Microbiologie S3 Chadli Médecine Oct 2020

UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT
FACULTE DE MEDECINE ET DE
PHARMACIE
MICROBIOLOGIE
2ème Année de Médecine

S3
Pr Mariama Chadli
2020- 2021
Acinetobacter
Cours 2eme année Médecine

Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Plan
Introduction
Epidémiologie
Caractères bactériologiques
Clinique
Diagnostic bactériologique
Traitement - prophylaxie
2
Acinetobacter
I. Introduction :
- Coccobacille Gram négatif
- Résistance extrême dans l’environnement : jusqu’à 40 jours , même sur des
surfaces sèches (boutons des scopes , téléphones , claviers, matériels
médicaux …)
- Bactérie opportuniste responsable d’infections nosocomiales impliquées dans
de grandes épidémies
- Homme = principal réservoir à l’hôpital
- Bactérie multi résistante
3
Acinetobacter
II. Classification :
- Le genre Acinetobacter appartient à la famille des Moraxellacae
- 32 espèces sont décrites
- L’espèce Acinetobacter baumannii = bactérie nosocomiale par excellence
(70% des souches)
4
Acinetobacter
III. Epidémiologie :
► Réservoir :
- Bactérie ubiquiste de l’environnement naturel et hospitalier (sol, eau, milieux
aquatiques, eaux d’égouts, surfaces humides ou sèches)
- Fait partie de la flore commensale cutanée (25% des individus), du tube
digestif et du pharynx.
- Acinetobacter baumanii = agent fréquent de colonisation cutanée et
muqueuse chez les patients hospitalisés en unités de soins intensifs
5
Acinetobacter
III. Epidémiologie :
► Transmission :
- Croisée de patient à patient par l’intermédiaire du personnel (transmission
manuportée)
- Par aérosols : respirateurs, humidificateurs, matériel de ventilation …
►Facteurs de risque :
- Gestes invasifs
- Fragilité du patient
6
Acinetobacter
IV. Caractères bactériologiques :
► Morphologie :
- Bacille à Gram – d’aspect coccoide
- Diamètre 0,9 à 1,6 µm/1,5 à 2,5µm
- Caractère polymorphe, non sporulés et immobiles
► Caractères biochimiques :
- Bactéries aérobies strict
- Oxydase négative
- Absence de nitrate réductase
7
Acinetobacter
IV. Caractères bactériologiques :
► Caractères culturaux :
- Isolement facile sur milieu de culture des bacilles Gram-
- Milieux usuels : gélose au sang frais et cuit, gélose BCP, gélose trypticase
soja …
- Incubation en aérobiose à 37°C. Une incubation à 41°C peut améliorer
l'isolement sélectif de A. baumannii principalement
- Les colonies obtenues sont bombées, de couleur blanc jaunâtre, lisses
8
Acinetobacter
V. Clinique :
- Acinetobacter baumanii est une bactérie qui peut infecter n’importe quel
organe.
- Infections nosocomiales : arbre respiratoire, appareil urinaire, plaies, cathéter
pouvant évoluer vers une bactériémie
- Autres manifestations : pleurésies, péritonites chez les dialysés, méningites
- Ces infections se manifestent par bouffées épidémiques et sont dues à des
souches multiresistantes
9
Acinetobacter
VI. Diagnostic bactériologique :
► Prélèvement :
Prélèvements les plus fréquents : urines, cathéters, aspirations bronchiques,
hémocultures
► Examen direct :
- Coccobacilles Gram-
- Immobiles
► Culture – identification :
- Aspect des colonies
- Coloration de Gram
- Oxydase négative
- Galeries : Api 20E, 20 NE
► Antibiogramme : multiresistance à de nombreux antibiotiques
10
11
Acinetobacter
VI. Traitement :
- Carbapenemes
- Tigecycline
- Polymyxines (colistine)
VII. Prévention :
- Gestion de l’antibiothérapie
- Mesures d’hygiène :
- Utilisation de matériel à usage unique
- Antiseptiques puissants (eau de javel)
- Hygiène des mains
- Isolement géographique et technique du patient infecté
12
Brucella
Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Introduction :
• Genre Brucella = petits bacilles à Gram négatif, cultivant lentement sur des
milieux enrichis
• Pathogènes potentiellement utilisables à des fins de bioterrorisme
• Brucellose (fièvre de Malte) :
o Zoonose : maladie animale, plus rarement humaine
o Sévère et invalidante, rarement fatale
• L'identification précise doit être réalisée par un laboratoire spécialisé
2
Plan :
• Taxonomie
• Caractères bactériologiques
• Chaîne épidémiologique
• Physiopathologie
• Clinique
• Diagnostic bactériologique
• Traitement et prévention
• Conclusion
3
Taxonomie :
• Hybridation ADN/ADN et séquençage du gène codant pour l’ARN 16S
• Famille : Rhizobiaceae
• Genre : Brucella
• Espèce unique : B. melitensis
• Plusieurs sous-espèces et biovars
4
Caractères bactériologiques :
• Morphologie : petits coccobacilles, à Gram négatif, mesurant 0,6–1,5 μm de long

et 0,5–0,7 μm de diamètre
• Culture :
o Aérobies strictes
o Culture lente sur milieux enrichis au sang (température optimale : 34 °C)
• Caractère antigénique : lipopolysaccharide est le plus immunogène
• Facteurs de virulence : bactéries intracellulaires facultatives du monocyte-

macrophage
5
Chaine épidémiologique :
• Réservoir : mammifères terrestres et marins
• Transmission : Directe au contact d’animaux infectés (cutanée, conjonctivale ou

aérienne) ; Indirecte (ingestion de lait contaminé) ; Interhumaine exceptionnelle
(sexuelle, transcutanée)
• Réceptivité : totale
• Facteurs favorisants : professions à risque (éleveurs, vétérinaires, techniciens)
• Caractères épidémiques : Forte régression dans les pays développés, endémique

dans les pays en voie de développement
6
Physiopathologie :
• Contamination digestive +++
• Brucella ne produit pas de toxines protéiques
• Mal connue
7
Clinique :
• Période d’incubation variable : 1 à 3 semaines
• Phase aiguë : septicémie d’origine lymphatique + fièvre ondulante
• Phase subaiguë : localisations secondaires (neuroméningées, cardiaques,

ostéoarticulaires...)
• Phase chroniques : asthénie (physique, psychique et sexuelle)
• Femme enceinte : avortements, accouchements prématurés, mort in utero
8
Clinique :
9
► Diagnostic bactériologique direct :

• À la demande
• Prélèvement :
o Groupe de risque : 3 (extrême contagiosité)
o Hémoculture +++
o Autres prélèvements en fonction du contexte clinique : biopsie, pus, sérum
o Transporter rapidement les prélèvements au laboratoire, sinon, congeler
10
Diagnostic bactériologique :
• Examen direct :
o Microscope otique après coloration de Gram
o Peu d'utilité, du fait du matériel clinique (sang le plus souvent), de la très petite
taille et de la faible coloration de la bactérie par la coloration de Gram
11
• Culture :
o Technique de référence
o Laboratoire spécialisé
o Plusieurs semaines d’incubation
o Moins de 5 jours dans les systèmes d’hémoculture automatisés
o Sensibilité des hémocultures supérieure à 80 % en phase aiguë de la maladie
12
► Diagnostic direct :
• Identification :
o Colonies non hémolytiques, de coccobacilles à Gram négatif,
o Uréase rapide et intense, catalase + et oxydase +
o Galeries d’identification de type API-20 NE peut conduire à une fausse identification
de Moraxella phenylpyruvica
o Identification phénotypique de sous-espèce et de biovar : étude de la sensibilité à
certains colorants, technique de lysotypie, utilisation de sérums agglutinants
monospécifiques
13
• Biologie moléculaire :
o Amplification génique (PCR)
o Laboratoires de référence
o Phase aiguë bactériémique (sang ou sérum) : diagnostic plus précoce (en 24 heures)
que l’hémoculture
o Formes focalisées (suppurations ou biopsies) : sensibilité bien supérieure à la culture
o Utile dans le cas où l’administration d’une antibiothérapie empirique empêche

l’isolement des Brucella
14
• Diagnostic indirect : Sérologie
o N’est utile que lorsque la culture est négative
o Technique d’agglutination en tube ou séroagglutination de Wright : référence

préconisée par l’OMS du fait de sa standardisation
o Autres techniques : agglutination sur lame ou épreuve de l’antigène tamponné

(dont le test au Rose Bengale), la réaction de fixation du complément,
technique d’immunofluorescence indirecte (IFA) et les tests ELISA
15
• Diagnostic indirect : Sérologie

o Détection des anticorps spécifiques : en moyenne 2 à 3 semaines après infection
o Détectent principalement les anticorps anti-LPS
o IF et ELISA sont mieux adaptées au titrage spécifique des IgG et des IgM anti-Brucella
o On recherche une séroconversion ou une multiplication par 4 au moins des titres sérologiques
entre deux sérums, l’un prélevé en phase aiguë et l’autre en phase de convalescence
o Fréquence des réactions croisées
16
Diagnostic indirect :
• Sérologie :
SAW : séroagglutination de Wright, ETA : épreuve de l’antigène tamponné 17

18
Traitement et prévention :
• Les antibiotiques les plus actifs sont les aminosides (streptomycine et

gentamicine), les tétracyclines, la rifampicine, et les fluoroquinolones
• Un traitement chirurgical du foyer infectieux est parfois nécessaire
• Contrôle de l’infection chez les animaux d’élevage : médical (vaccination) et

sanitaire (dépistage et abattage des animaux infectés)
• Antibioprophylaxie si exposition à la culture ou au vaccin
• Pas de vaccin anti-Brucella efficace et bien toléré chez l’homme

19
Conclusion :
• Zoonose
• Extrêmement dangereuse
• Diagnostic difficile
• Traitement et prévention faciles
20
Campylobacter

Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Plan
• Introduction
• Taxonomie et caractères bactériologiques
• Epidémiologie
• Pouvoir pathogène
• Traitement et prophylaxie
2
Introduction
• Les Campylobacter sont des bacilles à Gram négatif incurvés,
spiralés ou sous forme hélicoïdale
• Considérés comme étant la principale cause bactérienne de
gastroentérites dans le monde avec une incidence croissante
dans les pays développés
• Les espèces du genre Campylobacter sont principalement
responsables de zoonoses avec de nombreuses espèces
animales impliquées comme réservoir infectieux
3
Taxonomie
- Le genre Campylobacter appartient à la subdivision des
proteobacteria
- Ordre des Campylobactérales
- Famille des Campylobacteraceae
- Dans le genre Campylobacter on a décrit une espèce type
C.fetus et seize autres espèces et plusieurs sous-espèces
4
Taxonomie
3 grands groupes d’intérêt médical :
- Groupe thérmotolerant : C.coli et C.jejuni
- Groupe « fetus » : avec C.fetus
- Groupe « anaérobie » avec par exemple C. sputorum
5
- Bacilles Gram négatif arqués ou spiralés, mobiles
(flagelles polaires)
- Absence de spores et de capsule
- Culture en microaerophilie, 5 à 10% de CO2 en 48
heures
6
►Facteurs de virulence :
- Capacité d’envahir la muqueuse intestinale :
Mobilité
Adhérence aux cellules épithéliales
Invasion par internalisation dans vacuoles intracellulaires
Affinité pour cellules endothéliales
- Toxine qui distend le cytosquelette
- C.fetus responsable d’infections systémiques : résistance à la phagocytose
- Le mimétisme moléculaire entre le lipopolysaccharide de certains serogroupes de
C.jejuni et les terminaisons de la myéline est à l’origine du syndrome de Guillain -
Barré
7
Epidémiologie
• Les Campylobacter sont des bactéries commensales du tube digestif de nombreux
oiseaux (poulet) et mammifères . Elles sont présentes à de fortes concentrations
(106 UFC/g de matière fécale)
• Prévalence de Campylobacter dans le tube digestif des volailles est de 8 à 20 fois
plus élevée que celle de Salmonella
• C.coli est rencontré chez le porc, C. upsaliensis (chien), C.lari (mouette)
• Survie dans l’environnement plusieurs semaines à 4°C particulièrement l’eau et le
lait
8
Epidémiologie
• La transmission est essentiellement d’origine alimentaire
• Source principale : volaille crue
• Contamination croisée des aliments crus en cuisine
• Rares épidémies, mais surtout cas sporadiques
• Les épidémies qui surviennent sont dues à la consommation de
lait cru ou à une origine hydrique
9
Physiopathologie
- Seules les bases moléculaires du pouvoir pathogène de
C.jejuni ont fait l’objet de travaux. Les autres espèces ont été
peu étudiées
- C.jejuni est capable d’adhérer et de pénétrer les cellules
épithéliales grâce aux facteurs d’adhérence (pili, protéines
membranaires, LPS)
- Il peut survivre à l’intérieur des vacuoles et produire l’IL8
médiateur de l’inflammation
- Enfin il sécrète une toxine distendant le cytosquelette
- C. fetus possède une microcapsule qui le rend résistant à la
phagocytose
10
Clinique
1. Entérite :
• Liée le plus souvent à Campylobacter jejuni
• Symptomatologie digestive : diarrhée, douleurs abdominales
avec présence de sang dans les selles
• Signes généraux : fièvre, asthénie et anorexie ne permettant
pas de l'individualiser des autres infections intestinales
• Pas de signes de gravité. Guérison spontanée possible
11
Clinique
2. Bactériémie :
Les Campylobacter peuvent se retrouver dans le torrent
circulatoire
Bactériémies et survenues de localisations secondaires

( Tissu vasculaire, méninges, tissu osteoarticulaire)
12
Clinique
3. Complications non infectieuses :
- Le syndrome de Guillain –Barré :
Polyradiculonévrite réversible mais pouvant laisser des séquelles.
Survient en général 3 semaines après l’entérite
- Autres complications :
- Arthrite réactionnelle
- Erythème noueux
- Urticaire
13
Prélèvement :
La recherche de Campylobacter doit faire partie intégrante des coprocultures
devant une diarrhée infectieuse aigue
- Echantillon de selles qui pourra être conservé 24 heures à +4°C
- Ecouvillonnage rectal : l’écouvillon doit être ensemencé immédiatement ou
stocké en milieu de transport car les Campylobacter sont sensibles à la
dessiccation
- Hémocultures : rares
Selle liquide
14
Examen direct :
- Etat frais ou microscopie à contraste de phase :
Mise en évidence des Campylobacter grâce à leur mobilité caractéristique en
« vol de moucherons « (proche de celle observée avec Vibrio cholerae)
- Coloration de Gram :
Présence de petits bacilles Gram -, incurvés souvent associés aux hématies et
au leucocyte
15
Culture :
- Sur milieux contenant du sang ( Skirrow, Blaser, Campylosel)
Milieux avec charbon (Karmali)
Milieux selectifs par addition d’antibiotiques inhibant la croissance des
autres bactéries (2 à 3 antibiotiques parmi les suivants sont utilisés :
trimethoprime, polymyxine, vancomycine, colistine, bacitracine,céfalotine)
- Incubation en microaerobie à 37°C pendant 48 heures.
- Une incubation prolongée de 5 à 8 jours est parfois nécessaire.
- Les colonies sont de petites taille avec des reflets metalliques
16
Identification :
Identification du genre : repose sur des critères simples
- Les exigences culturales
- La microaerobiose
- La morphologie incurvée
- La coloration Gram négatif
- La présence d’une oxydase
Oxydase +
17
Identification :
Identification de l’espèce : repose sur des tests complémentaires
- Température de croissance
- Sensibilité à certains antibiotiques (acide nalidixique,
cefalotine)
- Test de la catalase
- Hydrolyse de l’hippurate
Catalase +
Hippurate +
18
Caractères d’identification de certaines espèces de Campylobacter
25°C Cat Hip Nal Cef

C.jejuni - + + S R
C.coli - + - S R
C.fetus + + - R S
C.upsaliensis - - - S S
C.lari - + - R R
19
Sensibilité aux antibiotiques :
L’antibiogramme est toujours indiqué. On testera :
- Les fluoroquinolones (ciprofloxacine)
- Les macrolides (érythromycine)
- Aminoglycosides gentamicine)
- Betalactamines (ampicilline et amoxicilline/acide.clavulanique)
• La fréquence des résistances est en nette augmentation
• Les infections systémiques à C.fetus seront traitées par une
association de gentamicine et betalactamine ou macrolide
20
► Diagnostic bactériologique indirect :
- La sérologie n’a pas d’intérêt dans les épisodes diarrhéiques
aigus
- Intérêt en cas de :
- Arthrite réactionnelle
- Syndrome de Guillain-Barré
- Les tests utilisés :
- Réaction de fixation du complément
- Méthode ELISA
21
Prophylaxie
• La prophylaxie des infections à Campylobacter est celle de
toute infection intestinale
• Nettoyage des mains et des paillasses où a été manipulé la
volaille
• Pasteurisation du lait
• Chloration de l’eau de boisson
22
Entérobactéries
Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Plan
I - INTRODUCTION
II - TAXONOMIE-CLASSIFICATION
III - CARACTERES BACTERIOLOGIQUES:
IV - EPIDEMIOLOGIE
V - PHYSIOPATHOLOGIE
VI - CLINIQUE
VII - DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
VIII - PRINCIPALES ENTEROBACTERIES
IX - TRAITEMENT / PROPHYLAXIE
X - CONCLUSION
2
Objectifs du cours
• Connaitre les caractères bactériologiques d’une entérobactérie

