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© INRS, 2012.
Graphisme et illustrations : Sophie Boulet.
Les risques biologiques
liés aux techniques de génie
génétique en laboratoire
Christine DAVID
et Véronique CARON (INRS)
ED 6131
Juillet 2012
Nous adressons nos remerciements à Bernard Cornillon (Inserm) pour sa collaboration,
ainsi qu’aux différents spécialistes consultés en cours de rédaction :
- Marie-Laurence MOUSEL (Institut Pasteur de Paris),
- Radia ZERGAOUI (Vectalys),
- Jean-Pierre DE CAVEL (Institut Pasteur de Lille),
et aux médecins du travail ayant participé à la réflexion.
Sommaire
Sommaire
Introduction..................................................................................................... 4
1. Rappels...................................................................................................... 6
1.1 Les cellules............................................................................................ 6
1.2 Les gènes et protéines.......................................................................... 7
1.3 Les virus................................................................................................. 8
1.4 Cas particulier des Rétrovirus.............................................................. 11
Conclusion...................................................................................................... 26
Annexes.......................................................................................................... 27
3
> Introduction
D
epuis la découverte de la structure en double hélice de l’ADN en
1953 par James Watson et Francis Crick, l’homme a saisi l’intérêt
qu’il pouvait tirer de modifications des informations portées par
cette molécule de vie. Il devenait possible d’enlever un gène d’une cellule
d’une espèce et de l’insérer dans une cellule d’une autre espèce. Les premiers
organismes génétiquement modifiés (OGM) sont ainsi apparus dans les années
soixante-dix, notamment en 1978, avec la création d’une souche d’Escherichia
coli modifiée par insertion d’un gène humain codant pour l’insuline. Les
années suivantes ont vu l’essor de nouvelles techniques accompagnant le
développement de nouvelles applications.
4
La manipulation de cultures cellulaires de toutes origines, l’usage de vecteurs
viraux comme outil, l’apparition de nouveaux vecteurs, la complexification des
techniques, rendent l’évaluation et la prévention des risques professionnels
particulièrement délicate dans les laboratoires construisant et manipulant des
OGM.
5
>1. Rappels 1.1. Les cellules
Ribosome
Ribosome
Génome (ADN)
Une molécule d’ADN double-brin (voir figure Une ARN-polymérase se fixe sur le brin
3.1) comporte une succession de gènes qui d’ADN (au niveau du promoteur d’un gène),
codent chacun pour un peptide (une sé- synthétise un brin d’ARN messager (ARNm)
quence d’acides aminés). Le passage du et se décroche au niveau de la séquence de
gène au peptide se fait en plusieurs étapes : terminaison (voir figure 3.2).
la transcription d’un brin d’ADN en un
brin image d’ARN2 messager, Dans les cellules eucaryotes, certaines
la traduction du brin d’ARN messager en séquences non codantes des ARNm (les
un peptide. introns) sont ensuite éliminées pour aboutir
à un ARNm mature. Cet ARNm passe dans
La séquence codante du gène est entourée le cytoplasme puis est traduit en peptide par
de séquences jouant un rôle lors de la trans- l’intermédiaire d’un ribosome (voir figure 3.3).
cription :
Le peptide ainsi produit (voir figure 3.4)
un promoteur permettant l’initiation de la
peut subir des transformations post-traduc-
transcription de l’ADN en ARN,
tionnelles, notamment par ajout d’autres
une ou des séquences de régulation de peptides, de groupes fonctionnels de type
transcription : silencer, enhancer… (tous glycosyl, acétyl, méthyl, phosphate, ou par
les gènes ne sont pas exprimés dans toutes création de ponts ou de clivages entraînant
les cellules, ni avec la même intensité), des changements de conformation dans
un codon d’initiation qui marque le début de l’espace (voir figure 4, page suivante).
la séquence d’ADN qui va être transcrite.
une séquence de terminaison qui mar-
que la fin de la transcription.
