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La grande lignée du vivant

1) notion de cladistique

Cladistique est l’étude et la classification des organismes par analyse informatique, méthode fondé par Hennig en 1950
(méthode utiliser pour réaliser cladogramme : arbre phylogénétique à ramification dichotomique ou à multifurcation si
nœuds pas résolu).
Un dendrogramme est un diagramme en forme d’arbre (grec : arbre dessiné) où nœud = ancetre.

ENRACINEMENT DE L’ARBRE :
il faut donner un sens évolutif au cladogramme, l’enraciner par la polarisation de certain caractère. Un
extragroupe est un taxon extérieur au groupe étudier sans en etre trop éloigné, l’extragroupe est d’autant
meilleure qu’il est proche du groupe étudier. Les branches d’un arbre peuvent pivoter/tourner autour du nœud →
arbre formé identique.

GROUPE PHYLOGÉNÉTIQUE :
La classification est fondé sur la relation entre clade. Un clade est un taxon monophylétique auquel on peut donner un nom.
¤ groupe monophylétique : constitué d’un ancêtre commun et de tous ses descendants, il peut être détaché de l’arbre par une
simple coupure (pour ABC, A et B sont des groupes frères).
¤ groupe paraphylétique : constitué d’un ancêtre commun et de certains descendants (pas de nom)
¤ groupe polyphylétique : constitué de plusieurs ancêtres (ancêtre très éloigné en dehors du cadre des espèces étudié (BDE))

PRINCIPE DE PARCIMONIE :
Plus il y a de taxon, plus le nombre d’arbre possible est important (3taxon = 3 arbres, 5 taxons= 105arbres). Le principe de
parcimonie permet de retenir le meilleur cladogramme parmi l’ensemble des possibilités. La méthode informatique consiste à
retenir entre 2 arbres celui qui est le + court (évolution la + économique). Si plusieurs arbres court de même taille sont obtenu,
alors un arbre de consensus est établi.
Un phylogramme est cladogramme particulier dont longueur des branches est proportionnelle au nb de dissimilitude entre taxon
Il permet un résultat + précis qd couplé au donnée paléontologique (évalué par informatique), il est créer à partir de données sur
les acides nucléiques (barcode universel/gène mito ou Ribosomal database project/ARNr) → relation entre famille, genre, espece
+ évolution ± rapide des gènes.

AVANTAGE/ INCONVÉNIENT :
avantage : favorise recensement des caractères, diminue subjectivité, suscite
des hypothèses nouvelles
inconvénient : vitesse variable des mutations, transfert horizontaux gène, pb d’échantillonnage des espèces rare ou éteintes
Elle conserve la nomenclature binominale (famille et ordre conservé) MAIS les rangs taxinomiques sup pas tjrs conservé.

2) Les 3 grandes lignées du vivant

Le virus, selon les biologistes, ne sont pas des etres vivants car il ne se
reproduise pas et n’ont pas de métabolisme, mais des travaux récents
confèrent au virus un rôle dans l’apparition de la vie et dans l’évolution
des mammifères. Le recensement des virus est incomplet car bcp de virus
apparaissent récemment (ex : mimivirus : virus géant à ADN).

LUCA (last universal common ancestor) est considéré comme l’ancetre


commun à l’origine des 3 grandes lignées : les eubactéries, les archées et
les eucaryotes. Mais enracinement non résolu
Les procaryotes/protocaryotes participe en grande partie à la biomasse =
eubactérie + archée
Les cyanobactérie est un ex d’eubactérie, ce sont des algues bleu
photosynthétique (eau + CO2 + lumière = glucose + O2). Leur
consommation de CO2 a permis la formation de gisement de calcaire =
stromatolite. Leur production d’O2 a permis la formation de gisement de
rouille, l’enrichissement de l’atmosphère en O2 et formé couche ozone
(protège UV → nécessaire apparition de la vie)
URGENCE DU RECENSEMENT DE LA BIODIVERSITE :
¤ extinction des espèces : les extinctions sont actuellement 100-1000 fois supérieurs. L’actuelle crise est lié à l’homme.
¤ perte de biodiversité par réduction des surfaces sauvages (déforestation, destruction habitat naturel et pop), réchauffement
(extinction massive et migration difficile + manque de temps pour migrer/plante), intensification de l’agriculture lié à l’aug de la
pop humaine et autre cause comme prolif des espèces invasives, urbanisation et extraction minière.
¤ entre 1970-2012, disparition de 58 % des vertébrés (pop d’eau douce les + touché)
¤ 1,9 million d’espèce répertorié dont 16000 new découverte/an.

Nomenclature et classification du vivant


1) définition
¤ systématique : descrip° et groupement d’être en système à partir de critère, aboutissant grâce à 1 nomenclature, à 1 classificat°
¤ nomenclature : nommer/désigner des êtres.
¤ classification : système hiérarchisé de taxon → grec et romain sont les 1er a proposé une classification
¤ taxon : classe d’être rapproché par des traits communs → taxinomie : identif, nomenclature et classification (≈ systématique)
Un taxon est rattaché à un type nomenclatural= spécimen → un herbier correspond à la collection de spécimen/échantillon ou
l’établissement.

2) nomenclature
Carl Linné a systématisé la nomenclature binomiNale chez les plantes (1753), puis chez les animaux (1758). Cette nomenclature
ne s’applique pas au virus. Le nom de genre suivi du nom d’espèce est un binom → nomenclature binomiNale/binaire.
¤ nom de genre = nom générique = en latin, italique et avec une majuscule
¤ nom d’espèce = nom/épithète spécifique = en latin, italique et en minuscule
¤ nom de l’auteur ayant décrit valablement le 1er l’espèce → complet pour animaux et abrégé pour plante
¤ année de publication (année 1ere description valide de l’espèce) pour animal mais PAS pour plante
¤ ex : le chat sauvage → Felis silvestis Schreber 1777 OU l’érable champetre → Acer campestre L. pour linné/linneus

3) les taxons
Le taxon est l’unité de base de la classification. Il y a plusieurs sens au mot « espèce » et sa définition change au cours du
temps. Définition possible : ensemble de pop d’individu où les différences sont faibles et interfécondité possible avec une
descendance viable et féconde. Selon Linné, l’espèce est le résultat de la création divine, elle est fixé définitivement une fois créer
(pas d’évolution) → Linné est créationniste et fixiste (compréhension intuitive).

