Microbiologie Appliquée à l’Environnement ARIF Master II

‫بسم هللا الرحمن الرحيم‬

INTRODUCTION AU MODULE

1 Ecologie microbienne et microbiologie de l’environnement

L’écologie microbienne est l’étude du comportement et des activités des µo

dans leurs environnements naturels, les µ.O sont petits ; leurs environnements aussi
sont petits.
La microbiologie environnementale se rapporte essentiellement aux processus
microbiens globaux qui se déroulent dans le sol, l’eau ou les aliments. Elle ne
s’occupe pas du « micro-environnement » particulier où les µo vivent effectivement,
mais des effets à plus large échelle de la présence et des activités microbiennes.

2- Biosphère et organisation
La biosphère est la combinaison entre la matière vivante et l'environnement
dans lequel la vie existe. C’est une petite partie de la planète où des vivants se
trouvent : sur terre, sous terre, dans l’eau ou dans l’air.

2-1 Ecosystème
La biosphère est formée d'unités écologiques : les écosystèmes. Ils
comprennent des composants abiotiques et biotiques. La zone physique (biotope):
eau, sol, cailloux ……..etc.
2-2 Communauté
L'élément biotique est la communauté des organismes vivants ou biocénose.
La communauté comprend des populations de µo. Ce terme désigne des assemblages
d’espèces bactériennes qui sont en interaction dans un même écosystème, milieu,
habitat et/ou qui partagent une même fonction.
2-3 Population
une population consiste en une ou plusieurs espèces: possèdent des propriétés
similaires et vivent dans la même surface

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2-4 Habitat
L’habitat est l’espace qui offre des conditions convenables à la vie, à la
croissance et à la prolifération d'un µo donné. Un microorganisme peut avoir plusieurs
habitats
5- La niche
La niche est le rôle spécifique (la fonction) d'une population dans la
communauté (fonctionnement de l’écosystème). Cette fonction est déterminée par:
demandes nutritionnelles,
propriétés cinétiques,
capacités biochimiques
tolérance aux conditions environnementales
Deux populations ne peuvent occuper simultanément la même niche dans la
communauté.
6- Les habitants d'un écosystème
Les µo sont classés en autochtones et allochtones.
Les autochtones sont indigènes, toujours présents dans un écosystème donné où ils se
multiplient. Leur présence est basée sur l'apport plus ou moins constant des
nutriments typiques de l'écosystème.
Les allochtones sont apportés dans un milieu alors qu’il ne constitue pas leur
environnement habituel. Ils sont dépendants d'une augmentation occasionnelle de la
concentration de certains nutriments spécifiques. Ils apparaissant occasionnellement,
ou persistant dans un état de dormance.

CHAP. 1 : DIVERSITÉ DES MICROORGANISMES

1-1 Diversité bactérienne (Archaea et Eubacteria)
1-2 Diversité des Eucaryotes (Champignons, Algues)
1-3 Diversité virale

La compréhension de la répartition et de l'écologie de base d'un des groupes

d'organismes les plus abondants et divers sur Terre est encore une question cruciale
non résolue dans la recherche environnementale. En effet, les µ.o sont petits mais
parfois, ils ont des couleurs remarquables dans les cultures pures. Ils deviennent alors
visibles. Les µ.o sont invisibles, mais peuvent être dénombrés (voir Tab.).
La biodiversité représente des enjeux non seulement d’ordre écologique mais
aussi d’ordre économique. D’un point de vue écologique, la biodiversité joue un rôle
majeur dans:
- le maintien des processus d’évolution du monde vivant,
- la régulation des équilibres physico-chimiques de la biosphère (cycles du carbone,
de l’oxygène, de l’eau...)

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les capacités des êtres vivants à assimiler et décomposer des polluants

organiques et minéraux au sein de cette biosphère.

La biodiversité est aussi un enjeu économique par le fait que la diversité des
espèces, des écosystèmes et des habitats:
- influence la productivité et la capacité de ces écosystèmes à maintenir la fertilité
(sols)
- ou à épurer des milieux pollués (eau).
Les industries pharmaceutiques, alimentaires tirent également avantage de la
biodiversité.

