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Cours de MICROBIOLOGIE

Objectifs

- Distinguer une cellule eucaryote d’une cellule procaryote


- Dégager les caractéristiques générales des bactéries, des virus, des mycètes et des protozoaires
- Classer les principaux virus, bactéries et parasites d’intérêt médical
- Expliquer les principales portes d’entrée des microorganismes dans les maladies infectieuses et
dégager les mécanismes de défense de l’hôte
- Connaître les mécanismes de résistance aux antibiotiques et l’antibiogramme
- Connaitre les microorganismes impliqués dans les infections des Tractus digestif ,respiratoire
supérieur ;respiratoire inférieur, génital,etc………
- Connaître les risques de transmission aux cours des manipulations
- Expliquer les principaux mécanismes de résistance des microorganismes aux traitements
Expliquer les mecnismes du pouvoir pathogenes des bact éries
Contenu

- Introduction générale à la microbiologie médicale


- Classification des bactéries
- Anatomie fonctionnelle de la cellule bactérienne
- Le pouvoir pathogène des bactéries
- La croissance bactérienne
- la vaccination
- Les antibiotiques
- Microorganismes impliques dans differents pathologies
- Les virus
INTRODUCTION GENERALE

La microbiologie est la science qui étudie les micro-organismes. Ces derniers sont des êtres vivants de
petite taille qui ne peuvent être vus à l’oeil nu (quelques protistes unicellulaires sont visibles à l'oeil). Ils
ne peuvent donc être observés qu'à l'aide d'un microscope.
Les micro-organismes sont classés en deux groupes : Les procaryotes et les eucaryotes. Les bactéries font
partie des procaryotes ; alors que les champignons, les algues et les protozoaires sont des eucaryotes. Les
virus qui sont aussi des micro-organismes ne sont classés dans aucun de ces deux groupes.
Procaryotes : On désigne sous le terme « procaryotes » (du grec pro=avant et caryon=noyau), l’ensemble
des micro-organismes dont la cellule ne possède pas de noyau nucléaire ni d'autres organites. Les
procaryotes sont subdivisés en deux groupes taxonomiques : les archées et les bactéries.
Les bactéries (Bacteria) sont des micro-organismes vivants unicellulaires procaryotes. Elles mesurent
quelques micromètres de long (généralement de 0,5 à 5 μm de longueur) et peuvent présenter différentes
formes : des formes sphériques (coques), des formes allongées ou en bâtonnets (bacilles) et des formes
plus ou moins spiralées (Spirilles). Elles seront plus détaillées dans la partie bactériologie.

Les archées ou Archaea (anciennement appelées archéobactéries) sont un groupe majeur de procaryotes,
se distinguant des bactéries par certains caractères biochimiques, comme la constitution de la membrane
cellulaire ou le mécanisme de réplication de l'ADN. Les archées ne sont pas considérées comme des
micro-organismes nocifs à la santé. En effet, jusqu'à présent, aucune démonstration claire ne prouve
l’existence des archées pathogènes.
Eucaryotes : du grec « noyau vrai », désignent l’ensemble des êtres vivants dont le matériel génétique est
enfermé, au sein de la cellule, dans une structure appelée noyau, par opposition aux procaryotes. Les
algues, les champignons et les protozoaires sont des eucaryotes.
La cellule eucaryote est entourée par une membrane, la membrane plasmique. L’intérieur est occupé par
un liquide aqueux, le cytoplasme, dans lequel baignent divers organites responsables d’activités
cellulaires spécifiques (mitochondries, appareil de Golgi, etc.). Enfin, la cellule contient un noyau
renfermant le matériel génétique (sous forme d’ADN) entouré par une double membrane.
Outre les structures qu’on trouve chez les procaryotes, les eucaryotes possèdent d’autres organites qui
leur sont spécifiques, notamment :
-Noyau : structure qui contient l’information génétique de la cellule. Il est entouré de deux membranes
lipidiques perforées à l’intérieur desquelles se trouvent les chromosomes. Le noyau contrôle toutes les
activités cellulaires et assure le maintien de l’information génétique d’une génération cellulaire à l’autre.
-Mitochondries sont des organites de forme ovoïde assurant la réalisation de la respiration cellulaire, et
fournissant l’essentiel de l’énergie (sous forme d’ATP) nécessaire au fonctionnement de la cellule.
-Réticulum endoplasmique est associé aux structures cellulaires responsables de la synthèse des protéines
et des lipides (les ribosomes dans le premier cas et les enzymes dans le second). Ces molécules
nouvellement synthétisées sont prises en charge par le réticulum endoplasmique, qui assurent leur
transport jusqu’à l’appareil de Golgi grâce à des vésicules.
-Appareil de Golgi : est un organite, généralement situé près du noyau, impliqué dans la maturation des
protéines et des lipides nouvellement synthétisés dans la cellule pour les rendre fonctionnelles. Cette
maturation comprend en particulier l’élimination de certains résidus glucidiques et l’ajout de molécules
glucidiques supplémentaires (c’est notamment le cas pour les protéines et lipides membranaires, souvent
associées à des molécules de sucres). Un autre rôle de l’appareil de Golgi est celui du tri des molécules et
de leur dispersion vers les différents compartiments cellulaires où ces molécules sont nécessaires.

CHAP I. Anatomie fonctionnelle de la cellule bactérienne


I.1 Les structures obligatoires

 La paroi bactérienne

La paroi bactérienne existe chez toutes les espèces du domaine des " Bacteria" à l'exception des
Mycoplasmatales. En revanche, chez les "Archaea", la présence d'une paroi est inconstante et lorsqu'elle
existe, elle ne présente pas de peptidoglycane. La paroi est une structure rigide et résistante qui entoure le
cytoplasme et sa membrane. Elle protège la bactérie et lui donne sa forme. La compostion d la paroi
permet de distinguer les parois à gram+ /-

  Bactéries à Gram positif Bactéries à Gram négatif


Aspect en microscopie Une couche épaisse et amorphe. Deux couches séparées par un
électronique espace clair.
Présence d'une membrane Non Oui
externe
Présence d'un espace Non Réduit Oui
périplasmique
Peptidoglycane Épais (10 à 80 nm), représente 40 p. Mince (2 à 6 nm), représente
cent du poids sec, détermine la moins de 10 p. cent du poids
morphologie bactérienne. sec, détermine la morphologie
bactérienne.
Acides téchoïques Présents Absents
Présence de protéines Possible : liaisons covalentes avec le Fréquente
peptidoglycane, rôle éventuel dans le
pouvoir pathogène, rôle éventuel dans
l'antigénicité spécifique.
Présence de Possible : antigènes spécifiques de Possible
polysaccharides groupe pour certaines espèces

Lipopolysaccharides Absents Présents

. Chez les bactéries à Gram positif, à l'exception des mycobactéries, sa structure apparaît homogène, son
épaisseur varie de 10 à 80 nm, elle est riche en os amines mais pauvre en lipides (1 à 2 p. cent).
. Chez les bactéries à Gram négatif, sa structure est plus complexe, son épaisseur est de l'ordre de 10 nm,
elle est riche en lipides (10 à 20 p. cent) et contient moins d'osamines.
. La différence de structure entre la paroi des bactéries à Gram positif et la paroi des bactéries à Gram
négatif est à l'origine de la coloration de Gram

Malgré la forte pression osmotique (5 à 20 atmosphères) qui règne à l'intérieur du cytoplasme bactérien,
la bactérie n'éclate pas grâce à l'existence d'une structure rigide, appelée paroi, de nature polymérique.

Les polymères et leur mode de liaison varient selon les espèces bactériennes. Toutefois,une substance de
base, spécifique des bactéries, est partout présente : c'est la muréine, appelée encore peptidoglycane.

Structure du peptidoglycane

Le peptidoglycane est un polymère complexe formé de 3 éléments différents :

1. une épine dorsale faite d'une alternance de molécules de N-acétylglucosamine et d'acide N-


acétylmuramique;

2. un ensemble de chaînes latérales peptidiques identiques, composées de 4 acides aminés et attachées à


l'acide N-acétylmuramique ;

3. un ensemble de « ponts interpeptidiques » identiques.

L'épine dorsale est la même pour toutes les espèces bactériennes tandis que les chaînes latérales de
tétrapeptides et les ponts interpeptidiques varient d'une espèce à l'autre.

La plupart des chaînes latérales comportent la L-alanine en position 1 (attachée à l'acide N-


acétylmuramique), le D-glutamate en position 2, l'acide diamino-pimélique, la lysine ou un autre acide
aminé en position 3, et la D-alanine en position 4.
La figure ci dessus donne une représentation schématique du peptidoglycane chez Staphylococcus aureus.

Il faut noter que les ponts interpeptidiques, qui assurent la fermeture de ce véritable « filet » qu'est le
peptidoglycane, sont constitués chez Staphylococcus aureus d'une chaîne de 5 molécules de glycine entre
la D-alanine terminale et la L-lysine en position 3.

2 Différences entre bactéries à Gram positif et à Gram négatif

Chez les bactéries à Gram positif,


il y a de nombreuses couches de peptidoglycane qui représentent jusqu'à 90 % des constituants de la paroi
bactérienne. Celle-ci contient aussi un feutrage (10 à 50 % du poids sec de la paroi) d'acides teichoïques
(polymères du glycérol ou du ribitol phosphate) associés étroitement au peptidoglycane et faisant parfois
saillie à la surface de la bactérie. Certains, les acides lipoteichoïques, sont placés transversalement. et
s'enfoncent jusqu'à la membrane cytoplasmique. En général il n'y a pas ou peu de protéines dans la paroi
des bactéries à Gram positif. Parmi les exceptions, notons la protéine A de Staphylococcus aureus .

Chez les bactéries à Gram négatif,il n'y a qu'une seule ou au plus deux couches de peptidoglycane qui ne
représente que 5 à 20 % des constituants de la paroi bactérienne. Mais 3 polymères situés en dehors du
peptidoglycane viennent compléter la paroi : des lipoprotéines, une « membrane externe » qui contient du
lipopolysaccharide.
Les lipoprotéines sont le lien entre le peptidoglycane et la « membrane externe » : le composant protéine
est un polymère de 15 acides aminés qui forme une liaison peptidique avec le tétrapeptide des chaînes
latérales du peptidoglycane ; le composant lipide est relié à la« membrane externe ».

La « membrane externe » est constituée d'une double couche de phospholipides dans laquelle tout ou
partie des phospholipides de la couche la plus externe sont remplacés par des molécules de
lipopolysaccharide. Au sein de cette « membrane externe », qui est une mosaïque fluide, se trouvent
associés au moins deux types de protéines spécifiques : certaines sont dites protéines de structure car elles
consolident la membrane externe; d'autres, appelées « porines » permettent le passage des petites
molécules hydrophiles et en particulier, sur le plan médical, des antibiotiques (β-lactamines, tétracyclines,
quinolones...).

Sur le plan immunologique, le lipopolysaccharide constitue l'antigène O des bactéries à Gram négatif. Le
LPS est un lipide complexe auquel est attaché un polysaccharide qui est

responsable de la spécificité antigénique de l'antigène O. Sur le plan physiopathologique, le LPS,


extrêmement toxique, représente l'endotoxine des bactéries à Gram négatif.

Schémas de la paroi d’une bactérie à gram positif et àgrmm négatif


3 Rôle de la paroi
Le lysozyme coupe les liaisons 1-4 glycosidiques entre le NAG et l’ANAM. Il en résulte une
destruction totale du peptidoglycane chez les bactéries Gram(+), et une fragmentation de celui-ci
chez les Gram(-) car le peptidoglycane est moins accessible à cause de la membrane externe.
Expérience :
1- On place une souche de Bacillus subtilis (bacille Gram+) en milieu hypotonique : la bactérie
se comporte normalement.
2- Si on ajoute du lysozyme à cette suspension, les bactéries gonflent et éclatent.
3- On fait la même expérience en milieu isotonique, les bactéries n’éclatent pas en présence de
lysozyme, mais elles prennent une forme sphérique appellée : PROTOPLASTE. Les protoplastes
ne possèdent plus les propriétés antigéniques de la bactérie, ne se divisent plus, ne fixent plus les
bactériophages et sont incapables de mobilité.
4- On fait la même expérience avec Escherichia coli (bacille Gram-) : en milieu isotonique +
lysozyme, les bactéries prennent une forme sphérique appelée : SPHEROPLASTE. Les
sphéroplastes conservent toutes les propriétés initiales de la bactérie.

Rôle 1 de la paroi : assurer le maintien de la forme de la bactérie La paroi confère à la bactérie


sa morphologie véritable. Elle constitue le squelette externe de la bactérie et représente 25 à 35
% du poids total de la bactérie
Rôle 2 de la paroi : assurer une protection contre la pression osmotique intracellulaire (car forte
concentration en métabolites à l’intérieur de la cellule >> l’eau rentre).
Chez les Gram (-) : les antigènes O du LPS.
Rôle 3 de la paroi : propriétés antigéniques Un protoplaste ne possède plus les propriétés
antigéniques de la bactérie d’origine. En effet, les antigènes pariétaux (de la paroi) : Chez les
Gram(+) : peptidoglycane + acides teïchoiques et lipoteïchoiques + polyoside C (Streptocoques).
L’étude des protoplastes met également en évidence d’autres rôles :
Rôle 4 de la paroi : permettre la fixation des bactériophages. Ils reconnaissent des récepteurs
localisés sur le peptidoglycane des Gram(+) ou la membrane externe des Gram(-). Cette
propriété est utilisée pour l’identification de certaines bactéries : c’est la lysotypie.
Rôle 5 de la paroi: participer à la mobilité. En effet, les flagelles sont implantés dans la
membrane cytoplasmique mais ne peuvent pas fonctionner en absence de peptidoglycane (d’où
immobilité des protoplastes).
Rôle 6 de la paroi : perméabilité. La paroi laisse passer de petites molécules comme l’eau, les
sels minéraux ou des métabolites simples. Par contre elle est plus ou moins perméable à certains
solvants (exemple l’alcool.

Role 7 de la paoie : elle joue un rôle déterminant dans la coloration de Gram.

Chez les bactéries à Gram positif, la paroi bloque l'extraction du violet de gentiane et de l'iodure par

l'alcool alors qu'elle ne bloque pas cette extraction chez les bactéries à Gram négatif.
 L'appareil nucléaire des bactéries

Comme tous les protistes procaryotes, les bactéries possèdent un appareil nucléaire constitué d'acide
désoxyribonucléique (ADN) qui est le support de l'information génétique.

L'ADN chromosomique est constitué d'une double hélice d'ADN circulaire. Cette double hélice est
pelotonnée, surenroulée dans le cytoplasme grâce à l'action des topo isomérases (au nombre de 4 chez les
bactéries).

Les deux chaînes de nucléotides se répliquent selon le schéma de Watson et Crick, chaque chaîne assurant
la réplication de la chaîne complémentaire selon un mode semi-conservatif.

L'analyse chimique de l'appareil nucléaire indique qu'il est composé à 80 % d'ADN (le chromosome), à
10 % d'acide ribonucléique ou ARN (rôle de structuration) et à 10 % de protéines. Ces dernières sont
représentées en particulier par les ADN polymérases qui copient les doubles brins d'ADN, les
topoisomérases, surtout les ADN gyrases, qui les déroulent pour permettre l'action des polymérases, et
des ARN polymérases qui assurent la synthèse des divers ARN.
Les constituants de l'appareil nucléaire sont la cible d'action de plusieurs antibiotiques : les quinolones
inhibent les topoisomérases et les rifamycines inhibent les ARN polymérases, tandis que les
nitromidazolés entraînent la fragmentation de l'ADN chez les anaérobies stricts.

- L'ADN extra-chromosomique

A côté du chromosome, support de l'hérédité, la bactérie peut contenir des éléments génétiques (ADN) de
petite taille (0,5 à 5 % du chromosome bactérien), extra-chromosomiques. Ces éléments, appelés
plasmides, ne sont pas indispensables à la vie de la bactérie dans les conditions habituelles de croissance.
Ils se répliquent indépendamment et en général plus rapidement que le chromosome bactérien. On les
détecte lorsque les gènes qu'ils transportent confèrent à la bactérie de nouvelles propriétés. Les plus
connus de ces plasmides sont les suivants :

1 Le facteur sexuel ou facteur F

Le facteur sexuel ou facteur F assure le transfert de fragments de chromosome bactérien par conjugaison
(appariement de deux bactéries).

2 Les plasmides de résistance aux antibiotiques (ou facteurs R)

Ils portent des gènes qui confèrent aux bactéries la résistance à divers antibiotiques. Au contraire de la
résistance conférée par une mutation chromosomique, la résistance conférée par un plasmide peut
concerner des antibiotiques appartenant à plusieurs familles si le plasmide porte plusieurs gènes de
résistance. La résistance codée par les gènes plasmidiques est souvent liée à la production d'enzymes qui
inactivent les antibiotiques. Par exemple des plasmides de résistance très fréquents chez les
staphylocoques portent un gène qui code pour la production d'une pénicillinase qui inactive la pénicilline
G et les pénicillines du groupe A (ampicilline) ce qui rend la bactérie résistante à ces pénicillines (idem
chez E.coli, gonocoque,...). Les gènes peuvent être organisés dans le plasmide au sein de transposons
3 Les autres plasmides

Certains plasmides sont responsables de la virulence (ex. : production de toxines), de la résistance aux

antiseptiques, du métabolisme de certains composés (lactose, lysine, etc...), et de la dégradation de

substances, par exemple le toluène, l'octane et l'acide salicylique.

 Le cytoplasme bactérien

La structure du cytoplasme bactérien est beaucoup plus simple que celle du cytoplasme des cellules
eucaryotes. Le cytoplasme ne contient pas en effet de mitochondries : les enzymes transporteurs
d'électrons sont localisés dans la membrane cytoplasmique. En revanche, il est particulièrement riche en
ARN solubles (ARN messager et ARN de transfert) et surtout en ARN particulaire ou ribosomal.

Les ribosomes, au nombre de 15000 environ par bactérie, représentent 40 % du poids sec

de la bactérie et 90 % de l'ensemble de l'ARN. Les ribosomes sont la cible d'action de nombreux


antibiotiques, aminosides, phénicols, cyclines, macrolides (voir tableau 1 page 11). Ils sont constitués de
protéines ribosomales et d'ARN (ARNr16S, ARNr23S et ARNr5S). Ils sont classiquement divisés en 2
sous-unités : la sous-unité 30S contient de l'ARNr16S et est la cible des aminosides et des cyclines ; la
sous-unité 50S est constituée d'ARNr23S et est la cible des macrolides et apparentés.

L'ensemble des constituants cytoplasmiques sont placés dans un gel colloïdal, qui contient 80 % d'eau et
des substances organiques et minérales, à une pression interne considérable (5 à 20 atmosphères).

 La membrane cytoplasmique

1. La membrane cytoplasmique, ou membrane interne

Cette membrane est la limitante externe du cytoplasme. Elle est constituée d’une double couche d’unités
de phospholipides (35 %) et de protéines qui lui sont associées (65 %). Certaines de ces protéines jouent
un rôle dans la synthèse du peptidoglycane et sont appelées protéines de liaison aux pénicillines (PLP) ou
penicillin-binding-proteins (PBP) car elles sont également la cible d'action des bêta-lactamines, famille
d'antibiotiques à laquelle appartient la pénicilline.

La membrane cytoplasmique des bactéries se distingue de celle des cellules eucaryotes par l'absence de
stérols. Elle est caractérisée par son l'extrême fluidité qui est liée au déplacement et à la rotation des
groupements lipidiques.

2. Fonctions principales de la membrane cytoplasmique

Les fonctions principales de la membrane cytoplasmique sont les suivantes :

- perméabilité sélective et transport des substances solubles à l'intérieur de la bactérie : la membrane est à
la fois une barrière osmotique et un lieu de transport actif grâce à des perméases ;

- fonction respiratoire par transport d'électrons et phosphorylation oxydative dans les espèces bactériennes
aérobies (rôle équivalent à celui des mitochondries des eucaryotes) ;
- excrétion d'enzymes hydrolytiques, qui dégradent les polymères en sous-unités suffisamment petites
pour pouvoir traverser la membrane cytoplasmique et être importés dans la bactérie ;

-support d'enzymes et de transporteurs de molécules impliqués dans la biosynthèse de l'ADN, des


polymères de la paroi et des lipides membranaires.

NB Certaines substances antibactériennes affectent la membrane cytoplasmique

Les détergents qui contiennent des groupements lipophiles et hydrophiles détruisent la membrane
cytoplasmique et tuent les bactéries. Certains antibiotiques, comme les polymyxines, agissent sur la
membrane cytoplasmique comme de véritables détergents.

Les structures inconstantes


La Capsule est un enduit excrété par certaines bactéries. Elle est habituellement de nature
polysaccharidique, quoique dans le cas de Bacillus anthracis (le bacille du charbon) elle consiste en un
polypeptide de l'acide D-glutamique.
Chez les espèces bactériennes capsulées, des mutations peuvent affecter la production de capsule : les
bactéries sauvages capsulées donnent des colonies lisses (S pour « smooth ») ou muqueuses, tandis que
les bactéries mutantes non capsulées donnent des colonies rugueuses (R pour « rough »).

Des variations transitoires peuvent également l'affecter puisque la production de capsule est souvent
fonction de la présence de fortes concentrations de sucres ou de sérum (variation phénotypique).

La capsule joue un rôle important dans le pouvoir pathogène de certaines espèces bactériennes
(Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Klebsiella, E.coli K1) par son rôle protecteur contre
la phagocytose.

 Cils ou flagelles

Les cils, ou flagelles, sont des structures inconstantes chez les bactéries. Ce sont des appendices
filamenteux, composés entièrement de protéines, de 6 à 15 μm de long sur 12 à 30 nanomètres
d'épaisseur. Les protéines flagellaires sont appelées flagellines.

Antigéniques (elles provoquent la formation d'anticorps que l'on peut mettre en évidence dans certains
sérodiagnostics, ex. fièvre typhoïde), elles sont différentes d'une espèce bactérienne à une autre. Les
flagelles sont attachés dans le cytoplasme bactérien par une structure complexe. Ils constituent les organes
de locomotion pour les bactéries qui en possèdent. Selon la disposition des flagelles, on distingue les
bactéries monotriches (un seul flagelle polaire), lophotriches (une touffe de flagelles polaires) ou
péritriches (flagelles répartis sur toute la surface de la bactérie).

 Les pili ou fimbriae

De nombreuses bactéries à Gram négatif (exceptionnellement des bactéries à Gram positif) possèdent des
appendices de surface plus courts et plus fins que les flagelles et que l'on appelle pili (de pilus = poil), ou
fimbriae (frange). On en distingue deux catégories :

Les pili communs


Les pili communs, sont des structures protéiques filamenteuses, de 2 à 3 μm de long, disposés
régulièrement à la surface de la bactérie. Ils sont constitués par la polymérisation d'une même sous-unité
polypeptidique, la piline, assemblée à des polypeptides mineurs dont l'adhésine. L'adhésine peut avoir des
interactions avec un récepteur cellulaire hydrocarboné (glycolipides ou glycoprotéines) présent à la
surface d'une cellule eucaryote. En tant que support d'une adhésine, les pili permettent la fixation de
certaines bactéries sur les muqueuses, ce qui conditionne leur pouvoir pathogène (ex. fixation de
Escherichia coli sur la paroi intestinale)

Les pili sexuels,


plus longs mais en nombre plus restreint (1 à 4) que les pilis communs sont codés par des plasmides
(facteur F). Ils jouent un rôle essentiel dans l'attachement des bactéries entre elles au cours de la
conjugaison. Ces pilis sexuels servent également de récepteurs de bactériophages spécifiques.

NB Chez certaines bactéries à Gram positif, des protéines de surface dépassent largement de laparoi et
jouent un rôle dans l'adhérence bactérienne, comme les fimbriae, auxquels on pourrait les assimiler. Il
s'agit de la protéine A de Staphylococcus aureus et de la protéine M de Streptococcus pyogenes.
Les spores : Phénomène de sporulation

Les bactéries appartenant à certains genres, notamment le genre Bacillus et le genre Clostridium, sont
capables de former des endospores. Les bactéries sporulées subissent un cycle de différentiation en
réponse aux conditions d'environnement : en l'absence d'aliments, une spore se forme à l'intérieur de
chaque bactérie et est libérée lorsque la bactérie s'autolyse. La spore est une cellule bactérienne au repos,
hautement résistante à la dessiccation, à la chaleur et aux agents chimiques.

Replacée dans des conditions nutritionnelles favorables, la spore germe et redonne une bactérie identique
à celle qui lui a donné naissance. La spore est donc une forme de résistance aux conditions défavorables
de vie, avec conservation de toutes les aptitudes génétiquement déterminées.

 Le glycocalyx /Slime

Le glycocalyx est un feutrage de fibres polysaccharidiques (exopolymère) présent à la surface des


bactéries dans leur milieu naturel. Chez certaines espèces bactériennes des quantités importantes de
glycocalyx sont synthétisées (cas de Pseudomonas aeruginosa ou de Streptococcus mutans) et engluent
les cellules bactériennes. Le glycocalyx »couche S » est alors appelé « slime ».

CHAP II. Croissance des microorganismes (bactérie)

La très petite taille des cellules bactériennes ne leur permet pas de stocker toutes les molécules
dont elles auraient besoin.C'est le cas, en particulier, pour les enzymes qu'elles doivent synthétiser
au fur et à mesure qu’elles se multiplient
Division bactérienne
La bactérie se multiplie par fission binaire : la bactérie grandit puis se divise en deux cellules
filles séparées par un septum de division formé par la paroi cellulaire. Durant la division, l’ADN
se duplique ainsi que les autres constituants. Divers systèmes enzymatiques de synthèse et de
dégradation participent à la division cellulaire.

1Dynamique de la croissance
La croissance bactérienne est l’accroissement ordonné de tous les composants de la bactérie. Elle
aboutit à l’augmentation du nombre de bactéries.
Au cours de la croissance, il se produit, d’une part, un appauvrissement du milieu de culture en
nutriments et, d’autre part, un enrichissement en sous-produits du métabolisme, éventuellement
toxiques. La croissance peut être étudiée en milieu liquide ou solide.
11.Courbe de croissance
La croissance d’une bactérie s’étudie en milieu liquide. Il existe 6 phases dont l’ensemble
constitue lacourbe de croissance.
● Phase de latence : le taux de croissance nul (μ = 0). La durée de cette phase dépend de l’âge des
bactéries et de la composition du milieu. C’est le temps nécessaire à la bactérie pour synthétiser
les enzymes adaptées au nouveau substrat (pas de phase de latence si repiquage sur milieu
identique au précédent).

● Phase d’accélération : il se produit une augmentation de la vitesse de croissance.


● Croissance exponentie lle : le taux de croissance atteint un maximum (μ=max). Cette phase
dure tant que la vitesse de croissance est constante. Le temps de doublement des bactéries est le
plus court. La masse cellulaire est représentée par des cellules viables (mortalité nulle).
● Phase de ralentissement : la vitesse de croissance régresse. Il y a un épuisement du milieu de
culture et une accumulation des déchets. Il existe un début d’autolyse des bactéries.
● Phase maximale stationnaire : le taux de croissance devient nul (μ = 0). Les bactéries qui se
multiplient compensent celles qui meurent. Il se produit une modification de l’expression des
gènes.
Les bactéries en état de déprivation synthétisent des protéines de manque qui rendent la cellule
plus résistante aux dommages : augmentation du pontage du peptidoglycane, fixation des
protéines à l’ADN des cellules de manque, chaperones qui empêchent la dégradation protéique et
renaturent les protéines endommagées ;
● Phase de déclin : le taux de croissance est négatif (μ < 0). Toutes les ressources nutritives sont
épuisées. Il y a accumulation de métabolites toxiques. Il se produit une diminution d’organismes
viables et une lyse cellulaire sous l’action des enzymes protéolytiques endogènes. Cependant, il
persiste une croissance par libération de substances libérées lors de la lyse (croissance cryptique).
La mort cellulaire est caractérisée par l’absence de réplication irréversible.

12 Croissance in vitro (milieux liquide et solide)


Les bactéries peuvent être cultivées en milieux liquide, solide et semi-liquide. Les milieux
liquides sont utilisés pour la culture de bactéries pures. Les milieux solides ou semi-solides, à
base d’agar, sont utilisés pour l’isolement de bactéries. Dans ces milieux, ont été ajoutés des
nutriments favorisants la croissance des bactéries étudiées.

1 3.Croissance in vivo
In vivo, la croissance bactérienne n’est pas similaire à celle observée in vitro. Elle est beaucoup
plus ralentie. La phase de latence est beaucoup plus longue. Les bactéries n’ont pas toujours tous
les nutriments à leur disposition pour leur croissance. In vivo, les bactéries peuvent être
phagocytées par les macrophages et les polynucléaires et être inhibées par les produits
antibactériens comme le lysozyme ou le complément.

1 4.Croissance en culture continue


Il y a maintien d’une croissance exponentielle continue lorsque le milieu de culture est renouvelé
régulièrement et que les métabolites sont éliminés en même temps. La valeur μ est maximale et
constante.
1 5.roissance en culture synchrone
Les bactéries se multiplient toutes au même moment. La courbe de croissance montre des paliers
successifs. Ce type de culture permet d’étudier la division cellulaire indépendamment de la
croissance.

1 6.Croissance en BIOFILM
Un biofilm est une communauté de microorganismes (bactéries, champignons etc.)adhérant entre
eux, fixée à une surface ( bactériesdites sessiles) , et caractérisée par la sécrétion d'une matrice
adhésive et protectrice.
Ils sont naturellement résistants aux antibiotiques• Ils sont à l’origine de nombreuses infections
chroniques Les bactéries peuvent s’attacher aux surfaces, s’associer entre elles et s’entourer d’un
polymère organique pour constituer un biofilm. Leur organisation et leur métabolisme dépendent
de la nature de la surface et de l’environnement physico-chimique. Les biofilms intéressent tous
les domaines de la microbiologie et de la médecine (matériels d’exploration, matériels implantés,
muqueuses lésées). Les biofilms sont caractérisés par une hétérogénéité spatiale : il existe des
variations métaboliques importantes à l’intérieur du biofilm et à l’interface milieu liquide/milieu
solide.
2 Effets de carence et de stress
En situation de carence ou de stress, la bactérie peut adopter deux types de stratégie pour sa
survie :
1 - la bactérie se différencie vers une forme de résistance métaboliquement inactive. C’est le cas
des Bacillus qui produisent une spore.
2 - la bactérie développe des systèmes de régulation pour contrôler cette période de carence en
adaptant son métabolisme pour faire un maximum d’économie. C’est le cas d’Escherichia coli.
Dans ce type de situation, la bactérie présente les adaptations suivantes :
● Dégradation de l’ARN cellulaire total, libérant des nucléotides utilisables pour la synthèse de
nouveaux ARN ou comme source d’énergie.
● Dégradation des protéines : libération d’acides aminés réutilisés ou dégradés pour la production
d’énergie
● Mise en oeuvre de systèmes de transport et d’assimilation comme substituts aux éléments
manquants qui sont essentiellement les composés azotés, phosphorés, carbonés et le fer.
● Synthèse de protéines de stress qui protègent la bactérie de la privation de nutriments et
d’autres stress (existence de gènes impliqués dans les phénomènes de carence ou de stress).
3. Conditions favorables à la croissance
●Sources d’énergie
Les bactéries doivent trouver dans leur environnement les substances nécessaires à leur énergie et
à leurs synthèses cellulaires.
Les bactéries phototrophes utilisent l’énergie lumineuse pour la photosynthèse (synthèse d’ATP à
partir d’ADP et de phosphate inorganique).
Les bactéries chimiotrophes puisent leur énergie à partir de composés minéraux ou organiques.
Elles utilisent des donneurs et des accepteurs d’électrons (élément minéral : bactérie
chimiolithotrophe ; élément organique : bactérie chimioorganotrophe).
La grande majorité des bactéries d’intérêt médical sont chimioorganotrophes.

●Sources de carbone
Le carbone est l’un des éléments les plus abondants de la bactérie. Le plus simple des composés
est l’anhydride carbonique ou CO2. Celui-ci peut être utilisé par la bactérie pour la synthèse de
certains métabolites essentiels qui ferait intervenir une réaction de carboxylation.
Le CO2 est la seule source de carbone pour les bactéries autotrophes.
Les bactéries hétérotrophes utilisent facultativement le CO2. Les bactéries hétérotrophes
dégradent une grande quantité de substances hydrocarbonées (alcool, acide acétique, acide
lactique, polysaccharides, sucres divers).

●Sources d’azote et besoins en soufre


Les bactéries ont besoin de substances azotées pour synthétiser leurs protéines. La provenance de
cet azote peut se faire par fixation directe de l’azote atmosphérique ou par incorporation de
composés azotés (réactions de désamination, de transamination).
Le soufre est incorporé par les bactéries sous forme de sulfate ou de composés soufrés
organiques.
●Besoins inorganiques
Le phosphore est présent dans les acides nucléiques et est utilisé dans de nombreuses réactions
enzymatiques. Il permet la récupération, l’accumulation et la distribution de l’énergie dans la
bactérie. Il est incorporé sous forme de phosphate inorganique.
●. Autres éléments
D’autres éléments jouent un rôle dans le métabolisme bactérien (sodium, potassium, magnésium,
chlore) et dans les réactions enzymatiques (calcium, fer, magnésium, manganèse, nickel,
sélénium, cuivre, cobalt,vitamines).
4 Perception du quorum (quorum sensing ou auto-induction)
Les bactéries communiquent entre elles et ont un comportement coopératif. Les bactéries
contrôlent leur propre densité de population en percevant le niveau de molécules signales ou auto-
inducteurs.
Par exemple, grâce à la perception du quorum, les bactéries atteignent une haute densité de
population avant de libérer leurs enzymes.

Exemples : Synthèse et libération de facteurs de virulence chez P. aeruginosa


Stimulation de la sporulation chez Bacillus
Production de toxines et de facteurs de virulence chez S. aureus
Maturation du biofilm chez P. aeruginosa

5. Conditions physicho-chimiques de la croissance


●Effet de l’oxygène
Il existe plusieurs classes de bactéries en fonction de leurs rapports avec l’oxygène.
Les bactéries aérobies strictes ne se développent qu’en présence d’air. Leur source principale
d’énergie est la respiration. L’oxygène moléculaire, ultime accepteur d’électron, est réduit en eau
(Pseudomonas, Acinetobacter, Neisseria).
Les bactéries microaérophiles se développent mieux ou exclusivement lorsque la pression
partielle d’oxygène est inférieure à celle de l’air (Campylobacter, Mycobacteriaceae).
Les bactéries aéro-anaérobies facultatives se développent avec ou sans air. C’est le cas de la
majorité des bactéries rencontrées en pathologie médicale : les entérobactéries (Escherichia,
Salmonella), les streptocoques, les staphylocoques. L’énergie provient de l’oxydation des
substrats et de la voie fermentaire.
Les bactéries anaérobies strictes ne se développent qu’en absence totale ou presque d’oxygène
qui est le plus souvent toxique. Ces bactéries doivent se cultiver sous atmosphère réductrice.
La totalité de l’énergie est produite par fermentation. C’est le cas des bactéries intestinales
(Bacteroides, fusobacterium,Clostridium) et de nombreuses bactéries présentes dans les flores
normales de l’organisme. La production d’énergie se fait grâce aux cytochromes membranaires
couplés à des phosphorylations oxydatives mais en l’absence d’oxygène moléculaire. La toxicité
de l’oxygène s’explique par la production de radicaux superoxydes que les bactéries anaérobies
ne peuvent pas détruire (absence de superoxyde dismutase) et/ou par l’absence d’une activité
enzymatique à type de catalases et de peroxydases.

6. Effet de la température
Les bactéries peuvent être classées selon leur température optimale de croissance.
● Bactéries mésophiles (Ex. : Escherichia coli) : température de croissance proche de celle du
corps humain (37°C)
● Bactéries thermophiles (Ex. : Thermus aquaticus) : températures de croissance comprises entre
45°C et 70°C
● Bactéries hyperthermophiles (Ex. : Archaea) : températures de croissance supérieures à 80°C
● Bactéries psychrophiles (Ex. : Pseudomonas) : Températures proches de 0°C (optimum à 10-
15°C)
● Bactéries psychrotrophes (Ex. : Pseudomonas) : températures de croissance proches de 0°C
avec optimum de croissance proche des bactéries psychrophiles

7. Effet du pH
Le pH (concentration en ion hydrogène [H+]) de l’environnement varie entre 0,5 (sols acides) et
10,5 (eaux alcalines des lacs).

Les bactéries pathogènes ou liées à l’écosystème humain se développent le plus souvent dans des
milieux neutres ou légèrement alcalins.
On distingue :
● Les bactéries neutrophiles se développent pour des pH sont compris entre 5,5 et 8,5 avec un
optimum voisin de 7.
● Les bactéries alcalophiles préfèrent les pH alcalins: cas de Pseudomonas et Vibrio.
● Les bactéries acidophiles multiplient mieux dans des milieux acides : cas des Lactobacillus.
Pour garder un pH interne neutre, le mécanisme de résistance des bactéries est :
- Membrane cytoplasmique devient imperméable aux protons,
Bactéries neutrophiles : échange de potassium contre des protons,
Bactéries alcalophiles : échange d’ions sodium contre des protons,
- Production de déchets métaboliques acides ou alcalins.
8. Effet de la pression osmotique
Les bactéries sont assez tolérantes aux variations des concentrations ioniques. Certaines espèces
sont osmotolérantes (staphylocoques, Vibrio cholerae).

8 .Effet de l’eau libre


La disponibilité de l’eau présente dans l’atmosphère ou dans une substance intervient dans la
croissance bactérienne. L’activité de l’eau (Aw) est inversement proportionnelle à la pression
osmotique d’un composé.
Ainsi, elle est affectée par la présence plus ou moins importante de sels ou de sucres dissous dans
l’eau.
● Présence de sels
○ Les bactéries halophiles nécessitent du sel (NaCl) pour leur croissance. Cette concentration
peut varier de 1-6% pour les faiblement halophiles jusque 15-30% pour les bactéries halophiles
extrêmes (Halobacterium). Dans ce cas, la bactérie accumule des quantités importantes de
potassium pour rester hypertonique par rapport à son environnement.
○ Les bactéries halotolérantes acceptent des concentrations modérées de sels mais non
obligatoires pour leur croissance (Ex. : Staphylococcus aureus).

● Présence de sucres
○ Les bactéries osmophiles nécessitent des sucres pour leur croissance.
○ Les bactéries osmotolérantes acceptent des concentrations modérées de sucres mais non
obligatoires pour leur croissance.
○ Les bactéries xérophiles peuvent se multiplier en l’absence d’eau dans leur environnement.

2.6 Agents antimicrobiens

2.6.1/Introduction

Au cours du 20e siècle, les scientifiques ont développé une série de méthodes physiques et chimiques
pour lutter et contrôler la croissance des micro-organismes. Tous ces efforts étaient dans un cadre
de pratique médicale pour diminuer le pourcentage de décès post chirurgicaux ou après des
accouchements. L’altération des aliments et le développement d’approches efficaces pour leur
conservation constituaient également une motivation d’ordre sanitaire et économique.
A. Définitions

La stérilisation : est l’action de tuer toutes les formes de vie microbienne contenues dans une
préparation ou présents à la surface d’un objet. Le matériel traité est dit stérile lorsqu’aucun
micro-organisme ne peut être revivifié.

Il faut souvent emballer les objets avant leur stérilisation et bien fermer les préparations pour
éviter la contamination postérieure.

La désinfection : est une mesure qui a comme objectif de détruire les microbes pathogènes. Elle est
inefficace sur les endospores. Elle utilise un produit chimique qu’on nomme désinfectant sur des
produits inertes. C’est une opération au résultat momentané. Elle détruit les microbes présents,
mais il faut répéter le traitement en cas de contamination postérieure. Si elle est appliquer à un
tissu vivant en parle d’antisepsie et le produit utilisé est un antiseptique. On n’utilise pas les mêmes
produits pour les tissus vivants et les objets inertes. L’antiseptique doit être non toxique et non
irritant pour l’homme ou l’animal.

La décontamination : comme la désinfection est une action au résultat non permanent. Elle permet
d’inhiber les micro-organismes, sans forcement les tuer. Elle s’applique à des tissus vivants.

L’asepsie est l’ensemble des règles à respecter par les équipes médicales pour éviter l’apport de
microbes exogènes.

Selon l’effet de l’agent antimicrobien sur la croissance des micro-organismes, on distingue :

Une action bactériolytique avec une lyse (la mort) des cellules. Les nombres de bactéries totales et
viables diminuent brutalement

Une action bactéricide, les agents se lient à leurs ciblent de façon étroite et même si une dilution
a lieu, ils ne se détachent pas de leur cible et le nombre de cellules viables diminue sans lyse
cellulaire de façon exponentielle en fonction du temps..