¤ CRITERES MORPHOLOGIQUES : caractère fréquemment utilisé car facilement observable (taille, forme)
dépendance de l’environnement (taille grande marguerite dépend du lieu), dimorphisme sexuel (morpho
variable entre male/femelle), polymorphisme (morpho selon rôle comme reine fourmi et ses ouvrières),
convergence (ressemblance malgré famille différente). Cependant, une même espèce peut avoir des morpho
différentes et inversement. De plus, les différences de morpho chez petit organisme n’est pas observable.
¤ CRITERE D’INTERFECONDITE : reproduction engendrant une descendance naturelle. Toutefois, non
vérifiable sur fossile, espèce rare/asexué et il existe des hybridation interspécifique chez les plantes.
¤ CRITERE ECOLOGIQUE : une espèce occupe une niche éco propre (aire spécifique avec nutrition
particulière). Il se peut qu’il y est recouvrement/superposition de niches d’espèces différentes
¤ AUTRE CRITERE : physio, anatomique, cytologique et biochimique.

CLASSIFICATION ARTIFICIELLE : classement par le choix d’1 ou x critères. Les grecs/romains font un
classement utilitaire où ils distinguent les animaux et les plantes : arbre, arbuste selon Théophraste et enfct des
propriétes médicinales selon Discoride, et les dieux. A la renaissance, classement alphabétique. Enfin, le
système sexuel de Linné 1764 avec 24 classes de plantes selon fleur

CLASSIFICATION NATURELLE AVEC SUBORDINATION DES CARACTÈRES : regroupe ceux ayant au


max une ressemblance en considérant les caractères non équivalents. La famille de Jusieu privilègie,
hiérarchise et subordonne les caractère selon le nb de cotylédons, présence/abscence de pétales, leur soudure
et si fleur unisexuée, la position des étamines chez les plantes. Cuvier classe les animaux en 4 gr selon le SN
vertébré, mollusque, articulé et zoophyte.
CLASSIFICATION NATURELLE SANS SUBORDINATION : regroupé ceux ayant au max une
ressemblance en considérant qu’on donne pas d’importance à certain caractère. Adanson (francais) créer une
classification à partir de 65 caractères pour 65 systèmes.

CLASSIFICATION NATURELLE GÉNÉALOGIQUE : transformisme (19e, Lamarck, abandon notion fixité


au profit de notion d’évolu° + explique évolu° par hérédité des caractères → organe), principe sélection
naturelle (19e, Wallace et Darwin, caractère se transmettent en génération) et saut évolutif (20e, existence saut
évolutif du à polyploidie, mutation, événement géologique et catastrophe)
CLASSIFICATION NATURELLE PHYLOGÉNÉTIQUE : cladistique, généalogie (ancetre) et phylogénie
(qui est proche de qui). La symbiose est l’association durable de 2 organisme (chacun associé à symbiote-
symbionte). Endosymbiose, partenaire inclus dans la cell de l’autre (endosymbiote endosymbionte et qd inclus
totalement, endosymbiose intracell ou endocytobiose). Margulis, 1960, fait la théorie endosymbiose en série
pour expliquer l’origine des mito et des plastes surtout chloroplastes. La symbiose est un des principaux
moteurs de l’évolut°, à l’origine des grandes lignées du vivant, et explique une partie du saut évolutifs
majeurs.
COMMENT NOTRE SANTÉ DÉPEND DE LA BIODIVERSITÉ
Le mot biodiversité apparaît en 1986 à Washington. En 1992, à Rio,
la définition apparaît : « variabilité parmi les organismes vivants de
toutes origines » (inclut diversité à l’int des espèces, entre elles et des
écosystèmes). La biodiversité se fait à travers 3 élements : le gène
(chaque espèce a un gène différent, chaque individu est unique), les
espèces, et écosystème (diversité écologiq)
Il y a multiplication du taux d’extinction par 100 voire 1000
(normalement 1 espèce/1million/an). La 5e grande extinction était du
à l’astéroide (65M), et ajd, 6e extinction lié à l’activité humaine.

1) Activité humaine et menace

Toute modif de l’environnement a un impact sur le monde du vivant. Un gène, une espèce ou un écosystème perdu disparaît pour
toujours. La destruction de l’habitat est le principal facteur, que se soit terrestre ou aquatique (ex : déforestation, chalutage fond
océan, assèchement/dégradation zone humide, barrage et dragage des eaux). Ensuite, il y a la surexploitation des espèces, espèce
non indigène (introduction dans des écosystèmes non approprié), pollution (humaine, antibio, pluie acide, pesticide, herbicide,
plastique), rayon UV excessif (destruction couche ozone par gaz effet de serre), guerre (destruction habitat, déplacement pop et
déstabilisation écosystème), chasse excessive et changement climatique lié à activité humaine. La consommation de combustible
fossile est le principal facteur du réchauffement → accélération réchauffement : en 2050, menace extinction de + de 25 % des
espèces. Selon GIEC, le groupe expert sur l’évolution du climat, il va y avoir une aug de 6°C d’ici 2100 (cause : révolution
industrielle). On observe actuellement la fonte des glaces, branchiment et mort des récifs coralliens, tempete extreme, inondation,
vague de chaleur. Par ex, l’ours polaire possède des gènes lui permettant d’éviter l’insuffisance rénale, le diabète et l’ostéoporose,
si il disparaît, il emportera ce secret avec lui. Selon la GIEC 5 (Groupe d’experts Intergouvernemental sur l’Evolution du Climat),
à cause des activité humaines, il va y avoir réchauffement climatique de 1 ± 0,2°C au-dessus des niveaux préindustriels,
température moyenne augmente de 0,2 ± 0,1°C par décennie. A ce rythme, le réchauffement dépassera 1,5 °C entre 2030 et 2052.
Les systèmes humains et naturels pâtiront davantage d’un réchauffement de 2 °C que d’un réchauffement de 1,5 °C. il y aura une
différences significatives dans les caractéristiques climatiques régionales (aug température moyenne dans la plupart des pays et
des régions océaniques, des chaleurs extrêmes dans la plupart des régions habitées + risques de sécheresse et de déficit de
précipitations). Limiter le réchauffement à 1,5°C par rapport à 2 °C réduirait les risques d’impact du réchauffement climatique sur
les écosystèmes terrestres, d’eau douce, côtiers, marins et sur les services qui leur sont associés.

