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†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
gie moléculaire – Form

CLASSIFICATION VIRALE

Cours optionnel
Virolog

F
Formation
ti doctorale
d t l en
Sciences vétérinaires

†1
m. Doct. – E. Thiry
gie moléculaire – Form
Virolog

Thiry E. et al. Spécificité et diversité virales:


implications en médecine vétérinaire. Bulletin GTV,
2008, hors-série, 11-19.
ICTV viral taxonomy 2008
http://www.ictvonline.org/virusTaxonomy.asp?versi
on=2008&bhcp=1

†1
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry
†08/03/2010

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†08/03/2010

Virolog m. Doct. – E. Thiry


gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

Règles de taxonomie

„ International Committee on Taxonomy


gie moléculaire – Form

of Viruses (ICTV)
„ Règles :
„ acide nucléique :
- type ;
- nombre de chaînes ;
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- caractéristiques
té i ti génomiques
é i :
- segmentation ;
- polarité du RNA ;
„ stratégies de réplication et de transcription.
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†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
L’analyse phylogénétique est un argument
principal de la classification virale
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Virolog m. Doct. – E. Thiry

Règles de taxonomie (2)


„ Taxon : suffixe :
Ordre : -virales
virales
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-
- Famille : -viridae
- sous-famille : -virinae
- genre : -virus
- espèce
„ exemple chez les virus animaux
„ acide nucléique
q : RNA monocaténaire négatif
g
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ordre : Mononegavirales
„ famille : Paramyxoviridae
ƒ sous-famille : Paramyxovirinae
ƒ genre : morbillivirus
espèce : virus de la rougeole
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†08/03/2010

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Présentation des familles de virus


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Virion Nucléocapside Génome

Famille Diamètre (nm) Enveloppe Symétrie Capsomères Nature Taille (kb, kbp)

Poxviridae 250 x 200 x 200 +/- Complexe NA Ds DNA, linéaire 170 - 250

Asfarviridae 175 - 215 + Icosaédrique ≥ 1892 Ds DNA, linéaire 170 - 190

Iridoviridae 130 - 300 + Icosaédrique 1892 Ds DNA, linéaire 150 - 350

Herpesviridae 150 + Icosaédrique 162 Ds DNA, linéaire 125 - 235


Virolog

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Virion Nucléocapside Génome

Famille Diamètre (nm) Enveloppe Symétrie Capsomères Nature Taille (kb, kbp)

Poxviridae 250 x 200 x 200 +/- Complexe NA Ds DNA, linéaire 130 - 375

Asfarviridae 175 - 215 + Icosaédrique 1892-2172 Ds DNA, linéaire 170 - 190

Iridoviridae 120 - 350 + Icosaédrique >1562 Ds DNA, linéaire 140 - 303

Herpesviridae 150 + Icosaédrique 162 Ds DNA, linéaire 125 - 240

Adenoviridae 70 - 90 - Icosaédrique 252 Ds DNA, linéaire 26 - 45

Polyomaviridae 40 - Icosaédrique 72 Ds DNA, circulaire 5

Papillomaviridae 55 - Icosaédrique 72 Ds DNA, circulaire 6,8 - 8,4

Circoviridae 12 – 26,5 - Icosaédrique 32 Ss DNA, (+), circulaire 1,7 - 2,3

Parvoviridae 18 - 26 - Icosaédrique 60 Ss DNA, (-), linéaire 4-6

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†08/03/2010

Virion Nucléocapside Génome

Famille Diamètre (nm) Enveloppe Symétrie Capsomères Nature Taille (kb, kbp)

Hepadnaviridae 40 - 48 - Icosaédrique ? Ds DNA, circulaire 3 - 3,3

Retroviridae 80 - 100 + Icosaédrique ? Ss RNA, (+), linéaire 7 - 12

R
Reoviridae
i id 60 - 80 - I
Icosaédrique
éd i 92 Ds RNA
D RNA, lilinéaire,
é i 10
10, 19 - 32
11 ou 12 segments

Birnaviridae 60 - Icosaédrique 260 Ds RNA, linéaire, 2 6

Bornaviridae 80 - 100 + Icosaédrique ? Ss RNA, (-), linéaire 6

Filoviridae 790-970 x 80 + Hélicoïdale NA Ss RNA, (-), linéaire 19

Paramyxoviridae 150 - 300 + Hélicoïdale NA Ss RNA, (-), linéaire 15

Rhabdoviridae 100 - 430 x 45 - + Hélicoïdale NA Ss RNA, (-), linéaire 11 - 15


100

Orthomyxoviridae 80 - 120 + Hélicoïdale NA Ss RNA, (-), linéaire, 10 - 15


6, 7 ou 8 segments

Bunyaviridae 80 - 120 + Hélicoïdale NA Ss RNA, (-), linéaire, 11 - 19


3 segments

Arenaviridae 50 - 300 + Hélicoïdale NA Ss RNA, (-), linéaire, 2 11


segments

Virion Nucléocapside Génome

Famille Diamètre (nm) Enveloppe Symétrie Capsomères Nature Taille (kb, kbp)

