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Cours de Biochimie générale IAA1 & CIGE1, ENSAI-UN

Support de Cours

Biochimie
Générale
Bases fondamentales de la biochimie industrielle

A l’usage des étudiants de première année IAA & CIGE

2020 - 2021

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Cours de Biochimie générale IAA1 & CIGE1, ENSAI-UN

Objectif du cours
Prendre connaissance des notions/bases fondamentales de la Biochimie agro-industrielle (Rappels de
chimie, Unités de base structurale des biomolécules, Eléments d’enzymologie et de Bio-énergétique).

Contenu du Cours
I – RAPPELS DE CHIMIE

1 ‐ Liaisons chimiques
2 - Eau : solutions aqueuses et solutions tampons
2-1- Propriétés physiques de l’eau
2-2- Equilibre acido-basique
2-3- Détermination des pH des solutions aqueuses et tampons
II – UNITES DE BASE STRUCTURALE DES BIOMOLECULES

1- Les oses et osides


2- Les acides gras et glycérides
3- Les acides aminés et peptides
4- Les bases azotées et nucléotides

III – ELEMENTS D’ENZYMOLOGIE ET DE BIO-ENERGETIQUE

1- Notions d’enzymologie
2- Aperçu général de la bio-énergétique

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I – Rappels de Chimie
I-1 Liaisons chimiques
Les atomes sont les plus petites unités de la matière en mesure de participer à des réactions
chimiques.

Dans un atome, les électrons sont disposés en couches électroniques qui sont des régions
correspondant à différents niveaux énergétiques. Les niveaux se superposent du noyau à l’extérieur et
chacun d’eux peut contenir un nombre maximal caractéristique d’électrons (2 électrons pour la première
couche et 8 électrons pour les couches suivantes).

Un atome peut donner ou recevoir des électrons ou en partager avec d’autres. Les propriétés chimiques
des atomes sont déterminées en grande partie par le nombre d’électrons dans le dernier niveau
électronique.

Nombre d’électrons Nombre de liaisons


périphériques possibles
Hydrogène (H)
1 1

Carbone (C)
4 4

Azote (N)
5 3

Oxygène (O)
6 2

Magnésium (Mg)
2 2

Phosphore (P)
5 3

Soufre (S)
6 2

Liaison ionique
Les atomes sont neutres électriquement quand le nombre de charges (+) est égal au nombre de
charges (-). Mais quand un atome gagne ou perd des électrons il devient chargé et s’appelle ion. La

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liaison ionique est l’attraction qui s’exerce entre les ions de charge opposée et qui les lie ensemble de
façon à former une mole stable.

Liaison covalente
C’est le lien chimique unissant 2 atomes qui partagent au moins une paire d’électron. Les liaisons
covalentes sont plus fortes et beaucoup plus fréquentes que les liaisons ioniques véritables. Quand une
paire d’électron est partagée entre les atomes, il y a formation d’une liaison covalente simple ; deux
paires partagées donnent une liaison covalente double et trois paires donnent une liaison covalente
triple.

Liaison hydrogène
C’est une autre liaison chimique particulièrement importante. Elle se forme quand un atome
d’hydrogène uni par liaison covalente à un atome d’oxygène ou d’azote est attiré par un atome
d’oxygène ou d’azote. Ces liens sont trop faibles pour permettre aux atomes de se constituer en
molécule. Toutefois, ils servent entre molécules.

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Liaison hydrophobe
Lorsque les moles possédant à la fois des pôles polaires et des pôles apolaires sont mises en solution,
les radicaux hydrophiles ou polaires tendent à se rapprocher des molécules hydrophobes ou apolaires
qui fuir l’eau ; tout se passe comme s’il y avait une force qui les unissait. On dit qu’elles sont liées par
des liaisons hydrophobes. En réalité ces liaisons n’existent pas ; elles résultent seulement de la force
qui uni les moles d’eau qui entourent les moles possédant les 2 pôles, créant un véritable filet de
liaisons hydrogènes tout autour de ces zones hydrophobes.

Liaison de Van-der-waals
Ce sont des liaisons entre 2 charges partielles (-) et (+) crées par des dipôles. Ces dipôles induis
peuvent être permanent (cas des L-H) ou transitoire. L’énergie de ces liaisons est la plus faible.

Liaison riche en énergie


Les réactions couplées sont rendues possibles grâce à des substrats énergétiques dont l’hydrolyse
libère une grande quantité d’énergie. Le coenzyme Adénosine Tri Phosphate (ATP) en est un exemple.
Dans ces molécules les liaisons chimiques dont l’hydrolyse libère plus de 30kj/mol sont appelées
liaisons riches en énergie et symbolisées dans la formule développée par une liaison de forme ondulée
(~). Ce sont des liaisons anhydrides, phosphoamides, phosphoénol ou thioesters.

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I-2 L’eau : Solutions aqueuses et solutions tampons


L’eau est l’un des composés inorganiques le plus important et abondant (65 à 75%) du poids de la
cellule. C’est le milieu dans lequel s’effectuent les réactions métaboliques. La structure et le
fonctionnement cellulaire sont nécessairement adaptés aux propriétés de l’eau.

I-2-1 Propriétés physiques de l’eau


La nature polaire de l’eau lui confère 3 caractéristiques importantes :

- Le point d’ébullition : chaque mole d’eau est à mesure de former 4 liaisons H avec les moles d’eau
environnantes. Ceci confère à l’eau une grande cohésion. Il faut par conséquent une grande quantité de
chaleur pour dissocier les molécules d’eau et former de la vapeur. Ainsi le point d’ébullition de l’eau est
relativement élevé (100°C) par rapport à celui du méthanol (65°C), de l’éthanol (78°C) et du propanol
(97°C).

- La polarité : elle en fait un excellent solvant et explique sont rôle caractéristique de réactif ou de
produit de beaucoup de réactions chimiques.

- Le Tampon thermique : la densité des liaisons H entre les molécules de l’eau en font un excellent
tampon thermique. Une quantité d’eau doit gagner beaucoup de chaleur pour que sa température
s’élève et perdre beaucoup pour que sa température s’abaisse.

I-2-2 Equilibre acido-basique


Tout système (organisme) doit maintenir un équilibre constant entre les acides et les bases pour rester
en bon état. Les réactions biochimiques (réactions dans un système vivant) sont extrêmement sensibles
aux petits changements d’acidité et d’alcalinité dans les milieux où elles se déroulent. C’est pourquoi les
acides et les bases qui se forment continuellement dans les organismes doivent être tenus en équilibre.

- Dissociation de l’eau : l’eau est légèrement ionisée et participe à l’équilibre acide/base.

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• La constante d’équilibre k de l’eau s’exprime comme suit :

• Le produit ionique de l’eau

- Echelle de pH : C’est l’échelle logarithmique représentant les concentrations en ion H+, elle varie
entre 0 et 14 et tous ces pH existent dans nos produits courants.

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- Acide faible base faible : le concept des acides et des bases développés par Bronsted Lowry définit
les acides comme des donneurs de protons et les bases comme les accepteurs de protons. Par
conséquent chaque acide possède une base conjuguée.

Acide Base + H+
Certaines espèces ioniques peuvent agir à la fois comme des acides ou comme des bases. Elles sont
connues sous le nom d’Ampholytes ou sont dites amphotères. Les acides chlorhydriques, sulfuriques
et nitriques communément appelés acides forts sont complètement ionisés dans les solutions aqueuses
diluées de même que les bases fortes (NaOH, KOH).

Dans les milieux biologiques, il n’existe pas d’acide fort ni de base forte, mais les acides et les bases
faibles c-à-d qu’ils ne sont que partiellement ionisés dans la gamme des pH biologiques.

Cette relation est connue sous le nom d’équation de Henderson-Hasselbalch et est valable dans la
gamme des pH de 4 à 10 où les ions H+ et OH- ne contribuent pas de manière significative à la
concentration ionique.

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- Courbe de titrage d’un acide faible : Quand nous ajoutons progressivement de la soude à une
solution d’acide acétique le pH augmente avec la consommation de H+.

Au point majeur du titrage auquel 20mL de NaOH a été ajouté, le pH de la solution est égal au pKa de
l’acide acétique (4,8) et le nombre de mole d’acétate (CH3COO-) est égal au nombre de mole d’acide
acétique (CH3COOH). En continuant le titrage, l’acide acétique est progressivement converti en acétate
et le pH final de titrage est atteint à environ 7 auquel tout l’acide acétique aura donné tous ses protons à
OH- pour former l’eau.

(Na++OH-) +CH3COOH --> CH3COO- + Na+ + H2O

- Solution tampon: Lorsqu’on observe la courbe de titrage, on peut réaliser que le pH varie très peu
au voisinage de pH = 4.8. Cette capacité d’empêcher la variation du pH à la suite d’ajout de base est
liée au pouvoir tampon dont dispose les solutions d’acide ou de base faibles.

On dit d’une solution qu’elle est tampon lorsqu’elle résiste aux variations de pH consécutives à l’addition
d’acide ou de base ; les solutions jouent efficacement leur rôle tampon lorsque leur pH est compris
entre pKa -1 et pKa+1 avec un optimum à pH = pKa.

Les tampons les plus couramment utilisés au laboratoire sont : tampon phosphate (pH=7.2) ; tampon
Tris (tri-hydroxyméthylaminométhane) (pH=8.1) ; tampon citrate (pH= 6.0) ; tampon acétate (pH=4.8).

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I-2-3 Détermination des pH des solutions aqueuses et tampons

Cas des acides forts

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Cas des acides faibles

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Cas des bases fortes

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Cas des bases faibles

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Cas des tampons

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Cas d’un système de transformation acido-basique

CH3COOH + (Na++OH-) --> (CH3COO- + Na+) + H2O

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Exercices d’application

I- Solutions aqueuses : notion de pH

Exercice1 :
Une solution A possède une concentration de 10-1 mol/L. On prélevé 50 mL de A auxquels on ajoute
450 mL d’eau. On obtient une solution B. On dilue B 25 fois. On obtient une solution C.
Déterminer la concentration de C ?

Exercice2 :
Vous souhaitez effectuer une préparation contenant les ions Mg2+ ; Ca2+ ; K+ ; NO3- et Cl-.
Tels :

vous disposez d’une solution de nitrate de potassium (KNO3) à 0,5 mol/L, d’une solution de nitrate de
calcium (Ca(NO3)2) à 0,8 mol/L, d’une solution de chlorure de potassium (KCl) à 1mol/L et du chlorure
de magnésium cristallisé (MgCl2 ,6H2O)
1. Déterminer les volumes des solutions et la masse de solide à mélanger pour préparer cette solution,
que l’on complète à 1L avec de l’eau distille.
2. Calculer directement la concentration en ion Cl-.
3. Vérifier l’électroneutralité de la solution.

