USTO. FSNV. DGMA. L2. Génétique. Pr SAIDI-OUAHRANI. N .
2017-2018
Biosynthèse des protéines
Introduction La biosynthèse des protéines nécessite deux mécanismes moléculaires successifs : la transcription et la traduction. Un gène est d’abord transcrit et, s’il code pour une protéine, il sera traduit.
Gène produit impliqué dans un caractère fonction spécifique
Un gène a une structure spécifique qui va permettre sa transcription. Il est
généralement constitué (fig1) :
-Une zone promotrice du brin transcrit. Cette zone est reconnue par l’enzyme de transcription (ARN polymérase) sur laquelle elle va se fixer. Cette zone n’est pas transcrite. -Des Séquences régulatrices : ils participent à l’activation ou inhibition de la transcription -Un Cadre de lecture : zone transcrite, elle porte l’information génétique du gène, donc transcrite par cette enzyme. -Une Zone de terminaison qui porte les signaux de terminaison, elle est transcrite.
Figure 1 : Structure générale d’un gène
I LA TRANSCRIPTION
1 Définition : La transcription est la synthèse d’ARN à partir de l’information
contenue dans l’ADN.
1.2 Mécanisme de la transcription
Le mécanisme de la transcription est divisé en trois étapes :
1.2.1 début de la transcription : Le signal de début de transcription est le
promoteur, c’est une région d’ADN située juste avant (en amont) le début de la région ou démarrera la transcription.
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Par convention, on appelle +1 le premier nucléotide à partir duquel la transcription
démarre, (fig2).
Figure2 : début de la transcription +1
Chez les procaryotes : chez E.coli ces promoteurs comportent des séquences conservées. Ce sont de courtes séquences (6pn) séparées l’une de l’autre par environ 25pn. *La première séquence (TTGACA) est située à environ –30 pn en amont du point de départ de la transcription. *La deuxième séquence est située à environ 10pn en amont du point de départ de la transcription (TATATT). On appelle cette séquence la boite Pribnow. Chez E.coli l’ARN polymérase est composée de sous –unités α 2ββ’σ et forment l’holoenzyme. La sous-unité σ permet à l’ARN polymérase de reconnaître les sites promoteurs, puis elle se dissocie après l’initiation. Le noyaux α 2ββ’ contient le site catalytique responsable de l’élongation.
Chez les eucaryotes la zone promotrice est beaucoup plus complexe. Dans la région promotrice, on trouve essentiellement les séquences *TATA box : chez presque tous les gènes (-27 –22). Riche en A et T, équivalente de pribnow box. La TATA box participe au complexe d’initiation. *GC box : hexanucléotide riche en base G et C. elle se trouve dans la zone promotrice de certains gènes à un emplacement variable (-110, -40). *CCAAT box : présente dans de nombreux gènes située dans la zone promotrice (- 120-80). 1.2.2- Elongation : La transcription se fait dans le sens 5’ 3’. Les deux brins de l’ADN s’écartent par rupture des liaisons hydrogènes, l’ARN polymérase se déplace sur le DNA, pour synthétiser l’ARN qui est apparié au brin de DNA de façon transitoire. Les liaisons hydrogènes entre les deux brins d’ADN se reforment derrière l’ARN polymérase. Les deux brins d’ADN reprennent leur forme hélicoïdale (fig 3). Chez les eucaryotes trois types d’ARN polymérase assurent la transcription :
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ARN polymérase I pour la transcription des ARN r 18S ; 5,8S
et 28S ARN polymérase II pour les ARNm primaire et ARNsn ARN polymérase III pour les ARNr 5S, tRNA. Les ARN polymérases II et III sont situées dans le nucléosome alors que l’ARN polymérase I dans les nucléoles.
Figure 3 : les étapes de la transcription
1.2.3- Fin de la transcription :
Chez les procaryotes : la zone de terminaison est riche en séquence AT. C’est une région plus lâche d’où l’ARN polymérase pourra facilement sortir. L’ARN transcrit va se terminer par une boucle en épingle à cheveux, qui est responsable de l’arrêt de la transcription (figure 4).
