animaux, Maëdi-Visna, MMTV, Oreillons
Sg et dérivés Hépatite B, C, FIV, FeLV, BeLV Filoviridae

15/22
E) Les moyens de défense de l'organisme
L’animal peut développer deux types de mécanismes de défenses pour se
débarrasser d’un virus :
• des moyens de défenses non spécifiques tels que les IgAs, le pH, le mucus, les cils, les
flores commensales, les IFNs, l’inflammation, la fièvre …

• des moyens de défenses spécifiques se mettent en place lorsque les symptômes


cliniques de la maladie apparaissent. Dans plus de 95% des cas ils permettent la guérison
du sujet. Les complications apparaissent le plus souvent suite à une surinfection
bactérienne ou parasitaire (autres pathogènes qui « profitent » d’un organisme affaibli),
si l’animal « s’épuise » dans la lutte antivirale. Ainsi lorsqu’on veut traiter un virus on
donne en plus des antibiotiques dits de couverture. (Mais attention : « les antibiotiques
c’est pas automatique », il faut tout de même limiter la prescription d’antibiotiques pour
éviter le développement de résistances, cf. Bactériologie)

II – Les différents types de maladies virales

A) Contexte général de la physiopathogénie


Nous avons vu précédemment que le virus infecte l’organisme en plusieurs étapes
résumées dans le schéma ci-dessous :

Schéma général de la physiopathogénie

16/22
Pour pénétrer dans l’organisme, le virus doit résister aux mécanismes
de défenses locales non spécifiques (pH, mucus, cils, flores…) grâce à des
enzymes, à sa virulence ou à un système d'adhésion (connu pour les
bactéries). Il passe ensuite par les ganglions où il va se multiplier.

Après multiplication, le virus se dégage du ganglion local et passe dans


le sang pour rejoindre les premiers organes où il assure sa réplication. C’est
la période de virémie première. Cette période est très fugace et on ne la
voit que très rarement car aucun symptôme n’est visible et l’animal n’est
donc pas amené à son vétérinaire. Les prodromes, symptômes
annonciateurs de la maladie comme la fièvre apparaissent lors de cette
virémie première.

Le virus peut alors se retrouver une deuxième fois dans le sang et


atteindre d’autres organes où il se multiplie. Ce sont les organes
effecteurs. C’est la période de virémie secondaire. C’est une fois arrivé
dans ces organes que les vrais symptômes apparaissent. En général, c’est à
ce moment que l’animal est amené chez le vétérinaire. Une prise de sang
pour identifier le virus est alors possible.

En identifiant le virus et suivant les différences dans la pathogénie, on


distingue 4 types d’infections virales :

- L’infection virale aiguë


- L’infection virale chronique
- L’infection virale à évolution lente
- L’infection virale aboutissant à la genèse de cancers ou de tumeurs (S7 :
Physiopathologie)

B) Les infections virales aigües


Les infections suivent le schéma général présenté ci-dessus. Le contage marque le
moment d’entrée du virus. Les infections aiguës sont des infections virales où il n’y a pas
d’interruption entre le contage et l’issue de l’infection. Ce type d’infection ne doit pas être
associé à une incubation brève ! Le processus ne s’interrompt jamais lors d’une infection
aiguë mais la période d’incubation varie.

17/22
Incidence des infections
Virus ou maladie Incubation moyenne (jours)
inapparentes
Grippes ++ 1-3
Pestivirus et FA + 1-5
Herpes +++ 5-7
Entérovirus ++++ 7-15
Paramyxoviroses + 10-20
Rage 0 40

Infections aigües

Remarque : Les maladies sous forme de peste (touchant plusieurs organes et


provoquant en général la mort) ont un temps d’incubation court.

BIEN RETENIR : AIGUE ≠ INCUBATION COURTE

C) Les infections virales chroniques


Ce sont des infections où le processus viral est interrompu. Il y a une évolution lente
; le virus n’est jamais totalement éliminé de l’organisme et un équilibre instable entre les
défenses de l’animal et le virus se met en place. Une rupture de cet équilibre va entrainer
l'apparition de symptômes par réactivation du virus. Cette rupture peut être due à une
contamination bactérienne, une réexposition au virus, un stress, ou à des molécules
immunodéprimantes comme les corticoïdes.

Il existe 2 modalités pour ce type d’infection :


- Avec permanence virale : on va avoir une réplication à faible taux du virus en continu
; le virus est excrété en permanence. On parle d’infection persistante. Exemples :
l'Anémie Infectieuse Equine ou AIE, le HIV, le BIV( virus de l’immunodéficience bovine),
les infections à Entérovirus….
- Avec silence viral : l'infection est latente, le virus est comme caché dans un organe.
Des phases de réplications alternent avec des phases de silences, ces dernières
pouvant être très longues. Exemples : Herpès virus, Rétroviridae, VZV

Remarques : 1. Lorsque l’on a un chat larmoyant en consultation, il peut s’agir de la Coryza du


chat, qui est une maladie multifactorielle. Parmi les virus responsables de cette maladie, il y a un
Herpes, qui ne disparaît jamais. Ceci explique que le chat atteint fasse des conjonctivites de temps
en temps (réactivation du virus). 2. De même, lorsque l’on attrape la varicelle pendant l’enfance, le
virus ne disparaît pas totalement. Lors d’un stress à l’âge adulte, on peut développer un zona, mais
le fait d’avoir été infecté auparavant a permis le développement d’une immunité protectrice. Si l’on
attrape le VZV pour la première fois à l’âge adulte, on peut avoir une maladie très grave.

18/22
D) Les infections à évolution lente
La période d'incubation est extrêmement longue : plusieurs mois voire plusieurs
années. Le développement est lent et régulier, et il est accumulatif. On n'observe pas de
fièvre ni de phase inflammatoire. Il n’y a pas de rémission jusqu'a la mort. Les lésions
anatomiques primitives sont limitées à un seul organe. L’excrétion virale est continue.
Ces infections comprennent :
- des maladies à virus conventionnels : Visna-Maedi, parvovirose du vison aléoutien
(formation de complexes immuns dans le rein ; quand les symptômes s'expriment
c’est que l’animal va mourir), les rétrovirus
- les maladies à prions qui sont des ATNC Agents Transmissibles non Conventionnels
(cf. cours de S5) (ESST Encéphalopathie Spongiforme Subaigüe Transmissible :
Encéphalopathie Bovine Spongiforme, Tremblante du mouton...).

III- Vue synthétique des infections virales

Agent Clinique
Classification Maladies Incubation Localisation
infectieux Evolution
1.Aigües
Incubation
Aphtovirus 2-7 jours 15-21j épiderme/muqueuses
longue
Incubation
rage Rhabdovirus 31-90j 3-4j névraxe
brève
2.Chroniques
Rémittant
(virus AIE Lentivirus <2 mois multiple
persistant)
Récurrent Herpèsviridoses Herpesvirus ?
Virus
Leucoses Oncornavirus ?
oncogènes
3.Evolution lente

Visna-Maëdi, Lentivirus 2 ans 1-2 ans nevraxe/poumon


Virus
classique
Maladie du
Parvovirus 2 mois 6 mois rein (collagène)
vison aléoutien

1 à 14
ATNC ESST névraxe
mois
4.Infection par un virus oncogène
Aspects pathogéniques des quatre types d'infections

19/22
IV- Applications

A) Diagnostic clinique
La suspicion clinique est suffisante pour poser un diagnostic ; il est extrêmement rare
qu'un vétérinaire demande l'appui du laboratoire pour une Poxvirose.

Quand le vétérinaire est consulté, l’incubation est passée, tout comme l’immunité
non spécifique. Le diagnostic clinique se base sur les symptômes et sur la durée d’incubation
(difficile à évaluer sur un cas isolé mais plus facile sur un groupe). Si les symptômes sont
spécifiques, ils sont dits pathognomoniques, il est alors très facile de diagnostiquer la
maladie. Mais ce n’est pas toujours le cas. Lorsqu’ il faut faire appel à un laboratoire on parle
de diagnostic expérimental.

Attention !!! La présence de symptômes nerveux doit immédiatement nous faire


penser à la rage ! (même si ça peut être autre chose)

B) Expérimental direct et indirect


Dans d'autres cas, l'appui du laboratoire est indispensable. Le diagnostic
expérimental se fait toujours en deux étapes :

- diagnostic direct : il s'agit de mettre en évidence l'agent étiologique ; cela nécessite de


connaitre les voies de pénétration, de dissémination et les organes effecteurs des virus,
afin de réaliser des prélèvements sensés. Il faut également savoir quel matériel utiliser :
on ne fait pas d'analyse plasmatique sur un tube EDTA qui complexe les anticorps ! A la
limite on peut utiliser un tube hépariné, mais le meilleur choix reste la prise de sang sur
tube sec. On récupère le sérum. S'il s'agit de faire une culture de virus, on choisira un
tube EDTA, mais il faut garder à l'esprit que les virus sont difficiles à cultiver (cf première
année).

- diagnostic indirect : il s'agit de mettre en évidence des témoins de l'infection ; cela


nécessite de connaitre la chronologie d'apparition des anticorps afin de déterminer les
réactions sérologiques à mettre en œuvre. On peut ainsi détecter sur une simple prise de
sang la présence d'un virus via les Ac. La période d'incubation est caractérisée par
l’intervention de l’immunité non spécifique et un faible taux d’Ac ; en fin d'incubation
apparaissent des IgM et les prodromes. Tardivement, après l'incubation, des IgG sont
synthétisées. On réalise 2 prises de sang (avec le même technicien pour suivre le même
protocole...) ; le premier prélèvement est dit précoce, le second, réalisé 15 jours après,
est dit tardif. Entre les deux, en cas de pathologie, on s'attend à une augmentation du
titre en anticorps IgG de 3 à 4 ; si le titre est constant l'infection est ancienne (plateau).

20/22
Réponse de l'hôte à l'agression virale

NOTE : Cependant, l’animal ne revient que très rarement en consultation et il est souvent
impossible de réaliser ce deuxième prélèvement. On utilise alors, en plus du prélèvement précoce,
les taux de transaminases et d’urée pour évaluer les perturbations hépatiques et rénales et ainsi
aider à la datation de l’infection.

C) Traitement - Prévention
La sérothérapie et la vaccination sont deux techniques utiles en thérapeutique (=
ensemble des moyens mis en œuvre pour soigner les maladies) et à la prévention des
maladies d’origines virales.
Il est possible de récupérer des anticorps neutralisants chez un sujet qui a été malade
ou infecté expérimentalement et de les injecter à un animal infecté. C'est la sérothérapie :
on administre à un animal en cours d'incubation du sérum pour bloquer la progression du
virus. Paradoxalement, la vaccination a permis d'éradiquer dans sa quasi totalité la maladie
de Carré chez les chiens, si bien qu'il n'est plus rentable pour les laboratoires de
commercialiser des sérums efficaces... Quand une personne est mordue par un chien, la
première action du médecin est d'injecter des anticorps antirabiques (Ac neutralisants issus
de souches lentogènes).
NB : Une transfusion sanguine concerne tout le sang, tandis qu'un sérum est concentré en
anticorps.

La vaccination, ou vaccinothérapie, consiste à injecter des antigènes dans


l’organisme afin que celui-ci fabrique des anticorps spécifiques, en très grande quantité. On
utilise pour la fabrication des vaccins des virus lentogènes car ils se multiplient lentement et
induisent une forte production d’IFN. On peut également utiliser des souches lentogènes en
complément de la vaccination pour stimuler le système immunitaire.

21/22
Les antiviraux sont très rarement utilisés en médecine vétérinaire car il en existe peu
qui soient spécifiques aux animaux et car ils sont très cher. On donne alors parfois des
antibiotiques de couverture pour éviter une surinfection bactérienne.

22/22
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


LES POXVIRIDAE

I- Présentation des Poxviridae ....................................................................................... 2

A) Généralités .................................................................................................................... 2

B) Historique ...................................................................................................................... 3

C) Taxonomie ..................................................................................................................... 3

II- Structure des Poxviridae.............................................................................................. 5

A) Morphologie générale ................................................................................................. 5

B) Les antigènes ................................................................................................................. 6

1) Les antigènes solubles ............................................................................................. 6


2) Les antigènes nucléoprotéiques ............................................................................. 6
3) Les antigènes de surface hémagglutinants .......................................................... 7

III- Propriétés particulières ............................................................................................ 8

A) Résistance aux agents physicochimiques ................................................................. 8

B) Le pouvoir pathogène (pp) ......................................................................................... 8

1) Le pp expérimental in ovo et in vitro ..................................................................... 8


2) Le pp expérimental in vivo (=sur l’animal) ......................................................... 11
3) Pouvoir pathogène naturel des différents Poxvirus ......................................... 13
C) Autres propriétés ........................................................................................................ 16

1) Les propriétés zoonotiques ...................................................................................... 16


2) Le pouvoir immunogène ........................................................................................ 16
3) Les propriétés tumorigènes ....................................................................... 17

IV- Diagnostic de l'infection ........................................................................................ 17

V- Mise en place de la prophylaxie.............................................................................. 18

1/20
Les poxvirus sont responsables
de maladies très graves comme la
variole, qui a fait de nombreux morts.
La variole engendre des lésions
pustuleuses caractéristiques (=pox en
anglais). Il est indispensable de faire le
lien entre le virus et la maladie qu’il
provoque (voir lésions sur la photo).

Eruption variolique
(OMS)
La variole humaine est aujourd’hui considérée comme éradiquée, notamment grâce
aux recherches d’Edward Jenner en 1796. Après décision de l’OMS, la vaccination n’est plus
réalisée car on considère le bénéfice de la vaccination inférieur à ses risques.

I- Présentation des Poxviridae

A) Généralités

Les Poxviridae sont parmi les plus gros virus connus (après les Mimivirus qui
approchent la taille des bactéries). Tous les vertébrés véhiculent ces virus ; chez chaque
espèce la maladie entraînée est appelée variole : il n'existe pas que le Smallpox de la variole
humaine !

Cette famille a des caractéristiques et propriétés communes :

 ADN bicaténaire de très grande taille, à propriétés auto-codantes permettant une


réplication quasi autonome du virus ;
 Réplication dans le cytosol (car les Poxviridae possèdent des enzymes de réplication), après
leur passage, on observe des inclusions cytosoliques caractéristiques ;
 Taille : 250-450 nm (forme longue), 150-260nm (forme courte) ;
 Capside à symétrie complexe ;
 Enveloppés MAIS résistants dans le milieu extérieur (jusqu’à 1 an), résistent notamment à
la dessiccation ;
 Virus ectodermotropes (grande affinité pour le derme) où ils provoquent des lésions
pustuleuses (pocks) ;

Remarque : « Pustule » = « pock » en anglais, d’où le nom de la famille.

2/20
B) Historique
 La variole humaine est connue depuis plus de 2000 ans avant notre ère, en Chine et en
Extrême-Orient. Les traces de lésions pustuleuses retrouvées sur la momie de Ramsès V,
mort en -1157, laissent penser qu’il est mort de la variole.

 Au VIIIe siècle (710) eu lieu la première épidémie en Europe, qui engendra presque
autant de ravages que la peste noire. Au moins 5 rois en moururent.

 En 1520, l’arrivée des colons en Amérique latine entraîna une épidémie qui fit plus de
3,5 millions de morts parmi les Aztèques. Elle a probablement été à l’origine de la
disparition de cette civilisation. La forte résistance du virus de la variole a également été
utilisée comme arme de guerre lors de la conquête de l'Ouest : les draps de patients
anglais morts de la variole ont été offerts intentionnellement aux indigènes, provoquant
des ravages au sein de ces populations.

 En 1796, Edward Jenner est le premier à avoir étudié la vaccine, un Poxvirus. Considéré
comme le "père de l'immunologie", ses travaux de prévention ont été à l’origine d’une
immunisation de la population puis de la vaccination (vient de vaccine). En effet il avait
remarqué que les paysans au contact des vaches avec des pustules sur les pis étaient
atteints par des formes moins importantes de variole. Il a alors émis l’hypothèse d’une
protection conférée par les lésions des pis vis-à-vis des formes graves de la maladie. Il a
donc effectué des prélèvements au sein des pustules et s’en est servi pour scarifier la
population urbaine susceptible d’attraper la variole. Ces populations ont alors été
immunisées contre la variole, mais au prix de morts suite à des chocs anaphylactiques.

C) Taxonomie
La famille des Poxviridae est divisée en deux sous-familles :

 les Entomopoxvirinae, dont le GC % est d’environ 20 % et qui concernent les


insectes ;
 les Chordopoxvirinae, dont le GC % est de 35 à 65 % et qui touchent les
mammifères et les oiseaux.

Remarque : « iDae » désigne la famille et « iNae » la sous-famille

Nous nous focaliserons sur les Chordopoxvirinae, étant donné qu’ils concernent les
mammifères. Ils regroupent 8 genres : c’est au sein de ce genre qu’on trouve le virus ORF du
sous groupe ORF ou echtyma.

3/20
Chordopoxvirinae
(8 genres ou sous-groupes)

Orthopoxvirus Parapoxvirus
>> L’espèce type est le virus de la "para" = à côté de ce sont des
vaccine (virus de la variole virus proches des Orthopoxvirus,
humaine) qui contaminent les petits
ruminants.

Apipoxvirus >> virus ORF (ecthyma


contagieux des petits ruminants)
Ils affectent les oiseaux.
>> virus fowlpox (sous-groupe
fowlpox) Capripoxvirus
Ils affectent les petits ruminants ;
Leporipoxvirus ils sont difficiles à dinstinguer des
Parapoxvirus
>> virus de la myxomatose du >> virus Sheeppox (du mouton)
lapin (sous-groupe myxoma)

Suipoxvirus
Molluscipoxvirus >> virus swinepow du porc (sous-
groupe swinepox)
>> virus Molluscum contagiosum
responsable d'une maladie
vénérienne qui se traduit par Yatapoxvirus
l'apparition de lésions sur la >> virus de la tumeur du singe
verge (sexy) Yaba

Remarque : Les Yatapoxvirus et Molluscipoxvirus ne sont pas vraiment classés

4/20
II- Structure des Poxviridae

On prendra pour modèle le virus de la vaccine, car on observe une très grande
diversité dans la structure des Poxviridae.

Structure des Chordopoxvirinae

A) Morphologie générale

Structures types depuis l’intérieur vers l’extérieur du virus :


1. La nucléocapside
Une zone centrale importante avec un mélange d’acides nucléiques : de l’ADN
bicaténaire (porteur de l’information génétique) et de protéines (=magma) : ce sont les
fibrilles de la nucléocapside. A l’intérieur de cette nucléocapside se trouvent les
enzymes de la réplication comme les ARN polymérases ADN dépendantes. Le génome
a un fort taux de codage, il code pour 200 protéines et est presque auto-réplicatif. On
trouve les antigènes nucléoprotéiques (NP) dans la nucléocapside.
2. L'enveloppe interne et la zone palissadée
Autour de la nucléocapside on trouve une enveloppe interne surmontée par des
protéines rangées sous la forme d’une palissade, à rôle structural, appelée zone
palissadée.

5/20
3. Les corps latéraux
Les structures précédentes sont comprimées en leur milieu par deux corps latéraux
qui les bordent. Ils présentent des antigènes solubles (LS=Large Soluble).
4. L'enveloppe externe
Elle porte les antigènes de surface à fonction hémagglutinante (HA).

Les Poxviridae ne sont pas tous identiques :


- certains n’ont pas leur nucléocapside comprimée par des corps latéraux,
- ils n’ont pas tous de zone palissadée,
- une des enveloppes est parfois absente,
- la présence de fibrilles dans la nucléocapside n’est pas obligatoire

B) Les antigènes

On distingue différents types d’antigènes particuliers permettant d’identifier les


genres et les espèces virales. On trouve des antigènes au sein de la nucléocapside : les
Antigènes Nucléoprotéiques (NP). Sur les corps latéraux on trouve des antigènes solubles
(LS=Large Soluble). L’enveloppe externe présente des antigènes de surface hémagglutinants
(HA).

1) Les antigènes solubles


Ce sont les LS des corps latéraux. Les Poxviridae peuvent avoir jusqu’à 6 antigènes
solubles différents. 3 à 6 types différents d'antigènes LS seront présents selon le type de
virus. Leur rôle dans l'immunité est plutôt négligeable mais ils permettent de définir les
genres viraux. Ils peuvent être révélés par des tests d’agglutination, de fixation du
complément, de précipitation, ou d’immunofluorescence.

2) Les antigènes nucléoprotéiques


Il n’existe qu’une seule sorte d’antigènes NP (NP de la nucléocapside). Ils sont
associés à des nucléoprotéines et sont la cible d’anticorps neutralisants, ils sont le support
de l’immunité. Comme ils sont constants dans la famille des Poxviridae, ils permettent de
définir les genres et la famille. On peut les révéler par fixation du complément, précipitation
et immunofluorescence.

6/20
3) Les antigènes de surface hémagglutinants
Les antigènes HA ont une spécificité très fine, il n’en existe qu’une sorte. Ce sont des
lipoprotéines solubles avec un rôle accessoire dans l'immunité. Ils permettent de définir les
types. Ils sont surtout présents chez les Orthopoxvirus. Ils se révèlent par des tests
d’hémagglutination.

Au laboratoire, lorsqu’ils sont isolés, ils sont intéressants car capables de provoquer
l’agglutination des hématies entre elles.

Si vous avez la flemme de relire ces 3 parties, voici un résumé :

AG LS Ag NP Ag HA

Localisation corps latéraux dans la nucléocapside sur l'enveloppe externe

Nombre de
3à6 1 1
composants

Solubilité + - -

Composition
protéines de surface nucléoprotéine lipoprotéines
chimique

Rôle dans Important


faible important
l'immunité (Ac neutralisants)

Spécificité genre famille et/ou genre type

agglutination,
précipitation,
précipitation,
immunofluorescence,
Révélation immunofluorescence, hémagglutination
fixation du
fixation du complément,
complément
conglutination

Propriétés des antigènes des Poxviridae

7/20
III- Propriétés particulières

A) Résistance aux agents physicochimiques

Un grand nombre de ces virus peuvent résister au glycérol (50%) et à de nombreux


antiseptiques utilisés. Des désinfectants et antiseptiques comme le permanganate, les
ammoniums quaternaires (surtout), le formol peuvent inactiver ces virus. Ils sont
également sensibles aux rayons UV. On peut pratiquer la fumigation à la vapeur de formol
dans les poulaillers (risque de cancer mais tellement efficace, "à méditer" ; le formol "n'est
pas interdit, cela ne se vend plus, c'est tout"), ou la brumisation aux ammoniums IV.

L’éther (qui était autrefois la substance la plus utilisée en désinfection des tables
dans les hôpitaux), entraîne des réactions différentes :

- Les Orthopoxvirus et les Avipoxvirus y sont résistants


- les Capripoxvirus, les Leporipoxvirus et les Parapoxvirus y sont sensibles et sont
inactivés par l’éther. L’éther est donc inefficace contre la variole humaine
(Orthopoxvirus), ce qui explique les nombreux cas d'infections suite à des
hospitalisations.

Ils sont thermostables, résistent bien à la dessiccation et au froid (un vide sanitaire
n’élimine pas le virus). Ils peuvent persister jusqu’à un an dans le milieu extérieur et ne sont
détruits qu’au bout de 10min à 100°C. Certains résistent à la chaleur sèche mais sont
détruits par la chaleur humide (60°C), donc la pasteurisation est un bon moyen de
destruction. Les Poxvirus peuvent être maintenus dans du glycérol, ce qui est utile pour
conserver les pustules pour le diagnostic de laboratoire.

B) Le pouvoir pathogène (pp)

1) Le pp expérimental in ovo et in vitro

RAPPEL S5
Il existe trois modalités de culture des virus au laboratoire :
• In ovo sur œufs embryonnés
• In vitro sur des lignées cellulaires, soit sur tapis cellulaire tumoral, soit sur des cellules saines
• In vivo sur un animal vivant

8/20
L’étude du pouvoir pathogène expérimental peut se faire par des expériences in-ovo,
en cultivant le virus sur des œufs embryonnés de poule. La culture in-ovo est possible pour
tous les Poxvirus sauf Molluscum contagiosum.

Le virus est inoculé au niveau de la membrane chorio-allantoïdienne. Il provoque des


lésions pustuleuses dont le nombre et la morphologie sont caractéristiques du type de
Poxvirus. Par exemple, le Monkeypox provoque des lésions pustulo-hémorragiques,
nécrotiques, tandis que le Camelpox causera des lésions non hémorragiques. On peut
ensuite isoler le virus à partir des lésions.

On peut aussi réaliser des expériences in vitro, toujours pour étudier le pouvoir
pathogène expérimental de ces Poxvirus. On cultive alors ces virus sur des explants
primaires ou sur des lignées cellulaires. On regarde ensuite le délai d’apparition des effets
cytopathiques (ECP), qui est plus ou moins long (exemple 2 ou 3 jours pour la variole, la
vaccine et l'ecthyma contagieux, contre 8 pour la myxomatose ou la clavelée) et la nature
des effets. On détermine l’appartenance aux familles en fonction de ces deux critères.

Grâce à ces études, on a compris le mode d’action de ces virus.

Réplication des Poxvirus

Les Poxvirus vont se fixer sur un récepteur de surface des cellules du derme, ils
entrent dans la cellule par translocation et sont décapsidés par la cellule hôte, ce qui libère
le génome viral.

9/20
La réplication du virus se déroule ensuite en trois étapes au niveau du cytosol :

1) Transcription et traduction précoces des protéines de la réplication : ADN


polymérase, thymidine kinase, et décapsidases.
2) Réplication : ces enzymes vont assurer la duplication du génome
3) Transcription et traduction tardives  plusieurs copies du génome viral, protéines de
surface et éléments structuraux qui formeront la capside et l’enveloppe.

Bien qu'étant des virus à ADN, la réplication des Poxvirus se fait dans le cytoplasme
car ils contiennent déjà des enzymes de réplication.

Les protéines de surface et structurales répliquées sont ensuite assemblées dans


l’appareil de Golgi et sortent dans le cytoplasme cellulaire, où il y a conglomération d’ADN
double brin et de ces protéines. Ces conglomérats, appelés corps d'inclusion vont former de
nouvelles particules virales après maturation. Une fois formées elles sortiront de la cellule
par exocytose ou lyse cellulaire (dans ce cas, la cellule est détruite).

Les effets cytopathiques de ces virus sont visualisés au microscope par l’observation
des corps d’inclusion caractéristiques. Ces inclusions sont éosinophiles (roses) ou basophiles
(bleues) et portent des noms différents (ex : corps d'inclusion de Guarneri, Downie,
Flagornerie, Donacie, Splendeur, Bol linger, Marshall). Chaque type d’inclusion est spécifique
d’un virus et permet donc son identification après observation (mais ces corps d’inclusion ne
sont pas à connaître).

Phénomène de Berry-Derrick (important) :

10/20
Beaucoup de poxvirus se reconnaissent entre eux : on peut en utiliser certains pour
protéger les individus contre d'autres qui sont plus pathogènes.
Il s’agit d’un phénomène de réactivation croisée. Pour mettre en évidence ce
phénomène, les scientifiques ont utilisé deux types de virus : celui responsable du fibrome
de Shope chez le lapin et celui responsable de la myxomatose (Leporipoxvirus).

Ils ont appliqué à chacun de ces virus un traitement particulier :


 Le virus responsable du fibrome a été traité par UV, ce qui a cassé ses molécules
d’ADN. Les enzymes virales n’ont alors plus de support pour exprimer l’information
génétique du virus qui perd alors son pouvoir pathogène. Il n’y a plus de réplication du
génome du virus.

 Le virus de la myxomatose a subi un traitement par la chaleur qui a détruit ses


enzymes, telle que l’ARN polymérase. Son génome, même s’il est toujours intègre, ne
peut plus être lu donc le virus perd aussi son pouvoir pathogène.

Cependant, quand on assemble ces 2 virions ainsi traités, on obtient un virus


responsable de la myxomatose. L’ADN du virus de la myxomatose a été récupéré et lu par
l'ARN polymérase du virus du fibrome. On peut donc en conclure qu’il y a une forme de
parenté entre ces virus qui sont capables d’inter-reconnaissance.

Remarque : C’est en utilisant ce phénomène que le virus de la vaccine a été utilisé pour se
protéger contre un virus plus pathogène comme celui de la variole humaine.

2) Le pp expérimental in vivo (=sur l’animal)

Autrefois, on réalisait des scarifications de cornée sur des lapins et des scarifications
cutanées sur des singes pour faire la distinction entre les virus de la variole et de la vaccine.

Lapin (scarification cornéenne) Singe (scarification cutanée)


éruption variolique et orchite
Variole pas de lésions
(inflammation des testicules)
réaction type vaccinal (pustules
Vaccine kératite
locales)

Résultats de l’expérience

11/20
On étudie la physiopathogénie des virus inoculés et on observe deux groupes : des
virus à infection primaire localisée et bénigne et des virus à localisation généralisée grave.

contage cutané
- direct (végétaux, instruments ...)
- indirect (vecteurs)
contage aérien

Maladie bénigne
- 0 cicatrice
organes multiplication locale - 0 fièvre
effecteurs infection primaire
>> Vaccine, CowPox, FowlPox

Maladie grave
- cicatrice indélébile
multiplication dans le SRE - fièvre
(système réticulo endothélial)
infections secondaires - pseudotumorale voire
généralisation tumorale

>> Variole, Clavelée, Myxomatose

Pouvoir pathogène naturel des Poxvirus

 D’une part on a des virus responsables d’une poxvirose bénigne (pas de cicatrices,
presque pas de fièvre…), seule la virémie primaire est présente et la multiplication reste
locale. C’est ce qui se passe pour la vaccine, le cowpox et le fowlpox.

 D’autre part on distingue lors d’une virémie secondaire des virus responsables d’une
poxvirose provoquant des lésions graves. C’est le cas si le virus est plus virulent et qu’il
franchit les premières barrières non spécifiques. Il y a alors une multiplication généralisée
(fièvre, réaction pseudo-tumorale…). Il reste des cicatrices indélébiles s’il y a guérison. La
variole, la clavelée et la myxomatose en font partie.

12/20
3) Pouvoir pathogène naturel des différents Poxvirus

 Les Orthopoxvirus :

Monkeypox
Singes, H

Cowpox hôtes multiples, formes bénignes


Vaccine
BV, félins, H, Rg H, BV, buffle, Lp

ORTHOPOXVIRUS

hôtes spécifiques, formes


généralisées
Variole Electromyélie
Homme Souris

On distingue d’une part les virus responsables de formes bénignes, et d’autre part ceux
responsables de formes généralisées graves.

• Vaccine : infecte l’homme, les bovins, buffles, lapins, c'est le virus le plus bénin de
la famille. Il est aussi important historiquement (cf. Jenner).

• Cowpox : bovins, félins, hommes, rongeurs (attention à la confusion avec la vaccine


formes bénignes,
les virus sont différents de par leurs nucléoprotéines).
localisées,
hôtes multiples • Monkeypox : singe, homme. On ne peut pas faire la distinction clinique entre la
variole du singe de la variole de l'homme (lésions au niveau de la peau). Même si elle
est bénigne, elle est très contagieuse. On peut cultiver le virus du singe in ovo, à
partir de prélèvement de pustules.

Remarque : il est possible d’utiliser ces virus bénins pour essayer de vacciner contre les
poxviroses plus graves

Formes graves,
• Variole : hommes, au niveau de la peau.
généralisées,
hôtes spécifiques • Electromyélie : souris, très grave, fort pouvoir pathogène.

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 Les Parapoxvirus
Nodule du
trayeur BV
Singes, H
Ecthyma contagieux Stomatite papuleuse
PR, BV BV

PARAPOXVIRUS

• Ecthyma contagieux : ruminants, rongeurs, félins, homme ;


bénin si traitement antibiotique mis en place.
• Stomatite papuleuse : bovins ; elle provoque une
inflammation bénigne de la langue, ce qui la rend difficile à
différencier de la fièvre aphteuse. Elle nécessite un diagnostic
différentiel en laboratoire.
• Nodule du trayeur : cette maladie peut contaminer
Stomatite papuleuse accidentellement l’homme (au niveau des doigts en
contact avec les trayons).

