Vous êtes sur la page 1sur 20

9782100591985-Livre.fm Page I Mardi, 15.

janvier 2013 4:16 16

de
biochimie
9782100591985-Livre.fm Page II Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16
9782100591985-Livre.fm Page III Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

de
biochimie
Cours + Exos + QCM/QROC

Michel Guilloton
Professeur honoraire à l’université de Limoges

Bernadette Quintard
Maître de conférences honoraire à l’université de Limoges

Paul-François Gallet
Maître de conférences à l’université de Limoges

3e édition
9782100591985-Livre.fm Page IV Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

© Dunod, Paris, 2007, 2011, 2013


ISBN 978-2-10-059198-5
9782100591985-Livre.fm Page V Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

Table des matières

1 Protéines 1
1.1 Introduction : diversité des protéines 1
1.2 Acides aminés 3
Constitution des acides aminés 3
Isomérie optique des aminoacides 7
Propriétés liées aux chaînes latérales 9
Propriétés dues aux fonctions amine et carboxyle 11
1.3 Protéines 13
La liaison peptidique 13
Détermination de la composition en aminoacides 15
Détermination de la structure primaire des polypeptides 15
Structure secondaire des protéines 17
Conformation des protéines globulaires (structure tertiaire) 23
Structure quaternaire des protéines 26
1.4 Propriétés des protéines 27
Solubilité des protéines globulaires 27
Purification des protéines 28
Stabilité des protéines 28
Points clefs 34
Exercices 36
Solutions 37

2 Enzymes 38
2.1 Caractères généraux des enzymes 38
Constitution des enzymes 38
Classification des enzymes 39
2.2 La catalyse enzymatique 41
Notion de site actif 41
9782100591985-Livre.fm Page VI Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

VI Biochimie

Caractères communs à tous les catalyseurs 41


Caractères spécifiques de la catalyse enzymatique 44
Un exemple de catalyse :
l’hydrolyse de la liaison peptidique 46
2.3 Cinétique enzymatique michaelienne 49
Conditions expérimentales 50
Notion de « vitesse initiale » 50
Influence de la concentration d’enzyme sur la vitesse initiale 50
Influence de la concentration de substrat
sur la vitesse initiale 52
Expression algébrique de la vitesse d’une réaction
enzymatique 53
Interprétation des paramètres cinétiques 54
Détermination de Km et Vmax 58
Action des inhibiteurs sur les réactions enzymatiques 59
2.4 Contrôle de l’activité des enzymes 66
Changements de structure par protéolyse limitée 66
Modification covalente des résidus 67
Modifications non covalentes : régulation de l’activité
des enzymes allostériques 67
Points clefs 79
Exercices 80
Solutions 84

3 Glucides 86
3.1 Introdution 86
3.2 Les oses 86
Dénomination des oses 86
Isomérie des oses 87
Structure cyclique des oses 89
Conformation des oses 91
Oses modifiés 92
3.3 Les osides 96
Formation de la liaison osidique 96
Holosides 97
Hétérosides 105
9782100591985-Livre.fm Page VII Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

Table des matières VII

Points clefs 107


Exercices 107
Solutions 108

4 Lipides, membranes biologiques


et transports 110
4.1 Les lipides réservoirs d’énergie 110
Les acides gras 110
Les triacylglycérols 117
4.2 Les lipides des membranes biologiques 119
Les phospholipides 119
Les sphingolipides 122
Le cholestérol 126
4.3 Les membranes biologiques 128
Propriétés des lipides membranaires 128
Les protéines membranaires 129
Les mouvements moléculaires dans la membrane 130
4.4 Le transport membranaire 131
Le transport passif facilité 132
Les canaux ioniques 134
Le transport actif 135
Points clefs 138
QCM/QROC 138
Solutions 139

5 Métabolisme énergétique 140


5.1 Vue d’ensemble du métabolisme énergétique 140
5.2 Glycolyse 142
Première partie : investissement d’énergie et formation
des trioses phosphate 142
Seconde partie : récupération de l’énergie et formation
du pyruvate 142
Bilan énergétique de la formation du pyruvate 143
Glycolyse aérobie et glycolyse anaérobie 143
Fermentations lactiques 147
9782100591985-Livre.fm Page VIII Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