(caractères communs)
• Connaitre l’habitat des entérobactéries et la pathogénie des
infections liées à ces germes
• Connaitre les différentes étapes du diagnostic bactériologique
d’une infection à entérobactérie
3
I. Introduction
• Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif entériques qui
constituent l'une des plus importantes familles de bactéries;
• Groupe hétérogène de genres et d’espèces bactériennes rassemblés en
raison de leurs caractères biologiques communs..
• Localisées dans le tube digestif des animaux et de l'homme mais aussi sur
des plantes , elles sont indicatrices de la contamination fécale des sols et
des eaux.
• Dans ce groupe de bactéries entériques figurent des bactéries pathogènes
strictes comme Salmonella, Shigella et Yersinia, et d'autres considérées
comme opportunistes ou pathogènes occasionnels comme Proteus,
Klebsiella, Enterobacter.
• Ces bactéries sont retrouvées dans la plupart des prélèvements
• Emergence de résistance de certaines souches
4
II. Taxonomie-Classification
• La famille des entérobactéries compte plus de 30 genres et + de 130
espèces.
• Seules certaines espèces ont un intérêt médical
Escherichiae Klebsiellae Proteae Yersiniae
escherichia salmonella shigella citrobacter Klebsiella Enterobacter serratia Proteus Providencia morganella yersinia
coli Thypi dysenterie Freundii Oxytoca Cloacae marcesens Vulgaris Rettgeri morganii Enterolitica
pestis
Parathypi Sonnei koseri pneumoniae Aerogenes Mirabilis Stuartii
A et C
Flexneri penneri Alcalificiens
mineurs
boydii
TRIBU - GENRE - ESPECES -

III. Caractères Bactériologiques
1. Caractères morphologiques :
- Bacilles Gram- aux extrémités arrondies

- Mobiles (ciliature péritriche)
ou immobiles (Klebsiella).
- Non sporulés.
- Peuvent être capsulés ( Klebsiella).
- La plupart des espèces pathogènes pour l'homme possèdent
des fimbriae ou pili communs qui sont des facteurs d'adhésion.
6
7
2. Caractères culturaux:
- Poussent sur milieu ordinaire (bouillon ou gélose) en 24h à

37°C.
- En milieu liquide, les colonies d’entérobactéries occasionnent
un trouble uniforme du bouillon.
- Les colonies sont bombées, lisses, luisantes (Ø > 1 mm)
- 3 types de colonies :
• Colonies S (smooth) : arrondies, lisses, humides, blanches voir
translucides.
• Colonies R (rugeux) : ( bactéries vieillies ou anormales): rugueuses,
sèches à contours irréguliers et mates.
• Colonies M (muqueuses) : grosses colonies ±
confluentes (klebsiella).
8
9
3. Caractères biochimiques:
Communs:
- Aéro-anaérobies, ( pousse en présence et absence d’O2)
- Fermentent le glucose
- Oxydase -
- Nitrate réductase + ( réduction de nitrate en nitrite)
- Catalase + (Sauf shigella)
Caratères de différenciation:
- Le matériel enzymatique( TDA, UREASE, TRYPTOPHANASE,
ADH,LDC, ODC)
- La fermentation des sucres ( lactose, saccharose , autres )
10
4. Caractères antigéniques:
- Présentent 3 types d’antigènes O ( paroi), H (flagelle), et K
( capsule)
- Permettent de classer en sérotypes les souches de même

espèce ou genre
- Grand intérêt épidémiologique
11
12
Antigènes O Ag de paroi • composition LPS ( endotoxine bactérienne)
toujours •Thermostables
présents •Agglutination granulaire lente difficilement
dissociable ( corps bactériens agglutinés)
Antigènes H Ag
flagellaires •Thermolabiles
si mobilité •Agglutination floconneuse facilement dissociable
par agitation ( agglutination par les flagelles)
Antigènes K Ag de surface •Ag de capsule si souche capsulée, de nature

polysaccharidique ( virulence )
•Ag d’adhérence ou adhésines protéiques(Pili)
•Agglutination granulaire stable lente.
•Antigène O inaccessible
5. Facteurs de virulence:
Reconnaissance de l’hôte - fixation aux tissus ou aux cellules:
Facteurs d’adhésion bactériens aux épithéliums (facteurs K des E.Coli sur les pilis et les
fimbriaes).
Invasion et destruction tissulaire

Enzymes détruisant les cellules et les tissus
Exotoxines
Toxines ayant un mode d’action spécifique( enterotoxines, cytotx, neurotx)
Destruction et désorganisation du système immunitaire:

Endotoxines =>choc endotoxinique: LPS des BGN
Presence de capsule:
protection contre la phagocytose par les macrophages, EX: klebsielle
14
IV. Epidémiologie
► Habitat
Les entérobactéries : tests de contamination fécale
- Ce sont des hôtes constants du tube digestif de l'homme et de
l'animal.
- De leur présence va dépendre la qualité sanitaire d'une eau ou
d'un produit alimentaire. Une eau n'est potable, un aliment
n'est consommable que s'ils sont exempts de
contamination fécale
- Présents également sur les plantes et dans le sol
15
IV. Epidémiologie
► Transmission
- Directe: Manuportée…
- Indirecte: Eau, aliments souillés, Cathéter, sondes, Vecteurs
( puces « Yersinia »)
- Porteurs sains:( ex: salmonelles mineurs)
► Réceptivité: Totale
- Sujets prédisposés: personnes âgées, ID, NN( méningites à
E.coli)
- Il existe une immunité acquise aux entérobactéries ( vaccin à
renouveler /3 ans pour salmonelle)
16
IV. Epidémiologie
► Facteurs favorisants:
Extrinsèques :
▪ -Mauvaise Hygiène: Péril fécal ( mains, eau, aliments)
▪ -Mauvaises conditions d’ élevage des animaux( poulets/ salmonelles
mineurs)
Intrinsèques :
o - Déséquilibre de la flore normale/ ATB
o - Défaillance immunitaire: infection nosocomiale (Cathéter, sondes,
chirurgie…)
► Aspects épidémiologiques
Endémique: shigella
Épidémique: salmonelles mineurs
17
V. Physiopathologie
► Contamination :
Ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par des déjections de malades ou
de porteurs sains
► Types de pathogènes :
• Pathogènes spécifiques:
Responsables des diarrhées cholériformes ou dysentériques
• Pathogènes opportunistes
Dus à un déséquilibre de la flore
Ou une défaillance du système immunitaire
► Mécanisme : Soit par
- Invasion et altération de la muqueuse intestinale
- Sécrétion de toxine
18
VI. Clinique
1.Pathologies liées aux pathogènes spécifiques :
• Syndrome dysentérique :
Diarrhée glairosanglante, douleurs abdominales, fièvre
• Syndrome cholériforme
Diarrhée, aqueuse, liquidienne sans fièvre
2.Pathologies liées aux pathogènes opportunistes :

- Infections urinaires
- Infections neurologiques (méningite)
- Infection osteoarticulaire
- Infection nosocomiales
…….
19
VII. Diagnostic bactériologique
1. Prélèvements :
- Selon le site infecté
- Différents types de prélèvements: Urines, sang, LCR,
épanchements, Pus…
- Le prélèvement doit être de bonne qualité , ce qui conditionne
l’exactitude du diagnostic:
- Les conditions de transport et de conservation sont variables
selon le prélèvement
ex: yersinia ( triple emballage pour la protection du
manipulateur, prélèvement)
20
VII. Diagnostic Bactériologique
2. Ensemencement
Premier pas, pour éviter la contamination du prélèvement
►Choix des milieux de culture:

- Selon le type de prélèvement ( SS pour coproculture, sang / chocolat pour
LCR)
- Selon les habitudes de chaque labo: existence de gde panoplies de milieux de culture
► Types de milieux:
sur gélose ou bouillon
Ordinaires : CLED, BCP, chocolat, sang
Sélectifs :
Critères biochimiques ( lactose pour BCP,)
Présence d’inhibiteurs: sels biliaires, vert brillant ( Mac conkey)
ATB ( CIN pour yersinia)
D’enrichissement: CC
3. Aspect macroscopique :
- Hématique
- Purulent
- Trouble
- Salivaire (crachat)
4. Examen microscopique
- Examen direct entre lame et lamelle : mobilité caractéristique
- Coloration : Gram
22
5. Identification :
- Aspect des colonies (taille, forme, aspect …)
- Présence d’un pigment (serratia)
- Odeur caractéristique (proteus)
↔ Gram à partir des colonies : bacilles Gram-
23
► Tests biochimiques :
- Permettent de différencier entre différentes espèces d’entérobactéries selon le
principe d’élimination
- Détection de la fermentation de différents sucres : glucose, lactose,
saccharose, mannitol
- Détection de certaines enzymes : oxydase, catalase, urease, beta
galactosidase, décarboxylases (LDC, ODC, ADH)
- Nous allons étudier les principaux caractères biochimiques
- Tests d’orientation
- Etude des métabolismes glucidique et protidique
- Puis comment identifier une entérobactérie (galeries)
24
VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
1. Tests d’orientation :
Test de l’oxydase
• But : mettre en évidence la cytochrome oxydase: enzyme qui permet le
transfert d’électrons vers une molécule d’oxygène
• Principe: N diméthyl paraphénylène diamine ( incolore)
produit (violet.)
• Technique:
✓ en milieu liquide
✓ sur papier buvard
✓ sur disque
VI I. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
Test de la catalase
• But : mettre en évidence la catalase :enzyme qui détruit le peroxyde
d’hydrogène( H2 O2) et libère l’oxygène gazeux qui se traduit par
l’apparition de bulle.
• Toutes les Entérobactéries sont catalase +

(sauf Shigella dysenteriae type 1)
26
Mode respiratoire
 L’ensemencement est effectué sur une gélose viande foie préalablement
régénérée au bain-marie bouillant pendant 20 minutes et lorsque la
température est redescendu à 40- 45°C.
27
Mode respiratoire
Cet ensemencement est effectué à l’aide d’une pipette pasteur de bas en haut,
en spirale, le tube étant maintenu verticalement, il est ensuite refroidis.
28
Après 24 h à 37°c, la lecture consiste à étudier le niveau du tube ou une

croissance bactérienne est visible.
Toutes les entérobactéries sont aéro-anaérobies facultatif
A .culture sur toute la hauteur : aéro-

anaérobie facultatif (AAF)
B .culture seulement en haut : aérobie stricte
(AS)
C .culture limitée entre 0,5 et 1,5 cm du haut :
micro-aérophile
D .culture seulement 1 cm au-dessous du haut :
anaérobie stricte (AnS)
29
2. Etude du métabolisme glucidique :
Le Milieu de Kligler-Hajna: révèle la présence de 4 caractères
-Utilisation du glucose: Virage du culot au jaune (Toutes les entérobactéries)

-Utilisation du lactose : Virage de la pente au jaune (Ex: E.coli)
-Production d’H2S : la réduction du thiosulfate en présence de citrate ferrique donne
un précipité noir (ex: salmonellat yphi)
-Production de gaz: m.e.e de bulles ou soulèvement de la gélose
30

Milieu Mannitol Mobilité
But : permet la lecture de 3 caractères :
- Utilisation du mannitol (virage au jaune)
-Mise en évidence de la mobilité ( milieu trouble)
-Présence de nitrate réductase (verser à la surface de la gélose 3 gouttes du
réactif de Griess 1et 2.)
31
Etude de la dégradation du lactose : recherche de la Bêta-

galactosidase ( test ONPG )
- Il explore la présence d’une enzyme utile au métabolisme du lactose (la beta-

galactosidase) qui dégrade le lactose en galactose et glucose, et ceci pour
distinguer les bactéries lactoses – de celles qui sont lactose+ .
- On remplace donc le lactose par l’ONPG qui est une molécule dont la structure est
proche de celle du lactose et qui est elle aussi hydrolysée par la B-galactosidase
selon la réaction :
ONPG beta galactosidase galactose + ONP
Exemple : entérobactéries ONPG négative: Proteus, shigella

ONPG positive: E.coli, Enterobacter
32

Recherche de métabolites formés à partir de l’acide pyruvique : réaction
de VP
-A partir du milieu Clark-Lubs contenant de l’acide pyruvique, la
formation d’acétoïne ( réaction de Voges-Proskauer VP) est
étudiée par l’addition d’alpha-naphtol et de soude .
-Si le milieu est coloré en rouge ➔VP+
Exemple: Klebsiella, Enterobacter, Serratia sont VP+
33
3. Etude du métabolisme protéique :
Recherche de décarboxylases ( ADH, LDC, ODC) :
- Trois décarboxylases sont fréquemment recherchées: La lysine décarboxylase
(LDC); L’ornithine décarboxylase (ODC), et l’arginine décarboxylase
(ADH).
- Le test individuel peut être effectué sur le milieu de Taylor contenant l’acide
aminé étudié, du glucose et un indicateur coloré le bromocrésol pourpre
(BCP)
34

La réaction s’effectue en 2 temps:

Dans un premier temps les bactéries en anaérobiose*,
fermentent le glucose et donc les milieux s’acidifient (virage
du violet au jaune de l’indicateur de pH).
35

Recherche de TDA: tryptophane désaminase
- Se fait sur milieu urée tryptophane,
- On met en évidence la tryptophane désaminase (TDA) par
rajout du fer ferrique.
36

Recherche de tryptophanase : production d’Indole
- La production d’indole par hydrolyse du tryptophane peut être recherché
dans le milieu urée tryptophane ou en eau peptonée dépourvue d’indole.
- L’indole produit donne une coloration rouge en présence du réactif de Kovax
ou de James ( E coli: indole +)
37

Production de H2S :
- Cette recherche est réalisée sur milieu de Kligler-Hajna ou fait partie des tests
des galeries.
- La dégradation des acides aminés soufrés conduit à la formation de
groupements SH ou H 2 S qui se combinent avec le citrate de fer
ammoniacal du milieu pour former du sulfure de fer noir.
Exemple :Salmonella Typhimurium est H 2 S positif,
38
4. Autres tests :
Recherche d’une uréase :
- Se fait sur milieu urée tryptophane qui contient l’urée, le tryptophane et le
rouge de phénol comme indicateur de pH;
- L’urée sous l’action d’une uréase bactérienne va être transformée en
carbonate d’ammonium alcalin entrainant une coloration rouge du milieu.
39
4. Autres tests :
Utilisation du citrate comme unique source de carbone :
- Mise en évidence de l’utilisation du citrate comme seule source
de carbone et d’énergie.
- Une utilisation de citrate se traduit par culture sur gelose et
virage de l’indicateur de ph du vert au bleu
Citrate - Citrate +
40
5. Identification biochimique d’une entérobactérie :
Les différents caractères étudiés sont rassemblés en différentes
galeries
● La Galerie classique:
- Les milieux sont coulés dans des tubes
- L’ensemencement se fait par piqure , soit par striation,
● La Galerie API 20E:
Galerie de 20 microtubes prêts à l’emploi permettant de réaliser
23 tests biochimiques.
41
L’API 20E:
Préparation de l’inoculum
1 seule colonie
Suspension d’opacité 0,5 sur l’échelle de Mac Farland

Les 10 premiers tests
Tests négatifs
Tests positifs
Les 10 derniers tests
Tests négatifs
Tests positifs
NR +
Caractères biochimiques
E. klebsiella enteroba Serratia salmonel shigella proteus providen morganel citrobact
C cter la cia la er
ol
i
lactose + + + + V V - - - +
VP - + + +- - - - - - -
TDA - - - - - - + + + -
H2S - - - - +/- - +/- - - +/-
GAZ + + - + V +
mobilité + - + + + - + + + +
Urée - + - - - + + - -
indole + -/+ - - - +/- +/- + + +/-
citrate - + + + +/- - V + - +
colistine s s s R s s R R R s
LDC + +/- + +/- - - - -
► Sérotypage :
L’identification biochimique doit être complétée pour certains genres:
Salmonella , Shigella , E.coli par le Sérotypage
Agglutination:
But :
Différencier les souches de microorganismes en fonction de leur
composition antigénique (sérotypes ou sérovars) .
Principe:
Les antigènes solubles sont libérés au préalable par chauffage à 100° C
pendant 15 min ( spécialement chez salmonella et shigella pour démasquer
l’Ag O situé sous la capsule) qu’ on met en contact avec les anticorps
spécifiques.
46
VII.DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
► Recherche de toxines :
- Techniques immun enzymatiques:
- Techniques immun chromatographiques:
- Biologie moléculaire: ( EHEC): PCR
► Identification par biologie moléculaire

Peu utilisée en pratique
48
6. Diagnostic indirect : Sérodiagnostic

• but:
Détecter la production d’anticorps par l’organisme
• Principe :
- La Recherche d'anticorps s’effectue par ELISA ou par
immunofluorescence
- 2 sérologies à 15 jours d’intervalles
- Augmentation des anticorps 4x le premier titre
= Séroconversion
= diagnostic indirect +
49
6. Antibiogramme :
But:
- Détermination de la sensibilité d’une souche à un antibiotique
donné
- Surveillance épidémiologique
- Aide à l’identification ( Serratia)
Principe:
Permet de mesurer la capacité d’un ATB à inhiber la croissance
bactérienne.
50
6. Antibiogramme :
2 méthodes :
► Antibiogramme standard: Méthode de diffusion en milieu
solide
- Le plus utilisé dans les laboratoires de diagnostic.
- Lecture des diamètres des zones d’inhibitions ( en fonctions des D critiques
figurant dans des tableaux d’interprétation fournis par les fabricants des
disque/ CA-SFM )
51
Antibiogramme en milieu solide
52
6. Antibiogramme :
2 méthodes :
► Techniques en milieu liquide:
Permettent d’étudier les antibiotiques à l’aide de deux
concentrations critiques (c, C) et ainsi de catégoriser les
bactéries en S, I ou R vis-à-vis des divers ATB examinées.
53
6. Antibiogramme :
► Le E.test :
- Permet de déterminer la CMI grâce à l'utilisation de bandelettes imprégnées
d'un gradient exponentiel continu de l'antibiotique à tester. Ce gradient
couvre une zone qui, en fonction des molécules, va de 0,016 à 256 mg/L ou
de 0,002 à 32 mg/L.
- Le E test associe les caractéristiques des méthodes de diffusion et de dilution
en milieu solide.
54
Méthode E.test
55
6. Antibiogramme :
• Grande résistance naturelle à certaines familles
d'antibiotiques hydrophobes
56
6. Antibiogramme :
• Nombreux antibiotiques actifs
•ß-LACTAMINES
Aminopenicillines( ampicilline, amoxicilline…), Carboxypenicillines(
(ticarcilline), Ureidopenicillines( piperacilline), Inhibiteurs de beta
lactamases( augmentin..), Carbapenemes( imipeneme), Cephalosporines:
1er G ( cefalotine, cefazoline…), 2 em G ( cefuroxime), 3em ( cefotaxime,
ceftriaxone), Monobactam ( aztreonam)
• AMINOGLYCOSIDES(Gentamicine, Tobramycine, Nétilmicine,
Amikacine,…)
• TETRACYCLINES (Tétracycline, Doxycycline,Minocycline)
• PHENICOLES(Chloramphénicol, Thiamphénicol)
• QUINOLONES ( ac nalidixique, ciprofloxacine,)
• SULFAMIDES : Sulfaméthoxazole
• AUTRES : Triméthoprime, Co-trimoxazole, Nitrofurane, Fosfomy
57
Principales entérobactéries
58
Escherichia coli
59
Taxonomie
E. coli = bactérie isolée en 1885 est le genre d’entérobactérie le

plus souvent responsable d’infections humaines
- Famille d’enterobactériacae
- Genre : Escherichia
- Espèce : Escherichia coli
60
Facteurs de pathogenicité
- Une capsule qui s'oppose à la phagocytose.
- Des protéines de la membrane externe et le LPS
- Des systèmes de captation du fer - les sidérophores - fournissant aux
bactéries le fer indispensable à leur multiplication
- Des adhésines : conférant la propriété de se fixer aux cellules épithéliales.
L'adhérence constitue une étape essentielle de la pathogenèse des infections
dues aux bactéries entériques.
- Des toxines
l'endotoxine, commune aux entérobactéries,
les entérotoxines ST (thermostables) et LT (thermolabiles).
les cytotoxines SLT1 et SLT2 (Shiga-like toxin). Ce sont des
toxines qui
altèrent l'intégrité des anthérocytes.
61
Habitat- pouvoir pathogène
- Hôte normal du tube digestif
- E.coli est responsable de :
- Infections de l’arbre urinaire
- Infections abdominales
- Bactériémies
- Choc endotoxinique (fièvre, collapsus et hémorragies)
- Méningites et bactériémies du nouveau-né et du
nourrisson
- Syndromes diarrhéiques (dus aux pathovars d’E.coli)
62
Pathovars d’E.coli
E.coli ETEC EPEC EHEC EIEC
diarrhée Aigue Aigue/ hémorragique Sd