 Les Capripoxvirus
Maladie nodulaire
cutanée BV
Singes, H
Clavelée Goatpox
PR, BV chèvre

CAPRIPOXVIRUS

 Clavelée : petits ruminants, bovins. Les lésions ressemblent à


celles de l’Ecthyma contagieux causé par les Parapoxvirus.
C’est une maladie à déclaration obligatoire (MDO). On parle
de la variole des petits ruminants.
 Goatpox : petits ruminants ; ressemble aussi à l’Ecthyma
contagieux.
 Maladie nodulaire cutanée (Lumpy Skin Disease) : bovins. Elle
se caractérise par de nombreux nodules sous la peau, la peau
Lumpy Skin Disease est grumeleuse. Cette maladie est naturellement résolutive
en 2-3 semaines environ. Il ne s’agit pas d’une zoonose.

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 Les Leporipoxvirus

Myxomatose Fibromes
Lp, lièvres
LEPORIPOXVIRUS Lp américain, écureuil

• Fibrome de Shope : maladie localisée et bénigne pour les lapins.

• Myxomatose : lapin, lièvre. C’est une maladie grave, rapide, fatale pour les lapins et
lièvres, et une MRC = Maladie Réputée Contagieuse. Elle cause des myxomes
(tumeurs cutanées).

Remarque : ces deux maladies sont des MDO, c'est-à-dire des Maladies à Déclaration
Obligatoire. On peut utiliser le vaccin fait à partir du virus du fibrome de Shope pour vacciner
contre la myxomatose.

 Autres
AVIPOXVIRUS
Varioles aviaires avec Fowlpox, l’évolution est bénigne chez les adultes mais peut être
mortelle chez les jeunes à cause des lésions pustuleuses qui sont souvent oculaires. On
abat l’élevage quand on diagnostique la présence de ces virus puis on désinfecte au
formol ou au permanganate.

SUIPOXVIRUS
Varioles porcines, parfois présent chez le cheval.

Virus
MOLLUSCIPOXVIRUS non classés YATAPOXVIRUS
et YATAPOXVIRUS
Molluscum contagiosum, à transmission directe ou Tumeur du singe Yaba.
sexuelle

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C) Autres propriétés

1) Les propriétés zoonotiques

La plupart des Poxvirus sont responsables de zoonoses, mais il s’agit généralement de


phénomènes accidentels et bénins. Il faut donc être vigilant lors de la manipulation des
animaux en présence de lésions pustuleuses et porter des gants voire un masque. Les
zoonoses classiques sont :

• La Maladie des nodules du trayeur.


• La Stomatite papuleuse du bovin (les lésions doivent d’abord faire penser à la Fièvre
aphteuse. Ça ne sera que grâce aux analyses du laboratoire que l’on pourra faire la
différence).
• L'ecthyma contagieux
• Le Cowpoxvirus
• Le Yatapoxvirus
• Le Monkeypox : la maladie est bénigne mais ressemble à une variole.

2) Le pouvoir immunogène
TRES IMPORTANT

En étudiant les phénomènes de Pourquier (scientifique qui a travaillé sur le virus de la


vaccine) ou de Von Pirquet (scientifique qui a travaillé sur le virus de l’ecthyma), on comprend
pourquoi les scientifiques de l’OMS ont décidé d’arrêter la vaccination contre la variole.

Phénomènes de Pourquier et de Von Pirquet

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Lorsqu’on effectue une scarification à J1, on observe à J5 une cicatrice indélébile
(papules) et de la fièvre (si la scarification a lieu à J5, la cicatrice apparait à J10). C’est
l’équivalent de la primo-vaccination.

Lorsqu’on effectue un rappel quelques mois ou quelques années plus tard, il n’y a
normalement ni cicatrice ni fièvre, juste une petite pustule, l’organisme reconnaît l’antigène
et l’immunité est bien installée. Si on a une perte d’immunité, la réaction est identique à la
primo-vaccination, on recommence au départ. Il a aussi été noté des cas d’hypersensibilité
exacerbée lors de ce rappel avec apparition en quelques heures de nombreuses papules,
accompagnées d’accidents neurologiques puis de la mort.

A cause de ces réactions excessives voire mortelles, l'OMS a considéré en 1979 que la
vaccination contre la variole n’était plus nécessaire : elle devenait trop risquée par rapport à
l’éventualité d’une réapparition de la variole (environ 10-20 cas de morts toutes les 1000
vaccinations). Aujourd’hui on ne vaccine donc plus contre la variole humaine car on
considère la balance bénéfice-risque non favorable notamment à cause des réactions
d’hypersensibilité.

3) Les propriétés tumorigènes

Les Poxvirus peuvent être responsables de tumeurs, généralement cutanées ou sous


cutanées, et bénignes. Par exemple :
• Le Fibrome de Shope.
• La Tumeur du singe Yata.
• La Maladie nodulaire cutanée des bovins. Cette maladie est à résolution spontanée
et se caractérise par des pustules localisés.
• La Myxomatose. C’est une exception car elle n’est pas bénigne !

IV- Diagnostic de l'infection

Le diagnostic des infections provoquées par les Poxvirus est réparti en deux volets :

• Diagnostic clinique : observation de l’animal, qui présente des pustules très


caractéristiques mais les symptômes ne sont pas toujours pathognomoniques (exemple : ces
lésions peuvent faire penser à la fièvre aphteuse si elles se situent sur la langue). On peut
donc avoir besoin d’un diagnostic expérimental.

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 Diagnostic expérimental de confirmation. Il se divise en deux catégories :
- diagnostic expérimental indirect : très peu d’intérêt ici. On recherche les traces du
passage du virus via :
o des outils conventionnels
o des cultures in vitro / in-ovo, le temps nécessaire varie selon le virus (3-8j)
o observation d'effets cytopathiques visualisés par exemple par
immunofluoresecence
o test de neutralisation (en culture sur la membrane chorio-allantoïdienne des Ac
peuvent neutraliser les ECP)

- diagnostic expérimental direct : on prélève des pustules et des croutes sur l’animal et
on cherche à mettre en évidence le virus ou ses antigènes.

V- Mise en place de la prophylaxie

Il existe deux volets de mise en place pour la prophylaxie :

 Un volet sanitaire très réglementé : certaines maladies liées aux Poxviridae font parties
des maladies réglementaires de première catégorie, comme les varioles aviaires, la
variole ovine et caprine, la clavelée, la myxomatose. On a alors élimination des animaux
atteints, de la bande ou du troupeau en fonction de la maladie.

 Un volet médical : Il existe deux types de vaccins :

 Des vaccins vivants atténués :


- hétérologues ie composés des souches hétérologues (provient d’une espèce A,
et destiné à une espèce B) de la maladie que l’on voulait traiter (c'est le principe
de la vaccination croisée : vaccin contre la myxomatose réalisé avec le virus du
fibrome de Shope, qui protège contre les deux maladies)
- homologues contenant des souches homologues : vaccins contre l’ecthyma, le
Fowlpox (vaccination par la méthode Wing-Web : on trempe une plume
applicatrice dans la solution vaccinale utilisée et on pique l'animal face médiale
de l'aile), la myxomatose (souche SG33), la clavelée (souche RM65 atténuée par
de nombreux passages sur des cellules)
 Des vaccins inactivés beaucoup moins immunogènes que les précédents,
incapables de se répliquer.

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Remarque : Parfois les Poxvirus peuvent servir de vecteur pour produire des vaccins
modifiés. L'Avipoxvirus est de plus en plus utilisé (avec le Capripoxvirus par exemple) ; on
réunit dans une même cellule animale l'Avipoxvirus et un plasmide contenant un gène codant
pour une protéine immunogène de la maladie que l'on cherche à vacciner. La réplication du
virus conduit à l'obtention de virus recombinants. Leur utilisation comme vaccin est possible :
ils génèreront la synthèse des protéines immunogènes et immuniseront l'organisme contre la
maladie souhaitée.

A BIEN RETENIR POUR LE PARTIEL :


Le phénomène de Berry-Derrick, les varioles localisées ou généralisées, le phénomène
de Pourquier et de Von Pirquet.

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


LES HERPESVIRIDAE

I. Présentation des Herpesviridae .................................................................................... 2


A. Généralités ....................................................................................................................... 2
B. Importance ....................................................................................................................... 2
C. Taxonomie ........................................................................................................................ 3
II. Etude des Herpesviridae ................................................................................................ 5
A. Morphologie générale ................................................................................................... 5
B. Composition chimique .................................................................................................... 7
C. Action des agents physico-chimiques .......................................................................... 7
III. Propriétés biologiques de ces virus ........................................................................... 8
A. Propriétés biologiques des protéines .......................................................................... 8
B. Expériences et effets des virus .................................................................................... 10
1. In ovo ........................................................................................................................... 10
2. In vivo .......................................................................................................................... 10
3. In vitro ......................................................................................................................... 10
C. Pouvoir pathogène naturel .......................................................................................... 13
1. Caractéristiques générales ....................................................................................... 13
2. Latence et récurrence virale..................................................................................... 15
3. Herpesviroses cliniques ............................................................................................. 15
D. Bilan des actions biologiques sur l’animal ............................................................... 19
IV. Applications.................................................................................................................... 20
A. Epidémiologie des herpesviroses ............................................................................... 20
B. Diagnostic ....................................................................................................................... 21
1. Diagnostic clinique .................................................................................................... 21
2. Diagnostic expérimental .......................................................................................... 21
C. Traitements ..................................................................... 22
D. Prophylaxie .................................................................................................................... 23
1. Circonscrire l’infection éventuelle (prophylaxie sanitaire) ................................. 23
2. Eviter les ré-excrétions virales (prophylaxie médicale et sanitaire) ................. 23
3. Protéger l’animal sain (prophylaxie médicale) .................................................... 23

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Aussi appelés Herpetoviridae (car les lésions provoquées sont rampantes sous la
peau et migrent comme un serpent "herpeton"), les Herpesviridae sont des gros virus (120-
300nm) caractérisés par :

 Une information génétique sous forme d’ADN linéaire double brin


 une capside cubique (ou icosaédrique) entourée de substance protéique dense : le
tégument
 une enveloppe portant des glycoprotéines en surface formant des spicules.

I. Présentation des Herpesviridae

A. Généralités

Ces virus ont un tropisme ectodermotrope et neurotrope et sont caractérisés par


une latence virale. Ils provoquent chez l’homme et l’animal diverses Herpesviroses
généralement dominées par des lésions cutanées. Chaque Herpesvirus est spécifique d’une
espèce ; on parle d’électivité zoologique. Il existe deux exceptions où le virus peut passer
d’une espèce à l’autre, ces espèces sont moins spécifiques ; l’herpès B et le virus d’Aujeszky
(carnivores, ruminants, mais pas l’homme) qui rend « fou-dingue » à cause du prurit qu’’il
engendre. Les Herpesviridae sont rarement responsables de zoonoses.
Herpes vient du grec « Herpetos » qui signifie « créature rampante ». En effet,
suivant l’exemple du virus HSV1 on peut observer une première lésion pustuleuse qui
s’étend ensuite, en donnant l’impression d’avoir quelque chose qui rampe sous la peau.

Remarque : les Herpesvirus ne touchent pas que la peau, aussi le système nerveux central, le
tractus génital ou respiratoire.

B. Importance

Les Herpesvirus sont importants d’un point de vue médical, ils constituent le virus
« modèle » de l’infection latente. En effet, on n’en guérit donc jamais, le virus n’est jamais
épuré de l’organisme ! La seule possibilité est de limiter l’apparition des symptômes puis la
réactivation grâce à la vaccination et en limitant le stress. Parfois ces virus sont associés à un
processus oncogène et certains sont responsables de zoonoses graves. Généralement il y a
une barrière d’espèce. Lors de processus oncogène, on retrouve les deux génomes dans la

2/26
cellule : celui de la cellule hôte et le génome étranger, ce qui va engendrer des
recombinaisons.
Ces virus sont aussi importants d’un point de vue économique car certains ont un
impact sur les productions animales. C’est le cas du virus d’Aujeszky (virus de catégorie 1)
responsable d’un retard de croissance chez le porc, ou bien du virus de l’IBR qui provoque
des avortements et des retours en chaleur incessants chez les bovins. Certaines régions
possèdent donc des programmes visant à éliminer ces maladies.

En recherche fondamentale, ils constituent un modèle type de synergie entre virus et


autres agents infectieux (maladies opportunistes) qui sera responsable de complications. De
plus, ces virus ont servi de modèle pour la mise au point et l’application de vaccins
génétiquement modifiés. En effet les premières molécules vaccinales ont été obtenues par
génie génétique à partir du virus de l’herpès.

C. Taxonomie

La classification comprenant les Herpèsvirus a été remodelée récemment.


Ils appartiennent à l’ordre des Herpesvirales comprenant 3 familles :

O. Herpesvirales

F. Herpesviridae
F. Alloherpesviridae comprenant 3 sous- F. Malacoherpesviridae
affecte les poissons et familles (voir page herpès des huîtres
batraciens comprenant 4 suivante)
genres (voir tableau) + 6
autres pas encore bien
déterminés

Les virus d’intérêt vétérinaire sont représentés par le genre varicellovirus et


simplexvirus, appartenant à la famille des Herpesviridae et à la sous-famille des
Alphaherpesvirinae.

3/26
F. Alloherpesviridae F. Malacoherpesviridae

Ostreavirus
Ictalurivirus
Batrachovirus
AciHV-2 OsHV-1 (Ostreid
RAHV-1
IcHV 1
RAHV-2 Herpesvirus 1)
IcHV 2

Cyprinivirus
CyHV-1 (carpe)
Salmonivirus
CyHV-2 (poisson
SalHV-1
rouge)
CyHV-3 (carpe koï)

F. Herpesviridae

Sous-famille Sous-famille
Alphaherpesvirinae Betaherpesvirinae Sous-famille
("herpes classique"), cycle de affinité pour les glandes, cycle de Gammaherpesvirinae
réplication rapide, spectre large réplication long

cytomegalovirus lymphocryptovirus
iltovirus (poissons) affinité pour les
(cellules géantes, CMV) lymphocytes, virus
d'Epstein Barr = EBV

muromegalovirus
mardivirus (poissons)
(cellules géantes) macavirus (macaques)

simplexvirus (HSV) proboscivirus


rhadinovirus (grenouilles)

varicellovirus (VZV) roseolovirus


percavirus (hôte pas très
bien connu)

4/26
Les virus du genre varicellovirus sont responsables de
 La Rhinotrachéite infectieuse bovine ou IBR ou BoHV1 = BHV1 (Bovine Herpes Virus 1)
 La maladie d’Aujeszky (chez le porc mais qui peut aussi infecter les ruminants et
carnivores, pas l’homme) ou SuHV1=SHV1 (Suis Herpes Virus 1)
 La Rhinopneumonie équine ou EqHV1 (responsable d’une infection génitale, cause
d’avortements chez le cheval) = EHV1
 La Rhinopneumonie équine respiratoire ou EqHV4 (responsable d’une infection
respiratoire chez le cheval) = EHV4
 L’Herpesvirose canine appelée aussi maladie de Carmichael ou CHV responsable
d’avortements chez le chien
 L’Herpesvirose féline (rhinotrachéite) ou FeHV = FHV; chat aux yeux rouges et jetage
 L’Herpès du primate ou Herpès B ou PHV (Primate Herpes Virus), si infecte l’homme :
troubles neurologiques puis mort dans 98% des cas sinon handicap important.
Zoonose très grave.
 L’Herpès des gallinacées GaHV1 (Gallid Herpesvirus 1) responsable d'une
laryngotrachéite infectieuse
 GaHV2 responsable de la maladie de Marek
 L’Herpès des canards DuHV1 (Duduck) = DHV1 responsable de la peste des canard
(maladie généralisée)
 L'herpès B du singe (virus B), zoonose nerveuse rapidement mortelle chez l'homme.

II. Etude des Herpesviridae

A. Morphologie générale

Les Herpesvirus sont de gros virus enveloppés qui mesurent entre 150 et 250 nm
pour les plus courants (ce sont les deuxièmes plus gros, derrière les Poxvirus). Les plus gros
virus de cette famille peuvent mesurer jusqu’à 300-350 nm, comme le CytoMegaloVirus
(CMV).

De l’intérieur vers l’extérieur du virus, on va identifier les structures suivantes :


- Le génome, constitué d’une molécule d’ADN linéaire double brin
- une nucléo-capside icosaédrique (symétrie cubique). Les monomères constitutifs de
la capside, ou capsomères, sont des hexons sur les faces et des pentons sur les
sommets. On a environ 160 capsomères répartis en vingt faces (icosaèdre). Les
pentons sont importants car ils possèdent un pouvoir toxique intrinsèque non
antigénique.

5/26
- un tégument de nature protéique entourant la capside
- une enveloppe possédant des projections de surface qui sont des glycoprotéines de
surface appelées aussi spicules.

= spicules ou glycoprotéines
de surface

Morphologie générale des Herpesvirus et


Représentation modélisée des Herpesvirus

6/26
B. Composition chimique

La composition chimique du virus est déterminée à partir des virions :


L'ADN double brin linéaire possède entre 120 000 (HSV= herpes
Acides
7% simplex virus) et 240 000 (CMV) nucléotides. Le GC% est compris
nucléiques
entre 35 et 75%.
Ils sont situés essentiellement dans l’enveloppe issue de la
Lipides 7-22 % membrane nucléaire de la cellule hôte qui a permis la réplication
du virus.
Glucides 1-2 % Ils sont incorporés dans les glycoprotéines de surface (spicules).
La plus grande partie de ces protéines constituent le tégument, la
Protéines 50-70 %
capside et les glycoprotéines de surface.

Remarque : en posant directement la capside sur un tapis cellulaire de cellules


normalement sensibles, on observe une activité toxique. Cette activité ne vient que des
hexons ; les pentons n'ont pas de pouvoir pathogénique.

C. Action des agents physico-chimiques

Les Herpesvirus sont des virus enveloppés donc normalement fragiles dans le milieu
extérieur. Cependant, certains Herpesvirus comme le virus d’Aujeszky, peuvent résister plus
de deux mois l’hiver dans du lisier (contamination d’autres animaux). Les Herpesvirus sont
donc plus résistants lorsqu’il fait froid et qu’ils sont empaquetés dans de la matière
organique.

Ce sont des virus acido-thermolabiles, ils peuvent donc être éliminés en utilisant de
la chaleur, notamment la pasteurisation, mais ils résistent à la dessiccation et au froid
(moyen de conservation qui permet notamment l’envoi de prélèvements au laboratoire).

Ces virus sont en revanche sensibles aux désinfectants et aux antiseptiques usuels :
alcool à 70%, javel à 1° chlorométrique, glutaraldéhyde à 0.05% (dérivé du formol), soude,
béta-propiolactone, azaridine (ces deux derniers étant utilisés pour fabriquer des vaccins à
particules inactivées).

Remarque : βpropiolactone et azaridine sont utilisés pour atténuer les souches vaccinales

7/26
A BIEN RETENIR :
 Il existe de nombreux Herpesvirus qui ont une structure générale commune :
 Une enveloppe lipidique
 Une capside cubique / icosaédrique
 Un ADN double brin linéaire
 Des glycoprotéines de surface essentielles
 Ce sont de gros virus enveloppés, relativement fragiles dans le milieu extérieur et
sensibles aux désinfectants usuels, nécessitant un contact étroit pour la transmission
qui se fait surtout en hiver.

III. Propriétés biologiques de ces virus

A. Propriétés biologiques des protéines

Les Herpesvirus possèdent une ADN polymérase qui intervient au moment de leur
réplication. Ils possèdent aussi une thymidine kinase virale qui augmente fortement leur
taux de réplication en favorisant l’action de l’ADN polymérase, et les rend beaucoup plus
virulents. Certains Herpès ne possèdent pas cette thymidine kinase virale (utilisent
seulement la thymidine kinase cellulaire), et ont une vitesse de réplication beaucoup plus
lente, du fait d’une très faible affinité du virus pour la TK cellulaire. On a ainsi pu fabriquer
des mutants atténués pour créer des vaccins, car étant donné que la réplication est très
lente, l’organisme a le temps de développer une réponse immunitaire et de combattre le
virus.

Les protéines du tégument vont subir une maturation pendant la phase terminale de
la réplication du virus et constituer des antigènes internes dont la spécificité dépend de la
sous-famille (tous les α-herpesvirinae ont les mêmes, etc…). Ce sont des antigènes internes
identifiables par immunofluorescence. Ils permettent de définir la sous-famille voire le genre
du virus.

Les glycoprotéines de surface, ou spicules, ont un rôle dans la reconnaissance des


virus et la fusion entre le virus et sa cellule-hôte, ce qui permet la pénétration virale. Elles
assurent la migration intercellulaire du virus ( «voyage intercellulaire» ). En effet, les
nouveaux virions vont pouvoir coloniser de nouvelles cellules.

8/26
Il existe deux types de glycoprotéines de surface :

 Certaines sont des glycoprotéines majeures qui vont être à l’origine de la production
d’anticorps neutralisants par l’organisme (Ex : protéines gB pour Aujeszky et gD pour
IBR, voir schéma ci-après).Ils peuvent donc neutraliser les antibiotiques.
 D’autres protéines de surface ont un rôle mineur, c'est-à-dire que leur présence ou
leur absence ne va pas influencer la réponse immunitaire qui peut être mise en place
par la présence du virus.
Ces antigènes mineurs peuvent donc être enlevés par génie génétique. Il sera facile
de détecter dans la population un animal infecté par le virus sauvage qui synthétise
des anticorps anti-Ag mineur d’un animal vacciné qui n’en synthétise pas (Cf.
génétique médicale S7). Cette pratique est très bien maîtrisée sur deux modèles
expérimentaux, le virus d'Aujeszky et l'IBR, que l'on prive de la protéine gE afin
d'obtenir des mutants immunogènes :

Pouvoir imunogène des herpès virus

Finalement, un vaccin permettant une protection efficace contre les Herpes aura les
propriétés suivantes :
- ne possède pas le gène de la thymidine kinase (baisse de virulence)
- ne possède pas les gènes codant pour des antigènes mineurs (marqueurs
génétiques)
- possède les gènes codant pour les antigènes majeurs (stimulateurs de l’immunité
protectrice)

9/26
B. Expériences et effets des virus

1. In ovo
La culture de virus in ovo est adaptée à certains virus (et pas que les virus aviaires) :
‐ Le virus de l’herpès simplex (HSV)
‐ Le virus de la maladie d’Aujeszky (SuHV)
‐ La Peste du canard responsable de Laryngotrachéite infectieuse (DuHV)
‐ Le virus de l’IBR (ou BoHV)

Sur la membrane chorio-allantoïdienne de l’œuf infecté on peut observer des


vésicules à peu près similaires à celles visibles avec un Poxvirus. Il y a donc toujours un doute
sur l’identité du virus si l'on s’arrête à cette étape. Pour avoir plus de précisions, il faut
procéder à une séroneutralisation sur les vésicules.

2. In vivo
Le pouvoir pathogène est très variable. Les virus ont une spécificité plus ou moins
étroite : l’électivité zoologique des Herpesvirus ne se retrouve pas expérimentalement
notamment du fait d’une inoculation massive du virus. Le virus d’Aujeszky et le HSV sont des
exemples de paradoxe biologique puisque dans ces conditions ils ont un spectre d’hôte
large.
Exemples : dans la nature, le HSV n’infecte que l’homme, mais il infecte aussi les
cellules de lapin et de souris en expérimentation. Le virus d’Aujeszky peut toucher les
rongeurs en laboratoire, alors que ce n’est pas le cas dans la nature.

3. In vitro
Quand on cultive le virus sur des cellules au laboratoire, on distingue 3 Herpesvirus :
Les virus à spectre cellulaire large (Ex : Aujeszky, IBR)
 Les virus à spectre cellulaire restreint (Ex : CMV), qui n’atteint que les fibroblastes
 Les virus à spectre cellulaire étroit (=un seul type cellulaire utilisable, Ex : EBV)

 La grande majorité des virus d’intérêt vétérinaire sont des virus ayant une spécificité
cellulaire large : beaucoup d’explants primaires différents peuvent donc servir. Ces
virus ont un ECP (effet cytopathique) rapide (2-3j), lytique, avec amas de cellules en
grappe qui se détachent du tapis et forment des plages de lyses. Ces effets sont
dose-dépendants : d’autant plus rapides que la dose est importante. NB : l'an dernier
en TP le prof a "usé d'artifices" pour obtenir des ECP en moins d'un jour ... tricheur.

10/26
 Il existe des herpesvirus avec un spectre cellulaire plus restreint : Dans l’exemple du
CMV on constate une apparition lente d’un ECP (5-6j) avec apparition de grosses
cellules et formation de syncitia. Pour les multiplier au laboratoire, il faut
obligatoirement disposer de cellules fibroblastiques.

 Enfin certains virus ont un spectre cellulaire très étroit. C’est le cas des γ-
herpesvirus, comme le virus d’Epstein-Barr, qui ne peuvent infecter que les
lymphocytes B (lymphocryptovirus).

Cycle de multiplication du virus

Tout d’abord, les glycoprotéines de surface sont reconnues par les récepteurs
cellulaires (molécules du système HLA). On assiste ensuite à l'adsorption du virus à la surface
de la cellule et enfin pénétration par fusion des membranes. Le virus est ensuite décapsidé
par les enzymes cellulaires. L’ADN entre dans le noyau et se réplique grâce à l’ADN
polymérase virale. Les « nouveaux ADN » viraux sortent par bourgeonnement au niveau du
noyau puis quittent la cellule grâce à un deuxième bourgeonnement après migration dans le
Golgi et passent dans la cellule voisine (d’où la formation de grappe de cellules lors de
l’observation des ECP en culture cellulaire).

11/26
La réplication du génome se fait en 2 temps :

Dans un premier temps, on a un programme précoce avec une transcription précoce


et la fabrication des IEA (Immediate Early Antigen) qui sont des enzymes uniquement
responsables de la réplication du génome comme l’ADN polymérase et la thymidine kinase.
La réplication du virus est alors possible. Quand on obtient plusieurs copies du génome viral
on a, dans un deuxième temps une transcription tardive : c’est le programme tardif avec
formation des protéines de structure (protéines de la capside, glycoprotéines, puis les
protéines du tégument).
Lorsqu’elles ont été synthétisées en nombre suffisant, un feedback négatif permet
d’arrêter la transcription précoce. Suivent alors maturation des protéines, assemblage du
virus et libération de nouvelles particules virales qui iront infecter d’autres cellules. La sortie
du virus de la cellule se fait par bourgeonnement, le virus emportant une partie de la
membrane de la cellule hôte.

Parfois certains virus n’ont pas ce feedback négatif, ils se répliquent alors de façon
indéfinie : le système s'emballe. Ces virus sont associés à des processus oncogènes.
(Exemples : Maladie de Marek, EBV).

12/26
La réplication du virus se déroule donc en trois étapes :

1) Transcription et traduction précoces des protéines précoces de la réplication : ADN


polymérase, thymidine kinase.
2) Réplication : ces enzymes vont assurer la duplication du génome
3) Transcription et traduction tardives  plusieurs copies du génome viral, protéines de
surface et éléments structuraux qui formeront la capside et l’enveloppe.

C. Pouvoir pathogène naturel

1. Caractéristiques générales

 Effets cytopathiques des herpesvirus :

En cultivant ces virus sur des lignées cellulaires sensibles, on observe que les cellules
se ballonisent et s’organisent en grappe de raisin. Ces grappes finissent par se détacher du
tapis cellulaire et laissent apparaître des plages de lyse. A plus petite échelle, on observe une
désorganisation du noyau, qui présente une inclusion intranucléaire centrale éosinophile et
une marginalisation de la chromatine. Les cellules peuvent devenir géantes (CMV). Même en
connaissant l’origine du prélèvement, tous ces éléments ne permettent pas de pousser plus
loin l’identification car il existe de nombreux sérotypes différents pour chaque espèce. Pour
les discerner, il est nécessaire d'utiliser des anticorps neutralisants.

Sur l’image ci-après : absence d’inclusion au niveau cytoplasmique donc pas un virus à ARN,
condensation basophile dans le noyau, marginalisation de la chromatine et inclusions
intranucléaires éosinophiles.

13/26
Conséquences sur les cellules de la multiplication virale

 Les herpesviroses sont toutes des infections latentes dont on ne guérit jamais. Le
virus est toujours présent dans nos cellules, mais l'organisme ne synthéthise pas d'Ag car il
n’y a pas d’Ag "visible" (silence immunologique). Il peut donc y avoir réactivation (ou «
récurrence »). Celle-ci peut être semblable à la primo-infection ou différente (varicelle-zona).
Ces infections sont répandues sur tous les continents.

 Ces virus sont plus virulents chez les jeunes et chez les immunodéprimés. Ceci peut
être dû à une cause physiologique (fatigue, gestation), pathologique ou thérapeutique (une
injection de corticoïde).

‐ Dans les conditions naturelles, ils possèdent une spécificité zoologique, sauf pour le
virus d’Aujeszky (qui infecte les porcs, les carnivores et les ruminants) et le virus de
l’herpès B (mortel pour l’homme).

‐ Les herpesviroses ont en général un tropisme neuro-ectodermique. Elles touchent en


particulier la peau, les muqueuses et le système nerveux central.

‐ Comme ces infections ne disparaissent jamais, les virus sont parfois oncogènes (virus
de Marek pour les volailles, l’EBV chez l’homme, virus de Lucké chez la grenouille qui
est responsable d’un carcinome rénal).

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2. Latence et récurrence virale

Latence et récurrence des Herpesvirus, exemple du HSV

La primo-infection se déroule au niveau de la peau. Cette primo-infection est


associée à une lésion locale ou non. Puis le virus effectue une migration neuroprobasique et
se multiplie dans les neurones sensitifs. Il continue sa migration jusqu’aux ganglions sensitifs
de la racine postérieure de la moelle épinière où il reste un certain temps (cela peut aller de
quelques semaines à des années et il peut même ne jamais se réactiver !).
Il existe des facteurs favorisant la réactivation : au moindre stress, en cas de thérapie
inadaptée (corticoïdes), en cas de baisse des défenses immunitaires, le virus va migrer de
manière centrifuge vers la peau et donner une infection large avec des lésions très
différentes de celles de la première infection. La contamination d’autres individus est alors
possible.

Le virus Varicelle-Zona est un cas particulier : l’enfant qui a la varicelle est


contagieux puis les symptômes disparaissent, le virus se cache. Lors d’un stress (dû à un
examen, au décès d’un proche, etc.) c’est sous forme de zona que le virus va réapparaître
(lésions longilignes extrêmement douloureuses, souvent dans le bas du dos).

3. Herpesviroses cliniques
a) Chez l’animal

Dans les conditions naturelles, ce sont essentiellement la peau, les muqueuses


respiratoires, génitales et le système nerveux central qui sont touchés. Plusieurs organes à la
fois peuvent être touchés par des infections dites pléiotropiques. Les infections peuvent
également prendre une allure tumorale ou cancéreuse. Ici on a classé les herpès selon les
organes touchés :

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Affections des muqueuses

 Muqueuses respiratoires :

‐ ♥ IBR (Rhinotrachéite infectieuse bovine) : on peut voir une pseudomembrane au


niveau du muffle.
‐ ♥ Aujeszky (Maladie à Déclaration Obligatoire ou MDO)
‐ Herpesviroses du chien et du chat
‐ Rhinopneumonie équine (dans la variante respiratoire)
‐ Laryngotrachéite infectieuse des Gallinacés

Période d’incubation : 8 jours à 1 mois


Si le virus possède une thymidine kinase, il est plus virulent, l’incubation sera beaucoup plus
courte.

On observe un syndrome fébrile (fièvre) associé à des symptômes locaux : congestion


des muqueuses, ulcères (appelés également pseudomembranes), sécrétions séreuses ou
mucopurulentes. L'infection virale peut également être associée à une conjonctivite ou
kératoconjonctivite dues à une surinfection.
Souvent les herpesviridae sont associés à d’autres pathogènes et créent des
pathologies qui sont multifactorielles, avec une infection secondaire par des bactéries :
 IBR + Pasteurella/Mannheimia = Bronchopneumonie des Ruminants
 Virus de Carré type 2 + Bordetella + Parainfluenza canin + Herpès = Toux du chenil.
 l'herpès du chat interviendrait, associé avec un Calicivvirus, dans la genèse du
coryza du chat.

