LE METABOLISME BACTERIEN

L3 UFR SPB
Année Universitaire 2019-2010
 OBJECTIFS

1. Définir phototrophe, chimiotrophe, lithotrophe,

organotrophe, autotrophe, hétérotrophe

2. Citer les méthodes d’étude du métabolisme respiratoire

3. Présenter le bilan énergétique de la glycolyse

4. Décrire le milieu de Kligler-Hajna

5. Citer deux milieux pour l’étude du métabolisme protidique

 PLAN

INTRODUCTION
1. METABOLISME ENERGETIQUE
2. METABOLISME GLUCIDIQUE
3. METABOLISME PROTIDIQUE
4. AUTRES METABOLISMES
 INTRODUCTION
•Métabolisme =l'ensemble des transformations
moléculaires et énergétiques qui se déroulent de
manière ininterrompue dans la cellule (bactérie).

•Métabolisme: fait intervenir des processus de

dégradation (catabolisme) et de synthèse organique
(anabolisme).

•Intérêt: identification des bactéries, applications

industrielles, agroalimentaires
1. Métabolisme énergétique

1.1 Sources d’énergie

1.2 Types respiratoires

1.3 Méthodes d’étude

 1. 1 Sources d’énergie

lumière Réactions
d’oxydo-réduction

Bactérie phototrophe Bactérie chimiotrophe

(algues vertes, Cyanophycées) (bactéries pathogènes/homme)

•énergie va être stockée sous forme d’énergie de

liaison chimique biologiquement utilisable, l’ATP.
•hydrolyse de l’ATP fournit de l’énergie
 1.2 Réaction d’oxydoréduction

 Sources de carbone

 sources ou donneurs d’électrons

 Accepteurs d’électrons

 Enzymes, transporteurs
 1.3 Différents types métaboliques

Source de carbone
•Inorganique (CO2) : bactérie autotrophe
•Organiques (sucres, AA): bactérie hétérotrophe

Source d’électrons
•Inorganique: bactérie lithotrophe
•Organiques: bactérie organotrophe

Accepteurs d’électrons
•Oxygène: respiration aérobie
•Composé organique +O2: respiration anaérobie
•Composé organique - O2: fermentation
 ►Respiration aérobie

•dioxygène est l’accepteur final d’électrons (électrons et

protons sont fixés directement sur le dioxygène).
•électrons et protons sont pris en charge par des
transporteurs jusqu’au niveau de la chaîne respiratoire,
dernier transporteur est la cytochrome oxydase
•formation de H2O2, composé toxique à effet bactéricide.
Les bactéries réalisant cette respiration doivent être
pourvues d’enzymes assurant l’élimination rapide d’ H2O2:
-catalase: H2O2 H2O + ½ O2 (Staphylococcus)
-peroxydase: H2O2 + 2H+ + 2e- 2H2O
(bactéries aérotolérantes/ Streptococcus)
•très énergétique
 ►Respiration anaérobie
•accepteur final d’électrons est soit un composé minéral
oxygéné (nitrate, sulfate, carbonate), soit un composé organique
non fermentescible (fumarate, formiate, acétate)
•cas des nitrates, la respiration est catalysé par une
nitrate réductase membranaire en deux étapes:
1) NO-3 + 2H+ + 2e- NO-2 + H2O
2) NO-2 + 2H + N2 + 1/2 H2O
•électrons et protons sont pris en charge par des transporteurs
jusqu’au niveau de la chaîne respiratoire
•peu énergétique
 1. 4 Méthodes d’étude

►Type respiratoire

►Type métabolique

►Enzymes de la respiration
 ►Type respiratoire
Milieu viande-foie / pression partielle en oxygène:
coulé dans tube de fine section, à régénérer au bain -
marie (chasser l’O2), ensemencer par piqûre centrale
 ► Types métaboliques (2)
Milieu
•Hugh et Leifson: glucose, bleu de bromothymol
•MEVAG: (Milieu d’Etude pour la Voie d’Attaque du Glucose): glucose, rouge de phénol
•surfusion/gradient de concentration en dioxygène (l'O2 plus abondant en surface)
Ensemencement: 02 tubes; aérobiose, anaérobiose (couche de paraffine)
Résultat: bactéries qui utilisent le glucose produisent des acides, virage de l’indicateur

1. Métabolisme inerte 2. Type oxydatif (Pseudomonas)

3. Type fermentatif (Entérobactéries) 4. Type alcalinisant
 ►Enzymes de la respiration

•Cytochrome oxydase

•Catalase

•Nitrate réductase
 • Oxydase
Réactif: N-diméthyl-paraphénylene diamine
(disque de papier, solution)

