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Structure et métabolisme des acides nucléiques | Biologie moléculaire • UE1

Tutorat Santé Lyon Sud

UE1

Structure et métabolisme des acides


nucléiques

Cours du Professeur C. RODRIGUEZ

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SOMMAIRE

I. NUCLEOTIDES-NUCLEOSIDES ......................................................................................................................... 3
I.A. BASES PURIQUES ET PYRIMIDIQUES ................................................................................................................. 3
I.B. LES OSES ............................................................................................................................................................. 6
I.C. LES NUCLEOSIDES .................................................................................................................................................. 6
I.D. LES NUCLEOTIDES ................................................................................................................................................. 8
II. L’ADN ........................................................................................................................................................ 10
II.A. ADN NUCLEAIRE ............................................................................................................................................... 10
1. Notion de polymère nucléotidique ............................................................................................................... 10
2. 2 types d'ADN courants ................................................................................................................................ 10
3. Structure tridimensionnelle .......................................................................................................................... 10
II.B. ADN MITOCHONDRIAL ....................................................................................................................................... 19
III. L'ARN ....................................................................................................................................................... 21
III.A. STRUCTURE DES ARN ........................................................................................................................................ 21
III.B. VARIETE .......................................................................................................................................................... 21
1. ARN codants = ARN messagers .................................................................................................................... 21
2. ARN non codant « classiques » .................................................................................................................... 23
3. Autres ARN non codants .............................................................................................................................. 25
III.C. QUANTITE ....................................................................................................................................................... 27
IV. METABOLISME DES ACIDES NUCLEIQUES ................................................................................................... 28
IV.A. BIOSYNTHESE DES NUCLEOTIDES .......................................................................................................................... 28
IV.B. CATABOLISME DES ACIDES NUCLEIQUES ................................................................................................................ 28
1. Catabolisme des acides nucléiques à base purique : .................................................................................... 28
2. Catabolisme des acides nucléiques à base pyrimidique ............................................................................... 29

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Les acides nucléiques sont :


 Les acides désoxyribonucléiques (ADN)
 Les acides ribonucléiques (ARN)
Ils sont le support de l'information génétique et sont essentiels aux étapes de réplication, transcription et
traduction du génome.

I. NUCLEOTIDES-NUCLEOSIDES

Un nucléoside est un hétéroside résultant de la combinaison d'un ose (ribose ou 2-désoxyriobose) et d'une
base azotée (purique ou pyrimidique) unis par une liaison N-glycosidique.

NUCLEOSIDE = OSE + BASE

Un nucléotide résulte de l'estérification de la fonction alcool d'un nucléoside par une molécule d'acide
ortho-phosphorique

NUCLEOTIDE = NUCLEOSIDE + ACIDE PHOSPHORIQUE

I.A. BASES PURIQUES ET PYRIMIDIQUES


Il existe deux types de bases suivant l’hétérocycle (noyau) :
 Noyau pyrimidine (1 cycle) → PETIT
 Noyau purine (2 cycles) = noyau pyrimidine + noyau imidazole  GROS

L'azote est porté en position 1 et 3 (mais les positions 1 et 3 sont inversées entre les deux types de base).

Absorbance et qualité de l'ADN :


Les acides nucléiques ont un maximum d'absorption dans l'UV à 260nm alors que les protéines absorbent à
280nm.
On pourra donc calculer un rapport d'absorbance (260/280) qui doit être compris entre 1,8 et 2 pour un
ADN de bonne qualité. Si le ratio est inférieur, il y a contamination par des protéines.

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Les bases majeures :


Il existe 5 bases majeures :
 2 bases puriques

Remarque : Les formes tautomères :


En fonction du pH, les bases puriques oscillent entre 2 formes tautomères, les formes céto (C=O) et énol (C
– OH). A pH physiologique, les formes céto (C=O) prédominent.

Pour l’adénine, les formes tautomères sont les formes amino (courante) et imino (rare).

 3 bases pyrimidiques

L’Uracile est une base retrouvée dans l’ARN contrairement à la Thymine que l’on retrouve dans l’ADN.

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Remarque : Les formes tautomères :


La thymine oscille en fonction du pH entre la forme céto (ou lactame) et la forme énol (ou lactime). A pH
physiologique, forme céto prédomine. La cytosine oscille entre la forme amino (courante) et la forme imino
(rare).

Cytosine :

Bases mineures :
 5-méthyl-cytosine (ADN)
 7-méthyl-guanine (ARNm)
 5,6-dihydrouracile (ARNt)
 …

Désamination oxydative des cytosines méthylées :


La 5-méthyl-cytosine est un point chaud de mutation : sa désamination oxydative produit de la thymine, ce
qui conduit à un ADN muté (TA au lieu de CG) dans la deuxième génération.

Désamination oxydative

Analogues de base en thérapeutique :

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Exemple du 5-fluorouracile (5-FU) :

L'uracile intervient dans la biosynthèse des acides nucléiques à deux niveaux :


 Il est incorporé dans l'ARN sous forme UTP.
 Il est la source principale de dTTP par l'action de la thimidylate synthétase.
Le 5-FU est un anti-métabolite de la famille des anti-pyrimidines utilisé en chimiothérapie anti-cancéreuse
contre la prolifération des cellules cancéreuses. Il s'agit d'un standard couramment utilisé.
Le 5-FU est métabolisé en :
 5-FUTP incorporé dans les différents types d'ARN et donne donc une transcription erronée
 5-FdUMP qui se lie à thymidilate synthétase pour bloquer son action (méthylation de l'uracile en
thymine) et bloque ainsi la prolifération de la cellule.