Picornaviridae 30 - Icosaédrique 60 Ss RNA, (+), linéaire 7-8

Caliciviridae 27 - 40 - Icosaédrique 90 Ss RNA, (+), linéaire 7-8

A t
Astroviridae
i id 28 - 30 - I
Icosaédrique
éd i 32 S RNA,
Ss RNA (+)
(+), lilinéaire
é i 7-8

Nodaviridae 29 - 32 - Icosaédrique 180 Ss RNA, (+), linéaire, 4-5


2 segments

Coronaviridae 120 - 160 + Hélicoïdale NA Ss RNA, (+), linéaire 27 - 31

Arteriviridae 45 - 60 + Icosaédrique ? Ss RNA, (+), linéaire 13 - 16

Flaviviridae 40 -60 + Icosaédrique ? Ss RNA, (+), linéaire 10 - 12

Togaviridae 70 + Icosaédrique 80 Ss RNA, (+), linéaire 10 - 12

Deltavirus 36 - 43 + ? 70 Ss RNA, (-), circulaire 2

Prions (agents des Protéine NA NA NA NA MM 33 – 35 kDa


encéphalopathies
spongiformes) (PrPsc)

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†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
Le mimivirus
(microbe mimicking virus)
gie moléculaire – Form

Génome :
DNA bicaténaire
800 kbp
Virolog

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m. Doct. – E. Thiry

La classification virale :
une œuvre inachevée
„ Plus de 5000 virus
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„ 30000 souches et sous-types


„ 5 ordres
„ 84 familles
„ 12 sous-familles
„ 324 genres
Virolog

„ Plus de 2000 espèces

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†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
Définition de l’espèce virale :
une classe polythétique
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Genre, espèce et
variations « infraspécifiques »
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Virolog

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†08/03/2010

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Catégories infraspécifiques
„ Isolat
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„ Souche virale
„ Génotype, nucléotype, génogroupe
„ Sérotype
„ Biotype
„ Pathotype
Virolog

„ Electrophérotype
„ Topotype
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Alphaherpèsvirus
p p
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bovins : espèce et
sous-type (souche
virale)
Virolog

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†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry Norovirus:


génogroupes
et génotypes
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Virus de la fièvre
aphteuse: topotypes
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Pourcentage
de différences
en nucléotides
17,6 %

17,6 %
Virolog

(Kitching, 1999)

†10
Virolog
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m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
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Tous les virus à ADN

†11
†08/03/2010
†08/03/2010

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Virus à ADN monocaténaire


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Maladie de l’amaigrissement du porcelet


Virolog

Parvovirose canine, typhus du chat


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Virus à DNA bicaténaire


gie moléculaire – Form

Maladie
lymphokystique
des poissons
Peste porcine Varioles
africaine
a ca e
Virolog

Rhinotrachéite Verrues Hépatite


infectieuse bovine infectieuse canine

†12
†08/03/2010

Virolog m. Doct. – E. Thiry


gie moléculaire – Form
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Virus à transcriptase inverse


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Leucose féline Hépatite B


Immunodéficience féline Hépadnavirus du canard

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Tous les virus à ARN


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Virus à ARN monocaténaire de


polarité positive
Nécrose
nerveuse virale
(poissons)
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Hépatite E

Calicivirose
féline
Encéphalites
Fièvre équines
aphteuse américaines
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Astrovirose BVD - maladie Péritonite Artérite


(entérite) Des muqueuses infectieuse infectieuse
équine
féline

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†08/03/2010

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Tous les virus à ARN


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Virus à ARN bicaténaire


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Virolog

Maladie
de Gumboro

Fièvre catarrhale ovine

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†08/03/2010

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Tous les virus à ARN


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Virolog m. Doct. – E. Thiry

Virus à ARN de polarité négative


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Rage
Virus
influenza

Hépatite D humaine

Maladie
Virolog

de Carré
Fièvre de la
Fièvre
vallée du Rift
de Lassa
Maladie
de Borna
Fièvre hémorragique Ebola

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†08/03/2010

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Agents sous-viraux
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„ Viroïdes
„ Virus satellites
„ Prions (agents transmissibles non
conventionnels)
Virolog

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VIROÏDES
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(Phytopathogènes)
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†08/03/2010

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VIRUS SATELLITE:
DELTAVIRUS
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„ Exemple :
„ Virus de l’hépatite delta
„ Propriétés :
„ virus défectif
„ requiert les fonctions helpers du virus de
Virolog

ll’hépatite
hépatite B ou de ll’hépatite
hépatite du canard
„ virus à RNA monocaténaire circulaire
„ partie de génome ressemblant à un viroïde