Lors de la production agricole, il y a utilisation d’espèce dont 12 espèces de plante


(75 % alimentation) et 15 % de mammifères/ oiseau (90 % produc mondiale de
viande). La productivité de qq espèce dépend de centaine millier de d’autre espèce
qui lutte contre les ravageurs ou pollinise les fleurs. Les récoltes mondiales dépendent
de + d’1/3 de la pollinisation des abeilles. La biodiversité protège l’agriculture de la
menace des ravageurs, maladies et changement climatique.
La production marine, 10 espèces marines sont consommé (1/3 de la conso). La
surpeche est nuisible à la biodiversité des océans, le chalutage des fonds détruit la
chaine alimentaire → 90 % espèces de poisson menacé.

2) Les médicaments

Selon la FDA, 55 % des médocs les + prescrits sont d’origine naturelle


(végétale, animale, microbienne).
• Médoc origine végétale : 25 % origine plante et 80 % de la pop se
soigne par les plantes selon OMS.
• Origine animale : → cone, vipère et éponge par ex
• Origine microorganique : antibio (péniciline),
hypocholestéroléniant (statine), anti-rejet de greffe (rapamycine) et
anti-parasitaire (avermectine isolais par japonais Satoshi Omura).

HISTOIRE DE L’ALIMENTATION
intro : la préhistoire correspond au paléolithique, mésolithique puis néolithique (→ grande variabilité du au saison et
écosystème). Il y a 3 grandes périodes de l’alimentation :
Age pré-agricole → paléolithique ; age agricole → débute néolithique ; et age agro-industriel → débute à l’industrialisation.
La branche évolutive se sépare, il y a 6-7 millions d’années entre homme moderne et grands singes. Apparit° genre homo y a 3M
Il y a 500 millions année, il y a maitrise du feu → impact alimentaire : cuisson → = prédigestion + épargne énergétique. La
prédigestion se traduit par une évolution de la morpho faciale : diminution de la surface masticatoire occlusale,
augmentation du volume du cerveau (conso viande peut impacté). Foyers aménagés date ~ 400 000 ans
On peut analyser les dents, dont l’usure → usure aliment carné < aliment végétale, présence de sable pour pop littorale/désertique,
présence particule minérale dans céréale, carie du à faible hygiène buccodentaire et alimentation riche en glycogène. On peut voir
l’usure des dents fossiles au microscope à balayage et analyser le tartre. La détection radio-isotopique (isotope carbone13 et
l’azote15) informe sur l’environnement alimentaire et la place dans la chaine alimentaire (concentration isotope varie en fct de
l’alimentation). l’étude des selles fossilisé est possible, ainsi que l’étude de reste végétaux, d’outils utilisé et groupe chasseurs.

1) Le paléolithique ou l’age de la pierre ancienne ou l’age de la pierre taillée

Période la plus longue de la préhistoire : de l’apparition du genre homo (3M) à 10 000ans (fin période de Wurm) → homo sapiens
Constitué de 3 périodes en Europe : inférieur, moyenne et supérieure. Période d’adaptation longue avec critère d’outillage.
A cet période, l’homme est un chasseur-cueilleur. Il consommé la charogne pdt l’inf et le moy. Il a ensuite, par adaptation,
commencé la cueillette, la chasse et la pêche. Il est devenu consommateur de fruit et légume (riche en fibre → baie sauvage riche
en antioxydant efficace contre athérosclérose), racine, viande, poisson et insecte. La viande d’animaux sauvages est pauvre en
lipide/graisse mais moelle osseuse riche surtout en hiver. L’apport énergétique se fait surtout via les protéines (20-35 % Vs 15 %
ajd → glucide : 22-40 % vs 50 % ajd), avec un régime riche en fer et vitamine. Par contre, pas de lait (sauf allaitement), de
céréale, d’huile, d’alcool (sauf plante fermenté) et de sel (sauf pop côtière) → meilleur santé cardiovascu que nous et - obèse.

De nos jours, les chasseurs cueilleurs actuels ont 2/3 à 3/4 des calories est d’origine animale. Le degré d’adiposité est plus faible
que celui de l’alimentation actuelle→ se mesure avec lipidomètre en % de masse graisseuse. Le régime alimentaire de type
paléolithique est associé à une baisse de l’incidence des maladies comme diabète2, obésité et maladie cardio-vascu.

2) Le néolithique : l’age de la pierre nouvelle ou de la pierre polie

Période où il y a un changement dans le travail de la pierre qui naît au proche orient et se diffuse vers l’occident. On a + de
données archéologiques. Pendant, cette période, il y a apparition d’outil en pierre polie, poterie, céramique + passage de la
prédation à l’agriculture et l’élevage + passage à la sédentarisation (naissance société et concept social) + transformation et
exploitation de la nature → modif technologique, éco, sociale, écolo et nutritionnelle.

L’agriculture nait il y a 10-12 000ans dans le croissant fertile (mésopotamie à


l’anatolie/turquie jusqu’à méditerrané avec les villes de Jéricho et Catal hoyuk).
Période de réchauffement où l’homme découvre qu’il peut domestiquer les espèces
sauvages animales et végétales. Puis, il y a diffusion de l’agriculture vers l’Europe
via 2 grands courants migratoires d’individus : le courant danubien avec la poterie
rubané en céramique et les cotes méditerranéennes avec la poterie cardiale gravée.

L’alimentation est bouleversé et de moins bonne qualité, une carence en fer apparaît
car l’alimentation est – diversifié, diminution de la viande au profit des céréales et aug du nb d’enfant/femme. Il y a apparition
d’un déséquilibre nutritionnelle du à la conso de viande d’élevage + riche en graisse saturé athérogène. Il y a dév des caries à
cause de l’enrichissement alimentaire en glucide. La cuisson est facilité par l’utilisation de récipient résistant au feu + commence à
consommer du lait (avantage évolutif)
• céréales : marque le néolithique (blé et orge), doit etre moulu (mortier+bol), consomme le blé complet → étudier par
datation 14C de grain de blé sauvage : permet de savoir diffusion agriculture
• sel : utiliser au néolithique (utilisé au début en chine 6000avtJC), conso actuelle élevé, surconso = hypertension artérielle
• saccharose : sucre rapide pas ou peu consommé. A part à travers le miel (seul source possible) mise en évidence chez
aborigène, indien (3 % de l’apport quotidien). Avant, il y avait un index glycémique faible (préhistoire → sucre lent +
hydrate de carbone), et mtn élevé (19%) → index : pic glycémie suite ingestion d’un aliment glucidique.

