• le sous-règne des Eumycota rassemble les Ascomycota, les Basidiomycota, les Zygomycota

et les Chytridiomycota (les Deuteromycota, un groupe qui rassemblait les champignons sans
stade de reproduction sexuelle connue, n'existe plus et ces champignons sont aujourd'hui
pour la plupart classés parmi les Ascomycota). Ce sont des opisthokontes, comme les
animaux dont ils sont phylogénétiquement les plus proches parents ;
• les Microsporidia sont aussi des opisthokontes mais différentes des Eumycota ;
• les Oomycota (dont le Mildiou), les Labyrinthulomycetes et les Hyphochytriomycetes sont
des hétérokontés, plus proches de divers groupes d'unicellulaires et d'algues brunes que des
autres champignons ;
• les Mycetozoa (anciennement appelés : Mycétozoaires) sont classés dans les Amoebozoa.