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AGENTS TRANSMISSIBLES
NON CONVENTIONNELS
„ Exemple :
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„ Encéphalopathie spongiforme bovine


(ESB, BSE)
„ Tremblante du mouton (scrapie)
„ Creutzfeldt-Jakob chez l’homme
„ Propriétés :
„ PrP infectieuse
Virolog

„ Deux formes
f : PrPc et PrPsc
„ Forme infectieuse résistante à la
protéinase K et contenu élevé en feuillets
bèta

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†08/03/2010

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Présentation des virus animaux


dans la classification virale
Virolog

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Classe 6
Classe 2 Classe 1 ARN sb
ADN sb ADN db polarité positive
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Classe 7
ADN db

ARNm Traduction
Classe 3 polarité Protéine
ARN db positive
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Classe 5 ARN db Classe 4


ARN sb intermédiaire de ARN sb
polarité négative réplication
38 polarité positive
et ambisens

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†08/03/2010

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VIRUS À ADN
MONOCATÉNAIRE
Virolog

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Parvoviridae
„ Densovirinae
„ Virus d’insectes
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„ Parvovirinae
„ Bocavirus
„ Parvovirus bovin
„ Parvovirus canin 1
„ Dependovirus
„ Virus adéno-associés (adeno-associated viruses)
Virolog

„ Erythrovirus
„ Parvovirus humain B19
„ Parvovirus
„ Virus de la panleucopénie féline, parvovirus canin 2, virus de
l’entérite du vison, parvovirus du raton laveur
„ Parvovirus porcin

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Parvoviridae
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Ancêtre du CPV2
Acquisition de liaison CPV2
au TfR canin
dissémination mondiale Adaptation au TfR canin
en moins dd’1
1 an dissémination mondiale
en moins d’1 an

CPV2a

CPV2b
Nouveaux variants
et mutants

Asp426Glu

CPV2c
TfR : récepteur à la transferrine (Glu – variant italien)

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†08/03/2010

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Circoviridae

„ Circoviridae
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„ Circovirus
„ Circovirus porcin 1
„ Circovirus porcin 2 (MAP)
„ Circovirus du pigeon
„ Virus de la maladie du bec et des plumes (beak
Virolog

and feather disease virus)


„ Gyrovirus
„ Virus de l’anémie du poulet
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Circoviridae
gie moléculaire – Form
Virolog

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†08/03/2010

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VIRUS À ADN BICATÉNAIRE


Virolog

†45
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Poxviridae
„ Entomopoxvirinae
„ Chordopoxvirinae
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„ Avipoxvirus : canarypox virus, fowlpox virus


„ Capripoxvirus : virus de la clavelée, virus de la
dermatose nodulaire
„ Leporipoxvirus: virus de la myxomatose
„ Molluscipoxvirus:
p virus du molluscum contagiosum
g
Virolog

„ Orthopoxvirus : virus de la variole, de la vaccine, de la


variole bovine (cowpox virus)
„ Parapoxvirus : virus de la stomatite papuleuse bovine,
virus de l’ecthyma contagieux (orf)
„ Suipoxvirus : virus de la variole porcine

†23
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

INVERSEE
INVERSEE

Morphologie des parapoxvirus


Morphologie des orthopoxvirus

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†08/03/2010
†08/03/2010

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Herpesvirales
„ Malacoherpesviridae : herpèsvirus de l’huître
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„ Alloherpesviridae : herpèsvirus de poissons


„ Herpesviridae
„ Alphaherpesvirinae
„ Iltovirus: virus de la laryngotrachéite infectieuse aviaire
„ Mardivirus : virus de la maladie de Marek
Virolog

„ Simplexvirus
Simple ir s : herpèsvirus
h è i h
humain
i 1
„ Varicellovirus : herpèsvirus bovin 1

„ Betaherpesvirinae : cytomegalovirus
„ Gammaherpesvirinae : virus du coryza gangreneux
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Herpesvirales (suite)
„ Betaherpesvirinae
gie moléculaire – Form

„ Cytomegalovirus
C t l i : herpèsvirus
h è i h
humain
i 5
„ Muromegalovirus : murid herpesvirus 1
„ Proboscivirus : elephantid herpesvirus 1
„ Roseolovirus : herpèsvirus humain 6
„ Gammaherpesvirinae
„ Lymphocryptovirus : herpèsvirus humain 4
Virolog

„ Macavirus : alcelaphine herpesvirus 1


„ Percavirus : equid herpesviruses 2 and 5
„ Rhadinovirus : bonine herpesvirus 4, murid herpesvirus 4

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†08/03/2010

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espèce: Bovine herpesvirus 1


(BoHV-1)
famille: Herpesviridae
sous-famille: Alphaherpesvirinae
genre: Varicellovirus
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Latence, réactivation et réexcrétion


gie moléculaire – Form

réexcrétion
Virolog

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†08/03/2010

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Asfarviridae (asfivirus, virus de la peste
porcine africaine (African swine fever))
gie moléculaire – Form
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Peste porcine africaine: maladie


