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2eme année

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Chapitre 3 : Réplication et réparation de l’ADN

Introduction
la capacité de se multiplier et de répliquer le matériel génétique est une caractéristique de tous
les êtres vivants. L’ADN doit être répliqué et transmis aux cellules filles lors de la division
cellulaire.
La réplication est le processus par lequel une cellule double sa quantité d’ADN avant de se
diviser
L’information génétique doit être copiée fidèlement et à très grande vitesse.

La réplication de l’ADN s’effectue de façon semi-conservative :


Les deux brins se séparent, et chacun sert de matrice pour la synthèse d'un nouveau brin.

Un premier cycle de réplication produirait deux molécules hybrides composées pour moitié
d'ADN original et pour moitié d'ADN neuf. Après un second cycle de réplication, la moitié
des molécules seraient hybrides et l'autre moitié contiendrait uniquement de l’ADN neuf.

Les éléments essentiels de la réplication:

1- une matrice d’ADN simple brin


2- des matériaux de base qui doivent être assemblés en une nouvelle chaine
polynucléotidique
3- des enzymes et d’autres protéines qui peuvent lire la matrice et assembler les substrats en
molécule d’ADN.

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La réplication est bidirectionnelle


La réplication démarre en un point appelé origine de réplication puis se poursuit dans les deux
directions en copiant les deux brins à chaque fourche. Chaque origine de réplication engendre
deux fourches de réplication.

Dans un chromosome circulaire (chez les bactéries et certains virus), une origine est souvent
suffisante et les deux fourches qui en partent se confondent du coté opposé du cercle pour
finir la réplication.

Remarque : chez certaines bactéries la réplication peut être unidirectionnelle (une seule
fourche de réplication)

Les longs chromosomes eucaryotes comportent un grand nombre d'origines : les deux
fourches parties d'une origine donnée progressent jusqu'à rencontrer les fourches parties
d'origines voisines.

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II-Réplication chez les bactéries (procaryotes)

Trois étapes :
a) Initiation de la réplication
b) Elongation de la réplication
c) Terminaison de la réplication

a) Initiation de la réplication

L'origine de réplication chez E.coli est unique et est appelée OriC. Le locus OriC fait prés de
250pb. Plusieurs protéines DnaA vont s'associer avec l'ADN à l'origine de réplication et vont
dissocier les brins.

Puis vient se fixer les protéines hélicases (DnaB) dont le rôle est de séparer les brins de la
double hélice d'ADN en présence d'ATP (casser les liaisons hydrogènes), ce qui détermine la
future fourche de réplication.
L’hélicase s’attache au brin tardif à chaque fourche de réplication et se déplace dans le
sens 5' => 3'
D’autres protéines, Les protéines de liaison au simple brin (SSB pour Single-Strand-binding
protein) stabilisent cette conformation ouverte et empêchent les deux brins de se réassocier.
Lors du déroulement de l’hélice, une tension d’enroulement est créée devant la fourche de
réplication produisant souvent un surenroulement, une enzyme appelée ADN topoisomérase
(ADN Gyrase) permet de relaxer ce surenroulement en coupant l’ADN et le ressouder
ensuite.
Une enzyme appelée primase synthétise des amorces d’ARN (10 à 12 nucléotides) ce qui
fourni des extrémités 3’-OH nécessaires à l’ADN polymérase III pour commencer la
réplication.