Exercice3:
Une solution contient de l’acide acétique (CH3COOH, pKa = 4,8) 0,015 mol/L et l’acétate de sodium
(CH3COONa) 0,050 mol/L.
1. Calculer le pH de cette solution
2. Est-ce une solution tampon ? Pourquoi ?
3. On ajoute à 500mL de cette solution 0,1 mol de HCl, quel est le pH de la nouvelle solution ?
4. Quel serait le pH si les 500mL étaient de l’eau pure ?

Exercice4 :
1. Calculer le pH d’une solution 0,1 M de Tris (trihydroxyméthyl) aminométhane. pKa Tris = 8,02.
2. A 1L de cette solution, on ajoute 3mL d’acide chlorhydrique concentré 36,5%, d=1,19g/mL. (on donne
MM HCl = 36,5).
- Calculer le nombre de mole d’acide ajouté
- Calculer le nombre de mole des espèces moléculaires de Tris en solution
- Quel est le pH de la solution ainsi préparée ?

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II- Evolution d’un système chimique (acido-basique) en milieu aqueux

Exercice5 :
Dans un système chimique, on utilise une solution d’acide bromhydrique (HBr) de concentration molaire
c = 5,0.10–3 mol.L–1. La mesure du pH donne pH = 2,3.
1. Ecrire l’équation de réaction correspondant à la transformation du bromure d’hydrogène avec un
excès d’eau.
2. Calculer la concentration molaire en ion H3O+ dans le milieu à différentes étapes de la
transformation (début, en cours, fin).
3. Etablir le tableau de suivi de la transformation avec les concentrations des composés.
4. Comparer les concentrations molaires des composés moléculaires et ioniques et conclure.

Exercice6 :
A l’état final d’une transformation chimique, on mesure le pH d’une solution d’acide benzoïque (C6H5–
COOH) de concentration initiale c = 1,0.10–2 mol.L–1. Le résultat de la mesure est pH = 3,1 à 25 °C.
1. Écrire l’équation de cette réaction de transformation.
2. Montrer que l’état final de la transformation de l’acide benzoïque avec l’eau est un état d’équilibre.
NB : pour montrer qu’une transformation n’est pas totale, on calcule le taux d’avancement final (τ = xf/xm
= cf/c) et on établit le tableau de suivi avec les concentrations.
3. Calculer le Ka et le pKa associés au couple C6H5 – COOH/C6H5 – COO –.
4. On ajoute au milieu quelques gouttes d’une solution de soude (le volume de solution reste
pratiquement inchangé). Écrire l’équation-bilan de la réaction et calculer la constante d’équilibre.
Donnée : produit ionique de l’eau Kw = 1,0.10–14 à 25 °C

Exercice7 :
Dans un système chimique, on utilise un volume v1 = 100 mL d’une solution de benzoate de sodium
(C6H5–COONa) de concentration c1 = 1,0.10–2 mol.L–1 et de pH égal à 8,1. Les ions mis en solution sont
les ions C6H5–COO– et Na+.
1. Écrire l’équation de la réaction de C6H5–COO– avec l’eau.
2. Exprimer la constante d’équilibre associée à cette réaction. Ke = 1,0.10–14 à 25°C.
3. On verse dans le milieu contenant la solution un peu d’acide chlorhydrique. Le pH de la solution
obtenue est égal à 5,5. Quelle est l’espèce prédominante, C6H5–COO– ou C6H5–COOH ?

Exercice8 :
Pour ajuster le pH d’une préparation, on effectue le titrage de l’acide éthanoïque (CH3-COOH,
VA=50mL) dans le milieu par une solution d’hydroxyde de sodium (NaOH, CB=0,1mol.L–1). On mesure le
pH après chaque addition de NaOH.

1. Représenter la courbe de titrage pH = f(V).


2. Déterminer le volume VB de solution d’hydroxyde de sodium versé à l’équivalence.
3. Calculer la concentration molaire de la solution d’acide éthanoïque dans le milieu.

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II – Unités de base structurale des


biomolécules

II-1- Introduction
La chimie des organismes vivants est organisée autour de 4 molécules, qui constituent presque toute la
fraction solide des cellules : les glucides, les lipides, les protéines et les acides nucléiques.

Du point de vue chimique, les glucides sont composés de C, H et O réunis en une ou plusieurs
molécules. Les glucides (principalement les polysaccharides) ont 2 fonctions importantes. Certaines
comme l’amidon, constituent des formes de stockage de carburant énergétique, et d’autres comme la
cellulose servent d’éléments structuraux principaux extracellulaires.

Les lipides, substances graisseuses ou huileuses sont des molécules organiques (composés de C, H,
O et parfois de P de S ou N) insolubles dans l’eau (lipos) et solubles dans les solvants organiques
apolaires comme l’alcool, le benzène et le chloroforme. Ils ont deux fonctions essentielles : composants
structuraux principaux des membranes et forme de stockage de carburant énergétique.

Les protéines constituent la plus grande partie de la matière vivante. De nombreuses protéines ont des
activités catalytiques spécifiques et ont une fonction enzymatique.

Les acides nucléiques, DNA et RNA, ont les mêmes fonctions universelles dans toutes les cellules. Ils
participent au stockage (DNA), à la transmission et à la traduction (RNA) de l’information génétique.

III-2- Les glucides


Les glucides (polysaccharides) sont formés de très nombreuses unités. L’amidon et la cellulose, par
exemple, sont formés de longues chaînes d’un seul type de molécule : un sucre parental, le glucose.
Mais le glucose est également le précurseur d’autres sucres comme le galactose, le fructose, le
maltose, le lactose et le saccharose qui sont eux-mêmes des unités de base structurale pour de
nombreux glucides.

Les glucides sont classés en deux grands groupes : les oses et les osides. Les oses ou
monosaccharides sont les composés les plus simples des glucides. La combinaison de plusieurs oses
conduit à la formation d’un oside ou saccharide. Les oses sont divisés en deux groupes : les aldoses et
leurs dérivés ; les cétoses et leur dérivés. Les osides sont aussi divisés en deux groupes : les
holosides constitués uniquement d'oses simples (amidon, glycogène, saccharose) et les hétérosides
constitués d'une partie glucidique ± importante et d'une partie non glucidique (aglycone).

Les diholosides ou disaccharides et les polyholosides ou polysaccharides qui sont les glucides les
plus importants en industries chimiques, agroalimentaires et biotechnologies appartiennent au groupe
des holosides.

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II-2-1 Les Oses


II-2-1-1 Présentation
Les oses ou monosaccharides, sont les plus simples des glucides. Ce sont des polyalcools portant
une fonction aldéhyde ou cétone voisine d’une fonction alcool. Non hydrolysables et doués d’un pouvoir
réducteur, ils possèdent un squelette carboné linéaire, comportant 3 à 6 C (quelquefois 7, voire 8
carbones).

Les plus connues des oses sont le glucose, le galactose et le fructose doués d’un pouvoir sucrant. Il
faut toutefois noter que le glucose et le galactose goûtent beaucoup moins sucré que le fructose.

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On retrouve du glucose et du fructose dans la plupart des végétaux au goût sucré. Le sirop de maïs est
un sirop de glucose fabriqué à partir de fécule de maïs. Beaucoup d’aliments sucrés produits par
l’industrie contiennent du sucre inverti. Il s’agit d’un mélange de glucose et de fructose.

II-2-1-2 Classification
La classification des oses peut être basée sur deux éléments : la longueur de la chaîne carbonée et la
nature de la fonction carbonyle.

En fonction du nombre d’atomes de carbone de leur squelette, on distingue : les trioses (3


carbones), les tetroses (4 carbones), les pentoses (5 carbones), les hexoses (6 carbones) et les
heptoses (7 carbones). La plupart des oses que l’on retrouve chez les êtres vivants sont des pentoses
(C5H10O5) ou des hexoses (C6H12O6).

On retrouve la plupart des pentoses dans les acides nucléiques (comme l’ADN par exemple). Les plus
importants sont : le ribose et le desoxyribose.

Les hexoses sont les oses les plus abondants dans la nature. Les plus connus sont : le glucose (ou
dextrose), le fructose (ou levulose) et le galactose. Le glucose est également appelé « sucre du
raisin ».

En fonction de la nature de la fonction carbonyle, on distingue : les aldoses, comportant une


fonction aldéhyde, et les cétoses, comportant une fonction cétone. Aldoses remarquables :
glycéraldéhyde ; érythrose ; ribose ; arabinose ; xylose ; glucose ; mannose ; galactose. Cétoses
remarquables : dihydroxyacétone ; ribulose ; fructose. Dans la nature, on trouve surtout des aldoses
tels que le glucose ; les cétoses sont moins abodants. Le fructose, sucre des fruits, reste le plus
répandu des cétoses.

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Toutefois, les 2 classifications peuvent être combinées (aldohexose, cétopentose, aldopentose,


cétohexose).

TAF : Ecrire la structure du ribose (aldopentose) et du ribulose (cétopentose)

III-2-1-3 Isomérie des oses

Tous les aldoses dérivent théoriquement du D-glycéraldéhyde. La molécule possède un carbone


asymétrique donc 2 énantiomères possibles (Deux isomères différant par la configuration absolue de
tous leurs carbones asymétriques = images l'un de l'autre dans un miroir) : D = OH à droite du carbone
n-1 ou L = OH à gauche. On regarde le OH du carbone voisin du carbone porteur de la fonction alcool
primaire (carbone n-1). Les glucides naturels sont de la série D.

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D et L glycéraldéhyde représentés en Fischer

On peut faire dériver les cétoses de la dihydroxyacétone : Les cétoses portent une fonction cétone
sur le deuxième carbone, ce qui fait qu'ils possèdent un carbone asymétrique de moins que leur
homologue aldose. Les autres propriétés sont semblables à celles des aldoses.

Dihydroxyacétone

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La dihydroxyacétone n’a pas d’activité optique. Pas de pouvoir rotatoire donc son image dans un miroir
est elle-même.

L’érythrulose

Par ailleurs l'asymétrie du carbone confère à la molécule un pouvoir rotatoire, c'est-à-dire la


susceptibilité de la solution de glucide à dévier le plan de polarisation d'une lumière polarisée. L'angle
de déviation dépend de plusieurs facteurs, notamment le pH, la concentration et la longueur du trajet
optique, mais aussi de la nature du glucide. Les glucides qui dévient la lumière à droite sont dits
dextrogyres et notés (+), ceux qui la dévient à gauche sont lévogyres (-).

