INSTITUTO POLITECNICO NACIONAL

UNIDAD PROFESIONAL INTERDISCIPLINARIA DE BIOTECNOLOGIA

MATERIA: INGENIERÍA CELULAR

PROFESORA: IBT NANCY CRISTAL ZUÑIGA

ANÁLISIS DE LA VÍA DE SÍNTESIS DE AMINOÁCIDOS DE LA FAMILIA DEL

ASPARTATO. (LISINA, METIONINA Y TREONINA)

ALUMNA: GRAJEDA REYNA MICHELLE

CARRERA: INGENIERIA BIOTECNOLOGICA

GRUPO: 6BV1
INTRODUCCIÓ N.

Dentro de la ingenierá metabolica algunas de las rutas metábolicas mas importantes de las que se
refieren a la biosíntesis de aminoácidos esenciales, los cuales se sintetizan a partir de precursores
metabólicos conocidos, No obstante sus vías sintéticas solo se hallan en plantas y
microorganismos, y suelen implicar mas pasos que las vías de síntesis de los aminoácidos no
escenciales. Por ejemplo, la lisina, la metionina y la treonina se sintetizan a partir de aspartato por
medio de vías cuya principal reacción la cataliza la aspartatocinasa, una enzima presente solo en
plantas y microorganismos. Como dato de las aplicaciones biotecnológicas del estudio de estas
vías se puede mencionar que varios herbicidas de utilidad agrícola son inhibidores específicos de
alguna de las enzimas que catalizan estas vías y por lo tanto poseen un riesgo mínimo para la salud
humana y el medio ambiente.
La familia del aspartato: lisina, metionina y treonina.
En las bacterias, el aspartato es un precursor común de la lisina, la metionina y la treonina. La
biosíntesis de estos aminoácidos esenciales comienza con la fosforilación de aspartato para
generar aspartil-β-fosfato catalizado por la aspartatocinasa. Como es sabido, los sitios de control
en las mayoría de las vías metabólicas suelen hallarse en el primer paso de estas, pero se ha
encontrado que esta vía es una excepción, ya que cada una de las vías de esta familia se regula de
manera independiente. En E.coli se lleva a cabo por medio de tres isoenzimas de la
aspartatocinasa que responden de manera diferente a los tres aminoácidos, tanto en la inhibición
enzimática por retroalimentación como en la represión de la enzima. Además, la dirección de la vía
se controla en los puntos de ramificación por la inhibición por retroalimentación de los
aminoácidos individuales. De este modo, la metionina inhibe la O-acilación de la homoserina y la
lisina inhibe la hidrodipicolinato sintasa.
Se pueden identificar también claramente los puntos en donde esta vía se relaciona con otras vías
metabólicas, tales como el Ciclo de Krebs (o de los ácidos tricarboxílicos) o la Glucólisis, ya que
algunos de sus intermediarios o de sus productos se utilizan como cofactores en las reacciones de
transformación de la vía.
RUTA. El esquema que a continuación se presenta fue realizado con el software “Chem Sketch”.
RUTA DE LA FAMILIA DEL ASPARTATO
-
O
-
O
O
Piruvato +
OH O N O
H3C
H H
O
-
H
O
- -
Aspartato
O O NADPH
N
O
O H NADP+Pi
4-hidroxi-tetrahidrodipicolinato -
O
O
+
H 2O N O
H H
H
 aspartato-semihaldehído NADPH
- -
O O NADP+
N Homoserina
O O
O
HO
Dihidropicolinato ATP
S u c c in il - C o A + -
N A D PH N O
H H ADP
H
+
C oA SH
N A D P
O
O O
- O
- O
O - +
N - +
O 3P N O
Succinato N O H H
H H H
O O H
O-succinilhomocerina Fosfohomoserina
Tetrahidrodipicolinato
S u c c in il - C o A + H 2 O C is te ín a H 2O
S u c c in a to Pi
C oASH
H O
CH3
- O
-
S CH
O -
O +H O
N H N H O OH
O HN O - H H
Succinato O H NH2
N-succinil-2-amino-6-ceto-L-pimelato
O
-
- O
O
O O Cistationina Treonina
NH2
Glutamato
-cetoglutarato
O
- Piruvato+NH 3
-
O O
N H S
H +
O N O CH3
H
H
N-Succinil-L.L-  diamino-pimelato NH2
H 2O Metionina

S u c c in a to
O hh
O
H+ CO2
3 - + O
-
O O H N
+ HH +
+ N N H -
N H H O
H HH H
H H
L-diamino-pimelato Lisina
BALANCES DE LA RUTA.