(choléra-like) chronique dysentérique
cible Enfants Enfants < 1an Toxi-infection Adulte,

voyageurs enfants
mécanisme attachement adhérence Pas invasif envahissement
toxines Entérotoxines non Verotoxines S dysenteriques
diagnostic agglutination serodiagnostic PCR Keratite cobaye

SEROTYPAGE PCR
63
• A partir de prélèvements divers, urines, selles, sang, LCR, pus, liquide
d'ascite, on recherche le colibacille par des techniques bactériologiques :
- Examen microscopique : présence de bacilles à Gram-
- Culture : milieux ordinaires ou lactosés
- Un sérotypage n'est pratiqué couramment que pour les souches-
entéropathogènes (EPEC) et pour les sérotypes O157 (EHEC)
- La mise en évidence des entérotoxines n'est pas facile.
- La recherche de l'antigène K1 dans le sérum, le LCR ou les urines par
agglutination de particules de latex sensibilisées permet un diagnostic
rapide en particulier chez le nourrisson ou le nouveau-né infectés
- Le sérodiagnostic des infections à colibacilles n'est utile qu’en cas
« d’infection haute".
64
Sensibilité aux antibiotiques
- Escherichia coli est généralement sensible aux antibiotiques.
- Parmi les bêtalactamines, sont actives les pénicillines du groupe
A (aminopénicillines), les carboxypénicillines, les
ureidopenicillines, les céphalosporines, les carbapénems et
les monobactams.
- Les aminosides et les polypeptides sont également actifs de
même que les quinolones de première génération, les
fluoroquinolones et le cotrimoxazole.
- Cette sensibilité peut être modifiée par la production d'enzymes
hydrolysant les bêtalactamines (pénicillinase,
céphalosporinase) ou les aminosides ou par une mutation
affectant les porines
65
Salmonella
66
Nomenclature et taxonomie
► Classification de Kaufman (ancienne)
- Chaque serotype est considéré comme une espèce
- Des noms latins sont donnés : Salmonella typhi, Salmonella
typhimurium ….
- Présence dans le genre de sous-genres numérotés de I à IV :
• Sous-genre I : Samonella de l’homme et des animaux à sang
chaud
• Autres sous-genres : Salmonella des animaux à sang froid
67
► Nomenclature récente
2 espèces du genre Salmonella :
• Salmonella enterica subdivisée en six sous-espèces : enterica

(I), salamae (II), arizonae (IIIa), diarizonae (IIIb), houtenae
(IV) et indica (VI).
• Salmonella bongori (rare)
68
• Toutes les espèces du genre Salmonella peuvent infecter les
humains.
• La sous-espèce enterica de Salmonella enterica comprend
2 610 sérotypes différents, les plus connus étant Typhi,
Paratyphi, Enteritidis, Typhimurium et Choleraesuis(1).
• Les sérotypes sont caractérisés par trois antigènes de surface :
l’antigène flagellaire « H », l’antigène oligosaccharidique
« O » et l’antigène polysaccharidique « Vi » (découvert dans
les sérotypes Typhi et Paratyphi)(4).
69
Habitat
• L’habitat commun de la sous-espèce enterica (I) sont
les animaux à sang chaud
• tandis que l’habitat commun des sous-espèces II,

IIIa, IIIb, IV et VI sont les animaux à sang froid et
l’environnement
70
Pouvoir pathogène
Salmonella enterica peut causer quatre manifestations cliniques
différentes :
La gastro-entérite ou « intoxication alimentaire » : caractérisée
par des nausées soudaines, des vomissements, crampes
abdominales et diarrhée (serotype typhimurium)
La bactériémie
La fièvre entérique également connue sous le nom « fièvre
typhoïde », causée par les sérotypes Typhi et Paratyphi. La
fièvre entérique est caractérisée par une fièvre, maux de tête,
une bradycardie, une éruption cutanée, des douleurs
abdominales, diarrhée ou constipation
L’état de portage asymptomatique
71
Diagnostic direct
► Prélèvement :
- Cas des fièvres typhoïdes :
- Hémoculture : positive chez 75 % des malades à la 1ere
semaine (3 hemoc à 1 ou 2 jours d’intervalle)
- Coprocultures (selles) : souvent négatives à la 1ere semaine
mais restent longtemps positives
La règle : il faut faire hémoculture + coproculture pour avoir
un diagnostic dans 90% des cas
- Cas des toxi-infections alimentaires :
- Coproculture
- Produits alimentaires
72
Diagnostic direct
► Culture
• Milieu selectif :
- Nécessaire pour les prélèvements polymicrobiens coproculture)
- On utilise des milieux riches en sels biliaires : SS (Milieu
Salmonelle Shigelle) ou milieu Hektoen
• Milieu liquide d’enrichissement :
- Nécessaire car le nombre de Salmonelle est faible dans les
prélèvements (selles, aliments)
- On utilise des milieux à base de selenite ou de tetrathionate
73
Milieu SS
Milieu Hektoen
74
Diagnostic direct
► Identification :
- Aspect des colonies sur milieux sélectifs : colonies lactose –
avec un centre noir (H2S +)
- Identification biochimique : galerie classique, galerie API
- Identification antigénique :
- Par test d’agglutination sur lame à l'aide d'immuns sérums.
- Sur des colonies isolées, on recherche d'abord l'antigène O de
groupe puis à l'aide du tableau de Kauffmann White, on étudie
les spécificités H
75
Diagnostic indirect
• Le sérodiagnostic d'une fièvre typhoïde ou sérodiagnostic de
Félix
- Consiste à rechercher les anticorps du malade en présence de
suspensions antigéniques O et H de S. Typhi, Para A, B et C.
- Les anticorps anti O apparaissent les premiers mais
disparaissent plus vite, les anticorps anti H persistent plus
longtemps. L'analyse des résultats permet de suspecter
l'agent causal et de fixer la date de l'infection.
76
Cinétique des anticorps O et H au cours de la
typhoïde
- Les Salmonelles sont généralement sensibles aux antibiotiques
actifs contre les bacilles à Gram négatif. Certaines résistances
sont possibles et impliquent la pratique d'un antibiogramme.
- Les fièvres typhoïdes sont actuellement traitées par une
céphalosporine de troisième génération et en particulier par la
ceftriaxone (traitement de référence)
Les fluoroquinolones sont également utilisées chez l'adulte.
- Les gastro-entérites relèvent d'un traitement symptomatique
(régime et réhydratation). Une antibiothérapie
(sulfaméthoxazole-triméthoprime, fluoroquinolones) n'est utile
que dans les cas graves.
78
Prophylaxie
- Hygiène de l’eau et des aliments
- Vaccination des personnes à risque : pélerins, voyages en pays
d’endémie, militaires … : 2 types de vaccin
• Un vaccin injectable, constitué d'un extrait du polyoside
capsulaire Vi purifié de Salmonella Typhi (Typhim Vi ).
- 1 seule injection.
- Protection pour une durée de trois à cinq ans ( elle se
limite à la fièvre typhoïde à l'exclusion des paratyphoïdes
et des autres salmonelloses.
• Des vaccins vivants administrés par voie orale
79
Shigella
80
Introduction-Taxonomie
• Les Shigella sont des entérobactéries à faible pouvoir
métabolique, toujours immobiles. Elles sont génotypiquement
très voisines des Escherichiae.
• Les caractères biochimiques et antigéniques permettent de
distinguer 4 espèces ou groupes antigéniques dans le genre :
- Sh dysenreriae
- Sh flexneri
- Sh boydii
- Sh sonnei
81
Habitat- Epidémiologie- Pouvoir pathogène
► - Les shigelles sont des bactéries strictement humaines.

- Elles ne font pas partie de la flore intestinale normale ; on ne
les trouve que chez les malades et les convalescents
► Elles sont responsables de l'historique "dysenterie bacillaire"
(Shigella dysenteriae) .
Actuellement, elles sont la cause, chez l'adulte, de colites
infectieuses et chez l'enfant, de gastro-entérites sévères avec
diarrhée mucopurulente et sanglante, fièvre et déshydratation.
Ces infections surviennent par petites épidémies familiales ou
"de cantine".
82
Physiopathologie
• Les Shigelle envahissent la muqueuse intestinale (pouvoir
invasif)
• pénètrent dans les entérocytes et les détruisent par action d'une

toxine.
• Il s'en suit une importante réaction inflammatoire de la

muqueuse qui explique la symptomatologie clinique
83
• Prélèvement : coproculture à la phase aigue de la maladie
• Culture :
- Milieu sélectif (SS ou Hektoen)
- Incubation pendant 24 h à 37°C
- Colonie lactose -, H2S –
- Etat frais : bactéries immobiles
- Identification biochimique :
Caractères des entérobactéries, galeries muettes
• Agglutination à l’aide de sérums spécifiques
84
• Shigella reste sensible aux antibiotiques actifs sur les
entérobactéries. Mais des souches multi résistantes sont
apparues
• Le traitement repose sur : Trimetoprime-sulfamethoxazole, une

fluoroquinolone ou une betalactamine
85
Prophylaxie
• Hygiène de l’eau et des aliments
• Etude épidémiologique des souches
• Absence de vaccin à ce jour
86
Helicobacter pylori

Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Plan
• Introduction
• Taxonomie et caractères bactériologiques
• Epidémiologie
• Pouvoir pathogène
• Traitement et prophylaxie
2
Introduction
• Bacille à Gram négatif de forme spiralée
• Hélicobacter pylori (HP) colonise l’estomac de la moitié de
l’humanité
• Il est responsable de nombreuses pathologies gastro-
intestinales : allant de la gastrite chronique aux ulcères
gastriques et duodénaux jusqu’au cancer gastrique et le
lymphome de Malt
• Culture délicate
• Actuellement se pose le problème de résistance aux
antibiotiques
3
Taxonomie
- Le genre HP appartient à la subdivision des proteobacteria
- Ordre des Campylobactérales
- Famille des Helicobacteraceae
- Le genre Helicobacter regroupe plus de 20 espèces reconnues
avec de nombreuses espèces en attente de reconnaissance
- Elles colonisent la muqueuse digestive de l’homme et l’animal
4
- Bacilles Gram négatif arqués ou spiralés, mobiles (flagelles
polaires)
- Absence de spores et de capsule
- Culture en microaerophilie, 5 à 10% de CO2 en 4 à 12 jours
- Facteurs de virulence :
- Cytokine vacuolisante → vacuoles acides dans les cellules
- Urease très active : libération des ions ammonium qui
pourraient neutraliser l’acidité gastrique autour de la bactérie
5
Epidémiologie
- L’homme est le principal réservoir de HP
- HP isolé chez des animaux vivant proche de l’homme et contaminés à son
contact ( porcs, moutons, singes en captivité, cafards )
- La transmission est strictement interhumaine précoce dans l’enfance et
intrafamiliale
- Trois voies de transmission sont suspectées : gastro-orale, oro-orale et feco-
orale
- La prévalence s’élève progressivement avec l’âge dans les pays
industrialisés. Le taux d’infection est de 5 à 10% chez l’enfant et atteint 25
à 50% chez l’adulte
6
Physiopathologie
- La bactérie traverse, au niveau de la muqueuse gastrique, la
couche de mucus et vient se fixer sur les cellules épithéliales.
- Ce contact va induire des chémokines, notamment
l'interleukine 8 (IL-8), attirant et activant les polynucléaires et
les macrophages.
- Des cytokines pro-inflammatoires (TNFa, IFN-g) sont alors
libérées.
- L'inflammation (gastrite chronique) va persister toute la vie
du sujet, sauf éradication. L'évolution de cette gastrite vers
l’atrophie a été décrite voir vers la métaplasie et le carcinome
intestinal
7
8
Pathogénie de Helicobacter pylori
9
Clinique
- L’infection à HP provoque constamment une gastrite le plus
souvent asymptomatique qui persiste toute la vie en absence
d’éradication
- Elle peut évoluer vers des pathologies plus sévères :
- Ulcère gastrique ou duodénal (10% des cas)
- Cancer gastrique (1% des cas)
- Lymphome de Malt rarement
10
• Les 3 méthodes actuelles sont 1: la sérologie, 2: le test respiratoire, 3: la
recherche d'antigènes dans les selles (méthodes non invasives) et 4: la
biopsie (méthode invasive).
Méthodes non
1 : la sérologie
invasives
2 : le test respiratoire
3 : la recherche
d'antigènes dans les
selles
Méthode 4 : biopsies au nombre
invasive de trois
. examen anatomo-
pathologique
. test à l'urée
. cultures
. amplification génique
11
I. Méthodes non invasives :
1 : La sérologie : méthode non invasive est utile en dépistage mais
cependant réservée à des laboratoires spécialisés. Cependant, elle reste
toutefois positive de nombreux mois après l'éradication.
- La technique la plus utilisée est de type ELISA. La sensibilité et la
spécificité varient selon les kits commercialisés.
- L'autre technique, peu utilisée en dehors de laboratoires spécialisés, est
dénommée immunoblotting ou western-blot qui permet de préciser le
diagnostic dans les
« zones douteuses » de l'ELISA.
12
2. Le test respiratoire :ou analyse de l'air expiré consiste à faire absorber
au patient de l'urée marquée au carbone 13 ou 12, puis à rechercher la
présence ou l'absence de l'isotope dans le gaz carbonique expiré.
• Si la bactérie est présente dans l'estomac, l'urée se scinde et libère le

carbone 13 (ou 12) qui passe dans le sang puis les poumons et se retrouve
dans l'air expiré. Ce test, fiable à plus de 98 %, présente l'avantage de
rechercher la présence de la bactérie dans la totalité de l'estomac.
13
14
3. Recherche d’antigènes dans les selles :
Cette méthode présente un intérêt indéniable chez des sujets dont l’infection
était prouvée par fibroscopie/biopsie
15
II. Méthode invasive :
- Elle fait appel à des biopsies (surtout au niveau de l'antre et du fundus) lors
d'une endoscopie, par exemple pour un malade qui réagit peu au
traitement.
- 3 biopsies doivent être réalisées :
1 pour l’examen anatomopathologique
1 pour le test à l’uréase
1 pour la culture
16
Culture :
- La dernière biopsie est broyée avec du bouillon nutritif et ensemencée:
- sur une gélose sélective Helicobacter pylori (PYL)
- sur une gélose Columbia/Brucella/Wilkins Chalgren à 10% de sang de
cheval.
- Les boites sont placées en atmosphère microaérophile (10% de C02) et
examinées après 4 jours, puis tous les 3-4 jours pendant 15 jours.
- Apparition de colonies translucides, non pigmentées et d'un diamètre de 1
mm.
17
18
Culture :
Principaux caractères bactériologiques :
- H. pylori est un petit bacille à Gram négatif, légèrement incurvé
- C'est une bactérie micro-aérophile (mais capable de croître en anaérobiose
en présence de C02)
- Catalase +, oxydase +, nitrate réductase +, uréase ++++, n'acidifiant pas les
sucres
19
Coloration de Gram
Galerie d’identification
20
Traitement
Sensibilité aux antibiotiques :
- Le traitement est actuellement recommandé : chez
- Les malades ayant un ulcère prouvé
- Ceux ayant un lymphome du MALT
- Voire lors d'atrophie gastrique identifié simplement par recherche
d'antigène dans les selles.
Si diagnostic réalisé culture + antibiogramme :
- Inhibiteur de la pompe à protons (anti –acide) + 2 antibiotiques
Sinon :
- Quadrithérapie bismuthéé (IPP + Citrate de bismuth, métronidazole,
tetracycline)
- Traitement concomitant : Amoxicilline, Métronidazole, Clarithromycie +
IPP
21
Prophylaxie
L'incidence élevée de cette infection dans la population et les
conséquences qu'elle implique, notamment le risque de
développer un cancer de l'estomac, justifient la recherche soit
d'un vaccin contre cette bactérie soit de nouvelles molécules
capables de l'éradiquer tels les gènes de l'uréase dont les deux
sous-unités, UreA et UreB administrées à des souris, ont permis
de protéger 70% d'entre elles contre l'infection.
22
Haemophilus

Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Haemophilus
Plan :
- Introduction
- Haemophilus influenza:
- Taxonomie
- Caractères bactériologiques
- caractères antigénique
- Facteurs de virulence
- Epidémiologique
- Cliniques
- Diagnostic bactériologique
- Traitement
- Prophylaxie
- Haemophilus ducreyi
- Conclusion
2
Introduction
• Le genre Haemophilus comporte une vingtaine d’espèces dont
quelques unes seulement sont pathogènes pour l’homme.
• Haemophilus influenzae est responsable de la majeure partie

des infections humaines liées à ce genre
• Haemophilus ducreyi, est responsable du chancre mou.
• Elles exigent pour leur culture des facteurs de croissance

apportés par le sang (hémine et/ou NAD)
3
Haemophilus influenzae
►Taxonomie:
- Ordre: Pasteurellales
- Famille des Pasteurellaceae
- Genre : Haemophilus
- Espèce: H. influenzae
- H.influenzae comporte 6 sérotypes a,b,c,d,e,f. le plus important
étant le sérotype b.
4
► Caractères bactériologiques:
• petits bacilles ou coccobacilles à Gram négatif avec un
polymorphisme important (formes longues).( 0,3 - 1 à 1,5
µm)
• immobiles, non sporulées, parfois capsulées, aérobies et
anaérobies facultatifs.
• Leur croissance exige des milieux de culture enrichis
contenant des facteurs de croissance: les facteurs X et V, et une
température optimale de 34-37 °C.
• les souches capsulées donnent des colonies volumineuses,
muqueuses ayant tendance à s'étaler ou des colonies lisses,
rondes à bords réguliers, bombées, facilement dissociables
• Les souches non capsulées donnent des colonies lisses, plus
petites que les précédentes, difficile à prélever.
5
6
► Caractères antigéniques :
– Certaines souches d’H.influenzae possèdent une capsule
polysaccharidique permettant de définir 6 différents
sérotypes, de a à f
– Chaque type capsulaire à sa spécificité antigénique sans
réactions croisées.
– Le type b est le plus fréquent dont le polysaccharide
capsulaire est le polyribosyl-ribitol phosphate (PRP)
7
► Facteurs de virulence :
- Polysaccharide capsulaire : Résistance à la phagocytose
- Pili : adhésion
- IgA protéase
8
► Epidémiologie
- Réservoir:
Portage : oropharyngée+ muqueuses.
H.Aphrophilus : présent au niveau plaque dentaire
- Transmission: interhumaine par voie aérienne.
N.né : au moment de l'accouchement.
- Réceptivité: Sujets fragiles: enfant, sujet âgé, immunodéprimé.
- Facteurs favorisants: Co-infection bactérienne ou virale,
tabagisme, pollution, Bronchite chronique.
Facteurs liés au germe: Facteurs de virulence
9
Haemophilus Influenzae
► Physiopathologie :
}Souche peu virulente et/ou

sujet immunocompétent
Invasion de la muqueuse (IgA)
Inflammation, production
d’anticorps,complément
Souche virulente et/ou

sujet fragile
10
► Clinique :
- Infections invasives Hib chez l’enfant
- Méningites: syndrome méningé fébrile (céphalée,
vomissement, photophobie, raideur de la nuque).
2 à 6 % de mortalité avec des séquelles neurologiques malgré le
traitement
- Infections ORL
Epiglottite: grave (difficultés respiratoires).
otite moyenne aigue, sinusites.
Conjonctivites, pneumonies, autres états septicémiques: arthrite,
péricardite…
11
Diagnostic bactériologique direct :
-Prélèvement :
• Produits mono-microbiens obtenus par ponctions : LCR,
liquides articulaires, pleural, hémoculture
• Produits poly-microbiens : secrétions bronchiques,
prélèvement ORL (éviter la contamination par la flore
saprophyte)
- Acheminement
• Bactérie fragile ➔ transport rapide au laboratoire
12
- Examen microscopique à partir du produit pathologique :
- Petit bacilles à gram négatif
- Souvent cocco-bacillaire
- Aspect plus long, parfois filamenteux
- Immobile
- Non sporulés
- Parfois encapsulés
13
- Culture :
- Bactérie exigeante en facteurs de croissance V et X présents dans les
globules rouges :
V = NAD (nicotinamide adénine dinucléotide)
X = hémine
- Les milieux de culture doivent contenir ces facteurs = gélose au sang cuit
(= gélose chocolat)
- Pour les prélèvements poly microbiens on utilise, en plus, des milieux
sélectifs additionnés d’ATB (bacitracine, vancomycine)
- Incubation à 35-37°C dans un atmosphère riche en CO2
- On obtient différents types de colonies : fonction de l’existence ou non
d’une capsule.
• Souches encapsulées : colonies muqueuses, volumineuses et
bombées
• Souches non encapsulées : lisses, plus petites
14
- Identification :
Identification par Caractères biochimiques :
Mise en évidence de l’exigence en facteurs X et V
Technique 1: disques
- Culture par inondation sur gélose ordinaire riche (M-H)
- Dépôt de disques d'hémine et de NAD
Technique 2: cultures comparées
Culture 4 milieux à composition variable en facteurs V et X
15
- Identification :
Technique 3: satellitisme
- Utiliser la culture sur gélose au sang frais (source d’hémine) en
association avec une souche productrice de NAD dans le
milieu : Staphylococcus aureus
- On observe la pousse
d’H. influenzae autour
de la souche
16
Identification par caractères biochimiques :
Utilisation d’une galerie Api NH
17
18
19
Techniques immunologiques :
- Diagnostic rapide
- Repose sur la recherche d’Ag solubles, polysaccharidiques
- Directement dans le LCR, le sérum ou dans les urines en
cas de méningite, de septicémie ou d’infection
pulmonaire
- A partir de la culture : détermination du serotype des
souches capsulées
Serotype b est le plus virulent
20
- Sensibilité aux antibiotiques :
1- Résistances naturelles:
– macrolides à 16 atomes: spiramycine, josamycine
– bacitracine
– mécillinam
– oxacilline
– glycopeptides.
– C'est une espèce modérément sensible aux
• macrolides (cycle 14 et 15 atomes)
• érythromycine
• céphalosporines de 1ere G (céfalotine ou KF)
21
- Sensibilité aux antibiotiques :
2- Résistances acquises :
• Habituellement sensible aux aminopenicillines,C2G, C3G, aminoside,
fluoroquinolones, trimethoprime, tetracycline , chloramphénicol.
• Certaines souches peuvent être résistantes à l’ampicilline par:
- Production de bétalactamases plasmidiques de type TEM1
- D’autres sont résistantes à l’ampicilline sans production de
bétalactamases par diminution des affinités des PLP3 ou imperméabilité
22
23
Diagnostic biologique indirect :
– Il n'existe pas de test de diagnostic indirect à réaliser en

pratique courante pour le diagnostic d'une infection à H.
influenzae.
– Seule peut être envisagée la recherche d'anticorps

antipolysaccharides de capsule de type b (anti PRP) dans
un contexte de contrôle de réponse à la vaccination anti-
Hib
24
Traitement :
En raison de la forte prévalence des souches productrices de
bétalactamases, le traitement de première intention des infections à
H influenzae fait appel à :
• l’association amoxicilline + acide clavulanique ou à une
• céphalosporine de deuxième ou troisième génération ++,
en fonction de la localisation de l’infection.
25
Prophylaxie :
Vaccination :
- Concerne les infections à Hib
- La vaccination repose sur l’utilisation du
polysaccharide de type b ou le polyribosyl-ribitol-
phosphate (PRP)
- Vaccination administrée avant l’âge de 6 mois avec
rappel à 18 mois.
- ➔ une immunité à long terme chez plus de 90% des
enfants vaccinés
- Vaccin actuellement obligatoire au Maroc.
26
Haemophilus ducreyi
Introduction:
Bactérie pathogène spécifique, responsable du

chancre mou, infection à transmission sexuelle.
27
Haemophilus ducreyi
Taxonomie:
Ordre: Pasteurellales,
Famille des Pasteurellaceae
Genre : Haemophilus
Espèce: H. ducreyi
28
Haemophilus ducreyi
Épidémiologie:
• De distribution mondiale, le chancre mou est une maladie en

actuelle recrudescence.
• On note une nette prédominance masculine de l’affection qui

touche neuf hommes pour une femme.
• Cette répartition est peut-être faussée par l’existence de formes

inapparentes ou de diagnostic difficile chez la femme
29
Haemophilus ducreyi
Caractères bactériologiques:
– Petit bacille à gram négatif
– Exigeant en hémine= facteur X.
– Culture difficile
30
Haemophilus ducreyi
Clinique :
• H. ducreyi est responsable du chancre mou,
• ulcération génitale douloureuse recouverte d’un enduit

purulent
• accompagnée ou non d’une adénopathie
31
Haemophilus ducreyi
Diagnostic bactériologique direct:
– Prélèvement:
- Grattage du chancre
- Ponction de l’adénopathie avant fistulisation
– Transport:
– Germe fragile
– Le transport au laboratoire doit être rapide
– Examen au microscopique:
– Petit BGN,
– en courte ou longue chaînette parallèle ( aspect en chaîne
de vélo)
32
Haemophilus ducreyi
– Culture:
• Culture difficile
• Exigeant en hémine= facteur X.
• Des milieux riches en sang incubés à 35 °C en

atmosphère humide à 10 % de CO2.
• Sur ces milieux les colonies sont petites, blanc grisâtre,

avec une collerette transparente à bords rugueux, se
développant en 2 à 5 jours
33
Haemophilus ducreyi
Caractères biochimiques :
• L’identification biochimique de H. ducreyi qui pousse sur

une culture est difficile, car H. ducreyi ne pousse pas sur les
milieux utilisés en routine pour les test biochimiques,
• en plus il ne fermente pas les sucres.
• Quelques caractères qui pourraient être pris en considération:

» Oxydase +
» Catalase —
» exige le facteur X pour sa croissance
• Mais pratiquement l’identification réside essentiellement sur

l’examen direct et sur l’aspect des colonies.
34
Traitement:
– Le traitement minute repose sur la ciprofloxacine , la

ceftriaxone ou l’azithromycine
– L’association amoxicilline + acide clavulanique ou le

cotrimoxazole nécessite un traitement de 7 à 14 jours.
35
Entérobactéries
Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Plan
I - INTRODUCTION
II - TAXONOMIE-CLASSIFICATION
III - CARACTERES BACTERIOLOGIQUES:
IV - EPIDEMIOLOGIE
V - PHYSIOPATHOLOGIE
VI - CLINIQUE
VII - DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
VIII - PRINCIPALES ENTEROBACTERIES
IX - TRAITEMENT / PROPHYLAXIE
X - CONCLUSION
2
Objectifs du cours
• Connaitre les caractères bactériologiques d’une entérobactérie

(caractères communs)
• Connaitre l’habitat des entérobactéries et la pathogénie des
infections liées à ces germes
• Connaitre les différentes étapes du diagnostic bactériologique
d’une infection à entérobactérie
3
I. Introduction
• Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif entériques qui
constituent l'une des plus importantes familles de bactéries;
• Groupe hétérogène de genres et d’espèces bactériennes rassemblés en
raison de leurs caractères biologiques communs..
• Localisées dans le tube digestif des animaux et de l'homme mais aussi sur
des plantes , elles sont indicatrices de la contamination fécale des sols et
des eaux.
• Dans ce groupe de bactéries entériques figurent des bactéries pathogènes
strictes comme Salmonella, Shigella et Yersinia, et d'autres considérées
comme opportunistes ou pathogènes occasionnels comme Proteus,
Klebsiella, Enterobacter.
• Ces bactéries sont retrouvées dans la plupart des prélèvements
• Emergence de résistance de certaines souches
4
II. Taxonomie-Classification
• La famille des entérobactéries compte plus de 30 genres et + de 130
espèces.
• Seules certaines espèces ont un intérêt médical
Escherichiae Klebsiellae Proteae Yersiniae
escherichia salmonella shigella citrobacter Klebsiella Enterobacter serratia Proteus Providencia morganella yersinia
coli Thypi dysenterie Freundii Oxytoca Cloacae marcesens Vulgaris Rettgeri morganii Enterolitica
pestis
Parathypi Sonnei koseri pneumoniae Aerogenes Mirabilis Stuartii
A et C
Flexneri penneri Alcalificiens
mineurs
boydii
TRIBU - GENRE - ESPECES -

1. Caractères morphologiques :
- Bacilles Gram- aux extrémités arrondies

- Mobiles (ciliature péritriche)
ou immobiles (Klebsiella).
- Non sporulés.
- Peuvent être capsulés ( Klebsiella).
- La plupart des espèces pathogènes pour l'homme possèdent
des fimbriae ou pili communs qui sont des facteurs d'adhésion.
6
7
2. Caractères culturaux:
- Poussent sur milieu ordinaire (bouillon ou gélose) en 24h à

37°C.
- En milieu liquide, les colonies d’entérobactéries occasionnent
un trouble uniforme du bouillon.
- Les colonies sont bombées, lisses, luisantes (Ø > 1 mm)
- 3 types de colonies :
• Colonies S (smooth) : arrondies, lisses, humides, blanches voir
translucides.
• Colonies R (rugeux) : ( bactéries vieillies ou anormales): rugueuses,
sèches à contours irréguliers et mates.
• Colonies M (muqueuses) : grosses colonies ±
confluentes (klebsiella).
8
9
3. Caractères biochimiques:
Communs:
- Aéro-anaérobies, ( pousse en présence et absence d’O2)
- Fermentent le glucose
- Oxydase -
- Nitrate réductase + ( réduction de nitrate en nitrite)
- Catalase + (Sauf shigella)
Caratères de différenciation:
- Le matériel enzymatique( TDA, UREASE, TRYPTOPHANASE,
ADH,LDC, ODC)
- La fermentation des sucres ( lactose, saccharose , autres )
10
4. Caractères antigéniques:
- Présentent 3 types d’antigènes O ( paroi), H (flagelle), et K
( capsule)
- Permettent de classer en sérotypes les souches de même

espèce ou genre
- Grand intérêt épidémiologique
11
12
Antigènes O Ag de paroi • composition LPS ( endotoxine bactérienne)
toujours •Thermostables
présents •Agglutination granulaire lente difficilement
dissociable ( corps bactériens agglutinés)
Antigènes H Ag
flagellaires •Thermolabiles
si mobilité •Agglutination floconneuse facilement dissociable
par agitation ( agglutination par les flagelles)
Antigènes K Ag de surface •Ag de capsule si souche capsulée, de nature

polysaccharidique ( virulence )
•Ag d’adhérence ou adhésines protéiques(Pili)
•Agglutination granulaire stable lente.
•Antigène O inaccessible
5. Facteurs de virulence:
Reconnaissance de l’hôte - fixation aux tissus ou aux cellules:
Facteurs d’adhésion bactériens aux épithéliums (facteurs K des E.Coli sur les pilis et les
fimbriaes).
Invasion et destruction tissulaire

Enzymes détruisant les cellules et les tissus
Exotoxines
Toxines ayant un mode d’action spécifique( enterotoxines, cytotx, neurotx)
Destruction et désorganisation du système immunitaire:

Endotoxines =>choc endotoxinique: LPS des BGN
Presence de capsule:
protection contre la phagocytose par les macrophages, EX: klebsielle
14
IV. Epidémiologie
► Habitat
Les entérobactéries : tests de contamination fécale
- Ce sont des hôtes constants du tube digestif de l'homme et de
l'animal.
- De leur présence va dépendre la qualité sanitaire d'une eau ou
d'un produit alimentaire. Une eau n'est potable, un aliment
n'est consommable que s'ils sont exempts de
contamination fécale
- Présents également sur les plantes et dans le sol
15
IV. Epidémiologie
► Transmission
- Directe: Manuportée…
- Indirecte: Eau, aliments souillés, Cathéter, sondes, Vecteurs
( puces « Yersinia »)
- Porteurs sains:( ex: salmonelles mineurs)
► Réceptivité: Totale
- Sujets prédisposés: personnes âgées, ID, NN( méningites à
E.coli)
- Il existe une immunité acquise aux entérobactéries ( vaccin à
renouveler /3 ans pour salmonelle)
16
IV. Epidémiologie
► Facteurs favorisants:
Extrinsèques :
▪ -Mauvaise Hygiène: Péril fécal ( mains, eau, aliments)
▪ -Mauvaises conditions d’ élevage des animaux( poulets/ salmonelles
mineurs)
Intrinsèques :
o - Déséquilibre de la flore normale/ ATB
o - Défaillance immunitaire: infection nosocomiale (Cathéter, sondes,
chirurgie…)
► Aspects épidémiologiques
Endémique: shigella
Épidémique: salmonelles mineurs
17
V. Physiopathologie
► Contamination :
Ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par des déjections de malades ou
de porteurs sains
► Types de pathogènes :
• Pathogènes spécifiques:
Responsables des diarrhées cholériformes ou dysentériques
• Pathogènes opportunistes
Dus à un déséquilibre de la flore
Ou une défaillance du système immunitaire
► Mécanisme : Soit par
- Invasion et altération de la muqueuse intestinale
- Sécrétion de toxine
18
VI. Clinique
1.Pathologies liées aux pathogènes spécifiques :
• Syndrome dysentérique :
Diarrhée glairosanglante, douleurs abdominales, fièvre
• Syndrome cholériforme
Diarrhée, aqueuse, liquidienne sans fièvre
2.Pathologies liées aux pathogènes opportunistes :

- Infections neurologiques (méningite)
- Infection osteoarticulaire
- Infection nosocomiales
…….
19
1. Prélèvements :
- Selon le site infecté
- Différents types de prélèvements: Urines, sang, LCR,
épanchements, Pus…
- Le prélèvement doit être de bonne qualité , ce qui conditionne
l’exactitude du diagnostic:
- Les conditions de transport et de conservation sont variables
selon le prélèvement
ex: yersinia ( triple emballage pour la protection du
manipulateur, prélèvement)
20
2. Ensemencement
Premier pas, pour éviter la contamination du prélèvement
►Choix des milieux de culture:

- Selon le type de prélèvement ( SS pour coproculture, sang / chocolat pour
LCR)
- Selon les habitudes de chaque labo: existence de gde panoplies de milieux de culture
► Types de milieux:
sur gélose ou bouillon
Ordinaires : CLED, BCP, chocolat, sang
Sélectifs :
Critères biochimiques ( lactose pour BCP,)
Présence d’inhibiteurs: sels biliaires, vert brillant ( Mac conkey)
ATB ( CIN pour yersinia)
D’enrichissement: CC
3. Aspect macroscopique :
- Hématique
- Purulent
- Trouble
- Salivaire (crachat)
4. Examen microscopique
- Examen direct entre lame et lamelle : mobilité caractéristique
- Coloration : Gram
22
5. Identification :
- Aspect des colonies (taille, forme, aspect …)
- Présence d’un pigment (serratia)
- Odeur caractéristique (proteus)
↔ Gram à partir des colonies : bacilles Gram-
23
► Tests biochimiques :
- Permettent de différencier entre différentes espèces d’entérobactéries selon le
principe d’élimination
- Détection de la fermentation de différents sucres : glucose, lactose,
saccharose, mannitol
- Détection de certaines enzymes : oxydase, catalase, urease, beta
galactosidase, décarboxylases (LDC, ODC, ADH)
- Nous allons étudier les principaux caractères biochimiques
- Tests d’orientation
- Etude des métabolismes glucidique et protidique
- Puis comment identifier une entérobactérie (galeries)
24
1. Tests d’orientation :
Test de l’oxydase
• But : mettre en évidence la cytochrome oxydase: enzyme qui permet le
transfert d’électrons vers une molécule d’oxygène
• Principe: N diméthyl paraphénylène diamine ( incolore)
produit (violet.)
• Technique:
✓ en milieu liquide
✓ sur papier buvard
✓ sur disque
Test de la catalase
• But : mettre en évidence la catalase :enzyme qui détruit le peroxyde
d’hydrogène( H2 O2) et libère l’oxygène gazeux qui se traduit par
l’apparition de bulle.
• Toutes les Entérobactéries sont catalase +

(sauf Shigella dysenteriae type 1)
26
Mode respiratoire
 L’ensemencement est effectué sur une gélose viande foie préalablement
régénérée au bain-marie bouillant pendant 20 minutes et lorsque la
température est redescendu à 40- 45°C.
27
Mode respiratoire
Cet ensemencement est effectué à l’aide d’une pipette pasteur de bas en haut,
en spirale, le tube étant maintenu verticalement, il est ensuite refroidis.
28
Après 24 h à 37°c, la lecture consiste à étudier le niveau du tube ou une

croissance bactérienne est visible.
Toutes les entérobactéries sont aéro-anaérobies facultatif
A .culture sur toute la hauteur : aéro-

anaérobie facultatif (AAF)
B .culture seulement en haut : aérobie stricte
(AS)
C .culture limitée entre 0,5 et 1,5 cm du haut :
micro-aérophile
D .culture seulement 1 cm au-dessous du haut :
anaérobie stricte (AnS)
29
Le Milieu de Kligler-Hajna: révèle la présence de 4 caractères
-Utilisation du glucose: Virage du culot au jaune (Toutes les entérobactéries)

-Utilisation du lactose : Virage de la pente au jaune (Ex: E.coli)
-Production d’H2S : la réduction du thiosulfate en présence de citrate ferrique donne
un précipité noir (ex: salmonellat yphi)
-Production de gaz: m.e.e de bulles ou soulèvement de la gélose
30

Milieu Mannitol Mobilité
But : permet la lecture de 3 caractères :
- Utilisation du mannitol (virage au jaune)
-Mise en évidence de la mobilité ( milieu trouble)
-Présence de nitrate réductase (verser à la surface de la gélose 3 gouttes du
réactif de Griess 1et 2.)
31
Etude de la dégradation du lactose : recherche de la Bêta-

galactosidase ( test ONPG )
- Il explore la présence d’une enzyme utile au métabolisme du lactose (la beta-

galactosidase) qui dégrade le lactose en galactose et glucose, et ceci pour
distinguer les bactéries lactoses – de celles qui sont lactose+ .
- On remplace donc le lactose par l’ONPG qui est une molécule dont la structure est
proche de celle du lactose et qui est elle aussi hydrolysée par la B-galactosidase
selon la réaction :
ONPG beta galactosidase galactose + ONP
Exemple : entérobactéries ONPG négative: Proteus, shigella

ONPG positive: E.coli, Enterobacter
32

Recherche de métabolites formés à partir de l’acide pyruvique : réaction
de VP
-A partir du milieu Clark-Lubs contenant de l’acide pyruvique, la
formation d’acétoïne ( réaction de Voges-Proskauer VP) est
étudiée par l’addition d’alpha-naphtol et de soude .
-Si le milieu est coloré en rouge ➔VP+
Exemple: Klebsiella, Enterobacter, Serratia sont VP+
33
- Trois décarboxylases sont fréquemment recherchées: La lysine décarboxylase
(LDC); L’ornithine décarboxylase (ODC), et l’arginine décarboxylase
(ADH).
- Le test individuel peut être effectué sur le milieu de Taylor contenant l’acide
aminé étudié, du glucose et un indicateur coloré le bromocrésol pourpre
(BCP)
34

La réaction s’effectue en 2 temps:

Dans un premier temps les bactéries en anaérobiose*,
fermentent le glucose et donc les milieux s’acidifient (virage
du violet au jaune de l’indicateur de pH).
35

Recherche de TDA: tryptophane désaminase
- Se fait sur milieu urée tryptophane,
- On met en évidence la tryptophane désaminase (TDA) par
rajout du fer ferrique.
36

Recherche de tryptophanase : production d’Indole
- La production d’indole par hydrolyse du tryptophane peut être recherché
dans le milieu urée tryptophane ou en eau peptonée dépourvue d’indole.
- L’indole produit donne une coloration rouge en présence du réactif de Kovax
ou de James ( E coli: indole +)
37

Production de H2S :
- Cette recherche est réalisée sur milieu de Kligler-Hajna ou fait partie des tests
des galeries.
- La dégradation des acides aminés soufrés conduit à la formation de
groupements SH ou H 2 S qui se combinent avec le citrate de fer
ammoniacal du milieu pour former du sulfure de fer noir.
Exemple :Salmonella Typhimurium est H 2 S positif,
38
4. Autres tests :
Recherche d’une uréase :
- Se fait sur milieu urée tryptophane qui contient l’urée, le tryptophane et le
rouge de phénol comme indicateur de pH;
- L’urée sous l’action d’une uréase bactérienne va être transformée en
carbonate d’ammonium alcalin entrainant une coloration rouge du milieu.
39
4. Autres tests :
Utilisation du citrate comme unique source de carbone :
- Mise en évidence de l’utilisation du citrate comme seule source
de carbone et d’énergie.
- Une utilisation de citrate se traduit par culture sur gelose et
virage de l’indicateur de ph du vert au bleu
Citrate - Citrate +
40
5. Identification biochimique d’une entérobactérie :
Les différents caractères étudiés sont rassemblés en différentes
galeries
● La Galerie classique:
- Les milieux sont coulés dans des tubes
- L’ensemencement se fait par piqure , soit par striation,
● La Galerie API 20E:
Galerie de 20 microtubes prêts à l’emploi permettant de réaliser
23 tests biochimiques.
41
L’API 20E:
Préparation de l’inoculum
1 seule colonie
Suspension d’opacité 0,5 sur l’échelle de Mac Farland

Les 10 premiers tests
Tests négatifs
Tests positifs
Les 10 derniers tests
Tests négatifs
Tests positifs
NR +
Caractères biochimiques
E. klebsiella enteroba Serratia salmonel shigella proteus providen morganel citrobact
C cter la cia la er
ol
i
lactose + + + + V V - - - +
VP - + + +- - - - - - -
TDA - - - - - - + + + -
H2S - - - - +/- - +/- - - +/-
GAZ + + - + V +
mobilité + - + + + - + + + +
Urée - + - - - + + - -
indole + -/+ - - - +/- +/- + + +/-
citrate - + + + +/- - V + - +
colistine s s s R s s R R R s
LDC + +/- + +/- - - - -
► Sérotypage :
L’identification biochimique doit être complétée pour certains genres:
Salmonella , Shigella , E.coli par le Sérotypage
Agglutination:
But :
Différencier les souches de microorganismes en fonction de leur
composition antigénique (sérotypes ou sérovars) .
Principe:
Les antigènes solubles sont libérés au préalable par chauffage à 100° C
pendant 15 min ( spécialement chez salmonella et shigella pour démasquer
l’Ag O situé sous la capsule) qu’ on met en contact avec les anticorps
spécifiques.
46
VII.DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
► Recherche de toxines :
- Techniques immun enzymatiques:
- Techniques immun chromatographiques:
- Biologie moléculaire: ( EHEC): PCR
► Identification par biologie moléculaire

Peu utilisée en pratique
48
6. Diagnostic indirect : Sérodiagnostic

• but:
Détecter la production d’anticorps par l’organisme
• Principe :
- La Recherche d'anticorps s’effectue par ELISA ou par
immunofluorescence
- 2 sérologies à 15 jours d’intervalles
- Augmentation des anticorps 4x le premier titre
= Séroconversion
= diagnostic indirect +
49
6. Antibiogramme :
But:
- Détermination de la sensibilité d’une souche à un antibiotique
donné
- Aide à l’identification ( Serratia)
Principe:
Permet de mesurer la capacité d’un ATB à inhiber la croissance
bactérienne.
50
6. Antibiogramme :
2 méthodes :
► Antibiogramme standard: Méthode de diffusion en milieu
solide
- Le plus utilisé dans les laboratoires de diagnostic.
- Lecture des diamètres des zones d’inhibitions ( en fonctions des D critiques
figurant dans des tableaux d’interprétation fournis par les fabricants des
disque/ CA-SFM )
51
Antibiogramme en milieu solide
52
6. Antibiogramme :
2 méthodes :
► Techniques en milieu liquide:
Permettent d’étudier les antibiotiques à l’aide de deux
concentrations critiques (c, C) et ainsi de catégoriser les
bactéries en S, I ou R vis-à-vis des divers ATB examinées.
53
6. Antibiogramme :
► Le E.test :
- Permet de déterminer la CMI grâce à l'utilisation de bandelettes imprégnées
d'un gradient exponentiel continu de l'antibiotique à tester. Ce gradient
couvre une zone qui, en fonction des molécules, va de 0,016 à 256 mg/L ou
de 0,002 à 32 mg/L.
- Le E test associe les caractéristiques des méthodes de diffusion et de dilution
en milieu solide.
54
Méthode E.test
55
6. Antibiogramme :
• Grande résistance naturelle à certaines familles
d'antibiotiques hydrophobes
56
6. Antibiogramme :
• Nombreux antibiotiques actifs
•ß-LACTAMINES
Aminopenicillines( ampicilline, amoxicilline…), Carboxypenicillines(
(ticarcilline), Ureidopenicillines( piperacilline), Inhibiteurs de beta
lactamases( augmentin..), Carbapenemes( imipeneme), Cephalosporines:
1er G ( cefalotine, cefazoline…), 2 em G ( cefuroxime), 3em ( cefotaxime,
ceftriaxone), Monobactam ( aztreonam)
• AMINOGLYCOSIDES(Gentamicine, Tobramycine, Nétilmicine,
Amikacine,…)
• TETRACYCLINES (Tétracycline, Doxycycline,Minocycline)
• PHENICOLES(Chloramphénicol, Thiamphénicol)
• QUINOLONES ( ac nalidixique, ciprofloxacine,)
• SULFAMIDES : Sulfaméthoxazole
• AUTRES : Triméthoprime, Co-trimoxazole, Nitrofurane, Fosfomy
57
Principales entérobactéries
58
Escherichia coli
59
Taxonomie
E. coli = bactérie isolée en 1885 est le genre d’entérobactérie le

plus souvent responsable d’infections humaines
- Famille d’enterobactériacae
- Genre : Escherichia
- Espèce : Escherichia coli
60
Facteurs de pathogenicité
- Une capsule qui s'oppose à la phagocytose.
- Des protéines de la membrane externe et le LPS
- Des systèmes de captation du fer - les sidérophores - fournissant aux
bactéries le fer indispensable à leur multiplication
- Des adhésines : conférant la propriété de se fixer aux cellules épithéliales.
L'adhérence constitue une étape essentielle de la pathogenèse des infections
dues aux bactéries entériques.
- Des toxines
l'endotoxine, commune aux entérobactéries,
les entérotoxines ST (thermostables) et LT (thermolabiles).
les cytotoxines SLT1 et SLT2 (Shiga-like toxin). Ce sont des
toxines qui
altèrent l'intégrité des anthérocytes.
61
Habitat- pouvoir pathogène
- Hôte normal du tube digestif
- E.coli est responsable de :
- Infections de l’arbre urinaire
- Infections abdominales
- Bactériémies
- Choc endotoxinique (fièvre, collapsus et hémorragies)
- Méningites et bactériémies du nouveau-né et du
nourrisson
- Syndromes diarrhéiques (dus aux pathovars d’E.coli)
62
Pathovars d’E.coli
E.coli ETEC EPEC EHEC EIEC
diarrhée Aigue Aigue/ hémorragique Sd

(choléra-like) chronique dysentérique
cible Enfants Enfants < 1an Toxi-infection Adulte,

voyageurs enfants
mécanisme attachement adhérence Pas invasif envahissement
toxines Entérotoxines non Verotoxines S dysenteriques
diagnostic agglutination serodiagnostic PCR Keratite cobaye

SEROTYPAGE PCR
63
• A partir de prélèvements divers, urines, selles, sang, LCR, pus, liquide
d'ascite, on recherche le colibacille par des techniques bactériologiques :
- Examen microscopique : présence de bacilles à Gram-
- Culture : milieux ordinaires ou lactosés
- Un sérotypage n'est pratiqué couramment que pour les souches-
entéropathogènes (EPEC) et pour les sérotypes O157 (EHEC)
- La mise en évidence des entérotoxines n'est pas facile.
- La recherche de l'antigène K1 dans le sérum, le LCR ou les urines par
agglutination de particules de latex sensibilisées permet un diagnostic
rapide en particulier chez le nourrisson ou le nouveau-né infectés
- Le sérodiagnostic des infections à colibacilles n'est utile qu’en cas
« d’infection haute".
64
- Escherichia coli est généralement sensible aux antibiotiques.
- Parmi les bêtalactamines, sont actives les pénicillines du groupe
A (aminopénicillines), les carboxypénicillines, les
ureidopenicillines, les céphalosporines, les carbapénems et
les monobactams.
- Les aminosides et les polypeptides sont également actifs de
même que les quinolones de première génération, les
fluoroquinolones et le cotrimoxazole.
- Cette sensibilité peut être modifiée par la production d'enzymes
hydrolysant les bêtalactamines (pénicillinase,
céphalosporinase) ou les aminosides ou par une mutation
affectant les porines
65
Salmonella
66
► Classification de Kaufman (ancienne)
- Chaque serotype est considéré comme une espèce
- Des noms latins sont donnés : Salmonella typhi, Salmonella
typhimurium ….
- Présence dans le genre de sous-genres numérotés de I à IV :
• Sous-genre I : Samonella de l’homme et des animaux à sang
chaud
• Autres sous-genres : Salmonella des animaux à sang froid
67
► Nomenclature récente
2 espèces du genre Salmonella :
• Salmonella enterica subdivisée en six sous-espèces : enterica

(I), salamae (II), arizonae (IIIa), diarizonae (IIIb), houtenae
(IV) et indica (VI).
• Salmonella bongori (rare)
68
• Toutes les espèces du genre Salmonella peuvent infecter les
humains.
• La sous-espèce enterica de Salmonella enterica comprend
2 610 sérotypes différents, les plus connus étant Typhi,
Paratyphi, Enteritidis, Typhimurium et Choleraesuis(1).
• Les sérotypes sont caractérisés par trois antigènes de surface :
l’antigène flagellaire « H », l’antigène oligosaccharidique
« O » et l’antigène polysaccharidique « Vi » (découvert dans
les sérotypes Typhi et Paratyphi)(4).
69
Habitat
• L’habitat commun de la sous-espèce enterica (I) sont
les animaux à sang chaud
• tandis que l’habitat commun des sous-espèces II,

IIIa, IIIb, IV et VI sont les animaux à sang froid et
l’environnement
70
Pouvoir pathogène
Salmonella enterica peut causer quatre manifestations cliniques
différentes :
La gastro-entérite ou « intoxication alimentaire » : caractérisée
par des nausées soudaines, des vomissements, crampes
abdominales et diarrhée (serotype typhimurium)
La bactériémie
La fièvre entérique également connue sous le nom « fièvre
typhoïde », causée par les sérotypes Typhi et Paratyphi. La
fièvre entérique est caractérisée par une fièvre, maux de tête,
une bradycardie, une éruption cutanée, des douleurs
abdominales, diarrhée ou constipation
L’état de portage asymptomatique
71
Diagnostic direct
► Prélèvement :
- Cas des fièvres typhoïdes :
- Hémoculture : positive chez 75 % des malades à la 1ere
semaine (3 hemoc à 1 ou 2 jours d’intervalle)
- Coprocultures (selles) : souvent négatives à la 1ere semaine
mais restent longtemps positives
La règle : il faut faire hémoculture + coproculture pour avoir
un diagnostic dans 90% des cas
- Cas des toxi-infections alimentaires :
- Coproculture
- Produits alimentaires
72
Diagnostic direct
► Culture
• Milieu selectif :
- Nécessaire pour les prélèvements polymicrobiens coproculture)
- On utilise des milieux riches en sels biliaires : SS (Milieu
Salmonelle Shigelle) ou milieu Hektoen
• Milieu liquide d’enrichissement :
- Nécessaire car le nombre de Salmonelle est faible dans les
prélèvements (selles, aliments)
- On utilise des milieux à base de selenite ou de tetrathionate
73
Milieu SS
Milieu Hektoen
74
Diagnostic direct
- Aspect des colonies sur milieux sélectifs : colonies lactose –
avec un centre noir (H2S +)
- Identification biochimique : galerie classique, galerie API
- Identification antigénique :
- Par test d’agglutination sur lame à l'aide d'immuns sérums.
- Sur des colonies isolées, on recherche d'abord l'antigène O de
groupe puis à l'aide du tableau de Kauffmann White, on étudie
les spécificités H
75
Diagnostic indirect
• Le sérodiagnostic d'une fièvre typhoïde ou sérodiagnostic de
Félix
- Consiste à rechercher les anticorps du malade en présence de
suspensions antigéniques O et H de S. Typhi, Para A, B et C.
- Les anticorps anti O apparaissent les premiers mais
disparaissent plus vite, les anticorps anti H persistent plus
longtemps. L'analyse des résultats permet de suspecter
l'agent causal et de fixer la date de l'infection.
76
Cinétique des anticorps O et H au cours de la
typhoïde
- Les Salmonelles sont généralement sensibles aux antibiotiques
actifs contre les bacilles à Gram négatif. Certaines résistances
sont possibles et impliquent la pratique d'un antibiogramme.
- Les fièvres typhoïdes sont actuellement traitées par une
céphalosporine de troisième génération et en particulier par la
ceftriaxone (traitement de référence)
Les fluoroquinolones sont également utilisées chez l'adulte.
- Les gastro-entérites relèvent d'un traitement symptomatique
(régime et réhydratation). Une antibiothérapie
(sulfaméthoxazole-triméthoprime, fluoroquinolones) n'est utile
que dans les cas graves.
78
Prophylaxie
- Hygiène de l’eau et des aliments
- Vaccination des personnes à risque : pélerins, voyages en pays
d’endémie, militaires … : 2 types de vaccin
• Un vaccin injectable, constitué d'un extrait du polyoside
capsulaire Vi purifié de Salmonella Typhi (Typhim Vi ).
- 1 seule injection.
- Protection pour une durée de trois à cinq ans ( elle se
limite à la fièvre typhoïde à l'exclusion des paratyphoïdes
et des autres salmonelloses.
• Des vaccins vivants administrés par voie orale
79
Shigella
80
Introduction-Taxonomie
• Les Shigella sont des entérobactéries à faible pouvoir
métabolique, toujours immobiles. Elles sont génotypiquement
très voisines des Escherichiae.
• Les caractères biochimiques et antigéniques permettent de
distinguer 4 espèces ou groupes antigéniques dans le genre :
- Sh dysenreriae
- Sh flexneri
- Sh boydii
- Sh sonnei
81
Habitat- Epidémiologie- Pouvoir pathogène
► - Les shigelles sont des bactéries strictement humaines.