A-Ubiquité des microorganismes

Pendant de nombreuses décennies, la microbiologie était destinée à l'étude des
microorganismes associés aux maladies. Les études ont montré que les bactéries et les
archées vivaient dans des environnements:
- extrêmement chauds (sources thermales), jusqu'à 121 ° C (hyperthermophiles)
- des températures très froides dans le pergélisol (permafrost), jusqu'à -20 ° C (psychrophiles)
- très salés tels que la mer Morte (halophiles)
- très acides et alcalins, tels que le drainage des mines d'acide et les lacs de la plage
(acidophiles ou alcalis).
Ils peuvent vivre dans des environnements considérés auparavant comme dépourvus de vie
(habitat extrême du désert et sur les surfaces des roches). Il existe très peu d'environnements
où la vie n'a pas été trouvée.

B- Grande diversité de morphologie

La taxonomie bactérienne et archaïque ne s’appuie pas sur la morphologie en
raison de la prédominance de quelques formes courantes . Plusieurs bactéries et
archaea présentent une variété de morphotypes. Les formes rondes (coccoide),
bacilles, filamenteux, virgule ou vibrio sont quelques-unes des morphologies les plus
fréquemment observées.

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La morphologie bactérienne est façonnée par l'évolution et différentes formes

aident les bactéries à :
- trouver de la nourriture,
- s’attacher aux surfaces,
- échapper aux prédateurs,
- se déplacer dans leurs environnements
- et à se diviser.
La plupart ont des formes moins informatives qui aident les bactéries et les archées à
utiliser leur environnement de manière plus efficace.

C- Comparaison des trois domaines

Les différences fondamentales, ainsi que les similitudes, se produisent dans les
trois domaines Eukarya, Archaea et Bacteria (Tab.). Ces similitudes et ces différences
ont permis de déchiffrer la position relative des trois domaines l'un dans l'autre dans
l'arbre de la vie.
1-1 DIVERSITÉ BACTÉRIENNE
1-1-1 Expansion du nombre de Phyla bactérien
Au début du 20 ème siècle, la classification des µo reposait sur des critères
morphologiques observés par microscopie ou cultures pures sur boites de Petri. A
cette époque, les microbiologistes étaient conscients que ces méthodes étaient
restrictives et insuffisantes pour distinguer les espèces les unes des autres.
Le développement des méthodes moléculaires, dans les années 1990, a permis de
décrire plus précisément les µ.o et d’établir un nouveau système de classification
fondé sur une comparaison de la séquence du gène codant la sous-unité 16S de l’ARN

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ribosomal (ARNr16S). En 1992, Woese et al., présentent la 1ère librairie de séquences

de gènes bactériennes de l’environnement.

La connaissance de la diversité des bactéries a fait des sauts substantiels

depuis les années 1980: de 11 phylas de Woese (1987) à environ 36 phyla aux 52
phyla identifiés par Rapp'e et Giovannoni
Les 11 phyla originaux de Woese (en noir) ont connu quelques changements tels que
les Gram + qui ont été divisé en actinobactéries et firmicutes. Dans la figure ei-
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dessous : les Phyla montrés en blanc représentent phyla avec au moins un membre
cultivé. Les Phyla en gris ne comprennent pas de membres cultivés et sont connus à
partir de séquences génétiques.
Ces phyla représentent la moitié de ceux de l'étude par Rapp'e et Giovannoni (2003)
et indiquent l'insuffisance de notre connaissance sur le domaine des bactéries. Le
nombre de phyla dans le domaine bactérien continuera à augmenter à mesure que
d'autres environnements seront explorés à l'aide de techniques moléculaires.
Sur cette base, le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology définit les
groupes taxonomiques selon 7 niveaux principaux:
 Domaine,
 Phylum,
 Classe,
 Ordre,
 Famille,
 Genre,
 Espèce
Actuellement, 52 phylums bactériens majeurs ont été identifiés tous environnements
confondus (Fig. ).

1-1-2 Principaux bactéries

La diversité dans les bactéries englobe:
- la phylogénie,
- la reproduction,
- le mode de vie métabolique,
- la morphologie
- et d'autres facteurs
a- Phototrophes: acteurs critiques de l'écosystème
La photosynthèse est essentielle à la vie sur terre, de nombreux µo sont phototrophes.
Les 5 phylas bactériennes qui contiennent des phototrophes sont :
- les Firmicutes,
- les Proteobactéries,
- les Chloroflexi,
- les Cyanobactéries
- et les Chlorobi
Ils utilisent tous des centres de réaction photochimiques.