3) Les néardertaliens (-230 000 à -40 000ans)

Localisé au proche et moyen orient, asie occidentale et europe (zone eurasiatique) → morphotype de climat froid → cohabitation
avec homo sapiens puis disparition brutale inexpliqué → chasseur mais pas que des carnivores.
Le Spy (belgique : écosystème de viande de steppe) et El sidron (espagne : foret avec conso champi, mousse) sont 2 sites d’info
sur l’alimentation via plaque dentaire. Les microbiote orale favorise une conso importante de viande. Les microfossiles de tartre
montre une conso de plante et d’aliment cuit → site shanidar 3 (irak), spy 1 et 2 : découverte grain amidon cuit et phytolithe. Les
selles fossilisé montre une conso de viande (cholestérol visible) et de végétaux → site d’el salt (espagne : analyse chromato)

TÉMOIGNAGE DE LA VIE EN FIN DU NÉOLITHIQUE : OTZI LA MOMIE DES GLACES


Cette momie a été découverte par 2 randonneur en 1992 dans le massif otzal, au début il croyait que c’était un homme du 20 e, puis
il s’agit en réalité d’une momie partiellement congelé agé de + de 5000ans (fin néolithique européen) → état de conservation
exceptionnelle (age estimé de décès entre 40-50ans). Son état dentaire présenté quelque carie (conso sucre), peu de tartre, perte
d’os alvéolaire (voyait racine dentaire= périodondopathie) et une abrasion des surfaces occlusales du à l’absorption de fine
poussière de silice ou à cause de macher le cuir pour l’assouplir (vetement). Par analyse de son tube digestif, on a retrouver des
restes alimentaires (céréale, viande = bouquetin/cerf), du pollen (blé, fougère, bouton d’or, primevère → décès au printemps), des
diatomés (microalgue de point d’eau d’une eau de torrent à une zone bien spé) et des parasites (trichinelle spiralis suite à la viande
mal cuite). Par analyse d’ADN, il était intolérant au lactose.
BIOMIMÉTISME (BAUDUER)
but : Résoudre des problèmes contemporains + Innovation inspirée par la nature + logique de développement durable → copie
des meilleures stratégies d’adaptation apparu au cours de l’évolution
→ publication du 1er livre et donc popularisé par Janine Beynus (1997) mais concept bcp plus ancien

1) Inspiration par les formes


➢ Poisson coffre & automobile : poisson très hydrodynamique (se propulse en créant des vortex à moindre coût énergétique
+ forme) → reprise par Mercedes-Benz : reproduit partiellement le design des poissons-coffres pour créer un véhicule
spacieux et peu énergivore + coefficient de traînée réduit = économie de carburant
Le coefficient de traînée Cx influence la traînée (FX), c’est-à-dire la force qui s’oppose au mouvement d’un corps dans
un milieu. Plus Fx est petit, moins le moteur doit consommer d’énergie pour déplacer le véhicule → tesla =0,31 alors que
mercedes = 0,19 (et a + de passager) → grosse économie de carburant → une différence de 0,12 = 1L/100km d’éco
➢ martin-pêcheur et train à grande vitesse : Martin-pêcheur entre à grande vitesse dans l’eau sans faire d’éclaboussures →
TGV japonais a chaque entrée et sortie de tunnel, le changements de pression entraine de bruyantes détonations + perte
d’énergie → Morphotype du martin-pêcheur appliqué au train: réduction de la pression d’air, économie d’énergie et
augmentation de la vitesse de pointe, disparition du bang sonore
➢ baleines à bosses et hélices : baleine possède des tubercules/bosses qui accroit sa rapidité et son agilité en réduisant la
pression et en augmentant la portée du mouv → appliqué aux pales des hélices d’éoliennes: meilleur rendement et moins
bruyantes → On travaille à l’appliquer aux ventilateurs et hélicoptères : améliorerait le rapport traînée/traction et
économie poids et carburant dans l’aviation

2) Inspiration par les structures


➢ Scarabée & approvisionnement en eau : scarabée de Namibie est recouvert d’élytre = creux hydrophobe et bosse
hydrophile permettant que l’humidité s’accumule et s’écoule dans les canaux hydrophobes → appliqué dans filets de
recueil de vapeur d’eau dans pays secs et aux Canaries, projet de collecte d’eau à partir de l’humidité de l’air
➢ peau du requin et combinaison de natation antifriction : Peau de requin constituée de denticules (visible au ME) qui
réduit les turbulences augmentant la vitesse + empêche la croissance de parasites → appliqué au combinaison de natation
(interdite ajd au JO), aux coques de bateaux, sous-marins, avions et Création de surfaces rugueuses résistantes à la
pousse bactérienne (hôpitaux)
➢ lézard Gecko et adhérence : lézard possède des lamelles adhésives sous les doigts = millions de poils (sétules) ramifiés en
spatules (x 1000) exerçant des forces de van der Waals le maintenant sur n’importe quelle surface → appliqué dans les
systèmes d'adhérence sèche (machine, robot, où ventouse et adhésif chimique collant ne marche pas)

3) Inspiration par les procédés

➢ termites et climatisation passive : dans termitière, température et humidité constantes car équipée d’entrées d’air
contrôlées et de cheminées sous forme de système de climatisation passive → appliqué sur édifice qui utilise moins de
50% de l’énergie de bâtiments de tailles similaires (zimbabwe) à la place de clim → éco +++

➢ ultra-résistance du tardigrade (ourson d’eau) : c’est un arthropode survivant aux conditions extrêmes (haute altitude,
espace, -273°, radiation, fosse marine) où il peut avoir un arrêt du métabolisme en état déshydraté et revenir à la vie
(processus d’anhydrobiose + bouclier protéique) → appliqué dans la conservation du matériel biologique limitant le cout
de conservation au froid = biostabilisation