3.1 - ADN double brin 3.2 - Transcription d’un brin d’ADN en ARNm
par l’ARN polymérase
5’ 3’
Dans le noyau
5’ 3’
3’ 5’
3’ 5’
ARN Polymérase
Dans le cytoplasme
5’ 3’
Ribosome
Cellule procaryote
Cytoplasme ADN
gène A gène B
Transcription
A B
ARNm
Traduction
protéine A protéine B
Cellule eucaryote
Noyau
Cytoplasme ADN
gène A
exon intron exon intron exon
Transcription
ARNm.
nucléaire
hétérogène
Epissage (introns ôtés)
Groupes fonctionnels
ARNm
Passage dans cytoplasme mature
Traduction
1.3. Les virus Une fois la cellule hôte reconnue par le virus,
le génome viral y pénètre (voir figure 5) et
Les virus sont des parasites obligatoires vi- utilise la machinerie de la cellule pour se
vant dans un hôte (cellule animale ou végé- répliquer et synthétiser les protéines de sa
tale, bactérie), dont ils détournent à leur profit capside et celles de l’enveloppe s’il en pos-
une partie de la machinerie cellulaire. Leur sède une. De nouveaux virus se forment dans
génome (ADN ou ARN) contient le minimum la cellule et en sortent, provoquant ou non
d’information pour assurer l’infection et les la lyse cellulaire. Certains virus s’entourent
premières étapes de leur réplication dans d’un fragment de membrane cellulaire ou de
l’hôte. Cet acide nucléique est entouré d’une membrane nucléaire qui devient alors une
capside et souvent d’une enveloppe, toutes partie de l’enveloppe virale.
deux constituées de protéines. Ces protéines
servent notamment à la reconnaissance spé- Les virus à ARN présentent une étape spé-
cifique de la cellule hôte lors de l’infection. cifique après l’infection, la rétrotranscription,
L’absence de l’une ou de plusieurs de ces pendant laquelle le génome ARN est trans-
protéines peut altérer, voire supprimer, l’in- formé en son image ADN.
fectiosité du virus.
8 8
Figure 5 - Exemple de réplication de virus à ADN nu (a) et enveloppé (b) dans une cellule eucaryote.
a) Virus nu
Pénétration du virus
ADN viral
Transcription
Réplication
ARNm viral
Traduction
ADN .
viral Protéines .
virales
Assemblage
b) Virus enveloppé
Noyau
Sortie du virus
Pénétration du virus
ADN viral
Réplication Transcription
ARNm viral
ADN . Traduction
viral
Protéines .
virales
Assemblage
Sortie du virus
9 9
Figure 6 - Réplication d’un Rétrovirus.
5’ 3’ ARN du Rétrovirus
R U5 gag pol env U3 R
LTR LTR
Provirus
Provirus intégré .
dans l’ADN .
de la cellule hôte
LTR LTR
Transcription
LTR (long terminal repeat) contenant les séquences U3, R et U5 : impliquées dans l’intégration .
de l’ADN viral dans le génome de la cellule hôte et servant de promoteur de transcription.
R : séquence répétée
L e gène gag code pour des protéines de la capside, le gène pol pour la transcriptase inverse .
et l’intégrase, le gène env pour une protéine de l’enveloppe virale.
10
1.4. C as particulier des Rétrovirus
Les Rétrovirus, dont font partie par exemple Ces notions auront leur importance lors de
les Lentivirus, ont un mécanisme de réplica- l’utilisation de vecteurs construits à partir de
tion particulier. Leur génome se trouve sous ces virus. Les vecteurs sont, par exemple,
forme d’ARN (voir figure 6). Il faut l’interven- délétés des gènes gag (codant pour des
tion d’une enzyme particulière, la transcrip- protéines de capside), pol (codant pour la
tase inverse, pour produire un ADN double transcriptase inverse et l’intégrase) et env
brin à partir de l’ARN simple brin viral. (codant pour une protéine de l’enveloppe
L’ADN viral est ensuite intégré par une autre virale). Cette délétion les empêche de sortir
enzyme (l’intégrase) à n’importe quel endroit de la cellule infectée. D’autres vecteurs sont
du génome de la cellule. Le provirus (l’ADN délétés en U3 (vecteur DU3 ou SIN : self inac-
viral intégré) est alors assimilé au génome tivating vector), ce qui inhibe la transcription
cellulaire et se transmet aux cellules filles. du provirus.