La série D ou L de Fischer ne préjuge en rien du caractère dextrogyre (+) ou lévogyre (-) de la molécule.
Ainsi, le D-(+)-glucose est bien dextrogyre (= +52°), mais le D-(-)- fructose, lui, est fortement lévogyre (= -
92,4°). C'est d'ailleurs de là que leur viennent leurs anciens noms de dextrose et de lévulose,
respectivement.

Par la synthèse de Kiliani, on peut passer d'un glucide à (n) carbones à son homologue supérieur à
(n+1) carbones. Cette synthèse n'est pas stéréospécifique mais fournit deux épimères (isomères se
différenciant par la position d'un groupement hydroxyle autour d’un seul et même carbone asymétrique).

Le D-érythrose et le D-thréose sont


épimères au niveau du C2.

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Le D-glucose et le D-galactose sont


épimères au niveau du C4.

TAF : synthèse du D-pscicose, D-fructose, D-sorbose et du D-tagatose à partir de la DHA (on passe par
le D-érhytrulose puis par le D-ribulose et le D-xylulose) : on introduit le chaînon asymétrique (H-C-OH)
juste après la fonction principale.

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Filiation des D-aldoses et des D-cétoses

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III-2-1-4 Principales propriétés

❖ Propriétés physiques
• Pouvoir rotatoire

La principale propriété physique des oses est la propriété optique : tous les oses possèdent un
carbone asymétrique C* et dévient la lumière polarisée. Le polarimètre est utilisé pour doser les
solutions de sucre assez concentrées et son principe repose sur la loi de BIOT (1815).

La loi de BIOT s’écrit : α = [α].l.c


α: angle de déviation en degré ; [α] : pouvoir rotatoire spécifique ; l : longueur de la cuve en dm ; c :
concentration en g/mL

[α] : est encore appelé constante de proportionnalité et on le note habituellement [α] D20 (pouvoir
rotatoire spécifique mesuré à 20°C avec la raie D du sodium qui a une longueur d’onde de 5893 °A.
α peut prendre des valeurs > 0, la molécule est dextrogyre et dévie la lumière polarisée à droite
(+). Si par contre α < 0, la molécule est lévogyre et dévie la lumière polarisée à gauche (-).
Lorsque dans une solution on a un mélange en quantité égale des formes dextrogyre et
lévogyre, on a un mélange racémique dont le pouvoir rotatoire est égal à 0.

• Caractéristiques spectrales

Les oses n’absorbent pas en ultraviolet mais dans l’infra rouge

• Solubilité et cristallisation

* Les oses sont solubles dans l’eau car présentent plusieurs groupes OH

* Les solutions aqueuses concentrées sont visqueuses, c’est des sirops (cristallisation difficile)
* La cristallisation est facilitée par ajout d’alcool (méthanol ou éthanol) où les oses sont peu
solubles.
* Les oses sont solubles dans le méthanol mais insolubles dans l’éther

❖ Propriétés chimiques

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• Oxydation des oses = caractère réducteur.


La fonction aldéhydique ou cétonique des oses est susceptible d'être oxydée, les oses sont
donc des composés réducteurs :

Le cuivre présent dans la liqueur de Fehling réagit avec la soude pour donner un précipité
rouge brique caractéristique :

• Estérification.
La fonction alcool primaire des oses peut facilement être estérifiée, notamment par de l'acide
phosphorique :

Les oses impliqués dans le métabolisme sont le plus souvent sous cette forme glucose-6-P,
fructose 1 ou 6 ou 1,6 P, etc., ce qui correspond en fait à une énergisation de ces composés.

• Action des acides concentrés.


Sous l'action d'un acide concentré à chaud, les aldoses et les cétoses (à partir de 5 C) donnent
naissance au furfural ou à des dérivés furfuraliques.

Les furfurals et dérivés se condensent avec des phénols pour donner des produits colorés utilisés pour
la caractérisation et le dosage colorimétrique des oses. Voir TP Biochimie pour plus de détail.

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Par ailleurs, c’est un des principes de la réaction de Maillard (coloration de la croûte du pain,
caramélisation, etc.).

III-2-2 Les Osides


III-2-2-1 présentation
Les osides ou saccharides sont des molécules qui donnent par hydrolyse 2 ou plusieurs molécules
d’oses identiques ou différents. Cette hydrolyse peut libérer uniquement des oses (holosides), ou des
oses et des groupements de nature non glucidique appelés aglycones (hétérosides).

En fonction du nombre de molécules d’oses (poids moléculaire), on divise les holosides en


oligoholosides (2, 3, 4 oses par molécule d’oside) et polyholosides (>10 oses par molécule d’oside).

Les plus connues des oligoholosides sont les diholosides dont le maltose, le lactose et le saccharose
en font partie. En revanche, l’amidon, la cellulose et le glycogène sont des polyholosides les plus
rencontrés.

III-2-2-2 Les diholosides


Deux oses sont unis entre eux par une liaison osidique (ou glycosidique) pour donner un diholoside.
Selon le mode de liaison des 2 oses, le diholoside est peut être non réducteur ou réducteur.

A. Diholoside non réducteur : liaison osido-oside

Il y a condensation de la fonction hémiacétalique de chaque ose par une liaison osido- oside.

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2. Diholoside réducteur : liaison osido-ose

Il y a condensation d’une fonction hémiacétalique d’un ose avec une fonction alcoolique d’un second
ose par une liaison osido-ose. Il reste donc dans le diholoside un -OH hémiacétalique libre responsable
du pouvoir réducteur de la molécule.

Le Maltose
C’est un produit d’hydrolyse obtenu lors de la digestion des polyosides (amidon et glycogène) par les
amylases. Il est formé par l’union de 2 molécules de glucose unies en α 1 4. C’est un oside réducteur. Il
est hydrolysé en 2 molécules de glucose par une enzyme spécifique, la maltase. Maltose = α,D-
glucopyranosyl (1-4) D-Glucopyronose

Le maltose est soluble dans l’eau, légèrement soluble dans l’alcool, se cristallise en fines aiguilles et est
dextrogyre. Il est facilement digestible et est utilisé pour préparer des aliments pour nourrissons, comme

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la farine lactée et certaines boissons. Fermenté par la levure, il est important pour le brassage de la
bière.

Le Lactose
Il est présent dans le lait de tous les mammifères à des teneurs très variables (10 à 80 g/L selon les
espèces). C’est un diholoside réducteur constitué d’une molécule de Galactose et d’une molécule de
Glucose unies par une liaison β 1-4 osidique.

Le Saccharose
C’est un diholoside non réducteur, très répandu dans les végétaux. C’est le sucre de table ordinaire,
extrait de la betterave sucrière et de la canne à sucre. Il est soluble dans l’eau et dans une moindre
mesure dans l’alcool et l’éther. Lorsqu’il est cristallisé, le saccharose forme de longues aiguilles minces.

Le saccharose a un pouvoir rotatoire dextrogyre. Par hydrolyse il donne naissance à un


mélange lévogyre. Ceci s’explique car, dans le mélange, le pouvoir rotatoire lévogyre du fructose (-92°)
est supérieur au pouvoir rotatoire dextrogyre du glucose (+52°). Cette propriété a valu au mélange le
nom de sucre interverti, parce qu’il y a eu une inversion du sens du pouvoir rotatoire.

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Notons que le sucre inverti a un pouvoir sucrant plus important que celui du saccharose. Le goût très
sucré du miel est dû à sa richesse en sucre inverti.

Lorsqu’il est chauffé à des températures supérieures à 180°C, le saccharose se transforme en une
substance amorphe, brune et sirupeuse appelée caramel.

Le saccharose est hydrolysable par voie chimique (chauffage en milieu acide : HCl N/10 ; 60°C) ou par
voie enzymatique avec une α-glucosidase ou une β-fructosidase. L’α-glucosidase est encore appelé
invertase ou sucrase.

III-2-2-3 Les édulcorant de synthèse

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Exercices d’application
Question I :
Structure d’un trisaccharide
Donner la structure selon Haworth du trisaccharide suivant :
α-D-manofuranosido-(1-1)-β-D-glucopyranosido-(2-2)-β-D-psicopyranoside. Le D-psicose est l’épimère
en C3 du D-fructose.

Question II :
Pouvoir rotatoire
On ajoute 50 mL d’eau distillée à 25 mL d’une solution A de D-xylose (pouvoir rotatoire = +19) de
concentration inconnue.
5 mL de ce mélange sont alors placés dans un tube de polarimètre de longueur 10 cm. L’angle de
déviation de la lumière polarisée mesurée dans ces conditions est de +3°. Calculez la concentration de
la solution A avant le mélange en g/L et en molarité.
20 mL de cette solution A sont additionnés à 20 mL d’une solution à 2,5% de fructose (pouvoir rotatoire
= -92°). Calculez l’angle de déviation de la lumière polarisée par ce mélange (on utilise les mêmes
conditions de mesure).

Question III :
Pouvoir sucrant et cristallisation de la crème glacée
Le lactose (sucre du lait), un disaccharide formé de glucose et de galactose existe sous deux formes
anomériques désignées par α et β. Les propriétés des deux anomères sont très différentes. Par
exemple l’anomère β possède un goût plus sucré que celui de l’anomère α. De plus l’anomère β est
plus soluble que l’anomère α ; en conséquence l’anomère α peut cristalliser quand une crème glacée
est conservée dans un congélateur pendant une longue période ce qui donne à la crème une
consistance granuleuse.
a- Dessiner la structure en représentation de Haworth des 2 anomères du lactose.
b- Justifier sur la base de ces structures, le fait que l’anomère β possède un goût plus sucré que
celui de l’anomère α.
c- Dessiner la structure en représentation de Haworth de tous les produits obtenus lorsque
l’anomère β est hydrolysé.
d- Existe-il une forme anomérique du saccharose ? Justifier votre réponse sur une base structurale

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III-3- Les lipides


Les lipides sont aussi formés d’un très petit nombre de molécules organiques. La plupart des molécules
lipidiques contiennent une ou plusieurs chaînes allongées d’acides gras parmi lesquels l’acide
palmitique et l’acide oléique qui sont des composés apparentés. De nombreux lipides contiennent aussi
un alcool le glycérol et certains contiennent de l’acide phosphorique.

On classe les lipides en 2 catégories : les lipides à base d’acides gras et les lipides à bases
d’isoprènes (lipides polyisopréniques).