4) Inspiration par les systèmes


➢ vols en V des oiseaux et économie d’énergie : Economie d’énergie pour les oiseaux de derrière par appel d’air et
allongement de la distance de vol de 70 % → appliqué aux avions (tour de france) et cyclisme
➢ écoconception et abeilles : Alvéoles hexagonales empilés permettant un max de stockage pour un min de matière utilisée
et grande solidité→ Ecoconception = + économes possibles en matériaux et énergie + rapport optimal solidité/poids
➢ modèle des bancs de poisson : déplacement en masse et communication par ultrasons → appliqué au voiture : évite
rapidement obstacle, adapte vitesse et trajectoire = gain de sécurité et de temps

La symbiose = relation symbiotique = 2 organismes s’entraident pour survivre → Pou décime les élevages intensifs de saumons
(parasitisme), solution : introduction de poisson nettoyeur (les labres) et usage de pesticide (résistance et impact sur santé).
La symbiose industrielle : exemple du microbiote intestinal = bactérie ayant rôle métabolique (digestion), de barrière (bouclier),
de défense (syst imuno) et d’entretien des cell dans intestin → utilisé dans le dév industriel au danemark où il y a application du
concept d’échange gagnant-gagnant : coopération, réutilisation et recyclage (peu déchet, gain financier, nrj et environnemental)
LA SYMBIOSE
symbiose = Apparition d’une coexistence entre 2 organismes et d’une relation
à bénéfice réciproque → plus restreint : coexistence durable ou association
obligatoire → partenaire = symbiote-symbionte → principal mécanisme
d’évolution, à l’origine des grandes lignées du vivant, rend compte des saut évolutifs majeurs (intervention de coopération,
d’interaction et de dépendance mutuelle)

exemple de mutualisme : Rat dʼégout (1/4 des déchets collectés + canalisations débouchées), piqueboeuf (oiseau accroché à la
peau des mammifères → se nourrit des parasites du mammifère), la plante myrmécophile (plante vivant en association avec les
fourmis → se nourrit des nectaires extrafloraux et en habitant sur la plante, les fourmis protège la plante des organismes
nuisibles). Il peut y avoir un changement (continium), du mutualisme vers parasitisme (piqueboeuf laisse plaie pour se nourrir de
sa chair), du parasitisme vers mutualisme (un consommateur de fleur peut devenir pollinisateur), mutualisme et prédation (dans
rumen, microorganisme permet fermentation et assure besoin énergétique de l’animal, mais l’animal digère ses micro-orga) ou
parasitisme réciproque (cout pour chacun des organismes).

I- LES DIFFÉRENTS TYPES DE SYMBIOSE

Type symbiose Définition et exemple


Ectosymbiose Partenaire vit en contact superficiel ou juxtaposé à l’autre
ex : Rhizosphère (bactérie autour racine) → mycorhize = association champignon-racine qui touche 90 % des
végétaux et supprime les poils absorbant
Mésosymbiose Partenaire vit dans une cavité ou entre les cellules d’un hôte (ex : tube digestif→ rumen)
ectomycorhize = mésosymbiose (modif racine latéral)
Endosymbiose Partenaire vit inclus en partie ou totalement dans la cellule de l’hôte : sans perforation du plasmalemme ou
endocytobiose intracell (perfore et est totalement inclus)
¤ endomycorhize sont à vésicules et à arbuscules (touche 85 % végétaux)
¤ nodosité : présent dans l’arachide (fabacée), boule rosatre sur racine constitué de cell chimétrique avec des
rhizobiums (bactéroide)

ORIGINE SYMBIOTIQUE DE LA CELLULE EUCARYOTES :


¤ Acquisition du noyau : Théorie « inside-out » par Baum et Baum (2014) selon laquelle le noyau est préexistant et correspond à
une archée : archée contient ADN, entre en symbiose par excroissance avec bactérie, formation de memb et de RE, bactérie forme
future mito et excroissance le cyto
¤ Acquisition des mitochondries (division d’organite préexistant) : 1ere théorie de l’endosymbiose en série de Margulis →
endocytobiose unique avec alpha-protéobactérie aérobie favorisé par la respi (ressemble au procaryote par structure)
2e hypothèse de l’hydrogène par endocytobiose unique avec alpha-protéobactérie anaérobie favorisé par la produc de H2 et CO2.
La respi cell acquise permet la produc d’nrj thermique et protection bactérie (excès d’O2)
¤ Acquisition des plastes :
→ endocytobiose primaire : entre cyanobactérie et eucaryote primitif il y a 2Ma par phagocytose et perte de la memb = devient la
lignée verte en perdant les peptidoglycane (rôle plaste : photosynthèse, stock amidon, carothénoide, source médoc potentiel)
→ endocytobiose secondaire : 1 à 4 endo entre rhodobionte et eucaryote = chromoalvéolé ET algue rouge phagocyté par
eucaryote = nucléomorphe (dynophyte : algue toxique avec bcp de plaste, plusieurs endocyto 2nd voire tertiaire)
(kleptoplaste : chloroplaste ingéré mais non digéré par Elysia, la limace des mers, lui donnant une couleur vert fluo)

PLURICELLULARITE : Apparue au moins 25 fois au cours de l'évolution, plus de 3 fois chez les eubactéries.
ECHANGE TROPHIQUE = échange de nourriture → autotrophe + hétérotrophe = échange produit photosynthèse contre eau et
substance minérale → 2 hétérotrophe = récupération des produits de la digestion des polymères végétaux dans tube digestif
ECHANGE NON TROPHIQUE : protection physique (paroi calcifié), chimique (antibio), mobilité (champi sur insecte) ou
production de lumière comme la bioluminescence du monde sous-marin (phénomène fréquent du à des bactéries symbiotiques
luminescente qui aide à attraper proie par appat lumineux, éclaire, éblouisse prédateur, camouflage, reconnaissance pour
reproduction)
COMMUNAUTE D’ORGANISME : création de new niche pour autre organsime (ex : lichen = association champi-algue = 1 er
colonisateur terrestre = produit substance qui repousse herbivore, protège UV, imperméabilise paroi et facilite rétention eau),
acquisition d’1 cortège symbiotique permettant de faire face aux variations du milieu (arbre). Les microbiote intestinal est
l’ensemble des microorga vivant dans l’intestin (10^14 bactérie et 10^17 mito assurant synthèse de vitamine B et K)