VIII Biochimie

Régulation de la glycolyse 147


Catabolisme du glycogène 149
Métabolisme énergétique des glucides autres que
le glucose 151
5.3 Catabolisme du glucose par la voie des pentoses
phosphate 153
Rôles métaboliques de la voie des pentoses phosphate 153
Les deux parties de la voie des pentoses phosphate 153
Bilan de la voie des pentoses phosphate 154
5.4 Oxydation du pyruvate 156
Organisation de l’oxydation complète du pyruvate 156
Décarboxylation oxydative du pyruvate 156
5.5 Cycle de l’acide citrique 160
Réactions du cycle de l’acide citrique 160
Régulation du cycle de l’acide citrique 162
Bilan de l’oxydation de l’acide pyruvique 162
Rôles des intermédiaires du cycle, réactions anaplérotiques 163
5.6 Catabolisme des acides gras 164
Activation des chaînes d’acides gras 164
b-oxydation des acyl-CoA 164
Bilan de la b-oxydation des acides gras 167
Rôle central de l’acétyl-CoA 167
Points clefs 169
Exercices 170
Solutions 171

6 Les oxydations phosphorylantes 175


6.1 Localisation de la chaîne respiratoire 175
6.2 Transporteurs d’électrons 177
6.3 Cascade des transporteurs 179
6.4 Couplage du transfert d’électrons avec l’établissement
de la force proton-motrice 181
Mise en évidence du couplage énergétique 181
Théorie chimio-osmotique de Mitchell 182
Propriétés et organisation de la membrane interne 182
9782100591985-Livre.fm Page IX Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

Table des matières IX

Stœchiométries des transferts de protons 183


Calcul de la force proton-motrice 186
6.5 Utilisation de la force proton-motrice
pour la production d’ATP 187
L’ATP synthase mitochondriale 187
Rendement de la production d’ATP 189
6.6 Régulation des oxydations phosphorylantes 192
Points clefs 195
Exercices 196
Solutions 198

7 Biosynthèses et mise en réserve de l’énergie 200


7.1 Vue d’ensemble des voies de biosynthèse 200
7.2 Biosynthèse des glucides 201
Caractères généraux de la néoglucogenèse 201
Réactions de la néoglucogenèse 201
Régulation de la néoglucogenèse 204
Synthèse du glycogène 205
Régulation de la synthèse du glycogène 207
Cycle de l’acide glyoxylique 207
7.3 Biosynthèse des acides gras 211
Caractères généraux de la synthèse des acides gras 211
Formation du malonyl-CoA 212
Les enzymes et les réactions de la synthèse des acides gras 212
Modifications des chaînes d’acides gras 218
Biosynthèse des triacylglycérols 218
Points clefs 220
Exercices 221
Solutions 222
Glossaire 225
Index 230
9782100591985-Livre.fm Page X Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

Comment utiliser le Mini-Manuel

La page d’entrée de chapitre


Elle donne le plan du cours,
s

3 Glucide
ainsi qu’un rappel des objectifs
Introdu
ction
pédagogiques du chapitre
3.1 tés
s s proprié
Les ose ts et leur
PLA N

3.2 s couran
Les osid
es s les plu t diver-
glucide êmemen
3.3 cture des est extr
re la stru urelles
Connaît lles. ces nat
substan
TIFS

