République Algérienne démocratique et populaire

Ministère de l’enseignement supérieur

Université Kasdi Merbah-Ouargla-
Faculté de médecine

BIOCHIMIE
1ère année médecine

IV. Acides aminés et protéines

IV.1. Structure des acides aminés – peptides - protéines

préparé par : SMILI Hanane

Année universitaire 2019-2020 1

 III. PROTEINES
III.1. Définition
• Le terme protéine (du grec prôtos = de premier rang) fut proposé en 1839 par le chimiste Suédois Jöns
Jakob Berzelius pour souligner leur importance quantitative dans la matière vivante (les cellules animales
sont constituées de protéines à plus de 50% du poids sec.
• Les protéines sont également des molécules de première importance vu la diversité de leur fonctions au sein
d’une cellule et au sein d’un organisme:
- Protection: protéines de défense neutralisent les structures étrangères (immunoglobuline, facteurs de coagulation,..)
- Régulation: communication intra/intercellulaire (hormones, récepteurs, transduction de signaux, transcription,.. ).
- mOuvement: protéines permettant le mouvement et la contraction (actine, myosine, …)
- Transport: d’ions et de molécules diverses (hémoglobine, albumine, …)
- Energie: réserves d’acides aminés, substrats énergétiques (ovalbumine, graines, …)
- Influx Nerveux : la rhodopsine est une protéines photoréceptrice des cellules en bâtonnet de la rétine.
- Enzymes: catalysent les réactions biochimiques (oxydoréductases, trypsine, …)
- Structure: organisation et consolidation des cellules et tissus (collagène, kératine, cytosquelette, …).

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III.2. Caractéristiques des protéines
• Les protéines sont des macromolécules de type polymères composées d’une ou plusieurs chaînes
d'acides aminés (chaines polypeptidiques). Elles sont synthétisées et dégradées en permanence
dans les cellules. Leurs structures sont génétiquement déterminées, elles ont donc une taille
prédéfinie (modifiée parfois après traduction).
• Une protéine est
– Monomérique = une seule chaîne peptidique
– Multimérique = plusieurs chaînes peptidiques.
• Homomultimèrique = plusieurs chaînes peptidiques identiques
• Hétéromultimèrique = plusieurs chaînes peptidiques différentes.
– Une holoprotéine quand elle ne fournit que des acides aminés, après hydrolyse.
– Une hétéroprotéine quand elle fournit des acides aminés et d’autres molécules différentes,
après hydrolyse.
• La partie protéique: apoprotéine
• La partie non protéique: groupement prosthétiques (selon sa nature chimique on a les
glycoprotéines, lipoprotéines, nucléoprotéines, métalloprotéines, …).
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III.3. Structure des protéines
• Les protéines diffèrent les unes des autres parce qu’elles ont un nombre distinct et une séquence
distincte de résidus d’acides aminés.

• Une séquence donnée d’acides aminés s’enroule en une structure tridimensionnelle unique et
complexe désigné sous le terme de conformation.
• Cette conformation est classée par ordre de complexité croissante en structure primaire, secondaire,
tertiaire et quaternaire.

structure primaire structure secondaire structure tertiaire structure quaternaire

• La structure tridimensionnelle des protéines renseigne sur le rôle qu'elles jouent dans la vie de la
cellule (relation structure-activité).

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Structure primaire (I ou séquence): structure chimique (covalente)
= enchaînement des acides aminés.

Structure secondaire (II): correspond aux structures spatiales

régulières (hélices α, feuillets β, coudes, régions non structurées).

Structure tertiaire (III): Repliement des protéines (protein folding).

Concerne l’arrangement dans l’espace des structures secondaires,
c’est à dire la position dans l’espace de chaque atome. Ce qui
représente la structure native donc fonctionnelle de la protéine.

Structure quaternaire (IV): association de structures tertiaires (plusieurs

sous-unités) identiques ou non.