II- LA COEVOLUTION
Coévolution = évolution de 2 ou plusieurs taxons liés par des relations écologiques étroites mais isolés génétiquement → peut se
traduire dans des arbres phylogénétiques symétriques à condition que la transmission des gènes soit verticale (d’1 génération
à la suivante → apparition d’une new espèce s’accompagne aussi d’1 new espèce chez son symbionte) → possibilité de régression
évolutive (régression d’une capacité pour l’un si elle est redondante pour l’autre) ou la possibilité de former 1 seule meme espèce.
BIOMIMÉTISME (BADOC)
Au cours de leur évolutions, les plantes ont sélectionné de nb mécanismes et résolu de nb pb de bioingénierie (capture de l’énergie
solaire par les plastes, adaptation climat et UV). Les plantes sont sources d’inspiration à l’origine de nb innovation technologique
→ notion de biomimétisme : copie de forme, structure et procédé. Les plantes permettent une optimisation des couts énergétiques
et ont un faible impact environnemental. Écomimétisme = copie du système/ échelle écosystémique = avantages
environnementaux privilégiés et applications industrielles non obligatoires

I- ÉCHELLE MACROSCOPIQUE
➢ Les anciens architectes résoudent les pb par la matière plutot que par des forme évoluée/ complexe, au contraire de la
nature qui économise la matière (structure complexe) et utilise la matière que la où la résistance est nécessaire (pin :
renforce jonction des branches + fibre orienté selon flux des forces).
➢ Les romains ont construit des aqueduc avec des arches → diminue poids et l’utilisation de matériau par la présence de
structure lacunaire
➢ SMEATON (18e) : s’inspire du chene pour construire le phare rouge et blanc d’eddystone → meilleure résistance au vent
grace à une base large et milieu rétréci
➢ PAXTON (19e) : obtient une bouture de nénuphar géant (espèce aquatique la + grande au monde et pouvant supporte le
poids d’1 enfant de 4ans) et pour la protéger, il construit une serre ayant la meme structure particulières des rebords, des
poils sous les feuilles qui piège l’air, les nervures → plan du crystal palace s’inspirant du nénuphar à l’exposition
universelle de 1851 à Londre → reine victoria donne son nom au genre de la plante
➢ Les poacées (= graminé) possède des tiges creuses a/n des entrenoeuds (=chaume) permettant une réduction du poids,
une flexibilité, une résistance à la pression, léger comme le bambou → construction tours de télécommunication (tour
creuse + armature en acier) et gratte ciel taipei 101 (inspiré des bambou, résistant aux séismes) + tubes creux

L’anémochorie est la dispersion des diaspores (graine, fruit) par le vent


➢ astéracée (=composé) : anémochorie réalisé par des graines muni d’une aigrette de soie appelé pappus → parachute
➢ pissenlit : pappus à soie simple au bout d’1 long bec rigide → meilleure stabilité et portance du vol
➢ salsifis : pappus à soie plumeuses au bout d’1 long bec rigide
➢ pinacée : graine aillé qui tombe en vrille disposé par 2 provenant de la délamination des écailles
• akène = fruit sec indéhiscent renfermant qu’1 graine
• samare = akène muni d’1 partie aplati → ex : érable = 2 samares/disamare, frène (aplati) et orme (aile autour graine)
• CAYLEY a étudié samare d’érable comme modèle d’hélice ou effet vortex pour atténuer effet de la gravité avec
fabrication d’un ventilateur de plafond à 1 pale (faible turbulence, bruit, conso + débit d’air élevé).

La zoochorie est la dispersion de diaspores (graine, fruit accrocher au poil/plume ou manger) par les animaux
➢ MESTRAL : promène son chien et enlève des capitules de Bardane sur poil de son chien et ses vetements, capitule
possède des crochets souples → idée de fermeture amovible rapide pour vetement + création du velcro/scratch en 1948
après 10ans d’essai

➢ pomme de pin : écaille qui s’ouvre et ferme pour libérer graine ailé → vetement intelligent qui respire quand il fait chaud
(humidité de la sueur fait gonfler vet, rabat de tissu, l’air pénètre) ou bouche d’aération (s’ouvre temps sec) ou matériau
de facade avec ouverture selon taux humidité
➢ le charme : ligne de pliage autour nervure centrale aligné en V → conception des voiles et panneaux solaires
➢ FIBONACCI : suite dʼentiers commençant par 0 et 1 où chaque terme est la somme des deux termes qui le précèdent 0,
1 ,1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, etc : spirale de Fibonacci souvent rencontrée dans la nature (écaille pomme de pin, fougère)→
pommeaux de douche à effet de pluie = arrosage plus enveloppant, économe en eau

II- ECHELLE MICROSCOPIQUE


➢ plante alchémille : eau de rosée coule sur feuille et était récupéré pour préparer la pierre philosophale capable de changer
le plomb en argent ou en or, fournir la panacée (la thériaque) ou fournir lʼélixir de longue vie (guéri maladie)
L’eau s’écoule sur les feuilles poilue (laitue) ou glabre (lotus, capucine)

➢ EFFET LOTUS : principe découvert au ME par BARTHLOTT en 1977 où il définit l’angle de contact avec l’eau :
¤ angle inf à 90° pour surface hydrophile (zone de contact élevé)
¤ entre 90 et 150° pour surface hydrophobe (contact plus faible)
¤ au-dela de 150° pour une surface superhydrophobe (goutte rebondi) → effet lotus du à la double structure
hydrophobe et double rugosité + capacité autonetoyante et antiseptique + papilles de 10-20 µ et cristaux de cire
épicuticulaire de 0,2-1 µ → peinture/laque avec particule qui après séchage donne un revêtement nanocomposite
rugueux, par laser, textile antisalissure, paroi MAIS vieillissement surface, verre traité opaque et irisé et pas de
protection contre graffitis → perspective de fabriquer surface hydrophobe et hydrophile (lotus 2)
➢ EFFET ANTIFOULING : éviter l’encrassement d’une surface par divers dépôt : sur les bateaux couche de fouling de
30cm (dépôt organisme vivant qui freine le bateau et aug conso carburant) → utilise peinture toxique (peu écolo) ou
inspiration du palmier : reproduire la structure des poils de graine dont le mouv empeche fixation des colonisateurs.