Enfin une action bactériostatique, si la concentration diminue, la croissance bactérienne reprend. Il


peut se détacher de sa cible. Dans des concentrations normales d’utilisation, le nombre totale de
bactérie est stable et égale au nombre de bactéries viables
Chapitre III – Mécanismes du pouvoir pathogène
Pour infecter un individu, une bactérie doit être capable de vaincre les barrières de protection constituées
par la peau, les muqueuses, l’immunité passive et l’immunité active. Comme déjà vu dans les chapitres
précédents, on comprend dès lors que, en matière d’infection, il est autant question de mécanismes de
virulence bactérienne que de mécanismes de défense de l’hôte. Si ces derniers sont défaillants, des
bactéries de « faible virulence » pourront provoquer une infection ; si les premiers sont très puissants,
même l’homme en parfait état immunitaire sera infecté.
Le nombre de bactéries pathogènes pour l’homme est relativement limité mais chaque espèce a développé
son propre arsenal d’armes. Ces mécanismes sont extrêmement diversifiés et constituent des sujets de
recherche extrêmement pointus depuis les deux dernières décennies.

Première étape : la pénétration de la bactérie dans l'organisme

La majorité des infections sont précédées d’une étape de colonisation où la bactérie se fixe sur un
territoire et s’y multiplie. Pour y parvenir elle doit faire face à plusieurs obstacles :
L’atmosphère doit lui convenir : une bactérie aérobie pourra difficilement se multiplier dans l’intestin
très anaérobie par exemple.

Elle doit pouvoir s’imposer à la flore commensale qui est une barrière naturelle à la colonisation.

Elle doit pouvoir résister à des conditions parfois fort toxiques (absence de fer, sels biliaires, lysozyme,
IgA muqueuses…) tractus digestif ou le flux des urines par exemples. ) Pour ce faire, certaines bactéries
possèdent des adhésines. Celles-ci peuvent être des protéines ou des polysaccharides

1.1. Pénétration de la peau intacte


La peau constitue une excellente barrière à la pénétration des bactéries. La bactérie pour pénétrer par le
niveau cutané doit bénéficier d’une lésion, même minime. Ce sont les infections de plaies chirurgicales ou
traumatiques ou celles sur cathéters, sur piqûres… mais la moindre excoriation peut créer une porte
d'entrée.
Certaines bactéries comme Borrelia burdorferi se trouvent dans les glandes salivaires d’une tique. En
mordant la peau, cette dernière permet le passage de la bactérie.

1.2. Pénétration de la couche de mucus à la surface des muqueuses.


Les muqueuses sont protégées par un assemblage complexe de protéines et de polysaccharides appelé
mucine. Celle-ci empêche la plupart des bactéries d’atteindre les cellules épithéliales. Beaucoup de
bactéries intestinales utilisent les propriétés macrophagiques des cellules M de l’épithélium intestinal
comme porte d’entrée. C’est un endroit où la couche de mucus est beaucoup plus mince.
1.3. L'adhérence à la surface cellulaire
L’adhérence de la bactérie à la muqueuse est une étape essentielle de beaucoup d’infections. Le
péristaltisme intestinal, la miction, la déglutition ou simplement les mouvements browniens expliquent
qu’une bactérie incapable de se fixer sur l ‘épithélium sera éliminée et ne pourra pas pénétrer l’organisme.

1.3.1. Les adhésines protéiques : les pili


Un premier mode d’adhérence est constitué par les pili ou fimbriae (voir cours de microbiologie
générale). Ces pili d’adhérence possèdent à leur extrémité un déterminant capable de se fixer
spécifiquement sur un récepteur à la surface de l’organe cible, qui est habituellement un résidu d’hydrate
de carbone, de glycoprotéines ou de glycolipides.
Ces propriétés d'adhérence ont été montrées pour la première fois sur les souches de E. coli
entérotoxinogènes impliquées dans la colibacillose du porc et du veau, par W. Smith dans les années
soixante. Les souches toxinogènes ne produisent de pathologie que si elles possèdent conjointement un
"facteur de colonisation" (CFA: colonization factor antigen) constitué d'un antigène protéique spécifique
d'espèce.
Les pili des souches de E. coli isolées dans la majorité des infections urinaires ont également été
caractérisés. L'adhésine appelée Pap, dont il existe de nombreux sérotypes, se fixe sur des cérébrosides se
trouvant à la surface des cellules épithéliales du tractus urinaire mais aussi dans le stroma des
érythrocytes du groupe sanguin P (qui sont agglutinés par ces souches de E. coli).
Les souches de E. coli isolées dans les méningites du nouveau-né appartiennent au sérogroupe K:1 et
possèdent une adhésine qui se fixe spécifiquement sur les glycoprotéines et les glycolipides contenant un
site spécifique.
Des adhésines protéiques sont été caractérisées également chez Neisseria gonorrhoeae, Pseudomonas
aeruginosa ou Vibrio cholerae

1.3.2. Les facteurs d’adhérence des Gram (+)


Les bactéries Gram (+) possèdent des composés superficiels comme les acides lipotéichoïques
(Streptococcus pyogenes) ou des protéines de la membrane externe (Staphylococcus aureus) qui se lient à
la fibronectine, une protéine synthétisée par l’hôte présente dans le sérum, la salive, le tissu conjonctif,
qui elle-même se fixe à un récepteur membranaire de la cellule.

1.3.3. Les facteurs d'adhérence polysaccharidiques


Certaines bactéries font appel à des polysaccharides à leur surface pour permettre leur adhérence à
certaines surfaces de leur hôte et favoriser la colonisation. Ceux-ci forment ce que l'on appelle un biofilm
aux multiples propriétés.

Streptococcus mutans possède la propriété de polymériser les résidus glucose du saccharose en glucans
dans lesquels prédominent soit les liaisons alpha 1-6 (dextrans), soit les liaisons alpha 1-3 (mutans). Le
mutan est particulièrement insoluble et résistant à la biodégradation bactérienne. S. mutans adhère
spécifiquement au glucan, lequel adhère à la surface de la dent, permettant ainsi l'ancrage de la bactérie.
L'acidité produite par la bactérie reste confinée à l'endroit de production, par ce réseau de glucans, ce qui
induit la carie dentaire.

Staphylococcus epidermidis produit à sa surface un polysaccharide adhérent que l'on appelle 'slime' ou
'glycocalix' qui favorise fortement sa fixation sur les matériaux de prothèse (implants orthopédiques,
valves cardiaques. . . )

Pseudomonas aeruginosa produit un polysaccharide colloïdal appelé 'alginate' qui lui permet de se fixer à
l'épithélium bronchique des patients souffrant de mucoviscidose, qui produisent un mucus trachéo-
bronchial anormalement abondant et visqueux.

1.4. L’invasion proprement dite


Envahir implique pour la bactérie de traverser un tissu et de résister aux mécanismes passifs
(phagocytose, …) et à la réponse immunitaire que cette pénétration déclenche immanquablement.
C’est donc principalement les muqueuses que certaines bactéries ont la faculté de pénétrer.

1.4.1. L’exemple de Shigella


Un bel exemple bien élucidé est celui de la pénétration de Shigella au travers de la muqueuse digestive.
Au contact des cellules de la muqueuse intestinale Shigella secrète des molécules appelées « invasines »
qui provoquent chez la cellule hôte l'assemblage de filaments d’actine conduisant à la formation de
pseudopodes qui vont internaliser la bactérie dans une vacuole selon un mode proche de la
macropynocytose. Les bactéries possèdent différents systèmes de secrétion. Shigella utilise un système dit
de "type III" qui se présente sous forme de micros-seringue qui se lient spécifiquement à certaines cellules
hôtes pour ensuite leur injecter les invasines.
Ensuite, pour échapper à la lyse au sein de la vacuole, Shigella produit des protéines appelées « Ipa » qui
lysent la membrane de la vacuole. Les bactéries peuvent alors se multiplier abondamment dans le
cytoplasme.
Shigella a alors la propriété de détourner dans la cellule hôte le métabolisme de l’actine (impliquée dans
la formation et le remodelage du cytosquelette). Une « queue » de filaments d’actine se forme à un pôle
de la bactérie. La polymérisation de l’actine suffit à propulser la bactérie vers la membrane cellulaire et à
induire une protrusion dans la cellule adjacente. Celle-ci va phagocyter la protrusion ce qui permet le
passage de la bactérie d’une cellule à l’autre. D’autres protéines bactériennes permettent alors la lyse de la
double membrane entourant la bactérie. Ainsi le cycle peut recommencer.

1.4.2. Enzymes facilitant la pénétration tissulaire

Des enzymes bactériennes peuvent détruire les composants du tissu collagène ou les barrières fibrineuses.
Plusieurs bactéries produisent des fibrinolysines. C'est le cas des staphylocoques (staphylokinases) et des
streptocoques (streptokinases).
Beaucoup de bactéries Gram positif sécrètent une hyaluronidase qui désagrège le tissu conjonctif en
dépolymérisant l'acide hyaluronique.
Clostridium perfringens sécrète une collagénase qui désintègre le réseau de collagène des muscles.

1.4.3. Résistance à la phagocytose


La phagocytose constitue un premier gros obstacle sur la route d’une bactérie qui envahit le tissu.

La capsule polysaccharidique, outre son importance dans l'adhérence, joue un rôle déterminant dans la
virulence de certaines bactéries (pneumocoques, bacille du charbon). La capsule retarde ou empêche la
phagocytose ce qui favorise indirectement la multiplication du germe dans les tissus. Beaucoup de
bactéries pathogènes perdent leur virulence chez les variants ayant perdu leur capsule.

Certaines protéines de paroi jouent un rôle dans la virulence. La protéine M de Streptococcus pyogenes,
dont on connaît plus de 80 sérotypes, limite le dépôt de C3b à la surface de la bactérie ce qui réduit
l'opsonisation et, partant, la phagocytose.

1.4.4. Les enzymes inactivatrices de la réponse immunitaire et inflammatoire


Des endoprotéases spécifiquement actives sur les immunoglobulines de la classe IgA1
(immunoglobulines sécrétoires) sont produites par des bactéries telles que Neisseria, Haemophilus et
Streptococcus. Ces protéases suggèrent un mécanisme de défense des bactéries contre des anticorps
locaux produits au niveau des muqueuses sur lesquelles elles s'implantent.
Les streptocoques des groupes A et G possèdent à leur surface une peptidase qui clive spécifiquement le
facteur C5a du complément qui est impliqué dans le chimiotactisme des cellules phagocytaires

1.4.5. L’approvisionnement en fer


Le fer est indispensable à la croissance bactérienne et un trait marquant des bactéries pathogènes est
qu’elles ont élaboré des stratégies pour s’approvisionner.
Les bactéries ont besoin de fer pour leur développement à la concentration d'environ 10-6 M. Dans
l'organisme humain, le fer est complexé par des chélateurs dont les principaux
sont la transferrine, la lactoferrine, la ferritine et la conalbumine. Ceux-ci maintiennent le fer libre à des
concentrations très inférieures aux besoins des bactéries. Les bactéries utilisent différents systèmes pour
s'approvisionner en fer.

Production de sidérophores. La plupart des bactéries disposent de chélateurs de fer, appelés sidérophores,
capables par leur affinité d'arracher le fer à l'organisme. Ils sont sécrétés par les bactéries puis récupérés,
chargés de fer, par des récepteurs spécifiques de la membrane. Ils appartiennent à deux catégories : des
composés contenant un groupement phénolate et d'autres contenant un groupement hydroxamate.
L'entérochéline de E. coli et la pyochéline de Pseudomonas aeruginosa sont des exemples de sidérophores
contenant des phénolates. Plusieurs entérobactéries produisent de l'aérobactine, un sidérophore de la
classe des hydroxamates.

Récepteurs pour la lactoferrine ou la transferrine. Les Neisseria pathogènes (gonocoques et


méningocoques) synthétisent un récepteur membranaire qui fixe la transferrine et permet d'en prélever le
Fe+++. Certaines souches ont également un récepteur pour la lactoferrine. Ces deux types de récepteurs
apparaissent spécifiques des transporteurs humains, ce qui pourrait contribuer à expliquer que l'homme
soit le seul hôte de ces pathogènes.

Capacité d'utiliser un sidérophore étranger. Certaines bactéries sont dépourvues de sidérophores, ce qui
réduit notablement leur invasivité. Les surcharges en fer (hémosidéroses) favorisent les infections par ces
bactéries, grâce à une plus grande disponibilité de fer libre.
Par ailleurs la fièvre entraîne une diminution du fer sérique et pourrait donc contribuer à ralentir le
développement microbien.

1.4.6. Parasitisme intracellulaire


Certaines bactéries sont capables de résister à la lyse après phagocytose par les leucocytes et les
macrophages, et se multiplient à l'intérieur de ces cellules en y survivant parfois pour des périodes
prolongées. Ces germes à l'abri des défenses, entraînent souvent des infections chroniques ou des
rechutes. C'est le cas du bacille tuberculeux, de l'agent de la brucellose, de la listériose, de certains
champignons et parasites.
Outre l'exemple de la protéine Ipa vu pour Shigella, d'autres bactéries peuvent aussi produire des enzymes
telles la catalase ou la superoxyde dismutase capables de neutraliser les composés toxiques lors de la
fusion phagolysosomiale.

2. Production de toxines

Les toxines sont des poisons cellulaires produits par certaines bactéries. Lorsqu'elles sont secrétées dans
le milieu ambiant on parle d'"exotoxines", alors que les "endotoxines" sont des composants du corps
bactérien qui ne sont libérées que lors de sa lyse.
Les souches de Clostridium botulinum, par exemple, produisent une toxine extrêmement puissante et
létale pour l'homme lorsqu'elles peuvent se multiplier dans un aliment
Lorsqu'on avale cet aliment, les bactéries qui s'y trouvent vont traverser l'intestin, sans exercer la moindre
pathologie ni y persister, alors que la toxine passe la barrière et provoque une paralysie souvent mortelle.

2.1. Les exotoxines


Les exotoxines sont des protéines ou des peptides sécrétées par certaines bactéries au cours de leur vie.
D’un point de vue mode d’action on peut les classer en 4 groupes.
Plusieurs toxines sont des enzymes qui n’agissent pas spécifiquement sur une cible cellulaire. Ce sont
généralement des protéases qui clivent des substrats extracellulaires. Ces IgA protéases (voir
Haemophilus, Neisseria…) par exemple, clivent spécifiquement les immunoglobulines muqueuses
Les toxines de type A-B constituent une importante catégorie dont l’exemple type est la toxine du choléra.
Elles comprennent deux éléments : une partie « A » (Acting) enzymatique active sur une cible cellulaire
et une partie « B » (Binding) qui sert à la fixation sur un récepteur cellulaire. Parfois les parties A et B
sont deux domaines d’une même chaîne (diphtérie, tétanos, botulisme) parfois il s’agit de deux sous-
unités qui sont assemblées avant sécrétion (choléra).

Les toxines formant des pores sont des protéines solubles qui, une fois au contact de membranes,
changent de conformation, polymérisent et forment des pores qui mènent à la lyse membranaire et à la
mort cellulaire. Ces toxines sont principalement produites par les Gram (+) (streptolysine de
streptocoques par exemple).

Les toxines peptidiques agissent comme des hormones extracellulaires, se fixant sur un récepteur de
surface et provoquant un signal intracellulaire. Les toxines ST (thermostable) de Escherichia coli miment
l’action de la guanyline, une hormone paracrine contrôlant la sécrétion d’eau dans la lumière intestinale.
La guanyline active la guanylate cyclase ce qui mène à l’accumulation de GMP cyclique intra-cellulaire
et, par là, à la sécrétion d’eau et d’électrolytes. Une diarrhée aqueuse en résulte.

2.2. Les endotoxines


La réponse inflammatoire active les mécanismes de défense immunitaire non spécifique : sécrétion de
cytokines, recrutement et activation des phagocytes, réduction des concentrations en fer dans le sérum.
Quand la réponse est modérée, elle est bénéfique puisqu’elle permet l’élimination du microorganisme
envahissant.

Cependant, certaines bactéries, lorsqu’elles sont abondantes, peuvent déclencher une réponse immunitaire
exagérée qui sera dangereuse pour l’hôte, pouvant mener au "choc septique" (fièvre, hypotension,
insuffisance rénale et respiratoire, coagulation intravasculaire) souvent mortel.
Les molécules responsables peuvent être considérées comme des toxines mais elles sont en fait des
constituants bactériens non protéiques qui ne sont pas sécrétés mais libérés lors de la lyse de la bactérie.
D’où leur nom d’endotoxines.
2.2.1. Gram négatif
La principale endotoxine est le lipo-polysaccharide (LPS) et, plus précisément, le lipide A qui en est un
des constituants. Le lipide A interagit d’abord avec une protéine sérique appelée LPS-binding protein et le
complexe se lie à un récepteur membranaire macrophagique (CD14) qui interagit à son tour avec un
second récepteur membranaire appelé « Toll like receptor 4 » (TLR). Ces derniers sont constitués d’un
domaine extracellulaire et d’un domaine cytoplasmique. Ce dernier enclenche une cascade de « signaling
» intracellulaires menant à l’activation des facteurs de transcription et à la production de cytokines
(TNFα, IL-1, IL-6, IL-8).

2.2.2. Gram positif


Les endotoxines des Gram positif sont moins puissantes et on rencontre beaucoup moins de chocs
septiques à la suite d’une infection à Gram (+) que d’une à Gram (-).
Les principales molécules endotoxiques sont ici les acides teichoïques et des fragments de peptidoglycan.
CHAPITRE IV : Vaccination
La vaccination met à profit les mécanismes de défense immunitaire comme moyens
préventifs des maladies infectieuses. Elle consiste en l’introduction d’un antigène
dans l’organisme, afin de déclencher une réponse immunitaire, c’est la fabrication des
anticorps spécifique de l’antigène. Elle est utilisée contre les maladies infectieuses
(bacteriennes, virales et parasitaires)

Elle a pour but de déclencher chez l'individu une immunisation active contre l'agent
pathogène ou sa toxine, sans toutefois provoquer la pathologie.
Le but ultime de la vaccination est l'éradication de la maladie. Ceci n'est guère
envisageable que pour des microorganismes dont le seul hôte est l'homme et qui ne
peuvent persister dans l'environnement. Le seul succès à ce niveau est celui de la
variole considérée comme éradiquée.
Les vaccins dirigés contre des maladies bactériennes sont constitués soit de bactéries
tuées, soit de bactéries vivantes de virulence atténuée, soit de composants de ces
bactéries, soit de toxines bactériennes. Le problème essentiel est d'obtenir un vaccin
dont l'effet pathogène est supprimé ou fortement atténué sans que son immunogénicité
n'en soit affectée. La multiplicité antigénique des souches est également un obstacle.

La vaccination est caractérisée par le fait d’être


Active : Elle met en jeu le système immunitaire humoral spécifique de l’organisme
Durable :Après la vaccination,on est protégé contre l’antigène pour une période
relativement longue
Retardée : Il faut plusieurs jours ou semainesavant que n’apparaissent les anticorps en
quantités suffisantes pour protéger le corps

Les differents types de Vaccins.


 Vaccins tués ou inactivés
Les germes sont tués soit par la chaleur modérée, soit par l'acétone ou le phénol. Ils
ont perdu tout pouvoir de reproduction. Il ne persiste que le pouvoir antigénique. Ces
vaccins n'engendrent généralement qu'une immunisation de durée limitée et de qualité
imparfaite. Ils ne stimulent que l'immunité humorale et donc augmentent l'effet
opsonisant du sérum pour favoriser la phagocytose et la lyse par le complément.
Ex :vaccins contre : polimyélite, hépatitevirale B, Fièvre typhoide, coqueluche, gripe,
rage,choléra,brucellose ;….

B. Vaccins vivants atténués


Le germe vivant mais ila perdu tout son pouvoir pathogène,une seule administration vacinale suffit
généralement pour obtenir une bonne immunisation
Ces vaccins sont généralement plus efficaces car ils stimulent non seulement
l'immunité humorale mais aussi l'immunité cellulaire et ceci les rend seuls valables
dans les infections à germes intracellulaires comme la tuberculose où l'immunité
humorale ne joue pas de rôle important.

Certains peuvent être administrés par voie orale (ou par aérosols) et stimuler la
production locale d'IgA. Ils ne nécessitent qu'une faible dose, car les germes atténués
se multiplient dans l'organisme. Cependant leur conservation peut poser problème car
ils doivent rester vivants. Enfin, les vaccins vivants peuvent causer des accidents, chez
les immuno-déficients et ils ne peuvent être administrés durant la grossesse.
Le meilleur exemple de ces vaccins est le B.C.G. (bacille de Calmette-Guérin) utilisé
comme vaccin antituberculeux. Il s'agit d'une souche de Mycobacterium bovis dont la
virulence a été atténuée par de très nombreux (230!) passages sur milieu bilié.

C. Vaccins acellulaires
Ils sont constitués de composants antigéniques immunogènes de la cellule bactérienne,
qui suscitent la formation d'anticorps protecteurs. Les constituants les plus souvent
utilisés sont des polysaccharides des structures de surface de la bactérie.
Ils ont le désavantage de n'induire qu'une réponse primaire car ils ne stimulent pas les
cellules T "mémoire". Ceci a pour conséquence d'induire une réponse de courte durée
et de n'induire aucune réponse chez l'enfant en dessous de 2 ans. Ainsi en est-il du
vaccin pneumococcique qui contient 23 déterminants antigéniques de polysaccharides
capsulaires.
Les vaccins "conjugués" associent l'antigène polysaccharidique à une anatoxine
protéique (diphtérique ou tétanique) pour susciter une mémoire immunitaire. Le plus
beau succès obtenu d'épiglottites dans ce domaine est sans conteste le vaccin dirigé
contre l'antigène capsulaire "b" de Haemophilus influenzae. En une dizaine d'années il
a permis de réduire à (presque) zéro le nombre de cas de méningites et aigües.
De même, un vaccin conjugué contre le méningocoque C est actuellement
commercialisé et particulièrement utile compte tenu de l'épidémiologie (voir chap.
syst. nerveux central).
Un nouveau vaccin pneumococcique conjugué comprenant 7 antigènes différents est
actuellement administré aux USA et en cours de développement chez nous.

D. Vaccins antitoxiques
Les toxines protéiques des bacilles Gram positif peuvent être transformées en
anatoxines ou toxoïdes par le formol. Ce sont ces anatoxines qui sont, en particulier
dans la diphtérie et le tétanos, utilisées comme vaccins contre ces maladies.
Le maintien d'une immunisation requiert des rappels réguliers.

Utilisation des vaccins


Les vaccins induisent une immunité de durée limitée, particulièrement les vaccins tués
et les anatoxines. Ils doivent, si l'on veut prolonger l'effet protecteur, comporter des
rappels effectués à intervalles de quelques années, variables suivant les cas, après la
vaccination de base qui comporte généralement 2 ou 3 injections espacées de quelques
semaines.
Dans la plupart des cas, l'effet protecteur d'un vaccin ne se fait sentir que 4 à 6
semaines (ou plus) après la première dose.
Certains vaccins peuvent être combinés sans que l'effet immunogène ne soit diminué;
au contraire, il est parfois renforcé. C'est le cas de certains vaccins tués et
d'anatoxines. L'association anatoxine diphtérique - anatoxine tétanique - Bordetella
pertussis tués (coqueluche) ou vaccin Di-Te-Per est classique. Par contre il est
déconseillé d'associer des vaccins vivants.
CHAPITRE VI : Les antibiotiques
Les antibiotiques sont des substances naturelles élaborées par des bactéries ou des champignons. On leur
assimile des substances de synthèse qui ont des propriétés analogues

Les antibiotiques manifestent une action antibactérienne en empêchant la multiplication des bactéries ou
en entraînant leur destruction par une action, à l'échelle moléculaire, au niveau d'une ou plusieurs étapes
métaboliques indispensables à la vie de la bactérie.
Ils sont doués d'une toxicité sélective vis-à-vis des bactéries, contrairement aux désinfectants qui sont
également nocifs pour les cellules de l'hôte. Cette activité ne s'étend cependant pas uniformément à toutes
les espèces bactériennes et l'on parle d'antibiotiques à spectre large lorsque leur action s'exerce sur une
grande diversité d'espèces de bactéries, et d'antibiotiques à spectre étroit lorsqu'elle se limite à une ou à
quelques catégorie(s) de micro-organismes. Le spectre d'un antibiotique est un élément capital dont il sera
tenu compte pour choisir une antibiothérapie adaptée à chaque situation clinique.
Un antibiotique est bactériostatique lorsqu'il inhibe la multiplication des bactéries sans les tuer. Il est
bactéricide lorsque son action va jusqu'à la destruction de la cellule bactérienne. Dans certains cas, un
antibiotique peut être bactériostatique à une certaine concentration et bactéricide à une concentration
supérieure. Certaines associations d'antibiotiques peuvent avoir un effet synergique, c'est-à-dire un effet
supérieur à la somme des deux effets séparés. C'est souvent le cas des antibiotiques bactéricides, par
exemple les aminoglycosides et les ß-lactames.
Les antibiotiques peuvent être classés par familles présentant une structure plus ou moins analogue et
agissant sur une même cible. Il existe cependant des substances de structures très différentes agissant sur
une même cible. On peut donc aussi les classer suivant leur mécanisme d'action.

Les antibiotiques peuvent être classés par familles présentant une structure plus ou moins
analogue et agissant sur une même cible. Il existe cependant des substances de structures très différentes
agissant sur une même cible. On peut donc aussi les classer suivant leur mécanisme d'action.

1. Mécanismes d'action
Il existe quatre modes d'action principaux qui sont repris dans le tableau 1:
1.1. Antibiotiques inhibant la synthèse de la paroi bactérienne
Les ß-lactames et les glycopeptides agissent en interférant avec la synthèse du peptidoglycan. Les ß-
lactames interfèrent avec la polymérisation des sous-unités de peptidoglycan et l'attachement de celui-ci à
l'ancienne paroi cellulaire. Leur action inhibe la réticulation du peptidoglycan par inhibition des fonctions
carboxy-peptidase et transpeptidase des PBP (penicillin binding protein). Les glycopeptides interfèrent en
se liant à l'extrémité D-ala-D-ala des précurseurs du peptidoglycan et en empêchant leur incorporation
dans le peptidoglycan en formation.

1.2. Antibiotiques agissant sur la membrane cytoplasmique


Il existe quelques agents antimicrobiens qui agissent en désorganisant la membrane lipoprotéique, altérant
la perméabilité et provoquant la mort cellulaire : les polymyxines principalement, qui sont très peu
utilisées.

1.3. Antibiotiques agissant sur la synthèse des protéines


Ces antibiotiques agissent au niveau du ribosome bactérien, soit au niveau de la sous-unité 30S, soit au
niveau de la sous-unité 50S. La différence entre le ribosome bactérien et le ribosome des cellules
eucaryotes explique la toxicité sélective de ces antibiotiques pour les bactéries. Les tétracyclines, les
aminoglycosides, les macrolides et les lincosamides font partie de cette catégorie.
1.4. Antibiotiques actifs sur les acides nucléiques
Les quinolones sont des substances de synthèse qui agissent en inhibant des enzymes (topoisomérase ou
ADN-gyrase) qui participent à l'enroulement des brins d'ADN. Les nitrofuranes et les nitro-imidazoles
provoquent des cassures de l'ADN.
La rifampicine est un inhibiteur de l'ARN polymérase en se liant à une de ses quatre sous-unités et
interfère avec la production d'ARN messager.

Il est important de noter que pour qu'un antibiotique donné puisse exercer son action spécifique sur une
bactérie, il doit en tout premier lieu parvenir à son site d'action. La vancomycine par exemple est un
glycopeptide de PM élevé qui a un spectre limité aux bactéries à Gram positif; elle n'a aucune action sur
les bacilles à Gram négatif, non pas parce qu'elle n'agit pas au niveau du peptidoglycan mais bien parce
qu'elle ne peut pas traverser la membrane externe de ces bactéries.

2. Mécanismes de résistance

On distingue la résistance intrinsèque et la résistance acquise.


• Une bactérie qui ne possède pas la cible appropriée à un antibiotique ou qui ne permet pas la
pénétration de celui-ci ou qui le détruit, possède une résistance dite naturelle ou intrinsèque à
ce composé. Dans ce cas la résistance affecte globalement toutes les souches d'une espèce
déterminée.

• Outre ces mécanismes naturels, les bactéries ont développé progressivement un nombre
incalculable de mécanismes leur permettant de résister à de nombreux antibiotiques : il s'agit
d'une résistance dite acquise.

On sait que la résistance acquise n'est pas le résultat d'une adaptation de l'ensemble de la population mais
bien d'une sélection de mutants préexistants en très petit nombre (ou apparus en cours de traitement) dans
la population et porteurs de déterminants génétiques codant pour la résistance à cet antibiotique. Ces
mutants passent inaperçus et sont concurrencés par la population normale en l'absence de l'antibiotique.
C'est donc l'usage de ce dernier qui exerce une pression pour sélectionner les mutants et faire émerger une
nouvelle population résistante. L’antibiotique n’induit pas de résistance, il sélectionne les souches qui le
sont.

On distingue quatre modes principaux d'acquisition de résistance.

2.1. Modification de la cible de l'antibiotique


Des modifications même minimes (un seul acide aminé parfois) de la cible d'un antibiotique peuvent
modifier l'affinité des deux éléments et entraîner une résistance.
Une simple mutation ponctuelle dans le gène de l’ADN-gyrase peut avoir comme conséquence de réduire
fortement l’affinité de l’enzyme pour une quinolone, tout en conservant sa fonction enzymatique intacte.
De même, par de multiples recombinaisons génétiques des gènes de ses PBP, le pneumocoque
(Streptococcus pneumoniae) peut diminuer l’affinité de ces dernières pour les β-lactames et devenir
résistant à ceux-ci
Une bactérie peut acquérir par plasmide un gène codant pour une nouvelle PBP insensible aux β-
lactames. Le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus) par exemple devient totalement

résistant aux β-lactames lorsqu’il acquiert le gène mecA codant pour une nouvelle enzyme appelée PBP2a
(voir XI).
Enfin par modification génétique des mécanismes de contrôle, une bactérie peut se mettre à «
surproduire »
2.2. Modification de la perméabilité
Toute diminution de la perméabilité de la paroi bactérienne peut entraîner l'apparition d'une résistance aux
composés qui ne peuvent plus traverser cette paroi. Ceci est souvent rencontré chez les bactéries Gram
négatif par diminution de la taille des porines.
Certaines bactéries ont développé des mécanismes actifs d’efflux qui rejettent les antibiotiques qui ont
pénétré.

2.3. Production d'enzymes détruisant les antibiotiques


• Le mécanisme de résistance aux bêta-lactames le plus important est celui des bêta-lactamases
qui sont des enzymes qui hydrolysent le noyau bêta-lactame. Ces enzymes se retrouvent à la fois
chez les bactéries Gram positif et Gram négatif, chez les espèces aérobies et anaérobies. La
synthèse peut être médiée par le chromosome comme par un plasmide.

• La résistance aux aminoglycosides s'opère le plus souvent par la production d'enzymes


provoquant une acétylation, une phosphorylation ou une adénylation des molécules, ce qui
empêche leur action au niveau ribosomial.

2.4. By-pass d’une étape métabolique sensible à l’antibiotique


Les bactéries résistantes aux glycopeptides, par exemple, contournent l’inhibition des précurseurs du
peptidoglycan au niveau de la terminaison D-Ala-D-Ala en produisant d’autres précurseurs D-Ala-D-Lac
insensibles aux glycopeptides.
Le mécanisme de résistance influe fortement sur l’attitude thérapeutique à utiliser. En voici un exemple :
si un staphylocoque doré est résistant à l’amoxycilline par production d’une ß-lactamase, l’ajout d’acide
clavulanique à l’amoxycilline (c’est la composition de l’Augmentin) permet de récupérer l’activité car
l’acide clavulanique est un inhibiteur spécifique de cette ß-lactamase. Par contre, les souches de
staphylocoque doré résistantes aux ß-lactames par modification de l’affinité des PBP sont définitivement
résistantes à toutes les ß-lactames qui n’ont plus de site d’action, et il faut utiliser un antibiotique d’une
autre classe.

3. L’emploi des antibiotiques en médecine

On utilise les antibiotiques à titre curatif ou prophylactique.


3.1. Curatif
Le patient dont on a fait le diagnostic d’infection bactérienne peut bénéficier d’un traitement antibiotique.
On distinguera deux cas :
• lorsque le diagnostic précis a été établi, à savoir l’identification de la bactérie en cause et
l’établissement de sa sensibilité aux antibiotiques, le médecin choisira l’antibiotique le plus
approprié en considérant : le spectre le plus étroit couvrant la bactérie en cause, la toxicité, le
mode d’administration, le coût...

• lorsqu’une étiologie précise manque, le traitement se fera sur base empirique en faisant un ‘pari
bactériologique raisonné’ se basant sur l’étiologie la plus probable en fonction de la clinique et sur la
sensibilité prévisible en fonction de l’épidémiologie locale. Il importera (ce qui ne se fait que rarement
malheureusement) de corriger la prescription si un diagnostic de laboratoire devient disponible les jours
qui suivent, surtout pour essayer de réduire le spectre.
3.2. Prophylactique
C’est une des formes de consommation d’antibiotique les plus préjudiciables de par son impact sur les
résistances.
La majorité des actes chirurgicaux et, en particulier, la chirurgie orthopédique ou cardiaque, bénéficient
de l’administration prophylactique d’antibiotiques : on injecte ceux-ci juste avant l’incision et durant les
premières heures après l’opération pour prévenir l’installation d’un foyer infectieux au niveau du site
opératoire. L’utilité en a été démontrée mais l’application se fait trop souvent de façon exagérée : emploi
d’antibiotiques à spectre trop large, pendant trop longtemps et à trop fortes doses.
D’autres indications prophylactiques concernent l’endocardite et la méningite.

2ème Partie Notion de virologie


Chapitre I DEFINITIONS , STRUCTURES VIRALES ET CLASSIFICATION DES VIRUS

1. INTRODUCTION

On estime généralement que plus de 60% des maladies infectieuses sont dues aux virus. Ex : les
gastro-entérites infantiles, les infections respiratoires aiguës, les hépatites virales et le SIDA. Cela
explique l’intérêt particulier et actuel que soulève l’étude de la Virologie axée sur le diagnostic,
l’épidémiologie et la pathogénie des maladies virales.

La notion de maladie virale a été établie à la fin du 19 ème siècle. PASTEUR, IVANOVWSKI et
FROSCH démontrèrent certaines maladies dont les agents pathogènes étaient ultrafiltrables. Ils passaient
à travers les pores des filtres de porcelaine, connus pour retenir toutes les bactéries. Ces agents étaient
invisibles au microscope optique et responsable d’affections transmissibles en série : Ce sont des virus. A
la différence des bactéries le virus -ne se voit pas en microscopie optique (sauf au microscope
électronique) -ne se cultive pas sur milieu inerte (tel un bouillou une gélose) -n’est pas retenu par le
filtre de Chamberlain filtre de porcelaine (qui retient toutes les bactéries )

fig :1 comparaison des tailles

La taille des virus est de l’ordre du nanomètre = 10 -9 m (ente 20 et 300 nm) On ne peut observer les virus
que par la microscopie électronique.

Ils affectent pratiquement tous les genres d’animaux de même que les arthropodes, les algues, les
champignons ainsi que les protistes ; en particulier les bactéries par les bactériophages.

De cet ensemble nombreux et varié, une centaine d’espèces de virus sont pathogènes pour l’homme et
représente de ce fait une importance médicale.

Le domaine pathologique des virus en virologie médicale est étendu et varié. Beaucoup de
maladies d’origines virales sont en général bénignes, et caractérisées par leur grande fréquence (certaines
conjonctives, le coryza saisonnier ou rhume, les fièvres éruptives de l’enfance).

D’autres affections redoutables sont de plus en plus rares grâce aux vaccinations (poliomyélite, fièvre
jaune). D’autres viroses restent d’actualité, surtout dans les pays en voie de développement, telles les
hépatites virales.

Enfin, certaines sont particulièrement redoutables quand elles atteignent des terrains particuliers.
Chez les femmes enceintes, le virus de la rubéole et le Cytomégalovirus sont responsables
d’embryopathies et ou des malformations.
LE VIH ou virus de l’immunodéfience humaine est l’agent du SIDA, la pandémie de la fin du 20ème cycle.

Par ailleurs, les sujets immunodéprimés sont plus susceptibles que les sujets sains, à certains
virus tels, l’herpès virus et le virus de la varicelle et du zona.

D’autres virus, avec des co-facteurs, jouent un rôle dans le développement de tumeurs malignes.
Ces virus sont potentiellement oncogènes (peuvent générer des tumeurs). Ce sont par exemples, le virus
de l’hépatite B dans le carcinome primaire du foie et le virus d’EPSTEIN-BAAR dans le lymphome de
Burkitt.

2. DEFINITIONS

Pendant longtemps, les virus ont été définis de façon incertaine. Les progrès des sciences
biologiques et de la biotechnologie ont permis une définition plus précise des virus.

Ce sont des agents infectieux, des microorganismes invisibles au microscope optique, dont la
structure se résume à un génome entouré d’une coque protéique appelée capside. L’ensemble de ces
deux éléments forme la nucléocapside. Celle-ci s’entoure chez certains virus d’une enveloppe ou peplos.
La taille des virus est de l’ordre de quelques nanomètre, 10 -9 m (ente 20 et 300 nm)

Fig 2 un virus nu et un virus enveloppe

A l’inverse des cellules eucaryotes (cellule humaine, des protozoaires et des micromycetes) le virus n’a ni
cytoplasme ni membrane cytoplasmique, ni organites intra cytoplasmiques tel les ribosomes, le réticulum
endoplasmique, des mitochondries et l’appareil de Golgi. Il n’a pas de membrane nucléaire.

Au contraire des cellules procaryotes (cellule bactérienne) le virus n’a pas de paroi ou
peptidoglycane, ni cils ou flagelles ni capsule.

Ainsi le virus ne possède aucun système enzymatique, aucune réserve énergétique pouvant
assurer sa survie dans un milieu de culture inerte (bouillon de culture bactériologique) ou dans
l’environnement. Le virus n’est pas une cellule ; Ce n’est qu’une information génétique protégée par des
structures périphériques ( capside avec ou sans enveloppe)

De plus, les virus ne se multiplient pas par scissiparité comme les bactéries ; ni par mitose
comme les cellules eucaryotes. Ils répliquent leurs génomes. En raison de leur extrême simplicité, les
virus ne peuvent se répliquer qu’en utilisant les macromolécules de la cellule qu’ils ont infecté. Ils sont
donc nécessairement des parasites intracellulaires absolus.
Le virus est une entité biologique dont le génome est formé d’acide nucléique ADN ou ARN
protége par une coque protéique : la capside. Il se réplique dans les cellules infectées en utilisant
l’appareil de synthèse de celles-ci pour coder et diriger la production des structures spécifiques du virus
qui seront assemblés en une entité appelée virion

On appelle virion la particule virale mature, infectieuse et extra cellulaire. C’est la forme de
dissémination, assurant le transfert de l’infection virale, à d’autres cellules ou organismes.

Fig 3 Les différents éléments d’un virus nu ou enveloppe


Fig 4 : la cellule eucaryote

En 1953, LWOFF a énoncé quatre caractères fondamentaux de définition faisant des virus des
entités originaux :

=1/Chaque particule virale ne contient qu’un seul type d’acide nucléique, ARN ou ADN, qui forme le
génome viral. Ceci oppose les virus aux autres êtres vivants ayant les 2 acides nucléiques ; l’ADN
représentant l’information génétique tandis que l’ARN assurant l’expression génétique

=2/Les virus présentent une structure particulière, les opposent aux autres êtres vivants à structure
procaryote (bactérie) ou eucaryote. Cette structure est le virion.

=3/Les virus se reproduisent uniquement à partir de leur matériel génétique, par réplication de leur
acide nucléique genomique. Ils ne se divisent pas par scissiparité comme les bactéries, et ne subissent
pas de mitose comme les cellules eucaryotes. Les virus se reproduisent mais ne croissent pas

=4/Les virus présentent un parasitisme intra cellulaire obligatoire. Ce parasitisme s’explique par le
fait que le virus ne possède aucun système enzymatique ou énergétique lui permettant d’assurer sa
propre réplication. En effet, il est limité à une information génétique protégée par des structures
périphériques. Toutefois, certains virus ont des enzymes qui interviennent en partie dans la
réplication du génome virale. Mais la majorité des virus sont amenés à détourner et à utiliser, pour
leur propre biosynthèse, l’ensemble ordonné des macromolécules de la cellule parasitée (ribosomes,
ARNt , activités enzymatiques diverses, systeme énergétique) ; ainsi est lésée la cellule parasitée .