- Elles ne font pas partie de la flore intestinale normale ; on ne
les trouve que chez les malades et les convalescents
► Elles sont responsables de l'historique "dysenterie bacillaire"
(Shigella dysenteriae) .
Actuellement, elles sont la cause, chez l'adulte, de colites
infectieuses et chez l'enfant, de gastro-entérites sévères avec
diarrhée mucopurulente et sanglante, fièvre et déshydratation.
Ces infections surviennent par petites épidémies familiales ou
"de cantine".
82
Physiopathologie
• Les Shigelle envahissent la muqueuse intestinale (pouvoir
invasif)
• pénètrent dans les entérocytes et les détruisent par action d'une

toxine.
• Il s'en suit une importante réaction inflammatoire de la

muqueuse qui explique la symptomatologie clinique
83
• Prélèvement : coproculture à la phase aigue de la maladie
• Culture :
- Milieu sélectif (SS ou Hektoen)
- Incubation pendant 24 h à 37°C
- Colonie lactose -, H2S –
- Etat frais : bactéries immobiles
- Identification biochimique :
Caractères des entérobactéries, galeries muettes
• Agglutination à l’aide de sérums spécifiques
84
• Shigella reste sensible aux antibiotiques actifs sur les
entérobactéries. Mais des souches multi résistantes sont
apparues
• Le traitement repose sur : Trimetoprime-sulfamethoxazole, une

fluoroquinolone ou une betalactamine
85
Prophylaxie
• Hygiène de l’eau et des aliments
• Etude épidémiologique des souches
• Absence de vaccin à ce jour
86
Les Cocci à Gram négatif

Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Importance:
• Bactéries strictement humaines
• Impliquées dans infections graves:
– Méningites,
– IST,
– Endocardites,
– Infections des VAS,
– infection des parties molles (dermohypodermites et
fasciites nécrosantes)
• Maroc: concerné
2
Importance:
• ➔ Problème de santé publique
– Morbidité, Mortalité, Séquelles
– Contagiosité et infections associées aux soins
– Difficulté diagnostique
– Résistance aux ATB de + en + constatée
– Prophylaxie souvent difficile
3
Plan:
I. Introduction et Définitions
II. Classification et Taxonomie
III. Neisseria meningitidis
IV. Neisseria gonorhoeae
V. Autres Neisseria
VI. Branhamella catarrhalis et Moraxella sp
VII.Kingella kingae et Eikenella corrodens
VIII.Autres cocci Gram (-)
IX. Conclusion
4
I. Introduction- définitions:
• Les cocci à Gram négatif sont des
bactéries groupées par paires
(DCGN) :
– => aspect en « grain de café ».
– => aspect en 8
• De nombreux genres et espèces

existent dont deux sont
particulièrement pathogènes pour
l’humain:
– N. meningitidis agent de MCS
– N. gonorrhoeae agent d’IST MCS= méningite cérébrospinale
IST= infection sexuellement transmise
5
II. Classification et Taxonomie
• Genre Neisseria:
– Neisseria pathogènes: (colonies grises)
• Neisseria gonorrhoeae (Gonocoque )
• Neisseria meningitidis (Méningocoque)
•…
– Neisseria « non pathogènes » (colonies

pigmentées dans le jaune)
• Neisseria flava, N subflava, N perflava, …
6
• Genre Branhamella:
– Branhamella catarrhalis
• Genre Moraxella:
– Moraxella lacunata
– Moraxella nonliquefasciens
–…
7
• Genre Kingella:
– Kingella kingae du groupe AACCEK
• Genre Eikenella
– Eikenella corrodens du groupe AACCEK
• Genre Veillonella: anaérobie de la flore de

Veillon (voir cours / anaérobies)
AACCEK = agents d’endocardites à hémocultures « négatives »
8
III. Neisseria meningitidis
Méningocoque
Agent des méningites cérébrospinales et des
méningococcémies: septicémies éruptives
gravissimes (purpura fulminans)
URGENCE ABOSLUE
Diagnostique, Thérapeutique et Prophylactique
MADO
9
Introduction:
• Le Méningocoque = DCGN fragile et exigeant
– des milieux enrichis sang d en primoculture
– et une atmosphère enrichie en CO2, et H2O
– 36+/-1°C, DCGN: diplocoque Gram négatif
• Possède une capsule polysaccharidique

– => plusieurs sérogroupes dont A, B, C, Y et W135 sont les plus
fréquents (=> épidémies)
• Des Ag protéiques de paroi

– => types et sous-types => marqueurs épidémiologiques
10
A. Épidémiologie
• 1. Réservoir:
– N. meningitidis = est une bactérie strictement humaine.
– il colonise le rhino-pharynx
– Portage selon l’âge, les populations et les
saisons.
• 2. Expression de la maladie:
– maladie endémique dans les PEVD
– Cas sporadiques (surtout le groupe B) dans les PI
– Épidémies (groupes A, C, Y, W) dans les zones
intertropicales et les collectivités.
11
• 3. Transmission:
– Nm = bactérie extrêmement fragile
– transmission = interhumaine directe
– par voie aérienne (gouttelettes de Pflügge)
• 4. Réceptivité:
– l’enfant et l’adulte jeune non immunisés
• 5. Immunité:
– Ig G anti-capsulaires sériques bactéricides.
– IgA S spécifiques sur les muqueuses
12
• 6. Répartition géographique:
– le monde entier est concerné,

– notamment en zone intertropicale (ceinture de
pauvreté en Afrique)
– Sérogroupe B (et A) en Europe (Fr, …) et au Maroc
– Sérogroupe A est prévalent en Afrique
– Les voyages favorisent la diffusion de tous

sérogroupes
13
ww.meningitis: les pays les plus touchés.
14
B) Pouvoir pathogène
1) Physiopathologie
• Début: rhino-pharyngite souvent inaperçue.
• Phase d’invasion: dissémination vers les méninges

par voie hématogène
• Phase d’état:
– + inflammation:
• Hyperleucocytose neutrophile
• CRP et pCT très élevées
• LCR trouble (riche en leucocytes)
– septicémie (méningococcémie) +/- grave
– méningite (bien définie cliniquement)
15
2) Clinique:
• La méningite cérébrospinale typique comporte:
– Fièvre: 39 voire 40°C
– Céphalées et photophobie
– Vomissements en jet
– Raideur de la nuque
– Etc.
• La septicémie à méningocoque:
– Syndrome infectieux sévère (Sepsis)
– Altération de l’état général (AEG)
– Purpura vasculaire (riche en microbes)
=> Mise en jeu du pronostic vital
16
3) Facteurs de virulence
• Pili ou fimbriae de surface => adhésion aux
cellules oropharyngées.
• IgA protéase dégradant IgAS => échapper à

l’immunité locale.
• L’endotoxine = lipo-oligosaccharide (LOS)

(Ag O des BGN) => choc septique.
• …
17
• La capsule polysaccharidique => anti-phagocytose.
– A, B, C, Y, W135 = immunogènes => vaccin + (mono, di

ou tétravalent)
– Le polysaccharide B est très peu immunogène

– => pas de vaccin.
NB: Réaction croisée avec l’Ag K1 de Escherichia coli.
• Ag protéiques de surface: favorisent l’adhésion et

l’invasion des cellules
18
C) Diagnostic biologique
Direct:
Meév de la Bactérie (ED et
culture), de ses Antigènes et de
ses Acides nucléiques
19
1) Prélèvements bactériologiques
• le LCR (ponction lombaire L4/L5 ou
L5/S1) : geste médical
• le sang chez le malade (10 à 20 mL

de sang dans bouillon
d’hémoculture aérobie)
• L’écouvillonnage des lésions
purpuriques
Le méningocoque étant très fragile

le transport rapide des prélèvements au laboratoire
en évitant leur exposition au froid.
+/- milieu de transport
20
2) Examen cytobactériologique du LCR
a) Examen macroscopique
• Le LCR dans les MCS typiques apparaît:
– trouble à purulent => aspect en « eau de riz »
b) Examen cytologique
• Numération leucocytaire:
• en général >1000GB/mm^3 de LCR,
• Formule leucocytaire: prédominance de

granulocytes neutrophiles.
21
• Examen bactériologique:
• Gram: Obligatoire
– Meév les polynucléaires et les

diplocoques gram (-), en
"grains de café" en position
intra- ou extracellulaire.
• MGG ou Bleu de méthylène

Très intéressants
– Aspect en grain de café
22
3) Diagnostic immunologique =
recherche d'antigènes solubles:
• Technique la plus utilisée:
– agglutination latex
• Indications:
– Méningite décapitée par ATBth
– Sérogroupage
– Examen direct négatif.
23
4) Culture et Identification
• L’isolement est réalisé sur milieu
enrichi:
– Sur gélose au sang cuit (chocolat) +/-

additionnée de polyvitamines
– Atmosphère humide et riche en CO2
– À 36 +/- 1°C
• Colonies: en 24 à 48 h
– Lisses, bombées, grises à transparentes
– Elles sont: Oxydase + et Catalase +
24
• L’identification fait appel:
– aux caractères biochimiques :
• Ex: galerie Api NH (Neisseria et Haemophilus)
• N gonorrhae ----->
• Nm est: Glucose +, Maltose +, γGT +
– identification immunologique:
sérogroupe capsulaires par agglutination
sur lame. A, B, C, Y, W135.
25
D) Sensibilité aux antibiotiques
• L’antibiogramme est inutile en routine car
traitement standardisé:
– C3G (Ex: céfotaxime ou bien ceftriaxone)
– Phénicolés ou Cotrimoxazole si contre-indication
• Le méningocoque est sensible à la pénicilline G

sauf:
– souches de sensibilité diminuée à l’ampicilline
– Souches bêta-lactamase + => à détecter par le
test de céphalosporine chromogène
• La spiramycine est également active.
26
E) Prévention
1) Mesures générales:
• Lutte contre la promiscuité et la précarité
• Lutte contre le stress et le froid
• Comportement responsable (lors de toux et

d’éternuement) pour éviter la transmission
respiratoire
27
2) Chimio prophylaxie
• Les antibiotiques actuellement recommandés
sont la Ceftriaxone et la Ciprofloxacine.
– Ceftriaxone: 1 inj IM de 250mg
– Ciprofloxacine: 1 cpr de 5OOmg
– Pour l’entourage très proche du malade

(famille, soignants, camarades) SCHEMA
PRECIS
– Le personnel hospitalier et des laboratoires
28
3) Vaccination
• Les vaccins sont à base de polysaccharides
capsulaires purifiés.
• Les vaccins actuellement commercialisés sont:

– Monovalents: groupe A, groupe C
– Bivalent: Groupes A + C,
– Tétravalent: Groupes A+ C+ Y+ W135
• Ces vaccins sont efficaces et bien tolérés mais peu

immunogènes avant l’âge de 2 ans.
Indications:
Contexte d’épidémie de MCS.
Voyage en zone à risque (Ex: Hajj/Omra et Afrique IT)
29
IV. Neisseria gonorrhoeae
A) Épidémiologie
• Gonocoque = agent d’une IST:
– Il est souvent co-transmis avec Chlamydia trachomatis
• Réservoir:
– Bactérie hôte strict des muqueuses des voies génitales de
l'humain.
– pas de portage sain mais l’existence de formes

asymptomatiques notamment chez la femme favorise la
dissémination de l’infection.
30
• Transmission:
– essentiellement directe par voie vénérienne

(sexuelle).
– Pernatale: NN contaminé au cours de

l'accouchement => ophtalmie purulente
• Immunité:
– Maladie non immunisante, les réinfections sont

possibles.
– Vaccin difficile à mettre en œuvre: grande variabilité
31
B) Rôle pathogène
1. Pouvoir pathogène
• a. Chez l'homme: blennorragie
– urétrite antérieure le plus souvent aiguë avec
écoulement purulent et brûlures mictionnelles
+/- compliquée
• b. Chez la femme:
– infection souvent inaperçue:
– Parfois: cervicite + leucorrhées.
– Les formes non traitées sont source de
complications.
32
2) Facteurs de pathogénicité
• fimbriae et protéines de la membrane
externe qui interviennent dans l’adhésion et
l’invasion des cellules épithéliales.
– Ces protéines subissent des variations

antigéniques qui compliquent la mise au point d’un
vaccin.
• IgA-protéase clivant les IgA-S
– => échapper à l’immunité spécifique locale.
33
C) Diagnostic biologique
C’est essentiellement un diagnostic direct
1) Prélèvements
• Écouvillonnage local.
– 2 écouvillons séparés :
• l'un pour l'examen direct,
• l'autre pour la culture,
• 1er jet d’urine chez l’homme
• Au minimum: une lame pour le Gram
34
b) Nature des prélèvements en fonction de la clinique:
• Pus et sécrétions au niveau:
– Endocervical (F), urétral (H),
– Rectal et pharyngé (F et H),
– Oculaire et cutané (NN)
– Urines 1er jet (H)
• Épanchements:
– liquide articulaire (formes invasives)
• Sepsis ou Sd infectieux sévère:

– Sang →hémoculture (formes invasives)
• Le gonocoque est un germe fragile

– le prélèvement doit être réalisé au laboratoire
– sinon utiliser un milieu de transport approprié.
35
2) Examen direct
Gram
• L’examen direct du prélèvement après
coloration de Gram:
– diplocoques gram négatifs en "grain de

café", intra et extracellulaires :
– Sensibilité du Gram chez l’homme = 98 %.