Les provirus peuvent être parfois activés.
Dans ce cas, le provirus est transcrit en ARN
qui pourra être traduit en protéine ou encap-
sidé pour produire un nouveau virus.
11
>2. Éléments Les constructions génétiques, effectuées en
laboratoire, consistent globalement à couper
des gènes d’intérêt présents dans les cel-
nécessaires
lules d’un organisme, les assembler, les mo-
difier et les intégrer dans d’autres cellules.
Ces constructions génétiques peuvent avoir
plusieurs objectifs :
d’OGM
produire un organisme transgénique (ani-
mal ou végétal),
étudier la régulation d’un gène…
Il existe de nombreuses constructions géné- Les YAC (Yeast Artificial Chromosomes) sont
tiques élaborées par différentes équipes de re- des « chromosomes artificiels » de levure qui se
cherche, par exemple : multiplient dans la levure hôte comme des chro-
Les cosmides sont des plasmides com- mosomes normaux. Ils permettent de cloner de
prenant des gènes d’encapsidation du bacté- très grands fragments d’ADN (600 à 1 400 kb)
riophage λ, permettant d’infecter les bactéries et sont souvent utilisés pour la production de
Escherichia coli, dans lesquelles ils se multi- banques génomiques.
plient de façon autonome. Les YRP (Yeast Replicating Plasmids) et les
Ces cosmides sont utilisés comme vecteur, pou- YEP (Yeast Episomal Plasmids) sont des vec-
vant intégrer des inserts de 40 kb7, ce qui les teurs permettant de répliquer les gènes étran-
rend intéressants pour constituer des banques gers, sans intégration dans le génome de la
génomiques8. levure hôte.
Les BAC (Bacterial Artificial Chromosomes) Les YIP (Yeast Integrating Plasmids) sont des
ont été construits à partir d’un plasmide F et plasmides permettant d’insérer les gènes étran-
permettent de cloner de grands fragments gers au génome de la levure hôte.
d’ADN (100 à 300 kb) dans une souche spéci-
fique d’E.coli qui tolère les BAC.
Phage
Paroi
bactérienne
Arrivée Pénétration et percement Injection de l’ADN
(7) Kb : kilobase correspondant à 1000 bases d’un acide nucléique. Les bases peuvent être de 5 types : adénine, guanine, thymine, cytosine, uracile.
14 14 (8) Banque génomique : fragments d’ADN ou ADNc conservés dans des cellules.
2.3. Les Baculovirus virus sont donc employés pour produire en
grande quantité des protéines nécessitant
Les Baculovirus sont des virus de larves des modifications post-traductionnelles (ajout
d’insectes pouvant se présenter sous deux de groupements glycosyl, acétyl, méthyl,
formes : phosphate…).
sous forme de polyèdre, enfermant plu-
sieurs particules virales, leur permettant de
résister dans l’environnement et de passer
d’une larve à une autre ; 2.4. Les vecteurs viraux défectifs
sous forme d’une simple particule virale se
propageant d’une cellule à l’autre à l’inté- Les vecteurs viraux défectifs utilisés en la-
rieur d’une même larve. boratoire sont des génomes de virus sau-
vages dont certains gènes ont été éliminés,
Cette particule virale simple peut se multiplier pour limiter leur diffusion et leur pathogéni-
dans les cultures de cellules d’insecte. Les cité. Ainsi, les Lentivirus sont dépourvus des
gènes intervenant dans la formation du po- gènes vpu, vpr, vif, nef… impliqués dans leur
lyèdre sont alors supprimés du génome viral, pathogénicité et d’autres gènes nécessaires
pour laisser place à des gènes d’intérêt pou- à la réalisation du cycle viral, comme le gène
vant avoir une taille très importante (50 kb). gag (codant pour des protéines de capside), le
En effet, la taille de la capside du Baculovirus gène env (codant pour des protéines d’enve-
s’adapte à la taille de l’ADN qu’elle emballe. loppe), le gène pol (codant pour la transcrip-
Le Baculovirus peut pénétrer de nombreuses tase inverse et l’intégrase). Chez les vecteurs
lignées cellulaires de mammifères, mais son adénoviraux9, les gènes early impliqués dans
génome ne peut pas y être transcrit, il n’y a la réplication des virus sont supprimés. Les
donc pas production de particules virales. Par vecteurs défectifs sont donc a priori inca-
contre, l’insert qu’il porte sera transcrit parce pables de se multiplier naturellement.
