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Cours de Phytopathologie
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1. INTRODUCTION
Les plantes (arbres, herbes, fleurs, ...etc.) constituent la majorité des ressources
énergétiques dont dépendent directement ou indirectement les hommes et les
animaux. Elles sont également les seuls organismes supérieurs à pouvoir
convertir et stocker l'énergie lumineuse sous forme de glucides, lipides et
protéines (énergie chimique). Tous les animaux, l'homme y compris, dépendent
des plantes pour leur survie. Quelle soit cultivée ou non, une plante grandit ct
produit aussi longtemps que le sol lui fournit suffisamment d'humidité et de
nutriments, que suffisamment de lumière soit captée par ses feuilles et que la
température reste dans ses limites de tolérance. Malheureusement, lorsqu'une
plante est atteinte d'une maladie, sa croissance, sa fertilité et sa productivité sont
affectées. Des symptômes se développent et tout ou partie de l'organisme peut
mourir. Les agents responsables des maladies de plantes sont très similaires à
ceux rencontrés chez l'homme et les animaux. Ils peuvent être biologiques
(micro-organismes pathogènes ; compétition avec d'autres plantes attaque
d'insectes) ou physiques (manque de nutriments, lumière, eau ; présence de
produits toxiques dans le sol ou l'air).
Le mot phytopathologie vient du grec phyto, qui signifie plante et pathos, qui
signifie maladie. À l'intérieur de la pathologie, on distingue souvent l'étiologie,
qui étudie les causes des maladies, et l'épidémiologie, qui traite de leur
développement.
L'absence de contrôle sur une maladie de plante peut avoir des conséquences
dramatiques sur la production et la qualité des produits. Elle en résulte souvent
une augmentation des prix, la possible apparition de toxicité, le bouleversement
d'un écosystème qui se répercutent obligatoirement sur l'économie.
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2. HISTORIQUE DE LA PHYTOPATHOLOGIE
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En 1854, le vignoble français voit sa production de vin compromise. Le
mildiou de la vigne fait son apparition et colonise toute l’Europe et l’Algérie.
En 1560, les travaux de Pasteur rejettent l’existence de génération spontanée
et marquent le début de grandes avancées dans la description de cycles
biologiques des champignons gràce aux cultures expérimentales. En 1861,
l’allemand ANTON DE BARY décrit de nombreux champignons
phytopathogènes. Il confirme l’origine mycologique du mildiou de la
pomme de terre et nomme l’agent pathogène « Phytaphtara infestans ». Il
décrit également le cycle biologique des rouilles. A CEYLAN, en 1878, les
plantations de caféiers sont ravagées par la rouille. En 1878, PRILLIEUX
(France) et BURRIL (E-U) montrent l’existence de bactéries
phytopathogènes. BURRIl établit la relation entre la maladie du poirier et la
présence de la bactérie Erwinia amylovora. En 1904, ERWIN F. SMITH isole la
bactérie Agrobacterium tumefaciens l’agent de la galle du collet (« crown gall »)
chez les dicotylédones.
Environnement propice
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Il doit y avoir un hôte qui est susceptible (prédisposé) à devenir malade.
Il doit y avoir un agent pathogène, appelé, agent causal capable d’attaquer
la plante.
L’interaction entre l’agent causal et la plante doit se produire dans un
environnement qui est favorable.
Une maladie de plante peut être définie par une succession de réponses
invisibles et visibles des cellules et des tissus d’une plante, suite à l’attaque d’un
micro-organisme ou à la modification d’un facteur environnemental tels que la
pollution de l'air, les agressions chimiques et les conditions extrêmes de
température, d'humidité et de disponibilité des éléments nutritifs qui provoquent
des bouleversements de forme, de fonction ou d’intégrité de la plante.
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3.2. Maladies parasitaires (biotiques) :
- Des champignons.
- Des procaryotes (bactéries et mollicutes).
- Des plantes supérieures parasites.
- Des virus et viroïdes.
- Des nématodes.