En corollaire et pour ces diverses raisons, les virus sont incapables de se multiplier dans des
milieux inertes comme le font les bactéries. Leur isolement passe forcement par l’inoculation à un
système biologique vivant permissif, capable d’assurer leur réplication.

Le détournement, au profit du virus, des principales activités métaboliques de la cellule parasitée, peut
entraîner la mort de celle-ci. Mais ce n’est pas une règle absolue, il peut y avoir tolérance. Il y aura,
donc, diminution ou inhibition complète des synthèses cellulaires pour la cellule parasitée, bases
physiopathologiques de l’infection virale.

En outre, cette étroitesse de relation entre la cellule infectée et le virus explique aussi la difficulté
de la mise au point des traitements efficaces antiviraux. Ceux-ci devraient pouvoir détruire le virus sans
léser la cellule hôte ce qui n’est pas toujours possible.

En conclusion, nous retenons qu’ainsi défini, un virus n’est pas une cellule, mais
l’équivalent d’un fragment de code génétique, qui a pris son indépendance et ne contient que
l’information pour sa propre réplication. Cette information, ne peut s’exprimer, que grâce aux
détournements des systèmes enzymatiques et énergiques de la cellule parasitée, le virus étant un parasite
intracellulaire absolu.

Cette structure et ce mode de réplication conditionnent la plus grande partie des propriétés
biologiques et du pouvoir pathogène des virus.

3. STRUCTURES

Tous les virus sont constitués de deux entités essentielles : le génome, formé d’acide nucléique et
la capside ou coque de nature protéique, entourant ce génome.

L’ensemble génome-capside forme le virus nu. Les virus enveloppés sont constitués de l’ensemble
génome-capside-enveloppe.

Cette enveloppe ou peplos est de composition lipido-glucido protéique.

a) le génome viral
Constitué d’un seul type d’acide nucléique, soit l’ADN ou l’ARN, il contient toute l’information
génétique du virus. Lors de la reproduction virale, il sera répliqué, et transcrit en éléments structuraux et
non structuraux du virus. Cet acide nucléique est caractérisé par un P.M. (en Daltons) ou leur G + C % ou
indice de CHARGAFF, et encore par le nombre de paires de bases ( kilobases) Le Dalton est l’unité de
masse atomique = 1/12 de la masse d’un atome nucléide du carbone ou 12 C.

1Da = 1,66503 x 10-27 kg = 1U de masse

Cet acide nucléique peut être à simple ou double brin, mono ou bicatenaire. Il peut être
fragmenté ou entier, linéaire ou circulaire.

Les génomes a ARN sont monocaténaires a simple brin (a part ceux des Reoviridae avec un
génome a ARN a double brin). Les génomes à ADN sont bicatenaire à double brin.
Les génomes sont constitues de gènes structuraux codant pour les structures virales (capside et /ou
enveloppe) ainsi que des gènes non structuraux qui codent pour des éléments enzymatiques et enfin des
gènes régulateurs de la réplication génomique

1. Génome à ADN ou Acide Désoxyribonucléique


Les génomes viraux à ADN possèdent une grande variété de poids moléculaire, allant de 3
x106Daltons pour certains Papovaviridae à 160 x106 Daltons pour les Poxviridae. Les ADN viraux sont
généralement bi caténaires à double brin et linéaires.

Ex. Les Herpes virus ont un génome à ADN bi caténaire, linéaire, d’un P.M de 80-150 x 10 6Da

Fig 5 ADN ou acide desoxyribonucleique

2. Génome à ARN ou Acide Ribonucléique

Le poids moléculaire des ARN varie de 2 x 106 Da pour les Picornaviridae, à 15 x 10 6


Da pour les
Réoviridae.

Ces ARN sont en général mono caténaire à simple brin et linéaire sauf dans le cas de Réoviridae
ou le génome est bi caténaire. Certains génomes à A.R.N sont fragmentés, tels les génomes des virus
grippaux .

Ils sont constitués de plusieurs fragments reliés entre eux par des liaisons covalentes. Cette
disposition favorise les recombinaisons génétiques et les mutations des virus.

Ex : Les Myxoviridae, dont les virus grippaux, ont un génome à A.R.N. monocaténaire, avec 8 segments
d’un P.M. de 4-106 Da

Fig 7 : Génome du VIH à ARN monocaténaire de polarité positive et ces gène de structures
POL,ENV,GAG de même que des gènes de régulation,vif,vpu ou vpr,nef, tat

b) la capside
C’est une structure polymérisée à base d’unités protéiques, constituées par la répétition d’une
seule ou plusieurs sous unités. Cette structure protège le génome et son information génétique et facilite
le transfert de cette information à la cellule infectée.
Suivant les virus, les unités protéiques de cette capside s’organisent en une capside hélicoïdale à
symétrie tubulaire ou en une capside icosaédrique à symétrie cubique.

L’icosaèdre est un polyèdre régulier constitué de 20 faces triangulaires, 12 sommets et 30 arêtes ;


il constitue une boîte creuse contenant l’acide nucléique. L’ensemble forme une nucléocapside à symétrie
cubique ou icosaédrique. Chaque sommet de l’icosaèdre est occupé par un penton formant un capsomère
ou oligomère à 5 unités structurelles ou sous –unités protéiques. Les faces et les arêtes sont constituées
de capsomères à 6 unités de structures ou hexons.

Les familles de virus à symétrie icosaédrique sont caractérisées par le diamètre de la capside et le nombre
fixe de capsomère. Ainsi les Adénoviridae ont tous une capside de 70 à 90 nm de diamètre, formée de
252 capsomères, dont 12 pentons et 240 hexons.
Dans les capsides tubulaires à symétrie hélicoïdale, les sous unités ne se regroupent pas en
capsomères, elles s’empilent en colimaçon, maintenant l’acide nucléique enroulé entre 2 tours de spires.
On retient parmi les caractéristiques d’un virus à symétrie hélicoïdale sa longueur et le diamètre du tube
de sa capside.

Rappelons que la structure compacte formée par l’assemblage de la capside autour du génome
s’appelle nucléocapside ou « core ». Les protéines de la capside sont antigéniques ; elles induisent, chez
l’organisme infecté, la formation d’anticorps spécifique.

. Certains virus ne possèdent pas d’autre structure, ils sont nus. Les autres ont en plus, une
enveloppe ou péplos : ils sont enveloppés.

c. l’enveloppe virale ou peplos

De composition lipido-glucido-protéique, c’est un élément propre aux virus enveloppés. Elle


provient, par bourgeonnement, des systèmes membranaires de la cellule hôte parasitee.

Trois origines sont connues :

 1. La membrane nucléaire. Ex : les virus de l’herpès


 2. Les structures intra cytoplasmiques comme le réticulum endoplasmique ou l’appareil de
Golgi. Ex : les Togaviridae
 3. La membrane cytoplasmique de la cellule que l’on retrouve enveloppant le
Ortho et Paramyxoviridae de même que les Rétroviridae.

La composition macromoléculaire de l’enveloppe reflète celle du composant membranaire dont elle est
issue.

Fig 11 Enveloppe dérivée de la membrane cytoplasmique (VIH ou Virus de la rougeole)


Fig 12 Enveloppe dérivée de la membrane nucléaire ( les Herpesviridae)
L’enveloppe virale possède 2 types de spécificités antigéniques distinctes :

 Une spécificité cellulaire, le virus emportant avec lui une partie des antigènes des
membranes de la cellule hôte
 Une spécificité virale, on trouve à ce niveau, entre autres,.des protéines à activités agglutinantes
les globules ou hemagglutinine ; une neuraminidase protéine a activité enzymatique, ainsi que
des facteurs toxiques et des facteurs de fusion cellulaire.

L’enveloppe est très sensible aux divers agents physico-chimiques, en particulier aux solvants lipidiques
(détergents, éther, sels biliaires) à la chaleur et la dessiccation

L’enveloppe ne constitue donc pas un élément de protection supplémentaire. Au contraire, c’est un


élément de fragilité rendant le virus enveloppés peu résistant dans le milieu extérieur .

Souvent de formations sont visibles, au microscope électronique, sous forme de spicules hérissée
sur l’enveloppe ou la capside.

VIH 1 dont l’enveloppe est hérissée de spicules


4. CLASSIFICATION

LWOFF, HORNE et TOURNIER ont été les premiers, en 1960, à proposer une classification
fondée sur la structure des virus et non plus sur les caractères des maladies correspondante.

Le système de classification L.H.T. retient 4 critères objectifs de classification :

1°) La nature de l’acide nucléique (ADN ou ARN) génomique

2°) La symétrie de la nucléocapside, hélicoïdale (H) ou cubique(C)

3°) Le nombre de capsomères chez les virus à symétrie icosaédriques, ou le

diamètre de la nucléocapside si elle est hélicoïdale.

4°) présence ou absence d’une enveloppe distinguant les virus enveloppé (E) des virus
nus (N).

En 1975, un comité international de taxonomie des virus a dressé une classification des virus en
familles (…viridae), en sous- famille (…virinae) en genres (…virus) en espèces et en sérotype. Dans
un texte dactylographie, les noms des familles, des genres et des espèces sont écrits en italique et
soulignés. Les noms des familles et des genres s’écrivent en majuscule ; les noms des espèces en
minuscule.

: 1) L’agent de la Poliomyélite Antérieur Aiguë ou P.A.A est un virus

- de la famille des Picornaviridae


- de la sous-famille du groupe C
- du genre Entérovirus
- de l’espèce poliovirus avec trois sérotypes ou types 1,2 et 3

2)L’agent de la Mononucléocse Infectieuse ou M.N.I est un virus :

- de la famille des Herpesviridae 


- de la sous-familles des Gammaherpesvirinae
- du genre des Lymphocryptovirus
- de l’espèce du virus d’Epstein-Barr ou E.B.V ou H.H.V.4. pour Human Herpes Virus 4
Deux serotypes d’une même espèce sont différents antigéniquement, sur un détail de leurs structures
antigéniques ou epitope ou déterminant antigénique

Certains virus, tels que les V.I.H et le virus de l’hépatite C, sont pourvus d’une extraordinaire variabilité
génétique. De telle sorte que chez un même individu coexistent, en même temps, plusieurs variants d’une
même espèce. Ces variants forme une « quasi-espèce ». Ces variants sont classes en génotypes et sous
génotypes ou clades. La classification détaillée des virus pathogène de l’homme est reprise en annexe du
présent cours.
Chapitre II. REPRODUCTION DES VIRUS

1.Conditions nécessaires à la multiplication d’un virus

Leur simplicité extrême empêche les virus de se multiplier, du moins par eux-mêmes.
Se multiplier pour un être vivant est reproduire un édifice fait d’un enchevêtrement de macromolécules
qui est à la fois très complexe et très précis, très organisé. Pour réussir un tel édifice, il faut quatre sortes
d’éléments.
1. Un plan de travail : c’est l’information génétique. Le virus a cette information dans son génome : c’est
la séquence des bases de son génome, ADN ou ARN.
2. La matière première : en biologie, de petites molécules, acides aminés, acides gras, molécules
organiques simples, sels minéraux. Le virus qui doit se multiplier n’a pas de réserves de petites
molécules. Pas de vacuoles, pas de système digestif, même primitif, qui lui permettrait de puiser ces
composants dans le milieu extérieur.
3. Autre élément manquant au virus : des sources d’énergie. Toute édification consomme de l’énergie. En
biologie, c’est très souvent l’énergie libérée par hydrolyse de composés tels que l’ATP. Le virus n’a pas
de réserve d’ATP ni les moyens d’en constituer ; il n’a aucune source d’énergie propre.
4. Enfin, un élément manque encore au virus : l’assemblage des petites molécules en macromolécules
exige des accélérateurs biologiques, des enzymes. Sans enzymes, les assemblages ne se feraient pas ou si
lentement que les édifices biologiques, éminemment périssables, tomberaient en ruine durant leur
construction. Les virus n’ont pas les chaînes enzymatiques des grandes voies des synthèses biologiques.
Donc, un virus est incapable de synthétiser un autre virus, alors qu’une bactérie est capable de faire une
autre bactérie.
Pour se multiplier un virus n’a que son génome. Il lui faut mettre son génome dans un endroit où combler
ses manques et trouver des sources de matière première, des sources d’énergie, des enzymes. Dans la
nature, un tel rassemblement n’existe actuellement qu’à l’intérieur d’une cellule (il a pu en aller
différemment au tout début de l’apparition de la vie sur terre).
Donc, la multiplication d’un virus consiste en l’introduction du génome viral dans une cellule etc’est elle
qui va fabriquer de nouveaux virus, selon un procédé de biosynthèse que l’on appelle réplication.

2. LES PRINCIPALES ÉTAPES DE LA REPRODUCTION VIRALE

Le cycle complet peut être subdivisé en plusieurs étapes :

- L’attachement ou fixation du virus sur la cellule hôte parasitée


- La pénétration du virus
- La désagrégation de la capside ou décapsidation avec libération du génome viral
- La réplication génomique et formation des protéines virales
- L’assemblage et la formation des virions
- La libération des virions néoformés
Etapes de la multiplication virale

a)L’attachement

Cet attachement du virus à la membrane cytoplasmique cellulaire encore appelé fixation et/ ou adsorption
est la 1ère des étapes de la x virale. Elle est due à des interactions électrostatiques entre le virus et la
cellule dite permissive. Cet attachement se fait donc par les protéines de la capside pour les virus nus, par
les glycoprotéines du peplos pour les virus enveloppes. Ces protéines ou glycoprotéines s’attachent aux
récepteurs situes sur la membrane cytoplasmique de la cellule hote Si ce type de récepteurs cellulaires
spécifiques aux structures d’attachement des virus est absent, la cellule sera naturellement résistante à
l’infection car ce virus ne pouvant pas se fixer sur elle.

Le processus d’attachement est un processus indépendant de la température et qui ne nécessite pas d’énergie.

Ex ; de structure d’attachement sur le VIH 1 ; la Gp 120 ou glycoprotéine de PM 120 est une structure membranaire de VIH1.

Son récepteur spécifique est la molécule CD4 des lymphocytes T auxiliaires ou helper.

Cette molécule CD4 protéique est présente sur la surface des lymphocytes T auxiliaires. La glycoprotéine 120 est la structure
d’attachement viral. Les lymphocytes T auxiliaires sont donc des cellules cibles de VIH.

Les récepteurs utilisés par les virus sont souvent des molécules d'adhésion cellulaires, les CAM (Cell Adhesion Molecule) qui
interagissent avec des molécules portées par la membrane plasmique d'autres cellules.

b) La pénétration du virus
C’est un processus actif dépendant de la température. En général, le virus pénètre dans la cellule
par phagocytose ou viropexie. Le virus nu pénètre par pinocytose, c-a-d, sort d’abord contenu dans une
vacuole intra cytoplasmique avant d’arriver à leur site de replication

Pour certains virus enveloppés, on a pu démontrer que l’enveloppe virale fusionne avec la
membrane cellulaire, la nucléocapside est dès lors libérée directement dans le cytoplasme. Ainsi chez les
VIH la gp 41 est une glycoprotéine transmembranaire responsable de fusion entre le peplos du VIH 1 et
de la membrane cytoplasmique des lymphocytes CD 4+

Ce mécanisme de pénétration virale est inhibé par des inhibiteurs usuels de la phagocytose.

c) La décapsidation

C’est la désagrégation de la capside et la libération de l’acide nucléique génomique.

Ce sont des enzymes protéolytique de la cellule parasitée qui lysent les capsides. La décapsidation peut se
faire en même temps que la pénétration virale ou plus tardivement en une ou plusieurs sous étapes. Elle
prend place soit au niveau de la membrane cellulaire, soit dans le cytoplasme ; elle est totale ou
partielle.

d) La réplication du génome et formation des composants viraux.

Elle commence après la libération de l’acide nucléique virale dans la cellule hôte. A ce stade le virus
a cessé d’exister en tant que particule organisée et naturellement infectant. C’est la phase
d’ECLIPSE.

Pour tous les virus, la réplication repose sur 2 processus fondamentaux :

- La réplication du génome
- La transcription d’ARNm viraux qui seront traduits en protéines virales par des ribosomes de
la cellule hôte.

1/ Pour les virus à ADN, une première transcription conduit à la synthèse d’un lot de protéines précoce,
intervenant en particulier dans la réplication de l’ADN virale.

Ces protéines précoces ne sont généralement pas incorporées dans la particule virale formée ou virion.
On parle alors de protéines dites non structurales principalement des enzymes.

Ensuite l’ADN se réplique souvent au niveau du noyau ; et enfin une transcription tardive aboutit à la
constitution de protéines dites structurales dite encore protéines virioniques qui sont incorporées dans
l’édifice virale définitive. Ce schéma de reproduction virale est celui des Herpesviridae et des
Adenoviridae
2/ Pour les virus à ARN, le processus diffère selon la nature de l’ARN génomique.

S’il a une structure d’ARNm(+), il est immédiatement traduit en protéine virale structurale. Il est dit de
polarité positive ; comme les Poliovirus

Multiplication virale d’un virus a ARN de polarite +: le poliovirus


Dans le cas contraire, il ne peut être lu directement par les ribosomes cellulaires et doit être transcrit au
préalable en ARN complémentaire qui jouera le rôle d’ARNm : il est alors de polarité négative, tels les
Rhabdovirus dont le virus de la rage

3/ Pour les Retroviridae , des virus a ARN ( dont les VIH) ainsi que pour les Hepadnaviridae des virus a
ADN ( dont le virus de l’hépatite B) la réplication commence par une retrotranscription grâce a une
enzyme la transcriptase inverse ou retrotranscriptase qui est une polymerase. Ainsi l’ARN génomique des
VIH est transcrit en ADN proviral qui va s’intégrer au génome des cellules parasitées, grâce cette fois a
une endonuclease intégrase. Ces différents enzymes de la réplication des VIH sont codes par le virus lui-
même (gène POL)

Fig: Retrotranscriptase d’un VIH


Vue d’ensemble de la transcription

e) L’assemblage

C’est un auto assemblage à partir de composants fabriqué séparément, successivement ou


simultanément. L’assemblage de la capside se fait à partir des protéines capsidales ; son association
avec l’acide nucléique forme la nucléocapside. Les virus à peplos tire leur enveloppe des membranes
cellulaires cytoplasmiques ou nucléaires qui sont modifiés par l’adjonction de protéines virales, tel les
glycoprotéines sur la face extérieure ou interne de cette membrane.

Ex Chez les VIH1 ; la gp 120 est présente à la face externe de l’enveloppe virale et la gp 41 est en
position transmembranaire.

f) La libération

Elle peut revêtir 2 aspects :

i. elle des virus nu : se fait par éclatement de cellule hôte


ii. Celle de virus à peplos : se fait par bourgeonnement à travers les membranes
cellulaires.
La nucléocapside détermine alors au sein de ces membranes une invagination qui s’isole ensuite dans le
milieu extérieur permettant ainsi l’acquisition d’une enveloppe.

Remarque :

- La localisation nucléaire ou cytoplasmique du site de la reproduction virale est un facteur de diversité


supplémentaire. C’est ainsi que les Herpèsviridae se répliquent au niveau du noyau de la cellule alors
que les rétrovirus dont les VIH le font au niveau du cytoplasme cellulaire.

- L’agencement des protéines virales synthétisées dans le temps et dans l’espace suppose un contrôle
précis de l’expression des gènes viraux grâce à des protéines de régulation codées par le virus lui-même.
Ainsi le génome des VIH ont 5 gènes de régulation : Tat, Rev, Vif, Nef et Vpr (vih 2) ou Vpu (vih 1). De
plus les régions non codantes LTR joueraient des rôles d’initiation de la réplication

3. INTERACTION ENTRE LE VIRUS ET LA CELLULE HÔTE.

L’expression des gènes viraux peut occasionner diverses modifications qui définissent les
interactions entre le virus et la cellule hôte.

Ces interactions sont ainsi résumées :

-a) Le cycle abortif : celui-ci n’aboutit pas à la production de virus. C’est le type d’interaction entre un
virus et une cellule non permissive ne présentant aucun récepteur a ce virus

-b) Le cycle lytique : il aboutit à l’apparition des effets cytopathiques ou E.C.P et à la mort cellulaire.
L’ECP est défini par des modifications morphologiques des cellules infectées directement visibles au
microscope optique sur des cultures in vitro des virus. Ainsi, comme exemple d’E.C.P : la nappe
cellulaire est détruite (aboutissant à une masse discontinue),les cellules sont ballonisées ou rétractées et
réfringente (aspect entre le brillant et le mat est augmentée)

Par ailleurs chez certains virus, il y a fusion des cellules avoisinantes et formation de nappe
cytoplasmique contenant de nombreux noyaux ou syncytium.

Syncitia de cellules infectees par le VIH

-c) Une transformation cellulaire : elle se fait par intégration du génome virale dans le génome cellulaire.
Dans ce cas, l’expression de certains gènes viraux ne provoque pas la mort cellulaire, mais au contraire
donne à celle-ci de nouveaux caractères en particuliers des caractères propres aux cellules malignes.
Tels :

- le virus d’Epstein Barr (VEB) qui induit la transformation des lymphocytes B infectés en
lymphomes : c’est une transformation cancéreuse,
- L’HTLV 1, pour Human T Lymphotropic Virus type 1, est un rétrovirus responsable de
leucémies et sarcomes a lymphocytes T de l’adulte dans des zones géographiques
particulières (Caraïbes, Japon, Afrique tropicale)
- Le HPV 16, 18 et 31, des serotypes de Papillomavirus humains sont associes au cancer du
col utérin dont un vaccin est disponible depuis peu.
- Le HHV 8 ou 8eme herpes virus humain est associe a la maladie de Kaposi, un lymphome
diffus retrouve chez les sideens
- Les VIH qui induisent un lymphome cerebral
-d) L’apparition d’infection virale latente : on a mis ainsi en évidence de nombreux virus vivant à l’état
latent dans les cellules hôtes. Ces virus sont susceptibles de se réactiver soit lors de la mise en culture in
vitro ou in vivo sous forme d’infection chronique suraiguës.

- Ex VHB virus de l’hépatite B : Il existe des porteurs sains ou chroniques de l’Ag de surface
du VHB.
Ces porteurs peuvent être considérés comme étant atteint d’une hépatite chronique persistante ou
aggréssive ; cette dernière évoluant vers la cirrhose et le cancer primitif du foie (CPF).

- la varicelle est la primo infection du VZV ou virus du zona et de la varicelle. Le zona est une
réactivation de la forme latente du VZV présent dans les ganglions sensitifs après la primo-infection
patente ou asymptomatique.

 Chapitre VII : POUVOIR INFECTIEUX VIRAL, MECANISMES DE DEFENSE, EPI


DEMIOLOGIE DES INFECTIONS VIRALES.
1. POUVOIR INFECTIEUX VIRAL

L’infection virale se manifeste de façon diverse. Selon les cas, les cellules infectées sont
détruites par le développement des effets cytopathiques caractéristiques de l’infection lytique ; ou
elles supportent une infection tempérée ou latente ; ou encore elles se transforment ou acquièrent de
nouveaux caractères. En ne considérant que les affections aiguës, on observe déjà une grande
variété dans les expressions cliniques, qui vont de l’infection inapparente aux formes mortelles.

De plus, l’expression clinique peut être modulé par divers facteurs tels que :

- par la souche virale : un nouveau sous type ou nouveau variant provoque une épidémie ;
- par l’exposition antérieure à un virus apparenté : une infection antérieure à Herpès simplex
virus type 1 protège contre une nouvelle infection par l’Herpès simplex virus type 2.
- par l’âge du sujet qui intervient dans divers sens : les manifestations respiratoires sont plus
marquées chez les nourrissons atteints du virus respiratoire syncytial ; les expressions
cliniques du virus de l’hépatite A ou VHA sont accrus chez l’adulte.
- Par l’état d’immunodépression qui peut majorer les signes cliniques d’une infection virale,
d’une infection à CMV(cytomégalovirus) notamment.

Dans l’organisme, l’infection virale progresse différemment selon les virus et même pour un
virus donné selon les individus. Toutefois, elle commence par investir une porte d’entrée
représentant un site de multiplication primaire du virus.

Comme c’est généralement par inhalation ou ingestion que l’on se contamine, les muqueuses
digestives et pulmonaires sont les sites de multiplication primaire de la grande majorité des virus.

Plus rarement le contage résulte d’une effraction cutanée ; c’est le fait d’une morsure (virus
rabique ou virus de la rage), ou par une piqûre d’arthropodes pour les Arbovirus (Arthropode-Bore-
Virus).

La transmission sexuelle est de règle pour l’herpès simplex virus de type 2(HSV2) ainsi que pour les
VIH. Elle est secondaire pour les virus des hépatites B et C .
On divise les infections virales en viroses localisées et généralisées(voir annexe).

Dans les infections virales localisées, la porte d’entrée et l’organe cible sont confondus ; d’où une
incubation courte (2-3jours) caractérisant les viroses localisées comme la grippe.

Il en est autrement des viroses généralisées ou une longue période d’incubation sépare les infections
du site primaire puis de l’organe cible. Ex. le tube digestif est le site primaire du poliovirus car c,est
un enterovirus ; l’organe cible sera le système nerveux central.

Les infections virales restent extrêmement fréquentes durant l’enfance. La grande majorité d’entre
elles sont particulièrement silencieuses et infra cliniques.

Cela tient au fait que beaucoup de virus sont très peu pathogènes tel les rhinovirus responsable du
rhume. Notre vigilante immunité débarrasse notre organisme de la plupart des virus pathogènes.
Toutefois, certains, tels les poliovirus, ont un redoutable pouvoir neuropathogène.

2. LES MECANISMES DE DEFENSE DE L’ORGANISME

C’est le rôle de l’organisme que d’empêcher au maximum la pénétration virale et la diffusion des
virions. Lors de la pénétration virale, selon le lieu de sa pénétration, sa situation extra ou intracellulaire
dans l’organisme, certains mécanismes de défense vont être privilégiés. L’organisme va utiliser plusieurs
mécanismes de défense, les uns spécifiques, les autres non spécifiques.

Les mécanismes que l’organisme mettra en œuvre pour lutter contre l’infection virale devront
non seulement neutraliser les particules virales mais également détruire les cellules infectées.

Les effecteurs de l’immunité spécifique et non spécifique se présentent sous forme de cellules
(essentiellement des leucocytes) et de molécules (anticorps, interférons, complément etc.)  ; ils sont
répartis dans tout l’organisme.

Les lymphocytes sont capables de détruire directement les agents infectieux par exemple grâce
aux lymphocytes T cytotoxiques CD8 + ; ou indirectement par des molécules qu’ils synthétisent tels les
anticorps produits par des lymphocytes B activés et différenciés en plasmocytes sécréteurs
d’immunoglobulines ou anticorps.

On oppose en général les moyens de défense spécifique, principalement dû aux lymphocytes, aux
moyens de défense non spécifiques. On peut aussi parler de moyens de défense de « première ligne »,
prenant en charge les virus lors de la pénétration dans l’organisme par des cellules phagocytaires. Et des
moyens de défense de «  deuxième ligne », à l’intérieur de l’organisme, qui font appel plus
particulièrement à l’immunité spécifique humorale et/ou cellulaire. Cette immunité spécifique établira
une mémoire immunitaire qui reconnaîtra une réinfection par le même virus

a) les moyens de défense non spécifiques

Les moyens de défenses non spécifiques interviennent en premier.

L’immunité innée ou naturelle préexiste à l’infection, et ne nécessite pas d’immunisation


préalable. Elle intervient dans les heures voire les minutes après l’infection. Elle est non spécifique, large,
distinguant le soi du non soi ( self from non self) étant dirige contre le non soi. Les virus, étant constitues
d’une mosaique d’antigènes, sont perçus comme étrangers à l’organisme. L’immunité innée met en jeu de
nombreux acteurs, (cytokines , cellules sentinelles, cellules NK) aux actions diverses et enchevêtrées :
- actions proprement antivirales
- potentialisation mutuelle de ces éléments de la défense naturelle
- préparation de la ligne de défense suivante constituée de l’immunité acquise, spécifique.

L’infection se heurte d’emblée à des défenses mécaniques comme la peau intacte, le tapis
mucociliaire de l’arbre respiratoire, ou l’acidité gastrique.

Des inhibiteurs non spécifiques préexistent à l’infection dans les secrétions muqueuses et le
sang. Ce sont des macrolécules présentant des analogies structurales avec les récepteurs cellulaires
membranaires du virus. Grâce à cette analogie, ces macromolécules bloquent sur la surface virale les
structures permettent l’attachement.

Dans la défense non spécifique de l’organisme :

1/ les macrophages et les cellules dendritiques jouent un rôle essentiel ; qu’ils s’agissent de ceux fixés,
présents dans les organes (rate et foie), ou ceux libres présents dans les alvéoles pulmonaires et le sang.
(monocytes-macrophages) Ces cellules sentinelles produisent des IFN et autres cytokines. Elles
participent à la mise en place de l’immunité acquise. Ces macrophages interviennent en premières lignes.
Ils phagocytent et digèrent les particules virales grâces aux enzymes de leurs lysozymes. Ils jouent
aussi le rôle, combien important, de cellules présentatrices d’antigènes au système de défense spécifique.
En effet, ils internalisent ( phagocytent) et apprêtent ( processing) les antigènes viraux avec lesquels ils
migrent dans les ganglions lymphatiques, pour les présenter aux lymphocytes T et B, cellules effectrices
de l’immunité spécifique acquise. La grande sensibilité des nouveau-nés aux infections virales s’explique
en partie par l’immaturité de leurs macrophages.

2/ Les interférons (INF) participent lors de l’infection virale, aux mécanismes de défense non spécifique.
Les IFN-alpha et bêta sont produits essentiellement (mais pas exclusivement) par des leucocytes et des
fibroblastes, sous l’effet de l’infection virale ou de l’administration d’inducteurs artificiels. Ces
interférons inhibent les multiplications virales dans les cellules et protègent les cellules voisines, sans en
altérer leur fonctionnement. Ils interviennent dans les premières heures de l’infection.

Ils ont une spécificité d’espèce ; seuls les interférons humains protègent l’homme. En revanche ils n’ont
pas de spécificité de virus et leur spectre apparaît très large. Tous les virus sont inducteurs et sensibles
aux interférons. A titre indicatif, le traitement par interféron alpha a une activité partiellement bien
démontrée dans les hépatites B et C.
3/ les NKC( Natural Killer Cells) Elles ont une activité antivirale directe. Elles reconnaissent les cellules
infectées comme étant anormales et les lysent. ; tout comme elles lysent les cellules cancéreuses.

4/ le Complément. Constitué de protéines plasmatiques qui agissent en cascades, le système du


complément joue un rôle dans l’immunité anti- virale. Il est activé entre autre par la formation de
complexes antigènes anticorps ou virus anticorps. Une fois activités, les molécules de système induisent
la formation de complexes protéiques doués d’une activité lytique vis à vis des virus enveloppes ou de
cellules infectées.

Pour aboutir :

a) à la lyse des cellules infectées qui présentent des antigènes viraux à leur surface. C’est la
cytolyse
b) à l’inactivation des virus enveloppés ou virolyse
Un des composant intermédiaire du complément appelé C3b, peut également s’incorporer à
certains complexes virus anticorps. Il favorise alors la phagocytose des complexes virus
anticorps.opsonisation

5/ la fièvre est un autre moyen de défense de première ligne. Elle est induite par des cytokines de
l’inflammation. Au fur et a mesure que la t augmente la multiplication virale diminue

Mécanismes de défense spécifiques

Les cellules effectrices sont pour l’essentiel les lymphocytes B (aboutissant à la formation
d’anticorps) et les lymphocytes T cytotoxiques CD8 + (aboutissant a la lyse des cellules infectées
et appelées des lors CTL pour cytotoxic T cells des anglo-saxons) . Chaque lymphocyte cible un
antigène particulier ; d’ou la spécificité. Des récepteurs pour chaque antigène sont codes par
notre organisme et sont formes d’anticorps membranaires ou BCR, B Cells Receptor pour les
lymphocytes B et de TCR , T Cells Receptor , pour les lymphocytes T

Les lymphocytes T CD4+ sont en position centrale, les chefs d’orchestre de l’immunité acquise
spécifique. Une fois informes, par les CPA ou cellules présentatrices d’antigènes (macrophages et/ou
cellules dendritiques), les lymphocytes T CD4 + ou auxiliaires , helper (Th) vont favoriser, par secrétions
de cytokines, d’une part l’évolution des lymphocytes B en plasmocytes producteurs d’anticorps
circulants, et d’autre part l’évolution des lymphocytes TCD8+ en CTL.

Les cytokines sont des protéines produites par les cellules de l’immunité qui permettent la
communication intercellulaire. Les cytokines régulent la réponse immunitaire. Elles interviennent dans le
métabolisme, la différenciation et la mobilité cellulaires

1/ réactions immunitaires de types humorales avec productions d’anticorps

Elles sont caractérisées, dans l’infection virale, par l’élaboration d’anticorps ou


immunoglobulines spécifiques aux virus infectants, dirigés contre les antigènes capsidiques et/ou
membranaires de ces virus.

Ces anticorps anti-viraux sont produits par des lymphocytes B activés en plasmocytes sécréteurs
d’immunoglobulines ou anticorps, qui sont des globulines, des protéines apparaissant dans le sérum, 7 à
15 jours après l’introduction du virus dans l’organisme. On dit alors qu’il y a séroconversion.

Le titre des anticorps va atteindre, en 2 ou 3 semaines, un taux maximal. Ces anticorps


persistent, dans le sérum, plus ou moins longtemps à un taux variable. De façon séquentielle, à la
séroconversion, c’est les IgM qui apparaissent en premier lieu. Cet iso type ou classe
d’immunoglobulines est prédominant à la primo-infection. Les IgM vont rapidement disparaître et
laisser la place aux IgG et /ou IgA (lors de l’infections des muqueuses). Ces derniers signent la
convalescence avec acquisition d’une immunité ; ou la réussite d’une vaccination et l’acquisition d’une
immunité artificielle mais aussi efficace que la naturelle

Dès lors une stimulation antigénique primaire entraîne une réponse immunitaire primaire avec
production d’ IgM : c’est la primo infection. Lors d’une réinfection, lors d’une stimulation antigénique
secondaire, la réponse secondaire immunitaire se caractérise par  la production d’anticorps qui :

a. augmentent plus rapidement en concentration et persistent plus longtemps


b. atteignent des taux plus élevés
c. sont constitués essentiellement d’IgG (immunoglobuline de type gamma).
D’où l’intérêt de vacciner contre l’infection virale.

Certains de ces anticorps suppriment ou réduisent le pouvoir infectieux des préparations virales
in vitro ; de même que le pouvoir infectieux viral chez l’animal d‘expérience. Ces anticorps sont
neutralisants ou protecteurs. Comme des anticorps anti V.H.A (Virus de l’hépatite A), ou des
anticorps anti-virus de la rougeole. Leur présence démontre l’installation d’une immunité
naturelle avec guérison ou l’acquisition d’une immunité humorale artificielle par la vaccination.
Ces anticorps protègent contre une infection ultérieure par les virus V.H.A ou de la rougeole

d.Anticorps spécifique a l’antigène


.

L’administration par voie passive d’anticorps spécifiques ou immunothérapie protège les


individus contre de nombreuses infections virales (hépatite A et B, rougeole et la varicelle). Ce rôle est
dévolu aux anticorps neutralisants. Ce rôle préventif des anticorps anti-viraux apparaît comme
primordial.

Cependant, tous les anticorps ne sont pas toujours neutralisants ou protecteurs. Leur détection
témoigne alors, uniquement, de la séroconversion, de l’apparition d’anticorps spécifiques dans le sérum
des patients infectés.

C’est le cas de la séropositivité aux V.I.H. En effet, suite à l’infection aux V.I.H, et lors de la
séroconversion, des anticorps anti V.I.H sont détectés dans le sérum des patients infectés. Ceux-ci sont
donc séropositifs aux V.I.H c-a-d ont été infectés et produisent des anticorps. Mais l’infection aux VIH
continue à se développer malgré la présence des ces anticorps. Ces anticorps anti-V.I.H sont inefficaces,
non neutralisants.

Par ailleurs certains virus, pourvu d’une variété génétique (virus grippal, les V.I.H, le

VHC ou virus de l’hépatite C), peuvent échapper à une immunité humorale établie, en changeant
d’épitopes ou déterminants antigéniques (Ce sont des détails structuraux immunodominants des antigènes
viraux). Ces mutations, caractéristiques des virus influenza, agents de la grippe, expliquent la répétition
des épidémies grippales et la nécessité de mettre au point de nouveaux vaccins

2/ mécanismes de défenses spécifiques à médiation cellulaire ou immunité cellulaire

Classiquement, l’immunité cellulaire joue un rôle important dans l’immunité spécifique contre
les virus. En particulier par l’action des lymphocytes T CD8, cytotoxiques qui reconnaissent les cellules
infectées par des virus (car elles expriment en surface des antigènes viraux) et les détruisent
Les lymphocytes auxilliaires ou helper CD4 jouent un rôle central dans l’immunité en
activant tous les effecteurs de l’immunité innée ( macrophages), de l’immunité adaptative
spécifique( lymphocytes B et T cytotoxiques CD8).Ce sont les régulateurs de l’immunité.

1) conclusions

En général, ces mécanismes de défense, non spécifiques et spécifiques, s’avèrent efficaces et


complémentaires pour prévenir l’infection ou éliminer les virus de l’organisme infecté. Les cibles des
défenses antivirales sont :

= pour les anticorps : les virions ou virus extracellulaires= pour les cellules NK et CTL : les antigènes
viraux en surface d es cellules infectées

= pour les IFN ou interférons : les ARN messagers viraux des cellules à protéger.

action des lymphocytes cytotoxique CD 8+


Les vaccinations contre les maladies virales sont des moyens privilégiés de lutte préventive
contre les virus. Le PEV (Programme Elargie de Vaccination) cible la vaccination contre les
affections suivantes : la Diphtérie, la Rougeole, le Poliovirus, le Tétanos et la Tuberculose

La vaccination contre l’hépatite B et l’Heamophylus influenzae type b vient d’être introduite dans les
PVD ( Pays en Voie de Developpement)

Le PEV couvre dès lors trois maladies virales (polio, hépatite B, rougeole). Rappelons que la variole fut
la première maladie infectieuse a été éradiquée, grâce à la vaccination antivariolique, première
vaccination (découverte par JENNER) contre un microorganisme. Cette éradication a été proclamée par
l’OMS en 1980.

4) mécanismes d’échappement aux défenses immunitaires

Les virus ont évolué en développant des mécanismes d'échappement aux défenses immunitaires.
Entre autre le camouflage et le sabotage.
Il doit en effet y avoir un modus vivendi entre virus et hôte car la « destruction mutuelle assurée » n'est
pas une option viable en matière d'évolution biologique. L'hôte a des mécanismes de défense contre les
virus mais, en revanche, les virus ont des mécanismes d'échappement aux défenses de l'hôte.

= le camouflage

Le camouflage des virus consiste en deux mécanismes.


 La modification des épitopes de neutralisation ou de cytolyse par les lymphocytes T (CTL), cela
par mutations. S'y prêtent particulièrement les virus à ARN, comme les virus de la grippe et le
virus de l'hépatite C, car l'ARN polymérase ARN-dépendante qui réplique le génome n'a pas de
mécanisme de lecture et de correction des erreurs, d'où la facilité des mutations. S'y prête
également le VIH, dont la rétrotranscriptase (RT, ADN polymérase ARN-dépendante) manque
également d'un mécanisme de correction d'erreur.
L'infection latente. Bien des virus en sont capables. C'est le cas, notamment, des Herpesviridae,
des Polyomavirus, des Papillomavirus, du Virus de l'hépatite B, des Rétrovirus. Après la primo-
infection, le génome viral persiste dans la cellule avec, dans certains cas, intégration dans le
génome cellulaire, mais il ne s'exprime pas, ou n'exprime qu'une partie de son information
génétique. Ainsi, il ne produit pas d'antigène et échappe donc aux défenses immunitaires ; de
même, il ne se multiplie pas et échappe donc aux antiviraux qui sont essentiellement des
inhibiteurs de la multiplication virale. Donc, le virus en phase de latence « survit en faisant le
mort », et il est difficile ou impossible de le déloger.
= le sabotage

Le sabotage des mécanismes de défense de l'hôte peut être brutal comme dans le cas de l'HIV détruisant
les lymphocytes T CD4+, dont le rôle de chef d’orchestre de l’immunité est établi. Ailleurs, plus subtil, il
repose sur la production de protéines virales altérant ou bloquant les différents mécanismes de défense.
C'est le fait des plus gros virus donc des gros virus à ADN (Poxvirus, Adénovirus, Herpèsvirus) qui sont
suffisamment riches en gènes pour, outre se faire reproduire par la cellule, en consacre à la production de
protéines virales capables de remanier la cellule : il s'agit en particulier de protéines capables
d'antagoniser les interférons et autres cytokines antivirales ou le complément, de perturber la présentation
des antigènes viraux, de détruire ou bloquer l'expression du CMH-I, d'inhiber l'apoptose, etc. Les
protéines virales exécutant ces remaniements sont, pour une part, des homologues de protéines cellulaires
de notre système de défenses antivirales, jouant ainsi le rôle de leurres. Elles viennent sans doute du
« piratage de gènes cellulaires ».
Ainsi on parle de virokines, analogues de cytokines cellulaires, de virorécepteurs, analogues des
récepteursdes virokines cellulairesécepteurs de virokines cellulaires.