Les lipides à base d’acides gras sont également appelés lipides vrais ou lipides saponifiables (lipides
qui, traités avec du NaOH ou KOH, donnent du savon). En revanche, les lipides n’aboutissant pas à la
formation du savon par traitement alcalin sont appelés lipides insaponifiables.

III-3-1 Les lipides saponifiables

III-3-1-1 Les acides gras


Les acides gras sont des acides carboxyliques aliphatiques à chaîne carbonée plus ou moins longue
dérivant de/ou contenu dans les graisses animales et végétales. Par extension, le terme est parfois
utilisé pour désigner tous les acides carboxyliques à chaîne carbonée non cyclique.

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Les acides gras ont généralement un goût aigre et une odeur prononcée. Ils sont insolubles dans l’eau,
mais solubles entre eux et dans les solvants organiques comme l’éther.

Les acides gras diffèrent entre eux par la longueur de la chaîne carbonée (de 4 à 18 atomes de
carbone pour les acides gras les plus connus, généralement un nombre paire) et par le type de liaisons
qui réunissent leurs atomes de carbone : ont dit qu’ils sont saturés lorsqu’ils ne contiennent que de
simples liaisons carbone-carbone, et insaturés lorsqu’ils comptent au moins une double liaison
carbone-carbone.

On connait une quarantaine d’acides gras naturels, dont les plus importants sont l’acide butyrique (ou
butanoïque), que l’on trouve dans le beurre, l’acide palmitique (huile de palme), l’acide stéarique (suif),
l’acide linoléique (huile d’arachide) duquel est dérivé l’acide arachidonique, et l’acide linolénique (huile
de bourrache). Les acides linolénique et linoléique sont des acides gras dits essentiels : les animaux
sont incapables de les synthétiser et doivent donc obligatoirement les trouver dans leur alimentation.

Dans l’industrie, les acides gras sont fabriqués par l’hydrolyse des liaisons esters de triglycérides
(lipides constitués de glycérol et de trois acides gras).

❖ Acides gras saturés

Un acide gras saturé est un acide gras totalement saturé en hydrogène : toutes les liaisons entre les
carbones sont simples (pas de liaisons doubles). Les acides gras saturés sont généralement solides à
température ambiante (sous forme de graisse) à l’exception des acides butyrique (C 4H8O2) et caproïque
(C6H12O2). On les trouve dans les aliments d’origine animale comme le beurre, le lait et le fromage.

Les acides gras saturés ont pour formule chimique générale : H3C-[CH2]n-COOH où n est un nombre
entier égal ou supérieur à 2.

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❖ Acides gras insaturés

Un acide gras insaturé est un acide gras contenant une ou plusieurs insaturations (présence de
doubles liaisons carbone-carbone). Il est monoinsaturé s’il contient une seule double liaison carbone-
carbone. La présence d’une double liaison dans un acide gras entraîne une isomérie cis-trans.

Les acides gras naturels sont généralement de configuration cis. Cependant, on peut trouver des
acides gras trans naturels dans certains aliments comme les produits laitiers, les graisses et la viande
des ruminants (graisses de bœuf et de mouton : env. 4,5%, les produits laitiers de vache et de chèvre :
env. 3,3%, les viandes de bœuf et de mouton : env. 2%), ces acides gras trans proviennent de la
transformation bactérienne des acides gras insaturés dans le rumen. L’autre source d’acides gras trans
est l’hydrogénation catalytique partielle d’acides gras polyinsaturés.

A température ordinaire, les acides gras insaturés sont liquides (huiles) qu’on les trouve généralement
dans les aliments d’origine végétale, il est possible de transformer les huiles en graisses par
hydrogénation de leurs doubles liaisons (ajout d’atomes d’hydrogène), ce qui correspond à une

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saturation des doubles liaisons. Cette opération est utilisée par exemple pour obtenir les margarines à
partir des huiles végétales.

❖ Nomenclature

Chaque acide gras possède en général deux noms : un nom commun qui rappelle souvent son origine
(par exemple, l’acide caproïque qui se trouve dans le lait de chèvre, son nom est dérivé du mot latin
« capra » qui veut dire chèvre) ; et un nom systèmatique dérivant de sa structure ie nombre de
carbones, nombre d’insaturations, etc. Par exemple, l’acide gras Cx:0 où x indique le nombre d’atomes
de carbone et 0 indique qu’il y a zéro double liaison C-C et par conséquent, l’acide gras est saturé. La
position de la première double liaison C-C peut également être prise en compte (AG de type oméga :
ω). Par exemple, l’acide gras Cx:y ω -z est constitué de x carbones, y doubles liaisons C-C et dont la
première est à la zème position en partant du côté opposé du groupe acide).

Par exemple, l’acide linolénique est appelé « acide C18:3 ω -3 ». La première insaturation se situe sur
le carbone C16 (3ème position en partant du côté opposé au groupe acide) et les deux autres sur les
carbones C12 et C9. L’acide linolénique est donc un acide gras de la famille des omégas 3.

L’acide arachidonique est appelé « acide C20:4 ω -6 ». C’est donc un acide gras de la famille des
omégas 6.

Les différentes familles d’acides gras concourent électivement à la constitution de sortes précises de
tissus : les cellules nerveuses se nourrissent essentiellement des acides gras de la famille oméga 3
alors que le développement des muscles fait appel aux acides gras de la famille des oméga 3 et ceux
de la famille des oméga 6.

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Tableau : Quelques acides gras saturés linéaires

Tableau : Quelques acides gras insaturés linéaires

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III-3-1-2 Les lipides simples


Les lipides simples ou homolipides sont les lipides qui ne contiennent que le carbone, l’hydrogène et
l’oxygène. Ils sont souvent des esters d’un alcool et d’acides gras. Ils sont classés en 3 groupes : les
glycérides, les cérides et les stérides.

❖ Les glycérides ou acylglycérols

Les glycérides sont les lipides simples aussi appelés graisses. Ce sont des esters du glycérol et
d’acides gras (1 à 3 acides gras). Selon le nombre d’AG combinés au glycérol, on distingue les
monoglycérides, les diglycérides et les triglycérides. Les triglycérides sont les constituants principaux
des graisses animales et des huiles végétales (plus de 95%). Les monoglycérides et les diglycérides
sont beaucoup moins abondants que les TAG.

Glycérides

Dans l’organisme, les lipides sont stockés essentiellement sous forme de triglycérides. Les lipides
provenant de l’alimentation sont lipolysés au niveau des intestins en acides gras et en glycérol. Ces
derniers sont absorbés et sont de nouveau reconstitués dans l’arganisme pour former les triglycérides
adipeux.

❖ Les Cérides

Les cérides sont également appelés cires. Ce sont des esters d’un alcool aliphatique primaire de
longue chaîne, appelé alcool gras, et d’acides gras supérieurs à l’acide palmitique (16 atomes de C).
Ils se trouvent aussi bien chez les végétaux que chez les animaux. Chez les végétaux, ils sont
représentés par une cuticule plus ou moins impermable à la surface des feuilles et des fruits et jouent
un rôle protecteur.

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❖ Les Stérides

Les stérides sont des esters d’acides gras et de stérols (les stérols sont des alcools tétracycliques
rattachés au groupe des stérides). Suivant l’origine des stérols, on distingue 3 groupes : les fungistérols
(qui sont spécifiques aux champignons), les phytostérols (des végétaux) et les zoostérols (présents
dans les tissus animaux). Un exemple de stéride est le palmitate de cholestéryle obtenu par
estérification entre le cholestérol et l’acide palmitique.

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III-3-1-3 Les lipides complexes


Les lipides complexes sont des lipides qui contiennent en plus du carbone, hydrogène et oxygène un
ou plusieurs hétéroatomes (azote, phosphore, soufre). Suivant la nature de l’hétéroatome, on distingue :
les lipides phosphorés, les lipides azotés et les lipides soufrés.

❖ Lipides phosphorés

On appelle phospholipides (ou lipides phosphorés) les composés lipidiques contenant du phosphore.
On désigne sous le terme phospholipides l’ensemble des glycérophospholipides et des
sphingophospholipides.

- Les glycérophospholipides sont des esters de glycérol, 2 acides gras, un phosphate et un alcool.
Selon le type d’alcool, on distingue le phosphatidylcholine (alcool = choline), le
phosphatidyléthanolamine (alcool = éthanolamine), le phosphatidylsérine (alcool = sérine) et le
phosphatidylinositol (alcool = inositol).

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Glycérophospholipides

Les phosphatidylcholines sont connues sous le nom de lécithine. Ce composé est présent dans tous
les tissus vivants, en particulier dans les tissus nerveux et dans les globules rouges du sang. On trouve
également des lécithines dans les végétaux et le jaune d’œuf. La lécithine est utilisée comme
émulsifiant dans la margarine et dans d’autres préparations alimentaires. Les lécithines commerciales
sont produites principalement à partir de soja.

Une phosphatidylcholine (1-palmitoyl-2-oléoyl-phosphatidylcholine)

- Les sphingophospholipides sont des lipides membranaires ne contenant pas de glycérol. Ils sont
composés d’in acide gras à chaîne longue, un alcool gras aminé comme la sphingosine ou un de ses
dérivés et un phosphate. La sphingosine est un composé de 18 atomes de C, une double liaison trans,
un groupement aminé et 2 hydroxydes.

Un AG se fixe sur le NH2 et un phosphate sur le CH2OH

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❖ Lipides azotés

On appelle lipides azotés les composés lipidiques contenant de l’azote. Ce sont des constituants des
membranes biologiques. On distingue dans ce groupe : les acyles sphingosine ou céramides d’une
part et les sphingosidolipides ou glycolipides (cérébrosides) d’autre part.

Fig : Cérébroside (glycolipide)

❖ Lipides soufrés

Les lipides soufrés sont aussi appelés sulfolipides ou sulfatides. Il s’agit d’esters sulfuriques des
cérébrosides (glycolipides).

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III-3-2 Les lipides insaponifiables

Les lipides insaponifiables ou lipides polyisopréniques sont des lipides à base d’isoprène. Ce
groupe des lipides jouent un rôle biologique fondamental (hormones et vitamines). Ils sont divisés en
deux catégories : les terpénoïdes qui comprennent les caroténoïdes et les quinones à chaîne
isoprénique et les stéroïdes comprenant les stérols et leurs dérivés.

❖ Les caroténoïdes

Les caroténoïdes sont des composés formés par polymérisation d’un grand nombre d’unités
isopréniques. Les carotènes (pigment rouge-orangé), les xanthophylles (pigment jaune) et la
vitamine A font partie des caroténoïdes.