➢ EFFET SALVINIA : les salvinias (fougère aquatique hydrophobe muni de poil retenant l’air, flotte) sont découvert par
équipe de de BARTHLOTT en 2009. L’effet fonctionne si feuille hydrophobe, poil de cristaux de cire hydrophobe fin,
ramifié, souple/élastique et ilot hydrophile à la pointe (ancrage de l’air) → appliqué au coque des bateaux : réduit
frottement + éco carburant + effet antifouling

III- ECHELLE MOLECULAIRE


➢ catalyseur bioinspiré : inspiré des microalgues possèdant des enzymes hydrogénases capable de transformer l’eau en
hydrogène → appliqué à l’électrolyse de l’eau (catalyseur renfermant du nickel)
➢ photosynthèse artificielle : étude mais pas d’application
➢ production de verre : inspiré par les diatomé (forme verre à t°c ambiante, formé habituellement à 1000°) → procédé
industriel sol-gel permettant synthèse de verre, céramique et composé hybride organo-minéraux (non agressif, sans haut
chauffage)
➢ synthèse biomimétique : s’inspire des voies de biosynthèse naturelle → rétrosynthèse : synthèse chimique de mol
d’origine végétale par décomposition de la mol complexe en précurseur plus simple et inversément.

IV- ECOMIMETISME
But : observer et imiter le fonctionnement des écosystèmes naturels pour concevoir des systèmes agricoles et aquacoles durables
Caractéristique : fonctionnement en boucle fermée, minimisation des intrants et des déchets, connexion avec productions voisines
amenant à une augmentation de la qualité et quantité de la production.
Pratique compatible : rotation des cultures, cultures associées, association de plusieurs espèces, polyculture associée à lʼélevage,
agroforesterie, couvert végétal permanent (non labour), mise en place de zones à haute biodiversité (haies), reconstitution des
réseaux trophiques et épuration de lʼeau par les algues

EXEMPLE DE LA PERMACULTURE
¤ installations humaines de tout ordre : jardins, fermes, entreprises, villes→ production durable
¤ économe en énergie fossile, en travail manuel et mécanique, laissant à la nature sauvage le plus de place possible
¤ côté éthique : respect de la nature, de lʼhomme, des générations futures, redistribution des surplus
¤ côté philosophique : pas de mauvaises herbe, ni d’herbes nuisibles, maladie considéré indispensable à la pérennité des systèmes
¤ ex : technique des 3 sœurs au mexique → haricot fertilise sol, maïs sert de tuteur au haricot et courge couvre sol pour maintenir
humidité et éviter mauvaise herbe.

BOTANIQUE MÉDICALE ET PLANTE (tout par cœur)


Plante était utilisé depuis des siècles pour se nourrir, se vêtir et construire les habitats. On l’utilisait pour la chasse, en impregnant
les flèches de jus de plante (if par gaulois, anémone par inuit, acokantera, strophantus, strychnos, antiaris→ Composés
responsables : alcaloïdes, hétérosides cardiotoniques et saponosides), pour tuer comme la condamnation à mort de Socrate par du
poison à base de Ciguë (apiacée contenant de la conicine), comme hallucinogène à des fins de rituelle (mandragore, cactus sacré
par amérindien et iboga par africain), comme médoc (production métabolite 2nd des plantes) ou comme stimulant pour
l’endurance, coupe faim.
L’utilisation de plante à fins thérapeutiques se fait depuis la préhistoire à l’époque de l’homme Néandertal.

Trois Grottes Principales : Shanidar (grotte iraquienne datant de 60 000-80 000 ans où on retrouve de nb échantillon de pollen :
achillé millefeuille, bleuet, senecon, muscari, éphédra, guimauve), El Sidron (grotte espagnol, analyse tartre : achillé millefeuille
et camomille) & Amuci (isralienne, échantillon de pollen : rose trémière)
LES PREMIERS DOCUMENTS ECRITS SUR LES PLANTES MEDICINALES

¤ Médecine traditionnelle sophistiquée :


→ médecine chinoise (1er texte, + de 5000ans) : empereur Shen-nung = 1er herbier de plante médicinal + utilisation du thé
→ médecine indienne : Artharva-Véda = base de la médecine ayurvédique en inde
¤ égypte ancienne : papyrus Eber (codex utilisé sous le règne d’aménophis 1er, long de + 20m, 877 remède médical pour la plus
part végétal) = découvert par Smith à Louxor en 1862 et traduit par Ebers en 1875
¤ civilisation antique :
→ hippocrate : médecin grec et père de la médecine, a décrit
400 plantes médicinales (440-377 av JC)
→ dioscoride : médecin grec, écrit « de materia medica »,
décrivant 600 plantes (60 ap JC)
→ Galien : médecin grec, à l’origine de la pharmacie galénique
→ Avicienne : médecin arabe (980-1037), a transmis les acquis
des médecines égyptienne et gréco-romaine, a décrit 760 médoc
dans le volume 5 du « Canon de la médecine »
→ Paracelse : théorie des signatures (aspect plante en lien avec
propriété thérapeutique)