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 III.3.1. Structure primaire
• Décrit la séquence ou l’ordre d’enchaînement des acides aminés qui constituent la protéine.
• Cette séquence est fixée et traduit l’information contenue dans le gène qui code cette protéine.
• Les AA sont numérotés en allant du N-terminal vers le C-terminal.
• La structure primaire s’écrit en utilisant le code à 1 lettre ou le code à 3 lettres:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
M V H L T P E E K S A V T A L…
(N-term) Met-Val-His-Leu-Thr-Pro-Glu-Glu-Lys-Ser-Ala-Val-Thr-Ala-Leu … (C-term)

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 III.3.2. Structure secondaire
• 1er stade de l’organisation dans l’espace d’une chaîne peptidique.

• Une chaine d’AA possède au niveau des liaisons peptidiques de

nombreux groupements –CO- et –NH- ceux-ci peuvent établir entre
eux dans l’espace des liaisons hydrogènes et former une structure
secondaire.

• Les structures secondaires (stables) les plus fréquentes sont : l’hélice α, le feuillet plissé β (motifs
périodiques) et les coudes β.

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 L’hélice α

Pont hydrogène

• La chaîne principale s’enroule en spirale, vers la droite.

• Structure stabilisée par des liaisons hydrogènes (intramoléculaires)
entre les résidus n et n+4.
• L'hélice α s'élève de 0,54 nm à chaque tour.
• Elle compte 3,6 résidus par tour. .
• Les plans des liaisons peptidiques sont parallèles à l’axe de l’hélice.
• Les chaînes latérales R et liaisons C-H pointent vers l’extérieur.
• Taux d’hélicité c’est le % d’aa engagé dans l’hélice α.
Vue axiale de l’hélice α.

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Feuillet plissé β

• La chaine peptidique se trouve sous forme de zigzag (motif plissé).

• La chaîne principale est étirée et deux segments de la protéine

se placent côte à côte, unis par des liaisons hydrogènes entre les
groupements C=O et NH.

- Si les segments sont orientés dans le même sens, on parle de

feuillets parallèles.
Feuillet β antiparallèle

- Si les segments sont orientés dans le sens contraire, on parle de

Pont hydrogène
feuillets antiparalléles.
• Les chaînes latérales, R, se dressent au sommet des arêtes,
dans des directions opposées pour 2 résidus contigus.

Feuillet β parallèle
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 Coude β
R

R 3

Pont Hydrogène

2
R 1

• Le coude ou tour β est un coude serré impliquant 4 résidus et qui permet à la chaîne de changer de
direction.
• La chaîne principale de la protéine fait un tour en U; retrouvé souvent à la jonction de deux segments
de la chaîne formant un feuillet β antiparallèle.
• Ces coudes contiennent en général une glycine ou une proline.

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 III.3.3. Structure tertiaire
• La structure tertiaire correspond à la structure tridimensionnelle de la protéine.
• Elle consiste en un arrangement des structures secondaires entre elles, c’est donc un repliement de
la chaîne sur elle-même.

• Cela implique l’apparition de liaisons hydrogène, ioniques, de forces hydrophobes et parfois de ponts
disulfure.
• Une structure tertiaire n’est pas une structure figée : elle peut se modifier (se tordre, se déformer) sous
l’effet de la fixation d’une molécule (ligand) ou sous l’effet de la variation d’un paramètre physico-
chimique (pH, température, …).
Carboxypeptidase (439 aa, 9 helices et 15 Feuillets β, le reste de la chaîne :
Myoglobine (monomère154 aa, 8 hélices et des coudes). coudes, boucles, ponts disulfures, liaisons ioniques, hydrophobes,… ).
Voir: https://www.uniprot.org/uniprot/P02144#structure Voir: https://www.uniprot.org/uniprot/P15169#structure

N-term

Ligands:
zinc, SO4
N-acetylglucosamine
Ligands:
Porphyrine, Fe C-term

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 III.3.4. Structure quaternaire
• L’association de plusieurs chaînes peptidiques donne une protéine de structure quaternaire.
- Un protomère = sous-unité (une chaîne protéique de structure tertiaire).
- Un oligomère = association de plusieurs sous-unités (plusieurs protomères).
• Les protéines oligomériques sont constituées de protomères identiques (lactate déshydrogénase) ou
différents (hémoglobine).