I.B. LES OSES


L'ose utilisé est un pentose : le β-D-ribose dans l’ARN et le β-D-2’-désoxyribose dans l’ADN.

Les atomes de l'ose sont numérotés en ' (prime) pour éviter la confusion avec la base azotée.
L'absence du groupement OH en 2' dans le désoxyribose diminue le risque d'hydrolyse de la molécule
d'ADN d'un facteur 100.

I.C. LES NUCLEOSIDES


Nucléoside = BASE + OSE (ribonucléoside ou désoxyribonucléoside) :

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La liaison est une liaison N-β-osidique et se réalise entre l'azote en 9 des bases puriques (ou 1 des bases
pyrimidiques) et la fonction β-OH du pentose en C 1'.

Les (désoxy)ribonucléosides portent un suffixe particulier :


 Les bases puriques portent le suffixe -osine : adénosine (A) et guanosine (G) dans l’ARN ou
désoxyadénosine (dA) et désoxyguanosine (dG) dans l’ADN.
 Les bases pyrimidiques portent le suffixe -idine : cytidine (C) et uridine (U) dans l’ARN ou
désoxycytidine (dC) et désoxythymidine (dT) dans l’ADN.

Conformation de la liaison N-glycosidique reliant la base au désoxyribose :


Il existe deux conformations (Syn et Anti) pour la liaison C-N reliant la base au désoxyribose :

 Conformation Syn

Cette conformation entraine un encombrement stérique important.

 Conformation Anti

C'est la conformation garantissant un encombrement stérique moindre, retrouvée dans l'ADN B, qui est la
forme de l’ADN la plus courante.

Analogues de nucléosides en thérapeutique :

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Exemple de l'azidothymidine (AZT) :

L'AZT est un analogue de la désoxythymidine qui entre en


compétition avec les nucléosides naturels au niveau du site actif
de la transcriptase inverse virale, bloquant ainsi la réplication
virale et donc la prolifération virale. Cette molécule est utilisée
pour le traitement des infections rétrovirales comme le SIDA.
L’AZT est constitué d’un groupement azoture (N3) en C3’ de
l’ose.

I.D. LES NUCLEOTIDES

Nucléotide = NUCLEOSIDE + ACIDE PHOSPHORIQUE


Il y a formation d'une liaison ester par déshydratation entre la
fonction acide l'acide phosphorique et l’hydrogène de la fonction OH
du C 5' du (désoxy)ribose.

Les (désoxy)ribonucléotides portent un suffixe particulier :


 Les bases puriques portent le suffixe -ylique. Dans l’ADN, il y a donc l’acide 5’-désoxyadénylique
(=désoxyadénosine 5’-monophosphate = dAMP) et l’acide 5’-désoxyguanylique (= désoxyguanosine 5’-
monophosphate = dGMP). Dans l’ARN, il y a l’acide 5’-adénylique (= adénosine 5’-monophosphate =
AMP) et l’acide 5’-guanylique (= guanosine 5’-monophosphate).
 Les bases pyrimidiques portent le suffixe -idylique. Dans l’ADN, on retrouve donc l’acide 5’-
désoxycytidylique (= désoxycytidine 5’-monophosphate = dCMP) et l’acide 5’-désoxythymidylique (=
désoxythymidine 5’-monophosphate = dTMP). Dans l’ARN, on retrouve l’acide 5’-cytidylique (=
cytidine 5’-monophosphate = CMP) et l’acide 5’-uridylique (= uridine 5’-monophosphate = UMP).

Les nucléotides sont les unités élémentaires des acides nucléiques, mais de nombreux dérivés (nucléosides
polyphosphate) sont importants dans le métabolisme intracellulaire :
 Transporteurs d'énergie (ATP), de glucose (UDP-glucose), de choline (CDP-choline), d'acides aminés
(S-adénosyl-méthionine = SAM)
 Co-enzymes nucléotidiques d'oxydo-réduction : Nicotinamide adénine dinucléotide (NAD), NADP,
Flavine adénine dinucléotide (FAD)
 Nucléotides cycliques (AMPc, GMPc)

Remarque : Les (désoxy)ribonucléosides monophosphates sont notés (d)XMP, les diphosphates (d)XDP et
les triphosphates (d)XTP, avec X la base (A, G, C, T ou U).

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Pour les nucléosides di- et triphosphates, il existe une liaison anhydride d’acide riche en énergie entre les
groupements phosphates.

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II. L’ADN

II.A. ADN NUCLEAIRE

1. Notion de polymère nucléotidique

L’ADN est un polymère nucléotidique orienté dans le sens 5’  3’.


Structure primaire : les nucléotides se lient les uns aux autres par leur sucre (désoxyribose) et leur
groupement phosphate.
La croissance des brins d'acides nucléiques se fait toujours par l'extrémité 3'OH terminale. Ce groupement
se condense avec le 5'-phosphate d'un nucléoside monophosphate pour former une liaison 3'-5'-
onphosphate (ou 3’-5’ phosphodiester) avec élimination d'une molécule d'eau.
La condensation se fait à partir d’un substrat « activé », c’est-à-dire un des 4 nucléosides triphosphates
(dXTP). La rupture de la liaison riche en énergie fournira l’énergie nécessaire à la condensation (libération

d’un pyrophosphate PPi).