essentie e clas se de
r que cett
Réalise
OBJEC

sifiée. .
s la nature
us dan quel ou
répand
ement vivantes, tel lement
N versell s
DUTIO composés uni les cellule cose jouent égaréserves
3.1 INTRO t des s toutes ères de glu ène comme e le plus
cides son sent dan ym cog
Les glu e est pré s. Les pol on et le gly ère de glucosétaux. La
cos
Le glu me de dérivéplan. L’amidse – le polym tissus végen impor-
r des
sous for s de premie ; la cellulo le soutien e, deuxième osquelette
des rôle e organique – assurant lucosamin uant de l’ex la compo-
bon ure ylg s
de car nt de la nat N-acét cipal constit entrent dan des rôles
de la
abonda polymère se, est le prindésoxyriboseent également s sanguins
e,
chitin ès la cellulo ribose et le glucides jou ces de groupees simples,
tance apr opodes. Le léiques. Les s des substan s ou glucid l’hydrolyse
thr ose
des Ar des nuc roté ine a les s, dont
des aci signal (glycop distinguer rs molécule
sition ules ires). Onés de plusieu
mo léc ula
de upes tiss compos ule d’ose.
et de gro , glucides moléc
des
des osi a au moins une
fournir
e, qui
OSES ramifié
s oses ée non aldéhyde ou
3.2 LES nation de carbon yle, ns
Dénomi à chaîne n carbon tent des fonctio
lécules ctio por
des mo ment une fonde carbone
s sont aire s
Les ose tent nécess autres atomesecondaire.
les
compor et dont tous ou alc
ool
, aire
cétone alcool prim
,
alcool

26

Le cours solubl
es
hydrop par la rép
ran
arti
memb hobes. Du fait tion global
tendan es biologiqu de l’enviro e de leurs
ce
des pro à se regrou es, on noterannement apo résidus hyd
per à la
Chapitr
e 1 • Prot

rop
éines

nellem téines intrins lair


périph que les résidu e rencontré hiles ou
èqu
structu ent dans ces es ; les rés érie des segme s hydrophob dans les
res pro segme idus cha nts tran es aur

Le cours, concis et structuré,


déterm
inants téiques où, la nts se situent rgés que l’on smembranai ont
dans les plupar gén trou ve occ res
fonctio t éra
Structur ns de trandu temps, ils lement au cen asion-
e quate sport ou rem tre
On par rnaire de tran plissent des des
diques le de structu des pro
téines
sductio rôle
n de sign s
re
ou sou s’associent pou quaternaire al.

expose les notions importantes


s-unit
é (une r former une lorsque plu
chaîne sieu
protéiq protéine. On rs chaînes
ue) de disting polype
l’oligo ue pti-
mère (l’a le protom
ssocia ère
tion de

du programme A

B
C

Les rubriques
D
Figure
1.16
A : lyso Apparen E
zym ce de que
déshydro e du blan lques prot
c
symétrie génase de foied’œuf de pou éines glob
coulissan diédrique résu de cheval, hom le, prot
éine mon ulaires.
de 217 t de l’ADN poly ltant de deu odimère (deu omérique (129
tétramèrrésidus, symétriemérase du x symétries x chaînes iden résidus) ; B
phage rotation : alcool
deux des e (deux chaî rota RB6 tiques
quat nes a de tionnelle d’or 9, homotrimnelles d’ordre de 374 résidus,
nelle d’or re noya 141 résid dre 3) ; D ère 2) ; C :
ux
E : enté dre 2, les deu hème, chaq us, deu : hém (trois chaî anneau
ue x chaînes oglobine nes identiqu
(cinq chaîrotoxine prod x dimères s’un dimère (a b de 146 humaine, es
nes iden uite issen 2 ou b ) résidus hétéro-

Une erreur à éviter


tiques par la bactérie t pour form 2 présente une ; en
de 69 résid Escherich er un assembl symétrie rotablanc :
us, sym
étrie rota ia coli O157 age tétraédri tion-
tionnelle H7, hom que) ;
d’ordre ope ntamère
5).

Un peu de méthode
Un exemple pour comprendre

U
S
B
Les points clés à retenir

5:01 17
2011
14. avril
36 Jeudi,
m Page éines
55376-Li
vre.f
e 1 • Prot
97821005 Chapitr

36
ES pH 7 ?
EXERCIC ants à

DE
elle dev
1.1 Qu RLE ; b) AD
RK
la charge
rait être EYG ; c) HG
sol utio
e des pep
global RDT.
NK
tides suiv

stituée
n con de soude (Na
et
orhydr
de chl OH) :
ate de Les exercices, QCM ou QROC
a) AF d’une 0,1 M
le pH OOH, HCl) te de lys
ine
culer rhydra (NaOH) :
1.2 Cal (NH 2–CH 2–C ; c) 0,14 M. dichlo
glycin
e
b) 0,0 6M stituée de et de soude
4M; n con l) 0,1 M
a) 0,0 ne solutio HC
pH d’u ]–COOH, 2 collagène
.
culer le H2 îne de
1.3 Cal H[(CH 2) 4–N ; c) 0,24 M. nt de cha que.
(NH 2
a) 0,0
–C
4M;
b) 0,1