 Muqueuses génitales :

- IPV Vulvovaginite pustuleuse infectieuse (qui correspond à la valence génitale de l'IBR) →


infection presque disparue en France
- Aujeszky : sa forme génitale provoque des avortements chez la truie
- Rhinopneumonie équine : effet abortif, surtout en hiver
- Herpesviroses canines : maladie de Carmichaël : le nouveau-né récupère l’herpès de sa
mère à la naissance au niveau de la sphère génitale. Pour protéger le chiot, la mère peut
être vaccinée un peu avant la mise-bas (vaccination + rappel avant la mise bas),
permettant la plupart du temps d'éviter la transmission au petit.
- Herpesviroses félines
- Laryngotrachéite infectieuse : les poules s’arrêtent de pondre, il y a des avortements ou
une mortinatalité.

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Période d’incubation : 3 à 8 jours
On observe pour ces affections des symptômes généraux, une congestion des
muqueuses génitales et des vésicules (ou vésiculopustules) cutanées. Ceci s’accompagne
parfois d’avortement ou de mortinatalité (c’est-à-dire que la mort du petit a lieu autour de la
parturition).

Affections neurologiques

- Maladie d’Aujeszky chez le porcelet, les carnivores et les ruminants. Chez le porcelet on a
une encéphalomyélite et une paralysie ascendante avec une éventuelle hyperesthésie
(WIKI : exagération physiologique ou pathologique de l'acuité visuelle et de la sensibilité des divers sens ).
Chez les carnivores et les herbivores on observe un prurit démentiel (un chat peut se
gratter tellement fort qu’il s’arrache la carotide). Cette maladie est toujours mortelle.
Période d'incubation : 2-4 jours

Lésions dues à un prurit démentiel chez un bovin et un chien

- Virus de Marek chez les volailles en élevages traditionnels. Il


entraine une hypertrophie du nerf sciatique et donne des
paralysies flasques spastiques. C’est la « maladie du grand écart
», l’animal est couché par terre, jambes écartées La durée
d'incubation est fonction de la souche (2-3 mois) Il ne faut pas
confondre cette maladie avec la leucose aviaire causée par un
rétrovirus : un diagnostic différentiel est nécessaire.

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- L’Herpesvirose canine (maladie de Carmichael), les symptômes sont associés à des
lésions de la filière pelvienne.
- La Rhinopneumonie équine abortive est responsable de troubles paralytiques.

Affections pléiotropiques

Elles touchent plusieurs organes, et peuvent être généralisées. Un exemple de ce


genre d’affection est causé par la Peste du canard (qui touche aussi les oies et les cygnes).
Un grand nombre d’organes sont infectés avec des symptômes d’abord oculaires,
respiratoires puis digestifs. L’évolution de la maladie est rapide et se termine par la mort
(entre 3 et 8 jours d'incubation, mort 1 à 2 jours après le début des symptômes).

Atteintes tumorales : processus oncogènes

- Maladie de Marek chez les volailles ; elle se traduit par une métaplasie de plusieurs
organes (WIKI : transformation d'un tissu cellulaire différencié en un autre tissu cellulaire différencié)
- Tumeur de Lucké : adénocarcinome rénal de la grenouille de laboratoire.

b) Pathologie comparée chez l’homme

 Le VZV (Varicella Zona Virus) provoque surtout des atteintes cutanées et des muqueuses
orale et génitale : HSV1 est plutôt un virus à tropisme buccal, HSV2 est lui plutôt à tropisme
génital. Lors de sa réactivation, le VZV est responsable de symptômes cutanés
extrêmement douloureux (hyperesthésie).

 L’herpès B simien est responsable d’atteintes nerveuses, il provoque une encéphalite aiguë
mortelle chez l’homme.

 Le CMV (CytoMégaloVirus) affecte les tissus glandulaires, surtout le rein. Il faut donc
prendre ses précautions lors de transplantation de rein : on teste le donneur et le receveur
pour le CMV.

 L’EBV (Epstein Barr virus) : c’est le virus de la mononucléose infectieuse en Europe qui se
transmet par le baiser, il porte la signature de l’herpès par sa latence et sa récurrence. Il
s’agit d’une lymphocryptose (le virus reste caché dans les organes lymphoïdes,
gammaherpesvirinae). En Afrique, le même virus est responsable du lymphome de Burkitt,
c’est une tumeur de la mâchoire. Alors qu’en Asie, on trouve des patients avec des
carcinomes du nasopharynx.

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A BIEN RETENIR :
- Les Herpesvirus ont une spécificité zoologique sauf le virus d’Aujeszky et le virus B.
- La pathogénie des herpesvirus est caractérisée par une latence virale et des réactivations.
- Les herpesviroses cliniques sont dominées par des affections ectodermo-neurotropes.
- Certains de ces virus sont oncogènes.
- Dans leur structure ils possèdent des antigènes majeurs indispensables pour la mise en
place de l’immunité et des antigènes mineurs que l’on peut enlever pour faire des
marqueurs.
- Leur fréquence est particulièrement importante chez les jeunes.
- Ils sont enveloppés et nécessitent donc un contact étroit pour se transmettre.

D. Bilan des actions biologiques sur l’animal

α Herpesvirinae
Famille β Herpesvirinae γ Herpesvirinae
(simplex virus,
(exemple) (CMV) (Epstein Barr)
varicello virus)
Ils sont mono- Mono-spécificité
Spécificité d’hôte spécifiques sauf (Ex : le CMV humain
Mono-spécificité
naturelle Aujeszky et le Virus n’infecte que les
B cellules humaines)
TRES Etroite (LB et
Spécificité d’hôte LT)
Etendue Etroite (fibroblastes)
expérimentale Jusqu’à 1seule
catégorie cellulaire
Cycle réplicatif Court Long Variable
Long et progressif,
cellules géantes
Apparition rapide,
avec inclusion
ECP Destruction massive Variable
intranucléaire et
de cellules
parfois
cytoplasmiques
Surtout les glandes
Tissus lymphoïde
salivaires et les
Ganglions sensitifs (Lymphocryptovirus,
Siège de latence reins,
donc souvent
(Chez l’homme :
oncogènes)
CMV)

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IV. Applications

A. Epidémiologie des herpesviroses

Avant de prévoir une prophylaxie il faut savoir comment mettre en place une
stratégie. Pour cela il faut étudier l’épidémiologie de ces virus.

L’animal malade infecte l’animal sain : il est indispensable de l’éliminer ou de le


mettre en quarantaine. On se méfie moins du porteur asymptomatique qui sécrète de
façon intermittente le virus et que l'on ne devine pas. C’est lui qui représente pourtant le
plus grand risque et qui peut contaminer un grand nombre d’individus (dans les cheptels par
exemple), d’où les polices de prophylaxie.

PORTEURS
ASYMPTOMATIQUES
ANIMAL MALADE latents
= DANGER REEL

excrétions
intermittentes,
sécrétions (orales, génitales), avortons et enveloppes... imprévisibles
virus relativement résistants dans le milieu extérieur
vecteurs (oiseaux sauvages - Palmipèdes- >>> peste du canard)

ANIMAL SAIN

réceptif, jeune,
saison...

QUESTION : Expliquez pourquoi les animaux latents sont épidémiologiquement plus efficaces
dans la transmission des maladies.

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B. Diagnostic

Le diagnostic se fait selon deux approches : clinique et expérimentale.

1. Diagnostic clinique

Il est difficile car la maladie est protéiforme (=qui est susceptible de prendre des
formes différentes comme le dieu grec Protée) et les symptômes ne sont pas typiques : le
diagnostic n’est jamais certain ni pathognomonique. Par exemple, il faut penser à la rage lors
des formes nerveuses de la maladie d’Aujeszky, une toux chez un chien peut être due à une
herpèsvirose ou à Bordetella ...

Cette approche diagnostique n’est donc pas suffisante (par exemple, il n’est pas facile
de reconnaître un Herpes à partir de problèmes respiratoires), et on doit faire appel au
diagnostic expérimental.

2. Diagnostic expérimental
a) Direct

C'est le diagnostic à privilégier. Le prélèvement est généralement un écouvillon (à


partir de sécrétions nasales, oculaires, génitales, de vésicules, etc.). L’acheminement
jusqu’au laboratoire se fait sous couverture de froid. Plusieurs méthodes sont employées, ici
de la plus utilisée en routine à la moins utilisée :

1. Mise en évidence des Ag viraux : on réalise un frottis puis un test de sérologie par
immunofluorescence IF (un Ac couplé à une molécule fluorescente quand elle est excitée),
par test d'immunoperoxydase ou par test ELISA ; durée : 1h

2. Mise en évidence du génome viral par PCR. Cette méthode permet de détecter les animaux
latents, en silence immunologique (on s’affranchit des faux négatifs). On peut réaliser une
PCR en temps réel, mais on ne trouve pas toujours de trace de virus si on n’a pas prélevé
l’organe dans lequel il se trouve ; durée : 30min

3. Mise en culture des virus sur cellules ou œuf. On cherche à mettre en évidence l’ECP ce qui
permet de prévoir la virulence du virus. La neutralisation de l’ECP grâce à des Ac
neutralisants permet d’identifier l’espèce virale. durée : au moins 2 jours

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4. Histologie : on identifie le virus (mais pas l’espèce) grâce aux corps d’inclusions
intranucléaires éosinophiles observés et à la marginalisation de la chromatine. On observe
l’ECP mais on ne voit pas le virus en tant que tel. Il faut avoir un grand nombre de
prélèvements, car on n’est pas sûr d’avoir prélevé l’élément contenant le virus, ce qui ne
signifie pas que l’organisme n’est pas porteur.

b) Indirect

Cette fois, on cherche à mettre en évidence des Ac, témoins du passage du virus.
Cette recherche se fait après l’observation des manifestations cliniques. Dans ce cas, les
prélèvements sont du sang sur un tube sec pour faire une sérologie. La recherche des Ac se
fait par ELISA : c’est une méthode de dépistage de masse (screening de groupe). Les
individus qui seront trouvés positifs par cette méthode seront confirmés par
séroneutralisation.

C. Traitements

En médecine vétérinaire, on traite peu ce genre de maladie, compte-tenu du coût


(antiviraux et tests de recherche précise du virus impliqué). Les meilleurs exemples que nous
ayons viennent donc de la médecine humaine.

Rappel : Les antiviraux sont des molécules virostatiques (qui ne tuent pas le virus mais
bloquent leur activité). Les moyens d’action sont soit d’empêcher l’entrée ou la sortie du virus
de sa cellule-hôte, soit de bloquer la duplication du virus.

Les antiviraux anti-herpétiques sont souvent des nucléosides modifiés qui bloquent le
cycle de réplication du virus car l’ADNpol ne sait pas les utiliser. Pour être utilisables, ceux-ci
doivent être tri-phosphorylés par une kinase virale ou cellulaire.
Un nucléoside modifié quelconque a la même affinité pour les deux kinases et est
donc toxique pour la cellule car il pourra être utilisé aussi bien par l’ADNpol virale que
l’ADNpol cellulaire. Or le but n’est pas d’empêcher la réplication du génome cellulaire, ce qui
entrainerait la mort de la cellule.

La cycloguanosine a une affinité mille fois supérieure pour la thymidine kinase


virale. Elle arrête donc la réplication virale mais pas la réplication cellulaire : elle n’est pas
toxique pour la cellule.
On n’a donc pas tué le virus, on a simplement empêché sa duplication (effet
virostatique).

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D. Prophylaxie

L’objectif de la prophylaxie (médicale et sanitaire) est de rompre le cycle de


contamination par trois voies : protéger l’animal sain, prévenir les ré-excrétions virales et
circonscrire les infections éventuelles.

1. Circonscrire l’infection éventuelle (prophylaxie sanitaire)


Il existe un ensemble de textes réglementant la lutte contre ces maladies, c’est la
police sanitaire. L’objectif est d’éliminer tous les animaux infectés, donc soit on abat tous les
animaux, soit on les met en quarantaine, soit on les vaccine. La vaccination n’est pas utilisée
en priorité car elle n’élimine pas le virus de l’organisme.
La maladie d’Aujeszky est une Maladie de catégorie I, à Déclaration Obligatoire
(MDO) ou encore une Maladie Réputée Contagieuse (MRC). La lutte est gérée à l'échelle
nationale.
D’autres maladies, comme l’IBR, sont gérées de façon régionale (police
départementale de prophylaxie).
En élevage porcin, il y a une série d’actions sanitaires obligatoires mise en place par le
comité départemental.

QUESTION : Expliquez en quoi l'élimination de tous les animaux d'un élevage en cas d'IBR est la
procédure idéale.

2. Eviter les ré-excrétions virales (prophylaxie médicale et


sanitaire)

Il faut vérifier le statut sérologique de tout animal avant son introduction dans un
élevage (test ELISA). Les séropositifs sont éliminés. Le stress doit être réduit au maximum
afin d'éviter les phénomènes de réactivation et les mesures classiques d’hygiène doivent
être respectées. L'immunité des animaux peut également être renforcée grâce à la
vaccination, mais cela est peu efficace car le virus n’est pas éliminé.

3. Protéger l’animal sain (prophylaxie médicale)

Cette protection est réalisée grâce à la vaccination. Les vaccins eux sont réalisés
grâce à la connaissance de la structure des virus.
En effet, les virus possèdent plusieurs types de protéines :

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 La thymidine kinase, qui est un élément de virulence et augmente son pouvoir pathogène. Si
on délète le gène qui code pour la TK (thymidine kinase), on réduit énormément la virulence
(vitesse de réplication) du virus en question. On a alors fabriqué une souche atténuée de
virus à réplication lente qui va laisser le temps à l’organisme de fabriquer des Ac et des
interférons. Cela a permis de mettre au point des vaccins.

 Les protéines majeures de l’enveloppe qui permettent la formation d’Ac neutralisants. Ce


sont des glycoprotéines de surface à propriétés immunogènes.

 Les protéines mineures ou Ag non immunogènes des virus vont être enlevés pour créer un
vaccin. Cela va permettre de distinguer les animaux vaccinés qui n’ont pas d’Ac anti
protéines mineures, des animaux infectés qui possèdent ces anticorps. On peut effectuer
une distinction sérologique entre les individus vaccinés et infectés.

Ag immunogènes Ag non immunogènes


Propriétés pathogènes
Propriétés antigéniques (GP)
Action suppression maintient suppression
Objectif atténuation immunité marqueur
Différencier
sérologiquement les
Application Vaccin atténué vivant
vaccinés des autres
animaux

PEUT FAIRE L’OBJET D’UNE QUESTION DE PARTIEL :


Comment distinguer un animal vacciné d’un animal infecté par le virus sauvage ?
 Si on trouve chez l’animal des Ac dirigés contre les Ag mineurs : il a été infecté par le
virus sauvage.
 Si on ne trouve que des Ac dirigés contre les Ag majeurs alors l’animal a été vacciné.

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La connaissance de la structure et des propriétés virales a permis de mettre au point
trois sortes de vaccins :

 Vaccins inactivés (pas de réversion possible) : les souches virales sont détruites par
chauffage, rayonnement ionisant ou rayons UV. Le virus perd alors sa capacité à se
multiplier.
- Classiques : Pour la Rhinopneumonie équine et l’IBR.
- Délétés : Pour la maladie d’Aujeszky et l’IBR. On enlève les Ag mineurs et/ou
le gène de la TK.

 Vaccins vivants atténués (possible réversion de l’atténuation : à éviter si possible):


Ils contiennent des virus qui peuvent encore se multiplier mais de façon très lente.
- Classiques : Ce sont des souches que l’on a trouvé spontanément atténuées à
multiplication lente. C’est le cas pour Aujeszky, Marek, la rhinotrachéite
féline, et la Laryngotrachéite des oiseaux.
- Délétés : Dans ce cas là, la souche virale est virulente mais on manipule le
génome au laboratoire et on enlève les gènes pour les Ag mineurs et le gène
de la TK. C’est le cas pour Aujeszky.

 Vaccins sous-unité : on a juste les glycoprotéines de surface avec les antigènes


immunogènes qui sont adjuvées et utilisées pour la vaccination (Aujeszky et IBR).

A BIEN RETENIR :
- Les différentes protéines des virus : thymidine kinase, protéines majeures et
mineures.
- Les différents types de vaccins.
- Le diagnostic des herpesviroses s'effectue essentiellement par des méthodes
expérimentales (diagnostic clinique jamais certain) : sérologie où on met en évidence
l’Ag par immunofluorescence ; ou détection du génome viral.
- Le contrôle (prévention) des herpesviroses est difficile, néanmoins l'utilisation de
vaccins permet de protéger l’animal sain = base de la prophylaxie anti-herpesviroses
en médecine vétérinaire.

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


LES ADENOVIRIDAE
I- Présentation des Adénovirus
A) Généralités
B) Importance
C) Systématique

II- Etude des Adenoviridae


A) Morphologie générale
B) Action des agents physico-chimiques
C) La réplication du virus

III- Propriétés biologiques des virus


A) Pouvoir pathogène expérimental
B) Pouvoir pathogène naturel, in vivo
C) Physiopathologie
D) Le diagnostic
1) Clinique
2) Expérimental
E) Traitement et prévention

" Vous vous rendez compte du nombre d'études que j'ai fait ?
6 ans d'école + 1 an de master + 3 ans de doctorat + une habilitation à diriger des
recherches 3 ans
[...] c'est démoralisant [...] tout ça pour dire que quand on veut enseigner c'est qu'on aime
ça. "
Kodjo <3

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I- Présentation des Adénovirus
A) Généralités
Les Adénovirus constituent la troisième famille de virus d’importance vétérinaire. Ce
sont des virus cosmopolites qui infectent de nombreuses espèces de Mammifères et
d’Oiseaux.

"On les trouve partout partout partout [...]


Ils sont caractérisés par :
même en Islande il y a des Adénovirus"
- ADN double brin
- capside icosaédrique (= cubique)
- absence d’enveloppe, ce sont donc des virus nus.
- tropisme prononcé pour les tissus lymphoïdes et les glandes (principalement les
amygdales) ; cette affinité est à l'origine de leur nom (adénos = relatif à la glande en
grec). Ils ont également une bonne affinité pour les tissus pulmonaire et digestif.

Remarque : si une maladie virale est à l'origine de troubles digestifs, il y a de fortes chances qu'il
s'agisse d'un virus nu.

Les Adénovirus sont en général bénins, mais la gravité peut être variable. Ils
concernent de très nombreuses espèces de mammifères et d’oiseaux. Certains sérotypes
chez les rongeurs de laboratoire possèdent un pouvoir oncogène.
Certains virus possèdent un pouvoir transformant in vivo. On peut ainsi les utiliser
comme vecteurs dans le domaine du génie génétique.

B) Importance
Les Adénovirus sont d’abord importants par leur répartition géographique : ils sont
cosmopolites, on les retrouve partout.

Ils ont également une importance médicale :


- Ces virus permettent l'étude des mécanismes d'oncogénicité et de transformation :
ils sont capables de produire des protéines qui bloquent les protéines naturelles de
l'hôte empêchant la mise en place de cancer (inhibition de la mitose)
- L'un d'entre eux est responsable de l'hépatite de Rubarth, une maladie très
importante du chien, due à un désordre immunitaire entraîné par le passage du virus.
La formation d'immunocomplexes se traduit par des difficultés rénales associées à
une uvéite (les yeux du chien peuvent alors prendre une teinte bleue).
- Un autre est à l'origine de la maladie des «œufs mous» ou syndrome de chute de
ponte en élevage avicole. L'importance est à la fois économique et médicale : il s'agit

2/12
de virus nus extrêmement résistants, donc si l'on abat simplement toute la bande de
poule et que l'on change de bande, la maladie va se déclarer à nouveau...

C) Systématique

La famille des Adénovirus se divise en quatre genres :

Adénoviridae
(4 genres)

Mastadenovirus Aviadenovirus Atadenovirus Siadenovirus


masta : mamelles > avi : Oiseaux ata : forte teneur en A-T sia : affinité pour un
Mammifères > Maladie des œufs récepteur à l'acide
> Hépatite de Rubarth mous sialique
(CAV1 et CAV2)

II- Etude des Adenoviridae


A) Morphologie générale

Ce sont des virus nus, de petite taille (80-


110nm/120nm). Leur capside a une symétrie
icosaédrique, formée de sous unités appelées les
capsomères. Ces capsomères peuvent être des pentons
(aux pointes de la capside) ou des hexons (sur les
faces).

 Ag externes
Les pentons présentent en surface des fibres donc l’extrémité distale est une
protéine ronde hémagglutinante. Elles permettent au virus de se fixer aux érythrocytes et
d'entraîner ainsi une hémagglutination. Ces Ag ont un pouvoir immunogène fort et
protecteur : les Ac générés sont des Ac IHA neutralisants qui bloquent l'action
hémagglutinante du virus. Ces Ac neutralisants étaient utilisés pour soigner l'hépatite de
Rubarth lorsque la pression infectieuse était encore forte. Les pentons ont aussi une

3/12
fonction cytotoxique qui peut compliquer les analyses au laboratoire : ils entraînent la
destruction rapide du tapis cellulaire et la culture devient alors impossible.

Les fibres hémagglutinantes participent ainsi à la structure du virus, à la


reconnaissance, à l'hémagglutination. Ce sont des Ag externes qui définissent une spécificité
de type : il est par exemple possible de différencier CAV 1 et CAV 2.

 Ag internes

Les fibres sans hémagglutinines, sont spécifiques de l'espèce et constituent les Ag


internes. Leur spécificité est beaucoup moins fine que celle des Ag externes : ils ne
permettent pas de distingue par exemple CAV 1 de CAV 2. Ils sont également immunogènes,
mais ne conduisent pas aux même Ac neutralisants que les Ag externes. Les pentons ont
également un rôle antigénique.

 Protéines virales

L'ADN est double brin et linéaire.


La molécule d'ADN est composée à ses extrémités de séquences de nucléotides
inversés et répétés, les ITR (Inversed Terminal Repeat). Associées à la séquence TP (Protéine
de Transformation), ces séquences confèrent au génome viral la capacité de s’intégrer dans
le génome cellulaire et donc de générer une transformation cellulaire.
Les protéines ITR et TP interviennent ainsi dans la réplication du virus et dans les
réactions de transformation auxquels certains Adénovirus sont associés.

4/12
B) Action des agents physico-chimiques
Etant des virus nus, les Adénovirus ont une bonne stabilité dans le milieu extérieur,
ils peuvent y survivre plusieurs semaines à température ambiante.
 même si l’hépatite de Rubarth a disparu en France, la pression vaccinale est maintenue : un
chien peut très vite la ramener de l'étranger et en mettre partout !
 le virus de la maladie des œufs mous peut survivre plus de 6 mois dans le milieu extérieur. Si l'on
réalise un vide sanitaire sans décontamination adéquate, le virus restera dans l'environnement
et contaminera la bande suivante.

Ils présentent une bonne stabilité aux pH acides et peuvent donc être responsables
de troubles entéritiques. Ils sont peu sensibles aux détergents lipidiques (car absence
d’enveloppe constituée de lipides).

Leur inactivation peut se faire avec du formol, des hypochlorites (eau de javel), des
ammoniums quaternaires (Vircon, TH5), ou de la soude caustique à 0,8% (à pH > 9, utilisée
notamment pour décontaminer les roues de véhicules).

C) La réplication du virus

Cycle de réplication des Adénovirus

La réplication des Adénovirus est typique des virus à ADN.

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1. Le virus reconnait des récepteurs de type CMH1 (Complexe Majeur
d’Histocompatibilité) et pénètre dans la cellule par un mécanisme de pinocytose. Les fibres
portées par les pentons ayant une activité toxique, la cellule peut être détruite.
2. Décapsidation
3. Migration du génome dans le noyau où va se dérouler le cycle cellulaire. Au
laboratoire, il est donc possible de mettre en évidence les traces du passage du virus dans la
cellule (ECP) : on voit des cellules en « chou fleur », gonflées et réfringentes.
4. Synthèses précoce et tardive, réplication. Parmi les protéines virales produites se
trouvent E1A et E1B. Dans la cellule saine, les protéines P53 et P105-RB contrecarrent les
mitoses anarchiques de la cellule. E1A et E1B neutralisent ces protéines et lèvent le contrôle
de la mitose : ces virus peuvent ainsi aller vers un processus de transformation et être
responsables de processus oncogènes.
5. La sortie du virus se fait généralement par lyse cellulaire.

III- Propriétés biologiques des virus

A) Pouvoir pathogène expérimental


Les Adénovirus peuvent être cultivés au laboratoire sur un grand nombre de supports
: sur œufs embryonnés pour les virus canins, et sur plusieurs systèmes cellulaires pour les
cultures in vitro.
Le virus est responsable de corps d’inclusion nucléaires éosinophiles avec peu ou pas
de lyse cellulaire. La membrane nucléaire se boursoufle en forme de ballon ou de chou-fleur
(en microscopie optique) [ cf CM 5-6 S5 ]. Le noyau devient réfringent.
A partir de l'ECP on peut diagnostiquer un Adenovirus, mais on ne peut pas être plus
précis quant au genre impliqué.

6/12
B) Pouvoir pathogène naturel, in vivo
Aviadenovirus

1) Les Aviadenovirus

Ce sont des virus qui touchent les oiseaux et qui sont


Fowl adenovirus A
responsables d’une atrophie des ovaires ou de l’oviducte. Cela
Fowl adenovirus B  E
entraine une chute de la ponte et des œufs à coquilles molles,
Goose adenovirus
voire pas de coquille du tout. C’est la maladie des « œufs
mous » ou l’EDS (Eggs Drop Syndrome). Cette maladie est
Autres :
responsable de grandes pertes économiques pour l'élevage. Il
Duck adenovirus B
existe un vaccin.
Pigeon adenovirus
Turkey adenovirus

2) Les Mastadenovirus
Mastadenovirus

Les Mastadenovirus touchent les Mammifères, dont


l'Homme.
Habituellement, ils sont responsables de nombreux Adenovirus C humain = espèce
syndromes entériques et respiratoires spontanément type
résolutifs (on n’a même pas besoin d’antibiotiques de Adenovirus humain B-F
couverture). Ce sont donc des viroses bénignes, sauf en cas Adenovirus bovins A,B,C
d'immunodépression. Adenovirus canins (CAV1 et
CAV2)
Adenovirus équin
Il existe deux types de CAV, CAV 1 et CAV 2. CAV 1, très Adenovirus murinA
virulent, est responsable de l'hépatite infectieuse de Rubarth. Adenovirus ovin A-B
CAV 2, moins pathogène, est responsable de laryngotrachéite Adenovirus porcin A-B-C
infectieuse, impliquée dans la toux du chenil. Comme ces deux Adenovirus de musaraigne
formes ont une antigénicité croisée, on utilise le virus le moins
pathogène CAV 2 pour vacciner contre l'hépatite de Rubarth. Autres :
NB : L’hépatite de Rubarth existe aussi chez le Renard, chez qui Adenovirus simiens
elle cause des encéphalites. Adenovirus de chèvre
Adénovirus d'écureuil
Remarque : Ils ont un pouvoir oncogène qui n’a été montré que
de façon expérimentale (sur des hamsters nouveaux nés).

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3) Atadenovirus Siadenovirus Atadenovirus
On s'en fiche :)
Ils ont un AT% élevé.
Ovine adenovirus D
Frog adenovirus Duck adenovirus A
Turkey adenovirus A Bovine adenovirus D
Opossum adenovirus
4) Siadénovirus
On s'en fiche :)
Les Siadénovirus ayant une activité sialidase très importante. La
Autres :
sialidase permet de rompre la liaison entre la fibre Bearded dragon adenovirus
hémagglutinante de la particule virale et l’acide sialique de la Bovine adenovirus E-F
membrane cellulaire (lors de la libération des virus). Cervive adenovirus
Cameleon adenovirus
Gecko adenovirus
Snake adenovirus
C) Physiopathologie (exemple du CAV 1)
Le virus suit un cycle fécal-oral ou urinaire-oral. La contamination se fait par voie
oro-nasale. Le virus se multiplie dans les amygdales puis dans les plaques de Peyer et enfin
dans les nœuds lymphatiques. Le virus passe ensuite dans le torrent sanguin, c'est le stade
de virémie première associée à de la fièvre. Il se propage par cette voie dans différents
organes. Il y a alors 3 évolutions possibles :

1. la réponse immune est bonne : les Ac sont présents en quantité suffisante et ont une
fonction de séroneutralisation efficace. Le virus est éliminé, la guérison est spontanée
(dans le sens clinique du terme).
2. la réponse immune est faible (chez les individus âgés, très jeunes…) : le virus cause une
nécrose assez intense des parenchymes et des endothéliums. Les symptômes sont variés
(cf schéma) * pétéchies : taches de sang sur de nombreux organes
Il s’agit alors de l'hépatite infectieuse canine qui présente deux formes :
 Une forme suraigüe chez les jeunes de moins de 2 semaines. Les symptômes vont
durer 2 jours et la mortalité est de presque 100%, car les chiots n’ont pas encore
de défenses immunitaires suffisantes.
 Une forme aigüe classique chez les animaux de plus de 2 semaines. Les
symptômes durent 4 jours et la mortalité est de 20 à 30%.
3. la réponse immune est intermédiaire avec une durée d'évolution de 2 à 5 semaines : la
quantité d'Ac synthétisés n'est pas suffisante ; ces Ac vont former des complexes immuns
dans le rein et/ou l'œil. On peut observer deux types de réactions d’hypersensibilité:
 une hypersensibilité de type III à l’origine d’une d’un œdème cornéen très
caractéristique chez le chien (« chien à l’œil bleu ») et d’une
glomérulonéphrite dans le rein.
 une hypersensibilité de type IV à l’origine d’une néphrite interstitielle dans le
rein.

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plaques de
Peyer

Contamination
oronasale
par le CAV1

24 - 36h
nœuds
lymphatiques

virémie

Poumons Rate Foie Rein Cerveau

1 2 3
réponse immune forte réponse immune faible réponse immune intermédiaire

élimination du virus nécrose des parenchymes endothéliaux complexes immuns

guérison hépatite infectieuse canine

fièvre suraigüe fièvre aigüe œil (HS III) rein (HS IV)
2 jours 4 jours uvéite glomérulonéphrite
jeunes < 2 semaines > 2 semaines iridocyclite, œil
100% létalité 10/30% de létalité bleu

apathie ascite abdominale


polydipsie tissu conjonctif ictérique et œdémateux
douleurs abdominales foie brun-jaune à nécrose centrolobulaire
diarrhées œdème et épaississement de la paroi de la
vomissements vésicule biliaire
congestion des muqueuses congestions et hémorragies disséminées
muqueuses ictériques (rate, NL, pancréas, thymus, rein,
pétéchies intestins)...
troubles de la coagulation ...

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Les symptômes énumérés (sauf pétéchies et troubles de la coagulation) ne sont pas
pathognomoniques : ils peuvent aussi faire penser à la Parvovirose ou à la Leptospirose en
phase I. Le laboratoire devra venir étayer le diagnostic. L’hépatite de Rubarth va ainsi
toucher de multiples organes et pas que le foie, c’est une maladie protéiforme (qui a
plusieurs formes).

L’excrétion du virus s’observe en cas de réponse immune faible ou intermédiaire, sur


une période très longue (de 6 mois à 1 an) par les urines et ce même après la guérison
clinique. L’animal reste donc contagieux (même mort...). Il peut également être excrété dans
la salive et les fécès. Il est donc très important de vacciner les animaux.

D) Le diagnostic
Le diagnostic présente deux volets : un volet clinique et un volet expérimental.

1) Diagnostic clinique
L'hépatite de Rubarth est une maladie rare qu'on trouve principalement chez les
jeunes animaux (moins d'un an) non vaccinés dans certaines régions où circule le virus
(endémie). L'animal présente un état fébrile (à la différence de la leptospirose), une
congestion généralisée, un « œil bleu », une muqueuse œdémateuse et ictérique. C’est une
maladie septicémique.