Il y a donc adaptation réciproque et co-évolution des virus et des systèmes de défense de l'hôte.

3. EPIDEMIOLOGIE DES MALADIES VIRALES

a) modes épidémiques

Le développement d’une infection virale au sein d’une population donnée peut s’accomplir
suivant plusieurs modes épidémiques.

a1. Mode sporadique

La maladie survient à intervalles irréguliers par cas isolés sans lien apparent entre eux.

a2. Mode endémique

La maladie est constamment présente dans une population donnée affectant un petit nombre de sujet qui
n’ont entre eux aucun lien apparent de contagiosité. Comme pour le virus de l’hépatite B avec 9,75% de
porteur de l’Ag HBs (antigènes de surface) chez les donneurs de sang au CHUK.(Centre Hospitalo-
Universitaire de Kamenge).

a3. Mode épidémique

Pendant une période limitée, en même temps ou successivement, la virose frappe plusieurs personnes.
Quand le nombre de personnes est petit, on parle de foyers épidémiques scolaires ou familiaux
d’épidémie de grippe.

a4. Mode pandémique

Le pouvoir extensif de l’épidémie lui permet de franchir les frontières et de se répandre dans divers pays
et continents ; ex. la pandémie du VIH, apparue au courant de la décennie 80-90.

b) réservoir de virus

C’est un organisme dans lequel s’accomplit le cycle complet du développement viral. Le réservoir de
virus peut être humain ou animal mais un grand nombre de virus pathogènes sont spécifique de l’espèce
humaine.

Les enfants se révèlent être le plus fréquemment des réservoirs de virus. Leur contamination s’opère
généralement au moment de leur incorporation dans une communauté, crèche ou maternelle. Ils sont
souvent contaminés par leurs frères et sœurs.

Il existe des maladies virales communes à l’homme et à l’animal : ce sont les anthropozoonoses, telles
les encéphalites, la rage et la fièvre jaune. Les animaux en cause sont des animaux domestiques (chevaux
dans les cas des encéphalites, chien dans la rage) ou des animaux sauvages (singe dans la fièvre jaune et
le renard dans la rage sylvestre). Ces animaux contaminés constituent « les réservoirs de virus » des
anthropozoonoses.
Les arthropodes après un repas de sang virulent, peuvent soit immédiatement ou après une période
d’incubation, devenir capable de contaminer par une nouvelle piqûre un sujet sain. Cette contamination
est propre aux Arbovirus (Arthropode-Bore-Virus) dont les arthropodes vecteurs forment leur réservoir
des virus.

c) voies de pénétration des virus (voir pathologie des infections virales en annexe)

Les voies principales de pénétration des virus sont par inhalation et ingestion. On peut encore se
contaminer par effraction cutanée, relation sexuelle, transfusion sanguine non contrôlée, scarification,
piqûre par aiguille non stérile contaminée, piqûre d’arthropodes vecteurs, contact de peau et des
muqueuses infectées, par voie transplacentaire, ainsi que dans la filière urogénitale lors de la naissance.

d) voies d’excrétions des virus

Les agents infectieux d’origine virale, quittent l’organisme par plusieurs voies :

1° avec les produits d’excrétions muqueuses des épithéliums. Ce sont les excrétions
conjonctivales pour la rougeole, rhino-pharyngées pour la grippe et bronchitiques lors d’une
pneumopathie à virus.

2° avec des produits de secrétions glandulaires : le virus des oreillons chez l’homme, le virus de
la rage chez le chien.

3° avec les excrétions intestinales telles les selles contenant des Entérovirus.

4° avec des produits d’excrétions et d’exfoliations cutanées : sérosités des vésicules et des
pustules dans la varicelle et la variole.

e) facteurs favorisant l’infection virale

Ils sont intrinsèques comme l’âge, le sexe, la race, l’état immunitaire, le terrain réceptif collectif. Ils
seront extrinsèques lorsqu’il s’agit du mode de vie, de l’habitat, des habitudes alimentaires et
vestimentaires, de la profession, des déplacements de population et des facteurs climatiques

La somme des actions de ces nombreux facteurs, joint à la virulence et à la contagiosité de la maladie,
détermineront le mode épidémique de la maladie

Chap IV Lutte contre les infections virales


Immunothérapie passive

C’est l’administration à titre préventif d’immunoglobulines humaines préparées à partir du plasma de


donneurs, et injectées généralement par voie intra-musculaire. Des donneurs de sang tout-venants pour la
préparation d’immunoglobulines ordinaires efficaces dans la prévention de la rougeole et de l’hépatite A
sont appelés.Des donneurs sélectionnés fournissent des immunoglobulines spéciales visant tel ou tel
virus.

Trois exemples : les immunoglobulines varicelle-zona obtenues grâce à des donneurs convalescents de
zona; les immunoglobulines antirabiques provenant de sujets vaccinés contre la rage ; les
immunoglobulines anti-HBs contre le virus de l’hépatite B, obtenues à partir de plasmas riches en
anticorps contre ce virus.
La perfusion de CTL spécifiques d’un virus donné est une méthode encore expérimentale, tentée dans
certaines infections à Herpesviridae chez les personnes immunodéprimées.

2 Immunothérapie active :C’est la vaccination

2.1 Vaccins inactivés (« tués »)


Ce sont des préparations de virus dont on a - par traitement physico-chimique (chaleur ou formol par
exemple) - détruit le pouvoir infectieux sans en altérer le pouvoir immunogène. Ce sont des antigènes
inertes, injectés par voie intra-musculaire, sous cutanée voire intradermique, pour stimuler le système
immunitaire et protéger l’organisme vis-à-vis d’une infection future éventuelle par le virus correspondant.

2.2 Vaccins atténués (« vivants »)


Ils visent le même but, mais ce sont des mutants du virus vis-à-vis duquel on veut protéger l’organisme,
mutants non pathogènes - du moins pour l’homme aux défenses normales - et administrés sous forme
infectante, éventuellement par voie naturelle : exemple des poliovaccins oraux. Deux contre-indications :
les états d’affaiblissement des défenses antivirales - les états d’immunodépression notamment - et la
grossesse.

Fig : Comparaison vaccin vivant atténué & vaccin inactivé


3 Chimiothérapie antivirale

C’est l’introduction dans l’organisme de molécules de synthèse pour inhiber la multiplication virale Elle
comporte de grandes difficultés théoriques. Elle ne vise pas directement les virus eux-mêmes ; une fois
fabriqués,les constituants cellulaires de l’hôte. La chimiothérapie antivirale vise la fabrique à virus, nos
cellules, où elle prétend rectifier le métabolisme, inhiber la déviation métabolique qui mène à la synthèse
des constituants viraux, sans
altérer le métabolisme cellulaire normal, sans cytotoxicité. Les antiviraux applicables à l’organisme sont «
virostatiques » et non virucides. Voici des exemples de chimiothérapie. IDU (Iduviran®),Aciclovir
(ACV)

4 Nucléosides anti-HIV
L’azidothymidine (AZT), premier antiviral anti-HIV, est, elle aussi, un nucléoside à base normale mais à
pentose modifié : sans 3’OH, remplacé par un radical azide N3 ; c’est donc un 2’ 3’ didésoxynucléoside
(ddN). Là encore, l’AZT nécessite, pour être active, une triphosphorylation en AZT-TP. La différence
avec l’ACV est que les 3 étapes de phosphorylation de l’AZT sont toutes assurées par des kinases
cellulaires. Heureusement, car l’HIV ne code aucune kinase. Cela étant, sa transcriptase inverse (reverse
transcriptase, RT) est spécifiquement sensible à l’AZT-TP avec, là encore, deux mécanismes possibles,
leurre ou butée : ou bien inhibition de la RT ou bien incorporation de l’AZT-TP dans l’ADN proviral
avec arrêt d’élongation de chaîne

5. Trois autres catégories d’anti-HIV ont été mises au point

— les inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse ou rétrotranscriptase (INNTI ou NNRTI


en anglais) qui agissent spécifiquement sur l’HIV-1 (et non sur l’HIV-2).
— les inhibiteurs de la protéase de l’HIV (IP ou PI en anglais.
— les inhibiteurs de la fusion, fusion de l’enveloppe virale à la membrane cytoplasmique quirésulte de
l’action de la gp41 virale. Le T20 est un peptide de synthèse qui bloque l’action de

1.

6 Mesures d’hygiène : last but not least


Elles sont cruciales. Ayant fait preuve d’une efficacité incontestable, indépendamment des vaccins et des
chimiothérapies antivirales, elles restent à la base de la lutte contre les infections virales et sont dans bien
des cas les seules mesures disponibles.
Ce sont la fourniture en eau potable, une alimentation quantitativement et qualitativement suffisante, le
lavage des mains, la lutte et la protection contre moustiques, l’éducation et notamment l’éducation
sexuelle, les bonnes pratiques de soins et notamment la désinfection du matériel et le contrôle des dons de
sang.

Voir aussi l’annexe  : les antiviraux

Le diagnostic virologique

Les méthodes de diagnostic virologique :


- Evoquer le développement de l’infection.
- Confirmer le type de virus grâce à des méthodes spécifiques : les cibles de la détection des virus.
- Toutes les infections virales ne nécessitent pas l'intervention du laboratoire lorsque l'infection n'est pas
contagieuse et surtout n'est pas mortelle. ex: hépatite A - rubéole. par contre elle est obligatoire pour les
infections graves. ex: hépatite B-C , HIV , le fièvre hémorragique.
Si le contexe clinique ou la gravité des symptômes est justifié, le diagnostic virologique fait appel soit aux
méthodes indirectes (la sérologie) soit aux méthodes directes (chercher le virus lui même ) par
prélèvement.
Parmi les méthodes directes:
- le diagnostic moléculaire : rechercher le virus lui même après culture.
- L'examen antigénique : pour rechercher les structures des virus, ex : protéines.
- La biologie moléculaire : pour rechercher le génome.
Le diagnostic indirect: (la sérologie : AC-AG).
Pour le diagnostic d'une infection au cours il est très important d'analyser 2 prélèvements constitutifs à 15
jours d'intervalle, pour observer une modification significative du taux d'AC (voir s'il y a une réaction
immunitaire).
- si on trouve des IgM : signifie le plus soit la présence d’une infection récente, les IgG : une une
infection ancienne (immunisation).
- Dans les maladies très graves, on doit faire une sérologie de confirmation Western bloot , immuno bloot

- On a plusieurs prélèvements : sang, sérum , liquide amniotique, lavage bronchoalvéolaire (LBA).
( utilisés pour la sérologie ).

Les techniques utilisées :


Technique de choix : ELISA
Ag-Ac visualisé grâce au complexe immun après coloration spécifique et en utilisant une enzyme «
peroxydase » Ou immuno fluorescence .
Il y’a des tests rapides utilisent des réactions « témoin » .
Les indications : la mise en évidence des AC antivirus.

Les avantages : automatisation , délai rapide , bonne sensibilité et excellente spécificité.


Les limites :
- Chez les immuno déprimés (pas des AC) => cherche directement le virus.
- des faux négatifs : il faut faire des tests de confirmation.
- des faux positifs : il y’a des communautés antigéniques.
Le diagnostic direct :
La qualité du prélèvement conditionne le résultat.
Selles-urines => dans un tube stérile et l’utilisation d’un matériel spécifique.
Sang pour les lymphocytes. ..

Les techniques utilisées :


Le diagnostic direct rapide : pour les selles : Ag inconnu et Ac connu.
- Les indications du diagnostic direct permet une prise en charge spécifique, rapide surtout dans les
infections virales, ex: rotavirus ID dans la transplantation des organes.
Le diagnostic direct par culture : les virus sont des parasites obligatoiresintracellulaires, on va les culturer
sur des cellules eucaryotes, on doit les entretenir sous forme de lignés continues ou semi continues
Les étapes :
- À partir des prélèvements renfermant le virus , l'ensemencement des lignés cellulaires après 2-3 jours
car le virus va se multiplier.
- Examen au microscope (examen direct) pour la mise en évidence d'un effet cytopathique (ECP): ECP
(+) => il y a une infection virale.
- Colonisation : à la recherche d'inclusion virale et d'altération cytoplasmique et nucléaire.
- Imminomarquage spécifique : mettre des AC marqués à la flurexine => flurexence (fixation AC*-AG).
Les avantages :
- Isoler le virus pour faire des réactifs.
- Trouver le caractère infectieux.
- Caractériser le phénotype (résistant /sensible) à certains antiviraux utilisés
- Ont de très bonne sensibilité mieux que la sérologie.
- Indispensable pour la mettre en évidence certains souches de vaccins.
Les limites :
-le résultat n’est pas rapide.
Le diagnostic moléculaire :

3 méthodes principales :
-Hybridation moléculaire ( c’est la détection directe ADN ARN sur différents tubes ).
-PCR : amplification génique (++) : à partir d’un prélèvement ADN/ARN, ils sont extraits par différentes
méthodes, et cette extraction est obtenue par absorption des acides nucléiques connus => amplification =>
visualisation => confirmation.
-Le séquençage nucléotidique : c’est un PCR mais on ajoute certaines protéines didésoxynucléotides.
Les indications :
-technique qualitative pour étudier la qualité des virus qui ne sont pas cultuvables. Ex : hépatite C.
-technique quantitative pour les patients traités (sous traitement antiviral).
- efficacité thérapeutique.
-Caractériser le génotype.
-a une sensibilité importante et remarquable.
Les limites :
-Risque de contamination.
-Couteuse.

Etudes de quelques virus

A. FAMILLE DES PICORNAVIRIDAE

1. Caractères virologiques :
-Virus liés au péril fécal
-Petits virus à ARN (pico-RNA-virus)
-Capside icosaédrique non enveloppée
-Résistants dans le milieu extérieur
-Résistants contre acidité gastrique
-Multiplication dans le cytoplasme cellulaire

2. CARACTERES PHYSICO-CHIMIQUES
 Très résistants: PH acides, ether, détergents. Se conservent qlq semaines dans l’environnement et des
années à -2O°C.
 Résistants acidité gastrique
 Détruit par: oxydants, formol, UV.(Rhinovirus rapidement inactivés à PH 6
3. EPIDEMIOLOGIE DES INFECTIONS A PICORNAVIRUS
Infections épidémiques
Plus souvent entre juin et septembre
Mode de contamination orale ou oro-fécale
Atteignent principalement les enfants
Fréquemment asymptomatique

Epidémiologie/ Enterovirus

Les entérovirus et l’hépatite A se transmettent selon un mode féco-oral(mains sales, eaux).


-Réservoir : humain
-Tropisme varié selon sérotypes: - cellules neurones moteurs(polio)
-coeur(coxsackievirus B)
Le virus se multipliant dans le tube digestif , émission de virus par les selles
pendant plusieurs semaines, contamination de l’eau , aliments …

On distingue deux types de transmission:


- Directe (voie aérienne, mains sales)
Ex: Voie aérienne (Coxsackie A21 : infections respiratoires , Entérovirus 70 : conjonctivites
hémorragiques).
- Indirecte (eau, fruits, coquillages …) +++
Ex : Virus Poliomyélite
POLIOVIRUS

Incubation 10 à 14 jours
Fièvre associée à douleurs musculaires:
-Formes frustres limitées
-Paralysies asymétriques des membres inférieurs surtout
Si syndrome paralytique ascendant (muscles resoiratoires ): pronostic vital en jeu

Poliomyélite:

Formes asymptomatiques (Bonne immunité naturelle):90-95%


Symptômes mineurs :

Maux de gorge, toux, fièvre, nausées, vomissements,


diarrhées, syndrome grippal:4-8%
Atteinte du SNC : 3%
 Formes paralytiques (Destruction des neurones moteurs) : 0,1-0,5%
 Méningite aseptique: 1-2%

Devant toute paralysie flasque aigue prescrire


1. Une recherche d’entérovirus dans les selles ou LCR
2. Une serologie poliovirus

Diagnostic :
1. Direct: -Isolement du virus

-Identification (pour confirmer l’appartenance au genre entérovirus)


-PCR (pour le dg du genre et du type polio ou non polio)
2. Indirect: Sérologie, n’a d’intérêt que si on isole une souche virale chez le malade

PREVENTION DE LA POLIOMYELITE
• Aucun traitement antiviral efficace, prévention se fait uniquement par vaccination par un antipolio
• Dans les 50 apparurent les premiers vaccins contre la polio par SALCK ET SABIN
• Recommandation du calendrier vaccinal

-Vaccin polio injectable à 2,3,4 mois, rappels à 18mois, 6ans, 11ans,18ans


-Vaccin polio injectable tous les 10 ans couplé à antitétanique
- Vaccin polio oral réservé aux situations épidémiques .
Rhinovirus

Ne peuvent se multiplier qu’à 33°C(fosses nasales)


Transmission par voie aérienne ou objets contaminés
Très fréquentes:0.75infection par personne/an
Les rhumes atteignent les cellules épithélium nasal: inflammation, rhinorrhée, bronchites quelques fois.
La recherche à partir de prélèvement nasal sur cellule, pas de recherche d’anticorps en pratique.
Traitement et prévention ne sont pas satisfaisants.

B HERPESVIRIDAE (virus à ADN)

Les Herpesviridae constituent une famille de virus à ADN très répandus dans toutes les espèces animales.
Plus de 100 virus connus, 8 types de virus strictement humains, responsables de pathologies chez
l’Homme.
Virus ubiquitaires, responsables d’infections très fréquentes, études séroépidémiologiques: 50-90% des
sujets adultes infectés. Virus très fragiles: transmission interhumaine directe, nécessitant des contacts
étroits, intimes.
Partagent une propriété biologique tout à fait remarquable :la latence. Cette propriété permet aux virus
d’échapper à la réponse immunitaire et aux traitements antiviraux actifs sur la réplication virale. La
plupart des infections sont asymptomatiques. Divers tableaux cliniques, allant de lésions cutanées
minimes à des infections mettant en jeu le pronostic vital.

Classification : Les 8 herpesvirus strictement humains sont répartis dans 3 sous familles

Sous-famille Alphaherpesvirinae :

Virus herpes simplex 1 et 2 (HSV-1 et HSV-2=HHV 1 et 2)


Virus varicelle-zona (VZV = HHV-3)
• Culture facile in vitro.
• Latence dans les ganglions nerveux sensitifs.
• Cycle de multiplication rapide et productif (destruction cellulaireimportante).
• Infection in vivo des cellules épithéliales.
• Réactivation en général symptomatique.

Sous-famille Betaherpesvirinae

Cytomégalovirus (CMV = HHV-5).


Herpesvirus humains 6 et 7 (HHV6 – HHV7).
 Culture in vitro plus difficile.
 Cycle de multiplication lent et peu cytolytique.
 Latence notamment dans les cellules mononuclées.
 Infections souvent asymptomatiques chez les sujets immunocompétents, potentiellement graves chez les
immunodéprimés.

Sous-famille Gammaherpesvirinae
virus d'Epstein-Barr (EBV = HHV-4)
Herpesvirus humains 8 (HHV8) découvert en 1994.
 Culture in vitro plus difficile.
 Cycle de multiplication lent et peu cytolytique.
 Latence notamment dans les cellules mononuclées.
 Infections souvent asymptomatiques chez les sujets immunocompétents, potentiellement graves chez les
immunodéprimés.
1. Caractères virologiques :

-Génome virale: ADN bicaténaire linéaire de grande taille.


- Capside: Icosaédrique (162 capsomères).
- Enveloppe dérivée de la membrane nucléaire, constituée d’une bicouche lipidique, et porteuse de
protéines et glycoprotéines formant des spicules dépourvus de pouvoir hémmaglutinant.
- Cette enveloppe confère une grande fragilité aux virus: transmission nécessite des contacts interhumains
étroits.
4. Diagnostic
Circonstance de diagnostic:
-détermination du statut immunitaire avant une greffe
-diagnostic de primo-infection (femme enceinte)
-dépistage des infections actives chez les patients immunodéprimés à risque de développer une infection
grave
Diagnostic biologique non spécifique: NFS, Bilan hépatique
Diagnostic virologique:
a.Phase pré-analytique : Prélèvement

b.Diagnostic direct:
-Isolement des virus sur culture
-Détection des Ag viraux
-Détection du génome viral par biologie moléculaire
c. Diagnostic indirect: techniques immunologiques
Points importants
— Les virus sont des agents infectieux tout à fait particuliers, ni bactéries, ni parasites. Ils comportent
deux ou trois éléments structuraux essentiels : le génome (ADN ou ARN), la capside (tubulaire ou
icosaédrique) et, pour certains, l’enveloppe. La classification actuelle des virus repose sur leur structure,
la nature du génome, la conformation de la capside et la présence ou absence d’enveloppe, et de plus en
plus sur les données de séquençage des génomes viraux. Les virus à ARN sont sujets à une grande
variabilité génétique.
— Les agents des encéphalopathies spongiformes sont très à part, ATNC pour agents transmissibles non
conventionnels, c’est à dire ni bactéries, ni parasites, ni virus. Non immunogènes, purement protéiques
semble-t-il selon l’hypothèse du prion, ils résistent extraordinairement aux procédures les plus courantes
d’inactivation des agents infectieux. Ils sont à l’origine de la maladie de Creuztfeldt-Jakob,
inéluctablement mortelle.
— La propagation des virus dans la population diffère grandement selon qu’ils ont ou n’ont pas
d’enveloppe, celle-ci étant un point de fragilité du virus.
— Les virus ne se multiplient pas mais, passifs, ils se font répliquer par les cellules humaines en trois
phases essentielles : initiation de l’infection, réplication et expression du génome viral, relargage de
nouveaux virus hors de la cellule. Cela fait intervenir des ARN messagers viraux et des enzymes virales
qui sont des cibles potentielles de chimiothérapie antivirale.
— La cible du virus étant la cellule, la réplication virale y a des conséquences diverses : selon les cas,
infection lytique, infection « tempérée » ou infection « transformante ».
— Au niveau de l’organisme entier, l’expression clinique est très diverse selon les cas : infection
inapparente versus infection manifeste, infection aiguë vs infection chronique, infection totalement
régressive vs infection latente à vie avec possibilité de réveil (récurrence) de l’infection, infections
mortelles vs infections curables spontanément.
— L’organisme dispose de trois lignes de défenses : successivement les barrières cutanéo-muqueuses,
l’immunité naturelle, innée, et l’immunité acquise, spécifique. Il existe des coopérations étroites entre les
différents acteurs de l’immunité. Les virus ont des mécanismes
d’échappement à ces défenses.
— Le parcours de l’infection dans l’organisme oppose, d’une part les infections localisées à incubation
courte où porte d’entrée et organe-cible sont confondus, et d’autre part les infections généralisées à
incubation longue où l’organe cible est distinct et loin de la porte d’entrée du virus dans l’organisme ; une
longue incubation laisse souvent place à une sérovaccination post-contamination, capable, si elle est
précoce, d’éviter l’atteinte de l’organecible, donc la maladie.
— Les thérapeutiques antivirales, pour certaines, reproduisent ou renforcent nos moyens de défense
contre l’infection virale (interférons, immunoglobulines, vaccins). Pour d’autres,on introduit dans
l’organisme les molécules artificielles de la chimiothérapie antivirale, qui
s’opposent à diverses phases de la réplication virale.
— Hygiène et vaccinations restent des éléments essentiels de la lutte contre les virus.
CHAPITRE VI : Les microorganismes impliqués dans les infections du tractus digestif
Généralités
Dans les pays en voie de développement, les diarrhées infectieuses sont une des principales causes de
mortalité. Dans ces pays, la probabilité pour un enfant d’atteindre l'âge de 7 ans est de 50%, et les
principales causes de mortalité sont les diarrhées et les infections respiratoires.
De nombreux virus, bactéries, parasites provoquent des diarrhées. Chacun de ces microorganismes se
présente sous des aspects épidémiologiques et cliniques propres qui permettent d'aiguiller le diagnostic.
Epidémiologie
La transmission des infections intestinales se fait principalement par la voie fécale-orale, avec comme
vecteurs principaux les aliments, l'eau de boisson ou les mains. Le plus souvent, c'est par l'ingestion d'eau
ou d'aliments qui ont été contaminés, directement ou indirectement, par les matières fécales d'un porteur
de germes, d'un malade ou d'un animal. Chez les petits enfants la voie fécale-orale directe est possible.
Les doigts sont évidemment l’un des vecteurs importants.
L'hygiène joue un rôle majeur, en particulier l'hygiène des mains et de l'alimentation. Le risque
diarrhéique est directement lié aux conditions sanitaires de la région dans laquelle on se trouve, et à la
saison.
Mécanismes de défense
1. L'estomac constitue le premier rempart contre l'infection intestinale. Les bactéries sont très sensibles au
pH acide que l'on retrouve en période post-prandiale. La chirurgie ou les médications anti-acides
augmentent le risque infectieux.
2. La flore intestinale commensale joue un rôle déterminant. C'est principalement le phénomène de
compétition pour les substrats nutritifs qui joue. La production par cette flore résidente de métabolites
toxiques comme les acides gras volatils ou encore la déconjugaison des acides biliaires par les anaérobies
peuvent également jouer un rôle inhibiteur vis-à-vis de bactéries entéropathogènes. La flore intestinale est
essentiellement constituée de germes anaérobies (Bacteroïdes, Peptostreptococcus, Bifidobacterium,
Lactobacillus...); parmi la flore aérobie ou facultative, les entérobactéries (E.coli...) et les entérocoques
sont prédominants. La flore du nouveau-né contient une proportion plus importante de Bifidobacterium et
Lactobacillus et n’atteindra l’”état adulte” que vers l’âge de deux ans.
3. La motilité intestinale et le mucus à la surface des cellules épithéliales jouent un rôle protecteur en
empêchant l'attachement des bactéries à la muqueuse.
4. L'immunité locale sous forme d'IgA sécrétoires joue un rôle également en prévenant l'attachement à la
muqueuse des microorganismes ou en facilitant leur destruction.
5. Les protéases digestives se trouvant dans la lumière intestinale jouent également un rôle protecteur
notamment en s'attaquant aux toxines bactériennes.

Définitions
• gastro-entérite : syndrome gastro-intestinal comportant des nausées, vomissements, de la diarrhée et des
douleurs abdominales.
diarrhée : émissions de selles trop fréquentes et/ou trop liquides; habituellement le résultat d'une atteinte
de l'intestin grêle, impliquant un déficit hydro-électrolytique.
• dysenterie : atteinte inflammatoire du tractus gastro-intestinal associée à la présence de sang et/ou de
pus dans les matières fécales et accompagnée de fièvres et de douleurs abdominales; habituellement le
résultat d'une atteinte du colon.
• entérocolite: inflammation entreprenant à la fois la muqueuse du colon et celle de l'intestin grêle.

Mécanismes pathogènes
Les microorganismes peuvent provoquer une pathologie digestive de trois façons :
1. en modifiant les flux hydro-électrolytiques au niveau de l'intestin grêle par l'action de toxines : ce
mécanisme est exclusivement d'origine bactérienne; il peut s'agir d'entérotoxines ou de cytotoxines;
celles-ci peuvent être ingérées d'emblée dans le cas des toxi-infections alimentaires où la bactérie a
produit la toxine lors de sa pullulation dans l'aliment, ou sécrétées in situ dans l'intestin;
2. en envahissant la muqueuse iléale ou colique et en s'y multipliant;
3. en pénétrant la muqueuse laissée intacte pour atteindre le système réticulo-endothélial et y proliférer.
Il est important de noter que le nombre de bactéries qu'il est nécessaire d'ingérer pour provoquer une
infection varie énormément d'une espèce à l'autre. Alors qu'une centaine de Shigella, de Campylobacter
ou de kystes de Giardia ou d'amibes suffisent, il faut plus de 10 5 Salmonella et plus de 108 Vibrio cholerae
ou E.coli pathogènes. Cette notion de nombre de germes contaminants est à mettre en relation avec
l'hygiène alimentaire. Toute multiplication d'une bactérie dans un aliment mal conservé augmente le
risque infectieux.
Pour qu'un microorganisme puisse provoquer une infection intestinale il faut donc qu'il soit ingéré en
quantité suffisante et qu'il possède des propriétés d'adhésion ou d'invasion pour permettre de vaincre les
différentes barrières de défense.
1. Les agents de toxi-infections alimentaires
Les toxi-infections alimentaires sont caractérisées par :
1. la survenue brusque dans les heures qui suivent l'ingestion d'un aliment contaminé de nausées,
vomissements, crampes abdominales et diarrhées;
2. l’apparition simultanée chez plusieurs personnes ayant partagé un même repas;
3. la résolution rapide des symptômes, généralement en moins de 24 heures.
La cause en est la prolifération de bactéries dans un aliment contaminé mal conservé avec production
dans celui-ci de toxines. C’est l’ingestion de quantités massives de toxines préformées, à action digestive,
qui provoque les symptômes. Toutes les personnes qui ont ingéré la nourriture incriminée sont touchées
simultanément. Les antibiotiques sont bien entendu sans action.
Staphylococcus aureus
Fréquente sur la peau et les mains ,cette bactérie contamine souvent les aliments non cuits où elle peut
proliférer si la "chaîne du froid" n'est pas respectée : pâtisserie, mayonnaises, charcuteries, crevettes, filet
américain, salades de pommes de terre... Si la souche est entéro-toxinogène et si elle se multiplie dans
l’aliment, des toxines sont produites et accumulées dans l'aliment.

La symptomatologie débute 3 à 6 heures après l’ingestion, brutalement dans un contexte non fébrile, en
associant des vomissements, une diarrhée aqueuse abondante, des douleurs abdominales et des céphalées.
Ces signes évoluent favorablement en 24 à 48 heures.

Clostridium perfringens

Les intoxications alimentaires sont ici le plus souvent dues à de la volaille précuite en masse puis
refroidie puis enfin réchauffée pour être servie. La contamination par les spores vient de l'intestin de
l'animal. La première cuisson est insuffisante pour détruire les spores mais peut créer une diminution du
potentiel redox permettant la croissance de la bactérie et la libération de toxine. Il s'agit d'une
entérotoxine protéique résistante à la température, qui fait partie de la spore et est libérée en cas de
germination. Elle exerce son action dans l'iléon où elle inhibe le transport du glucose, altère l'épithélium
intestinal et provoque une fuite protéique dans la lumière intestinale.
Les symptômes (diarrhée aqueuse, crampes abdominales) surviennent 8 à 24 heures après l'ingestion et
persistent environ 24 heures.
Le diagnostic peut se faire en mettant en évidence les Clostridium dans l'aliment.
Bacillus cereus
B.cereus est un bacille Gram positif formant des spores. Il peut provoquer deux types d'intoxication
alimentaire : la première survient après une courte incubation de 1 à 5 heures et est caractérisée par des
vomissements, des crampes abdominales avec éventuellement de la diarrhée, persistant de 8 à 10 heures;
la seconde survient 10 à 12 heures après l'ingestion et provoque une diarrhée aqueuse avec nausées et
crampes abdominales persistant une douzaine d'heures. Il s'agit de deux toxines différentes, la première
est résistante à la chaleur, la seconde pas.
La contamination de l'aliment doit être abondante (plus de 10 5 germes/gramme). Il s'agit souvent de riz,
de pâtes, de fromages.
Clostridium botulinum
Les Clostridium sont des bacilles Gram positif anaérobies stricts sporulés. Il en existe une grande variété
d'espèces, dont beaucoup sont des saprophytes du sol. Quatre espèces se démarquent par leur
pathogénicité pour l'homme. Clostridium tetani responsable du tétanos, C.perfringens responsable de la
gangrène gazeuse et de toxi-infection C.difficile responsable de la colite pseudo-membraneuse et
C.botulinum. Tous les quatre produisent une ou plusieurs exotoxines responsables de la pathologie.
C.botulinum n'est pas un germe entéropathogène. Il trouve sa place ici en raison de son mode de
contamination alimentaire mais c’est essentiellement le système nerveux qui est touché
Ecologie-Pathogénie-Epidémiologie
Assez répandu dans la terre, parfois présent dans l'intestin de certains animaux (porc, poissons), c'est le
seul microbe exclusivement saprophyte qui peut toutefois provoquer une maladie grave, due à la toxine
qu'il élabore dans un aliment contaminé et conservé dans des conditions (anaérobiose) lui permettant de
se multiplier. C'est donc essentiellement une intoxication alimentaire - en fait la plus grave - mais
heureusement la plus rare.
Deux raisons expliquent l'épidémiologie du botulisme:
a. La thermo-résistance de la spore: elle résiste des heures à 100°C; il faut au moins 10 minutes à 120°C
pour la détruire.
b. La résistance de la toxine à l'acidité gastrique; elle est cependant relativement thermolabile (détruite
vers 80 à 90° C): il en résulte que si un aliment suspect est chauffé à ébullition juste avant d'être
consommé, tout danger disparaît.
Les conserves préparées industriellement sont généralement sans danger, l'expérience ayant appris les
temps de chauffage et les températures nécessaires à éliminer les spores. Par contre, les conserves
artisanales ou ménagères sont éventuellement dangereuses.
Un syndrome particulier de botulisme infantile (entre 1 et 8 mois) a été décrit surtout aux Etats-Unis. Il
est dû à l'implantation de C.botulinum dans l'intestin du bébé, provoquant constipation et faiblesse, mais
peu de mortalité. L'origine pourrait en être l'ajoute de miel aux biberons, qu'il vaut donc mieux éviter
avant l'âge de 1 an (la flore commensale est alors assez développée pour inhiber l'implantation d'un
bacille botulique de passage).
Toxines
C'est une neurotoxine de nature protéique qui agit en bloquant la libération ou la production de
l'acétylcholine au niveau de la jonction neuro-musculaire, provoquant ainsi des paralysies flasques.
L'incubation nécessaire à la résorption de la toxine est de 12 à 48 h. Toute la toxine est résorbée à la fois,
contrairement à ce qui se passe dans la diphtérie ou le tétanos. C'est une des toxines les plus actives: la
dose mortelle pour l'homme est d'environ 0,1 μg.
Diagnostic
Il est surtout clinique : l’atteinte neurologique est brutale, débutant fréquemment par une atteinte faciale,
une diplopie, une dysphagie, et une bouche sèche, pour être suivie par une paralysie flasque et
symétrique; les vomissements sont fréquents; le patient est le plus souvent apyrétique.
C'est surtout dans l'aliment suspect (s'il en reste!) que l'on peut rechercher le bacille par culture, ou sa
toxine par injection à la souris. Cette recherche de toxine peut se faire aussi dans le sang du malade, tant
qu'elle n'est pas fixée.
Prophylaxie et traitement
Le traitement du malade est décevant pour la raison suivante: contrairement aux autres maladies à toxine
(diphtérie, tétanos) où la toxine est élaborée in vivo et résorbée au fur et à mesure de sa production, dans
le botulisme toute la toxine est ingérée et résorbée en une fois. Quand apparaissent les premières
paralysies, il y a une forte probabilité que toute la dose de toxine soit déjà fixée (ce n'est
qu'exceptionnellement que l'on peut encore mettre en évidence de la toxine libre dans le sang). Or,
l'antitoxine ne neutralise que les toxines non encore fixées. Le sérum pourra évidemment protéger plus
efficacement les personnes encore en incubation (c.à.d. qui ont consommé le même aliment à un repas
plus tardif que le ou les malades).

2. Les bactéries responsables de gastro-entérites et de dysenteries


Dans les pays d'Europe occidentale, Campylobacter et Salmonella sont les deux causes bactériennes les
plus fréquentes de gastro-entérite.
Campylobacter
Campylobacter est un bacille Gram négatif incurvé (vibrion) appartenant à la famille des Spirillaceae. Le
genre se compose de nombreuses espèces dont la plus importante en pathologie humaine est
C.jejuni..
C.jejuni est un commensal intestinal de nombreuses espèces animales, surtout les volailles. La
contamination de la volaille vendue dans le commerce est très fréquente. L'origine de l'infection humaine
est alimentaire. La charge infectante nécessaire est faible, ce qui explique la possibilité d’épidémies
d’origine hydrique. Le lait cru a été impliqué dans des épidémies étendues.
L’incubation varie de 1 à 7 jours probablement en fonction de la charge infectante. Fièvre modérée,
nausées, crampes abdominales et diarrhée sont les symptômes principaux. Cette dernière est souvent
aqueuse mais parfois accompagnée de pus et de sang ce qui lui confère un caractère ‘pseudo-
dysentérique’. La résolution est spontanée en quelques jours dans la majorité des cas.
Le diagnostic se fait exclusivement par la culture du germe à partir des selles, sur milieu sélectif.
Dans la majorité des cas, l'entérite à Campylobacter ne nécessite pas de traitement antibiotique. Toutefois,
l'érythromycine et les fluoroquinolones sont actives et raccourcissent l'excrétion du germe.
Les formes prolongées ou compliquées peuvent bénéficier de ce traitement spécifique.
Salmonella
Dans la pratique, il importe de distinguer très nettement deux groupes de Salmonella.
Quatre sérotypes de Salmonella sont adaptés à l'homme, qui en constituent le seul réservoir, et chez qui
ils provoquent une maladie stéréotypée : la fièvre typhoïde. Ce sont S. Typhi (bacille d'Eeberth), S.
Paratyphi A, S. Paratyphi B (bacille de Schotmüller) et S. Paratyphi C (bacille d'Hirschfeld),
accessoirement S. Sendai.
Virulence
Le premier mécanisme utilisé est l’adhérence aux entérocytes de la bordure en brosse. Ces derniers vont
englober les bactéries avec formation d’une vacuole. Le germe ainsi internalisé va, au bout de quelques
heures, se multiplier et entraîner la destruction de la cellule infectée (processus invasif). Dans d’autres cas
on peut observer une translocation du germe vers la membrane latérobasale des cellules intestinales, puis
sa pénétration dans les macrophages de la lamina propria. La généralisation de l’infection est alors
possible par voie sanguine (septicémie) ou par voie lymphatique (fièvre typhoïde).
La fièvre typhoïde Pathologie-Epidémiologie
Les germes pénètrent - même en nombre restreint - par voie digestive et après une incubation assez
longue (1 à 3 semaines) traversent la muqueuse intestinale et envahissent le tissu lymphoïde péri-
intestinal (plaques de Peyer). De là, le germe passe avec la lymphe dans la circulation, ce qui détermine
un état septicémique. A la phase d’état, le tableau de septicémie est caractérisé par une fièvre élevée et
peut s’accompagner de tuphos (prostration, obnubilation). La mortalité est importante.
La septicémie n'est donc pas une complication accidentelle mais s'inscrit dans l'évolution normale de la
maladie. Par ailleurs, les plaques de Peyer peuvent s'ulcérer et entraîner une perforation intestinale et une
péritonite. Le malade guéri peut rester porteur de germes pendant des mois ou des années, les bactéries
persistant surtout dans les voies biliaires.
La libération d'endotoxines joue un rôle important dans la pathogénie de la maladie, d'où le danger de
l'administration d'une forte dose d'antibiotique qui risque de provoquer une lyse massive des bactéries.
La transmission se fait surtout par l'eau potable lors des épidémies étendues. Mais le contact direct ou les
aliments peuvent également être en cause dans la propagation.
Le contrôle bactériologique strict des eaux de consommation ainsi que la surveillance du réservoir de
germes (porteurs) expliquent la diminution spectaculaire des fièvres typhoïdes dans les pays à hygiène
développée. En Belgique, une quarantaine de cas sont encore enregistrés annuellement; il s'agit surtout de
S. Typhi (2/3 des cas environ). Plusieurs de ces souches sont isolées durant les mois d'août-septembre
chez des personnes revenant de vacances passées dans des pays où l'endémie est importante (Inde,
Pakistan, Bangladesh…).
Diagnostic
L'hémoculture est positive durant la première semaine de la maladie.
La coproculture peut être positive depuis le début de la maladie, mais surtout après les premiers jours; elle
peut rester positive chez le convalescent (portage).
Le sérodiagnostic peut être obtenu par la réaction de Widal.
Prophylaxie
Elle concerne surtout le contrôle bactériologique des eaux et le dépistage des porteurs de germes qui
devront être écartés de certaines professions (cuisinier!).
La vaccination peut se faire au moyen d'une suspension de S. Typhi tués ou d'un vaccin vivant atténué.
Traitement
L'hospitalisation et l'administration intraveineuse d'antibiotiques s'imposent quand cela est possible. Le
chloramphénicol, l'ampicilline et le cotrimoxazole (trimethoprim + sulfamethoxazole) sont utilisés
classiquement. Les nouvelles fluoroquinolones (ciprofloxacine, ofloxacine, …) sont de plus en plus
utilisées.
Gastro-entérites à Salmonella
Pathologie. Epidémiologie
Contrairement aux S. Typhi et S. Paratyphi qui ne se retrouvent que chez l'homme, les Salmonella
d'entérites sont rencontrées chez l'homme comme chez les animaux. Il s'agit donc d'une zoonose. Le
germe pénètre par voie digestive et doit être ingéré en très grand nombre (>10 5) pour déclencher la
maladie chez l'adulte sain. L'acidité gastrique serait, entre autres, responsable de la destruction de la
majorité des germes ingérés. Ce contage massif est réalisé par l'ingestion d'aliments dans lesquels le
germe s'est multiplié comme dans un milieu de culture (non-respect de la chaîne du froid dans la
préparation des aliments).
Les nourrissons et les jeunes enfants sont toutefois plus sensibles à l'infection qui peut être induite par
l'ingestion d'un nombre minime de bactéries.
Après une courte incubation de quelques heures à 1 jour, le germe se multiplie dans la lumière intestinale
en provoquant un syndrome inflammatoire intestinal avec diarrhée souvent muco-purulente et
sanguinolente. Chez les nourrissons, la déshydratation peut entraîner un état de toxicose grave.
Généralement, la maladie est bénigne. Il n'y a normalement pas de septicémie, mais elle peut cependant
survenir exceptionnellement à titre de complication chez des sujets débilités. Des localisations extra-
intestinales sont possibles, en particulier des méningites à salmonella chez les enfants, des ostéites, etc.