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Figure 4: fin de la transcription chez les procaryotes
Chez les eucaryotes : le signal de fin du gène est une séquence riche en A (AATAAA) qui est lue sur le brin non transcrit (brin sens) cette séquence est appelée séquence de polyadénylation. Les ARN transcrits se terminent par une séquence AAUAAA. Un clivage se produit (par une nucléase) puis il y’a l’addition d’une séquence poly A à l’extrémité 3’ qui est effectuée par l’enzyme polyA polymérase.
1.3 Les produits de la transcription
Les différents produits de la transcription sont les ARNr, les ARNt et les ARNm ainsi que de petites molécules d’ARN (ARNs).
a) les ARNr : ces molécules rentrent dans la structure des ribosomes (fig5). Le ribosome (70S chez les procaryotes et 80S chez les eucaryotes) est constitué de deux sous unités. Chaque sous-unité est composée d’ARN et de protéines. * Chez les eucaryotes la petite sous unité : contient une molécule d’ARN 18S et 33 protéines ribosomiques. La grande sous-unité (60S) contient 3 molécules d’ARN (28S, 5.8S, 5S) et 49 protéines ribosomiques.
* Chez les procaryotes : la petite sous unité (30S) contient une molécule d’ARN 16S et 21 protéines ribosomiques. La grande sous unité (50S) contient 2 molécules d’ARN (5S, 28S) et 31 protéines ribosomiques.
Les ribosomes sont le lieu du mécanisme de traduction de l’ARNm.
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Figure 5 : ribosomes procaryotes et eucaryotes
b) Les ARNt : ont une petite taille 4S. Il existe à l’intérieur de ces molécules, des séquences complémentaires qui permettent de déduire leur configuration : Ils se replient sur eux même en formant une structure secondaire en forme de trèfle ou en structure tertiaire (figure 6). Un ARNt possède à l’extrémité 3’ un site d’attachement de l’acide aminé spécifique et un autre site (au niveau de la boucle médiane) de reconnaissance du codon appelé l’anticodon (figure 6).
Figure 6 : structure secondaire (à gauche) et tertiaire (à droite) d’un ARNt.
c) les ARNm : leur taille est hétérogène (8S à 30S). Lors de la biosynthèse des protéines, les ARNm sont comparés au modèle qui détermine la séquence d’acides aminés.
I.4 Modification post-transcriptionnelle de l’ARNm
c) chez les procaryotes : pratiquement pas de modification. La traduction commence avant la fin de la transcription de l’extrémité 3’ de l’ARNm. d) Chez les eucaryotes : la structure des gènes est spécifique, elle comprend : des exons qui contiennent l’information à traduire
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des introns qui s’intercalent au milieu de la partie qui
contient l’information. Ils sont transcrits mais non traduit. Les exons et les introns du gène vont être transcrits. Pendant la transcription du gène, des modifications vont se produire :
-l’addition du capuchon à l’extrémité 5’. Ce « cap » se met en place dès le début de la
transcription. C’est un GMP méthylé en plus une méthylation de l’OH en 2’ des deux riboses sur les deux premiers nucléotides de l’extrémité 5’ du prè-RNA. -L’addition du poly A à l’extrémité 3’. -Maturation du précurseur : le prè-mRNA va subir des transformations appelées « processing » qui consiste en des excisions-épissage pour donner le mRNA (fig 7). -l’excision : coupure et élimination des introns - l’épissage : la réunion des segments exons soudés bout à bout.
figure 7 : maturation d’ARNm chez les eucaryotes
II Mécanisme de la Traduction
La traduction est la synthèse d’un polypeptide à partir des informations contenues
dans l’ARNm. La traduction s’effectue dans le cytoplasme au niveau du ribosome. L’ARNm est structuré en trois régions : séquence 5’-non traduite, suivie d’une séquence traduite et se termine d’une séquence 3’ non traduite (figure 8).