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Les 11 phyla originaux de Woese (en noir)

Les Phyla montré en blanc représentent phyla avec au moins un membre
cultivé.
Les phyla en gris ne comprennent pas de membres cultivés et sont connus
à partir de séquences génétiques

Tous les membres des deux derniers phyla (les Cyanobactéries et les
Chlorobi) sont principalement des phototrophes. Les membres de Chlorobi, également
connus sous le nom de bactéries sulfureuses vertes, sont des photoautotrophes
anaérobies obligatoires qui oxydent les composés soufrés, réduisent le fer et
l’hydrogène.
Une découverte dans un fumeur noir dans le soulèvement du Pacifique Est a
conduit à l’isolement et la culture de GSB1, une bactérie verte sulfureuse qui peut se
développer phototrophiquement à partir de la lumière géochimique de l'évent, où elle
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a été isolée dans l'effluent de ventilation. Ceci, et d'autres découvertes aux évents,
montrent que la photosynthèse peut être alimentée par une lumière autre que la
lumière du soleil.
Parmi les 11 phylas bactériennes originales, les cyanobactéries, sont un
phylum ancien et diversifié qui contient les bactéries photosynthétiques de l'oxygène.
Chez ces bactéries la lumière est recueillie par des antennes collectrices de lumière,
principalement des phycobilisomes.

Les trois autres phylas qui contiennent des phototrophes (Firmicutes,

Protéobacteria et Chloroflexi) varient dans la diversité des organismes phototrophes et
dans les mécanismes utilisés. Les bactéries phototrophes ne fixent pas toutes le
dioxyde de carbone et ne sont donc pas photosynthétiques.
Au sein du Chloroflexi, un groupe de bactéries filamenteuses et glissantes, effectuent
une photosynthèse anoxygénique (sans production d'oxygène).
Les subdivisions α, γ et β des protéobactéries abritent des bactéries photosynthétiques
qui sont métaboliquement diverses. Certains membres sont facultativement
phototrophes.
Plus récemment, les études ont montré que les membres des Heliobacteriaceae, au
sein des Firmicutes, contiennent des centres réactionnels.

b- Une nouvelle découverte dans les 11 originaux: Zetaprotéobactéries

De nouvelles classes peuvent encore être découvertes au sein de phylla connus
depuis des décennies comme en témoigne la découverte des Zetaproteobacteria par
Emerson et al. (2007). Ces bâtonnets incurvées, cultivées à partir des monts sous-
marins de Loihi (île d'Hawaï), forment des "structures filamenteuses en forme de tiges
d'oxyhydroxydes de fer" pendant leur croissance (Fig. )

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A-D: Cellules de Mariprofundus ferrooxydans, un membre nouvellement

décrit de la Zetaproteobacteria, adhérant aux lames de verre
(E): image TEM montrant la paroi cellulaire Gram negatif et les oxydes de fer
(en bas à gauche); (F) plan des fibres qui composent le filament d'oxyde de
fer.

Nommées Mariprofundus ferrooxydans gen. nov., sp. nov., ces bactéries

microaérophiles se développent exclusivement sur le fer réduit avec du dioxyde de
carbone comme seule source de carbone, entre pH 5,5 et 7,2.
M. ferrooxydans présente une nouvelle capacité: la capacité à se développer sur le
métal Fe◦. Phyogénétiquement, cette bactérie se ramifie profondément dans les
protéobactéries, et Emerson et al. (2007) ont proposé de représenter une nouvelle
classe: Zetaproteobacteria.

c- Epulopiscium: un cas de polyploïdie extrême

Epulopiscium spp. est l'une des plus grandes bactéries connues: vivent sous
forme de symbiotes de poisson-chirurgiens. Elles sont célèbres pour leur taille (> 600
μm) et leur mode de reproduction.
Epulopiscium en forme de cigare, reproduit une progéniture multiple
intracellulairement, un phénomène suggéré par Angert (2005).
La division dans la cellule mère donne plusieurs cellules filles intracellulaires; les
cellules mères et filles se développent jusqu'à un point où la cellule fille augmente de
volume. Finalement la cellule mère dégénère, ce qui permet aux cellules filles
d'émerger (Fig.)