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généralisée hémorragique
gie moléculaire – Form
Virolog

†27
†08/03/2010

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Adenoviridae
„ Atadenovirus
gie moléculaire – Form

„ Adénovirus bovin D
D, adénovirus ovin D
„ Aviadenovirus
„ Adénovirus aviaires
„ Mastadenovirus
„ Adénovirus bovins A, B et C, adénovirus
Virolog

canins
i 1 ett 2
„ Siadenovirus
„ Adénovirus de la grenouille
„ Adénovirus du dindon

Site de
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multiplication
intranucléaire,
avec inclusions
nucléaires
gie moléculaire – Form
Virolog

†28
†08/03/2010

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Papillomaviridae

„ Alphapapillomavirus : humains
gie moléculaire – Form

„ Betapapillomavirus : humains
„ Deltapapillomavirus : bovin, cerf, ovin
„ Epsilonpapillomavirus : bovin 3
„ Lambdapapillomavirus : canin et félin
Virolog

„ Zetapapillomavirus : équin 1
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Papillomatose bovine : les « verrues »


gie moléculaire – Form
Virolog

†29
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry
Diversité génétique chez les papillomavirus

†30
†08/03/2010
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Polyomaviridae
gie moléculaire – Form
Virolog

†Néphrite hémorragique entérite de l’oison (NHEO)


m. Doct. – E. Thiry
gie moléculaire – Form

VIRUS À ADN ET ARN


POSSÉDANT UNE
TRANSCRIPTASE INVERSE
Virolog

†62

†31
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Virus possédant une transcriptase inverse

„ Hepadnaviridae (virus à ADN bicaténaire)


gie moléculaire – Form

„ Avihepadnavirus :
„ Virus de l’hépatite du canard (et du héron)
„ Orthohepadnavirus :
„ Virus de l’hépatite B
„ Retroviridae (virus à ARN monocaténaire positif)
Virolog

„ Spumaretrovirinae
„ Spumavirus (virus non pathogènes)
„ Orthoretrovirinae
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Virus possédant une transcriptase inverse

„ Retroviridae
gie moléculaire – Form

„ Spumaretrovirinae : Spumavirus (virus non pathogènes)


„ Orthoretrovirinae
„ Alpharetrovirus : virus de la leucose aviaire
„ Betaretrovirus : virus de l’adénomatose pulmonaire
du mouton
„ Deltaretrovirus : virus de la leucose bovine
Virolog

„ Epsilonretrovirus
„ Gammaretrovirus : virus de la leucose féline
„ Lentivirus : virus de Visna-Maedi, virus de
l’immunodéficience féline, virus de l’anémie
infectieuse des équidés

†32
†08/03/2010

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Les rétrovirus animaux


„ Virus de la leucose féline :
gie moléculaire – Form

„ FeLV
F LV (feline
(f li leukemia
l k i virus)
i )
„ gammaretrovirus
„ Virus de la l’immunodéficience féline :
„ FIV (feline immunodeficiency virus
„ lentivirus
Virolog

„ Infections persistantes (lentes)


„ Infection latente du FeLV (avec intégration du
génome viral)
„ Infection persistante toute la durée de la vie
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Infection chronique lente (retrovirus)


gie moléculaire – Form
Virolog

†33
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

féline
féline
leucose

-ficience
Virus de
Virus de la

l’immunodé

†34
†08/03/2010
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
Structure tridimensionnelle
de la transcriptase inverse
Site actif Pouce
gie moléculaire – Form

polymérase

ADN

Doigts
g
Virolog

ARN

Site actif
ribonucléase
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HEPADNAVIRIDAE

„ Exemples :
„ genre Avihepadnavirus :
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hépatite du canard
„ genre Orthohepadnavirus
: hépatite B humaine
„ Propriétés :
„ présence de transcriptase
Virolog

inverse
„ intégration possible de
séquences virales dans le
DNA cellulaire (carcinomes †70
hépatocellulaires)

†35
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
gie moléculaire – Form

VIRUS À ARN
MONOCATÉNAIRE DE
POLARITÉ POSITIVE
Virolog

†71
m. Doct. – E. Thiry

Virus à ARN monocaténaire positif

„ Picornavirales (ordre)
gie moléculaire – Form

„ Picornaviridae
„ Aphthovirus : virus de la fièvre aphteuse
„ Cardiovirus : virus de l’encéphalomyocardite
„ Enterovirus : entérovirus (nombreuses espèces)
„ Erbovirus : virus de la rhinite équine
Virolog

„ Hepatovirus
H t i : virus
i d
de l’hé
l’hépatite
tit A
„ Kobuvirus : virus Aichi
„ Parechovirus : parechovirus humain
„ Teschovirus : virus de la polioencéphalomyélite
porcine (maladie de Teschen)