Les carotènes sont pour les animaux les précurseurs indispensables de la vitamine A liposoluble. Elle
provient de la coupure oxydante enzymatique sur la liaison de condensation 4-4 des carotènes.

La vitamine A, ou rétinol (diterpène-alcool cyclique), doit son activité au cycle β-ionone et à la


configuration trans de toutes ses doubles liaisons. Elle a un effet sur la régulation et la croissance et
dans le processus de la vision.

❖ Les quinones à chaîne isoprénique

Les vitamines E, les vitamines K, les ubiquinones et les plastoquinones font partie de ce groupe.

Les vitamines E encore appelées tocophérols, sont des 6-chromanols substitués, porteurs d'une
chaîne à 3 unités isoprènes. Cette chaîne est commune à tous les dérivés et indispensable pour leur

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activité. Son rôle serait une protection des acides gras polyinsaturés essentiels, des acides gras des
membranes et des lipoprotéines contre l'agression oxydante qui les dégrade par peroxydation : rôle de
piège à radicaux libres.

La vitamine K1 ou phylloquinone est biosynthétisée par les végétaux verts. C'est une naphtoquinone
à bras phytyle (diterpène) plus ou moins saturé. Chez les végétaux, cette vitamine joue un rôle
d’accepteur d’e- pendant la photosynthèse. Chez les animaux elle joue un rôle très important dans la
coagulation du sang. La vitamine K2 est encore appelée menaquinone et diffère de la K1 par le
nombre d’unités isopréniques (la K1 a 3 unités isopréniques et la K2 peut avoir 10).

❖ Les stéroïdes

Leur squelette est un carbure tétracyclique : le stérane (cyclopentano-perhydrophénanthrène). Les


stéroïdes regroupent les stérols, les acides et sels biliaires, les hormones stéroïdiennes et la
vitamine D et dérivés. Ces 3 derniers sont des dérivés des stérols.

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Les stéroïdes diffèrent les uns des autres par la nature et la position des différents groupements portés
par ce noyau, par la présence éventuelle de doubles liaisons et leur nombre.

Exemple de stérol : le cholestérol

Malgré sa mauvaise réputation, le cholestérol est essentiel à la santé : il s’associe aux phospholipides
pour former les membranes des cellules animales (il n’y a pas de cholestérol chez les végétaux) et sert
aussi à former différentes molécules essentielles comme les hormones stéroïdes, la vitamine D ou les
sels biliaires (ces derniers sont contenus dans la bile ; ils aident à la digestion des lipides dans
l’intestin).

La plupart de nos cellules fabriquent du cholestérol. Près de 80% du cholestérol de l’organisme est ainsi
synthétisé. Le reste provient de l’alimentation. La consommation d’aliments riches en cholestérol et en
gras saturés tend à faire augmenter le taux de cholestérol sanguin.

Toutes les études démontrent qu’il y a une correlation élevée entre un taux de cholestérol sanguin élevé
et les risques de maladies cardiovasculaires, particulièrement l’athérosclérose.

Le cholestérol est présent sous 2 formes dans l’organisme : le bon cholestérol et le mauvais
cholestérol. Le bon cholestérol (HDL : High Density Lipoproteins) est celui qui, uni aux acides gras
essentiels des huiles vierges, est assimilable par l’organisme. Le mauvais cholestérol (LDL : Low
Density Lipiproteins) est celui qui ne faisant qu’accompagner les graisses, se dépose n’importe où.

Remarque : Les huiles essentielles des végétaux (géraniol, limonène, menthol, pinène, camphre) qui
contribuent à l’odeur et à la saveur de certaines espèces sont aussi des lipides polyisopréniques.

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Exercices d’application
Exercice1 : Hydrolyse des lipides et charge électrique nette
Considérons les substances (a) 1-stéaryl 2,3-dipalmitoylglycérol et (b) 1-palmitoyl 2-
oléylphosphatidylcholine :
- Nommer les produits obtenus par l’hydrolyse de (a) et (b) avec du NaOH dilué.
- Quels sont les produits obtenus par action de NaOH concentré à chaud sur (b) ?
- Quelle est la charge électrique nette de (b) à pH 7,0 ? justifier.

Exercice2 : Point de fusion des acides gras


Les acides gras suivants sont contenus dans une huile couramment utilisée en cosmétique :
1- Donner la structure, le nom commun et le nom systématique de chacun des acides gras naturels
suivants : C18 ; C18:1(9) ; C18 9,12 ; C18 9,12,15.
2- Faites correspondre les points de fusion suivants à la série d’acides gras à 18 carbones de la
«question 1» :
a) (-5°C), (-11°C), (+16°C), (+69,6°C).
b) Quelles caractéristiques structurales de ces acides gras à 18 carbones peuvent être corrélées aux
points de fusion ?
c) Fournir une explication moléculaire à ces variations des points de fusion.

Exercice3 : Stabilité thermique des matières grasses


Certaines matières grasses utilisées en industrie, comme le beurre, rancissent rapidement par
exposition à l’air à la température ambiante, alors que d’autres, comme la margarine, restent
inchangées dans ces mêmes conditions. Donner une explication moléculaire à cette observation.

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III-4 Les protides


III-4-1 Les acides aminés
III-4-1-1 Définition et structure générale
Les acides aminés sont des acides carboxyliques qui portent un groupement amine (primaire) sur le
carbone porteur du groupement carboxyle. La fonction amine est une base et la fonction carboxyle est
un acide (fonctions ionisables). Ce sont des acides α-aminés (ou encore 2-amino-acides), exception
pour la proline qui a une amine secondaire (acide α-iminé).

Le rôle principal des aa est de former les protéines. Les aa peuvent aussi être des précurseurs de la
biosynthèse des hormones. Les aa ont un rôle prioritaire structural et fonctionnel. Ils peuvent dans
certaines conditions jouer un rôle énergétique.

Sur un ensemble de quelques 500 aminoacides, pour le moment inventoriés, seuls 20 de ceux-ci
composent les protéines. Leur formule générale s'écrit :

Le résidu R des 20 aa naturels (sauf la proline) constitue le trait distinctif des divers aa.

III-4-1-2 Classification des aminoacides


Selon la structure de leurs chaînes latérales, sept groupes d'aminoacides peuvent être définis :

❖ Groupe 1 : acides aminés aliphatiques

La chaîne latérale est une chaîne carbonée aliphatique linéaire ou ramifiée.

Glycine (Gly, G) :

Alanine (Ala, A) : R est un groupement méthyle

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Valine (Val, V) : R est un groupement isopropyle

Leucine (Leu, L) : R est un groupement isobutyle

Isoleucine (Ile, I) : R est un groupement butyle secondaire

❖ Groupe 2 : acides aminés aromatiques

La chaîne latérale contient un groupe aromatique, structure cyclique à 6 électrons délocalisés.

Phénylalanine (Phe, F) : R est un groupement phényle

Tyrosine (Tyr, Y) : R est un groupement phénol

Les alcools aromatiques sont des acides très faibles dont la forme base conjuguée est un phénate.

Tryptophane (Trp, W) : R est un groupement indole

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La délocalisation des électrons supprime les propriétés basiques de l'azote : le doublet électronique
n'est plus un accepteur de protons.

❖ Groupe 3 : acides aminés dicarboxyliques et leurs amides

La chaîne latérale contient un groupement carbonyle libre ou sous forme d'amide.

Acide aspartique (Asp, D) : groupement β-carboxyle

Le groupement β-carboxyle est ionisable. Il est chargé négativement à pH physiologique (forme base
conjuguée).

Asparagine (Asn, N) : amide de l'acide aspartique

Le groupement amide n'est pas protonable : le doublet électronique de l'azote est délocalisé et engagé
dans une orbitale hybride sp2 avec les atomes C et O.

Acide glutamique (Glu, E) : groupement γ-carboxyle

Le groupement γ-carboxyle est ionisable. Il est chargé négativement à pH physiologique (forme base
conjuguée).

Glutamine (Gln, Q) : amide de l'acide glutamique

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Le groupement amide n'est pas protonable (voir l'asparagine).

❖ Groupe 4 : acides aminés dibasiques

La chaîne latérale contient une fonction amine qui porte sous la forme acide conjuguée une charge
positive.

Lysine (Lys, K) : groupement ε-amino

Le groupement ε-amino est un accepteur de proton (forme acide conjugué : ion ammonium).

Histidine (His, H) : groupement imidazole

Le doublet libre de l'azote en position 3 est un accepteur de proton. Le doublet de l'azote en position 1
participe à la conjugaison des doubles liaisons et n'est pas disponible pour accepter un proton. Bien
évidemment, les rôles des deux azotes peuvent être échangés (formes mésomères).

Arginine (Arg, R) : groupement δ-guanidyle

La double liaison de l'azote (a) et les doublets libres des deux autres azotes forment un hybride de
résonance. Seul le doublet de l'azote (a) est libre et peut fixer un proton.

❖ Groupe 5 : acides aminés alcools

La chaîne latérale contient une fonction alcool. Les groupes OH ne sont pas ionisables.

Sérine (Ser, S) : alcool primaire

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Thréonine (Thr, T) : alcool secondaire

❖ Groupe 6 : acides aminés soufrés

La chaîne latérale contient un atome de soufre.

Cystéine (Cys, C) : groupement thiol

Le groupement thiol (SH) ou sulfhydrile est un donneur de proton, c'est un acide très faible (forme base
conjuguée : thiolate).

Méthionine (Met, M) : groupement thioéther

❖ Groupe 7 : iminoacide

L'amine de l'acide aminé est une amine secondaire (imine).

Proline (Pro, P) :
Le groupe α-amino est engagé dans une structure cyclique. L'amine est une amine secondaire (imine)
dont l'azote présente un doublet libre, accepteur de proton: la fonction base d'un acide aminé est donc
conservée.

Les animaux supérieurs sont incapables de biosynthétiser la totalité de ces aminoacides. Chez
l'homme, l'isoleucine, la leucine, la lysine, la méthionine, la phénylalanine, la thréonine, le tryptophane

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et la valine doivent être apportés par la ration alimentaire, ils sont qualifiés d'indispensables. A ceux-ci,
on peut ajouter des aminoacides essentiels que l'organisme synthétise à une vitesse trop lente:
l'arginine et l'histidine, qui sont indispensables pour le nouveau-né ou l'enfant.

III-4-1-3 Acido-basicité : titrage


Les aa sont des molécules amphotères : en solution acide, ils fixent les H+ (base) et prennent la forme
de cations ammonium substitués ; en milieu basique, ils libèrent les H+ (acide) et sont sous forme
d’anions carboxylates substitués.