2. 2 types d'ADN courants

 L’ADN bicaténaire (= double brin) non circulaire (chez l'homme)


- Nucléaire
- 46 molécules en G0, G1 du cycle cellulaire
 L’ADN bicaténaire circulaire :
- Chez les mitochondries
- Dans la majorité des chromosomes bactériens
- Dans les plasmides (ADN bactérien extra-chromosomique)
 Autre : monocaténaires circulaires ou non

3. Structure tridimensionnelle

3.1. ADN B

C’est la conformation principale de l'ADN in vivo.

Caractéristiques de chaque chromosome :


- Double hélice
- Pas à droite
- Liaison base-ose anti

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- 2 chaînes d'ADN anti-parallèles et complémentaires en bases, structure hélicoïdale.

2 brins anti-parallèles :

5' → 3' : brin sens, (+), codant, non transcrit (orientation identique au transcrit mais T à la place de U)
3' → 5' : brin anti-sens, (-), non codant, transcrit (ou matrice).

Complémentarité des bases : A/T et G/C


Les brins 5' → 3' et 3' → 5' sont complémentaires.

Les contraintes stériques exigent qu'en face d'une purine, on trouve une pyrimidine.

Règles de Chargaff :
A G
 = 1et = 1 Dans un ADN bicaténaire, il y a égalité des rapports entre bases puriques et
T C
pyrimidiques. Si A≠ T et G ≠ C, l’ADN n’est pas bicaténaire.
A+G
 = 1  La somme des bases puriques et égale à la somme des bases pyrimidiques.
T+C
A+T
 = 1,46  Règle empirique tirée de l'analyse de l'ADN génomique humain.
G+C

Création de liaisons hydrogènes :


Il y en a 2 entre A et T (et 2 entre A et U pour l’appariement ARN-ADN) et 3 entre G et C (ou mC)  la liaison
est donc plus solide. Les liaisons hydrogènes sont dirigées vers le centre de l'hélice.

Conséquences :
Les liaisons H sont rompues par apport de chaleur (90.95°C), l'ADN peut donc se dénaturer (séparation des
2 brins d'ADN).

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On appelle température de fusion (Tf) ou melting point (Tm) de l'ADN la température pour laquelle 50 % de
l'ADN est monobrin. Elle est caractéristique d'un ADN, augmente avec la longueur du fragment, le
pourcentage de GC, et baisse avec l'ionisation de la molécule.
Une renaturation de l'ADN est possible en baissant la température en dessous de la température de fusion
mais la dénaturation est irréversible si le refroidissement est trop brutal.

On observe dans la dénaturation de l'ADN un phénomène de hausse de l'absorbance à 260nm, c'est l'effet
hyperchrome (hausse de densité optique des éléments dénaturés) :

Stress oxydant :
En réponse au stress oxydant, sous l'action de radicaux oxygénés (en radiothérapie par exemple), la
guanine s’oxyde en 8-oxoguanine. En conformation anti, elle s’apparie avec C et n’entraine pas d’anomalie.
En revanche, en conformation syn, elle s’apparie avec A, avec formation de 2 liaisons H, entrainant une
mutation après 2 réplication.

Remarque : Les
guanines sont
très sensibles à
l’oxydation.

Structure hélicoïdale :
Les bases sont situées dans la région interne, fortement
hydrophobe. Elles sont empilées et partiellement
superposées dans des plans parallèles ou plateaux. Chaque
base est décalée de 0,34nm en hauteur et chaque sucre de
36° : 10 paires de bases par tour d'hélice, soit un pas d'hélice
de 3,4nm.

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Les résidus phosphates sont orientés à l’extérieur de la structure et sont fortement hydrophiles car ils
portent des charges négatives.

Les 2 brins sont séparés par 2 sillons délimités par les bases, les sucres et les phosphates :
- Le grand sillon favorise la fixation de protéines ou d'ARN régulateur
- Le petit sillon favorise la liaison aux histones

L'ADN n'est pas nu, mais est associé à de nombreuses molécules :


 Des protéines
- Protéines basiques (chargées +), comme les histones (riches en LYS) et les protamines (riches en
ARG, retrouvées dans les cellules germinales).
- Enzymes et protéines régulatrices
 Des ARN spécialisés (comme les miRNA) ou en cours de synthèse

3.2. Topoisomères de l'ADN

Les topoisomères correspondent à différentes formes d'enroulement de l'ADN :


- forme relâchée (10 pb/tour) : configuration la plus stable
- surenroulement positif (superhélice)
- surenroulement négatif (désenroulement) : forme plus accessible aux enzymes de la réplication et de
la transcription

Topoisomérases :

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Les topoisomérases sont des enzymes capables d’introduire ou d’éliminer


des surenroulements dans la double hélice d’ADN par coupure simple ou
double brin puis ligation. Il en existe de 2 types :
- La topoisomérase 1, agissant par cassure simple brin de l'ADN
- La topoisomérase 2, agissant par cassure double brin de l'ADN
(mécanisme consommant de l'énergie)

En thérapeutique :
- Les inhibiteurs de la gyrase bactérienne (topoisomérase 2 bactérienne), comme l’acide nalidixique,
inhibent la réplication bactérienne et sont donc utilisés dans le traitement des infections urinaires.
- Les topoisomérases sont surexprimées dans les cellules tumorales, on retrouvera donc des inhibiteurs
de la topoisomérase humaine dans certains traitements de cancers. Par exemple, l’irinotécan inhibe la
topoisomérase 1 et la doxorubicine inhibe la topoisomérase 2.

3.3. Variants structuraux de la molécule d’ADN

Les différents variants sont dus à des conformations diverses de la liaison osidique te du cycle de l’ose.