2) Diagnostic expérimental
a) Diagnostic expérimental direct
C’est la technique que l’on va chercher à privilégier car il y a une forte excrétion du
virus.
1. La méthode de choix est la recherche sur culture cellulaire (à partir d'urine ou de
sang prélevé au bon moment, de jetages) de réaction de neutralisation des ECP par des Ac.
2. Il est également possible de détecter le virus par histologie lorsque l’animal est
mort : il s'agit de rechercher les corps d'inclusion en chou-fleur dans les organes (poumons,
reins). Cependant, cette méthode est très longue et cette observation ne permettra pas de
dire si l’Adénovirus est celui de l’Hépatite de Rubarth ou bien un autre Adénovirus.
3. La PCR est une méthode très sensible mais très couteuse. Elle permet de
différencier CAV 1 et CAV 2.

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b) Diagnostic expérimental indirect
Le diagnostic indirect n'a d'intérêt que chez l'animal non vacciné (quasiment tous
nos animaux le sont) qui n'a pas été exposé aux Ag du virus d'un vaccin : un animal vacciné
aura forcément un test positif.
Une autre méthode consiste à réaliser une étude cinétique : en cas de suspicion
d'une infection par un Adénovirus, on réalisera deux prises de sang à 10-15 jours d'intervalle
afin de rechercher les Ac dirigés contre le virus. Il faut que la différence en taux d’anticorps
entre le sérum précoce et le sérum tardif soit de 3 à 4, ce qui voudrait dire que le titre en Ac
aura été multiplié par 4. Si le titre en Ac est suffisant la guérison est possible.

E) Traitement et prévention
L'hépatite de Rubarth a maintenant disparu de France. Les laboratoires ne fabriquent
donc plus de sérums à activité neutralisante, faute de marché. Il n'existe donc plus que des
mesures de prévention pour lutter contre cette maladie. On continue tout de même de
vacciner, car c'est un virus cosmopolite : nous ne sommes pas à l’abri de voir un animal
ramener le virus depuis l'étranger.
Les méthodes de prévention sanitaire sont les règles habituelles d’hygiène et de
gestion dans les élevages. Il faut se souvenir que les Adénovirus sont des virus nus et par
conséquent résistants dans l'environnement. Il faut donc isoler les animaux malades, mettre
en quarantaine ceux qui étaient à leur contact, nettoyer les bâtiments puis les désinfecter.

La prévention médicale est possible, il existe des vaccins contre certains adénovirus :
 Le vaccin contre l'hépatite de Rubarth (due à CAV 1) est un vaccin atténué à base de CAV
2 (type moins pathogène mais générant une immunité croisée). Il est souvent associé à
d'autres valences vaccinales, c'est à dire que le CAV 2 est souvent administré en même
temps que d'autres virus dans une même préparation (vaccin CHPL : Maladie de Carré
(vivant) + Hépatite (vivant) + Parvovirose (vivant) + Leptospirose (inactivé) ou vaccin CHP).
Son efficacité est prouvée, néanmoins il peut y avoir une interférence chez le chiot avec
les anticorps maternels qui vont neutraliser le virus atténué avant que le système
immunitaire du chiot n'ait fabriqué ses propres anticorps. La primo-vaccination peut se
faire vers 12 semaines, lorsque le titre en Ac maternels a diminué, mais il faut quand
même faire un rappel 3 à 4 semaines plus tard.

 Il existe aussi un vaccin contre la maladie des œufs mous. C’est un vaccin inactivé très
efficace.

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


LES PARVOVIRIDAE

I. Présentation des Parvoviridae .......................................................................................... 2


A. Généralités ............................................................................................................................. 2
B. Importance............................................................................................................................. 2
C. Systématique ........................................................................................................................ 3
II. Etude des Parvovirus ............................................................................................................. 4
A. Morphologie générale ...................................................................................................... 4
B. Action des agents physiques et chimiques .............................................................. 5
C. Réplication du virus............................................................................................................ 5
III. Propriétés biologiques des virus .................................................................................. 7
A. Pouvoir pathogène naturel ............................................................................................ 7
B. Diagnostic............................................................................................................................. 10
C. Prévention ............................................................................................................................ 11

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I. Présentation des Parvoviridae

A. Généralités

Les Parvovirus constituent une famille de virus importante en médecine canine et


féline. Elle est constituée de virus très petits ( "parvus" signifie "petit" en latin), mesurant
entre 20 et 30 nm.

Caractéristiques principales :

 leur génome est constitué d'un ADN simple brin, ce qui est un caractère inédit dans
le monde du vivant.
Remarque : Cette particularité pose un problème au moment de l'encapsidation : des
brins d'ADN du mauvais sens sont encapsidés, donnant alors naissance à des
particules défectives, c'est à dire incapables de poursuivre leur cycle de réplication.
Pour le poursuivre, ils ont besoin d'un virus "helper", c'est pourquoi on les qualifie de
dependovirus.
 ce sont des virus nus
 leur capside est à symétrie icosaédrique
 ils ont une spécificité zoologique relativement étroite (exemple : un parvovirus
humain n'affectera que l'homme, et jamais les animaux)
 ils sont difficiles à cultiver in vitro sur des systèmes traditionnels. On ne peut pas
utiliser de lignées cellulaires, il faut obligatoirement utiliser des explants primaires de
l'espèce qu'ils infectent naturellement.
 l'excrétion est importante dans les fécès

B. Importance

Chez l'Homme, les Parvovirus sont responsables d'infections bénignes, en général de


gastro-entérites passagères, souvent provoquées par le virus B19. Mais il y existe également
des maladies éruptives : l'Erythrovirus est responsable de la cinquième maladie éruptive de
l'enfant. Ces deux maladies sont très répandues mais spontanément résolutives.

En médecine vétérinaire, ces virus sont responsables de maladies leucopéniantes (=


affinité pour les cellules de la lignée blanche, entraînant une immunodépression profonde,
ce qui favorise l'apparition de surinfections), mais aussi de maladies digestives chez les
carnivores nouveau-nés. Par exemple, la gastro-entérite hémorragique du chiot, qui
provoque vomissements et diarrhée profuse, ou la panleucopénie féline (=typhus) laissant le
chat complètement immunodéprimé, septicémique, prostré .... = "chat pourrissant". Dans
les deux exemples la mortalité est importante, en particulier chez les sujets jeunes.

2/14
Chez les oiseaux, les Parvovirus sont responsables de la maladie de Derszy, aussi
appelée Hépatonéphrite Ascite de l'Oison (jeune oie). La cavité abdominale est
abondamment remplie de liquide.

Enfin, ces virus sont associés à une maladie à évolution lente, conséquence d'un
désordre immunologique, avec par exemple la maladie aléoutienne du vison.

C. Systématique

La famille des Parvoviridae se divise en deux sous-familles : les Parvovirinae et les


Densovirinae, qui regroupent des Parvovirus un peu plus gros, autour de 30 nm, qui sont des
virus d'Invertébrés.

sF. Parvovirinae

ADMV like BPV like


Parvovirus Erythrovirus Dependovirus viruses viruses
(Aleutian Mink
Disease Virus)

Canine minute virus = CPV1


Adeno-­­associated virus 2
Feline panleukopenia virus (AAV-­­2)
(FPLV)
Adeno-­­associated virus1a6
Canine parvovirus = CPV2
B19 virus (B19V) (AAV-­­1 AAV-­­6)
Chicken parvovirus (ChPV)
Pig-­­tailed macaque Avian adeno-­­associated
Mink enteritis virus (MEV ) virus (AAAV)
parvovirus (PtPV)
Racoon parvovirus (RPV) Bovine adeno-­­associated
Rhesus macaque parvovirus
Feline parvovirus (FPV) (RhPV) virus (BAAV)
HB virus (HBPV) Simian parvovirus Canine adeno-­­associated
(cynomolgus) (SPV) virus (CAAV)
H-­­1 virus (H-­­1PV)
SIS (position incertaine) Equine adeno-­­associated
Kilham rat virus (KRV) (= Rat virus (EAAV)
virus) Chipmunk parvovirus (ChPV)
Ovine adeno-­­associated
Lapine parvovirus (LPV) Bovine parvovirus type 3 virus (OAAV)
LUIII virus (LUIIIV) Goose parvovirus (GPV)
Minute virus of mice (MVM Muscovy duck parvovirus
=Mice minute virus = MMV) (MDPV)
Mouse parvovirus 1 (MPV)
Porcine parvovirus (PPV)
RT parvovirus (RTPV)
Tumor virus X

3/14
II. Etude des Parvovirus

A. Morphologie générale

Ce sont de très petits virus, mesurant entre


20 et 25 nm. Dans une même population de
Parvovirus issus de culture en laboratoire,
certains peuvent avoir un corps creux (virus
défectifs avec un mauvais empaquetage), et
d'autres un corps plein (virus infectieux).

Dans les prélèvements cellulaires, ils ont


toujours une forme circulaire.

Ce sont des virus nus, extrêmement secs,


donc extrêmement résistants dans le milieu
extérieur.
Particules virales infectieuses (pleines) et défectives
(creuses) de Parvoviridae

Schéma et modélisation d'un


Parvovirus (« virus sec »)

A l'intérieur de la capside, le génome d'ADN simple brin code à la fois pour des
protéines non structurales NS1 et NS2 (= polymérases virales), et pour des protéines de
structure VP1 et VP2 qui s'assemblent pour former la capside :

 VP1 est un antigène interne, spécifique du groupe. Tous les Parvovirus du même
genre présentent le même VP1 ; c'est lui qui permet de déterminer s'il s'agit d'un
Parvovirus canin, félin, humain ... VP1 est une protéine de charpente, à fonction
matricielle (ancrage du génome) et structurale (structure rigide et ronde du virus).

4/14
 VP2 est un antigène de surface, spécifique du type : dans le cas de la parvovirose du
chien, VP2 permet de dire s'il s'agit du type 2a ou du type 2b. Cet antigène assure
une fonction matricielle et hémagglutinante. VP2 constitue un récepteur pour les
hématies, ce qui est à l'origine des maladies éruptives chez l'Homme. Dans le gène de
la VP2, seuls trois nucléotides permettent de différencier le Parvovirus du chien (CPV
: Canine Parvovirus) de celui du chat (FPV) ou du vison (MPV). Tous ces virus ont un
ancêtre commun ; l'électivité zoologique de ces virus est mal comprise.

B. Action des agents physiques et chimiques


Ce sont des virus nus, qui possèdent donc une excellente stabilité dans le milieu
extérieur. Ils sont thermostables (30 min à 60°C ne sont pas efficaces). La pasteurisation est
inefficace !

Ils sont également stables aux pH acides et sont par conséquent responsables de
troubles entériques. N'ayant pas d'enveloppe, ils résistent également aux détergents des
lipides. Ils ont par conséquent un cycle oral-fécal, ont une très grande contagiosité et sont
difficiles à inactiver.

Leur inactivation est cependant possible avec du formol à 0,2%, de l'hypochlorite à


1% ou de la soude caustique à 0,8% (pédiluves et rotoluves). Il est important d'éliminer la
matière organique entourant les virus avant d'utiliser ces substances. Les ammoniums
quaternaires ne sont pas toujours efficaces notamment à cause de l’empaquetage dans la
matière organique.

C. Réplication du virus
Au laboratoire, la culture des Parvovirus est une opération difficile : les seuls
systèmes permissifs utilisables sont les explants primaires de l'espèce naturellement
réceptive. Après reconnaissance de la cellule hôte, les étapes s'enchaînent :

1. Adhésion
2. Pénétration dans la cellule
3. Translocation nucléaire
4. Synthèse des protéines de réplication NS1 et NS2, réplication du génome viral
5. Synthèse tardive des protéines de structure VP1 et VP2, assemblage des
différents éléments
6. Accumulation des particules virales et sortie de la cellule par lyse cellulaire.
Ce mécanisme de lyse s'observe également in vivo dans les cellules entériques
; ces virus sont donc associés à des troubles dysentériques (destruction des
cellules et hémorragies associées aux diarrhées).

5/14
Il existe des particules dont le génome est empaqueté dans le mauvais sens (brin - au
lieu d'un brin +) : ce sont les particules défectives. Les Parvovirus ont un taux de réplication
extrêmement élevé, ce qui permet de compenser ces pertes : il peut y avoir jusqu'à 10 000
copies du virus par cellule !). La réplication est fulgurante, aussi la détection du virus par PCR
est très facile.

Certains d'entre eux vont dépendre d'un autre virus pour assurer la réplication,
souvent d'un adénovirus. Ces Parvovirus en quelque sorte parasites portent le nom de
dependovirus.

6/14
III. Propriétés biologiques des virus

A. Pouvoir pathogène naturel

Voici le spectre des espèces affectées (en rouge et souligné les plus graves, en vert
les plus fréquentes et les plus bénignes).

 Parvovirose des rongeurs de laboratoire : les symptômes sont relativement peu


graves (petites diarrhées passagères), mais les animaux de laboratoires doivent être
vendus EOPS (Exempts d'Organismes Pathogènes Spécifiés) aux chercheurs afin de ne
pas interférer avec les résultats des expériences, sinon il est impossible de les
vendre. Au vu sa résistance, on a beaucoup de mal à s'en défaire une fois le virus
présent !

 Parvovirose humaine : entérites spontanément résolutives et maladie éruptive de


l'enfant (virus B19), très fréquente

 Parvovirose bovine et parvovirose porcine : elles provoquent des troubles de la


reproduction (retour en chaleur retardé), des avortements (traversée de la barrière
placentaire et déformation du foetus), une mortinatalité et des momifications
foetales. Il est nécessaire d'établir un diagnostic différentiel : comment faire la
disjonction entre un avortement due à un Pestivirus (Flaviviridés à ARN) ou un
syndrome malformatif d'une parvovirose porcine ?

 Maladie de Derszy = Peste de l'oie=Influenza de l'oie=Hépatite de l'oie. Elle est


responsable de néphrite, d'hépatite ou d'ascite à l'origine de lésions hépatorénales et
cardiaque. En dehors d'une baisse de production (les oies ne grossissent pas), il est
difficile de se débarrasser du virus. Il existe aujourd'hui un vaccin.

 Parvoviroses des carnivores :


­ canine (gastro-entérite hémorragique du chiot)
­ féline = typhus du chat = panleucopénie féline
­ du vison = entérite du vison = maladie aléoutienne du vison

LA PARVOVIROSE CANINE :
Les chiots sont atteints par le CPV2a en majorité, ou par le CPV2b ; ces deux types de
virus peuvent induire le même type de lésions. Le virus suit un cycle oral-fécal. La période
d'incubation est courte (ne dépasse pas une semaine, 3-5jours).

7/14
Le virus franchit les ganglions entériques, puis migre dans les entérocytes où il
provoque la fusion puis la nécrose des villosités. Cette nécrose intestinale est à l'origine de
vomissements, de diarrhées profuses et hémorragiques. On constate également une
profonde atteinte de la lignée blanche (lymphopénie) ; l'animal ne sait pas se défendre
contre les infections secondaires. L'animal est dans une sorte de torpeur, se déplace
difficilement et a tendance à rester immobile. Il n'existe pour le moment pas de traitement
efficace : le traitement est symptomatique avec une réhydratation importante. Lors de
l'infection par le parvovirus canin chez un chiot non vacciné on observe 80 à 90% de
mortalité.

Du fait de la réplication, il existe un grand nombre de particules virales dans les


fécès. Il est possible de faire directement un test Elisa sur les matières fécales (avec une
goutte de fécès mis en suspension dans un test rapide de migration). On peut également
réaliser un test d'hémagglutination puisque certains Parvovirus possèdent des récepteurs
pour les érythrocytes.

Comme il y a une énorme quantité de virus dans les fécès (109 particules virales par
mg de matière fécale), c'est là qu'il faut intervenir en termes de prophylaxie sanitaire ! Il faut
évacuer les animaux malades (mise en quarantaine, mais ils vont toujours continuer à
excréter le virus...) et identifier tous les endroits où peut avoir été le virus. Un bon vide
sanitaire et une vaccination (même chez les adultes) sont essentiels pour rompre le cycle du
virus.

PARVOVIROSE gastroentérique
CANINE hémorragique
affecte principalement les chiots

contamination orale CPV2a ou CPV2b

ganglions

Entérocytes, Organes lymphoïdes incubation 3-5 j


109/mg de fécès
 fusion et nécrose des villosités intestinales,
lymphopénie

fièvre, vomissements, diarrhées profuses 3-4 j


et hémorragiques = lymphopénie

TRAITEMENT
SYMPTOMATIQUE
PREVENTION

Guérison Mort ELISA sur fécès


+ immunité isolement du virus
hémagglutination

8/14
LA PARVOVIROSE FELINE :
On retrouve environ le même schéma chez le chat, avec quelques particularités. Un
passage transplacentaire est possible, entraînant l'atteinte des cellules de Purkinje, de la
rétine, du cervelet : les chatons peuvent naître aveugles ou ataxiques (s'ils ne sont pas tous
morts...).

"Parfois c'est drôle, enfin c'est touchant, vous savez c'est comme s'il avait bu"

La lymphopénie consécutive à l'infection est très prononcée : même s'il peut


récupérer de sa diarrhée, le chat infecté rentre dans un état de dépression profonde et est
extrêmement sensible aux surinfections etc. Il est prostré, immobile : même si le chat est
déshydraté et qu'on lui apporte de l'eau il est incapable de sortir sa langue pour laper l'eau...
La durée d'incubation et le traitement sont identiques. La mortalité est très élevée (80% des
chatons non vaccinés).

Il est possible d'utiliser des antiviraux extrêmement rapides pour tenter d'éviter la
mort : les interférons oméga.

Entérite infectieuse
PANLEUCO- Affecte principalement les jeunes
-PENIE FELINE félidés (chatons) <6mois
=TYPHUS (populations errantes)

contamination orale (fœtale)

ganglions cellule de Purkinje, rétine, nerf


optique, ataxie cérébelleuse

incubation 2-10 j
109/mg de fécès
Organes lymphoïdes, Epithélium des cryptes de Lieberkühn
 fusion et nécrose des villosités intestinales, lymphopénie

fièvre, très forte prostration, 3-4 j


vomissements, diarrhées (parfois
hémorragiques) + forte lymphopénie
TRAITEMENT
SYMPTOMATIQUE
PREVENTION

Guérison Mort ELISA sur fécès


+ immunité isolement du virus
hémagglutination
ME

9/14
LA MALADIE ALEOUTIENNE DU VISON :

C'est une maladie à évolution lente due à un terrain génétique favorable (les furets
peuvent également contracter la maladie), conduisant à des troubles immuno-
pathologiques du fait de la persistance virale.

Le déficit de l'immunité cellulaire est associé à une plasmocytose (augmentation


pathologique du nombre de plasmocytes, identifiable par numération formule). On observe
également une hypergammaglobulinémie et une anémie. Plusieurs éléments participent à la
virulence :

­ la production d'anticorps anti-globules rouges qui conduit à une anémie non


régénérative
­ la production d'anticorps anti-nucléaire (dirigés contre les constituants nucléaires),
qui conduit à des périarthrites
­ la formation de complexes immuns, qui conduit à une glomérulonéphrite entraînant
l'insuffisance rénale à l'origine de la mort de l'animal.

Les visons ne sont pas vaccinés donc on peut identifier par test indirect la maladie (si
le titre en anticorps est élevé).

La maladie touche les individus de moins de 6 mois. La mortalité est très élevée, à
type gastro-entérique. La contagiosité est traçante. Là encore le traitement est
symptomatique (réhydratation parentérale).

Remarque : Cette maladie n'est pas si rare : on en trouve encore en France, mais les cas
sont tout de même peu nombreux, surtout depuis l'interdiction de l'utilisation des visons pour les
manteaux de fourrure.

B. Diagnostic

1. Diagnostic clinique

Les parvoviroses sont des maladies affectant le jeune de moins de 6 mois; les
animaux plus âgés sont en général protégés. Les symptômes sont de type gastroentérite
(diarrhée profuse et vomissements). La contagiosité est traçante : elle peut se propager au
sein d'une portée du jour au lendemain. Les parvoviroses ont un taux de mortalité élevé. Il
est possible de faire un diagnostic par l'odeur ("chat pourrissant"...). Normalement le
diagnostic clinique suffit, mais on peut avoir besoin de faire confirmer par le laboratoire
(pour un animal mal vacciné ou si la contamination est abondante ...).

10/14
2. Diagnostic expérimental
 le diagnostic direct est réalisé sur les fécès : on réalise un test ELISA (10 min) ou une
PCR (permet de connaitre le type), hémaglutination et inhibition de
l'hémagglutination IHA

 le diagnostic indirect est de peu d'intérêt sauf éventuellement chez le vison qui n'est
pas vacciné, ou pour déterminer le statut immunitaire de l’animal.

Remarque : chez les chiens âgés (2 ans) on pense plus à un problème digestif, l'abdomen
étant anormal à la palpation et la diarrhée étant moins significative (on a plutôt des
vomissements).

L'ANECDOTE DE KODJO
" [...] Jeune véto, je travaillais en clinique et j'avais mon propre chien, un chiot que j'avais
sauvé parce qu'on me l'avait déposé devant ma maison. Il était moche comme tout, je l'ai
appelé "Grenouille". Mais j'aimais beaucoup ma grenouille. Il avait plein de larves de
mouches, je l'ai bien soigné contre cette maladie et vacciné convenablement contre la
parvovirose.
Puis un jour j'ai reçu au cabinet des chiens qui avaient la parvovirose (sont morts).
Chaque fois que je rentrais chez moi je me décontaminais soigneusement. Trois semaines
après, voilà mon Frog qui se met à vomir. Mais il était vacciné. J'ai opéré ce chien qui
semblait avoir une occlusion intestinale (ventre douloureux à la palpation). Je vous raconte
cette histoire là non pas pour que vous vous attachiez à Frog, que j'ai moi même tué, mais
pour vous parler de l'extrême résistance du virus... Il léchait les roues de ma voiture, et je
pense que c'est là qu'il a attrapé le virus, même vacciné."

C. Prévention

1. Mesures sanitaires

Les Parvovirus étant des virus nus, ils sont très résistants dans le milieu extérieur. La
meilleure façon de les détruire est d'utiliser de l'eau de Javel après avoir tout nettoyé avec
un détergent, afin de libérer les particules virales.

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2. Mesures médicales

Il existe des vaccins inactivés ou atténués très efficaces pour le chien, le chat et la
maladie de Derszy. Il existe un vaccin inactivé contre la Parvovirose du porc.

Actuellement, 90% des chiens et des chats sont vaccinés. Les mères possèdent donc
des anticorps qu'elles transmettent par le colostrum à leurs petits. Cette protection n'est
cependant efficace que pendant 8 semaines : passé ce délai, les anticorps maternels ne
protègent plus le petit mais peuvent encore neutraliser les vaccins ! Ce phénomène
d'interférence immunitaire est à bien prendre en compte, dans le cas du chiot :

- Si la vaccination a lieu avant 8 semaines, le vaccin est inefficace car assurément


complexé, ce qui provoque en parallèle une baisse de l'immunité générale par
"gaspillage" des anticorps maternels
- Si la vaccination a lieu entre 8 et 12 semaines, on est en plein "trou immunitaire" :
cette période de la vie correspond à un moment où il n'y a pas assez d'anticorps
pour protéger le jeune mais assez pour interférer avec le vaccin. Si l'on veut quand
même vacciner, on utilise un vaccin surdosé avec un rappel obligatoire à 12
semaines.
- Au delà de 12 semaines, il n'y a plus d'Ac maternels, on peut donc vacciner. Avant,
le titre est suffisamment élevé pour neutraliser les effets du vaccin !

 Le graphique suivant est très important, il faut "se le mettre en tête, et de façon solide, et
de façon définitive, et de façon répétée, car c'est ce qui vous sauvera de la parvovirose !" :

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Dans les zones à risque (chenils de revente, concours, rassemblements divers...) ou
dans les zones d'endémie, on préconise une vaccination répétée à forte dose des chiots et
chatons tous les 7-10 jours jusqu'à l'âge de 12 semaines, sans oublier de vacciner les adultes
qui peuvent excréter le virus.

Il faut donc à l'apparition de cas revacciner TOUT LE MONDE, même les vieux chiens, afin de
réduire le taux d'excrétion dans le milieu extérieur et donc de moins exposer les chiots.

Remarque : Pour les chiots de mère non vaccinée, on conseille parfois deux injections avant
3 mois.

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


:

LES ORTHOMYXOVIRIDAE

I- Présentation des Orthomyxovirus ......................................................................... 2


A) Généralités ............................................................................................................................. 2
B) Historique (culture générale) ........................................................................................ 3
C) Taxonomie.............................................................................................................................. 3
D) Importance............................................................................................................................. 4
II- Étude des Orthomyxoviridae..................................................................................... 6
A) Morphologie générale ...................................................................................................... 6
B) Composition chimique ...................................................................................................... 7
C) Structure finale .................................................................................................................. 10
D) Action des agents physico-chimiques ...................................................................... 11
III- Propriétés biologiques des virus ....................................................................... 12
A) Fonction des différentes protéines virales............................................................. 12
B) Variabilité des Influenzas .............................................................................................. 12
C) Culture du virus au laboratoire................................................................................... 16
D) Le cycle de réplication ..................................................................................................... 16
E) Physiopathogénie ............................................................................................................. 18
F) Réponse de l’hôte à l’infection ................................................................................... 21
IV- Conséquences et applications ............................................................................ 22
A) Conséquences systématiques ...................................................................................... 22
B) La nomenclature................................................................................................................ 23
C) Épidémiologie ..................................................................................................................... 24
D) Le diagnostic ....................................................................................................................... 28
E) Traitement ........................................................................................................................... 30
F) Prophylaxie .......................................................................................................................... 30

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I- Présentation des Orthomyxovirus
Les Orthomyxovirus font partie des virus les mieux connus à l'heure actuelle.

A) Généralités

Côté éthymologie :
‐ Orthos = droit, correct : ce sont les premiers virus avec cette caractéristique
identifiés, ce sont donc les "vrais" virus des grippes, par opposition aux
Paramyxovirus.
‐ Myxa = mucus : ces virus ont une affinité pour les mucoprotéines.
‐ On les qualifie aussi d’Influenza virus car les anciens pensaient que les épidémies
étaient sous influence astrale. En réalité les épidémies sont saisonnières.

Ce sont des virus ayant comme caractéristiques :


 Un ARN simple brin (ARN -), fragmenté en 7 ou 8 morceaux.
 La capside a une symétrie hélicoïdale. Elle apparait enroulée un peu comme une bobine
autour du génome.
 Le virus est enveloppé et hérissé de spicules en surface, ce sont des glycoprotéines : on
parle de virus spiculé.
 Certaines glycoprotéines ont une affinité particulière pour les mucoprotéines (présentes
dans le mucus) via les acides sialiques qui les composent. Les Orthomyxovirus sont ainsi des
virus de l'arbre respiratoire. Ils sont responsables chez l’homme et chez certains animaux, en
particulier les porcs, les chevaux et les oiseaux, d’affections graves, inoculables et très
contagieuses désignées sous le terme générique de grippes, affections localisées au niveau
de l'arbre respiratoire. Les chiens et chats n’ont jamais de grippe.

Attention ! Dans le cas des Oiseaux, l'infection est généralisée car les récepteurs à acide sialique
sont présents partout ! La maladie et septicémique : tous les organes sont atteints (infection
pantrope). On parle ainsi de Peste aviaire ou d'Influenza aviaire.

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B) Historique (culture générale)

‐ En 412 avant J-C, Hippocrate est le premier à mentionner des cas de grippes, dans son VIème
livre des épidémies.

‐ En 1852, Thomson écrit un recueil sur les épidémies anglaises s’étant produites entre 1510 et
1839. Celle de 1743 voit apparaitre le terme influenza.

‐ En 1918, la grippe espagnole est responsable de plus de 20 millions de morts.

‐ Koen s’intéresse aux grippes animales : il réalise les premières observations documentées des
grippes animales, notamment sur la Hog flu, une influenza à type cholérique que l'on trouve
chez le porc.

‐ En 1930, Shope isole le premier Orthomyxovirus de type A chez le porc, appelé virus de Shope
(type A : parce que c'est le premier identifié... originalité : 0)

‐ En 1933, Smith découvre et isole le 1er Orthomyxovirus humain, après l’avoir étudié sur le
furet. L’amplification permet d’étudier la physiopathogénie de ce virus. Le type A correspond
également au premier décrit.

‐ Entre 1940 et 1949, c'est la grande ruée vers la connaissance en épidémiologie. Francis et
Magill ont découvert des virus un peu comme celui de Shope, regroupés en un type B; Taylor
est quant à lui à l'origine du type C.

C) Taxonomie

Orthomyxoviridae
(5 genres)

Influenzavirus A Influenzavirus B Influenzavirus C Thogotovirus Isavirus


(ex type A) (ex type B) (ex type C) tiques et quelques poissons
Homme et animal vertébrés téléostéens
Homme Homme
(anémie infectieuse
principalement principalement
des Salmonidés)

Remarques NOQ: Les 2 derniers genres ne nous intéressent pas. On trouve quelques types
B et C chez les bovins et rarement chez les chiens.

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Reste de remarque : Autrefois, on pensait que les Orthomyxovirus de type B et C ne touchaient que
l'Homme. On en découvre de plus en plus chez certains animaux. Ainsi le chien pourrait servir de réservoir pour
le type C de l’Homme. Cela dit pas de panique : le type C est une forme mineure spontanément résolutive.

D) Importance
1. Importance médicale

Les Orthomyxovirus de type A ont représenté un péril majeur en santé humaine,


responsables de nombreuses pandémies :
‐ 1918-1919 : grippe espagnole
‐ 1927 / 1929 / 1931
‐ 1946-1947 : grippe "italienne" (a pris naissance en Italie puis extension mondiale)
‐ 1956-1957 : grippe "asiatique" (a pris naissance en Asie, puis extension mondiale)
‐ 1968-1969 : grippe "de Hong Kong" (... puis extension mondiale)
‐ 1976-1977

Depuis les années 70 on observe comme une espèce de silence. De façon


approximative, les pandémies de grippe se suivent de 10 ans. On a attendu
une épidémie pour 1986, mais rien n'est venu ; le monde est en alerte de la
prochaine pandémie...

épidémie : infection qui se propage chez l’Homme sur un continent au plus.


pandémie : épidémie qui se propage sur plusieurs continents.
épizootie : équivalent d’une épidémie, mais pour les animaux.
panzootie : équivalent d’une pandémie, mais pour les animaux.

 Chez les animaux, on connait deux panzooties équines :


- en 1956 de Prague jusqu’aux Etats- Unis
- en 1963 de Miami /à la Kodjo : Mayamay ♫/ jusqu’en Chine en passant par l’Europe
(extension mondiale).

 Les pestes aviaires peuvent aussi prendre la forme d’épizooties et représentent un péril
économique majeur pour l’élevage avicole (grosses pertes voire éradication complète).
Quand un influenza A infecte un poulailler, en 2-3h on n’entend plus de bruit dans le
poulailler, et en 2-3jours, tous les animaux sont morts...

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 L'espèce porcine a également été concernée avec la grippe mexicaine. La pandémie de
grippe porcine a été renommée grippe mexicaine car les gens ne voulaient plus manger de
porc, puis de nouveau elle a été renommée pour devenir la grippe H1N1 car les gens ne
voulaient plus aller à Mexico.

2. Importance économique

En élevage, ces virus peuvent entrainer de lourdes pertes. En élevages porcin et de


volailles, les animaux morts des suites de la maladie ne peuvent pas être vendus, et les
animaux malades doivent être abattus et le travail des éleveurs est perdu.

Pendant les panzooties équines, il n’y avait plus de chevaux qui participaient aux
courses (chez le cheval, la grippe se traduit par une broncho pneumopathie souvent
cardiaque et donc potentiellement mortelle) ; les paris étaient donc suspendus, générant
de très lourdes pertes économiques.
"paraît qu'il y a des gens qui peuvent gagner 8 millions d'euros au PMU ... le prix de ... comment ça
s'appelle, le Prix de Vincennes, ce truc là, c'est fou"

En humaine, ces maladies entrainent de nombreux soins et frais médicaux. Et quand


une pandémie a lieu, les gens ne veulent plus sortir de chez eux pour aller au travail, les
structures de production sont désorganisées (absences), les bus ne circulent plus, on ne
fabrique plus de vaccins, les élèves ne viennent plus en amphi par peur d'être contaminés
pour peu qu'ils ne le soient pas eux même...