- Des protozoaires.
Les maladies de plantes diminuent la valeur sélective des plantes mais aussi
leur rendement agricole. On distingue un effet des maladies sur la production
agricole et sur la valeur ajoutée des produits.
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Dans certains pays d'Afrique, les conséquences de telle pertes se traduisent
souvent par des famines lors de conditions climatiques défavorables. Ainsi,
les maladies de plantes peuvent être à l'origine de graves problèmes
économiques et sociaux.
Les maladies de plantes peuvent affecter les produits après leur récolte ou
encore diminuer leur qualité et donc leur valeur ajoutée. On estime que dans
certains cas les pertes après récolte s'élèvent jusqu'à 40% de la production
potentielle. Transports, traitements, stockages, distribution, consommateurs :
autant d’étapes on les maladies peuvent survenir.
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5. LES AGENTS PATHOGENES
Avant d’envisager une lutte contre une maladie de plante, il est nécessaire
d’identifier le pathogène responsable et de connaitre son écologie, son cycle de
développement et ses modes de dissémination et de maintien dans
l’environnement. E faut cependant garder à l’esprit que plusieurs pathogènes
peuvent infecter une plante. En 1881, ROBERT KOCH a proposé des règles
permettant d’établir les relations de cause à effet existant entre la présence d’un
pathogène et l’établissement d’une maladie chez l’homme ou l’animal.
5.2.1. Prions : Ils n’ont pas encore été isolés chez les végétaux.
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5.2.3. Virus (plus de 500 espèces).
Ce sont des parasites intracellulaires stricts. Leur acide nucléique peut être du
DNA (minorité) ou du RNA mono ou bi caténaire, circulaire ou linéaire, de
polarité positive ou négative. Le génome peut être divisé et permet l’expression
de protéines non structurales pour la réplication virale et le mouvement de
cellule à cellule et de protéines structurales (capside). La taille des génomes varie
de 1500 à 15-20000 nts avec une capacité codante de 4 à 10 gènes.
Leurs modes d’action sont souvent peu connus. Les infections virales
provoquent de nombreux types de symptômes (nanisme, chloroses, nécroses,
mosaïques, rabougrissements, jaunisses, ...etc.) qui sont parfois exploités en
horticulture pour leur propriétés ornementales (zébrures, taches sur feuilles et
pétales de variétés horticoles). Les symptômes sont souvent insuffisants pour
identifier le pathogène car ils dépendent du milieu, de la variété de plante, et de
la souche virale.
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non (transmission de gènes de résistance). Les plasmides portent parfois les
gènes impliqués dans l’interaction du pathogène et de la plante (Agrobacterium,
Rhizobium, Pseudomonas).
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les débris et les organes végétaux morts et souillés. Les pratiques culturales
(tailles, récoltes, irrigation, ...), les échanges internationaux (semences et
organes de propagation végétative), les insectes, les nématodes, la pluie et le
vent sont autant de sources possibles de dissémination des bactéries
phytopathogènes.
Ce sont des eucaryotes présentant une très grande variété taxonomique du fait
de l’organisation complexe de l’appareil végétatif et de leur mode de
reproduction. Une classification simplifiée (ordre, familles et genres cités à titre
d’exemple) peut être réalisée comme suit :
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plasmodiophoromycètes (plasmode endocellulaire).
Ce sont des mauvaises herbes parasitant d’autres plantes (gui, cuscute, striga,
...etc.). En plus du parasitisme, il faut tenir compte des possibles compétitions
que peuvent exercer les phanérogames sur les plantes cultivées. De plus, ces
parasites peuvent constituer un réservoir de pathogènes.
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6.1. Diagnostic :
C’est le préalable indispensable à la mise en œuvre de moyen de lutte
appropriés contre la maladie. Pour cela il est nécessaire de recueillir
différents types d’informations.