Formes A, B, Z
Les isoformes A, B et Z dépendent de l’environnement et du pourcentage de molécules d’eau liées aux
phosphates : 95% d’eau pour la forme B, 70% pour la forme A et 50% pour la forme Z.

A B Z

 ADN-A
C’est une forme d'ADN spécifique à la transcription ( l’ARN est en conformation A, donc l’ADN passe de la
conformation B à la A pendant la liaison ADN-ARN). L’ADN-A a une conformation plus courte et plus
ramassée, avec des plateaux de base très inclinés, un pas à droite et la liaison base-sucre en anti.

 ADN-Z
C’est une forme moins stable que l’ADN-B, en zig-zag, avec un pas à gauche et caractérisé par des plateaux
peu inclinés. La liaison base-sucre est en syn pour les bases puriques et anti pour les bases pyrimidiques.
L’ADN-Z est présent dans les zones avec une alternance régulière de bases puriques et pyrimidiques
(régions avec répétition de séquences CG et méthylation en C5 des cytosines).
Cette forme favorise l'interaction des bases avec les protéines régulatrices, dont certaines sont spécifiques :
les Z-DNA binding proteins. Le passage de l’ADN-B en ADN-Z est favorisé par la présence de multiples
cytosines au sein des promoteurs.

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 Autre formes :

 ADN en épingle à cheveux ou cruciforme

 ADN quadruplex
Repliement des séquences double brin riches en G et C sur elles-mêmes formant des appariements de
bases entre 4 guanines (« plateaux »). Structure très stable souvent trouvée près des promoteurs de gènes
et au niveau des télomères.

 Triple hélice
Rôle dans la régulation de l’expression des gènes.

3.4. Chromatine – Chromosomes

Chez l'homme, un noyau de 10 μm contient près d'1m d'ADN, il faut donc un système efficace de
compaction. Il y a 6,6 pg d’ADN par cellule, soit 250g dans le corps humain. De plus, l'ADN doit être protégé
des enzymes, tout en étant non figé (cycle cellulaire) et régulé dans son expression.
La structure regroupant ces exigences est la chromatine : association de l'ADN à des protéines (histoniques
et non histoniques).
On a ainsi une succession de domaines condensés et de domaines diffus avec des passages réversibles d'un
état à l'autre suivant les phases du cycle cellulaire et les stimuli extérieurs.

A l’interphase, les chromosomes occupent chacun un territoire particulier dans le noyau (variable selon le
type cellulaire) et interagissant avec la membrane nucléaire.

2 types de chromatine :

 Euchromatine (3 Gb)
C'est la chromatine qui apparaît décondensée en interphase :
forme la moins compacte de l'ADN, construite à partir de
l'assemblage des nucléosomes. Elle se répartie dans le
nucléoplasme.
Elle contient l'essentiel du génome nucléaire (90%) et en
particulier les gènes fréquemment exprimés par la cellule. C’est
la forme la moins condensée, pour être accessible aux enzymes
de la réplication, et a donc une réplication précoce.
Elle présente une hyperacétylation et hypométhylation des
histones

 Hétérochromatine (0,2 Gb)

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Elle ne subit pas de changement d’état de condensation au cours du cycle. Elle est constituée de segments
d'ADN très condensés dans le noyau interphasique et contient pas ou peu de gènes exprimés par la cellule
mais beaucoup de séquences répétitives (hétérochromatine facultative) ou de séquences d'ADN inactives à
proximité des télomères et centromères (hétérochromatine constitutive).
Sa réplication est tardive, car difficilement accessible. Elle se situe en périphérie du noyau et du nucléole.
Elle présente une hypoacétylation et hyperméthylation des histones.

Remarque : Le nucléole est le site de synthèse des ARN ribosomiques.

La fibre de chromatine de 10nm (interphase) :

C’est la forme la plus relâchée de l’ADN. Elle résulte de l’enroulement de l'ADN (environ 150 pb) autour
d'un octamère d'histones, constituant un nucléosome.
L'octamère d'histones est formé d’un tétramère (2 H3 et 2 H4) et de deux dimères (H2A et H2B), et est
accompagné d'une histone globulaire H1. L’histone H1 ne fait pas partie du nucléosome mais interagit avec

l’ADN de deux nucléosomes contigus.


Les histones sont des protéines présentant une structure très conservée (pas ou peu d'évolution à travers
les espèces), comportant environ 20 % d'acides aminés basiques (comme Arg et Lys) formant des liaisons
ioniques avec la charge négative des groupements phosphates de l'ADN.
Des liaisons hydrogène achèvent de stabiliser le nucléosome.

La séquence N-terminale des histones n'interagit pas avec l'ADN et est donc accessible à des modifications
post-traductionnelles (acétylation, méthylation, phosphorylation, ubiquitination...) entrainant une
modification de l'accessibilité de l'ADN lors de la régulation de la transcription.

Les modifications du degré de charge des histones agiraient soit directement en modifiant la compaction
de l’enroulement d’ADN autour des nucléosomes, soit indirectement en constituant des « marques »
permettent le recrutement de protéines capables de modifier la structure de la chromatine.

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Remarque : Le modèle des modifications covalentes des histones agissant comme un code (le « code
des histones ») a été proposé en 2000 (code non universel et relativement spécifique selon les gènes
et les cellules considérées.

Ces modifications des histones permettent le contrôle de la condensation de l'ADN et donc la régulation
de l'expression des gènes. L’acétylation des histones facilite l’expression des gènes alors que la
méthylation rend difficile leur expression.
Par exemple, l'histone H3 provoque un état condensé et non fonctionnel de la chromatine en l'absence de
modification, mais l'acétylation des lysines 9 et 14 permet la décondensation de l'ADN, facilitant ainsi sont
expression.
Les nucléosomes auront une structure plus relâchée dans les régions de transcription active.