3. Importance en santé publique

Aujourd'hui on sait que la plupart des pandémies humaines ont eu pour origine des
souches animales. On redoute ainsi les zooanthroponoses (= maladie ou infection qui se
transmet naturellement de l'homme aux animaux vertébrés). Les Orthomyxovirus causent
également des anthropozoonoses (= maladie ou infection qui se transmet naturellement des
animaux vertébrés a l'homme).

5/32
4. Importance pour la virologie fondamentale

La connaissance du virus permet d'adapter son traitement ou les éléments de


prévention.
Ces virus sont associés à des variations antigéniques et génétiques perpétuelles. De
plus, ils ont un intérêt dans l’étude de la synergie bactéries-virus car ces synergies peuvent
engendrer des infections secondaires (Ce sont ces infections secondaires qui ont fait le plus
de dégâts lors le la grippe espagnole).
Mais alors, pourquoi la grippe espagnole a fait tant de morts ?
Le monde venait de sortir de la guerre, les antibiotiques n'existaient pas encore, la
nourriture n'était pas géniale... Associé à des surinfections bactériennes et à une population
immunodéprimée le virus a été dévastateur.

II- Étude des Orthomyxoviridae


A) Morphologie générale

Ces virus sont de petite taille : entre 80 et 120 nm de diamètre. Ce sont des
particules sphériques en culture. Dans un prélèvement biologique où le virus essaye
d'échapper à la réponse immunitaire de l’hôte, on peut observer des formes longues
filamenteuses, de l’ordre du μm (à différencier des Filoviridae).

Forme longue

Forme sphérique

Morphologie du virion (particules virales sphériques – forme longue)

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B) Composition chimique

Lipides 18 - 27% Enveloppe virale = virus fragile


Carbohydrates (Glucides) 5-7% Associés aux protéines de surface
associées au complexe de l’ARNpol PB1,
PB2, PA, NP
Protéines 70% matricielles M1 et M2
non structurales NS1, NS2
de surface HA, NA
Acides nucléiques <1% ARN - monobrin en 7 ou 8 segments

 18 a 27 % de lipides : ce sont les constituants majeurs de l’enveloppe virale. L'enveloppe est


d'origine cellulaire. Celle-ci est acquise par bourgeonnement de la membrane cytoplasmique
de la cellule qui a donné naissance au virus. Ces virus sont donc fragiles (que l’on peut
inactiver avec du savon), et le virus possède certains Ag de la cellule, et ce faisant peut
échapper à la RI.

 <1 % d’acide nucléique : le génome est constitué de 7 ou 8 segments d’ARN monobrin


linéaire négatif. Les Orthomyxovirus de type A et B possèdent 8 segments d’ARN linéaire de
900 à 2350 nucléotides, alors que le type C possède 7 segments. Le génome code pour une
transcriptase qui permet la conversion en ARN+ de l'ARN-.
- Les trois plus gros segments codent les complexes d'ARNPol ; trois protéines sont
synthétisées : PB1, PB2, PBA).
- Les trois segments intermédiaires codent pour la synthèse des glycoprotéines de surface
(hémagglutinines HA, neuraminidases NA) et des nucléoprotéines (NP associées au
génome).
- Le ou les deux derniers fragments, les plus petits, codent pour les protéines matricielles ;
il en existe deux types : M1 et M2. Le type C n'en possède qu'une seule ("probablement
M1").

L’ARN linéaire des Orthomyxovirus est négatif mais la durée du cycle de réplication
assez courte. Il est donc très contagieux !

 5 a 7 % de glucides (carbohydrates) : ils sont à la surface, associés aux protéines. Ils


forment les glycoprotéines, ou spicules de surface.

 70 % de protéines :
- Les protéines matricielles donnent la charpente du virus. Elles sont sous une seule
forme M1 pour les virus de type C. Elles sont sous deux formes M1 et M2 pour les
virus de type A et B. Ces protéines matricielles sont abondantes et forment la couche
interne de l’enveloppe du virus.
- Les protéines non structurales, NS1 et NS2. Elles ne s’expriment que dans les
cellules infectées, où le virus est en cours de réplication, donc si elles sont mises en

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évidence au laboratoire, cela signifie que les cellules sont infectées. Ces protéines ont
donc un rôle important de témoin de l’infection virale. Cependant si le virus est "en
silence" on ne pourra pas les identifier.
- Les protéines associées au complexe de l’ARNpol qui sont PB1, PB2, PA et NP.
- Les protéines de surface : l’essentiel de ces protéines est associé aux carbohydrates
pour former les glycoprotéines de surface réparties en 2 types (hémagglutinines HA
et neuraminidases NA).

Schéma de l'électrophorèse des virus à 7 ou 8 segments et protéines correspondantes

L’hémagglutinine (HA) est la glycoprotéine de surface majeure, premièrement car


c'est la plus abondante : il y a 4 à 5 HA pour 1 NA. L’hémagglutinine est codée par un gène
situé sur le 4eme segment d’ARN, qui donne un monomère unique de 550 acides aminés. Puis
L’hémagglutinine subit une trimérisation (avec 2 HA2 et 1 HA1), et s’ancre dans
l’enveloppe. La protéine finale est donc constituée :
- d’une partie interne, rigide, repliée en hélice α (2 molécules de HA2, de 220 acides
aminés chacune).
- d’une partie externe, repliée en feuillet β (1 molécule de HA1, de 330 acides
aminés).
A l’extrémité distale de HA1 (en région externe), une suite de protéines définit, selon
les combinaisons, des motifs antigéniques spécifiques des types viraux. Par exemple, pour
les virus de type A, il existe 16 sous types d’hémagglutinines (H1 à H16). Les motifs
antigéniques jouent aussi un rôle dans la reconnaissance des mucoprotéines cellulaires. La
fixation des hémagglutinines se fait au niveau des acides sialiques portés par les
mucoprotéines.
L’hémagglutinine porte la fonction immunogène (glycoprotéine majeure).

8/32
Hémagglutinine

La neuraminidase est une protéine de l'enveloppe moins abondante que


l’hémagglutinine (1/4-5). La molécule se présente sous la forme d'un pied ancré dans
l'enveloppe avec une tête globulaire. La tête, tétramérique possède :
‐ un site catalytique à activité sialidase conservée (tous les Orthomyxovirus possèdent
cette activité)
‐ des chaînes ou motifs antigéniques variables. Il existe 9 sous-types (N1N9).
Sans la neuraminidase, le virus ne peut pas se libérer de la cellule qui lui a donné naissance,
car la fonction sialidase permet de rompre la liaison hémagglutinine – acide sialique.
En ce qui concerne les propriétés immunologiques, la neuraminidase est une
protéine mineure. Elle n’a pas de fonction hémagglutinante.

Neuraminidase

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Chaque virus est caractérisé par l’association d’un type d'hémagglutinine (entre H1 et
H16) et d’un type de neuraminidase (entre N1 et N9). Cette association donne son nom au
virus (Exemple : virus H1N1).

C) Structure finale

Orthomyxovirus : modèle de l'Influenza de type A

L'ESSENTIEL
 Dans la nucléocapside hélicoïdale : ARN- et protéines PB1, PB2 et PA associées au complexe
de l’ARNpol (rôle dans la duplication du virus)
 Autour de la capside : protéines matricielles M (rôle structural : donnent la forme ronde au
virus)
 Autour, dans l’enveloppe : glycoprotéines de surface (=spicules) : 4-5HA pour 1 NA
‐ L'hémagglutinine (HA) : majeure à fort rôle immunogène (Ac neutralisants) ; 16 sous
types
‐ La neuraminidase (NA) : mineure, permettant la libération du virus ; 9 sous types

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D) Action des agents physico-chimiques
Les Orthomyxoviridae sont stables à basse température. Cela explique que la
majorité des infections aient lieu en hiver, où les températures sont basses et les individus
regroupés dans des espaces confinés.
‐ à 4°C, le virus garde son infectiosité pendant 1 semaine.
‐ à 4°C mélangé avec de la matière organique (en complexe poussière-eau) le virus
peut conserver son infectiosité 2 semaines voire plusieurs mois. La contamination se
fait majoritairement par aérosol.

Dans l’azote liquide ou par lyophilisation (congélation puis dessiccation), le virus peut
se conserver plusieurs années.

Ce sont des virus thermolabiles (inactivés en 30 min à 56°C, = procédé de


pasteurisation).
Ils sont également sensibles aux radiations (UV, Rayons X).
Les Orthomyxovirus sont sensibles aux agents chimiques suivants :
‐ les détergents des lipides (éther (plus utilisé), chloroforme (plus utilisé car
hépatotoxique), détergents et savons
‐ pH acides et basiques. Les virus sont stables pour des pH compris entre 5 et 7, ils ne
pourront donc pas survivre à un cycle oral-fécal. La soude est efficace contre ces virus.
‐ Ils sont sensibles au phénol, au formol et β- propiolactone, aux sels de métaux lourds,
aux vapeurs d’iode (désinfection de poulailler) ainsi qu’au propylène glycol.

"Sur le prof de méd prév : Il est parmi les tous premiers à avoir mis au point le vaccin
par Canarypox contre la rage. Donc c'est pas un petit bonhomme."

"En deuxième année je venais jamais en cours. En première année j'ai vétéré pour l'anatomie
- ce fut ma seule vétérance -, en troisième année je suis tombée amoureux donc je venais pas
en cours non plus, mais j'ai réussi mon année. Puis je suis allé en cours. Mais j'ai pas
beaucoup plus travaillé qu'en deuxième année... En deuxième année j'étais une loque au
moment des examens... Là j'allais en cours et quand je rentrais le soir je faisais des petites
fiches ... "

L'ESSENTIEL
 Les Orthomyxoviridae ou Influenzavirus sont des virus enveloppés donc fragiles dans le milieu
extérieur. Cette notion reste relative car ils peuvent résister longtemps (4semaines) s'ils sont
protégés par de la matière organique et par le froid.
 Ils sont sensibles aux désinfectants usuels
 Ce sont des virus à génome fragmenté : 7 ou 8 segments. Plus il y a de segments, plus le virus
est virulent.
 Ce sont des virus composés majoritairement de protéines organisées en spicules de surface :
les hémagglutinines, majoritaires et les neuraminidases, minoritaires. Ces deux types de
protéines sont essentiels aux fonctions et propriétés biologiques de ces virus.

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III- Propriétés biologiques des virus
A) Fonction des différentes protéines virales

Nature de la
Origine (codée par) Fonctions biologiques Fonctions antigéniques
protéine
Réplication du virus
Ag de type (Influenza A, B ou
PA, PB1, PB2 et 3 premiers fragments de PA > réplication (fabrication
C)
NP l’ARN ARN+ à partir de ARN-)
(mis en évidence par
(prot. internes) + fragment 5 (protéine NP) PB1, PB2 > initiation,
fixation du complément FC)
élongation
Ag de type
M (M1 et/ou (FC, précipitation,
Matrice, charpente
M2) immunodiffusion en gélose)
Fragment 7 Assemblage et maturation
(prot. Cible thérapeutique :
M2 absente chez le type C
matricielles) sensibilité à l’amantadine et à
la rimantadine
Reconnaissance des
mucoprotéines cellulaires
(certains acides sialiques)
Fusion avec l’enveloppe Ag majeur de surface
cellulaire 16 sous-types (H1 a H16)
►Au labo : Hémagglutination
HA Fragment 4 et Hémadsorption Génère des Ac neutralisants =
Rmq : Ce sont des protection efficace
fonctions biologiques Supporte des variations en
IN VITRO ! surface
Quand on a la grippe, le sang
ne coagule pas dans
l'organisme…
Ag mineur de surface
(sous-type N1 à N9)
Pas de fonction protectrice
Clivage de la liaison alpha connue ; cet Ag peut être
glycosidique entre HA et enlevé dans les vaccins : rôle
NA Fragment 6 l’acide sialique de la cellule de marqueur
hôte (indispensable pour le Les Ac inhibant la
bourgeonnement) neuraminidase ont une
fonction protectrice
Subit des variations au cours
du temps

Remarque : L’amantadine bloque les protéines matricielles dans la cellule hôte et empêche le
bourgeonnement des particules virales. La rimantadine crée des pores dans la matrice au moment de sa
formation, ce qui provoque la destruction du virion. La sensibilité à ces molécules est importante pour la
thérapeutique.

B) Variabilité des Influenzas


Cette variabilité affecte les antigènes de surface HA et NA. Elle peut être mise en
évidence grâce à des méthodes immunologiques : inhibition de l’hémagglutination (IHA) ou
inhibition de la fonction biologique des neuraminidases (INA).

12/32
Ces observations peuvent également être confirmées par des méthodes moléculaires
via le séquençage des acides aminés ou celui de l’ADN complémentaire (à partir du fragment
6 ou 7 selon Na et Ha).

Deux phénomènes majeurs sont inféodés aux influenzas :


 le glissement (ou dérive) génétique (surtout pour le type A et un peu pour le type B) : le
virus n'est pas reconnu complètement. Ce phénomène repose sur une variation
progressive des Ag (HA ou NA).
"Imaginons dans une population des étudiants de deuxième année présents en cours
aujourd'hui : Florine et Baktiste ; il existe un virus X qui circule dans la population. Le virus
est répliqué chez Florine, Justine, Mélodie, Nicolas ... Chaque fois qu'il se réplique il fait de
toutes petites fautes. Il est reconnu chez Florine au titre de 1/1000, mais quand j'arrive
chez Baktiste, je reconnais le virus avec un titre relativement faible 1/250. Le titre qui a
chuté traduit une petite variation au niveau de cet antigène là : c'est la dérive génétique."

 le saut génétique (ou cassure antigénique) (seulement pour le type A) : le virus n'est pas
du tout reconnu au laboratoire. Ce phénomène correspond à un virus neuf, par
réassociation de plusieurs orthomyxovirus.
"Dans l'autre situation, je trouve le virus chez Florine. C'est un virus épidémique donc il n'y
a pas de raison que je ne le retrouve pas chez Marie ! Mais quand je regarde chez Marie,
je trouve rien, zéro. L'anticorps que je possède au labo a perdu toute reconnaissance du
virus : c'est un saut antigénique."

1. Le mécanisme de la dérive génétique

Exemple du virus H2N2, type habituellement circulant :

Mécanisme de glissement antigénique

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"On imagine que le virus mute chez Florine avant d'infecter d'autres personnes, en
commettant encore de petites erreurs dans l'activité de l'ARN pol. Ces erreurs ne sont pas
corrigées, et quelques acides aminés sont modifiés. Normalement, notre système
immunitaire contrôle ces mutations, mais certains mutants peuvent échapper à ce contrôle !
Arrivé chez Baktiste, un Ag (H2) est modifié légèrement (de bleu il passe à rouge sur le
schéma)."
Ces variations progressives concernent surtout le type A. Le type C est très stable : il y
a eu seulement deux substitutions en plus de 20 ans. Pour le type B le taux de mutation
monte à 1 - 2.10-3 nucléotides/site/an. Le type A possède un taux encore plus élevé : 4 à
6.10-3 nucléotides/site/an.
La dérive génétique touche tous les gènes. Elle est plus lente pour la NA que pour la
HA, et plus marquée pour les virus humains que pour les virus animaux.
Les virus des animaux étant beaucoup plus stables, les vaccins n’ont pas besoin d’être
modifiés chaque année, contrairement à celui pour la grippe humaine !

2. Le mécanisme du saut antigénique

Le saut ou cassure génétique peut avoir deux causes, illustrées par les deux exemples
ci-dessus :
1. Dans l'exemple illustré plus loin, une cellule de cochon est infectée par un virus d'humain
(rouge), ainsi qu'un virus de canard (vert). (Le type de neuraminidase n’est pas défini chez le
virus du canard car il n’a pas d’importance dans cette expérience, d’où le Nx ou N? sur
l’image).
Le virus de canard se réplique pour son propre compte, le virus humain aussi. Donc
plusieurs types de fragments sont présents dans la cellule. Quand la matrice est prête, le
virus d'assemble, et parfois des fragments humains vont s'assembler dans une même
particule virale avec des fragments de canard ! On parle de réassortiment génétique. On
obtient ainsi un réassortant qui a pris des fragments du virus humain avec des fragments du
virus du canard. La plupart des réassortants génétiques sont des impasses biologiques mais
d’autres sont viables Ce virus est inconnu dans la population, ce qui explique la chute totale
du taux d'anticorps dans la population. Ce type de mutation est à l'origine de l'épidémie de
Hong Kong, et on suppose qu'il est également responsable de la grippe espagnole. Le saut
antigénique est un des mécanismes d'apparition du virus endémique.

Remarque : L’animal dans lequel a lieu le réassortiment génétique s’appelle le creuset.

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Mécanisme de cassure antigénique

2. Dans le deuxième cas, un réservoir animal stocke le virus. Par exemple, les oiseaux qui ont
été infectés par l’Homme gardent le virus pendant des années, et peuvent ensuite le re-
inoculer à l’Homme. Entre temps, les hommes, qui n’étaient plus en contact avec le virus,
ont fini par ne plus avoir d’anticorps contre celui-ci. Par conséquent, l’infection par le virus
est considérée comme nouvelle par le système immunitaire. On parle alors de
réintroduction d’un virus. C’est ce qui est arrivé au New-Jersey en 1976 avec le virus H1N1
(virus A/New-Jersey/76). La cassure a donc été responsable d’une pandémie.

L'ESSENTIEL
Deux phénomènes caractérisent les Orthomyxovirus :

‐ la dérive antigénique issue des erreurs de l'ARN polymérase


‐ la cassure ou saut antigénique par l'introduction de réassortants ou d'un ancien virus
réintroduit par un réservoir animal.

15/32
C) Culture du virus au laboratoire

Trois systèmes de culture permettent de mettre en évidence le pouvoir pathogène


expérimental de ces virus :
• La culture est possible in-vivo sur les espèces naturellement atteintes.
Le furet est le modèle d’étude pour les virus de la grippe humaine car les symptômes
sont identiques.
"Il y a une question que je me suis souvent posé : les furets
sont vaccinés contre la maladie de carré et la rage. Mais
s'ils sont si sensibles à la grippe, pourquoi on ne vaccine pas
contre la grippe ? C'est un business auquel je pense. Il y a
combien de furets en France ? A 60€ la dose .... C'est pas
compliqué, nous sommes à Lyon, c'est à Lyon qu'on
actualise chaque année le vaccin pour la grippe humaine
(fabriqué par Sanofi). C'est également à Lyon que Mérial
fabrique le vaccin pour le furet Carré, Mérial filière de
Sanofi. Ce serait super facile. J'y pense."

Remarque : si quelqu'un a la grippe dans la famille, le furet va la développer également


et en mourir : il faut conseiller aux personnes âgées et femmes enceintes de se faire
vacciner, sinon l'animal encourt un risque important.

• La culture est réalisée le plus souvent in-ovo. On utilise des œufs embryonnés de 10- 11
jours, en incubation à 35°C. C’est le système le plus productif, utilisé pour la
production de 95 % des Ag vaccinaux et le moins onéreux.
Remarque : ces vaccins posent des problèmes pour les personnes allergiques à l’œuf (pas
que pour le vaccin contre la grippe : pour tous les vaccins faits par cette technique).

• La culture in-vitro est possible, il existe de très nombreux systèmes permissifs. On la


réalise sur des cellules de rein de primates en primo-culture (peu utilisé car on est
assujetti à la disponibilité en organe) ou sur des lignées continues du singe (LLMCK2) ou
de chien (cellules du rein, MDCK). L’efficacité de l’infection est augmentée par un
traitement avec de faibles doses de trypsine (celle-ci aide à la libération des récepteurs à
l'acide sialique où le virus va pouvoir s'accrocher). L’incubation se fait non pas à 37°C
comme on pourrait le penser, mais à 33-34°C pour mimer la température que l’on a
dans les poumons.

D) Le cycle de réplication

Le virus reconnait un récepteur à la surface de la cellule via HA : une mucoprotéine


(acide sialique). Les enveloppes fusionnent, le virus bascule dans la cellule.
La matrice s’ouvre et libère l’ARN- qui migre jusqu’au noyau (PARTICULARITE : original pour
un virus à ARN, qui reste en général dans le cytoplasme).

16/32
Re-remarque : chez l’homme on utilise l'amantadine et la rimantadine
qui inhibent de la pénétration du virus ; le zanamivir ou l'ozeltamivir sont des anti-
neuraminidase qui empêchent la libération du virus.

Dans le noyau, l’ARN- subit une transcription primaire donnant un ARN+. Puis il y a
traduction précoce (des protéines de l’ARNpol), réplication du génome viral et enfin
traduction tardive (protéines de la matrice et des protéines de surface).
L’ARN viral migre vers la face interne de la membrane plasmique et s’assemble avec
les protéines matricielles. Le virus est en position d'attente pour être libéré. L'HA reste
accrochée à son récepteur via l'acide sialique. La NA permet la libération du virus en cours
de réplication grâce à sa fonction sialidase. Sans la NA, le virus ne peut pas s’échapper de la
cellule. En bloquant l’action de ces NA par des anticorps spécifiques, les virus restent
prisonniers dans les cellules (action thérapeutique par le Rolenza). La particule virale sort de
la cellule par bourgeonnement.

Réplication des virus Influenza de type A

POINT CRITIQUE
 Normalement, les virus à ARN ne passent pas par le noyau. Le passage par le noyau est
propre aux Orthomixovirus.
 Tous les virus à ADN se répliquent dans le noyau sauf les Poxvirus

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Remarque : quand on guérit de la grippe, on guérit normalement sans séquelles car il n’y a
pas lyse des cellules.

E) Physiopathogénie

Dans les conditions naturelles les virus reconnaissent les cellules épithéliales du
nasopharynx, ce qui indique une contamination nasale. La multiplication locale provoque
une irritation des cils, à l’origine d’éternuements qui évoluent ensuite vers une toux
(=prodrome de la grippe). La diffusion loco-régionale des virus va entrainer la production
d'interférons et de substances pyrétogènes (IL 2 et 6), responsables de l’hyperthermie
(fièvre) observée.
Plus la fièvre est importante, plus la quantité de virus présente dans l’organisme
diminue (le virus est détruit à température supérieure a 37°C).
Dans la majorité des cas, les systèmes mis en place par l’organisme pour contrer le
virus suffisent pour épurer l’organisme, et la situation évolue vers la guérison.

Une exacerbation des mécanismes immunitaires peut se produire, entrainant


l'épuisement de l’organisme. Des complications souvent mortelles (notamment
bactériennes) telles que les pneumonies se développent.

Schéma pathogénique des grippes

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 Particularités chez les Mammifères :
‐ Chez le cheval, on trouve les valences de virus H7N7 (aussi appelé Aequi1, Prague), et
H3N8 (Aequi2, lors de la deuxième panzootie de Miami).
L’incubation dure 2-3 jours et l’animal présente un syndrome grippal fébrile
(«normalement je devrais pas rajouter fébrile, quand il y a grippe c'est toujours fébrile »).
L'animal présente fièvre, anorexie, toux sèche... La forme catarrhale simple
s'accompagne d'écoulement de mucus. La toux peut être une toux forte, appelée toux de
Hoppegarden. En général le cheval guérit, mais cela nécessite une convalescence longue (2 à
3 semaines de repos chez le cheval). Des complications comme une surinfection bactérienne
ou des broncho-pneumopathies graves peuvent arriver. Si le cheval n'est pas mis au repos
mais à l'entrainement, le cheval s'arrête et meurt d'un coup à titre de broncho
pneumopathie souvent cardiaque. Le cheval qui a la grippe est interdit de course à la fois
pour les risques cardiaques et pour éviter la transmission de la maladie à des chevaux
sains.

‐ Chez le porc, on retrouve les virus H1N1 (Hsw1N1) et H3N2 (Hsw3N2)


/sw = swine = porc/

Remarque : quand le nom du virus ne porte pas de précision quant à l’espèce animale
concernée, c’est qu’il s’agit d’un virus rencontré chez l’Homme. Ainsi, les virus H1N1 et
H3N2 sont des virus de l’Homme, tandis que Hsw1N1 et Hsw3N2 sont ceux du porc.

Symptômes spécifiques

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 Particularités chez les Oiseaux :
Tous les types de HA et NA peuvent être présents. On peut classer les souches selon
leur virulence :
‐ Les souches vélogènes sont représentées en majorité par H5, H7 et parfois H10. Le délai
d’incubation d’une peste aviaire est court (2-3 jours). Ces souches sont responsables de
syndromes hémorragiques. Le taux de mortalité par septicémie généralisée est très élevé,
supérieur à 80 %. La contagiosité est très forte, et la mortalité est également très élevée
à tout âge, supérieure à 80% ; les animaux d'un même élevage sont foudroyés : on parle
de peste aviaire.
‐ Les souches mésogènes et lentogènes donnent des grippes avec des symptômes plus
modérés car elles laissent le temps au système immunitaire de s’installer. Généralement
on observe des formes frustres avec des râles, une chute de ponte, mais une faible
mortalité. Ces souches présentent un intérêt pour la conception de vaccins.

Particularités des grippes aviaires

Remarque : Lors de l’épisode de grippe H5N1, un vétérinaire avait cru diagnostiquer un


cas de peste aviaire dans un poulailler. Dans le doute, il avait prévenu les services de sécurité
sanitaire, et était resté bloqué plusieurs jours dans le poulailler dans l’attente des analyses et
du diagnostic exact. Il s’est avéré que ce n’était qu’une simple grippe. Mais cela témoigne
des précautions à prendre pour limiter la transmission.

 Autres espèces:
Les Cétacés peuvent être infectés par des Orthomyxovirus de type H13, H1, N2, N3,
N9. Ces virus sont responsables d’épizooties contractées à partir de virus aviaires.
Chez les carnivores, les ruminants et les singes, on a isolé des Orthomyxovirus mais
leur signification pathologique est inconnue. Le chien peut être infecté par certaines souches
d’Influenza C. On pense qu’il peut constituer un réservoir pour la contamination de l’homme.
Mais ce n'est pas très grave ; la forme de type C est vraiment mineure et spontanément

20/32
résolutive. On en parle seulement parce qu’un homme a publié un article sur ce sujet dans
Nature...

Remarques :
- C’est plutôt l’hémagglutinine qui détermine le caractère pathologique et contagieux du
virus (en comparaison avec la neuraminidase).
- On trouve beaucoup de souches lentogènes.

F) Réponse de l’hôte à l’infection

Les symptômes sont un état grippal avec des douleurs articulaires (que l’on ne peut
pas déceler chez les animaux), des éternuements, une fièvre, de la toux …Les complications
chez l’hôte peuvent être dues à une faiblesse générale ou bien à la promiscuité entre les
animaux.

Les éternuements ne suffisent pas pour réaliser le diagnostic. Pour mettre en


évidence l’infection, on mesure le taux d’IgM (ou de fixation du complément), car la
production d’IgM est quasiment contemporaine de l’infection. Lors d’un état grippal, le titre
en IgM augmente. La quantité d’IgM doit être supérieure à une valeur seuil pour indiquer un
résultat positif, sinon on peut aussi rechercher une augmentation du titre par une cinétique
(autre prélèvement ultérieur nécessaire). Il y a également une inhibition de
l’hémagglutination.

Chez les oiseaux, l’infection précède l’augmentation du titre des Ac qui inhibe l’HA.

Réponse de l'hôte à l'infection

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L'ESSENTIEL
 La culture des Orthomyxovirus est très facile au laboratoire en particulier in ovo
(production d'Ag vaccinaux) et sur cellules.

 Les infections sont localisées à l’appareil respiratoire supérieur (type A). On observe un
syndrome grippal généralement bénin (fièvre, rhinite) qui évolue vers la guérison, mais il
peut y avoir des complications, à l’origine de grippes graves. Exception : chez les oiseaux,
la peste aviaire donne des septicémies avec un taux de mortalité supérieur à 80%.

 Les Orthomyxovirus sont caractérisés par une variabilité antigénique (issue d’une
variabilité génétique) permanente : glissement ou saut antigénique.

IV- Conséquences et applications

A) Conséquences systématiques

Il existe trois genres d’Influenzavirus : A, B ou C.


Type A Type B Type C
Spectre Homme/Animal Homme Homme/(Animaux)
Nombre de
8 8 7
fragments d’ARN
Protéines
7 7 6
structurales
Remplacée par
NA Oui Oui
l’Acetyl-estérase
Température
20°C 4-20°C 4°C
d’activité de la NA
Dérive génétique Oui Oui Faible

Cassure antigénique Oui Non Non

Maladie : cibles Tout âge Jeunes/Immunodéprimés ?


Formes
Maladie : Gravité Sévère Bénin
inapparentes
Pandémie/Panzootie Oui Non Non

Épidémie/Épizootie Oui Possible Non

Le type A touche l’homme et l’animal, il est donc responsable de zoonoses.

22/32
B) La nomenclature
On utilise pour qualifier les Orthomyxovirus une nomenclature combinatoire : pour
designer le virus, on donnera son type (A, B ou C), puis entre parenthèses son sous-type
d'hémagglutinine et son sous-type de neuraminidase. Par exemple, on parlera du virus
A(H1N1). Rappel : Un virus est toujours caractérisé par un unique sous-type de HA et de NA !

Que ce soit pour les animaux ou l’homme on utilise la même nomenclature. Mais
quand un virus de l’animal a les mêmes sous-types d’hémagglutinine et de neuraminidase
qu’un virus de l’Homme, on rajoute le nom de l’espèce animale afin de ne pas confondre.
Exemple : pour le virus H1N1 porcin on écrit Hsw1N1 (avec sw pour swine), alors qu’on laisse
H1N1 pour l’Homme.
Pour différencier les souches de virus au laboratoire, c’est un peu différent.
- On indique d’abord le type (A)
- Ensuite l’hôte animal duquel il a été isolé (sauf s’il s’agit de l’Homme)
- L’origine géographique du prélèvement
- Le numéro de la souche isolée par le laboratoire
- L’année d’isolement
- Et enfin, entre parenthèses le sous-type H (il y en a 16) et le sous-type N (il y
en a 9)

Remarques : si l’hôte est l’homme on n’indique pas human, on ne met rien.


s’il s’agit d’un virus de type B et C on n’en dit pas plus.

Exemples

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ATTENTION PARTIEL
Cette nomenclature peut tomber au partiel : à partir du nom de la souche, il faut être
capable de remonter aux informations initiales.

C) Épidémiologie

1. Synthétique

L’épidémiologie des grippes humaines montre 3 profils :


 Un profil pandémique, où tous les pays sont atteints en même temps, environ tous
les 10 ans, et ce jusqu’en 1976. On attend toujours la prochaine…

 Un profil épidémique saisonnier, qui a lieu tous les hivers, c’est un phénomène
localisé. Dans l’hémisphère nord, l’épisode de grippe a lieu entre décembre et mars,
tandis que dans l’hémisphère sud, il a lieu entre mai et août. Les épidémies sont donc
décalées dans le temps entre l’hémisphère nord et l’hémisphère sud, et ainsi le virus
est entretenu en permanence dans le monde.

 Il peut aussi y avoir une diffusion infra-clinique, au printemps ou en été dans


l’hémisphère nord (donc en automne ou hiver dans l’hémisphère sud, lorsque c’est le
printemps et l’été chez eux).

Remarque : ce pas de 10 ans entre les précédentes pandémies s'explique par la modification
des virus au cours du temps. Les Anticorps créés lors du passage d'un virus vont
progressivement disparaitre de l'organisme. L’organisme redevient alors sensible à une
ancienne souche, et ainsi, un ancien virus peut donc être de nouveau responsable d'une
pandémie une dizaine d'années plus tard.

Épidémiologie des grippes humaines

24/32
L’épidémiologie des grippes animales suit le même schéma, même si les virus sont plus
stables. On différencie alors :
 Un profil épizootique, qui affecte les élevages/écuries d’une région où d’un pays. Un
animal va contaminer tous les animaux du même élevage, voire des élevages
environnants. Cela peut évoluer en épizootie à diffusion rapide si la contamination se
propage à grande échelle ou bien en enzootie si l’épidémie est auto-entretenue.
Dans ce cas, la contamination sévit au même endroit sans en sortir, souvent par
manque de prophylaxie sanitaire et médicale.
 Un profil panzootique, où l’épidémie se propage à d’autres continents. (Remarque :
la régularité de ces panzooties est plus difficile à prévoir qu’en humaine, du fait de la
plus grande stabilité du virus). On en connait 2 majeures :
o Virus AEqui1, parti de Prague en 1956. Il est passé par l’Europe de l’Est,
l’Europe de l’Ouest puis l’Amérique du Nord.
o Virus AEqui2, parti de Miami en 1963. Il a gagné l’Amérique du Sud puis
l’Europe et l’Asie.