†36
†08/03/2010

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Virus à ARN monocaténaire positif

„ Astroviridae (virus entériques)


gie moléculaire – Form

„ Avastrovirus
„ Mamastrovirus
„ Caliciviridae
„ Lagovirus : virus de la maladie hémorragique du lapin
„ Norovirus : norovirus humain, porcin, bovin
Virolog

„ Sapovirus : sapovirus porcin, humain


„ Vesivirus : calicivirus félin
„ Coronaviridae : virus de la péritonite infectieuse féline
„ Arteriviridae : virus de l’artérite virale équine
m. Doct. – E. Thiry

Virus à ARN monocaténaire positif

„ Flaviviridae
gie moléculaire – Form

„ Flavivirus : virus de la fièvre du Nil occidental


„ Pestivirus : virus de la diarrhée virale bovine (BVD)
„ Togaviridae
„ Alphavirus : virus d’encéphalites virales
américaines
Virolog

„ Rubivirus
R bi i : virus
i d
de lla rubéole
bé l
„ Xxx (pas de famille assignée)
„ Hepevirus : virus de l’hépatite E

†37
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

Fièvre aphteuse

Distribution géographique des sérotypes

†38
†08/03/2010
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

ASTROVIRIDAE
„ Exemples
gie moléculaire – Form

„ astrovirus bovins
„ astrovirus humains
„ astrovirus chez le porc, le mouton et le canard
„ Propriétés :
„ petit virus à RNA monocaténaire positif
Virolog

„ virus entérique

†77
m. Doct. – E. Thiry

Caliciviridae
gie moléculaire – Form

„ Lagovirus : virus de la maladie hémorragique


du lapin
„ Norovirus : norovirus humain, porcin, bovin
„ Sapovirus : sapovirus porcin, humain
„ Vesivirus : calicivirus félin
Virolog

†39
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Caliciviridae
„ Vesivirus : calicivirus félin
gie moléculaire – Form

„ Ulcères buccaux
„ Agent du coryza du chat
Virolog

Calicivirus félin,
agent du coryza
félin

†40
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
Le taux de mutation très élevé du calicivirus félin
est responsable d’une mosaïque de mutants
gie moléculaire – Form
Virolog m. Doct. – E. Thiry

Nidovirales
„ Coronaviridae
gie moléculaire – Form

„ Coronavirus
„ Groupes 1, 2, 3 et 4
„ Torovirus
„ Arteriviridae
„ Arterivirus
Virolog

„ Virus
Vi d
de l’l’artérite
té it virale
i l é équine
i
„ Virus élévateur de la lactate-déshydrogénase

†41
†08/03/2010

Coronavirus bovin
Coronavirus respiratoire
canin
Groupe II
(G3) (CRCoV)
Groupe II ou IV

Coronavirus
aviaire

Groupe I
Coronavirus félin
Coronavirus canin (G1 et G2)
(CCoV) Groupe III
m. Doct. – E. Thiry

Coronavirus du groupe I Coronavirus du groupe II


gie moléculaire – Form
Virolog

†42
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

ARTERIVIRIDAE
„ Exemples :
gie moléculaire – Form

„ artérite
té it virale
i l é équine
i
„ syndrome dysgénésique et
respiratoire porcin
„ Virus élévateur de la
lactate-déshydrogénase
„ Propriétés :
„ émergence récente du
Virolog

SDRP
„ portage chronique du virus
de l’artérite équine
„ tropisme : macrophages
†86

†43
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Flaviviridae

„ Flavivirus
gie moléculaire – Form

„ Fièvre du Nil occidental (West Nile fever),


louping ill, encéphalite japonaise, fièvre jaune
„ Hepacivirus
„ Hépatite C
„ Pestivirus
Virolog

„ BVD, maladie des frontières, peste porcine


classique
m. Doct. – E. Thiry

Fièvre du Nil occidental


gie moléculaire – Form
Virolog

†44
†08/03/2010

Virolog m. Doct. – E. Thiry


gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

Deux lignées de WNFV


(séquence de la glycoprotéine E)
WN-Italy-1998; AF205883
WN-Israel-2000; AF380669
WN-Morocco-1996; AF205884
WN-France-2000; AF418554
WN-Romania-1996M; AF260969
Europe
gie moléculaire – Form

WN-Volgograd-1999; AF239988
WN-Senegal-1993; AF001570 Af i
Afrique
WN-Kenya-1998; AF146082
WN-Israel-1998; AF205882 Inde
WN-New York-1999F; AF196835 Lignée I
WN-Tunisia-1997; AF418555
WN-CAR-1989; AF001558
Australie
WN-Algeria-1968; AF001567
WN-Senegal-1979; AF001569 Moyen
WN-France-1965; AF001560
WN-Egypt-1951; AF001568
Orient
WN-SouthAfrica; AF205880
WN-CAR-1967; AF001566 Amérique
WN-IvoryCoast-1981; AF001561
Kunjin; AF001572 du Nord
WN-India-1980; AF196526
WN-Ugganda;; AF001573
Virolog