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(A,B) Epulopiscium fishelsoni

Epulopiscium sp. cycle de vie de type B. La production de progéniture suit un

cycle circadien.
a)Au début de la journée, une cellule mère possède de petites progénitures
internes.
(b et c) La taille de la progéniture augmente tout au long de la journée (b) jusqu'à
ce qu'elles remplissent le cytoplasme de la cellule mère (c).
(d) Enfin, les cellules de descendance «matures» émergent de l'enveloppe mère-
cellule.
Notez qu'avant l'émergence, ces cellules commencent à développer la prochaine
génération de progéniture.
(e et f) Images de cellules colorées par DAPI représentant les populations de
petites cellules (e) et grandes (f)
La taille de Epulopiscium présente un problème pour la bactérie. Angert et ses
collègues ont découvert que:
- Epulopiscium maintient une polyploïdie extrême tout au long de sa vie
- Elle a des dizaines de milliers de copies de génome (dans chaque individu), qui
tapissent la périphérie de la cellule.
Ainsi, une cellule possède des génomes disposés d’une façon stratégique pour:
- répondre aux stimuli locaux,
- surmonter les problèmes de grande taille de cellule.
Les recherches révèlent que le nombre de copies du génome est en corrélation
linéaire avec le volume du cytoplasme. Mendell et al. (2008) suggèrent que la
polyploïdie extrême observée a pu évoluer dans le cadre de la symbiose avec le
chirurgien. Les cellules Epulopiscium sont capables de se déplacer plus efficacement

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dans l'intestin pour se nourrir et sont également capables d'échapper plus

efficacement à la prédation ciliée. Un tel phénomène est rare dans les génomes
bactériens / archaïques, mais commun dans les eucaryotes. La polyploïdie extrême
d'Epulopiscium peut favoriser l'apparition de longs mononucléotides instables sans
nuire à la cellule.

1-1-2 DOMAINE DES ARCHEOBACTERIES

La division des Archaea en Crenarchaeota et Euryarchaeota a été
formellement proposée dans Woese et al. (1990). Depuis, de nombreuses tentatives
ont eu lieu pour produire un arbre phylogénétique solide des Archaea et des phyla
supplémentaires ont été proposés.
Une nouvelle tentative pour résoudre les relations au sein des Archaea et
éclairer la divergence de Crénarchéota mésophile et hyperthermophile a conduit au
troisième phylum archaïque proposé récemment, Thaumarchaeota, qui englobe les
archées mésophiles actuellement identifiées.
Les premiers hyperthermophiles ont été décrits au début des années 1980. A l'heure
actuelle, plus de 34 genres à travers 10 ordres dans les Bactéries et Archaea ont été
identifiés. Les hyperthermophiles se rencontrent le plus souvent dans les champs
solfatariques qui peuvent avoir une abondance de pyrite ou d'hydroxydes de fer, de
dioxyde de carbone, d'hydrogène sulfuré, d'hydrogène moléculaire et de méthane,
substances essentielles aux activités métaboliques.
A- Les Crenarchaeota
La plupart des Crenarchaeota sont chimio-organotrophes ou
chimiolothotrophes. Elles pratiquent une respiration aérobie ou anaérobie (quelques
une fermentation). Elles ont été isolées pour la première fois de sources
hydrothermales marines ou continentales. Elles utilisent des composés soufrés pour
leur métabolisme énergétique que ce soit en chimiolithotrophie ou en chimio-
organotrophie selon les genres et les espèces. Certaines d’entre elles sont aussi
acidophiles pouvant se développer à des gammes de pH variant de 2 à 5
* Les sulfolobales
Les Sulfolobales sont thermoacidophiles, la T° optimale de croissance située
autour de 90°C et pH compris entre 1 et 5. Elles se rencontrent dans les milieux
volcaniques terrestres. Le genre le plus connu, Sulfolobus, rassemble des
chimiolithotrophes aérobies stricts qui oxydent l’H2S ou le S0 en H2SO4 et fixent le
CO2

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* Les Desulfurococcales
Les Desulfurococcales se rencontrent principalement dans les milieux
volcaniques sous-marins. Ce sont toutes des hyperthermophiles vivant à des
températures proches ou supérieures à 100°C (105-110°C). Les principaux genres
sont Pyrodyctium, Desulfurococcus et Ignicoccus. La plupart des souches isolées ont
été récupérées à partir d’échantillons prélevés au niveau de cheminées hydrothemales
océaniques (fumeurs noirs).