figure
1.4 La r l’isomérie
Précise
4 M
résente
un cou
1.14 rep trans de cha
cis-
les figu
res
rt seg me
que liai
son pep

d ci-dess
tidi

a, b, c, tre résidus D-a


qua
diagra
mmes
ous les ine, glycine,
lan
Ils sont proposés en fin de chapitre,
a dans pondant aux
trouver

avec leur solutions, pour se tester tout


res
1.5 On achandran cor :
de Ram , L-proline 180
ine
L-leuc
+y
180

au long de l’année.
0
+y

0 –y
180
+F
0
–180 –F
–y –180 b
180
+F
0
–180 –F a
–180 180

+y
180

0
+y

0 –y
180
+F
0
–180 –F
–y –180 d
180
+F
0
–180 –F
–180 c
9782100591985-Livre.fm Page 1 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

1 Protéines

1.1 Introduction : diversité des protéines


1.2 Acides aminés
PLAN

1.3 Protéines
1.4 Propriétés des protéines

➤ Structure et propriétés des acides aminés constituant les protéines


OBJECTIFS

➤ Comprendre les principes de l’organisation structurale des protéines


➤ Connaître les propriétés générales des protéines
➤ Faire le lien entre leur relative stabilité et leurs rôles biologiques

1.1 INTRODUCTION : DIVERSITÉ DES PROTÉINES


Le terme protéine (du grec prôtos, de premier rang) fut proposé en
1839 par le chimiste suédois Jôns Jakob Berzelius pour souligner
l’importance quantitative des composés organiques azotés dans la
matière vivante. Les protéines représentent en effet plus de la moitié
de la masse sèche des cellules animales. Toutefois, l’importance des
protéines vient surtout de l’extrême diversité de leurs fonctions
biologiques (tableau 1.1). Quelles sont les raisons d’une telle variété ?
En premier lieu, les protéines sont constituées d’enchaînements
linéaires d’acides aminés ou aminoacides ; ces enchaînements sont
de longueur variable – quelques dizaines à quelques milliers – et les
acides aminés sont au nombre de vingt. Les possibilités de combi-
naison sont donc considérables (théoriquement, 20n pour des
chaînes constituées de n aminoacides).
En second lieu, ces protéines peuvent être modifiées après leur
synthèse (modifications post-traductionnelles) ce qui multiplie encore
la diversité potentielle des structures. Ces modifications pourront inté-
resser les chaînes latérales de certains résidus d’aminoacides, mais,
très souvent, les protéines seront associées à d’autres types de molécules.
Introduction : diversité des protéines
9782100591985-Livre.fm Page 2 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

2 Chapitre 1 • Protéines

TABLEAU 1.1 DIVERSITÉ DE LA FONCTION DES PROTÉINES.

Catégorie Fonction générale Exemple Rôle biologique

anhydrase accélération des échanges


Enzymes catalyse des réactions
carbonique de CO2

Protéines organisation, consolidation constituant des tendons,


collagène
de structure ou protection des tissus du cartilage, des os

assure le passage
faciliter le transport
Protéines lactose et l’accumulation du
des ions/molécules
de transport perméase lactose dans les bactéries
à travers les membranes
(Escherichia coli)

fixent spécifiquement
reconnaissance immuno-
Protéines les structures étrangères
et neutralisation globulines
de défense (antigènes) et favorisent
des structures étrangères (anticorps)
leur élimination

Protéines source énergétique et


nutrition des embryons ovalbumine
de réserve protection de l’embryon

conversion
Moteurs
énergie chimique myosine contraction musculaire
moléculaires
Æ énergie mécanique
détection et transduction
de signaux chimiques, captage des photons dans
Récepteurs rhodopsine
électriques, mécaniques, les disques rétiniens
lumineux

contrôle du métabolisme
Régulateurs
modulation de l’expression des molécules azotées chez
de Gcn4p
des gènes la levure Saccharomyces
transcription
cerevisiæ

entrée et consommation
communication chimique
Hormones insuline du glucose dans les tissus
entre les tissus et les organes
des vertébrés