WN-Senegal-1990; AF001556
WN-Nigeria Madagascar
WN-CAR-1972; AF001563
WN-CAR-1983; AF001557 Lignée II Afrique
WN-CAR-1972; AF001565
WN-Uganda; AF001562 subsaha-
WN-Madagascar-1986; AF001564
WN-Madagascar-1988; AF001574 rienne
WN-Kenya; AF001571
WN-Madagascar-1978; AF001559
JE SA 14; UO4522
0.1

†45
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

des
diarrhée

– maladie
Virus de la

BVD : maladie des muqueuses


muqueuses
virale bovine

†46
†08/03/2010
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
Diversité génétique des pestivirus
(séquence partielle de E2)
CULI3-i
BD 112-r L1-h
gie moléculaire – Form

A1-h b-721-b B1-h


Deer GB-b SH9-b Hastings-e
A1263-r
519-b CP7-q
Korevaar-r
150022-r Osloss-d
SingerA-e
NADL-f
Oregon-p
1138-r
BVDV-1
SD1-g
Pe 515-c C86
-b
(génotype I)
Virolog

SF4-t
-e
BD78-s Sil Lke
Q140-t
24301-e
SCP-b
890-u
Q4812-t 178003-r

CSFV BDV BVDV-2


Alfort-m X818-a
(génotype II)
93
Chinese-n Weybridge-y BD-31-v
m. Doct. – E. Thiry

TOGAVIRIDAE

„ Exemples :
gie moléculaire – Form

„ genre Alphavirus :
encéphalites
équines
„ genre Rubivirus :
rubéole
„ Propriétés :
„ encéphalites
Virolog

transmises par les


moustiques
„ virémie primaire
puis secondaire
†94

†47
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Virus de l’hépatite E
„ Hepevirus
gie moléculaire – Form

„ Pas de famille assignée


„ ressemble à un calicivirus
Virolog

95
m. Doct. – E. Thiry
gie moléculaire – Form

VIRUS À ARN BICATÉNAIRE


Virolog

†96

†48
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Virus à ARN bicaténaire

„ Birnaviridae
gie moléculaire – Form

„ Aquabirnaviridae (Nécrose pancréatique


infectieuse, poissons)
„ Avibirnaviridae (maladie de Gumboro)
„ Reoviridae
„ Reovirus (peu virulents)
Virolog

„ Rotavirus (gastro-entérite néonatale)


„ Orbivirus (fièvre catarrhale ovine)
m. Doct. – E. Thiry
gie moléculaire – Form

Reoviridae :
Génome segmenté
RNA polymérase RNA
RNA-polymérase
Virolog

dépendante dans le virion

†49
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
Orbivirus:
virus de la fièvre catarrhale ovine
gie moléculaire – Form

Exemple d’arbovirus
Virus transporté
par des insectes
(arthropod-borne virus)
Virus transmis par des
Culicoïde arthropodes
Virolog

Orbivirus
Capside externe
Reoviridae
Capside interne

Complexe de la
((couche externe transcriptase
p
du cœur) Hélicase
Enzyme
de coiffe
(couche interne
du cœur) Polymérase

génome ARN

Thiry and Gauthier, 2007

†50
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
24 (+ 1) sérotypes du virus
de la fièvre catarrhale ovine
BTV-2
BTV-2/S.Africa
India BTV-3/Zimbabwe Orbivirus
BTV-1Greece
BTV-3/X55801
BTV-1ndiaA Virus Toggenburg
gie moléculaire – Form

BTV-16/S.Africa
BTV-1/S Africa
BTV-1/S.Africa
BTV-16/Nigeria
BTV-23/Indonesia
BTV-13/S.Africa
BTV-23/S.Africa
BTV-13/Roy et al.D00153
BTV-8/Nigeria
BTV-8/S.Africa-SM BTV-21/S.Africa

BTV-18/S.Africa BTV-6/S.Africa

BTV-19/S.Africa BTV-14/S.Africa

BTV-14/Camaroon
BTV-7/S.Africa BTV-11/S.Africa

BTV-5/Nigeria BTV-11/Roy et al.M17437


Virolog

BTV-17/S72158/California
BTV-5/S.Africa BTV-17/AF017278//Colorado/USA
BTV-17/S.Africa
BTV-9/S.Africa BTV-20/S.Africa

BTV-9/Bosnia BTV-4/S.Africa
BTV-24/S.Africa
BTV-10/S.Africa
BTV-10/L29027
BTV-22SA