Pyrolobus

* Les thermoproteales
La plupart des thermoproteales sont des anaérobies strictes qui pratiquent une
respiration du S0. La majorité d’entre elles ont été isolées d’habitats volcaniques
terrestres (sources hydrothermales terrestres).

Thermoproteus tenax.

B- Les Euryachaeota
* Les méthanogènes
Tous les µo méthanogènes connus appartiennent au phylum des Euryachaeota.
Ils sont des anaérobies stricts, utilisent des composés carbonés très simples à 1 ou 2
atomes de carbone (méthanol, formiate, acétate, methylamines); certaines peuvent
utiliser le CO2 et l’hydrogène.
* Les Halobacteriales («Haloarchaea »)
La plupart des représentants de cet ordre (14 genres) vivent dans des
environnements à hautes teneurs en en sels [de 1,5 M (9%) à 5,5 M (32%) de NaCl].
Ces µo se rencontrent dans les lacs salés et les lacs natronés (Wadi El Natroun,
Egypte) et dans la Mer Morte. Certaines d’entre eux possèdent des pigments pourpres
responsables de la coloration rose/rouge caractéristique des marais salés.
Ils peuvent présenter des formes géométriques uniques comme les cellules carrées
d’Haloquadratum.

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C’est chez les Halobacteriales qu’ont été mis en évidence les plus grandes plasmides
connus (exp. 20 à 25% du génome d’Halobacterium ou d’Halococcus se présentent
sous la forme de plasmides géants.

Haloquadratum walsby
* Les Thermococcales
Les Thermococcales sont des hyperthermophiles. Deux lignées principales
peuvent être distinguées à l’intérieur de ce groupe:
- Les Thermococcus (T°C= 70-95° C)
- Les Pyrococcus (T°C= 70- 106°C, avec un optimum à 100°C)

C- Les Nanoarchaeota
Nanoarchaeum equitans a été découvert dans les échantillons prélevés au nord
d’Islande à 100 m de profondeur. Depuis, ils ont été découverts dans d’autres
environnements (fumeurs noirs, des sources chaudes terrestres, etc) suggérant que les
Nanoarchaeota pourraient avoir une répartition géographique importante. Ce sont
des organismes Hyperthermophiles (T°C= 90°C), de très petite taille (environ 400
nm), en forme de coques et vivent en association avec des Crenarchaeota du genre
Ignicoccus (ordre des Desulfurococcales). Les nanoarchaeotes comme leurs hôtes
vivent en anaérobiose stricte.
Le séquençage du génome de Nanoarchaeum equitans a révélé qu’il possède le plus
petit génome d’archée connu à ce jour (490 Kb, environ 552 gènes). Il est très pauvre
en G+C (31,6 %).

Etude de l'hybridation In situ fluorescente (FISH) de Nanoarchaeum equitants (rouge)

étroitement associés à Ignicoccus sphérique plus grand (vert).

1-2 Diversité des eucaryotes :

1-3 Diversité virale

Les virus ne sont pas des cellules, mais constituent une classe majeure
de µo. Les particules virales sont des structures stables et statiques et dépourvus de
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nombreuses caractéristiques propres aux cellules dépourvus de nombreuses

caractéristiques propres aux cellules.
À la différence des cellules, les virus n’ont pas de capacités métaboliques
intrinsèques. Ils possèdent leur propre génome mais ils dépendent totalement du
mécanisme cellulaire de synthèse protéique de leur hôte. Les virus infectent tous les
types cellulaires.
L’infection virale peut provoquer d’importantes modifications cellulaires, dont
l’altération du matériel génétique, allant même jusqu’à augmenter les capacités
cellulaires.
En plus de leurs effets sur les dynamiques des communautés procaryotes, les phages
sont également d’importants médiateurs/promoteurs d’échanges génétiques, principal
facteur du maintien de la biodiversité au sein des communautés des µo.
Enfin, ils sont impliqués dans les processus biogéochimiques (cycle du C, N, Fe …) et
peuvent être considérés comme des catalyseurs de transferts de matières via le shunt
viral.

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