Antigènes
La structure antigénique des Salmonella permet de définir des sérotypes (plus de 2300) classés par
groupes sérologiques et ordonnés dans le tableau de White-Kauffmann. L'identification de ces sérotypes
peut avoir un intérêt pour le diagnostic médical, par ex. pour différencier un type responsable de
syndrome typhoïde d'un type de gastro-entérite; elle est aussi utile pour surveiller l'épidémiologie de ces
germes.
Diagnostic
Le seul procédé de diagnostic valable est la coproculture, qui est positive dès les premières heures de la
maladie. L'hémoculture ne sera indiquée que dans de rares complications septicémiques.
Traitement
Dans les formes sévères ou chez les malades fragiles risquant des complications, des antibiotiques à
action générale tels que l'ampicilline ou le cotrimoxazole sont indiqués. Toutefois l'antibiothérapie devra
tenir compte de l'antibiogramme, certaines souches présentant une multi-résistance aux antibiotiques. Ici
aussi les nouvelles quinolones pourraient trouver une indication.
De plus en plus fréquemment, l'on observe des Salmonella multirésistantes qui s'installent en milieu
hospitalier et y touchent les malades fragiles. Elles se comportent comme des bactéries hospitalières. Ce
fait est par exemple observé chez S. Dublin qui provoque, chez des malades prédisposés, des infections
extra-intestinales ou des complications septicémiques.
Les Escherichia coli "pathogènes"
E.coli est l'espèce d'entérobactérie la plus fréquente en pathologie infectieuse humaine . Il existe au sein
de cette espèce une grande variété de souches dont certaines manifestent une pathogénicité pour le tractus
intestinal. On dénombre plusieurs catégories d'E.coli pouvant provoquer une entéropathie, qui se
distinguent par des mécanismes pathogènes et une épidémiologie différents.
a) Les E.coli de gastro-entérites infantiles (E.P.E.C. = entero-pathogenic E.coli)
Certaines souches appartenant à des sérotypes déterminés, peuvent causer un syndrome entéritique grave
avec déshydratation et toxicose chez les enfants de moins de 2 ans. Les prématurés y sont
particulièrement sensibles. Des épidémies, souvent très meurtrières, ont surtout sévi en Europe et en
Amérique du Nord vers les années 60. Elles sont en régression depuis une quinzaine d'années, aussi bien
en ce qui concerne leur fréquence que leur gravité et elles ne constituent plus un problème majeur en
Belgique à l'heure actuelle. Par ailleurs, dans les cas de diarrhées sporadiques la présence de ces sérotypes
est de signification douteuse.
Dans les cas non compliqués, l'abstention de toute antibiothérapie est la règle, d'autant plus qu'elle a
l'inconvénient de prolonger le portage intestinal des Salmonella.

On sait actuellement que leur mécanisme pathogénique est dû à un phénomène d'entéro-adhérence qui
efface la bordure en brosse des entérocytes. Ils peuvent également secréter une toxine létale pour
certaines cellules en culture (cellules Vero, d’où le terme “vérotoxine”).
Le diagnostic se fait par coproculture; les sérotypes entéropathogènes peuvent être identifiés au moyen
d'une épreuve d'agglutination dans les sérums spécifiques, mais ce diagnostic n'a qu'une valeur relative
puisque le mécanisme de pathogénicité n'est pas directement lié au sérotype.
b) Les E. coli entéro-invasifs (E.I.E.C. = Entero-invasive E. coli)
Leur mécanisme d'action est identique à celui de Shigella à qui ils sont étroitement apparentés. Ils
appartiennent à quelques sérotypes particuliers. Ils se rencontrent dans des diarrhées infantiles ou
d'adultes. Comme Shigella, ils possèdent un plasmide codant pour le pouvoir invasif. Ils envahissent les
cellules épithéliales du gros intestin, s’y multiplient et causent des réactions inflammatoires localisées
pouvant aboutir à des ulcérations.
c) Les E.coli entérotoxinogènes (E.T.E.C. = Entero-toxigenic E. coli)
Les E.T.E.C. produisent deux entérotoxines: la toxine ST, thermostable, de faible poids moléculaire et
non antigénique d'une part , et d'autre part la toxine LT, thermolabile, de poids moléculaire élevé et
antigéniquement apparentée à la toxine du choléra. Ces toxines agissent par activation de la guanylate-
cyclase (ST) et de l'adénylate-cyclase (LT). Il en résulte une perte hydrique et électrolytique importante,
comme dans le choléra. Ces toxines peuvent exister seules ou associées entre elles dans la même souche.
Elles sont codées par un plasmide (ENT). De plus, pour exercer leur pouvoir pathogène, ces bactéries
doivent disposer d'un mécanisme d'adhérence à la muqueuse intestinale. Cette propriété est conférée par
la présence de "fimbriae" spéciales, d'antigénicité spécifique et dénommées: CFA I et CFA II
(Colonization Factor antigen I et II). Ces antigènes de fixation sont également sous la dépendance de
plasmides.
Les ETEC sont la cause la plus fréquente de diarrhée chez les enfants des pays en voie de développement,
avec une mortalité importante. C'est aussi la cause principale de la “diarrhée du voyageur” ou “turista”.
L'eau contaminée est la principale source de contamination.
Le diagnostic est basé sur la recherche du pouvoir toxinogène des souches, ce qui ne se fait pas
facilement. Quoique certains sérotypes semblent plus fréquemment être associés au caractère
d'entérotoxigénicité, la détermination du sérotype n'a pas de valeur absolue, la toxinogenèse étant une
propriété dépendante de la présence d'un plasmide.
d) Les E.coli entéro-hémorragiques (E.H.E.C. = entero-hemorrhagic E.coli)
Ils causent une diarrhée hémorragique qui peut être compliquée du syndrome hémolytique-urémique. Non
invasifs, ils produisent de puissantes cytotoxines actives par exemple sur les cellules Vero (ils sont de ce
fait également dénommés VTEC) mais immunologiquement ou fonctionnellement reliées aux toxines de
Shigella dysenteriae type 1. Cette toxine est sous la dépendance d'un bactériophage.
Les toxines “Shigalike” ou SLT (il en existe deux types I et II), sont des protéines de 70 kDa qui ont une
conformation de type A-B. La fixation se fait sur un récepteur glycolipidique. L'action se fait sur les
ribosomes par inhibition de la synthèse protéique.
La diarrhée est aqueuse, parfois sanglante et peut évoluer vers une colite hémorragique plus grave.
Dans environ 10% des cas, survient un syndrome hémolytique-urémique (SHU) plus souvent chez le
jeune enfant (<8 ans), la femme enceinte et les personnes âgées(>65 ans). Celui-ci est caractérisé par la
survenue brusque d'une thrombopénie, d'une hémolyse, d'une insuffisance rénale aiguë avec anurie et d'un
purpura. Il est dû à l'action des toxines et du LPS.
La mortalité est de 5%. Les séquelles rénales avec insuffisance rénale chronique et hypertension se voient
dans près de 40% des cas.
La contamination est alimentaire. La dose infectante est faible. La viande bovine ou le lait peuvent en être
la source et des épidémies sont observées, principalement dans des homes pour personnes âgées ou des
collectivités d'enfants. Les antibiotiques sont sans effet et semblent même augmenter la production de
toxines.
Shigella
Pathologie-Epidémiologie
Shigella est l'agent de la dysenterie bacillaire (Entamoeba histolytica est l'agent de la dysenterie
amibienne). Il s'agit d'une infection intestinale localisée essentiellement au gros intestin où le germe se
multiplie en provoquant une inflammation de la muqueuse se traduisant par une diarrhée glaireuse et
sanguinolente. Il n'y a pas d'essaimage dans la circulation, mais les phénomènes locaux peuvent
s'accompagner de toxicose et de déshydratation.
La transmission fait intervenir différents vecteurs: l'eau, comme dans la fièvre typhoïde, les aliments, les
contacts directs ou par objets interposés, ce qui lui vaut le nom de "maladie des mains sales". Les
mouches peuvent également être un vecteur surtout dans les pays chauds.
Quatre espèces sont distinguées sur la base de critères biochimiques et sérologiques:
• Shigella dysenteriae, comprenant le bacille de Shiga, responsable de formes graves dans les régions
tropicales (Asie, Amérique Centrale et Afrique); c'est le seul qui secrète une exotoxine; on la rencontre
rarement en Europe, presque toujours chez des personnes revenant de zones endémiques.
• Shigella flexneri, groupe cosmopolite causant des épidémies et des cas sporadiques de gravité variable;
• Shigella boydii, exceptionnelle en Europe, moins pathogène;
• Shigella sonnei, elle est généralement la cause d'entérites bénignes et touche plus particulièrement les
enfants; parfois petites épidémies de crèches ou d'écoles .
Le diagnostic de ces infections se fait par coproculture.
Traitement
L'ampicilline et surtout le cotrimoxazole sont les antibiotiques les plus utilisés mais il existe ici aussi des
souches multirésistantes, plus fréquentes que chez Salmonella. Les quinolones et plus particulièrement les
nouvelles fluoroquinolones sont très actives sur Shigella.
Yersinia
Le genre Yersinia comprend trois espèces principales: Y.pestis , Y. pseudotuberculosis et Y.
enterocolitica.
Yersinia pseudotuberculosis
Pathologie. Epidémiologie
Y.pseudotuberculosis ou bacille de Malassez et Vignal est répandu chez diverses espèces animales, en
particulier les rongeurs et les oiseaux.
Il provoque chez l'homme des adénites mésentériques. La pénétration se fait par voie digestive. Le germe
se loge dans les ganglions de la région iléo-caecale, déterminant une adénite réticulaire; celle-ci peut
réaliser un syndrome pseudo-appendiculaire. A côté de cette manifestation principale qui survient surtout
chez les enfants et les adolescents on peut observer de très rares cas de septicémies survenant surtout chez
des cirrhotiques ou des diabétiques. L'infection à bacille de Malassez et Vignal peut être suivie dans
certains cas d'un érythème noueux. L'origine de la contamination est probablement alimentaire.
Le germe peut être recherché dans les ganglions mésentériques lorsque le malade est opéré. Il est
rarement décelable en coproculture!
Plusieurs antibiotiques à large spectre sont actifs en particulier la streptomycine, les tétracyclines, le
cotrimoxazole.
Yersinia enterocolitica
Pathologie. Epidémiologie
Y.enterocolitica peut provoquer chez l'homme plusieurs types de pathologies
• une entérite, rappelant les entérites à Salmonella, d'allure souvent traînante et généralement bénigne,
chez les petits enfants (quelques mois à 5 ans).
• un syndrome de la fosse iliaque droite lié à une adénite mésentérique comme avec
Y.pseudotuberculosis, mais souvent accompagné d'une inflammation des derniers centimètres de l'iléon
(iléite terminale) chez l'adolescent et le jeune adulte; environ 4 à 6% des syndromes aigus de la fosse
iliaque droite sont dus à Yersinia.
Un érythème noueux complique parfois un épisode abdominal, surtout chez la femme. De même des
arthrites réactionelles aseptiques sont observées chez certains individus .
La seule donnée épidémiologique valable est le portage très fréquent (plus de 50%) chez les porcs, des
mêmes sérotypes que ceux rencontrés chez l'homme. Il est prouvé en Belgique que la consommation de
viande de porc hachée crue est un facteur de risque important.
Contrairement aux Salmonella, l'incidence des entérites à Yersinia est plus forte durant les mois froids de
l'année. Il existe de nombreux sérotypes, dont principalement le type 3 et le type 9 sont trouvés dans les
infections humaines en Europe. Le type 9 a des antigènes très étroitement apparentés à ceux des Brucella
Diagnostic
Par coproculture ou examen sérologique.
Traitement
L'ampicilline est toujours inactive, de même que les autres ß-lactamines (présence de ß-lactamases!). Les
antibiotiques les plus actifs sont les tétracyclines (doxycycline) chez l'adulte et le cotrimoxazole chez
l'enfant.

Yersinia pestis
Le bacille de Yersin existe chez les rongeurs sauvages qui représentent le réservoir naturel du germe et
chez lesquels peut sévir la "peste sylvatique". De tels foyers existent en différents points du globe:
Extrême Orient, Afrique Orientale, Amérique du Sud, Californie.
Le vecteur intermédiaire principal entre la peste sylvatique et la peste humaine est le rat, animal très
sensible au bacille pesteux. L'épizootie chez les rats est propagée par leurs ectoparasites, essentiellement
par les puces (Xenopsyla cheopis). Le bacille se développe dans le tube digestif de la puce, le bloquant et
incitant l'insecte à piquer davantage: lors de morsures, des bacilles sont régurgités dans la plaie, assurant
ainsi la transmission de la maladie. Lorsque la population de rats est décimée, les ectoparasites en
surnombre provenant des cadavres cherchent de nouveaux hôtes: si le nombre de rats survivants est
réduit, les puces peuvent chercher à parasiter des hôtes inhabituels, en particulier l'homme. Les puces
peuvent rester infectantes pendant plusieurs semaines.
Le rôle joué par les rats dans l'épidémiologie de la peste explique le cheminement des grandes épidémies
de l'histoire. Ces rongeurs étant fréquents dans les ports, le point de départ d'une épidémie sur un
continent se situait presqu'invariablement dans une ville portuaire où des rats pesteux provenant d'un
foyer lointain étaient amenés par les navires.
Chez l'homme, la maladie peut revêtir différents aspects suivant la porte d'entrée du germe et le stade
d'évolution.
- Après la morsure de puce, le germe se développe sur place et après une courte incubation de 3 à 6 jours
atteint par voie lymphatique le premier relais ganglionnaire (souvent inguinal en cas de morsure aux
membres inférieurs). Là, la bactérie est provisoirement arrêtée et provoque le gonflement et la
suppuration du ganglion, réalisant la peste bubonique, le bubon pouvant se fistuliser et laisser s'écouler le
pus. Ce stade local est parfaitement curable et le malade est peu contagieux.
- La barrière ganglionnaire est rapidement franchie et à la forme bubonique fait suite la peste
septicémique, rapidement mortelle.
- Au cours de l'essaimage du germe, les poumons peuvent être le siège d'un foyer pneumonique. Cette
pneumonie pesteuse rend le malade contagieux, les expectorations étant très riches en bacilles. La
propagation se fait alors très rapidement d'homme à homme par l'inhalation de particules chargées de
germes qui engendrent d'emblée une peste pneumonique sans passer par le stade bubonique.

Vibrio
Les vibrions sont des bacilles Gram négatif incurvés. Le genre Vibrio comprend de nombreuses espèces
dont la plus importante en pathologie humaine est V.cholerae.
Vibrio cholerae 
Pathologie-Epidémiologie
Jusqu'au 19e siècle, le vibrion du choléra était resté limité à son aire de dispersion naturelle, c'est-
à-dire l'Asie méridionale. Le cours du Gange a toujours constitué un foyer permanent d'endémie.
Au cours du siècle dernier, plusieurs poussées vers l'Ouest eurent lieu, qui amenèrent le germe
loin hors de son foyer original et engendrèrent de véritables pandémies. Le point de départ en
était souvent les pèlerinages de la Mecque qui provoquaient des déplacements considérables de
populations parmi lesquelles de nombreux porteurs de germes. Au cours de ces dernières années,
une poussée épidémique touche de nombreux pays d'Afrique, du pourtour méditerranéen et
d’Amérique du sud; à noter que cette 7e pandémie est due au biotype E1 Tor considéré
auparavant comme très peu pathogène.
La pathogénie du choléra est caractérisée par une multiplication du germe dans la lumière
intestinale (jusque 108 à 109 vibrions par ml de selles) entraînant une diarrhée hydrique profuse.
La perte liquide peut atteindre 20 litres par jour, occasionnant en même temps un déséquilibre
ionique avec acidose et hypokaliémie. Le mucus intestinal est détruit par une mucinase, et une
exo-toxine, appelée "choleragen", active l'adényl-cyclase, d'où accumulation d'AMP-cyclique
dans les cellules épithéliales du grêle, entraînant une excrétion massive de NaCl et d'eau. Le
vibrion n'a qu'une agressivité relative et l'éclosion de la maladie est fortement favorisée par un
état de malnutrition, d'irritation intestinale ou d'achlorhydrie gastrique; la maladie prend de ce fait
une allure plus grave et plus épidémique dans les régions sous-développées; on a dit que la
gravité d'une épidémie de choléra reflétait le degré d'infrastructure sanitaire d'une région
Cette agressivité relative du germe explique aussi que, pour un malade, il existe en moyenne de 5 à 10
individus infectés asymptomatiques qui deviennent porteurs de germes et contribuent à disséminer la
maladie. Certains peuvent devenir porteurs chroniques (1 à 2% à Calcutta).
L'épidémiologie est dominée par la transmission hydrique, comme c'est le cas dans d'autres maladies
entériques. Il est donc peu probable que des épidémies étendues puissent survenir dans les pays où le
contrôle bactériologique des eaux est strictement appliqué, même si des foyers localisés éclataient. La
surpopulation, le manque d'hygiène corporelle et alimentaire peuvent aussi contribuer à la propagation de
la maladie.
Diagnostic
La coproculture permet de mettre le germe en évidence.
Prophylaxie. Antibiotiques
Le contrôle bactériologique de l'eau potable et la surveillance des porteurs de germes sont les éléments
majeurs de la prévention. L'immunisation au moyen d'un vaccin tué est possible. Ce vaccin est cependant
peu efficace.
Le traitement antibiotique (tétracyclines en particulier) a une certaine utilité mais est insuffisant par lui-
même pour enrayer l'évolution de la maladie déclarée. Tout au plus peut-il raccourcir la période
d'excrétion du germe.
L'essentiel est la réhydratation et le rétablissement de l'équilibre électrolytique par des perfusions de
liquide. La chlorpromazine qui antagonise la production d'AMP cyclique peut aussi être utile.

3. La colite pseudo-membraneuse et les diarrhées après antibiothérapie.


Clostridium difficile Pathologie-Epidémiologie
Clostridium difficile est un bacille Gram positif sporulé anaérobie. Il a été reconnu en 1978 comme
l'agent étiologique de la C P M
Cette pathologie aiguë a la particularité de survenir dans la grande majorité des cas à la suite d'une
antibiothérapie. Le facteur de virulence principal est la production de deux toxines (toxine A ou )
entérotoxine, toxine B ou cytotoxine) qui induisent les lésions. Celles-ci affectent la muqueuse du colon
et du rectum et sont caractérisées par un infiltrat inflammatoire important et par la présence de fausses
membranes fibrineuses adhérentes à la muqueuse. La diarrhée est le symptôme principal: elle est le plus
souvent aqueuse ou muco-purulente, plus rarement hémorragique. Les formes cliniques sont variables et
vont de cas mortels qui restent rares (chez les personnes âgées surtout) à des cas de simple diarrhée
régressant spontanément.
Le taux de portage intestinal asymptomatique est faible dans la population adulte (0-3 %). Les cas
groupés sont par contre fréquents en milieu hospitalier. Les unités les plus touchées sont celles où les
patients séjournent longtemps (chirurgie orthopédique en particulier), sont âgés et reçoivent des
antibiotiques à visée prophylactique ou curative. Les spores de C. difficile colonisent très rapidement
l'environnement du patient hospitalisé et sont difficiles à éradiquer. Il est possible de trouver des spores
sur les clées de porte, les lavabos, les tables de nuit, ... dans la chambre d'un patient, déjà 48 h après la
survenue d'une diarrhée. Ces spores sont extrêmement résistantes même aux désinfectants utilisés
couramment en milieu hospitalier, et sont donc une source de contamination à long terme.
Epidémiologie chez le nouveau-né et l'enfant
La situation chez les nouveau-nés et les jeunes enfants est totalement différente de celle observée chez
l'adulte. Le portage asymptomatique de C. difficile y est très fréquent. Des taux de 20 à 70 % sont
observés dès les premières semaines de vie et diminuent progressivement jusqu'à atteindre les
pourcentages comparables à ceux de l'adulte vers 3-4 ans. Les raisons de l'absence de symptomatologie
sont encore mal comprises.
Des cas de Colite PseudoMembraneuse et de DAA ont été cependant rapportés chez de très jeunes
enfants. Ceux-ci ne sont donc pas totalement réfractaires à ces pathologies.
Physiopathologie
La séquence d'événements menant à la pathologie intestinale est très particulière :
1. Le point déclenchant est une perturbation de la flore intestinale, situation qui se crée lors d'une
antibiothérapie, ou qui existe d'office chez le nouveau-né ou le jeune enfant chez qui la flore est en
formation. L'individu qui possède une flore intestinale normale est protégé.
2. Le dépeuplement du "territoire" intestinal va permettre la colonisation par C. difficile, s'il est présent;
celui-ci profite, dans cette situation, de la protection privilégiée qui lui est conférée par la sporulation. La
source de contamination est soit endogène (le portage) soit exogène (l'environnement d'une chambre
d'hospitalisation...)
3. Si la souche est non-toxigène, le portage restera asymptomatique. Dans le cas contraire, les toxines sont
produites. Il est maintenant bien acquis que les deux toxines A et B précédemment évoquées sont les
principaux facteurs pathogènes.
4. Les toxines provoquent une altération de la muqueuse intestinale et les conséquences en sont une
symptomatologie qui varie de la CPM sévère, et même parfois mortelle, à la diarrhée banale.
Diagnostic
Le diagnostic est basé sur l'isolement du germe par culture des matières fécales et par la recherche, dans
les selles, de la présence des toxines.
Traitement
• L'arrêt de l'antibiotique en cause, si ce n'est déjà fait, doit être préconisé dans la mesure du possible.
• La vancomycine et le métronidazole sont les deux traitements possibles. On préfère le dernier en
première intention en raison des problèmes de résistance aux glycopeptides que l’usage de vancomycine
pourrait induire chez d’autres bactéries comme les entérocoques.
Les rechutes sont fréquentes. Elles ne sont jamais dues à l'apparition d'une résistance mais bien à la
recolonisation du patient par la même souche. Elles sont traitées comme l'épisode initial. Des probiotiques
peuvent être ajoutés.

Prophylaxie
Pour éviter tout risque épidémique, des précautions d'isolement entérique doivent être prises vis-à-vis des
malades hospitalisés et la décontamination de la chambre doit être faite pendant l'hospitalisation et à sa
sortie.
4. Gastrite et ulcère duodénal à Helicobacter pylori
Helicobacter pylori est une bactérie Gram négatif spiralée (vibrion) isolée dans l'estomac humain pour la
première fois au début des années 80. Sa croissance est lente, son type respiratoire est microaérophile.
Elle possède une uréase extrêmement active.
H.pylori est isolé de la muqueuse gastrique de quasiment tous les cas de gastrite entérale (type B) ainsi
que dans les ulcères duodénaux. On le retrouve également dans les cas d'ulcère gastrique et de dyspepsie
non-ulcéreuse. Il a été montré que l'éradication du germe prévient les rechutes d'ulcère duodénal.
Sa localisation se situe entre les cellules muqueuses et le mucus gastrique. Sa forte activité uréasique lui
confère sans doute sa capacité à résister au pH gastrique très acide. H.pylori semble exercer une action sur
la production d'acides dans l'estomac.
La prévalence augmente progressivement avec l'âge. Il n'y a pas de réservoir connu. La contamination est
probablement inter-humaine. Dans certaines régions d'Afrique et d'Asie, la prévalence est proche de
100%.
Le diagnostic peut se faire :
• de façon directe par examen microscopique et/ou culture de biopsies gastriques ou duodénales
• de façon indirecte par un examen sérologique ou un test respiratoire consistant à faire ingérer au patient
de l'urée marquée radioactivement qui, en cas de présence de H.pylori, va donner du CO2 radioactif
expiré.
Le traitement consiste en une cure de plusieurs antibiotiques (métronidazole, ampicilline, clarithromycine
ou tétracycline) associés à des drogues anti-acide.
CHAPITRE VII : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus respiratoire supérieur.
Généralités
Le tractus respiratoire supérieur comprend le nez, le pharynx, les sinus, le larynx et l'oreille moyenne. Le
nez et le pharynx sont normalement colonisés par une flore bactérienne abondante principalement
constituée de cocci Gram positif et de germes anaérobies . Il existe un portage occasionnel de
Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Streptococcus pyogenes et de Neisseria meningitidis
au niveau du pharynx, et de Staphylococcus aureus au niveau nasal. Les sinus, le larynx et l'oreille
moyenne sont normalement stériles.
La majorité des infections de cette sphère ORL sont acquises de sources exogènes (personnes malades ou
porteurs) via des sécrétions infectées transférées par voie directe ou par inhalation de particules en aérosol
(toux, éternuement...). Les sites stériles sont le plus souvent infectés par l'intrusion directe de
microorganismes au départ du pharynx. Les obstacles au drainage correct de ces cavités (rhinite,
hypertrophie lymphoïde…) constituent le principal facteur de risque.
Les mécanismes de défense impliquent le tissu lymphoïde et la sécrétion d'IgA au niveau de la muqueuse.
Le système muco-ciliaire joue un rôle important dans la défense à ce niveau ainsi que le flux salivaire.
Etiologies
•La rhinite est toujours d'origine virale ,
• La pharyngite ou l'angine sont provoquées dans une moitié des cas par des virus. Streptococcus
pyogenes est la première cause bactérienne (un quart à un tiers des cas).
• La sinusite a le plus souvent comme origine une insuffisance de drainage des cavités occasionnées par
une infection virale, une rhinite allergique, la plongée sous-marine... La sinusite aiguë est provoquée par
Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae le plus souvent (moitié des cas); Moraxella
catarrhalis, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus ou des virus sont d'autres causes possibles.
La sinusite chronique est souvent polymicrobienne avec une forte composante de germes anaérobies.
• L'otite externe est une infection du conduit auditif externe atteignant la peau et les cartilages de l’oreille.
Elle se manifeste par une douleur et des démangeaisons associées à un oedème et un écoulement purulent.
Elle est souvent déclenchée par une baignade en piscine ou un temps chaud et humide. Pseudomonas
aeruginosa en est une cause fréquente.
• L'otite moyenne est une des pathologies les plus fréquentes rencontrées chez l'enfant en bas âge. Les
germes venant du pharynx pénètrent via les trompes d'Eustache. Tout problème de drainage à ce niveau
(végétations lymphoïdes) favorise l'infection. L’irruption de bactéries entraîne une réaction inflammatoire
de la muqueuse avec formation de pus et production locale d’immunoglobulines. Les microbes impliqués
sont les mêmes que dans la sinusite (S.pneumoniae et H.influenzae surtout). Dans les formes chroniques,
les germes anaérobies mais aussi Pseudomonas aeruginosa sont rencontrés.
• L'épiglottite aiguë est une infection bactérienne de l’épiglotte qui évolue rapidement vers l’obstruction
des voies aériennes. Elle constitue une urgence médicale. Elle se voit surtout chez l’enfant de 2 à 4 ans.
H.influenzae de type ‘b’ en est la cause.
• La diphtérie et la coqueluche sont devenues des maladies très rares dans les pays où la vaccination est
généralisée.
• La cavité buccale est fréquemment le siège d'infections. La candidose buccale ou muguet est causée par
un champignon microscopique, Candida albicans et survient le plus souvent chez le patient cancéreux ou
après un traitement antibiotique prolongé.
Streptococcus mutans est impliqué dans la genèse de la carie dentaire. Les infections périodontiques et
les abcès dentaires sont généralement d'origine polymicrobienne avec une prédominance de bactéries
anaérobies. Actinomyces peut se retrouver seul dans des abcès purulents.
Haemophilus influenzae
Le genre Haemophilus est constitué de petits bacilles Gram négatif facultatifs qui requièrent, pour leur
croissance, certains facteurs contenus dans le sang : l'hémine (ou facteur X) et le NAD (ou facteur V),
d’où leur nom. Ce sont des bactéries de la flore commensale des muqueuses des voies respiratoires hautes
et de la bouche.
Pathogénicité
Il est essentiel de distinguer les souches non capsulées d' H.influenzae des souches capsulées.
Ces dernières disposent d'une capsule de type polysaccharidique qui protège les bactéries contre la
phagocytose par les polynucléaires et les macrophages. Elles produisent aussi bien souvent une IgA
protéase. Ces deux propriétés leur confèrent un pouvoir invasif.
Les souches d' H.influenzae de type "b" (Hib) font fréquemment partie de la flore commensale de l'enfant
(voir ci-dessous). Celui-ci bénéficie des Ac maternels pendant les 2-3 premiers mois de la vie. Par la
suite, pendant une fenêtre s'ouvrant jusqu'à l'âge de 4-5 ans il devient très sensible aux Hib et c'est à cet
âge que se déclarent les pathologies les plus graves (épiglottite, méningite). Les Ac anticapsulaires ne
sont pas produits à cet âge en raison de l'immaturité des mécanismes immunitaires, cette immunisation
étant T- indépendante.
Les souches non capsulées sont des résidents habituels de la flore commensale pharyngée de l'homme.
Réservoir
L'homme est le seul réservoir de H.influenzae. La transmission se fait par voie aérienne ou par contact
direct avec les sécrétions respiratoires. L'exposition à cette bactérie se fait à la naissance et 80% de la
population est "porteuse" durant les premiers mois de la vie. Cependant, les souches capsulées sont
présentes à l'état de portage surtout dans le très jeune âge et beaucoup moins par la suite (30 à 70 % en
dessous de un an, 12% de un à quatre ans et 0 à 3% de 5 à 15 ans).
Pathologies
Les souches capsulées sont responsables de pathologies souvent graves observées presqu’exclusivement
en dessous de cinq ans. Elles sont prévenues par la vaccination .
l’épiglottite aiguë
Cette infection due à Hib est caractérisée par une inflammation et un œdème importants de l’épiglotte.
Elle se marque par un état infectieux sévère (le germe provoque souvent une bactériémie) aggravée de
difficultés respiratoires croissantes. C’est une urgence médicale nécessitant hospitalisation,
antibiothérapie iv(cefotaxine) et, si requis, trachéotomie.
la méningite
La méningite Hib était, avant la vaccination, la première cause de méningite chez l’enfant en dessous de
cinq ans. La mortalité est importante : 3 à 7%.
des arthrites, ou plus rarement, des infections cutanée profondes (« cellulite ») qui sont causées par les
bactériémies.
Les souches non capsulées
Sont des causes fréquentes d’infections des voies respiratoires supérieures à tous âges : sinusites et otites
moyennes aiguës, conjonctivites. Chez l’adulte bronchiteux chronique, elles sont des causes fréquentes
d’exacerbations aiguës. Elles provoquent des broncho-pneumonies, surtout chez les patients à l’état
général altéré.
Diagnostic : Uniquement par culture avec ajoute des facteurs de croissance
Sensibilité aux antibiotiques
Alors qu'initialement toutes les souches étaient sensibles à l'ampicilline, on note actuellement une
augmentation considérable de la résistance à cet antibiotique, par production d’une bêta-lactamase (30 à
40%). Les céphalosporines de 3me génération conservent leur activité.

Streptococcus mutans :Ecologie - Pathogénie


S.mutans appartient à la flore buccale commensale chez plus de 90% des personnes dans les pays
occidentaux. Il est impliqué dans la genèse de la carie dentaire.
A partir du saccharose présent en bouche, provenant de l'alimentation, S.mutans synthétise du glucane qui
est un polysaccharide de haut poids moléculaire, et forme ainsi une matrice épaisse à la surface de la dent,
où sont emprisonnées les bactéries (plaque dentaire). Celles-ci utilisent pour leur métabolisme les sucres
alimentaires, produisant de l'acide lactique qui décalcifie localement la dent. Les enzymes bactériennes
protéolytiques achèvent de provoquer une cavité dans l'émail, la carie. S.mutans est également une cause
fréquente d'endocardite.
Facteurs de virulence
La démonstration des facteurs de virulence de S.mutans a été obtenue principalement en comparant la
virulence (“cariogénicité”) de mutants défectifs pour certains gènes par rapport aux souches types. Les
cinq principaux mécanismes de virulence impliqués dans la carie sont les suivants :
1. Synthèse de glucanes insolubles
La synthèse à partir de saccharose de glucanes insolubles riches en branchements α-1-3 est essentiel pour
la virulence. Les mutants défectifs perdent l’aspect rugueux des colonies sur milieu au saccharose , ne
produisent pas de polysaccharides à leur surface, ne produisent pas de plaque dentaire chez l’animal
nourri au saccharose et n’induisent pas de carie.
2. Synthèse de polysaccharides intracellulaires
Les mutants défectifs peuvent s’accumuler à la surface de la dent en présence de saccharose et persister
dans l’éco-système, mais ils n’induisent pas de carie. La raison principale est que ces polysaccharides
intracellulaires fournissent à la bactérie un substrat qui lui permet de maintenir une production d’acides
pendant les périodes où il n’y a pas d’apport de sucres extérieurs ( entre les repas et pendant le sommeil).
3. Tolérance à l’acidité
Cette tolérance est indispensable pour la survie de la bactérie et sa croissance à pH bas

4. Production d’acide lactique


Cette production est indispensable à la cariogénicité, du moins pour les caries des couronnes. Les mutants
déficients en lactate déshydrogénase perdent leur pouvoir cariogène. L’acide lactique est d’évidence
l’agent le plus puissant de la déminéralisation.
5. Production d’endodextranases
Cette production permet apparemment au S.mutans d’envahir l’éco-système formé à la surface de la dent
par les souches productrices de glucanes extracellulaires riches en liaisons α-1-6, hydro-solubles (les
autres streptocoques S.sanguis et S.mitis)
Prévention
Les brossages dentaires réguliers (après chaque repas !) et l'abstention de sucres entre les repas
constituent la meilleure prévention. Le fluor est un élément de prévention important.

CHAPITRE VIII : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus respiratoire inférieur
Généralités
Le tractus respiratoire inférieur comprend la trachée, les bronches et les poumons. Les microorganismes
peuvent y accéder par voie aérienne, par voie hématogène ou, plus exceptionnellement, par accès direct
dans la cavité thoracique. L'accès par voie aérienne se fait par inhalation de gouttelettes d'aérosol ou de
poussières, ou par aspiration de liquide à partir du naso-pharynx.
La contamination peut être d'origine exogène : personne malade, porteur ou environnement. Très souvent
cependant, elle est d'origine endogène : le portage asymptomatique de pneumocoques au niveau pharyngé
est très fréquent, surtout durant les mois d'hiver, de même que celui de Staphylococcus aureus,
H.influenzae et du streptocoque du groupe A.
Les mécanismes de défense de l'hôte
L'arbre respiratoire humain dispose d'éléments mécaniques lui permettant de se défendre contre l'infection
: le réflexe épiglottique ainsi que le réflexe de la toux; le mucus bronchique; le mouvement des cellules
épithéliales ciliées de la trachée. Au niveau alvéolaire, les macrophages exercent une action phagocytaire
intense et le drainage lymphatique assure l'élimination des microorganismes phagocytés.

Les facteurs susceptibles de fragiliser ces mécanismes de défense sont divers : pollution atmosphérique,
irritants tels que la cigarette, les vapeurs toxiques, le froid. Beaucoup de pathologies pulmonaires
prédisposent aux infections : la bronchite chronique, la mucoviscidose...
Etiologies
L'infection de l'arbre respiratoire inférieur peut impliquer la trachée (trachéite), les bronches (bronchite,
bronchiolite) ou les poumons (pneumonie, abcès).
La bronchiolite est diagnostiquée chez les enfants de moins de deux ans et est due le plus souvent à un
virus (virus respiratoire syncitial). Le pronostic est sévère.
Les bronchites et trachéo-bronchites aiguës sont des infections de l’épithélium respiratoire cilié qui
tapisse l’arbre bronchique, caractérisées par une inflammation aiguë avec oedème diffus et hypersécrétion
bronchique. Cela se traduit cliniquement par une toux ramenant souvent des crachats mucopurulents, avec
dyspnée modérée et fièvre inconstante. La plupart des bronchites aiguës sont d’origine virale.
Les bronchites chroniques sont caractérisées histologiquement par des lésions graves de l’épithélium
bronchique, induites par l’inhalation de substances toxiques (fumée de cigarettes, poussières et gaz
toxiques dans les environnements pollués) ou par des infections itératives. Cette inflammation chronique
entraîne une toux incessante ramenant, surtout le matin, une expectoration mucopurulente. A cela s’ajoute
un état d’insuffisance respiratoire chronique exacerbé par des épisodes aigus souvent déclenchés par des
surinfections. Les germes les plus fréquemment isolés sont ceux de la flore commensale des voies
aériennes supérieures, tels que H. influenzae (souches non capsulées) ou S. pneumoniae.
Les pneumonies aiguës sont des infections du parenchyme pulmonaire habituellement localisées à un
segment ou à un lobe pulmonaire. Les bactéries gagnent les alvéoles pulmonaires à la suite d’une
inhalation d’aérosols contaminés ou d’une aspiration des sécrétions des voies aériennes supérieures
contenant une flore commensale abondante.
De nombreux facteurs favorisent l’apparition des pneumonies. Tout d’abord, les altérations de la
conscience (coma, anesthésie, intoxication alcoolique ou opiacée...) atténuent ou abolissent la toux et le
réflexe épiglottique, permettant l’aspiration de la flore commensale dans les bronches. De plus
l’exposition au froid peut aussi diminuer le réflexe épiglottique. La fumée de cigarettes, l’inhalation de
poussières toxiques ou encore une infection virale diminuent la capacité d’élimination des germes par
l’arbre bronchique en lésant l’épithélium respiratoire cilié.
De même, toute obstruction bronchique (tumeurs, corps étrangers) peut favoriser l’apparition
d’infections pulmonaires. Enfin, on connaît la fréquence et la gravité des pneumonies chez les
immunodéprimés (leucémies en aplasie...), chez qui l’activité bactéricide des macrophages alvéolaires
peut être abolie ou fortement diminuée. La plupart du temps, les pneumonies aiguës spontanées chez des
personnes en bon état général sont dues au pneumocoque (50-90 % des cas), plus rarement à H.influenzae
(2 -18 % des cas) à Moraxella catarrhalis ou S.aureus (2-10 %).
Chez le vieillard, ces pneumonies spontanées peuvent prendre un tour dramatique et entraîner encore
aujourd’hui une mortalité importante malgré l’antibiothérapie. Les pneumonies du vieillard sont souvent
la conséquence d’une surinfection bactérienne au cours d’une infection virale (grippe). En dehors du
pneumocoque, les germes en cause sont le plus souvent H.influenzae, Klebsiella pneumoniae,
Enterobacter aerogenes et S. aureus
Les pneumonies par aspiration chez les sujets présentant des troubles de la conscience sont souvent de
diagnostic difficile, parfois uniquement décelées par l’examen radiologique. L’aspiration massive des
bactéries de la flore commensale des voies respiratoires supérieures, parfois associée à la régurgitation de
liquide gastrique irritant, concourt à déclencher des pneumonies souvent nécrosantes avec tendance à
l’abcédation. Les germes en cause sont surtout des bactéries anaérobies (45-60 % des cas).
Les pneumonies nosocomiales se voient chez les sujets immunodéprimés, hospitalisés notamment pour
cancers, leucémies, transplantations d’organe, comas... Dans près de 60% des cas, ce sont des bactéries à
Gram négatif qui sont la cause de ces pneumonies : K.pneumoniae, E.coli, Serratia, Enterobacter sp,
P.aeruginosa. Plus rarement il s’agit de Legionella ou d’autres bactéries (S.aureus).
Streptococcus pneumoniae
Les pneumocoques provoquent des infections très sévères à tout âge, mais avec une extrême gravité
jusqu'à deux ans et après soixante ans.
Les infections pneumococciques constituent un important problème de santé publique.
Propriétés bactériologiques
Ce sont des diplocoques (association par deux) Gram positif de forme typique "lancéolée". Ils sont
entourés d'une capsule polysaccharidique. Ils ne produisent pas de toxine. Le pouvoir pathogène est
typiquement invasif.
La capsule est un élément capital de la virulence car elle rend le germe résistant à la phagocytose. Les
souches avirulentes (souches "rough") sont dépourvues de capsule.
Certains sérotypes capsulaires sont plus impliqués que d'autres dans les pneumonies. Le sérotype 3
produit une très grosse capsule et est considéré comme le plus invasif.
Ecologie, pathogénie
Les pneumocoques peuvent être commensaux dans les voies respiratoires supérieures. Ils sont présents
chez 20 à 70 % des adultes. Ils provoquent une infection lorsque les mécanismes de défense de l'hôte sont
fragilisés. Ce sont des parasites extracellulaires qui sont rapidement tués lorsqu'ils sont ingérés par les
neutrophiles ou les macrophages.