qu’un promoteur aura été placé en amont. De nombreux vecteurs viraux peuvent être
utilisés selon les buts recherchés : apporter
En recherche, l’intérêt de ce système Ba- durablement à un malade la protéine qui
culovirus-cellule d’insecte est qu’il permet lui manque (thérapie génique) ou étudier la
des modifications post-traductionnelles des fonction d’une protéine en l’introduisant dans
protéines nouvellement synthétisées comme un système où elle n’existe pas naturelle-
c’est le cas chez les vertébrés. Les baculo- ment (voir tableau 1).
HEK 293
MLV
gag, env, pol (cellules rénales
(Murine Leukemia virus)
embryonnaires humaines)
VIH 1
gag, env, pol, vif, vpr, nef, vpu, tat, rev HEK 293 FT
(Human immunodeficiency virus)
16
Figure 9 - Mécanismes de transcomplémentation.
Vecteur
Plasmides .
avec les gènes .
gag, pol, env
Noyau et génome
cellulaire avec les gènes Production des virus
gag, pol, env
à la production
séquence insérée (ou insert, gène d’intérêt),
vecteur,
organisme receveur,
OGM final.
18
Le médecin du travail ne peut évaluer seul de la syphilis, de la maladie d’Epstein-Barr,
les risques encourus lors de la construction d’infection à Cytomégalovirus, de la toxo-
et de la manipulation des OGM. C’est une dé- plasmose et du paludisme. D’autres agents
marche collective pluridisciplinaire, à mener pathogènes peuvent être recherchés dans
avec les préventeurs et les chercheurs. En l’échantillon, en fonction de l’organe ou de
effet, l’évaluation des dangers est très diffi- la zone géographique dont il provient (zones
cile en raison de la grande diversité des élé- endémiques pour la fièvre Ebola, la fièvre de
ments intervenant dans la construction d’un la vallée du Rift, l’histoplasmose…). à défaut
OGM (ADN, ARN, virus, bactéries, plasmides, d’information, il convient dans la mesure du
cellules humaines ou animales, autres OGM, possible de conserver un échantillon permet-
etc.). Cette évaluation doit se faire étape par tant de faire des analyses ultérieures en cas
étape, en considérant chaque élément : l’or- d’accident.
ganisme/cellule donneur, l’insert, le vecteur Si l’organisme donneur provient de souches
et l’organisme/cellule receveur. cellulaires commercialisées ou échangées
entre laboratoire, le groupe de danger 1, 2 ou
3 sera communiqué par le fournisseur.
(16) www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid54116/principes-de-classement-et-guides-officiels-de-la-commission-de-genie-genetique-
fevrier-2001.html
20 (17) Tropisme : affinité d’un agent infectieux pour un règne, un genre, une famille, une espèce, un organe, un tissu ou un type cellulaire.
gènes codant pour des protéines indispen- Cas particulier des Rétrovirus
sables au cycle de multiplication, ils ne pour- Les Rétrovirus (par exemple HIV et MLV)
ront pas se reconstituer et donc se propager s’intègrent dans le génome cellulaire. Même
hors de la cellule. Ainsi, ils peuvent s’introduire les vecteurs défectifs pour les gènes gag,
dans une cellule eucaryote, mais ne peuvent pol, env gardent leur promoteur de transcrip-
pas propager l’infection, ce qui protège le ma- tion U3 et donc leur capacité à transcrire leur
nipulateur en cas d’accident (voir tableau 2). provirus (voir § 1.4 « Cas particulier des
Rétrovirus »).