• L’association des différentes chaînes se fait via des liaisons faibles et parfois aussi par des ponts
disulfure. L’activité biologique est liée à cette association et elle disparait si on la rompt.
Hémoglobine (Hétérotétramère : 2 protomères α 141 aa et 2 β 146 aa, hélices et Lactate déshydrogénase (Homotétramère : 4 protomères
coudes, liaisons faibles). Voir: https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1a00/analysis identiques de 331 aa, hélices α, feuillets β et coudes, liaisons
faibles). Voir: https://www.rcsb.org/structure/1i10
Chaine β Chaine α
Ligands: C-term
Porphyrine+Fer = Hème Ligand:
C-term NAD+

C-term
N-term
N-term
N-term
N-term
N-term
C-term
C-term N-term

Chaine α Chaine β

C-term
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III.4. Les différents types de liaisons ou forces impliquées dans la structuration des
protéines
• Structure primaire: liaisons peptidiques (covalentes), les ponts disulfure.
• Structures II, III et IVaires : liaisons faibles et éventuellement covalentes:
– Les liaisons hydrogènes,
– Les liaisons ioniques,
– Les forces hydrophobes,
– Les liaisons disulfure.

• Les liaisons faibles (leur force est de 1 à 5 kcal/mol) permettent de brefs contacts entres
molécules, les molécules s’associent, réagissent l’une à l’autre, puis se séparent. Contrairement
aux liaisons covalentes stables dont la force est de 80 à 120 kcal/mol.
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 III.4.1. Liaisons hydrogène
• Une liaison hydrogène se forme lorsqu'un atome d'hydrogène déjà
lié par covalence à un atome électronégatif subit l'attraction d'un
autre atome électronégatif.
• Dans les cellules, les atomes électronégatifs qui participent à des liaisons
hydrogène sont le plus souvent l'oxygène et l'azote.
• Les liaisons hydrogène sont environ vingt
fois plus faibles que les liaisons covalentes.

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 III.4.2. Liaisons ioniques
• Un atome cède un ou plusieurs électrons (oxydation) pour former un
ion chargé positivement (cation). Un autre atome capte ces électrons
(réduction) pour former un ion chargé négativement (anion).
• Le cation et l’anion s’attirent l’un l’autre dans une liaison ionique =
pont salin (en raison de leurs charges opposées).

III.4.3. Liaisons hydrophobes

• Comme les molécules non polaires ne peuvent pas réagir avec l'eau.
• Elles tendent à créer entre elles des liaisons de type interactions hydrophobes.

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 • Une protéine soluble (qui sera au contact de l’eau) va se replier de façon à ce que les résidus les
plus polaires soient au contact du solvant. Les résidus apolaires, eux, seront au cœur de la
protéine de façon à ne pas interagir avec l’eau (création de poches hydrophobes).

• Une protéine hydrophobe (qui sera insérée dans des lipides) va se replier de façon à ce que les
résidus les plus hydrophobes soient au contact des lipides qui l’entourent. Les résidus polaires, eux,
seront au cœur de la protéine de façon à ne pas interagir avec ces lipides.

III.4.4. Liaisons disulfure

• Elles sont covalentes, leur formation implique
l’oxydation des groupes sulfhydrile des cystéines et
nécessite de l’oxygène.
• Les liaisons disulfure intrachaînes augmentent
encore la stabilité de la conformation repliée d’un
polypeptide, tandis que les liaisons disulfure
interchaînes stabilisent la structure quaternaire des
protéines oligomériques.

