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SVI-MAROC__AbdelHadi-Zennouhi

Université Sidi Mohamed Ben Abdellah Année universitaire: 2013-2014


Faculté des Sciences Dhar El Mehraz
Département de Biologie

SVI-S3
Module: Biochimie Structurale
Cours de Peptides

I- Définition:
Les peptides sont des polymères d'aa reliés entre eux par une liaison peptidique
(formation d'un amide entre COOH d'un premier aa et NH2 d'un deuxième).

On différencie les peptides ou les protéines par le nombre, la nature et l'ordre dans
lequel les aa qui les composent se succèdent dans la molécule.

Les conventions:

Les aa engagés dans la chaîne peptidique sont appelés résidus, leurs nom est celui de
l'aa auquel on ajoute le suffixe yl.

Les 2 aa des extrémités sont appelés N-terminal (qui a NH2 libre) et C-terminal (qui a
COOH libre).

On numérote les aa en écrivant l'enchainement de gauche à droite à partir de


l'extrémité N-terminal.

Types de peptides:

On distingue 3 types de peptides:

- Peptide monocaténaire (formé d'une seule chaîne) et linéaire.

NH2AA1 – AA2 – AA3 - ……… - AAnCOOH

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- Peptide monocaténaire et cyclique, une liaison covalente intra-chaîne (pont disulfure


S-S) est présente et réalisée par l'oxydation de 2 fonctions thiol de 2 Cys 
Formation d'une cystine.

- Peptide polycaténaire (formé de plusieurs chaînes), une liaison covalente (pont S-S)
inter-chaîne est présente et réalisée par l'oxydation de 2 fonctions thiol de 2 Cys
appartenant à 2 chaînes peptidiques différentes.

II- Détermination de la structure des peptides:


Il s'agit de déterminer:

- La nature et la masse de chacun des aa les composent.  Problème relativement


simple, et on a maintenant l'automatisation des analyseurs.

- L'ordre (la séquence) dans lequel ces aa sont reliés.

1) Le peptide est d'abord réduit ou oxydé afin d'éliminer les ponts disulfures.
Les dérivés obtenus sont ensuite séparés par différentes techniques:

1.1- Dialyse

La séparation à travers une membrane semi-perméable selon la taille des fractions.

1.2- Chromatographie d'exclusion

Sépare selon la taille des molécules, mais de façon continue.

1.3- Chromatographie échangeuse d'ions

Sépare selon la charge portée par les molécules.

1.4- Electrophorèse

Sépare les molécules selon la charge.

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2) Les peptides ainsi purifiés sont hydrolysés par HCl (6N, 110˚C, 24h), et ils
sont séparés par chromatographie échangeuse d'ions. La détection est réalisée par un
spectrophotomètre visible par ajout de ninhydrine à la fraction éluée.

Remarques:

- L'hydrolysation par HCl (6N, 110˚C, 24h) détruit entièrement le Trp, aboutit à une
hydrolysation des amides (Asn et Gln) en ammoniac et en (Asp et Glu), et certains aa
(tels que: Tyr, Ser, Thr) peuvent être partiellement détruits.

- La soude concentrée sur un peptide à 120˚C détruit tous les aa sauf le Trp  Cette
technique permet de l'identifier.

3) Les acides aminés N-terminaux:

3.1- Hydrolyses chimiques:

3.1.1- La dégradation de Sanger:

FDNB: permet d'identifier l'aa N-terminal, caractérisé par une coloration Jaune.

3.1.2- La dégradation d'Edman:

PITC: utilisé pour identifier tout le peptide.

Il réagit avec la fonction amine N-terminal pour donner un complexe.

3.1.3- Le chlorure de dansyl:

S'il est contribué à une hydrolyse acide, il se forme un dansyl-aminoacide très


fluorescent séparé par chromatographie sur couche mince et dosé par fluorescence.

3.2- Hydrolyse enzymatiques:

3.2.1- Types de coupures:

Il y en a 2:

Enzyme (C): coupe l'aa de la côté C-terminal.

Enzyme (N): coupe l'aa de la côté N-terminal.

3.2.2- Aminopeptidases:

Leucine aminopeptidase (N) coupe tous les aa du côté N-terminal, sauf Pro.

Proline aminopeptidase ou iminopeptidase (N): coupe Pro du côté N-terminal.

Aminopeptidase: coupe tous les aa (de série L) du cote N-terminal.

4) Acides aminés C-terminaux:

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4.1- Hydrolyses chimiques:

4.1.1- L'hydrazine (NH2-NH2):

Permet d'identifier l'aa C-terminal, en coupant tous les liaisons peptidiques et les
transformant en hydrazides.

4.1.2- Le bromure de Lithium (LiBH4):

Il réduit la fonction COOH de l'aa C-terminal et la transforme en OH, et puis il y aura


une hydrolyse complète de cet aa pour l'identifier en tant qu'un amino-alcool.

4.2- Hydrolyses enzymatiques:

Se fait par les carboxypeptidases (exopeptidases).

Pour que ces enzymes soient actives, il faut que:

- L'α-carboxyle de l'aa doit être libre.

- L'aa C-terminal doit être de la série L.

- La nature des résidus des 2 aa participant à la liaison peptidique C-terminal


influence l'action de ces enzymes.

Il y a 2 carboxypeptidases qui sont importantes:

4.2.1- Carboxypeptidase A:

Elle est bloquée par l'Arg, Lys ou Pro s'ils sont placés en avant-dernier du
polypeptide.

4.2.2- Carboxypeptidase B:

Elle est spécifique, agit uniquement sur les peptides ayant une Lys, Arg ou ornithine
comme aa C-terminal.

5) Acides aminés intra-peptidiques:

5.1- Méthodes chimiques:

5.1.1- CNBr:

Il réagit comme une enzyme (C), coupe le CO de la Met.

5.1.2- NTCB:

Est un réactif qui réagit comme une enzyme (N), coupe le NH de la Cys.

5.1.3- L'acide performique, le β-mercaptoéthanol et le


dithiothréitol:

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Sont des produits chimiques qui hydrolysent les ponts disulfures.

5.2- Méthodes enzymatiques:

5.2.1- Trypsine (C):

Lys, Arg. sauf si Pro à droite.

5.2.2- Chymotrypsine (C):

Phe, Trp, Tyr. sauf si Pro à droite.

5.2.3- Thermolysine (N):

Leu, Ile, Val, Ala, Trp et Phe. sauf si Pro à gauche.

5.2.4- Pepsine (N):

Phe, Trp, Tyr. sauf si Pro à gauche.

Remarques:

① L'absence de l'aa terminal indiquera que le peptide est cyclique ou semi-cyclique.

② La présence de plusieurs groupements N- et C-terminaux indiquera que le peptide


est formé de plusieurs chaînes liées par des ponts disulfures.

③ La présence de ponts disulfure intra-chaîne posera des problèmes quant à la


composition en aa.

Pour résoudre les problèmes 2 et 3, on fera une réduction du peptide par un thiol, et
puis une alkylation.

III- Rôles biologiques de certains peptides:


1) Le glutathion:

Est un tripeptide (Gly – Cys – Glu)

Il a une particularité: c'est le groupement γ- COOH du Glu qui établit la liaison avec
le NH2 de la Cys.

Lorsqu'il est transformé en G-S-S-G, il permet d'éliminer les radicaux nocifs pour
notre organisme.

C'est un couple Red/Ox très efficace contre les peroxydes.

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2) L'α-corticotropine:

Est un tripeptide (Leu-Glu-Phe) est une hormone synthétisée par les cellules
corticotropes de l'antéhypophyse (partie du cerveau).

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