BM
– Sensibilité chez la femme: au mieux = 50 %.
36
3) Culture et identification
• Germe fragile et exigeant,
– => l’isolement du gonocoque nécessite:
• Des conditions de prélèvement idéales

• des milieux enrichis (Gélose sang cuit +
polyvitamines)
• une incubation dans à température, humidité
et CO2 adéquats
• pendant 24 à 48 heures
Colonies de Neisseria
• L’identification spécifique fait appel aux
caractères biochimiques
Api NH
37
4) Autres méthodes de diagnostic
• Mise en évidence des antigènes du gonocoque
par technique ELISA dans le prélèvement
pathologique
– Technique performante
– Rapide: en 2 heures.
• Biologie moléculaire (PCR et sondes

d’hybridation) ont été développées.
– Souvent associée la recherche de Gonocoque et de
Chlamydia
38
5) Sensibilité aux antibiotiques
• Méthode de diffusion en gélose
(antibiogramme classique) =
ininterprétables.
• La surveillance de la sensibilité est

assurée par des laboratoires
spécialisés qui utilisent:
– des techniques en dilution
– Des bandelettes CMI E-Test
– Des tests de BioMol
39
• Le gonocoque est sensible à la pénicilline G,
sauf si souche BLNAR ou bien bêta-lactamase (+)
– BLNAR: modification des PLP (disque KF ou CF)

– Β-lactamase + => plasmide codant pour la
production de Pénicillinase => test Céfinase.
• D'autres antibiotiques sont très actifs : cyclines,

spectinomycine.
• Le traitement des infections gonococciques est

standardisé par l'OMS:
1. C3G
2. Spectinomycine 2g en IM
3. Fluoroquinolones (! Rce en )
4. Phénicolés (! Toxicité)
BLNAR: bêta-lactamase négative ampicilline resistant

40
D) Prévention
• = Lutte contre les IST
• Éducation, information et sensibilisation / IST.
• Usage de préservatifs
• Limitation des partenaires
• Dépistage et traitement patients/partenaires
41
V. Autres Neisseria
• Non exigeantes
• Commensales du rhinopharynx humain
• Nombreuses espèces dont colonies souvent
pigmentées en jaune +/- fort
• Peuvent donner des infections respiratoires
ou génitales, voire méningites
• L’espèce la plus impliquée est:
– Neisseria lactamica
• => diagnostic différentiel (Api NH)

42
VI. Branhamella catarrhalis:
• Diplocoques vrais (en 8), Gram (-), appelé aussi
Moraxella, famille Branhamaceae ou Moraxellaceae mais
plus proche des Neisseriae
• Habitat: fosses nasales de l’humain
• PP:
– Sinusites et Otites moyennes aiguës
– Infections ou surinfections respiratoires (BPCO ++)
• Complication possible = Septicémie
• Arthrite, méningite, endocardite
• Sensibilité aux ATB:

– Résistent aux pénicillines/β-lactamase (90%)
– C3G régulièrement actives
43
VII. Moraxella spp
• Bactéries asaccharolytiques où cohabitent les CG(-) et
les coccobacilles G(-)
• Taxonomie confuse: Haemophilae? Brucelleae?
Neisseriae? => genre Moraxella, famille Moraxellaceae.
• Commensales des animaux à sang chaud
• M lacunata, M liquifaciens, M nonliquifaciens agents de
conjonctivites, sinusites, trachéites, otites, …
• M bivis: kératoconjonctivite bovine
• Dgc bio: idem Neisseria (Api NH).
44
VII. Eikenella et Kingella:
• Diplocoques Gram (-) très fastidieux
• Commensaux des VAS
• Impliquées dans les endocardites à

hémocultures faussement négatives = groupe
AACCEK
– => repiquage systématique sur milieux riches +

vitamines
– => utiliser automates d’hémoculture
– => diag / biologie moléculaire
45
V. CONCLUSION
• Cocci Gram (-): groupe de bactéries fragiles, portées par
l’homme au niveau des muqueuses
• Virulence particulière du méningocoque

– Urgence diagnostique/thérapeutique et prophylactique
• Le gonocoque = Indicateur des IST (partie visible de

l’iceberg) => craindre les agents invisibles (VIH, …)
– Nécessité d’éducation sexuelle et dépistage autres IST
• L’opportunisme d’autres Neisseria, Moraxella, Branhamella

et AACCEK
• L’émergence de souches résistantes (Pénicilline,

Fluoroquinolones, Macrolides, …).
• Intérêt des C3G injectables en thérapeutique
46
Objectifs (=questions d’examen):
1. Définir et classer le méningocoque et le gonocoque
2. Citer les facteurs de virulence du méningocoque.
3. Donner les éléments de l’épidémiologie de cette espèce
4. Décrire la physiopathologie de la méningite cérébrospinale.
5. Identifier les prélèvements à effectuer en dans les infections à Nm

et à Ng
6. Développer les méthodes et les principes des méthodes
diagnostiques de la MCS et de la gonococcie.
7. Donner les propriétés métaboliques et antigéniques de base qui
permettent d’identifier Nm
8. Citer les traitements habituels et les alternatives en cas de

résistance de la bactérie ou de contre-indication chez le patient
9. Expliquer les règles de prévention et citer les moyens utilisables.
47
Les Cocci à Gram positif

Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Le genre Staphylococcus
2
Objectifs
• Connaitre la morphologie et la classification des
staphylocoques
• Connaitre les principaux caractères bactériologiques
permettant l’identification des staphylocoques
• Définir les principaux caractères de pathogénie de
Staphylococcus aureus
• Connaitre les étapes du diagnostic bactériologique des
staphylocoques
• Connaitre les principes du traitement et les mesures
préventives des infections à staphylocoque
3
Taxonomie et classification
• Le genre Staphylococcus appartient à la famille des
Micrococcacae
• 43 espèces et sous-espèces
• La présence ou l’absence d’une coagulase permet de
distinguer:
• Les staphylocoque coagulase + : S. aureus pathogène
spécifique
• Les staphylocoque coagulase – (SCN) : S. non aureus qui sont
des bactéries opportunistes responsables d’infections
nosocomiales
4
5
Habitat
• Différents types d’habitats
- Muqueuses et peau :
- Hôtes normaux ou pathologiques de l’homme
- Hôtes normaux ou pathologiques de l’animal
- Environnement :
- Eau, sol, aliments
6
Staphylococcus aureus
7
Epidémiologie
• Réservoir essentiel des staphylocoques est l’homme
• Habitat préférentiel : fosses nasales, peau du visage et des
mains, périnée
• S. aureus est aussi largement répandu dans l’environnement
• Transmission :
- Directe : manuportage
- Indirecte : matériel hospitalier, stéthoscopes
- Alimentaire
8
Pouvoir pathogène
• Lésions suppuratives et nécrotiques
- Peau et muqueuse (furoncle)
- Os (ostéomyélite)
- Arthrites
- Tissu
• Septicémies, endocardites
• Pneumopathies secondaires ou nosocomiales
• Intoxications alimentaires dues aux enterotoxines
• Syndrome toxique (toxic shock syndrome)
9
10
Facteurs de virulence
• Coagulases libre et liée permet l’attachement aux cellules et
la thrombose des vaisseaux. (coagulase libre = facteur
d’identification de S. Aureus)
• Hémolysines :
- Bêta
- Alpha ( antigénique : apparition d’anticorps spécifiques
lors d’infections chroniques)
• Fibrinolysine détruit la fibrine, disloque le caillot de fibrine
avec essaimage à distance de foyers secondaires
(pulmonaires, métastases septiques)
11
• Hyaluronidase détruit le tissu conjonctif

• DNAse
• Leucocidine de Panton et Valentine détruit les
polynucléaires. Observée chez les souches retrouvées chez les
jeunes et responsables de pneumopathies primitives
foudroyantes
• Enterotoxines responsables d’intoxications alimentaires
• Toxine du choc toxique staphylococcique ( TCTS ou TSST)
12
13
1. Prélèvement :
- Les prélèvements sont variés et concernent le site de l’infection
(pus, sang, urine, liquide de ponction)
- Une asepsie rigoureuse est exigée pour la bonne interprétation
des résultats
2. Examen direct : (observation au microscope )
- Etat frais : bactérie immobile non sporulée
- Coloration de Gram : cocci à Gram + disposés généralement en
amas
14
15
3. Culture :
- Culture facile sur milieux ordinaires
- Utilisation de milieux sélectifs :
• Milieu de Chapman à 7,5 % de NaCl + mannitol :
S. Aureus est repéré par ses colonies pigmentées et par la
fermentation du mannitol
• Milieu Baird-Parker :
Les colonies sont noires entourées d’un halo clair
• Gélose au sang +ANC :
Les colonies sont entourées d’une zone d’hémolyse
16
Milieu Gélose au sang
Chapman
Milieu Baird -Parker
17
4. Identification :
Coloration de Gram à partir des colonies : Cocci Gram +
► Caractères du genre Staphylococcus :
- Catalase :
Quelques gouttes de peroxyde d’hydrogène sur des colonies de
Staph. Formation de bulles d’oxygène = catalase +.
Ce test permet de faire la différence entre Staphylococcus (+) et
Streptococcus (-)
- Oxydase : permet de faire la différence entre Staphylococcus
(oxydase -) et Micrococcus (oxydase +)
18
► Caractères d’espèce Aureus :
- Coagulase : principal test qui caractérise S. aureus
Aptitude de la bactérie à coaguler le plasma
(Dans un tube : 0,5 ml d’un inoculum bactérien + 0,5 ml de
plasma de lapin. Incubation 3 à 4 h à 37°C. Test + quand on
obtient un caillot)
- Désoxyribonucléase thermostable :
Culture par strie sur un milieu contenant ADN. Incubation à 37°C
pendant 24 h. Test + = zone claire autour de la strie
- Identification par galerie biochimique : (Api Staph, ID 32
Staph …)
19
Traitement- Prophylaxie
• Traitement :
- Infections de ville ou communautaires : le S. aureus reste
sensible à la meticilline, à l’acide fucidique, aux macrolides …
- Infections hospitalières : S. aureus est généralement multi
résistant. Il résiste à de nombreux antibiotiques (aminosides,
macrolides, cyclines …) mais reste sensible à la vancomycine
• Prévention :
-Traitement efficace des lésions staphylococciques.
Hygiène des mains
- A hôpital : hygiène hospitalière, rationalisation de l’antibiothérapie et
dépistage des porteurs sains
20
Streptococcus et Enterococcus
21
Objectifs
• Connaitre les principaux caractères bactériologiques des
streptocoques
• Connaitre les caractères permettant de classer et d’identifier
les streptocoques
• Connaitre les principales pathologies causées par les
streptocoques
• Savoir identifier les streptocoques et entérocoques
• Connaitre les bases thérapeutiques
22
Généralités
• Streptococcus : genre bactérien qui regroupe de nombreuses
espèces :
- Cocci à Gram +
- Groupés en diplocoques et en chainettes
- Bactéries anaérobies aerotolérantes
- Catalase négatif
- Exigence en culture : milieux enrichis en sang ± facteurs de
croissance ( à l’exception de l’enterocoque qui est un genre à
part)
23
24
Classification
Elle fait appel à 3 caractères :
1. Hémolyse sur gélose au sang frais (GS) : On distingue
- Streptocoques Beta hémolytiques :
Hémolyse totale = halo clair autour des colonies
- Streptocoques alpha-hémolytiques
Hémolyse partielle (verdâtre)
Streptocoques viridans (oraux), pneumocoque
- Streptocoques non hémolytiques :
Absence d’hémolyse (ancienne appellation : streptocoques
gamma- hémolytiques)
25
Hémolyse totale Hémolyse partielle
26
Classification
2. Caractères antigéniques :
• Liés à la présence de l’antigène de groupe pariétal =
Polysaccharide C de Lancefield
• Présent chez les Beta hémolytiques
• Permet de distinguer ≈ 20 groupes de Streptocoques notés A,
B, C, D, F, G ….V
• Les groupes ABCDFG impliqués en pathologie
3. Caractères biochimiques
27
Streptocoques Streptocoques Streptocoques Entérocoques
groupables non D
groupables
Morphologie Coques Streptocoques Coques, Coques
sphériques ou oraux pas de ovoïdes ovalaires en
ovalaires en morphologie courtes
amas ou particulière chainettes
chainettes Pneumocoque
Culture Poussent mal Pas de culture Poussent sur Poussent sur
sur GTS. sur GTS. GTS, et milieux GTS, et milieux
Nécessité des Fragiles biliés biliés
facteurs de Hémolyse Pas Pas
croissance Alpha d’hémolyse d’hémolyse
Hémolyse
Beta
28
29
Habitat
• Réservoir
- Commensaux des muqueuses de l'homme et des animaux
- Cavité oropharyngée : groupes A,B,C,G, E, F...., non groupables
- Tube digestif et vagin : groupes B, D, entérocoques...
• Vitalité
- Faible pour les espèces oropharyngées
- Importante pour les espèces intestinales
• - persistence dans les selles : témoin de contamination fécale de l'eau
• Transmission
- Directe (salive, per-partum, mains...)
- Indirecte (objets, eau...)
30
Pouvoir pathogène
Streptocoque A
► Manifestations locales et régionales
- ORL : angines érythémateuses +++ (enfants), abcès amygdaliens, otites…,
complications : RAA (0,15/100.000), GNA, érythème noueux
- Cutanées et sous-cutanées : érysipèle, impétigo, surinfections de plaies,
cellulites gangréneuses, complications : GNA
► Manifestations générales
- Scarlatine (phage) : fièvre + pharyngite + exanthème + énanthème
- Localisations septiques diverses : pleuro-pulmonaires, ostéo-articulaires
- Syndrome de choc toxique
► Porteurs asymptomatiques (naso-pharynx, peau...)
31
Pouvoir pathogène
Streptocoque B
- Infections néonatales : contamination par voie trans-placentaire ou lors de
l'accouchement
- Infections chez les sujets à risque (âgé, diabète) : infections urinaires,
septicémies, arthrites, endocardites
Autres streptocoques
- Pharyngites, infections cutanées (C, G), endocardites (D), infections
urinaires (D)
Streptocoques oraux
- Endocardites, septicémies (neutropéniques)
Entérocoques
- Infections urinaires, infections nosocomiales (bactériémies, endocardites,
surinfections d'escarres, de plaies ...)
•
32
• Streptocoque A
- Capsule (ac. hyaluronique), immunogène, pouvoir invasif
- Protéine M, immunogène, adhérence, pouvoir invasif
- Enzymes et toxines
- Toxines érythrogènes
- Streptolysine O, hémolysine, immunogène -> ASLO
- Streptokinase est une fibrinolysine (dissémination), -> ASK
- Hyaluronidase permet la diffusion dans les tissus, -> ASH
- DNAse ou streptodornase dépolymérise l'ADN, -> ASD
• Streptocoque B
- Capsule (ac. sialique), pouvoir invasif
• Entérocoques
- Adhésines : attachement aux épithéliums et valves cardiaques
33
1. Prélèvement :
Selon le site de l’infection :
- Gorge : écouvillonnage amygdales et pharynx
- Peau : ponction ou écouvillonnage de vésicules
- Plaie : écouvillonnage
- Méningite : LCR
- Autres : urine, placenta, Hémocultures …
2. Examen direct après coloration de Gram :
Cocci à Gram + groupés par paires ou en chainettes
34
3. Recherche direct d’Ag ou d’Enzymes à partir du
prélèvement :
Home tests
- Diagnostic rapide des angines à strepto A ou du portage vaginal de strepto
B (recherche d'Ag ou d'enzymes bactériennes)
- Bonnes sensibilité/spécificité si le protocole est suivi rigoureusement
4. Culture :
- Gélose à 5% de sang défibriné (mouton, cheval )
- Milieu d’enrichissement (Brain Heart infusion = BHI)
- Incubation : à 5% de CO2 à 37°C
35
5. Identification :
- Aspect des colonies et type d’hémolyse
- Coloration de Gram à partir des colonies
- Recherche de la Catalase (enzyme respiratoire) : négative
- Détermination des groupes de Lancefield :
• Basée sur la présence dans la paroi des Streptocoques d’un
polyoside C spécifiques. Il existe 17 groupes sérologiques : A,
B, C, E, F, G, H, K, L, M, O, P, R, S, T, U et V
• Chez le streptocoque du groupe A de Lancefield, la protéine
M est le principal antigène de la paroi (60 types différents)
36
5. Identification :
Recherche des caractères biochimiques :
- Galeries d’identification ( Api 20 strepto, Id 32 strepto )
- Pour les Entérocoques : hydrolyse de l’esculine ( ensemencement milieu
BEA : colonies noirâtres après 24 h d’incubation)
6. Diagnostic indirect sérologique (Streptocoque A) :
Les Ac spécifiques contre les enzymes du strepto A sont recherchés dans les
syndromes post streptococciques (RAA, GNA …)
On recherche ainsi : - ASLO (antistreptolysine O
- ASK (antistreptokinase)
- ASD (antistreptodornase)
37
► Streptocoques
- Bactéries sensibles à de nombreux antibiotiques anti-Gram+, sauf
aminosides (bas niveau) et fluoroquinolones (G1, G2)
- Peu d'acquisition de résistances (macrolides, tétracyclines)
- Sensibles aux aminopénicillines, C1G, MLS, glycopeptides
- Synergie bactéricide ß-lactamines / aminosides utile dans les infections
graves (sauf si résistance enzymatique aux aminosides)
► Entérocoques
- Sensibilité plus faible que streptocoques
- Résistance naturelle aux aminosides (bas niveau), céphalosporines,
fluoroquinolones, nombreuses MLS...
- Sensibles aux aminopénicillines, glycopeptides
- Souches épidémiques multirésistantes de E. faecium aux USA
38
Streptococcus pneumoniae :
Pneumocoque
39
Taxonomie et habitat
►Taxonomie :
- Famille des streptcocaccae
- Groupe Streptococaccae oralis
- Espèce : Streptococcus pneumoniae
► Habitat :
Le pneumocoque est un hôte normal (commensal) de l'arbre
respiratoire supérieur (rhino-pharynx) de l'homme.
Souvent retrouvé chez le sujet jeune (40 % de portage chez les
enfants fréquentant les crèches).
40
• Pneumolysine qui permet l’envahissement tissulaire et

vasculaire
• La capsule polyosidique qui le protège de la phagocytose. Les
ouches encapsulées sont très virulentes
• Proteine de surface : permet l’adhésion aux cellules cibles
• Acides teichoiques et peptidoglycane : inflammation et choc
• Autre: neuraminidase, hyaluronidase …
41
Pouvoir pathogène
• A l’occasion d’une baisse de l’immunité, anomalies du tractus
respiratoire, affections générales, asplenie (splénectomie,
fonctionnelle = drépanocytose), malnutrition …le
pneumocoque va entrainer :
- Des affections loco-régionales : bronchites, trachéobronchites, sinusites,
otites, conjonctivites, pneumonies franches lobaires aiguës (accompagnées
dans 15 pleurésies
- Des affections à distance : péricardites, méningites, péritonites, arthrites. Un
caractère important des infections à pneumocoque est à retenir : la
fréquence des réactions fibrineuses génératrices de cloisonnements
aggravant le pronostic.
42
1. Prélèvement :
• Selon le site de l’infection : crachat, LCR, pus d’oreilles,
hémocultures si méningite ou pneumonie
• Germe fragile : prélèvement avant toute antibiothérapie et
transport rapide au laboratoire
2. Examen microscopique :
• Etat frais : recherche de la capsule par le test à l’encre de chine
• Coloration de Gram :
- Cocci ovoïdes ou lancéolés en « flamme de bougie »
- Ou appariés par leur extrémités pointues
- Gram+
43
44
3. Diagnostic rapide par recherche directe des Ag solubles :
- Les Ag capsulaires sont libérés dans :
- Les produits pathologiques : LCR, urine
- Dans les milieux de culture
- Détection par agglutination de particules de latex sensibilisées
- Intérêt dans les infections décapitées (patent ayant déjà reçu
une antibiothérapie)
4. Culture :
- Gélose à 5% de sang défibriné ( disque d’optochine sur un quadrant)
- Gélose chocolat polyvitex
- Incubation à 37°C avec 5% de CO
45
5. Identification :
• Aspect des colonies : plates et ombiliquées
• Hémolyse Alpha
• Sensibilité à l’optochine
• Coloration de Gram: Cocci à Gram +
• Catalase négative
• Agglutination avec les particules sensibilisées aux Ac
capsulaires
• Caractères biochimiques : galerie Api 20 Strept
46
Test à l’optochine
47
• Le pneumocoque était sensible à la pénicilline G
• Depuis 1980 : apparition de souches de sensibilité diminuée à
la pénicilline G (PSD)
• Détection des souches PSD :
• Antibiogramme :
Un disque d’oxacilline à 1µg sur GS. La souche est PSD si le diamètre
d’inhibition est > 19 mm
• Confirmation de l’antibiogramme par CMI (E test)
- Une souche est PSD si 0,006 µg / ml < CMI < 1 µg / ml
- La souche est résistante si : CMI > 1 µg / ml
48
• Cause : il s’agit d’une diminution de l’affinité des PLP
(protéine liant pénicilline ) pour cet ATB
• La sensibilité aux autre betalactamines est modifiée à des
proportions variables en fonction des molécules : d’où l’intérêt
de l’étude des CMI de chacune
• La résistance aux macrolides, cyclines, fluoroquinolones,
chloramphénicol est en augmentation
49
Prévention
• Vaccin à base d’antigènes capsulaires les plus
fréquents en pathologie
- Vaccin à 23 valences (pour enfants de plus de 2
ans, pesonnes à fort risque. Vaccination tous les 3
à 5 ans)
- Vaccin à 7 valences (pour enfants de moins de 2
ans)
50
Pseudomonas

Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Plan
Généralités- taxonomie
Pseudomonas aeruginosa
Epidémiologie
Physiopathologie
Clinique
Autres Pseudomonas
Conclusion
2
Pseudomonas
Généralités et taxonomie :
- Le genre Pseudomonas appartient à la famille des
pseudomonacae
- Les bactéries genre Pseudomonas sont aérobie strict, mobiles et
oxydase (+)
- C’est un genre qui contient une quarantaine d’espèces
- L’espèce type est Psudomonas aeruginosa = espèce le plus
fréquemment isolée en pathologie infectieuse
3
- Bactérie Gram négatif, ubiquitaire:
- Présente dans l’environnement (eau, sol, plantes) et aussi dans
l’environnement hospitalier humide (matériel de dialyse, robinets, éviers,
siphons, solutions désinfectantes…).
- Possède naturellement des résistances à des antibiotiques, problème des
souches multi-résistantes.
- Peut former des biofilms.
- Cause d’infections pulmonaires nosocomiales
Première cause d’infection pulmonaire des patients atteints de
mucoviscidose.
4
I. Epidémiologie :
► Habitat :
- Bactérie saprophyte.
- Présente dans l’environnement naturel : eau, milieux humides
5
I. Epidémiologie :
► Habitat :
- Environnement du patient : douches, lavabos, éponges, bocaux
d’urine, solutions désinfectantes, endoscopes, respirateurs
- Bactérie présente chez le patient lui-même :
• Portage transitoire dans le tube digestif, voies respiratoires,
peau
• Colonise les zones corporelles humides : aisselles, pli de
l’aine, conduit auditif
6
I. Epidémiologie :
► Transmission :
- Sources environnementales
• Directe
• Indirecte (matériel lavé à l’eau du réseau)
- Interhumaine (sujet colonisé)
- Pression de sélection des antibiotiques : augment le risque de
colonisation
7
I. Epidémiologie :
► Facteurs de pathogenicité :
• Facteurs liés à l’hôte :
Pseudomonas aeruginosa = pathogène opportuniste
- Infections chez les patients à immunité affaiblie locale ou générale ( grands
brulés, chimiothérapie, transplantés, hémodialysés chroniques …)
- Malades d’unité de soins intensifs avec manœuvres invasives (respirateurs,
cathétérisme, sonde …)
8
I. Epidémiologie :
► Facteurs de pathogenicité :
• Facteurs liés à la bactérie : les plus importants
- Présence de pigments diffusibles : pyocyanine (pigment bleu) et pyoverdine
(pigment jaune vert) = produits siderophores
- Pili et autres protéines de la membrane externe = adhésion bactériennes aux
sites d’infection
- Sécrétion d’enzymes = fixation de la bactérie aux glycosphingolipides = rôle
dans la résistance à la phagocytose
- Protéase = action nécrotique et hémorragique
9
II. Pouvoir pathogène : 2 types d’infections
► Infections nosocomiales :
Elles sont fréquentes et graves
- Infections broncho-pulmonaires
- Surinfections des plaies opératoires
- Infection sur matériel prothétique
- Infection du liquide péritonéal chez les dialysés, infection cutanées chez les
brulés ….
10
II. Pouvoir pathogène :
► Infections communautaires :
Elles sont généralement localisées
- Infections oculaires (abcès de cornée chez les porteurs de lentilles, kératites,
endophtalmies)
- Infections cutanées ( intertrigo)
- Infections respiratoires (mucoviscidose)
- Otites :
• Externes aigues (chez l’immunodéprimé)
• Moyennes chroniques (chez les nageurs)
11
Infection nosocomiale
(respirateur)
Infections
communautaires
12
III. Diagnostic bactériologique :
1. Prélèvements :
Ils sont variés et dépendent de la nature de l’infection : Urine, crachat, LCR,
pus, matériel médicochirurgical, environnement humide du malade ….
2. Examen microscopique :
• Etat frais : bacille mobile (mobilité polaire)
• Après coloration : bacille Gram -, fins
13
3. Culture :
Pas d’exigences particulières pour la culture
- Culture sur milieux ordinaires ou spécial (milieu Cetrimide)
- Incubation : 30 à 41°C en atmosphère humide
- Les colonies = plates et extensives à bord irrégulier ou muqueuses
- Odeur caractéristique (fleur de Seringa)
- Production de 2 pigments : bleu (pyocyanine) ou jaune-vert (pyoverdine)
14
4. Identification biochimique :
- Oxydase +
- Les autres caractères biochimiques (utilisation de glucides, présence de
certaines enzymes) sont étudiés par des galeries d’identification
- Serotypage dans un but épidémiologique
5. Antibiogramme :
Très grande résistance.
Très nombreux mécanismes de résistance
15
IV. Traitement-Prophylaxie :
► Infections superficielles communautaires :
Traitement antibiotique local
► Infections nosocomiales :
Traitement par association bactéricide aminosides + betalactamines ou
fluoroquinolones
Prophylaxie : Hygiène autour des malades
– Lutte contre les zones humides: dépistage et désinfection de
l’environnement hospitalier
– Lavage des mains
– Recherche de colonisation chez tout malade hospitalisé,
environnement et antiseptiques
16
Autres Pseudomonas
- 20% à 40% des isolats cliniques du genre Pseudomonas (même
écologie = bactéries pathogènes opportunistes)
- Espèces de diagnostic différentiel:

– P. studzeri, P.putida, P.fluorescens, P.alcaligenes, …
- Diagnostic bactériologique similaire
17
Vibrions

Année 2020-2021
Pr Chadli . M
1
Plan
Introduction
Vibrion cholerae
Epidémiologie
Physiopathologie
Clinique
Autres Vibrions
Conclusion
2
Introduction
- Les vibrions sont des bacilles à Gram négatif incurvés
- Bactéries très mobiles (ciliature polaire)
- Hôtes naturels du milieu marin (supportent de fortes
concentrations en sel)
3
Introduction
On distingue :
- Les Vibrions cholériques qui comprennent les isolats appartenant aux
serogroupes O1 et O139 de l’espèce vibrio cholerae
- Les « vibrions non cholériques », qui comprennent, d'une part les
isolats des serogroupes autres que O1 et O139 de l'espèce Vibrio
cholerae, appelés Vibrio cholerae non-O1/non-O139, et d'autre part,
les isolats appartenant aux autres espèces du genre Vibrio.
- Parmi les 51 espèces connues dans le genre Vibrio, 12 sont
considérées comme pathogènes pour l'homme.
- Quatre espèces sont fréquemment isolées dans les laboratoires de
microbiologie clinique : Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus,
Vibrio vulnificus et Vibrio alginolyticus.
4
Vibrio cholerae
Agent du Choléra
(sérotypes O1 et O139
5
Vibrio cholerae
- Agent du cholera = maladie infectieuse diarrhéique
- Caractère le plus souvent épidémique par sa grande contagiosité
- Maladie strictement humaine à déclaration obligatoire
- Problème de santé mondial
- Souches pathogènes appartiennent aux serovars O1 et O139
- Les autres serovars entrainent des cas sporadiques
6
Vibrio cholerae
I. Caractères bactériologiques :
- Bacilles gram négatif, non sporulés, à la forme de bâtonnets
droits et incurvés
- Très mobiles grâce à un cil polaire
- Les vibrio possèdent une oxydase
- Fermentent le glucose sans production de gaz
- Aero anaerobies
- Le germe cultive facilement sur milieu ordinaire, supporte un
pH de 9 et une concentration de 3% de NaCl.
7
Vibrio cholerae
I. Caractères bactériologiques :
Le vibrio cholerae possède :
- Ag flagellaire H : thermolabile
- Ag somatique O : thermostable
- Seuls les groupes O1 et O139 entraînent le cholera épidémique
8
Vibrio cholerae
II. Habitat et épidémiologie :
► Réservoir du germe :
- Homme malade (le vibrio se trouve dans les selles)
- Convalescents
- Porteurs sains . Dans les zones d’endémie, le nombre de porteurs sains est
plus important que celui des malades
► Transmission :
- Directe : interhumaine (mains sales)
- Indirecte : eau, aliments souillés par les matières fécales
9
Vibrio cholerae
III. Aspects épidémiologiques :
- Avant: grandes pandémies
- Actuellement: épidémies et endémie dans différentes régions (Amérique
centrale, Asie du Sud-est, Extrême-Orient, Afrique).
10
- En 2008: épidémie au
Zimbabwe
- En 2010: épidémie en Haïti

après le terrible séisme de
Port-au-Prince
11
Vibrio cholerae
IV. Physiopathologie :
- Après ingestion, le vibrion cholérique s'implante plus facilement
chez les sujets dénutris ayant une hypoacidité gastrique
- Il se multiplie dans l'intestin grêle.
- Il produit une exotoxine protéique qui est responsable de la
maladie en activant l'adénylcyclase cellulaire
- Accroissement de l'AMP cyclique des entérocytes. Il s'ensuit
une fuite d'eau, de chlorures, de sodium, de potassium et de
bicarbonates.
12
13
Vibrio cholerae
V. Aspects cliniques :
► Formes majeures :
- Incubation rapide dure quelques heures à 5 jours
- Diarrhée profuse avec aspect riziforme des selles
- Vomissements et déshydratation importante
- Température normale ou basse
- L’évolution dépend de la rapidité et de la qualité de la réhydratation
- Evolution spontanée est à l’origine de 50% de mortalité
► Formes bénignes :
Plus fréquentes. Elles se traduisent par un tableau de diarrhée banale
14
15
Vibrio cholerae
► Prélèvement :
- Selles recueillies rapidement au cours des 24 h qui suivent la
symptomatologie
- Vomissements
- Autres : aliments, eau
► Examen direct : rapide et facile. Intérêt certain pour diagnostic présomptif
- Etat frais : bacilles très mobiles et incurvés
- Coloration de Gram : Flore monomorphe constituée de bacilles Gram
négatif en virgules ou en bâtonnets
16
Vibrio cholerae
► Transport :
- Il existe des milieux de transport à température ambiante Cary-Blair, eau
peptonée alcaline
- Soit papier buvard imbibé par la selle et placé dans un flacon hermétique
contenant quelques gouttes d’eau physiologique pour éviter la dessiccation
Ce moyen de transport permet de garder les bactéries viables pendant 4
semaines
17
Vibrio cholerae
► Examen direct : rapide et facile.
- Etat frais : bacilles très mobiles et incurvés
- Coloration de Gram : Flore monomorphe constituée de bacilles Gram
négatif en virgules ou en bâtonnets
18
Vibrio cholerae
► Culture :
- Sans enrichissement :
Culture facile en 24 h à 37°C sur milieux usuels avec aspect caractéristique des
colonies en bris de verre
19
Vibrio cholerae
► Culture :
- Avec enrichissement : l’ensemencement doit être réalisé à la fois dans :
● Bouillon d’enrichissement : eau peptonée saline alcaline
● Milieu sélectif : TCBS ( gélose nutritive alcaline). Incubation à 37°C.
Aspect jaune des colonies. GNA : colonies bleutées à bord régulier
● Repiquages ultérieurs à partir du bouillon d’enrichissement (voile en
surface)
20
Milieu TCBS
Enrichissement
21
Vibrio cholerae
● Caractères biochimiques : (Api 20E, Api NH)
Glucose +, saccharose +, Nitrate réductase +, Indole +
● Caractères antigéniques :
L’identification biochimique doit être poursuivie par l’étude antigénique :
sérums agglutinants anti vibrion cholérique ( V. cholerae O1, O139)
22
Agglutination avec les sérums antiO1 et anti O139
23
Vibrio cholerae
► Autres méthodes de diagnostic :
- Technique rapide par bandelette réactive :
Prélèvement de selle ou écouvillonnage rectal
Résultat en 2 à 15 min sous forme d’une bande colorée.
- Biologie moléculaire (PCR)
- IFD :
Dénombrement ainsi que la mise en évidence de la forme non viable de la
bactérie (analyse des eaux)
24
Vibrio cholerae
► Antibiogramme :
Réalisé sur gélose Muller Hinton
Les antibiotiques à tester sont :
- Tetracyclines
- Aminosides
- Trimethoprime-sulfaméthoxazole
- Chloramphenicol
- Erythromycine
- Fluoroquinolones
25
Vibrio cholerae
VI. Traitement :
- Réhydratation précoce.
- Antibiothérapie secondaire à base de tétracycline ou cotrimoxazole
VII. Prophylaxie :
- Lutte contre le péril fécal
- Hygiène individuelle et alimentaire
- Vaccination :
- Efficace dans 50 à 60 % des cas
- Protection de courte durée
- Supprimée du règlement sanitaire
26
Autres Vibrions
Vibrio cholerae non O1 et non O139
– Agents de syndromes diarrhéiques moins sévères que le Choléra
– Diagnostic différentiel avec VcO1/O139
Vibrions halophiles
– Agents de TIAC liées aux fruits de mer
– V.alginolyticus résponsable d’infections externes: otites, conjonctivites,
atteintes cutanées, …
– V.vulnificus résponsable d’infections septicémiques, surinfections de
plaies et possibilité d’abcès métastatiques nécrosants
– NB: V metschnikovii est Ox (-)
27

Microbiologie S3 Chadli Médecine Oct 2020

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UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT

2ème Année de Médecine

Cours 2eme année Médecine

o Zoonose : maladie animale, plus rarement humaine

o Sévère et invalidante, rarement fatale

• L'identification précise doit être réalisée par un laboratoire spécialisé

• Hybridation ADN/ADN et séquençage du gène codant pour l’ARN 16S

• Espèce unique : B. melitensis

• Plusieurs sous-espèces et biovars

• Morphologie : petits coccobacilles, à Gram négatif, mesurant 0,6–1,5 μm de long

o Culture lente sur milieux enrichis au sang (température optimale : 34 °C)

• Caractère antigénique : lipopolysaccharide est le plus immunogène

• Facteurs de virulence : bactéries intracellulaires facultatives du monocyte-

• Transmission : Directe au contact d’animaux infectés (cutanée, conjonctivale ou

• Facteurs favorisants : professions à risque (éleveurs, vétérinaires, techniciens)

• Caractères épidémiques : Forte régression dans les pays développés, endémique

• Contamination digestive +++

• Brucella ne produit pas de toxines protéiques

• Période d’incubation variable : 1 à 3 semaines

• Phase aiguë : septicémie d’origine lymphatique + fièvre ondulante

• Phase subaiguë : localisations secondaires (neuroméningées, cardiaques,

• Phase chroniques : asthénie (physique, psychique et sexuelle)

• Femme enceinte : avortements, accouchements prématurés, mort in utero

► Diagnostic bactériologique direct :

o Plusieurs semaines d’incubation

o Moins de 5 jours dans les systèmes d’hémoculture automatisés

o Sensibilité des hémocultures supérieure à 80 % en phase aiguë de la maladie

o Formes focalisées (suppurations ou biopsies) : sensibilité bien supérieure à la culture

o Utile dans le cas où l’administration d’une antibiothérapie empirique empêche

o Technique d’agglutination en tube ou séroagglutination de Wright : référence

o Autres techniques : agglutination sur lame ou épreuve de l’antigène tamponné

• Diagnostic indirect : Sérologie

o Détectent principalement les anticorps anti-LPS

o Fréquence des réactions croisées

SAW : séroagglutination de Wright, ETA : épreuve de l’antigène tamponné 17

• Les antibiotiques les plus actifs sont les aminosides (streptomycine et

• Un traitement chirurgical du foyer infectieux est parfois nécessaire

• Contrôle de l’infection chez les animaux d’élevage : médical (vaccination) et

• Antibioprophylaxie si exposition à la culture ou au vaccin

• Pas de vaccin anti-Brucella efficace et bien toléré chez l’homme

• Traitement et prévention faciles

Cours 2eme année Médecine

Bactériémies et survenues de localisations secondaires

Caractères d’identification de certaines espèces de Campylobacter

25°C Cat Hip Nal Cef

• Connaitre les caractères bactériologiques d’une entérobactérie

Escherichiae Klebsiellae Proteae Yersiniae

TRIBU - GENRE - ESPECES -

- Bacilles Gram- aux extrémités arrondies

- Poussent sur milieu ordinaire (bouillon ou gélose) en 24h à

- Permettent de classer en sérotypes les souches de même

- Grand intérêt épidémiologique

Antigènes K Ag de surface •Ag de capsule si souche capsulée, de nature

Invasion et destruction tissulaire

Destruction et désorganisation du système immunitaire:

2.Pathologies liées aux pathogènes opportunistes :

►Choix des milieux de culture:

• Toutes les Entérobactéries sont catalase +

Après 24 h à 37°c, la lecture consiste à étudier le niveau du tube ou une

A .culture sur toute la hauteur : aéro-

-Utilisation du glucose: Virage du culot au jaune (Toutes les entérobactéries)

2. Etude du métabolisme glucidique :

Etude de la dégradation du lactose : recherche de la Bêta-

- Il explore la présence d’une enzyme utile au métabolisme du lactose (la beta-