Cependant, les vecteurs privés de leurs gènes
gag, pol, env pour les Rétrovirus, ou E1, E2, Afin d’éviter toute multiplication d’un vecteur
E3 pour les Adénovirus, pourraient se recom- chez le manipulateur en cas d’accident, on
biner avec des virus déjà présents dans les utilise des vecteurs délétés en U3 (vecteur
cellules hôtes. Il en va de même pour tous les DU3 ou SIN : self inactivating vector). Le pro-
virus délétés utilisés en laboratoire. virus ne peut alors plus être transcrit. Aucune
particule virale ne peut se reformer, même
En effet, in vitro, les vecteurs viraux défectifs par transcomplémentation en cas de pré-
ne se reconstituent que parce qu’ils ont trou- sence d’un virus sauvage dans la cellule (voir
vé dans les cellules transcomplémentantes tableaux 3 et 4, pages suivantes).
les protéines qui leur manquent. De même,
en cas d’accident, si le virus délété pénètre Afin de s’assurer de l’efficacité de ces tech-
dans un organisme ayant préalablement été niques de délétion, il est possible d’effectuer
contaminé par un virus sauvage de la même différents types de tests, permettant de dé-
espèce, le virus défectif pourrait trouver des tecter d’éventuels vecteurs recombinants
gènes transcomplémentants. En effet, le virus compétents pour la réplication.
sauvage est capable de synthétiser toutes les
protéines nécessaires à la fabrication du vi- Les questions permettant d’analyser les dan-
rus entier. Dans ce cas, le virus défectif pour- gers des vecteurs sont reprises dans l’arbre
rait se propager chez le manipulateur. décisionnel de l’annexe 3.
Tableau 3 - étapes de réplication possibles selon les délétions des Rétrovirus (d’après P. Bouillé).
21
Tableau 4 - Différents mécanismes d’infection selon la nature du virus et de la cellule hôte.
Complet Défectif
Virus de laboratoire
Naturelle Naturelle
Génome
Reconnaissance
virus-cellule
Reconstitution
de nouveaux virus
dans la cellule
Oui Non
Oui Non
22
Défectif Défectif Rétrovirus délété U3
Transcomplémentante Naturelle mais déjà contaminée par un virus Naturelle mais déjà contaminée .
complet de la même espèce que le virus . par un Rétrovirus complet de la même .
du laboratoire espèce que le virus du laboratoire
23
3.4. L’organisme receveur Les cellules transcomplémentantes
En laboratoire, les cellules transcomplé-
L’organisme ou les cultures cellulaires rece- mentantes ont, dans leur génome ou dans
vant le vecteur et son insert peuvent présenter des plasmides, les gènes manquant au vec-
un danger pour l’homme et l’environnement. teur délété. Ainsi, le vecteur délété peut se
L’évaluation des risques du receveur est si- répliquer dans la cellule transcomplémen-
milaire à celle effectuée pour les organismes/ tante (par exemple : HEK 293/MLV, HEK 911/
cellules donneurs (annexe 1). Ad5…, voir tableau 2 ).
Afin de connaître la dangerosité de ces cel-
Les cellules procaryotes lules, il convient de se référer au classement
Parmi les bactéries utilisées comme orga- fourni par la banque de cellules.
nisme receveur, les plus couramment em-
ployées sont les souches d’Echerichia Coli
issues de la souche E. coli K12 non patho-
gène pour l’homme.
3.5. L’OGM
Les cellules eucaryotes naturelles
La classe de l’OGM final est évaluée en
Il peut s’agir de cellules de moisissures, de
fonction de chacun des éléments qui le
levures, d’insectes, de plantes ou provenant
composent : vecteur, insert et organisme
de tissus d’espèces et d’organes divers. Les
receveur. Le danger présenté par l’élément le
lignées cellulaires peuvent être pathogènes
plus dangereux sera prédominant.
et seront alors classées dans les groupes de
De plus, il faut prendre en compte les inter-
danger 2 ou 318.
actions entre chaque élément de l’OGM. Ainsi
Pour les lignées commercialisées, il est in-
une cellule transcomplémentant un vecteur
dispensable de demander au fournisseur le
délété peut modifier le niveau du vecteur.
groupe de danger du matériel biologique et
L’organisme résultant de l’assemblage de
le niveau de confinement nécessaire à sa
ces éléments peut parfois présenter un dan-
manipulation.
ger supérieur ou inférieur à celui du plus
Lors des échanges entre laboratoires, la ré-
dangereux des composants du trinôme.
glementation prévoit que le laboratoire four-
nisseur doit communiquer en même temps
Les questions permettant d’analyser les
que le matériel biologique, la référence du
dangers des OGM sont reprises dans l’arbre
dossier correspondant déposé auprès du
décisionnel de l’annexe 4.
