Classification des principales

bacteries
Cocci Gram Positif Aerobie
Bacilles Gram Negatif Aerobie
Streptococcus - Groupement en chainettes
Escherichia coli
pyogenes
Klebsiella pneumoniae
agalactiae
Enterobacter cloacae
pneumoniae
Serratia marcescens
salivarius
Proteus mirabilis
mitis
Acinetobacter
Shigella spp
Staphylococcus - Groupement en amas
Salmonella enterica typhi
aureus
Yersinia enterocolitica
epidermidis
Pseudomonas aeruginosa
saprophyticus
Legionella pneumophila
hominis
Haemophilus Influenzae
Enterococcus
Spirochaetaceae
faecalis
Treponema pallidum
faecium
Borrelia
Leptospira
Cocci Gram Negatif Aerobie
Neisseria
Mycobacteriaceae
meningitidis Diplocoque en grain
Mycobacterium tuberculosis, bovis, leprae
de cafe
gonorrhoeae Diplocoque en
Chlamydiaceae - Intracellulaires
flamme de bougie
Chlamydia trachomatis, pneumoniae,
psittaci
Branhamella catarrhalis
Mycoplasmataceae
Moraxella catarrhalis
Mycoplasma
Ureaplasma
Bacilles Gram Positif Aerobie

Corynebacterium diphterhiae
Listeria monocytogenes
Bacillus anthracis

Bacilles Gram Positif Anaerobie

Clostridium difficile
Classification des principaux virus

ARN Hepatovirus
Orthomyxoviridae Virus de l'hepatite A (VHA) - Hepatite
Influenzavirus Virus influenza A, B, C -
Grippe Rhinovirus
Virus du rhume - Rhino-pharyngite
Paramyxoviridae
Virus des oreillons- Oreillons ADN
Virus de la rougeole Rougeole Adenovirus - Infections ORL, conjonctivite
Virus respiratoire syncitial (VRS) Infections
respiratoires Herpesviridae
Simplex virus Virus herpes simplex
Enterovirus (HSV1/2) ---- - Herpes cutaneo-muqueux,
Poliovirus - Poliomyelite encephalite, meningite
Virus Coxsakie A, B Virus varicelle zona (VZV)- Varicelle, zona
Enterovirus Cytomegalovirus
Infections respiratoires Virus d'Epstein-Barr - Mononucleose
Meningite, eruption, myalgies infectieuse
Myocardite, diarrhee

Technique, resultats et interpretation des prelevements

Le prelevement doit etre realise avant toute antibiotherapie.

L’examen cytobacteriologique des urines (ECBU)

Classiquement, il faut eliminer les premieres urines et recueillir l’urine du milieu de jet.
Chez la femme, la difficulte est d’eviter la contamination du prelevement par la flore
commensale de l’uretre. Il faut donc rappeler a la patiente l’importance de se laver les mains puis
de faire une toilette soigneuse.
 l’examen macroscopique des urines ;
 l’examen microscopique : denombrement des leucocytes et des hematies (a l’etat
physiologique, l’urine contient moins de 1 000 leucocytes ou hematies par ml)
organismes par examen direct et par examen du frottis realise a partir des urines et colore
au Gram
 la culture qui permet une evaluation quantitative de la bacteriurie et un antibiogramme.

L’interpretation
 la presence d’une fievre ou de symptomes urinaires
 la leucocyturie : une leucocyturie ≥ 104/ml est le temoin d’un processus inflammatoire
 au-dela de deux types de colonies differentes, l’analyse est en faveur d’une contamination
et le prelevement doit etre renouvele;
 bacteriurie < 103 UFC/ml: absence d’infection en l’absence d’antibiotherapie en cours;
 bacteriurie ≥ 105 UFC/ml: infection probable.
Examen cytobacteriologique du liquide cephalorachidien
La ponction lombaire est effectuee sur un patient assis courbe en avant, ou en decubitus lateral.
Apres une preparation de type chirurgical, le trocart est insere dans le cul de sac dural, au niveau
de L4-L5 ou L5-S1 (L4-L5 repere par la ligne rejoignant le sommet des deux cretes iliaques). Le
LCR est recueilli dans 3 tubes secs steriles numerotes : 1 pour la biochimie, 2 et 3 pour la
cytologie et la microbiologie.
Le laboratoire doit etre en mesure de donner en moins d’une heure les resultats suivants:
numeration des leucocytes, des hematies, formule leucocytaire, proteinorachie, glycorachie,
examen direct.