On distinguera donc les holoprotéines composées uniquement


d’aminoacides, des hétéroprotéines comprenant également des molé-
cules non protéiques (groupements prosthétiques), glucides, lipides,
acides nucléiques, ions métalliques (tableau 1.2). Avant de commencer
l’étude des protéines proprement dites, nous nous intéresserons à leurs
constituants de base, les acides aminés.
9782100591985-Livre.fm Page 3 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

1.2 • Acides aminés 3

TABLEAU 1.2 HÉTÉROPROTÉINES.

Classe Groupement prosthétique (exemple)

Glycoprotéines glucides (immunoglobulines)

Lipoprotéines lipides (lipoprotéines du sang)

Phosphoprotéines phosphate (caséine du lait)

Hémoprotéines hème (hémoglobine)

Flavoprotéines coenzymes flaviniques : FMN, FAD (succinate déshydrogénase)

FeII (aconitase)
FeIII (transferrine)
CuII (céruloplasmine)
CaII (calmoduline)
Métalloprotéines
ZnII (anhydrase carbonique)
MnII (catalase)
NiII (uréase)
VI
Mo (nitrate réductase)

1.2 ACIDES AMINÉS


Constitution des acides aminés
Les protéines sont constituées de vingt acides aminés (ou amino-
acides) ayant des caractères structuraux communs. Ils possèdent une
fonction amine primaire (ou, dans le cas de la proline, une fonction
amine secondaire) et une fonction carboxyle fixées sur le même
carbone, le carbone a. Les aminoacides diffèrent les uns des autres
par la nature de la chaîne latérale, appelée également radical (ou grou-
pement) R. La nature de la chaîne latérale conditionne les propriétés
physiques et chimiques de l’aminoacide, en particulier sa solubilité
dans l’eau et sa charge à un pH donné. Les acides aminés décrits dans
le tableau 1.3 et la figure 1.1 représentent les vingt molécules dont la
succession dans les polypeptides est spécifiée par la reconnaissance
des codons portés par les ARN messagers ; il faut ajouter à ces vingt
molécules deux aminoacides rares, la sélénocystéine et la pyrro-
lysine (figure 1.2). Dans le but de simplifier l’écriture de la formule
des protéines, les acides aminés ont reçu des dénominations abrégées,
de trois lettres et d’une lettre (tableau 1.3) ; l’écriture abrégée à une
lettre est préférable lorsque l’on veut comparer entre elles de longues
séquences de protéines, de préférence au moyen de logiciels.
Acides aminés
9782100591985-Livre.fm Page 4 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

4 Chapitre 1 • Protéines

+ +
NH3 NH3
H CH CH3 CH 2 *CH
- -
Glycine (Gly, G) COO CH COO
Leucine (Leu, L)
+ CH3
NH3
CH3 *CH +
CH3 NH3
-
Alanine (Ala, A) COO * *CH
CH
β
-
+ CH3 CH2 COO
CH3 NH3 Isoleucine (Ile, I)
CH *CH
- δ
CH3 COO CH2
Valine (Val, V)
CH2
+ NH+
2
NH3
CH2 *CH
CH2 *CH
γ - Proline (Pro, P) COO
-
S CH2 COO
CH3 Méthionine (Met, M)

Chaînes latérales non polaires aliphatiques

+
NH3
β
CH2 *CH
-
COO +
NH3
Phénylalanine (Phe, F) β
CH2 *
CH
-
COO
+
NH3 N Tryptophane (Trp, W)
β
CH2 *
CH H
-
COO
ζ Tyrosine (Tyr, Y)

HO
Chaînes latérales aromatiques

Figure 1.1 Formules développées des vingt aminoacides constituant les protéines.
Les vingt aminoacides canoniques sont regroupés en fonction de la nature de leurs
chaînes latérales (voir tableau 1.3). Les carbones asymétriques sont indiqués par un
astérisque ; les lettres grecques désignent les atomes porteurs de fonctions particulières.
9782100591985-Livre.fm Page 5 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