Haut Conseil des biotechnologies.
Pour les cultures primaires établies en labo-
L’évaluation des risques sera retranscrite
ratoire, la nature du risque est identique à
dans la « Déclaration d’utilisation ou de-
celle des échantillons biologiques dont elles
mande d’agrément » à adresser au Haut
sont issues. Il est alors important de qualifier
Conseil des biotechnologies (HCB), qui don-
l’échantillon (voir § 3.1 « L’organisme don-
nera son avis final sur le classement et les
neur ») et de conserver un échantillon per-
niveaux de confinement. Ces derniers peu-
mettant de faire des sérologies ultérieures en
vent varier selon l’étape de construction
cas d’accident.
d’un OGM, en fonction des risques identifiés.
Ainsi, certaines étapes peuvent nécessiter
un confinement de niveau 3, tandis que pour
d’autres le confinement de niveau 2 suffira.
(18) Art. R. 4421-3 du code du travail et liste des agents biologiques pathogènes définie dans l’arrêté du 18 juillet 1994 modifié.
24
Exemple de classement
25
> Conclusion
Il existe pratiquement autant de constructions d’organismes génétiquement modifiés
(OGM) que d’équipes de recherche. L’évaluation des dangers doit donc se faire au cas
par cas, en tenant compte des différents éléments intervenant dans la construction
de l’OGM : insert, vecteur, organisme donneur et receveur. Les arbres décisionnels
éclairent le préventeur sur les nécessaires questions permettant d’évaluer les dangers
de chaque élément pris séparément.
Une fois les dangers estimés, l’observation des postes de travail permettra de mettre
en évidence les expositions possibles à ces dangers : par piqûres/coupures avec du
matériel contaminé, par inhalation de particules virales naturellement pathogènes
par voie respiratoire, par contact main-bouche après avoir manipulé des bactéries
pathogènes par voie digestive, etc.
Parce que les constructions d’OGM sont disparates, le suivi médical devra se faire au
cas par cas, en fonction des manipulations et des individus. Les arbres décisionnels
aideront le médecin du travail dans son questionnement avec le manipulateur,
afin d’établir avec lui un suivi médical personnalisé et des conduites à tenir en cas
d’accident.
26
Annexes
2. Manipulation d’inserts
3. Manipulation de vecteurs
27
28
Annexe 1
Manipulation d’organismes/cellules donneurs ou receveurs
Connaissez-vous
le groupe de danger
de l’organisme/cellule ?
S’agit-il/est-il issu
A-t-il été acheté A-t-il été fourni
Oui Non Non Non d’organes, d’échantillons
dans le commerce ? par un autre laboratoire ?
fraîchement prélevés ?
Le fournisseur
Est-ce que l’échantillon
a-t-il indiqué le groupe
est qualifié* ?
de danger ?
*Qualifié : échantillon dans lequel on a vérifié l’absence des pathogènes suivants : agents responsables du Sida, des hépatites B ou C, de la leucémie lymphoïde T de l’adulte, de la syphilis, de la maladie.
d’Epstein-Barr, d’infection à Cytomégalovirus, de la toxoplasmose et du paludisme (liste EFS sujette à actualisation).
Manipulation d’inserts
Connaissez-vous
le classement de l’insert ?
Insert de catégorie A ou B.
Appliquer les mesures
de confinement correspondant au danger
29
Annexe 2
30
Annexe 3
Manipulation de vecteurs
Connaissez-vous le
classement du vecteur ?
Non Oui
* Le HCB précise que la manipulation de Lentivecteur DU3 contenant un insert de type A peut se faire dans une salle technique de niveau de confinement 2. .
Par contre si le volume de Lentivecteur préparé excède 200 mL de surnageant brut non purifié et non concentré, les manipulations se feront en laboratoire de niveau de confinement 3.
Manipulation d’OGM en milieu confiné
Oui
31
Annexe 4
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