Meningite bacterien - LCR purulente - Meningocoque, Pneumocoque Haemophilus,

polynucléaires, Proteinorachie Augumentee, Glycorachie – Diminuee
Meningite virale – LCR clair, Enterovirus, HSV, VZV, lymphocytes, Proteinorachie Normale
ou peu augmentee, Glycorachie – Normale

Les hemocultures
L’hemoculture fait le diagnostic d’une bacteriemie (ou d’une fongemie).
L’hemoculture est l’ensemencement de sang dans un milieu de culture liquide. Habituellement
sont utilises un flacon aerobie et un flacon anaerobie.
Que les prelevements soient multiples (espaces dans le temps, 2 a 3 prelevements de 2 flacons)
ou unique (1 seul prelevement de 4 a 6 flacons), la sensibilite est equivalente. Par contre, le
risque de contamination augmente en cas de prelevements multiples et l’interpretation est plus
delicate. Le prelevement unique n’est pas conseille pour les endocardites infectieuses (prelever 3
hemocultures sur 24 heures) et les infections liees a un dispositif intravasculaire. La pratique
d’un seul prelevement de deux flacons sur 24 heures, de facon isolee est a proscrire.
Les flacons sont incubes en atmosphere aerobie et anaerobie a environ 35 °C pendant 7 jours. La
detection de la croissance bacterienne est visuelle ou automatique.

Eruptions febriles

Les trois principales causes d’eruption febrile sont les infections (par ordre decroissant: virales,
bacteriennes, parasitaires et fongiques), les allergies medicamenteuses (toxidermies) et les
maladies inflammatoires systemiques.

L’interrogatoire doit faire preciser :

--l’histoire de la maladie : date d’apparition de la fievre, date d’apparition de l’eruption, signes
cliniques associes, mode d’apparition (brutal ou progressif);
--les expositions a risque : prise medicamenteuse dans les 6 semaines, voyages recents, contexte
epidemique, activites a risque (ex : bain en eau douce et risque de bilharziose), alimentation (ex:
consommation de viande non cuite et risque de trichinellose), relation sexuelle non protegee
(VIH, syphilis, gonocoque), notion de contact avec des personnes malades, contact avec des
animaux;
--les antecedents medicaux : immunodepression, pathologie valvulaire, antecedents infectieux et
allergiques, vaccinations (rougeole, rubeole, VZV).
L’examen clinique doit preciser la lesion elementaire, la distribution de l’eruption, son evolution,
l’existence d’intervalles de peau saine, la presence d’une atteinte muqueuse (enantheme), d’une
atteinte des phaneres, d’un prurit. L’examen clinique doit aussi rechercher la presence de signes
generaux, d’adenopathies, d’une hepato-splenomegalie, d’arthrites, de signes neurologiques.

Les exanthemes maculo-papuleux

Les macules sont des lesions cutanees planes non palpables ; les papules sont des lesions
cutanees palpables, surelevees par rapport au plan de la peau. Les exanthemes maculopapuleux
orientent en premier lieu vers une etiologie infectieuse (le plus souvent virale - Rougeole,
rubeole) oumedicamenteuse.

Les eruptions vesiculeuses, pustuleuses ou bulleuses

La vesicule se caracterise par une elevure circonscrite de la peau contenant un liquide clair
(photo 5), contrairement a la pustule qui contient un exsudat purulent. La bulle est une lesion de
diametre superieur a 5 mm. Les causes infectieuses sont avant tout virales (Varicelle et zona
dissemine). Les causes bacteriennes sont plus rares: lesions pustuleuses au cours d’une
gonococcemie.

Les eruptions purpuriques

Les lesions purpuriques sont dues a du sang extravase dans le derme ; elles ne s’effacent pas a la
vitropression. Le purpura est dit petechial (elements punctiformes et lenticulaires) ecchymotique
(nappes de larges dimensions, a contour geographique), ou necrotique de couleur rouge pourpre
secondairement brunatre.
La numeration des plaquettes est toujours necessaire afin d’identifier un pupura thombopenique.
Tout purpura febrile et comportant au moins un element necrotique ou ecchymotique de diametre
superieur ou egal a 3 mm doit faire evoquer un purpura fulminans.
Les purpura sont d’origine vasculaire, inconstamment febriles et predominent aux membres
inferieurs : purpura rhumatoide, dysglobulinemies, vascularites.
Arboviroses et fievre hemorragiques virales - Dengue

Erythemes diffus
Une eruption erythemateuse diffuse, en nappe sans intervalle de peau saine, febrile doit faire
evoquer le diagnostic d’arboviroses, de choc toxique staphylococcique ou streptococcique, une
epidermolyse staphylococcique aigue (SSSS pour Staphylococcal Scaled Skin Syndrome), une
scarlatine, une toxidermie grave (syndrome de Stevens Johnson ou syndrome de Lyell), ou un
syndrome de Kawasaki.