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b) Elongation de la réplication :
Après la synthèse de l'amorce d'ARN, deux unités de l’ADN polymérase III s'insère au
niveau de la fourche de réplication (une pour chaque brin) et commencent la synthèse des
brins complémentaires à partir des amorces d’ARN.
La synthèse de l'ADN se déroule dans le sens 5' → 3'

Le brin avancé ou précoce s'allonge continuellement à partir d'une seule amorce dans le
sens 5' => 3', qui coïncide avec le sens de déplacement de la fourche.
Par contre la synthèse du brin tardif est plus compliquée puisque la croissance doit suivre le
sens de déplacement de la fourche, alors que l'ADN polymérase n'attache les
désoxyribonucléotides que dans le sens 5' => 3'. Ceci a été résolu en synthétisant le brin
retardé de façon discontinue sous forme de petits fragments (dans le sens 5' => 3') à partir
d’amorces d’ARN (une amorce pour chaque fragment).
Les fragments ARN-ADN ainsi formés, sur le brin retardé sont appelés fragments
d'Okasaki.

En [1], l’hélicase sépare les deux brins du DNA.


En [2], les protéines de liaison empêchent les deux brins de se recoller.
En [3], les polymérases synthétisent les nouveaux brins de 5’ en 3’.
En [4], le brin direct est retranscrit directement.
En [5], le brin retardé est synthétisé sous forme d’éléments d’Okazaki

Nécessité d'amorces d'ARN


L’ADN polymérase ne sait pas commencer une chaîne polynucléotidique, elle ne sait qu'allonger
une chaîne de polynucléotides. Intervient donc une ARN polymérase ou primase qui va
commencer une chaîne d'ARN. Ce fragment d'ARN est appelé « amorce ».
Les amorces d'ARN synthétisées par la primase sont ensuite allongées dans le sens 5' => 3' par
L’ADN polymérase III, mais cette fois c'est de l'ADN qui est ajouté

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Hydrolyse et remplacements des amorces d'ARN


Les amorces d'ARN sont ensuite éliminées, hydrolysées et remplacées par de l'ADN. C'est
l'enzyme ADN polymérase I qui élimine les amorces d'ARN et qui resynthétise à sa place de
l'ADN.

Dés que le segment de brin retardé s'est allongé jusqu'à rejoindre l'extrémité 5' du
fragment adjacent par ADN polymérase III, l’ADN polymérase I prend la relève : élimine
les amorces par son activité exonucléase 5' => 3' et les remplace par l’ADN.

Finalement, les fragments d'ADN libérés de leur amorce d'ARN et devenus contigus vont être
soudés par une ligase.

Synthèse concertée des deux brins d'ADN


La même ADN polymérase III ajoute des nucléotides aux points de croissance tant du brin
avancé que du brin retardé de façon concerté. Le brin retardé forme une boucle autour de
l’ADN polymérase III. Il se produirait ainsi une inversion de sens de brin retardé et l'addition
de nucléotides en 3' pourrait se faire simultanément sur les deux brins dans le sens 5' => 3'.

c) Terminaison de la réplication
Les fourches de réplication arrivent aux sites de terminaison Ter (Terminus) où se fixe une
protéine Tus (Terminus Utilizing Sequence) pour former un complexe Ter- Tus complex qui
met fin à la réplication (bloque le mouvement de l’hélicase).

La partie entre les deux terminateurs n’est d’abord pas répliqué, les deux ADN circulaires
sont ainsi associés, intervient alors la topo-isomérase IV pour les dissocier. L’ADN
polymérase I complètera ensuite les parties non répliquées.

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Les ADN polymérases :


On a purifié 3 ADN polymérases chez E. coli

ADN polymérase I, elle a 3 fonctions :


- une fonction exonucléase 5' => 3' qui va éliminer les amorces d'ARN
- une fonction de polymérisation 5' => 3' pour remplacement des amorces d'ARN par un brin
d'ADN et aussi pour le remplissage des lacunes au cours de la réparation de l'ADN.
- une fonction exonucléase 3' =>5' qui va élimine les nucléotides mal appariés et progresser en
les remplaçant par des nucléotides corrects. Ainsi cela réduit la fréquence des erreurs à 1 par
million. (= fonction d'édition).

ADN polymérase II : possède une fonction exonucléase 3' =>5', et pourrait intervenir dans la
réparation de l'ADN lésée chimiquement.