Remarque : depuis l'apparition de ces 2 panzooties, ce sont toujours les mêmes souches
qui circulent dans le monde équin.

Épidémiologie des grippes animales (exemple des grippes équines)

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2. Analytique
En général, ce sont les malades qui transmettent l’infection, via les sécrétions de
l’oropharynx, les jetages... On ne sait pas s’il existe des animaux porteurs asymptomatiques
mais on les cherche car on ne comprend par pourquoi l’épidémie revient tous les ans. Il
existe donc certainement un réservoir d’humains asymptomatiques.
NB : le virus est bien protégé dans la matière organique des jetages (mmmmh !)

Le virus peut également provenir d’un réservoir et entrainer selon les cas une
épidémie (Prague) ou une pandémie (New Jersey). Le principal réservoir de virus est
constitué par les oiseaux, qui hébergent toutes les variétés/combinaisons de virus qui
existent. C’est souvent à partir d’eux qu'un nouveau virus est introduit chez l’homme ou
l’animal (ou réintroduction d’un ancien virus oublié)
Pour déterminer l’origine d’une infection, on s’intéresse aux gènes NP des influenzas
virus. On observe deux branches principales :
- le réservoir aviaire, dont les virus ont un génome relativement stabilisé, donc les
vaccins peuvent être efficaces plusieurs années. Les oiseaux constituent le principal
réservoir naturel (notamment le type A), ils conservent les virus (même ceux qui ont
disparu) et peuvent être à l’origine de réintroduction de virus (voir mécanisme de
saut génétique).
- le réservoir humain, dont les virus ont un génome évolutif : les vaccins doivent donc
eux aussi évoluer ! En comparaison, la mise à jour des vaccins vétérinaires est
beaucoup plus lente. Ils peuvent contaminer les animaux : A/England/333/80 (H1N1)
et A/England/427/88 (H3N2).

Transmission de la maladie

26/32
branche aviaire
"stabilisée" à Remarque : chaque virus possède une signature,
branche humaine
évolution c'est-à-dire une région dans la séquence de son
"évolutive"
beaucoup plus
lente génome qui se trouve uniquement dans un type de
virus. Le gène de la protéine NP (nucléoprotéine), avec le
gène PA, permettent de déterminer que presque tous les
grippe équine
Orthomyxovirus de type A sont d’origine aviaire. Ils sont
donc bien le réservoir des influenzas de type A. De façon
grippe porcine
classique
évolutive, on a obtenu les virus des branches humaine et
animale à partir de ces virus.
grippe aviaire
(goéland)

Les oiseaux sont ainsi le réservoir des « nouveaux » virus. Certaines espèces peuvent
être sensibles aux virus des oiseaux et à ceux de l’Homme. Elles sont appelées le creuset du
virus, et il s’agit souvent de l’espèce porcine. Dans cette espèce, des réassortants viables et
capables d’infecter l’Homme peuvent apparaitre.

Transmissibilité interspécifique

Pourquoi le Porc semble t-il être le creuset pour les réassortants ?


Il y a deux types de récepteurs à acide N-acétyl-neuramique à la surface des cellules
pulmonaires de Porcs, selon la liaison de cet acide au galactose :
- le α 2-3 galactose reconnait les virus aviaires
- le α 2-6 galactose reconnait les virus humains. Le Porc est donc une espèce capable
d’être contaminée par deux types de virus et de permettre ainsi la création de réassortants
capables ainsi de transiter de l'homme à l'oiseau et inversement.

27/32
Remarque : les pandémies apparaissent dans les régions du monde ou les trois
protagonistes sont présents en grande concentration et très proches (oiseaux, porcs et
homme ; exemple du Vietnam, grand producteur mondial de porcs).

Remarque 2, la grippe H5N1 :


Le passage direct de virus de l’oiseau à l’homme est rare mais pas impossible.
L’épidémie de H5N1 en est la preuve. Cela nécessite des contacts proches et répétés.
Ce virus est né chez un canard, à partir de virus provenant d’une sarcelle (H6N1) et
d’une caille (H5N1). Le réassortant H5N1 est ensuite passé chez le poulet puis chez l’homme
(zooanthroponose). Mais le virus n’était pas adapté à l’Homme, c’est pour cela que ce n’est
pas une pandémie. Il faut un contact vraiment très étroit pour qu’il y ait transmission du virus
entre les hommes.

A/goose/Guangdong/1/96 A/Teal/Hong Kong/W312/97


H5N1 H6N1

A/Chicken/Hong Kong/1203/97 H5N1

A/Hong Kong/156/97 H5N1

Formation de réassortants et transmission à l'homme (H5N1)

D) Le diagnostic

1. Le diagnostic clinique

Chez les Mammifères : chez le porc et le cheval, l’infection est caractérisée par un
syndrome fébrile et des problèmes respiratoires. Elle est très contagieuse et donne une
grippe. Cette maladie est à évolution asthéniante* (faiblesse générale). Surtout en hiver, si
l'animal présente fièvre, frissons, toux, jetage : il faut penser à la grippe ! Ce sont dans
certains cas des MRC (Maladies Réputées Contagieuses) à ne pas laisser passer. Trop de virus
conduisent cependant aux mêmes symptômes, il est donc nécessaire de faire des diagnostics

28/32
asthénie* = état de faiblesse générale caractérisé par une diminution du pouvoir fonctionnel
de l'organisme, non consécutive au travail ou a l'effort et ne disparaissant pas avec le repos.

Chez les Oiseaux : l’infection est également très contagieuse, on parle d'infection
traçante. On aboutit en 24 à 48h à la mort de 80 % de l’effectif par septicémie. Ce sont des
pestes aviaires.

2. Le diagnostic expérimental
a. Indirect (=sérologie)

On prélève du sang sur tube sec à deux reprises : prélèvements précoce et tardif (10-
15 jours plus tard). Ceci permet, si le premier titre est inférieur au seuil, de réaliser une
cinétique pour montrer l’augmentation significative du titre en Ac.
On peut également avoir recours à la fixation du complément (test précoce mais
transitoire), à l’inhibition de l’hémagglutination (méthode de référence) ou à un test ELISA.
Tous les oiseaux sont vaccinés mais il n'existe pas de marqueurs entre les anticorps
vaccinaux et les anticorps post-infectieux. Pour distinguer les animaux malades, les animaux
vaccinés et ceux qui ont une immunité ancienne, le diagnostic direct est une nécessité !

b. Direct

Il est très important de faire un isolement de virus afin de connaître quelle est la
dernière souche en circulation et d’adapter les vaccins si c’est nécessaire (à cause de la
variabilité génétique).
L’échantillon correspond à des cellules ou des sécrétions des voies respiratoires. Il
s’obtient par écouvillonnage, lavage ou aspiration trachéo-bronchique. Le transport doit se
faire sous couvert de froid dans un emballage hermétique réglementaire.
On peut rechercher les antigènes viraux grâce à une immunoperoxydase, à un test
ELISA ou à l’immunofluorescence (méthodes rapides). On peut également réaliser une RT-
PCR sur le gène NP ou sur un gène de matrice afin de diagnostiquer le type, puis il faudra
chercher plus loin pour identifier plus précisément le virus.
Enfin, on peut de façon classique faire un isolement du virus : avec des cultures sur
des cellules rénales de chien MDCK (= Madin-Darby canine kidney) ou sur des œufs
embryonnés, puis on pourra mettre en évidence la présence d’un Influenzavirus grâce à un
test d’hémagglutination. Pour identifier le type antigénique (H et N), on procède par
inhibition de l'hémagglutination et pour l’inhibition de la fonction neuraminidase (Ac
monoclonaux). On peut également utiliser l'IDG (Immunodiffusion simple ou double en
gélose).

29/32
E) Traitement

Chez les animaux c’est simple : du repos ! Une très longue convalescence est
nécessaire (1 mois). Par ailleurs, on réalise un traitement symptomatique (chez le cheval et
le porc), avec antipyrétiques, antitussifs et antibiotiques afin de limiter le risque d’infection
secondaire.
Chez l’homme le traitement est identique. On peut également prescrire des
antiviraux : amantadine et rimantadine (qui inhibent la pénétration du virus), ou zanamivir et
l’ozeltamivir (qui sont des anti-neuraminidase : ils piègent les virus dans la cellule car ceux-ci
restent accrochés aux mucoprotéines cellulaires et ne peuvent pas se répandre dans
l’organisme. Puis les LT vont agir pour tuer les virus dans les cellules).

ATTENTION
Il n'existe pas d'antiviraux qui tuent les virus, il faut absolument que les cellules
immunitaires repèrent les cellules infectées et les détruisent. Les antiviraux ne sont que
virostatiques.

Remarque : En ce qui concerne les antipyrétiques, l’idéal est de limiter leur


utilisation car ils vont à l’encontre de la fièvre, or c’est la fièvre qui permet la destruction des virus.
Seulement, les gens se sentent mal lorsqu’ils sont fiévreux et ils refusent de ne pas lutter contre la
fièvre. (Les médecins seraient considérés comme incompétents s’ils ne donnaient pas
d’antipyrétiques). Par conséquent, on peut traiter la fièvre quand elle est vraiment forte afin de se
sentir mieux, mais il est inutile de la traiter si la température est inférieure à 39°C (car même en
dessous de 39°C on détruit une grande quantité de virus).

F) Prophylaxie

Son objectif est de rompre le cycle de contamination.

La prophylaxie sanitaire consiste en une période de quarantaine, une désinfection


(ammoniums quaternaires) et un vide sanitaire, permettant de circonscrire l’infection. En
effet il s’agit d’un virus enveloppé fragile à transmission directe. Il peut aussi y avoir
nécessité d’abattage des animaux avec enfouissement sur place (Peste aviaire = MRC [=
Maladie Réputée Contagieuse]).

La prophylaxie médicale, visant à protéger l’animal sain, repose sur l’existence de


vaccins. Il existe un vaccin pour le cheval efficace contre Aequi1 et Aequi2, et un pour le porc
contre Hsw1N1 et Hsw3N2. Chez ces animaux, la vaccination est facile car les souches sont
stabilisées.
La vaccination des oiseaux est difficile car il existe de nombreuses souches
(combinaisons de HA et NA). Chez les oiseaux, la vaccination est difficile car il existe de
nombreuses combinaisons de souches (pour HA et NA), mais il existe des vaccins inactivés à
base de H5N9 et H5N1 et également à base de H7 pour les souches vélogènes. On utilise les
Canarypox.

30/32
L'ESSENTIEL
 La nature et les propriétés des principaux composants structuraux de ces virus,
conditionnent la taxonomie des Influenzavirus. Les virus d’intérêt vétérinaire sont les
Influenzavirus de type A.

 L’épidémiologie des grippes est associée à :


 un contact direct
 la variabilité des virus (chez l’homme)
 l’existence très probable de réservoirs animaux (et en particuliers de réservoirs
aviaires).

 En dehors des pestes aviaires, le traitement reste symptomatique. Il existe une phase de
fatigue intense associée à l’infection, il est donc indispensable d’associer au traitement
symptomatique une période de repos.

 Le diagnostic, relativement simple, doit comporter l’isolement du virus (surtout quand il


s’agit d’un virus aviaire).

 Il existe des moyens de prophylaxie médicale (grâce à la stabilité des virus animaux) chez
le porc et le cheval. Cependant, chez les oiseaux notamment, le caractère contagieux de
l’infection implique une bonne connaissance des moyens de la prophylaxie sanitaire : la
mise en quarantaine et la désinfection.

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32/32
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


LES PARAMYXOVIRIDAE

I. Présentation des Paramyxoviridae .............................................................................. 2


A. Généralités ..................................................................................................................... 2
B. Importance ..................................................................................................................... 2
C. Systématique ................................................................................................................. 3
D. Parenté phylogénétique ............................................................................................ 5
II. Étude des Paramyxoviridae .......................................................................................... 6
A. Morphologie générale ................................................................................................ 6
B. Composition chimique ................................................................................................ 7
C. Action des agents physicochimiques ...................................................................... 8
III. Propriétés biologiques des Paramyxoviridae ......................................................... 9
A. Pouvoir pathogène expérimental ........................................................................... 9
B. Réplication...................................................................................................................... 9
C. Pouvoir pathogène en conditions naturelles ..................................................... 10
D. Physiopathogénie des différentes maladies ...................................................... 11
1. Maladie de New Castle (ou pseudo peste aviaire) ............................................... 11
2. Les VRS (Virus Respiratoire Syncytial) bovin ......................................................... 12
3. Maladie de Carré (Canine Distemper Virus) .......................................................... 13

1/18
I. Présentation des Paramyxoviridae

A. Généralités

Les Paramyxoviridae sont de gros virus enveloppés. Ils sont très hétérogènes du fait
de leur distribution cosmopolite et de leur pouvoir pathogène extrêmement variable. En
effet, ils sont responsables d’un grand nombre d’infections ayant une localisation et une
gravité variables : ils provoquent des infections pseudo-grippales (ou para-grippales)
bénignes mais aussi des septicémies et infections nerveuses souvent mortelles. Par
exemple la maladie de Carré est mortelle. Certaines de ces infections sont zoonosiques
(Hénipavirus).

Ils sont caractérisés par une protéine de fusion : la protéine F, quasi constante (ce qui
facilite la fabrication de vaccins efficaces). Cette glycoprotéine provoque en culture la fusion
des cellules entre-elles, ce qui aboutit à la formation de grands syncytia, on parle de virus
fortement syncytiogènes. Cette caractéristique les rapproche des Orthomyxovirus de même
que la présence de glycoprotéines à fonction hémagglutinante ou neuraminidasique pour
certains Paramyxovirus, ainsi que la présence de récepteurs aux mucoprotéines.

Ces virus ont une affinité pour les mucoprotéines et donnent parfois des maladies
aux symptômes proches de ceux des grippes. On les a donc appelés les « Paramyxovirus » :
para pour « à côté dé » et « myxo » pour « mucus ». On parle aussi souvent de Parainfluenza
virus ou « faux virus de la grippe » pour les qualifier.

B. Importance

Les Paramyxoviridae sont importants dans plusieurs domaines :

 Sur le plan médico-économique, par la diversité et la gravite des maladies qu'ils


entrainent, notamment :
‐ la maladie de Carré (maladie grave et souvent mortelle du chien),
‐ la maladie de New Castle chez les volailles : c’est une pseudopeste aviaire
(ressemble beaucoup à la peste aviaire), responsable de désastres économiques.
‐ la peste bovine : elle est considérée comme éradiquée en France. Son
importance avant son éradication a notamment été à l’origine de la création de
l’école vétérinaire de Lyon. Elle est responsable de graves pertes économiques :
en une semaine, le troupeau entier est décimé...
‐ la peste des petits ruminants : c'est l'équivalent de la peste bovine, il s'agit d'une
maladie très contagieuse à allure traçante, mais toutefois moins mortelle que la
peste bovine.

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La peste bovine et la peste des petits ruminants sont responsables de
septicémies.
‐ la BPIE (Broncho-Pneumopathie Infectieuse Enzootique) : association d’un
parainfluenzavirus bovin à d’autres pathogènes (pestivirus responsable de la
BVD, ou VRS bovin = virus respiratoire syncytial).

 En santé publique, les Henipavirus sont responsables de zoonoses graves. Les


Henipavirus regroupent deux virus presque identiques mais dont le spectre d’hôtes
est différent. Le groupe comprend le virus de Hendra (Australie) et le virus de Nipah
(Malaisie). Le premier est un virus spécifique au cheval mais capable d’infecter
l’homme. Le virus de Nipah infecte au départ les cochons.

 En médecine humaine, les Paramyxoviridae sont responsables de la rougeole et des


oreillons, qui sont deux maladies infantiles inscrites au programme d’éradication
mondiale de l’OMS et qui font partie des protocoles de vaccination dès la petite
enfance. On pourrait éradiquer ces maladies car le génome viral est particulièrement
stable, mais certaines personnes refusent la vaccination ce qui entretient le cycle du
virus. NB : c’est par la vaccination que l’on a éliminé la peste bovine de France.

LES REVELATIONS DE KODJO


"Les russes disent pouvoir bientôt fournir 3 vaccins contre Ebola. Mais je me demande
... on trouve Ebola au Zaïr (ex colonie belge), au Libéria (des esclaves américains
affranchis), en Guinée (ex colonie français) et en Sierra Leone (ex colonie française).
Dans tout ça y a pas les Russes... Je me demande s'ils n'étaient pas sur le point de
produire une arme biologique. Je me demande."

C. Systématique

Bonus : Les Paramyxoviridae appartiennent à l'ordre des Mononegavirales (une


seule molécule d’ARN négatif).

Il existe deux sous-familles bien classées et une sous famille de virus non classés :

3/18
 Sous-famille des Paramyxovirinae :

- Respirovirus : responsables de parainfluenzaviroses (pseudo-grippes) chez les


murins, bovins, singes et l’homme ; à ne pas confondre avec les pneumovirinae.
- Morbillivirus : responsables de processus morbides prononcés. Ce sont les virus de la
Peste bovine et de la Peste des petits ruminants, de la Maladie de Carré (Canine
Distemper Virus : maladie septicémique, nerveuse, digestive et des muqueuses), de
la rougeole (Measles virus : maladie éruptive), Morbillivirus des Cétacés et virus de la
maladie de Carré des Phoques (ces 2 derniers sont cousins de la maladie de Carré).
- Avulavirus = virus aviaires : maladie de New Castle qui touche les Oiseaux
(Parainfluenza 1 à 9), ressemble à la peste aviaire.
- Henipavirus : virus de Hendra (cheval) et Nipah (cochon) qui donnent des zoonoses
virales émergentes.
- Rubulavirus : maladie des oreillons chez l’homme (mumps virus) à grande affinité
pour les glandes.

Paramyxovirinae

Respirovirus Morbillivirus Avulavirus

Virus de la rougeole (Measles virus)


Sendai virus
Peste bovine
Bovine PI 3
Peste des petits ruminants Virus de la maladie de Newcastle (PI
Human PI 1 & 3
Virus de la maladie de Carré (Canine aviaire 1)
Simian virus 10
Distemper Virus) Parainfluenza aviaires 1 à 9
Morbillivirus des Cétacés
 Parainfluenzaviroses
Virus de Carré des phoques

Henipavirus Rubulavirus

Virus de Hendra Virus des oreillons (Mumps virus)


Virus de Nipah Human parainfluenza virus 2 & 4
Porcine rubulavirus
Simian virus 4 & 41

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 Sous-famille des Pneumovirinae : (affinité pour les poumons)

- Pneumovirus : virus respiratoires syncytiaux (VRS) humains, bovins. Ils sont


responsables d’asthme et de la bronchiolite sévère du nourrisson.
- Metapneumovirus : ce sont des virus aviaires avec le virus de la rhino trachéite de la
dinde (parfois associée à une énorme tête = maladie de la grosse tête).

Paramyxovirinae

Pneumovirus Metapneumovirus

VRS humain Metapneumovirus aviaire


VRS bovin (rhinotrachéite de la dinde)
virus de la pneumonie murine Metapneumovirus humain

 les virus non classés : (pour info)


- Virus du fer-de-Lance (chez les serpents)
- Tupaia paramyxovirus
- Menangle virus
- Nariva virus
- Tioman virus

D. Parenté phylogénétique

Les études de phylogénie ont permis de comparer les génomes des virus de l’homme
et ceux des virus des animaux. On remarque que les souches de la Peste Bovine et de la
rougeole étaient très proches l'une de l'autre, alors que la souche du virus de la maladie de
Carré était très éloignée des deux précédentes.

Or sur le plan immunitaire, on se rend compte que l'on peut protéger un chien
contre la maladie de Carré en utilisant un vaccin à partir de souche de la rougeole (voir
tableau ci-après). En effet il existe un antigène commun entre ces virus, alors qu’ils sont très
éloignés phylogénétiquement. On peut aussi protéger les bovins contre la peste bovine à
partir du vaccin contre la maladie de Carré et réciproquement (vaccin contre la peste
bovine protège contre la maladie de Carré chez le chien). En revanche, on est incapable de
protéger des bovins contre la Peste Bovine avec un vaccin fait à partir de souche de la
rougeole.

5/18
Certains virus peuvent donc être très proches sur le plan génétique mais très
différents au niveau des protéines de surface et donc au plan immunitaire.

II. Étude des Paramyxoviridae

A. Morphologie générale

Les Paramyxovirus sont des


particules virales sphériques de 150 à 250
nm de diamètre en culture (variation de
taille possible entre 60 et 300 nm in vivo).
Ce sont de très gros virus.

Morphologie des Paramyxovirus au MET

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B. Composition chimique

Acides L’ARN est négatif simple brin, long, non segmenté (≠ des
0,9-1%
nucléiques Orthomyxoviridae → virus stable, pas de recombinaison possible).
Ils sont situés essentiellement dans l’enveloppe issue de la membrane
Lipides 20-40 % cytoplasmique de la cellule hôte. La membrane porte les Ag de la cellule
d’origine ce qui permet d’échapper aux défenses de l’hôte.
Glucides 6% Ils sont incorporés dans les glycoprotéines de surface (spicules).
Elles constituent la matrice (charpente), forment le complexe de
Protéines 50-70 % transcription (RNP complex : ARN-, enzymes), et les protéines de surface
dont la protéine F.

Les glycoprotéines de surface :

- permettent l’attachement du virus à sa cellule hôte : hémagglutinines et


neuraminidases.
- sont responsables de l’hémagglutination (comme chez les orthomyxovirus) in vitro.
- La protéine F de surface entraine la fusion des cellules entre elles formant des gros
syncytia. Les Paramyxovirus sont des virus hautement syncytiogènes.

Morphologie des paramyxoviridae en 3D

Au centre du virus, la molécule d'ARN- est au sein du complexe de transcription avec


des enzymes. Autour, se trouvent les protéines matricielles puis l’enveloppe portant la
protéine F, et les glycoprotéines d’attachement : les hémagglutinines ou les neuraminidases.

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Remarque :
Au partiel il est possible que Kodjo nous donne une photo de virus ou de cellule après
infection par un virus. Si c’est une photo avec une cellule comportant 3 ou 4 noyaux et des
corps d’inclusions éosinophiles cytoplasmiques, on doit en déduire :
– 3-4 noyaux => virus syncytiogène
– Corps d’inclusions cytoplasmiques => virus à ARN
=> Probablement un Paramyxovirus

C. Action des agents physicochimiques

Ce sont des virus thermolabiles, ils sont inactivés en 30 min à 56°C (pasteurisation).
Ils sont aussi sensibles aux radiations (UV, rayons X ou γ : utiles pour la décontamination des
instruments de chirurgie).
Les Paramyxovirus sont sensibles aux détergents lipidiques (éther, chloroforme,
détergents et savons), aux pH acides et basiques, aux ammoniums quaternaires, au phénol,
au formol, aux sels de métaux lourds, aux vapeurs d’iode (utilisé pour inactiver le virus dans
les poulaillers) ainsi qu’au propylène glycol. Les virus sont stables pour des pH appartenant à
[5;7]. Ils sont aussi sensibles à l'eau de Javel.
Ils sont stables à basse température : l’envoi des prélèvements au laboratoire doit se
faire sous couvert de froid.

"déjà je commence à entrevoir certaines facéties du virus [...] les infections auront
surtout lieu en hiver"

Ce qu’il faut retenir :

 Il existe une ressemblance sommaire avec les Orthomyxoviridae : leur enveloppe les
rend fragiles. Ils présentent des glycoprotéines de surface à activités plus ou moins
analogues.
 Ils regroupent de nombreux membres.
 Leur génome est constitué d’un seul ARN négatif stable génétiquement.
 Ils ont un tropisme d’organes large.
 La présence de protéines de fusion les rend fortement syncytiogènes.

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III. Propriétés biologiques des Paramyxoviridae

A. Pouvoir pathogène expérimental

Il y a trois manières de cultiver ces virus :

 In vivo, on utilise l’espèce animale qui est naturellement atteinte (sauf lorsqu’il s’agit
d’un virus humain !). On peut étudier la rougeole et le Virus Respiratoire Syncitial (VRS)
humain sur des singes bien catégorisés, car ils font la même rougeole que l’homme. La
maladie de Carré peut l’être sur des chiens ou des furets.

 In ovo, on cultive les virus sur des œufs embryonnés (de 8 jours). C’est possible pour
tous les virus (comme le virus de la Maladie de New Castle) sauf pour la Peste bovine, le
VRS humain ou ovin et le Parainfluenza non aviaire.

 In vitro, il existe de nombreux systèmes permissifs : les explants primaires, les cellules
diploïdes ou les lignées cellulaires continues. Quand on étudie le virus sur un tapis
cellulaire, on peut observer l’effet cytopathique de ces virus (ECP). On observe alors des
cellules multinucléées et des inclusions cytoplasmiques (ex : les corps de Lentz visibles
sur les cellules vésicales chez le chien en cas de maladie de Carré). Ces virus ont donc un
fort pouvoir syncytiogène. Le VRS (Virus Respiratoire Syncytial), lui, donnera de très
grands syncytia et de volumineuses inclusions.

B. Réplication

Le virus reconnait un récepteur cellulaire qui est une mucoprotéine. L'enveloppe et


la membrane plasmique fusionnent, et la nucléocapside est libérée dans le cytosol
cellulaire. La cellule décapside le virus, libérant un ARN -.
Mais l'ARN étant négatif, la cellule ne sait pas lire le génome, et le virus a donc un
complexe de transcription pour transcrire son ARN- en ARN+ : il s'agit de la transcriptase
intégrée. La réplication du génome s'effectue à partir de cet ARN+, et la cellule infectée
synthétise les autres protéines virales.
A la fin du cycle, le virus se colle à la membrane de la cellule hôte, les glycoprotéines
pointent à l'extérieur. L’assemblage se fait sur la face interne de la membrane plasmique de
la cellule, où le matériel était préalablement accumulé. La sortie du virus de la cellule se fait
par bourgeonnement, on guérit donc sans séquelle de ces maladies qui sont bénignes.
Des cellules géantes peuvent se former à l'issue de la multiplication du virus.

Remarque : Ce cycle a comme particularité d’être plus long : 18 à 28h (contre 6-7h
quand le génome est directement de l’ADN+) ; et de former des cellules géantes.

9/18
Cycle de réplication des Paramyxoviridae - Modèle du virus de New Castle

C. Pouvoir pathogène en conditions naturelles

Les maladies causées par les Paramyxovirus sont très hétérogènes au niveau des
organes touchés, et sont responsables de nombreuses maladies. On trouve des maladies à
tropisme :

- exanthématique (provoquant des éruptions cutanées) : rougeole (Morbillivirus)


- respiratoire : VRS (Pneumovirus) et Respirovirus (ou virus Parainfluenza)
- glandulaire : les oreillons (= Rubulavirus)
- nerveux : maladie de Carré, rougeole chronique dans certains cas (Morbillivirus)
- septicémiques : pseudo peste aviaire (Newcastle), peste des ruminants, maladie de
Hendra et Nipah (Henipavirus)

Les espèces atteintes sont également très hétérogènes :

- carnivores : maladie de Carré


- ruminants : peste bovine et peste des petits ruminants, VRS bovin (Virus Respiratoire
Syncytial), Parainfluenza bovin
- oiseaux : maladie de New Castle, rhinotrachéite de la dinde, grosse tête, infectieuse.
- rongeurs : Pneumonie A virus, virus de Sendai
- homme : rougeole, oreillons, parainfluenza virose (qui n’est pas très grave, surtout en
été) et bronchiolite du nourrisson.
- cheval, porc, mammifères marins : septicémie

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Tropisme exanthématique
(= qui donne des plaques sur la Rougeole Morbillivirus
peau )
Tropisme respiratoire RSV, PI Pneumovirus Respirovirus
Tropisme glandulaire Oreillons Rubulavirus
Tropisme nerveux Maladie de Carré, Rougeole Morbillivirus
Pseudopeste aviaire, Hendra Avulavirus Henipavirus
Septicémique
Nipah, peste des ruminants Morbillivirus

D. Physiopathogénie des différentes maladies

1. Maladie de New Castle (ou pseudo peste aviaire)

Cette maladie est due au virus de la maladie de New Castle (impossible à différencier
cliniquement de la peste aviaire : Orthomyxovirus  laboratoire nécessaire). On a deux
types de virulence parmi les souches :

 Il existe des souches mésogènes ou lentogènes, qui induisent une forme frustre de la
maladie. On a des symptômes identiques aux grippes aviaires causées par les
Orthomyxovirus : forte chute de ponte, symptômes respiratoires, mais faible mortalité.
L'individu a le temps de développer des anticorps et des interférons pour lutter, il est
donc possible de vacciner contre ces souches.

 Les souches vélogènes sont responsables de pseudo peste aviaire (ressemble à la peste
aviaire, Orthomyxovirus). Les lésions sont de type hémorragique, elles sont abondantes
au niveau du tube digestif, on a une septicémie mortelle et une contagiosité traçante.
Les animaux sont affaiblis, fébriles. Le taux de mortalité est de 80 à 100%. On ne peut
pas dissocier cliniquement cette maladie de la vraie Peste Aviaire. Il faut faire un
diagnostic différentiel. Au diagnostic clinique s’ajoute donc le diagnostic nécropsique : on
observe des lésions hémorragiques au niveau du cœur et du jabot.

"Un véto est allé dans un poulailler où les poussins mourraient tous. On lui a demandé de
rester dans ce poulailler en attendant les résultats d'analyse : il est resté coincé au milieu
des cadavres de poulets pendant plusieurs jours. On lui passait à manger comme ça.
Simplement pour vous donner un petit sourire."

On fait appel au laboratoire pour étayer notre suspicion. Les différents prélèvements
possibles sont des prélèvements de poumons, de foie, de rate, de trachée et de sérum (pour
faire une sérologie). Il faut faire un diagnostic différentiel avec la vraie peste aviaire par

11/18
immunofluorescence directe sur la trachée ou par inhibition de l’hémagglutination après
isolement du virus en culture.

On peut réaliser une injection en voie intracérébrale à de jeunes poussins pour


déterminer l’index de pathogénicité (en fonction du taux de mortalité...) et connaitre le taux
de virulence du virus.

Rappel de la virulence des / ! \ ORTHOMYXOVIRIDAE / ! \

Cette maladie est une Maladie de Catégorie 1, et une maladie réputée contagieuse
(MRC) sous surveillance de la Police Sanitaire. La primo-vaccination se fait avec un vaccin
vivant dans l’eau de boisson chez les poussins, et les rappels se font par un vaccin inactivé
par injection IM (fait par une machine qui fait passer tous les poussins à la queue leu leu, la
machine repère le poussin, l'identifie, le pique).

2. Les VRS (Virus Respiratoire Syncytial) bovin

a) Présentation de la maladie

Ce virus est aussi responsable de la BPIE = Broncho Pneumopathie Infectieuse


Enzootique qui est multifactorielle. La BPIE est un syndrome dans lequel interviennent aussi
des Pestivirus (BVD) et des bactéries de la famille des Pasteurellaceae. Ceux-ci sont transmis
par des aérosols et sont résistants en hiver.

Cette maladie touche les jeunes bovins qui ont entre 15 jours et 18 mois (surtout
l’automne et l’hiver). La fréquence de transmission augmente donc lorsque les animaux sont
serrés à l'étable, en hiver.