0.1 BTV-12/S.Africa BTV-15/S.Africa


m. Doct. – E. Thiry

Birnaviridae
Maladie de Gumboro
gie moléculaire – Form

Chez la volaille
Virolog

†51
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

VIRUS À ARN

†104
Structure du birnavirus

MONOCATÉNAIRE NÉGATIF

†52
†08/03/2010
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
Caractéristiques des virus à ARN
monocaténaire de polarité négative
„ Enzyme ARN-polymérase ARN dépendante
gie moléculaire – Form

virale présente dans le virion


„ Étape obligée : transcription à partir du
génome viral avec cette enzyme
„ Réplication de l’ARN viral :
„ Intermédiaire de réplication : ARN bicaténaire
Virolog

„ Multiplication
„ Intracytoplasmique : la règle
„ Intranucléaire : orthomyxovirus et bornavirus
m. Doct. – E. Thiry

Virus à ARN monocaténaire négatif

„ Ordre des Mononegavirales


g
gie moléculaire – Form

Familles :
„ Filoviridae
„ Bornaviridae
„ Rhabdoviridae
„ Paramyxoviridae
Virolog

„ Famille des Bunyaviridae


„ Famille des Arenaviridae
„ Famille des Orthomyxoviridae

†53
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Filoviridae
„ Ebolavirus
gie moléculaire – Form

„Virus de Reston,
Reston
„ Zaïre
„ Marburgvirus
Virolog m. Doct. – E. Thiry

Bornaviridae
„ Bornavirus
gie moléculaire – Form

„ Un virus de la maladie de Borna


„ Maladie de Borna
„ Encéphalite
„ Mouton et cheval, mais autres espèces aussi
„ Hôte réservoir : musaraigne, notamment
Virolog

†54
†08/03/2010

Virolog m. Doct. – E. Thiry


gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

Rhabdoviridae
„ Ephemerovirus
gie moléculaire – Form

„ Virus de la fièvre éphémère bovine


„ Lyssavirus
„ Virus de la rage proprement dit
„ Novirhabdovirus
„ Virus de poissons (septicémie hémorragique virale)
Virolog

„ Vesiculovirus
„ Virus de la stomatite vésiculeuse (Indiana et
New Jersey)

†55
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

La rage : encéphalite virale

†56
†08/03/2010
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry

Corpuscule de Negri

†57
†08/03/2010
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Famille des Paramyxoviridae


„ Sous-famille des Paramyxovirinae
„ Avulavirus
gie moléculaire – Form

„ Virus de la maladie de Newcastle (pseudo-peste aviaire)


„ Henipavirus
„ Virus de la maladie de Nipah (porc) et Hendra (cheval)
„ Morbillivirus
„ Virusde la rougeole,
g de la maladie de Carré ((chien),
)
Virolog

de la peste bovine
„ Respirovirus
„ Virus parainfluenza 3 bovin
„ Rubulavirus
„ Virus des oreillons ; virus simien SV5
m. Doct. – E. Thiry
gie moléculaire – Form
Virolog

†58
Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry Virolog
gie moléculaire – Form
m. Doct. – E. Thiry
Respirovirus

†59
†08/03/2010
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Famille des Paramyxoviridae


„ Sous-famille des Pneumovirinae
gie moléculaire – Form

„ Metapneumovirus
„ Metapneumovirus aviaire (et humain)
„ Pneumovirus
„ virus respiratoire syncytial bovin (et humain)
Virolog m. Doct. – E. Thiry
gie moléculaire – Form

Mononegavirales
Virolog

Paramyxoviridae
Pneumovirinae
Pneumovirus

†60
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
BUNYAVIRIDAE

„ Exemples :
gie moléculaire – Form

„ Bunyavirus
„ Hantavirus : zoonose
„ Nairovirus : maladie
de Nairobi chez le
mouton
„ Phlebovirus : fièvre de
la vallée du Rift
Virolog

„ Propriétés :
„ arbovirus
„ double cycle ;
persistance dans
l’arthropode †121
m. Doct. – E. Thiry

ARENAVIRIDAE

„ Exemples :
gie moléculaire – Form

„ Arenavirus : virus de
la chorioméningite
lymphocytaire chez
la souris ; virus de la
fièvre de Lassa
„ Propriétés
p :
Virolog

„ infection persistante,
asymptomatique
„ virémie chronique
„ fièvre hémorragique †122

chez l’homme

†61
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Orthomyxoviridae
„ Influenzavirus A
gie moléculaire – Form

„ Virus influenza A (homme et animaux)


„ Influenzavirus B
„ Virus influenza B (homme)
„ Influenzavirus C
„ Virus influenza C (homme)
Virolog

„ Isavirus
„ Virus de l’anémie infectieuse du saumon
„ Thogotovirus
„ Virus thogoto (transmis par les tiques, 6 segments)

Virus influenza A

†62
†08/03/2010

récepteur
d’acide sialique
épitope B
Hémagglutinine
(site de liaison) épitope D

épitope A
Tête globulaire
(interface)
épitope E

épitope C
Tige fibreuse
(interface)