A noter qu'il n'y a pas d'histones dans l'ADN procaryote.

Sous forme relâchée, les nucléosomes s'enchaînent en collier de perles, séparés par un ADN linker
d'environ 50pb.
La fibre de 30nm :
Elle correspond à de la chromatine interphasique, inactive sur le plan transcriptionnel.
Elle est constituée de 6 nucléosomes assemblés en hélice et stabilisés par 6 histones H1 interagissant avec
leur voisin direct. La régulation de la compaction se fait par phosphorylation/déphosphorylation de H1, la
phosphorylation entrainant une décondensation de l’ADN.

Les différents degrés de compaction de l'ADN nucléaire humain :

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L'ADN a donc une structure tridimensionnelle qui varie dans le temps et l'espace :
- En fonction des protéines associées
- Dissociation des brins pendant réplication et transcription (intervention d’enzyme : hélicases,
topoisomérases)
- Condensation : mitose, hétérochromatine
- Relâchement : interphase, euchromatine

Les chromosomes :
Un noyau humain haploïde (gamète) :
- 3,2 Gpb
- 23 chromosomes différents de tailles variables (22 autosomes + 1 gonosome)
- Longueur : 1m
- Masse : 3.3 pg

Le caryotype :
Il s’agit d’une présentation classée par paire des chromosomes humains, généralement par taille, du plus
grand au plus petit, selon la position de leur centromère et de leur coloration. Pour leur observation, les
chromosomes sont bloqués en métaphase.

Des colorants permettent de visualiser la chromatine grâce à leur affinité pour l’ADN et/ou les protéines
qui lui sont associées.
Coloration au Giemsa : association de 3 colorants (chromatine rose-violacées) couramment utilisée en
cytogénétique moléculaire.

Utilisation de colorants colorant de façon inhomogène les chromosomes, ce qui entraine l’apparition de
bandes (banding) :
- Bandes G : dénaturation par la trypsine puis coloration au Giemsa  marquage des zones pauvres
en gènes, à réplication tardive.
- Bandes R : dénaturation par la chaleur puis coloration au Giemsa  marquage des zones inverses
des bandes G c’est-à-dire les zone riches en gènes, à réplication précoce.
Dans un caryotype standard, on visualise 300 à 500 bandes. Les bandes claires avec une technique
apparaissent sombres avec l’autre.

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- Bandes C : traitement au sulfate de baryum  mise en évidence de l’hétérochromatine


constitutive centromérique
- Bandes Q : traitement à la quinacrine, visualisation en fluorescence.

Technique FISH : utilise des sondes fluorscentes complémentaires de certaines séquences nucléotidiques
des chromosomes pour mettre en évidence les anomalies chromosomiques.

Technique SKY ou M-FISH : utilisation de différentes sondes fluorescentes (une couleur par chromosome)
pour mettre en évidence les translocations chromosomiques.

II.B. ADN MITOCHONDRIAL

L'ADN mitochondrial est proche en termes de structure, de celui des cellules procaryote, concourant à
l'hypothèse d'une origine commune.
La plupart des protéines mitochondriales sont codées par le génome nucléaire et importées depuis le
cytosol, sauf 13 codées par l’ADN mitochondrial.
Le génome mitochondrial représente moins d'1 % de l'ADN cellulaire total. Il est présent dans la matrice en
une dizaine d'exemplaire par mitochondrie, et il y a plusieurs milliers de mitochondries par cellule.

Chez l'homme le génome mitochondrial comporte 16 569 pb. Il s'agit d'un ADN double brin circulaire
transmis uniquement par la mère, au fonctionnement autonome et à taux de mutation 10x plus élevé que
l’ADN génomique nucléaire (car absence d'histone, pauvreté du système de réparation, grande
concentration de radicaux libres).

Le génome mitochondrial comporte 2 brins : 1 brin heavy riche en G et un brin light riche en C, chacun
codant pour des informations génétiques différentes. Le code génétique est différent de celui du génome
nucléaire.

Les brins sont entièrement occupés par des gènes, à l'exception de la boucle D contenant l'origine de
réplication (ORI), ce qui représente 93 % de séquence codante. Il n'y a ni séquences répétées inter-
géniques, ni introns, ni promoteurs. Les gènes transcrits sont au nombre de 37 et donnent :
- 24 ARN non codants dont 22 ARNt et 2 ARNr (23S et 16S, spécifiques de la mitochondrie)
- 13 ARNm codant (pour des enzymes de la chaine respiratoire : NADH déshydrogénase, cytochrome b,
cytochrome c oxydase et ATP synthase).

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Remarque : Mutations :
Hétéroplasmie : présence simultanée dans la mitochondrie (ou dans la cellule) d’ADN mitochondrial
normal et muté
Homoplasmie : présence uniquement d’ADN mitochondrial muté.

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III. L'ARN

III.A. STRUCTURE DES ARN

Les ARN sont produits par transcription à partir de l’ADN. Ils sont toujours plus courts que l’ADN.

Dans l’ARN, l’uracile remplace la thymine : pourquoi ?


L'uracile peut être obtenu par désamination oxydative accidentelle de la cytosine, et lorsque cela arrive
dans l'ADN, l'uracile est reconnu comme étranger et est très facilement réparé.