Elle doit répondre aux règles proposée par Robert Koch en 1881 :
Dans le cas de complexes de pathogènes, ces règles sont parfois difficiles à mettre
en œuvre :
« Si aucun pathogène n’est identifiable, il faut envisager le cas d’une maladie d’origine abiotique
souvent difficile à préciser (ensoleillement, hydratation, pH, composition du sol, ...etc.), une
analyse chimique de la composition des végétaux peut révéler des troubles trophiques ou
l’impact de pollution ».
L’isolement et mise en culture, l’analyse des iso enzymes (cas des champignons
pathogènes), l’indexage (transmission à des plantes indicatrices utilisé pour le
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diagnostic des maladies virales), les tests sérologiques (ELISA,
immunoprécipitation, double diffusion, ...etc.), l’analyse des acides nucléiques
(PCR, hybridation in situ, RFLP, RAPD…etc.).
La plupart des bactéries sont utiles, car elles assurent la décomposition des
tissus organiques et le retour des éléments nutritifs dans le sol. Un nombre
relativement faible de bactéries s'attaquent aux organismes vivants. Cependant,
les bactéries pathogènes peuvent causer des problèmes graves lorsque les
conditions leur sont favorables, et plusieurs ont un impact économique sur la
culture.
La plupart des bactéries qui provoquent des maladies chez les plantes
peuvent survivre dans le sol mais se développent dans les plantes hôtes. Dans
certains cas, les populations bactériennes du sol déclinent rapidement en
l'absence d'hôte et ne peuvent donc pas contribuer au maintien de la maladie
d'une année à l'autre. Cependant, les bactéries peuvent passer l'hiver dans les
matières végétales.
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distance, la voie de propagation la plus efficace demeure le transport de matériel
végétal infecté.
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Des tumeurs secondaires peuvent se développer en différents points du système
racinaire. Ces tumeurs gênent la circulation de la sève dans les vaisseaux
provocants ainsi un ralentissement de la croissance de l’arbre. La dissémination
se fait par les plants porteurs de tumeurs, l’eau et outils de travail.
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Les hyphes peuvent former des amas serrés, les sclérotes. Ces structures
dormantes résistantes peuvent survivre pendant longtemps à la sécheresse
ou au froid (méthode asexuée).
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7.1.2.2. Exemples de maladies fongiques
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Anthrachnose du pois-chiche (Aschochyta rabei)
La semence, les débris infectés et les plantes porteuses du champignon, sont une
source de d’inoculum primaire. Sur les feuilles, la maladie se manifeste par des
plages jaunes qui se nécrosent. Les attaques peuvent rapidement se propager et
entrainer la perte des plantes. Sur les gousses, se développent des lésions
arrondies portant des pycnides. Les graines attaquées ont une taille inférieure,
avec des taches noirâtres sur leur surface. Sur les tiges, les lésions évoluent en
nécroses profondes, entrainant la cassure de la tige et le dessèchement de la
plante.
Les plantes hôtes peuvent être infectées par un grand nombre de virus et de
pathogènes semblables, qui se transmettent d'une génération à l'autre et peuvent
se propager rapidement durant la saison de culture par des moyens mécaniques
ou en étant transportés par des insectes ou des nématodes, qui sont alors appelés
« vecteurs ».
Les virus et organismes semblables peuvent être classés selon leur mode
de transmission, ce qui permet de constater toute la complexité des maladies
virales. Une bonne compréhension des pathogènes responsables et de leurs
relations avec leurs hôtes et vecteurs permet de prendre des décisions éclairées,
de bien conseiller les producteurs sur les mesures de lutte à appliquer.
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Les virus peuvent se propager de différentes manières :
Sharka
C’est la plus grave des maladies à virus des arbres fruitiers à noyau. Elle induit
une maladie incurable qui s’installe dans les tissus de l’arbre. Les symptômes
s’observent sur les feuilles par un éclaircissement visible le long des nervures et
ou présence de taches ou d’anneaux chlorotiques. Sur les fruits des décolorations
et des déformations en formes de taches ou d’anneaux visibles sur la peau. Des
nécroses en surface du fruit et en profondeur dans la chair. La transmission peut
se faire par des piqures de pucerons et le greffage de végétaux.