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Il existe deux formes de la maladie :
‐ une forme bénigne, où on aura une guérison de 100% au bout de 2-3 semaines. Les
symptômes sont une toux sèche avec très peu de jetage.
‐ une forme aiguë chez les jeunes, avec comme symptômes de l’apathie, une
hyperthermie marquée, une conjonctivite, une toux sèche accompagnée d’une
dyspnée et des jetages spumeux (signes d’un œdème pulmonaire sous-jacent). On
observe dans certains cas plus graves une détresse respiratoire
(NB : le premier réflexe en cas de détresse respiratoire est de donner des corticoïdes)

Sinon la plupart du temps, la guérison est spontanée.

b) Diagnostic

 épidémio-clinique : on observe une pathologie respiratoire chez les jeunes animaux,


avec détresse respiratoire et emphysème pulmonaire, en hiver, sur une grande partie
du troupeau.
 nécropsique : à l’autopsie on remarque des poumons volumineux (car ils sont pleins
d’air), parfois un pneumothorax, un emphysème des lobes.
 histologique : on a présence de cellules pulmonaires géantes, de syncytia avec des
inclusions éosinophiles cytoplasmiques.
 expérimental : il se fait sur sérum par fixation du complément, test ELISA ou sur
cultures cellulaires par IF (=immunofluorescence) directe.

c) Traitement

Il doit se faire en plusieurs étapes : d’abord il faut lutter contre la détresse


respiratoire de l’animal par injection de corticoïdes, puis il faut prévenir les surinfections
bactériennes grâce à des antibiotiques.

3. Maladie de Carré (Canine Distemper Virus)

a) Présentation de la maladie

C’est un virus génétiquement stable (un seul stéréotype connu), cosmopolite, à


hémagglutinine constante. Son excrétion se fait par toutes les secrétions corporelles : la
salive, le jetage naso-oculaire, les urines et dans les matières fécales. Cependant, la
contamination s’effectue principalement par aérosol et par contact direct. L’infection est
par voie orale. Tous les animaux sont sensibles à ce virus.

13/18
LES REVELATIONS DE KODJO
"C'est l'histoire de deux migrants clandestins qui ont suivi un passeur. Un jeune garçon arrive à
Grenoble. Il avait très faim et a hélé un policier pour lui donner à boire et à manger. D'où il venait
? Il a répondu de Guinée. Le policier a réalisé qu'il y avait Ebola. Donc on a mis une barrière de
sécurité autour de lui, on a appelé le SAMU, la population a vu tout le monde autour et a déserté
le quartier pendant quelques temps. C'est la même chose à Paris pour ces parents qui n'ont pas
voulu envoyer leurs enfants à l'école. La psychose, c'est réel."

Le détail de l’infection ressemble un peu à celui de l’hépatite de Rubarth (cf cours


Adenovirus).

Le virus franchit le tissu lymphatique respiratoire et se retrouve dans les cellules


blanches circulantes (monocytes et lymphocytes) du sang : c’est la virémie première.

Deux évolutions sont ensuite possibles :

 une forme inapparente : si la réaction immunitaire est forte, l’individu épure


complètement son organisme de la présence du virus. On peut observer la guérison en 7 à
14 jours. On observe une hyperthermie fugace ainsi que de la fatigue.

Forme inapparente de la Maladie de Carré

 des formes cliniques : si la réponse immunitaire est faible ou nulle, l’animal est malade au
bout de 4 jours. Le virus peut se multiplier dans différents organes comme la rate, le
thymus, la moelle osseuse, le foie. Puis on va avoir une phase de virémie secondaire avec
arrivée du virus dans les organes effecteurs (cerveau → symptômes nerveux, coussinets
plantaires, truffe, glandes endocrines et exocrines → jetage). C’est à ce moment qu’on
observe les signes cliniques, au bout d’environ 14 jours.

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Les formes cliniques peuvent être de 3 types :
 une forme aigue (<20j) qui touche les épithéliums de surface sur les reins, les
poumons et les glandes endocrines. La forme subaigue (entre 20j et 10 mois) résulte de
désordres immunologiques. Elle se manifeste par une hyperkératose des coussinets et
une truffe craquelée. Une atteinte du cerveau est possible, le virus envahit rapidement le
SNC (entre 10 et 20 jours = formes aigue et subaigue) via le LCR (liquide céphalo-
rachidien). L'invasion est restreinte aux oligodendrocytes. Il n'y a pas d'Ac produits (ou
très peu) car le délai est trop court. Cela cause une encéphalomyélite démyélinisante
précoce due à la mort des oligodendrocytes infectés, entrainant la mort de l'animal en 20
jours à 10 mois.

 une forme chronique (> 10 mois) qui intervient chez le vieux chien. Elle se
caractérise par une invasion lente du SNC via le LCR et une inflammation de la substance
grise (oligodendrocytes) car le système immunitaire a eu le temps de produire quelques
immunoglobulines. Quelques Ac sériques sont donc détectables dans le LCR et
permettent un diagnostic indirect éventuel. Des complexes immuns se déposent dans le
cerveau. Le virus persiste dans les cellules gliales, tandis que s'effectue une
démyélinisation immunopathologique. A cause des désordres immunopathologiques, une
hyperkératose des coussinets plantaires et de la truffe, qui s'assèche, s'installe (comme
dans la forme subaigue).

Formes aiguë, subaiguë et chronique

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Remarque :
Qu'il s'agisse d'une infection aigue ou chronique, s'il y a infection nerveuse, les symptômes
apparaissent relativement tôt dans l'infection. Cette forme est associée à une
encéphalomyélite démyélinisante précoce et à la mort de l'animal.

La période d'incubation dure environ 7 jours. On distingue ensuite une phase


d’invasion avec la virémie première (et donc la première hyperthermie) puis un silence
clinique. Ensuite apparait une phase d’état avec la seconde virémie (et la deuxième
hyperthermie) et l'apparition des troubles nerveux. La phase d’état peut être courte et on a
alors une forme aigue, ou bien elle peut se poursuivre lentement et donner une forme
chronique lorsque l’on dépasse 10 mois. La phase d’état est caractérisée par une
inflammation catarrhale (des muqueuses) et une inflammation des oligodendrocytes.

Les différentes phases de la maladie

Pendant la phase d'état, les symptômes principaux sont :

‐ un jetage oculaire et nasal (catarrhe nasal) dans 93% des cas Attention : confusion possible
avec la toux de chenil !
‐ des troubles respiratoires avec une toux dans 81% des cas
‐ une hyperthermie (pendant les phases de virémie)
‐ une diarrhée dans 70 % des cas
‐ une hyperkératose de la truffe et des coussinets (et une dermatite de la face) dans
24% des cas (si forme longue de plus de 3 semaines). Ces éléments sont alors secs,
craquelés. Cela doit absolument nous faire penser à la maladie de Carré !
‐ une encéphalite dans 45% des cas, lorsque l'évolution est plus longue. Elle se traduit
par une incoordination et des convulsions (comme lors d'une intoxication), des
myoclonies (les muscles pectoraux se contractent tout seul), une parésie (faiblesse)
des membres postérieurs. Attention en présence de symptômes nerveux il faut
d’abord penser à la rage.

ATTENTION
Seule la conjonction d'au moins 4 de ces signes permet d'affirmer le diagnostic
de la maladie de Carré

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(Etienne Thiry, virologie clinique)

b) Le diagnostic

 Pour les animaux vivants :

Si on a une forme catarrhale (= inflammation d’une muqueuse), on peut faire


plusieurs types prélèvements : un frottis de conjonctive ou de muqueuse prépuciale, un
culot urinaire, une prise de sang (pour les leucocytes), ou des prélèvements d’autres tissus
selon les symptômes. Le diagnostic va être fait par :

- Histologie et immunofluorescence : on observe des corps de Lentz (corps


d’inclusions éosinophiles dans le cytoplasme des cellules), et de grandes cellules en
syncytia (cf TD).

- RT-PCR sur les leucocytes (ARNADN et amplification)

- Sérologie : on peut rechercher les Ac dans le liquide céphalo-rachidien (si l'on a une
forme nerveuse chronique), le problème étant que le titre en anticorps est
généralement faible. Sinon c'est inutile de faire une sérologie (à partir d'une prise
de sang) car la maladie s'installe justement s'il n'y a pas d'Ac, ou si les animaux ne
sont pas vaccinés !

Dans les formes nerveuses (chroniques), on prélève du liquide céphalo-rachidien et


on réalise une RT-PCR pour mettre en évidence le virus dans les formes aigues, ou bien on
recherche les anticorps dans les formes chroniques car on a des dépôts de complexes
immuns.

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 Pour les animaux morts :

On peut faire un calque de l’épithélium vésical, ou s’il s’agit de la forme nerveuse on


peut faire un calque de l’encéphale : on analyse par immunofluorescence ou histologie.

c) Traitement

Avant, on pouvait utiliser du sérum avec des Ac neutralisants car il permettait de


neutraliser le virus, mais il était tellement efficace qu'il n’est plus commercialisé car on n'a
presque plus d'animaux malades en France (très bonne couverture vaccinale)… Il n’était
donc plus rentable pour les laboratoires, et ils ont arrêté de le produire.

d) Prophylaxie

Il existe des vaccins vivants atténués très immunogènes. On a deux modalités de


vaccinations :

- Avant 3 mois : il y a deux injections séparées, car on intervient à un moment où l'on


a peut-être encore des anticorps maternels. Or ceux-ci peuvent alors neutraliser une
partie des antigènes contenus dans le vaccin. La première injection se fait vers 7-8
semaines et l’autre 3-5 semaines plus tard, après 12 semaines d'âge (après être sorti
de la phase critique où il reste des Ac maternels mais pas forcément en quantité
suffisante pour être protecteurs).
- Après 3 mois : en général une seule injection suffit, mais il est préférable d'en faire 2.

Les rappels se font en général tous les deux ans. Il faut cependant respecter les
recommandations que peuvent donner les fabricants : certains préconisent de faire le
rappel tout les ans. Si le véto le fait tous les deux ans et que l’animal est atteint par la
maladie de carré, le laboratoire n'est pas responsable, MAIS le véto oui !

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


LES FLAVIVIRIDAE ET
LES TOGAVIRIDAE

I. Présentation des Flaviviridae et des Togaviridae .............................................. 2


A. Généralités ..................................................................................................... 2
B. Systématique .................................................................................................. 3
C. Importance ..................................................................................................... 5

II. Structure de ces virus ........................................................................................ 5


A. Morphologie ................................................................................................... 5
B. Action des agents physicochimiques .............................................................. 6
C. Cycle de réplication ........................................................................................ 6
D. Culture du virus .............................................................................................. 7

III. Propriétés biologiques des virus ..................................................................... 8


A. Pouvoir pathogène naturel chez l'Homme ..................................................... 8
B. Pouvoir pathogène naturel chez les animaux ................................................ 8
1. La peste porcine classique (=PPC) ............................................................. 10
2. La BVD ou Bovine Viral Diarrhea ou Mucosal Disease .............................. 12

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Introduction :
Les Flaviviridés sont des virus responsables de malformations et d’avortements. Ils sont
associés aux IPI, Infectés Permanents Immunotolérants. Walter Reed identifie au XIXè siècle le
premier Flavivirus : c'est le virus de la fièvre jaune, maladie souvent transmise par les arthropodes
piqueurs. /flavus = jaune en latin/.
Les Flaviviridae sont des virus de forme ronde, très semblables aux Togaviridae. Ce sont
deux familles de virus à ARN+, qui ont donc une réplication relativement rapide, avec une durée
d'incubation assez courte.

I. Présentation des Flaviviridae et des Togaviridae


A. Généralités

Flaviviridae et Togaviridae sont assez semblables :

‐ Ce sont des virus de forme ronde


‐ Ce sont des petits virus : leur diamètre est de 50-80nm, ce qui leur facilite un passage
transplacentaire.
‐ Leur génome est constitué d’un ARN + : leur réplication est relativement rapide et la
durée d'incubation assez courte.
‐ Leur capside est à symétrie icosaédrique.
‐ Leur enveloppe est relativement épaisse formant une espèce de "toge" (> Togaviridae).
Elle apporte une résistance au virus contrairement aux enveloppes "classiques",
notamment dans le milieu extérieur, etc. Certains virus sont donc transmis de façon
directe.
‐ Très souvent, la transmission se fait de manière vectorielle (par les moustiques et
tiques : on parle d'Arbovirus). Les Arthropodes constituent le principal réservoir naturel
pour ces virus, mais en médecine vétérinaire, la plupart des virus ne sont pas des
Arbovirus.
‐ Le modèle type est le virus de la fièvre jaune qui affecte l'Homme

Remarque : Autrefois, les Flaviviridae formaient un sous-groupe des Togaviridae, mais ils ont
été séparés à cause des découvertes de la phylogénie.

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B. Systématique

F. Togaviridae F. Flaviviridae

Alphavirus Flavivirus Pestivirus Hepacivirus


Rubivirus
Sindbis virus V. de la fièvre jaune Virus de la diarrhée Virus de l'hépatite
Virus de la rubéole bovine C
ARBOVIROSES ARBOVIROSES

Les Rubivirus et Pestivirus ont des caractéristiques de transmission environ identiques. On peut
également y rapprocher les Hepacivirus.

⇒ Les Togaviridae et les Flaviviridae font partie de l'ordre des Nidovirales (ce qui signifie ARN niché
dans la boîte).

La famille des Togaviridae, qui regroupe des virus principalement humains, se divise en
deux genres :

▪ les Alphavirus qui rassemblent la plupart des arboviroses, et qui sont pour la plupart
responsables de zoonoses. Le modèle est le Sindbis virus. Font également partie de ce
genre :
‐ les virus des encéphalites Équines de l’Est des USA, de l’Ouest des USA ou
vénézuélienne)
‐ le Chikungunya
‐ l'O'nyong-nyong / "J'aime bien dire O'nyong-nyong" ♫/
‐ le Semliki forest
‐ le Marayo
‐ le Mucambo
‐ le Pixuna
‐ le Ross River
‐ le virus de la pancréatite des Salmonidés.

▪ Les Rubivirus : Le virus de la rubéole appartient à ce genre. Cette maladie entraîne des
malformations congénitales catastrophiques lors de primo-infections chez la femme
enceinte. Elle touche souvent les enfants. La rubéole ressemble aux maladies des
Flaviviridae des animaux. Chez les individus immunocompétents (sauf la femme enceinte) la
rubéole évolue spontanément vers la guérison.

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⇒ La famille des Flaviviridae se divise en trois genres. C’est dans cette famille que l’on retrouve
les virus d’importance capitale en médecine vétérinaire :

‐ Les Flavivirus sont responsables d'arboviroses:


o via les moustiques: (lutte contre les moustiques indispensable)
‐ groupe "dengue"
‐ groupe des encéphalites : encéphalite japonaise, de St Louis, Yaoundé, virus du
West Nile( = Zoonose qui touche les chevaux et qui est transmise par les
moustiques Culex, qui s'infectent en piquant des oiseaux infectés),
‐ groupe Kokobera
‐ groupe Ntaya
‐ groupe Spondwéni
‐ groupe fièvre jaune
o via les tiques: Louping ill virus chez les petits ruminants, entrainant un tournis et
zoonosique (en Grande Bretagne, Nouvelle Zélande), le tickborn encephalitis virus
(encéphalite virale à tiques)...
o à vecteurs inconnus : groupe Entebbé, Modoc, Riobravo...

‐ Les Pestivirus :
Ces virus peuvent traverser la barrière placentaire et sont par conséquent des virus abortifs et
malformatifs. Ils ressemblent au virus responsable de la rubéole (rubivirus) par leur mode de
transmission et par les symptômes. Selon le moment de la contamination du fœtus, les
nouveaux nés peuvent être IPI.
o virus responsable de diarrhée bovine ou maladie des muqueuses, responsable de
la BVD dans son atteinte initiale entrainant une mortinatalité, ou bien d'une entérite
avec amincissement de la paroi des entérocytes en cas de surinfection.
o virus de la peste porcine classique (PPC), maladie de la catégorie 1 (soumise à
règlementation nationale). Si la maladie est recherchée sur un animal, on cherchera
également la Peste Porcine Africaine qui est une zoonose qui ressemble beaucoup à la
PPC mais qui est risquée pour la population naïve qui n’a jamais rencontré le virus.
o virus de la Border disease chez les petits ruminants. La Border disease est également
appelée "Aveyronite", c'est plus ou moins l'équivalent de la BVD chez les petits
ruminants.

‐ Les Hepacivirus : virus responsable de l’hépatite C chez l’homme (et quelques arbovirus), leur
transmission est sexuelle directe ou par piqûre iatrogène.

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Les Alphavirus et Flavivirus ont généralement une transmission vectorielle par des
arthropodes, alors que les autres genres (Rubivirus, Pestivirus et Hepacivirus dans une moindre
mesure) sont transmis par contact direct étroit dans des assemblées ou des collectivités, ou
encore par transmission verticale.

C. Importance
D'un point de vue économique, la BVD et la peste porcine classique sont responsables de
pertes importantes en élevage. Le problème de la PPC est particulièrement présent en Asie (au
Vietnam), mais si le virus venait à arriver en France, ce serait un désastre ; lorsqu'un cas est
détecté dans un élevage, il faut abattre tous les porcs. Le problème de la BVD vient du fait que
quand le virus infecte un élevage il est très difficile à éradiquer, puisque les veaux IPI sont
impossibles à diagnostiquer (ces animaux ne produisent pas d'anticorps contre le virus, donc
un diagnostic indirect est impossible). Ces animaux sont cependant contaminants, puisqu'ils
excrètent du virus.

En santé publique, ces familles regroupent des zoonoses à type encéphalitique (maladie
de West Nile, Louping ill virus...). Ces maladies se déclarent plutôt au printemps et en été,
pendant la période d'activité des arthropodes vecteurs. Leurs symptômes sont des états
pseudo-grippaux avec fébrilité, douleurs articulaires, avec ou sans symptômes méningés ou
encéphalitiques. Elles sont généralement spontanément résolutives.
La gravité de ces virus en humaine est principalement due au virus de la rubéole, car il
provoque des malformations congénitales importantes, le diagnostic anténatal est donc
obligatoire.

II. Structure de ces virus


A. Morphologie

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Le génome de ces virus est une molécule d’ARN simple brin positif d’une taille
d’environ 106 Dalton. Ces virus sphériques mesurent entre 50 et 80 nm de diamètre.

Leur capside est à symétrie icosaédrique. La protéine C est une des protéines de la
capside, qui définit les différents genres (mais jamais les types, car c'est une protéine interne !).

Ce sont des virus enveloppés, qui portent des spicules (glycoprotéines) dans leur
enveloppe, dont certaines ont une activité hémagglutinante mais ce n'est pas une généralité : il
existe des Flaviviridae qui en sont dépourvus, comme le virus de la BVD. E1 et E2 sont les
principales protéines des spicules.

Remarque : Le virus de la BVD peut être diagnostiqué grâce à la GP53, qui correspond à la
protéine E2 glycosylée.

Remarque : Le vaccin contre la Fièvre Jaune, basé sur des protéines à fonction
hémagglutinante, est efficace 10 ans.

B. Action des agents physicochimiques


Les Flaviviridae et les Togaviridae possèdent la sensibilité habituelle des virus
enveloppés : ils sont thermolabiles, sensibles aux UV, à l’éther, au chloroforme, à l’éthylène
imine, aux hypochlorites, aux ammoniums IV, à l’acidité, à la soude à 1%.
Puisque ces virus ne résistent pas aux pH acides, la voie de transmission majeure ne sera
pas la voie orale. La transmission ne peut se faire que par contact étroit, par transmission
vectorielle ou par transmission verticale. L'acheminement d'échantillons au laboratoire se fait
sous couvert de froid.
Cependant, la sensibilité à l’acidité est relative car, par exemple, le virus de la Peste Porcine
peut rester infectieux dans les carcasses pendant plusieurs semaines malgré l'acidification de la
carcasse. Certains virus comme celui de la BVD provoquent des symptômes entériques, et
résistent donc probablement à l'acidité du tube digestif.

C. Cycle de réplication
L’ARN de ces virus est un ARN positif, compris directement par les ribosomes de la
cellule. La traduction précoce assure la synthèse des protéines non structurales (=polymérases
virales) permettant la duplication du génome viral. Le génome est dupliqué en passant par une
molécule d'ARN négatif qui sert de matrice pour la réplication. En parallèle s'effectue la
synthèse des protéines de la capside et de l’enveloppe (C, E1 et E2).
Suite à la maturation et l’assemblage de la particule virale, le virus se détache de la
cellule par bourgeonnement.

Rappel: Ayant un ARN+, le virus réalise un cycle très rapide. Ainsi les maladies à Flaviviridae et à
Togaviridae sont extrêmement contagieuses.

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Remarque: Les protéines Nsp signent de l'état de réplication active du virus.

D. Culture du virus

La culture est possible sur œufs embryonnés, sur cellules de vertébrés et d'invertébrés,
mais il n'y a pas ou seulement très peu d’ECP. Il faudra donc utiliser d’autres méthodes pour
mettre en évidence la présence du virus dans l’organisme d’un animal comme par exemple
l'identification par immunofluorescence ou ELISA.

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III. Propriétés biologiques des virus
A. Pouvoir pathogène naturel chez l'Homme

On prend comme modèle d’étude le virus de la Rubéole (Rubivirus, Togaviridae), car


cela ressemble beaucoup à ce qu’il se passe chez nos animaux.
La contamination se fait essentiellement par des aérosols.

Eruption maculo-papuleuse rose pâle bénigne, d'emblée généralisée (petits


boutons de 3mm de diamètre surtout au niveau des fesses), des
enfant adénopathies cervicales et une guérison spontanée et sans séquelle en
quelques jours. Cela permet d'avoir une production d'anticorps avec une
protection solide. Les IgG sont gardées à vie.
Souvent des infections inapparentes, avec guérison sans séquelles au bout
adulte de quelques jours, donnant lieu à une immunité durable. La réinfection
latente est possible.
Si la primo infection a lieu à l'âge adulte lors de la grossesse, le passage
aérosol

transplacentaire avec transmission verticale est possible. Le virus est alors


responsable de malformations congénitales ( cardiopathie, surdité
fréquente, cataracte, moignons de membres) ; il est obligatoire pour les
transfert médecins de faire un diagnostic anté-natal. Lors de la sérologie on ne
vertical recherche que la primo infection, c'est-à-dire la présence d’IgM qui indique
(forme que l’infection est récente. Dans ce cas, les malformations sont possibles,
congénitale) et compte tenu du risque on propose aux femmes enceintes de procéder à
une IVG. Si l’infection est ancienne, il n'y aura pas d'IgM, seulement des
IgG : le risque d'aboutir à une malformation congénitale est alors faible, et
on laisse la grossesse poursuivre son cours. Il existe la même chose en
médecine vétérinaire (Avec les pestivirus).

B. Pouvoir pathogène naturel chez les animaux

Chez les animaux, ce sont surtout les Pestivirus qui nous intéressent. Ces virus sont
responsables :
o de la diarrhée bovine (maladie des muqueuses) chez les BOVINS : BVD lors de la primo
infection, et maladie des muqueuses (MD) lors d’une infection secondaire. L’hôte naturel
de ce virus est le bovin, mais on peut également le retrouver chez le porc.
o de la peste porcine classique (PPC) chez les SUIDES (que l'on peut confondre avec la peste
porcine africaine -> diagnostic différentiel).
o de la border disease chez les OVINS. C’est une maladie qui ressemble à la diarrhée bovine.

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On l'appelle parfois le Hairy shaker, congenital trembler, Ovine Pestivirus, Petega ovina
ou encore Aveyronite. C'est relativement rare mais on peut aussi retrouver ce virus chez les
bovins et les porcs.

PPC MD-BVD Border disease


Taille de la particule virale
40-70nm
(nm)
Caractéristiques Ag P80, variants
variants ???
particulières ---> IPI
Réactions croisées /MD-BVD /PPC /Border /MD-BVD
Chaleur 69°C | 30min 56°C | 30min 56°C | 30min
Ether, chloroforme,
désoxycholate, formol, sensible
éthylène imine, UV
Hôtes naturels Porcs Bovins - Porcs Moutons – Bv- Pc
Pouvoir pathogène expérimental
In-vivo Porcs - Lapins Bovins - Lapins Moutons
In-ovo - + ?
Explants Porcs - Explants Bovins - Explants Bovins -
In-vitro
Bovins Porcs - Moutons Porcs – Moutons
ECP - + (lent) - (accident vaccinal)
Caractéristiques des principaux Pestivirus

Ces virus possèdent tous plusieurs variants, sont sensibles et ont un ECP faible ou
inexistant. Il existe des réactions croisées entre ces 3 types de virus (BVD, Peste Porcine
Classique et Border Disease).

Remarque : L’ECP de la Border disease quasi « invisible » est à l’origine d’un accident
vaccinal. On avait cultivé des Pestivirus sur des cellules ovines afin de mettre au point un vaccin
contre le virus de la peste porcine classique. Or on n’a pas vu que ces cellules étaient infectées par
le virus de la Border disease, et l'on a transmis la Border Disease aux porcs.

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Ces virus présentent des caractéristiques communes liées à leur pouvoir pathogène:

▪ Ce ne sont pas des arboviroses ; la transmission se fait donc par un contact étroit (virus
enveloppé) entre les animaux ou par les sécrétions corporelles.
▪ La transmission verticale est possible et donne lieu à des avortements ou des malformations
(action tératogène), mais aussi à des IPI (infectés permanents immunotolérants).
▪ Les symptômes cliniques sont très variables : en général on n’observe rien chez les adultes
(ou alors des troubles de la reproduction), et des malformations chez les enfants nés de
mères contaminées.
▪ Les virus ont un tropisme épithélial et un tropisme de la lignée des phagocytes
mononucléés, d'où une baisse de l'immunité générale lors d'une infection, et un risque
augmenté de maladies opportunistes.

Question de partiel possible : Donnez les caractéristiques des Pestivirus (de la famille des
Flaviviridae)
En quoi ces 3 pestivirus sont uniques au plan de la physiopathologie ?
 Ils sont responsables de lésions similaires (avortements et malformations congénitales) et
sont impliqués dans des infections inapparentes.

1. La peste porcine classique (=PPC)


Diagnostic clinique :
La peste porcine classique est une maladie de catégorie 1, classée parmi les MADO =
Maladies A Déclaration Obligatoire. Elle affecte essentiellement les Suidés domestiques ou
sauvages (les sangliers, que l'on ne sait pas vacciner, constituent un véritable réservoir).
Cette pathologie a une allure épizootique, elle se caractérise par une grande diversité de
symptômes (fièvre, des lésions cutanées (peau rouge), des troubles oculaires, parfois digestifs
et nerveux), et elle provoque des momifications et des malformations fœtales. La forme
classique de la maladie est une forme aigue. Les enjeux économiques sont majeurs. A l’autopsie,
on constate aussi des hémorragies multifocales (=pétéchies) sur la peau, l’épiglotte, la vessie,
la rate, les reins et les nœuds lymphatiques.
Lorsque le vétérinaire observe ce genre de lésions nécropsiques il faut, pour pouvoir
suspecter la PPC, qu’il trouve absolument la triade lésionnelle. Cela correspond à trouver des
pétéchies sur l’épiglotte, sous la capsule de la rate et sur la muqueuse vésicale.
Le diagnostic clinique repose sur l'allure épizootique de la maladie, l’aspect éruptif
et la triade lésionnelle.

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La triade lésionnelle

Attention ! Ces éléments ne suffisent pas pour conclure à la PPC. On peut confondre ces
symptômes avec ceux du Rouget (due à une bactérie), de Colibacilloses, de la maladie de
l'œdème, de salmonelloses, de la gastro-entérite transmissible du Porc (GET), de la parvovirose
porcine, d’une intoxication aux anticoagulants… On est donc obligé de demander à un
laboratoire d’effectuer un diagnostic expérimental pour confirmer la PPC.

Remarque: La PPC et la PPA (peste porcine africaine) donnent exactement les mêmes symptômes,
mais le virus de la peste porcine africaine appartient à la famille des Asfarviridae (virus à ARN, Cf.
dernier chapitre de S7).

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Diagnostic expérimental :
La PPC est une maladie à déclaration obligatoire (car maladie de catégorie 1). Il existe un
laboratoire de référence agréé par la DSV/ANSES (à Maison-Alfort ; si l'envie vous prend voilà
l'adresse : 22 rue Pierre-Curie, 94700 Maison-Alfort) qui va réaliser en simultané le test pour la
peste porcine classique (PPC) et pour la peste porcine africaine (PPA). On doit envoyer tous les
organes présentant des lésions hémorragiques (les glanglions, reins, amygdales et la rate...) sur
les animaux morts, prélever du sang sur tube sec si la maladie est déclarée depuis plus de 8
jours, ou dans un tube avec anticoagulants si moins de 8 jours. On peut aussi faire des analyses
sur les avortons. Ces différents prélèvements doivent être envoyés dans des flacons stériles, sous
couvert de froid (4°C) avec triple emballage hermétique, sigles de danger, commémoratifs
détaillés etc (Cf. cours d'histo de S5).
On recherche simultanément la PPC sur la lignée PK15 (cellules de reins de Porcs) et la
PPA sur des leucocytes de Porcs. On peut identifier la PPC et la PPA par immunofluorescence.

Remarque/ Rappel : on ne peut pas faire de séroneutralisation de l'ECP pour identifier le virus car
les Pestivirus ne donnent pas d'ECP.

2. La BVD ou Bovine Viral Diarrhea ou Mucosal Disease

C’est un virus infectant les ruminants, il est très résistant dans le milieu extérieur. Deux
protéines de ce virus sont exploitées:
▪ la protéine GP 53 sert à la fabrication du vaccin
▪ la protéine p80 (capside), permet le diagnostic par antigènémie (recherche directe), ou
par recherche d’anticorps anti-gp80. Elle permet de diagnostiquer la présence du virus en
cours de réplication.

Lorsqu’on cultive ce virus en laboratoire il existe deux variants : un virus pathogène qui n'a
pas d'effet cytopathogène (= pas d'ECP), et un virus non pathogène qui montre un ECP.

ATTENTION : Le virus étant de très petite taille, il peut traverser la paroi utérine
pendant la gestation et distingue alors différentes situations :
 S'il traverse la paroi utérine avant le 25ème jour de gestation : il y a résorption du fœtus et
retour en chaleur.
 S'il traverse la paroi utérine entre le 40ème et le 125ème jour de gestation, le système
immunitaire se développe au contact du virus. Un état d’immunotolérance va alors
s’installer chez le fœtus. Le petit sera qualifié d’Infecté Permanent Immunotolérant
(IPI). Le virus est considéré comme un élément du soi, on ne trouvera donc aucun
anticorps anti p80, le virus n’est donc pas dépistable. Ces individus sont en fait des «
bombes à virus » : ils excrètent des virus en permanence et on ne peut pas les détecter
par sérologie. Ils sont un réservoir du virus dans le troupeau. Quand ces veaux deviennent

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adultes, ils donnent une descendance IPI car sperme et embryons contiennent des
particules virales.
 Si l’infection a lieu après le 125ème jour, des anticorps sont produits contre le virus en
quantité suffisante et le virus est éliminé.

Le veau IPI peut développer la maladie des muqueuses s'il est contaminé par une autre
souche que celle qu'il héberge, et il peut aussi produire des anticorps contre cette autre
souche. Ces veaux sont en général faibles, cachectiques, ils sont sujets à de nombreuses
infections secondaires, des diarrhées et peuvent développer la maladie des muqueuses

La diversité des signes cliniques est liée avec la diversité des souches. Les symptômes ne
sont pas pathognomoniques, le diagnostic est difficile (pas de triade lésionnelle), si ce n’est
impossible. Dans un même élevage, en général, on trouvera une seule souche, avec une forte
morbidité mais une faible mortalité. Les troubles sont généraux, avec un syndrome
thrombocytopénique (atteinte des plaquettes), des troubles digestifs (diarrhée), respiratoires, et
de la reproduction. Ce sont ces derniers qui vont particulièrement attirer l'œil de l’éleveur ou du
vétérinaire avec : une infertilité, une infécondité, des retours en chaleur, des avortements, une
mortinatalité, des malformations congénitales, des veaux cachectiques …

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Le virus de la BVD est un virus facilitateur, c'est-à-dire qui facilite l’action
d’autres agents pathogènes. Il augmente la sensibilité des animaux à d’autres agents
pathogène infectieux, comme le VRS responsable de la broncho pneumopathie enzootique (BPIE,
Cf. chapitre sur les Paramyxoviridae).
Les virus vont être excrétés dans le milieu extérieur par la matière fécale.

Le diagnostic clinique des animaux IPI est rendu difficile par la diversité des souches, il
n’y aucun signe vraiment caractéristique.