PLANTE NOM LATIN FAMILLE CARACTÉRISTIQUE UTILISATION


Pavot somnifère Papaver Papavéracées Alcaloides (Principe Actif) Morphine, codéine, thébaine
(antiquité) somniferum morphine (mol) → analgésique majeur
opium isolé en 1804, caractérisé 1923
Quinquina Cinchona Rubiacées Alcaloides quinoleiques (PA) antipaludique, boissons amères
quinine (naturelle) pubescens (indien pérou) isolé en 1820, structure 1880 Quinidine = antiarythmique
Armoise annuelle Artemisia annua Astéracées terpène (PA) Antipaludique le + puissant
Artémisinine isolé en 1970 Pharmaco chinoise
Podophylle Lignanes (PA) antimitotique
d’Amérique Podophyllum podophyllotoxine (mol nat) toxique = réservé usage
(utilisé y a 100ans peltatum Berberidacées topique pour condylome
pour verrue)
Dérivé : glycoside Inhibiteur de la topoiso II
Téniposide + Etoposide(vp16) produit par hémisynthèse
If du Pacifique Taxus brevifolia Taxacées Taxoides (PA) Placlitaxel (taxol)
10kg d’écorce pour 1g Antimitotique, inhibiteur du
désassemblage des
If d’europe Taxus baccata Taxacées Docétaxel (dérivé, taxotère)
microtubules en tubuline
antimitotique 5 x plus actif Potier
+ cancer
Pervenche Catharanthus roseus apocynacée Alcaloide (PA) Antidiabétique, antimitotique,
madagascar Vinblastine, vincristine inhibiteurs de la
dérivé : vinorelbine, vinflunine polymérisation de tubuline
(Potier, dérivé fluoré vinflunine) (propriété cancéreuse)
Arbre de vie Camptotheca Cornacées Alcaloides ; Campthotécine Antitumoral
(chine) acuminata dérivé : topotécan, irinotécan Inhibiteur de la topoiso I
Combretum Combretum Combretacées Stilbènes (PA) Combrétastaine A-4 Cancer thyroide
caffrum caffrum dérivé : zybrestat anticancéreux
salicine Salix ssp Aspirine (acide acéthylsalicylique
en 1899)
caféine Coffea arabica Isolé en 1821, élucidé en 1882
Strychnine et Poison de flèche
tubocuranine
Dérivé= toujours moins toxique que la naturelle
CHAMPIGNON
Mycologie = étude des champignons
Mycète ou mycophyte = synonyme de champignons (fungus en latin)
→ champignon est un règne à part : se nourrisse par absorption
Environ 120 000 espèces voire 1 million pour certain auteur
Macromycète est fruit de la reproduction sexuée (champi sup)

caractéristique : possède un thalle (appareil végétatif NON différencié en racine, tige, feuille), 1 à plusieurs noyaux (petit
génome), mito, RE, golgi, vacuole, chitine dans la paroi (polymère de N-acéthylglucosamine), du glycogène, MAIS PAS de
photosynthèse (hétérotrophe), ni de chloroplaste/chlorophille, cellulose ou amidon., de vaisseaux conducteur

I- MÉTABOLISME ET MODE DE VIE


¤ nutrition par absorption sur toute la surface du thalle
(pas de racine)
¤ besoin nutritif : C H O N P S et oligoéléments
¤ peut etre prototrophe (capable de synthétisé un composé)
ou auxotrophe (doit trouver composé dans le milieu)
¤ produise de l’énergie sous forme d’ATP par oxydation de
mol organique → anabolisme chimiosynthétique
→ catabolisme aérobique le + fréquent
→ catabolisme anaérobie/ fermentaire plus rare
→ anabolisme très varié : peuvent synthétisé la
plupart de leur métabolite primaire (comme tout vivant :
A.A, glucose, prot, lipide, a.nucléique) et leur métabolite
secondaire (source importante voire inépuisable, grande
diversité de mol)

ZYGOMYCETE ASCOMYCETE BASIDOMYCETE


THALLE siphonnée cloisonnée
MYCELIUM Filament NON cloisonné Filament cloisonné (hyphe)
STRUCTURE cénocytique 1 ou 2 noyaux
TYPE DE CHAMPI Champi MACRO MICRO & MACRO Micro et MACRO +++
UTILISATION biotechnologie Agro-ali et pharmacie Comestible ou toxique
REPRODUCTION Asexuée + Sexuée Asexuée + Sexuée sexuée
Ordre des mucorales (Mucor + Produc alim : levure de bière Macro comestible : bolet,
Rhizopus : saprophyte) (saccharomyce), fromage (Penicillium, chanterelle, coulemelle,
→ pourriture, moisissure geotrichum) amanite, champi paris
Bioconserva° chimiq : aspergillus
EXEMPLE mycélium 2nd
(bioconserva° stéroide)
mécanisme de formation des dicaryotique peut rester
zygospores (sexué : fusion de 2 Produc antibio : penicilium lgt
protubérances) chrysogenum, griséofulvine mycélium forme
Macro pour conso : truffe noire sporophore qd condition
(tubéral), morille & pézize favorable → basidospore

Ex de sporophores chez les ascomycète :


cléiotothèce (sphère retrouvé chez micro-asco),
périthèce, apothécie (forme de coupe retrouvé chez
macro-asco)

sclerotinia fuckeliana est la forme parfaite de


botrytis cinerea → botrytis est la forme imparfaite
de sclerotinia (=ascomycète)

ascomycète : appareil conidien = conidie (spore


uninuclée) + phialide (bourgeonnement illimité) +
conidiophore (filam porteur)
aspergus niger = bioconversion avec danger
II- LES DANGERS LIES AUX CHAMPIGNONS
maladie caractéristique d’hote/parasite avec les plantes
→ grande perte agricole (1/4)

¤ mycotoxicose : intox du aux toxines synthétisé par le


métabolisme secondaires des MICROmycètes
(ascomycète ++)
¤ mycétisme : intox provoqué par la conso de
MACROmycète toxique appelé champi vénéneux →
principalement des macro-basido → mycétisme
accidentel (confusion) → 2000 à 10 000intox/an

claviceps se retrouve sur épis de seigle et seigles des


céréales et farines → sert contre migraine, favoriser
contraction utérine, LSD
ergotisme : convulsion ou cangrene par intox

principe de prudence : bonne identif, éviter moisissure (pas conserver dans plastique), etre conscient de la difficulté à déceler des
champi, bien les cuires (détruire toxine) et etre conscient des diverses intolérances possible → se limiter aux espèce comestible

syndrome de rhabdomyolyse → conso excessive de « bibadaous » ou tricholoma equestre : fatigue, fonte muscu, qq cas mortel →
incubation longue
intox gyromitirenne : gyromitre ou helvelle (ascomycète) → gyromitrine (toxine) : asthénie, céphalé, douleur, vomis, diarrhé

QUALITE NUTRITIVE
beaucoup d’eau (80-95%), faible valeur énergétique (cèpe le + riche), peu nourrissant, fibre abondante, peu de lipide, riche en A.A
soufré, quant sel minéraux sup aux légumes, fixation métaux lourd et éléments radioactfif, ajout important de gras pour cuisine et
absorbe bcp gras (éponge).

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