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• L’ensemble de ces interactions confère un haut degré de stabilité à la conformation
biologiquement fonctionnelle d’une protéine.
• Ces structures tertiaire et quaternaire forment des domaines.
• Un domaine est une partie de structure protéique suffisante pour l’accomplissement d’une
fonction chimique ou physique particulière (fixation d’un ligand, encrage de protéine sur une
membrane grâce au domaine transmembranaire hydrophobe, domaines régulateurs, catalytiques..).
Exp: la LDH comporte 2 domaines: un domaine N-terminal de fixation au NAD+ et un domaine
C-terminal de fixation au pyruvate.
• Il existe donc une étroite relation entre la structure d’une protéine et sa fonction.
• La conformation native de la protéine est sa structure tertiaire ou quaternaire qui exprime sa
fonction biologique dans les conditions physiologiques.
• Un traitement détruisant cette structure est appelé une dénaturation (désorganisation de la
molécule), il a pour conséquence la suppression de la fonction de la protéine.

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III.5. Classification des protéines selon leurs formes
• Les protéines peuvent être classées selon leur forme globale:
– Les protéines globulaires: myoglobine, hémoglobine, enzymes, …
– Les protéines fibreuses : fonctions structurales ou protectrices (kératine, collagène …)

Protéines globulaires Protéines fibreuses

Forme Sphérique et compacte Allongée et mince
Solubilité Solubles dans le cytoplasme ou dans la phase lipidique Insolubles dans la cellule
des membranes cellulaires
Role Agents principaux de l’activité biologique de la cellule Fonction mécanique et structurale
exemples Enzymes Collagène
Transporteurs d’oxygène ou de lipides kératine
Hormones Elastine
Récepteurs et transporteurs intégrés à la membrane Fibroïne
Immunoglobulines, …

• Etroite relation entre la structure et la fonction des protéines.

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 III.5.1. Collagène Chaines polypeptidiques

• Présent partout dans l’organisme, constituant essentiel des os,

cartilages, tendons, ligaments, peau, vaisseaux, … Procollagène

• Protéine extracellulaire insolubles très résistantes (structure rigide et

non extensible). Tropocollagène

• C’est une séquence répétée de 3 AA suivant le motif: (Gly-X-Y)n,

Fibrilles
souvent Y = proline, hydroxyproline, hydroxylysine.
• La structure tridimensionnelle du collagène résulte de l’enroulement
de 3 chaînes polypeptidiques pour former une triple hélice
(tropocollagène), stabilisée par des liaisons hydrogène.
• Organisation du tropocollagène en fibrilles puis en fibres dont la Fibres
disposition varie selon la fonction biologique du tissu conjonctif.
• Plusieurs types de collagène: I (90%), II, III.

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 III.5.2. Kératine
• Protéine insoluble synthétisée par les cellules de
l’ectoderme. On distingue 2 types:
• La kératine α: formée de 2 hélices α qui s’enroulent entre elles
pour former une hélice de kératine. Ces hélices de kératine se
combinent pour former des structures plus complexes les
protofilament et protofibrilles. Elles constituent les cheveux les
ongles, la peau, la laine, la corne, ....
• La kératine β: formée de feuillet β plissés, constituant des plumes
d’oiseaux, fibres d’araignées et du vers à soie, des écailles, …
• La kératine est riche en résidus cystéines, ce qui permet
l’établissement de ponts disulfures qui assurent la stabilité importante
de la structure (cheveux 14% de cystéine, lors de la coiffure
permanente, il y a cassure des ponts disulfure et réassemblement).

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III.6. Propriétés physico-chimiques des protéines
III.6.1. Masse molaire
• La masse moléculaire s’échelonne de 10 KDa à plusieurs millions.
• La masse moléculaire d’une protéine est souvent utilisée comme élément caractéristique servant à sa
définition.
Protéine Masse moléculaire (Dalton)
Cytochrome c 12300
Myoglobine 17200
Anhydrase carbonique 30000
Ovalbumine 42700
Albumine 66250

III.6.2. Caractère amphotère

• Comme les AA, les protéines ont un caractère amphotère,
avec un degré de complexité plus élevé en raison du plus
grand nombre de charge mis en jeu (groupements N et C-
ter plus tout les R ionisables).
• Elles ont de ce fait un pHi caractéristique.
1
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 Effet dissolvant
III.6.3. La solubilité Salting in

• La solubilité d’un composé est la quantité maximale du

composé qui peut se dissoudre dans un litre de solvant
considéré.
• La solubilité des protéines dépend de certains paramètres :
- Influence de la concentration en sels de la solution=force ionique Effet relargan
Salting out
Solubilisation saline Précipitation saline
salting in salting out
A de faibles forces ioniques, ↑ [sel] A des forces ioniques élevées, ↑[sel] Evolution de la solubilité d’une proteine en fonction
↑ la solubilité des protéines ↓ la solubilité des protéines de la force ionique.