BALANCE POR ELEMENTOS.

Asp=Aspartato; β-asp= β-aspartato-semialdehído; Hser=Homoserina; Lisina = K ; Metionina = M ;
Treonina = T;

C: (1*Asp)+(1*β-asp)+(1*Hser)+(1*K)+(1*M)+(1*T)
H: (3/2*Asp)+(7/4*β-asp)+(5/2*Hser)+(7/3*K)+(1/5*M)+(9/4*T)
O: (1*Asp)+(3/4*β-asp)+(3/4*Hser)+(1/3*K)+(2/5*M)+(3/2*T)
N: (1/4*Asp)+(1/4*β-asp)+(1/4*Hser)+(1/3*K)+(1/5*M)+(1/4*T)
S: (0*Asp)+(0*β-asp)+(0*Hser)+(*K)+(1/5*M)+(0*T)

Es=(β-asp, Hser) Es*=(Asp) Ex=(K, M, T)

Sustituyendo:

1 1 1
1 1
1 7 11 9
5
2 7 4 5 4
2
4 1 2 3
3 3
Es= Es*= 1 Ex= 3 5 2
4 4
1 1 1 1
1 1
4 3 5 4
4 4
0 1
0 0 0 0
5

Armado la ecuacuón para Balande Gral:

ys1
α∙Es + ys2 ∙ Ex – Es* = 0
ys3

Sustituyendo:
 1 1 1
1 1
7 11 9 1
5
2 4 5 4 7
2 ys1 1 2 3 4
3 3
α∙ 4 4 + ys2 ∙ 3
1
5
1
2
1
- 1
1
= 0
ys3
1 1
3 5 4 4
4 4
1 0
0 0 0 0
5

Suponiendo que α=1.5 ; ys1=0.8 ; ys2=0.7 ; ys3=0.5 se armaron los siguientes arreglos matriciales y se
introdujeron en el software MATLAB R2009a:

a=1.5;
>> Es=[1,1;2,5/2;3/4,3/4;1/4,1/4;0,0]

Es=
1.0000 1.0000
2.0000 2.5000
0.7500 0.7500
0.2500 0.2500

>> Ex=[1,1,1;7/3,11/5,9/4;1/3,2/5,3/2;1/3,1/5,1/4]

Ex =
1.0000 1.0000 1.0000
2.3333 2.2000 2.2500
0.3333 0.4000 1.5000
0.3333 0.2000 0.2500

>> ys=[0.8;0.7;0.5]
ys =
0.8000
0.7000
0.5000

>> c=Ex*ys
c=
2.0000
4.5317
 1.2967
0.5317

>>a .*Es
ans =
1.5000 1.5000
3.0000 3.7500
1.1250 1.1250
0.3750 0.3750

>> d=a.*A
d=
1.5000 1.5000
3.0000 3.7500
1.1250 1.1250
0.3750 0.3750

>> e=[1;7/4;1;1/4]
e=
1.0000
1.7500
1.0000
0.2500

Lo que nos da como resultado dos matrices que se suman

s=[c-e]

s=

1.0000
2.7817
0.2967
0.2817

>> d2=[1;0.75;0;0]

d2 =

1.0000
0.7500
0
0
Dando como resultado una sola matriz de coeficientes:
>> h=d2+s

h=

2.0000
3.5317
0.2967
0.2817
Por lo tanto el Balance general queda de la siguiente manera:

C2 H 3.5317 O 0.2967 N 0.2817 S 0.2 = 0

BALANCE DE GRADO DE REDUCCIÓN.

Tomamos en cuenta que se consideran los siguientes valores de reducción por elemento.

H=1 O = -2
C=4 P=5
N = -3 S=6

Y Considerando también la siguiente ecuación general para La determinación de Kx:

YKx+βcKCO +βwKH O+αKCH4+αOKO = 0

2 2 2

Se encontraron en la bibliografía los siguientes valores para grado de reducción de los compuestos:

Aspartato = 3
Lisina = 4.67
Metionina = 6
Treonina = 4
NADPH = 2

Y también fue posible calcular los valores para:

Β-aspartato-semialdehído = 3.75
Homoserina = 4.25

Y se calculó a partir de la ecuacuón general sustituyendo con los siguientes valores:

Y(C2 H 3.5317 O 0.2967 N 0.2817 S 0.2)+βKCO2 +βKH2O-αOKO2+KNADPH = 0

Depejamos a Y y nos queda:

1.35+0.5(2) 2.35
Y= = =0.08853
11.2952 11.2952
Calculo de Velocidades Volumétricas Desconocidas.

q asp qC
q βasp qK
qm=q Hser qc=q M
qX qT
qw qw

Considerando las siguientes ecuaciones:

Em ∙ qm + Ec ∙ qc = 0

-(Ec)-1 ∙ Em ∙ qm = qc

Se puede calcular -(Ec)-1 y el producto de -(Ec)-1 ∙ Em:

>> Em=[1,1,1,2,0;3/2,7/4,5/2,3.5317,6;1,3/2,3/4,0.2967,3;1/4,1/4,1/4,0.2817,0;0,0,0,0,0]

Em =
1.0000 1.0000 1.0000 2.0000 0
1.5000 1.7500 2.5000 3.5317 6.0000
1.0000 1.5000 0.7500 0.2967 3.0000
0.2500 0.2500 0.2500 0.2817 0
0 0 0 0 0

>> Ec=[1,1,1,1,0;0,7/3,1/5,9/4,2;2,1/3,2/5,3/2,1;0,1/3,1/5,1/4,0;0,0,1/5,0,0]

Ec =
1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0
0 2.3333 0.2000 2.2500 2.0000
2.0000 0.3333 0.4000 1.5000 1.0000
0 0.3333 0.2000 0.2500 0
0 0 0.2000 0 0
>> Ecinv=inv(Ec)

Ecinv =
2.0000 0.2500 -0.5000 -7.2500 -2.0000
3.0000 0.7500 -1.5000 -9.7500 -3.0000
0 0 0 0 5.0000
4.0000 -1.0000 2.0000 17.0000 0
1.0000 0.7500 -0.5000 -7.7500 3.0000

>> -1.*Ecinv.*Em
ans =
2.0000 -0.2500 0.5000 14.5000 0
4.5000 -1.3125 3.7500 34.4341 18.0000
0 0 0 0 - 15.0000
1.0000 0.2500 -0.5000 -4.7889 0
0 0 0 0 0

Lo que resulta en:

2.0000 -0.2500 0.5000 14.5000 0

4.5000 -1.3125 3.7500 34.4341 18.0000
q asp
q βasp
0 0 0 0 - 15.0000 ∙ q Hser = qc
qX
qw
1.0000 0.2500 -0.5000 -4.7889 0
0 0 0 0 0
ANALISIS DE FLUJOS METABÓLICOS.
RESUMIENDO LA RUTA DE LA FAMILIA DEL ASPARTATO Y SUS RELACIONES CON OTRAS RUTAS
-
O
-
GLUCOLISIS O
O
+
Piruvato N O
H H
H3C
O
H
-
O
O
Aspartato
NADPH VÍA DE LAS PENTOSAS

H NADP+Pi
-
O
O
+
N O
VÍA DE LAS PENTOSAS H 2O H H
H
 aspartato-semihaldehído NADPH
N A D PH NADP+

N A D P + Homoserina
O
S u c c in il - C o A + H 2 O HO
S u c c in il - C o A + -
ATP
N O
CICLO KREBS C oASH H H ADP
H
H 2O
C oASH

S u c c in a to H O
C is te ín a CICLO KREBS 2

S u c c in a to Pi
Glutamato
CH3
-cetoglutarato
+
H Piruvato+NH 3
O OH
CO2
S NH2
O
+ O CH3 Treonina
H N
HH + - NH2
N H O
H Metionina
H
Lisina
C is te ín a

Por lo tanto los flujos indican:

3(Asp) = 3(β-asp-sa) …………………..1
3(β-asp-sa) = 1(K) + 2(Hser)…………2
2(Hser) = 1(M) + 1(T)…………………..3

Armando el modelo matemático: R’n 1 R’n2 R’n3

−3 0 0
3 −3 0
0 1 0
0 2 −2
0 0 1
0 0 1
Armando la matriz:

1 0 0
0 1 0
0 0 1
−3 0 0
3 −3 0
0 1 0
0 2 −2
0 0 1
0 0 1

BIBLIOGRAFÍA.

Nielsen,J;Villdsen,J;”Biorreaction Engineering Principles”, 2ª Ed., Plenum Publishing Corp, New

York,2003. (Pags. 54-187)

Voet&Voet,”Bioquímica”, 2da Ed.,2004.(pag. 1077-1081)