BacilleGram-

Oxydase positive (Pseudomonas) négative (Entérobactéries)

 • Catalase

Réactif : eau oxygénée; 2H2O2 → 2H2O + O2

Cocci Gram+

Catalase positive (Staphylococcus) négative (Streptococcus)

 •Nitrate réductase

•Milieu : • bouillon nitraté •Mannitol-Mobilité-Nitrate

•Après incubation (culture visible), ajouter: réactif de Griess (réactif Nitrites 1/acide
sulfanilique + réactif Nitrites 2 /α-naphtylamine
 2. Métabolisme glucidique

2.1 Catabolisme (Glucose+++)

2.2 Anabolisme

2.3 Méthodes d’étude

 2.1. Catabolisme: Etapes

Respiration Fermentation
Etapes
Glycolyse + +
Métabolisme pyruvate + -
Cycle de Krebs + -
Chaîne respiratoire + -
Diverses fermentations - +
 2.1.Catabolisme: Bilan en aérobie
Etapes ATP consommés ATP produits
Glycolyse 2ATP 2ATP
6ATP/2NADH, H+
Métabolisme pyruvate 6ATP/2 NADH,H+
Cycle de Krebs 18ATP/6 NADH,H+
4ATP/2 FADH,H+
2ATP
Chaîne respiratoire 2 ATP
Total 2 40

Bilan
38 ATP
 2.1. Catabolisme: Bilan en anaérobiose

• En anaérobie, l'acide pyruvique est dégradé en acide

lactique (fermentation lactique).

• Deux nouveaux transporteurs réduits sont produits, mais

il n'y a pas production supplémentaire d'ATP.

• Réactions faiblement énergétique

Glucose + 2 ADP + 2 Pi  2 lactate + 2 ATP

 2.2 Anabolisme des glucides

•procède des voies générales de synthèse (polymérisation

de sucres simples)
•cas particuliers: glycogène, lévanes et dextranes

Glycogène
•n X Résidus Glucose= (Glc)n
•accumulation sous forme de granulations
intracytoplasmiques /coloration (iode)

Lévanes, dextranes
• lévanes: poly-b(2-6) fructose, dextranes: poly-a (1-6)-
glucose
•mucilage (souches M), capsule (Souche S de
S. pneumoniae)
 2.3 Méthodes d’étude

►A partir du milieu Clark et Lubs

►A partir du milieu Kligler-Hajna

►A partir du milieu mannitol-mobilité

 ►A partir du milieu Clark et Lubs
Clark et Lubs / produits de fermentation du glucose
• différenciation entre les fermentations « acides mixtes »(Test au rouge de méthyle
ou RM) et « butylène glycolique ou acétoïne» (Test de Vosges-Prosckauer ou VP)
• bactéries VP + sont toujours RM -, les bactéries RM + sont VP -

Test au rouge de méthyle

• fermentation acides mixtes
• acidification du milieu / fermentation du glucose

Test de Voges- Prosckauer

• fermentation butylène glycolique
• production d'acétoïne (ou 3-hydroxy-butanone)
• en présence d'une base forte (soude ou potasse)
et d'a-naphtol, l'acétoïne, coloration rouge en
milieu très oxygéné
• VP+: groupe KES des entérobactéries
• VP-; Groupe Escherichia
 ►A partir du milieu Kligler-Hajna (1)
•milieu de Kligler-Hajna , milieu complexe, permet la recherche simultanée
de : utilisation du lactose ; fermentation du glucose ; production d'H2S ;
de gaz ; de la lysine décarboxylase; de la B-galactosidase pour les bactéries
lactose - (test ONPG)
•milieu coulé en pente et culot •ensemencement par strie et piqûre

• la pente/lactose: virage (jaune) lactose+, inchangée (rouge) lactose-

• culot/glucose: virage (jaune) glucose+, inchangée (rouge) glucose-
• précipité noir/H2S+
•bulle d’air/gaz+
 ►A partir du milieu Kligler-Hajna (2): Exercice

1 2 3 4 5 6
 ►A partir du milieu Kligler (3): Test à l’ONPG
•dégradation du lactose possible que si ces micro-organismes possèdent :
 une β-galactoside-perméase membranaire qui permet la pénétration du
lactose au travers de la membrane plasmique ;
une β-galactosidase qui catalyse son hydrolyse en glucose et galactose