On passe par un pH où les aa sont sous la forme dipolaire et où la charge de la molécule est nulle :
c’est le pH isoélectrique (pHi) qui correspond au point isoionique (pI). A ce pH, la solubilité est
minimale et l’aa ne migre pas si on le place dans un champ électrique (pôle - et pôle +).

La courbe de titration d’une solution d’aa présentera au moins deux zones tampon : au voisinage de
pH 2,3 et du pH 9,9.

Le pH isoélectrique est la moyenne arithmétique des pks correspondant aux 2 équilibres ioniques
pouvant être établis à partir de la forme zwittérionique de l’aa.

Ou

Les aminoacides qui portent au moins une fonction carboxylique et une fonction amine se présenteront
en solution aqueuse sous diverses formes en équilibre, chargées positivement ou négativement. Nous
pouvons faire la remarque importante suivante :
- pour un pH inférieur à la valeur du pI, la charge nette moyenne de l'aminoacide est positive.
- pour un pH supérieur à la valeur du pI, la charge nette moyenne de l'aminoacide est négative.

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Aminoacides à chaîne latérale ne comportant pas de groupe ionisable

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Aminoacides à chaîne latérale comportant une fonction acide

Aminoacides à chaîne latérale comportant une fonction base

Récapitulatif des pK des fonctions ionisables

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Rappels
Les groupements imidazole et guanidyle

On distingue 3 classes d’aa sur le critère de la polarité du radical (R) :


- R apolaire (hydrophobe)
Gly, Ala, Val, Pro, Met, Leu, Ile, Phe, Trp
- R polaire mais non chargé à pH physiologique (hydrophile)
Ser, Cys, Asn, Thr, Gln
- R polaire et chargé (plus ou moins hydrophile selon le pH)
Asp, Glu, Lys, His, Arg, Tyr

Trois catégories d'aminoacides sont définies d'après la valeur de leur pHi :


- aminoacide "acide" : Asp, Glu
- aminoacide "basique" : Lys, Arg, His
- aminoacide "neutre" : les autres

Zwitterion ou amphion: forme neutre de l’AA qui possède autant de charges positives que de
charges négatives (zwitter = hybride, donc zwitterion = ion hybride).

III-4-2 Les peptides

Les chaînes peptidiques sont le produit de la polymérisation covalente des aminoacides par des
liaisons peptidiques. Elles diffèrent par le nombre, la nature et l'ordre des aminoacides. On définit
arbitrairement :
- peptide : enchaînement d'un nombre d'aminoacide inférieur à 50. Parmi ceux-ci, on parle
d'oligopeptide pour un nombre d'aminoacides inférieur à 10 et de polypeptide pour un nombre supérieur
à 10.
- protéine : enchaînement d'un nombre d'aminoacides au-delà de 50.

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III-4-2-1 formation des peptidiques


La liaison est de type amide substituée : élimination d'eau entre les groupes α-COOH et α-NH2 de deux
aminoacides. Cette liaison amide lie les deux carbones Cα des deux aminoacides.

Cette réaction est thermodynamiquement en faveur de l'hydrolyse : la synthèse chimique d'un peptide
n'est possible qu'en milieu anhydre et avec une forme activée de l'acide (ATP). Cependant, une fois
formée, cette liaison est très stable et son hydrolyse spontanée est quasiment nulle.

Les chaînes peptidiques sont vectorisées : les liaisons peptidiques attachent les acides aminés dans un
ordre spécifique. Les conventions sont les suivantes :
- les aa engagés dans une chaîne peptidique sont appelés résidus. Leur nom est celui de l’aa,
auquel on ajoute le suffixe yl.
- les 2 aa aux extrémités de la chaîne sont appelés : aa N-terminal pour celui qui a sa fonction
α-aminée libre et aa C-terminal pour celui qui a sa fonction α-COOH libre.
- on numérote les aminoacides (aa1, aa2,…) en écrivant l'enchaînement de gauche à droite à
partir de l'extrémité N-terminal.

Exemple : écriture du tétrapeptide: glutamyl⎯cystényl⎯lysyl⎯glycine

Pour une écriture simplifiée, les acides aminés peuvent être représentés par leur symbole à trois lettres
( Glu-Cys-Lys-Gly) ou à une lettre (E-C-K-G).

III-4-2-2 Ionisation des peptides


Les groupes ionisables d'un peptide sont : le groupe α-NH2 de l'aminoacide N-terminal ; le groupe α-
COOH de l'aminoacide C-terminal ; les groupes ionisables des chaînes latérales des différents
aminoacides du peptide.

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Exemple : Peptide : Ala-Lys-Leu-Met-Asp-Ile ou (AKLMDI)

• Courbe de titrage :

• Pourcentage des formes prépondérantes à pH=pI (6,85) ; pH=9,8 ; pH=10,15 :


pH=10,45.

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III-4-3 Les protéines


Les protéines sont des constituants fondamentaux des organismes vivants, ce sont des polymères
d’acides aminés (nombre d’aa > 50), de haut poids moléculaire (25000 à 200000 D). Une protéine peut
être formée d’une seule chaîne polypeptidique (monomère) ou de plusieurs (dimères, tétramères, …).

- Suivant leur composition on distingue :


Les holoprotéines qui sont formées uniquement d’unité(s) polypeptidique(s)
Les hétéroprotéines auxquelles un groupement prosthétique non protidique est associé. Il peut être
constitué par un enchaînement glucidique (glycoprotéines), lipidique (lipoprotéines), un ion
métallique, un acide nucléique, un coenzyme…

- Suivant leur forme on distingue:


Les scléroprotéines ou protéines fibreuses, de forme allongée, peu solubles, très résistantes, ce sont
des molécules de structure.
Les sphéroprotéines ou protéines globulaires, de forme compacte, solubles, fragiles; ce sont des
molécules possédant une fonction biologique active.

Les protéines ont des fonctions très diverses :


• Enzymes: Ce sont les catalyseurs des réactions biologiques et permettent à ces réactions, de la
plus simple à la plus compliquée, de se produire à 37°C. Citons la chymotrypsine enzyme pancréatique
constituée par une séquence de 246 aminoacides.
• Protéines de structure: Elles constituent la charpente des tissus vivants (peau, cheveux, muscles).
Citons les collagènes, les kératines et la myosine.
• Protéines de défense: Citons les immunoglobulines, protéines de la coagulation (fibrinogène,
thrombine).
• Protéines régulatrices: exemple de certaines hormones telles que l'insuline, qui régule le taux de
sucre dans le sang ou l'ocytocine qui régule les contractions utérines lors de l'accouchement.
• Protéines de transport: Protéines du plasma fixant et transportant des molécules ou des ions d'un
organe à un autre, comme par exemple l'hémoglobine des érythrocytes, le sérumalbumine....
• Protéines contractiles ou motrices: Elles peuvent se contracter et modifier leur forme. (actine et
myosine dans les fibres musculaires).
• Protéines de stockage : l'ovalbumine, principale protéine du blanc d’oeuf, caséines, principales
protéines du lait, et des protéines existant dans les graines de nombreux végétaux (blé, maïs, riz).

III-4-3-1 Niveaux d’organisation structurale


Il existe quatre niveaux structuraux chez les protéines, de la structure primaire à la structure
quaternaire.
- Structure primaire : ordre des acides aminés le long de la chaîne polypeptidique.
- Structure secondaire : repliement local des acides aminés en hélices et en feuillets.
- Structure tertiaire : agencement stable dans l'espace de ces hélices et feuillets.
- Structure quaternaire : c'est l'organisation de protéines oligomériques qui sont des
assemblages non covalent de sous-unités indépendantes (protomères).

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❖ La structure primaire
C’est la séquence peptidique. Seule structure à être codée génétiquement, elle détermine les trois
autres niveaux structuraux. La conformation privilégiée de la liaison peptidique entre les résidus est en
trans. Cette conformation est généralement plus stable car elle positionne les chaînes latérales loin
l'une de l'autre.

❖ La structure secondaire
Un effet de résonance cause le partage d'électrons entre les atomes du groupe carboxylique d'un résidu
et l'azote du groupe aminé du résidu suivant. Cet effet de résonance fige la liaison peptidique en une

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structure planaire, le plan amide. Les structures secondaires les plus souvent retrouvées dans les
protéines sont l'hélice alpha et le feuillet bêta.
o o
L’hélice alpha : Une hélice alpha résulte de la succession d'angles φ de -57 et d'angles ψ de -47 .
Cette hélice est droite.

Le feuillet bêta : Les feuillets bêta (β-sheet en anglais) se forment quand des parties de la longue
chaîne polypeptidique se replient et se longent l'une l'autre, côte à côte, en formant des pont
hydrogènes avec la voisine (structure en zigzag ou tôle ondulée). On parle de feuillets bêta parallèles
quand les chaînes vont dans le même sens et d'antiparallèles quand elles vont dans des directions
opposées. On retrouve beaucoup de feuillets bêta dans la soie de ver (Bombyx mori) et la toile
d'araignée.

❖ La structure tertiaire
La structure tertiaire est la disposition tridimensionnelle des structures secondaires et des chaînes
latérales d’une protéine. En d’autres mots, l’assemblage des structures secondaires et la disposition
spatiale arrangée des chaînes latérales déterminent la conformation native de la protéine.

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Plusieurs interactions entre différents résidus de la chaîne polypeptidique repliée dans l'espace
maintiennent la structure de la protéine.
• Interactions électrostatiques : on distingue : - interactions charge-charge (-NH3+ contre COO-) -
Pont hydrogène entre H d'une part et O ou N d'autre part.
• Interactions hydrophobes : entre groupes hydrophobiques comme les groupements cycliques de
la Phe et de la Tyr. De telles interactions excluent les molécules d'eau.
• Forces de Van der Waals : il s'agit de dipôle temporaire de faible force. Ceux-ci peuvent se former
parce que les nuages électroniques des atomes individuels peuvent fluctuer, donnant naissance à des
dipôles temporaires.
• Ponts disulfures : une cystéine oxydée peut former un lien covalent avec une autre cystéine.

❖ La structure quaternaire
Il existe des protéines complexes formées de plusieurs chaînes polypeptidiques. L'assemblage de ces
sous-unités entre elles constituent la structure quaternaire de la protéine. L'hémoglobine est la molécule
constituée de deux sous-unités d'α-globine et de deux sous-unités de β-globine. Ces sous-unités sont

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assemblées de telle façon qu'elles laissent une cavité au centre du tétramère. Chaque unité globine est
associée à un groupe hème, qui contient un atome de fer capable de s'associer à l'oxygène.