1.2 • Acides aminés 5

+ + HO +
NH3 NH3 NH3
CH2 *
CH CH2 *CH *
CH *
CH
β β β -
- -
HO COO HS COO CH3 COO
Sérine (Ser, S) Cystéine (Cys, C) Thréonine (Thr, T)

+ +
NH3 NH3
CH2 *CH O CH2 *CH
β – γ -
O C COO C CH2 COO

NH2 Asparagine (Asn, N) NH2 Glutamine (Gln, Q)

Chaînes latérales polaires non chargées

+ +
NH3 NH3

CH2 *
CH O CH2 *
CH
β γ -
- C CH2 COO
O C COO
-
- O Aspartate (Asp, D) O Glutamate (Glu, E)

Chaînes latérales chargées − à pH = 7

NH+
3

CH2 *CH
-
CH2 CH2 COO
+
+ ε NH3
CH2 Lysine (Lys, K)
H3N
CH2 *CH
+ 2 -
H2N η CH2 CH2 COO
+ ζ ε δ
NH3 Arginine (Arg, R)
C NH
CH2 *
CH
β H2N η1
-
ε2 COO
H N+ δ1 Histidine (His, H)
N
H
Chaînes latérales chargées + à pH = 7

Figure 1.1 (suite) Formules développées des vingt aminoacides constituant les
protéines.
9782100591985-Livre.fm Page 6 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

6 Chapitre 1 • Protéines

TABLEAU 1.3 PROPRIÉTÉS DES VINGT AMINOACIDES CONSTITUTIFS DES PROTÉINES.

Codes pK1 pK2 pK3


Acide aminé Mr pI
3 lettres 1 lettre (a COOH) (a NH3+) (R)

Glycine Gly G 75 2,3 9,6 5,9

Chaîne latérale (R) apolaire aliphatique

Alanine Ala A 89 2,3 9,7 6,0

Valine Val V 117 2,3 9,6 5,9

Leucine Leu L 131 2,4 9,6 6,0

Isoleucine Ile I 131 2,4 9,7 6,0

Proline Pro P 115 2,0 11,0 6,5

Méthionine Met M 150 2,3 9,2 5,7

Chaîne latérale (R) aromatique

Phénylalanine Phe F 165 1,8 9,1 5,4

Tyrosine Tyr Y 181 2,2 9,1 10,46 5,6

Tryptophane Trp W 204 2,4 9,4 5,9

Chaîne latérale (R) polaire non chargée à pH = 7

Sérine Ser S 105 2,1 9,2 >13,0 5,6

Thréonine Thr T 119 2,1 9,6 >13,0 5,7

Cystéine Cys C 121 2,0 10,25 8,2 6,4

Asparagine Asn N 132 2,0 8,8 5,4

Glutamine Gln Q 146 2,2 9,1 5,6

Chaîne latérale (R) chargée – à pH = 7

Aspartate Asp D 132 1,9 9,6 3,8 2,8

Glutamate Glu E 146 2,2 9,7 4,2 3,2

Chaîne latérale (R) chargée + à pH = 7

Lysine Lys L 147 2,2 9,2 10,6 9,9

Arginine Arg R 175 2,2 9,0 12,5 10,7

Histidine His H 155 1,8 9,2 6,0 7,6


9782100591985-Livre.fm Page 7 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

1.2 • Acides aminés 7

NH3+ O NH3+
H 3C
HSe O– O–
* *
* * N
O N H O

Sélénocystéine Pyrrolysine

Figure 1.2 Sélénocystéine et pyrrolysine.


On rencontre la sélénocystéine dans le site actif d’un petit nombre d’enzymes, par
exemple des enzymes responsables de la destruction des peroxydes chez les animaux
et chez un petit nombre de bactéries ; la sélénocystéine est inconnue dans les protéines
des plantes ou des levures. La distribution de la pyrrolysine semble encore plus restreinte.
Ce résidu fait partie du site actif d’enzymes produisant du méthane à partir de la méthyl-
amine chez certaines archéobactéries méthanogènes du genre Methanosarcina. Portés
chacun par un ARN de transfert spécifique, respectivement tARNSec et tARNPyl, ces deux
aminoacides partagent un second point commun par le fait que l’anticodon de leur tARN
reconnaît un codon stop sur l’ARN messager, UGA pour tARNSec et UAG pour tARNPyl.
Dans les deux cas, l’introduction du résidu nécessite tout à la fois des protéines spécifiques
et une conformation particulière de l’ARN messager en aval du codon stop.