•ONPG ou Ortho Nitro Phényl Galactopyranoside

Analogue du lactose
•
pas besoin de perméase
.
►A partir du milieu Kligler (3): Test à l’ONPG
 ►A partir du milieu mannitol-mobilité

Milieu en gélose semi-molle, permet l’ étude de l’utilisation du

mannitol (virage), réduction des nitrates (gaz), mobilité (trouble)

A: pas de dégradation du mannitol

B: Dégradation du mannitol
C: Dégradation du mannitol avec production de gaz
D: Bactérie non mobile, colonies au lieu de l'ensemencement
E: Bactérie mobile, répartition des colonies dans le milieu
 3. METABOLISME PROTIDIQUE

3.1 Catabolisme

3.2 Méthodes d’étude

 3.1 Catabolisme (1)

•Les protéines sont des molécules de poids moléculaire élevé

comprenant des acides aminés
•La dégradation des protéines impliques des enzymes:
protéases, peptidases
•Protéases: coupent les macromolécules en composants de
petite taille: exopeptidases, endopeptidases
•Peptidases: dégradent les produits des protéases en acides
aminé
 3.1Catabolisme (2)

Désaminases: induisent la libération de NH2 le plus

souvent s/f d’ammoniaque (LDA, TDA , indole)
Décarboxylases: libèrent le groupe carboxyl s/f de CO2
LDC/cadavérine, propriétés anémiantes; ODC/putrescéine,
sympatomimétique; HDC, histamine, sensibilisation, choc
Indole: Try indole + Pyr + NH3
Uréase: CO(NH2)2 CO2 + 2NH3
 3.2 Anabolisme

•ADN ARN Protéines

• Régulation (enzymes, catabolites)

• Sites d’action des ATB

 3.3. Méthode d’étude

►Recherche de la Lysine Décarboxylase (LDC)

►Recherche de la Lysine Désaminase (LDA)

►Recherche de la Tryptophane Désaminase (TDA)

►Recherche d’une tryptophanase (indole)

►Recherche d’une uréase

 ►Recherche LDC

•Milieu Lysine +Fer + jaune bromocrésol pourpre:

Intérêts: LDC, LDA, H2S (précipité noir), Gaz (bulle, décollement)
•Dans le culot (LDC): la réaction a lieu en deux temps
en anaérobiose (culot), le glucose est fermenté, il y acidification du
milieu et virage au jaune bromocrésol pourpre.
en milieu acide, la lysine est décarboxylé, il y a réalcalinisation du milieu
qui vire au bleu

Citrobacter freundii Escherichia. coli

Shigella Salmonella LDC +:
LDC - Enterobacter cloacae Klebsiella
 Recherche de la LDA

•Milieu Lysine +Fer + jaune bromocrésol pourpre

•Sur la pente: coloration rouge vineux

Proteus Salmonella
LDA+ Providencia Shigella LDA-
 Milieu Lysine-Fer: exercice

CAS 1 CAS 2 CAS 3 CAS 4

 Recherche de la Tryptophane désaminase (TDA)

•Milieu urée indole

•Réactif: perchlorure de fer

Escherichia
Shigella
TDA +: Salmonella
Citrobacter

Proteus
TDA - : Providencia
Morganella
 Recherche de l’uréase

•Milieu urée-indole

Klebsiella
Uréase +: Citrobacter
Proteus

Uréase -: Shigella
Salmonella
 Recherche de l’indole

•Milieu urée indole

•Réactif de Kovacs
+ réactif
de Kovacs Escherichia coli
Indole +: Citrobacter
Klebsiella
24h/37°C

Proteus
Indole -:
Shigella
 4. AUTRES METABOLISMES

4.1Lipides

4.2 Acides nucléiques

4.3Utilisation de l’ion citrate

 4.1Métabolisme des lipides

•Lipides lipase acides gras + glycérol

En présence de chlorure de calcium, les acides gras formés

donnent des sels calciques insolubles. La présence d’une
estérase se traduira donc par une opacification du milieu de
culture (contenant du tween 80 et du chlorure de calcium)
autour de la strie d’ensemencement.

Lipase + Lipase -
 4.2 Métabolisme des acides nucléiques
•Gélose à l’ADN: recherche d’une Dnase ou nucléase
•Révélateur: HCl, O-toluidine
 4.3 Utilisation de l’ion citrate

•Utilisation de l’ion citrate comme source de carbone et d’énergie

•Milieu au Citrate de Simmons: citrate + Bleu de bromothymol
 CONCLUSION

• Diversité des métabolismes

• Nombreux intérêts et applications

• Perspectives: automatisation