Université Sidi Mohamed Ben Abdellah Année universitaire: 2013-2014
Faculté des Sciences Dhar El Mehraz Département de Biologie
SVI-S3 Module: Biochimie Structurale Cours de Peptides
I- Définition: Les peptides sont des polymères d'aa reliés entre eux par une liaison peptidique (formation d'un amide entre COOH d'un premier aa et NH2 d'un deuxième).
On différencie les peptides ou les protéines par le nombre, la nature et l'ordre dans lequel les aa qui les composent se succèdent dans la molécule.
Les conventions:
Les aa engagés dans la chaîne peptidique sont appelés résidus, leurs nom est celui de l'aa auquel on ajoute le suffixe yl.
Les 2 aa des extrémités sont appelés N-terminal (qui a NH2 libre) et C-terminal (qui a COOH libre).
On numérote les aa en écrivant l'enchainement de gauche à droite à partir de
l'extrémité N-terminal.
Types de peptides:
On distingue 3 types de peptides:
- Peptide monocaténaire (formé d'une seule chaîne) et linéaire.
- Peptide monocaténaire et cyclique, une liaison covalente intra-chaîne (pont disulfure
S-S) est présente et réalisée par l'oxydation de 2 fonctions thiol de 2 Cys Formation d'une cystine.
- Peptide polycaténaire (formé de plusieurs chaînes), une liaison covalente (pont S-S) inter-chaîne est présente et réalisée par l'oxydation de 2 fonctions thiol de 2 Cys appartenant à 2 chaînes peptidiques différentes.
II- Détermination de la structure des peptides:
Il s'agit de déterminer:
- La nature et la masse de chacun des aa les composent. Problème relativement
simple, et on a maintenant l'automatisation des analyseurs.
- L'ordre (la séquence) dans lequel ces aa sont reliés.
1) Le peptide est d'abord réduit ou oxydé afin d'éliminer les ponts disulfures. Les dérivés obtenus sont ensuite séparés par différentes techniques:
1.1- Dialyse
La séparation à travers une membrane semi-perméable selon la taille des fractions.
1.2- Chromatographie d'exclusion
Sépare selon la taille des molécules, mais de façon continue.
2) Les peptides ainsi purifiés sont hydrolysés par HCl (6N, 110˚C, 24h), et ils sont séparés par chromatographie échangeuse d'ions. La détection est réalisée par un spectrophotomètre visible par ajout de ninhydrine à la fraction éluée.
Remarques:
- L'hydrolysation par HCl (6N, 110˚C, 24h) détruit entièrement le Trp, aboutit à une hydrolysation des amides (Asn et Gln) en ammoniac et en (Asp et Glu), et certains aa (tels que: Tyr, Ser, Thr) peuvent être partiellement détruits.
- La soude concentrée sur un peptide à 120˚C détruit tous les aa sauf le Trp Cette technique permet de l'identifier.
3) Les acides aminés N-terminaux:
3.1- Hydrolyses chimiques:
3.1.1- La dégradation de Sanger:
FDNB: permet d'identifier l'aa N-terminal, caractérisé par une coloration Jaune.
3.1.2- La dégradation d'Edman:
PITC: utilisé pour identifier tout le peptide.
Il réagit avec la fonction amine N-terminal pour donner un complexe.
3.1.3- Le chlorure de dansyl:
S'il est contribué à une hydrolyse acide, il se forme un dansyl-aminoacide très
fluorescent séparé par chromatographie sur couche mince et dosé par fluorescence.
3.2- Hydrolyse enzymatiques:
3.2.1- Types de coupures:
Il y en a 2:
Enzyme (C): coupe l'aa de la côté C-terminal.
Enzyme (N): coupe l'aa de la côté N-terminal.
3.2.2- Aminopeptidases:
Leucine aminopeptidase (N) coupe tous les aa du côté N-terminal, sauf Pro.
Proline aminopeptidase ou iminopeptidase (N): coupe Pro du côté N-terminal.
Aminopeptidase: coupe tous les aa (de série L) du cote N-terminal.