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Le diagnostic expérimental consiste en une sérologie (recherche d’Ag p80 puis ELISA/Ac),
en parallèle d'une culture du virus et détection par immunofluorescence. La RT-PCR permet de
faire un bon diagnostic. Voici les différents types de résultats qu'on peut obtenir, et leur
interprétation

Sérologie Virologie Diagnostic


· IPI classique
· animal virémique dans les tous premiers jours, la séroconversion
- + n'a pas encore eu lieu, il faut refaire la sérologie quelques jours
plus tard

- - · l'animal n'a jamais rencontré le virus.

· le veau est sous immunité colostrale et présente les anticorps


maternels
+ - · le veau est immunocompétent : il est vacciné ou a déjà été en contact
avec le virus (faire une 2ème sérologie)

· l'animal est virémique infecté transitoire, le virus circule.


+ + · IPI sous immunité colostrale (faire 2è sérologie plus tard : <6mois).
· IPI ayant séroconverti contre une autre souche

Le tableau précédent est très important. Il faut le connaître mais surtout être capable de
comprendre le principe, car cela peut être une question de partiel.

Le diagnostic n’est jamais simple. La prophylaxie passe par l'élimination des animaux IPI
du troupeau pour détruire la source de contamination et la vaccination des animaux (vaccins
inactivés ou vivants). Pour détecter les IPI il faut toujours faire une sérologie et une virologie,
mais le dépistage individuel présente un coût élevé. La prophylaxie dépend du conseil général
de la région. Il existe un bon diagnostic de la BVD par RT-PCR.
Les vaccinations peuvent tuer les animaux s'ils sont en phase d'incubation. De plus, il n'y a
pas de diagnostic en boucherie, et le virus de la BVD/MD n'est pas pathogène pour l'homme,
donc les éleveurs peuvent ne pas vouloir réaliser les vaccins.

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CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


LES RHABDOVIRIDAE

I. Présentation des Rhabdoviridae................................................................................... 2


A. Généralités ..................................................................................................................... 2
B. Historique ....................................................................................................................... 3
C. Importance ..................................................................................................................... 4
D. Systématique................................................................................................................. 5
II. Structure des Rhabdoviridae ........................................................................................ 5
A. Morphologie générale ................................................................................................ 5
B. Action des agents physico-chimiques..................................................................... 6
C. Propriétés et fonctions des principales protéines virales ................................. 7
III. Propriétés biologiques du virus .................................................................................. 8
A. Réplication ..................................................................................................................... 8
B. Pouvoir pathogène expérimental .......................................................................... 10
1. In vivo .......................................................................................................................... 10
2. In ovo ........................................................................................................................... 11
3. In vitro ......................................................................................................................... 11
C. Pouvoir pathogène naturel, in vivo....................................................................... 12
IV. Conséquences et applications ................................................................................... 15
A. Le diagnostic ................................................................................................................ 15
1. Clinique ........................................................................................................................ 15
2. Expérimental .............................................................................................................. 15
B. Epidémiologie .............................................................................................................. 17
C. Prophylaxie................................................................................................................... 18

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Photographie d’un chien mordeur atteint de rage

En l’absence de sérum antirabique, une personne mordue par un chien enragé va


développer des symptômes nerveux au bout de 45 jours : elle est atteinte par la rage. Cette
maladie à développement lent est principalement acquise par morsure de chien.

Cet exemple nous montre que la santé humaine est intimement liée à la santé animale.

Ce cours est d'une importance capitale car il aborde des pathologies majeures pour le
vétérinaire. Il tient en particulier une place centrale en santé publique.

I. Présentation des Rhabdoviridae

A. Généralités

La famille des Rhabdoviridae est une vaste famille de virus à ARN négatif,
enveloppés infectant les Mammifères, les Poissons, les Insectes et même les Végétaux.

Chez les Mammifères, ces virus sont notamment responsables de :

- la RAGE, une zoonose nerveuse grave et toujours mortelle en l’absence de


traitement rapidement instauré (dès que les symptômes sont déclarés, il est
trop tard car le virus a atteint sa cible, le cerveau).

2/20
- la stomatite vésiculeuse, infection principalement rencontrée chez les
ongulés et qu’il faut différencier de la fièvre aphteuse.
- La maladie septicémique importante en pisciculture, cette maladie a un
impact économique élevé.

Le nom de ces virus vient de leur forme allongée. Rhabdus en grec signifie
«baguette» : ce sont des virus allongés, en forme de dé à coudre, de balle, d’obus, de doigt
de gant, selon l’imagination de chacun… d'où une reconnaissance assez facile.

Forme schématique d’un Rhabdoviridae Forme des Rhabdoviridae en culture, MET

B. Historique
‐ En l'an 30 après J.C., Celse avait déjà établi la relation entre la rage et la morsure des chiens.
Il laisse la première trace écrite de l'observation de cette maladie.
En 1879, Victor-Pierre Galtier inocule la rage à un lapin à partir de salive de chien enragé et
on dit qu'il a réalisé une immunisation du mouton par voie intracérébrale. NB 1 : Le bâtiment de
TP porte son nom !
‐ En 1881, Pasteur, Chamberland, Roux et Thuillier ont réalisé une atténuation du virus (virus
fixe) par dessiccation après prélèvement de moelle sur un chien contaminé. NB 2 : la rue
menant à l'institut Pasteur s'appelle la rue Roux .
En 1885, Pasteur vaccine Joseph Meister (enfant de 9 ans) mordu par un chien enragé, à
Strasbourg, en utilisant ce virus atténué. Ce sont les premières bases de la thérapie
vaccinale, c'est-a-dire de l'utilisation d'un vaccin pour soigner la maladie, et non plus pour
l'éviter uniquement. NB 3 : lorsque les allemands sont arrivés à l'institut pour visiter les catacombes,
Joseph Meister s'est opposé à leur entrée, ce qui lui a coûté la vie.

A propos de Galtier : "Pasteur n'est rien d'autre qu'un


opportuniste en réalité [...] il s'est servi de ses collaborateurs"

3/20
C. Importance

D’un point de vue médical, la rage est une maladie mortelle dès qu’elle est
cliniquement déclarée, c’est pour cela qu’en cas de doute on administre du sérum
antirabique avant l’apparition des symptômes. Le virus de la rage a servi de base pour la
thérapie vaccinale découverte par Pasteur.

D’un point de vue de santé publique, la rage est une zoonose majeure, d'où un rôle
important du vétérinaire dans ce domaine. La rage est la dixième cause des décès infectieux
de l’homme. Elle a une incidence forte en Asie, avec environ 50 000 cas mortels par an,
notamment en Inde.

Données de l’OMS, pour info

Au niveau économique, les Rhabdoviridae sont également responsables de pertes


importantes, notamment en pisciculture.

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D. Systématique
La famille des Rhabdoviridae est divisée en 6 genres :

F. Rhabdoviridae

Vesiculovirus Ephemerovirus Novirhabdovirus Cytorhabdovirus &


Lyssavirus Nucléorhabdovirus
Bi-ongulés Bovins Poissons et serpents
Végétaux et Insectes

 Les Lyssavirus : Lyssa = « fou » en grec, responsables notamment de changements


importants de comportement. Ce sont des virus importants en médecine humaine et
vétérinaire. Ils renferment en particulier le virus de la rage.

 Les Vésiculovirus : virus responsables de la stomatite vésiculeuse chez les


mammifères bi-ongulés. Il faut toujours réaliser un diagnostic différentiel avec la
fièvre aphteuse. En effet, la prophylaxie sanitaire entre ces deux maladies n'est pas
du tout la même : les Aphtovirus de la fièvre aphteuse sont nus donc très résistants
et contagieux, alors que les Vésiculovirus de la stomatite vésiculeuse sont enveloppés
donc peu résistants et de fait beaucoup moins contagieux.

 Ephemerovirus : chez les bovins. Ces virus sont mal connus car ils ne survivent pas en
dehors de l'animal. Ils sont certainement très peu pathogènes.
 Novirhabdovirus : responsables de septicémies chez les poissons et parfois les
serpents.
 Cytorhabdovirus : chez les végétaux et insectes
 Nucléorhabdovirus : chez les végétaux et insectes

II. Structure des Rhabdoviridae

A. Morphologie générale
Ce sont des virus en forme de baguette, allongés. Leur largeur varie de 45 à 100 nm
et leur longueur de 100 à 430 nm. De l’intérieur vers l’extérieur du virus on trouve :

 dans la partie interne : un génome se composant d’une molécule d’ARN négatif


linéaire non segmentée. Le virus possède donc une enzyme le transformant en ARN
positif : la transcriptase intégrée (ce n’est pas une transcriptase inverse !). Cette
étape constitue un délai supplémentaire lors de la multiplication de ces virus. On
trouve également des protéines N (de la nucléocapside, qui permettent de distinguer
l’espèce, le rang ou le genre viral), NS (non structurales) et L (protéines de la
réplication).

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 une capside à symétrie hélicoïdale délimite le core. Elle est constituée des protéines
M (matricielles), qui lui donne sa forme allongée.

 une enveloppe, bicouche lipidique issue de la membrane plasmique de la cellule.


Ancrées en surface, on trouve des glycoprotéines de surface ou spicules (protéines
G). Ces protéines sont spécifiques du virus. Elles peuvent être neutralisées, ce qui
empêche la pénétration du virus dans la cellule hôte (utile pour la vaccination ou la
thérapie).

B. Action des agents physico-chimiques


Ce sont des virus enveloppés typiques : ils sont extrêmement fragiles dans le milieu
extérieur d’où la transmission obligatoire par effraction de la barrière cutanée via une
morsure ou une griffure, car le virus est présent dans la salive. Les expériences de Pasteur
ont montré qu'ils étaient sensibles à la dessiccation. Ils sont thermoacidolabiles, stables à
basse température mais au vu de leur sensibilité à la dessiccation, pour l’acheminement au
laboratoire il faudra bien les mettre sous couvert du froid.

Ils sont sensibles à de nombreux agents connus : aux détergents des lipides, aux
hypochlorites, aux ammoniums quaternaires, à la soude, au glutaraldéhyde, au beta-
propriolactone (utilisé pour les vaccins inactivés), à l’azaridine, à l’acool à 70°.

Les Rhabdovirus ne résistent pas aux savons, ainsi, en cas de morsure, il faut en
première intention laver abondamment la plaie avec du savon.

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C. Propriétés et fonctions des principales protéines virales

▪ Les protéines L et NS sont des protéines non structurales. Elles servent à la réplication du
génome. Elles sont peu immunogènes car internes.

▪ Les protéines M sont les protéines matricielles. Elles donnent la morphologie et


l'architecture allongée au virus. Elles sont peu immunogènes car internes.

▪ Les protéines N sont des protéines matricielles de la nucléocapside, également accrochées


à l’ARN viral (62 000Da). Ces protéines sont responsables de la structure du virus mais elles
ont aussi une activité antigénique et servent notamment au diagnostic de la rage. Elles sont
plus ou moins immunogènes. Elles servent à la différenciation des genres de Rhabdovirus.

▪ Les protéines G sont les glycoprotéines de surface portées par l’enveloppe (80 000Da).
Elles permettent la reconnaissance avec les récepteurs cellulaires, puis la fusion avec la
membrane cellulaire et l’entre du virus. Elles ont une fonction antigénique, qui permet la
production d’anticorps neutralisants (utilisation en sérothérapie). Ce sont des antigènes
très immunogènes, qui entrainent la mise en place d’une réponse immunitaire cellulaire
avec activation des LT et des LTh, et également la production d’interférons. Tous les virus
rabiques ont cette protéine G. Elle ne présente que de toutes petites variations selon
l’origine géographique ou l’espèce. Les protéines G définissent les types et sous-types. Il
existe 7 stéréotypes :

 le génotype 1 : c’est le plus répandu, cosmopolite : on le trouve en Afrique du Sud,


aux USA, en Asie, en Europe... partout ! Il peut infecter tous les mammifères. La rage
en fait partie.
 la souche Lagos bat (génotype 2) : génotype isolé pour la première fois sur des
chauves-souris frugivores au Nigeria (Lagos : ancien nom de la capitale)
 la souche Mokola (génotype 3) : génotype isolé en Afrique du Sud sur des chauves-
souris.
 la souche Duvenhague (génotype 4) : génotype isolé en Afrique du Sud sur des
chauves-souris insectivores
 le génotype 5 : en Europe, chauves-souris frugivores
 le génotype 6 : en Europe, chauves-souris insectivores
 le génotype 7 : isolé récemment en Australie, chauves-souris

Tous les génotypes excepté le génotype 2 touchent l'Homme.

7/20
Beaucoup de ces virus sont portés par des chauves-souris, mais tous peuvent être
transmis à l'homme. Ceci explique qu’il y ait des problèmes de vaccination (on parle de
rupture de protection quand un animal vacciné contracte la maladie) et de diagnostic (faux
négatifs) car tout est basé sur le génotype 1 qui est cosmopolite. Les vaccins formés avec
ces protéines G sont néanmoins très protecteurs. Le même génotype 1 sert aussi à la mise
au point de tests diagnostics, on peut donc passer a côté d'un Lyssavirus présent dont les
antigènes ne sont pas reconnus. On pourrait trouver d’autres génotypes car il existe
sûrement encore de nombreuses souches non identifiées.

"Je suis sûr que si vous continuez à fouiller dans les grottes vous en trouverez
d'autres" ([CHERCHE] SUJET DE THESE : désolée pour les non concernés)

L & NS Non structurales Réplication du génome Faible immunogénicité


Pas ou peu
M Matrice Morphologie/architecture
immunogène
N Matrice, ARN viral Morphologie/Architecture Immunogène
Reconnaissance des
G Spicules protéiques Très immunogène
récepteurs
Eléments interférogènes : même si le virus n'est pas virulent il entraîne la synthèse d'interférons
Bilan sur les protéines virales

III. Propriétés biologiques du virus

A. Réplication

Dans un premier temps le virus reconnait un récepteur en surface de la cellule hôte. Il


entre puis est décapsidé. La transcriptase virale intégrée transcrit l'ARN- en ARN+. Le cycle
peut alors se mettre en route. C’est cette première étape qui augmente la durée du cycle et
qui explique que la durée d’incubation est longue. Une première traduction concerne les
enzymes polymérases ; en parallèle a lieu la duplication du génome. Les protéines M et NS
issues de la traduction tardive s’accumulent sous la membrane de la cellule hôte et s'ancrent
en surface de la membrane plasmique. Lors de sa sortie, le virus embarque ces
glycoprotéines et une portion de membrane. On peut observer des « baguettes » qui
s'échappent par bourgeonnement.

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Réplication des Rhabdoviridae

Les phospholipides sont présents en abondance au niveau des neurones. C’est à ce


niveau qu’aura lieu la multiplication du virus : après une morsure, le virus migre jusqu’au
cerveau. Dans le SNC, le virus laisse des traces de son passage dans les cellules nerveuses :
les corps de Negri (corps d'inclusion). Ce sont des éléments utilisables pour un diagnostic sur
des coupes histologiques (microscopie optique) où l'on suspecte la présence de ce virus. On
ne peut jamais voir d’effet cytopathique en microscopie optique mais uniquement au
microscope électronique.

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Corps de Negri et virus en bourgeonnement

B. Pouvoir pathogène expérimental

1. In vivo
On réalise principalement les expériences sur des souriceaux nouveau-nés, mais le rat
et le lapin peuvent faire de bons modèles d'étude. Aujourd’hui ces expériences sont moins
réalisées. Les objectifs sont de tester :

→ la multiplication virale et la virulence des souches virales par inoculation intracérébrale


de dilution croissante du Lyssavirus à étudier.
→ la réceptivité / sensibilité des différentes espèces animales selon la voie d'inoculation, en
mimant ce qui se passe dans les conditions naturelles (morsure : voie IM).
→ les variations du pouvoir pathogène de ces virus. Pour cela on a fixé des critères de
virulence pour un virus de référence ; le CVS (Challenge Virus Standard = LA souche de
référence) caractérisé par:
- la constance de la durée d’incubation : 6 jours pour les virus standard
- la constance du titre viral cérébral récupéré sur le cerveau de la souris morte
- la constance du caractère paralytique
Pour finir, on a pu établir des diagnostics expérimentaux de la rage : on prélevait des
broyats de cerveaux sur des animaux suspects, et on regardait à combien de jours les
souriceaux mourraient. S’ils étaient tous vivant à 21 jours, ce n’était pas la rage car on devait
pouvoir vérifier le postulat de Koch. On a cependant arrêté cette technique, car lors de
l’injection en intracérébrale aux souriceaux, l’expérimentateur pouvait se piquer le doigt
directement avec le virus de la rage ! Cette technique n’est plus utilisée pour les souches
connues.

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2. In ovo
On cultive ces virus sur des œufs embryonnés. On a « avianisé » le virus : car la
culture in ovo est facile, peu onéreuse et très productive (c’est donc très intéressant pour
fabriquer un vaccin). On inocule le surnageant provenant de l’œuf contaminé par le virus à
des souris et on voit qu’il ne se passe rien. Le virus a été stabilisé (« avianisé »), on peut
produire du virus en très grande quantité.

Bien que le virus soit stabilisé il s’agit d’un virus vivant, une réversion de la virulence est
toujours possible ! C’est pour cela que l'on n’utilise pas de vaccins vivants pour vacciner,
sauf dans le cas des OGM rage-vaccine destinés à la vaccination des animaux sauvages. On
utilise des mutants non virulents pour la vaccination, comme la souche Flury HEP, qui a
nécessité 180 passages in ovo avant de perdre sa virulence.

3. In vitro
On peut cultiver les Rhabdoviridae sur de nombreux types cellulaires : des explants
primaires* issus de reins de hamster, de porc, de chien, embryon de poulet ou de canard ;
ou des cellules de lignée continue (KB, MRC5, Véro, neuroblastomes). Les neuroblastomes
remplacent aujourd’hui de plus en plus les souriceaux.

explant : organe coupé + trypsine afin de désolidariser les cellules, que l'on fixe sur
un flacon (comme vu au S5 en TP)

Les intérêts de ces études sont :

› la production de vaccins en fermenteurs (jamais sur lignée cellulaire continue car ces
cellules sont tumorales)
› le diagnostic expérimental de la rage
› la modification de la virulence des souches
› l’étude des mécanismes de la réplication et de la structure des souches virales.

"Je travaillais personellement sur le souriceau pour la rage, et je peux vous dire
que le soir quand je rentrais chez moi, j'avais les fesses très serrées"

Remarque :
Même si la culture comporte de nombreux virus, on n’observe JAMAIS d’effet
cytopathique sur les tapis cellulaires (à la différence des cellules contaminées
naturellement). Il faut alors objectiver leur présence en recherchant les antigènes viraux
par immunofluorescence directe ou par test ELISA. On produit d'excellents anticorps
contre le génotype 1, mais les autres génotypes ne sont parfois pas reconnus.

11/20
C. Pouvoir pathogène naturel, in vivo

▪ Les Vésiculovirus sont des virus qui concernent :


- les insectes
- les végétaux
- les bovins, porcs, chevaux, hommes : ils sont responsables de la stomatite
vésiculeuse qui est une éruption vésiculeuse des muqueuses buccale, podale (pied)
et du trayon, transmissible a l’homme mais peu grave. La transmission se fait
essentiellement de manière directe (virus enveloppé). Il peut y avoir une confusion
possible avec la Fièvre Aphteuse : un diagnostic différentiel doit être réalisé grâce à
une sérologie par fixation du complément. Mais si dans un élevage les chevaux sont
touchés et ont les mêmes symptômes, on peut écarter l’hypothèse de fièvre
aphteuse qui ne touche que les bi-ongulés.

▪ Les Novirhabdovirus sont des virus très importants en pathologie des poissons. Ils sont
responsables de :
- La septicémie virémique printanière de la carpe
- La septicémie hémorragique virale
- La nécrose hématopoïétique virale

▪ ♥ Les Lyssavirus ♥ regroupent les virus responsables de la rage : ce sont des virus
cosmopolites qui affectent tous les mammifères terrestres et volants (hommes,
carnivores, ruminants, chevaux, porcs, Chiroptères = chauves-souris), oiseaux (peu de
cas, car l'oiseau meurt généralement des effets de la morsure avant de déclarer les
symptômes). Toutes les espèces sont sensibles, mais il faut tenir compte du mode de vie
et de l’épidémiologie. Lorsqu’un animal contracte la rage il est soumis à un changement
de comportement. La modification du comportement peut être de deux types : dans le
sens d'un mutisme complet (animal immobile, muet...) ou bien dans le sens d'une
agressivité extrême (situation la moins dangereuse car on s'en méfie bien plus que la
forme paralytique). Cela a été observé chez le renard : cet animal fuit normalement la
présence humaine, mais lorsqu’il a la rage il reste à proximité, va vouloir mordre et
attaque le bâton que l’on va prendre pour le faire fuir. Les espèces proies ont tendance
à exprimer moins de signes, ayant moins l’instinct de mordre. D'autre part, il faut être
vigilant car même s’il n’y a pas encore de symptômes, le virus est excrété dans la salive
ce qui constitue un véritable danger. Chez les bovins, les animaux enragés bavent
beaucoup (=ptyalisme), ont les globes oculaires exorbités et beuglent en permanence.

"Un chien est incapable de tuer un ruminant, donc la vache ne va pas mourir et va développer
la maladie. Mais une vache va pas mordre une autre vache, enfin il y a peu de chance."

12/20
Caractères généraux de la rage (à très bien connaître) :
La rage a une durée d’incubation longue allant de 15 à 60 jours (la plus longue parmi
les maladies virales aiguës), mais celle-ci dépend de la gravité de la lésion et de la distance
entre le point de morsure et le cerveau (pour une morsure a la tête la durée d'incubation est
de moins de 15 jours, pour une morsure au pied elle peut être de 6 mois). La rage est une
maladie à neurotropisme marqué et exclusif ; les atteintes sont quasiment exclusivement
nerveuses. Il n’existe pas une seule espèce à sang chaud résistante à ce virus (spectre
d’hôtes étendu). Une fois que les symptômes sont là, c’est inexorablement mortel, même
avec du sérum.

Il y a 2 types de symptômes nerveux :

‐ Un mutisme : l’animal ne bouge pas, il est comme paralysé. C’est la forme la plus
dangereuse car on ne se méfie pas et l’animal excrète du virus.
‐ Une agressivité extrême

Le virus infecte par pénétration percutanée (morsure ou griffure), multiplication


locale, transport par les monocytes, migration le long des nerfs (= neuroprobasie), arrivée a
l’organe effecteur, le système nerveux central, où il engendre des lésions (corps de Négri,
puis modifications comportementales).

Le virus migre à nouveau, dans le sens inverse, le long des nerfs (= septinévrite) pour
atteindre certains organes comme la peau (rare), la cornée (rares contamination par la voie
iatrogène via des greffes de cornée en Inde), les glandes salivaires (au maximum 15 jours
avant l’apparition des symptômes → DANGER !) permettant ainsi la contamination d'un
autre individu.

13/20
Physiopathogénie du virus rabique

Le virus est présent dans la salive avant même que les symptômes nerveux
n’apparaissent (15 jours avant), alors que l’on est toujours en période d’incubation :
l’animal est donc une source de contamination. Ce sont ces animaux les plus dangereux
car on ne sait pas encore qu’ils sont contaminés par le virus de la rage et pendant ce
temps ils peuvent infecter d’autres animaux. Etant donné la gravité de la rage, dès qu’un
animal mord il faut mettre en place un protocole mordeur et le surveiller pendant 15
jours minimum pour voir si des modifications comportementales apparaissent.

Remarque : il existe des cas de transmissions beaucoup plus anecdotiques. C’est le cas,
rarissime de spéléologues qui ont contracté la rage en allant dans une grotte remplie de
chauves-souris. Le virus a infecté les deux spéléologues par la cornée sur laquelle était
tombée de la salive de chauve-souris...

14/20
IV. Conséquences et applications

A. Le diagnostic

1. Clinique
Devant tout changement comportemental chez un animal, même si celui-ci a mangé
des produits chimiques … on DOIT penser à la rage. Si on l’oublie il s’agit d’une faute
professionnelle, même dans une zone non infectée par la rage ! Ensuite, il faut moduler
notre diagnostic selon la situation épidémiologique dans laquelle on se trouve et suivant le
mode de vie de l’animal. La France est considérée comme débarrassée de la rage des
mammifères terrestres (attention aux chauves-souris), mais il faut faire attention aux
animaux ayant voyagé dans des pays à risque. Et même en pays occidental en zone
considérée comme non infectée par la rage. "Mais tout n'est pas rage !"

L’animal doit être mis en quarantaine dès qu’il y a une suspicion. Si cela peut
correspondre à la rage on fait un diagnostic expérimental.

2. Expérimental

Pour la rage, en médecine vétérinaire, le diagnostic indirect n’a aucun intérêt sauf peut
être pour déterminer le titre en anticorps vaccinaux lors d'un voyage a l'étranger, ou pour
vérifier l'efficacité d'un vaccin, mais en aucun cas pour déterminer si l'animal est porteur
de la rage.

A LA KODJO ♫
" *couic*on fait l'eutha [...] Le virus court le long des nerfs jusqu'au cerveau où il se planque. Vous cherchez les
anticorps : mais y en a pas ! C'est interdit !! Enfin moi je vous l'interdis. [...] La loi ne prévoit pas ça. [...] La
recherche d'anticorps a un seul but unique : rechercher à vérifier la vaccination."

En effet, si on ne trouve pas d'anticorps antirabiques on risque de libérer un animal


potentiellement vecteur de rage car l’animal peut être en période d’incubation et peut ne
pas encore avoir produit d’anticorps (faux négatif).

Pour réaliser le diagnostic direct il faut abattre l’animal suspect, il ne se fait donc
qu’à la mort de l’animal. Les différents prélèvements que l’on peut envoyer au laboratoire
sont : la tête sectionnée a la base du cou, l’encéphale après décérébration ou les animaux
entiers lorsqu’ils sont de petite taille.

Différentes méthodes peuvent actuellement être utilisées :

- l'immunofluorescence directe avec des anticorps (à partir d’une coupe


d’encéphale)
- la mise en culture sur des neuroblastomes

15/20
- l’inoculation à des souriceaux (seulement quand on veut voir s’il s’agit d’un
nouveau génotype)
- la RT-PCR de l’ARN viral sur l’encéphale une fois l'animal mort (...)

Au laboratoire, on dissèque le cerveau de l’animal infecté (a) et on isole le


virus. On réalise alors des calques (b), puis on révèle la présence du virus par
immunofluorescence (c). Avant on inoculait le virus à des souriceaux afin de voir l’apparition
de symptômes sous 7 jours (d), mais c’est risqué pour le manipulateur, donc seulement
réalisé dans le domaine de la recherche.

"depuis qu'on a
découvert le
neuroblastome mes
fesses vont mieux."

Diagnostic du
virus de la rage
en laboratoire

Aujourd'hui, cette technique a été remplacée par des cultures sur tapis de cellules de
neuroblastomes : après 7 jours on regarde ce qu’il se passe lors de la mise en présence
d'anticorps antirabiques marqués. On peut aussi utiliser les calques d’organes marqués à la
fluorescéine.

Certains laboratoires ont essayé de développer d’autres méthodes de diagnostic


comme des tests ELISA mais il s’est avéré que ces tests donnaient beaucoup trop de faux
positifs.

On peut aussi rechercher les corps de Negri en histologie mais on peut avoir un
résultat négatif car il y a très peu de corps de Negri dans tout le cerveau, donc il y a toujours
un doute. Les corps de Negri sont des inclusions acidophiles intra-cytoplasmiques
correspondant à des particules virales assemblées ou pas. Ceci n’est quasiment plus fait
aujourd’hui.

16/20
Corps de Négri au MO

(il faut passer plusieurs coupes du cerveau pour éviter les faux négatifs)

Remarque : un animal mort n'est contagieux que pendant les 6h suivant sa mort, ensuite
l’acidité du cadavre due a la putréfaction inactive les virus.

B. Epidémiologie

Epidémiologie de la maladie

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Les animaux en phase préclinique sont les plus dangereux car ils excrètent du virus
sans être suspectés. L’animal en phase clinique reste dangereux mais on s’en méfie plus.

Lorsqu’un animal mord un homme, il convient de le placer immédiatement en


observation pour une durée de 15 jours. Pendant ce temps, on donne un traitement à la
personne mordue sous la forme d’une sérovaccination (sérum antirabique). Si l’animal
commence à montrer les symptômes de la rage, la législation prévoit son euthanasie et
l'envoi de sa tête au laboratoire pour réaliser un diagnostic expérimental. En parallèle, on
continue toujours le traitement chez l’homme. Si au bout de 15 jours l’animal va toujours
très bien, on peut arrêter de traiter l’homme.

Remarque : Dans une région ou les chauves-souris sont nombreuses il ne faut pas oublier
de penser a la rage même si ce ne sont, a priori, pas les mêmes génotypes qui touchent les
chauves-souris et les autres mammifères.

C. Prophylaxie

L’objectif est de prévenir la contamination humaine et animale. Elle consiste en :

- la destruction des réservoirs potentiels (les chauves-souris, chiens errants selon le


pays concerné), c’est la prophylaxie sanitaire ; on peut utiliser des anticoagulants
mélangés à de la vaseline. De contact en contact, la vaseline diffuse dans la colonie
"et flooosh tout le monde meurt".
- la protection des animaux réservoirs : = prophylaxie médicale ; on réalise des
campagnes de vaccination avec des vaccins recombinants dans des appâts (de
Poxvirus)
- la protection des hommes et animaux domestiques : = prophylaxie médicale
vaccination de l'animal de compagnie, de l'homme qui travaille auprès des animaux
(vétérinaires, employés d'abattoir...)

La rage est une maladie réputée contagieuse.

18/20
Prophylaxie de la rage

Remarque , utile en viro et en génétique médicale :

Avant en France, les renards constituaient un des derniers réservoirs : on a donc eu l’idée
d’utiliser un Poxvirus, résistant dans le milieu extérieur, dans lequel on a introduit le gène
qui code pour les glycoprotéines rabiques. Ces Poxvirus modifiés ont ensuite été introduits
dans des appâts disséminés dans la nature afin d’être consommés par les renards. En les
mangeant, les renards se vaccinaient contre la rage. Aujourd’hui la rage des mammifères a
disparu en France (= protection du réservoir), elle est en voie d’éradication dans d’autres
pays d’Europe.

En ce qui concerne la protection de l’homme et des animaux, en France, seuls les


vaccins inactivés sont autorisés, de manière à éviter toute réversion par une mutation qui
réactiverait le virus. Les vaccins sont donc constitués de virus fixes, produits sur culture
cellulaire et inactivés par des β propiolactones.

La vaccination antirabique se fait selon un protocole strict : l’animal doit être âgé de
plus de 3 mois, identifié, posséder un passeport, et être vacciné par un vétérinaire agréé qui
remplit alors un document officiel. Une seule injection en primo-vaccination suffit, mais
l’immunité est acquise seulement 21 jours plus tard. Les rappels doivent être réalisés tous
les ans.

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La France étant indemne de rage, la vaccination n’est plus obligatoire, mais ce n’est
pas le cas pour tous les pays, donc si l’on veut voyager il faut vacciner. Pour les animaux
entrants en France : s’ils viennent d’un pays où la rage est maitrisée (Etats Unis,
Angleterre,…) il faut une vaccination antirabique normale ; pour les pays à risque, on vérifie
le titre en anticorps qui doit être suffisant pour prouver que l’animal est immunisé contre la
maladie.

QUESTION :

Si vous avez le choix, quel vaccin contre la rage : inactivé ou vivant vous utiliseriez ? Expliquez
votre choix.

"Je vous demande de ne pas réfléchir : en France il y a une police sanitaire qui donne tout :
1. animal identifié 2. vaccin agréé (recombinant ou inactivé) 3. le vaccinateur est un véto agréé 4. animal de plus
de 3 mois d'âge. La vaccination est règlementée donc il ne faut pas réfléchir. Après si on réfléchit, on choisira
effectivement un vaccin inactivé !

20/20
CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

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REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM

CE DOCUMENT A ETE OFFERT PAR

REDA MOHAMED GUESSOUM, DVM


LES PICORNAVIRIDAE

I- Présentation des Picornaviridae ................................................................ 2


A) Généralités ............................................................................................. 2
B) Importance........................................................................