ADN polymérase III possède 2 fonctions :


- une fonction polymérase d'addition de nucléotides à l'extrémité 3'-OH d'une chaîne
nucléotidique. C'est cette enzyme qui fonctionne aux fourches de réplication.
- une fonction exonucléase 3'=>5' comme pour l’ADN polymérase I, ces enzymes sont
doutées d'une « fonction d'édition ».

D’autres ADN polymérases sont mises en évidence (ADN polymérase IV et ADN


polymérase V) : elles jouent un rôle dans la réparation de l’ADN)

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III- La réplication chez les eucaryotes

L’ADN eucaryote est répliqué de manière presque similaire à l’ADN des bactéries. Dans les
deux systèmes, l’ADN double brin est déroulé aux origines de réplication, des fourches de
réplication sont formées et une synthèse bidirectionnelle par une ADN polymérase crée des
brins précoce et retardé à partir de brins matrices.

Comme les cellules eucaryotes contiennent plus d’ADN (1000 fois plus que les procaryotes),
que celui-ci est sous forme linéaire plutôt que circulaire et qu’il est associé avec des protéines,
les eucaryotes font face à une sophistication accrue par rapport aux bactéries (procaryotes).
Par conséquent, les processus de synthèse d’ADN est plus complexe chez les eucaryotes et
plus difficile à étudier.

Origines de réplication : chez les eucaryotes des milliers d’origines de réplication sont
utilisées pour répliquer la totalité du génome en un temps raisonnable. Un complexe de
plusieurs protéines (ORC) se lie aux origines, au niveau de régions riches en A et T, pour
séparer les deux brins de la double hélice.

De la même façon que chez les procaryotes, les protéines suivantes interviennent :
-Les hélicases sont responsable de séparer les brins d’ADN.
-Des protéines stabilisent chaque brin séparé
-La topoisomérase relaxe les surenroulements créés en aval de la fourche de réplication

Les ADN polymérases chez les eucaryotes :


Jusqu’à présent, on a isolé plusieurs ADN polymérases chez les cellules eucaryotes (une
quinzaine), elles sont représentées par α(alpha), β(beta), γ(gamma), δ(delta), ε(epsilon)…etc.
Parmi ces enzymes, Les trois ADN polymérases α, δ et ε interviennent directement dans la
réplication de l’ADN nucléaire. La polymérase γ réplique l’ADN mitochondrial et les autres
ADN polymérases interviennent dans des mécanismes de réparation de l’ADN.

La polymérase α qui a aussi une activité primase initie la synthèse par une amorce
d’ARN suivie d’une courte séquence d’ADN.
L’ADN polymérase ε synthétise le brin précoce.
La polymérase δ synthétise le brin tardif (synthèse des fragments d’Okazaki).
L’amorce d’ARN est éliminée par une endonucléase (FEN-1). La polymérase δ complète
le vide avec de l’ADN et l’entaille (le vide) entre les fragments d’Okazaki est comblée
par une ADN ligase.

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Tableau comparatif entre les protéines de réplication chez les procaryotes et chez les
eucaryotes

Protéine procaryote Protéine eucaryote Fonction


DnaA Protéines ORC Reconnaissance de l’origine de réplication

Pol III Pol δ / Pol ε Principale enzyme de réplication

Primase Pol α Synthèse de l’amorce d’ARN


Synthèse de courts oligonucléotides d’ADN
ADN Ligase ADN Ligase Souder les fragments d’Okazaki en un brin
continu
Pol I FEN-1 Elimine l’amorce d’ARN :
chez les procaryotes la Pol I remplace l’ARN
par l’ADN.
Chez les eucaryotes c’est la Pol δ qui remplace
l’ARN par l’ADN.