Dans l'ARN, l'uracile peut donc être à l'état normal ou provenir d'une désamination oxydative accidentelle.
De plus, la synthèse de la thymine coûte plus cher en énergie (méthylation) que l'uracile : on réserve donc
la thymine à l'ADN, dont l'intégrité est essentielle, tandis que ce n'est pas une exigence pour l'ARN (présent
en plusieurs milliers de copies).

Autres caractéristiques :
- Complémentarité A/U et G/C
- Présence de bases spécifiques dans les ARNr et ARNt
- Les nucléosides sont des riboses, et non des désoxyriboses : l'ARN peut donc être clivé par les bases
fortes. Remarque : Le désoxyribose est un élément de stabilité de la double hélice, les deux fonctions
OH du ribose sont moins stables.
- Le plus souvent monocaténaire (pas de sauvegarde de l'info nécessaire), mais parfois, structure en
épingle à cheveux (tige et boucle) ou association entre 2 ARN
- Souvent associé à des protéines (pour former des ribonucléoprotéines) ou à d'autres ARN (des
miRNA par exemple)
- Certains ARN, les ribozymes, possèdent une activité enzymatique

III.B. VARIETE

 ARN issus du génome nucléaire

Ils proviennent de la transcription d’un gène. On trouve des ARN codants, traduits en protéines, ainsi que
des ARN non codants, qui sont des ARN issus de la transcription qui ne seront pas traduits en protéines.

1. ARN codants = ARN messagers

Ils ne représentent que 2 % des ARN totaux. Ils permettent le transport de l'information génétique depuis
l'ADN jusqu'aux ribosomes, hors du noyau, qui sont les sièges de la traduction en protéines. On les retrouve
donc dans deux compartiments différents : nucléaire et extranucléaire (cytosol).
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Les ARNm ont une durée de vie courte et variable (de quelques minutes à quelques jours), ils sont produits
et dégradés très rapidement. On en trouve à chaque moment environ 1 000 sortes par cellules.
Un gène donne de nombreuses copies d'ARNm et un ARNm peut être lu plusieurs fois : l'information
génétique est donc amplifiée.
Un ARNm eucaryote code une seule protéine.

Synthèse et maturation :

A partir de l'ADN, on a d'abord la synthèse d'un transcrit primaire ou pré-messager. L'élimination des
introns donne ensuite le messager mature qui va quitter le noyau. L’ARNm mature est donc plus court que

le transcrit primaire. Il présente des éléments particuliers :

 Extrémité 5’ : coiffe/cap

Elle est constituée d'une 7-méthylguanosine triphosphate et les riboses des deux premiers nucléotides sont
méthylés sur l’OH en C2’.
Elle protège de la dégradation par les ribonucléases afin d'augmenter la durée de vie des ARNm et participe
à l'export nucléaire : la coiffe est reconnue dans le noyau par un complexe protéique de fixation de la coiffe
(CBC, Cap Binding Complex) permettant le passage à travers les pores nucléaires.
Dans le cytoplasme, la coiffe permet la liaison de l’ARNm au facteur d’initiation de la traduction, ce qui
permet le recrutement des ribosomes.
Le catabolisme des ARNm passe par le décoiffage préalable de l'ARN par des enzymes spécifiques.

 Régions 3' et 5' UTR

Elles sont régulatrices et non traduites.

 Région codante

Située entre les régions 3’ et 5’ UTR, la séquence codante sera traduite en protéine. Elle est organisée en
triplets nucléotidiques ou codons. Il y a 20 acides aminés possibles pour 64 codons, plusieurs codons vont
donc coder pour le même acide aminé : le code génétique est dit redondant ou dégénéré. 61 triplets
nucléotidiques différents codent pour les 20 AA et 3 codons STOP ou non-sens (UAA, UAG et UGA) arrêtent
la traduction.
En général, il y a une flexibilité sur la 3e base du codon, c'est le wooble. Ex : UCU, UCC, UCA et UCG
correspondent à la sérine, ce sont des codons synonymes.

 Queue Poly-A

La queue poly-A, située à l’extrémité 3', est constituée de 100 à 200 nucléotides adényliques ajoutés par
une poly-A polymérase lors de la maturation.
Elle permet la stabilisation de l'ARNm, sa protection et contribue également au transport nucléo-
cytoplasmique.

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A noter qu'en biologie moléculaire, il est possible d'isoler les ARNm des autres ARN en utilisant un support
solide lié à un poly-T.

Principales différences entre les ARNm eucaryotes et procaryotes :


Eucaryotes Procaryotes

1 ARNm code 1 protéine 1 ARNm code plusieurs protéines

Présence d’une coiffe en 5’ Pas de coiffe

Présence d’une queue poly-A en 3’ Pas de queue poly-A

2. ARN non codant « classiques »

2.1. Les ARNr (ribosomiques)

Ils représentent 82% des ARN cellulaires.


Les ribosomes sont des particules du cytoplasme présentes sous forme libre ou liées à la face cytosolique
du réticulum endoplasmique ou dans les mitochondries. Ils sont nécessaires à la synthèse des protéines et
sont formés de 2 sous unités de taille variable (selon l’origine eu- ou procaryote), dont une petite qui « lit »
l’ARNm et une grande qui interagit avec les AA de la protéine en formation. Chaque sous-unité est
constituée de protéines ribosomales et d’ARNr.

Chez l’eucaryote : ribosomes de 80S


- Grande sous unité 60S : ARNr 5S, 5.8S, 28S + 50 protéines
- Petite sous unité 40S : ARNr 18S + 33 protéines

Chez le procaryote : ribosomes de 70S


- Grande sous unité 50S : ARNr 23S, 5S + 34 protéines
- Petite sous-unité 30S : ARNr 16S + 21 protéines

S = Sveidberg, unité de la mesure de la vitesse de sédimentation (dépend de la masse, la forme et la


rigidité.