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Psoroses
Elles s’attaquent aux agrumes et sont de différentes types ; à savoir Psorose
écailleuse, alvéolaires et infectieuses. Les symptômes se manifestent sur les
feuilles par des mosaïques des chloroses et des gaufrages. Sur le tronc et les
branches par des écaillements de l’écorce, écoulement de gomme et formation de
tumeurs. Sur les fruits par leur déformation et l’apparition de nécroses annelées
sur les peaux qui deviennent grumeleuses.
Court-noué
Il agit à la fois sur le rendement et la longévité des ceps. Il est transmis par
greffage et par un nématode du sol. Les symptômes se manifestent par
l’accroissement anormal ou la réduction de la surface foliaire, avec élargissement
du sinus pétiolaire, nervation irrégulière et dentelure accentuée du limbe. A la
surface des feuilles se forment des pustules jaunes. Il apparait des taches en ligne
ou en anneaux et des décolorations translucides en taches d’huile. Les ceps
présentent un aspect buissonnant avec dédoublement de nœuds,
raccourcissement des entre-nœuds, aplatissement et fasciation des rameaux. Ces
derniers poussent en bifurcations anormales et en zigzag. Les grappes sont de
petite taille, moins nombreuses et fréquemment touchées par la coulure et le
millerandage.
7.1.4. Phytoplasmes
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7.1.5. Nématodes
Les nématodes sont de minuscules vers ronds qui vivent dans la terre, dans l'eau
ou dans les tissus végétaux. Présents dans presque tous les écosystèmes, ce sont
les animaux multicellulaires les plus abondants sur terre. Les nématodes nuisibles
aux plantes agricoles se nourrissent exclusivement de végétaux, et la plupart des
espèces s'attaquent aux racines et aux autres organes souterrains de la plante.
Les nématodes qui provoquent des maladies chez les cultures sont
présents dans toutes les zones climatiques et peuvent causer de graves pertes
agricoles, mais une bonne partie de ces dégâts passent inaperçus ou sont imputés
à d'autres facteurs. Parce que les nématodes s'attaquent aux racines et aux
tubercules, les parties aériennes de la plante n'affichent aucun symptôme
diagnostique, si ce n'est un rabougrissement dû au développement médiocre du
système racinaire. La présence de petites populations de nématodes dans le sol ne
provoque pratiquement aucun symptôme dans les parties aériennes de la plante,
mais elle peut réduire le rendement en tubercules.
(Meloïdogyne).
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7.1.5.2. Exemples de maladies à nématodes :
Certains nématodes ont une importance particulière comme suit : Nématode doré
Globodera rostochiensis ; Nématodes des lésions de racines - Pratylenchus spp. ;
Nématode à kystes pâles - Globodera pallida ; Nématode de la pourriture des
racines - Ditylenchus destructor ; Nématodes à galles - Meloidogyne spp. ; Nématode
à galles du Columbia - Meloidogyne chitwoodi.
7.2.1. Généralités
Facteurs physiques
Facteurs édaphiques
organique)
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symptômes caractéristiques tels que le feuillage pâle, le rabougrissement, les
tâches et les marbrures. Les rendements et la qualité des légumes et des fruits
sont nettement affectés.
- Polluants atmosphériques
- Contaminants métalliques
7.2.2. Symptomatologie
7.2.2.3. Chloroses
La chlorose s’exprime avec des intensités variables, débutant le plus souvent par
les nervures et s’étend progressivement (exemple : la carence en Mn, Zn : chlorose
marginale ; la carence en Fe : chlorose totale sauf nervures).
7.2.2.4. Nécroses
Les nécroses résultent de la mort des cellules induites par un stress abiotique, les
plus évidents s’observent au niveau des zones apicales et marginales des
feuilles. Les nécroses des tiges (chancres), induit la mort des cellules de l’écorce.
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