- Influence du pH
La solubilité est minimum au pH isoélectrique (valeur de pH pour
laquelle la somme des charges positives et négatives est égale à 0).
-Influence des solvants organiques
les alcools (méthanol, éthanol,..), l’acétone précipitent les protéines, ils
sont utilisés pour le fractionnement des protéines à de basses T= 0°C.
à des températures élevées ces solvants dénaturent les protéines.
Evolution de la solubilité
125 en fonction du pH
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 III.6.4. Stabilité thermique des protéines
• Froid ou chaleur provoquent la dénaturation des protéines.
• Dénaturation: modification de la structure tridimensionnelle
sans modification de la structure primaire. Elle provoque la
perte d’activité biologique et la modification des propriétés
physico-chimiques de la protéine.

III.6.5. Autres propriétés des protéines

• Absorption de la lumière en UV
– Absorption à 200 nm (liaison peptidique)
– AA aromatiques (absorption à 280 nm).
• Coloration par fixation des colorants
– Les protéines fixent des colorants (Rouge Ponceau, noir d’amide,
Bleu de Coomasie…) utilisés dans différentes révélations.
• Coloration par réaction: permet le dosage des protéines
– Réaction de biuret.
– Lowry. (Cu2+ en milieu alcalin forme un complexe violet
proportionnel à la présence de liaisons peptidiques)

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 III.7. Techniques d’étude des structures des protéines
• Les méthodes les plus importantes pour la détermination des 4 types de structures des protéines sont:
Structure Méthodes
Primaire Séquençage
Secondaire Dichroisme circulaire, RMN, Diffraction
Tertiaire RMN, Diffraction des Rayons X
Quaternaire RMN, Diffraction
RMN: Résonnance Magnétique Nucléaire

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III.7. Détermination de la structure primaire des protéines
La détermination de la séquence complète en AA d’une protéine passe par les étapes suivantes:
1/ Extraire, séparer et purifier la protéine,
2/ Fragmenter et hydrolyser la protéine,
3/ Séquencer et reconstituer l’ordre des Aa.

Purification Fragmentation Séquençage

- Edman
- Protéines - Obtention de peptides
- C-terminal
- Peptides - Analyse aa - N-terminal

Reconstitution Reconstitution

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III.7.1. Techniques de purification
• Les diverses techniques pour séparer les polypeptides se basent sur la taille, la solubilité dans un solvant
particulier, la charge ou l’aptitude de liaison à un support donné du polypeptide.
Paramètre Technique de séparation
Taille Filtration sur gel, ultrafiltration
Densité Ultracentrifugation
Solubilité Précipitation au sulfate d'ammonium
Charge Chromatographie d'échange d'ions, électrophorése,
isofocalisation.
Affinité Chromatographie d'affinité
Centrifugeuse

III.7.1.1. Ultracentrifugation
Procédé de séparation des composés d'un mélange en fonction de
leur différence de densité en les soumettant à une force centrifuge.
L'appareil utilisé est une machine tournante à grande vitesse appelée
centrifugeuse.

UKMO, SMILI H., 2020 77

III.7.1.2. Chromatographie d’exclusion stérique (filtration sur gel)
Séparation basée sur la taille des protéines (diamètre de Stokes, dépend de la masse
moléculaire et de la forme de la protéines).
Le gel (phase stationnaire) est composé de billes poreuses avec des trous de
différents diamètres; les petites molécules pénètrent dans les trous et sortent
tardivement et les grandes sortent les premières (protéines exclues).