D’autres acides aminés existent également dans la nature, et ils sont nombreux ; ce
sont des produits intermédiaires ou terminaux de voies métaboliques, mais ils ne sont
pas incorporés dans les protéines au cours de leur assemblage par les ribosomes. On
retrouve dans certaines protéines des acides aminés non standards qui sont produits
suite à des modifications « post-traductionnelles » de la protéine (hydroxyproline,
acétylsérine, etc.).

Isomérie optique des aminoacides


Dix-neuf aminoacides sur vingt possèdent quatre substituants différents
sur le carbone a : la fonction a amine, la fonction a carboxyle, un
atome d’hydrogène et la chaîne latérale. La glycine fait exception,
avec deux atomes d’hydrogène sur le carbone a. Chez tous les autres
aminoacides, le carbone a est un centre chiral ; on peut donc conce-
voir une molécule d’aminoacide comme, par exemple, l’alanine, de
deux manières différentes, qui représenteront les deux isomères optiques
ou énantiomères (fig. 1.3). On distingue la L-alanine et la D-alanine,
images l’une de l’autre dans un miroir.
Les lettres D et L font référence au D-glycéraldéhyde et au L-glycéral-
déhyde, plus précisément aux positions des fonctions amine (dans
l’alanine) et alcool secondaire (dans le glycéraldéhyde), les molécules
étant représentées selon la projection de Fischer (fig. 1.3) : si la fonc-
tion prend place à droite de la chaîne carbonée, la molécule appartient
à la série D ; si la fonction apparaît à gauche de la chaîne carbonée,
le composé est de la série L. Les lettres D et L rappellent le sens de la
déviation du plan de la lumière polarisée par les solutions de glycéral-
déhyde : D pour dextrogyre (sens des aiguilles d’une montre), L pour
lévogyre (sens inverse des aiguilles d’une montre). Les solutions d’amino-
9782100591985-Livre.fm Page 8 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

8 Chapitre 1 • Protéines

COOH COOH

H2N C H H C NH2

CH3 CH3
L-Alanine D-Alanine

CHO CHO

HO C H H C OH

CH2OH CH2OH
L-Glycéraldéhyde D-Glycéraldéhyde

Figure 1.3 Configuration absolue des isomères optiques de l’alanine et du


glycéraldéhyde.

acides dévient également le plan de la lumière polarisée, mais le sens


et l’ampleur de la déviation sont différents pour chaque aminoacide et
dépendent également du pH (en raison de la modification de l’ionisation
des fonctions amine et carboxyle).
Tous les aminoacides constitutifs des protéines appartiennent à la série L. On trouve
des aminoacides de la série D, par exemple dans des antibiotiques (gramicidine) ou
dans les constituants des parois cellulaires bactériennes (peptidoglycane).
La thréonine et l’isoleucine possèdent deux carbones chiraux, et
peuvent donc exister sous la forme de quatre diastéréoisomères ;
en fait, et dans les deux cas, un seul isomère est représenté dans les
protéines (fig. 1.4).

COOH COOH
α α
H2N C H H2N C H
β β
H C OH H3C C H

CH3 CH2

CH3
L-Thréonine L-Isoleucine

Figure 1.4 Configuration absolue de la L-thréonine et de la L-isoleucine.