Ils provoquent :
• des pneumonies lobaires, des broncho-pneumonies chez les enfants et les vieillards e.a. après infections
virales (grippe), ou des pleurésies; 75% des pneumonies bactériennes acquises en dehors de l'hôpital sont
provoquées par S.pneumoniae; la mortalité est de 5-10% mais les chiffres montent à 25% en cas de
bactériémie associée, et à près de 50% chez les patients de plus de 50 ans ayant une maladie sous-jacente;
la pneumonie est typique par son début soudain et brutal ("coup de tonnerre dans un ciel serein") marquée
par un "frisson solemnel", avec fièvre importante, expectorations purulentes et sanglantes et douleurs
thoraciques;
• des méningites; c'est l'un des trois agents principaux; il s'agit de la première cause chez l'adulte.
L'infection se fait par voie hématogène dans le décours d'une pneumonie ou d'une bactériémie, ou par
contamination de proximité dans des cas de sinusite...
• des bactériémies qui sont fréquentes dans le décours des méningites comme des pneumonies et sont
associées à une forte mortalité; on peut les rencontrer de façon primaire chez l'enfant de moins de deux
ans sans foyer infectieux localisé;
• des sinusites, otites et mastoïdites;
• des arthrites, endocardites et péritonites peuvent aussi se voir.
Diagnostic
• l'examen direct microscopique du LCR, du pus ou de sécrétions pulmonaires permet de visualiser les
diplocoques gram positif encapsulés; la recherche directe de l'antigène capsulaire libre par une technique
d'anticorps fixés sur latex, peut accélérer le diagnostic;
• la culture et, en particulier, l'hémoculture sont performantes, cette dernière en particulier en cas de
pneumonie.
Prophylaxie/ Antibiotiques
Les pneumocoques sont très sensibles à la pénicilline qui est l'antibiotique de choix. Le mécanisme de
résistance est une modification de l’affinité pour la pénicilline des P.L.P. (protéines liant les pénicillines).
Le support génétique de cette résistance est chromosomique et non plasmidique. On comptait en 2001 que
15% des souches belges étaient résistantes. Les résistances aux macrolides et aux tétracyclines sont
devenues importantes (30 - 40 %)

Les mycobactéries
Les bactéries du genre Mycobacterium appartiennent à la famille des Mycobacteriaceae. Elles sont
caractérisées par leur aptitude à conserver la coloration malgré l'action combinée de l'alcool et des acides
dilués : elles sont dites acido-alcoolo-résistantes. Leur paroi est très mince mais comprend une proportion
inhabituelle de lipides : plus de 60% du poids sec de la bactérie alors qu'on en retrouve à peine 3% chez
les bactéries à Gram négatif et 0,5% chez les Gram positif. Beaucoup de ces lipides sont des molécules de
haut poids moléculaire comme l'acide mycolique. Cette gaine cireuse, fortement hydrophobe entraîne
certaines propriétés particulières:
acido-alcoolo-résistance à la décoloration
• résistance aux antiseptiques hydrosolubles
• résistance à la dessiccation et au froid
• résistance aux enzymes des phagocytes (peu de lipases dans les lysosomes)
• échanges nutritifs ralentis, d'où allongement du temps de génération et des infections plus lentes et
chroniques
• formation de follicules granulomateux, reproductibles expérimentalement par injection d'extraits
lipidiques
• hypersensibilité retardée vis-à-vis des protéines des mycobactéries. Elle ne peut être induite qu'en
présence des complexes lipidiques.
Ce sont des aérobies strictes.
Leur multiplication est beaucoup plus lente que celle des autres bactéries : le temps de doublement de
Mycobacterium tuberculosis est de 15 à 18 heures, celui de M.leprae de 12 jours, comparés aux 15
minutes d'Escherichia coli.
Plusieurs dizaines d'espèces sont maintenant identifiées.
D'un point de vue médical, les mycobactéries peuvent être rangées en trois grandes catégories :
1. Les mycobactéries responsables de la tuberculose des mammifères: M.tuberculosis, M.africanum,
M.bovis, et M.microti. Le BCG (voir vaccin) est une variété avirulente de M.bovis.
2. Les mycobactéries qui ne provoquent pas la tuberculose mais qui sont cultivables in vitro et qu'on
désigne le plus souvent par l'appellation "mycobactéries atypiques". Elles se comportent comme des
bactéries opportunistes et sont actuellement beaucoup plus souvent impliquées en pathologie humaine,
notamment chez les sidéens. Les espèces M.avium et M.intracellulare sont les plus fréquentes.
3. Les mycobactéries responsables de la lèpre de l'homme (M.leprae) et de la lèpre du rat
(M.lepraemurium). Ces deux espèces ne sont pas (ou très difficilement) cultivables in vitro.
Les mycobactéries ne produisent pas de toxines ni d'enzymes. Elles tiennent principalement leur virulence
de leur capacité à résister à l'ingestion par les macrophages et à se multiplier à l'intérieur des cellules.
Quoique la coloration de Gram soit peu appropriée pour les colorer, les mycobactéries doivent être
rangées parmi les bactéries à Gram positif. Elles se colorent notamment par la méthode de Ziehl qui est
basée sur leur acido-résistance.
Mycobacterium tuberculosis ou bacille de Koch (BK)
La tuberculose est une maladie chronique provoquée par Mycobacterium tuberculosis, qui touche
principalement le poumon mais qui peut atteindre d'autres organes. Elle est en régression grâce à l’action
conjuguée de l'amélioration de l'hygiène, de l'amélioration du diagnostic et de la prévention, du vaccin et
de l'antibiothérapie. Depuis 1987 malheureusement, nous assistons à une recrudescence inquiétante. Elle
est liée à plusieurs facteurs :
• l'augmentation du nombre de personnes à risque parce qu'immunodéprimées (SIDA...)
• l'émergence de souches résistantes
• la paupérisation qui dégrade les conditions de vie (dortoirs publics...)
• l’augmentation des transhumances
Ecologie. Pathogénie.
Le bacille de la tuberculose (Bacille de Koch ou B.K.) est présent dans les lésions tuberculeuses en
position intra- et extracellulaire. Grâce à sa résistance à la dessiccation, il peut persister longtemps dans
les poussières (expectorations desséchées). Le bacille peut persister durant des années dans des lésions
fibreuses ou calcifiées de malades guéris ou ayant résisté à la maladie; toutefois on ne parle pas de
"porteurs de germes", la bactérie n'ayant pas de porte de sortie dans ce cas.
Primo-infection
La pénétration du germe se fait dans la grande majorité des cas au niveau du poumon, par l'inhalation de
particules chargées de microbes, suffisamment petites (moins de 5 μ) pour atteindre les alvéoles. Cette
primo-infection peut évoluer de différentes manières :
• stade exsudatif avec nombreux bacilles et polynucléaires suivi de guérison;
• stade de la prolifération avec formation de tubercules et guérison par fibrose et calcification (peu de
germes);
• confluence et extension des tubercules qui se caséifient et forment une caverne; si celle-ci entre en
communication avec une bronche, l'oxygénation favorise la croissance du B.K. qui prolifère; la lésion
devient pluri-bacillaire et le bacille est excrété avec les expectorations; le malade devient contagieux.

Dans tous les cas le bacille migre vers les ganglions du hile pulmonaire et, dans les cas favorables, y est
arrêté et s'enferme dans les lésions calcifiées.
La primo-infection évolue donc généralement vers la guérison et la persistance des bacilles dans les
lésions entraîne un état d'immunité relative (= prémunition) qui protège contre de nouveaux contages. Cet
état se traduit par un virage des tests tuberculiniques.

CHAPITRE IX : Les microorganismes impliqués dans les infections du tractus génital

Généralités
Les infections du tractus génital peuvent impliquer la prostate, l'épididyme, le pénis, l'uretère, la vulve, le
vagin, le col, l'utérus, les trompes de Fallope et les ovaires. Majoritairement il s'agit de maladies
sexuellement transmises (MST) et les microorganismes impliqués sont des bactéries, des virus, des
levures ou des parasites. Les agents des MST sont des pathogènes dont le réservoir est la personne
infectée. Les MST ne restent pas toujours limitées exclusivement aux organes génitaux (rectite,
pharyngite gonococciques...). Certaines peuvent donner aussi des atteintes multi-systémiques (VIH,
syphilis).
Les manifestations des MST sont très variables : elles sont résumées et mises en rapport avec les
différents agents étiologiques dans le tableau suivant.
N.B : Les infections génitales peuvent n’être pas sexuellement transmises, comme la vaginite à Candida
albicans ou la vaginite aspécifique.
Neisseria gonorrhoeae
La famille des Neisseriaceae comprend deux espèces pathogènes: N.meningitidis responsable de
méningites, N.gonorrhoeae ainsi que des espèces commensales. Ce sont des cocci Gram négatif qui ont la
particularité morphologique de s'associer toujours par deux (diplocoques) pour former des images
facilement reconnaissables dites en "grain de café". L'observation de ces images extra- ou intra-cellulaires
(dans les polymorphonucléaires neutrophiles) permet le diagnostic direct aussi bien de la méningite à
méningocoque que de l'uréthrite gonococcique.
Pathogénie, épidémiologie
N.gonorrhoeae ou gonocoque est l'agent d'une des plus répandues parmi les MST. Il est strictement
humain et cause la blennorragie ou gonorrhée. Chez l'homme le gonocoque provoque une urétrite
antérieure aiguë avec écoulement purulent, après 3 à 5 jours d'incubation. Sans traitement, l'infection a
tendance aux rechutes et à la chronicité avec localisations profondes : épididymites, prostatites.
Chez la femme, la localisation première est surtout le col utérin (cervicite) mais l'affection est moins
apparente, l’urétrite est inconstante, et de nombreuses femmes peuvent être porteuses asymptomatiques.
Ici aussi l'infection peut progresser et se compliquer de salpingite, cause fréquente de stérilité, ou
d'endométrite et péritonite.
Des rectites ou pharyngites sont diagnostiquées plus occasionnellement.
Dans 1% des cas environ, une arthrite purulente peut compliquer la gonorrhée dans les 2 sexes.
Il existe des localisations non génitales dont la plus importante est l'ophtalmie des nouveau-nés acquise
par contact de l'enfant avec les voies génitales de la mère au moment de l'accouchement. Les métastases
sous-cutanées sont une autre localisation.
Caractères bactériologiques et virulence
La morphologie est la même que celle de N.meningitidis mais le gonocoque est encore plus exigeant et ne
pousse que sur milieu enrichi en sang et dans une atmosphère contenant du CO2.
Les constituants superficiels (pili et protéine P2 constitutive de la membrane externe) jouent un rôle
capital dans l'adhérence et la pénétration dans les cellules épithéliales de l’hôte. Par ailleurs, le
lipopolysaccharide bactérien exerce des effets toxiques sur les cellules ciliées de la muqueuse génitale.
Enfin, les gonocoques excrètent aussi des IgA protéases.
Les souches infectantes ont la possibilité d’échapper au système immunitaire de l’hôte en variant la
structure antigénique de leurs déterminants de résistance (pili et protéine P2). Ainsi, elles peuvent
persister dans les tissus en dépit de la mise en oeuvre d’une réponse immunitaire de l’hôte. Ceci est bien
sûr un obstacle majeur à l’élaboration d’un vaccin et explique les récidives chez un même sujet.
Diagnostic
L'examen direct de l'écoulement urétral purulent montre des diplocoques en "grains de café" dans les
leucocytes. Cette image pathogonococcique est pratiquement toujours présente dans les formes aiguës
masculines. Dans les formes chroniques et chez la femme l'examen direct n'est pas souvent concluant et la
culture est nécessaire. Dans ce cas, le prélèvement devra être ensemencé tout de suite ou déposé dans un
milieu de transport pour assurer la survie du gonocoque.
Le sérodiagnostic est peu utilisé et se fait uniquement pour les localisations profondes.

Prophylaxie. Antibiotiques
La prévention est basée sur le dépistage et le traitement des malades et de leur(s) partenaire(s). La
maladie doit être déclarée de manière anonyme au Ministère de la Santé Publique qui prend à sa charge
les frais de traitement, sur base d'une prescription présentée au médecin inspecteur d'hygiène.
Les fluoroquinolones sont actuellement utilisées en premier choix.
La spectinomycine en une injection IM unique reste possible.
Les pénicillines sont très actives mais sont déconseillées pour éviter de masquer une syphilis contractée
simultanément. L'incidence de souches résistantes par production de ß-lactamase atteint près de 10%.
L'ophtalmie du nouveau-né doit être prévenue par l'instillation, au moment de la naissance, d'un collyre
au nitrate d'argent à 1%, ou par instillation de pénicilline. Ce geste est obligatoire en Belgique.
Treponema
Les membres de l'ordre des Spirochaetales sont regroupés en cinq genres dont trois sont importants en
médecine humaine : Treponema, Borrelia et Leptospira.
Ils se caractérisent morphologiquement par une disposition hélicoïdale.
Le genre Treponema comprend T.pallidum responsable de la syphilis, T.pertenue agent du pian et, aussi,
plusieurs espèces commensales dont des tréponèmes buccaux.
Le genre Borrelia comprend B.burgdorferi responsable de la maladie de Lyme et B.recurrentis spirochète
de la fièvre récurrente.
Le genre Leptospira comprend les agents des leptospiroses.
Treponema pallidum - Syphilis
Ecologie et épidémiologie
La transmission se fait exclusivement par contact sexuel. L'incubation est de trois semaines à un mois. En
absence de traitement, la syphilis a la particularité d'évoluer en quatre stades successifs. Beaucoup de
patients peuvent ne pas évoluer vers le troisième stade; cependant des périodes de latence allant de 3 à 30
ans peuvent exister entre une syphilis secondaire et tertiaire.
Les caractéristiques des différents stades sont les suivantes :
1.Syphilis primaire
Chancre induré, situé au niveau des organes génitaux, avec adénopathie locale peu ou pas du tout
douloureuse, survenant trois à six semaines après le contage. Ce chancre se présente sous la forme d'une
ulcération ronde ou ovale à contours réguliers, dont la base est indurée et la surface lisse, vernissée et
rouge recouverte d'un enduit riche en tréponèmes. Il est indolore et non inflammatoire. Une adénopathie
de voisinage se développe 3 à 5 jours après l’apparition de la lésion. Le chancre perdure 3 semaines à un
mois.
2. Syphilis secondaire
3 à 10 semaines après le chancre, généralisation du tréponème par voie sanguine. Cette période
secondaire est caractérisée par des éruptions cutanées et muqueuses (roséole, leucoplasies).
Elle dure 5 à 8 semaines et guérit spontanément.
Les deux premiers stades présentent une contagiosité très forte.
3. Syphilis tertiaire
Après une période de latence assez longue (parfois des années) où la contagiosité est quasi nulle, des
lésions généralisées, profondes, vasculaires et viscérales, apparaissent : abcès, gommes syphilitiques,
anévrysme de l'aorte, .
4. Syphilis quaternaire (tardive)
Localisation nerveuse (paralysie générale - tabès) toujours fatale.
Diagnostic
T.pallidum n'est pas visible à l'examen ordinaire. L'examen microscopique sur fond noir ou après
coloration aux sels d'argent est possible à partir de la sérosité du chancre, mais est difficile. Ce tréponème
présente 7 à 12 spires. Il se déplace par mouvements hélicoïdaux. On n'est jamais parvenu à le cultiver.
Le diagnostic est surtout sérologique. Les réactions sérologiques ne deviennent positives que 10 jours à 3
semaines après l'apparition du chancre.
Immunité
C'est une maladie à prémunition (immunité d'infection). En effet le syphilitique en cours d'évolution ou
entre deux périodes (latence) résiste à toute surinfection. Il n'apparaît aucun autre chancre si ce n'est
quand le syphilitique est guéri. "La meilleure façon de voir si la syphilis est guérie est d'en attraper une
autre".
Traitement
Une syphilis primo-secondaire récente est normalement guérie par une seule injection de benzathine-
pénicilline, 2.400.000 U. La doxycycline et la ceftriaxone sont également actives.
Le traitement de la syphilis à la pénicilline peut engendrer un choc fébrile par réaction d'Herxheimer
surtout dans la syphilis tertiaire et dans la syphilis héréditaire (même in utero à partir du 6e mois -
l'embryon n'étant contaminé que vers le 5e mois).
Chlamydia
On reconnaît trois espèces de chlamydia en pathologie humaine :
Chlamydia psittaci et C.pneumoniae sont responsables de pathologies pulmonaires
C.trachomatis responsable d'une infection oculaire appelée le trachome et d'infections génitales.
Chlamydia trachomatis
Il existe dix-huit sérotypes de C.trachomatis. Les sérotypes A, B, et C sont responsables du trachome qui
est une infection oculaire, transmise d’oeil à oeil, très fréquente dans les régions tropicales sèches et
poussiéreuses. La lésion type est une kérato-conjonctivite granulomateuse, associée à un taux important
de cécité. On estime à 400 millions le nombre de patients atteints de par le monde, dont plus de six
millions sont aveugles.
Les sérotypes L1, L2 et L3 sont responsables d'une MST particulière, fréquente dans les régions
tropicales la lymphogranulomatose vénérienne ou maladie de Nicolas et Favre. Ces souches envahissent
les tissus lymphoïdes à partir d'une lésion primaire ulcérative au niveau du site d'inoculation. La
dissémination dans le foie, les poumons, le SNC est possible.
Les sérotypes D à K sont responsables d'une MST très fréquente et cosmopolite. C'est la principale cause
de MST aux USA.
Pathogénie, épidémiologie
C.trachomatis pénètre au niveau d'abrasions même minimes des muqueuses. Le 'corps élémentaire' se fixe
au niveau de récepteurs cellulaires spécifiques et parvient au niveau intracellulaire par endocytose. La
fusion avec les lysosomes est inhibée par un mécanisme encore inconnu et le 'corps réticulé' se forme à
partir du corps élémentaire. Commence alors son cycle de multiplication intracellulaire. Les vacuoles
phagosomiales grossissent sous l'effet de la multiplication. Des 'corps élémentaires' sont reformés et
libérés pour envahir d'autres cellules de proche en proche.
Les symptômes apparaissent après une incubation de 2 à 3 semaines. Ils s'apparentent à ceux de la
gonococcie quoi qu'ayant un décours moins aigu : uréthrite antérieure avec écoulement purulent et
dysurie chez l'homme; plus rarement rectite ou épididymite; uréthrite aiguë également mais surtout
cervicite mucopurulente chez la femme; le taux de salpingites consécutives est estimé à huit pour cent,
avec risque de stérilité.
Une des principales pathologies associée est la conjonctivite à inclusions, qui est une conjonctivite
folliculaire ne menant pas à la cécité comme le trachome. Celle-ci peut survenir chez le malade par
transmission directe aux conjonctives, par les doigts,. Plus fréquemment c'est le nouveau-né qui est
contaminé à la naissance.
Diagnostic
Le caractère intracellulaire des Chlamydia impose de recueillir des prélèvements riches en cellules
épithéliales par grattage des muqueuses. L’isolement nécessite des cultures cellulaires. Les inclusions
sont recherchées après 48 à 72 heures d’incubation soit par immunofluorescence
La sérologie est peu utile en phase aiguë.
Traitement
Les tétracyclines et les macrolides sont les premiers choix thérapeutiques. Certaines fluoroquinolones
sont de plus en plus souvent utilisées. Les ß-lactamines sont totalement inactives.
Trichomonas vaginalis
T.vaginalis est un parasite de la famille des flagellates qui provoque chez la femme une vaginite aiguë
avec écoulement vaginal important et malodorant. Il se transmet par voie sexuelle mais l'homme reste le
plus souvent asymptomatique (rare uréthrite).
Le diagnostic se fait par examen microscopique.
Le traitement de choix est le métronidazole.
Gardnerella vaginalis
G.vaginalis est un petit bacille à Gram variable qui se retrouve chez la femme souffrant de symptômes de
vaginite dite 'aspécifique' caractérisée par des décharges malodorantes et de l'irritation. Le pH vaginal est
augmenté et l'examen microscopique montre des images caractéristiques de 'cellules cloutées' où l'on
aperçoit les cellules de la muqueuse vaginale tapissées de ces bactéries. Il n'y a pas de globules blancs et
les lactobacilles ont disparu. La flore anaérobie est riche (Bacteroïdes et Mobiluncus).
La transmission n'est pas nécessairement sexuelle. Le traitement est le métronidazole ou un autre
imidazolé. Il faut traiter les partenaires sexuels.
Candida albicans
C.albicans est un champignon microscopique, appartenant souvent à la flore commensale du vagin. La
suppression de la flore des lactobacilles, souvent après une antibiothérapie, peut provoquer la pullulation
des Candida qui entraîne une vaginite avec irritation et décharge vaginale malodorante.
Le diagnostic se fait par examen direct ou par culture. Le traitement est local et à base d'antifongiques.
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4ème partie LA MYCOLOGIE

Introduction
La mycologie est l’étude des champignons et des maladies qu’ils provoquent appelées mycoses.
Les champignons sont des parasites des végétaux ou phytoparasites. Ils appartiennent à l’embranchement
des thallophytes dont ils constituent une classe à côté de celle des algues et des lichens.
Comparés aux autres végétaux, ils n’ont ni vaisseaux ligneux, ni racines, ni feuilles, ni fleurs. Les
champignons sont dépourvus de chlorophylles et sont par conséquent, incapables de synthèse et de
chimiosynthèse. Ils sont donc hétérotrophes et obligés de vivre aux dépens de matières organiques mortes
ou vivantes.

Classification des champignons


- La classe des ascomycètes caractérisée par la formation d’ascospore enfermées dans les asques
qui sont enveloppées ou non dans un péricèthe. Cette classe comprend :
 La famille des Gymnoascées caractérisées par des péricèthes ayant l’aspect de filament lâches.
Elles comprend les genres :
 Epidermaphyton
 Trichophyton
 Microsporon
Ce sont des dermatophytes responsables de dermatophytoses
 La famille des saccharomycétacées ou des levures dont les asques sont nues. Ils se reproduisent
aussi par voie asexuée en formant des blastospores. Les espèces d’intérêt médical appartenant à
cette famille sont :
 Candida albicans
 Pityrospora orbiculare ou Malassezia furfur
 Cyptococcus neoformans
 Les familles des Aspergillacées caractérisée par un péricèthe globuleux et clos. Seul le genre
Aspergillus présente un intérêt médical avec les espèces :
 Aspergillus fumigatus
 Aspergillus flavus
 Aspergillus niger
- La classe des actinomycètes dont une seule famille est intéressante à savoir la famille des
Actinomycétacées qui comprend les espèces :
 Actinomyces israeli
 Actinomyces ericksoni
 Nocardia asteroides
 Nocardia minitussima
 Nocardia brizilensis
- La classe des phycomycètes dont les genres sont :
 Mucor
 Absidia
 Rhizopus
- La classe des Adelomycètes ou des Fongi Imperfecti. On a 3 genres :

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 Histoplasma
 Sporotrichum
 Geotricum
Parmi les 100 000 champignons connus à travers le monde, une centaine seulement est pathogène pour
l’homme à savoir 50 agents de mycoses superficielles, 25 agents de mycoses viscérales et 25 agents de
mycoses sous-cutanées et osseuses.
Le nom de la maladie découle :
- Soit du nom de la partie du corps atteinte. Ex : dermatomycose
- Soit du nom du champignon responsable. Ex : candidose, aspergillose
- Soit du nom particulier. Ex : mycétomes, favus et mugeut
Les champignons vivent soit dans le corps à l’état de spore et deviennent pathogènes lors d’un
affaiblissement de résistance de l’hôte. Ils sont qualifiés d’andogène comme candida albicans, soit dans le
milieu extérieur et ils sont qualifiés d’exogènes comme Histoplasma capsilatum du boisie
La transmission des mycoses se fait par contact cutané (ex : candidose ) et par voie intra-veineuse ( ex :
candidose)

Répartition géographique
Certaines mycoses sont cosmopolites et d’autres sont localisées. Tous les âges peuvent être atteints. Mais
certaines périodes de la vie sont favorisantes :muguet chez les nourrissons et les vieillards, les teignes
chez les enfants et les adolescents.
Ex :les onychomycoses à candida des adultes : le cou et la tête sont touchés par 5,5% des champignons,
les membres sup. par 24%, les membres inférieurs par 11%, le pied par 40% et le tronc par 19%.

Physiopathologie
La physiopathologie des champignons est expliquée par une conjonction de plusieurs facteurs :
- Les dermatophytes digèrent les protéines de la couche cornée des téguments, détruisant la
structure du cheveu ou du poil pour les champignons du cuir cheveu lu.
- La compression du parenchyme pulmonaire par l’aspergillome
- Action toxique pour l’alfatoxine libérée par Aspergillus flavus responsable l’alfatoxicose.
- Action immunologique caractérisée par des réactions cutanées.

Allergiques et hypersensibilité de type retardée aboutissant à la nécrose dans le cas de l’histoplasmose.


- Action inflammatoire de Cryptococcose neoformans qui provoque en même temps une réaction
granulomateuse à corps étrangers.

Les champignons sont aérobies, d’où l’importance de ne jamais visser à fond le bouchon des
tubes de culture. Il vivent entre 0 et 5°c mais la zone de 25 à 30°c est la plus favorable. Ils
supportent des PH très acides et une humidité comprise entre 75 et 95%. Ils assimilent le soufre,
l’Azote, le carbone à partir des sucres.

Le début d’une mycose peut passer inaperçu et les signes généraux sont peut marqués. L’évolution est
généralement longue. Il n’y a pas d’éosinophilie comme dans les helminthoses sauf lorsqu’il y a une
allergie associée. Des manifestations cutanées ou respiratoires peuvent secondairement exister.
L’immunité acquise est exceptionnelle et la recontamination est possible.

Le diagnostic est basée sur la mise en évidence du champignon dans les lésions, sur l’isolément
du champignon par les cultures ou après passage sur un animal expérimentalement infesté. Il est aussi
basé sur l’identification du champignon et les réactions immundogiques de l’hôte dans les mycoses
profondes. Pour cela, il faut faire des prélèvements de bonne qualité ;les squames, les cheveux et les poils,

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les ongles, le pus et le liquide pathologique, les tissus et organes obtenus par biopsie, les expectorations,
les selles et le sang.
Le diagnostic mycosique commence par un examen direct du prélèvement qui permet la présence
ou nom du champignons. On passe ensuite à la mise en culture sur milieu de SABOURAUD en vue
d’isoler et d’identifier l’espèce du champignon .
Le diagnostic immunologique donne aussi de bons résultants pour certaines mycoses.

Le mode de reproduction des champignons


Les champignons se reproduisent par des spores mais toutes les spores n’ont pas la même signification
sur le plan biologique en particulier sous l’aspect chromosomial. Il existe 2 types fondamentaux de
spores :
1. Les spores vraies ou méiotiques résultat d’une reproduction sexuée à la suite d’une méiose qui
n’ont que n chromosomes. Elles vont donner par division un thalle haploïde qui lui-même
produira des gamètes destinées à former par leurs fusions un œuf ou zygote à 2 n chromosomes.
Les zygomycètes peuvent avoir une reproduction sexuée et les zygotes se forment alors par
fusion des extrémités des filaments. Les basidiomycètes possèdent des spores externes produites
par des cellules en forme de massue appelées basides (ex : Cryptococcus, neoformans)
Les Ascomycètes forment des spores sexuées à l’intérieur d’un asque.
2. Les spores imparfaites ou directes qui sont le résultat d’une mitose directe sans réduction
chromozomiale. Elles assurent la reproduction asexuée des champignons et s’unissent pour
former des zygotes. Ex : les zygotes provenant d’une désarticulation du mycélium. Ce sont des
Arthrospores. C’est le cas de Geotricum candidium.

3. Les blastopores provenant d’un bourgeonnement des levures :


 Histoplasma capsulatum
 Cryptococcus
4. Les chlamydospores provenant d’un renforcement de la membrane
5. Les conidiospores qui proviennent d’un bourgeonnement à partir d’un filament. Ils peuvent avoir
une autre disposition.

I. LES MICOSES SUPERFICIELLES DE LA PEAU , DES PHANERES ET DES


MUQUEUSES

A. Les dermatophytoses
Ce sont des affections provoquées par les champignons kératinophytes qui n’attaquent que la couche
cornée de l’épiderme.

1. La peau glabre
Chez l’enfant et l’adulte, on observe des lésions ou polycycliques à développement concentrique,
héritemateuse à la périphérie et rose pâle au centre dans n’importe quelle zone de la peau. C’est ce qu’on
appelle Herpes circiné. On peut aussi observer des lésions inflammatoires au niveau du cuir chevelu et de
menton qui se caractérise par des plaques érythémato-squameuses biens limités après alopécie. C’est le
Kérion.
Le prélèvement de squames à la périphérie du Kérion avec un vaccinostyle et l’ensemencement sur le
milieu de SABOURAUD en 10 à 20 j permet d’isoler et d’identifier trichophyton lubrum, trichophytom
mentagrophytes et microsporon canis.

2. Les plis
Les lésions érythémosquameuses à pourtour polycyclique sont observées au niveau du pli inguinal, du pli
fessier, du scrotum, du pénis, de l’aisselle, et de la partie supérieure de la cuisse.

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Chez la femme, elles peuvent se retrouver au niveau des plis mammaires. Il s’agit de l’eczéma
margiré de HEBRA.
Le prélèvement des squames en bordure des lésions et l’ensemencement sur milieu de
SABOURAUD en 10 à 20 jrs permet d’isoler T. interdigitale, Espidermaphyton floccosum.

3. Les mains et les pieds


Des lésions eczémateuses avec hyperkératose et vésicule au niveau des paumes de la main et de la
plante du pied.
Des lésions de desquamation des espaces interdigités et du 4 espace inter orteils puis les lésions
érythémateuses étendues au niveau du pied. Cette maladie s’appelle Athlet’s foot ou pied d’Athlète.
L’onyxis aux bords libres de l’ongle qui devient épais, craqueux et cassant sans périonyxis. Le
prélèvement par grattage avec un vaccinostyle et l’ensemencement sur milieu de SABOURAUD
permet d’isoler et d’identifier T.lubrum et T.interdigitale

4. Le cuir chevelu
Ce sont les teignes qui affectent surtout les enfants et qui guérissent surtout à la puberté.
- La teigne tondante trichophytique caractérisée par de petites et nombreuses plaques d’alopécie.
Les cheveux sont coupés très court sans gaine avec de nombreuse squames.
L’examen directe du prélèvement entre lame et lamelle dans la potasse à 4% ou du lactophénol
permet de mettre en évidence des spores endothrix caractéristiques de trichophyton surans,
trichophyton violaceum, tricophyton rosaceum et enfin tricophyton lubrum.
- La teigne tondante microsporique caractérisée par la présence de grandes et uniques plaques
d’alopécie. Les cheveux sont coupés à 3-4 cm avec une gaine visible et une présence de squames.
La lumière à la lampe de WOOD est positive.
L’examen direct du prélèvement montre des spores endotrix caractéristiques de Microspora canis.
- La teigne favique ou favus : elle est caractérisée par la présence d’alopécies étendues du cuir
chevelu avec de nombreux graters « godets favique » recouvert de croûtes jaunâtres. Les cheveux
sont rares, ce qui entraîne une alopécie définitive même après traitement.
L’examen à la lumière de WOOD est positif. L’examen direct des poiles permet de mettre en
évidence une présence de filaments mycéliens intrapilaire. Le prélèvement de chevaux et de
squames suivi de l’ensemencement sur milieu de SABOURAUD montre la présence de
trichophyton schoenleini

Au niveau du traitement de ces teignes, il faut d’abord couper les cheveux puis
application locale d’une pommade antifongique à base de Griséofulvine ou bien une pommade de
Daktarin ou Fazol ou Kétoderm.

B. Pityriasis versicolor
C’est une affection strictement cutanée, banale bénigne très fréquentes en zones tropicale. Chez
l’adolescent et l’adulte jeune. Elle est caractérisée par des lésions blanchâtres sur peau noire au
niveau du cou, du thorax, de l’abdomen et des racines des membres. Ce sont des tâches multiples bien
limitées, parfois confluentes, desquament légèrement et les lésions sont prurigineuses.
Le champignon est à la fois kératinophile et lipophile ; il secréterait des acides décalboxyliques
inhibant la tyrosinase, une enzyme nécessaire à la synthèse de la mélanine. La chaleur et les produits
gras favorisent le développement du champignon responsable appelé Malassezia furfur.

La lampe de WOOD est positive et le champignon se cultive très difficilement sur milieu de
SABOURAUD.

Le traitement du tissu : c’est l’application de la pommade Daktarin, Fazol, Ketoderm.

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C. La condidose

C’est une mycose à la fois superficielle et profonde provoquée par des levures du genre
Candida. Il existe 90 espèces sur le plan médical. C’est un saprophite exclusif des muqueuses
digestives.
La contamination se fait par voie endogène à partir du tube digestif par voie endogène pour le
nouveau-né en cas de candidose vaginale de la mère.
L’altération de l’état général en cas d’affection maligne du VIH/SIDA est très notoire. On
observe une déséquilibre hormonale comme le diabète et en cas de grossesse. Le facteur iatrogène
après traitement aux antibiotiques du corticoïde antimitotique et immunosuppresseurs a été
confirmé.
1. La candidose digestive
 Bouche : muguet du nouveau-né et du vieillard caractérisé par enduit blanchâtre ou langue noire
surtout chez les personnes âgées.
 Œsophage : on a une sensation de brûlure à la déglutition et par conséquent, il y a une sorte de
dysphagie.
 Estomac : gastrite, douleurs épigastriques
 Colon : colite, diarrhée et météorisme abdominal
 Rectum et anus : rectite pour le rectum et anite pour l’anus. Mais on a aussi du prurit anal.
Par contiguïté d’organes la vessie peut aussi être touchée par cette candidose et alors
l’inflammation vésicale provoque l’anurie.

2. Candidose de la peau et des phanères


Au niveau des plis cutanés : elle est souvent associée à la candidose des muqueuses, elle se localise au
niveau des plis cutanés, les plus inguinaux, les plis interdigitaux, les plis interfessiers, sous-mammaires,
etc. on observe alors un érythème prurigineux avec des dépos blanchâtres.
Au niveau des ongles : onyxis (à la base de l’ongle) avec périonyxis douloureux.

3.Candidose uro-génitale
Chez l’homme : on observe de l’urétrite, balanite et une inflammation de la muqueuse avec un endroit
blanchâtre.
Chez la femme : on observe une vulvo-vaginite, prurit vulvaire, de la leucorrhée et une sensation de
brûlure à la miction.

4. Candidose broncho-pulmonaire
Elle est caractérisée par une pneumopathie aigüe et subaigüe sur un terrain défiscient.

5. Endocardite à candida
C’est une atteinte grave que l’observe surtout à la suite d’une chirurgie cardiaque.

6. Septicémie à candida
Elle est due à un cathéterisme. Tableau clinique infectieux grave avec de nombreuses localisations.

Allergies à candida albicans


Elles accompagnent les infections à candida et ces allergies se caractérisent par un Eczema, de l’urticaire.
Sinusites et ça peut évoluer vers l’asthme.

Diagnostic de la candidose
Il faut faire un prélèvement au niveau des lésions et rechercher les champignons.

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Le prélèvement peut se faire par écouvillon, par endoscopie au niveau du tube digestif, à partir
des expectorations, des selles, d’une biopsie d’organes et par hémoculture en cas de septicémie.
L’examen direct montre une présence de levures bourgeonnantes. La culture sur milieu de
SABOURAUD montre des colonies blanchâtres et crémeuses.
Traitement.
→ Les candidoses digestives : il faut d’abord un bain de la bouche avec des antiseptiques et
pour l’arrière-bouche on fait le gargarisme. On prend 8à12 comprimés de
Mycostatine =Daktarin.
→ Candidoses uro-génitales :il faut faire une application locale d’une pommade de
mycostatine, daktarin ou fazol. On peut utiliser des ovules de mycostatine mais aussi on
peut utiliser le gel gyno-daktarin.
→ Candidoses superficielles. Application locale de pommade de mycostatine. Le traitement
est long pour l’onyxis.
→ Candidose viscérale : 6à9 comprimés/ jours de daktarin pour l’adulte 30 mg/kg de patarin
pour un enfant

II. MYCOSES PROFONDES.

A. Aspergillose.
C’est une parasitose due à un champignon du nom de Aspergillus survenant sur un terrain affaibli
notamment par une atteinte viscérales importante (leucémie et VIH/SIDA)ou des antécédents d’atteinte
pulmonaire. Les spores d’aspergillus sont largement répondus dans la nature. La contamination se fait par
inhalation des spores. L’affection est cosmopolite et plus espèces peuvent être pathogènes pour l’homme
notamment :
Aspergillus fumigatus
Aspergillus midans
Aspergillus favus
Aspergillus Niger
C’est aussi une affection nosocomiale.

1. Aspergillome
C’est une tumeur mycélienne  développée dans une cavité préexistante au niveau des voies respiratoires.
Elle peut être localisée au niveau des bronches, au niveau d’un abcès pulmonaire, un kyste aérien ou dans
une ancienne caverne tuberculeuse.
Le plus souvent, c’est une découverte fortuite à cause de sa latence. Parfois, on observe de la toux et des
hémoptysies récidivantes.

2. Aspergillose pulmonaire invasive aigue.


Elle est due à la dissémination d’Aspergillus fumigatus. Elle est caractérisée par un état général alerté, de
la dyspnée, une fièvre à 40° et des opacités multiples des poumons à la radiographie.

3. Aspergillose secondaire à la bronchopneumonie obstructive.


Elle se caractérise par de l’asthme, surtout en cas de bronchites chronique.

4. Bronchite aspergillaire.
Survenant après une bronchoscopie. Elle se traduit par la toux, une expectoration mycopurutente et une
fièvre modérée de 38°4.

5. Aspergillose allergique.

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Elle se traduit par de l’asthme aspergillaire suite à une réaction allergique consécutive à l’inhalation
d’aspergillus. On observe alors des signes de dyspnée, la toux, fièvre, hémoptysie, de râle crépitant.
Diagnostic.
- Image radiographique en cas d’aspergillome.
- Recherche des champignons dans l’expectoration et on va trouve des filaments mycéliens. On
peut aussi diagnostique ça par un examen direct.
- Culture de prélèvements sur milieu de SABOURAUD et on observe des colonies qui poussent.
C’est les voies respiratoires.

Autres organes : * au niveau de l’oreille


On a une otomycose due à aspergillus niger. On va observer à l’autoscopie une obstruction mycélienne au
niveau des orifices de l’oreille ; un bourdonnement d’oreilles ; douleurs locales ; prurit, toujours à
l’autoscope, on a un aspect érythémato-squameux du conduit auditif externe.
*au niveau de l’œil
Une atteinte de la cornée par aspergillus fumigatus
*au niveau des sinus maxillaires
On peut faire une sinusite chronique.

Diagnostic.
- Prélèvement local à la biopsie et l’examen microscopique nous montrer des filaments et des têtes
aspergillaires à l’examen direct.
- La mise en culture du prélèvement va permettre de diagnostique les conidiospores.
- Lavage bronchoalvéolaire lors d’une bronchoscopie et l’examen direct va mettre en évidence des
de tête
Des têtes aspergillaires à partir du liquide de lavage broncho-alvéolaire.

Traitement.
- Fungizone en intraveineuse à raison de 1 mg/kg/jr dans du sérum glucosé isotonique. On peut
faire aussi instillation locale d’amphotéricine B en cas d’aspergillose bronchique ou pleurale.
- Exérèse chirurgicale en cas d’aspergillome.

B.géotrichose.