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Exercices d’application
Exercice1 : Soit l’oligopeptide : Ala-Lys- Glu-Cys.
1. Donner sa forme majoritaire et sa charge nette aux pH 1 et 12.
2. Calculer aux pH 9 et 3 les pourcentages des formes ionisées et non ionisées des groupements
latéraux polaires de cet oligopeptide.

Exercice2 :

Exercice3 :

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III-5 Les nucléotides

Les Acides nucléiques (AN) sont des polymères d’unités dénommées nucléotides représentant 10 à 20
% de la matière vivante. Ces polynucléotides constituent le support de l’hérédité et permettent la
transcription de l’information génétique. Il s’agit donc d’outils, aux applications très variées qui
permettent d’intervenir avec une grande précision sur le patrimoine génétique de tous les organismes
vivants (Génie génétique). Ils ont également un rôle énergétique (ATP) et de coenzymes (NAD,
NADP, FAD). Les AN ont un caractère acide et sont regroupés en deux classes: acides
désoxyribonucléiques = ADN, acides ribonucléiques = ARN.

III-5-1 Composition des AN

III-5-1-1 Eléments constitutifs des AN

❖ Les oses : pentoses


Deux pentoses peuvent entrer dans la composition des acides nucléiques : le ribose ou sa forme 2
désoxy (désoxyribose).

❖ Les bases azotées


Les constituants de base des acides nucléiques sont des composés portant plusieurs fonctions amines,
ce qui leur confère un caractère basique. On distingue deux groupes: les bases puriques (longues) et
les bases pyrimidiques (courtes).

Bases puriques
Deux bases puriques principales sont trouvées dans les acides nucléiques : l'adénine et la guanine.

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Il existe d'autres bases naturelles, que l'on trouve par exemple dans certains ARN t, ainsi que des
dérivés ayant des fonctions particulières, notamment des hormones végétales (cytokinines, impliquées
dans la division cellulaire).

Bases pyrimidiques

Elles dérivent de la pyrimidine.

Comme dans le cas des bases puriques, il en existe d'autres, par exemple dans l'ADN de certains
bactériophages (virus infectant des bactéries). La cytosine et l'uracile se trouvent dans les ARN, mais la
thymine remplace l'uracile dans les ADN.

Le pentose

La purine

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La pyrimidine

III-5-1-2 Les nucléosides


La liaison d'une base et d'un pentose forme un nucléoside. On numérote les atomes de la base de 1 à
9 (bases puriques) ou de 1 à 6 (bases pyrimidique). Pour ne pas les confondre, les atomes du pentose
sont numérotés de 1' à 5'.

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III-5-1-3 Les Nucléotides


❖ Nucléoside monophosphate
La fonction alcool primaire du carbone 5' du pentose peut être estérifiée par un acide phosphorique. On
obtient alors un nucléotide. Il peut être monophosphate s'il n'y a qu'un seul phosphore.

Nucléoside monophosphate

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❖ Nucléosides diphosphate et triphosphate


Les molécules d'acide phosphorique portées par le pentose peuvent se lier à d'autres molécules du
même acide par une liaison dite phosphodiester. Ces liaisons demandent une grande énergie pour leur
formation, mais peuvent restituer cette énergie lors de leur hydrolyse.

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En somme, on peut voir que plus de 90% de la matière vivante, contenant plusieurs milliers de
macromolécules différentes, ne sont que d’environ 3 douzaines de types différents de molécules
organiques petites et simples. Ainsi, nous n’avons besoin de connaitre la structure et les propriétés que
d’un nombre relativement petit de composés pour comprendre la structure des macromolécules.

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IV – Eléments d’Enzymologie
Toutes les réactions du métabolisme sont catalysées par les enzymes (E) ou biocatalyseurs ou
protéines catalytiques. Le composé transformé par une enzyme est appelée substrat (S) et le
composé obtenu est nommé produit (P).

Définition des enzymes


Les enzymes sont des protéines de poids moléculaire élevé, thermolabiles. Ils agissent à très faible
concentration et possède une affinité très étroite ou lâche avec le substrat. Ils augmentent la vitesse
des réactions sans modifier leur état d’équilibre. Ils doivent être régénérés à la fin de la réaction.

Nomenclature et classification
La classification fonctionnelle est la plus utilisée. Pour désigner une enzyme on prend d’abord le nom
du substrat, puis le type de réaction utilisée et on ajoute enfin le suffixe ase :
Exemple: glucose-6-phosphate isomérase, isocitrate lyase, pyruvate carboxylase.

Lorsque l’enzyme utilise deux substrats, on les utilise tous deux en indiquant le substrat donneur de
radicaux, puis le substrat accepteur du radical, le radical échangé, le type de réaction et on ajoute ase.
Exemple: ATPglucose-phosphotransférase, UDPfructose-glycosyltransférase, glutamate pyruvate
aminotransférase.

Selon l’Union Internationale de Biochimie (UIB, 1961), la nomenclature et la classification officielle des
enzymes se répertorient sous un numéro de code de 4 chiffres séparés par des points et précédé des
lettres EC (Enzyme commission) soit EC X1.X2.X3.X4.

X1 : le premier chiffre qui tient compte du type de réaction à catalyser et désigne la classe d’enzyme
peut varier de 1 à 6
1=oxydoréductases (transfert d’électron, d’atomes d’hydrogène ou d’oxygène)
2=transférases (transfert d’atomes ou de groupes d’atomes autres que ceux de 1)
3=hydrolases (coupure de liaisons avec fixation de radicaux H et OH de l’eau)
4=lyases (coupure de liaisons par d’autres modes que hydrolyse)
5=isomérase (réaction conservant la formule globale du composé)
6=Ligases (formation de liaisons entre C-C, C-O, C-S, C-N, O-P )

X2 : le deuxième chiffre désigne la sous-classe de l’enzyme qui est définie suivant son mécanisme
d’action. Dans le cas des oxydoréductases, on distingue les déshydrogénases, les mono oxygénases,
les di oxygénases
X3 : le troisième chiffre désigne la sous-sous-classe qui est définie suivant la nature chimique de la
molécule qui sert d’accepteur lorsqu’il s’agit d’un transfert.
X4 : le quatrième chiffre est le numéro d’ordre dans la classe ou la sous-classe qui singularise
l’enzyme.

TAF : Pouvez-vous donner et justifier le nom systématique de chacune des enzymes désignées par les
numéros de code suivants : E.C.1.1.1.17 ; E.C.2.1.1.17

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En métabolisme, lorsqu’on rencontre dans un texte un nom d’enzyme, qu’on ne connait pas, il faut
essayer d’imaginer son rôle en procédant de la manière suivante : Déterminer le substrat et sa
structure, déterminer le type de réaction et l’adapter à la structure trouvée, en se demandant quelle est
la partie de la molécule qui réagit, enfin reconstituer la réaction et les produits formés.

Cinétique enzymatique
La cinétique est l’étude des vitesses des réactions chimiques et les facteurs qui les influencent. Dans
les réactions simples, la courbe de variation de la vitesse de la réaction en fonction de la quantité de
substrat est une hyperbole équilatère.

E + S  ES  E + P
Michaelis et Menten ont établi une constante appelée Km (constante de Michaelis et Menten), qui peut
se définir simplement comme la concentration de substrat pour laquelle une enzyme donnée produit la
moitié de sa vitesse maximale. L’équation qui régit la courbe de Michaelis et Menten est :

Vo = Vmax [S]/([S]+Km).
L’expression graphique de V = f[S] est une parabole.

Des formes linéaires de cette équation existent et permettent de déterminer les constantes Km et
Vmax notamment 1/V0 = f(1/S) (Lineweaver et Burk).

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Effecteurs enzymatiques : Inhibiteurs enzymatiques

Les effecteurs sont des variables physicochimiques qui modifient la vitesse de la réaction enzymatique.
Certains accélèrent cette vitesse. On parle d’activateurs. Les effecteurs qui ralentissent la vitesse de la
réaction enzymatique sont des inhibiteurs.

On distingue plusieurs types d’inhibition : inhibition compétitive, non compétitive, incompétitive et


inhibition mixte.

Quantitativement, une représentation double inverse [1/V 0=f(1/S)], de la cinétique en présence et en


absence d’inhibiteur permet de connaitre le type d’inhibition.

✓ Dans l’inhibition compétitive, l’inhibiteur (I) qui ressemble au substrat entre en compétition avec
ce dernier pour la liaison sur le site actif, mais, une fois lié, il ne peut être transformé en produit par
l’enzyme. Cette réaction est réversible. Une augmentation de la concentration en substrat peut par
conséquent déloger l’inhibiteur du site actif et annuler son effet.

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Remarque : Dans l’inhibition compétitive, 1/Vmax ne change pas.

TAF : Retrouver les équations de la réaction enzymatique en présence de l’inhibiteur compétitif.

✓ Dans l’inhibition non compétitive, il n’y a pas de compétition de site entre le substrat et
l’inhibiteur car l’inhibiteur ne ressemblant pas au substrat se lie à un site de l’enzyme autre que le site
de fixation du substrat, altérant ainsi la conformation de la molécule enzymatique.

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Remarque : Dans l’inhibition non compétitive, 1/Km ne change pas.

TAF : Retrouver les équations de la réaction enzymatique en présence de l’inhibiteur non compétitif.

✓ Dans l’inhibition incompétitive, les inhibiteurs ne se fixent pas sur l’enzyme libre, mais au
complexe enzyme-substrat (ES).

TAF : Retrouver les équations de la réaction enzymatique en présence de l’inhibiteur incompétitif.

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✓ Dans l’inhibition mixte, l’inhibiteur agit à la fois sur l’affinité et sur la vitesse maximale. La
représentation selon Lineweaver et Burk montre qu’en présence de l’inhibiteur, la droite ne passe ni par
-1/Km ni par 1/Vm.

Intervention dans le métabolisme

Dans le métabolisme cellulaire, des groupes d’enzymes fonctionnent ensemble pour effectuer une
transformation métabolique donnée. Dans de tels systèmes, il y a au moins une enzyme, le
« pacemaker » ou stimulateur, qui détermine la vitesse de l’ensemble de la séquence, parce qu’il
catalyse l’étape la plus lente ou étape à vitesse limitante. Ces «pacemakers » dont l’activité est moulée
par différents types de signaux moléculaires sont appelés enzymes régulateurs: les enzymes
allostériques ou régulées par mécanisme non covalent et les enzymes régulées par mécanisme
covalent.