9782100591985-Livre.fm Page 9 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

1.2 • Acides aminés 9

Propriétés liées aux chaînes latérales


a) La glycine
La « chaîne latérale » de la glycine consiste en un simple atome
d’hydrogène. En raison de ce faible encombrement les protéines
présenteront une flexibilité importante au niveau de cet aminoacide ;
on trouvera souvent la glycine au niveau des « coudes » ou tournants
effectués par les chaînes polypeptidiques.
b) Chaînes latérales non polaires, aliphatiques
Cette classe d’aminoacides comprend l’alanine, la valine, la leucine,
la proline, l’isoleucine et la méthionine. Les chaînes latérales de ces
aminoacides interviendront pour maintenir la structure des protéines
grâce à des interactions hydrophobes (voir MaxiFiches de Biochimie,
fiche 9). La proline, avec une fonction amine secondaire incluse dans une
structure cyclique rigide, imposera des contraintes conformationnelles
aux chaînes polypeptidiques. Ces chaînes aliphatiques ne présentent
aucune réactivité chimique si l’on excepte la fonction thioéther de la
méthionine, par exemple sensible à l’oxygène (formation de
sulfones) ; par ailleurs, la méthionine, sous forme d’aminoacide libre
est à l’origine de la formation de la S+ adénosyl méthionine, substrat
impliqué dans des réactions de méthylation.
c) Chaînes latérales aromatiques
Les protéines absorbent la lumière ultraviolette autour de 280 nm ; cette
absorption est due à la présence de trois aminoacides aromatiques, la
phénylalanine, la tyrosine et le tryptophane. En fait, l’absorption
de la lumière par le tryptophane est, de loin, la plus importante
(fig. 1.5). On utilise souvent l’absorbance à 280 nm pour déterminer
la concentration des protéines dans une solution. Toutefois, comme la
proportion de tryptophane est différente pour chaque protéine (en
moyenne 1 tryptophane pour 100 aminoacides), cette mesure ne peut
constituer une méthode générale de dosage, d’autant que certaines
protéines sont dépourvues de tryptophane (insuline, ribonucléase A).
d) Chaînes latérales polaires non chargées
La sérine, la thréonine, la cystéine, l’asparagine et la glutamine
possèdent des groupements polaires qui pourront établir des liaisons
hydrogène, soit avec les molécules d’eau du milieu, soit avec d’autres
aminoacides de la chaîne protéique, soit avec les éventuels substrats
ou ligands. Les fonctions alcool de la sérine et de la thréonine sont
très peu réactives ; à l’opposé, lorsqu’elle est présente dans des sites
actifs d’enzymes comme la trypsine ou la chymotrypsine (protéases à
sérine), la fonction alcool de la sérine devient particulièrement
9782100591985-Livre.fm Page 10 Mardi, 15. janvier 2013 4:16 16

10 Chapitre 1 • Protéines

6 000
Tryptophane

5 000
εM L.mol–1.cm–1

4 000

3 000

2 000

Tyrosine

1 000
Phénylalanine

0
230 240 250 260 280 290 300 310 320

Longeur d’onde (nm)

Figure 1.5 Spectres d’absorption des aminoacides aromatiques.


Les maximums d’absorption sont obtenus dans l’ultra-violet aux longueurs d’onde
suivantes : phénylalanine, 257 nm (eM = 180 L.mol−1.cm−1) ; tyrosine, 275 nm
(eM = 1 350 L.mol−1.cm−1) ; tryptophane, 279 nm (eM = 5 600 L.mol−1.cm−1).

réactive (voir chapitre 2, § 2.2 p. 46). La fonction thiol de la cystéine


s’oxyde facilement au contact de l’oxygène dissous dans les solutions,
deux molécules de cystéine forment alors un pont disulfure pour donner
la cystine. On retrouve ce composé très peu soluble dans certains
calculs des voies urinaires (d’où le nom cystine, du grec kustos, vessie).
La formation de ponts disulfure entre résidus cystéine est, par ailleurs,
un facteur important dans le maintien de la conformation des
protéines ; on les rencontre essentiellement dans des protéines expo-
sées à un environnement oxydant, soit, principalement, les protéines
de surface exposées au milieu extra-cellulaire et les protéines excré-
tées (exemple, la ribonucléase A, enzyme pancréatique déversée
dans l’intestin grêle au cours de la digestion).
e) Chaînes latérales chargées négativement à pH 7
L’acide aspartique et l’acide glutamique sont le plus souvent nommés,
respectivement, aspartate et glutamate pour rappeler que leurs chaînes
latérales comprennent une fonction carboxyle chargée négativement à

Vous aimerez peut-être aussi