Site de clivage
peptide
p p de fusion par des protéases :
déterminant
de virulence

ancre

site actif pour le


Neuraminidase clivage de l’acide
sialique

tige (ancre)

enveloppe de la
particule virale

†63
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry Récepteur cellulaire de l’hémagglutinine :


des glycoprotéines ou glycolipides possédant un
acide sialique
gie moléculaire – Form
Virolog

Site de clivage
de la neuraminidase
Uniquement pour les virus aviaires :
Liaison de l’acide sialique au galactose :
α 2,3 : surtout aviaire
α 2,6 : surtout homme
Mais pas exclusif

Hémagglutinine (HA)
Agrégat de virions
Neuraminidase (NA) L’inhibiteur de neuraminidase
Récepteur HA Virus influenza empêche la libération des virions
Protéine M2
Amantadine
Inhibiteur de NA

Att h
Attachement
t

Bourgeonneme
nt

Pénétration et
décapsidation

L’amantadine inactive M2 et
prévient la décapsidation Synthèse de protéines
virale ; le virus est inerte.
virales

Réplication de l’ARN viral

†64
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Diversité des virus influenza


„ Types A, B, C
„ selon l’antigénicité de la nucléoprotéine
gie moléculaire – Form

„ Sous-types (de A) : HnNm


„ selon l’antigénicité de HA et NA
„ HA : 16 sous-types (aviaires)
„ NA : 9 sous-types (aviaires)

„ Virus influenza A
Virolog

„ Aviaires
„ Porcins
„ Humains
„ (équins)
„ (mammifères marins)
m. Doct. – E. Thiry

Diversité génétique des virus influenza A


gie moléculaire – Form
Virolog

†65
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Evolution des virus influenza A


„ Dérive antigénique
gie moléculaire – Form

„ Accumulation de mutations ponctuelles


dans l’hémagglutinine
„ Épidémies « limitées » de grippe saisonnière
(influenza A humain)
Virolog

La grippe aviaire est un problème


m. Doct. – E. Thiry

de santé animale (H5N1)


„ Elle est produite par un virus influenza A aviaire
hautement pathogène (HPAI)
gie moléculaire – Form

„ Le virus H5N1 est très virulent chez la volaille (poule et


dinde), mais aussi chez le canard et d’autres espèces
„ Il provoque la peste aviaire
Virolog

†66
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Le virus influenza A H1N1

„ H1N1 historique
q
gie moléculaire – Form

„ à partir de 1918 chez l’homme


„ H1N1 porcin
„ Amérique du Nord
„ Virus évoluant à partir du H1N1 humain
„ H1N1 porcin
Virolog

„ Eurasie
„ Virus aviaire qui s’est adapté au porc
„ Circulant avec H3N2 et H1N2
m. Doct. – E. Thiry

Les virus influenza A porcins en Europe


gie moléculaire – Form

47%

19%
Virolog

34%

(source %: ESNIP network, K. Van Reeth, Belgium, France, UK, Italy, Spain)†Heinen, Vet Sci Tomorrow, 2003

†67
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry
Origine du virus influenza A H1N1 actuel :
résultat de 4 réassortiments génétiques
gie moléculaire – Form
Virolog m. Doct. – E. Thiry

Le virus influenza A H1N1


est un virus pandémique
gie moléculaire – Form

H5N1
Virolog

H1N1

†68
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Agents sous-viraux
gie moléculaire – Form

„ Viroïdes
„ Virus satellites
„ Prions (agents transmissibles non
conventionnels)
Virolog

†137
m. Doct. – E. Thiry

Viroïde
gie moléculaire – Form
Virolog

†138

†69
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

DELTAVIRUS
„ Exemple :
gie moléculaire – Form

„ Virus de l’hépatite
l hépatite delta
„ Propriétés :
„ virus défectif
„ requiert les fonctions helpers du virus de
l’hépatite B ou de l’hépatite du canard
Virolog

„ virus
i à RNA monocaténaire
té i circulaire
i l i
„ partie de génome ressemblant à un viroïde

†139
m. Doct. – E. Thiry

AGENTS TRANSMISSIBLES NON


CONVENTIONNELS
„ Exemple :
gie moléculaire – Form

„ Encéphalopathie spongiforme bovine


(ESB, BSE)
„ Tremblante du mouton (scrapie)
„ Creutzfeldt-Jakob chez l’homme
„ Propriétés :
„ PrP infectieuse
Virolog

„ Deux formes
f : PrPc et PrPsc
„ Forme infectieuse résistante à la
protéinase K et contenu élevé en feuillets
bèta

†140

†70
†08/03/2010

m. Doct. – E. Thiry

Définition du prion
„ PrP: prion protein
gie moléculaire – Form

„ Prion : proteinaceous and infectious


„ PrPc et PrPsc
„ Résistance exceptionelle aux agents
physiques et chimiques
Virolog

†141

†71
†08/03/2010

PrPc PrPsc

†72