III.7.1.3. Chromatographie d’affinité

Séparation basée sur la haute sélectivité des protéines pour leurs ligands fixés sur
la phase stationnaire. Le ligand peut être un substrat, un co-enzyme, un inhibiteur, …
Elution des protéines fixées soit par compétition soit en interrompant les
interactions protéine-ligand (urée, pH faiblement acide, fortes concentration de
sels).
Méthode plus efficace que la chromatographie par échange d’ions ou la
chromatographie sur gel de filtration.

UKMO, SMILI H., 2020 78

III.7.1.4. Electrophorèse en gel de polyacrylamide (PAGE) avec SDS
PAGE : Electrophorèses sur Gel de Polyacrylamide, l’acrylamide est
polymérisé et réticulé pour former une matrice poreuse (gel), l’application
d’un champ électrique permet la migration des protéines à des vitesses
différentes le long du gel.
Les protéines sont préalablement dénaturés (dépliées) par le Sodium
dodécylsulfate (SDS) qui leur attribue une charge négative.
La séparation en SDS-PAGE se fera donc uniquement en fonction de la masse
molaire des protéines (les plus petites migrent plus vite et plus loin).
Visualisation des protéines après coloration du gel.

III.7.1.5. Isoélectrofocalisation (IEF)/ Electrophorèse bidimensionnelle

Séparation des protéines non dénaturées sur un gel à gradient de pH, elle migrent
donc en fonction de leurs pI (jusqu’à la région du gel ou le pH correspond à leur
pHi = charge nette nulle) (revoir le cours des aa).
IEF est associée à l’SDS-PAGE dans l’électrophorèse bidimensionnelle
(séparation selon le pI et la masse molaire) dans les mélanges complexes de
protéines. UKMO, SMILI H., 2020 79
III.7.2. Fragmentation et détermination de la composition en acides aminés
• Identification des acides aminés totaux constitutifs d’une protéine ou d’un peptide, à travers:
- La rupture de la séquence peptidique par hydrolyse (chimique/enzymatique) des liaisons peptidiques.
- L’analyse qualitative et quantitative des acides aminés du mélange obtenu après hydrolyse.
III.7.2.1. Hydrolyse totale des liaisons peptidiques :
Hydrolyse totale acide (la plus utilisée):
– Par HCl à 6 Mol/L, à chaud (110°C), pendant 12 à 24 h.
– Inconvénients : détruit le Tryptophane et transforme la Glutamine en Glutamate et l'Asparagine
en Aspartate (nécessite d’autres méthodes pour compléter les résultats de l’analyse).
Hydrolyse totale alcaline
– Par NaOH à 4 Mol/L à chaud (110°C) pendant 4 à 8 heures environ.
– Inconvénients: détruit la Sérine, l’Arginine, la Thréonine et la Cystéine,
– Utilisation limitée à la détermination de la teneur en Tryptophane.
Hydrolyse totale enzymatique
la protéolyse totale des liaisons peptidiques avec la Pronase qui est mélange commercial de protéases
extrait de Streptomyces griseus.
UKMO, SMILI H., 2020 80
 - Détermination de la teneur en aa détruits par les méthodes chimiques (Asparagine, Glutamine et
Tryptophane).
- Inconvénient : risque de contamination par l’autodégradation des enzymes protéolytiques.

III.7.2.2. Analyse qualitative et quantitative des aa du mélange obtenu après hydrolyse

Comporte une séparation des acides aminés par chromatographie sur résines échangeuses d’ions,
suivie du dosage de chaque acide aminé par la réaction colorée à la ninhydrine.

• Fragmentation en préparation au séquençage nécessite l’élimination de la conformation native qui

pourrait résister à l'action des agents protéolytiques. Elle permet la séparation des chaînes
polypeptidiques liées par des ponts disulfure. Elle se fait par des agents réducteurs (β-mercaptoéthanol,
dithiothréitol –DTT-, …).
• Fragmentation de la chaîne polypeptidique en plusieurs fragments plus petits par des méthodes
chimiques ou enzymatiques (coupures intrachaîne).
• Séparation des fragments protéolytiques obtenus (chromatographie).