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IV- Réparation de l’ADN

Le but de la réplication est la synthèse d’un nouveau brin d’ADN qui soit exactement
complémentaire au brin matrice pour chaque nucléotide. Même si les ADN polymérases sont
extrêmement fidèles, la synthèse n’est pas parfaite et des erreurs sont occasionnellement
commises. Pour corriger ces erreurs, plusieurs mécanismes de réparation peuvent exister :

1- Correction et relecture d’épreuve : tous les ADN polymérases possèdent une


activité exonucléase de 3’ vers 5’. Cette propriété leur confère la capacité de détecter
et d’exciser les nucléotides qui ne sont pas appariés. Lorsque un nucléotide incorrecte
est incorporé par l’ADN polymérase (chez les bactéries le taux d’erreur est de 10-5),
l’appariement entre le nucléotide en 3’ du brin naissant et le brin matrice n’a pas lieu.
Pour régler cette situation, l’ADN polymérase est capable de reconnaitre l’erreur, de
reculer en se comportant comme une exonucléase, de couper le nucléotide incorrect et
de le remplacer par le bon nucléotide.

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2- Réparation de mésappariements : permet de faire face aux erreurs non corrigées par
le système de correction d’épreuve.
Contrairement à la correction d’épreuve qui a lieu pendant la synthèse, la réparation de
mésappariements a lieu après la synthèse.
Chez les bactéries E. coli, la protéine MutS reconnait le mésappariement. Les
protéines MutL et MutH (endonucléases) ouvrent le brin portant la mutation. Une
exonucléase intervient ensuite pour dégrader la région mésappariée. L’ADN
polymérase synthétise un nouveau brin correct et enfin ligaturé par une ADN ligase

3- Réparation par excision de nucléotide REN : Répare les mutations spatialement


encombrante qui déforment la double hélice (exemple : dimère de pyrimidine causé
par les UV).
Dans un premier temps un dommage est identifié par des protéines spécifiques, puis
séparation des deux brins d’ADN (par les protéines XPB et XPD). Le brin
endommagé est ensuite coupé des deux cotés de la lésion par une paire d’endonucléase
et le segment d’ADN compris entre les deux coupures est libéré. Le vide est comblé
par l’ADN polymérase et le brin est soudé par l’ADN ligase.

Dimère de pyrimidine Dimère deRéparation


pyrimidinepar
formé
excision de nucléotides
après irradiation par les UV

4- La réparation post-réplicative (par recombinaison): lorsque l’ADN porteur d’une


erreur (exemple : dimère de pyrimidine) est en cours de réplication, l’ADN
polymérase peut sauter celle-ci laissant un trou sur le brin néosynthétisé.
Pour corriger ce trou, une protéine RecA réalise un échange avec le brin parental non
muté de même sens (brin donneur). Le trou est transféré sur le brin donneur et peut
être réparé par une ADN polymérase.

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5- Réparation par excision de bases REB : répare les lésions dues à l’hydrolyse
spontanée ou aux agressions chimiques

La REB est déclenchée par un ADN glycosylase qui reconnait une altération et
élimine la base. Le désoxyribose phosphate qui était fixé à la base excisée est éliminé
et une ADN polymérase comble la lacune par insertion d’un nucléotide
complémentaire de celui du brin intact. Enfin le brin est soudé par l’ADN ligase.

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6- Réparation des ruptures des deux brins : il existe deux voies

-Réparation par réunion des extrémités non homologues : la lésion est détectée par
une protéine hétérodimère Ku qui se lie aux deux extrémités libres de la cassure.
Ensuite Ku recrute une autre protéine ADN-PKcs. Ce complexe protéique réuni les
extrémités brisées de l’ADN et une ADN ligase intervient pour les souder

Références bibliographiques :

Lodish et al, Biologie moléculaire de la cellule, 7° édition publié par W.H.FREEMAN, New
york. Copyright2012.

Benjamin et al, l’essentiel de la génétique 1° édition publié par W.H.FREEMAN, New york.
Copyright2011.

William Klug et al, génétique 8eme édition par Pearson Education. Copyright2006.

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