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Figure 8 : les trois régions de l’ARNm
II.1 Les différentes étapes de la traduction
1-initiation : La petite sous unité du ribosome se fixe en un point situé à l’extrémité 5’ de l’ARNm (séquence Shine/Dalgarno). Elle se déplace en aval jusqu’à rencontrer le premier AUG. La petite sous unité forme un complexe avec d’une part :
L’ARNm au niveau du codon AUG et d’autre part avec le RNAt portant la
méthionine initiale. La grande sous unité du ribosome s’ajoute alors. Le ribosome est maintenant constitué et fonctionnel. Le ribosome possède 3 sites : *le site A (site acide aminé) ou viendra le RNAt porteur de l’acide aminé. *le site P (site peptidique) pour le RNAt porteur de la chaîne peptidique en cours d’élongation. * site E (exit) : site de sortie l’ARNt libre Le RNAt qui transporte la méthionine initiale a une conformation qui lui permet d’être logé d’emblée ; exceptionnellement, dans le site peptidique. L’initiation chez les eucaryotes est similaire à celle des procaryotes ; cependant la méthionine chez les procaryotes est formylée. L’énergie nécessaire est fournie par l’hydrolyse du GTP (fig9).
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Figure 9: Initiation de la traduction chez les procaryotes. IF : facteurs d’initiation
2-Elongation A La formation de la première liaison peptidique commence l’étape dite d’élongation. Pour chaque aa à accrocher et donc pour chaque liaison peptidique à fabriquer, un même cycle est à chaque fois d écrit (fig 10). Première étape : accrochage d’un nouvel aminoacyl-RNAt dans le ribosome : le deuxième RNAt vient avec l’aa n2 dans le site A de la grande sous –unité. Le choix de ce 2ème aa est déterminé par le codon 2 sur l’ARNm ; qui détermine le choix du 2ème anticodon. Deuxième étape : formation de la liaison peptidique : il y’a rupture de la liaison entre la méthionine et son ARNt (par une enzyme dite ARNt déacylase), ’ARNt libre est dans le site E puis éjecté. puis se forme la liaison peptidique entre le COOH du 1er aa et le NH2 du 2ème aa porté par l’ARNt 2. L’enzyme qui intervient dans cette liaison est un complexe peptidyl transférase. A ce stade il y’a formation d’un dipeptide porté par le l’ARNt 2 qui est logé dans le site A. le site peptidique est libéré. Troisième étape : translocation : le ribosome va avancer d’un cran sur l’ARNm dans la direction 5’ 3’ soit trois nucléotides (un codon). Un nouveau codon se trouve en face du site A. Le dipeptide est passé du site A au site P ; il a changé de loge : c’est la translocation. De nombreux cycles vont se succéder avec à chaque fois les trois étapes (figure 10).
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Figure 10 : Etapes d’élongation de la traduction
3- La terminaison : la fin de la traduction se produit lorsque le ribosome trouve un codon stop : UAA, UAG ou UGA (fig11). Ils ne codent aucun aa ; il n’existe aucun ARNt ayant un anticodont complémentaire à l’un de ces 3 codons. Il se produira une coupure entre le dernier ARNt et la chaîne peptidique. Les facteurs de libérations font que la peptidyl transférase transfert le polypeptide à une molécule d’eau plutôt qu’à un aa-ARNt supplémentaire.