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III.7.2.3. Fragmentation de la chaîne polypeptidique en plusieurs fragments plus petits par des
méthodes chimiques ou enzymatiques (coupures intrachaîne spécifiques).

Méthodes chimiques
Solution Lieu de coupure
Bromure de cyanogène (BrCN) C-terminal des méthionines
N-bromosuccinimide (NBS) Après Tyr et Trp
Hydroxylamine (NH2OH) Liaisons Asparagine-Glycine

Méthodes enzymatique: clivage par des endopeptidases

Enzyme Lieu de coupure
Pepsine Avant le N des AA aromatique: Phe, Trp, Tyr
Asp N-protéase Avant le N de Asp, cystéine, parfois Glu
Trypsine Après le C des AA basiques: Lys-Arg
Chymotrypsine Après le C des A.A. aromatiques: Phe, Tyr, Trp
Endoprotéase V8 Après le C de Glu, parfois de Asp
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 III.7.3. Séquençage et reconstitution
• Détermination des acides aminés N et C-ter par des méthodes chimiques ou enzymatiques.
• Analyse des séquences par la méthode d’Edman.
• Recouvrement des séquences des différents fragments obtenus permet l’établissement de l’ordre dans
lequel les AA sont liés dans la protéine initiale = reconstitution de la séquence de la protéine entière.

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 III.7.3.1.Détermination des acides aminés N et C-ter par des méthodes chimiques ou enzymatiques
Méthodes chimiques

Identification de aa N-terminal Identification de aa C-terminal

• Méthode de Sanger (FDNB) • Hydrazinolyse : L’hydrazine (H2N-NH2) à
100°C attaque toutes les liaisons peptidiques
• Méthode de dansylation
et donne des dérivés hydrazide d’acide sauf
• Méthode d'Edman (PITC) pour l’acide aminé C-terminal qui reste libre.
(revoir le cours des aa)

Méthode enzymatique
Exopeptidases = enzyme n’hydrolysant que la 1ère liaison peptidique (aminopeptidase, libre aa1) ou la dernière
liaison peptidique (carboxypeptidase, libre aan)
Exopeptidase Extrémité attaquée spécificité
Carboxypeptidase A C-ter Arg, Lys, Pro
Carboxypeptidase B C-ter Arg, Lys
Carboxypeptidase C C-ter Tous
Carboxypeptidase Y C-ter Tous sauf la gly
Leucine aminopeptidase N-ter Pro
Aminopeptidase N-ter Tous
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III.7.3.2. Analyse séquentielle (méthode récurrente d’Edman)
• Elle permet le séquençage de peptides constitués de 40 à 60 résidus d’AA.
• La détection des PTH-AA se fait automatiquement par HPLC.

N-termA-I-G-A-F-V…
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 III.7.3.3. Recouvrement des séquences des différents fragments
La séquence du polypeptide original est obtenue en comparant les séquences en AA d'une série de
fragments peptidiques avec celles d'une deuxième série dont les sites d'hydrolyse recouvrent ceux de la
première série:

• Aujourd’hui la spectrométrie de masse (MS) remplace en grande partie la méthode d’Edman pour le
séquençage des protéines. Elle mesure le rapport masse/charge électrique des ions (fragments
peptidiques, acides aminés) ce qui permet de les identifier.

(pour plus de détails consulter:

Voet D. & J.G. Voet, 2016, Biochimie, 3 édition, De Boeck Superieur, 1784 pages
https://books.google.dz/books?id=BvNFDgAAQBAJ&printsec=frontcover&hl=fr&source=gbs_ge_summary_r&cad=0#v=onepage&q&f=false.
Botham K.M., Weil A., Rodwell V.W., Kennelly P.J., Bender D.A., 2017, Biochimie de Harper, 6 édition, De Boeck Superieur, 840 pages
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