C’est une affection digestive et respiratoire, cosmopolite, due à Géotrichum candidum. Survenant sur des
terrains affaiblis. C’est un champignon imparfait appelé fungi imperfectif du groupe des adelomycètes
constitué de filaments segmentés caractérisés par des arthrospores.au niveau :
- du tube digestif : langue noire
-du colon : colite
-des voies respiratoires, bronchites chronique avec des complications d’une tuberculose
pulmonaire ou d’une tuberculose miliaire
-de l’œil : conjonctivite.
On peut aussi observe une septicémie en cas de tuberculose miliaire, de cancer ou de diabète.

Diagnostic.
A partir des produits pathologiques prélevés, on fait un examen direct et on va observe une grande
abondance d’arthrospores.

Traitement.
La mycostatine,daktarin ou bien la fongizone en application locale ou per os.

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C. Cryptococcose.
C’est une mycose superficielle ou profonde due à une levure de cryptococcus neoformans qui
affectent des sujets particulièrement affaiblis comme dans le cas du VIH/SIDA .c’est une levure ronde ou
ovalaire bourgeonnante et entourée d’une capsule épaisse.
Le champignon est fréquent dans du pigeon, parfois dans les fruits et lait. La contamination de l’homme
se fait par inhalation, par ingestion ainsi que par contact cutané. Le champignon se développe surtout
chez des sujets souffrant de VIH/SIDA ?de cancer ou un traitement aux corticoïdes et aux
immunosuppresseurs.
Lors d’une localisation pulmonaire, les signes cliniques sont souvent inapparents et l’on observe un
syndrome pseudo grippal. Lors d’une localisation méningée (et c’est la plus fréquente), on a des
symptômes se traduisant par des céphalées, des vomissements, des troubles du sommeil, une hypertension
intracrânienne, des déficits neurologiques et par une fièvre. Parfois, le cryptococcome qu’on appelle aussi
tarulome évoque une tumeur cérébrale.
Diagnostic.
- Examen direct du prélèvement en fonction de la région atteinte.
- Culture sur milieu de sobouraud à 37° et on va observer alors un développement des colonies
beiges d’aspect muqueux
- On fait l’inoculation à la souris.
Traitement.
Nirazol : 40 mg/kg/jr pendant 3 mois

Histoplasmose.
Il existe 2 formes d’histoplasmose : la forme américaine due à Histoplasma capsulatum capsulatum et la
forme africaine de Histoplasma capsulatum duboisii.

L’histoplasmose africaine ou histoplasmose grande forme.


C’est une mycose dont l’épidémiologie est encore mal connue, peu fréquente et limitée à l’Afrique
atteignant surtout la peau et l’os. Le champignon en cause est dimorphe dans l’organisme, c’est une
levure bourgeonnante arrondie ou ova-lavie libre dans le liquide pathologique ou intracellulaire. En
milieu de sabouraud, on observe des filaments avec de petites et grosses spores.

L’aspect clinique.
Au niveau des téguments, on observe des papules lenticulaires, des nodules dermo-épidermique et parfois
des abcès froids fertilisés.
Au niveau de l’os et des articulations, on a des douleurs articulaires et toutes les lésions sont
accompagnées d’adénopathies satellites.
Diagnostic.
- L’examen direct du prélèvement provenant des lésions permet de mettre en évidence de grandes
levures bourgeonnantes et libres.
- En culture sur milieu de sabouraud, on va observe des filaments et des spores. On peut aussi faire
inoculation du prélèvement à un hamster. En autopsie de l’animal, on va trouver des spores
intracellulaires.

Traitement.

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Fongizone en intraveineuse 1mg/jrs dose progressivement croissante jusqu’à 1mg/kg/jrs à ne pas


dépasser.

Les mycétomes.
Ce sont des tumeurs inflammatoires chroniques et polyfistulisées contenant du pus avec des grains
parasites caractéristiques de couleurs différentes (noirs, blancs et jaunes). Les mycétomes sont dues à des
actinomycotiques ou à des champignons et on a alors des mycétomes fongiques ou des maduromycoses.
L’infestation siège en général au niveau des membres inférieurs mais aussi ailleurs au niveau des pieds.

Le pied de MADURA.
L’affection est localisée en zone tropicale notamment en Afrique subsaharienne et elle est causée par de
nombreux champignons actinomycètes vivant en saprophytes dans le sol ou sur les végétaux.
La contamination se fait par inoculation sous-cutané par une épine portant des spores en marchant pieds
nus. Selon les grains, on peut distinguer les agents responsables :
- Les grains fongiques sont constitués de filaments mycéliens septés en chevêtres qui poussent sur
milieu de sabouraud et donnent des mycéliums avec des chlamydia spores.
- Les grains actinomycosiques : sont constitués de filaments bordés de massues, ramifiés à angle
droit. Ce sont des grands, ils poussent sur gélose ordinaire et sur milieu de ZOWENSTEN.

Les agents pathogènes.


 Mycétomes fongiques :
- Madurella mycétoni cosmopolite à grains de couleur noire
- Laeptospira senegalensis avec grains noirs, uniquement africains.

 Mycétomes actinomycosiques.
- Nocardia caviae, Nocardia astéroïde, Nocardia brazibiensis, sont cosmopolites et les grains sont de
couleur jaune
- Streptomyces somaliensis : il est africain et les grains sont jaunes.
- Actinomadura madurae : il est cosmopolite et les grains sont blancs.

Aspect clinique.
 La forme fongique : elle est responsable du mycétome fongique qu’on appelle maduramycose. Ce
sont des tuméfactions chroniques bosselés non sur infectés gonflant le dos et la voûte du pied en
surlevant ce dernier avec présence de quelques fistules laissant souder le grain très douloureux
envahissant progressivement les parties molles et les squelettes
 La forme actinomycosique : ce sont des tuméfactions plus inflammatoires surinfectées plus
étendues avec de nombreuses fistules laissant sourdre de petits grains. Il peut y avoir une atteinte
diffuse avec formation de nombreuse micro géodes au niveau de l’os.
Les ganglions satellites peuvent être touchés.

Diagnostic
-Se fait par inspection clinique
-Prélèvement du pus avec les grains qui sourdent
-Mise en culture sur milieu de sabouraud et le milieu donnera des grains fongiques
- Mise en culture sur milieu de Lowenstein.On aura des graines actinomycotique.

Traitement
-Exérèse chirurgicale qui est très mutilante
-Le traitement aux sulfamides localement et par voie générale et ça peut durer longtemps.

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III. LES MYCOSES SOUS-CUTANEES ET OSTEOARTICULAIRES

A. Les sporothricoses
C’est une mycose sous-cutanée le plus souvent bénigne mais pouvant dans de rares cas se
généraliser et provoquer la mort. L’agent pathogène et sporotricum schenkie. C’est un saprophyte
du sol et des végétaux.

B. La chromoblastomycose
C’est une mycose cosmopolyte à évolution lente siégeant au niveau des membres. Deux
champignons à pigment brun sont responsable de la maladie. Il s’agit de phialospora pedrosi et
phialospora verrucasa. La maladie se caractérise par des lésions cutanées, bourgeonnantes, indolores
et chroniques. L’exérèse chirurgical est le traitement conseillé quand c’est possible, si non, on doit se
contenter des soins locaux.

Blastomycose
C’est une mycose sud-américaine due à blastomyces dermatidis (nord Amérique) et blastomyces
braziliinsis (sud Amérique). Elle se caractérisent par une atteinte pulmonaire et des lésions cutanées
bourgeonnantes et chroniques.

Traitement
Fungizone en intra-veineuse à raison de 1mg/kg/jour.

C. Zygomycose/mucormycose
C’est une mycose cosmopolite due aux champignon du genre Mucor, Absidia et Phyzopus. La
maladie est caractérisée par une bronchite et sinusite, abcès du cerveau, trouble digestif et des
ulcérations cutanées en fonction de la localisation de l’agent pathogène.

Traitement
Essayer la Fungizone en perfusion lente

D. Coccidioidomycose

C’est une mycose qu’on rencontre dans les régions désertiques des Etats unis, du Mexique et
d’Amérique du sud. L’agent pathogène Coccidioides immitis. La porte d’entrer est aérienne par inhalation
des poussières du sol contenant des spores du champignon.
 La coccidioidomycose primaire a une localisation pulmonaire avec des manifestations
allergiques.
 La coccidioidomycose secondaire est une forme grave, voire mortelle quand elle n’est pas traitée.
On observe des granulomes cutanés, sous-cutanés, osseux et pulmonaires.
Traitement
Fungizone en perfusion lente dans du sérum glucose isotonique, jusqu’à l’amélioration du
malade.

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3ème Partie : ELEMEMENTS DE PARASITOLOGIE

Chap 1. GENERALITES SUR LE PARASITISME

La parasitologie – mycologie médicale regroupe les maladies humaines dues à des parasites et des
champignons microscopiques qui se distinguent des bactéries et des virus par le fait qu'ils sont des
eucaryotes . Elle est souvent associée à la pathologie tropicale dans la mesure où de grandes endémies
parasitaires sévissent dans des pays en zone tropicale, comme le paludisme. Les parasites et les
champignons microscopiques sont des agents pathogènes ayant leur morphologie et leur biologie
propres. Ils interagissent avec un hôte vivant dans le cadre d'une relation étroite. La maladie parasitaire ou
mycosique est le résultat pathologique de la relation entre le parasite ou le champignon et son hôte.

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1. PARASITE ET PARASITISME
Quelques rappels sur les divers types de relations tissées entre un organisme vivant et son
environnement :
- la vie libre : l’organisme peut subvenir par lui-même à ses besoins métaboliques ;
- le saprophytisme : l’organisme se nourrit de matières organiques ou végétales en décomposition
dans le milieu extérieur ;
- le commensalisme : l’organisme se nourrit de matières organiques sur un être vivant (milieu
buccal, intestin) sans entraîner de trouble ou de spoliation chez son hôte ;
- la symbiose : l'organisme et son hôte vivent en étroite collaboration dans une association
bénéfique aux deux parties ;
- le parasitisme : l’organisme vit aux dépens de son hôte qui lui fournit un biotope et/ou des
éléments nutritifs nécessaires à sa survie, cet hôte en pâtit de façon plus ou moins grave ;
- l’opportunisme : les différents stades entre la vie libre et le parasitisme ne sont pas
définitivement déterminés pour un organisme. En cas de perte des défenses immunitaires de l’hôte,
l'organisme peut passer d'un stade saprophyte ou commensale à un stade de parasite. Il devient
opportuniste.

2. DIVERSITE ET SPECIFICITE
2.1 Diversité
Les parasites sont extrêmement divers à plusieurs titres, entre autres par :
- leur localisation : ils ont des localisations préférentielles qui peuvent être intra ou
extracellulaire, sanguine ou lymphatique, cutanée, hépatosplénique, cérébrale, cardiaque, rénale ou
tubaire (intestin, arbre urinaire , bronches) ;
- leur morphologie : la taille d’un parasite peut aller de 10 mètres (le ver solitaire) à quelques
micromètres (l'agent du paludisme). Les parasite chez l'Homme peuvent se présenter sous diverses
formes : sexué (mâle et/ou femelle) ou non, oeufs, larves, formes de résistance (kystes). Mais un
même parasite peut aussi prendre des formes particulières et fort différentes correspondant à
différents stades de son développement 3 ; - leur locomotion : si certains parasites et tous les
champignons n’ont pas de moyens pour se déplacer par eux-mêmes, ils sont éventuellement
transportés par voie aérienne intestinale ou sanguine ; certains ont même la faculté de ramper,
d’avancer grâce à des pseudopodes (ou rhyzopodes), des ventouses, des cils, des flagelles, ou une
membrane ondulante ;
- la durée du parasitisme : les parasites peuvent être permanents (leur existence entière se déroule
chez un ou plusieurs hôtes), temporaires (partageant leur vie entre une forme libre dans l’environnement
et l’autre parasitaire), ou encore facultatifs (ayant une vie saprophytique mais occasionnellement
parasitaire, rappelez vous de la définition de l'opportunisme).

2.2 Spécificité d'hôte

Les parasites sont plus ou moins étroitement liés à leur hôte. Certains parasites sont inféodés
exclusivement à un seul hôte et ne peuvent se développer que chez cet hôte. D'autres au contraire ne
présentent qu’une faible spécificité, comme c’est le cas des agents des parasitoses communes à l’homme
et aux animaux, les anthropozoonoses.

2. 3 Classification

Les parasites sont classés en 4 grands groupes :

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- les protozoaires4 (genres Plasmodium, Toxoplasma, Entamoeba) ;


- les helminthes ou vers sont des métazoaires5 se présentent sous des formes adultes des deux sexes
mais avec des stades larvaires, embryonnaires ou ovulaires (genres Ascaris, Strongyloides, oxyure,
Echinococcus, Taenia) ;
- les fungi ou micromycètes : ce sont des champignons microscopiques identifiés sous forme de
spores isolées ou regroupées, ou de filaments libres ou tissulaires (genres Candida, Aspergillus,
dermatophytes) ;
- les arthropodes, mollusques, pararthropodes ou annélides sont aussi des êtres pluricellulaires
parasites (insectes, arachnides, mollusques et crustacés), pouvant se présenter sous divers stades pour
leur parasitisme (adultes males et/ou femelles, larves, nymphes et oeufs). Cette dernière catégorie sort
du cadre de notre cours

3. CYCLES PARASITAIRES – EPIDEMIOLOGIE

Le parasite suit un cycle de développement dans un environnement géo - physique et humain


(socioculturel) adéquat. Cette chaîne épidémiologique est formée de maillons dont la connaissance
orientera l’action thérapeutique ou prophylactique individuelle et collective.
Les cycles évolutifs comprennent :
- des cycles directs avec un seul hôte qui sont courts si le parasite est immédiatement infestant ou
longs si le parasite nécessite une maturation dans le milieu extérieur ;
- des cycles indirects : le parasite passe par plusieurs hôtes.

L'hôte peut être soit :

- l’hôte définitif qui héberge les formes adultes ou les stades propres à la reproduction sexuée du
parasite ;
- l' hôte intermédiaire qui héberge les formes larvaires ou la reproduction asexuée du parasite. Ils peuvent
être actifs (le parasite s'y multiplie ou y mature) ou passifs (simple moyen, vivant ou non, de transport). Il
peut y avoir jusqu'à trois hôtes intermédiaires pour un même cycle.

Notion de "réservoir de parasites" : chaque élément du cycle et plus particulièrement le porteur sain peut
assurer ce rôle de réservoir de l'agent infectieux, assurant ainsi sa rémanence.

4. LES MODES D’INFESTATION

- Voie orale : Entamoeba, Ascaris, micromycètes ;


- Voie transcutanée : Strongyloides ;
- Voie aérienne : Aspergillus ;
- Voie sexuelle : Candida, Trichomonas ;
- Voie transplacentaire : Toxoplasma ;
- Voie sanguine : Plasmodium ;
- Greffe d’un organe parasité : Toxoplasma.

5. RELATION HOTE PARASITE PATHOGENICITE

La relation hôte parasite est le résultat d'un équilibre subtil entre le sujet parasité et son parasite. Le sujet
infecté peut être un porteur sain de parasites plus ou moins chronique mais le sujet reste exempt de
symptômes ; ou un malade présentant des symptômes. La symptomatologie est en rapport avec la
localisation des parasites (une parasitose cutanée étant à priori moins sévère qu'une parasitose cérébrale)
et de leur spécificité. Ainsi, les anthropozoonoses sont plus bruyantes et graves que les parasitoses
spécifiquement humaines bien "adaptée" à l'Homme.

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La pathogénicité chez l'Homme est le résultat de différents types d’actions provoqués par le parasite et
qui sont souvent intriquées entre elles :

- l’action spoliatrice : le parasite vivant aux dépens de son hôte est spoliateur par définition (vitamine
B12, sang, alimentation, …) ;
- l’action mécanique-traumatique : elle est fréquente et elle est fonction de la taille des parasites, de
leur localisation et leur éventuelle migration ectopique (lyse des hématies, occlusion des vaisseaux
lymphatiques ou des canaux biliaires, compression d'organes, perforation tissulaire, muqueuse ou
cutanée) ;
- l’action traumatique bactérifère : tout parasite perforant une muqueuse ou le revêtement cutané peut
constituer une porte d’entrée microbienne ;
- l’action toxique due à l’émission, excrétion / sécrétion de toxines parasitaires qui ont des actions
allergisantes voir anaphylactiques, histolytiques, hémolytiques ou même nécrotiques ;
- l’action irritative : elle peut être réflexe (spasmes intestinaux ou toux lors de l'agression muqueuse)
ou immunopathologique (formation de granulomes inflammatoires et de scléro-fibrose autour des
parasites, allergie).

6. MECANISMES D'EVASION PARASITAIRE

Plusieurs facteurs favorisent l'évasion du parasite : une très forte fécondité, la polyembryonie au stade
larvaire, une résistance particulière dans le milieu extérieur et des adaptations métaboliques à leurs hôtes.
A cela s'ajoute des phénomènes d’échappement parasitaire permettant de contourner les défenses
aspécifiques et spécifiques de l'hôte.

7. DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DES PARASITOSES ET MYCOSES

7.1. Le diagnostic biologique des parasitoses et mycoses

Il est assuré par des tests diagnostiques permettant la mise en évidence du parasite (diagnostic direct
macroscopique ou microscopique). Il est des cas ou des moments des cycles parasitaires ou le diagnostic
ne peut être orienté qu’à partir de données indirectes résultant des réactions de l’hôte à l’infection
(diagnostic indirect à d'examens sérologiques ou par recherche d'anomalies biologiques : anémie,
hyperéosinophilie).
7.2 . Notion de sensibilité et de spécificité

Un test diagnostique est caractérisé par :

- la sensibilité, probabilité d’avoir un test positif quand on est malade ;


- la spécificité, probabilité d’avoir un test négatif quand on n’est pas malade ;
- la valeur prédictive positive, probabilité d’avoir la maladie quand le test est positif ;
- la valeur prédictive négative, probabilité de ne pas avoir la maladie quand le test est négatif.

A l'évidence il faut recherche les tests ayant la sensibilité et la spécificité la plus élevée.

8. TRAITEMENTS, PROPHYLAXIE ET PROGRAMMES DE LUTTE

Les interventions thérapeutiques individuelles sont curatives mais pas toujours stérilisantes dans la
mesure où le parasite peut persister après le traitement.

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La prophylaxie permet soit à titre individuel ou collectif de rompre le cycle parasitaire par des moyens
médicamenteux (traitement du malade) mais aussi par des interventions sur les modes de contamination
(élimination d'un vecteur).

En zone tropicale, l'étendue des endémies parasitaires est telle qu'il est nécessaire de mettre en place des
programmes internationaux ou nationaux de contrôle de ces grandes endémies. Ces programmes de lutte
ont pour objectif principal soit l’arrêt de la transmission de l’affection (lutte antivectorielle) à condition de
disposer d’outils opérationnels pour l’évaluation (dépistage), d’outils d’intervention et d’outils de
contrôle de l'efficacité, d'une garantie de pérennité des méthodes et moyens mobilisés.

Chapitre 2 Les protozoaires

Les protozoaires sont des eucaryotes unicellulaires dont certains sont des parasites de l'homme ou des
animaux. Ils vivent dans le sang, les tissus, le tractus digestif, génito-urinaire ou respiratoire.
1. Reproduction
Trois modes de reproduction existent chez les protozoaires : asexuée, sexuée, par conjugaison.

La reproduction asexuée peut se faire par :

bipartition : c’est la plus fréquemment observée. La division du noyau est immédiatement suivie de la
division cellulaire (amibes, flagellates).

schizogonie : plusieurs divisions du noyau ont lieu avant que la cellule-mère (schizonte) ne se morcelle en
plusieurs cellules, isolant les noyaux (coccidies).

endodyogenèse : deux cellules-filles se forment à l’intérieur de la cellule-mère. Avant que chacune de ces
deux cellules ne soit complète, avec membrane externe et cytoplasme individualisé, le noyau s’allonge et
se divise une nouvelle fois. La membrane de la cellule-mère persiste et finit par contenir de nombreux
parasites (kyste de Toxoplasma).

La reproduction sexuée se fait par union de deux gamètes haploïdes (mâle et femelle) différenciés. Elle
donne lieu à la fécondation et production d’un zygote (oeuf fécondé) diploïde (coccidies).

La conjugaison consiste en un échange de matériel génétique entre deux cellules accolées, avant une
nouvelle série de divisions par bipartition. La division du noyau donne une cellule binucléée ; un des
noyaux traverse le pont cytoplasmique et fusionne avec le noyau resté en place de l’autre cellule. C’est le
mode habituel de reproduction chez les ciliés.

2 Amibes (rhizopodes)

Les amibes peuvent exister sous forme végétative ou sous forme kystique. Les formes végétatives ou
trophozoïtes sont des cellules déformables, formant des pseudopodes. Les kystes sont multinucléés. Leur
résistance permet une survie prolongée. Dans des conditions favorables le dékystement donne naissance à
un nombre de trophozoïtes correspondant au nombre de divisions du noyau.

2. Entamoeba histolytica

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C'est l'agent de la dysenterie amibienne. Il s'agit de l'amibe pathogène la plus importante chez l'homme.
Sa dispersion est cosmopolite mais, dans les régions tempérées, l'infestation se limite généralement à un
portage asymptomatique, la maladie sévissant surtout dans les régions tropicales.
Les autres amibes (Entamoeba coli (kyste à 8 noyaux), Endolimax nana, Dientamoeba fragilis,...) sont
peu ou pas pathogènes.

2.1. Cycle et pathogénie


L'ingestion de kystes à multiples noyaux est suivie de dékystement donnant naissance à 8 trophozoïtes par
kyste, appelés "forme minute", qui se multiplient dans la lumière du colon sans invasivité ni manifestation
pathogène. Les enkystements et dékystements successifs assurent une colonisation chronique. Dans
certaines conditions, surtout en région tropicale, des trophozoïtes pénètrent dans la muqueuse, grandissent
(20 à 30 μ) et deviennent hématophages, entraînant des ulcérations de la muqueuse avec selles
mucopurulentes et sanguinolentes. Ces formes invasives peuvent donner des localisations extra-
intestinales, en particulier au niveau du foie (abcès amibiens hépatiques).
Ce cycle pathogène est enclenché sous l’effet de facteurs qui peuvent être liés à la pathogénicité de
certaines souches mais aussi de facteurs liés à l’hôte (alimentation déséquilibrée, infections associées,
colites, affections intercurrentes, déficit de l’immunité...)

2. 2. Diagnostic
Le diagnostic se fait par examen microscopique des selles : dans les formes aiguës, on recherche des
trophozoïtes hématophages dans les selles fraîches; on recherche des kystes dans les formes chroniques et
le portage (kyste à 4 noyaux).
Dans les formes invasives profondes telles que les abcès amibiens, l'examen sérologique permet le
diagnostic

2..3. Traitement
Principalement le métronidazole (Flagyl), actif sur toutes les formes.

3. Flagellates (Zoomastigophorea)

3.1. Flagellates des tissus et du sang. Trypanosomatidae


Il s'agit de parasites monoflagellés dont la transmission se fait obligatoirement par des insectes vecteurs
avant d'arriver dans le sang (Trypanosoma = hémoflagellates) ou les tissus (Leishmania = flagellates des
tissus) de l'hôte principal.

3.1.1. Trypanosoma brucei


Trypanosoma brucei est l'agent de la maladie du sommeil ou trypanosomiase africaine. T. brucei
gambiense, agent de la forme chronique, est transmise par Glossina palpalis (mouche tsé-tsé) et lié à
l'écologie de cet insecte: savanes boisées et forêts, surtout dans l'Ouest et le centre de l'Afrique. T. brucei
rhodesiense, responsable de la forme aiguë, est transmis par Glossina morsitans , surtout sur les plateaux
plus secs de l'Afrique orientale.
Pathogénie
Le réservoir est constitué par les animaux domestiques ou sauvages (chat, porc...). Les trypanosomes se
trouvent dans les glandes salivaires de l'insecte vecteur. Le parasite, après inoculation, provoque une
lésion cutanée chancroïde, puis passe par un envahissement lymphatique puis sanguin (parasitémie). A un
stade ultérieur, le système nerveux central est envahi et le patient peut évoluer vers le coma et la mort.
Les rescapés gardent souvent des séquelles neurologiques et mentales graves.
La persistance dans le sang malgré la production d'anticorps est liée aux variations entre plus de mille
types d'antigènes de surface.

Diagnostic

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Il s'effectue par recherche des trypanosomes dans le sang, les ganglions ou le L.C.R. après coloration au
May-Grünwald-Giemsa. Le parasite est extra-érythrocytaire, allongé, le noyau est central. D'un
kinétoplaste postérieur part une membrane ondulante longeant tout le corps et se prolongeant vers l'avant
par un flagelle. L'examen sérologique est possible.
Traitement
Prophylaxie: lutte contre les glossines
Chimiothérapie: Diamidines, suramine, arsenicaux.

3.1.2. Trypanosoma cruzi

C'est l'agent de la maladie de Chagas ou Trypanosomiase sud-américaine, transmise par des insectes de la
famille des Reduviidae tels que Triatoma , chez lesquels le parasite se trouve dans les déjections. La
maladie est directement liée à l'insalubrité. Après un stade aigu et parasitémique, l'évolution est chronique
et prolongée avec diverses complications viscérales. La plus fréquente est l'envahissement du muscle
cardiaque conduisant à une myocardite souvent mortelle.
Le diagnostic se fait par recherche microscopique dans le sang.

3.1.3. Leishmania
Les Leishmania sont des parasites non flagellés chez l'hôte vertébré, flagellés sans membrane ondulante
chez l'hôte invertébré.
La transmission se fait surtout par des insectes tels les phlébotomes. La maladie se voit en Amérique du
Sud ou Centrale, en Inde, au Moyen-Orient ou sur les pourtours de la Méditerranée. Dans cette dernière
localisation, le chien constitue un important réservoir.
Ce sont des parasites intra-cellulaires avec une forme viscérale (kala-azar) où la croissance se fait dans le
foie ou la rate et une forme cutanée.

Le diagnostic se fait par recherche microscopique du parasite dans les ponctions ganglionnaires,
spléniques, médullaires.
Le traitement s'effectue sur un long cours, avec des composés à base d'antimoine, la pentamidine ou
l'amphotéricine B.

3.2. Flagellates du tube digestif et des cavités naturelles


3.2.1. Giardia lamblia
Giardia lamblia est un responsable fréquent de troubles intestinaux dans nos régions.
Après contamination par voie orale, les cellules végétatives vivent dans le duodenum et la première
portion de l'intestin grêle, où elles se "collent" à la muqueuse par une extrémité en forme de ventouse. Les
lésions de la bordure en brosse provoquent la symptomatologie qui est dominée par des douleurs
épigastriques tenaces alors que de la diarrhée ou des symptômes de malabsorption sont moins fréquents.
Lorsque le parasite se détache de la muqueuse, il y a enkystement et élimination des kystes dans les
selles. C'est un parasite cosmopolite mais endémique dans les régions tropicales. Chez nous il peut être
épidémique dans des populations non-immunes (crèches par ex.).
Le diagnostic est microscopique : recherche des trophozoïtes dans les tubages duodénaux, des kystes dans
les selles.
Le métronidazole est le traitement de premier choix.

3.2.2. Trichomonas vaginalis

Parasite vaginal très commun, agent de leucorrhée. Prévalence de 5 à 20%, et parfois plus dans les
consultations de maladies sexuellement transmissibles.
Diagnostic par examen microscopique direct d'un frottis vaginal.
Traitement par métronidazole.

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120

4 Sporozoaires

4.1. Plasmodium
Les Plasmodium sont les agents de la malaria, la plus répandue dans le monde parmi les maladies
parasitaires graves. Quatre espèces sont responsables du paludisme chez l'homme; elles sont surtout
endémiques dans les régions tropicales et subtropicales, là où les anophèles, qui sont les vecteurs de la
maladie, peuvent survivre
( entre 60°N et 40°S à moins de 2000 m d’altitude):

P. vivax: cosmopolite
P. falciparum: (le plus pathogène): cosmopolite, surtout tropical (Afrique, Asie, Amérique Centrale et du
Sud)
P. malariae
P. ovale

P. falciparum et P. vivax sont les deux espèces les plus répandues.


On estime à 10 millions le nombre de nouveaux cas par an et à 2 millions le nombre de décès.

4.1.1. Cycle du parasite


On distingue un cycle asexué (schizogonie érythrocytaire) qui se déroule chez l'homme et un cycle sexué
(sporogonie) qui s'amorce chez l'homme et se poursuit chez l'insecte vecteur.


Cycle asexué. Un mérozoïte (extra-érythrocytaire) pénètre dans un globule rouge et se transforme en
trophozoïte qui va phagocyter l'hémoglobine et se développer aux dépens du globule. Il a initialement la
forme d'une bague avec un noyau excentrique et un cytoplasme annulaire. Il grossit, forme des
pseudopodes et revêt la "forme amiboïde". Ensuite le noyau se divise un certain nombre de fois: c'est le
schizonte jeune puis mûr (8 à 32 noyaux). Le cytoplasme se divise autour des noyaux, le globule éclate et

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libère 8 à 32 mérozoïtes (seul stade extra-érythrocytaire) qui vont à leur tour parasiter un globule rouge et
recommencer le cycle.

Cycle sexué. Certains mérozoïtes en pénétrant dans l'érythrocyte se transforment en gamétocytes mâles
(microgamétocytes) et femelles (macrogamétocytes). Ils attendent d'être repris par un anophèle dans
l'estomac duquel les gamétocytes mâles subissent l'extra-flagellation. Il s'agit de 8 fins filaments
cytoplasmiques qui font protrusion à la surface de la cellule et dans lesquels s'engage un fragment du
noyau qui s'est divisé 3 fois (8 fragments). Ces microgamètes vont féconder les macrogamètes pour
former l'ookynète mobile qui traverse la paroi stomacale de l'anophèle et se transforme en oocyste.
L'oocyste mûr (6 à 25 jours) va donner naissance à de nombreux sporozoïtes qui vont rapidement migrer
vers les glandes salivaires de l'insecte. Les sporozoïtes inoculés par la piqûre du moustique à un nouvel
hôte vont donner lieu à la "schizogonie extra-érythrocytaire". Ils quittent très rapidement le sang pour
pénétrer au niveau du foie dans les hépatocytes. Ils grossissent et le noyau se divise pour donner des
milliers de fragments: c'est le schizonte extra-érythrocytaire qui va donner naissance à des milliers de
mérozoïtes qui seront déversés dans la circulation, initiant le cycle érythrocytaire.

4.1.2. Pathogénie
L'accès de fièvre correspond à la libération synchronisée des mérozoïtes et revient après 48 heures : fièvre
tierce bénigne (P. vivax et P. ovale) ou fièvre tierce maligne (P. falciparum) ou après 72 heures : fièvre
quarte (P. malariae).
L'hémolyse brutale et massive est la cause du syndrome appelé "fièvre bilieuse hémoglobinurique".
La splénomégalie est la règle.
Outre la destruction des globules rouges, des complications graves peuvent survenir dans la malaria à P.
falciparum : malaria cérébrale, malaria pernicieuse,... Chez P. vivax et P. ovale, il existe des schizontes
extra-érythrocytaires à développement très lent au niveau du foie, qui expliquent des rechutes plusieurs
mois ou années après le départ d'une zone endémique.
Des ralentissements circulatoires sont causés au niveau des capillaires par la perte d'élasticité des
érythrocytes parasités. S'il s'agit de P. falciparum, l'adhérence des érythrocytes parasités à l'endothélium
du réseau veineux post-capillaire pourra aller jusqu'à l'anoxie tissulaire.

4.1.3. Immunité
L'immunité acquise au contact du parasite et entretenue par sa présence, freine (sans pouvoir l'empêcher
tout à fait) la multiplication des parasites dans le sang. C'est la prémunition ou semi-immunité.
L'immunité congénitale protège le nouveau-né contre les accès graves pendant environ 6 mois.
Une série de maladies génétiques ou de régimes peuvent protéger l'hôte en diminuant la virulence du
parasite : hémoglobines anormales, déficiences en glucose - 6 - phosphate déshydrogénase, régime
exclusivement lacté, malnutrition protéique, absence des antigènes de groupe sanguin Duffy.

4.1.4. Diagnostic

Il se fait par recherche du parasite dans le sang sur frottis coloré au May-Grünwald-Giemsa ou par la
technique de la goutte épaisse colorée au Giemsa.
La recherche d'anticorps n'est positive que tant que le parasite existe dans l'organisme (état de
prémunition).

4.1.5. Prophylaxie et traitement


La lutte contre les anophèles (moustiquaires, répulsifs, insecticides...) constitue évidemment la prévention
de base.

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La chimioprophylaxie (chloroquine 100 mg/jour ou 300 mg 1 fois par semaine) est vivement
recommandée dans les régions endémiques. Mais dans certaines régions, P. falciparum est devenu
résistant (Afrique occidentale, Sud-Est asiatique). On associe alors le proguanil (200 mg/j).
Il existe de nombreuses substances antimalariques (quinine, chloroquine, primaquine, sulfones,
mefloquine, doxycycline...). Elles seront utilisées en fonction des résistances rencontrées localement.

4.2. Toxoplasma gondii

Toxoplasma gondii est un protozoaire intracellulaire obligatoire dont l’hôte définitif est le chat (ou les
félidés) mais qui infecte fréquemment l’homme et beaucoup d’autres animaux.

4.2.1. Cycle de reproduction


La multiplication commence dans l’intestin du chat et produit des oocystes qui sont libérés en grand
nombre dans l’environnement par les matières fécales.
Ceux-ci sont infectieux lorsqu’ils sont ingérés par l’homme où ils se transforment en tachyzoïtes ayant
une forme typique en croissant. Ceux-ci pénètrent activement les cellules nucléées, s’y multiplient et sont
relâchés en éclatant la cellule. Via le courant sanguin, ils peuvent infecter de nombreux tissus dont le
SNC, les yeux, le muscle cardiaque…et le placenta. Cette multiplication cellulaire entraîne une réaction
inflammatoire et éventuellement des manifestations cliniques.

Sous la pression de l’immunité les tachyzoïtes deviennent des bradyzoïtes et ensuite des kystes qui
peuvent persister dans les tissus ad vitam. Ceux-ci peuvent retourner au stade de bradyzoïte, puis de
tachyzoïte infectant en cas de diminution de l’immunité.

4.2.2. Epidemiologie
L’être humain peut être infecté :
- par ingestion de viandes pas ou trop peu cuites contenant des kystes (surtout le porc et le mouton)
- par ingestion d’aliments frais (salades, légumes…) ou d’eau contaminés par les oocystes du chat
- par contact avec un chat infecté
- (par transplantation d’un organe infecté)
- par passage transplacentaire pour le foetus

4.2.3. Transmission congénitale

Lors d’une infection pendant la grossesse le parasite infecte le placenta et peut, par là, infecter l’embryon
ce qui peut avoir de graves conséquences. La fréquence de transmission au foetus varie en fonction du
stade de la grossesse (voir tableau), plus grande pendant le 3ème trimestre mais plus grave en
conséquence durant le 1er.

Infection acquise le
Premier trimestre Second trimestre Troisième trimestre
Conséquences
Toxoplasmose 9% 27 % 59 %
congénitale
Asymptomatique 22 % 74 % 89 %
Signes cliniques 78 % 16 % 10 %
Décès périnatal 5% 2% 0%

Devenir des enfants nés de mères infectées par T gondii durant la grossesse

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4.2.4. Pathologie -
Chez l’adulte ou l’enfant immunocompétents, l’infection reste asymptomatique dans 90% des cas. Dans
10% il cause des manifestations très limitées, surtout des adénopathies « froides » cervicales ou
occipitales. Les choriorétinites ou autres atteintes organiques sont rares.
- Chez le foetus infecté, peu de symptômes sont décelables par imagerie. Le risque d’avortement est élevé
par contre durant le 1er trimestre. A la naissance, l’enfant infecté peut présenter une hydro- ou micro-
céphalie, des calcifications cérébrales, de la choriorétinite, une cécité, de l’épilepsie et un retard mental....
- Les réactivations chez l’immunodéprimé (greffés, SIDA…) se marquent surtout au niveau du SNC :
encéphalite, épilepsie, déficits moteurs, paralysies… La choriorétinite est fréquente.

4.2.5. Diagnostic
La sérologie est le principal instrument diagnostique. Elle vise non seulement au diagnostic de l'infection
par le parasite, mais aussi du stade d'évolution. Ceci est particulièrement important chez la femme
enceinte chez qui une infection récente comporte un risque de complication foetale alors qu'une infection
ancienne ou chronique confère une certaine immunité. Outre la dénivellation du taux d'anticorps, c'est
surtout la présence d'IgM qui permet de distinguer les infections récentes des formes chroniques où les
IgG persistent alors que les IgM ont disparu.
Un virage sérologique durant la grossesse conduit à essayer un diagnostic direct de transmission foetale
par PCR ou inoculation à la souris de liquide amniotique ponctionné.

4.2.6. Traitement
La spiramycine est modérément active en cas d’infection durant la grossesse. L'association sulfadiazine +
pyriméthamine ou le co-trimoxazole sont également modérément actifs.

4.2.7. Prévention
La prévention chez la femme enceinte non immunisée comprend les mesures suivantes :

Eviter la consommation de viandes rouges crues ou peu cuites


Eviter la consommation de légumes crus mal nettoyés
Eviter les contacts avec les chats
Suivi sérologique régulier

4.3. Cryptosporidium
Agent de diarrhées prolongées et graves chez certains immuno-déprimés (SIDA) et probablement de
diarrhées banales fréquentes chez les immuno-compétents, surtout chez les enfants.
Le diagnostic est basé sur la recherche des oocystes dans les selles par une méthode de coloration de
Ziehl-Nielsen modifiée

4.4. Pneumocystis carinii


Parasite difficile à classer, agent de pneumopathies chez les malades immuno-déprimés: leucémiques,
greffés, SIDA.
Le diagnostic est difficile et se fait de préférence sur des coupes histologiques de biopsies pulmonaires,
colorées par la méthode de Gomori-Grocott.
La pentamidine est le traitement.

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Chap II Les Helminthes

2. Généralités

Certains vers parasitent le tube digestif et ses annexes, plus rarement le tractus urinaire. D'autres se
retrouvent dans les tissus, les viscères, les lymphatiques.
Le diagnostic des helminthiases intestinales est généralement posé par la recherche des oeufs dans les
selles soit par un examen microscopique direct entre lame et lamelle, soit après une méthode de
concentration des oeufs (Ritchie) suivie de centrifugation.
Beaucoup d'helminthiases sont de simples infestations; dans certains cas seulement, une action pathogène
accompagne la présence du parasite.
Plusieurs espèces ont un cycle compliqué, impliquant un ou plusieurs hôtes intermédiaires.

3. Plathelminthes : Trématodes

3.1. Fasciola hepatica (Douve hépatique)


Agent de la distomatose hépatique.
Le vers vit dans les canaux biliaires et peut entraîner des troubles digestifs. La femelle pond des oeufs qui
sont éliminés dans les selles (gros oeufs à clapet). L'oeuf qui arrive en eau douce donne une larve
miracidium qui parasite un petit mollusque (limnée). Il en sort après 2 à 4 semaines des centaines de
larves cercaires qui s'enkystent sur la végétation. L'infection se fait par consommation de végétaux
contaminés (cresson). D'autres animaux peuvent être infestés.
Diagnostic
Recherche des oeufs dans les selles.

3.2. Schistosoma
Agent de la bilharziose ou schistosomiase, parasitose grave, très répandue dans le monde surtout dans les
régions tropicales et subtropicales (± 250 millions d'individus touchés dans le monde)
3 espèces :

S. haematobium (Afrique du Nord) (= hématurie d'Egypte)

S. mansoni (Afrique Centrale et Amérique du Sud)

S. japonicum (Asie)

Le vers adulte (le mâle entoure la femelle filiforme) vit dans les gros vaisseaux veineux hépatiques (S.
mansoni et S. japonicum ) ou vésicaux (S. haematobium). La femelle pond ses oeufs sous la muqueuse
colique pour les deux premiers, sous la muqueuse vésicale pour S. haematobium. Ceci entraîne des
saignements et de la sclérose.
Les oeufs sont éliminés par les selles ou les urines et donnent naissance à des larves miracidium qui
pénètrent dans les mollusques (Bullins ou Planorbes) qui eux-mêmes libèreront des métacercaires qui
peuvent pénétrer par la peau chez l'hôte définitif, d'où elles migreront vers les vaisseaux veineux.
La contamination se fait donc par les baignades ou les travaux en milieu aquatique (rizières).

La symptomatologie peut être de quatre origines: dermatite lors de la pénétration ,


allergie aux antigènes libérés par les oeufs , inflammation vésicale, polype ou néoplasme
fibrose portale avec hypertension

Diagnostic

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Recherche des oeufs à éperon latéral dans les selles (S. mansoni et S. japonicum); des oeufs à éperon
terminal dans les urines (S. haematobium).