Figure 11: étape de terminaison
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III le code génétique
1- le code à 3 lettres La seule partie variable d’un ARNm, sont les bases. Avec 4 bases différentes, et un code à 3 lettre on peut avoir 43 = 64 codons =64 acide aminés. Dans la nature il n’existe que 20 acide aminés différents. Cette hypothèse a été confirmée par l’expérience. Le tableau du code génétique contient 64 codons 3 codons (UAA, UAG et UGA) sont des codons non sens qui ne sont pas traduit en acide aminés. Ce sont les codons stop ou de terminaison (term) 61 codons pour 20 acides aminés. Mis à part la méthionine et le tryptophane, qui sont codés par un seul codon, les 18 autres aa sont codés par plusieurs codons de 2 à 6. 2- les caractéristiques du code génétique * le code génétique est universel : il est le même chez tous les organismes, à quelques exceptions près. ** Dégénéré : un même acide aminé peut être codé par plusieurs codons différents. Cette différence est généralement observée au niveau de la 3ème base des codons. Exemple les codons de la phé : 5’UUU3’ et 5’UUC3’ ***« Le wobble » base fluctuante. C’est une hypothèse émise par Crick en 1966. Un ARNt peut reconnaître plusieurs codons différents qui codent pour un même acide aminé : les deux premières bases d’un codon sont rigoureusement complémentaires de l’anticodon, alors que la 3ème base du codon peut avoir une complémentarité moins rigoureuse, on dit qu’il y’a du wobble (du jeu). Base présente en 5’ de Base présente en 3’ l’anticodon du codon G U ou C C G A U U U ou G I U ou C ou A
**** Non chevauchant : les codons sont lu sans chevauchement, chaque triplet code pour un acide aminé.
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CODE GENETIQUE
Première Seconde Base
Base U C A G
UUU Phé UCU Ser UAU Tyr UGU Cys
UUC Phé UCC Ser UAC Tyr UGC Cys
U UUA Leu UCA Ser UAA Term UGA Term
UUG Leu UCG Ser UAG Term UGG Trp
CUU Leu CCU Pro CAU His CGU Arg
CUC Leu CCC Pro CAC His CGC Arg
C CUA Leu CCA Pro CAA Gln CGA Arg
CUG Leu CCG Pro CAG Gln CGG Arg
AUU Ileu ACU Thr AAU Asn AGU Ser
AUC Ileu ACC Thr AAC Asn AGC Ser
A AUA Ileu ACA Thr AAA Lys AGA Arg
AUG Met ACG Thr AAG Lys AGG Arg
GUU Val GCU Ala GAU Asp GGU Gly
GUC Val GCC Ala GAC Asp GGC Gly
G GUA Val GCA Ala GAA Glu GGA Gly
GUG Val GCG Ala GAG Glu GGG Gly
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Exercice 1 Les pourcentages de nucléotides dans l’ADN d’une mouche sont les suivants : 27,3 % de A, 27,6 % de T, 22,5 % de G et 22,5 % de C. En quoi ces valeurs Démontrent-elles les règles de Chargaff sur les rapports entre les bases ?
Exercice 2 Un biologiste a isolé, purifié et mélangé dans une éprouvette diverses
molécules nécessaires à la réplication de l’ADN. Lorsqu’il a ajouté un peu d’ADN au mélange, une réplication s’est produite, mais chaque molécule d’ADN qui s’est formée se compose d’un brin d’ADN normal apparié à un grand nombre de segments d’ADNd’une longueur de quelques centaines de nucléotides. Quel élément a-t-il probablement oublié d’incorporer dans le mélange ? a) L’ADN polymérase. b) L’ADN ligase. c) Les nucléotides. d) Les fragments d’Okazaki. e) La primase.
Exercice 3Dans un nucléosome, l’ADN est enroulé autour :
a) de molécules de polymérase. b) de ribosomes. c) d’histones. d) d’un ARN. e) d’ADN satellite.
Exercice 4 Le brin matrice d’un gène contient la séquence nucléotidique suivante :
3’-TACTTGTCCGATATC5’ ہ A la suite d’une mutation, il est modifié en 3 ‘-TACTTGTCCAATATC-5’. Dessinez le double brin de l’ADN pour les deux séquences (normale et mutante) ainsi que la séquence d’acides aminés encodée par chacune. Quel est l’effet de cette mutation sur la séquence des acides aminés ?