Les ribosomes mitochondriaux sont également de 70S et ont une structure proche des ribosomes
procaryotes.

Remarque : les différences entre les ribosomes eu- et procaryotes permet une action spécifique de certains
antibiotiques (les aminosides) sur les ribosomes bactériens : ils se fixent sur la petite SU et inhibent ainsi la
synthèse protéique.

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2.2. Les ARNt (de transfert)

Ils représentent 15% des ARN cellulaires.


Ils ont pour rôle de véhiculer les acides aminés présents dans le cytoplasme jusqu'aux ribosomes (lieu de
synthèse des protéines). De plus, ils sont une solution à la grande différence de taille entre acides aminés et
codons (sans intermédiaire, les acides aminés ne pourraient se lier entre eux). On en trouve plus de 20 000
par cellule.

Ils sont composés d'un enchaînement de 75 à 80 ribonucléotides dont de nombreux


nucléotides atypiques (+ de 50 sortes) résultant de modifications enzymatiques post-
transcriptionnelles. Ex : IMP (inosine par désamination de l’adénosine), dihydro-
Uridine, pseudoU, bases méthylées…).
Ils ont une forme de trèfle, avec une structure 3D en L, où chaque feuille est
constituée d'une structure tige – boucle – tige, où la tige est créée par appariement
entre bases complémentaires, et les boucles créées par la richesse en nucléotides
atypiques non appariés.

Les bras de l'ARNt :


- Le bras A porte l'anticodon
- Le bras opposé, en 3’CCA terminal, fixe de façon covalente l’AA spécifié par l’anticodon.
- Le bras T contient de nombreuses pseudo-uridine (Ψ) et ribothymidine dans une séquence TΨC
- Le bras D, de structure variable, contient de nombreuses dihydro-uridines

Maturation :
Les ARNt sont synthétisés siys la forme de pré-ARNt avant d’être clivés par une ARNase P, qui est un
ribozyme, c’est-à-dire un ARN à activité enzymatique, composé de 375 nt d’ARN et d’une protéine de
20kDa. ARNase P coupe l’extrémité 5’. L’extrémité 3’ est coupée par une ARNase T.
Il y a ensuite ajout du triplet CCA à l’extrémité 3’ puis des modifications post-transcriptionnelles conduisent
à l’apparition des bases atypiques.

ARNase P ARNase T

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L’ARNt s’associe à l’ARNm de façon antiparallèle et complémentaire :

Un ARNt est spécifique : il ne peut transporter qu'un seul type d'acide aminé, mais un acide aminé peut
être transporté par plusieurs ARNt qui diffèrent par leur anticodon. Ces ARNt sont dits isoaccepteurs.
Il y a une flexibilité de la première base de l’anticodon (wobble). Il s’agit souvent d’une inosine, capable de
réaliser des appariements bancals avec la troisième base (variable) du codon.

3. Autres ARN non codants

3.1. ARNi ou interférent :

Désigne un ARN simple ou double brin capable d'interférer avec un ARNm spécifique conduisant à sa
dégradation et/ou à la diminution de sa traduction en protéine. Il en existe 2 classes : les micro-ARN (ou
miRNA) et les small interfering RNA (ou siRNA).

 Les miRNA ou micro ARN

Ils sont physiologiques et présents en très faible quantité : ils représentent < 1‰ des ARN. Il en existe ≈
1000 types chez l’Homme.
Simples brins, ils sont codés par l'ADN pour le contrôle de l'expression d'autres gènes du génome.
Ce sont de petites molécules endogènes (18 à 24 nucléotides) qui dérivent de transcrits de taille plus
élevées
(90 à 200 nucléotides) et participant à la régulation de l'expression génique.
Un miRNA peut cibler plus de 100 ARNm et agit en se liant à la région 3'UTR. Inversement, plusieurs miRNA
peuvent cibler une même molécule d'ARNm en se liant à une même région 3’UTR.

Les gènes codant pour les miRNA sont souvent regroupés en clusters. 25 % de ces gènes sont présents dans
les introns d'autres gènes (générés au cours de l’épissage, expression coordonnée du miRNA et de la
protéine). Beaucoup ont une orientation anti-sens.
Ils ont une fonction importante : on estime qu'ils sont responsables du contrôle de l'expression de + de
30 % des gènes humains.

Inversement, leur production est régulable. Par exemple, le glucose contrôle miR-124, dont une des cibles
est une protéine nécessaire à la sécrétion d'insuline
On observe un dérèglement de l'expression des miRNA dans certains processus d'oncogénèse. Par
exemple, certaines translations chromosomiques affectant des locus comportant des gènes codant pour
des miRNA ont été mises en cause dans certaines leucémies

 Les siRNA ou small interfering RNA

Ils ne sont pas physiologiques. Doubles brins, ils peuvent être créés de manière artificielle et introduits dans
la cellule pour des analyses de biologie moléculaire.