Les enzymes allostériques ne suivent pas l’équation de Michaelis-Menten. Elles possèdent des sites
catalytiques, un ou plusieurs sites régulateurs ou allostériques. Les enzymes allostériques peuvent être
inhibées ou stimulées par leurs modulateurs. En effet, quand le site allostérique est occupé par un
modulateur spécifique (inhibiteur ou négatif), l’enzyme se transforme en une forme moins active ou
inactive. Mais il y a aussi des enzymes qui sont stimulées par leur molécule modulatrice (activateur ou
positif).

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Exercices d’application
Exercice 1 : Classification et nomenclature des enzymes
Pouvez-vous donner et justifier le nom systématique de chacune des enzymes désignées par les numéros de code
suivants : E.C.1.1.1.17 ; E.C.2.1.1.17

Exercice 2 : La conservation du goût sucré du maïs


Le goût sucré du maïs fraichement cueilli est dû à une concentration élevée en sucre dans les grains. Le maïs conservé
(plusieurs jours après la cueillette) n’est pas aussi doux puisqu’environ 50% du sucre libre du maïs est converti en amidon le
premier jour qui suit la cueillette. Afin de préserver le goût sucré du maïs frais, les épis écossés sont immergées dans de
l’eau bouillante pendant quelques minutes (ils sont blanchis), puis refroidis dans l’eau froide. Le maïs préparé de cette façon
et stocké au congélateur, conserve son goût sucré. Quelle est la base biochimique de ce procédé ?

Exercice3 : Estimation de Vmax et Km par inspection


Des méthodes graphiques sont utilisables pour la détermination précise des valeurs de Vmax et Km d’une réaction catalysée
par une enzyme, mais ces valeurs peuvent rapidement être estimées à partir des différentes vitesses des réactions obtenues
par augmentation de la concentration du substrat. En utilisant la définition de Vmax et Km, estimer leurs valeurs pour une
réaction catalysée par une enzyme grâce aux données expérimentales obtenues :

[S], M V, µmol/L.min
2,5x10-6 28
4,0x10-6 40
1x10-5 70
2x10-3 95
4x10-3 112
1x10-4 128
2x10-3 139
1x10-2 140

Exercice 4 : Traitement de l’intoxication par le méthanol


Le méthanol (alcool de bois), un solvant commercial utilisé comme antigel automobile, est très toxique et peut provoquer la
mort chez des personnes ayant ingérés seulement 30 mL. Cette extrême toxicité est due non au méthanol lui-même mais à
son produit métabolique oxydé en formaldéhyde. Le méthanol est rapidement oxydé en formaldéhyde par l’action de
l’enzyme hépatique alcool déshydrogénase. Une partie du traitement médical de l’intoxication par le méthanol consiste à
donner au patient de l’éthanol (alcool éthylique) par la bouche ou en intraveineux, en quantités qui provoqueraient une
intoxication chez un individu normal. Expliquer pourquoi ce traitement est efficace.

Exercice 5:
Recenser les enzymes impliquées et établir le bilan énergétique de l’oxydation des biomolécules suivantes :
1.Glucose
2.Acide palmitique
3.Un acide aminé de votre choix

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Travaux dirigés
I- Unités de base structurale des biomolécules

GLUCIDES
<
Exercice 1 : Source et structure des composés
Diholosides : le cellobiose
Triholosides : le raffinose
Tétraholosides : le stachyose
Pentaholosides : le verbascose

Exercice 2 : Anomères du lactose


Le lactose (sucre du lait), un disaccharide formé de glucose et de galactose existe sous deux formes anomériques
désignées par α et β. Les propriétés des deux anomères sont très différentes. Par exemple l’anomère β possède un goût
plus sucré que celui de l’anomère α. De plus l’anomère β est plus soluble que l’anomère α ; en conséquence l’anomère
α peut cristalliser quand une crème glacée est conservée dans un congélateur pendant une longue période ce qui donne à la
crème une consistance granuleuse.
e- Dessiner la structure en représentation de Haworth des 2 formes anomériques du lactose.
f- Dessiner la structure en représentation de Haworth de tous les produits obtenus lorsque l’anomère α est
hydrolysé. Faire la même chose pour l’anomère β.
g- Existe-t-il une forme anomérique du saccharose ? justifier votre réponse sur une base structurale.

Exercice 3 : Détermination de la structure du tréhalose


Presque 30% du cocon d’un coléoptère parasite, Larinus maculatus, sont formés d’un glucide le tréhalose. Par hydrolyse
acide, le tréhalose donne comme seul produit du D-glucose. Si le tréhalose est méthylé extensivement (tous les hydroxyles
des sucres sont transformés en –OCH3, puis hydrolysés par un acide en solution aqueuse un seul produit le 2,3,4,6-
tétraméthylglucose est obtenu.
a- Quelle est la structure du tréhalose ?
b- Démontrer que la structure que vous proposez correspond aux données qui ont été fournies ci-dessus

LIPIDES

Exercice1 : Hydrolyse des lipides et charge électrique nette


Considérons les substances (a) 1-stéaryl 2,3-dipalmitoylglycérol et (b) 1-palmitoyl 2-oléylphosphatidylcholine :
- Nommer les produits obtenus par l’hydrolyse de (a) et (b) avec du NaOH dilué.
- Quels sont les produits obtenus par action de NaOH concentré à chaud sur (b) ?
- Quelle est la charge électrique nette de (b) à pH 7,0 ? justifier.

Exercice 2 : Analyse d’une huile utilisée en cosmétique


Une huile couramment utilisée en cosmétique est constituée des acides gras suivant: C16:0, C16:1 Δ9, C18:0, C18:1 Δ9,
C18:2 Δ9,12. Les points de fusion correspondants sont:
-5°C, O°C, 13°C, 63°C, 70°C.
1- Donner la structure et le nom systématique des différents acides gras.
2- Apparier acide gras et point de fusion. Justifier.

Exercice 3 : Utilisation culinaire des matières grasses


Certaines matières grasses utilisées en industrie, comme le beurre, rancissent rapidement par exposition à l’air à la
température ambiante, alors que d’autres, comme la margarine, restent inchangées dans ces mêmes conditions. Donner
une explication moléculaire/structurale à cette observation.

Exercice 4 : Fabrication de la mayonnaise


Au cours de la fabrication de la mayonnaise, l’ajout du vinaigre comme ingrédient obligatoire et l’action de battre le mélange
permettent l’incorporation des phosphatidylcholines (lécithines) du jaune d’œuf dans de l’huile afin de stabiliser la
mayonnaise et d’éviter une séparation des constituants.

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Ecrire la structure d’une lécithine


Pouvez-vous indiquer de façon justifiée le rôle du vinaigre dans la mayonnaise ?
Suggérer une explication moléculaire/structurale au fait que les lécithines stabilisent efficacement la mayonnaise.

PROTIDES

Exercice 1 : Etude d’un oligopeptide


On donne l’oligopeptide suivant : Ala-Lys- Glu-Cys
a- Donner sa forme majoritaire et sa charge nette aux pH 1 et 12.
b- Calculer aux pH 9 et 3 les pourcentages des formes ionisées et non ionisées des groupements latéraux polaires de
cet oligopeptide.

Exercise 2 : Préparation des solutions protidiques


What are the concentrations of various ionic species in a 0.1M solution of lysine at: a) pH 4. b) pH 7. c) pH 10. Data:
pKCOOH = 2,16 ; pKNH2 = 9,06 ; pKNH2 = 10,54).

Exercise 3 : Préparation des solutions protidiques


On veut utiliser une solution tampon glycine 0,1M pH 3,2 pour éluer un acide aminé d’intérêt industriel sur chromatographie
d’échange d’ions. La préparation de 500 mL de ce tampon doit se faire en mélangeant deux solutions de chlorhydrate de
glycine (+H3N-CH2-COOH, Cl- 0,1M) et de glycine (+H3N-CH2-COO- 0,1M).
1- Quelles sont les deux composants (acide et base) du tampon en présence ?
2- Calculer leurs nombres de moles respectifs.
3- Quel volume de chacune de ces solutions doit être mélangé ?
On donne : pK1=2,30 ; pK2=9,70.

II- Eléments d’enzymologie


Exercice 1 : Classification et nomenclature des enzymes
Pouvez-vous donner et justifier le nom systématique de chacune des enzymes désignées par les numéros de code
suivants : E.C.1.1.1.17 ; E.C.2.1.1.17

Exercice 2 : La conservation du goût sucré du maïs


Le goût sucré du maïs fraichement cueilli est dû à une concentration élevée en sucre dans les grains. Le maïs conservé
(plusieurs jours après la cueillette) n’est pas aussi doux puisqu’environ 50% du sucre libre du maïs est converti en amidon le
premier jour qui suit la cueillette. Afin de préserver le goût sucré du maïs frais, les épis écossés sont immergés dans de l’eau
bouillante pendant quelques minutes (ils sont blanchis), puis refroidis dans l’eau froide. Le maïs préparé de cette façon et
stocké au congélateur, conserve son goût sucré. Quelle est la base biochimique de ce procédé ?

Exercice 3 : Estimation de Vmax et Km par inspection


Des méthodes graphiques sont utilisables pour la détermination précise des valeurs de Vmax et Km d’une réaction catalysée
par une enzyme, mais ces valeurs peuvent rapidement être estimées à partir des différentes vitesses des réactions obtenues
par augmentation de la concentration du substrat. En utilisant la définition de Vmax et Km, estimer leurs valeurs pour une
réaction catalysée par une enzyme grâce aux données expérimentales obtenues :

[S], M V, µmol/L.min
2,5x10-6 28
4,0x10-6 40
1x10-5 70
2x10-3 95
4x10-3 112
1x10-4 128
2x10-3 139
1x10-2 140

Exercice 4 : Traitement de l’intoxication par le méthanol


Le méthanol (alcool de bois), un solvant commercial utilisé comme antigel automobile, est très toxique et peut provoquer la
mort chez des personnes ayant ingérés seulement 30 mL. Cette extrême toxicité est due non au méthanol lui-même mais à

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Cours de Biochimie générale IAA1 & CIGE1, ENSAI-UN

son produit métabolique oxydé en formaldéhyde. Le méthanol est rapidement oxydé en formaldéhyde par l’action de
l’enzyme hépatique alcool déshydrogénase.
Une partie du traitement médical de l’intoxication par le méthanol consiste à donner au patient de l’éthanol (alcool éthylique)
par la bouche ou en intraveineux, en quantités qui provoqueraient une intoxication chez un individu normal. Expliquer
pourquoi ce traitement est efficace.

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