Prophylaxie
Désherbage des plans d'eau, lutte contre les mollusques, hygiène dans les habitudes de défécation et de
miction.
Traitement
Praziquantel (BiltricideR)

4. Plathelminthes : Cestodes

4.1. Taenia solium et Taenia saginata


"Vers solitaires", hermaphrodites constitués d'une tête ou scolex munie de ventouses (et de crochets chez
T. solium) et d'un corps rubané formé d'articles ou "proglottis" qui se régénèrent derrière le scolex et se
détachent à l'extrémité distale. Les proglottis contiennent un utérus et lorsqu'ils sont mûrs ils sont chargés
d'oeufs. Le vers peut mesurer plusieurs mètres et vit à l'état adulte dans l'intestin de l'homme qui est l'hôte
définitif. L'hôte intermédiaire est le porc pour T. solium et un bovidé pour T. saginata .
Les oeufs embryonnés éliminés avec les proglottis donnent un embryon hexacanthe qui, s'il est ingéré par
un porc ou un boeuf va s'enkyster dans les muscles sous forme de cysticerque. C'est en consommant de la
viande contaminée insuffisamment cuite que l'homme s'infecte.
Ce vers n'occasionne pas de troubles spécifiques. Toutefois, dans le cas de T. solium, les larves peuvent
réinfecter l'hôte et donner une cysticercose qui dans certaines localisations, par ex. cérébrales, peut avoir
des conséquences graves.
Dans nos régions T. solium est rare: les porcs sont peu infectés, le contrôle vétérinaire des cysticerques
est plus aisé à l'abattage, la consommation de viande de porc crue est moins fréquente. Par contre T.
saginata est rencontré fréquemment : contrôle plus difficile à l'inspection vétérinaire, consommation de
viande de boeuf crue, ou peu cuite.

Diagnostic
Les proglottis de T. saginata sortent activement par l'anus et sont retrouvés dans le linge. En les écrasant,
on peut voir au microscope les oeufs ronds dont la paroi présente une striation radiaire. Des oeufs libres
peuvent aussi être trouvés dans les selles.
Chez T. solium les proglottis sont éliminés passivement avec les selles.
Traitement
Niclosamide (YomésanR)
Praziquantel

4.2. Echinococcus granulosus et multilocularis


Petit tænia dont l'hôte définitif est le chien et les autres canidés (renard). L'hôte intermédiaire est un
herbivore, mouton, boeuf, cheval, renne,... et éventuellement l'homme. La larve se développe chez l'hôte
intermédiaire dans certains viscères tels que rein, foie, poumon, etc... pour donner un kyste qui peut
devenir volumineux = kyste hydatique, rempli d'un liquide clair appelé liquide hydatique. La paroi du
kyste bourgeonne pour donner des "vésicules-filles" contenant elles-mêmes des "scolex" qui sont les
embryons des futurs vers dont la couronne de crochets est déjà visible au microscope.
Complication: refoulement du viscère par le volume du kyste, rupture du kyste --> choc anaphylactique.
Diagnostic
L'échographie et le scanner permettent de localiser les kystes.
Diagnostic sérologique (ELISA, immunofluorescence) d'interprétation difficile
Si opération : recherche des scolex dans un fragment de paroi et examen anatomo-pathologique.

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Traitement
Toujours chirurgical (avec prudence pour éviter l'essaimage!)
Albendazole ou mebendazole.

5. Nemathelminthes

5.1. Ascaris lumbricoides


Vers rond de + 10 cm vivant dans l'intestin grêle. Ne cause pas de maladie, mais parfois des troubles
digestifs chez les enfants ou des obstructions (pelotes) lorsqu'ils sont nombreux.
La femelle pond + 200.000 oeufs par jours. L'oeuf doit éclore dans le milieu extérieur. La larve est
ingérée avec des crudités (légumes par ex.) et passe à travers la muqueuse intestinale, migre vers le
poumon passe dans les alvéoles puis remonte les bronches et la trachée et est finalement déglutie par
l'oesophage pour s'implanter définitivement dans le tube digestif.
Diagnostic
Recherche des oeufs à paroi irrégulière et bosselée dans les selles.
Traitement
Mebendazole

5.2. Enterobius vermicularis (Oxyure)


Petit vers de moins de 1 cm vivant dans le gros intestin, surtout chez les enfants. La femelle pond ses
oeufs à la marge de l'anus, d'où démangeaisons et grattage. Les oeufs logés sous les ongles sont
autoréinfectants et ne doivent pas transiter par le milieu extérieur. De là la difficulté d'éradication.
Non pathogènes en dehors du prurit qu'ils occasionnent.
Diagnostic
Recherche des oeufs aplatis, asymétriques dans les selles, ou mieux au moyen d'un scotch-tape appliqué
sur la marge de l'anus et examiné ensuite au microscope.

Traitement
Mebendazole (Vermox) une dose
Nécessité de traiter la famille et de répéter le traitement après quinze jours, temps de maturation des oeufs
insensibles au produit.

5.3. Trichuris trichiura (Trichocéphale)

Vers cosmopolite mais surtout fréquent dans les régions tropicales. Occasionne parfois des diarrhées.
L'oeuf a la forme d'un citron.

Traitement par mebendazole, thiabendazole

5.4. Ancylostoma duodenale et Necator americanus


Ankylostomes. Provoquent "l'anémie des mineurs". Le vers adulte vit dans le duodénum où il érode la
muqueuse occasionnant des saignements qui entraînent une anémie.
Les oeufs dans les selles présentent 6 ou 8 blastomères et ne continuent leur développement que dans
l'environnement extérieur chaud et humide (mines ou pays chauds). Les larves pénètrent par la peau
amincie, des chevilles p. ex. et migrent vers les poumons, la trachée, l'oesophage et finalement le tube
digestif.
Diagnostic
Oeuf à paroi mince contenant des blastomères visibles par transparence.
Prévention

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Hygiène des habitudes de défécation, latrines. Port de chaussures.


Traitement :Mebendazole

5.5. Strongyloides stercoralis (Anguillule)


Plus fréquent dans les pays chauds. Peut devenir très pathogène chez des individus immunodéprimés.
Très petits vers (2 à 5 mm) qui pondent des oeufs semblables à ceux de l'ankylostome mais dont la plupart
éclosent dans l'intestin. Larves visibles au microscopes et mobiles = anguillules.
Traitement
Thiabendazole

5.6. Trichinella spiralis


Vers de 2 mm qui vivent dans l'intestin grêle. La femelle traverse la muqueuse et dépose ses larves
(vivipare) qui vont passer dans le sang pour aller s'enkyster dans les muscles. Pas de porte de
sortie.
Existe chez les rats, transmission par autophagie. Egalement chez les porcs. L'homme se contamine en
mangeant de la viande de porc crue.
Maladie sérieuse avec douleurs musculaires, dyspnée, phénomènes allergiques,...
Diagnostic
Par biopsie musculaire
Prévention
Contrôle vétérinaire. Lutter contre les rats dans les porcheries.
Ne consommer que de la viande de porc cuite.
Traitement
Mebendazole

Nématodes des tissus et du sang

Filaires: vivent dans les tissus conjonctifs ou le sang. Donnent naissance à des microfilaires qui peuvent
soit passer dans le sang, soit dans le tissu sous-dermique (parfois dans le milieu extérieur). Ces
microfilaires sont reprises par un insecte vecteur qui assure la transmission à un nouvel hôte.
Le diagnostic se fait par recherche des microfilaires dans le sang (de jour ou de nuit, selon les cas) ou
dans le tissu conjonctif
Wuchereria bancrofti
Loa loa (microfilaires sanguicoles)
Mansonella perstans
Onchocerca volvulus : tissu conjonctif (--> cécité).

4ème partie LA MYCOLOGIE

Introduction
La mycologie est l’étude des champignons et des maladies qu’ils provoquent appelées mycoses.
Les champignons sont des parasites des végétaux ou phytoparasites. Ils appartiennent à l’embranchement
des thallophytes dont ils constituent une classe à côté de celle des algues et des lichens.
Comparés aux autres végétaux, ils n’ont ni vaisseaux ligneux, ni racines, ni feuilles, ni fleurs. Les
champignons sont dépourvus de chlorophylles et sont par conséquent, incapables de synthèse et de
chimiosynthèse. Ils sont donc hétérotrophes et obligés de vivre aux dépens de matières organiques mortes
ou vivantes.

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Classification des champignons


- La classe des ascomycètes caractérisée par la formation d’ascospore enfermées dans les asques
qui sont enveloppées ou non dans un péricèthe. Cette classe comprend :
 La famille des Gymnoascées caractérisées par des péricèthes ayant l’aspect de filament lâches.
Elles comprend les genres :
 Epidermaphyton
 Trichophyton
 Microsporon
Ce sont des dermatophytes responsables de dermatophytoses
 La famille des saccharomycétacées ou des levures dont les asques sont nues. Ils se reproduisent
aussi par voie asexuée en formant des blastospores. Les espèces d’intérêt médical appartenant à
cette famille sont :
 Candida albicans
 Pityrospora orbiculare ou Malassezia furfur
 Cyptococcus neoformans
 Les familles des Aspergillacées caractérisée par un péricèthe globuleux et clos. Seul le genre
Aspergillus présente un intérêt médical avec les espèces :
 Aspergillus fumigatus
 Aspergillus flavus
 Aspergillus niger
- La classe des actinomycètes dont une seule famille est intéressante à savoir la famille des
Actinomycétacées qui comprend les espèces :
 Actinomyces israeli
 Actinomyces ericksoni
 Nocardia asteroides
 Nocardia minitussima
 Nocardia brizilensis
- La classe des phycomycètes dont les genres sont :
 Mucor
 Absidia
 Rhizopus
- La classe des Adelomycètes ou des Fongi Imperfecti. On a 3 genres :
 Histoplasma
 Sporotrichum
 Geotricum
Parmi les 100 000 champignons connus à travers le monde, une centaine seulement est pathogène pour
l’homme à savoir 50 agents de mycoses superficielles, 25 agents de mycoses viscérales et 25 agents de
mycoses sous-cutanées et osseuses.
Le nom de la maladie découle :
- Soit du nom de la partie du corps atteinte. Ex : dermatomycose
- Soit du nom du champignon responsable. Ex : candidose, aspergillose
- Soit du nom particulier. Ex : mycétomes, favus et mugeut
Les champignons vivent soit dans le corps à l’état de spore et deviennent pathogènes lors d’un
affaiblissement de résistance de l’hôte. Ils sont qualifiés d’andogène comme candida albicans, soit dans le
milieu extérieur et ils sont qualifiés d’exogènes comme Histoplasma capsilatum du boisie
La transmission des mycoses se fait par contact cutané (ex : candidose ) et par voie intra-veineuse ( ex :
candidose)

Répartition géographique

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Certaines mycoses sont cosmopolites et d’autres sont localisées. Tous les âges peuvent être atteints. Mais
certaines périodes de la vie sont favorisantes :muguet chez les nourrissons et les vieillards, les teignes
chez les enfants et les adolescents.
Ex :les onychomycoses à candida des adultes : le cou et la tête sont touchés par 5,5% des champignons,
les membres sup. par 24%, les membres inférieurs par 11%, le pied par 40% et le tronc par 19%.

Physiopathologie
La physiopathologie des champignons est expliquée par une conjonction de plusieurs facteurs :
- Les dermatophytes digèrent les protéines de la couche cornée des téguments, détruisant la
structure du cheveu ou du poil pour les champignons du cuir cheveu lu.
- La compression du parenchyme pulmonaire par l’aspergillome
- Action toxique pour l’alfatoxine libérée par Aspergillus flavus responsable l’alfatoxicose.
- Action immunologique caractérisée par des réactions cutanées.

Allergiques et hypersensibilité de type retardée aboutissant à la nécrose dans le cas de l’histoplasmose.


- Action inflammatoire de Cryptococcose neoformans qui provoque en même temps une réaction
granulomateuse à corps étrangers.

Les champignons sont aérobies, d’où l’importance de ne jamais visser à fond le bouchon des
tubes de culture. Il vivent entre 0 et 5°c mais la zone de 25 à 30°c est la plus favorable. Ils
supportent des PH très acides et une humidité comprise entre 75 et 95%. Ils assimilent le soufre,
l’Azote, le carbone à partir des sucres.

Le début d’une mycose peut passer inaperçu et les signes généraux sont peut marqués. L’évolution est
généralement longue. Il n’y a pas d’éosinophilie comme dans les helminthoses sauf lorsqu’il y a une
allergie associée. Des manifestations cutanées ou respiratoires peuvent secondairement exister.
L’immunité acquise est exceptionnelle et la recontamination est possible.

Le diagnostic est basée sur la mise en évidence du champignon dans les lésions, sur l’isolément
du champignon par les cultures ou après passage sur un animal expérimentalement infesté. Il est aussi
basé sur l’identification du champignon et les réactions immundogiques de l’hôte dans les mycoses
profondes. Pour cela, il faut faire des prélèvements de bonne qualité ;les squames, les cheveux et les poils,
les ongles, le pus et le liquide pathologique, les tissus et organes obtenus par biopsie, les expectorations,
les selles et le sang.
Le diagnostic mycosique commence par un examen direct du prélèvement qui permet la présence
ou nom du champignons. On passe ensuite à la mise en culture sur milieu de SABOURAUD en vue
d’isoler et d’identifier l’espèce du champignon .
Le diagnostic immunologique donne aussi de bons résultants pour certaines mycoses.

Le mode de reproduction des champignons


Les champignons se reproduisent par des spores mais toutes les spores n’ont pas la même signification
sur le plan biologique en particulier sous l’aspect chromosomial. Il existe 2 types fondamentaux de
spores :
6. Les spores vraies ou méiotiques résultat d’une reproduction sexuée à la suite d’une méiose qui
n’ont que n chromosomes. Elles vont donner par division un thalle haploïde qui lui-même
produira des gamètes destinées à former par leurs fusions un œuf ou zygote à 2 n chromosomes.
Les zygomycètes peuvent avoir une reproduction sexuée et les zygotes se forment alors par
fusion des extrémités des filaments. Les basidiomycètes possèdent des spores externes produites
par des cellules en forme de massue appelées basides (ex : Cryptococcus, neoformans)
Les Ascomycètes forment des spores sexuées à l’intérieur d’un asque.

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7. Les spores imparfaites ou directes qui sont le résultat d’une mitose directe sans réduction
chromozomiale. Elles assurent la reproduction asexuée des champignons et s’unissent pour
former des zygotes. Ex : les zygotes provenant d’une désarticulation du mycélium. Ce sont des
Arthrospores. C’est le cas de Geotricum candidium.

8. Les blastopores provenant d’un bourgeonnement des levures :


 Histoplasma capsulatum
 Cryptococcus
9. Les chlamydospores provenant d’un renforcement de la membrane
10. Les conidiospores qui proviennent d’un bourgeonnement à partir d’un filament. Ils peuvent avoir
une autre disposition.

III. LES MICOSES SUPERFICIELLES DE LA PEAU , DES PHANERES ET DES


MUQUEUSES

D. Les dermatophytoses
Ce sont des affections provoquées par les champignons kératinophytes qui n’attaquent que la couche
cornée de l’épiderme.

7. La peau glabre
Chez l’enfant et l’adulte, on observe des lésions ou polycycliques à développement concentrique,
héritemateuse à la périphérie et rose pâle au centre dans n’importe quelle zone de la peau. C’est ce qu’on
appelle Herpes circiné. On peut aussi observer des lésions inflammatoires au niveau du cuir chevelu et de
menton qui se caractérise par des plaques érythémato-squameuses biens limités après alopécie. C’est le
Kérion.
Le prélèvement de squames à la périphérie du Kérion avec un vaccinostyle et l’ensemencement sur le
milieu de SABOURAUD en 10 à 20 j permet d’isoler et d’identifier trichophyton lubrum, trichophytom
mentagrophytes et microsporon canis.

8. Les plis
Les lésions érythémosquameuses à pourtour polycyclique sont observées au niveau du pli inguinal, du pli
fessier, du scrotum, du pénis, de l’aisselle, et de la partie supérieure de la cuisse.

Chez la femme, elles peuvent se retrouver au niveau des plis mammaires. Il s’agit de l’eczéma
margiré de HEBRA.
Le prélèvement des squames en bordure des lésions et l’ensemencement sur milieu de
SABOURAUD en 10 à 20 jrs permet d’isoler T. interdigitale, Espidermaphyton floccosum.

9. Les mains et les pieds


Des lésions eczémateuses avec hyperkératose et vésicule au niveau des paumes de la main et de la
plante du pied.
Des lésions de desquamation des espaces interdigités et du 4 espace inter orteils puis les lésions
érythémateuses étendues au niveau du pied. Cette maladie s’appelle Athlet’s foot ou pied d’Athlète.
L’onyxis aux bords libres de l’ongle qui devient épais, craqueux et cassant sans périonyxis. Le
prélèvement par grattage avec un vaccinostyle et l’ensemencement sur milieu de SABOURAUD
permet d’isoler et d’identifier T.lubrum et T.interdigitale

10. Le cuir chevelu


Ce sont les teignes qui affectent surtout les enfants et qui guérissent surtout à la puberté.

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- La teigne tondante trichophytique caractérisée par de petites et nombreuses plaques d’alopécie.


Les cheveux sont coupés très court sans gaine avec de nombreuse squames.
L’examen directe du prélèvement entre lame et lamelle dans la potasse à 4% ou du lactophénol
permet de mettre en évidence des spores endothrix caractéristiques de trichophyton surans,
trichophyton violaceum, tricophyton rosaceum et enfin tricophyton lubrum.
- La teigne tondante microsporique caractérisée par la présence de grandes et uniques plaques
d’alopécie. Les cheveux sont coupés à 3-4 cm avec une gaine visible et une présence de squames.
La lumière à la lampe de WOOD est positive.
L’examen direct du prélèvement montre des spores endotrix caractéristiques de Microspora canis.
- La teigne favique ou favus : elle est caractérisée par la présence d’alopécies étendues du cuir
chevelu avec de nombreux graters « godets favique » recouvert de croûtes jaunâtres. Les cheveux
sont rares, ce qui entraîne une alopécie définitive même après traitement.
L’examen à la lumière de WOOD est positif. L’examen direct des poiles permet de mettre en
évidence une présence de filaments mycéliens intrapilaire. Le prélèvement de chevaux et de
squames suivi de l’ensemencement sur milieu de SABOURAUD montre la présence de
trichophyton schoenleini

Au niveau du traitement de ces teignes, il faut d’abord couper les cheveux puis
application locale d’une pommade antifongique à base de Griséofulvine ou bien une pommade de
Daktarin ou Fazol ou Kétoderm.

E. Pityriasis versicolor
C’est une affection strictement cutanée, banale bénigne très fréquentes en zones tropicale. Chez
l’adolescent et l’adulte jeune. Elle est caractérisée par des lésions blanchâtres sur peau noire au
niveau du cou, du thorax, de l’abdomen et des racines des membres. Ce sont des tâches multiples bien
limitées, parfois confluentes, desquament légèrement et les lésions sont prurigineuses.
Le champignon est à la fois kératinophile et lipophile ; il secréterait des acides décalboxyliques
inhibant la tyrosinase, une enzyme nécessaire à la synthèse de la mélanine. La chaleur et les produits
gras favorisent le développement du champignon responsable appelé Malassezia furfur.

La lampe de WOOD est positive et le champignon se cultive très difficilement sur milieu de
SABOURAUD.

Le traitement du tissu : c’est l’application de la pommade Daktarin, Fazol, Ketoderm.

F. La condidose

C’est une mycose à la fois superficielle et profonde provoquée par des levures du genre
Candida. Il existe 90 espèces sur le plan médical. C’est un saprophite exclusif des muqueuses
digestives.
La contamination se fait par voie endogène à partir du tube digestif par voie endogène pour le
nouveau-né en cas de candidose vaginale de la mère.
L’altération de l’état général en cas d’affection maligne du VIH/SIDA est très notoire. On
observe une déséquilibre hormonale comme le diabète et en cas de grossesse. Le facteur iatrogène
après traitement aux antibiotiques du corticoïde antimitotique et immunosuppresseurs a été
confirmé.
2. La candidose digestive
 Bouche : muguet du nouveau-né et du vieillard caractérisé par enduit blanchâtre ou langue noire
surtout chez les personnes âgées.

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 Œsophage : on a une sensation de brûlure à la déglutition et par conséquent, il y a une sorte de


dysphagie.
 Estomac : gastrite, douleurs épigastriques
 Colon : colite, diarrhée et météorisme abdominal
 Rectum et anus : rectite pour le rectum et anite pour l’anus. Mais on a aussi du prurit anal.
Par contiguïté d’organes la vessie peut aussi être touchée par cette candidose et alors
l’inflammation vésicale provoque l’anurie.

2. Candidose de la peau et des phanères


Au niveau des plis cutanés : elle est souvent associée à la candidose des muqueuses, elle se localise au
niveau des plis cutanés, les plus inguinaux, les plis interdigitaux, les plis interfessiers, sous-mammaires,
etc. on observe alors un érythème prurigineux avec des dépos blanchâtres.
Au niveau des ongles : onyxis (à la base de l’ongle) avec périonyxis douloureux.

3.Candidose uro-génitale
Chez l’homme : on observe de l’urétrite, balanite et une inflammation de la muqueuse avec un endroit
blanchâtre.
Chez la femme : on observe une vulvo-vaginite, prurit vulvaire, de la leucorrhée et une sensation de
brûlure à la miction.

4. Candidose broncho-pulmonaire
Elle est caractérisée par une pneumopathie aigüe et subaigüe sur un terrain défiscient.

11. Endocardite à candida


C’est une atteinte grave que l’observe surtout à la suite d’une chirurgie cardiaque.

12. Septicémie à candida


Elle est due à un cathéterisme. Tableau clinique infectieux grave avec de nombreuses localisations.

Allergies à candida albicans


Elles accompagnent les infections à candida et ces allergies se caractérisent par un Eczema, de l’urticaire.
Sinusites et ça peut évoluer vers l’asthme.

Diagnostic de la candidose
Il faut faire un prélèvement au niveau des lésions et rechercher les champignons.
Le prélèvement peut se faire par écouvillon, par endoscopie au niveau du tube digestif, à partir
des expectorations, des selles, d’une biopsie d’organes et par hémoculture en cas de septicémie.
L’examen direct montre une présence de levures bourgeonnantes. La culture sur milieu de
SABOURAUD montre des colonies blanchâtres et crémeuses.
Traitement.
→ Les candidoses digestives : il faut d’abord un bain de la bouche avec des antiseptiques et
pour l’arrière-bouche on fait le gargarisme. On prend 8à12 comprimés de
Mycostatine =Daktarin.
→ Candidoses uro-génitales :il faut faire une application locale d’une pommade de
mycostatine, daktarin ou fazol. On peut utiliser des ovules de mycostatine mais aussi on
peut utiliser le gel gyno-daktarin.
→ Candidoses superficielles. Application locale de pommade de mycostatine. Le traitement
est long pour l’onyxis.
→ Candidose viscérale : 6à9 comprimés/ jours de daktarin pour l’adulte 30 mg/kg de patarin
pour un enfant

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IV. MYCOSES PROFONDES.

1Aspergillose.
C’est une parasitose due à un champignon du nom de Aspergillus survenant sur un terrain affaibli
notamment par une atteinte viscérales importante (leucémie et VIH/SIDA)ou des antécédents d’atteinte
pulmonaire. Les spores d’aspergillus sont largement répondus dans la nature. La contamination se fait par
inhalation des spores. L’affection est cosmopolite et plus espèces peuvent être pathogènes pour l’homme
notamment :
Aspergillus fumigatus
Aspergillus midans
Aspergillus favus
Aspergillus Niger
C’est aussi une affection nosocomiale.

2. Aspergillome
C’est une tumeur mycélienne  développée dans une cavité préexistante au niveau des voies respiratoires.
Elle peut être localisée au niveau des bronches, au niveau d’un abcès pulmonaire, un kyste aérien ou dans
une ancienne caverne tuberculeuse.
Le plus souvent, c’est une découverte fortuite à cause de sa latence. Parfois, on observe de la toux et des
hémoptysies récidivantes.

2. Aspergillose pulmonaire invasive aigue.


Elle est due à la dissémination d’Aspergillus fumigatus. Elle est caractérisée par un état général alerté, de
la dyspnée, une fièvre à 40° et des opacités multiples des poumons à la radiographie.

3. Aspergillose secondaire à la bronchopneumonie obstructive.


Elle se caractérise par de l’asthme, surtout en cas de bronchites chronique.

4. Bronchite aspergillaire.
Survenant après une bronchoscopie. Elle se traduit par la toux, une expectoration mycopurutente et une
fièvre modérée de 38°4.

5. Aspergillose allergique.
Elle se traduit par de l’asthme aspergillaire suite à une réaction allergique consécutive à l’inhalation
d’aspergillus. On observe alors des signes de dyspnée, la toux, fièvre, hémoptysie, de râle crépitant.

Diagnostic.
- Image radiographique en cas d’aspergillome.
- Recherche des champignons dans l’expectoration et on va trouve des filaments mycéliens. On
peut aussi diagnostique ça par un examen direct.
- Culture de prélèvements sur milieu de SABOURAUD et on observe des colonies qui poussent.
C’est les voies respiratoires.

Autres organes : * au niveau de l’oreille


On a une otomycose due à aspergillus niger. On va observer à l’autoscopie une obstruction mycélienne au
niveau des orifices de l’oreille ; un bourdonnement d’oreilles ; douleurs locales ; prurit, toujours à
l’autoscope, on a un aspect érythémato-squameux du conduit auditif externe.
*au niveau de l’œil
Une atteinte de la cornée par aspergillus fumigatus
*au niveau des sinus maxillaires

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On peut faire une sinusite chronique.

Diagnostic.
- Prélèvement local à la biopsie et l’examen microscopique nous montrer des filaments et des têtes
aspergillaires à l’examen direct.
- La mise en culture du prélèvement va permettre de diagnostique les conidiospores.
- Lavage bronchoalvéolaire lors d’une bronchoscopie et l’examen direct va mettre en évidence des
de tête
Des têtes aspergillaires à partir du liquide de lavage broncho-alvéolaire.

Traitement.
- Fungizone en intraveineuse à raison de 1 mg/kg/jr dans du sérum glucosé isotonique. On peut
faire aussi instillation locale d’amphotéricine B en cas d’aspergillose bronchique ou pleurale.
- Exérèse chirurgicale en cas d’aspergillome.

B.géotrichose.

C’est une affection digestive et respiratoire, cosmopolite, due à Géotrichum candidum. Survenant sur des
terrains affaiblis. C’est un champignon imparfait appelé fungi imperfectif du groupe des adelomycètes
constitué de filaments segmentés caractérisés par des arthrospores.au niveau :
- du tube digestif : langue noire
-du colon : colite
-des voies respiratoires, bronchites chronique avec des complications d’une tuberculose
pulmonaire ou d’une tuberculose miliaire
-de l’œil : conjonctivite.
On peut aussi observe une septicémie en cas de tuberculose miliaire, de cancer ou de diabète.

Diagnostic.
A partir des produits pathologiques prélevés, on fait un examen direct et on va observe une grande
abondance d’arthrospores.

Traitement.
La mycostatine,daktarin ou bien la fongizone en application locale ou per os.

C. Cryptococcose.
C’est une mycose superficielle ou profonde due à une levure de cryptococcus neoformans qui
affectent des sujets particulièrement affaiblis comme dans le cas du VIH/SIDA .c’est une levure ronde ou
ovalaire bourgeonnante et entourée d’une capsule épaisse.
Le champignon est fréquent dans du pigeon, parfois dans les fruits et lait. La contamination de l’homme
se fait par inhalation, par ingestion ainsi que par contact cutané. Le champignon se développe surtout
chez des sujets souffrant de VIH/SIDA ?de cancer ou un traitement aux corticoïdes et aux
immunosuppresseurs.
Lors d’une localisation pulmonaire, les signes cliniques sont souvent inapparents et l’on observe un
syndrome pseudo grippal. Lors d’une localisation méningée (et c’est la plus fréquente), on a des
symptômes se traduisant par des céphalées, des vomissements, des troubles du sommeil, une hypertension
intracrânienne, des déficits neurologiques et par une fièvre. Parfois, le cryptococcome qu’on appelle aussi
tarulome évoque une tumeur cérébrale.
Diagnostic.
- Examen direct du prélèvement en fonction de la région atteinte.

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- Culture sur milieu de sobouraud à 37° et on va observer alors un développement des colonies
beiges d’aspect muqueux
- On fait l’inoculation à la souris.
Traitement.
Nizoral : 40 mg/kg/jr pendant 3 mois

Histoplasmose.
Il existe 2 formes d’histoplasmose : la forme américaine due à Histoplasma capsulatum capsulatum et la
forme africaine de Histoplasma capsulatum duboisii.

L’histoplasmose africaine ou histoplasmose grande forme.


C’est une mycose dont l’épidémiologie est encore mal connue, peu fréquente et limitée à l’Afrique
atteignant surtout la peau et l’os. Le champignon en cause est dimorphe dans l’organisme, c’est une
levure bourgeonnante arrondie ou ova-lavie libre dans le liquide pathologique ou intracellulaire. En
milieu de sabouraud, on observe des filaments avec de petites et grosses spores.

L’aspect clinique.
Au niveau des téguments, on observe des papules lenticulaires, des nodules dermo-épidermique et parfois
des abcès froids fertilisés.
Au niveau de l’os et des articulations, on a des douleurs articulaires et toutes les lésions sont
accompagnées d’adénopathies satellites.
Diagnostic.
- L’examen direct du prélèvement provenant des lésions permet de mettre en évidence de grandes
levures bourgeonnantes et libres.
- En culture sur milieu de sabouraud, on va observe des filaments et des spores. On peut aussi faire
inoculation du prélèvement à un hamster. En autopsie de l’animal, on va trouver des spores
intracellulaires.

Traitement.
Fongizone en intraveineuse 1mg/jrs dose progressivement croissante jusqu’à 1mg/kg/jrs à ne pas
dépasser.

Les mycétomes.
Ce sont des tumeurs inflammatoires chroniques et polyfistulisées contenant du pus avec des grains
parasites caractéristiques de couleurs différentes (noirs, blancs et jaunes). Les mycétomes sont dues à des
actinomycotiques ou à des champignons et on a alors des mycétomes fongiques ou des maduromycoses.
L’infestation siège en général au niveau des membres inférieurs mais aussi ailleurs au niveau des pieds.

Le pied de MADURA.
L’affection est localisée en zone tropicale notamment en Afrique subsaharienne et elle est causée par de
nombreux champignons actinomycètes vivant en saprophytes dans le sol ou sur les végétaux.
La contamination se fait par inoculation sous-cutané par une épine portant des spores en marchant pieds
nus. Selon les grains, on peut distinguer les agents responsables :
- Les grains fongiques sont constitués de filaments mycéliens septés en chevêtres qui poussent sur
milieu de sabouraud et donnent des mycéliums avec des chlamydia spores.
- Les grains actinomycosiques : sont constitués de filaments bordés de massues, ramifiés à angle
droit. Ce sont des grands, ils poussent sur gélose ordinaire et sur milieu de ZOWENSTEN.

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Les agents pathogènes.


 Mycétomes fongiques :
- Madurella mycétoni cosmopolite à grains de couleur noire
- Laeptospira senegalensis avec grains noirs, uniquement africains.

 Mycétomes actinomycosiques.
- Nocardia caviae, Nocardia astéroïde, Nocardia brazibiensis, sont cosmopolites et les grains sont de
couleur jaune
- Streptomyces somaliensis : il est africain et les grains sont jaunes.
- Actinomadura madurae : il est cosmopolite et les grains sont blancs.

Aspect clinique.
 La forme fongique : elle est responsable du mycétome fongique qu’on appelle maduramycose. Ce
sont des tuméfactions chroniques bosselés non sur infectés gonflant le dos et la voûte du pied en
surlevant ce dernier avec présence de quelques fistules laissant souder le grain très douloureux
envahissant progressivement les parties molles et les squelettes
 La forme actinomycosique : ce sont des tuméfactions plus inflammatoires surinfectées plus
étendues avec de nombreuses fistules laissant sourdre de petits grains. Il peut y avoir une atteinte
diffuse avec formation de nombreuse micro géodes au niveau de l’os.
Les ganglions satellites peuvent être touchés.

Diagnostic
-Se fait par inspection clinique
-Prélèvement du pus avec les grains qui sourdent
-Mise en culture sur milieu de sabouraud et le milieu donnera des grains fongiques
- Mise en culture sur milieu de Lowenstein.On aura des graines actinomycotique.

Traitement
-Exérèse chirurgicale qui est très mutilante
-Le traitement aux sulfamides localement et par voie générale et ça peut durer longtemps.

III. LES MYCOSES SOUS-CUTANEES ET OSTEOARTICULAIRES

E. Les sporothricoses
C’est une mycose sous-cutanée le plus souvent bénigne mais pouvant dans de rares cas se
généraliser et provoquer la mort. L’agent pathogène est sporotricum schenkie. C’est un
saprophyte du sol et des végétaux.

F. La chromoblastomycose
C’est une mycose cosmopolyte à évolution lente siégeant au niveau des membres. Deux
champignons à pigment brun sont responsable de la maladie. Il s’agit de phialospora pedrosi et
phialospora verrucasa. La maladie se caractérise par des lésions cutanées, bourgeonnantes, indolores
et chroniques. L’exérèse chirurgical est le traitement conseillé quand c’est possible, si non, on doit se
contenter des soins locaux.

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Blastomycose
C’est une mycose sud-américaine due à blastomyces dermatidis (nord Amérique) et blastomyces
braziliinsis (sud Amérique). Elle se caractérisent par une atteinte pulmonaire et des lésions cutanées
bourgeonnantes et chroniques.

Traitement
Fungizone en intra-veineuse à raison de 1mg/kg/jour.

G. Zygomycose/mucormycose
C’est une mycose cosmopolite due aux champignon du genre Mucor, Absidia et Phyzopus. La
maladie est caractérisée par une bronchite et sinusite, abcès du cerveau, trouble digestif et des
ulcérations cutanées en fonction de la localisation de l’agent pathogène.

Traitement
Essayer la Fungizone en perfusion lente

H. Coccidioidomycose

C’est une mycose qu’on rencontre dans les régions désertiques des Etats unis, du Mexique et
d’Amérique du sud. L’agent pathogène Coccidioides immitis. La porte d’entrer est aérienne par inhalation
des poussières du sol contenant des spores du champignon.
 La coccidioidomycose primaire a une localisation pulmonaire avec des manifestations
allergiques.
 La coccidioidomycose secondaire est une forme grave, voire mortelle quand elle n’est pas traitée.
On observe des granulomes cutanés, sous-cutanés, osseux et pulmonaires.
Traitement
Fungizone en perfusion lente dans du sérum glucose isotonique, jusqu’à l’amélioration du
malade.

b) principales infections virales du fœtus et du nouveau-né

- Le virus de la rubéole qui donne une infection in utero


- Le cytomégalovirus avec des infections in utero et périnatales,
- L’herpès simples 2, avec des infections périnatales,
- Le virus de la varicelle et du zona avec des infection in utero et en périnatales,
- Le parvovirus B 19 qui donne des infections in utero,
- Le VIH peut donner des infection in utero et en périnatale,
- Le VHB donne principalement une infection périnatale,
- Les Entérovirus donnent des infections périnatales

c) les principales infections virales de l’enfance

Elles sont dominées par des exanthèmes ou manifestations éruptives sur le revêtement cutané. On
distingue :

- La rougeole causée par un virus à ARN du genre la Morbillivirus et de la famille des


Paramyxoviridae,
- La rubéole causée par un virus à ARN appartient au genre Rubivirus et à la famille des
Togaviridae,

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- Le mégalérythème épidémique ou < 5ème maladie éruptive<, causées par un virus à ADN du
genre Parvovirus B19 de la famille des Parvoviridae.
- L’exanthème subit ou « roséole » du à un virus à ADN, l’Herpès virus humain 6, ou (HHV6),
un virus à ADN du genre Cytomégalovirus de la famille des Herpèsviridae.
- La varicelle qui est une maladie essentiellement bénigne avec de rares complications chez les
enfants et nouveau-nés immunodéprimés. Elle est causée par le virus de la Varicelle et du
Zona ou VZV ou HHV 3, un virus à ADN, qui appartient au genre Varicellovirus et à la
famille des Herpesviridae Ce virus peut donner une méningite chez les enfants
immunodéprimés….
- Le virus des oreillons responsable d’une parotidite, maladie bénigne de l’enfance. Ce virus, à
ARN, appartient à la famille des Paramyxoviridae. Il peut être à l’origine de manifestations
neurologiques type méningites voire méningo encéphalites.

d) Les virus responsables d’infections du tractus respiratoire


Ces virus dits respiratoires ont un tropisme presque exclusif pour les cellules ciliées des muqueuses
respiratoires :

-les Virus influenza responsables de la grippe principalement le virus influenza A

-les Virus para-influenza,

-le Virus respiratoire syncytial (V.R.S)

-les Adénovirus respiratoires,

-les Rhinovirus,

-les Coronavirus.

-les Metapneumovirus humain

Suivant les virus, ils provoquent des syndromes respiratoires différenciés en rhumes, laryngites,
trachéites, bronchites, bronchiolites, pneumonies ou grippes.

Chaque syndrome clinique respiratoire viral est en général caractéristique d’un groupe de virus
respiratoire ; par exemple le rhume avec les rhino virus, les laryngites avec les para influenza virus, les
bronchiolites avec le virus respiratoire syncitial et la grippe avec les influenza virus.

Mais il n’existe pas réellement de spécificité étiologique. Plusieurs virus différents peuvent être
responsable du même syndrome clinique.

e) les principales infections virales digestives

Elles sont représentées par les hépatites virales et les gastro-entérites virales. Les hépatites
virales sont dues aux cinq « virus des hépatites » A, B et D, C, E et aux « nouveaux virus des
hépatites »GB-A, GB-B, GB-C/VH-G et TTV. Tous ces virus appartiennent à des familles virales
différentes.

VHA Virus Famille Génome Contamination

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Virus Famille Génome Contamination

VHA Picornavirida ARN Entérale ou


e oro-fecal

Heparnavirus

VHB Hepadnavirus AND Parentérale,


mère-enfant,

Sexuelle

VHC Flaviviridae ARN Parentérale

VHE Calciviridae ARN Entérale ou


oro-fecal

GB-A Flaviviridae ARN Parentérale

GB-B

GB-
C/VHG

TTV Parvovirus AND Parentérale

Les diarrhées aiguës infectieuses représentent une des maladies les plus fréquentes partout dans
le monde et touchent essentiellement le nourrisson et le jeune enfant. Durant l’année 1977-1978, une
étude recensait 3 à 5 millions de cas de diarrhées en Afrique, Asie et Amérique. Si l’étiologie
bactérienne était connue de longue date, le rôle important joué par certains virus est de découverte
relativement récente.

Dès les années 1970, l’introduction de la microscopie électronique dans le diagnostic virologique
a permis la visualisation de nombreux agents viraux dans les selles des patients atteints de gastro-
entérites aiguës.

On y trouve ainsi :

-des Rotavirus

-des Astrovirus

-des Adénovirus entériques serotypes 39, 40

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-l’agent de Norwack

-des Coronavirus

Tous ces virus associés aux gastro-entérites aiguës, ne se retrouvent pas avec une même fréquence. Les
Rotavirus et les nouveaux Adénovirus entériques sont très fréquemment retrouvés aux cours des gastro-
entérites des nourrissons. Les autres virus intéressent l’enfant et l’adulte et sont plus rarement isolés.
Actuellement un vaccin a été mis au point contre les rotavirus

f) les infections virales du système nerveux central

Elles sont dominées par les syndromes cliniques aiguës du S.N.C : tels les méningites aseptiques causées
par les Poliovirus agents de la PAA (Poliomyélite aiguë antérieure) ou le virus de la rage humaine et
animale.

Quatre maladies chroniques et dégénératives du S.N.C sont liées à des virus lents conventionnels.

Ce sont :

1) la pan-encéphalite asubaiguë sclérosante (PESS) due au virus de la rougeole un Paramyovirus,

2) la leucoencéphalite multiforme progressive (L.M.P) due au virus J.C, un Papovavirus

3) la paralysie spastique tropicale (P.S.T) due au virus humain de la leucémie à lymphocyte T


type 1 (HTLV1) ;

4) la démence associée au syndrome d’immunodéficience acquise ou SIDA due aux virus de


l’immunodéficience humaine de type 1 et 2(VIH 1 et 2).

A ces pathologies chroniques nous pouvons ajouter les maladies de CREUTZFELD-JACOB (M.C.J) et
ces dérivés chez l’homme et l’animal qui sont des encéphalopathies subaiguë spongiformes
transmissibles ou ESST (dont la maladie de la vache folle).

Ces maladies toujours mortelles à évolution très lente sont transmises par des agents transmissibles non
conventionnels (ATNC) ou Prions.

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