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3.2. Petits ARNnc

snRNA (small nuclear) : liés à des protéines (ribonucléoprotéines U1 à U6) : permettent l’épissage des
ARNm dans le noyau

snoRNA (short nucleolar) : ARN guide qui interviennent dans la maturation des ARN en modifiant les
nucléotides d’ARN cibles (ARNr, ARNt, snRNA) en plaçant des enzymes au niveau de certaines séquences
d’ARN cible.
 snoRNA C/D : permet l’ajout d’un méthyle
 snoRNA H/ACA : transforme uridine en pseudo-uridine

ARN 7SL : couplé à 6 protéines pour former le complexe SRP (signal recognition particle), nucléoprotéine
qui reconnaot certaines protéines en voie de synthèse et favorise leur transfert vers le RE

ARN amorces des fragments d'Okasaki

ARN de la télomérase

3.3. Longs ARNnc

ARNnc : entre 200 et 10 000 nucléotides.


Ils sont très nombreux (des dizaines de milliers et sont répartis en 5 classes :
- Sens et anti-sens : ce sont des transcrits initiés à l’intérieur ou dans la portion 3’ d’un gène codant une
protéine (même direction ou direction opposée), chevauchant au moins un exon codant.
- Introniques : ils sont situés dans un intron (même direction ou direction opposée).
- Divergents : ils sont initiés à proximité d’un promoteur de gène (transcrits dans les deux directions).
- Inter-géniques : ils sont éloignés d’environ 5000 nt d’un gène codant, peuvent être transcrits dans les
deux directions et sont hautement conservés.

Fonction :
La plupart des longs ARNnc sont faiblement exprimés, restreints à un compartiment cellulaire ou un tissu
spécifique. Ils ont un rôle de régulateur épigénétique et dabs la stabilité post-transcriptionnelle :
- Guide des complexes de modification de la chromatine vers leurs gènes cibles
- Molécule d’échafaudage dans la réunion de complexes protéiques
- Liaison à des miRNA empêchant leur rôle (« éponge à miRNA »)
La dérégulation de certains longs ARNnc est associée à des pathologies comme le cancer, l’hypertension,
l’Alzheimer…

 ARN issus d’autres génomes que nucléaire

Génome mitochondrial : transcription d’ARNm, d’ARNt, et d’ARNr (16 et 23 S).


ARN viraux : double brin (hépatite, rougeole) ou simple brin (rétrovirus comme le VIH, rotavirus, grippe)
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III.C. QUANTITE

La quantité en ARNm varie en fonction de la fonction cellulaire, de la phase du cycle et de facteurs de


contrôle. Les ARNm et miARN sont relativement rares par rapport aux autres.

Répartition :
ARNr > 82 %
ARNt ≈ 15 %
ARNm ≈ 2 %
Autres < 1 % (miARN < 1‰)

Les ARN sont très fragiles, il faut donc prendre des précautions en expérimentation (conditions RNAases
free). Ils sont facilement hydrolysables par les bases fortes contrairement à l’ADN et certains ont une
activité enzymatique : ribozymes.

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IV. METABOLISME DES ACIDES NUCLEIQUES

Le métabolisme des nucléotides puriques et pyrimidiques diffère au niveau de la biosynthèse comme du


catabolisme. Ces voies sont la cible de nombreuses thérapies anti-virales ou anti-cancéreuses.

IV.A. BIOSYNTHESE DES NUCLEOTIDES

2 voies :
- Synthèse « de novo » : à partir de précurseurs et par une voie métabolique très consommatrice
d'énergie. Les acides nucléiques sont synthétisés sous forme de ribonucléoprotéines (puis il y a
réduction en désoxyribonucléotides par des ribonucléotides réductases).
- Synthèse de récupération : à partir de bases ou de nucléotides provenant de l'alimentation ou du
catabolisme intracellulaire (économie d’énergie).

IV.B. CATABOLISME DES ACIDES NUCLEIQUES

Le catabolisme et le recyclage des acides nucléiques a lieu de manière quasi-exclusive dans le foie et
l'intestin grêle, qu'ils soient endogènes (renouvellement ou lyse cellulaire) ou provenant de l'alimentation.

1. Catabolisme des acides nucléiques à base purique :

Nucléotidase : coupe
la liaison P

Nucléosidase : coupe
la liaison N-
glycosidique

Chez l'homme, l'acide urique (= 2,6,8-oxopurine = 8-oxoxanthine) est le produit terminal de la dégradation
des bases puriques. Il est quasiment insoluble dans l'eau. A pH physiologique, il est trouvé majoritairement
sous forme d'urate de sodium (sel sodique d'acide urique), peu soluble mais plus que l'acide urique.
Il est éliminé par voie rénale (majoritaire) et intestinale (transformation en allantoïne par la flore

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bactérienne via une uricase).

L'uricémie est le dosage de l'acide urique (sous forme acide ou urate invariablement) qui doit être présent
en concentration faible dans la circulation (se précipite facilement).
Dans l’hyper-uricémie, les taux sériques dépassent la limite de solubilité et il y a cristallisation de l’urate de
sodium :
- Dans les tissus et articulations (mains, pieds) : crise de goutte
- Dans les urines si elles sont trop acides : coliques néphrétiques

L'hyper-uricémie est traitée par l'allopurinol, analogue structural de l'hypoxanthine inhibant la xanthine
oxydase et réduisant la synthèse de novo des bases puriques.

L'hypoxanthine et la xanthine sont très solubles et donc facilement éliminés par voie rénale.

2. Catabolisme des acides nucléiques à base pyrimidique

Les produits du catabolisme des bases pyrimidiques sont très hydrosolubles :


- C02 : expiré
- NH3 : élimination urinaire ou utilisation dans la synthèse hépatique de l'urée
- β-alanine et β-amino-isobutyrate : élimination urinaire ou transformés en acétyl-coA ou succinyl-coA
-
 La surproduction de bases pyrimidiques ne donne donc pas d'anomalies en clinique contrairement aux
bases puriques.

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